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Reference ( gi|2 ) : CCCCCCCC--------CCTCCG-GGTTA-CGGTTCTT-GCG--T-GTCTCC--CA---GAGGAACACACA-TT--AA-CAAA-GA-TGGG--ATGCA-GGGG-TGGAT-CCATGATTATTTTTAAAA--GA-GGT-T-----------------CAAAA--T--GCAC-CG--AA-T--GCC-G--T--G--CCTTC-----A-TAG--GC-AAGG--------G--GTT-ATG---------------G---------A--------------C---------------C------CC--AA-------------GCAGC---------GGT----G---TTCAGGGCAGAT--TCC-A----ATG------------GGCGA---AGCCC--T-GG-C--TT--AAACAAA-TT-T-AT-----G-----T----TT----TA-GTT--------T-TT-GTGAGG-ACTGGTCCGC-A-CGG---CGTA----TAATC-TA----A-CCATGCAGAAATTTCCAC-AAG-------GGTG-CACAAGACTAGCTAAG-CGTGGGA-TCTAGGCCC--AATG--G-ATCC-AA-G-ACT-GCTCCTGT-TA---GGGGTCCATGCATGAGG
gi|1 : CCCTCCGC--------CCTCCCCGGTTA-CGGTCTTT-GCGGTC-GTCTCA--TA---GACGAACACACA-TTTAGA-CAAAAGA-TGGG--ATGCAAGGGG-TGGAT-CCAGGATT--TTTTAAAA--GAAGGTAT-----------------CAAAA--T--GCAC-CGTAAG-T--GCCCG--TCTG--CCTTC-----A-TAG--GCCAATG--------GT-GTT-AGC---------------G---------A--------------C---------------C------C----A-------------TCAGC---------GTTTCAGG---CTCAGG-CAATT--CCC-A----ATG------------GGCGA---AGCCC--TTGG-C--TT--AAACAAATTT-T-AT-----G----------TT----TA-GTT--------T-TT-TTGAGG-ACTGGT-CGCTA-GGGGGCCGTATACGTAACC-TATTTTG-CCAGGCA-AGATTTCCACTAAGGCCTTAAGGTG-CACAAGACTA---AGG-CGTGGAATTCT--GCCTCGAATGCCG-ATCC-AA-GAACTCGCCCCTGG-TAAGCGGGGTCCATGCATGAG
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gi|17 : acaagagattatatataggccgtggcgccaaaGGCAGAT--TCC-A----ATG------------GACAA---AGCCC--T-GG-C--TC--AAA-AAA--T-A-AT-----GGGTGTT----TT----TA-GTT--------T-T---TGGGG-ACT-TTTCGC-A-
gi|18 : CC-A----ATA------------GACAA---AACTC--T-GG-C--TT------ATA-TTAT-AT-----T-----T----TT----TA-GTT--------T-TC-GAGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|20 ): AGTTTTTGAGGATTTGTTGCAGTGCCGTAACCAGGAATTA
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Reference ( family-225 ) : CCCCCC---CC---CCCCCGCGGTT-ACGGT--CTT-GCGGT-GT-C-TCN-T-A-GAGGAACACACAATTA-ACAAA-GA-TGGG--ATGCA-GGGGTGGATCCAGGATTATTTTTAAA--GGGG-GT-T-----------------CAAA-A--TGCAC-CG--AA-T--GCC-CGT--G--CCTTC-----A-TAG--GC-AAGG--------G--GTT-ATGG---------A--------------C---------------C---------------CCGA--GC---------------AGCG--GT----G---TTCAGGGCAGAT--TCCA----A-T---GGA-CGA-----------AGCCC--T-GG-C--TT--AAACAAA-TT-TA-T-----G-----T----TT----T--A-GTT--------T-TT-GTGAGG-A-CTGGT-CGC----A-G-GCCGTATA--CGTAA-CC-A---TG-CAGG---GATTTCCACTAAG-------GGTG-CACAAGA-CTA---AGGCGTGGAATCTA-GCCCC--ATG--G-ATCC-AA-G-ACT-GCTCCCGG-TA---GGGGTCCATGCATGAGG
gi|1 : CCCTCC---GC---CCTCCCCGGTT-ACGGT--CTTTGCGGTCGT-C-TCA-T-A-GACGAACACACATTTAGACAAAAGA-TGGG--ATGCAAGGGGTGGATCCAGGATT-TTTTAAAA--GAAG-GTAT-----------------CAAA-A--TGCAC-CGTAAG-T--GCC-CGTCTG--CCTTC-----A-TAG--GCCAATG--------GT-GTT-AGCG---------A--------------C---------------C---------------C--A--TC---------------AGCG--TTTCAGG---CTCAGG-CAATT--CCCA----A-T---GGG-CGA-----------AGCCC--TTGG-C--TT--AAACAAATTT-TA-T-----G----------TT----T--A-GTT--------T-TT-TTGAGG-A-CTGGT-CGCTAGGG-G-GCCGTATA--CGTAA-CCTATTTTGCCAGGCAAGATTTCCACTAAGGCCTTAAGGTG-CACAAGA-CTA---AGGCGTGGAATTCT-GCCTCGAATGCCG-ATCC-AA-GAACTCGCCCCTGG-TAAGCGGGGTCCATGCATGAG
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gi|18 : CCA----A-T---AGA-CAA-----------AACTC--T-GG-C--TT------ATA-TTATA-T-----T-----T----TT----T--A-GTT--------T-T---CGAGA-A-ATTAT-CGC----A-
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gi|1 : CCCTCC---GC---CCTCCCCGGTT-ACGGT--CTTTGCGGTCGT-C-TCA-T-A-GACGAACACACATTTAGACAAAAGA-TGGG--ATGCAA---GGGGTGGATCCAGGATT-TTTTAAAA--GAAG-GTAT-----------------CAAA-A--TGCAC-CGTAAG-T--GCC-CGTCTG--CCTTC-----A-TA-G--GCCAATGG--------T--GTT-AGCG---------A--------------C---------------C---------------C--A--TC---------------AGC---GT----TTCAGGCTCAGGCAATT--CCCA----A-T---GGG-CGA-----------AGCCCT-TGG-C--TT--AAACAAATTT-T-ATG---------TT-TAGTTTTTT-TGAGG-A-CTGGT-CGCTAGGG-G-GCCGTATA--CGTAA-CCTATTTTGCCAGGCAAGATTTCCACTAAGGCCTTAAGGTG-CACAAGA-CTA---AGGCGTGGAATTCT--GCCTCGAATGCCG-ATCC-AA-GAACTCGCCCCTGG-TAAGCGGGGTCCATGCATGAG
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gi|12 : ttattaGATTCAAGATT-TTTTGAAA--GGGG-GG--------------------GGG-G--T-TA---G--AA-T--TTT-TA--TC--ACTAC-----A-AAAG--G-CAA-AG--------G--GTT-ATGG---------G--------------C---------------CGTTGCGCCAAAAGCCCTGA--AC---------------AA-A--GTG---TTCAA-----GGCAGAA--TCCA----A-T---GAA-CGA-----------AGCCC--TGG-C--TT-------AA-TT-T--TT-----T---TT-TAG--TCTT-TGAGG-A-CTTGT-
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gi|6 : ccctCCCCCC---CC---CCCCCCCCGTTAACGG---CTT-GCATC-GT-C-TCA-TAA-GAGGAACACACAATTA-ACAAA-G-ATTGG--AGGCA----GGGGTGGATCCA-GATTATTT--AAT--GGAG-GT-T-----------------CAAA-AT-TGCA--CG--AAT--GCC-CG--TG--CCTTC-----A-TT-G--G-CAA-GG-------------T-ATGG---------A--------------C---------------A---------------CCAA--GC---------------AGCC--GTGT--TTCAG-----GACAGAT--TCC-A----AT---CGATCGC-----------AGACC--CGggact
gi|7 : cctcGGGCGGGTCCTGGATTTTTTTTAAAAAGGGG-GT-TGCGAATTTTTCTCATTACGAA-A--TGCAC-CG--AAT--GCC-CG--TG--CCTTC-----A-GA-G--G-CAA-GG--------GTTATT-ATAG---------G--------------C---------------C---------------CTGGC-GCCAAAGGCTCTGTGAAGGCGGCGTG---TTCAG--------AGATAATCC-A----AT---GTA-CGA-----------A-TCC--TGG-C--TT--AATT--T-TT-T-TT-----C-----T----TT----TAG-TTT-------GT-----AG-ACTTTT-CGa
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Reference ( family-225 ) : CCCCCC---CC---CCCCCGCGGTT-ACGGT--CTT-GCGGT-GT-C-TCA-T-A-GAGGAACACACANTTA-ACAAA-G-ATGGG--ATGCA----GGGGTGGATCCAGGATTATTTTNAAA--GGGG-GT-T-----------------CGAA-A--TGCAC-CG--AAT--GCC-CG--TG--CCTTC-----A-TA-G--G-CAA-GG--------G--GTT-ATGG---------A--------------C---------------C---------------CCGA--GC---------------AGCG--GTG---TTCAG-----GGCAGAT--TCC-A----AT---GGA-CGA-----------AGCCC--TGG-C--TT--AAACAAA-TT-T-AT-----G-----T----TT----TAG-TTT-------TT--TGAGG-ACTTGT-CGC---AGTGCCGTATA--CGTAA-CC-A---TG-CAGG---AATTTCCACTAAG-------GGTG-CACAAGA-CTA---AGGCGTGGGA-TCTAGGCCCC--ATG--G-ATCC-AA-G-ACT-GCTCCTGG-TA---GGGGTCCATGCATGAGG
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Reference ( family-225 ) : CCCCCC---CC---CCCCCGCGGTT-ACGG-T--CTT-GCGGT-GT-C-TCATAAGAGGAACACACANTTA-ACAAA-GA-T--GGGATGCA----GGGGTGGATCCAGGATTATTTTNAAA--GGGG-GT-T-----------------C--GAA-A-TGCAC-CG--AA--TGCC-CG--TG--CCTTC-----A-TA-G--G-CAA-GG--------G--GTT-AT--GG---------A---------------C---------------C---------------CCG-------------------AGCAG-C-G-TG---TTCAG-----GGCAGAT--TCC-A----AT---GGA-CGA-----------AGCCC--TGG-C--TT--AAACAAA-TT-T-AT-----G-----T----TT----TAG-TTT-------TT--TGAGG-ACTTGT-CGC---AGTGCCGTATA--C-TAA---------CCACGCAGGAATTTCCACTAAG-------GGTG-CACAAGA-CTA---AGGCGTGGGA-TCTAGGCCCC--ATG--G-ATCC-AA-G-ACT-GCTCCTGG-TA---GGGGTCCATGCATGAGG
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