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blockSeqs : CGCACGTATGTGCGCCA . G . . . TGAA . . . . TCC . . . T . GCT T . T . . CCCAG T G GCACA . . A A . . C . . . TAAA G CATATGCAACAACGTT C CG . . TC A . . AA . . . . . . A . . AAG . GTA .
blockSeqs : CGCGCGTCCGCGCGCC . T . . . . . . . . TCC . . . . . TA T . . . . GCCA . . CACG . . . A . . . . . . GAA . CATATGCAACACGTT C CG . . TC A . . . . . . . . . A . . TGA . TA .
blockSeqs : CGCGCTCCGCGCGCTC . . . . . . . . . . CCC . . . . . TT C . . . . CCGA . . CACA . . . . . . . . . . TAA . CGCATAG C C . . TT T . . . . . . . . . A . . AGC . AC .
blockSeqs : GGGCGCGTCCGGCACC . . . . . . . . . . CCC . . . . . T C . . . . ACCA . . CAAG . . . . . . . . . . GAC . TATAT C C . . TC A . . . . . . . . . A . . ATA . TA .
blockSeqs : GGCGTCGCCGCGC . . . . . . . . . . TCC . . . . . T C . . . . ACGA . . CCAG . . . . . . . . . . GAA . TATAT C C . . TC A . . . . . . . . . A . . AGA . C .
blockSeqs : CGCGCGCC . . . . . . . . . . TCA . . . . . T T . . . . ACCA . . CAAC . . . . . . . . . . GGA . TAT A . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . .
blockSeqs : GGCGCGCC . . . . . . . . . . TC . . . . . T T . . . . ACCA . . CACG . . . . . . . . . . GAA . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CGCGT . . . . . . . . . . TT . . . . . T T . . . . ACCA . . TACG . . . . . . . . . . GAA . T . . . .
blockSeqs : GCC . . . . . . . . . . CC . . . . . T T . . . . ACCA . . CAG . . . . . . . . . . GTA .
blockSeqs : GCA . . . . . . . . . . CC . . . . . T T . . . . CACC . . TG . . . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CC . . . . . T T . . . . TCCA . . CA . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . . . . . T T . . . . ACC . . CA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . T T . . . . ACG . . CG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . ACG . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . ACC . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . ACC . . CG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CA . . CA . . . . . .
blockSeqCons : CGCGCGTCCGCGCGCC********************** TCC CAG******** CATATAT*************************** C********** *********** ******
originalCons : TAGTTGTATTCGG--------CG-CGTCCG-G-CGC-C-----------CAA--------AT--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-CT-T-AT----TTCCCAA-T-CG-T-A--CG-TTATCGGGCT-CG--A--TAT-T-TC-A--C--G-GAA-GT--CG-----C--G--T--G-GT--G--G---GG--T-C-AC-AA-CAGGG-GAA----ATTC--AATA----CA--------------TAT-----------AACACC--------C--CGTT-TT-AAATTCAAATTCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-T------AATA-GAA--AAAACC--NAAAGTTCAT-CTTTTT
finalCons : TAGTTGTATTCCGCGCGTCCGCGCGCC----------------------CAA--------AT--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-CT-T-AT----TTTCCAA-T-CG-T-A--CG-TTATCGGGCT-CG--A--TAT-T-TC-A--C--G-GAA-GT--CGCAG--------T--G-GT--G--G---GG--T-C-AC-AA-CAGGG-GAA----ATTC--AATACATATAT---------------------------AACACCC----------CGTT-TT-AAATTCAAATTCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-T------AATA-GAA--AAAACC--NAAAGTTCAT-CTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTGAAAATTAATTGTTTGTCTTCATTTGTACGTATTGGGCTTGGTAATTCACTAAAAG
Alignments
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lowQualScore : .......................................... ........ .. . ... . ......................... . . .... ... . . . .. ... .. .. .. . . ......... . . ... . ...... . .. .. ... .. . . . . ........ ..... .. ......... . ............. . . .. .. .. . ........... . . . . . ... . . ...... .... .. .... .
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consensus : TAGTTGTATTC--------CG--CGCG-TCCG-CGCGC-C-------------CAA--------AT--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TTTCCAA-T-CGT-A--CG-TTATCGGGCT-CG--A--TAT-T-TC-A--C--G-GAA-GT-CG---C-ACG----T-GGT-G--G---GG--T-C-A-CAA-CAGGG-GAA----ATTC--A--ATACA--TATG---------TAA-CA--------CCC--CGTT-TT-AAATTCAAATTCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-T------AATA-GAA--AAAACC--NAAAGTTCAT-CTTTTT
Reference ( family-2281 ) : TAGTTGTATTC--------CG--CGCG-TCCG-CGCGC-C-------------CAA--------AT--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TTTCCAA-T-CGT-A--CG-TTATCGGGCT-CG--A--TAT-T-TC-A--C--G-GAA-GT-CG---C-A-G----T-GGT-G--G---GG--T-C-A-CAA-CAGGG-GAA----ATTC--A--ATACA--TATA---------TAA-CA--------CCC--CGTT-TT-AAATTCAAATTCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-T------AATA-GAA--AAAACC--NAAAGTTCAT-CTTTTT
gi|1 : TAGTTGTATTCGGAGCGCCTG--CGCA-TCCA-TGCAC-C-------------CAA--------AT--AAAA--TT---A-TC-------------------------G-AT-TAT----TTT-TAA-T-CAC-A--AG--TATCGGACA-TG--A--TAT-T-TC-AC-C--A-GAA-GT-CG---C-ACG----T-GGT-G--G---GGT-T-C-ACCAA-CAGGG-GAA----ATTA--AATATACA--CGTG---------CAA-CACCGCTAACCCC--CGCT-TT-TAATTTAATTTTT--G-ATCTGTCATCCACAAAAA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-TAGACCCAATT-GTA--AAAACC--ACAAGTTCAC-CTTTT
gi|10 : tc-TCCGGCGCGC-C--------------AG--------AT--AAAACTTT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TT--CAA-T-CGTGA--C---TATCGGGTT-TGGAA--TAT-TGTC-AGCT--G-GAATGT-CT-------G----T-GG--G--G---GG--T-C---CAA-CAGGA-GAA----TTTC--A------A--TATA---------TAA--A--------TC------------AAT--AGA-TCT--G-ATC-----------AAT--TAGCG--TTT-CG-T---T-TG-T------AATA-AGA--AAAACCG-TAAAGTTCATACTTTTT
gi|11 : tcAGTTGT-TT----------G---GCG-TCGC-CGCGC--------------------------AT--AA---TTT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TTCGC-A-T-CGT-T--AG--TAT-GGGTT-TG--A--TA--T-TC-A--C--C-GAT-GTGCA---C-ATG----T-GGT----------------A-C-A-CAGGG---------TTC-------------------------TAA-TA----------------T-TT-AAATTTAG--TTT--GCATC-----------AATATTA-CG-TTTT-C--T---T-TG-T------TAT-------AAAAT-----AAGTTT-T-CTTTTTtttg
gi|12 : TAGTTATATTC--------CG--CACG-TATG-TGCGC-CA------------CAATTTTTGAGATG-AAAA-TGT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TTT-CAA-T-CGT-T--C---TATCGAACT-CG--AT-TAT-T-TC-GC-C--A-AAA-CT-CG---C-ACG----T-GGT-GA-G---GG--T-C-A-CAATTAGGG-TAA----ATTC--A--Agggaggg
gi|13 : gc--AAAA-TGT---A-AC-------------------------G-CT-TAT----TTTT-AA-T-CGT-A--CA-T-ACCGGGTT-CG--A--TAT-T-TC-C--C--GAGAA-GT-CG---C-ACA----T-GGG-A--G---GG--T-C-A-CAA-CAGGG-T-A----ATCC--A--ATACattcaacaggtacttggtgcatga
gi|14 : tcttgagagTAGTTGTATTC--------GG--TACA-TCTG-CTCGT-CAGTAATTGTGT--TGA--------AG--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-TT-TAT----------A-T--------------TCGGGCT-CA--A--TAT-T-TC-AC-C--A-GAA-GT-CA---C-A-C----TAGGT-G--GGCTGG--T-C-A-CTA-TAGGgctcttgggtaaaatctcccccaacttaattattttctgatctgggatctaca
gi|15 : a--TAT-T-TC-A--C--GAGAA-GT-CGGCAC-A-T----G-GGA-G--G---GG--T-CCA-CAA-CAGGT---A----ATTC--C--ATACccagtataggggtagttta
gi|16 : TAGTTGTATTC-------------------------GC-C-------------CAA--------AT--TAAA-TTT---AATC-------------------------G-TT-TAA----TTTCCAA-T-CGT-A--CG--TATTGGGCT-TG--A--TAT-T-TC-AC-C--A-GAA-GT-CG---CAA-G----T-GGT-G--G---GG--T-C-A-CAA-gctctggggtaaaaaatctggccccaatgcttaattattttactgatctgggatctacatatttgtttgctttat
gi|17 : ccTAGTTGTATTC-------------------------GC-A-------------CAA--------AT--TAAA-TTT---A-TC-------------------------G-TT-TAA----TTTCCAA-T-CGT-A--CG--TATTGGGCT-TG--A--TATCT-TC-AC-C--A-GAA-GT-CG---C-A-G----T-GGT-G--G---GGCTC-C-A-CAA-Cacaataaacaccggtaaccgg
gi|18 : cCGC-CA------------CAA--------AT--TAAA-TTT---A-TC-------------------------G-TT-TAA----TTTCCA--T-CGT-A--CG-T-ATTGGGCT-TG--A--TAT-T-TC-A--CC-A-GAA-GT-CG---CCA-G----T-GGT-G--G---GG--
gi|19 : tagttgttatt-A--CGATTGTCGGACT--G--A--TAT-T-TC-A--CC-A-GAA-GT-CG---C----------------------G--T-C-A-CAA-CAGGG-GTACAGGATTT--A--ATActcca
gi|2 : cTAGTTGTATTC--------CG--CGCG-TCCG-CGCGC-C-------------CAA--------AT--TAAA-TTT---A-TCGGGGGAGTGAGGGGGGCTGTGGGGTG-CT-TATATTATTCCCAAATACGT-A--CG-T-ATCGGGTT-T---A--TAT-T-CA-A--C--G-GAT-G--CG---C-A-AC---T-GGT-G--G---GG--TTC-A-CAA-CATGG-GAC----ATTC--A--ATA----TATA---------TAA-CA--------CCCG-CGTT-TT-AAAT------TCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CGCT---TATGTT------AATATAAA--AAAACC--TAAAGTTCAT-CTTTTTt
gi|3 : cTAGTTGTATTC--------CG--CGCG----------C-C-------------CAA--------ATT-AAAA-TGT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TT-CCAA-T-CGTTA--CG-TAATCGGGCT--G--A--TAT---------C--A-GAT-GT-CG---C-ACG----T-GGT-G--G---GG--T-C-A-CAA-C-GGG-GAA----ACTC--A--ATACA--TATGCAACAACGTTAA-CA--------CCC--CGTT-TT-AAATTCATATTCTTGA-ATCAA---------AATA-TA-CGTTTTT-CG-T---TATG-T------AATA-G-A--AATACCAACAAAGTTCAT-CTTATTggga
gi|4 : GTTGTATTC--------CG--CGC--TCCG-CGCGCTC-------------CAA--------AT--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G-CT-TAT----TT-CCAA-T-C-T-A--CG-T-ATC----T-TG--A--TAT-T-TCCA--C--C-AAATGT-CG---C-ACG----T-GGT-G----------T-A-A-CA--CAGAG--------ATTC--A--GTACA--TATGCAACACGT-TAA-CA--------CCCTCCGTT-TT-AAATTCAAATTCT--G-A--------------ATA-TA-CG-TTTTTCG-T---TATG-T------AATT-GAA--AAAACC--ACAAGTTTAT-CTTTCTcttaaattatttgggggggggg
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gi|7 : TAGTTGTATTC---------------G----G-CGCGC-C-------------CAA--------AT--A---------------------------------------------------TTTCCAA-T-CGT-A--CG-T-ATCGG-CT-TG--A--TAT-T-TC-A--C--C-AAT-GT-TC---C-ACG----T-GG--G--G---GG--T-C-A-CAA-CCGCG-GAA----AATCTTA--ATACAACTGCAACAGACGT-TAAACA--------ACC--CGTT-TTTAAATTCAAATTCT--G-ATC-----------AATA-TA-CG-TTTT-CG-T---TATG-T------AATA-GAAATAAAACC--C-AAGTTCAT-TTTT
gi|8 : TAGTTGTATTC--------CG--CGTAATACAATTTTT-C-------------TGA--------AG--AAAA-TTT---A-TC-------------------------G----------------------GT-A--CG-T-ATCGGGTT-CG--A--TAT-T-TC-A--C--C-GAA-GT-CG---C-ATG----T-GTTGG--G---GG--T-C-A-CAA-CGGGG-GTA----ATTC--A--ATACA--CAGG---------TAA-ggggggggggg
gi|9 : gcTTGTAT----------CGGCCGTG-TTCG-CGAGC-CAACAATTTTTTTTTAA--------ATGAAAAA-TTTTATA-TC-------------------------GGCTGTAT----TGTCAAA-T-CGG-GGCCGGCTCTCGAGCTTCG--AATTAA-T-TC-C--CCAG-GAA-GT-CG---C-G-GAACGT-GGT-GA-G---GG--T-CCA-AAA-CAGGGTAAA----ATTC--T--ATTCA--ttggatcatgcaaacccaaccccatttattttctgatctaatgatttgtaaacatttgaaaacaaaaattttcgtctatg
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