lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222 1111111 11 111 11111 44444444444444444 11111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 1 11 111 33333 1111 1 44444444444444444444444444444444 2222
lowQualScore : 55 22 66 4 8 000 8 55 55 3 3 1 0 3 44 3 7777 0000000 3 3 11 3 3 444 00000 3 44444444444444444 4 0 4 4 4 00000 7777 1 3 0 55 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 33 3333 5 0 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 0 4 777777 222 8 1 9 11 8 8 444 00000 1 3333 7 6 4 3 3 77777777777777777777777777777777 1111 3 2
lowQualScore : .. .. .. . . ... . .. .. . . . . . .. . .... ....... . . .. . . ... ..... . ................. . . . . . ..... .... . . . .. . .............................................................................. . .. .... . . .. ............................................................ . . . ...... ... . . . .. . . ... ..... . .... . . . . . ................................ .... . .
lowQualScore : 44 22 11 4 9 999 9 55 00 6 6 4 3 3 66 3 1111 4444444 3 3 22 3 6 111 00000 6 99999999999999999 0 7 0 0 0 00000 7777 8 6 9 00 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 66 7777 7 6 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 8 0 666666 222 0 4 6 00 0 0 000 00000 4 3333 8 3 0 3 0 55555555555555555555555555555555 2222 2 2
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCC-TGCT--C-CCT-TAAA-NTAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTTCAT--A--C-C-AA--A-AA-TACA--TACCC-----ATCCAG-CA-A----G---C--G---TG-AGAGTTTTGTTTAC-ATCG-A-A-----GTC----AGGC-ACGTG-CTA--AAT-CA--G-------------------NTGGTCAA--AAG---------C-AA---ACCCACT--TT-T--A-A--A--A---AA-A--TTC--A-AAAAATATG-TAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTG----CAAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGAAAGTT-CCA-TAA---TACA-AGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTATNTTCT-TTCGNCCANTATT-----CGAC-GTGAACCT----CANATAAATAGAGTG----ATGCAACCT
Reference ( gi|5 ) : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCC-AGCT--C-CCT-TAAA-TTAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTTCAC--A--C-C-AA--A-AA-TACA--TACCT-----ATCCAG-CA-A----T---C--G---TG-AGAGTTTTGTTTAC-ATTG-A-A-----GTC----AGGC-ACGTG-CTA--AAT-CA--G-------------------GTGGTCAA--AAG---------C-----------CT--TT-T--A-A--A--A---AA-A--TTC--A-AAAAATATG-TAAATCCTTCTT-TGA----TTT------------TTC-GAGC----AT---------TACACTT-----TAACATTTTG----CAAAAAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA---TACA-A---GAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-TTCGTCCACTATT-----CGAC-GTGAACCT---CCAGATAAATAGAGTG----ATGTAACCT
gi|3 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCC-AGCT--C-CCT-TAAA-TTAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTTCAC--A--C-C-AAG-A-AA-TACA--TACCT-----ATCCAG-CAGA----T---C--G---TG-AGAGTTTTGTTTAC-ATTG-A-A-----GTC----AGGC-ACGTGCCTA--AAT-CA--G-------------------GTGGTC----AAG---------C-----------CT--TT-T--A-A--A--A---AA-AGCTTC--A-AAAAATATG-TAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC--AGC----AT---------TACAC-T-----TAACATTATG----C-AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA---TACA-AGACGAAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCTTCGTCCACTATT-----CGACGGTGAACCT----CAGATAAATAGAGTGAACTATGTAACCT
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCC-AGCT--C-CCT-TAAA-TTAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTTCAC--A--C-C-AAG-A-AA-TACA--TACCT-----ATCCAG-CAGA----T---C--G---TG-AGAGTTTTGTTTAC-ATTG-A-A-----GTC----AGGC-ACGTGCCTA--AAT-CA--G-------------------GTGGTC----AAG---------C-----------CT--TT-T--A-A--A--A---AA-AC-TTC--A-AAAAATATG-TAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC--AGC----AT---------TACAC-T-----TAACATTATG----C-AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA---TACA-AGATGAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCTTCGTCgca
gi|8 : TACTCACCTTTGAC-CTGACCC-TGCT--C-CTT-CAAA-GTAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTTCAT--A--C-C-AA--A-AATTACT--TACCC-----ATCCAA-CA-AG---G---C--G---TG-AGCG-TTTGTTTGC-ATCG-A-A-----GTA----AAGC-ACGTG-CTA--AAC-CA--C-------------------ATGGTTCA--AAG---------CTAAATCACCCACA--TG-T--A-C--A--GCACAA-A--TTCAAA-AAAAATATT-TTAATTTTTCT
gi|2 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatTGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTTCAT--A--C-C-AAATA-AA-TAC---TTCCC-----ATCCAG-CA-AAG--G---C--G---TG-AGAGTTTTGTTTACTATCG-A-A-----GTC----AAGCAACGTGCCTAACAATACA--T-------------------GGGTTTCA--AAG---------CAAATCGACCCACT--CTGT--A-C--AGCA---AA-A--TTCA-A-AAAAATATT-TAATT--TTCTTCCGAAAATTTT------------TTCTAAGC----A
gi|10 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTACTTACCGTTTAC-CTGACCC-TGTT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA-TACATGTACAT-----TTCCCG-CA-----------------TG-GGG--TTTGACAAC-TGTG-A-A-----GTT----AAAC-ACGTA-CTA--AAT-CA--ACCAAATCAACCACATCTACATGTACAACTAAA---------C-----------AT--TT-A--A-A--A--G---AG-A--T------AAAGATATA-TAAATCCTTTT---------TTT------------TTC-AAGC----AA---------TGCAaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|14 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatCCTTAAAC-CTGACCC-TGTT--C-CCTCTAAA-T-ACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTTCTT--A--C-C-AA--A-
gi|12 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttCTTTGAC-TT-ATCC-TGCC--T-CCTGTAAA-C-GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTC-C--A--TAC-AA--A-AA-T
gi|4 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccgaGAT-CTGACCC-TGCT--T-CCT-TAAA-ATAAC-CTTCTCGT--AAGTTT---ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATTAAT--T--C-C-AA--A-AA-TGCA--TGTCT-----ATCGAG-CA-AAACGG---C--G---TA-AAAGTTTAATTC-C-ATTA-A-A-----GAT----AACC-ACGTG-CTA--AAT-CA--G-------------------CTCGTCAA--AAtcttccatcacattcagctaaaagc
gi|13 : cttaacaatacttaccaaCT--CTCCT-CAAA-GAGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTTCAT--ATTT-T-AA--A-AA--ATA--TACTTGTCCAATCCAG-TA-A----G---G--GAACTG-AG-GTTTTGTTTAC-ATGGAA-A-----GTC----AGGC-ACGTG-CTA--AAT-CA--atcaaatcatcctcatctagatgtactaaaatttgtttgaaaaatatcttcatcaatgatttgctttttaatttacaaattcgaatactatatacctgaatttataccttacatggaaattacatataatttcagtcatcatgattcgacatcaacttcaatgtccatgtaaagatggggtaatgcaac
gi|11 : CTCAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT--C--A--C-C-AA--ACAA-TAAT--TACCC-----ATCCAG-CA-A----attt
gi|1 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaattacccaccttttaccttacctgctcgAGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTTCATAGA--C-CGAA--A-AA-TACT--GAGGC-----ATCCAGCCA-G----G---CGGG---TGAAGACGTTTA-TTAC-ACTG-A-A-----GTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AAT-CA--ggcacgtgctaaatccgctgatcaatagc
gi|9 : tCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTTCTT--G--C-C-AA--A-GA-T-C---TACCC-----ATTCAG-CA-A----G---G--GG--TA-ATAGTTC-GTTTAT-ATTT-ACACCTTCGTC----A-------TG-CTA--AAC---------------------------GGTCAA--AAGACAAATCATC-----------CTCATC-TGCA-A--C--A---AATA--TTC--A-AATCTTTCG-TGGATGTTTTTT-TTT----TTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT-----GAA---TTTATACCCATATAAAAGAAGCT-----ACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAA---TACG-A---GGAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-TTCGTCccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|7 : CAG-CA-A----CGGCT--G---TG-AGAGTATTGTT-AA-ATCG-A-A-----G-C----AAGC-ACGTG-TTA--AAT-CAACA-------------------TTGGTTCA--AAG---------CCAAATCACCCACC--TG-T--ACAGCA--A---AA-A--TTC--ATAAAAATATGTTTAATTTTTCTA-AGT----TTT------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAACACCTCA----CAAAAAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAGTTTTAGA-G---GGAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--TTCGGCTAATA--------------AAA------------AAATAGAGTG----ATGCAACCT
gi|11 : at----AGGC-ACGTG-CTA--AAT-CC--G-------------------CTGATCAA--TAG---------C-----------g
gi|1 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaattacccaccttttaccttacctgctcgctcataagtgttacttccacattatgtagtgccgttcttagtggaaactctcaccaaacaataattacccatccagca----CAAAAAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTAT---TACAGA---GGAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-GTCGGCCA-TATTGATGTTGAC-GTGAACTCGGACCAAAAATATGAGGTG----A-GCAACCT
gi|16 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaAGGA---AATATATTCT-GTCGGCCATGATT-----TGCC-GTGAACCT---GGACATCAATAGAGTG----ATGCAACg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAGAGAGAAAATTCAGGAAAGTATATTCTTGTCAGGCCATGATTTGATAAATGCAACCCGTGAACTCGGACCAAA
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222222 1 1111 111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 33333333333333333333333333333333333 222222 11111 11111111 11 1 111111 1 11111 444444444444444 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 3 555 77777777777777777 3 99999 3 666 3 7777 1 3 0 55 4444 111 33333 8 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 55 0 55 555555555 88888888888888888888888888888888888 2 666666 55 3 0 33333 888 66666666 6 77 0 5 5 888 00 7 5 111111 2 1 0 5 1 66 7 66666 6 2 111111111111111 6 6 4444
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. . ... ................. . ..... . ... . .... . . . .. .... ... ..... . ........................................................................ . .. . .. ......... ................................... . ...... .. . . ..... ... ........ . .. . . . ... .. . . ...... . . . . . .. . ..... . . ............... . . ....
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 1 444 66666666666666666 3 11111 6 444 6 7777 8 6 9 00 4444 000 33333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 66 1 55 111111111 22222222222222222222222222222222222 0 444444 00 0 4 99999 888 33333333 6 99 7 7 7 111 11 1 3 444444 8 0 0 0 0 99 5 77777 7 5 333333333333333 7 7 2222
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAA---AAG-C-AAATC-ACC---------CACNTN-TA-----A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----TTT------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-TTC-GTC--CACTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CA-----GAT----AAATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAA---AAG-C-AA----ACC---------CACTTT-TA-----A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----TTT------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGAAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTATNTTCT-TTC-GNC--CANTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CA-----NAT----AAATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGCC---A-G----G---CGGG---TGAAGACGTT-----TA-TTAC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AATCAC-CATGG---TTCA---GCG-C-GA----ATCACACACTGGCACCTG-TATCAGCA--A------A---ATA-A----TCGTCA-A--------AAAAATATTT-TAAA--TT--TCTA-AGA----ATT------------T-----------AT---------TATACCT-----AAGCA-----C----AAA---AAA
gi|1 : tC----AAA---AAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTAT--TACA-GA-GGAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-GTC-GGC--CA-TATTGATGTTGAC-GTGAA-CT-CG-----GACCAA-AAATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCG-C---A-----------------TG-GGG--TT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-CTA--AATCA--AC-------CAAATCAAC-C-AC----ATC---------TACATG-TAC----A--ACT----A---A-ACA----T--TT--AAAAGAGATAAAGATA-TA-TAAATCCT--TTT---------TTT------------TTC-AAGC----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C----ACC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----GGCAC--G---TG-
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaatCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCAT--A-C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAG-CTAAA-A----G---C--ctaaatccgctgatcaatagc
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CAT--ATTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAG-T---A-A----G---G--GAACTG-AG-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--ATT
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTT--ACC---AA--A-t
gi|16 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAGGA---AATATATTCT-GTC-GGC--CATGAT-----TTGCC-GTGAACCTGGA-----CAT----CAATA-GA-GTG----ATGCAAC
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAG-C---A-AAG--G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCCTAACAAT-A--CATGGGTTTC-A---AAG-C-AAATCGACC---------CACTCTGTA-----C--AGC----A---A-A-A----T--TCA-A--------AAAAATA-TT-TAA--TTT--TCTTCCGAAAATTTT------------TTCTAAGC----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC-----AAG-C---------------------CTTT-TA-----A--A------A---A-A-AGC--T--TC--A--------AAAAATA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----TTT------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AA---AAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGACGAAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCTTC-GTC--CACTAT-----TCGACGGTGAACCT-CA-----GAT----AAATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AAT--TCC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAG-C---A-AAACGG---C--G---TA-AAAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-CTA--AATCA--GCTCG---TCAA---AAATC-AAATC-ATC---------CTCATC-TA-----G--ATGTACTA---A-A-ATTTGT--TT--G--------AAAAAT--------ATCTTCATCAA-TGA----TTT------------------GC-----T---------T----TT-----TAA---TTTAC----AAATTCGAAT----ACT-ATATACCT--------GAA---T-TTA-TACCTTACA--T-GGAAA-TTACA--------TATA--AT-TTCAGTCATCATGAT-----TCGAC-ATCAACTT-CAATGTCCATGTAAAGATG-GG-GTA----ATGCAACgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---A-A----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GGTGG---TCAA---AAG-C---------------------CTTT-TA-----A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-TG-TAAATCCT--TCTT-TGA----TTT------------TTC-GAGC----AT---------TACACTT-----TAACATTTTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA---AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-TTC-GTC--CACTAT-----TCGAC-GTGAACCTCCA-----GAT----AAATA-GA-GTG----ATGTAACCT
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC-----AAG-C---------------------CTTT-TA-----A--A------A---A-A-AC---T--TC--A--------AAAAATA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----TTT------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AA---AAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGATGAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCTTC-GTC--
gi|7 : CAG-C---A-ACG--G---CT-G---TG-AGAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-TTA--AATCAACATTGGT--TCAA---AGC-C-AAATC-ACC---------CACCTG-TAC----AGCA------A---A-A-A----T--TC--AT-------AAAAATA-TGTTTAATTTT--TCTA-AGT----TTT------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAACACCTCAC----AAA---AAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAG--TTTTAGAGGGAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--TTC-GGC--TAATA----------------------A-----AA-----AAATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAA-C---A-AG---G---C--G---TG-AGCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-CTA--AACCA--CATGG---TTCA---AAG-CTAAATC-ACC---------CACATG-TA-----C--A------GCACA-A-A----T--TCAAA--------AAAAATA-TT-TTAATTTT--TCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTT--GCC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAG-C---A-A----G---G--GG--TA-ATAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-CTA--AAC-------GG---TCAA---AAGAC-AA----ATCATCCT----CATCTG-CA-----A--C------A---A-ATA----T--TC--A--------AATCTTT-CG-TGGATGTT--TTTT-TTT----TTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT-----GAAT-TTATACCCATATA---AAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAA--TAC--GA-GGAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-TTC-GTC--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAGAGAGAAAATTCAGGAAAGTATATTCTTGTCAGGCCATGATTTGATAAATGCAACCCGTGAACTCGGACCAAA
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 2222222222222222 1 11111 111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 555555555555555555555555555555555555555555555 222222 11111 11111111 11 1 111111 1 11111 444444444444444444 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 888 7777777777777777 3 99999 3 3 666 3 7777 1 3 0 55 66666 333333 8 111111111111111111 55 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 88 55 333 9999 4 444444444444444444444444444444444444444444444 2 666666 55 3 0 33333 888 66666666 6 77 0 5 5 888 00 7 5 111111 5 1 0 5 66 7 66666 6 6 333333333333333333 6 6 4444
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. ... ................ . ..... . . ... . .... . . . .. ..... ...... . .................. .. . .............................................. . . .. .. ... .... . ............................................. . ...... .. . . ..... ... ........ . .. . . . ... .. . . ...... . . . . .. . ..... . . .................. . . ....
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 555 9999999999999999 6 11111 5 6 444 6 7777 8 6 9 00 55555 000000 0 111111111111111111 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 11 55 333 4444 4 999999999999999999999999999999999999999999999 0 444444 00 0 4 99999 888 33333333 6 99 7 7 7 111 11 1 3 444444 4 0 0 0 99 8 77777 7 7 777777777777777777 7 7 2222
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC---A-A----G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GN-TGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC---C---CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-TN-TAAATCTT--TCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-TTC-GTC--CACTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CGG-----AT----A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC---A-A----G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GN-TGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC---C---CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-TTC-GTC--CACTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CAG-----AT----A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGCC--A-G----G---C-GGG-TGAAGACGTT-----TATT-AC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AATCA--CCATGG---TTCAGCG-C-GAATC-ACACACTGGCAC-CTGTATCAGC--A--A------A---ATA-A----TCGTC--A--------AAAAAATATTT-TAAA--TT--TCTA-AGA----A-TT----------------------T-----------AT---------TATACCT-----AAGCA-----C----AAA---AAA
gi|1 : tC----AAA---AAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTAT--TACA-GA-GGAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-GTC-GGC--CA-TATTGATGTTGAC-GTGAA-CT-CGG-----ACCAA-A--AATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCGC---A----------------TGG-GG--TT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-CTA--AATC----------------AAC-C-AAATC-AA---C---CAC-ATCTACATGTACA--ACT----A---A-ACA----T--TT--AAAAGAGATAAAGA-TA-TA-TAAATCCT--TTT---------T-TT----------------------TTC-AAGC----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C--A--CC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAGC---A-A----GGCAC-G---TG
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaatCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCATA---C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAGCTAAA-A----G---C-ctaaatccgctgatcaatagc
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CATA--TTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAGT---A-A----G---G-GAACTGA-G-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--AT-T
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTTA--CC---AA--A-t
gi|16 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAGGA---AATATATTCT-GTC-GGC--CATGAT-----TTGCC-GTGAACCT--GG-----AC----ATCAATA-GA-GTG----ATGCAAC
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAGC---A-AAG--G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCCTAACAAT-A--CA-TGGGTTTC-AAAG-C-AAATCGAC---C---CACTCTGTA-------C--AGC----A---A-A-A----T--TCA-A--------AAAAA-TA-TT-TAA--TTT--TCTTCCGAAAATT-TT----------------------TTCTAAGC----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---AGA----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GG-TGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AGC--T--TC--A--------AAAAA-TA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AA---AAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGACGAAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCTTC-GTC--CACTAT-----TCGACGGTGAACCT-CAG-----AT----A--AATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AATT--CC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAGC---A-AAACGG---C-G---TAA-AAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-CTA--AATCA--GC-TCG---TCAAAAATC-AAATC-AT---C---CTC-ATCTA-------G--ATGTACTA---A-A-ATTTGT--TT--G--------AAAAA-T--------ATCTTCATCAA-TGA----T-TT----------------------------GC-----T---------T----TT-----TAA---TTTAC----AAATTCGAAT----ACT-ATATACCT---------GAATTT---A-TACCTTACA--T-GGAAA-TTACA----------TATAAT-TTCAGTCATCATGAT-----TCGAC-ATCAACTT-CAATGTCCATGTAAA--GATG-GG-GTA----ATGCAACgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---A-A----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GG-TGG---TCAAAAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-TG-TAAATCCT--TCTT-TGA----T-TT----------------------TTC-GAGC----AT---------TACACTT-----TAACATTTTGC----AAA---AAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGA---AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-TTC-GTC--CACTAT-----TCGAC-GTGAACCTCCAG-----AT----A--AATA-GA-GTG----ATGTAACCT
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---AGA----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GG-TGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AC---T--TC--A--------AAAAA-TA-TG-TAAATCTT--TCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AA---AAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAA--TACAAGATGAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCTTC-GTC--
gi|7 : CAGC---A-ACG--G---CTG---TGA-GAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-TTA--AATCAACAT-TGGT--TCAAAGC-C-AAATC-AC---C---CAC-CTGTAC------AGCA------A---A-A-A----T--TC--AT-------AAAAA-TA-TGTTTAATTTT--TCTA-AGT----T-TT----------------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAACACCTCAC----AAA---AAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAG--TTTTAGAGGGAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--TTC-GGC--TAATA--------------AAA------------------A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAAC---A-AG---G---C-G---TGA-GCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-CTA--AACCA--CA-TGG---TTCAAAG-CTAAATC-AC---C---CAC-ATGTA-------C--A------GCACA-A-A----T--TCAAA--------AAAAA-TA-TT-TTAATTTT--TCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTTG--CC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAGC---A-A----G---G-GG--TAA-TAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-CTA--AAC--------GG---TCAAAAGAC-AAATC-AT---C---CTC-ATCTG----------------------------------C--A--------ACAAA-TA-TT-CAAATCTT--TCGT-GGA----TGTTTTTTTTTTTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT-----GAAT-TTATACCCATATA---AAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAA--TAC--GA-GGAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-TTC-GTC--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAGAGAGAAAATTCAGGAAAGTATATTCTTGTCAGGCCATGATTTGATAAATGCAACCCGTGAACTCGGACCAAA
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 2222222222222222 1 11111 111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 11111 111 2 1111 1 222222 222222222222222 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 888 7777777777777777 3 99999 3 3 666 3 7777 1 3 0 55 66666 333333 8 111111111111111111 55 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 55 222222222 5 888888888888888888888888888888888888888888888 000000 1 3 77777 6 000 9 99 6 6 66 0 0000 5 4 1 1 1 8 000000 1 0 8 333333333333333 8 8 7777 0
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. ... ................ . ..... . . ... . .... . . . .. ..... ...... . .................. .. . .............................................. . . .. ......... . ............................................. ...... . . ..... . ... . .. . . .. . .... . . . . . . ...... . . . ............... . . .... .
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 555 9999999999999999 6 11111 5 6 444 6 7777 8 6 9 00 55555 000000 0 111111111111111111 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00 444444444 0 333333333333333333333333333333333333333333333 777777 7 3 11111 7 777 3 22 7 7 77 0 1111 4 0 0 4 3 2 888888 4 6 0 888888888888888 0 0 0000 8
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC---A-A----G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GN-TGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC---C---CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-TTCGTCCACTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC---A-A----G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GN-TGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC---C---CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT-----NAACATTNTGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-TTCGTCCACTAT-----TCGAC-GTGAACCT-CGGAT---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGCC--A-G----G---C-GGG-TGAAGACGTT-----TATT-AC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AATCA--CCATGG---TTCAGCG-C-GAATC-ACACACTGGCAC-CTGTATCAGC--A--A------A---ATA-A----TCGTC--A--------AAAAAATATT-TTAAA--TTTCTA-AGA----A-TT----------------------T-----------AT---------TATACCT-----AAGCA-----C----AAAAAA
gi|1 : tC----AAAAAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTATTACA-GA-GGAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-GTCGGCCA-TATTGATGTTGAC-GTGAA-CT-CGGACCAAA--AATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCGC---A----------------TGG-GG--TT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-CTA--AATC----------------AAC-C-AAATC-AA---C---CAC-ATCTACATGTACA--ACT----A---A-ACA----T--TT--AAAAGAGATAAAGA-TA-T-ATAAATCCTTTT---------T-TT----------------------TTC-AAGC----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C--A--CC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAGC---A-A----GGCAC-G---TG
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaatCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCATA---C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAGCTAAA-A----G---C-ctaaatccgctgatcaatagc
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CATA--TTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAGT---A-A----G---G-GAACTGA-G-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--AT-T
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTTA--CC---AA--A-t
gi|16 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAGGA---AATATATTCT-GTCGGCCATGAT-----TTGCC-GTGAACCT--GGAC---ATCAATA-GA-GTG----ATGCAAC
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAGC---A-AAG--G---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCCTAACAAT-A--CA-TGGGTTTC-AAAG-C-AAATCGAC---C---CACTCTGTA-------C--AGC----A---A-A-A----T--TCA-A--------AAAAA-TA-T-TTAA--TTTTCTTCCGAAAATT-TT----------------------TTCTAAGC----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---AGA----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GG-TGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AGC--T--TC--A--------AAAAA-TA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGACGAAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCTTCGTCCACTAT-----TCGACGGTGAACCT-CAGAT---A--AATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AATT--CC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAGC---A-AAACGG---C-G---TAA-AAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-CTA--AATCA--GC-TCG---TCAAAAATC-AAATC-AT---C---CTC-ATCTA-------G--ATGTACTA---A-A-ATTTGT--TT--G--------AAAAA-TA-T-CTgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---A-A----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GG-TGG---TCAAAAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAA-TA-T-GTAAATCCTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC-GAGC----AT---------TACACTT-----TAACATTTTGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA---AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-TTCGTCCACTAT-----TCGAC-GTGAACCTCCAGAT---A--AATA-GA-GTG----ATGTAACCTtcatcaatgatttgctttttaatttacaaattcgaatactatatacctgaatttataccttacatggaaattacatataatttcagtcatcatgattcgacatcaacttcaatgtccatgtaaagatggggtaatgcaac
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CACA--CC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC---AGA----T---C-G---TGA-GAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GG-TGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AC---T--TC--A--------AAAAA-TA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AACATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGATGAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCTTCGTC
gi|7 : CAGC---A-ACG--G---CTG---TGA-GAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-TTA--AATCAACAT-TGGT--TCAAAGC-C-AAATC-AC---C---CAC-CTGTAC------AGCA------A---A-A-A----T--TC--AT-------AAAAA-TA-TGTTTAATTTTTCTA-AGT----T-TT----------------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAACACCTCAC----AAAAAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAGTTTTAGAGGGAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--TTCGGCTAATA--------------AAA------------A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CATA--CC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAAC---A-AG---G---C-G---TGA-GCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-CTA--AACCA--CA-TGG---TTCAAAG-CTAAATC-AC---C---CAC-ATGTA-------C--A------GCACA-A-A----T--TCAAA--------AAAAA-TA-T-TTTAATTTTTCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTTG--CC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAGC---A-A----G---G-GG--TAA-TAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-CTA--AAC--------GG---TCAAAAGAC-AAATC-AT---C---CTC-ATCTG----------------------------------C--A--------ACAAA-TA-T-TCAAATCTTTCGT-GGA----TGTTTTTTTTTTTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT-----GAAT-TTATACCCATATAAAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAATAC--GA-GGAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-TTCGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAGAGAGAAAATTCAGGAAAGTATATTCTTGTCAGGCCATGATTTGATAAATGCAACCCGTGAACTCGGACCAAA
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222222 1 1111 111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 222222 11111 111 222 111 3333333333333333333333 111111111111111 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 3 555 77777777777777777 3 99999 3 666 3 7777 1 3 0 55 6666 333333 8 111111111111111111 55 1 8888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 222222222 5 888888888888888888888888888888888888888888888 555555 6 1 3 77777 6 000 9 99 6 6 33 000 0 888 6 4 1 222 5 3 7 9999999999999999999999 777777777777777 8 8 7777 0
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. . ... ................. . ..... . ... . .... . . . .. .... ...... . .................. .. . .............................................. . .. ......... . ............................................. ...... . . . ..... . ... . .. . . .. ... . ... . . . ... . . . ...................... ............... . . .... .
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 1 444 66666666666666666 3 11111 6 444 6 7777 8 6 9 00 5555 000000 0 111111111111111111 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 0 00 444444444 0 333333333333333333333333333333333333333333333 888888 7 7 7 11111 7 777 3 22 7 7 11 000 4 888 6 2 0 000 0 0 8 5555555555555555555555 333333333333333 0 0 0000 8
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC-C-----CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-G-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC-C-----CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-G-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGCC---A-G----G---CGGG---TGAAGACGTT-----TA-TTAC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AATCAC-CATGG---TTCAGCG-C-GAATC-ACACACTGGCAC-CTGTATCAGC--A--A------A---ATA-A----TCGTCA-A--------AAAAATATT-TTAAA--TTTCTA-AGA----A-TT----------------------T-----------AT---------TATACCT------AAGCA-----C----AAAAAA
gi|1 : tC----AAAAAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTATTACA-GA-G-GAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-G-TC-GGCCA-TATTGATGTTGA-----------C-GTGAA-CT-CGGACCAAA--AATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCG-C---A-----------------TG-GGG--TT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-CTA--AATC---------------AAC-C-AAATC-AA-C-----CAC-ATCTACATGTACA--ACT----A---A-ACA----T--TT--AAAAGAGATAAAGATA-T-ATAAATCCTTTT---------T-TT----------------------TTC-AAGC----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C----ACC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----GGCAC--G---TG-
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaatCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCAT--A-C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAG-CTAAA-A----G---C--ctaaatccgctgatcaatagc
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CAT--ATTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAG-T---A-A----G---G--GAACTG-AG-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--ATT
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTT--ACC---AA--A-t
gi|15 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAAGA-GAGAAAATTCAGGAA---AGTATATTCT-TGTCAGGCCATGAT-----TTGATAAATGCAACCC-GTGAA-CT-CGGAC---C--AA
gi|16 : AGGA---AATATATTCT-G-TC-GGCCATGAT-----TTGC-----------C-GTGAACCT--GGAC---ATCAATA-GA-GTG----ATGCAACa
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAG-C---A-AAG--G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCCTAACAAT-A--CATGGGTTTC-AAAG-C-AAATCGAC-C-----CACTCTGTA-------C--AGC----A---A-A-A----T--TCA-A--------AAAAATA-T-TTAA--TTTTCTTCCGAAAATT-TT----------------------TTCTAAGC----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AGC--T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGACG-AAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCT-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------CGGTGAACCT-CAGAT---A--AATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AAT--TCC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAG-C---A-AAACGG---C--G---TA-AAAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-CTA--AATCA--GCTCG---TCAAAAATC-AAATC-AT-C-----CTC-ATCTA-------G--ATGTACTA---A-A-ATTTGT--TT--G--------AAAAATA-T-CTgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---A-A----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GGTGG---TCAAAAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCCTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC-GAGC----AT---------TACACTTT-----AA-CATTTTGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA----AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-T-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCTCCAGAT---A--AATA-GA-GTG----ATGTAACCTtcatcaatgatttgctttttaatttacaaattcgaatactatatacctgaatttataccttacatggaaattacatataatttcagtcatcatgattcgacatcaacttcaatgtccatgtaaagatggggtaatgcaac
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AC---T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGATG-AAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCT-TC-GTC
gi|7 : CAG-C---A-ACG--G---CT-G---TG-AGAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-TTA--AATCAACATTGGT--TCAAAGC-C-AAATC-AC-C-----CAC-CTGTAC------AGCA------A---A-A-A----T--TC--AT-------AAAAATA-TGTTTAATTTTTCTA-AGT----T-TT----------------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAA-CACCTCAC----AAAAAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAGTTTTAGAGG-GAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--T-TC-GGCTAATA-------------------------AAA------------A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAA-C---A-AG---G---C--G---TG-AGCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-CTA--AACCA--CATGG---TTCAAAG-CTAAATC-AC-C-----CAC-ATGTA-------C--A------GCACA-A-A----T--TCAAA--------AAAAATA-T-TTTAATTTTTCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTT--GCC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAG-C---A-A----G---G--GG--TA-ATAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-CTA--AAC-------GG---TCAAAAGAC-AAATC-AT-C-----CTC-ATCTG----------------------------------C--A--------ACAAATA-T-TCAAATCTTTCGT-GGA----TGTTTTTTTTTTTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT------GA-ATTTATACCCATATAAAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAATAC--GA-G-GAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-T-TC-GTC
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222222 1 1111 111111 222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444 222222 11111 111 222 111 3333333333333333333333 111111111111111 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 3 555 77777777777777777 3 99999 3 666 3 7777 1 3 0 55 6666 333333 8 111111111111111111 55 1 8888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 222222222 5 888888888888888888888888888888888888888888888 555555 6 1 3 77777 6 000 9 99 6 6 33 000 0 888 6 4 1 222 5 1 7 9999999999999999999999 777777777777777 8 8 7777 0
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. . ... ................. . ..... . ... . .... . . . .. .... ...... . .................. .. . .............................................. . .. ......... . ............................................. ...... . . . ..... . ... . .. . . .. ... . ... . . . ... . . . ...................... ............... . . .... .
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 1 444 66666666666666666 3 11111 6 444 6 7777 8 6 9 00 5555 000000 0 111111111111111111 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 0 00 444444444 0 333333333333333333333333333333333333333333333 888888 7 7 7 11111 7 777 3 22 7 7 11 000 4 888 6 2 0 000 0 0 8 5555555555555555555555 333333333333333 0 0 0000 8
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC-C-----CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-G-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC-C-----CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-G-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGCC---A-G----G---CGGG---TGAAGACGTT-----TA-TTAC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-CTA--AATCAC-CATGG---TTCAGCG-C-GAATC-ACACACTGGCAC-CTGTATCAGC--A--A------A---ATA-A----TCGTCA-A--------AAAAATATT-TTAAA--TTTCTA-AGA----A-TT----------------------T-----------AT---------TATACCT------AAGCA-----C----AAAAAA
gi|1 : tC----AAAAAATTT-GACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTATTACA-GA-G-GAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-G-TC-GGCCA-TATTGATGTTGA-----------C-GTGAA-CT-CGGACCAAA--AATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCG-C---A-----------------TG-GGG--TT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-CTA--AATC---------------AAC-C-AAATC-AA-C-----CAC-ATCTACATGTACA--ACT----A---A-ACA----T--TT--AAAAGAGATAAAGATA-T-ATAAATCCTTTT---------T-TT----------------------TTC-AAGC----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C----ACC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----GGCAC--G---TG-
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaatCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCAT--A-C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAG-CTAAA-A----G---C--ctaaatccgctgatcaatagc
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CAT--ATTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAG-T---A-A----G---G--GAACTG-AG-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--ATT
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTT--ACC---AA--A-t
gi|15 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAAGA-GAGAAAATTCAGGAA---AGTATATTCT-TGTCAGGCCATGAT-----TTGATAAATGCAACCC-GTGAA-CT-CGGAC---C--AA
gi|16 : AGGA---AATATATTCT-G-TC-GGCCATGAT-----TTGC-----------C-GTGAACCT--GGAC---ATCAATA-GA-GTG----ATGCAACa
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAG-C---A-AAG--G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCCTAACAAT-A--CATGGGTTTC-AAAG-C-AAATCGAC-C-----CACTCTGTA-------C--AGC----A---A-A-A----T--TCA-A--------AAAAATA-T-TTAA--TTTTCTTCCGAAAATT-TT----------------------TTCTAAGC----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AGC--T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGACG-AAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCT-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------CGGTGAACCT-CAGAT---A--AATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AAT--TCC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAG-C---A-AAACGG---C--G---TA-AAAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-CTA--AATCA--GCTCG---TCAAAAATC-AAATC-AT-C-----CTC-ATCTA-------G--ATGTACTA---A-A-ATTTGT--TT--G--------AAAAATA-T-CTgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---A-A----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GGTGG---TCAAAAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCCTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC-GAGC----AT---------TACACTTT-----AA-CATTTTGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA----AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-T-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCTCCAGAT---A--AATA-GA-GTG----ATGTAACCTtcatcaatgatttgctttttaatttacaaattcgaatactatatacctgaatttataccttacatggaaattacatataatttcagtcatcatgattcgacatcaacttcaatgtccatgtaaagatggggtaatgcaac
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAG-C---AGA----T---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTGCCTA--AATCA--GGTGG---TC--AAG-C------------------C-TTTTA-------A--A------A---A-A-AC---T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----T-TT----------------------TTC--AGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGATG-AAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCT-TC-GTC
gi|7 : CAG-C---A-ACG--G---CT-G---TG-AGAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-TTA--AATCAACATTGGT--TCAAAGC-C-AAATC-AC-C-----CAC-CTGTAC------AGCA------A---A-A-A----T--TC--AT-------AAAAATA-TGTTTAATTTTTCTA-AGT----T-TT----------------------TTCTAAGCAAAAATATCAAACAATATACTTAAAAAAAA-CACCTCAC----AAAAAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAGTTTTAGAGG-GAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--T-TC-GGCTAATA-------------------------AAA------------A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAA-C---A-AG---G---C--G---TG-AGCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-CTA--AACCA--CATGG---TTCAAAG-CTAAATC-AC-C-----CAC-ATGTA-------C--A------GCACA-A-A----T--TCAAA--------AAAAATA-T-TTTAATTTTTCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTT--GCC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAG-C---A-A----G---G--GG--TA-ATAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-CTA--AAC-------GG---TCAAAAGAC-AAATC-AT-C-----CTC-ATCTG----------------------------------C--A--------ACAAATA-T-TCAAATCTTTCGT-GGA----TGTTTTTTTTTTTTACTAAAAAAAAGTTC-AATT----AT---------TCTACTT------GA-ATTTATACCCATATAAAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAATAC--GA-G-GAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-T-TC-GTC
blockSeqs : G A AC T GT AGT A TA GT C . T AA C . C . TTA AT C TTCT ACT G A TT . TAA AAACGGCG . GTTTA T TGT A . A A C AC ACAT GTTTC T AAATCGACCCA TC C CATGTACAACTAAACATTTAAAAGAGAT . GT TCCGAAAAT G TTTTTTTTTTACTAAAAAAAAGTTCAATTAT AAAAAA . T A CCATA G CT T . C . AA GA . G A A TG A G T TTGATAAATGCAACCC CCTGGACATC . . AACT
blockSeqs : . . . . C GA A . . . . . . . . . . . G . T A A . . . . AGGCACG . . . . . . G . C . AT TTCA A TAAATCACCCA A G GATGTACTAAAATTTGTTTG . A TTGA . TTCTAAGCAAAAATATCAAACAA T . T T A G CT C . . . AA CG . A A A CT . G T TCGACG CCTCCAGATA . . .
blockSeqs : . . . . C AT . . . . . . . . . . . . G . . T G . . . . AGGGAAC . . . . . . A . C . CA TCA . AAATCAACCA T T CAGCACAAATTCAAA . T TTGA . TTCAAGCAA . . T A A G CT C . . . AA TG . T G T CT . T C TTGCC CCTCAGATA . . .
blockSeqs : . . . . C TT . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . ACGGCTG . . . . . . G . . . GG TCA . AAATCATCCT A C CAGCAAAAATTCAT . G TTGA . TTCGAGCAT . . C T A T . . . . . AA GG . T G T G . T C TCGAC CTCGGACC . . .
blockSeqs : . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . AAGGCG . . . . . . A . . . GC TTC . AAATCACCCA T T CAGCAAAATTCAA . C AAGT . TTCAGCAT . . T A . . . . . . . TA G . T G T T . T A . A
blockSeqs : . . . . T TT . . . . . . . . . . . . . . . A G . . . . GATCG . . . . . . G . . . GG TCA . AAATCATCCT T T AAAAAAGCTTCA . G TGGA . TTCAGCAT . . . . T A A T . G
blockSeqs : . . . . T TT . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . GATCG . . . . . . G . . . GG TC . . C G AAAAAACTTCA . G . . . . . T T . T
blockSeqs : . . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . AGGCG . . . . . . A . . . CA TC . . A G AAAAAATTCA . T
blockSeqs : . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . AGGGG . . . . . . A . . . . . . . A C CA . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ATCG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : NT* **** ** *** AGGCG************ **** GG** AAATCACCC********* CAGCAAAAATTCA********************************* TTCAGCAT************************************* CT* ** AA NG* *** TCGAC***************** CCTCGGACA******
originalCons : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---A-A----G---C--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCA--GNTGG---TCAAAAG-C-AAATC-AC-C-----CAC-NTNTA-------A--A------A---A-A-A----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TT----------------------TTC-AAGC----AT---------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA-G-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
finalCons : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAANT-AAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAG-C---AAGGCG------------TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CTA--AATCAGG--TGG---TCAAAAG-CAAATCACCC---------C-NTNTACAGCAAAAATTCA---------------------------------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----T-TTTTCAGCAT-------------------------------------TACACTT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGANG-GAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTATTCGAC-----------------GTGAACCTCGGACA------AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Alignments
lowQualScore : 111 11 1111 111 1111111 44444444444444444444444444444444 1111111111 1111 22222222222 111111111 333333333333333333333333333333333333 111111 11111 11 111 1 111 3333333333333333333333 111111111111111 1111
lowQualScore : 4 3 55 3 44 111 7 55 44 3 3 0 3 44 3 6666 3 0 44 888 00 3 0000 000 1 3 44 77 88888888 666 3 99999 3 666 3 7777 0 3 3 6 44 3 5555555 88888888888888888888888888888888 1 1 6666666666 55 5555 55 44444444444 4 55 0 888888888 999999999999999999999999999999999999 6 999999 6 1 3 77777 00 000 9 99 6 6 3 4 0 888 6 4 1 222 5 1 7 9999999999999999999999 777777777777777 8 8 7777 0
lowQualScore : . . .. . .. ... . .. .. . . . . .. . .... . . .. ... .. . .... ... . . .. .. ........ ... . ..... . ... . .... . . . . .. . ....... ................................ . . .......... .. .... .. ........... . .. . ......... .................................... . ...... . . . ..... .. ... . .. . . . . . ... . . . ... . . . ...................... ............... . . .... .
lowQualScore : 0 6 00 6 55 666 3 00 66 3 3 4 1 22 1 5555 1 6 22 555 44 1 4444 222 0 3 66 33 77777777 444 6 11111 6 444 6 1111 8 3 3 7 66 3 0000000 77777777777777777777777777777777 0 0 6666666666 55 5555 55 55555555555 0 00 9 888888888 111111111111111111111111111111111111 7 222222 7 7 7 11111 22 777 3 22 7 7 9 1 4 888 6 2 0 000 0 0 8 5555555555555555555555 333333333333333 0 0 0000 8
consensus : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC--AA---GGC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-C-TA--AAT-CA-----GGTGGTCAAAAG-C-AAATC-A-C-------C--C-------CNTNTA-CA-GC-A--AA--AA----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC--AG-C----AT---------TACAC-TT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACGAGA-GGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
Reference ( family-2150 ) : TGCTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CCT-TAAAN-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCC-A--TCCAGC--AA---GGC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATC---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-C-TA--AAT-CA-----GGTGGTCAAAAG-C-AAATC-A-C-------C--C-------CNTNTA-CA-GC-A--AA--AA----T--TC--A--------AAAAATA-T-NTAAATCTTTCTT-NGA----TTT------------TTC--AG-C----AT---------TACAC-TT------AA-CATTATGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTACCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGANGGAAAGTTCCAGGA---ATTGTNTTCT-T-TC-GNCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCT-CGGAC---A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|1 : AGTTTT--ACT-TTCACATCAATGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCACACTTTTT-CATAGACCG--AA--A-AA----TACT--GAGGC-A--TCCAGC--CA---GGCGGG---TGAAGACGTT-----TA-TTAC-ACT---G-AAGTCGAGGAGGC--CGTG-C-TA--AAT-CAC----CATGGTTCAGCG-C-GAATC-A-CACACTGGC--A-------CCTGTATCA-GC-A--AAATAA----TCGTCA-A--------AAAAATATT-TTAAA--TTTCTA-AGA----ATT------------T------------AT---------TATAC-CT------AAGCA-----C----AAAAAA
gi|1 : tC----AAAAAAT-TTGACCAGTTTACCTCTTTCAGGGAAAGTC-CCACTATTAC-AGA-GGAAAATTTCAGGACCTAATATATTCT-G-TC-GGCCA-TATTGATGTTGA-----------C-GTGAA-CT-CGGACCAAA--AATATGAGGTG----A-GCAACCTatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccacaaaaaatttgaccagtttacctctttcagggaaagtcccactattacagaggaaaatttcaggacctaatatattctgtcggccatattgatgttgacgtgaactcggaccaaaaatatgaggtgagcaacctg
gi|10 : tagttttactttcacatcaatgtagtactgttcttcatgagcacactttttcatagaccgaaaaatactgaggcatccagccaggcgggtgaagacgtttattacactgaagtcgaggaggccgtgctaaatcaccatggttcagcgcgaatcacacactggcacctgtatcagcaaaataatcgtcaaaaaaatattttaaatttctaagaatttattatacctaagcacaaaaaaatatatcaaactgaatatcacttacatcccttaccagccccaTACTTACCGTTTAC-CTGACCCTG-TT--C-CGC-TAAA---AAC-CATCTTAA--AAGTTTT--ACT-TTCACACCG-T----TAC-G-TTAACCTAA-TGAACA----T---------------------AA----TACA--TGTAC-ATTTCCCGC--AT---GG-------------GGTT-----TG---AC-AACTGTG-AAGTT----AAAC-ACGTA-C-TA--AAT-C---------------AAC-C-AAATC-A-A-------C--CACATCTACATGTA-CA-ACTA--AA--CA----T--TT--AAAAGAGATAAAGATA-T-ATAAATCCTTTT---------TTT------------TTCA-AG-C----AA---------TGCAg
gi|11 : ttaattgcaccgctttaataagtctgcctacatTACCCACCTTTTAC-CTTACC-TG-CT--C-GCT-----------------CAT--AAGTGTT--ACT-TCCACATTA-TGTAGTGCCG-TT--CTTAG-TGGAAA----CTCT-C----ACC---AA--ACAA----TAAT--TACCC-A--TCCAGC--AA---GGC--
gi|11 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaat----AGGC-ACGTG-C-TA--AAT-CC-----GCTGATCAATAG-C-acgtgctaaatccgctgatcaatagc
gi|12 : aggccgcgctactcttgcaagcttgtctgtatgttcttatatccaaattacccaccttttaccttacctgctcgctcataagtgttacttccacattatgtagtgccgttcttagtggaaactctcaccaaacaataattacccatccagcaCTTTGAC-TT-ATCCTG-CC--T-CCTGTAAAC--GAA-CTGTTTAG--AACTGCT--A-T-TTCATACCA-TGTAATGCTGTTT--TTTGA-TGA-CA----TTTTCCAT--A-C---AA--A-AATTCTTCCA--T-CAC-A--TTCAGCTAAA---AGC--
gi|13 : gttgcaagatttgtttaatcttgacctatacatttttaccaaaattcccga-CT--CTCCT-CAAAG-AGAA-CTT-TCAG--G---TTT--GCT-TTCACATCA-TTTAGTGCTG-TT--TTTAACTGAGCA----TTTT-CAT--ATTTTAAA--A-AA----TATACTTGTCCAA--TCCAGT--AA---GG---GAACTG-AG-GTTT-----TGTTTAC-ATG---GAAAGTC----AGGC-ACGTG-C-TA--AAT-CA-----
gi|14 : CCTTAAAC-CTGACCCTG-TT--C-CCT-CTAAA-TACA-TGTTTCAG--AAGTTTT--ACT-TTTACATCA-TGCA-----G-TT--CTCAA-TGAGCA----TTTT-CTT--ACC---AA--A-attt
gi|15 : ctctattgatttggcctatatggtcttaccaaaattactttAAGAGAGAAAATTCAGGAA---AGTATATTCT-TGTCAGGCCATGAT-----TTGATAAATGCAACCC-GTGAA-CT-CGGAC---C--AA
gi|16 : AGGA---AATATATTCT-G-TC-GGCCATGAT-----TTGC-----------C-GTGAACCT--GGAC---ATCAATA-GA-GTG----ATGCAACa
gi|2 : TGCTCTACTTTGACGCTGACCCTAACTACC-CCT-CAAAAGTAAA-CTTCTCAGTAAAATTTTGTACTCTTCACATCA-TGTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AAATA-AA----TAC---TTCCC-A--TCCAGCA-AA---GGC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTACTATC---G-AAGTC----AAGCAACGTGCC-TAACAATACA-----TGGGTTTCAAAG-C-AAATCGA-C-------CCAC-------TCTGTA-CA-GC----AA--AA----T--TCA-A--------AAAAATA-T-TTAA--TTTTCTTCCGAAAATTTT------------TTCTAAG-C----A
gi|3 : gcataactctattaattatgctatatgttcctacccaaaatTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC--AG---ATC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CCTA--AAT-CA-----GGTGGTCAAG------------------------C-------CTTTTA-------A--AA--AAAGC-T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC--AG-C----AT---------TACAC-TT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGACGAAAAGTTCCAGG----ATTGTTTTTTCT-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------CGGTGAACCT-CAGAT---A--AATA-GA-GTGAACTATGTAACCTaacccaaaaatcaaatatatatcttaaatttacacgtcaaatcaaagaagtgttacagtttacctttcgggaaagtcccatattaaggt
gi|4 : GAT-CTGACCCTG-CT--T-CCT-TAAAA-TAAC-CTTCTCGT--AAG-TTT--ACT-TTCATATAC-TTTAGTAGGG-TT--CTTAA-TTCAAA----TATT-AAT--TCC---AA--A-AA----TGCA--TGTCT-A--TCGAGC--AAAACGGC--G---TA-AAAGTTT-----AATTC-C-ATT---A-AAGAT----AACC-ACGTG-C-TA--AAT-CA-----GCTCGTCAAAAATC-AAATC-ATC-------C--T-------CATCTA-GATGT-ACTAA--AATTTGT--TT--G--------AAAAATA-T-CTgca
gi|5 : cttaacaatacttaccaaTGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAA-CTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AA--A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC--AA----TC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-C-TA--AAT-CA-----GGTGGTCAAAAG----------------------C-------CTTTTA--A----A--AA--AA----T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCCTTCTT-TGA----TTT------------TTCG-AG-C----AT---------TACACTTT------AA-CATTTTGC----AAAAAATAGAGACT-GTCTATCTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGA---AAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTCT-T-TC-GTCCACTAT-----TCGA-----------C-GTGAACCTCCAGAT---A--AATA-GA-GTG----ATGTAACCTtcatcaatgatttgctttttaatttacaaattcgaatactatatacctgaatttataccttacatggaaattacatataatttcagtcatcatgattcgacatcaacttcaatgtccatgtaaagatggggtaatgcaac
gi|6 : TGCTCACCTTTGAC-TTGACCCAG-CT--C-CCT-TAAAT-TAAAACTTCTCAG--AAGTTTT--ACT-TTCACATCA-TGTAGTGCTG-TT--CTTAA-TGAGCA----TTTT-CAC--ACC---AAG-A-AA----TACA--TACCT-A--TCCAGC--AG---ATC--G---TG-AGAGTTT-----TGTTTAC-ATT---G-AAGTC----AGGC-ACGTG-CCTA--AAT-CA-----GGTGGTCAAG------------------------C-------CTTTTA-AA----A--AA--AC----T--TC--A--------AAAAATA-T-GTAAATCTTTCTT-TGA----TTT------------TTC--AG-C----AT---------TACAC-TT------AA-CATTATGC-----AAAAATAGAGACT-GTCTA-CTCTT--AAGGGAAGTT-CCA-TAATACAAGATGAAAAGTTCCAGGA---ATTGTTTTTTCT-TC-GTC
gi|7 : CAGC--AAC--GGCT-G---TG-AGAGTAT-----TGTT-AA-ATC---G-AAG-C----AAGC-ACGTG-T-TA--AAT-CAACATTGGT--TCAAAGC-C-AAATC-A-C-------C--CA------CCTGTA-CA-GC-A--AA--AA----T--TC--AT-------AAAAATA-TGTTTAATTTTTCTA-AGT----TTT------------TTCTAAG-CAAAAATATCAAACAATATAC-TTAAAAAAAA-CACCTCAC----AAAAAATTTACA---GTTTACCTCTT--CA-GAAAGTTCCCA-TAGTTTTAGAGGGAAAATTCCAGAA---A-TATATTC--T-TC-GGCTAATA-------------------------AAA------------A--AATA-GA-GTG----ATGCAACCT
gi|8 : atTACTCACCTTTGAC-CTGACCCTG-CT--C-CTT-CAAAG-TAAA-CTTCTCAG--TAGTTTT--ATT-TTCACATCA-TTTAGTACTG-TT--CTTCA-TGAGCA----TTTT-CAT--ACC---AA--A-AAT---TACT--TACCC-A--TCCAAC--AA---GGC--G---TG-AGCG-TT-----TGTTTGC-ATC---G-AAGTA----AAGC-ACGTG-C-TA--AAC-CA-----CATGGTTCAAAG-CTAAATC-A-C-------C--CA------CATGTA-CA-GC-A--CA--AA----T--TCAAA--------AAAAATA-T-TTTAATTTTTCTg
gi|9 : tgcatcactctattaattttgcctatatgttcttaccaaaatCTG-TT--CTTAA-TTAA-A----TTTT-CTT--GCC---AA--A-GA----T-C---TACCC-A--TTCAGC--AA---GGG--G---TA-ATAGTTCGTTTATATTTAC-ACC---T-TCGTC----A-------TG-C-TA--AA-----------CGGTCAAAAGAC-AAATC-ATC-------C--T-------CATCTG-CA-AC-A--AA--TA----T--TC--A--------AATCTTT-C-GTGGATGTTTTTT-TTT----TTTACTAAAAAAAAGTTC--AATT----AT---------TCTAC-TT------GA-ATTTATACCCATATAAAAGA-AG------CTACCTCCA--AAGGAAAGTT-CCA-TAATACGA---GGAAATGTCCAGGG---ATT-TTTTTT-T-TC-GTC