lowQualScore : 11111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 666666666 444444 1111 555555555555555 3333333 11111 222222222222222222 1111 1 11111 11 11111 6666666666666666666666666 888888888888888888888888888 66666666666 1111 111 222222 333333 1 33333 111 11 222 00000000000000000 111 22 222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 4 0 888888888 666666 6 0 7777 88 000000000000000 8 6666666 33333 1 1 111111111111111111 4444 5 6 6 66666 6 99 6 55 6 9999 66666 0 0000000000000000000000000 1 6 000000000000000000000000000 99 1 6 00000000000 0000 555 22 0 8 77 222222 999999 7 4 1 4 4 2 22222 4 5 4 4 4 5 1 333 11 5 888 7 222 6 88888888888888888 5 5 5 000 77 4 1 5 444444444 6 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 444 8
lowQualScore : . . ......... ...... . . .... .. ............... . ....... ..... . . .................. .... . . . ..... . .. . .. . .... ..... . ......................... . . ........................... .. . . ........... .... ... .. . . .. ...... ...... . . . . . . ..... . . . . . . . ... .. . ... . ... . ................. . . . ... .. . . . ......... . . ................................................................................................ .. ... .
lowQualScore : 0 0 555555555 222222 0 8 0000 88 444444444444444 0 2222222 33333 7 7 555555555555555555 2222 0 7 7 77777 7 22 7 77 7 3333 77777 3 7777777777777777777777777 4 7 555555555555555555555555555 22 0 7 22222222222 0000 333 77 7 7 99 444444 444444 8 4 0 4 4 5 44444 4 4 4 4 0 0 4 888 99 0 000 3 999 7 00000000000000000 9 7 7 000 99 3 7 7 888888888 7 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 000 0
consensus : ATGGANGGTTATATTGGAGGAATGAAGGTGAT-G----CTACAAATATAAATGA----AACT-CGCAT-AC-AACCAA-NC--GCGCATAAAGT-TTTA-A-C-GTGAAAA---T-AATTTTACTATGAAAAA---T-ATT-TT-AG--TT----AAATTGATTTA-TAAAA-TAG-----TTT-TA--TAT-TT-A-A--A-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT----A--A--T--C----CTGAAGATATT-TAG-AAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-AGCAGTATAAG--C-GT--TCG-G-TCCGTCCTTGTAGGTGTCGGGA--TTTA----TGAT-C----AAAA-CTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGTAGACA-C-GCGCAC-TCTCNC-AC-AAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCCAGG-C-ATACCAATAA--TT-A--TAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA---G-GGAATTAACTCTCAC-ACCG--------TGAAT-GAATG-A-A-GAA-------CGAACGC----------A-AA--G---------CAA--------------TA-AAATA-----C---CA---A--TATCAATCACGAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( gi|3 ) : ATGGATAGT-ATAT----GGAAGGAAGGTGAT------CTACAAACATAAATGA----AACT-CGCAT-AC-AACC-A-CC--GCGCATAAAGT-TT---A-C-GTGAAAA---T-AATTTTACTATGAAAAA---T-ATC-TT-AG--TT----AAATTGATTGA-TAAAA-TAG-----TTT-TA--TAT-TC-A-A--A-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT----A-----T--C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-AGCAGTATAAATTTAGT--TCG-G-TCCGTATTTGTAGGTGTTGGGA--TTCA----TGAT------AAAA-CTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-A-GCGCAC-TCTCTC-AC-AAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCTAAG-G-ATACTAACAAATTTTATGTAAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA---G-TGCATTAACTCTCAC-ACCG--------TGAAT-GAATG-A-ATGAA-------TGAACGC----------A-AA--G---------CAA--------------TA-AAATA-----C---CA---A--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGT-ATATTGGAGGAATGAAGGTAGTAGAATCCTACAAATAAAAATGA----ACAT-CGCATCACCAACC-AACC--GCGCATTAAGT-TTTTAA-C-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATT-ATT-TT-AG--TT----AAAT-GATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TAT-TT-A-ACAA-TAAACTC-----TTACCAAGTC-GACAGCTTC----TT----A-----T--C----CTGA-GATATT-TAGGAA-TACTTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACAGCAGTATAAGGTTCGA--TCGTG-TCC---TTCGT-GGT-TCGGGA--TTT-----TAATTTGCTAAAAA-CTG-GTGC--GGTGTTA-AG--TAGCG-CGAACA-TTGCGCACCTCTCTC-ACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-ACACACAC-TTTGCTCTCCCAAG-GTATACCAATAAATT-------AC--CTTCTCTCT-CTC-AAA---GAGGCAATAACTCTCACCACCG--------TGAAT-GAATG-ACATGAAGACATGATGAACGC----------ACAA--GGCACAAATACAAAT------------TA-GAATA-----C---CCTCCG--TATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|2 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgATGGATAATTATAT----G-----AAGGTGATTAT---CTACAAATATATATGA----AAC-----AT-----------------GCACAAAGTATT---AAT-GTGAAAA---T-AATTT-ACAGTGAAAAA---TTATT-TTTAA--TT----AA-TTGATTTA-TAAAA-TAG-----TTT-TA--TATATA-A-A--A-TAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAG-TT-----TT----AGCAAAT--C----AAGAAGATATT-T------TAACA---G-AAC-AAT---TAA-TGCTG--TGA-AGCAGTATGA---------TCC-G-TCTGTCCTTTTAGGTGTCGGTA--TTTACAA-TGAT------AAAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAA-A-C-GTGCAC-TCTCAC--C-AAAACAAGAA-AAAC-GG---TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACCAGG-C-ATA---ACCAATATTG-ATAATGGCTACTCTCT-ATC-AAATAAG--GAATTAACTTTCAC-ACCA--------TGAAT-GAATG-A----AA-------CCAAGGC----------A-AATTG---------TGA---------------A-AAGTA-----C---AA---A----------ATTAAAATAC---CTC-TCCta
gi|8 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatGGAGGTGAT------CTACAAATATAAATGA----AACT-TGCAT-AC-AACCAA-AC--ACGCATAAAGT-TTTA-A-C-GTGAAAA---T-AATTTTACTATGAAAAA---T--TA-TT-----TT----AAATTGATTTA-TAGAA-TAG-----TTT-TA--TAT-TTAA-A--A-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----aataatcacaatgat
gi|4 : atGGTGAT------CTACAAATAT-AATGAAATTAACT-CACGT-AC-GTTCAA-CA--GCGCACAAAGT-TTTA-A-C-TTGAAAG---G-AATTTTATT--------------TC-TT-CATTTT----AAATTGATTTA-CAAAT-CAGGTTTTTTT-TATTTAT-TT-ACA--G-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAAA-----T--C----CAGAAGATTTT-T---CAATA--ATTTGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-AGCAG-ATATGTTCAGG--TCG-G-TCT---CTTG-AAGCGTCAGGA--ATTT----TAATACAA--AAAA-CAG-GTGCGTAATATCA-AAGTTcaaatataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|10 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtAAATGA----AACTTCGCAT--C-AACC-A-ACTTGCGCATAAAGT-TA---A-CAGT-AAAA---T-AATTTTACTATGAAAAA---T-ATCTTT-AG--TCTTAAAAAATGATTTATTAAAA-TAG-----ATT-AG--T-T-TA-A-A--A-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT----tataaagtgctactagacatgcaggccactatc
gi|5 : cgatatggtaatagagagcgttgactcaaaaA---T-AGTTTCATTACTAAA-----T-ACT-TT-AG--TT----AAATTGATTTA-AAAAA-TAG-----TTT-TA--TAT-TT-A-A--AATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT----A-----TATC----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAATG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-AGCAGTATAAA----GT--TCG-G-TCCGTCTTTGTAGGTGTCGGGA--TTCA----TAATGCT---AAAA-CTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-T-GCGCAC-TCTCTC-AC-AAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-ACACAC-C-CTTACCCTCCCAAG-C-ATATCAATA---TTAAT---AC--CTTCTCTCT-ATC-AAA---G-GGCATTAACTCTCAC-ACTGNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-N-NNNNN-------NNNNCGC----------A-AA--G---------CAATGAAAAATACAAATTA-AAATA-----C---CT---A--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACA
gi|16 : ggaagcAGGGAGACATCTT-----CT----AATAG-T--CAATGCTGAAGATATTCTAGAAA----CATTTG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-AGCAGTAT-GGT---GT--TC--G-TCCGTgatac
gi|6 : AGA-ATT-TAG---ATAATACTTG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-A-CA-TATTA---TAGTGTTCG-TCTCCGTCCTTTTAGGTGT--GGA--TTTACCAATGAA------AAAA-CTGCGTGCATGAT--TA-ACGTTAGCGGTAGA-A-T-GCTCAC-TCTCTCCAC-AAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCTA-A-ACACAC-CGCTTGTTCCC---AGCC-ATACCAA-------TAT-TAGC--CTTCTCTCTAATC-AAA---G--GCA--AACTATCAT-TCAA--------TGAATAAAAAG-A-A--AA-------TGAACG----------------------------AA--------------TG-AAAGG-----C---CA---ATTTGTGAA-AAAAAAAATAC---TTA-cctttaaaggaatgtggg
gi|12 : tgCGCATTTAAAGGTTTTGGACCTTTCAA---TGGT------AGAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTTTGCGTCAGATC-T-TTGCTC-TCGCTT-AC-GAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-ACACAC-T-CT--CTCTCcaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : tagttttctcataTAGGTGTCGGGA--TGTA----TAATGCTA--AAAA-CTG-GTGCATGGTGTTA-AA
gi|7 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaatataaggttcaaccgtcctgtA----TGAT------AAAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAAC----GTGCAC-TCTCAC-AC-AAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACCAGG-C-ATACCAATA---TTGA--TAATGGCTACTCTCT-ATCAAAA---G-GAAATTAACTTTCAC-ACCA--------TGAAT-GAATG-A----AA-------CCAAGGCCAAATTGTGAA-AA--GTA-------CAAAT------------TA-AAATACCTCTC---CA---A--T---AATCACAATGATA
gi|18 : A----TGAT------AAAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCTAACAGTAAAC----GTGCAC--CTCAC-AC-AAAAa
gi|9 : AGTCAGCGTTAGACATC-GCGCAC-TCTTAC-AC-AAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACACACAG-T-CTTGCTCTCCCAGG-T-ATACAAATAA--------TAAC---TACTCG-T-ATC-AAA---G-GGAATTAACTCTCAT-ACCA--------TGAAT-GAATGAA-ACGA---------GAATG-----------A-AA--A---------TAA--------------CATGAACA-----CAAGCA---A--T-TCA---ATGAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
gi|14 : aacCA-T-GCGCAC-TCTCAC-AC-AAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-CCACAC-C-CTTGCTCTCCCGGG-T-ATACTAATAA--------TAG---CTACACTCT-ATC-AAA---G-GGAATTAACTCTCAT-ACtata
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG
Alignments
lowQualScore : 2 4444 22222 444 1111 222 1111 11111 222 1111 11111 11 11111 222222222222 111 1111 3333333333333333333333333333 333333 22222222 33333 11111 111 333333333333333 222222222 11111 22222222 888888888888888888888888888888888888888 222222222 111 11 111
lowQualScore : 11 3 4444 3 00000 111 4444 6 000 4444 6 3 6 00000 0 1 111 5 5 77 1 2222 1 888 44444 5 77 5 66 33 5 44444 888888888888 000 4444 5 0000000000000000000000000000 77 5 5 777777 8888 5 5 55 0 5 33333333 66666 4 4 0 00000 4 1 4 4 1 4 5 222 66 4 4 666 5 5 999999999999999 1 5 5 66 5 0 5 222222222 44444 88888888 77 444444444444444444444444444444444444444 5 444444444 555 2 22 444 8
lowQualScore : .. . .... . ..... ... .... . ... .... . . . ..... . . ... . . .. . .... . ... ..... . .. . .. .. . ..... ............ ... .... . ............................ .. . . ...... .... . . .. . . ........ ..... . . . ..... . . . . . . . ... .. . . ... . . ............... . . . .. . . . ......... ..... ........ .. ....................................... . ......... ... . .. ... .
lowQualScore : 77 7 0000 0 00000 000 2222 7 777 2222 7 2 7 11111 1 4 444 7 7 99 4 1111 7 333 33333 7 99 7 33 66 7 33333 999999999999 000 2222 7 7777777777777777777777777777 99 7 7 111111 5555 0 0 77 2 0 11111111 11111 0 0 9 44444 0 0 0 0 0 4 7 222 11 4 4 000 0 0 222222222222222 0 0 0 99 0 4 0 999999999 33333 33333333 99 444444444444444444444444444444444444444 7 333333333 000 5 77 000 0
consensus : ATGGATAGT-ATAT----GGAATGAAGGT-----GAT---CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-A-CAACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT---A----TGAT--A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTCNC-A-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCAT-ACCAATAA---TTA--TAAC--CTNCTCTCTA-TC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----AC--GAACGC----------A-AA--G---CAA--------------TA-AAATA-----C---CAAT--ATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( family-2226 ) : ATGGANGGTTATATTGGAGGAATGAAGGT-----GATG--CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-A-CAACCAANC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGC---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT---A----TGAT--C--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGTAGACA-CGCGCA-CTCTCNC-A-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCAT-ACCAATAA---TTA--TAAC--CTNCTCTCTA-TC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----AC--GAACGC----------A-AA--G---CAA--------------TA-AAATA-----C---CAAT--ATCAATCACGAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGT-ATATTGGAGGAATGAAGGTAGTAGAATC--CTACAAATAAAAATGAAC----AT-CGCATCACCAACCAACC-GCGCATTAAGTTTTTAAC-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATTA-T-T--TTAGTT----AAA-TGATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TAT-TT-AACAA-TAAACTC-----TTACCAAGT-CGACAGCTT-----CT---T-AT---C----CTG-AGATATT-TA-GGAATACTTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACA-GCAGTATAAG----GTTC-GA-TCGTGTC-CTTCGT-GGT-TCGGGATTTT---AATT-TGCT--A--AAAACTG-GTGC--GGTGTTA-AG--TAGC-GCGAACATTGCGCACCTCTCTC-ACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-A-CACACAC-TTTGCTCTCCCAAGGTAT-ACCAATAA-----A--TTAC--CTTCTCTCTC-TC-AA--AGAGGCAATAACTCTCACCACCG---------TGAATGAATGACATGAA-GACATGAT--GAACGC----------ACAA--GGCACAAATACAAAT------TA-GAATA-----CCCTCCGT--ATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|10 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgAAATGAAA----CTTCGCAT---CAACCAACTTGCGCATAAAG-TT--AACAGT-AAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-TCT--TTAGTCTTAAAAAATGATTTATT-AAAATAG-----ATT-AG--T-T-TA-A--AA-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT---ta
gi|12 : cgatatggtaatagagagcgttgactcaaaaAGGTTTTGGAC-CTTTCAA----TGGT--A--GAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTTTGCGTCAGATC-TTTGCT-CTCGCTT-A-CGAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-A-CACAC-T-CT--CTCTC
gi|14 : tagttttctcatacgcatttaaCA-TGCGCA-CTCTCAC-A-CAAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-C-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-GGGTAT-ACTAATAA---T------AG--CTACACTCTA-TC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-TAC
gi|16 : AGGGAGACATCTT-----CT---A-ATAGTCAATGCTGAAGATATTCTA-GAAACA---TTTG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-A-GCAGTAT-GGT---GTTC--G-TC-CGTC-CTT-
gi|18 : ---A----TGAT--A--AAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCTAACAGTAA--A-CGTGCA-C-CTCAC-A-CAAAAtaaaggaatgtggg
gi|2 : ATGGATAATTATAT---------GAAGGT-----GATTATCTACAAATATATATGAAA----C-----AT---------------GCACAAAG-TATTAAT-GTGAAAA--T--AA-TTTACAGTGAAAAAT--TATT-T--TTAATT-----AATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATATA-A--AA-TAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAGTTTTAG--CA---A-AT---C----AAGAAGATATT-T------TAACA---G-AAC-AAT---T-AATGCTG--TGA-A-GCAGTATGA-------TC-CG-TC-TGTC-CTT-TTAGGTGTCGGTA-TTTACAA----TGAT--A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAA-A-CGTGCA-CTCTCAC---CAAAACAAGAA-AAA-CGG---TCT--A-A-CACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATAACCAATAT---TGA--TAATGGCTACTCTCTA-TC-AAATAA-GGAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----AC--CAAGGC----------A-AATTG---TGA---------------A-AAGTA-----C---AAA---ATTAA
gi|3 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatATGGATAGT-ATAT----GGAAGGAAGGT-----GAT---CTACAAACATAAATGAAA----CT-CGCAT-A-CAACCA-CC-GCGCATAAAG-TTT--AC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-C--TTAGTT----AAATTGATTGA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TC-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT-----AT---C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAATTTAGTTC-GG-TC-CGTA-TTT-GTAGGTGTTGGGA-TTC---A----TGAT-----AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-AGCGCA-CTCTCTC-A-CAAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCT-AAGGAT-ACTAACAAATTTTATGTAAC--CTTCTCTCTA-TC-AA--AG-TGCATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAATGA----AT--GAACGC----------A-AA--G---CAA--------------TA-AAATA-----C---CAAT--ATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACAaatacctctccaataatcacaatgat
gi|4 : GGT-----GAT---CTACAAATATAA-TGAAATTAACT-CACGT-A-CGTTCAACA-GCGCACAAAG-TTTTAAC-TTGAAAG--G--AATTTTATT-----------TC-T-TCATT--TT----AAATTGATTTA-C-AAATCAGGTTTTTTT-TATTTAT-TT-AC-AG-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAA-AT---C----CAGAAGATTTT-T---CAATAAT--TTGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-A-GCAG-ATA--T---GTTCAGG-TC-GGTCTCTT-G-AAGCGTCAGGA-ATT---T----TAATA-CAAAAAACAG-GTGCGTAATATCA-AAGTT
gi|5 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtA--T--AGTTTCATTACTAAA-----TA-C-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-A-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AAATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT---ATAT---C----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAATG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAA----GTTC-GG-TC-CGTC-TTT-GTAGGTGTCGGGA-TTC---A----TAATGCT--AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-TGCGCA-CTCTCTC-A-CAAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-A-CACAC-C-CTTACCCTCCC-AAGCAT-ATCAAT-A---TTA--ATAC--CTTCTCTCTA-TC-AA--AG-GGCATTAACTCTCA-CACTGNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NN----NN--NNNCGC----------A-AA--G---CAATGAAAAATACAAATTA-AAATA-----C---CTAT--ATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACAtataaagtgctactagacatgcaggccactatc
gi|6 : ggaagcAGA-ATT-TA-GA--TAATACTTG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-ACATATTATA-GT---GTTC-GTCTC-CGTC-CTT-TTAGGTGT--GGA-TTT---ACCAATGA---A--AAAACTGCGTGCATG--ATTA-ACGTTAGCGGTAGA-A-TGCTCA-CTCTCTCCA-CAAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCT--A-AACACAC-CGCTTGTTC--CC-AGCCAT-ACCAATA-----T---TAGC--CTTCTCTCTAATC-AA--AG-GCAA---ACTATCA-TTCAA---------TGAATAA-----AAAGA-AA----AT--GAACG----------------------AA--------------TG-AAAGG-----C---CAATTTGTGAA-AAAAAAAATAC---TTA-gatac
gi|7 : tg---A----TGAT--A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAA--A-CGTGCA-CTCTCAC-A-CAAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-A-CACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCAT-ACCAATAT---TGA--TAATGGCTACTCTCTA-TCAAA--AG-GAAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----AC--CAAGGCCAAATTGTGAA-AA--GTA-CAAAT------------TA-AAATACCTCTC---CAAT-----AATCACAATGATAcaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : ATGGAGGT-----GAT---CTACAAATATAAATGAAA----CT-TGCAT-A-CAACCAAAC-ACGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAAT--TA-T-T------TT----AAATTGATTTA-T-AGAATAG-----TTT-TA--TAT-TTAA--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CA---A-AT---a
gi|8 : TATAAG----GTTC-AA--C-CGTC-CTG-TTAGGTGTCGGGA-TGT---A----TAATG-CTAAAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|9 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaaAGTCAGCGTTAGACATCGCGCA-CTCTTAC-A-CAAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACA-CACAG-T-CTTGCTCTCCC-AGGTAT-ACAAATAA---T-----AAC---TACTCG-TA-TC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-TACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACGAGAATG-----------A-AA--A---TAA--------------CATGAACA-----CAAGCAAT---TCAAT---GAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 1111 333333 1111 1111 11111 111 1111 11111 11 1 11111 222222222222 111 1111 222222222222222222222222222 222222 22222222 111111 11111 111 11 3333333333333333 222222222 11111 22222222 11111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 1 111
lowQualScore : 3 0000000 4444 000000 1 3 4444 6 4444 9999 6 3 6 00000 0 0 1 555 5 5 77 77 2222 1 888 44444 5 77 5 33 1 44444 888888888888 000 4444 5 555555555555555555555555555 77 5 5 999999 8888 5 5 55 0 5 33333333 666666 4 4 0 00000 4 55 4 1 4 0 222 00 4 666 5 5 6666666666666666 1 5 5 66 5 5 222222222 44444 88888888 77 11111111111111111111111111111111111111111111111 5 888888888 77 4 0 0 11 444 8
lowQualScore : . ....... .... ...... . . .... . .... .... . . . ..... . . . ... . . .. .. .... . ... ..... . .. . .. . ..... ............ ... .... . ........................... .. . . ...... .... . . .. . . ........ ...... . . . ..... . .. . . . . ... .. . ... . . ................ . . . .. . . ......... ..... ........ .. ............................................... . ......... .. . . . .. ... .
lowQualScore : 2 0000000 2222 888888 7 5 2222 7 8888 2222 7 2 7 11111 1 1 4 777 7 7 99 11 1111 7 333 33333 7 99 7 66 4 33333 999999999999 000 2222 7 999999999999999999999999999 99 7 7 666666 5555 0 0 77 2 0 11111111 999999 0 0 9 44444 0 00 0 0 4 1 222 66 4 000 0 0 4444444444444444 0 0 0 99 0 0 999999999 33333 33333333 99 44444444444444444444444444444444444444444444444 7 666666666 99 1 7 7 99 000 0
consensus : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATAA---T-A--TAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----AC--GAACGC----------A-AA-----------G---CAAA-------------TA-AAATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( family-2226 ) : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATAA---TTA--TAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----AC--GAACGC----------A-AA-----------G---CAA--------------TA-AAATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGTATATTGGAGG-AATGAAGG----TAGTAGAATCCTACAAATAAAAATGAAC----AT-CGCATCACCAACCAACC-GCGCATTAAGTTTTTAAC-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATT-AT-T--TT-AGTT----AAA-TGATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TATTT-AACAA-TAAACTC-----TTACCAAGT-CGACAGCTT-----CT---T-AT---C----CTG-AGATATT-TA-GGAATACTTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACA-GCAGTATAAG----GTTC-GA-TCGTGTC-CTTCGT-GGT-TCGGGATTTT----AATTTGCT---A--AAAACTG-GTGC--GGTGTTA-AG--TAGC-GCGAACATTGCGCACCTCTC-TCACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-ACACACAC-TTTGCTCTCCCAAGGTATA-CCAATAA-----A--TTAC--CTTCTCTCT-CTC-AAA--GAGGCAATAACTCTCACCACCG---------TGAATGAATGACATGAA-GACATGAT--GAACGC----------ACAA-----------GGCACAAATACAAAT------TA-GAATA-----CCCTCCG--TATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|10 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgATAT----GGTAATAGAGAGCGTTGA-------CT-CAAA-A-AAATGAAA----CTTCGCAT--C-AACCAACTTGCGCATAAAG-TT--AACAGT-AAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-ATCT--TT-AGTCTTAAAAAATGATTTATT-AAAATAG-----ATT-AG--T-TTA-A--AA-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT---ta
gi|12 : cgAGGTTTTGGAC-CTTTCA-A---TGGT---A--GAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTTTGCGTCAGATC-TTTGCT-CTCGC-TTA-CGAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-ACACAC-T-CT--CTCTC
gi|14 : tagttttctcatacgcatttaaCA-TGCGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-CCACAC-C-CTTGCTCTCCC-GGGTATA-CTAATAA---T------AG--CTACACTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TAC
gi|16 : AGGGAGACATCTT-----CT---A-ATAGTCAATGCTGAAGATATTCTA-GAAACA---TTTG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-A-GCAGTAT-GGT---GTTC--G-TC-CGTC-CTT-
gi|18 : ----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCTAACAGTAA--A-CGTGCA-C-CTC-ACA-CAAAAtaaaggaatgtggg
gi|2 : ATGGATAAT-TAT--------ATGAAGG----TGATTAT---CTACAAATATATATGAAA----C-----AT---------------GCACAAAG-TATTAAT-GTGAAAA--T--AATTT-ACAGTGAAAAA---TTAT-T--TTTAATT----AA-TTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATAT-A--AAATAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAGTTTTAG--CA---A-AT---C----AAGAAGATATT-T------TAACA---G-AAC-AAT---TAA-TGCTG--TGA-A-GCAGTATGA-------TC-CG-TC-TGTC-CTT-TTAGGTGTCGGTA-TTT----ACAATGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAA-A-CGTGCA-CTCTC-AC--CAAAACAAGAA-AAAC-GG---TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATAACCAATAT---TGA--TAATGGCTACTCTCT-ATC-AAATAA-GGAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGAA-------AC--CAAGGC----------A-AATTGTGAAAAGTA---CAAAAT-----------TA-AAATACCTCTC---CAA--T---AATCACAA
gi|3 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatATGGATAGTATAT----GG-AAGGAAGG----TGAT------CTACAAACATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCA-CC-GCGCATAAAG-TTT--AC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-C--TT-AGTT----AAATTGATTGA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTC-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT-----AT---C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAATTTAGTTC-GG-TC-CGTA-TTT-GTAGGTGTTGGGA-TTC----A---TGAT------AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-AGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCT-AAGGATA-CTAACAAATTTTATGTAAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-TGCATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAATGA----AT--GAACGC----------A-AA-----------G---CAA--------------TA-AAATA-----C---CAA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACAtgat
gi|4 : GG----TGAT------CTACAAATATAA-TGAAATTAACT-CACGT-AC-GTTCAACA-GCGCACAAAG-TTTTAAC-TTGAAAG--G--AATTTTATT-----------T-CT-TCATT---TT----AAATTGATTTA-C-AAATCAGGTTTTTTT-TATTTATTT-AC-AG-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAA-AT---C----CAGAAGATTTT-T---CAATAAT--TTGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-A-GCAG-ATA--T---GTTCAGG-TC-GGTCTCTT-G-AAGCGTCAGGA-ATT----T---TAATACAA--AAAACAG-GTGCGTAATATCA-AAGTT
gi|5 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtA--T--AGTTTCATTACTAAA-----T-AC-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-A-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AAATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT---ATAT---C----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAATG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAA----GTTC-GG-TC-CGTC-TTT-GTAGGTGTCGGGA-TTC----A---TAAT---GCTAAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-TGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-ACACAC-C-CTTACCCTCCC-AAGCATA-TCAAT-A---TTA--ATAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-GGCATTAACTCTCA-CACTGNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NN----NN--NNNCGC----------A-AA-----------G---CAATGAAAAATACAAATTA-AAATA-----C---CTA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACAtataaagtgctactagacatgcaggccactatc
gi|6 : ggaagcAGA-ATT-TA-GA--TAATACTTG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-ACATATTATA-GT---GTTC-GTCTC-CGTC-CTT-TTAGGTGT--GGA-TTTACCAA---TGA----A--AAAACTGCGTGCATG--ATTA-ACGTTAGCGGTAGA-A-TGCTCA-CTCTCTCCA-CAAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCTA-A-ACACAC-CGCTTG--TTCCC-AGCCATA-CCAAT-A---T----TAGC--CTTCTCTCTAATC-AAA--G-GCA---AACTATCA-TTCAA---------TGAATAA-----AAAGA-AA----AT--GAACG-------------------------------AA--------------TG-AAAGG-----C---CAATTTGTGAA-AAAAAAAATAC---TTA-gatac
gi|7 : tg----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAA--A-CGTGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATA-CCAATAT---TGA--TAATGGCTACTCTCT-ATCAAAA--G-GAAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----AC--CAAGGCCAAATTGTGAA-AA-----------GTA-CAAAT------------TA-AAATACCTCTC---CAA--T---AATCACAATGATAcaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : ATGGAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-TGCAT-AC-AACCAAAC-ACGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAAT--T-AT-T-------TT----AAATTGATTTA-T-AGAATAG-----TTT-TA--TATTTAA--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CA---A-AT---a
gi|8 : TATAAG----GTTC-AA--C-CGTC-CTG-TTAGGTGTCGGGA-TGT----A---TAATGCTA--AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|9 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaaAGTCAGCGTTAGACATCGCGCA-CTCTT-ACA-CAAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACACACAG-T-CTTGCTCTCCC-AGGTATA-CAAATAA---T-----AAC---TACTCG-T-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACGAGAATG-----------A-AA-----------A---TAA--------------CATGAACA-----CAAGCAA--T-TCAAT---GAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 1111 333333 1111 1111 11111 111 1111 11111 11 1 11111 222222222222 111 1111 222222222222222222222222222 222222 22222222 111111 11111 111 11 3333333333333333 222222222 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333 1 111
lowQualScore : 3 0000000 4444 000000 1 3 4444 6 4444 9999 6 3 6 00000 0 0 1 555 5 5 77 77 2222 1 888 44444 5 77 5 33 1 44444 888888888888 000 4444 5 555555555555555555555555555 77 5 5 999999 8888 5 5 55 0 5 33333333 666666 4 4 0 00000 4 55 4 1 4 0 222 00 4 666 5 5 8888888888888888 1 5 5 66 5 5 222222222 44444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 888888888 77 4 0 0 11 444 8
lowQualScore : . ....... .... ...... . . .... . .... .... . . . ..... . . . ... . . .. .. .... . ... ..... . .. . .. . ..... ............ ... .... . ........................... .. . . ...... .... . . .. . . ........ ...... . . . ..... . .. . . . . ... .. . ... . . ................ . . . .. . . ......... ..... .............................................................. .... ......... .. . . . .. ... .
lowQualScore : 2 0000000 2222 888888 7 5 2222 7 8888 2222 7 2 7 11111 1 1 4 777 7 7 99 11 1111 7 333 33333 7 99 7 66 4 33333 999999999999 000 2222 7 999999999999999999999999999 99 7 7 666666 5555 0 0 77 2 0 11111111 999999 0 0 9 44444 0 00 0 0 4 1 222 66 4 000 0 0 0000000000000000 0 0 0 99 0 0 999999999 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 666666666 99 1 7 7 99 000 0
consensus : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATA------AT-ATAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( family-2226 ) : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATA------AT-ATAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGTATATTGGAGG-AATGAAGG----TAGTAGAATCCTACAAATAAAAATGAAC----AT-CGCATCACCAACCAACC-GCGCATTAAGTTTTTAAC-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATT-AT-T--TT-AGTT----AAA-TGATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TATTT-AACAA-TAAACTC-----TTACCAAGT-CGACAGCTT-----CT---T-AT---C----CTG-AGATATT-TA-GGAATACTTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACA-GCAGTATAAG----GTTC-GA-TCGTGTC-CTTCGT-GGT-TCGGGATTTT----AATTTGCT---A--AAAACTG-GTGC--GGTGTTA-AG--TAGC-GCGAACATTGCGCACCTCTC-TCACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-ACACACAC-TTTGCTCTCCCAAGGTATA-CCAATA------A--ATTAC--CTTCTCTCT-CTC-AAA--GAGGCAATAACTCTCACCACCG---------TGAATGAATGACATGAA-GACATGATGAACGC----------ACAA-----------GGCACAA--ATACAAAT----TAG----AATA-----CCCTCCG--TATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|10 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgATAT----GGTAATAGAGAGCGTTGA-------CT-CAAA-A-AAATGAAA----CTTCGCAT--C-AACCAACTTGCGCATAAAG-TT--AACAGT-AAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-ATCT--TT-AGTCTTAAAAAATGATTTATT-AAAATAG-----ATT-AG--T-TTA-A--AA-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT---ta
gi|12 : cgAGGTTTTGGAC-CTTTCA-A---TGGT---A--GAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTTTGCGTCAGATC-TTTGCT-CTCGC-TTA-CGAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-ACACAC-T-CT--CTCTC
gi|14 : tagttttctcatacgcatttaaCA-TGCGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-CCACAC-C-CTTGCTCTCCC-GGGTATA-CTAATA------AT----AG--CTACACTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TAC
gi|16 : AGGGAGACATCTT-----CT---A-ATAGTCAATGCTGAAGATATTCTA-GAAACA---TTTG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-A-GCAGTAT-GGT---GTTC--G-TC-CGTC-CTT-
gi|18 : ----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCTAACAGTAA--A-CGTGCA-C-CTC-ACA-CAAAAtaaaggaatgtggg
gi|2 : ATGGATAAT-TAT--------ATGAAGG----TGATTAT---CTACAAATATATATGAAA----C-----AT---------------GCACAAAG-TATTAAT-GTGAAAA--T--AATTT-ACAGTGAAAAA---TTAT-T--TTTAATT----AA-TTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATAT-A--AAATAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAGTTTTAG--CA---A-AT---C----AAGAAGATATT-T------TAACA---G-AAC-AAT---TAA-TGCTG--TGA-A-GCAGTATGA-------TC-CG-TC-TGTC-CTT-TTAGGTGTCGGTA-TTT----ACAATGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAA-A-CGTGCA-CTCTC-AC--CAAAACAAGAA-AAAC-GG---TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATAACCAATA------TTGATAATGGCTACTCTCT-ATC-AAATAA-GGAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGAA-------ACCAAGGC----------A-AATTGTGAAAAGTA---CAA--AAT---------TAA----AATACCTCTC---CAA--T---AATCACAA
gi|3 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatATGGATAGTATAT----GG-AAGGAAGG----TGAT------CTACAAACATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCA-CC-GCGCATAAAG-TTT--AC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-C--TT-AGTT----AAATTGATTGA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTC-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT-----AT---C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAATTTAGTTC-GG-TC-CGTA-TTT-GTAGGTGTTGGGA-TTC----A---TGAT------AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-AGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCT-AAGGATA-CTAACAAATTTTAT-GTAAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-TGCATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAATGA----ATGAACGC----------A-AA-----------G---C-A--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACAtgat
gi|4 : GG----TGAT------CTACAAATATAA-TGAAATTAACT-CACGT-AC-GTTCAACA-GCGCACAAAG-TTTTAAC-TTGAAAG--G--AATTTTATT-----------T-CT-TCATT---TT----AAATTGATTTA-C-AAATCAGGTTTTTTT-TATTTATTT-AC-AG-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAA-AT---C----CAGAAGATTTT-T---CAATAAT--TTGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-A-GCAG-ATA--T---GTTCAGG-TC-GGTCTCTT-G-AAGCGTCAGGA-ATT----T---TAATACAA--AAAACAG-GTGCGTAATATCA-AAGTT
gi|5 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtA--T--AGTTTCATTACTAAA-----T-AC-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-A-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AAATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT---ATAT---C----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAATG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAA----GTTC-GG-TC-CGTC-TTT-GTAGGTGTCGGGA-TTC----A---TAAT---GCTAAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-TGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-ACACAC-C-CTTACCCTCCC-AAGCATA-TCAATA------TT-AATAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-GGCATTAACTCTCA-CACTGNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NN----NNNNNCGC----------A-AA-----------G---CAATGAAAAATACAAATTAA----AATA-----C---CTA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACAtataaagtgctactagacatgcaggccactatc
gi|6 : ggaagcAGA-ATT-TA-GA--TAATACTTG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-ACATATTATA-GT---GTTC-GTCTC-CGTC-CTT-TTAGGTGT--GGA-TTTACCAA---TGA----A--AAAACTGCGTGCATG--ATTA-ACGTTAGCGGTAGA-A-TGCTCA-CTCTCTCCA-CAAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCTA-A-ACACAC-CGCTTG--TTCCC-AGCCATA-CCAAT-------AT--TAGC--CTTCTCTCTAATC-AAA--G-GCA---AACTATCA-TTCAA---------TGAATAA-----A--AA-GA----A--AATG--------------A-----------A---CGA--A-----------TGA----AAGG-----C---CAATTTGTGAA-AAAAAAAATAC---TTA-gatac
gi|7 : tg----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAA--A-CGTGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATA-CCAATA------TTGATAATGGCTACTCTCT-ATCAAAA--G-GAAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACCAAGGCCAAATTGTGAA-AA-----------GTA-CAA--AT----------TAA----AATACCTCTC---CAA--T---AATCACAATGATAcaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : ATGGAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-TGCAT-AC-AACCAAAC-ACGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAAT--T-AT-T-------TT----AAATTGATTTA-T-AGAATAG-----TTT-TA--TATTTAA--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CA---A-AT---a
gi|8 : TATAAG----GTTC-AA--C-CGTC-CTG-TTAGGTGTCGGGA-TGT----A---TAATGCTA--AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|9 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaaAGTCAGCGTTAGACATCGCGCA-CTCTT-ACA-CAAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACACACAG-T-CTTGCTCTCCC-AGGTATA-CAAATA------AT-A--AC---TACTCG-T-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACGAG-------------A-AT-----------G---AAA--A-----------TAACATGAACA-----CAAGCAA--T-TCAAT---GAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 1111 333333 1111 1111 11111 111 1111 11111 11 1 11111 222222222222 111 1111 222222222222222222222222222 222222 22222222 111111 11111 111 11 3333333333333333 222222222 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333 1 111
lowQualScore : 3 0000000 4444 000000 1 3 4444 6 4444 9999 6 3 6 00000 0 0 1 555 5 5 77 77 2222 1 888 44444 5 77 5 33 1 44444 888888888888 000 4444 5 555555555555555555555555555 77 5 5 999999 8888 5 5 55 0 5 33333333 666666 4 4 0 00000 4 55 4 1 4 0 222 00 4 666 5 5 8888888888888888 1 5 5 66 5 5 222222222 44444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 888888888 77 4 0 0 11 444 8
lowQualScore : . ....... .... ...... . . .... . .... .... . . . ..... . . . ... . . .. .. .... . ... ..... . .. . .. . ..... ............ ... .... . ........................... .. . . ...... .... . . .. . . ........ ...... . . . ..... . .. . . . . ... .. . ... . . ................ . . . .. . . ......... ..... .............................................................. .... ......... .. . . . .. ... .
lowQualScore : 2 0000000 2222 888888 7 5 2222 7 8888 2222 7 2 7 11111 1 1 4 777 7 7 99 11 1111 7 333 33333 7 99 7 66 4 33333 999999999999 000 2222 7 999999999999999999999999999 99 7 7 666666 5555 0 0 77 2 0 11111111 999999 0 0 9 44444 0 00 0 0 4 1 222 66 4 000 0 0 0000000000000000 0 0 0 99 0 0 999999999 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 666666666 99 1 7 7 99 000 0
consensus : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATA------AT-ATAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( family-2226 ) : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATA------AT-ATAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGTATATTGGAGG-AATGAAGG----TAGTAGAATCCTACAAATAAAAATGAAC----AT-CGCATCACCAACCAACC-GCGCATTAAGTTTTTAAC-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATT-AT-T--TT-AGTT----AAA-TGATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TATTT-AACAA-TAAACTC-----TTACCAAGT-CGACAGCTT-----CT---T-AT---C----CTG-AGATATT-TA-GGAATACTTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACA-GCAGTATAAG----GTTC-GA-TCGTGTC-CTTCGT-GGT-TCGGGATTTT----AATTTGCT---A--AAAACTG-GTGC--GGTGTTA-AG--TAGC-GCGAACATTGCGCACCTCTC-TCACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-ACACACAC-TTTGCTCTCCCAAGGTATA-CCAATA------A--ATTAC--CTTCTCTCT-CTC-AAA--GAGGCAATAACTCTCACCACCG---------TGAATGAATGACATGAA-GACATGATGAACGC----------ACAA-----------GGCACAA--ATACAAAT----TAG----AATA-----CCCTCCG--TATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|10 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgATAT----GGTAATAGAGAGCGTTGA-------CT-CAAA-A-AAATGAAA----CTTCGCAT--C-AACCAACTTGCGCATAAAG-TT--AACAGT-AAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-ATCT--TT-AGTCTTAAAAAATGATTTATT-AAAATAG-----ATT-AG--T-TTA-A--AA-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT---ta
gi|12 : cgAGGTTTTGGAC-CTTTCA-A---TGGT---A--GAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTTTGCGTCAGATC-TTTGCT-CTCGC-TTA-CGAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-ACACAC-T-CT--CTCTC
gi|14 : tagttttctcatacgcatttaaCA-TGCGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-CCACAC-C-CTTGCTCTCCC-GGGTATA-CTAATA------AT----AG--CTACACTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TAC
gi|16 : AGGGAGACATCTT-----CT---A-ATAGTCAATGCTGAAGATATTCTA-GAAACA---TTTG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-A-GCAGTAT-GGT---GTTC--G-TC-CGTC-CTT-
gi|18 : ----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCTAACAGTAA--A-CGTGCA-C-CTC-ACA-CAAAAtaaaggaatgtggg
gi|2 : ATGGATAAT-TAT--------ATGAAGG----TGATTAT---CTACAAATATATATGAAA----C-----AT---------------GCACAAAG-TATTAAT-GTGAAAA--T--AATTT-ACAGTGAAAAA---TTAT-T--TTTAATT----AA-TTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATAT-A--AAATAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAGTTTTAG--CA---A-AT---C----AAGAAGATATT-T------TAACA---G-AAC-AAT---TAA-TGCTG--TGA-A-GCAGTATGA-------TC-CG-TC-TGTC-CTT-TTAGGTGTCGGTA-TTT----ACAATGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAAA-A-CGTGCA-CTCTC-AC--CAAAACAAGAA-AAAC-GG---TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATAACCAATA------TTGATAATGGCTACTCTCT-ATC-AAATAA-GGAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGAA-------ACCAAGGC----------A-AATTGTGAAAAGTA---CAA--AAT---------TAA----AATACCTCTC---CAA--T---AATCACAA
gi|3 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatATGGATAGTATAT----GG-AAGGAAGG----TGAT------CTACAAACATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCA-CC-GCGCATAAAG-TTT--AC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-C--TT-AGTT----AAATTGATTGA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTC-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT-----AT---C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAATTTAGTTC-GG-TC-CGTA-TTT-GTAGGTGTTGGGA-TTC----A---TGAT------AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-AGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCT-AAGGATA-CTAACAAATTTTAT-GTAAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-TGCATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAATGA----ATGAACGC----------A-AA-----------G---C-A--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACAtgat
gi|4 : GG----TGAT------CTACAAATATAA-TGAAATTAACT-CACGT-AC-GTTCAACA-GCGCACAAAG-TTTTAAC-TTGAAAG--G--AATTTTATT-----------T-CT-TCATT---TT----AAATTGATTTA-C-AAATCAGGTTTTTTT-TATTTATTT-AC-AG-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAA-AT---C----CAGAAGATTTT-T---CAATAAT--TTGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-A-GCAG-ATA--T---GTTCAGG-TC-GGTCTCTT-G-AAGCGTCAGGA-ATT----T---TAATACAA--AAAACAG-GTGCGTAATATCA-AAGTT
gi|5 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtA--T--AGTTTCATTACTAAA-----T-AC-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-A-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AAATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT---ATAT---C----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAATG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAA----GTTC-GG-TC-CGTC-TTT-GTAGGTGTCGGGA-TTC----A---TAAT---GCTAAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTTAGCGGCAGACA-TGCGCA-CTCTC-TCA-CAAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-ACACAC-C-CTTACCCTCCC-AAGCATA-TCAATA------TT-AATAC--CTTCTCTCT-ATC-AAA--G-GGCATTAACTCTCA-CACTGNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-NN----NNNNNCGC----------A-AA-----------G---CAATGAAAAATACAAATTAA----AATA-----C---CTA--TATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACAtataaagtgctactagacatgcaggccactatc
gi|6 : ggaagcAGA-ATT-TA-GA--TAATACTTG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-ACATATTATA-GT---GTTC-GTCTC-CGTC-CTT-TTAGGTGT--GGA-TTTACCAA---TGA----A--AAAACTGCGTGCATG--ATTA-ACGTTAGCGGTAGA-A-TGCTCA-CTCTCTCCA-CAAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCTA-A-ACACAC-CGCTTG--TTCCC-AGCCATA-CCAAT-------AT--TAGC--CTTCTCTCTAATC-AAA--G-GCA---AACTATCA-TTCAA---------TGAATAA-----A--AA-GA----A--AATG--------------A-----------A---CGA--A-----------TGA----AAGG-----C---CAATTTGTGAA-AAAAAAAATAC---TTA-gatac
gi|7 : tg----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAACAGTAA--A-CGTGCA-CTCTC-ACA-CAAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-ACACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATA-CCAATA------TTGATAATGGCTACTCTCT-ATCAAAA--G-GAAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACCAAGGCCAAATTGTGAA-AA-----------GTA-CAA--AT----------TAA----AATACCTCTC---CAA--T---AATCACAATGATAcaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : ATGGAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-TGCAT-AC-AACCAAAC-ACGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAAT--T-AT-T-------TT----AAATTGATTTA-T-AGAATAG-----TTT-TA--TATTTAA--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CA---A-AT---a
gi|8 : TATAAG----GTTC-AA--C-CGTC-CTG-TTAGGTGTCGGGA-TGT----A---TAATGCTA--AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|9 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaaAGTCAGCGTTAGACATCGCGCA-CTCTT-ACA-CAAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACACACAG-T-CTTGCTCTCCC-AGGTATA-CAAATA------AT-A--AC---TACTCG-T-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-TACCA---------TGAATGA-----ATGA---A----ACGAG-------------A-AT-----------G---AAA--A-----------TAACATGAACA-----CAAGCAA--T-TCAAT---GAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
blockSeqs : A GGT GCGT TAT T T TTAA T AC ACTT . T A T A T T C CA TA TTAA A TT GTTTT . TT A C A TTAAA AGAAATTCGAA AGT AATG C AGGAAATACTACTTGAACAATC . . C AATTTA AGG . T T . ACCAA ACAA C T ACATC . TC . T . GTT A C CG . A AATTTTATGTAAC A A A TA . . NNNNNNNNN . NNNNNNNNCGCAAAGCAATGAAAAATACAAAT CATG CCTCTC TT A CA TTA .
blockSeqs : A GG . . C T . . AC ACA . T . T A . . . . A . T T . . . . . A . TAGCAA . . . CAATAATTTGCAACAAATGAAC . . . GGT GTC . . G . TCAA GCTA . . ATCT . T . A . T . . T . . TTGATAATGG A . . . . . . . AACCAAGGCAAATTGTGAAAAGTACAAAAT . CCTCTC . A TA . .
blockSeqs : . . . . T T . . AC AAC . T . T A . . . . A . T T . . . . . . . CTAT . . . AAAGTGGTAAATGAACAA . . . AA CG . . G . ACAA GCT . . ACAA . A . A . . . . C . . TTGATAATGG T . . . . . . . AACCAAGGCCAAATTGTGAAAAGTACAAAT . CAAG . G TA . .
blockSeqs : . . T T . . C CC . . . G A . . . . A . T C . . . . . . . CTA . . . AGATAATACTTGAAAC . . . GT GG . . G . A A . . ACAT . A . T . . . . T . . TTAATAC T . . . . . . . ATGAATGAACGCAAAGCAA . C . . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T A . . . . . . . CAA . . . AGAAACATTTGACC . . . AG GG . . T . A A . . AAC . A . T . . . . C . . ATTAGC T . . . . . . . AGAAAATGAACGAA . C . . CA
blockSeqs : T . . . . . . . T T . . . . . . . TT . . TAACAGAACAATT . . . A AA . . T . T A . . AAT . T . T . . . . C . . ATAAC A . . . . . . . AACGAGAATGAAAA . C . . G
blockSeqs : T G . . . A A . . AC . T . A . . . . T . . ATAG A . . . . .
blockSeqs : A A . . AC . A . A . . . . T
blockSeqs : A . . . . A .
blockSeqCons : ****** AC** T**** *** T** ** AGAAATAACATTTGAACAATC****** ** N* A******* ACAT* ** C** ATAAC*********** ***** CCTCTC*** CA
originalCons : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAATANTTG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTT-GTAGGTGTCGGGA-TTT----A---TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACA-CGCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATA------AT-ATAAC--CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATA-----C---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
finalCons : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCATAC--AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAAT----AATTTTACTATGAAAAA---T-AT-T--TT-AGTT----AAATTGATTTAT--AAAATAG-----TTT-TA--TATTT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TAGAAATAACATTTGAACAATC------AAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTC-CTTN-TAGGTGTCGGGA-TTTA-------TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTTAGCGGCAGACAT-GCGCA-CTCTC-NCA-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-ACACACC--CTTGCTCTCCC-AGGCATA-CCAATAATAAC-----------CTNCTCTCT-ATC-AAA--G-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAATGA-----ATGAA-GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAA----AATACCTCTC---CAA--TATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG
Alignments
lowQualScore : 3333333 1111 333333 1111 1111 11111 222 1111 11111 11 11111 222222222222 111 1111 444444444444444444444444444444 222222 22222222 111111 11111 111 33333333333333333333 222222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 111 1
lowQualScore : 3 0000000 4444 000000 1 3 4444 6 4444 9999 6 3 6 00000 0 1 111 5 5 77 1 2222 1 888 44444 5 77 5 66 33 5 44444 888888888888 000 4444 5 444444444444444444444444444444 77 5 5 999999 8888 5 1 0 5 33333333 666666 4 4 00000 55 4 0 444 666 3 1 4 4 1 4 5 222 66 4 4 666 5 5 5 44444444444444444444 1 5 5 66 5 5 222222222 5 44444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 555 3 5 1 777 0
lowQualScore : . ....... .... ...... . . .... . .... .... . . . ..... . . ... . . .. . .... . ... ..... . .. . .. .. . ..... ............ ... .... . .............................. .. . . ...... .... . . . . ........ ...... . . ..... .. . . ... ... . . . . . . . ... .. . . ... . . . .................... . . . .. . . ......... . ..... ................................................................ .. ... . . . ... .
lowQualScore : 2 0000000 2222 888888 7 5 2222 7 8888 2222 7 2 7 11111 1 4 444 7 7 99 4 1111 7 333 33333 7 99 7 33 66 7 33333 999999999999 000 2222 7 333333333333333333333333333333 99 7 7 666666 5555 0 0 2 0 11111111 999999 0 0 00000 55 0 5 222 444 6 0 0 0 0 4 7 222 11 4 4 000 0 0 0 00000000000000000000 0 0 0 99 0 0 999999999 7 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 777 2 5 7 555 0
consensus : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAACATT--TG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTCCTTTTAGGTGTCGGGA-TTT---A----TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTT-----AGCG--GC-AGACA-T-GCG---CA-CTCTCNC-A-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCAT-ACCAAT-A---A--------TA--AC--CTNCTCTCT-ATC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAAT-GA-----ATGAA---GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAAAAT--ACCTCTCCAATATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
Reference ( family-2226 ) : ATGGATAGTATAT----GG-AATGAAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCAACC-GCGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CT---A-AT---C----CTGAAGATATT-TA-GAAATAACATT--TG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TGA-A-GCAGTATAAGT---GTTC-GG-TC-CGTCCTTNTAGGTGTCGGGA-TTT---A----TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTT-----AGCG--GC-AGACA-T-GCG---CA-CTCTCNC-A-CAAAACNAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-AGGCAT-ACCAAT-A---A--------TA--AC--CTNCTCTCT-ATC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-CACCG---------TGAAT-GA-----ATGAA---GA----ACGAACGC----------A-AA-----------G---CAA--A-----------TAAAAT--ACCTCTCCAATATCAATCACAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACA
gi|1 : ATGAAAGGTATATTGGAGG-AATGAAGG----TAGTAGAATCCTACAAATAAAAATGAAC----AT-CGCATCACCAACCAACC-GCGCATTAAGTTTTTAAC-TGGAAAAACTTGAATTTTACTATGAAAAAAATTA-T-T--TTAGTT----AAA-TGATTTA-TAAAAATAG-----TTTATA--TAT-TT-AACAA-TAAACTC-----TTACCAAGT-CGACAGCTT-----CT---T-AT---C----CTG-AGATATT-TA-GGAAT-AC-TTAATG-AAT-ATT-----AACGCTGCTTAACA-GCAGTATAAG----GTTC-GA-TCGTGTCCTTCGTGGT-TCGGGATTTT---AATT-TGCT---A--AAAACTG-GTGC--GGTGTTA-AG--T-----AGC---GC-GAACATT-GCG---CACCTCTCTC-ACCAAAACTAGAACAAACCAG---TTTTAA-A-CACACAC-TTTGCTCTCCCAAGGTAT-ACCAATAA---A--------TT--AC--CTTCTCTCT-CTC-AA--AGAGGCAATAACTCTCACCACCG---------TGAAT-GAATGACATGAA---GACATGATGAACGC----------ACAA-----------GGCACAA--ATACAAAT----TAGAAT--ACC-CTCC-GTATCAATCAC-AAAATAC---TCATTCTCGTGACA
gi|10 : gagggttaattaattttgttggataattccccgagttctaaatggacccaacgcaggcaagaaaaagcaatgactgggaataatttaatattgatgatagtattatgATAT----GGTAATAGAGAGCGTTGA-------CT-CAAA-A-AAATGAAA----CTTCGCAT--C-AACCAACTTGCGCATAAAG-TT--AACAGT-AAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-TCT--TTAGTCTTAAAAAATGATTTATT-AAAATAG-----ATT-AG--T-T-TA-A--AA-TAAACTC-----CTACC-AGTGA-ACAGCTT-----CT---ta
gi|12 : cgAGGTTTTGGAC-CTTTCAA----TGGT---A--GAAGCAG-GTGCTTGATATTA-AAGTT-----TGCG--TC-AGATC-T-TTG---CT-CTCGCTT-A-CGAATTTACAA-AA---AG---TCT--G-A-CACAC-T-CT--CTCTC
gi|14 : tagttttctcatacgcatttaaCA-T-GCG---CA-CTCTCAC-A-CAAAACAAGAA-AAATCAG---TCT--A-C-CACAC-C-CTTGCTCTCCC-GGGTAT-ACTAAT-A---A--------TA--G---CTACACTCT-ATC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-TAC
gi|16 : AGGGAGACATCTT-----CT---A-ATAGTCAATGCTGAAGATATTCTA-GAAA---CATT--TG-A-----C---CAAATGCCG--TGA-A-GCAGTAT-GGT---GTTC--G-TC-CGTCCTT
gi|18 : ---A----TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTATAGGCT-----AACA--GT-AAACG-T-GCA---C----CTCAC-A-CAAAAtaaaggaatgtggg
gi|2 : ATGGATAAT-TAT--------ATGAAGG----TGATTAT---CTACAAATATATATGAAA----C-----AT---------------GCACAAAG-TATTAAT-GTGAAAA--T--AA-TTTACAGTGAAAAAT--TATT-T--TTAATT-----AATTGATTTA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TATATA-A--AA-TAAACCC-----TTGCCATAAAAGACAGTTTTAG--CA---A-AT---C----AAGAAGATATT-T------TAACA-----G-AAC-AAT---T-AATGCTG--TGA-A-GCAGTATGA-------TC-CG-TC-TGTCCTTTTAGGTGTCGGTA-TTTACAA----TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTT-----AACA--GT-AAA-A-C-GTG---CA-CTCTCAC---CAAAACAAGAA-AAA-CGG---TCT--A-A-CACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCATAACCAAT-ATTGA--------TA--ATGGCTACTCTCT-ATC-AAATAA-GGAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAAT-GA-----ATGA-----A----ACCAAGGC----------A-AATTGTGAAAAGTA---CAA--AAT---------TAAAAT--ACCTCTCCAAT---AATCACAA
gi|3 : agttaataaattgcttattgatttttcccaagttcaaaatgactccaacgcagaaaaacaattatgaatatgtttaatggaacaatatagatgtgatgagatgatATGGATAGTATAT----GG-AAGGAAGG----TGAT------CTACAAACATAAATGAAA----CT-CGCAT-AC-AACCA-CC-GCGCATAAAG-TTT--AC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAA---TA-T-C--TTAGTT----AAATTGATTGA-T-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TC-A--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----TT-----AT---C----CTGAAGATATT-TAGGAAATACTACT--TG-AAC-AAT---CAAACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAATTTAGTTC-GG-TC-CGTATTTGTAGGTGTTGGGA-TTC---A----TGAT------AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTT-----AGCG--GC-AGACA-A-GCG---CA-CTCTCTC-A-CAAAACTAGAA-AAACCAG---TCT--A-A-CACAC-C-CTTGCTCTCCT-AAGGAT-ACTAAC-A---AATTTTATGTA--AC--CTTCTCTCT-ATC-AA--AG-TGCATTAACTCTCA-CACCG---------TGAAT-GA-----ATGAAT--GA----ATGAACGC----------A-AA-----------G---C-A--A-----------TAAAAT--A-----CCAATATCAATCATAAAAATAC---TCA-TCCCGTGACAtgat
gi|4 : GG----TGAT------CTACAAATATAA-TGAAATTAACT-CACGT-AC-GTTCAACA-GCGCACAAAG-TTTTAAC-TTGAAAG--G--AATTTTATT-----------TC-T-TCATT--TT----AAATTGATTTA-C-AAATCAGGTTTTTTT-TATTTAT-TT-AC-AG-TGAAGTCTTAAATTACCATGCGAGACAGCTTAGAAATTCGAA-AT---C----CAGAAGATTTT-T---CAATA--ATT--TGCAACAAATGAACAAAGGCTG--TGA-A-GCAG-ATA--T---GTTCAGG-TC-GGTCTCTTGAAGCGTCAGGA-ATT---T----TAATACAA--AAAACAG-GTGCGTAATATCA-AAGTTTATAAAGTGCTACTAGACA-T-GCAGGCCA-CTATC
gi|5 : caagggttaaaaattttgtgttacaattttctcaagttcagaaagactacaaacgttaaggtagataatgtagatgaagatctgtttatttgaattatggaatgggtatatttacatacactcatgaacatgacgtA--T--AGTTTCATTACTAAA-----TA-C-T--TTAGTT----AAATTGATTTA-A-AAAATAG-----TTT-TA--TAT-TT-A--AAATAAACTC-----TTACCAAGTGAGACATCTT-----CT---ATAT---C----CTGAAGATATT-TA--AAGTGGTAAA--TG-AAC-AA-------ACGCTG--TAA-A-GCAGTATAAA----GTTC-GG-TC-CGTCTTTGTAGGTGTCGGGA-TTC---A----TAAT---GCTAAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAGTT-----AGCG--GC-AGACA-T-GCG---CA-CTCTCTC-A-CAAAACTAGAA-AAGCCCC---TCT--A-A-CACAC-C-CTTACCCTCCC-AAGCAT-ATCAAT-A---T--------TAATAC--CTTCTCTCT-ATC-AA--AG-GGCATTAACTCTCA-CACTGNNNNNNNNNNNNNN-NN-----NNNNN---NN----NNNNNCGC----------A-AA-----------G---CAATGAAAAATACAAATTAAAAT--ACCT-----ATATCAATCATAAAAATAC---TCA-CCCCGTGACA
gi|6 : ggaagcAGA-ATT-TA-GA--TAATACT--TG-AA---A----CAAACGCTG--TGA-ACATATTATA-GT---GTTC-GTCTC-CGTCCTTTTAGGTGT--GGA-TTT---ACCAATGA----A--AAAACTGCGTGCATG--ATTA-ACGTT-----AGCG--GT-AGA-A-T-GCT---CA-CTCTCTCCA-CAAAACTAGAA-AAAACAGGTTTCT--A-AACACAC-CGCTTGTTC--CC-AGCCAT-ACCAAT-A---T--------TA--GC--CTTCTCTCTAATC-AA--AG-GCA---AACTATCA-TTCAA---------TGAATAAA-----AAGAAAATGA----ACGAATGA----------A-AG-----------G---CCA--A-----------Tgatac
gi|7 : tg---A----TGAT---A--AAAACTG-GTGCATGGTATTA-AAGTT-----AACA--GT-AAAC----GTG---CA-CTCTCAC-A-CAAAACAAGAA-AAAACGGT--TCT--A-A-CACAC-T-CTTGCTCTACC-AGGCAT-ACCAAT-ATTGA--------TA--ATGGCTACTCTCT-ATCAAA--AG-GAAATTAACTTTCA-CACCA---------TGAAT-GA-----ATGA-----A----ACCAAGGCCAAATTGTGAA-AA-----------GTA-CAA--AT----------TAAAAT--ACCTCTCCAAT---AATCACAATGATAttgtgaaaaaaaaaatacttacaggctcaaaatacctcaaaatacctcttattcaataatcc
gi|8 : ATGGAGG----TGAT------CTACAAATATAAATGAAA----CT-TGCAT-AC-AACCAAAC-ACGCATAAAG-TTTTAAC-GTGAAAA--T--AATTTTACTATGAAAAAT--TA-T-T------TT----AAATTGATTTA-T-AGAATAG-----TTT-TA--TAT-TTAA--AA-TAAACTC-----TTACCAAGTGAGACAGCTT-----CA---A-AT---a
gi|8 : TATAAG----GTTC-AA--C-CGTCCTGTTAGGTGTCGGGA-TGT---A----TAATGCTA--AAAACTG-GTGCATGGTGTTA-AAataaggttcaaccgtcctgttaggtgtcgggatgtataatgctaaaaactggtgcatggtgttaaa
gi|9 : atggaggtgatctacaaatataaatgaaacttgcatacaaccaaacacgcataaagttttaacgtgaaaataattttactatgaaaaattattttaaattgatttatagaatagttttatatttaaaataaactcttaccaagtgagacagcttcaaaAGTC-----AGCG--TT-AGACA-TCGCG---CA-CTCTTAC-A-CAAAACAAGAA-AAACCAG---TCT--ACA-CACAG-T-CTTGCTCTCCC-AGGTAT-ACAAAT-A---A--------TA--AC---TACTCG-T-ATC-AA--AG-GGAATTAACTCTCA-TACCA---------TGAAT-GA-----ATGA-----A----ACGAG-------------A-AT-----------G---AAA--A-----------TAACATGAACACAAGCAAT-TCAAT---GAAACTATTTATCA-TCCCGTGACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTCAAAGATTAGTACTTTTACAGTATGATTTCCCCCGAGTTCATACAGACTTCAAACTTCAAAGGCAGATAATGAGGACAAAGCCTTGCTTATTTGAATTTTGGAATCGATATAAACACACCATGAACGTG
Unaligned ( gi|13 ): AAGGGTTTATAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACGCAGAAAAACAATCATTATGATGAATATATTTAATATGTTGACACGGTATATATAT
Unaligned ( gi|15 ): AAGGTTTAATTAATTTGTTGGATAAATTCCCCGAGTTCTAATTGACTCCAACCAGAAAAACAATATTATGATGAATATATTTAATATGCTTGACACGTATTAT
Unaligned ( gi|17 ): AGGTTTATAATTTGTTGAATAAATTCCCTGAGTTCTAATTGACTCCAACACAGAAAACAATTATGAATATGTTTAATATGATGGACACGATATG
Unaligned ( gi|19 ): AATATATTTAATATGTTGACACGATATATATGTGG