lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333333333333333333333 1 11 2222222222 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222
lowQualScore : 6 3 7 8 3 5555555555555555555555555555555555555555555 3 55 1 55 55 1 66 5555555555 4 5555 4 55 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666 7 7
lowQualScore : . . . . . ........................................... . .. . .. .. . .. .......... . .... . .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... . .
lowQualScore : 7 5 0 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000 6 00 3 55 00 9 55 0000000000 0 5555 0 55 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 3 3
consensus : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAAA---TCA-CGGA-ATTTGG-CGAAATTTTTC-GGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GCGAGCT-TTTAGGCA---A---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAGGTN-TTNCCA------ANCA-T-CTAC--NAT-GATG-A---G----TC-------T-------GT-----------------C------T---------A------AAG-----TT--A---TN------T----AGCTTTG-A--T-A------GTTA--GG--AG-GAGTT-A-TN--CTTGGACAA-G-ACGGA-CC---T-CCA-AAAAGT-CACTAAAAGGGGAA--TAA---CTCCC--GACCGGA-AGTGAC---G---TT---TC---TCAAAAATTTGCATGCA--A--A--CTCTCTTCA-CA-A-AATAC-ATCTTTCC---AAATT-TCTTGA-------ACA--TTTC---A----TGAAAATCGATCAAGAAACGGCTGAGAAAATCG
Reference ( gi|1 ) : GAAAAGAGAT-AATTTAGATTGAATGT--ACAAAA---TCA-CAGA-ATTTTA-CGAAATGTTTA-GGTATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GCCAGCG-TTTAGACG---A---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAGGTA-CGACAA------AACA-T-CTAG--AAT-GATG-A---A----TC-------T-------GT-----------------C------T---------G------AAG-----T---A---TG------T----AGCTTTA-A--T-A------GTTAC-GG--AG-GAG---A-TG--GGTGAACAA-G-ACGGA-CC---T-CCA-AAAAGG-CACTAAAAGGGAAA--TAA---CTAAC--GACCGGA-AGTGAC---A---TT---AC-AATCAAAACTTTGCATGCA--A--A--TTCTCTTCA-CGTA-AAGAC-ATCTTTC----AAATTCTCTTAACCAGAAAACAGCTTTCTTGAAGATTGAAAATCAGTCAAGAAATGGCTGAGAAAATCGC
gi|9 : GAAAAGATAC-AAATTAGATCAAATG---ACAAAAAT-TTG-TAAA-ATC--AGTGAAACTTTCA---CATCC-AATTTTAATAAGGC--AA--ATGAGCG-TTTA-----------A-TC-CTCTT-T-CT--GGTCAAATCG-AAGGTC-TGAT--------ATCA-T-CTA---AAT-GAAG-----C----TC-------T-------AT------------------------T---------A------AAGTCTCCT---A---TT------T----TGCCC------T-A------GTTAC-GG--
gi|2 : aAAAAGAAAT-GA----GATGGAATGTCCATAAAT---TCA-CTGA-ATTT-G-CTAAAT-TTTG-TGGATCC---TTTT--TCAG--TCAGCTGCT-GCT-TTTAG-CA---A---A-TCGCT----T-CC--GTTCAAATCA-AA--TACCTTCCA------AGCA-TACT-----AT-GATGCA---G----TC-------T-------AT-----------------T------T---------GGTCCAAAAG-----T-------TGAGTTTCT----AGCTTT--A--T-A------G-TAA-GG--AGTGAA---A-TGCCATTG-ACAA-GTACGGG-TCCGAC-TCA-AAAAAT-CACTAATAAGGGCA--TAATTCCTA----TACCGGA-ATTAAC---A---TT----C--GCCAAAAATTT-CA-GCA--A--ACGCTCCCTTCA-AA-A-AATACAATCTTTC----A--------TAA---------AGCT------A----TGAAAATCGATCATGAAACGGCTGAGAAAATCG
gi|15 : atttgccaatAAAAGAGAT-AATTGCGATAAAATGT--CCCACA---TCA-CGGA-ATTTGA-CG--AT-TTTA---CATCC-ATTTTA--TCAGGTCCAG--GCGAGCa
gi|4 : atAAAGAGAT-AATTGAGAT-GAG------CAAAAATGTCAACGGATATTTGA-AAAAAT---TC-GGCATGC-ATTTTT--CT---CCTAG--GTCGGAGCTTTAGACA---A---AGTCGCT----T-C---GG---AATCAGAATATT-TCTCTA------AGCA-T--TAT--TATTGATG-A---G----TC-------TATTTGT-GT-----------------C------C---------A------AAG-----TTGAG---TA------TTCTAAGCTCTG-AGAT-A------GTTA--GT--AG-GAG---AATG--CGTGGACAA-G-AC-GA-C------CCATAAAAGT-CACTAAAA-GCAAG--TAA---AT--C--GAC--GA-TATAACTAGA---CT---TC---TCAAAAA-TTGCATGCG--AGCA--TTC-CTTCATCAAATAATAC-ACTTTTCTG--AAACTTTC
gi|3 : aatatAAAGAGATTAATTGAGATGGAATAT--ACAAAT---CTA-CAGA-ATTT---CGAA-CGTTTCCGACA-CC-ATTTTT--TTGGTGCCAG--ACAAAT--TGTAGG-GTAAA---A-TCGCT----T-CCTGGGTCAAATCA-ATG-------CAATTTTGCAACA-T-CTAC--TAT-GGTG-A---T----TC-------T-------AT-----------------C------TTGTTATCCAA------AAG-----T---G---TAGTCT--T----ATCTTTATA--TCA------GTTA------AG-GAGTTTA-TT--CTTG-ACAA---ACAGA-CA---A-TCA-AAACGT-C-CTAAATGGAAAG--CAA---C--ACCAGACTGGA-Aa
gi|7 : atAAAGAT-AATTTAGACGGAAGGT---------------C-----------CGACATTTTTT-GGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCAAG--GCCAGCT-TTTAGGCG---A---A-TTGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAGGTG-CTACAA------AACA-T-CTAG--AAT-GATT-A---A----TCTATATTGT-------GT-----------------CCAAAGTT---------G------AAG-----T---A---TC------T----AGTTTTG-A--G-A------GTTAC-GG--TG-GAG---A-TG--CGTGGATAA-G-ATGGA-CC---T-CCA-AAACGT-CACCAAAAGGAAAA--TAA---CTCCC--GATCAAA-Aaaatgaggtttgcttaaaaaaaaaaaaaccactcctcaccagaatgacatcttcctgaaaattttcatgaaaatcgatttagtgatgaccgcagaaat
gi|14 : ccagtacA---TCA-CAGA-ATTTGG-TGAAATCTTTC-GGGATCCTTTTTTT--TCAGGCCCAG--GCGAGCG-TGAAGGCC---A---G-TGGCTTTAAT-TC--GGTGGAACCA-AAGttttgc
gi|16 : GA-ATTTGG-CGAAATTTTTT-GGCATAC-ATTTTT--TCAGGTCCAG--GCGAGCT-TTTAGGTA---A---A-TCGCT----T-CC--AGccattcaaaggtagaatga
gi|8 : gAAATTTTT--GACATCC-ATTTTT--TCAGGTTTAG--ACGAGCT-TTTAGGCA---A---A-TCGCT----T-CC--AGTCAAATCT-AAGGCA-TTTCCC------ATTA-T-CTAC--TAT-AATG-A---G----TC-------TATCTTGTGT-----------------C------T---------A------AAG-----TTCAAGTCTC------T----AACTTTT-A--T-ACTGGTAGTTA------AG-GAGTTTA-TC--CTTGGACAA-G-ACAGA-CC---T-CCA-AAAAGT-CACTAAAGGG
gi|5 : CC-ATTTTT--TCATCTCCAG--GCGAGCT-TTTACTCA---ATATA-TTGCT----T-----GGTCAA-TCA-GAAG----GACCC------ATCA-T-CTAC--TGT-GATA-A---GGTATTC-------T-------GTGT---------------C------C---------A------AAG-----TTG-A---TAAT----C----AGCTTTT-A--T-A------GTTA------AG-GATTT-A-TT--CTTAAAAGA-A-GTGGA-CC---T-AAA-AAAAGT-AACTAAAAGGAGAA--TCA---CT-CC--CACC-GA-AGTGACT--T---TT---GC---TCAAAATTTTG-ATAC---A--A--CTCTCTTCA-C-CG-AATAC-A-CTTTCCTG-AAATCATTT----CAGAAAATA
gi|6 : cgtcaC-AATTTT--TC---TCCAG--GC--GC----TAGGAA---G---A-TCGCT----TTCC--AGTTAAA-CA-AAACTA-TTTCCA------AGCACT-CTACTTAAT-GATG-ATTCA----TC-------T-------GTTCGCAACAGTTTGAATTC------T---------A------AAA-----TT--A---TT------T----A-CTTTG-A--T-A------GTAAG-GGTAAG-GAG---A-TA--CGTGACTAACG-ACAGA-CC---T-CC--AAAAGT-CACTACAATGGCAA--TAA---TCCAT----CCGTATAG-AAC---A---TC----C---TCAAAATATTGC-TGCA--G------TCTCT--A-CATC-AAAAT-ACATTTCCTGAAAATTCctaaagtaatgactgaaaaatc
gi|11 : gatttttgtcaa---TG------T----GGCTTTG-A--T-A------GTTATAGG--AG-GAA---A-TG--CGTGGACAA---ACGGAACC---T-CC--AAAAGT-CACTAAAAAGGCAATTTAA---CTCCA--GAC--GA-AGTAACGA-A---TT---CT-CATCAAAAATTTGCATGCAACA--G--CTCTCT
gi|12 : cTTTT-A--T-A------GTTA------AG-GAATTTA-TC--CTTGGGCAA-G-AAGGA-CC---T-CTA-AAAAGT-CACTAAAAGGGGAA--TAA---CTCCC--GACTGGA-AGTGAC---GACGTT---TC-GCTAAAAAATTTGTATATA--A--A--TTCTCTTAA-Cc
gi|17 : GGACAA-G-ACAGA-CC---T-CCA-AAAAGT-CACTAAAAGAGc
gi|10 : tagctaaggagtttatacta-G-ACGGG-TT---TTCCA-AAAAACTCACTAATAGGGGAA--C-----CCAAC----CGGGA-AGTGAT---G---TT---TTTGGTCAAAAATATGGCTGGA--A--A--ATCTCTTTG-CCAA-CAAAC-ATCTTTC----A--------TGAT------ACA--TTTC---A----TGAAAATCGATTAAG-AATGGCTGGGAAAATC
gi|13 : C--GAC--GA-AGTGAC---G---TTTTTGC---TCAAAATGTTG-ATACA--G--A--CTCTCTTAA-CA-A-GATAC-GTCT-------------TCTTGA-------ACA--TTTCATGAAAATTGATAA------AAGAAATGGCTGAG-AAATCGaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111111111 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 222222 3333 1111111 2222222222 11111111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000 11
lowQualScore : 6 1 999 6666666666666 4 9999 99 3 44 0 44 44 44 4 5555 666 3 4444 44 55 8 00000000000 1 4 1 0000 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 8888 88888888888 3 44 444444 3 2222 1 66 666 3 999 3 3 1 55 0 3 3 99 3 3 888888 2222222 0000000000 55 77 6 55 99 4 11111111 5 5 00 55555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 00 7 3 6
lowQualScore : . . ... ............. . .... .. . .. . .. .. .. . .... ... . .... .. .. . ........... . . . .... . . .................................................................... ... .... ........... . .. ...... . .... . .. ... . ... . . . .. . . . .. . . ...... ....... .......... .. .. . .. .. . ........ . . .. ............................................... . . .. . . .
lowQualScore : 7 0 333 4444444444444 4 9999 88 3 66 4 11 66 66 2 3333 444 6 1111 22 00 0 88888888888 0 4 1 0000 4 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 5555 88888888888 3 66 000000 6 9999 0 99 333 3 222 3 3 4 55 5 6 6 44 6 6 444444 9999999 5555555555 55 00 6 55 55 0 66666666 0 0 11 33333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 33 8 3 7
consensus : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATGCN-TGGACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AAC--T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-ACA-TCTTTC-C---AAA--TT-TC-T-------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
Reference ( family-2180 ) : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACN--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATNCT-TGGACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AAC--T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-ACA-TCTTTC-C---AAA--TT-TCTT-------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-CAAGAAACGGCTG-AGAAAATCG
gi|1 : GAAAAGAGAT-AATTTAGATTGAATGT--ACAAA----A---TC---ACAGA-ATTTTA--CGAAATGTTTAGGTATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--CAGCGTTTAGAC--GA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTACGACAAAACA-TCTAGA--A-TGATG-A-----------------A----TC-------TG---T--CT---------GAAG------T--A----TG--T----AGCTT------T--A-AT-AGT--TACGG---AG-GAG----ATGGG-TGAACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-GCACTAAAAGGGAAA--TAACT-AACG-ACCGG-A-AG--T---GAC---A---TTA---CAAT---C--AAAACTTTGCATGCA--AAT--T-CTCTTCA-C-GTA--A-AG-ACA-TCTTT--C---AAA--TTCTCTTAACCAGAAA-A--CAGCTTT-CTTGAAGATTGAAAAT-CAGT-CAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|10 : -G-ACGG-GTTTT--CCA-AAAAACTCACTAATAGGGGAA--------CCCA-ACCGGGA-AG--T---GAT---G---TTT---T--TGGTC--AAAAATATGGCTGGA--AAA--T-CTCTTTG-C-C-A--ACAA-ACA-TCTTTC-------A--T-------------GATA--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-TAAG-AATGGCTG-GGAAAATCc
gi|11 : ----TG--T----GGCTT------T--G-AT-AGTTATA-GG---AG-GAA----ATGCG-TGGACAA---ACGGAACCT---CC--AAAAG-TCACTAAAAAGGCAATTTAACT-CCAG-AC--G-A-AG--T---AAC---GAATTCT---CA-T---C--AAAAATTTGCATGCAACAGC--T-CTCTaa
gi|12 : cTT------T--T-AT-AGT--TA-AG----G-AAT-TT-ATCCT-TGGGCAA-G-AAGG-ACCT---CTA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACTGG-A-AG--TGACGAC---G---TTT---C--G---CTAAAAAATTTGTATATA--AAT--T-CTCTTAA-C-c
gi|13 : ACTACCCG-AC--G-A-AG--T---GAC---G---TTTTTGC--T---C--AAAATGTTG-ATACA--GAC--T-CTCTTAA-C-A-A--G-AT-ACG-TCTT----------------CTT-------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-TGATAAAAGAAATGGCTG-AG-AAATCGc
gi|14 : ----A---TC---ACAGA-ATTTGG--TGAAATCTTTCGGGATCCTTTTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCGTGAAGGC--CA---G-TGGCTTTAAT-TC--GGTGGAACCA-AAG--tg
gi|15 : AAAAGAGAT-AATTGCGATAAAATGT--CCCAC----A---TC---ACGGA-ATTTGA--CG--ATTTT---ACATCC-ATTTTA--TCAGGTCCAG--GC--GAGCccattcaaaggtagaatga
gi|16 : atGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTTGGCATAC-ATTTTT--TCAGGTCCAG--GC--GAGCTTTTAGGT--AA---A-TCGCT----T-CC--AG
gi|17 : T-AGC--TA------AG-GAG-TTTATACT-AGGACAA-G-ACAG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGAG
gi|2 : AAAAGAAAT-----GAGATGGAATGTCCATAAA----T---TC---ACTGA-ATTTG---CTAAATTTTGTGG-ATCC---TTTT--TCAG--TCAGCTGC--T-GCTTTTAG-C--AA---A-TCGCT----T-CC--GTTCAAATCA-AAT--ACCTT-CCAAGCA-T--ACT--A-TGATGCA-----------------G----TC-------TA---T--TTGGTCCA---AAAGT-----T--GAGTTTC--T----AGCTT------T----AT-AGT--AA-GG---AGTGAA----ATGCCATTGACAA-GTACGG-GTCCGACTCA-AAAAA-TCACTAATAAGGGCA--TAATT-CCTATACCGG-A-AT--T---AAC---A---TTC---G--C---C--AAAAATTT-CA-GCA--AACGCT-CCCTTCA-A-A-A--A-AT-ACAATCTTTCAT---AAA--GC-T----------------------------A----TGAAAAT-CGAT-CATGAAACGGCTG-AGAAAATCG
gi|3 : atttgccaatAAAGAGATTAATTGAGATGGAATAT--ACAAA----T---CT---ACAGA-ATTT----CGAACGTTTCCGACA-CC-ATTTTT--TTGGTGCCAG--AC--AAA-TTGTAGGGTAAA---A-TCGCT----T-CCTGGGTCAAATCA-ATGCAATTTTGC--AACA-TCTACT--A-TGGTG-A-----------------T----TC-------TA---T--CTTGTTATCCAAAAGTG----T--AGT--CT--T----ATCTT------T--ATATCAGT--TA------AG-GAG-TTTATTCT-TG-ACAA---ACAG-ACAA---TCA-AAACG-TC-CTAAATGGAAAG--CAACA-CCAG-ACTGG-A-AAAAT---GAG---G---TTTG--C--T---T--AAAAA----AAAAAA--AAC--CACTCCTCA-CCA-G--A-ATGACA-TCTTCC----------------T-------GA-A--AA--TTTTC---A----TGAAAAT-CGAT-TTAGTGATGACCGCAGAAAa
gi|4 : atAAAGAGAT-AATTGAGATGA-------GCAAA----AATGTCA--ACGGATATTTGA--AAAAA---TTCGGCATGC-ATTTTT--CT---CCTAG--GTCGGAGC-TTTAGAC--AA---AGTCGCT----T--C--GG---AATCAGAAT--ATTTCTCTAAGCA-T-TATT--ATTGATG-A-----------------G----TCTATTTG-TG---T--CC---------AAAGT-----TGAG----TA--TTCTAAGCTC------TGAG-AT-AGT--TA-GT---AG-GAG--A-ATGCG-TGGACAA-G-AC-G-AC-----CCATAAAAG-TCACTAAAA-GCAAG--TAAAT---CG-AC--G-A-TA--T---AACTAGA---CTT---C--T---C--AAAAA-TTGCATGCG--AGCA-T-TCCTTCATC-A-AATA-AT-ACA-CTTTTC-T---GAAACTT-TCt
gi|5 : aatatCC-ATTTTT--TCATCTCCAG--GC--GAGCTTTTACTC--AATATA-TTGCT----T-----GGTCAA-TCAGAAG--G----ACCCATCA-TCTACT--G-TGATA-A-----------------GGTATTC-------TG---TGTCC---------AAAGT-----TG-A----TAATC----AGCTT------T--T-AT-AGT--TA------AG-GAT-TT-ATTCT-TAAAAGA-A-GTGG-ACCT---AAA-AAAAG-TAACTAAAAGGAGAA--TCACT-CCC--ACC-G-A-AG--T---GAC---T---TTTG--C--T---C--AAAATTTTG-ATAC---AAC--T-CTCTTCA-C-C-G--A-AT-ACA--CTTTC-C--------------T-------GA-AATCA--TTT-C---A-----GAAAATAC--T-AAAGTAATGACTG-A-AAAATCa
gi|6 : cgtcaTTTTTGTCAACA-ATTTTT--CT----CCAG--GC--G-----CTAGGA--AG---A-TCGCT----TTCC--AGTTAAA-CA-AAA--CTATTTCCAAGCACTCTACTTAA-TGATG-ATTCATCTGTTCGCAACAG----TT-------TGAATT--CT---------AAAAT-----T--A----TT--T----A-CTT------T--G-AT-AGT--AA-GGGTAAG-GAG----ATACG-TGACTAACG-ACAG-ACCT---CCA-AAA-G-TCACTACAATGGCAA--TAA---TCCA-TCCGT-ATAG------AAC---A----TC---C--T---C--AAAATATTGC-TGCA--G----T-CTCTACATC-A-A--A-AT-ACA---TTTC-CTGAAAA--TT-
gi|7 : gaGT--ACAAAGATAA---TTTAGACGGA-A---GGTCCGACATTTTTTGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCAAG--GC--CAGCTTTTAGGC--GA---A-TTGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTGCTACAAAACA-TCTAGA--A-TGATT-A-----------------A----TCTATATTGTG---T--CC---------AAAGTTGAAGT--A----TC--T----AGTTT------T--G-AG-AGT--TACGG---TG-GAG----ATGCG-TGGATAA-G-ATGG-ACCT---CCA-AAACG-TCACCAAAAGGAAAA--TAACT-CCCG-ATCAA-A-Ac
gi|8 : ccaAAATTTTT-GACATCC-ATTTTT--TCAGGTTTAG--AC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--AGTCAAATCT-AAG--GCATTTCCCATTA-TCTACT--A-TAATG-A-----------------G----TCTATCTTGTG---T--CT---------AAAGT-----TC-AAGTCTC--T----AACTTTTATACT--G-GT-AGT--TA------AG-GAGTTT-ATCCT-TGGACAA-G-ACAG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAGGGttttgc
gi|9 : GAAAAGATAC-AAATTAGATCAAATG---ACAAA----AAT-TT---GTAAA-ATC-AG--TGAAACTTTC--ACATCC-AATTTTAATAAGGC--AA--AT--GAGCGTTTA----------A-TC-CTCTT-T-CT--GGTCAAATCG-AAG--GTCTGAT--ATCA-TCTA-A--A-TGA---A-----------------GC---TC-------TA---T---T---------AAAGTCTCC-T--A----TT--T----TGCCC------------T-AGT--TA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 222222 3333 1111111 2222222222 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 6 1 999 6666666666666 4 9999 99 3 44 0 44 44 44 4 5555 666 3 4444 44 55 8 00000000000 1 4 8888 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 8888 88888888888 3 44 444444 3 2222 55 1 666 3 555 3 3 3 1 55 0 3 3 99 3 3 888888 2222222 0000000000 55 77 6 55 7777 4 11111111 5 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777 6 1 77 7 6
lowQualScore : . . ... ............. . .... .. . .. . .. .. .. . .... ... . .... .. .. . ........... . . .... . . .................................................................... ... .... ........... . .. ...... . .... .. . ... . ... . . . . .. . . . .. . . ...... ....... .......... .. .. . .. .... . ........ . . . . ............................................... . . .. . .
lowQualScore : 7 0 333 4444444444444 4 9999 88 3 66 4 11 66 66 2 3333 444 6 1111 22 00 0 88888888888 0 4 4444 4 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 5555 88888888888 3 66 000000 6 9999 66 0 333 3 888 3 3 3 4 55 5 6 6 44 6 6 444444 9999999 5555555555 55 00 6 55 7777 0 66666666 0 0 0 1 11111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 77 8 7
consensus : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-AC-ATCTTTC-C---AAA--TT-TCT--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
Reference ( family-2180 ) : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-AC-ATCTTTC-C---AAA--TT-TCT--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|1 : GAAAAGAGAT-AATTTAGATTGAATGT--ACAAA----A---TC---ACAGA-ATTTTA--CGAAATGTTTAGGTATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--CAGCGTTTAGAC--GA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTACGACAAAACA-TCTAGA--A-TGATG-A-----------------A----TC-------TG---T--CT---------GAAG------T--A----TG--T----AGCTT------T--A-AT-AGT--TACGG---AG-GAG----ATG-GGTGAACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-GCACTAAAAGGGAAA--TAACT-AACG-ACCGG-A-AG--T---GAC---A---TTA---CAAT---C--AAAACTTTGCATGCA--AA--T-T-CTCTTCA-C-GTA--A-AG-AC-ATCTTT--C---AAA--TTCTCTTAACCAGAAA-A--CAGCTTT-CTTGAAGATTGAAAAT-CAGT-CAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|10 : -G-ACGG-GTT---TTCCA-AAAAACTCACTAATAGGGGAA--------CCCA-ACCGGGA-AG--T---GAT---G---TTT---T--TGGTC--AAAAATATGGCTGGA--AA--A-T-CTCTTTG-C-C-A--ACAA-AC-ATCTTTC-------A--T-------------GATA--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-TAAG-AATGGCTG-GGAAAATCc
gi|11 : ----TG--T----GGCTT------T--G-AT-AGTTATA-GG---AG-GAA----ATG-CGTGGACAA---ACGGAACC---T-CC--AAAAG-TCACTAAAAAGGCAATTTAACT-CCAG-AC--G-A-AG--T---AAC---GAATTCT---CA-T---C--AAAAATTTGCATGCAACAG--C-T-CTCTaa
gi|12 : cTT------T--T-AT-AGT--TA-AG----G-AAT-TT-ATC-CTTGGGCAA-G-AAGG-ACC---T-CTA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACTGG-A-AG--TGACGAC---G---TTT---C--G---CTAAAAAATTTGTATATA--AA--T-T-CTCTTAA-C-c
gi|13 : ACTACCCG-AC--G-A-AG--T---GAC---G---TTTTTGC--T---C--AAAATGTTG-ATACA--GA--C-T-CTCTTAA-C-A-A--G-AT-AC-GTCTTCT---------------T--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-TGATAAAAGAAATGGCTG-AG-AAATCGc
gi|14 : ----A---TC---ACAGA-ATTTGG--TGAAATCTTTCGGGATCCTTTTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCGTGAAGGC--CA---G-TGGCTTTAAT-TC--GGTGGAACCA-AAG--tg
gi|15 : AAAAGAGAT-AATTGCGATAAAATGT--CCCAC----A---TC---ACGGA-ATTTGA--CG--ATTTT---ACATCC-ATTTTA--TCAGGTCCAG--GC--GAGCccattcaaaggtagaatga
gi|16 : atGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTTGGCATAC-ATTTTT--TCAGGTCCAG--GC--GAGCTTTTAGGT--AA---A-TCGCT----T-CC--AG
gi|17 : T-AGC--TA------AG-GAG-TTTATA-CTAGGACAA-G-ACAG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGAG
gi|2 : AAAAGAAAT-----GAGATGGAATGTCCATAAA----T---TC---ACTGA-ATTTG---CTAAATTTTGTGG-ATCC---TTTT--TCAG--TCAGCTGC--T-GCTTTTAG-C--AA---A-TCGCT----T-CC--GTTCAAATCA-AAT--ACCTT-CCAAGCA---TACT--A-TGATGCA-----------------G----TC-------TA---T--TTGGTCCA---AAAGT-----T--GAGTTTC--T----AGCTT------T----AT-AGT--AA-GG---AGTGAA----ATGCCATTGACAA-GTACGG-GTCCGAC-TCA-AAAAA-TCACTAATAAGGGCA--TAATT-CCTATACCGG-A-AT--T---AAC---A---TTC---G--C---C--AAAAATTT-CA-GCA--AACGC-T-CCCTTCA-A-A-A--A-AT-ACAATCTTTCAT---AAA--GC-T----------------------------A----TGAAAAT-CGAT-CATGAAACGGCTG-AGAAAATCG
gi|3 : atttgccaatAAAGAGATTAATTGAGATGGAATAT--ACAAA----T---CT---ACAGA-ATTT----CGAACGTTTCCGACA-CC-ATTTTT--TTGGTGCCAG--AC--AAA-TTGTAGGGTAAA---A-TCGCT----T-CCTGGGTCAAATCA-ATGCAATTTTGC--AACA-TCTACT--A-TGGTG-A-----------------T----TC-------TA---T--CTTGTTATCCAAAAGTG----T--AGT--CT--T----ATCTT------T--ATATCAGT--TA------AG-GAG-TTTATT-CTTG-ACAA---ACAG-ACA---A-TCA-AAACG-TC-CTAAATGGAAAG--CAACA-CCAG-ACTGG-A-AAAAT---GAG---G---TTTG--C--T---T--AAAAA----AAAAAA--AA--C-CACTCCTCA-CCA-G--A-ATGAC-ATCTTCC---------------T--------GA-A--AA--TTTTC---A----TGAAAAT-CGAT-TTAGTGATGACCGCAGAAAa
gi|4 : atAAAGAGAT-AATTGAGATGA-------GCAAA----AATGTCA--ACGGATATTTGA--AAAAA---TTCGGCATGC-ATTTTT--CT---CCTAG--GTCGGAGC-TTTAGAC--AA---AGTCGCT----T--C--GG---AATCAGAAT--ATTTCTCTAAGCA-T-TATT--ATTGATG-A-----------------G----TCTATTTG-TG---T--CC---------AAAGT-----TGAG----TA--TTCTAAGCTC------TGAG-AT-AGT--TA-GT---AG-GAG--A-ATG-CGTGGACAA-G-AC-G-AC------CCATAAAAG-TCACTAAAA-GCAAG--TAAAT---CG-AC--G-A-TA--T---AACTAGA---CTT---C--T---C--AAAAA-TTGCATGCG--AG--CAT-TCCTTCATC-A-AATA-AT-AC-ACTTTTC-T---GAAACTT-TCt
gi|5 : aatatCC-ATTTTT--TCATCTCCAG--GC--GAGCTTTTACTC--AATATA-TTGCT----T-----GGTCAA-TCAGAAG--G----ACCCATCA-TCTACT--G-TGATA-A-----------------GGTATTC-------TG---TGTCC---------AAAGT-----TG-A----TAATC----AGCTT------T--T-AT-AGT--TA------AG-GAT-TT-ATT-CTTAAAAGA-A-GTGG-ACC---T-AAA-AAAAG-TAACTAAAAGGAGAA--TCACT-CCC--ACC-G-A-AG--T---GAC---T---TTTG--C--T---C--AAAATTTTG-ATAC---AA--C-T-CTCTTCA-C-C-G--A-AT-AC-A-CTTTC--------------CT--------GA-AATCA--TTT-C---A-----GAAAATAC--T-AAAGTAATGACTG-A-AAAATCa
gi|6 : cgtcaTTTTTGTCAACA-ATTTTT--CT----CCAG--GC--G-----CTAGGA--AG---A-TCGCT----TTCC--AGTTAAA-CA-AAA--CTATTTCCAAGCACTCTACTTAA-TGATG-ATTCATCTGTTCGCAACAG----TT-------TGAATT--CT---------AAAAT-----T--A----TT--T----A-CTT------T--G-AT-AGT--AA-GGGTAAG-GAG----ATA-CGTGACTAACG-ACAG-ACC---T-CCA-AAA-G-TCACTACAATGGCAA--TAA---TCCA-TCCGT-ATAG------AAC---A----TC---C--T---C--AAAATATTGC-TGCA--G-----T-CTCTACATC-A-A--A-AT-AC-A--TTTC-CTGAAAA--TT-
gi|7 : gaGT--ACAAAGATAA---TTTAGACGGA-A---GGTCCGACATTTTTTGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCAAG--GC--CAGCTTTTAGGC--GA---A-TTGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTGCTACAAAACA-TCTAGA--A-TGATT-A-----------------A----TCTATATTGTG---T--CC---------AAAGTTGAAGT--A----TC--T----AGTTT------T--G-AG-AGT--TACGG---TG-GAG----ATG-CGTGGATAA-G-ATGG-ACC---T-CCA-AAACG-TCACCAAAAGGAAAA--TAACT-CCCG-ATCAA-A-Ac
gi|8 : ccaAAATTTTT-GACATCC-ATTTTT--TCAGGTTTAG--AC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--AGTCAAATCT-AAG--GCATTTCCCATTA-TCTACT--A-TAATG-A-----------------G----TCTATCTTGTG---T--CT---------AAAGT-----TC-AAGTCTC--T----AACTTTTATACT--G-GT-AGT--TA------AG-GAGTTT-ATC-CTTGGACAA-G-ACAG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAGGGttttgc
gi|9 : GAAAAGATAC-AAATTAGATCAAATG---ACAAA----AAT-TT---GTAAA-ATC-AG--TGAAACTTTC--ACATCC-AATTTTAATAAGGC--AA--AT--GAGCGTTTA----------A-TC-CTCTT-T-CT--GGTCAAATCG-AAG--GTCTGAT--ATCA-TCTAA---A-TGA---A-----------------GC---TC-------TA---T---T---------AAAGTCTCC-T--A----TT--T----TGCCC------------T-AGT--TA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 222222 3333 1111111 2222222222 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 6 1 999 6666666666666 4 9999 99 3 44 0 44 44 44 4 5555 666 3 4444 44 55 8 00000000000 1 4 8888 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 8888 88888888888 3 44 444444 3 2222 55 1 666 3 555 3 3 3 1 55 0 3 3 99 3 3 888888 2222222 0000000000 55 77 6 55 7777 4 11111111 5 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777 6 1 77 7 6
lowQualScore : . . ... ............. . .... .. . .. . .. .. .. . .... ... . .... .. .. . ........... . . .... . . .................................................................... ... .... ........... . .. ...... . .... .. . ... . ... . . . . .. . . . .. . . ...... ....... .......... .. .. . .. .... . ........ . . . . ............................................... . . .. . .
lowQualScore : 7 0 333 4444444444444 4 9999 88 3 66 4 11 66 66 2 3333 444 6 1111 22 00 0 88888888888 0 4 4444 4 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 5555 88888888888 3 66 000000 6 9999 66 0 333 3 888 3 3 3 4 55 5 6 6 44 6 6 444444 9999999 5555555555 55 00 6 55 7777 0 66666666 0 0 0 1 11111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 77 8 7
consensus : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-AC-ATCTTTC-C---AAA--TT-TCT--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
Reference ( family-2180 ) : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-AC-ATCTTTC-C---AAA--TT-TCT--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|1 : GAAAAGAGAT-AATTTAGATTGAATGT--ACAAA----A---TC---ACAGA-ATTTTA--CGAAATGTTTAGGTATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--CAGCGTTTAGAC--GA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTACGACAAAACA-TCTAGA--A-TGATG-A-----------------A----TC-------TG---T--CT---------GAAG------T--A----TG--T----AGCTT------T--A-AT-AGT--TACGG---AG-GAG----ATG-GGTGAACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-GCACTAAAAGGGAAA--TAACT-AACG-ACCGG-A-AG--T---GAC---A---TTA---CAAT---C--AAAACTTTGCATGCA--AA--T-T-CTCTTCA-C-GTA--A-AG-AC-ATCTTT--C---AAA--TTCTCTTAACCAGAAA-A--CAGCTTT-CTTGAAGATTGAAAAT-CAGT-CAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|10 : -G-ACGG-GTT---TTCCA-AAAAACTCACTAATAGGGGAA--------CCCA-ACCGGGA-AG--T---GAT---G---TTT---T--TGGTC--AAAAATATGGCTGGA--AA--A-T-CTCTTTG-C-C-A--ACAA-AC-ATCTTTC-------A--T-------------GATA--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-TAAG-AATGGCTG-GGAAAATCc
gi|11 : ----TG--T----GGCTT------T--G-AT-AGTTATA-GG---AG-GAA----ATG-CGTGGACAA---ACGGAACC---T-CC--AAAAG-TCACTAAAAAGGCAATTTAACT-CCAG-AC--G-A-AG--T---AAC---GAATTCT---CA-T---C--AAAAATTTGCATGCAACAG--C-T-CTCTaa
gi|12 : cTT------T--T-AT-AGT--TA-AG----G-AAT-TT-ATC-CTTGGGCAA-G-AAGG-ACC---T-CTA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACTGG-A-AG--TGACGAC---G---TTT---C--G---CTAAAAAATTTGTATATA--AA--T-T-CTCTTAA-C-c
gi|13 : ACTACCCG-AC--G-A-AG--T---GAC---G---TTTTTGC--T---C--AAAATGTTG-ATACA--GA--C-T-CTCTTAA-C-A-A--G-AT-AC-GTCTTCT---------------T--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-TGATAAAAGAAATGGCTG-AG-AAATCGc
gi|14 : ----A---TC---ACAGA-ATTTGG--TGAAATCTTTCGGGATCCTTTTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCGTGAAGGC--CA---G-TGGCTTTAAT-TC--GGTGGAACCA-AAG--tg
gi|15 : AAAAGAGAT-AATTGCGATAAAATGT--CCCAC----A---TC---ACGGA-ATTTGA--CG--ATTTT---ACATCC-ATTTTA--TCAGGTCCAG--GC--GAGCccattcaaaggtagaatga
gi|16 : atGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTTGGCATAC-ATTTTT--TCAGGTCCAG--GC--GAGCTTTTAGGT--AA---A-TCGCT----T-CC--AG
gi|17 : T-AGC--TA------AG-GAG-TTTATA-CTAGGACAA-G-ACAG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGAG
gi|2 : AAAAGAAAT-----GAGATGGAATGTCCATAAA----T---TC---ACTGA-ATTTG---CTAAATTTTGTGG-ATCC---TTTT--TCAG--TCAGCTGC--T-GCTTTTAG-C--AA---A-TCGCT----T-CC--GTTCAAATCA-AAT--ACCTT-CCAAGCA---TACT--A-TGATGCA-----------------G----TC-------TA---T--TTGGTCCA---AAAGT-----T--GAGTTTC--T----AGCTT------T----AT-AGT--AA-GG---AGTGAA----ATGCCATTGACAA-GTACGG-GTCCGAC-TCA-AAAAA-TCACTAATAAGGGCA--TAATT-CCTATACCGG-A-AT--T---AAC---A---TTC---G--C---C--AAAAATTT-CA-GCA--AACGC-T-CCCTTCA-A-A-A--A-AT-ACAATCTTTCAT---AAA--GC-T----------------------------A----TGAAAAT-CGAT-CATGAAACGGCTG-AGAAAATCG
gi|3 : atttgccaatAAAGAGATTAATTGAGATGGAATAT--ACAAA----T---CT---ACAGA-ATTT----CGAACGTTTCCGACA-CC-ATTTTT--TTGGTGCCAG--AC--AAA-TTGTAGGGTAAA---A-TCGCT----T-CCTGGGTCAAATCA-ATGCAATTTTGC--AACA-TCTACT--A-TGGTG-A-----------------T----TC-------TA---T--CTTGTTATCCAAAAGTG----T--AGT--CT--T----ATCTT------T--ATATCAGT--TA------AG-GAG-TTTATT-CTTG-ACAA---ACAG-ACA---A-TCA-AAACG-TC-CTAAATGGAAAG--CAACA-CCAG-ACTGG-A-AAAAT---GAG---G---TTTG--C--T---T--AAAAA----AAAAAA--AA--C-CACTCCTCA-CCA-G--A-ATGAC-ATCTTCC---------------T--------GA-A--AA--TTTTC---A----TGAAAAT-CGAT-TTAGTGATGACCGCAGAAAa
gi|4 : atAAAGAGAT-AATTGAGATGA-------GCAAA----AATGTCA--ACGGATATTTGA--AAAAA---TTCGGCATGC-ATTTTT--CT---CCTAG--GTCGGAGC-TTTAGAC--AA---AGTCGCT----T--C--GG---AATCAGAAT--ATTTCTCTAAGCA-T-TATT--ATTGATG-A-----------------G----TCTATTTG-TG---T--CC---------AAAGT-----TGAG----TA--TTCTAAGCTC------TGAG-AT-AGT--TA-GT---AG-GAG--A-ATG-CGTGGACAA-G-AC-G-AC------CCATAAAAG-TCACTAAAA-GCAAG--TAAAT---CG-AC--G-A-TA--T---AACTAGA---CTT---C--T---C--AAAAA-TTGCATGCG--AG--CAT-TCCTTCATC-A-AATA-AT-AC-ACTTTTC-T---GAAACTT-TCt
gi|5 : aatatCC-ATTTTT--TCATCTCCAG--GC--GAGCTTTTACTC--AATATA-TTGCT----T-----GGTCAA-TCAGAAG--G----ACCCATCA-TCTACT--G-TGATA-A-----------------GGTATTC-------TG---TGTCC---------AAAGT-----TG-A----TAATC----AGCTT------T--T-AT-AGT--TA------AG-GAT-TT-ATT-CTTAAAAGA-A-GTGG-ACC---T-AAA-AAAAG-TAACTAAAAGGAGAA--TCACT-CCC--ACC-G-A-AG--T---GAC---T---TTTG--C--T---C--AAAATTTTG-ATAC---AA--C-T-CTCTTCA-C-C-G--A-AT-AC-A-CTTTC--------------CT--------GA-AATCA--TTT-C---A-----GAAAATAC--T-AAAGTAATGACTG-A-AAAATCa
gi|6 : cgtcaTTTTTGTCAACA-ATTTTT--CT----CCAG--GC--G-----CTAGGA--AG---A-TCGCT----TTCC--AGTTAAA-CA-AAA--CTATTTCCAAGCACTCTACTTAA-TGATG-ATTCATCTGTTCGCAACAG----TT-------TGAATT--CT---------AAAAT-----T--A----TT--T----A-CTT------T--G-AT-AGT--AA-GGGTAAG-GAG----ATA-CGTGACTAACG-ACAG-ACC---T-CCA-AAA-G-TCACTACAATGGCAA--TAA---TCCA-TCCGT-ATAG------AAC---A----TC---C--T---C--AAAATATTGC-TGCA--G-----T-CTCTACATC-A-A--A-AT-AC-A--TTTC-CTGAAAA--TT-
gi|7 : gaGT--ACAAAGATAA---TTTAGACGGA-A---GGTCCGACATTTTTTGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCAAG--GC--CAGCTTTTAGGC--GA---A-TTGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTGCTACAAAACA-TCTAGA--A-TGATT-A-----------------A----TCTATATTGTG---T--CC---------AAAGTTGAAGT--A----TC--T----AGTTT------T--G-AG-AGT--TACGG---TG-GAG----ATG-CGTGGATAA-G-ATGG-ACC---T-CCA-AAACG-TCACCAAAAGGAAAA--TAACT-CCCG-ATCAA-A-Ac
gi|8 : ccaAAATTTTT-GACATCC-ATTTTT--TCAGGTTTAG--AC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--AGTCAAATCT-AAG--GCATTTCCCATTA-TCTACT--A-TAATG-A-----------------G----TCTATCTTGTG---T--CT---------AAAGT-----TC-AAGTCTC--T----AACTTTTATACT--G-GT-AGT--TA------AG-GAGTTT-ATC-CTTGGACAA-G-ACAG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAGGGttttgc
gi|9 : GAAAAGATAC-AAATTAGATCAAATG---ACAAA----AAT-TT---GTAAA-ATC-AG--TGAAACTTTC--ACATCC-AATTTTAATAAGGC--AA--AT--GAGCGTTTA----------A-TC-CTCTT-T-CT--GGTCAAATCG-AAG--GTCTGAT--ATCA-TCTAA---A-TGA---A-----------------GC---TC-------TA---T---T---------AAAGTCTCC-T--A----TT--T----TGCCC------------T-AGT--TA-
blockSeqs : T A TCC GATAATTTAG T GGTC TC T AA GC CT CG G GGTA TAT G TTAA TC TG G CAATTTTGC G C CTTA T C TTCATCTGTTCGCAACAGTTTGAATTCTAAAATTA AAT TCTA TTATACTG C TA GGGTA T TTT GC G GT A CGA T T C G TT A T CG G T TGAC GAAT TTGGT TA AT G AC CGC A TCAAAT C G A T CTGAAATCATTTCA A G AA A C
blockSeqs : . G T AATGTCA . GG TT . . GT . . T GC . . CTT T . G ATTTCTCTA A . CT . . TTCTATCTTGTTATCCAAAAGTGTAGT G . TGAG . . CGG . TTT G T CG . . . . . C . . . TG . . AAT TAGA TTGCT . AT C . CA . CCAG . . . T ATGATACATTTCA . G T A .
blockSeqs : . G T AATTT . GA GT . . GT . . T GT . . . C . . CTATTTCCA G . CT . . ATCTATATTGTGTCCAAAGTTGAAGTA C . TAT . . GG . TTT C T G . . . . . G . . . CG . . T G CAT . AT T . A . TCAA . . . T TGAAAATTTTCA . G C T .
blockSeqs : . G T ATC . GG CC . . TG . . T AC . . . C . . GTGCTACAA T . TT . . GTCTATCTTGTGTCTAAAGTTCAAGTC T . TG . . AG . TT A A G . . . . . G . . . TG . . T G GCT . TG C . C . CCA . . . T TGAACATTTCA . G T T .
blockSeqs : . C . ATC . GA TC . . CT . . T TC . . . C . . GCATTTCCC G . CT . . GTCTATTTGGTCCAAAAGTTGAGTT A . TT . . GG . TT T T G . . . . . A . . . CG . . T G GCT . AT A . T . CAA . . . C ATAAAGCTA . . A . .
blockSeqs : . TTC . AG TT . . GC . . T GA . . . C . . ACCTTCCA A . GA . . GTCTATTTGTGTCCAAAGTTGAG T . TT . . GT . A G G G . . . . . A . . . CA . . T A CG . TT C . C . AAA . . . .
blockSeqs : TCT . G TT . . GT . . T GC . . . C . . GTCTGAT T . CT . . GGTATTCTGTGTCCAAAGTTGA C . TG . . . . . T T A . . . . . G . . . C . . T G GC . TA C . C . CCG . . . .
blockSeqs : . . T . . GC . . G GC . . . C . . GACCC T . A . . GCTCTATTAAAGTCTCCTA C . TG . . . . . A G G . . . . . C . . . . . . T T CT . A . . C .
blockSeqs : C . . C . . . C . . . . . . T . T . . . . . G G G . . . . . A . . . . . . . A CT . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GG**** GCT******* CNA***** TGAANATTTCA************************************
originalCons : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTT---C--T---C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCA-C-A-A--A-AT-AC-ATCTTTC-C---AAA--TT-TCT--------GA-A--CA--TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
finalCons : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TAGG----AG-GAG-TT-ATG-CNTGGACAA-G-ACGG-ACC---T-CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--T---GAC---G---TTTGCT-------C--AAAAATTTGCATGCA--AA--C-T-CTCTTCACNA-----A-AT-AC-ATCTTTCTGAANATTTCA------------------------------------TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 222222 3333 2222222222222222 111 333333333333333 11111111 11111111
lowQualScore : 6 1 999 6666666666666 4 9999 99 3 44 0 44 44 44 4 5555 666 3 4444 44 55 8 00000000000 1 4 1 8888 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 8888 88888888888 3 44 444444 3 2222 2 44 666 3 999 3 3 1 55 0 3 3 99 3 3 55 1111111111111111 77 6 55 99 4 4 55 333 5 5 5 0 333333333333333 5 55555555 5 33333333 6 1 77 7 6
lowQualScore : . . ... ............. . .... .. . .. . .. .. .. . .... ... . .... .. .. . ........... . . . .... . . .................................................................... ... .... ........... . .. ...... . .... . .. ... . ... . . . .. . . . .. . . .. ................ .. . .. .. . . .. ... . . . . ............... . ........ . ........ . . .. . .
lowQualScore : 7 0 333 4444444444444 4 9999 88 3 66 4 11 66 66 2 3333 444 6 1111 22 00 0 88888888888 0 4 1 4444 4 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 5555 88888888888 3 66 000000 6 9999 0 66 333 3 222 3 3 4 55 5 6 6 44 6 6 55 8888888888888888 00 6 55 55 0 4 44 888 0 0 0 2 555555555555555 0 55555555 7 11111111 7 0 77 8 7
consensus : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATGCN-TGGACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--TGAC--G----TTC--GC--TCAAAAATTTGCATGCA--AAC--T-CTCTTCA-C-CA---A-AT-ACA-TCTTCCA--T-----------GA-A--NA----TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
Reference ( family-2180 ) : GAAAAGAGAT-AATTGAGATGGAATGT--ACAAA----A---TC---ACGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTCGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTNTTNCCAANCA-TCTACT--A-TGATG-A-----------------G----TC-------TG---T--CT---------AAAGT-----T--A----TN--T----AGCTT------T--G-AT-AGT--TA-GG---AG-GAG-TT-ATGCN-TGGACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACCGG-A-AG--TGAC--G----TTT--GC--TCAAAAATTTGCATGCA--AAC--T-CTCTTCA-C-NA---A-AT-ACA-TCTTTC---T-----------GA-A--NA----TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-NAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|1 : GAAAAGAGAT-AATTTAGATTGAATGT--ACAAA----A---TC---ACAGA-ATTTTA--CGAAATGTTTAGGTATCC-ATTTTT--TCAGGCCCAG--GC--CAGCGTTTAGAC--GA---A-TCGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTACGACAAAACA-TCTAGA--A-TGATG-A-----------------A----TC-------TG---T--CT---------GAAG------T--A----TG--T----AGCTT------T--A-AT-AGT--TACGG---AG-GAG----ATGGG-TGAACAA-G-ACGG-ACCT---CCA-AAAAG-GCACTAAAAGGGAAA--TAACT-AACG-ACCGG-A-AG--TGAC--A-----TT--ACAATCAAAACTTTGCATGCA--AAT--T-CTCTTCA-CGTA---A-AG-ACA-TCTTTCAAATTCTCTTAACCAGA-A--AACAGCTTT-CTTGAAGATTGAAAAT-CAGT-CAAGAAATGGCTG-AGAAAATCG
gi|10 : -G-ACGG-GTTTT--CCA-AAAAACTCACTAATAGGGGAA--------CCCA-ACCGGGA-AG--TGAT--G----TTTTTGG--TCAAAAATATGGCTGGA--AAA--T-CTCTTTG-C-CA---ACAA-ACA-TCTTTCA--T-----------GATA--CA----TTT-C---A----TGAAAAT-CGAT-TAAG-AATGGCTG-GGAAAATCc
gi|11 : ----TG--T----GGCTT------T--G-AT-AGTTATA-GG---AG-GAA----ATGCG-TGGACAA---ACGGAACCT---CC--AAAAG-TCACTAAAAAGGCAATTTAACT-CCAG-AC--G-A-AG--TAAC--GAA--TTC--TCA-TCAAAAATTTGCATGCAACAGC--T-CTCTaa
gi|12 : cTT------T--T-AT-AGT--TA-AG----G-AAT-TT-ATCCT-TGGGCAA-G-AAGG-ACCT---CTA-AAAAG-TCACTAAAAGGGGAA--TAACT-CCCG-ACTGG-A-AG--TGAC--GACGTTTC--GC--TAAAAAATTTGTATATA--AAT--T-CTCTTAA-C-c
gi|13 : ACTACCCG-AC--G-A-AG--TGAC--G----TTTTTGC--TCAAAATGTTG-ATACA--GAC--T-CTCTTAA-C-AA---G-AT-ACG-TCTTCT---T-----------GA-A--CA----TTT-C---A----TGAAAAT-TGATAAAAGAAATGGCTG-AG-AAATCGc
gi|14 : ----A---TC---ACAGA-ATTTGG--TGAAATCTTTCGGGATCCTTTTTTT--TCAGGCCCAG--GC--GAGCGTGAAGGC--CA---G-TGGCTTTAAT-TC--GGTGGAACCA-AAG--tg
gi|15 : AAAAGAGAT-AATTGCGATAAAATGT--CCCAC----A---TC---ACGGA-ATTTGA--CG--ATTTT---ACATCC-ATTTTA--TCAGGTCCAG--GC--GAGCccattcaaaggtagaatga
gi|16 : atGGA-ATTTGG--CGAAATTTTTTGGCATAC-ATTTTT--TCAGGTCCAG--GC--GAGCTTTTAGGT--AA---A-TCGCT----T-CC--AG
gi|17 : T-AGC--TA------AG-GAG-TTTATACT-AGGACAA-G-ACAG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAAGAG
gi|2 : AAAAGAAAT-----GAGATGGAATGTCCATAAA----T---TC---ACTGA-ATTTG---CTAAATTTTGTGG-ATCC---TTTT--TCAG--TCAGCTGC--T-GCTTTTAG-C--AA---A-TCGCT----T-CC--GTTCAAATCA-AAT--ACCTT-CCAAGCA-T--ACT--A-TGATGCA-----------------G----TC-------TA---T--TTGGTCCA---AAAGT-----T--GAGTTTC--T----AGCTT------T----AT-AGT--AA-GG---AGTGAA----ATGCCATTGACAA-GTACGG-GTCCGACTCA-AAAAA-TCACTAATAAGGGCA--TAATT-CCTATACCGG-A-AT--TAAC--A----TTC--GC---CAAAAATTT-CA-GCA--AACGCT-CCCTTCA-A-AA---A-AT-ACAATCTTTCA--T-----------AA-A--GC----T-------A----TGAAAAT-CGAT-CATGAAACGGCTG-AGAAAATCG
gi|3 : atttgccaatAAAGAGATTAATTGAGATGGAATAT--ACAAA----T---CT---ACAGA-ATTT----CGAACGTTTCCGACA-CC-ATTTTT--TTGGTGCCAG--AC--AAA-TTGTAGGGTAAA---A-TCGCT----T-CCTGGGTCAAATCA-ATGCAATTTTGC--AACA-TCTACT--A-TGGTG-A-----------------T----TC-------TA---T--CTTGTTATCCAAAAGTG----T--AGT--CT--T----ATCTT------T--ATATCAGT--TA------AG-GAG-TTTATTCT-TG-ACAA---ACAG-ACAA---TCA-AAACG-TC-CTAAATGGAAAG--CAACA-CCAG-ACTGG-A-AAAATGAG--G----TTT--GC--TTAAAAA----AAAAAA--AAC--CACTCCTCA-C-CAG--A-ATGACA-TCTTCC---T-----------GA-A--AA----TTTTC---A----TGAAAAT-CGAT-TTAGTGATGACCGCAGAAAa
gi|4 : atAAAGAGAT-AATTGAGATGA-------GCAAA----AATGTCA--ACGGATATTTGA--AAAAA---TTCGGCATGC-ATTTTT--CT---CCTAG--GTCGGAGC-TTTAGAC--AA---AGTCGCT----T--C--GG---AATCAGAAT--ATTTCTCTAAGCA-T-TATT--ATTGATG-A-----------------G----TCTATTTG-TG---T--CC---------AAAGT-----TGAG----TA--TTCTAAGCTC------TGAG-AT-AGT--TA-GT---AG-GAG--A-ATGCG-TGGACAA-G-AC-G-AC-----CCATAAAAG-TCACTAAAA-GCAAG--TAAAT---CG-AC--G-A-TA--TAACTAG----ACT--TC--TCAAAAA-TTGCATGCG--AGCA-T-TCCTTCA-T-CAAATA-AT-ACA-CTTTTC---T-----------GA-A--AC----TTT-C---A----t
gi|5 : aatatCC-ATTTTT--TCATCTCCAG--GC--GAGCTTTTACTC--AATATA-TTGCT----T-----GGTCAA-TCAGAAG--G----ACCCATCA-TCTACT--G-TGATA-A-----------------GGTATTC-------TG---TGTCC---------AAAGT-----TG-A----TAATC----AGCTT------T--T-AT-AGT--TA------AG-GAT-TT-ATTCT-TAAAAGA-A-GTGG-ACCT---AAA-AAAAG-TAACTAAAAGGAGAA--TCACT-CCC--ACC-G-A-AG--TGAC--T----TTT--GC--TCAAAATTTTG-ATAC---AAC--T-CTCTTCA-C-CG---A-AT-ACA-CTTTCC---T-----------GA-AATCA----TTT-C---A-----GAAAATAC--T-AAAGTAATGACTG-A-AAAATC
gi|6 : cgtcaTTTTTGTCAACA-ATTTTT--CT----CCAG--GC--G-----CTAGGA--AG---A-TCGCT----TTCC--AGTTAAA-CA-AAA--CTATTTCCAAGCACTCTACTTAA-TGATG-ATTCATCTGTTCGCAACAG----TT-------TGAATT--CT---------AAAAT-----T--A----TT--T----A-CTT------T--G-AT-AGT--AA-GGGTAAG-GAG----ATACG-TGACTAACG-ACAG-ACCT---CCA-AAA-G-TCACTACAATGGCAA--TAA---TCCA-TCCGT-ATAG---AAC--A----TC----C--TCAAAATATTGC-TGCA--G----T-CTCTACATC-AA---A-AT-ACA-T-TTCC---T-----------GA-A--AA----TT
gi|7 : gaGT--ACAAAGATAA---TTTAGACGGA-A---GGTCCGACATTTTTTGGCATCC-ATTTTT--TCAGGCCAAG--GC--CAGCTTTTAGGC--GA---A-TTGCT----T-CC--GGTCAAATCA-AAG--GTGCTACAAAACA-TCTAGA--A-TGATT-A-----------------A----TCTATATTGTG---T--CC---------AAAGTTGAAGT--A----TC--T----AGTTT------T--G-AG-AGT--TACGG---TG-GAG----ATGCG-TGGATAA-G-ATGG-ACCT---CCA-AAACG-TCACCAAAAGGAAAA--TAACT-CCCG-ATCAA-A-Ac
gi|8 : ccaAAATTTTT-GACATCC-ATTTTT--TCAGGTTTAG--AC--GAGCTTTTAGGC--AA---A-TCGCT----T-CC--AGTCAAATCT-AAG--GCATTTCCCATTA-TCTACT--A-TAATG-A-----------------G----TCTATCTTGTG---T--CT---------AAAGT-----TC-AAGTCTC--T----AACTTTTATACT--G-GT-AGT--TA------AG-GAGTTT-ATCCT-TGGACAA-G-ACAG-ACCT---CCA-AAAAG-TCACTAAAGGGttttgc
gi|9 : GAAAAGATAC-AAATTAGATCAAATG---ACAAA----AAT-TT---GTAAA-ATC-AG--TGAAACTTTC--ACATCC-AATTTTAATAAGGC--AA--AT--GAGCGTTTA----------A-TC-CTCTT-T-CT--GGTCAAATCG-AAG--GTCTGAT--ATCA-TCTAA---A-TGA---A-----------------GC---TC-------TA---T---T---------AAAGTCTCC-T--A----TT--T----TGCCC------------T-AGT--TA-