lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 33333 11 11111111111111 3333333333 111111 4444444444444444444 1111111 11111 111 666666666666666666666666666666666666666666 111111 11 1 33333333 11111 11 11111111111 33333333 1111 11111 222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111 3333333333 111 11111 1111 111111 111111111 11 5555555555555555555555555555555555 2222 11111111 1111 22222222222 888888888888888888888888888888888888888888 11 1111 1 11 111111 1111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 11 111 22222 1 1 1 111 1 1 999999999999999999999999999999999999999999 22222 33333333 1 111111 11 222222222222 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1111 111 11 1 1 11 1 11 1 11 3333333333333333333 111111 333333333 2222222 22222222222222222222 111111111 11111111111111 111 1111 2222 11111 1111 1
lowQualScore : 3 5 0 5 0 1 6 66666 4 8888 4 99999999 4 00 4 66666666666666 4 8888888888 222222 4 3 5 1111111111111111111 0000000 5 5 00000 000 5 888888888888888888888888888888888888888888 5 88888 999999 11 0 44 555 11111111 3 33 33 555 3 44 33333 77 77 88 3 00 3 7777 55555555555 99999 11111111 3333 11111 66 333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111 5 77777777 000 66 8888888888 5 4 4 333 11111 4 55 2222 4 111111 6 1 66 111111111 77 0 0000000000000000000000000000000000 0000 99999999 7777 5 5 00 66666666666 0 2 666666666666666666666666666666666666666666 44 8 11 1 7777 6 11 666666 4444 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 33 777 6 44444 0 0 0 0 777 0 0 777777777777777777777777777777777777777777 44444 00000000 0 999999 3 11 8 000000000000 8 333 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 66 0 4444 55 2 666 00 3 0 0 88 8 11 0 8 11 5 5 2 11 9999999999999999999 99 1 99 222222 4 66 000000000 1111111 3 4 55 55 777 0 99999999999999999999 1 77 7 000000000 99999999999999 5 111 1 1 0000 3 0000 99 77777 777 4444 99 88 0
lowQualScore : . . . . . . . ..... . .... . ........ . .. . .............. . .......... ...... . . . ................... ....... . . ..... ... . .......................................... . ..... ...... .. . .. ... ........ . .. .. ... . .. ..... .. .. .. . .. . .... ........... ..... ........ .... ..... .. .............................. ............................................... . ........ ... .. .......... . . . ... ..... . .. .... . ...... . . .. ......... .. . .................................. .... ........ .... . . .. ........... . . .......................................... .. . .. . .... . .. ...... .... . ................................................................................................................................... .. .. ... . ..... . . . . ... . . .......................................... ..... ........ . ...... . .. . ............ . ... . ............................................................ . .. . .... .. . ... .. . . . .. . .. . . .. . . . .. ................... .. . .. ...... . .. ......... ....... . . .. .. ... . .................... . .. . ......... .............. . ... . . .... . .... .. ..... ... .... .. .. .
lowQualScore : 3 7 1 7 7 7 5 22222 4 5555 0 22222222 4 66 4 44444444444444 4 2222222222 000000 4 5 0 9999999999999999999 7777777 7 4 11111 999 7 777777777777777777777777777777777777777777 0 88888 666666 00 0 66 888 88888888 1 22 99 000 1 66 77777 99 99 88 3 77 3 4444 77777777777 11111 33333333 4444 11111 11 222222222222222222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888 7 77777777 000 44 4444444444 0 4 4 222 00000 0 55 3333 4 222222 5 1 99 999999999 44 1 5555555555555555555555555555555555 8888 77777777 6666 7 7 99 55555555555 3 2 000000000000000000000000000000000000000000 66 0 00 4 0000 0 00 666666 2222 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 88 000 0 55555 0 8 0 0 555 0 0 888888888888888888888888888888888888888888 55555 55555555 0 555555 2 22 0 000000000000 0 888 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44 0 2222 00 2 888 22 0 0 0 88 0 00 0 0 00 8 0 2 22 4444444444444444444 88 0 22 555555 4 11 000000000 7777777 4 0 55 55 444 7 99999999999999999999 7 99 9 333333333 44444444444444 7 777 0 0 5555 3 0000 22 55555 555 2222 22 55 0
consensus : NNNATGATAAGAATTGAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGAAA--TT-TG-GT----TGCTAT-GGAA---A---CA-TGGT--T-AAACNT-G--A-TGTC--TTCAG-TG-GGT-TTGA-TATGTCAG----TAG-ANAAT-T-A---TNT--TGA---C-ATA-C-A---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TA-----G-T---GN---A--GT-TAAAC-TTG-AA---CAA-TTTGAAA-T---TTT-G-GT-TG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTG-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT----NA--A--ANCTG-ATGTA-TTC-A---GTG----GGGT---TGAC-----ATA-----NNAGTA---GAAA-----AT--TAT----A---T---GAT---A---TAT--A-AACTTGC------AT---T--TCC--CC-ATTG-----TTNTG-----------AA-TC-G--T---AC---AACTT-GAAAG--A--T---ATG-TGTG-TTG-CTA-G-GGAAA-A---T-T--GGTTGCTA---TGGTAA-T-AT-G-ATGAAACCT--GAA--G-TC--TTCAATGGGTCTGA--ATTG-TC-ACC--AAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA---ATATAATCATTCCGATACAT------T--------------TATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--GTT--AA-AAATGGACCCA-AAAGA--TT--GCCTAA-GCA-----ACCG-TTACT--NTGTA-TGTT--TCCGACTC---------T-TTCG--ATTTT-G--C----------ACT-----A---AGTG-TT----------CA---------TT--GCTTA--GAAA--ATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CGA-TAA-T-TTTA-G-TTATA------TNTA--ATTAA-A---A-----------TAC-CCA-AAATTGT----AAAATT-----TC-CAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GTC-NAT-TTTGAAA-TCC--TCTACA-AACC----------C--CGTA-CATCAGTNTTTAC-TTA------TTATT-GTA-CATTTTTATT-TTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC-CAANTAAATT-GT-CACCACGA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCANTTCTGTACGG-AT-GTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCG--TTATGCAC--TGGTTGCTA-TGGAA--ACN----T--AAAT--A----TTTAATTTTCCATAGC-AACC--GT-TGCC-ACA---C-----GG--AACTT--TTACTT--TGCATACCTTT-A--TATTT----CAC-TAT--AA-TGAAGAGT---TATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATG--CCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( gi|2 ) : GTAATGATAAGAAGTGAA-TTTTAG-GTGTGTTGCTAAGGAAA--TTCTG-GT----TGCTAT-GGAA---A---TA-TGGT--T-AAACAT-G--A-TGTT--TTCAG-TG-GGT-CTTATTATGTCAG----TTG-ATAAT-T-A---TCT--TGA---C-ATA-C-A---TTT-GCAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TA-----G-T---AA---A--GT-CAAA--TTG-AG---CAA-TTTGAAA-T---TTT-G-AT-TG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT----AA--A--ATCTG-ATGTA-TTC-A---ATG----GAGT---TGAC-----ATG-----AAAGTG---GAAA-----AT--TAT----A---T---GAT---A---TAT--A-AATTTGC------CT---T--TCC--C--ATTG-----TTTTG-----------AA-TC-A--T---AC---AACTT-GAAA---A--T---ATG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-A---T-T--GGTTGCTG---TGGTAA-T-AT-G-ATGAAACCT--GAA--G-TC--TTCGCTGGGTCTGA--ATTG-TC-ATC--GAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTAT--ATATAATAATTCCAATGCAT------T--------------TATTGT-A-------------TATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--GTT--AA-AAATGGGCCCA-AAAG---TT--GCCTA--GCA-----ACCA-TTACT--ATGTA-TGTT--TCCGACTC---------T-TTCG--ATT-----------------ACT-----A---AGTG-TT----------CA---------TT--GTTTA--GAAA--ATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CGA-TAA-T-TTTA-G-TTATA------TCTA--ATTAA-A---A-----------TA------AAATTGT----AAAATT-----TT-CAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TCTGAAA-TCC--TCTACA-AGCC----------C--CATA-TATCAGTATTTAC-TTA------TTCTT-GTA-CATTTTTATT-TTTAGAT-AACCTTTACTT-CTCC-CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTGTATACAG-AT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTA--TTATGGAC--TGGTTGCTA-TGGAA--ATA----T--AAAT--G----TTCAATTTTCCATAGC-AACC--GT-TGCC-ACA---C-----AG--AACTA--TTACTT--TGCATATCTTT-A--TATTT----CAC-TAT--AA-TGAAGAGT---TATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATG--CCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|7 : ATGATAAGAATTGAA-AATCTG-GTGT-TGGCTAGGGAAA--TT--G-GT----TGCTATTGGAG---AAGGCA-TGGT--TGAAACAT-G--AATATTACTTCAG-TG-G-T-TTGATTATG-CAGGTAATTGTATAATAT-AAGCTAT--TGG-----ATA-C-A---TTTTGCAATTA-GC--TCCC--AATTT---TA-----G-TGCCAAC--A--GT-TAAAC-TTG-AAGCCCAA-TTTGAAA-T---TTT-G--T-TGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-GAAT--GGTTAGAGA--A--ACGTGTATGCATTTC-AGTTGTG----GA-T---TGACTACCTAT-------AAGTA---AGAACAATTAT--TAT----A---C---GATAGCA---TAT--A-AACTTGC------AA---T--TCCCAC--ATTG-----TTGTACCGGTAAATGCAA-TCGA--TTTAGCGCAAACTT-GAAAGC-A--T---ATG-TGTG-TTGCCTA-A-GGAAA-T---T-T--
gi|8 : gTGATAAGAATTGAAATCTTAG-GTGTATTGCTAGGGAAA--T--TG-GT----TGCTAT-GG
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgGATATGAA---AA-TTC-AG-TTGCATTGCTAGGGAAA----ATG-GT----TGTTAT-GGAA---A---CA-TGGT--T-AAATTT-T--A-TATC--TTCCA-TG-TGTAC--AACATGTCAG----TTG-AGTAT-T-A---TAT--AGT---G-ATA-C-A---TTT-ACATTTA-AC--TATA--A-TTT---GATTGCTG-T---AAAACA--GTATAAA---TG-A----CAA-TT------T---CCT-G-TT-TG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTTA-CT--ATGG---AA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|6 : atgtcagtagagtgctatgtgatgatatttttgcattacactcttatttcagttcaattatatcctaAA-TTTTTG-AT-TGTTGCTAGGGAAAAGTTTTGAGT----TACTGT-GGAACACA---TT-TGGTAAC-AAAC-T-T--A-TG-C--ATCAG-TG-GGG-TTGA-TATATAAG----CAG-AAAAT-T-A---TTA--TGATAGC-ATA-TAA---ACT-GCATTT------CCCC--A--TT---TA-----T-T---GG---A--AT-CATA-----------CAACTTTGAAA-GGCATAT-G-CTGTG--TTGCTGGAG--GA---AC-----ATTCTG-GTTG-CT--ATGT---AA-GTAT--GAT----GA--AACATTGG-AAAT--TTC-A---ATGGGTCGAAT---TGTC-----ACC-----AAAATATTCGAAT-----AT--TATAAAAA---T---GAT---A---T--------TTTAT------TT---T--TC
gi|1 : atagataatttctattggctacatttgcaattagccttcccattttagatgcagataaacttgagcaatttgaAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAGGATA--GATTG-GTGCTTTGCTAT-GGAA---A---CAATGGT--T-GAACATAG--A-T-TT--TTCAGGTGCGGT-GTATTTATGTCAG----TAG-ATAAT-TTA---TTA--TAAGAGC-ATAAC-AATGTTG-ACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTA-----G-C---AG---ACAGT-AAAACATTG-AAGGTCAA-TTTGAAAAT---TTT-GCAT-TG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTTA-CCTAATAGCGAAA-ACAT--GGT----AA--AT-AACTT-ATGCA-TTCCA---GTG----GGGT---TGAT-----ATAT----ACAGTA---GAAA-----AT--TAT----A---T---GAT---AG--CAT--ATAACTTGC------AT---T--TCC--CCCATTG-----TATTG-----------AAATC-AAAT---AC---AACTT-GAAAGC-A--T---ATG-TGTGTTTG-CTA-A-GGAAATA---T-T--GGTTGC--------TAA-T-GG-GTATAAAAACT--GAA--A-TC--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-TC-------TG-AACATTAATGACA-GAG-TGATACAT-ATTCTT-CAG-------AAAATCATTCTGATACACTAGAGAT--------------TAATGTCACT-----------TAT-T-TTG--TAAG----TTAGCTAT--GT-------AATCGA-CCA-AAAG---AT--TCCTGATGC------ACCGTTTACG--TTGTACTGAT--TTCGACTC---------T-TTTG--GTT-----------------TTT-----AGGTGGTG-TTTGAAAGCTACCAAAACTAAGGTT--GCCTATTGCAAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCAC-TAATT-TTTACG-TTATG------TT----ATTAA-ATATA-----------TA------AACTTGT-----AAATT-----TC-TAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AA-TAC--ACTACG-AACCATACTTTTTTC--CATAGCATAATTTTTTA--TTAAG----TTTTT-ATACCATTTagtaaatatattcattctgatgcatttattgtatttatttgtgttttagtgtgttaaaaatggac
gi|14 : gagatatatgaatttgaaAA-TTTTAG-GTCCGTTGCTA-GGAAA--ATATG-GT----TGCTAT-GGTA---A---TG-TGAT--T-AAACCA-G--A-TTTA--TTCAT-TG-TAT-TTGA-CATATCAG----Taaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|12 : aattgtacagtttaa-TTTTAT-GTGTGTTGTGAATGAAA--AATTA-GC----TGCCAT-GGTG---A---TA--AGA--T-ATACTT-GTAG-TGTC--TTCAA-TG-GAT-CTGA-AATGCC-------TG-AAAAT-T-A-----T--TGA---T-Aagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|10 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaactaaccgtacaacttGCTAGGGAAA--TT--G-GT----TGCTAT-GGAA---G---CA-TGGC--T-AAACAT-G--A-TGT-----CAG-TG-AGT-ATT-TTATATCAG----TAG-ATAAT-T-A---TAT--TGT---C-TTA-C-A---TTT-GCAAATA-GC--TCG---A-TTTC--TA-----G-T---GA---A--GA-ATAA--TTG-TA---CAA-TCTAAAA-T---TTT-G-AT-TG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTTT-CT--ATGA---AA-ACAT--GGT----AA--A--ATTTG-ATGTA-TTT-A---ATG----AGGT---NNNN-----NNN-----NNNNNN---NNNN-----NN--NNTG---A---T---AGC---A---TAT--G-AATTTGC------AT---T--TCagttatacccatattcggtaa
gi|19 : AAA--TT--G-GT----TGCTAT-GGAA---A---CA-TGGT--T-GAAAAT-G--A-TATT--TTCAG-
gi|8 : T----TACTAT-GGAA---A---CA-TGGTA-A-AAACTT-G----TGCA--TTCAG-TG-GGG-TTGA-TATATAAG----TAG-A
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATGTCAG----TAG-AGTGC-T-A---TGT---GA---TGATA-T-T---TTT-GCA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CA-----G-T---TC---A--AT-TATA--TCCTAG-----A-TATGAAA-A---TTC-A-GT-TGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTTG-TT--ATGG---AA-ACAT--GGT----TA--A--ATTTT-ATATC-TTC-C---ATG----T-GTA--CAAC-----ATG-----TCAGTT---GAGT-----AT--TAT----A---TAGTGAT---A---CATTTA-CATTTAA------CTA--TAATTT--G--ATTG-----CTGTA-----------AA-AC-AG-T---AT---AAAT--GACA---A--TTTCCTG-TTTG-TTG-CTA-T-TGGAA-G---T-T--GGTTACTA---TGGAAA-
gi|6 : G-ATAAT-T-----TCTATTGG---C--TA-C-A---TTT-GCAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TA-----GAT---GC---A--GA-TAAAC-TTG-AG---CAA-TTTGAAA-T---TTTTG-AT-TG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTTA-CT--GTGG---AACACATTTGGT----AAC-A--AACTT-ATGCA-T-C-A---GTG----GGGT---TGAT-----ATA-----TAAGCA---GAAA-----AT--TATT---A---T---GAT---AGCATAT--A-AACT-GC------AT---T--TCC--CC-ATTT-----ATTGG-----------AA-TC-A--T---AC---AACTTTGAAAGGCA--T---ATGCTGTG-TTG-CTGGA-GGAAC-A---T-TCTGGTTGCTA---TG-TAAGT-AT-G-ATGAAACATTGGAA--A-T---TTCAATGGGTC-GA--ATTG-TC-ACC--AAAATATTC---------GAATATT----ATA-AAAATGATATTTTATT-TTTCAGTAA--ATATATTCATTCTGATGCAT------T--------------TATTGT-A-------------TTTAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--GTT--AA-AAATGGAC
gi|14 : ataAA--TTG-TA---CAG-TTTAAAA-T---TTTAG-GTCCG--TTGCTAG-G--AA---AA-------TATG-GTTG-CT--ATGG---TA-ATGT--GAT----TA--A--ACCAG-ATTTA-TTC-A---TTG----TATT---TGAC-----ATA-----TCAGTA---GCAA-----AT--TGT----ATAGT---GGT---A---TGT--A-
gi|8 : TTGAAA-T---CTTAG-GTGTA--TTGCTAG-G--GA---AA--------TTG-GTTG-CT--ATGG---t
gi|15 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaa-TG--TTGATAGCG--GA---AA--------TTG-GTTG---------------ACAT--GGT----AATAA--ACCTA-ACGTC-TTC-A---GAG----GGTC---TGAC-----ATGTCTGTAAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|10 : gGCTAG-G--GA---AA--------TTG-GTTG-CT--ATGG---AA-GCAT--GGC----TA--A--ACATG-ATGT----C-A---GTG-----AGTATTTTAT-----ATC-----A--GTA---GATA-----AT--TAT----A---T---TGT---C---T-T--A-CATTTGCAAATAGCTCGAT--TTC--T--AGTGAAGAAT---------------AA-TT-G--T---AC---AATCT-AAAA---T--T---TTG-ATTG-TTG-CTA-G-AAAAA-AGCTT-T--GGTTTCTA---TGAAAA-C-AT-G-GTAAAATTT--GAT--G-TA--TTttaacacggtagtatagttgcattatacactcattccaatac
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCT--ATGG---TG-ATAT--AGT----CA--A--AGCTG-ATGCC-ATC-A---AGG----GATT---TGAC-----ATA-----TTAGTA---GAAA-----ATAGTAT----AG--T---AAT---A---Ttaatgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatagcatatgaatttgcatttc
gi|19 : tgcttTTG-GTTG-CT--ATGG---AA-ACAT--GGTTG--AA--A--A--TG-ATATT-TTC-A---g
gi|8 : aaaTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT----AA--A--AACTT-GTGCA-TTC-A---GTG----GGGT---TGAT-----ATA-----TAAGTA---GAg
gi|14 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-----------AA-TT-G--T---AC---AGTTT--AAA---A--TTTTAGG-TCCG-TTG-CTA---GGAAA-A---TAT--GGTTGCTA---TGGTAA-T-GT-G-ATTAAACCA--GAT--T-TA--TTCATTGTATTTGA--
gi|12 : -----------AA-CC-G--T---AC---AACTT-TTT-------T---ATG-TGTG-TTG-TGA-ATGAAAA-A---T-T--AGCTGCCA---TGGTGA-T-AA-G-AT-ATACTT--GTAGTG-TC--TTCAATGGATCTGA--AATG-CC---T--GAAA-ATT--------------ATTG---ATA-AGT-TA-TACCC-ATA-TT-CGGTAcatatcagtagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|8 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaactTT-GAAA---TCTT---AGG-TGTA-TTG-CTA-G-GGAAA-----T-T--GGTTGCTA---TGGa
gi|15 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaaGTG-TTG-ATA-G-CGGAA-A---T-T--GGTTGACA---TGGTAA-T---------AAACCT--AAC--G-TC--TTCAGAGGGTCTGA--CATG-TC-TGT--AAAGT-TT-----------AACACG----GTA------G-TA--T-AGT-TG-CATTAT--ACAC--TCATTCCAATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|4 : A-A---T-T--GGTTGTTA---TGGTAG-T-AT-A-ATGAAACTC--GAA--G-TC--TCCAATGGGTCCCA--ATTA-TC-ACC--TAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-AG-TAT---GTT-TT-AAGTAA--ATATAATCATTCCAATGAAT------T--------------TATTGT-G-------------CATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--GCT--AA-AAATGGGCCCA-AAAGAG-TT--GTCTA--GCA-----ACCA-TTACT--CTGTA-TTTT--TCTGACTC---------T-TTTGTTATTTTAGTAC----------ATT-----A---ATTG-TT----------CA---------TT--GTTTA--GAAA--ATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CGA-TAA-T-TTTA-G-TTATA------TATG--ATTAA-A---A-----------TACACTA-AAATTGT----AAAAAA-----TT-CCGA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTC-CAT-TTGGAAA-TCC--TCTATA-AATC----------A--CAAA-TATCAGAATATAC-TTACATGTATTATT-GTA-CATCTTTATT-TTTAGGT-AACCTTTGCTT-CTTC-GAAATAAAAT-AT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTTTATAAGG-AT-TTTGAAA-ATAA-TGCCCTTTT-TCACTTTGCAATTCA--TTATGCAC--TGGTTGCTA-TGGAA--ACT----T--AAAT--G----TTTAATTTTTCATAGC-AACC--GT-TGTC-ACA---C-----AG--ACGTT--TTATTT--TGCATACCTTT-A--TATTT----CAC---T--AA-TGAAGAGT---TATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATG--CCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGAC
gi|3 : acTGCTGGCATCGTAA-TCATTG-ATGAAACTT--GAA--AATCCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----ATAGAAA-TG-TATTTCATT-TT-C-GTA-----ACAA--ATTTCAA--CAT------TCTTGAAGTGACAAATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGTTATTTCTAGACGT--GTTCAAA-AAATA--CCCACAAAGACGTT--GCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTT-TTCA--ATTTTTGGTTTTGCAGTAACACCCTGTCA---AGTGCTT----------CA---------TTATGTTTA--GAAC---CATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CGACTAA-TATTTA-GCTTATA------TCTA--ATTAACA---A-----------TATCTCATAAATTGTTCTTAAAATT-----TTTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAA-TCCCTTCTACATAACC----------CCTCTTA-CATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTA-CA-TTTAATT-TTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC-CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGG-ATGGGTGAAACAGTACTGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCATCTTATGCAC--TGGTTGCTATTGGAACCACA----A--AAATCCGCTCCTTCAATTTTCCATAGC-AACCGAGT-TGCCAACA---CCA---GG--AACTT--TTAC-T--TGCATATCTTT-ATCTATTT----CAC-TAT--AACTGAAGAGT---TGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTG--CCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGACg
gi|5 : ATTT-ATT-TT-CA-TATTAATGTAGTA-TTCCTATAGAA------T--------------TAGTGT---------------TA-GT-GTG--TGAT----TAAG-TATTCGTT--TATAAATACATTTT-AAAT---TTTAACGTA--CTA-----ACCA-GTTTT--A---A-GG-----CTAACTC---------TACTCG--AG------------------ACT-----G---A---------------------------TT--GCTTC--GAAA--ATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TGA-TAA-A-TGTG-G-TAATAAATACTTGTATTCTTAA-A---AACTTCCATATATA------GAATTGT----AAAATTACAAAGC-CAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTC-AAT-T-TGAAAGTCT--TCTACA---------------T--TGTA-TA-CA----------------------T-GTA-C--TTTTATT-TTGAAAT-AAAGTTTGCAT-CTCC-TAACTAAATA-GT-CACTATG--TTTGAAATATTG--TTAT-T--TT------TATACAACAT-GT-------GTA-T-----TTCTCCACTTTACAAAGTG--TTACATGT--TAGTTTCTA-TGGAA--ACA----C--AAAT--A----TCTCCTTTTCAATAGC-AACC--AA-AGTC-ACA---C-----CG----CTGATTTACT------ATATC--------ATT---------------A-TGAAGAGT---TCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTG--CCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-cttcgtacttaa
gi|1 : -TCA-AAAC--AA-TCGTC-AAT-TCAAAAA-TCT-----------CC----------C--C-TA-GTTCAGTTTTT-C-TTA------TTAT------CATATCTCTTGCTTA-------CTCTAG---CTCAGCAAATAAATT-GTTCACCACAA-TTTAAAAT-TTGAATTGTCT--TTCAATTCTGTACAG-AT-GT---GA-AGT--TGCC-TTTTATCACTTTGCAATTCA--TTAT-GCC--TGGTTGCTA-TGGAA--ACC----T--AAAT--GT---TTTAATTTTCCATAGCAAACC--GT-AG-C-ACA---C-----AG--AACTT--TTACTT--TGCATATCTTTAA--TATTT----CATATAT--GA-CGAAGAGT---TGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TG--CCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTttg
gi|11 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaacA-TTCAACAC-TTG--ATAT-T--TTCATTTCTTTACA--AT-TCTTTAA-AGTA-CGACTTTCCT-CACTTTGCAATTCA--TCATACAC--TGGTTGCTA-CGGCA--ACC----C--AAAT--A----TTCAATTTTCCATAGC-AACC--AT-TGTG-AAA---T-----GG--AATTT--TTACTT--TGAATACATTT-A--TATATCTGACAT-TAC--AA-TGAAGAGT---TATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATG--CTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|9 : gTTGCA--TTG--CTAGGGAAAATGGTTGTTA-TGGAA--ACATGGTT--AAAT--T----TTATATCTTCCAT----------GTGTACA-ACATGTC-----AGTTGAGTA--TTATATAGTG-ATACATTT-A--CATTT----AAC-TAT--AA-T
gi|11 : atgtcagtagagtgctatgtgatgatatttttgcattacactcttatttcagttcaattatatcctagatatgaaaattcag--TGGTTGCTA-TGGAA--AAT----T--GAAT--A----TTTGGGTTGCCGTAGC-AACC--ttgattgctgtaaaacagtataaatgacaatttcctgtttgttgctattggaagttggttactatggaaa
gi|4 : gattcaacacttgatattttcatttctttacaattctttaaagtacgactttcctcactttgcaattcatcatacactGGTTGCTA-TGAAA--AAT----T--AAAC--A----TTTAAGTTTCCATAGC-AACC--AG-TGCttgtgaaatggaatttttactttgaatacatttatatatctgacattacaatgaagagttatggaaaatttcattaaaatccatgattttgatcatgctatcttgattcatgcatgattcttgcaaaga
gi|1 : acaattggttgttatggtagtataatgaaactcgaagtctccaatgggtcccaattatcacctaaatattctgaaacattataaaaagtatgttttaagtaaatataatcattccaatgaatttattgtgcatatttgtgttttagtgtgctaaaaatgggcccaaaagagttgtctagcaaccattactctgtatttttctgactcttttgttattttagtacattaattgttcattgtttagaaaatatgcacccgtatatggcactttttcgataattttagttatatatgattaaaatacactaaaattgtaaaaaattccgaaaattggtaaatgtccatttggaaatcctctataaatcacaaatatcagaatatacttacatgtattattgtacatctttatttttaggtaacctttgcttcttcgaaataaaatatcaccacaatttaaaatttgttcttttcatttttataaggattttgaaaataatgccctttttcactttgcaattcattatTTGCTA-TGGAA--A-A----TTAAAAC--A----TTTAGGTTTCCATAGC-AACC--gttgtcacacagacgttttattttgcatacctttatatttcactaatgaagagttatggaaagtttcgtcaaaatctgagattatgggtatgccactttgtgcacgattcttgcagagacg
gi|13 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctTTTCCATGGC-AACG--GT-GGCT-G-A---CCAATAAA--AATTA--TGATTT--TCAATG------A--TGTTC----TAG-TGTTGAA-TGAA-ACTACATATTAAAA-TTTCATGAAGATCTG--AGA----GGGTC--ATGAATCACC----CT-C-TGC----CTGG--TTCTT-ACaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 1111 111 222222222 1111 11111 2222222222222 111 11111111 1111 222 11 11 11111 111 11111 1 11111111 11 33333333333333333333333 11111 222 111111 11 111 11111 111111111 33333333333 1111 1 11111 111111 2222222 4444444444444444 1111 1 1 222 3333333333 1 1111 1 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 11 11111 111111 11111111 111 222222222222 55555555555555555 1111 22222222 222222 1111111 11 111 44444444444444444444 33333333 11 11111111 22222222 111 1111 1111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 55555 6 0 1 6 55 5 3 00 0000 5 000 5 5 1 5 5 7 888 5 888 333333333 0000 1 5 55555 1 4444444444444 5 888 5 1 5 77 0 77 5 555 5 55555555 55 5 2222 0 000 11 5 5 77 5 55 55 7777 888 77777 11 5 77 66 777 4 66 1 333 5 1 5 77 0 5 5 5 5 5 66 777 44444 77 1 5 99999999 6 6 11 8 88888888888888888888888 22222 99 6 6 555 999999 6 5 5 44 5 66 333 0 5 7777 55 0 77 5 22222 0 77 5 222222222 55555555555 7777 5 55 0 1 22222 5 5 66 777 5555 0 555555 66 77 5 1111111 7777777777777777 1 6 99 4444 3 99 6 99 5 0 777 2 3333333333 0 5555 0 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 0 11 0 0 0 77777 8 6 555555 888 99999999 6 111 777777777777 6 99999999999999999 4444 6 6 77777777 6 000000 3 99 6 0000000 00 6 77 222 00000000000000000000 88 555 55 00000000 3 6 6 1 66 8 1 0 8 11 1 8 8 0 6 6 99 1 6 99 7 1 3 0 6 2 77777777 6 6 3 99 1 6 1 44444444 6 6 99 2 6 111 99 3 0 0000 4444 99 6 99 3333 4444 777 4444 99 88 8
lowQualScore : . ..... . . . . .. . . .. .... . ... . . . . . . ... . ... ......... .... . . ..... . ............. . ... . . . .. . .. . ... . ........ .. . .... . ... .. . . .. . .. .. .... ... ..... .. . .. .. ... . .. . ... . . . .. . . . . . . .. ... ..... .. . . ........ . . .. . ....................... ..... .. . . ... ...... . . . .. . .. ... . . .... .. . .. . ..... . .. . ......... ........... .... . .. . . ..... . . .. ... .... . ...... .. .. . ....... ................ . . .. .... . .. . .. . . ... . .......... . .... . .. ...................................................................... .. . .. . . . ..... . . ...... ... ........ . ... ............ . ................. .... . . ........ . ...... . .. . ....... .. . .. ... .................... .. ... .. ........ . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . .. . . . . . . ........ . . . .. . . . ........ . . .. . . ... .. . . .... .... .. . .. .... .... ... .... .. .. .
lowQualScore : 4 44444 7 3 7 7 88 0 6 55 6666 0 000 7 7 0 7 7 6 333 7 777 444444444 6666 0 0 88888 0 8888888888888 0 888 7 7 7 99 7 99 7 777 7 77777777 77 7 3333 6 000 77 7 7 99 7 66 77 0000 888 55555 00 0 99 11 888 4 99 0 888 0 0 0 55 4 0 0 0 0 0 99 000 33333 99 4 7 00000000 7 7 22 8 88888888888888888888888 55555 22 7 7 000 222222 7 7 7 11 0 99 888 4 0 6666 77 4 99 7 99999 1 99 4 111111111 44444444444 9999 7 99 3 4 00000 0 0 99 111 3333 3 000000 11 99 7 3333333 3333333333333333 7 7 22 2222 3 22 7 22 0 0 000 5 8888888888 0 5555 0 88 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 0 00 8 6 8 88888 0 7 888888 777 33333333 7 777 777777777777 7 77777777777777777 2222 7 7 00000000 7 888888 2 88 7 0000000 00 7 00 777 77777777777777777777 88 222 77 00000000 3 7 7 7 66 0 0 8 0 00 0 0 0 7 7 7 22 5 7 22 5 0 7 7 7 5 88888888 7 7 3 22 7 7 0 22222222 7 7 22 5 7 333 22 2 7 8888 2222 88 7 22 3333 2222 555 2222 22 11 0
consensus : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGT---NTNAT-ATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T----GG-C-ATA-CA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TGC----A--GTNAA-A-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTT-ACT--ATGG---AA-ACAT--GGTAA---A-ANC-TN-ATGCA-TTC-AG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--ATA------TG-TGTG-TTG-CTAA-GGAAA-ATT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAAG-T--C--TTCGATGGGTCTGA--ATTG-TC-ACC--GAAATATTC-------TGAAACATT----AT-A-AAATG-TA-TTT-A-TT-TTC--AGT-A-A-TATAAT-----CATTCC-GA--T-GCAN------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--G-TT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACTC----------------TTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCATT--GTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TAT-C-TA--AAATTGT----AA-AAT-T-----TC-CAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCCN-AT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACC----------CCG--TA-TATCAGTATTTACTT-A------TTATT-GTA-CATTTTTATTTTTAGATAA-CNTTTGCTTC-TCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAATTT-AAAAT-TTG--TTAT-TTT--CATTTCTGTACGG-ATNT-TGAAA-AGTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCAT--TATGCACTGGTTGCTAT-GGAAACNCAAATGT--------TC-AATTTTCCATAGCAA-CCG--TTGCCA-CAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA-T--ATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( family-2143 ) : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACNT-GA-TGT--CTTCAG-TG-GGT---TTGAT-ATGTCAGTAG----ANAAT-T-A---TNT--T----GA-C-ATA-CA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TGN----A--GTTAA-A-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-GTTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTT-GCT--ATGG---AA-ACAT--GGTNA---A-ANC-TG-ATGTA-TTC-AG-TG-GGGTTGAC-A--TANN-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTNTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--ATA------TG-TGTG-TTG-CTAG-GGAAA-ATT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAAG-T--C--TTCAATGGGTCTGA--ATTG-TC-ACC--AAAATATTC-------TGAAACATT----AT-A-AAATG-TA-TTT-A-TT-TTC--AGT-A-A-TATAAT-----CATTCC-GA--T-ACAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--G-TT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTN--TGTA-TGTT--TCCGACTC----------------TTTCG--ATTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCATT--GCTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TNTA--ATTAA-AA-------TAC-C-CA--AAATTGT----AA-AAT-T-----TC-CAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GTCN-AT-TTTGAAATCC--TCTACA-AACC----------CCG--TA-CATCAGTNTTTACTT-A------TTATT-GTA-CATTTTTATTTTTAGATAA-CNTTTGCTTC-TCC--CAANTAAATT-GT-CACCACGATTT-AAAAT-TTG--TTAT-TTT--CANTTCTGTACGG-ATGT-TGAAA-AGTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCGT--TATGCACTGGTTGCTAT-GGAAACNTAAATAT--------TT-AATTTTCCATAGCAA-CCG--TTGCCA-CAC--GGAACT--TTTACTTTGCATACCTTTA-T--ATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
gi|1 : ATATGAATTTGAAAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAGGATAGAT-TGGTGCTTTGCTAT-GGAAA---CAATGGTT-GAACATAGA-T-T--TTTCAGGTGCGGTGTATT--T-ATGTCAGTAG----ATAAT-T-----TAT--TATAAGAGC-ATAACAATGTTG-ACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTAG-CAG----ACAGTAAA-A-CATTGAAGGTCAATTTGA-AAATTT--T-GCATTG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTT-ACCTAATAGCGAAA-ACAT--GGTAA---ATAAC-TT-ATGCA-TTCCAG-TG-GGGTTGAT-A--TATACAGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---AG--CATATAACTTGCATTTCCCC-CATTGTATTGA----------AAT--CAAA---TA-C---AAC--T-T-GAAAGC-ATA------TG-TGTGTTTG-CTAA-GGAAATATT--GGTTGCTA--ATGG--G-T-AT-AA--AAA-CT--GAAA-T--C--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-TC-------TG-AACATTAATGAC-A-GAGTGATA-CAT-A-TTCTTC--AG--A-A----AAT-----CATTCT-GA--T-ACACTAGAGATTAATGTCACT-----------TAT-T-TTG--TAAG----TTAGCTAT--G-T------AATCGA-CCA-AAAGA--TT-CCTGATGC------ACCGTTTACGT--TGTACTGAT--TTCGACTC----------------TTTTG--GTTTTTAGGTGGTGTTTGAAAG---CTACCAAAA--------CT---AAGGTTG-CCTATT--GC---AAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCA----C-TAATT-TTT------ACG-TT---ATG------TT----ATT-A-AA-------TAT-A-TA--AACTTGT-----A-AAT-T-----TC-TAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AATAC--ACTACG-AACCATACTTTTTTCCA--TAGCATAATTTTTTA-TT-AAG----TTTTT-ATACCATTT
gi|1 : gagatTTTTC-CATAGCA-TAA-T-TTTTTATTAA-G-TTTTTATA------CC-A--TTTAA-AAGCTA---TACTC-CATCAAAT-GT----AATAAT-TCG---TA-CAGG-AACT-------------CA-AAAC--AA-TCGTCA-AT-TCAAAAATCT-----------CC----------CC---TA-GTTCAGTTTTT-CTT-A------TTAT------CAT----ATCTCTTGCTTA-CTCTAGCT-----CAGCAAATAAATT-GTTCACCACAATTT-AAAAT-TTGAATTGTCTTT--CAATTCTGTACAG-ATGT----GA-AGT--TGCCTTTT-ATCACTTTGCAATTCAT--TATGC-CTGGTTGCTAT-GGAAACCTAAATGT--------TTTAATTTTCCATAGCAAACCG--TAGC-A-CAC--AGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTAAT--ATTT----CATATATGA-CGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TGCCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|10 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAG---CA-TGGCT-AAACAT-GA-TGT--C---AG-TG-AGT---ATTTT-ATATCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T----GT-C-TTA-CA---TTT-GCAAATA-GC--T-CG--A-TTTC--TAG-TGA----A--G--AATA-A-TTGTA---CAATCTAA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTT-TCT--ATGA---AA-ACAT--GGTAA---A-ATT-TG-ATGTA-TTT-AA-TG-AGGTNNNN-N--NNNN-NNNNNNNN-----NN--NNTGA-TAGC---A---TATG-AATTTGCATTT-C
gi|11 : GATTC-AACAC-TTG--ATAT-TTT--CATTTCTTTACAA-TTCT-TTAAA--GTA-CGACTTTC-CTCACTTTGCAATTCAT--CATACACTGGTTGCTAC-GGCAACCCAAATAT--------TC-AATTTTCCATAGCAA-CCA--TTGTGA-AAT--GGAATT--TTTACTTTGAATACATTTA-T--ATATCTGACAT-TACAA-TGAAGAGTTATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATGCTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|12 : -----------AAC--C--G---TA-C---AAC--T-T-T---T--TTA------TG-TGTG-TTG-TGAATGAAAA-ATT--AGCTGCC---ATGGTGA-T-AA-GAT-ATACTT--GTAG-TGTC--TTCAATGGATCTGA--AATG-C---CT--GAAA-ATT--------------ATTG---AT-A-AGTTA-TA-CCC-A-TA-TTC--GGT-A-A-
gi|14 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaactAA-TTTTAG-GTCCGTTGCTAGGAA-AATA-TGGT----TGCTAT-GGTAA---TG-TGATT-AAACCA-GA-TTT--ATTCAT-TG-TAT---TTGAC-ATATCAGTAG----CAAAT-T-G---TATAGT----GG-T-ATG-TA---T
gi|15 : aattgtacagtttaaGTG-TTG-ATAG-CGGAA-ATT--GGTTGAC---ATGGTAA-T--------AAACCT--AACG-T--C--TTCAGAGGGTCTGA--CATG-TC-TGT--AAAGT-TT-----------AACACG----GT-A-----G-TA---T-A-GT-TGC--ATT---A-TACACT-----CATTCC-AA--T-AC
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCT--ATGG---TG-ATAT--AGTCA---A-AGC-TG-ATGCC-ATC-AA-GG-GATTTGAC-A--TATT-AGTAGAAA-----ATAGTAT-AGTAAT---A---T
gi|19 : tgcttA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-GAAAAT-GA-TAT--TTTCAG-g
gi|2 : ATGATAAGAAGT---GAA-TTTTAG-GTGTGTTGCTAAGGA-AATTCTGGT----TGCTAT-GGAAA---TA-TGGTT-AAACAT-GA-TGT--TTTCAG-TG-GGT---CTTATTATGTCAGTTG----ATAAT-T-A---TCT--T----GA-C-ATA-CA---TTT-GCAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TAG-TAA----A--GTCAA-A---TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTT-ACT--ATGG---AA-ACAT--GGTAA---A-ATC-TG-ATGTA-TTC-AA-TG-GAGTTGAC-A--TGAA-AGTGGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AATTTGCCTTT-CCC--ATTGTTTTG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-T-GAAA---ATA------TG-TGTG-TTG-CTAA-GGAAA-ATT--GGTTGCT---GTGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAAG-T--C--TTCGCTGGGTCTGA--ATTG-TC-ATC--GAAATATTC-------TGAAACATT----AT-A-AAATG-TA-TTT-A-TT-TTC--AGT-ATA-TATAAT-----AATTCC-AA--T-GCAT------TTATTGT-A-------------TATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--G-TT--AAAAATGGGCCCA-AAAG---TTGCCTA--GCA-----ACCA-TTACTA--TGTA-TGTT--TCCGACTC----------------TTTCG--ATT------------------------------A--------CT---AAG--TG-TTCATT--GTTTAGAAAATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA--------AAATTGT----AA-AAT-T-----TT-CAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCCC-AT-TCTGAAATCC--TCTACA-AGCC----------CCA--TA-TATCAGTATTTACTT-A------TTCTT-GTA-CATTTTTATTTTTAGATAA-CCTTTACTTC-TCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAATTT-AAAAT-TTG--TTCT-TTT--CATTTGTATACAG-ATTT-TGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTAT--TATGGACTGGTTGCTAT-GGAAATATAAATGT--------TC-AATTTTCCATAGCAA-CCG--TTGCCA-CAC--AGAACT--ATTACTTTGCATATCTTTA-T--ATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATGCCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|3 : gtaTGCTGGCATCGTAA-TCATTGATGAAACTT--GAAAAT--CCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----AT-AGAAATG-TA-TTTCA-TT-TTC---GT-A-A-CA-AATTTCAACATTCTTGAAGTGACAA------ATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGTTATTTCTAGACGT--G-TTCAAAAAAT--ACCCACAAAGACGTTGCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTTTTCAATTTTTG--GTTTT----------------G---C-------AGTAACACCCTGTCAAG--TGCTTCATTATGTTTAGAAC-CATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CG----ACTAA-TATTT------A-GCTT---ATA------TCTA--ATTAACAA-------TAT-CTCAT-AAATTGTTCTTAA-AAT-T-----TTTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAATCCCTTCTACATAACC----------CCTCTTA-CATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTA-CATTTA-ATTTTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC--CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGG-ATGGGTGAAACAGTACTGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCATCTTATGCACTGGTTGCTATTGGAACCACAAAAATCCGCTCCTTC-AATTTTCCATAGCAA-CCGAGTTGCCAACACCAGGAACT--TTTACTT-GCATATCTTTA-TCTATTT----CAC-TATAACTGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTGCCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGAC
gi|4 : A-ATT--GGTTGTT---ATGGTAG-T-AT-AATGAAACTC--GAAG-T--C--TCCAATGGGTCCCA--ATTA-TC-ACC--TAAATATTC-------TGAAACATT----AT-A-AAAAG-TA-T---G-TT-TTA--AGT-A-AATATAAT-----CATTCC-AA--T-GAAT------TTATTGT-GC-------------ATAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--G-CT--AAAAATGGGCCCA-AAAGAG-TTGTCTA--GCA-----ACCA-TTACTC--TGTA-TTTT--TCTGACTC----------------TTTTGTTATTTT----------------AGTAC-------A--------TT---AAT--TG-TTCATT--GTTTAGAAAATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TATG--ATTAA-AA-------TACAC-TA--AAATTGT----AA-AAAAT-----TC-C-GA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTCC-AT-TTGGAAATCC--TCTATA-AATC----------ACA--AA-TATCAGAATATACTT-ACATGTATTATT-GTA-CATCTTTATTTTTAGGTAA-CCTTTGCTTC-TTC--GAAATAAAAT-AT-CACCACAATTT-AAAAT-TTG--TTCT-TTT--CATTTTTATAAGG-ATTT-TGAAA-ATAA-TGCCCTTT-TTCACTTTGCAATTCAT--TATGCACTGGTTGCTAT-GGAAACTTAAATGT--------TT-AATTTTTCATAGCAA-CCG--TTGTCA-CAC--AGACGT--TTTATTTTGCATACCTTTA-T--ATTT----CAC---TAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATGCCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGACcttcgtacttaa
gi|5 : acA-TTT-A-TT-TTCATATT-A-A-TGTAGT------ATTCC-TA--T-AGAA------TTAGTG----T-----------TA-GT-GTG--TGAT----TAAG-TATTCGTTT--ATAAATg
gi|5 : ATT--GCTTCGAAAATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TG----A-TAA-A-TGT------G-G-TA---ATAAATACTTGTATTCTTAA-AAACTTCCATAT-A-TA--GAATTGT----AA-AAT-TACAAAGC-CAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTCA-AT-TTGAAAGTCT--TCTACA---------------TTG--TA-TA-CA----------------------T-GTA-C--TTTTATTTTGAAATAA-AGTTTGCATC-TCC--TAACTAAATA-GT-CACTATG-TTT-GAAATATTG--TTAT-TTT--TA------TACAACATGT--------GTA-T----TTC-TCCACTTTACAAAGTGT--TACATGTTAGTTTCTAT-GGAAACACAAATAT--------CT-CCTTTTCAATAGCAA-CCA--AAGTCA-CAC--CG--CTGATTTACT----ATATC--------ATT-------------A-TGAAGAGTTCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-acattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgattgcttcgaaaatatacatcagaatatggacctcttctgataaatgtggtaataaatacttgtattcttaaaaacttccatatatagaattgtaaaattacaaagccaaaaaatttaatattaaaaaaggtgtcaatttgaaagtcttctacattgtatacatgtacttttattttgaaataaagtttgcatctcctaactaaatagtcactatgtttgaaatattgttatttttatacaacatgtgtatttctccactttacaaagtgttacatgttagtttctatggaaacacaaatatctccttttcaatagcaaccaaagtcacaccgctgatttactatatcattatgaagagttctgaaaagctgcatgaaaattccagattatcaatgtgccaccttctgcatgaatcttttg
gi|6 : atttattttcatattaatgtagtattcctatagaattagtgttagtgtgtgattaagtattcgtttataaatacattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgTAG----ATAAT-TTC---TAT--T----GG-C--TA-CA---TTT-GCAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TAGATGC----A--GATAA-A-C-TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--TTG-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTT-ACT--GTGG---AACACATTTGGTAAC--A-AAC-TT-ATGCA-T-C-AG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGCAGAAA-----AT--TATTA-TGAT---AGCATATA-AACT-GCATTT-CCC-CATTTATTGG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-TTGAAAGGCATA------TGCTGTG-TTG-CTGGAGGAAC-ATTCTGGTTGCT---AT-GTAAGT-AT-GATGAAACATTGGAAA-T-----TTCAATGGGTC-GA--ATTG-TC-ACC--AAAATATTC---------GAATATT----ATAA-AAATGATATTTT-ATTT-TTC--AGTAA-A-TATATT-----CATTCT-GA--T-GCAT------TTATTGT-ATT-------------TAT-TTG--TGTT----TTAG-TGT--G-TT--AAAAATGGACttg
gi|7 : aATGATAAGAATT---GAA-AATCTG-GTGT-TGGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTATTGGAGAAGGCA-TGGTTGAAACAT-GAATATTACTTCAG-TG-G-T---TTGATTATGCAGGTAATTGTATAATAT-AAGCTAT--T----GG---ATA-CA---TTTTGCAATTA-GC--TCCC--AATTT---TAG-TGCCAACA--GTTAA-A-C-TTGAAGCCCAATTTGA-AA-TTT--T-G--TTGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTT-ACT--ATGG---AA-GAAT--GGTTAGAGA-AACGTGTATGCATTTC-AGTTGTGGATTGACTACCTATA-AGTAAGAACAATTAT--TAT-A-CGATAGCA---TATA-AACTTGCAATT-CCCACATTGTTGTACCGGTAAATGCAAT--C--GATTTAGCGCAAAC--T-T-GAAAGC-ATA------TG-TGTG-TTGCCTAA-GGAAA-TTT--
gi|8 : gTGATAAGAATT---GAAATCTTAG-GTGTATTGCTAGGGA-AA-T-TGGT----TGCTAT-GG
gi|8 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgTT-ACT--ATGG---AA-ACAT--GGTAA---A-AAC-TT-GTGCA-TTC-AG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-ATGTCAGTAG----AGTGC-T-A---TGT-------GA-TGATA-TT---TTT-GCA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CAG-TTC----A--ATTAT-ATC-CTAGA---TA---TGA-AA-ATT--C-A-GTTGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTT-GTT--ATGG---AA-ACAT--GGTTA---A-ATT-TT-ATATC-TTC-CA-TG-TGTACAAC-A--TGTC-AGTTGAGT-----AT--TAT-A-TAGT---G----ATA-CATTTACATTT-AAC-TATAATT-TG-----------ATTGCT--G---TA-A---AACAGTAT-AAATG--ACAATTTCCTG-TTTG-TTG-CTAT-TGGAA-GTT--GGTTACT---ATGGAAA-
gi|9 : GATATGAA------AA-TTC-AG-TTGCATTGCTAGGGA-AAAT--GGT----TGTTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAATTT-TA-TAT--CTTCCA-TG-TGT---ACAAC-ATGTCAGTTG----AGTAT-T-A---TAT--A----GT-G-ATA-CA---TTT-ACATTTA-AC--TATA--A-TTT---GAT-TGC----T--GTAAA-A-C--AGTA---TAA-ATGACAA-TTTCCT-G-TTTG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTT-ACT--ATGG---AA-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGGTTTCCATGGCAACGGTGGCTGACCAATAAAAATTATGATTTTCAATGATGTTCTAGTGTTGAATGAAACTACATATTAAAATTTCATGAAGATCTGAGAGGGTCATGAATCACCCTCTGCCTGGTTCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 1111 111 1 1111 11111 11 22222222 111 1111111 1111 222 11 11111 11111 1 11111111 11 33333333333 111111111 111 2222222222222 111 111 1111111111111111 33333333333 1111 1 1111 1111 11111 2222222 444444444444444 111 11 1111 1 111 1 222 3333333333 1 1111 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 11 11111 111111 11111111 111 222222222222 555555555555555555 1111 22222 222222 1111111 11 111 1111111111 222222 111 11 11111 111111 1111111111 111 11 1111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 55555 6 0 1 6 55 5 3 00 0000 5 000 5 5 5 5 6 888 5 888 1 1 7 0000 0 5 55555 33 11111111 5 888 5 1 5 77 0 77 5 555 5 7777777 22 2222 0 000 11 5 5 77 5 99 55 7777 888 77777 11 5 4 66 777 4 66 888 5 5 1 5 66 5 5 5 5 5 66 5 44444 77 1 5 99999999 6 6 11 0 1 22222222222 777777777 5 000 77 5 5 8888888888888 5 5 5 222 4 4 66 222 4 6666 55 66 5 77 77 1 0 2222222222222222 55555555555 7777 88888 1 7777 5 5 0 5 3333 66666 6 99 6 4444444 888888888888888 444 11 7777 6 111 5 0 777 2 3333333333 0 5555 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 0 11 0 0 0 77777 8 6 555555 888 99999999 6 111 777777777777 6 000000000000000000 4444 6 888 55555 6 000000 3 99 6 0000000 00 6 44 222 6666666666 0 22 1 888 333333 0 88 000 1 8 1 88 11 0 8 8 6 6 99 1 6 99 1 3 6 44444 000000 6 99 1 6 1 7777777777 6 6 99 99 111 99 55 4444 99 6 99 3333 4444 777 4444 99 88 8
lowQualScore : . ..... . . . . .. . . .. .... . ... . . . . . ... . ... . . . .... . . ..... .. ........ . ... . . . .. . .. . ... . ....... .. .... . ... .. . . .. . .. .. .... ... ..... .. . . .. ... . .. ... . . . . .. . . . . . .. . ..... .. . . ........ . . .. . . ........... ......... . ... .. . . ............. . . . ... . . .. ... . .... .. .. . .. .. . . ................ ........... .... ..... . .... . . . . .... ..... . .. . ....... ............... ... .. .... . ... . . ... . .......... . .... . .. ....................................................................... .. . .. . . . ..... . . ...... ... ........ . ... ............ . .................. .... . ... ..... . ...... . .. . ....... .. . .. ... .......... . .. . ... ...... . .. ... . . . .. .. . . . . . .. . . .. . . . ..... ...... . .. . . . .......... . . .. .. ... .. .. .... .. . .. .... .... ... .... .. .. .
lowQualScore : 4 44444 7 3 7 7 88 0 6 55 6666 0 000 7 7 7 7 0 333 7 777 0 0 1 6666 2 0 88888 88 99999999 0 888 7 7 7 99 7 99 7 777 7 1111111 77 3333 6 000 77 7 7 99 7 66 77 0000 888 55555 00 0 4 11 888 4 99 888 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 99 0 33333 99 4 7 00000000 7 7 22 8 4 99999999999 111111111 7 000 99 7 7 3333333333333 7 0 0 222 4 4 11 222 4 2222 88 99 0 99 99 4 1 9999999999999999 44444444444 9999 44444 4 6666 7 7 1 7 8888 77777 7 22 7 0000000 888888888888888 444 00 0000 0 888 0 0 000 5 8888888888 0 8888 0 88 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 00 8 6 8 88888 0 7 888888 777 33333333 7 777 777777777777 7 333333333333333333 2222 7 777 88888 7 888888 2 88 7 0000000 00 7 77 777 1111111111 8 00 0 666 000000 6 88 222 0 0 0 88 00 6 0 0 7 7 22 5 7 22 0 7 3 77777 333333 7 22 7 7 0 2222222222 7 7 22 22 333 22 88 2222 88 7 22 3333 2222 555 2222 22 11 0
consensus : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--TG-----GCATA-CA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TG--C----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TTC-AG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CA------TTTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( family-2143 ) : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNAT-ATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--TG-----GCATA-CA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TG--C----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-NATGCA-TTC-AG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CA------NTTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-NAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
gi|1 : ATATGAATTTGAAAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAGGATAGAT-TGGTGCTTTGCTAT-GGAAA---CAATGGTT-GAACATAGA-T-T--TTTCAGGTGCGGTGTATTTATGTCAGTAG----ATAAT-T-----TAT--TATAAGAGCATAACAATGTTG-ACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTAG-CAGAC----AGTAAAA-CATTGAAGGTCAATTTGA-AAATTT--T-GCATTG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTTA-CCTAATAGCGAAA-ACAT--GGT---AA-ATAAC-T-TATGCA-TTCCAG-TG-GGGTTGAT-A--TATACAGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---AG--CATATAACTTGCATTTCCCC-CATTGTATTGA----------AAT--CAAA---TA-C---AAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTGTTTG-CTA-A-GGAAATAT-T--GGTTGCTA--ATGG--G-T-AT-AA--AAA-CT--G-AA--ATC--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-T-------CTG-AACATTAATGACA-GAG-TGATACAT-ATTCTT-CAG-A-A----AAT-----CATTC-TGA--TA-CACTAGAGATTAATGTCACT-----------TAT-T-TTG--TA----AGTTAGCTATGT------AATCGA-CCA-AAAGA--TT-CCTGATGC------ACCGTTTACGT--TGTACTGAT--TTCGACT----------------CTTTTG--GTTTTTAGGTGGTGTTTGAAAG---CTACCAAAA--------CT---AAGGTTG-CCTAT--TGC---AAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCA----C-TAATT-TTT------ACG-TT---ATG------TT----ATT-A-AA-------TA-T-AT-A--AACTTG----T-A-AA-T-T-----TCTAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AATAC--ACTACG-AACC
gi|1 : gagatTTTTC-CATAGCA-TAA-T-TTTTTATTAA-G-TTTTTATA------CC-A--TTTAA-AAGCTA---TACT-CC-ATCAAAT-G----TAATAA-T-TCG---TACAGG-AACT-------------CA-AAAC--AA-TCGTC-AAT-TCAAAAATCT-----------CCC--C-TAGTTCAGTTTTT-C-TTA------TTAT-----CAT----ATCTCTTGCT-TACTCTAGCT-----CAGCAAATAAATT-GTTCACCACAA-TTTAAAAT-TTGAATTGTCT--TTCAATTCTGTACAGAT-GT---GA-AGT--TGCCTTTT-ATCACTTTGCAATTCA--TTATGC-CTGGTTGCTA-TGGAAACCTAAA----TG----TTTTAATTTTCCATAGCAAACC--GTAGC--ACAC--AGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTAA-TATTT----CATATATGA-CGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TGCCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|10 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAG---CA-TGGCT-AAACAT-GA-TGT--C---AG-TG-AGTATTTT-ATATCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--TG-----TCTTA-CA---TTT-GCAAATA-GC--T-CG--A-TTTC--TAG-TG--A----AG-AATA-A-TTGTA---CAATCTAA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTTT-CT--ATGA---AA-ACAT--GGT---AA-A-ATT-T-GATGTA-TTT-AA-TG-AGGTNNNN-N--NNNN-NNNNNNNN-----NN--NNTGA-TAGC---A---TATG-AATTTGCATTT-C
gi|11 : A-TTCAACAC-TTG--ATAT-T--TTCATTTCTTTACAATT-CTTTAAA--GTA-CGACTTTC-CTCACTTTGCAATTCA--TCATACACTGGTTGCTA-CGGCAACCCAAA----TA----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--ATTGTG-AAAT--GGAATT--TTTACTTTGAATACATTTA--TATATCTGACAT-TACAA-TGAAGAGTTATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATGCTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|12 : g-----------AAC--C--G---TA-C---AAC--T-T-T---T--TT-A------TG-TGTG-TTG-TGA-ATGAAAA-AT-T--AGCTGCC---ATGGTGA-T-AA-GAT-ATACTT--G-TAGTGTC--TTCAATGGATCTGA--AAT-GC---CT--GAAA-ATT--------------ATTG---ATA-AGT-TA-TACCC-ATA-TT-CGGTA-A-
gi|14 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaact-----------AAT--T--G---TA-C---AGT--T-T-AAAAT--TTTA------GG-TCCG-TTG-CTA---GGAAA-ATAT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-GT-GATTAAACCA--G-A
gi|14 : AA-TTTTAG-GTCCGTTGCTAGGAA-AATA-TGGT----TGCTAT-GGTAA---TG-TGATT-AAACCA-GA-TTT--ATTCAT-TG-TATTTGAC-ATATCAGTAG----CAAAT-T-G---TATAGTG-----GTATG-TA---Ttttattcattgtatttgacatatcagtagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|15 : aattgtacagtttaaGTG-TTG-ATA-G-CGGAA-AT-T--GGTTGAC---ATGGTAA-T--------AAACCT--A-AC--GTC--TTCAGAGGGTCTGA--CAT-GTC-TGT--AAAGT-TT-----------AACACG----GTA------G-TA--T-AGT-TG-CATT--A-TACACT-----CATTC-CAA--TA-C
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCT--ATGG---TG-ATAT--AGT---CA-A-AGC-T-GATGCC-ATC-AA-GG-GATTTGAC-A--TATT-AGTAGAAA-----ATAGTAT-AGTAAT---A---T
gi|19 : tgcttA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-GAAAAT-GA-TAT--TTTCAG-g
gi|2 : ATGATAAGAAGT---GAA-TTTTAG-GTGTGTTGCTAAGGA-AATTCTGGT----TGCTAT-GGAAA---TA-TGGTT-AAACAT-GA-TGT--TTTCAG-TG-GGTCTTATTATGTCAGTTG----ATAAT-T-A---TCT--TG-----ACATA-CA---TTT-GCAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TAG-TA--A----AGTCAAA---TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ATC-T-GATGTA-TTC-AA-TG-GAGTTGAC-A--TGAA-AGTGGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AATTTGCCTTT-CCC--ATTGTTTTG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-T-GAAA---AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---GTGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGCTGGGTCTGA--ATT-GTC-ATC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTATA-TATAAT-----AATTC-CAA--TG-CA------TTTATTGT-A-------------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGGCCCA-AAAG---TTGCCTA--GCA-----ACCA-TTACTA--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTCG--ATT------------------------------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA---------AAATTG----TAA-AA-T-T-----TTCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TCTGAAATCC--TCTACA-AGCCC--CATATATCAGTATTTAC-TTA------TTCTT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACCTTTACTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTGTATACAGAT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTA--TTATGGACTGGTTGCTA-TGGAAATATAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--AGAACT--ATTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATGCCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|3 : gtaTGCTGGCATCGTAA-TCATTGATGAAACTT--GAAA--ATCCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----ATAGAAA-TG-TATTTCATT-TT-C-GTA-A-CA-AATTTCAACATTCTTGAAGTGACA------AATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGTTATTTCTAGACGTGTTCAAAAAAT--ACCCACAAAGACGTTGCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTTTTCAATTTTTG--GTTTT----------------G---C-------AGTAACACCCTGTCAAG--TGCTTCATTATGTTTAG-AACCATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CG----ACTAA-TATTT------A-GCTT---ATA------TCTA--ATTAACAA-------TA-T-CTCAT-AAATTGTTCTTAA-AATT-T-----TTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAATCCCTTCTACATAACCCCTCTTACATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTACA-TTTAATTTTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC--CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGGATGGGTGAAACAGTACTGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCATCTTATGCACTGGTTGCTATTGGAACCACAAAAATCCGCTCCTTC-AATTTTCCATAGCAA-CCGAGTTGCCAACACCAGGAACT--TTTAC-TTGCATATCTTTATCTATTT----CAC-TATAACTGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTGCCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGAC
gi|4 : A-AT-T--GGTTGTT---ATGGTAG-T-AT-AATGAAACTC--G-AA--GTC--TCCAATGGGTCCCA--ATT-ATC-ACC--TAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-AG-TAT---GTT-TT-AAGTA-AATATAAT-----CATTC-CAA--TG-AA------TTTATTGT-GC-------------ATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGCT--AAAAATGGGCCCA-AAAGAG-TTGTCTA--GCA-----ACCA-TTACTC--TGTA-TTTT--TCTGACT----------------CTTTTGTTATTTT----------------AGTAC-------A--------TT---AAT--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TATG--ATTAA-AA-------TA-CACT-A--AAATTG----TAA-AA-AAT-----TCC-GA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTC-CAT-TTGGAAATCC--TCTATA-AATCA--CAAATATCAGAATATAC-TTACATGTATTATT-GTACATCTTTATTTTTAGGT-AACCTTTGCTT-CTTC--GAAATAAAAT-AT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTTTATAAGGAT-TTTGAAA-ATAA-TGCCCTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACTTAAA----TG----TTT-AATTTTTCATAGCAA-CC--GTTGTC-ACAC--AGACGT--TTTATTTTGCATACCTTTA--TATTT----CAC---TAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATGCCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGACcttcgtacttaa
gi|5 : acAT--TGCTTCGAAAATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TG----A-TAA-A-TGT------G-G-TA---ATAAATACTTGTATTCTTAA-AAACTTCCATA-T-AT-A--GAATTG----TAA-AA-T-TACAAAGCCAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTC-AAT-TTGAAAGTCT--TCTACA-----T--TGTATA-CA----------------------T-GTAC--TTTTATTTTGAAAT-AAAGTTTGCAT-CTCC--TAACTAAATA-GT-CACTATG--TTTGAAATATTG--TTAT-T--TTTAT------AC----------AA-CATG-TGTATTTC-TCCACTTTACAAAGTG--TTACATGTTAGTTTCTA-TGGAAACACAAA----TA----TCT-CCTTTTCAATAGCAA-CC--AAAGTC-ACAC--CG--CTGATTTACT----ATATC-------ATT-------------A-TGAAGAGTTCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-g
gi|6 : atttattttcatattaatgtagtattcctatagaattagtgttagtgtgtgattaagtattcgtttataaatacattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgTAG----ATAAT-TTC---TAT--TG-----GC-TA-CA---TTT-GCAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TAGATG--C----AGATAAA-C-TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--TTG-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTTA-CT--GTGG---AACACATTTGGT---AACA-AAC-T-TATGCA-T-C-AG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGCAGAAA-----AT--TATTA-TGAT---AGCATATA-AACT-GCATTT-CCC-CATTTATTGG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-TTGAAAGGCAT-A------TGCTGTG-TTG-CTGGA-GGAAC-AT-TCTGGTTGCT---ATG-TAAGT-AT-GATGAAACATTGG-AA--AT---TTCAATGGGTC-GA--ATT-GTC-ACC--AAAATATT-------C--GAATATT----ATA-AAAATGATATTTTATT-TTTCAGTA-AATATATT-----CATTC-TGA--TG-CA------TTTATTGT-ATT-----------TAT---TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACttg
gi|7 : aATGATAAGAATT---GAA-AATCTG-GTGT-TGGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTATTGGAGAAGGCA-TGGTTGAAACAT-GAATATTACTTCAG-TG-G-TTTGATTATGCAGGTAATTGTATAATAT-AAGCTAT--TG-----G-ATA-CA---TTTTGCAATTA-GC--TCCC--AATTT---TAG-TG--CCAACAGTTAAA-C-TTGAAGCCCAATTTGA-AA-TTT--T-G--TTGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-GAAT--GGTTAGAG-A-AACGTGTATGCATTTC-AGTTGTGGATTGACTACCTATA-AGTAAGAACAATTAT--TAT-A-CGATAGCA---TATA-AACTTGCAATT-CCCACATTGTTGTACCGGTAAATGCAAT--C--GATTTAGCGCAAAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTG-TTGCCTA-A-GGAAA-TT-T--
gi|8 : gTGATAAGAATT---GAAATCTTAG-GTGTATTGCTAGGGA-AA-T-TGGT----TGCTAT-GG
gi|8 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-AAC-T-TGTGCA-TTC-AG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-ATGTCAGTAG----AGTGC-T-A---TGTGATG-------ATA-TT---TTT-GCA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CAG-TT--C----AATTATATC-CTAGA---TA---TGA-AA-ATT--C-A-GTTGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTTG-TT--ATGG---AA-ACAT--GGT---TA-A-ATT-T-TATATC-TTC-CA-TG-TGTACAAC-A--TGTC-AGTTGAGT-----AT--TAT-A-TAGT---G----ATA-CATTTACATTT-AAC-TA-TAATTTG-----------ATTGCT--G---TA-A---AACAGTAT-AAATG--AC-AATTTCCTG-TTTG-TTG-CTA-T-TGGAA-GT-T--GGTTACT---ATGGAAA-
gi|9 : GATATGAA------AA-TTC-AG-TTGCATTGCTAGGGA-AAAT--GGT----TGTTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAATTT-TA-TAT--CTTCCA-TG-TGTACAAC-ATGTCAGTTG----AGTAT-T-A---TAT--AG-----TGATA-CA---TTT-ACATTTA-AC--TATA--A-TTT---GAT-TG--C----TGTAAAA-C--AGTA---TAA-ATGACAA-TTTCCT-G-TTTG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTTA-CT--ATGG---AA-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGGTTTCCATGGCAACGGTGGCTGACCAATAAAAATTATGATTTTCAATGATGTTCTAGTGTTGAATGAAACTACATATTAAAATTTCATGAAGATCTGAGAGGGTCATGAATCACCCTCTGCCTGGTTCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 1111 111 111 1111 11111 222222222222 111 11111111 1111 222 11 11111 11111 1 11111111 11 33333333333 111111111 111 2222222222222 111 111 1111111111111111 33333333333 1111 1 1111 1111 11111 222222 444444444444444 111 11 1111 1 111 1 222 3333333333 1 1111 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 11 11111 111111 11111111 111 222222222222 555555555555555555 1111 22222 222222 1111111 111 1111111111 222222 111 11 11111 111111 1111111111 111 11 1111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 55555 6 0 1 6 55 5 3 00 0000 5 000 5 5 5 5 6 888 5 888 1 111 0000 0 5 55555 111111111111 5 888 5 1 5 77 0 77 5 555 5 55555555 22 2222 0 000 11 5 5 77 5 99 55 7777 888 77777 11 5 8 9999 4 66 888 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 66 5 44444 77 1 5 99999999 6 6 11 0 1 22222222222 777777777 5 000 77 5 5 8888888888888 5 5 5 222 4 4 66 222 4 6666 55 66 5 77 77 1 0 2222222222222222 55555555555 7777 88888 1 7777 5 5 0 5 3333 66666 6 99 6 333333 888888888888888 444 11 7777 6 111 5 0 777 2 3333333333 0 5555 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 0 11 0 0 0 77777 8 6 555555 888 99999999 6 111 777777777777 6 000000000000000000 4444 6 888 55555 6 000000 3 99 6 0000000 99 6 44 222 6666666666 0 22 1 888 333333 0 88 000 1 8 1 88 11 0 8 8 6 6 99 1 6 99 1 3 6 44444 000000 6 99 1 6 1 7777777777 6 6 99 99 111 99 55 4444 99 6 99 3333 4444 777 4444 99 88 8
lowQualScore : . ..... . . . . .. . . .. .... . ... . . . . . ... . ... . ... .... . . ..... ............ . ... . . . .. . .. . ... . ........ .. .... . ... .. . . .. . .. .. .... ... ..... .. . . .... . .. ... . . . . . . . . . . .. . ..... .. . . ........ . . .. . . ........... ......... . ... .. . . ............. . . . ... . . .. ... . .... .. .. . .. .. . . ................ ........... .... ..... . .... . . . . .... ..... . .. . ...... ............... ... .. .... . ... . . ... . .......... . .... . .. ....................................................................... .. . .. . . . ..... . . ...... ... ........ . ... ............ . .................. .... . ... ..... . ...... . .. . ....... .. . .. ... .......... . .. . ... ...... . .. ... . . . .. .. . . . . . .. . . .. . . . ..... ...... . .. . . . .......... . . .. .. ... .. .. .... .. . .. .... .... ... .... .. .. .
lowQualScore : 4 44444 7 3 7 7 88 0 6 55 6666 0 000 7 7 7 7 0 333 7 777 0 888 6666 2 0 88888 999999999999 0 888 7 7 7 99 7 99 7 777 7 33333333 77 3333 6 000 77 7 7 99 7 66 77 0000 888 55555 00 0 9 4444 4 99 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 33333 99 4 7 00000000 7 7 22 8 4 99999999999 111111111 7 000 99 7 7 3333333333333 7 0 0 222 4 4 11 222 4 2222 88 99 0 99 99 4 1 9999999999999999 44444444444 9999 44444 4 6666 7 7 1 7 8888 77777 7 22 7 000000 888888888888888 444 00 0000 0 888 0 0 000 5 8888888888 0 8888 0 88 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 00 8 6 8 88888 0 7 888888 777 33333333 7 777 777777777777 7 333333333333333333 2222 7 777 88888 7 888888 2 88 7 0000000 22 7 77 777 1111111111 8 00 0 666 000000 6 88 222 0 0 0 88 00 6 0 0 7 7 22 5 7 22 0 7 3 77777 333333 7 22 7 7 0 2222222222 7 7 22 22 333 22 88 2222 88 7 22 3333 2222 555 2222 22 11 0
consensus : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GGCAT-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-T--GC----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( family-2143 ) : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GGCAT-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-T--GC----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
gi|1 : ATATGAATTTGAAAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAGGATAGAT-TGGTGCTTTGCTAT-GGAAA---CAATGGTT-GAACATAGA-T-T--TTTCAGGTGCGGTGTATTTATGTCAGTAG----ATAAT-T-----TAT--TATAAGAGCATAACAATGTTG-ACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTAG-CAGAC----AGTAAAA-CATTGAAGGTCAATTTGAA-AATTT--T-GCATTG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTTACCTAATAGCGAAA-ACAT--GGT---AA-ATAAC-T-TATGCA-TTCCAG-TG-GGGTTGAT-A--TATACAGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---AG--CATATAACTTGCATTTCCCC-CATTGTATTGA----------AAT--CAAA---TA-C---AAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTGTTTG-CTA-A-GGAAATAT-T--GGTTGCTA--ATGG--G-T-AT-AA--AAA-CT--G-AA--ATC--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-T-------CTG-AACATTAATGACA-GAG-TGATACAT-ATTCTT-CAG-A-A----AAT-----CATTC-TGA--TA-CACTAGAGATTAATGTCACT-----------TAT-T-TTG--TA----AGTTAGCTATGT------AATCGA-CCA-AAAGA--TT-CCTGATGC------ACCGTTTACGT--TGTACTGAT--TTCGACT----------------CTTTTG--GTTTTTAGGTGGTGTTTGAAAG---CTACCAAAA--------CT---AAGGTTG-CCTAT--TGC---AAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCA----C-TAATT-TTT------ACG-TT---ATG------TT----ATT-A-AA-------TA-T-AT-A--AACTTG----T-A-AA-T-T-----TCTAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AATAC--ACTACG-AACC
gi|1 : gagatTTTTC-CATAGCA-TAA-T-TTTTTATTAA-G-TTTTTATA------CC-A--TTTAA-AAGCTA---TACT-CC-ATCAAAT-G----TAATAA-T-TCG---TACAGG-AACT-------------CA-AAAC--AA-TCGTC-AAT-TCAAAAATCT-----------CCC--C-TAGTTCAGTTTTT-C-TTA------TTAT-----CAT----ATCTCTTGCT-TACTCTAGCT-----CAGCAAATAAATT-GTTCACCACAA-TTTAAAAT-TTGAATTGTCT--TTCAATTCTGTACAGAT-GT---GA-AGT--TGCC-TTTTATCACTTTGCAATTCA--TTATGC-CTGGTTGCTA-TGGAAACCTAAA----TG----TTTTAATTTTCCATAGCAAACC--GTAGC--ACAC--AGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTAA-TATTT----CATATATGA-CGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TGCCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|10 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAG---CA-TGGCT-AAACAT-GA-TGT--C---AG-TG-AGTATT-TTATATCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GTCTT-ACA---TTT-GCAAATA-GC--T-CG--A-TTTC--TAG-T--GA----AG-AATA-A-TTGTA---CAATCTA-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTTT-CTA----TGAAA-ACAT--GGT---AA-A-ATT-T-GATGTA-TT-TAA-TG-AGGTNNNN-N--NNNN-NNNNNNNN-----NN--NNTGA-TAGC---A---TATG-AATTTGCATTT-C
gi|11 : A-TTCAACAC-TTG--ATAT-T--TTCATTTCTTTACAATT-CTTTAAA--GTA-CGAC-TTTCCTCACTTTGCAATTCA--TCATACACTGGTTGCTA-CGGCAACCCAAA----TA----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--ATTGTG-AAAT--GGAATT--TTTACTTTGAATACATTTA--TATATCTGACAT-TACAA-TGAAGAGTTATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATGCTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|12 : g-----------AAC--C--G---TA-C---AAC--T-T-T---T--TT-A------TG-TGTG-TTG-TGA-ATGAAAA-AT-T--AGCTGCC---ATGGTGA-T-AA-GAT-ATACTT--G-TAGTGTC--TTCAATGGATCTGA--AAT-GC---CT--GAAA-ATT--------------ATTG---ATA-AGT-TA-TACCC-ATA-TT-CGGTA-A-
gi|14 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaact-----------AAT--T--G---TA-C---AGT--T-T-AAAAT--TTTA------GG-TCCG-TTG-CTA---GGAAA-ATAT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-GT-GATTAAACCA--G-A
gi|14 : AA-TTTTAG-GTCCGTTGCTAGGAA-AATA-TGGT----TGCTAT-GGTAA---TG-TGATT-AAACCA-GA-TTT--ATTCAT-TG-TATTTGA-CATATCAGTAG----CAAAT-T-G---TATAGT-----GGTAT-GTA---Ttttattcattgtatttgacatatcagtagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|15 : aattgtacagtttaaGTG-TTG-ATA-G-CGGAA-AT-T--GGTTGAC---ATGGTAA-T--------AAACCT--A-AC--GTC--TTCAGAGGGTCTGA--CAT-GTC-TGT--AAAGT-TT-----------AACACG----GTA------G-TA--T-AGT-TG-CATT--A-TACACT-----CATTC-CAA--TA-C
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCTA----TGGTG-ATAT--AGT---CA-A-AGC-T-GATGCC-AT-CAA-GG-GATTTGAC-A--TATT-AGTAGAAA-----ATAGTAT-AGTAAT---A---T
gi|19 : tgcttA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-GAAAAT-GA-TAT--TTTCAG-g
gi|2 : ATGATAAGAAGT---GAA-TTTTAG-GTGTGTTGCTAAGGA-AATTCTGGT----TGCTAT-GGAAA---TA-TGGTT-AAACAT-GA-TGT--TTTCAG-TG-GGTCTTATTATGTCAGTTG----ATAAT-T-A---TCT--T-----GACAT-ACA---TTT-GCAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TAG-T--AA----AGTCAAA---TTGAG---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ATC-T-GATGTA-TT-CAA-TG-GAGTTGAC-A--TGAA-AGTGGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AATTTGCCTTT-CCC--ATTGTTTTG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-T-GAAA---AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---GTGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGCTGGGTCTGA--ATT-GTC-ATC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTATA-TATAAT-----AATTC-CAA--TG-CAT------TTATTGT-A-------------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGGCCCA-AAAG---TTGCCTA--GCA-----ACCA-TTACTA--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTCG--ATT------------------------------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA---------AAATTG----TAA-AA-T-T-----TTCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TCTGAAATCC--TCTACA-AGCCC--CATATATCAGTATTTAC-TTA------TTCTT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACCTTTACTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTGTATACAGAT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTA--TTATGGACTGGTTGCTA-TGGAAATATAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--AGAACT--ATTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATGCCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|3 : gtaTGCTGGCATCGTAA-TCATTGATGAAACTT--GAAA--ATCCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----ATAGAAA-TG-TATTTCATT-TT-C-GTA-A-CA-AATTTCAACATTCTTGAAGTGACAA------ATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGTTATTTCTAGACGTGTTCAAAAAAT--ACCCACAAAGACGTTGCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTTTTCAATTTTTG--GTTTT----------------G---C-------AGTAACACCCTGTCAAG--TGCTTCATTATGTTTAG-AACCATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CG----ACTAA-TATTT------A-GCTT---ATA------TCTA--ATTAACAA-------TA-T-CTCAT-AAATTGTTCTTAA-AATT-T-----TTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAATCCCTTCTACATAACCCCTCTTACATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTACA-TTTAATTTTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC--CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGGATGGGTGAAACAGTACTGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCATCTTATGCACTGGTTGCTATTGGAACCACAAAAATCCGCTCCTTC-AATTTTCCATAGCAA-CCGAGTTGCCAACACCAGGAACT--TTTAC-TTGCATATCTTTATCTATTT----CAC-TATAACTGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTGCCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGAC
gi|4 : A-AT-T--GGTTGTT---ATGGTAG-T-AT-AATGAAACTC--G-AA--GTC--TCCAATGGGTCCCA--ATT-ATC-ACC--TAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-AG-TAT---GTT-TT-AAGTA-AATATAAT-----CATTC-CAA--TG-AAT------TTATTGT-GC-------------ATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGCT--AAAAATGGGCCCA-AAAGAG-TTGTCTA--GCA-----ACCA-TTACTC--TGTA-TTTT--TCTGACT----------------CTTTTGTTATTTT----------------AGTAC-------A--------TT---AAT--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TATG--ATTAA-AA-------TA-CACT-A--AAATTG----TAA-AA-AAT-----TCC-GA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTC-CAT-TTGGAAATCC--TCTATA-AATCA--CAAATATCAGAATATAC-TTACATGTATTATT-GTACATCTTTATTTTTAGGT-AACCTTTGCTT-CTTC--GAAATAAAAT-AT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTTTATAAGGAT-TTTGAAA-ATAA-TGCC-CTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACTTAAA----TG----TTT-AATTTTTCATAGCAA-CC--GTTGTC-ACAC--AGACGT--TTTATTTTGCATACCTTTA--TATTT----CAC---TAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATGCCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGACcttcgtacttaa
gi|5 : acAT--TGCTTCGAAAATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TG----A-TAA-A-TGT------G-G-TA---ATAAATACTTGTATTCTTAA-AAACTTCCATA-T-AT-A--GAATTG----TAA-AA-T-TACAAAGCCAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTC-AAT-TTGAAAGTCT--TCTACA-----T--TGTATA-CA----------------------T-GTAC--TTTTATTTTGAAAT-AAAGTTTGCAT-CTCC--TAACTAAATA-GT-CACTATG--TTTGAAATATTG--TTAT-T--TTTAT------AC----------AA-CATG-TGTA-TTTCTCCACTTTACAAAGTG--TTACATGTTAGTTTCTA-TGGAAACACAAA----TA----TCT-CCTTTTCAATAGCAA-CC--AAAGTC-ACAC--CG--CTGATTTACT----ATATC-------ATT-------------A-TGAAGAGTTCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-g
gi|6 : atttattttcatattaatgtagtattcctatagaattagtgttagtgtgtgattaagtattcgtttataaatacattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgTAG----ATAAT-TTC---TAT--T-----GGC-T-ACA---TTT-GCAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TAGAT--GC----AGATAAA-C-TTGAG---CAATTTG-A-AATTT--TTG-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTTA-CTG----TGGAACACATTTGGT---AACA-AAC-T-TATGCA-T--CAG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGCAGAAA-----AT--TATTA-TGAT---AGCATATA-AACT-GCATTT-CCC-CATTTATTGG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-TTGAAAGGCAT-A------TGCTGTG-TTG-CTGGA-GGAAC-AT-TCTGGTTGCT---ATG-TAAGT-AT-GATGAAACATTGG-AA--AT---TTCAATGGGTC-GA--ATT-GTC-ACC--AAAATATT-------C--GAATATT----ATA-AAAATGATATTTTATT-TTTCAGTA-AATATATT-----CATTC-TGA--TG-CAT------TTATTGT-ATT-----------TAT---TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACttg
gi|7 : aATGATAAGAATT---GAA-AATCTG-GTGT-TGGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTATTGGAGAAGGCA-TGGTTGAAACAT-GAATATTACTTCAG-TG-G-TTTGATTATGCAGGTAATTGTATAATAT-AAGCTAT--T-----GG-AT-ACA---TTTTGCAATTA-GC--TCCC--AATTT---TAG-T--GCCAACAGTTAAA-C-TTGAAGCCCAATTTG-A-AATTT--T-G--TTGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-GAAT--GGTTAGAG-A-AACGTGTATGCATTT-CAGTTGTGGATTGACTACCTATA-AGTAAGAACAATTAT--TAT-A-CGATAGCA---TATA-AACTTGCAATT-CCCACATTGTTGTACCGGTAAATGCAAT--C--GATTTAGCGCAAAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTG-TTGCCTA-A-GGAAA-TT-T--
gi|8 : gTGATAAGAATT---GAAATCTTAG-GTGTATTGCTAGGGA-AA-T-TGGT----TGCTAT-GG
gi|8 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-AAC-T-TGTGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATGTCAGTAG----AGTGC-T-A---TGTGAT-----G--AT-ATT---TTT-GCA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CAG-T--TC----AATTATATC-CTAGA---TA---TG-A-AAATT--C-A-GTTGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTTG-TTA----TGGAA-ACAT--GGT---TA-A-ATT-T-TATATC-TT-CCA-TG-TGTACAAC-A--TGTC-AGTTGAGT-----AT--TAT-A-TAGT---G----ATA-CATTTACATTT-AAC-TA-TAATTTG-----------ATTGCT--G---TA-A---AACAGTAT-AAATG--AC-AATTTCCTG-TTTG-TTG-CTA-T-TGGAA-GT-T--GGTTACT---ATGGAAA-
gi|9 : GATATGAA------AA-TTC-AG-TTGCATTGCTAGGGA-AAAT--GGT----TGTTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAATTT-TA-TAT--CTTCCA-TG-TGTACAA-CATGTCAGTTG----AGTAT-T-A---TAT--A-----GTGAT-ACA---TTT-ACATTTA-AC--TATA--A-TTT---GAT-T--GC----TGTAAAA-C--AGTA---TAA-ATG-ACAATTTCCT-G-TTTG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTTA-CTA----TGGAA-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGGTTTCCATGGCAACGGTGGCTGACCAATAAAAATTATGATTTTCAATGATGTTCTAGTGTTGAATGAAACTACATATTAAAATTTCATGAAGATCTGAGAGGGTCATGAATCACCCTCTGCCTGGTTCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 1111 111 111 1111 11111 222222222222 111 11111111 1111 222 11 11111 11111 1 11111111 11 33333333333 111111111 111 2222222222222 111 111 1111111111111111 33333333333 1111 1 1111 1111 11111 222222 444444444444444 111 11 1111 1 111 1 222 3333333333 1 1111 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 11 11111 111111 11111111 111 222222222222 555555555555555555 1111 22222 222222 1111111 111 1111111111 222222 111 11 11111 111111 1111111111 111 11 1111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 55555 6 0 1 6 55 5 3 00 0000 5 000 5 5 5 5 6 888 5 888 1 111 0000 0 5 55555 111111111111 5 888 5 1 5 77 0 77 5 555 5 55555555 22 2222 0 000 11 5 5 77 5 99 55 7777 888 77777 11 5 8 9999 4 66 888 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 66 5 44444 77 1 5 99999999 6 6 11 0 1 22222222222 777777777 5 000 77 5 5 8888888888888 5 5 5 222 4 4 66 222 4 6666 55 66 5 77 77 1 0 2222222222222222 55555555555 7777 88888 1 7777 5 5 0 5 3333 66666 6 99 6 333333 888888888888888 444 11 7777 6 111 5 0 777 2 3333333333 0 5555 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 0 11 0 0 0 77777 8 6 555555 888 99999999 6 111 777777777777 6 000000000000000000 4444 6 888 55555 6 000000 3 99 6 0000000 99 6 44 222 6666666666 0 22 1 888 333333 0 88 000 1 8 1 88 11 0 8 8 6 6 99 1 6 99 1 3 6 44444 000000 6 99 1 6 1 7777777777 6 6 99 99 111 99 55 4444 99 6 99 3333 4444 777 4444 99 88 8
lowQualScore : . ..... . . . . .. . . .. .... . ... . . . . . ... . ... . ... .... . . ..... ............ . ... . . . .. . .. . ... . ........ .. .... . ... .. . . .. . .. .. .... ... ..... .. . . .... . .. ... . . . . . . . . . . .. . ..... .. . . ........ . . .. . . ........... ......... . ... .. . . ............. . . . ... . . .. ... . .... .. .. . .. .. . . ................ ........... .... ..... . .... . . . . .... ..... . .. . ...... ............... ... .. .... . ... . . ... . .......... . .... . .. ....................................................................... .. . .. . . . ..... . . ...... ... ........ . ... ............ . .................. .... . ... ..... . ...... . .. . ....... .. . .. ... .......... . .. . ... ...... . .. ... . . . .. .. . . . . . .. . . .. . . . ..... ...... . .. . . . .......... . . .. .. ... .. .. .... .. . .. .... .... ... .... .. .. .
lowQualScore : 4 44444 7 3 7 7 88 0 6 55 6666 0 000 7 7 7 7 0 333 7 777 0 888 6666 2 0 88888 999999999999 0 888 7 7 7 99 7 99 7 777 7 33333333 77 3333 6 000 77 7 7 99 7 66 77 0000 888 55555 00 0 9 4444 4 99 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 33333 99 4 7 00000000 7 7 22 8 4 99999999999 111111111 7 000 99 7 7 3333333333333 7 0 0 222 4 4 11 222 4 2222 88 99 0 99 99 4 1 9999999999999999 44444444444 9999 44444 4 6666 7 7 1 7 8888 77777 7 22 7 000000 888888888888888 444 00 0000 0 888 0 0 000 5 8888888888 0 8888 0 88 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 00 8 6 8 88888 0 7 888888 777 33333333 7 777 777777777777 7 333333333333333333 2222 7 777 88888 7 888888 2 88 7 0000000 22 7 77 777 1111111111 8 00 0 666 000000 6 88 222 0 0 0 88 00 6 0 0 7 7 22 5 7 22 0 7 3 77777 333333 7 22 7 7 0 2222222222 7 7 22 22 333 22 88 2222 88 7 22 3333 2222 555 2222 22 11 0
consensus : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GGCAT-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-T--GC----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( family-2143 ) : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GGCAT-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-T--GC----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
gi|1 : ATATGAATTTGAAAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAGGATAGAT-TGGTGCTTTGCTAT-GGAAA---CAATGGTT-GAACATAGA-T-T--TTTCAGGTGCGGTGTATTTATGTCAGTAG----ATAAT-T-----TAT--TATAAGAGCATAACAATGTTG-ACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTAG-CAGAC----AGTAAAA-CATTGAAGGTCAATTTGAA-AATTT--T-GCATTG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTTACCTAATAGCGAAA-ACAT--GGT---AA-ATAAC-T-TATGCA-TTCCAG-TG-GGGTTGAT-A--TATACAGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---AG--CATATAACTTGCATTTCCCC-CATTGTATTGA----------AAT--CAAA---TA-C---AAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTGTTTG-CTA-A-GGAAATAT-T--GGTTGCTA--ATGG--G-T-AT-AA--AAA-CT--G-AA--ATC--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-T-------CTG-AACATTAATGACA-GAG-TGATACAT-ATTCTT-CAG-A-A----AAT-----CATTC-TGA--TA-CACTAGAGATTAATGTCACT-----------TAT-T-TTG--TA----AGTTAGCTATGT------AATCGA-CCA-AAAGA--TT-CCTGATGC------ACCGTTTACGT--TGTACTGAT--TTCGACT----------------CTTTTG--GTTTTTAGGTGGTGTTTGAAAG---CTACCAAAA--------CT---AAGGTTG-CCTAT--TGC---AAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCA----C-TAATT-TTT------ACG-TT---ATG------TT----ATT-A-AA-------TA-T-AT-A--AACTTG----T-A-AA-T-T-----TCTAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AATAC--ACTACG-AACC
gi|1 : gagatTTTTC-CATAGCA-TAA-T-TTTTTATTAA-G-TTTTTATA------CC-A--TTTAA-AAGCTA---TACT-CC-ATCAAAT-G----TAATAA-T-TCG---TACAGG-AACT-------------CA-AAAC--AA-TCGTC-AAT-TCAAAAATCT-----------CCC--C-TAGTTCAGTTTTT-C-TTA------TTAT-----CAT----ATCTCTTGCT-TACTCTAGCT-----CAGCAAATAAATT-GTTCACCACAA-TTTAAAAT-TTGAATTGTCT--TTCAATTCTGTACAGAT-GT---GA-AGT--TGCC-TTTTATCACTTTGCAATTCA--TTATGC-CTGGTTGCTA-TGGAAACCTAAA----TG----TTTTAATTTTCCATAGCAAACC--GTAGC--ACAC--AGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTAA-TATTT----CATATATGA-CGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TGCCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|10 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAG---CA-TGGCT-AAACAT-GA-TGT--C---AG-TG-AGTATT-TTATATCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GTCTT-ACA---TTT-GCAAATA-GC--T-CG--A-TTTC--TAG-T--GA----AG-AATA-A-TTGTA---CAATCTA-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTTT-CTA----TGAAA-ACAT--GGT---AA-A-ATT-T-GATGTA-TT-TAA-TG-AGGTNNNN-N--NNNN-NNNNNNNN-----NN--NNTGA-TAGC---A---TATG-AATTTGCATTT-C
gi|11 : A-TTCAACAC-TTG--ATAT-T--TTCATTTCTTTACAATT-CTTTAAA--GTA-CGAC-TTTCCTCACTTTGCAATTCA--TCATACACTGGTTGCTA-CGGCAACCCAAA----TA----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--ATTGTG-AAAT--GGAATT--TTTACTTTGAATACATTTA--TATATCTGACAT-TACAA-TGAAGAGTTATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATGCTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|12 : g-----------AAC--C--G---TA-C---AAC--T-T-T---T--TT-A------TG-TGTG-TTG-TGA-ATGAAAA-AT-T--AGCTGCC---ATGGTGA-T-AA-GAT-ATACTT--G-TAGTGTC--TTCAATGGATCTGA--AAT-GC---CT--GAAA-ATT--------------ATTG---ATA-AGT-TA-TACCC-ATA-TT-CGGTA-A-
gi|14 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaact-----------AAT--T--G---TA-C---AGT--T-T-AAAAT--TTTA------GG-TCCG-TTG-CTA---GGAAA-ATAT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-GT-GATTAAACCA--G-A
gi|14 : AA-TTTTAG-GTCCGTTGCTAGGAA-AATA-TGGT----TGCTAT-GGTAA---TG-TGATT-AAACCA-GA-TTT--ATTCAT-TG-TATTTGA-CATATCAGTAG----CAAAT-T-G---TATAGT-----GGTAT-GTA---Ttttattcattgtatttgacatatcagtagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|15 : aattgtacagtttaaGTG-TTG-ATA-G-CGGAA-AT-T--GGTTGAC---ATGGTAA-T--------AAACCT--A-AC--GTC--TTCAGAGGGTCTGA--CAT-GTC-TGT--AAAGT-TT-----------AACACG----GTA------G-TA--T-AGT-TG-CATT--A-TACACT-----CATTC-CAA--TA-C
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCTA----TGGTG-ATAT--AGT---CA-A-AGC-T-GATGCC-AT-CAA-GG-GATTTGAC-A--TATT-AGTAGAAA-----ATAGTAT-AGTAAT---A---T
gi|19 : tgcttA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-GAAAAT-GA-TAT--TTTCAG-g
gi|2 : ATGATAAGAAGT---GAA-TTTTAG-GTGTGTTGCTAAGGA-AATTCTGGT----TGCTAT-GGAAA---TA-TGGTT-AAACAT-GA-TGT--TTTCAG-TG-GGTCTTATTATGTCAGTTG----ATAAT-T-A---TCT--T-----GACAT-ACA---TTT-GCAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TAG-T--AA----AGTCAAA---TTGAG---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ATC-T-GATGTA-TT-CAA-TG-GAGTTGAC-A--TGAA-AGTGGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AATTTGCCTTT-CCC--ATTGTTTTG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-T-GAAA---AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---GTGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGCTGGGTCTGA--ATT-GTC-ATC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTATA-TATAAT-----AATTC-CAA--TG-CAT------TTATTGT-A-------------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGGCCCA-AAAG---TTGCCTA--GCA-----ACCA-TTACTA--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTCG--ATT------------------------------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA---------AAATTG----TAA-AA-T-T-----TTCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TCTGAAATCC--TCTACA-AGCCC--CATATATCAGTATTTAC-TTA------TTCTT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACCTTTACTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTGTATACAGAT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTA--TTATGGACTGGTTGCTA-TGGAAATATAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--AGAACT--ATTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATGCCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|3 : gtaTGCTGGCATCGTAA-TCATTGATGAAACTT--GAAA--ATCCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----ATAGAAA-TG-TATTTCATT-TT-C-GTA-A-CA-AATTTCAACATTCTTGAAGTGACAA------ATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGTTATTTCTAGACGTGTTCAAAAAAT--ACCCACAAAGACGTTGCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTTTTCAATTTTTG--GTTTT----------------G---C-------AGTAACACCCTGTCAAG--TGCTTCATTATGTTTAG-AACCATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CG----ACTAA-TATTT------A-GCTT---ATA------TCTA--ATTAACAA-------TA-T-CTCAT-AAATTGTTCTTAA-AATT-T-----TTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAATCCCTTCTACATAACCCCTCTTACATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTACA-TTTAATTTTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC--CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGGATGGGTGAAACAGTACTGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCATCTTATGCACTGGTTGCTATTGGAACCACAAAAATCCGCTCCTTC-AATTTTCCATAGCAA-CCGAGTTGCCAACACCAGGAACT--TTTAC-TTGCATATCTTTATCTATTT----CAC-TATAACTGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTGCCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGAC
gi|4 : A-AT-T--GGTTGTT---ATGGTAG-T-AT-AATGAAACTC--G-AA--GTC--TCCAATGGGTCCCA--ATT-ATC-ACC--TAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-AG-TAT---GTT-TT-AAGTA-AATATAAT-----CATTC-CAA--TG-AAT------TTATTGT-GC-------------ATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGCT--AAAAATGGGCCCA-AAAGAG-TTGTCTA--GCA-----ACCA-TTACTC--TGTA-TTTT--TCTGACT----------------CTTTTGTTATTTT----------------AGTAC-------A--------TT---AAT--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TATG--ATTAA-AA-------TA-CACT-A--AAATTG----TAA-AA-AAT-----TCC-GA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTC-CAT-TTGGAAATCC--TCTATA-AATCA--CAAATATCAGAATATAC-TTACATGTATTATT-GTACATCTTTATTTTTAGGT-AACCTTTGCTT-CTTC--GAAATAAAAT-AT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTTTATAAGGAT-TTTGAAA-ATAA-TGCC-CTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACTTAAA----TG----TTT-AATTTTTCATAGCAA-CC--GTTGTC-ACAC--AGACGT--TTTATTTTGCATACCTTTA--TATTT----CAC---TAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATGCCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGACcttcgtacttaa
gi|5 : acAT--TGCTTCGAAAATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TG----A-TAA-A-TGT------G-G-TA---ATAAATACTTGTATTCTTAA-AAACTTCCATA-T-AT-A--GAATTG----TAA-AA-T-TACAAAGCCAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTC-AAT-TTGAAAGTCT--TCTACA-----T--TGTATA-CA----------------------T-GTAC--TTTTATTTTGAAAT-AAAGTTTGCAT-CTCC--TAACTAAATA-GT-CACTATG--TTTGAAATATTG--TTAT-T--TTTAT------AC----------AA-CATG-TGTA-TTTCTCCACTTTACAAAGTG--TTACATGTTAGTTTCTA-TGGAAACACAAA----TA----TCT-CCTTTTCAATAGCAA-CC--AAAGTC-ACAC--CG--CTGATTTACT----ATATC-------ATT-------------A-TGAAGAGTTCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-g
gi|6 : atttattttcatattaatgtagtattcctatagaattagtgttagtgtgtgattaagtattcgtttataaatacattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgTAG----ATAAT-TTC---TAT--T-----GGC-T-ACA---TTT-GCAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TAGAT--GC----AGATAAA-C-TTGAG---CAATTTG-A-AATTT--TTG-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTTA-CTG----TGGAACACATTTGGT---AACA-AAC-T-TATGCA-T--CAG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGCAGAAA-----AT--TATTA-TGAT---AGCATATA-AACT-GCATTT-CCC-CATTTATTGG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-TTGAAAGGCAT-A------TGCTGTG-TTG-CTGGA-GGAAC-AT-TCTGGTTGCT---ATG-TAAGT-AT-GATGAAACATTGG-AA--AT---TTCAATGGGTC-GA--ATT-GTC-ACC--AAAATATT-------C--GAATATT----ATA-AAAATGATATTTTATT-TTTCAGTA-AATATATT-----CATTC-TGA--TG-CAT------TTATTGT-ATT-----------TAT---TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACttg
gi|7 : aATGATAAGAATT---GAA-AATCTG-GTGT-TGGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTATTGGAGAAGGCA-TGGTTGAAACAT-GAATATTACTTCAG-TG-G-TTTGATTATGCAGGTAATTGTATAATAT-AAGCTAT--T-----GG-AT-ACA---TTTTGCAATTA-GC--TCCC--AATTT---TAG-T--GCCAACAGTTAAA-C-TTGAAGCCCAATTTG-A-AATTT--T-G--TTGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-GAAT--GGTTAGAG-A-AACGTGTATGCATTT-CAGTTGTGGATTGACTACCTATA-AGTAAGAACAATTAT--TAT-A-CGATAGCA---TATA-AACTTGCAATT-CCCACATTGTTGTACCGGTAAATGCAAT--C--GATTTAGCGCAAAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTG-TTGCCTA-A-GGAAA-TT-T--
gi|8 : gTGATAAGAATT---GAAATCTTAG-GTGTATTGCTAGGGA-AA-T-TGGT----TGCTAT-GG
gi|8 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-AAC-T-TGTGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAT-A--TATA-AGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATGTCAGTAG----AGTGC-T-A---TGTGAT-----G--AT-ATT---TTT-GCA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CAG-T--TC----AATTATATC-CTAGA---TA---TG-A-AAATT--C-A-GTTGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTTG-TTA----TGGAA-ACAT--GGT---TA-A-ATT-T-TATATC-TT-CCA-TG-TGTACAAC-A--TGTC-AGTTGAGT-----AT--TAT-A-TAGT---G----ATA-CATTTACATTT-AAC-TA-TAATTTG-----------ATTGCT--G---TA-A---AACAGTAT-AAATG--AC-AATTTCCTG-TTTG-TTG-CTA-T-TGGAA-GT-T--GGTTACT---ATGGAAA-
gi|9 : GATATGAA------AA-TTC-AG-TTGCATTGCTAGGGA-AAAT--GGT----TGTTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAATTT-TA-TAT--CTTCCA-TG-TGTACAA-CATGTCAGTTG----AGTAT-T-A---TAT--A-----GTGAT-ACA---TTT-ACATTTA-AC--TATA--A-TTT---GAT-T--GC----TGTAAAA-C--AGTA---TAA-ATG-ACAATTTCCT-G-TTTG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTTA-CTA----TGGAA-A
blockSeqs : A GT A T . CG . T CT . T AGG . G . A G TAC . AG A TAT TTGT A AAGC AGTGGTA . . T A C CT . A C A GCCAAC TC TCC GCC TC . C CC T A GG AA GTA A CT A G . C TT TAG C . T G G T . T T T CC . CAATT AG G G AGCAT . . AC T CCGGTAAATGC CGATT G GCA AG A T GACAATTTCC C . C AT . A CT GGC G CATT TT TG A GT CA A CCATTGGTCTACCTGA CAACATACTGA G GAAA A TTTC . T T ATAT TTCAA T AG A . ACTCGAATACTAAA ATG AA TTAT A TCA G C ACG G AGCATTATC . CTCG . GC TACTATATCTTTTCAATTTTTGGTTTTGCAGTAACACCCTGTC . C TA AC C . TAGCA TA TTATTAA C TTT AATACTTGTATT C GCTATACTCCATC TTCT T TT ACAAA . TGGTCC A AC . CAAAT TC C AA CTT TAACCCCTCT TA T ACT CATGTA TA ATT T A C TC . C . T A . A . TC C T A GGGTG CAGTAC T TC A T C AATCCGCTCC . . GA CA CAG GA TC CTGA T C AC TGTA TTGA CA GGCT CT G T
blockSeqs : A TT . T . TG . T T . . . . . . . T C . TA T GAT . . TC TGTCT . . . A . . . . . . GA AT AT . TT . . . . A CA G . . TT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . AGCAT . . C A . GCTG . . . . . GGCATA . . . GA . . . . . AA TG . . . . A CATGTCTGTA CTGA . AAAA . TTTT . . . ATAT . . . . . ATT AT . . . T G . AG G GCA . TA . . CTTTTGTTATTTTAGTACATT . . . A . . AC T A . . TCTA . ACTTCCATATATA . . AA CG . TGGT A A . AATC A . TG T AGCCCCA TA T AC . T ATC A . G T . . . . . . C . . G A A CTTT AGTA . . A . A TA . . . G G . . . T . . C . CC . . A .
blockSeqs : A TT . C . TA . T T . . . . . . . A A . GG C TT . . A TGACA . . . A . . . . . . AA TT CT . TT . . . . A . G . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AT . . T T . CG . . . . . TTTTA . . . G . . . . . GT TG . . . . G ATTGTCATCG CTGA . AGT . CCC . . . TAC . . . . . GC AT . . . T G . . G GCA . TC . . CTTTCGATTACT . . . C . . A T A . . TCTA . TATCTCAT . . T . . TGGT A A . AGGT C . TG T AATCACA AA A AC . T AT T . C T . . . . . . A . . C G G TTTG ATAA . . A . A TG . . . C A . . . T . . T . C . . C .
blockSeqs : T . . T . CA . T . . . . . . . . G T . TG T GA . . G GATGA . . . A . . . . . . GC TT CT . TT . . . . G . G . . TT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . AT . . . A . TG . . . . . GCATA . . . A . . . . . AT TG . . . . A ATTATCACCT CG . AAA . TTT . . . TAT . . . . . A . . . . T . . A . . A T A . . TATG . TACACTA . . T . . TT . . . AAT C . GG T TTG . . . . T T T . G T . . . . . . C . . T A G TTTG CATG . . A . T TG . . . C A . . . . . . T . G . . G .
blockSeqs : . . . T . T . . . . . . . . A T . G A AA . . A AGTGA . . . T . . . . . . TC TA T . A . . . . T . G . . CT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . AT . . . CA . . . . . TTTA . . . A . . . . . AT TG . . . . A ATTGTCACCA . . AAA . T . . . CA . . . . . A A G . . CCA . TA . . T . . . . . . . A . GA . . . . A . . . . . . GTA . . G . A TA . . . C C . . . . . . T . C . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . A C . . . A TGGC . . . . . . . . . . GC A C . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . CA . . . . . ATA . . . T . . . . . AT T . . . . A AATGCCTG . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . A TGGA . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : TT*** ** **** NG* NA* A**** NGTNA******* *** ** *** GC****** CT** *** A* G*** ***** **** AGCAT*** *********** CG******* *** TG ATTGTCACCG****** CTGA******* **** TTT* ATAT ****** AC************* AT* T** A**** T** A******* TCTA******** TATNCCAT********** TGGT** A* AAT**** N* NG AACCNCG*** AC* T* AT* T* ** ** TTTG* ANTA** C* ** T* T*** G*
originalCons : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT-TGGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TG-GGTNTNATTATGTCAGTAG----ATAAT-T-A---TAT--T-----GGCAT-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-T--GC----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGAT---A---TATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGA--ATT-GTC-ACC--GAAATATT-------CTGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-A-TATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGT-ACT-----------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA-------TA-T-CT-A--AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AACCC--CGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACATTTTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-NTTGAAA-AGTA-TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
finalCons : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCTAGGGA-AATT--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGTT-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TGNG-TNTNA-TATGTCAGTAG----ATAAT-TA----TATNGTNA-------T-ACA---TTT-GCAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TGC------AGTNAAACT--TGAA---CAATTTG-A-AATTT--T-GA-TTG--TTGCTAGG---GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CTA----TGGAA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCA-TT-CAG-TG-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----AT--TAT-A-TGATAGCAT---ATA-AACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AATCG-------TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--G-AA--GTC--TTCGATGGGTCTGAATTGTCACCG------AAATATTCTGA-------AACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-CAGTA-AATATAAT-----CATTC-CGA--TG-CAT------TTATTGTAC-------------TATAT-TTG--TG----TTTTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATCA----G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAAT--TTTA-------G-TT---ATATCTA--------ATTAA-AATATNCCAT----------AAATTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAACAAT----GCCN-AT-TTNGAAATCC--TCTACAAACCNCG---TATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACAT-TTTATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGATTTTG-AAAANTA--TGCC-TTTTTTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CACT-ATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTTG-CA-GAGACT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGGTTTCCATGGCAACGGTGGCTGACCAATAAAAATTATGATTTTCAATGATGTTCTAGTGTTGAATGAAACTACATATTAAAATTTCATGAAGATCTGAGAGGGTCATGAATCACCCTCTGCCTGGTTCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 1111 111111 111111 1111111 1 111 1111111 1111 222 11 11111 11111 11 33333333333 111111111 111 2222222222222 111 111 1111 1111 111 2222222222 2222 1 111 1111 11 222222 55555555555555555 11 2222222 1 111 1 222 3333333333 1 1111 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 11 11111 111111 11111111 111 222222222222 333333333333333333 1111 22222 222222 1111111 11 22222 222222 11 222222 1111111111 111 11 1111 1111 1111 1111
lowQualScore : 1 55555 6 0 1 6 44 5 5 4 4 66 9999 4 888 5 66 5 0 5 5 6 66 5 6 000 1 0000 000000 4 999999 1 555 4 6666666 5 5 0 0 66 66 5 333 5 3333333 22 2222 0 000 11 5 5 77 5 99 55 7777 888 77777 11 5 4 66 777 4 66 888 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 66 5 44444 5 6 1 6 11 0 1 22222222222 777777777 5 000 77 5 5 8888888888888 5 5 5 333 5 5 66 333 0 5 5 5 4 0 77 3333 99 0 1 99 3 3333 111 8888888888 0000 6 6 3 666 6 0000 1 0 1 8 11 8 333333 77777777777777777 8 11 3333333 6 111 5 0 777 2 3333333333 0 5555 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 0 11 0 0 0 77777 8 6 555555 888 99999999 6 111 777777777777 6 000000000000000000 6 4444 6 888 55555 6 000000 3 99 6 0000000 00 6 44 99 00000 1 1 0 0 22 1 888 333333 0 8 5 8 8 11 8 1 88 11 0 8 8 6 6 99 1 6 99 1 3 88 000000 6 1 88 6 99 1 6 1 7777777777 6 6 99 99 111 99 55 4444 99 6 99 3333 4444 777 4444 99 88 8
lowQualScore : . ..... . . . . .. . . . . .. .... . ... . .. . . . . . .. . . ... . .... ...... . ...... . ... . ....... . . . . .. .. . ... . ....... .. .... . ... .. . . .. . .. .. .... ... ..... .. . . .. ... . .. ... . . . . . . . . . . .. . ..... . . . . .. . . ........... ......... . ... .. . . ............. . . . ... . . .. ... . . . . . . .. .... .. . . .. . .... ... .......... .... . . . ... . .... . . . . .. . ...... ................. . .. ....... . ... . . ... . .......... . .... . .. ....................................................................... .. . .. . . . ..... . . ...... ... ........ . ... ............ . .................. . .... . ... ..... . ...... . .. . ....... .. . .. .. ..... . . . . .. . ... ...... . . . . . .. . . .. .. . . . . . .. . . .. . . .. ...... . . .. . .. . . . .......... . . .. .. ... .. .. .... .. . .. .... .... ... .... .. .. .
lowQualScore : 4 44444 7 3 7 7 44 0 0 4 4 11 4444 4 888 0 99 0 2 0 0 0 99 0 6 000 0 1111 444444 4 111111 0 777 4 2222222 0 0 4 0 99 99 0 888 0 8888888 77 3333 6 000 77 7 7 99 7 66 77 0000 888 55555 00 0 4 11 888 4 99 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 33333 7 6 7 7 22 8 4 99999999999 111111111 7 000 99 7 7 3333333333333 7 7 7 111 0 0 99 888 4 0 7 7 3 4 99 8888 22 7 7 22 5 3333 333 8888888888 8888 7 7 3 888 7 0000 7 8 0 0 00 0 000000 66666666666666666 0 00 8888888 0 888 0 0 000 5 8888888888 0 8888 0 88 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 00 8 6 8 88888 0 7 888888 777 33333333 7 777 777777777777 7 333333333333333333 7 2222 7 777 88888 7 888888 2 88 7 0000000 00 7 77 22 55555 0 4 8 8 00 0 666 000000 6 0 6 0 0 44 0 0 88 00 6 0 0 7 7 22 5 7 22 0 7 88 222222 7 0 33 7 22 7 7 0 2222222222 7 7 22 22 333 22 88 2222 88 7 22 3333 2222 555 2222 22 11 0
consensus : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCT-AG-GG-AAAT-T--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGT--T-AAACAT-GA-TGT--CTTCAG-TGNG---TNTNAC-ATGTCAGTAG----ATAAT-T--A---TATNGTGATA-CAT-------TT-G-CAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TG--C----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCATT-C-AGT-G-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----ATTAT-ATGATAGCATATAAACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAA--G-TC--TTCGATGGGTCTGA--ATTG-TC-ACC--GAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-C--AGTAAATATAATCATTCC-GA--TG-CAT------TTATTGT-ACT------------ATAT-TTG--TGT--T----TTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA----TAT-CCATA-----AA-TTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AA--CCTCGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACAT-TTT-ATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
Reference ( family-2143 ) : NNNATGATAAGAATT---GAA-TTTTAG-GTGCGTTGCT-AG-GG-AAAT-T--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGT--T-AAACAT-GA-TAT--CTTCAG-TGNG---TNTNAT-ATGTCAGTAG----ATAAT-T--A---TATNGTNATA-CAT-------TT-G-CAATTA-GC--TCCC--A-TTT---TAG-TG--C----AGTNAAA-C-TTGAA---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ANC-T-TATGCATT-C-AGT-G-GGGTTGAC-A--TATA-AGTAGAAA-----ATTAT-ATGATAGCATATAAACTTGCATTT-CCC-CATTGTTTTG-----------AAT--C--G---TA-C---AAC--T-T-GAAAG--AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---ATGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAA--G-TC--TTCGATGGGTCTGA--ATTG-TC-ACC--GAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-C--AGTAAATATAATCATTCC-GA--TG-CAT------TTATTGT-ACT------------ATAT-TTG--TGT--T----TTAG-TGTGTT--AAAAATGGACCCA-AAAGA--TTGCCTAA-GCA-----ACCG-TTACTT--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTTG--GTTTT----------------G---C-------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA----TATNCCATA-----AA-TTG----TAA-AA-T-T-----TCCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-NAT-TTNGAAATCC--TCTACA-AA--CCNCGTATATCAGTATTTAC-TTA------TTATT-GTACAT-TTT-ATTTTTAGAT-AACNTTTGCTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTAT-T--TTCATTTCTGTACGGAT-TTTGAAA-ANTA-TGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACNCAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--GGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGGT---ATGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--TTCTT-GCA-GAGACT
gi|1 : ATATGAATTTGAAAA-TCTTAACATGGGTTGCTTAG-GATAGAT-T--GGTGCTTTGCTAT-GGAAA---CAATGGT--T-GAACATAGA-T-T--TTTCAGGTGCGGTGTATT-T-ATGTCAGTAG----ATAAT-T------TATTATAAGAGCATAACAATGTT-GACAATTA-GC--TCCCTAG-TTTCTGTAG-CAGAC----AGTAAAA-CATTGAAGGTCAATTTGA-AAATTT--T-GCATTG--TT-CTAG-GAAGA---AAATAGTGTTTCG-GTTA-CCTAATAGCGAAA-ACAT--GGT---AA-ATAAC-T-TATGCATT-CCAGT-G-GGGTTGAT-A--TATACAGTAGAAA-----ATTAT-ATGATAGCATAT-AACTTGCATTTCCCC-CATTGTATTGA----------AAT--CAAA---TA-C---AAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTGTTTG-CTA-A-GGAAATAT-T--GGTTGCTA--ATGG--G-T-AT-AA--AAA-CT--GAA--A-TC--TTCGGTGAATATGG--A---------C--AAACTA-TC-------TG-AACATTAATGACA-GAG-TGATACAT-ATTCTT-C--AG-AA----AATCATTCT-GA--TA-CACTAGAGATTAATGTCACT-------------TAT-TT---TGTAAG----TTAGCTATGT------AATCGA-CCA-AAAGA--TT-CCTGATGC------ACCGTTTACGT--TGTACTGAT--TTCGACT----------------CTTTTG--GTTTTTAGGTGGTGTTTGAAAG---CTACCAAAA--------CT---AAGGTTG-CCTAT--TGC---AAGGATATGCATCGGGA-G-TAGCAGTCACTTTCCGCA----C-TAATT-TTT------ACG-TT---ATG------TT----ATT-A-AA----TAT---ATA-----AACTTG----T-A-AA-T-T-----TCTAGACAAAT--GA--AAATA-TCACAAAC--AA-T-GC----T-TTT--AATAC--ACTACG-AA--CC
gi|1 : gagatTTTTC-CATAGCA-TAA-T-TTTTTATTAA-G-TTTTTATA------CC-A--TTTAA-AAGCTATACTCCATC-----AA-ATG----TAATAA-T-TCG---TACAGG-AACT-------------CA-AAAC--AA-TCGTC-AAT-TCAAAAATCT--CC---------CCTAGT---TCAGTTTTT-C-TTA------TTATC-ATATCT-CTT-GCTT--------ACTCTAGCT-----CAGCAAATAAATT-GTTCACCACAA-TTTAAAAT-TTGAATTGTCT--TTCAATTCTGTACAGAT-GT---GA-AGT--TGCCTTTT-ATCACTTTGCAATTCA--TTATGC-CTGGTTGCTA-TGGAAACCTAAA----TG----TTTTAATTTTCCATAGCAAACC--GTAGC--ACAC--AGAACT--TTTACTTTGCATATCTTTAA-TATTT----CATATATGA-CGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AGATTATGGG-----TGCCACC----TT-C-T-C----ATGA--TTCTTAACA-GAGACTatacttttttccatagcataattttttattaagtttttataccatttaaaagctatactccatcaaatgtaataattcgtacaggaactcaaaacaatcgtcaattcaaaaatctcccctagttcagtttttcttattatcatatctcttgcttactctagctcagcaaataaattgttcaccacaatttaaaatttgaattgtctttcaattctgtacagatgtgaagttgccttttatcactttgcaattcattatgcctggttgctatggaaacctaaatgttttaattttccatagcaaaccgtagcacacagaacttttactttgcatatctttaatatttcatatatgacgaagagttgtggaaagtttcgtcaaaatccgagattatgggtgccaccttctcatgattcttaacagagact
gi|10 : gagatatatgaatttgaaaatcttaacatgggttgcttaggatagattggtgctttgctatggaaacaatggttgaacatagatttttcaggtgcggtgtatttatgtcagtagataatttattataagagcataacaatgttgacaattagctccctagtttctgtagcagacagtaaaacattgaaggtcaatttgaaaattttgcattgttctaggaagaaaatagtgtttcggttacctaatagcgaaaacatggtaaataacttatgcattccagtggggttgatatatacagtagaaaattatatgatagcatataacttgcatttcccccattgtattgaaatcaaatacaacttgaaagcatatgtgtgtttgctaaggaaatattggttgctaatgggtataaaaactgaaatcttcggtgaatatggacaaactatctgaacattaatgacagagtgatacatattcttcagaaaatcattctgatacactagagattaatgtcacttattttgtaagttagctatgtaatcgaccaaaagattcctgatgcaccgtttacgttgtactgatttcgactcttttggtttttaggtggtgtttgaaagctaccaaaactaaggttgcctattgcaaggatatgcatcgggagtagcagtcactttccgcactaatttttacgttatgttattaaatatataaacttgtaaatttctagacaaatgaaaatatcacaaacaatgcttttaatacactacgaaccatacttGCT-AG-GG-AAAT-T--GGT----TGCTAT-GGAAG---CA-TGGC--T-AAACAT-GA-TGT--C---AG-TGAG---TATTTT-ATATCAGTAG----ATAAT-T--A---TATTGTCTTA-CAT-------TT-G-CAAATA-GC--T-CG--A-TTTC--TAG-TG--A----AG-AATA-A-TTGTA---CAATCTAA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAGAA--AA---AA-----GCTTTG-GTTT-CT--ATGA---AA-ACAT--GGT---AA-A-ATT-T-GATGTATT-T-AAT-G-AGGT--NN-N--NNNN-NNNNNNNN-----NNNNN-NTGATAGCATATGAATTTGCATTT-C
gi|11 : A-TTCAACAC-TTG--ATAT-T--TTCATTTCTTTACA-AT-TCTTTAA-AGTA-CGACTTTC-CTCACTTTGCAATTCA--TCATACACTGGTTGCTA-CGGCAACCCAAA----TA----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--ATTGTG-AAAT--GGAATT--TTTACTTTGAATACATTTA--TATATCTGACAT-TACAA-TGAAGAGTTATGGAAAATTTCATTAAAATCCA--TGATTTTGATC---ATGCTATCTTGATT-CATGC----ATGA--TTCTT-GCA-AAGA
gi|12 : g-----------AAC--C--G---TA-C---AAC--T-T-T---T--TT-A------TG-TGTG-TTG-TGA-ATGAAAA-AT-T--AGCTGCC---ATGGTGA-T-AA-GAT-ATACTT--GTAGTG-TC--TTCAATGGATCTGA--AATG-C---CT--GAAA-ATT--------------ATTG---ATA-AGT-TA-TACCC-ATA-TT-C--GGTAA
gi|14 : tttgcattgcgttctcatttcaggacaaact-----------AAT--T--G---TA-C---AGT--T-T-AAAAT--TTTA------GG-TCCG-TTG-CTA---GGAAA-ATAT--GGTTGCT---ATGGTAA-T-GT-GATTAAACCA--GA
gi|14 : AA-TTTTAG-GTCCGTTGCT-AG-GA-AAATAT--GGT----TGCTAT-GGTAA---TG-TGAT--T-AAACCA-GA-TTT--ATTCAT-TGTA---TTTGAC-ATATCAGTAG----CAAAT-T--G---TATAGTGGTA-tttattcattgtatttgacatatcagtagcaaattgtatagtggtatgtat
gi|15 : aattgtacagtttaaGTGTTGAT-AGCGG-AAAT-T--GGT----TG---------A---CA-TGGTAAT-AAACCT-AA-CGT--CTTCAG-AGGG---TCTGAC-ATGTCTGTAA------AGT-TTAA---CACGGTAGTA-TAG-------TT-G-C-ATTATAC--ACTC--A-TTC---CAA-TA--C----tgtat
gi|16 : -G--GA---AA-----TTTTT---TTAGCT--ATGG---TG-ATAT--AGT---CA-A-AGC-T-GATGCCAT-C-AAG-G-GATTTGAC-A--TATT-AGTAGAAA-----ATAGT-ATAGTAATAT
gi|19 : tgctt-AAAT-T--GGT----TGCTAT-GGAAA---CA-TGGT--T-GAAAAT-GA-TAT--TTTCAG-g
gi|2 : ATGATAAGAAGT---GAA-TTTTAG-GTGTGTTGCT-AA-GG-AAAT-TCTGGT----TGCTAT-GGAAA---TA-TGGT--T-AAACAT-GA-TGT--TTTCAG-TGGG---TCTTATTATGTCAGTTG----ATAAT-T--A---TCTTGACATA-CAT-------TT-G-CAATTA-AC--TCCC--A-TTT---TAG-TA--A----AGTCAAA---TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--T-G-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AA-----GTTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-ATC-T-GATGTATT-C-AAT-G-GAGTTGAC-A--TGAA-AGTGGAAA-----ATTAT-ATGATA---TATAAATTTGCCTTT-CCC--ATTGTTTTG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-T-GAAA---AT-A------TG-TGTG-TTG-CTA-A-GGAAA-AT-T--GGTTGCT---GTGGTAA-T-AT-GATGAAACCT--GAA--G-TC--TTCGCTGGGTCTGA--ATTG-TC-ATC--GAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-TG-TATTT-ATT-TT-C--AGTATATATAATAATTCC-AA--TG-CAT------TTATTGT-A-T------------ATAT-TTG--TGT--T----TTAG-TGTGTT--AAAAATGGGCCCA-AAAG---TTGCCTA--GCA-----ACCA-TTACTA--TGTA-TGTT--TCCGACT----------------CTTTCG--ATT------------------------------A--------CT---AAG--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGTATC---A-G-TATATGGCACTTTTC-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TCTA--ATTAA-AA----TA------A-----AA-TTG----TAA-AA-T-T-----TTCAGA-AAATTGGT--AAATA-TCA-AAAC--AA-T-GCC-CAT-TCTGAAATCC--TCTACA-AG--CCCCATATATCAGTATTTAC-TTA------TTCTT-GTACAT-TTTTATTTTTAGAT-AACCTTTACTT-CTCC--CAAATAAATT-GT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTGTATACAGAT-TTTGAAA-AGTA-TGCCTTTTTTTCACTTTGCAATTTA--TTATGGACTGGTTGCTA-TGGAAATATAAA----TG----TTC-AATTTTCCATAGCAA-CC--GTTGCC-ACAC--AGAACT--ATTACTTTGCATATCTTTA--TATTT----CAC-TATAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCCG--AAATTATGGGT---ATGCCACC----CT-C-TGC----ATGA--TTCTT-ACA-GAGACT
gi|3 : gtaTGCTGGCATCGTAA-TCATTGATGAAACTT--GAA--AATCCATTCAATGGGTCTGGCCATTGGTCTACCTGAAAATATTCAACATACTGATGCATT----ATAGAAA-TG-TATTTCATT-TT-CGTAACAAATTTCAACATTCTTGAAGTGACAA------ATATTAT-ACTCGAATACTAAATATATGTTGAATGT--TATTTCTAGACGTGTTCAAAAAAT--ACCCACAAAGACGTTGCCTAA-GCATTATCACTG-TTACCTCGTGTA-TGTTGCCCCGACTTACTATATCTTTTCAATTTTTG--GTTTT----------------G---C-------AGTAACACCCTGTCAAG--TGCTTCATTATGTTTAG-AACCATGCCTC---ACGCTGCATGGCACTTTTC-CG----ACTAA-TATTT------A-GCTT---ATA------TCTA--ATTAACAA----TATCTCATA-----AA-TTGTTCTTAA-AATT-T-----TTCAGA-AAATTGGTCCAAATACTCA-AAACCAAA-T-GCCTCATCTTTGAAATCCCTTCTACATAACCCCTCTTACATCAGTATTTACTTTA------TTATTAGTACAT-TTA-ATTTTTAGATAAACGTTTGCTTCCTCC--CAACTAAATTCGT-CACCACAATTTTAAAAT-TTG--TTAT-TTCTCCAGTTCTGCTGGGATGGGTGAAACAGTACTGCCTTTT-TTCACTTTGCAATTCATCTTATGCACTGGTTGCTATTGGAACCACAAAAATCCGCTCCTTC-AATTTTCCATAGCAA-CCGAGTTGCCAACACCAGGAACT--TTTAC-TTGCATATCTTTATCTATTT----CAC-TATAACTGAAGAGTTGTGGAAAGTTTCGTCAAAATCCGACAGATTCTGGGTGTAGTGCCACC----TTCC-TGCGGCTATGACTTTCTT-CCATGAGAC
gi|4 : A-AT-T--GGTTGTT---ATGGTAG-T-AT-AATGAAACTC--GAA--G-TC--TCCAATGGGTCCCA--ATTA-TC-ACC--TAAATATTC-------TGAAACATT----ATA-AAA-AG-TAT---GTT-TT-A--AGTAAATATAATCATTCC-AA--TG-AAT------TTATTGT-GC-------------ATAT-TTG--TGT--T----TTAG-TGTGCT--AAAAATGGGCCCA-AAAGAG-TTGTCTA--GCA-----ACCA-TTACTC--TGTA-TTTT--TCTGACT----------------CTTTTGTTATTTT----------------AGTAC-------A--------TT---AAT--TG-TTCAT--TGTTTAGAAAATATGCACC---C-G-TATATGGCACTTTTT-CG----A-TAA-T-TTT------A-G-TT---ATA------TATG--ATTAA-AA----TACACTA-A-----AA-TTG----TAA-AA-AAT-----TCC-GA-AAATTGGT--AAAT-----------------GTC-CAT-TTGGAAATCC--TCTATA-AA--TCACAAATATCAGAATATAC-TTACATGTATTATT-GTACATCTTT-ATTTTTAGGT-AACCTTTGCTT-CTTC--GAAATAAAAT-AT-CACCACAA-TTTAAAAT-TTG--TTCT-T--TTCATTTTTATAAGGAT-TTTGAAA-ATAA-TGCCCTTT-TTCACTTTGCAATTCA--TTATGCACTGGTTGCTA-TGGAAACTTAAA----TG----TTT-AATTTTTCATAGCAA-CC--GTTGTC-ACAC--AGACGT--TTTATTTTGCATACCTTTA--TATTT----CAC---TAA-TGAAGAGTTATGGAAAGTTTCGTCAAAATCTG--AGATTATGGGT---ATGCCACT----TT-G-TGC----ACGA--TTCTT-GCA-GAGACcttcgtacttaa
gi|5 : acAT--TGCTTCGAAAATATACATC---A-G-AATATGGACCTCTTC-TG----A-TAA-A-TGT------G-G-TA---ATAAATACTTGTATTCTTAA-AA----ACTTCCATATATAGAA-TTG----TAA-AA-T-TACAAAGCCAAA-AAATT--T--AA-TA-TTA-AAAA--AGGT-GTC-AAT-TTGAAAGTCT--TCTACA-------TTGTATA-CA----------------------T-GTAC-T-TTT-ATTTTGAAAT-AAAGTTTGCAT-CTCC--TAACTAAATA-GT-CACTATG--TTTGAAATATTG--TTAT-T--TTTAT------AC----------AA-CATG-TGTATTTC-TCCACTTTACAAAGTG--TTACATGTTAGTTTCTA-TGGAAACACAAA----TA----TCT-CCTTTTCAATAGCAA-CC--AAAGTC-ACAC--CG--CTGATTTACT----ATATC-------ATT-------------A-TGAAGAGTTCTGAAAAGCTGCATGAAAATTCC--AGATTATCAAT---GTGCCACC----TT-C-TGC----ATGA--ATCTT-g
gi|6 : atttattttcatattaatgtagtattcctatagaattagtgttagtgtgtgattaagtattcgtttataaatacattttaaattttaacgtactaaccagttttaaggctaactctactcgagactgTAG----ATAAT-TT-C---TATTGGC-TA-CAT-------TT-G-CAATTA-GCCTTCCC--A-TTT---TAGATG--C----AGATAAA-C-TTGAG---CAATTTGA-AA-TTT--TTG-ATTG--TTGCTAG-G--GA---AAA----GTTTTGAGTTA-CT--GTGG---AACACATTTGGT---AACA-AAC-T-TATGCAT--C-AGT-G-GGGTTGAT-A--TATA-AGCAGAAA-----ATTATTATGATAGCATATAAACT-GCATTT-CCC-CATTTATTGG-----------AAT--C--A---TA-C---AAC--T-TTGAAAGGCAT-A------TGCTGTG-TTG-CTGGA-GGAAC-AT-TCTGGTTGCT---ATG-TAAGT-AT-GATGAAACATTGGAA--A-T---TTCAATGGGTC-GA--ATTG-TC-ACC--AAAATATTC---------GAATATT----ATA-AAAATGATATTTTATT-TTTC--AGTAAATATATTCATTCT-GA--TG-CAT------TTATTGT-ATT-------------TAT-TTG--TGT--T----TTAG-TGTGTT--AAAAATGGACttg
gi|7 : aATGATAAGAATT---GAA-AATCTG-GTGT-TGGCT-AG-GG-AAAT-T--GGT----TGCTATTGGAGAAGGCA-TGGT--TGAAACAT-GAATATTACTTCAG-TG-G---TTTGATTATGCAGGTAATTGTATAATAT--AAGCTATTG-GATA-CAT-------TTTG-CAATTA-GC--TCCC--AATTT---TAG-TG--CCAACAGTTAAA-C-TTGAAGCCCAATTTGA-AA-TTT--T-G--TTGGGTTGCTAG-G--AAGTAAA-----GCTTTG-GTTA-CT--ATGG---AA-GAAT--GGTTAGAG-A-AACGTGTATGCATTTC-AGTTGTGGATTGACTACCTATA-AGTAAGAACAATTATTAT-ACGATAGCATATAAACTTGCAATT-CCCACATTGTTGTACCGGTAAATGCAAT--C--GATTTAGCGCAAAC--T-T-GAAAGC-AT-A------TG-TGTG-TTGCCTA-A-GGAAA-TT-T--
gi|8 : gTGATAAGAATT---GAAATCTTAG-GTGTATTGCT-AG-GG-AAAT-T--GGT----TGCTAT-GG
gi|8 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgTTA-CT--ATGG---AA-ACAT--GGT---AA-A-AAC-T-TGTGCATT-C-AGT-G-GGGTTGAT-A--TATA-AGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactatggaaacatggtaaaaacttgtgcattcagtggggttgatatataagtaga
gi|9 : cacctgaccgcgccaacgaattgagtactgcgtgtgataagaattgaaatcttaggtgtattgctagggaaattggttgctatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-ATGTCAGTAG----AGTGC-T--A---TGTGATGATA-TTT-------TT-G-CA-TTACAC--TCTT--A-TTT---CAG-TT--C----AATTATATC-CTAGA---TA---TGA-AA-ATT--C-A-GTTGCATTGCTAG-G--GA---AA-----AT---G-GTTG-TT--ATGG---AA-ACAT--GGT---TA-A-ATT-T-TATATCTT-C-CAT-G-TGTACAAC-A--TGTC-AGTTGAGT-----ATTAT-ATAGTG----ATACATTTACATTT-AAC-TA-TAATTTG-----------ATTGCT--G---TA-A---AACAGTAT-AAATG--AC-AATTTCCTG-TTTG-TTG-CTA-T-TGGAA-GT-T--GGTTACT---ATGGAAA-
gi|9 : GATATGAA------AA-TTC-AG-TTGCATTGCT-AG-GG-AAAA-T--GGT----TGTTAT-GGAAA---CA-TGGT--T-AAATTT-TA-TAT--CTTCCA-TGTG---TACAAC-ATGTCAGTTG----AGTAT-T--A---TATAGTGATA-CAT-------TT-A-CATTTA-AC--TATA--A-TTT---GAT-TG--C----TGTAAAA-C--AGTA---TAA-ATGACAA-TTTCCT-G-TTTG--TTGCTAT-T--GG---AA-----G--TTG-GTTA-CT--ATGG---AA-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGGTTTCCATGGCAACGGTGGCTGACCAATAAAAATTATGATTTTCAATGATGTTCTAGTGTTGAATGAAACTACATATTAAAATTTCATGAAGATCTGAGAGGGTCATGAATCACCCTCTGCCTGGTTCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): GAAAGTACATTACATATTCACAAAGATCTAAGAAGGTTATGAATTACCCCCTAACTGCTTATT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTGTACCGCGCCAACACGAAGACTTGAGTGACTGGCCGTGTG
Unaligned ( gi|20 ): TTAATACGGTAGTATAGTTGCATTCTACTTTCATTTCAATACA