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lowQualScore                  :                     77  2   3 1     1    3     5555555555   55  1     55555    0      0      
lowQualScore                  :                     ..  .   . .     .    .     ..........   ..  .     .....    .      .      
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consensus                     :             TACTGTTCG-GCCCTC-G-AAGCC-GCATAACATT-TTT-T-AGCCTT--TA-GCCAC-----GTCAGTACGCATAGAGAA
Reference ( gi|3 )            :             TACTGTTCA-GCTCTT-G-AAGCC-GCATGACATT-TGT-T-AACCTT--TA-GCCAC-----GTCACTACGCAAAGAGAAT
gi|2                          :             TACTATTTG-GCCCTA-G-AAGCC-GCAGAACATT-T-T-T-AGGCTT--TA-GCCAC-----GCCAGTATGCATAGAGAA
gi|10                         :        ctttcTACTTTTCG-ACCCTT-G-AAGAT-GCATAACATT-T----------T--TA-GCCAC-----GTCAGTACGCAGAGAGAAa
gi|12                         :             TACTGTTCG-GCCCTT-G-AAGAC-GCATAGCATT-TTT-T-AGCCTC--TA-GCCAT-----G
gi|11                         :       tatttcTACTGTTCG-GCCCTT-G-AAGAC-GCGTAACATT-----------TT--TA-GCCAC-----GTCAGTACGC
gi|6                          :       attttcTACCGTTCC-GCCCTC-G-AAGCC-GCATAGCATT-T-T-T-AGCCTTTATA-ACCAC-----GCCAGTACG
gi|1                          :        attttTACCGTTCG-GCCATC-G-ACGTC-ATGTAACATT-CTT-T-TGCCAT--TA-GCCAC-----GTCACTACGCATAAAGAA
gi|9                          :      atttttcTACTGTTTC-GCCCTC-G-AAGCC-GCATAACATT-TCTAT-AGCCTT--CA-ACTAC-----AT
gi|5                          :       tatctaTACCGTTCC--CCCTC-G-AAGCCGGCATAGCATT-T------ACCTTTATA-ACCAC-----GCCAGTACGCATAGAGg
gi|14                         :         ttttTACTGTTCG-GCCCTC-G-AAGCT-ACATAACATT-CTT-TGAGCCTT--CA-GCCA
gi|20                         :         tttcTACTGTTCA-GCCCTT-G-GAGCC-GCGTAACATT-CTT-T-TGCCCT--TA-t
gi|21                         :        atttcTACTGTTTG-GTCCTC-G-AAGGC-ACATAACATTCTTT-T-GA--TT--TA-GCCAC-----
gi|18                         :             TATTGTTCG-GCTTTC-A-AAGCC-GCATCACATT-T-T-T-A
gi|19                         : cattcatatttcTATTGTTTG-GCCCTT-G-AAGCC-ACGTAACG------------CTT--TA-GCTAC-----GTggca
gi|26                         :     gatatttcTATTGTTCA-GCCCTC-G-AAGCC-ACGTAACG------------CTT--TA-GCTAC-----
gi|23                         :          ttcTACTGTTCG-G-TCTTCG-AAGCT-ACATAACATT-CTT-T-A-------TA-GCC
gi|15                         :              ATTATTCATGCTTTT-G-AGGCT-GCAT-ACATTCTTT-T-AGCCTT--CA-GCCAC-----GCCctcag
gi|13                         :              ccTGTTCG-GCTCTC-A-AAGCT-GCATCACATT-T-T-T-AGCTTT--AA-GCCAC-----GTC
gi|8                          :         tgtctgtTGTTCG-GGTCCTCG-AAGCC-ACAT-ACA-----------CCTT--TA-GCTACGTAATGTCACTA
gi|22                         :     ttgatatttctaGTTCG-TCCCTC-G-AGGCT-GCAT-ACATT-CTT-T-AGCTTT--CA-GCCAC-----GCC
gi|17                         :                          CTT-GTAAG---GCATAACATT-T----------T--TA-GCCGT-----GTCAGTACGCA
gi|24                         :                          aTT-G-AAGGC-GCATAACATT-T----------T--TA-ACCAC-----GTCAGTACGCATAGAGAttatagaggaaaaa
gi|27                         :                          caT-G-AGGCT-GCAT-ACATT-CTT-T-AGCCTT--CA-GCCAC-----GCCA
gi|7                          :                                                           TT--TAAGCCAC-----ATCAGTACGAAAAGAGAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATATTTCTACTCTTTGACCATTAAAAATGCTTAACACCTTAAGCAACGTTAGTGCGCATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ATTTCTTCTGTTAGGCCCTCGAAGTCATGTAAAGTTCTTTGACTTTCAGTCAT
Unaligned ( gi|25 ): CATATTTCTTTTGTTCGGCCCTCGAAGCCACGCAACATTCTTTT
Unaligned ( gi|28 ): ATTTTGTCTGTTCGGCCTTTAAACACGTCAGTAG






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consensus                     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
Reference ( family-2260 )     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CATAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
gi|1                          :             TACCGTTCG-G-CCATCGACGTCA-TGTAACATT-CTT--T-TGCCAT--TA--GCCACGTCACTACGC---ATAAAGAA
gi|10                         :      atttttcTACTTTTCG-A-CCCTTGAAGATG-CATAACATT-TTT-------------A--GCCACGTCAGTACGC---AGAGAGAA
gi|11                         :             TACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CGTAACATT------------TT--TA--GCCACGTCAGTACGC---
gi|12                         :       attttcTACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CATAGCATT-TTT--T-AGCCTC--TA--GCCATG
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gi|14                         :      tgtctgtTACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCTA-CATAACATT-CTT--TGAGCCTT--CA--GCCA
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gi|2                          :     gatatttcTACTATTTG-G-CCCTAGAAGCCG-CAGAACATT-TTT----AGGCTT--TA--GCCACGCCAGTATGC---ATAGAGAA
gi|20                         :        ctttcTACTGTTCA-G-CCCTTGGAGCCG-CGTAACATT-CTT--T-TGCCCT--TA--a
gi|21                         :        atttcTACTGTTTG-G-TCCTCGAAGGCA-CATAACATT-CTT--T-TG-ATT--TA--GCCAC
gi|22                         :                 GTTCG-T-CCCTCGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCTTT--CA--GCCACGCC
gi|23                         :             TACTGTTCG-G-TCTTCGAAGCTA-CATAACATT-CTTTAT-AGCCCT--CA--G
gi|24                         :                            TTGAAGGCG-CATAACATT-TTT-------------A--ACCACGTCAGTACGC---ATAGAGA
gi|25                         :              caTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCA-CGCAACATT-CTT--T-
gi|26                         :  catatttctttTATTGTTCA-G-CCCTCGAAGCCA-CGTAACGCT-TTt
gi|27                         :                           ttcGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCCTT--CA--GCCACGCCAagctac
gi|3                          :            tTACTGTTCA-G-CTCTTGAAGCCG-CATGACATT-TGT--T-AACCTT--TA--GCCACGTCACTACGC---AAAGAGAA
gi|4                          :             TACTCTTTG-A-CCATTAAAAATG-CTTAACA------------CCTT--AA--GCAACGTTAGTGCGC---ATAGAGAt
gi|5                          :    tgatatttcTACCGTTCC---CCCTCGAAGCCGGCATAGCATT-T-------ACCTT--TATAACCACGCCAGTACGC---ATAGAG
gi|6                          :         ttttTACCGTTCC-G-CCCTCGAAGCCG-CATAGCA-T-TTT--T-AGCCTTTATA--ACCACGCCAGTACG
gi|8                          :           attttTGTTCG-GGTCCTCGAAGCCA-CAT-ACA------------CCTT--TA--GCTACGT
gi|9                          : ttgatatttctaTACTGTTTC-G-CCCTCGAAGCCG-CATAACATT-TCTA-T-AGCCTT--CA--ACTACATaatgtcacta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TCACGTTTGCGTCCGTTGGAAGACCCATACTATTTTAAGCCACATCAGTACGAAAAGAGAAAG
Unaligned ( gi|28 ): ATTTTGTCTGTTCGGCCTTTAAACACGTCAGTAG






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consensus                     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
Reference ( family-2260 )     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
gi|1                          :             TACCGTTCG-G-CCATCGACGTCA-TGTAACATT-CTT--T-TGCCAT--TA--GCCACGTCACTACGC---ATAAAGAA
gi|10                         :      atttttcTACTTTTCG-A-CCCTTGAAGATG-CATAACATT-TTT-------------A--GCCACGTCAGTACGC---AGAGAGAA
gi|11                         :             TACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CGTAACATT------------TT--TA--GCCACGTCAGTACGC---
gi|12                         :       attttcTACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CATAGCATT-TTT--T-AGCCTC--TA--GCCATG
gi|13                         :          tatttcTGTTCG-G-CTCTCAAAGCTG-CATCACA-T-TTT--T-AGCTTT--AA--GCCACGTC
gi|14                         :      tgtctgtTACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCTA-CATAACATT-CTT--TGAGCCTT--CA--GCCA
gi|15                         :          tttcATTATTCATG-CTTTTGAGGCTG-CATA-CATTCTTT--T-AGCCTT--CA--GCCACGCCt
gi|16                         :             ccCTGTTAG-G-CCCTCGAAGTCA-TGTAAAGTT-CTT--T-GACTTT--CA--GTCA
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gi|18                         :    acttgtaagTATTGTTCG-G-CTTTCAAAGCCG-CATCACATT-TTT--aaaa
gi|19                         : cattcatatttcTATTGTTTG-G-CCCTTGAAGCCA-CGTAACG-------------CTT--TA--GCTACGTaggca
gi|2                          :     gatatttcTACTATTTG-G-CCCTAGAAGCCG-CAGAACATT-TTT----AGGCTT--TA--GCCACGCCAGTATGC---ATAGAGAA
gi|20                         :        ctttcTACTGTTCA-G-CCCTTGGAGCCG-CGTAACATT-CTT--T-TGCCCT--TA--a
gi|21                         :        atttcTACTGTTTG-G-TCCTCGAAGGCA-CATAACATT-CTT--T-TG-ATT--TA--GCCAC
gi|22                         :                 GTTCG-T-CCCTCGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCTTT--CA--GCCACGCC
gi|23                         :             TACTGTTCG-G-TCTTCGAAGCTA-CATAACATT-CTTTAT-AGCCCT--CA--G
gi|24                         :                            TTGAAGGCG-CATAACATT-TTT-------------A--ACCACGTCAGTACGC---ATAGAGA
gi|25                         :              caTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCA-CGCAACATT-CTT--T-
gi|26                         :  catatttctttTATTGTTCA-G-CCCTCGAAGCCA-CGTAACGCT-TTt
gi|27                         :                           ttcGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCCTT--CA--GCCACGCCAagctac
gi|3                          :            tTACTGTTCA-G-CTCTTGAAGCCG-CATGACATT-TGT--T-AACCTT--TA--GCCACGTCACTACGC---AAAGAGAA
gi|4                          :             TACTCTTTG-A-CCATTAAAAATG-CTTAACA------------CCTT--AA--GCAACGTTAGTGCGC---ATAGAGAt
gi|5                          :    tgatatttcTACCGTTCC---CCCTCGAAGCCGGCATAGCATT-T-------ACCTT--TATAACCACGCCAGTACGC---ATAGAG
gi|6                          :         ttttTACCGTTCC-G-CCCTCGAAGCCG-CATAGCA-T-TTT--T-AGCCTTTATA--ACCACGCCAGTACG
gi|8                          :           attttTGTTCG-GGTCCTCGAAGCCA-CAT-ACA------------CCTT--TA--GCTACGT
gi|9                          : ttgatatttctaTACTGTTTC-G-CCCTCGAAGCCG-CATAACATT-TCTA-T-AGCCTT--CA--ACTACATaatgtcacta


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blockSeqs                     :                      . .            . A     T C   TA        C   .                .  
blockSeqs                     :                      . .            . G     T T   TG        C   .                .  
blockSeqs                     :                      . .            . A     T T   TT        T   .                .  
blockSeqs                     :                      . .            . A     T T   TT        T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . G     T C   TA        T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T C   TA        T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . G     T C   TA        C   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T C   TA        C   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T T   A         C   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T C   .         T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     C T   .         A   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . G     T C   .         T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . G     T T   .         T   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T T   .         C   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     T T   .         .   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . T     . T   .         .   .                   
blockSeqs                     :                      . .            . A     . .   .         .   .                   
blockSeqs                     :                                     . A     . .                                     
blockSeqs                     :                                     . A     . .                                     
blockSeqs                     :                                     . A     . .                                     


blockSeqCons                  :             
originalCons                  :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
finalCons                     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TCACGTTTGCGTCCGTTGGAAGACCCATACTATTTTAAGCCACATCAGTACGAAAAGAGAAAG
Unaligned ( gi|28 ): ATTTTGTCTGTTCGGCCTTTAAACACGTCAGTAG






Alignments
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lowQualScore                  :                      1 1            1 2     1 22  33333     333 22               777        
lowQualScore                  :                      . .            . .     . ..  .....     ... ..               ...        
lowQualScore                  :                      7 7            5 0     0 44  00000     333 44               888        
consensus                     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
Reference ( family-2260 )     :             TACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCG-CGTAACATT-TTT--T-AGCCTT--TA--GCCACGTCAGTACGC---ATAGAGAA
gi|1                          :             TACCGTTCG-G-CCATCGACGTCA-TGTAACATT-CTT--T-TGCCAT--TA--GCCACGTCACTACGC---ATAAAGAA
gi|10                         :      atttttcTACTTTTCG-A-CCCTTGAAGATG-CATAACATT-TTT-------------A--GCCACGTCAGTACGC---AGAGAGAA
gi|11                         :             TACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CGTAACATT------------TT--TA--GCCACGTCAGTACGC---
gi|12                         :       attttcTACTGTTCG-G-CCCTTGAAGACG-CATAGCATT-TTT--T-AGCCTC--TA--GCCATG
gi|13                         :          tatttcTGTTCG-G-CTCTCAAAGCTG-CATCACA-T-TTT--T-AGCTTT--AA--GCCACGTC
gi|14                         :      tgtctgtTACTGTTCG-G-CCCTCGAAGCTA-CATAACATT-CTT--TGAGCCTT--CA--GCCA
gi|15                         :          tttcATTATTCATG-CTTTTGAGGCTG-CATA-CATTCTTT--T-AGCCTT--CA--GCCACGCCt
gi|16                         :             ccCTGTTAG-G-CCCTCGAAGTCA-TGTAAAGTT-CTT--T-GACTTT--CA--GTCA
gi|17                         :                             atttcttG-CATAACATT-TTT-------------A--GCCGTGTCAGTACGCATTATAGAGGAt
gi|18                         :    acttgtaagTATTGTTCG-G-CTTTCAAAGCCG-CATCACATT-TTT--aaaa
gi|19                         : cattcatatttcTATTGTTTG-G-CCCTTGAAGCCA-CGTAACG-------------CTT--TA--GCTACGTaggca
gi|2                          :     gatatttcTACTATTTG-G-CCCTAGAAGCCG-CAGAACATT-TTT----AGGCTT--TA--GCCACGCCAGTATGC---ATAGAGAA
gi|20                         :        ctttcTACTGTTCA-G-CCCTTGGAGCCG-CGTAACATT-CTT--T-TGCCCT--TA--a
gi|21                         :        atttcTACTGTTTG-G-TCCTCGAAGGCA-CATAACATT-CTT--T-TG-ATT--TA--GCCAC
gi|22                         :                 GTTCG-T-CCCTCGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCTTT--CA--GCCACGCC
gi|23                         :             TACTGTTCG-G-TCTTCGAAGCTA-CATAACATT-CTTTAT-AGCCCT--CA--G
gi|24                         :                            TTGAAGGCG-CATAACATT-TTT-------------A--ACCACGTCAGTACGC---ATAGAGA
gi|25                         :              caTGTTCG-G-CCCTCGAAGCCA-CGCAACATT-CTT--T-
gi|26                         :  catatttctttTATTGTTCA-G-CCCTCGAAGCCA-CGTAACGCT-TTt
gi|27                         :                           ttcGAGGCTG-CATA-CATT-CTT--T-AGCCTT--CA--GCCACGCCAagctac
gi|3                          :            tTACTGTTCA-G-CTCTTGAAGCCG-CATGACATT-TGT--T-AACCTT--TA--GCCACGTCACTACGC---AAAGAGAA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): ATTTTGTCTGTTCGGCCTTTAAACACGTCAGTAG