lowQualScore : 22222222222222222222 111 11 11111 11111 111 22222222222222222 1111 111111111111111111 1111 1111 111111 11111111 1111111111 111 11111 44444444444444444444444444444 111 222222 1111111 1 22222222 222222222 11111 1111 11111 1111111 1111 111 4444444444444444444444 11111 11111 1111 11111 111111 11 1 11
lowQualScore : 3 7 666 3 66666666666666666666 3 3 6 3 3 000 3 7 3 3 55 3 55 55 666 3 3 00 3 777 3 3 4 4 777 1 4 44444 00000 4 000 11111111111111111 55 8888 4 8 999999999999999999 4 55 2222 8 9999 55 777 4 8 777 4 111111 55 4 8 4 4 00000000 99 4 9999999999 4 99 55 99 4 555 777 00000 0 4 00000000000000000000000000000 8888 4 777 4 99 4 4 4 6666 4 111 8 222222 1 7777777 777 444 4 4 4 4 777 2 11111111 4 333333333 11111 4 4444 1 88888 66 4 0000000 4 4 5555 4 4 4 222 8 8 1 4 8 4 8 4 66 777 4 777 4 4444444444444444444444 777 4 777 4 8 11111 11111 88 66 4 8 8 7777 77777 3 777777 33 0 33 4 4 3 2 2
lowQualScore : . . ... . .................... . . . . . ... . . . . .. . .. .. ... . . .. . ... . . . . ... . . ..... ..... . ... ................. .. .... . . .................. . .. .... . .... .. ... . . ... . ...... .. . . . . ........ .. . .......... . .. .. .. . ... ... ..... . . ............................. .... . ... . .. . . . .... . ... . ...... . ....... ... ... . . . . ... . ........ . ......... ..... . .... . ..... .. . ....... . . .... . . . ... . . . . . . . . .. ... . ... . ...................... ... . ... . . ..... ..... .. .. . . . .... ..... . ...... .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 3 444 3 88888888888888888888 3 3 7 6 6 000 6 3 6 6 00 6 00 00 444 6 6 00 6 777 6 6 0 0 000 6 0 00000 00000 0 333 55555555555555555 55 3333 0 0 777777777777777777 0 55 5555 0 5555 55 000 0 0 000 0 555555 55 0 0 0 0 00000000 55 0 1111111111 0 55 55 55 0 000 000 22222 8 0 22222222222222222222222222222 5555 0 000 0 55 0 0 0 8888 0 000 0 555555 6 0000000 000 666 0 0 0 0 000 0 55555555 4 999999999 11111 4 0000 1 66666 11 4 1111111 4 4 6666 4 4 4 222 9 9 9 4 9 4 9 4 11 888 4 888 4 7777777777777777777777 888 4 888 4 9 11111 11111 33 11 3 0 0 0000 77777 2 888888 88 0 22 0 0 2 5 0
consensus : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AA-----ATGA-CAA--AGTA-----------A---T-GA--T--N-CAA-ATG-AC------A--A-T-G----GTA-TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAAC-------------------A-AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--A-NCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTNATANCAAAACCTGGTTT
Reference ( gi|6 ) : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AA-----ATGA-CAA--AGTA-----------A---T-GA--T--A-CAA-ATG-AC------A--A-T-G----GTA-TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAAC-------------------A-AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--A-CCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAATAAGTTTATAACAAAACCTGGCTTG
gi|8 : TCGGTTATC-TA-CTACTATTAGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-T-GAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-CTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AA-----ATGA-CAA--AGTA-----------A---T-GA--T--T-CAC-ATG-AC------A--A-T-G----GTA-TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--C-A-A-A-TAAAAAAG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------AAT--G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-ATACC-AA-GC-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-T-TAA-A-C---A-AA--AG----ATA-TGA---------AA-----TTAG-ATAT-G--TCCCTGA--G--T--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAA--------------------A-AACA---TATC-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-GAAG--ATGGG
gi|7 : tgTCGGTTGTC-TATCTA---TTGTG-C--------A-----------G-A-A-TTAGC-CAAAA-CA---CA-T--T-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-AAT-TTA-T-T-C-AAT---AGA-------AT-----ATGA-CAA--AGTA-----------A---TTGA--T--T-CAATATG-AC------A--A-T-G-----TA-TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGAC-G--T-A-A-A-TAAAGAT----AT-GTT--CA-A-AA---T---TTG-A--CT--AG--CAG-TG---ACAA---AAA-T--GA-C-A----------GT-A-T------AT---G-CAA----T--TGAC---AAAAAT-A--CAC---AGATC-TA-GT-T-T---GAACT------AGGA-C-C-------AAAGT---A-G---AAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TT----GTA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGATAG--A--CCATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CATATAAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-AAACT-AAAC-------------------A-AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGG
gi|1 : atgTCGGTTGTC-TA-CCA---TTAGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-TAA
gi|9 : gTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-CAATATGGAA-----------G-A-A---AGA-CAA----A---CA-T-A--C-AA-G--A-A--T--A---AGA-AA-AGC--T-A---------T-C-AAT---A-A-TA----AA-----ATGA-CAA--AGT------------A---T-GA--T--T-CAA-ATG-AC------A--A-T------GTA-TA--TA---CA-CA----A-------------AT---T-A------AGA-------A-A-T-TAAAAA---------TT--CA-A-----------TG-A---T--AG--CAA-TG---ACAA---AAA----GAACTA----------TT-A-T------C----A-AAA----T-ATAAC---AAAACT-AC-CAC-T-AGATC-AG----T-T---GA--T------AGGA-CGC-------AAAGT---A-G-CCAAAA-A--AA-A-C---A-AA--T-----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATA--G--T-CCTGA-----A--C-ATT-T---C-T-G-T----GACCAAA-CCTA-TTA--CA-ACAAATC-T-A-CA---CAAA-A--G---T---A---C-AAAC-------------------A-AACA---AATG-AA---C-AC---A-----AAAC-----ACAT--CAAG--A--GGGC-GT-C----ATAGGCC--A-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacacgtcttcattgaaattaagaaaggtagtatttattcaatagataacataaatcacgacattattcacactttgacgatagtatatgattttatcatgttttatatatcaacaactagattatttgggacagtcaaatcacaaagaatgttcaaatttgacttaggcaaatggacaaaatatagtagattgaagattatgaaagaaatacactaagtcaattgacttaaggagcgcaataggcaaaaataaacataatgacatgaaaacaaaaataactccatgataacatttgctgtgacaaaacttattcaaaaatcttacaaggaaatagtgaacaaaaaacatatgcacacaaaaacacatagaaagcatgggcgtcataggcctcaccgtaacaaggcagcagaaataaaaagttaatatcaaaacctggtt
gi|13 : gTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-ac
gi|16 : tatgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------N-A-A-TAAGctatt
gi|10 : tttatgCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AA-----ATGA-CAA--AGTA-----------A---T-GA--T--T-CAA-ATG-AC------A--A-A-G----GTA-TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-ATT------AT---G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAACGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TG----AT
gi|3 : GTTGTC-TAACAA---GTAGG-CC-------A-----------GCACA-TTAGA-CAAAA-CAA--CG-T-AT-C-AAG-----A--T--A---AGA-AAAGGCTAC-A-T-TTA-T-T----AT---AGAAT-----AA-----ATGAACAA--AATA-----------A---TAGA--T--A-CAA-ATGGAC------A--AAT-G----GTAATA--T----CAACAGA--A--CTA---GA-T-ATGTAT-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAA-GG---AA-GTTT-CA-A-A----T---TTG-AGACT--AGTTCAA-TGG--ACAA---AAAATA-GAAC-A----------GT-A-T------A----GGCAA----TGATGA-----AAAAT-A--CACAT-AGATC-AA-GT-T-TT--GA-CT------AGGAGCGA-------CAAGT---A---CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------CA-----ACAA--TAT-G--TCTCCGA--G--AGAC-ATTTG---C-TTG-T----GA-CAAA-CCTA--T---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGACA---C-AAAC---------------------AACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA--AAG--ATGGGGC-GT-CAAATATGGACC--A-ACGTAACAACCGTA-CAGC--AAAGAATA--AAGTTTATAAC-AAACCTGGCTT
gi|5 : atgttcGTTGTCGTA-CAA---TTAGGAC--------A-----------G-A-A-TTA---CGATA-CA---CACT-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AG-GTT--A-A-T-TTAAT-T-CGAAT---A-A-T-----AA-----ATAA-CAATGAGTA-----------AC--T-GA--TTTC-CAC-ATGGAC------G--A-T-G----GTA-TAGAT----CA-CA----A--CTA---GACT-AT---T-G--------ACAG--T-A-A-A-TTAAAAGG---AA-GTT--CA-AGA----T---TTG----CT--AG--CAA-TG---ACAA---AA--T--GAAC-------------T-A-T-----------G-TA-----C-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GC-T-TTAGAA-CTTA----AGGAGCGCC------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---ACAAC-TGCCGCATG-TAA---------AA-----ACAA-ATAA-----CTCTGA--T--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CTT--TT---CA-A-AA-TC-TGA-CAGG-GGAA-ATAG---TGA-A---C-AAA-----------------------ACA---TATG-CA---CGAC-AAA-----ACAC-----CAATA-GAGA--ATGGG-C-GT-C----ATAGGCC--AGCCG-AACAA--G-G-CACC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGT
gi|4 : cctttttagggcTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------AATTTAGGGCAGG-A-ACTTAGAACAAAAACA---CG-T-AT-CCAAGG--A-A--T--ATAGAGG-AA-GGT--C-AAC-TTA-T-TTC-AAT---AGA-TTATGAAA-----ATAA-TGA----TA-----------A---T-GA--T--A-CAA-ATG-AC------A--AATAG----GGA-TA--TAATACG-CA----AATCTATATGA-TCAT---T-G------GGACAG--T-A-----TAAATACG-----------CA------------CTG-A--CT----------------CAA---AAA-T--GA-C-A----------GTTA-TTACCTAG----G-CTA----T-ATGAC---AAATAT-A--CCC-T-TGATC-AACGT-T-T---GA-CT------ATGAGCTC-------CAGTT---A-GGCAAAAA-AATAA-AACGAGA-AA--T------TA-TGA---------AA-----ACAA-ATATCG--TTC-TGA--G--A--C-ATT-GGGCT-T-G-T----G--CAGA-CCTAATT---CA-A-AA-TC-G-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAAC-------------------A-AACA---TATGTTATTCC-AA-CAA-----AAAC-----ACATA-CGAG--ATGGGGCAGTCC----ATAGGCC--T-ACGTAACAA--G-GCCCGCATAGA-AATAATAAGTTTATAACAAAA-CTGGT
gi|2 : TGTT-TA-CTA---TTGGG-TTT------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-TCAT-C-AAGG--ATA--TCTA---AGAGAA-GGT--CCA-T-TTA-TAT-C-AATTAGAAA-T-----AA-----ATGA-CAA---GTA-----------A---T-GA--T--T-CAA-ATG-AC------A--A-T-A----GTA--A--T-----A-CACTATA--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAGCTT-ACA-ATTAAAAAAGTGTAA-GTT--CATA-A----TTCATTG-AT-CT--AG--CAA-TAGGTACAAACTAGA-TCAGGAC-ACATTTTTTTCCT-A-T------A----T-AAG----T-ATGACATGAGAAATAA--CAC-T-AGATCAAA-GT-TAT---GATCTTTTTAGAGTAGCGTCCTCTGAGAAGT---ATA-CAAAAAGA-TAA-A-C---ACAAATTG----ATATTGATT-------AAATCGCACAATATAT-GTATCCGTGA--AGTA--C-TTT-G---CAT-GATGGCGGA-CAAA-CCTA-TTATCCATA-AAATCTT-ATTAGG-CAAA-A--AAGTTGA-A---CAAAAC-------------------ACAACACATTATG-TA---C-AC-AAACAAAGAAACCGCTGACATACCAAG--ATGGGGg
gi|12 : ttttatgtcgggtttgcttg-C--------A-----------G-A-ACTTAGA-CAAAA-CAACACG-TCAT-C-AAGGGCA-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-TCTTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AA-----ATGA-CAA--AAGA-----------AATTT-GACTT--C-CAA-CTG-ATCTACGAA--A-C-G----GTA-TA--T----CA-CAAC--A--CTA---GA-T-AT---T-GGGACACGGACAG--T-ACATA-TAAAAAGG---AA-GTTTCCA-A-ACTGTC---TTGCA--CT--AGC-CAA-TG---A
gi|1 : ttggcgcA-CA---CG-T-CTTC-ATTG--A-AATT--A---AGA-AA-GGTAGT-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AACATAAATCA-CGAC-ATTATTCACACTTTGA---C-GA--T--AGTAT-ATG-ATTTT---ATCA-T-GTTTTATA-TA--T----CAACA----A--CTA---GA-TTAT---TTG------GGACAG--TCA-A-A-TCACAAAG---AATGTT--CA-A-A----T---TTG-A--CTTAGG--CAAATGG--ACAA---AA--T----AT-A----------GT-A-G------A----T-TGAAGATT-ATGAA---AGAAAT-A--CAC-T-AAGTC-AA----T-T---GA-CTTA----AGGAGCGC-------AA--T---A-G-GCAAAA-A-TAA-A-C---ATAA--TG----ACA-TGA---------AA-----ACAA-AAAT-AACTCCATGAT-A--A--C-ATTTG---C-T-G-T----GA-CAAAACTTA-TT---CA-A-AAATC-TTA-CAAG-GAAATA--G---TGA-A---C-AAA--------------------A-AACA---TATG-CA---C-AC-AAA-----AA-C-----ACATA-GAAAGCATGGG-C-GT-C----ATAGGCCTCA-CCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGT
gi|11 : gtcggttgtctaccattaggcagaattagataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacAA---AAA-T--GAAC-AT---------GC-C-T------ATTATG-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-AAACAC-TCAGATC-AA-GTGT-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAGATGTTA-G-TAAGAA-A-TAGCA-C---A-AA--------ATA-TGACAATACCTTGA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---CAT-G-TTA--GA-CAAA-CCTA-TG---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGA-A---C-AAACAAACCATTATGCTACCACAA-AACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCCGTAACAAGGTTGCCTAAAAATATAACGGCGCAGATTATGAACCTTAGCTAGCTTGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TCTAAATATTTATTTATAACTATATCCCCACAAGTAGAAATATATA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 111 111111 3333333333333333333333 1111 1111 111111 1111111111 111 333333333333333333333333333 111 222222 1111111 1 11111111 222222222 11111 1111 11111 1111 111 333333333333333333333 11111 11111 1111 11 11
lowQualScore : 3 7 666 3 66666666666666666666 3 3 6 3 3 999 3 6 3 3 44 3 44 44 555 3 3 99 3 6 3 3 3 3 3 666 0 3 22222 3 55 7777 000 7 55 666 3 666 7 000000 7 3 5555555555555555555555 55 1111 7 7777 55 666 3 7 666 3 000000 55 3 7 3 3 66666 3 88 3 5555555555 3 88 55 88 3 333 666 3 88 3 111111111111111111111111111 3 7777 3 666 3 88 3 3 3 4444 3 000 7 000000 0 5555555 666 3 3 3 3 3 3 666 0 77777777 4 111111111 00000 4 1111 55555 55 4 8 777 8 4 4 4444 4 4 4 111 8 8 0 4 8 4 8 4 55 777 4 777 4 888888888888888888888 777 4 777 4 8 00000 00000 66 55 2 6 6 4444 99 1 11 999 11 8 0 1 1 1 0
lowQualScore : . . ... . .................... . . . . . ... . . . . .. . .. .. ... . . .. . . . . . . . ... . . ..... . .. .... ... . .. ... . ... . ...... . . ...................... .. .... . .... .. ... . . ... . ...... .. . . . . ..... . .. . .......... . .. .. .. . ... ... . .. . ........................... . .... . ... . .. . . . .... . ... . ...... . ....... ... . . . . . . ... . ........ . ......... ..... . .... ..... .. . . ... . . . .... . . . ... . . . . . . . . .. ... . ... . ..................... ... . ... . . ..... ..... .. .. . . . .... .. . .. ... .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 444 3 88888888888888888888 3 3 7 6 3 222 3 7 3 3 66 3 66 66 888 3 3 22 3 7 3 3 3 6 6 444 5 6 77777 6 00 7777 000 3 00 000 6 444 3 555555 3 6 9999999999999999999999 00 4444 3 7777 00 444 6 3 444 6 555555 00 6 3 6 6 66666 6 66 6 7777777777 6 66 00 66 6 666 444 6 66 6 888888888888888888888888888 6 7777 6 444 6 66 6 6 6 5555 6 000 3 555555 5 5555555 444 6 6 6 6 6 6 444 9 88888888 0 555555555 00000 0 6666 77777 55 0 0 000 0 0 0 0000 0 0 0 000 0 0 8 0 0 0 0 0 55 000 0 000 0 333333333333333333333 000 0 000 0 0 00000 00000 55 55 5 7 7 2222 22 0 00 222 00 0 8 4 0 0 8
consensus : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
Reference ( family-2093 ) : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TN--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--ANCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTNATANCAAAACCTGGTTT
gi|1 : A-CA---CG-T-CTTC-ATTG--A-AATT--A---AGA-AA-GGTAGT-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAC--A-TAA--ATCACGACA---T-TA--TT--CAC-ACTTTG-AC------GA-T-AGTATATGATTTTATCATGTTTTATATA--T----CAACA----A--CTA---GA-TTAT---TTG------GGACAG--TCA-A-A-TCACAAAG---AATGTT--CA-A-A----T---TTG-A--CTTAGG--CAAATGG--ACAA---AA--T----AT-A----------GT-A-G------A----T-TGAAGATT-ATGAA---AGAAAT-A--CAC-T-AAGTC-AA----T-T---GA-CTTA----AGGAGCGC-------AA--T---A-G-GCAAAA-A-TAA-A-C---ATAA--TG----ACA-TGA---------AA-----ACAA-AAAT-AACTCCATGAT-A--A--C-ATTTG---C-T-G-T----GA-CAAAACTTA-TT---CA-A-AAATC-TTA-CAAG-GAAATA--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATG-CA---C-AC-AAA-----AA-C-----ACATA-GAAAGCATGGG-C-GT-C----ATAGGCCTCACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTT
gi|10 : gtcggttgtctaccattaggcagaattagataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-A-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-ATT------AT---G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAACGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TG----AT
gi|11 : AA---AAA-T--GAAC-AT---------GC-C-T------ATTATG-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-AAACAC-TCAGATC-AA-GTGT-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAGATGTTA-G-TAAGAA-A-TAGCA-C---A-AA--------ATA-TGACAATACCTTGA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---CAT-G-TTA--GA-CAAA-CCTA-TG---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGA-A---C-AAACAAACCATTATGCTACCACAAAACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--
gi|12 : gct-C--------A-----------G-A-ACTTAGA-CAAAA-CAACACG-TCAT-C-AAGGGCA-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-TCTTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AAGA----AATTT-GACTTC--CAA-C---TG-ATCTACGAAA-C-GGTA----------------------TA--T----CA-CAAC--A--CTA---GA-T-AT---T-GGGACACGGACAG--T-ACATA-TAAAAAGG---AA-GTTTCCA-A-ACTGTC---TTGCA--CT--AGC-CAA-TG---A
gi|13 : ttggcgcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-
gi|16 : tatgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------N-A-A-TAAGctatt
gi|2 : tttatgTGTT-TA-CTA---TTGGG-TTT------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-TCAT-C-AAGG--ATA--TCTA---AGAGAA-GGT--CCA-T-TTA-TAT-C-AATTAGAAA-T-----AAATGA-CAA---GTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-AGTA-----------------------A--T-----A-CACTATA--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAGCTT-ACA-ATTAAAAAAGTGTAA-GTT--CATA-A----TTCATTG-AT-CT--AG--CAA-TAGGTACAAACTAGA-TCAGGAC-ACATTTTTTTCCT-A-T------A----T-AAG----T-ATGACATGAGAAATAA--CAC-T-AGATCAAA-GT-TAT---GATCTTTTTAGAGTAGCGTCCTCTGAGAAGT---ATA-CAAAAAGA-TAA-A-C---ACAAATTG----ATATTGATT-------AAATCGCACAATATAT-GTATCCGTGA--AGTA--C-TTT-G---CAT-GATGGCGGA-CAAA-CCTA-TTATCCATA-AAATCTT-ATTAGG-CAAA-A--AAGTTGA-A---CAAAACAC------------------AACACATTATG-TA---C-AC-AAACAAAGAAACCGCTGACATACCAAG--ATGGGG
gi|3 : ttttatgtcgggtttgcttgGTTGTC-TAACAA---GTAGG-CC-------A-----------GCACA-TTAGA-CAAAA-CAA--CG-T-AT-C-AAG-----A--T--A---AGA-AAAGGCTAC-A-T-TTA-T-T----AT---AGAAT-----AAATGAACAA--AATA----A---TAGA--TA--CAA-A---TGGAC------AAAT-GGTAA---------------------TA--T----CAACAGA--A--CTA---GA-T-ATGTAT-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAA-GG---AA-GTTT-CA-A-A----T---TTG-AGACT--AGTTCAA-TGG--ACAA---AAAATA-GAAC-A----------GT-A-T------A----GGCAA----TGATGA-----AAAAT-A--CACAT-AGATC-AA-GT-T-TT--GA-CT------AGGAGCGA-------CAAGT---A---CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------CA-----ACAA--TAT-G--TCTCCGA--G--AGAC-ATTTG---C-TTG-T----GA-CAAA-CCTA--T---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGACA---C-AAAC--------------------AACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA--AAG--ATGGGGC-GT-CAAATATGGACC--AACGTAACAACCGTA-CAGC--AAAGAAT--AAAGTTTATAAC-AAACCTGGCTT
gi|4 : atgttcTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------AATTTAGGGCAGG-A-ACTTAGAACAAAAACA---CG-T-AT-CCAAGG--A-A--T--ATAGAGG-AA-GGT--C-AAC-TTA-T-TTC-AAT---AGA-TTATGAAAATAA-TGA----TA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AAATAGGGA----------------------TA--TAATACG-CA----AATCTATATGA-TCAT---T-G------GGACAG--T-A-----TAAATACG-----------CA------------CTG-A--CT----------------CAA---AAA-T--GA-C-A----------GTTA-TTACCTAG----G-CTA----T-ATGAC---AAATAT-A--CCC-T-TGATC-AACGT-T-T---GA-CT------ATGAGCTC-------CAGTT---A-GGCAAAAA-AATAA-AACGAGA-AA--T------TA-TGA---------AA-----ACAA-ATATCG--TTC-TGA--G--A--C-ATT-GGGCT-T-G-T----G--CAGA-CCTAATT---CA-A-AA-TC-G-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATGTTATTCC-AA-CAA-----AAAC-----ACATA-CGAG--ATGGGGCAGTCC----ATAGGCC--TACGTAACAA--G-GCCCGCATAGA-AATAATAAGTTTATAACAAAA-CTGGTT
gi|5 : GTTGTCGTA-CAA---TTAGGAC--------A-----------G-A-A-TTA---CGATA-CA---CACT-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AG-GTT--A-A-T-TTAAT-T-CGAAT---A-A-T-----AAATAA-CAATGAGTA----AC--T-GA--TTTCCAC-A---TGGAC------GA-T-GGTA----------------------TAGAT----CA-CA----A--CTA---GACT-AT---T-G--------ACAG--T-A-A-A-TTAAAAGG---AA-GTT--CA-AGA----T---TTG----CT--AG--CAA-TG---ACAA---AA--T--GAAC-------------T-A-T-----------G-TA-----C-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GC-T-TTAGAA-CTTA----AGGAGCGCC------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---ACAAC-TGCCGCATG-TAA---------AA-----ACAA-ATAA-----CTCTGA--T--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CTT--TT---CA-A-AA-TC-TGA-CAGG-GGAA-ATAG---TGA-A---C-AAA----------------------ACA---TATG-CA---CGAC-AAA-----ACAC-----CAATA-GAGA--ATGGG-C-GT-C----ATAGGCC--AGCCGAACAA--G-G-CACC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTTg
gi|6 : cctttttagggcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--ACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAATAAGTTTATAACAAAACCTGGCTT
gi|7 : TCGGTTGTC-TATCTA---TTGTG-C--------A-----------G-A-A-TTAGC-CAAAA-CA---CA-T--T-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-AAT-TTA-T-T-C-AAT---AGA-------ATATGA-CAA--AGTA----A---TTGA--TT--CAATA---TG-AC------AA-T-G-TA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGAC-G--T-A-A-A-TAAAGAT----AT-GTT--CA-A-AA---T---TTG-A--CT--AG--CAG-TG---ACAA---AAA-T--GA-C-A----------GT-A-T------AT---G-CAA----T--TGAC---AAAAAT-A--CAC---AGATC-TA-GT-T-T---GAACT------AGGA-C-C-------AAAGT---A-G---AAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TT----GTA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGATAG--A--CCATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CATATAAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-AAACT-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGg
gi|8 : atgTCGGTTATC-TA-CTACTATTAGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-T-GAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-CTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAC-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--C-A-A-A-TAAAAAAG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------AAT--G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-ATACC-AA-GC-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-T-TAA-A-C---A-AA--AG----ATA-TGA---------AA-----TTAG-ATAT-G--TCCCTGA--G--T--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATC-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-GAAG--ATGGG
gi|9 : tgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-CAATATGGAA-----------G-A-A---AGA-CAA----A---CA-T-A--C-AA-G--A-A--T--A---AGA-AA-AGC--T-A---------T-C-AAT---A-A-TA----AAATGA-CAA--AGT-----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T--GTA----------------------TA--TA---CA-CA----A-------------AT---T-A------AGA-------A-A-T-TAAAAA---------TT--CA-A-----------TG-A---T--AG--CAA-TG---ACAA---AAA----GAACTA----------TT-A-T------C----A-AAA----T-ATAAC---AAAACT-AC-CAC-T-AGATC-AG----T-T---GA--T------AGGA-CGC-------AAAGT---A-G-CCAAAA-A--AA-A-C---A-AA--T-----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATA--G--T-CCTGA-----A--C-ATT-T---C-T-G-T----GACCAAA-CCTA-TTA--CA-ACAAATC-T-A-CA---CAAA-A--G---T---A---C-AAACA-------------------AACA---AATG-AA---C-AC---A-----AAAC-----ACAT--CAAG--A--GGGC-GT-C----ATAGGCC--AAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCCGTAACAAGGTTGCCTAAAAATATAACGGCGCAGATTATGAACCTTAGCTAGCTTGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TCTAAATATTTATTTATAACTATATCCCCACAAGTAGAAATATATA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 111 111111 3333333333333333333333 1111 1111 111111 1111111111 111 333333333333333333333333333 111 222222 1111111 1 11111111 222222222 11111 1111 11111 1111 111 333333333333333333333 11111 11111 1111 11 11
lowQualScore : 3 7 666 3 66666666666666666666 3 3 6 3 3 999 3 6 3 3 44 3 44 44 555 3 3 99 3 6 3 3 3 3 3 666 0 3 22222 3 55 7777 000 7 55 55 3 666 7 000000 7 3 5555555555555555555555 55 1111 7 7777 55 666 3 7 666 3 000000 55 3 7 3 3 66666 3 88 3 5555555555 3 88 55 88 3 333 666 3 88 3 111111111111111111111111111 3 7777 3 666 3 88 3 3 3 4444 3 000 7 000000 0 5555555 666 3 3 3 3 3 3 666 0 77777777 4 111111111 00000 4 1111 55555 55 4 8 777 8 4 4 4444 4 4 4 111 8 8 0 4 8 4 8 4 55 777 4 777 4 888888888888888888888 777 4 777 4 8 00000 00000 66 55 2 6 6 4444 99 1 11 999 11 8 0 1 1 1 0
lowQualScore : . . ... . .................... . . . . . ... . . . . .. . .. .. ... . . .. . . . . . . . ... . . ..... . .. .... ... . .. .. . ... . ...... . . ...................... .. .... . .... .. ... . . ... . ...... .. . . . . ..... . .. . .......... . .. .. .. . ... ... . .. . ........................... . .... . ... . .. . . . .... . ... . ...... . ....... ... . . . . . . ... . ........ . ......... ..... . .... ..... .. . . ... . . . .... . . . ... . . . . . . . . .. ... . ... . ..................... ... . ... . . ..... ..... .. .. . . . .... .. . .. ... .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 444 3 88888888888888888888 3 3 7 6 3 222 3 7 3 3 66 3 66 66 888 3 3 22 3 7 3 3 3 6 6 444 5 6 77777 6 00 7777 000 3 00 00 6 444 3 555555 3 6 9999999999999999999999 00 4444 3 7777 00 444 6 3 444 6 555555 00 6 3 6 6 66666 6 66 6 7777777777 6 66 00 66 6 666 444 6 66 6 888888888888888888888888888 6 7777 6 444 6 66 6 6 6 5555 6 000 3 555555 5 5555555 444 6 6 6 6 6 6 444 9 88888888 0 555555555 00000 0 6666 77777 55 0 0 000 0 0 0 0000 0 0 0 000 0 0 8 0 0 0 0 0 55 000 0 000 0 333333333333333333333 000 0 000 0 0 00000 00000 55 55 5 7 7 2222 22 5 00 222 00 0 8 4 4 4 8
consensus : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
Reference ( family-2093 ) : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
gi|1 : A-CA---CG-T-CTTC-ATTG--A-AATT--A---AGA-AA-GGTAGT-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAC--A-TAA--ATCACGACA---T-TA--TT--CAC-ACTTTG-AC------GA-T-AGTATATGATTTTATCATGTTTTATATA--T----CAACA----A--CTA---GA-TTAT---TTG------GGACAG--TCA-A-A-TCACAAAG---AATGTT--CA-A-A----T---TTG-A--CTTAGG--CAAATGG--ACAA---AA--T----AT-A----------GT-A-G------A----T-TGAAGATT-ATGAA---AGAAAT-A--CAC-T-AAGTC-AA----T-T---GA-CTTA----AGGAGCGC-------AA--T---A-G-GCAAAA-A-TAA-A-C---ATAA--TG----ACA-TGA---------AA-----ACAA-AAAT-AACTCCATGAT-A--A--C-ATTTG---C-T-G-T----GA-CAAAACTTA-TT---CA-A-AAATC-TTA-CAAG-GAAATA--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATG-CA---C-AC-AAA-----AA-C-----ACATA-GAAAGCATGGG-C-GT-C----ATAGGCCTCACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTT
gi|10 : gtcggttgtctaccattaggcagaattagataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-A-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-ATT------AT---G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAACGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TG----AT
gi|11 : AA---AAA-T--GAAC-AT---------GC-C-T------ATTATG-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-AAACAC-TCAGATC-AA-GTGT-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAGATGTTA-G-TAAGAA-A-TAGCA-C---A-AA--------ATA-TGACAATACCTTGA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---CAT-G-TTA--GA-CAAA-CCTA-TG---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGA-A---C-AAACAAACCATTATGCTACCACAAAACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--
gi|12 : gct-C--------A-----------G-A-ACTTAGA-CAAAA-CAACACG-TCAT-C-AAGGGCA-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-TCTTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AAGA----AATTT-GACTTC--CAA-C---TG-ATCTACGAAA-C-GGTA----------------------TA--T----CA-CAAC--A--CTA---GA-T-AT---T-GGGACACGGACAG--T-ACATA-TAAAAAGG---AA-GTTTCCA-A-ACTGTC---TTGCA--CT--AGC-CAA-TG---A
gi|13 : ttggcgcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-
gi|16 : tatgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------N-A-A-TAAGctatt
gi|2 : tttatgTGTT-TA-CTA---TTGGG-TTT------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-TCAT-C-AAGG--ATA--TCTA---AGAGAA-GGT--CCA-T-TTA-TAT-C-AATTAGAAA-T-----AAATGA-CAA---GTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-AGTA-----------------------A--T-----A-CACTATA--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAGCTT-ACA-ATTAAAAAAGTGTAA-GTT--CATA-A----TTCATTG-AT-CT--AG--CAA-TAGGTACAAACTAGA-TCAGGAC-ACATTTTTTTCCT-A-T------A----T-AAG----T-ATGACATGAGAAATAA--CAC-T-AGATCAAA-GT-TAT---GATCTTTTTAGAGTAGCGTCCTCTGAGAAGT---ATA-CAAAAAGA-TAA-A-C---ACAAATTG----ATATTGATT-------AAATCGCACAATATAT-GTATCCGTGA--AGTA--C-TTT-G---CAT-GATGGCGGA-CAAA-CCTA-TTATCCATA-AAATCTT-ATTAGG-CAAA-A--AAGTTGA-A---CAAAACAC------------------AACACATTATG-TA---C-AC-AAACAAAGAAACCGCTGACATACCAAG--ATGGGG
gi|3 : ttttatgtcgggtttgcttgGTTGTC-TAACAA---GTAGG-CC-------A-----------GCACA-TTAGA-CAAAA-CAA--CG-T-AT-C-AAG-----A--T--A---AGA-AAAGGCTAC-A-T-TTA-T-T----AT---AGAAT-----AAATGAACAA--AATA----A---TAGA--TA--CAA-A---TGGAC------AAAT-GGTAA---------------------TA--T----CAACAGA--A--CTA---GA-T-ATGTAT-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAA-GG---AA-GTTT-CA-A-A----T---TTG-AGACT--AGTTCAA-TGG--ACAA---AAAATA-GAAC-A----------GT-A-T------A----GGCAA----TGATGA-----AAAAT-A--CACAT-AGATC-AA-GT-T-TT--GA-CT------AGGAGCGA-------CAAGT---A---CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------CA-----ACAA--TAT-G--TCTCCGA--G--AGAC-ATTTG---C-TTG-T----GA-CAAA-CCTA--T---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGACA---C-AAAC--------------------AACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA--AAG--ATGGGGC-GT-CAAATATGGACC--AACGTAACAACCGTA-CAGC--AAAGAAT--AAAGTTTATAAC-AAACCTGGCTT
gi|4 : atgttcTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------AATTTAGGGCAGG-A-ACTTAGAACAAAAACA---CG-T-AT-CCAAGG--A-A--T--ATAGAGG-AA-GGT--C-AAC-TTA-T-TTC-AAT---AGA-TTATGAAAATAA-TGA----TA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AAATAGGGA----------------------TA--TAATACG-CA----AATCTATATGA-TCAT---T-G------GGACAG--T-A-----TAAATACG-----------CA------------CTG-A--CT----------------CAA---AAA-T--GA-C-A----------GTTA-TTACCTAG----G-CTA----T-ATGAC---AAATAT-A--CCC-T-TGATC-AACGT-T-T---GA-CT------ATGAGCTC-------CAGTT---A-GGCAAAAA-AATAA-AACGAGA-AA--T------TA-TGA---------AA-----ACAA-ATATCG--TTC-TGA--G--A--C-ATT-GGGCT-T-G-T----G--CAGA-CCTAATT---CA-A-AA-TC-G-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATGTTATTCC-AA-CAA-----AAAC-----ACATA-CGAG--ATGGGGCAGTCC----ATAGGCC--TACGTAACAA--G-GCCCGCATAGA-AATAATAAGTTTATAACAAAA-CTGGTT
gi|5 : GTTGTCGTA-CAA---TTAGGAC--------A-----------G-A-A-TTA---CGATA-CA---CACT-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AG-GTT--A-A-T-TTAAT-T-CGAAT---A-A-T-----AAATAA-CAATGAGTA----AC--T-GA--TTTCCAC-A---TGGAC------GA-T-GGTA----------------------TAGAT----CA-CA----A--CTA---GACT-AT---T-G--------ACAG--T-A-A-A-TTAAAAGG---AA-GTT--CA-AGA----T---TTG----CT--AG--CAA-TG---ACAA---AA--T--GAAC-------------T-A-T-----------G-TA-----C-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GC-T-TTAGAA-CTTA----AGGAGCGCC------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---ACAAC-TGCCGCATG-TAA---------AA-----ACAA-ATAA-----CTCTGA--T--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CTT--TT---CA-A-AA-TC-TGA-CAGG-GGAA-ATAG---TGA-A---C-AAA----------------------ACA---TATG-CA---CGAC-AAA-----ACAC-----CAATA-GAGA--ATGGG-C-GT-C----ATAGGCC--AGCCGAACAA--G-G-CACC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTTg
gi|6 : cctttttagggcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--ACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAATAAGTTTATAACAAAACCTGGCTT
gi|7 : TCGGTTGTC-TATCTA---TTGTG-C--------A-----------G-A-A-TTAGC-CAAAA-CA---CA-T--T-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-AAT-TTA-T-T-C-AAT---AGA-------ATATGA-CAA--AGTA----A---TTGA--TT--CAATA---TG-AC------AA-T-G-TA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGAC-G--T-A-A-A-TAAAGAT----AT-GTT--CA-A-AA---T---TTG-A--CT--AG--CAG-TG---ACAA---AAA-T--GA-C-A----------GT-A-T------AT---G-CAA----T--TGAC---AAAAAT-A--CAC---AGATC-TA-GT-T-T---GAACT------AGGA-C-C-------AAAGT---A-G---AAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TT----GTA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGATAG--A--CCATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CATATAAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-AAACT-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGg
gi|8 : atgTCGGTTATC-TA-CTACTATTAGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-T-GAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-CTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAC-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--C-A-A-A-TAAAAAAG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------AAT--G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-ATACC-AA-GC-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-T-TAA-A-C---A-AA--AG----ATA-TGA---------AA-----TTAG-ATAT-G--TCCCTGA--G--T--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATC-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-GAAG--ATGGG
gi|9 : tgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-CAATATGGAA-----------G-A-A---AGA-CAA----A---CA-T-A--C-AA-G--A-A--T--A---AGA-AA-AGC--T-A---------T-C-AAT---A-A-TA----AAATGA-CAA--AGT-----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T--GTA----------------------TA--TA---CA-CA----A-------------AT---T-A------AGA-------A-A-T-TAAAAA---------TT--CA-A-----------TG-A---T--AG--CAA-TG---ACAA---AAA----GAACTA----------TT-A-T------C----A-AAA----T-ATAAC---AAAACT-AC-CAC-T-AGATC-AG----T-T---GA--T------AGGA-CGC-------AAAGT---A-G-CCAAAA-A--AA-A-C---A-AA--T-----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATA--G--T-CCTGA-----A--C-ATT-T---C-T-G-T----GACCAAA-CCTA-TTA--CA-ACAAATC-T-A-CA---CAAA-A--G---T---A---C-AAACA-------------------AACA---AATG-AA---C-AC---A-----AAAC-----ACAT--CAAG--A--GGGC-GT-C----ATAGGCC--AAC
blockSeqs : G A CTA A AATTTAGGGCAG C C C A A ACA C C . C GC T . CT TAG G A TA C A C A A T G TAG A TATGA A TG . ATT A CT TC T . G CTACGA A A A GA AATA A CTAT AT TAT C C GTA . GGACAC CT . C T T AGTGT . TC T ACTGTC C GA . TT . GGT ACT A CA T CATTTTTTTCCTATA G . G ATG A AA A C A GTG A TAG T TTTTAG CCTCTGA GTT T G G A C A GAG C CTGCCGC T CAATACCTT ATCGC T GTA AGT GA C T GGC A T A GGCG C . A ATC T T T G T C . TA AGT C AAC A CAAACCATTATGCTACCACAA CAT T TTC G A CAAAG CGCTG CC . G A C AAAT . A CC TA AT G A T A
blockSeqs : . T . . AATATGGAA . . C . . A . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . C T . . . . G . A . . . A . AC . . . . . . . . . C . . GG . T . ATTCA . T . C . G . . A . GTTATTACCTAG . . . . . C . . . CGT . T A TA C . . . . . . . . C ATTG . TT . . CG TAG . . . . A . . TA . . . A T C . . . C . . . . . . CAC . . . . A . . C . G . . . . A . GC . . T T A
blockSeqs : . . . . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . GG . . . GAT . . . . . . . . . . TGCCTATTAT . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . C . G . . . . G . G . . A A T
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . AAT . . . . . . . . . . GTATTAT . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . G . G . . . . C . G . . T T A
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . AT . . . . . . . . . . GTATAAT . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . C . G . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . AT . . . . . . . . . . GTATAT . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . C . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . AT . . . . . . . . . . GTATA . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . AT . . . . . . . . . . GTATA . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TTATC . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** **** *** ********************** ** *** **** GT** ****** G*** G**** CA******************* ** ** G**
originalCons : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
finalCons : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AAGT--T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATATG---TCCCTGAG----A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--GG--CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCCGTAACAAGGTTGCCTAAAAATATAACGGCGCAGATTATGAACCTTAGCTAGCTTGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TCTAAATATTTATTTATAACTATATCCCCACAAGTAGAAATATATA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 111 111111 3333333333333333333333 1111 1111 111111 1111111111 111 333333333333333333333333333 111 222222 1111111 1 11111111 222222222 11111 1111 11111 1111 111 333333333333333333333 11111 11111 1111 11 11
lowQualScore : 3 7 666 3 66666666666666666666 3 3 6 3 3 999 3 6 3 3 44 3 44 44 555 3 3 99 3 6 3 3 3 3 3 666 0 3 22222 3 55 7777 000 7 55 55 3 666 7 000000 7 3 5555555555555555555555 55 1111 7 7777 55 666 3 7 666 3 000000 55 3 7 3 3 66666 3 88 3 5555555555 3 88 55 88 3 333 666 3 88 3 111111111111111111111111111 3 7777 3 666 3 88 3 3 3 4444 3 000 7 000000 0 5555555 666 3 3 3 3 3 3 666 0 77777777 4 111111111 00000 4 1111 55555 55 4 8 777 8 4 4 4444 4 4 4 111 8 8 0 4 8 4 8 4 55 777 4 777 4 888888888888888888888 777 4 777 4 8 00000 00000 66 55 2 6 6 4444 99 1 11 999 11 8 0 1 1 1 0
lowQualScore : . . ... . .................... . . . . . ... . . . . .. . .. .. ... . . .. . . . . . . . ... . . ..... . .. .... ... . .. .. . ... . ...... . . ...................... .. .... . .... .. ... . . ... . ...... .. . . . . ..... . .. . .......... . .. .. .. . ... ... . .. . ........................... . .... . ... . .. . . . .... . ... . ...... . ....... ... . . . . . . ... . ........ . ......... ..... . .... ..... .. . . ... . . . .... . . . ... . . . . . . . . .. ... . ... . ..................... ... . ... . . ..... ..... .. .. . . . .... .. . .. ... .. . . . . . .
lowQualScore : 6 3 444 3 88888888888888888888 3 3 7 6 3 222 3 7 3 3 66 3 66 66 888 3 3 22 3 7 3 3 3 6 6 444 5 6 77777 6 00 7777 000 3 00 00 6 444 3 555555 3 6 9999999999999999999999 00 4444 3 7777 00 444 6 3 444 6 555555 00 6 3 6 6 66666 6 66 6 7777777777 6 66 00 66 6 666 444 6 66 6 888888888888888888888888888 6 7777 6 444 6 66 6 6 6 5555 6 000 3 555555 5 5555555 444 6 6 6 6 6 6 444 9 88888888 0 555555555 00000 0 6666 77777 55 0 0 000 0 0 0 0000 0 0 0 000 0 0 8 0 0 0 0 0 55 000 0 000 0 333333333333333333333 000 0 000 0 0 00000 00000 55 55 5 7 7 2222 22 5 00 222 00 0 8 4 4 4 8
consensus : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
Reference ( family-2093 ) : TCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--AACGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTTATAACAAAACCTGGTTT
gi|1 : A-CA---CG-T-CTTC-ATTG--A-AATT--A---AGA-AA-GGTAGT-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAC--A-TAA--ATCACGACA---T-TA--TT--CAC-ACTTTG-AC------GA-T-AGTATATGATTTTATCATGTTTTATATA--T----CAACA----A--CTA---GA-TTAT---TTG------GGACAG--TCA-A-A-TCACAAAG---AATGTT--CA-A-A----T---TTG-A--CTTAGG--CAAATGG--ACAA---AA--T----AT-A----------GT-A-G------A----T-TGAAGATT-ATGAA---AGAAAT-A--CAC-T-AAGTC-AA----T-T---GA-CTTA----AGGAGCGC-------AA--T---A-G-GCAAAA-A-TAA-A-C---ATAA--TG----ACA-TGA---------AA-----ACAA-AAAT-AACTCCATGAT-A--A--C-ATTTG---C-T-G-T----GA-CAAAACTTA-TT---CA-A-AAATC-TTA-CAAG-GAAATA--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATG-CA---C-AC-AAA-----AA-C-----ACATA-GAAAGCATGGG-C-GT-C----ATAGGCCTCACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTT
gi|10 : gtcggttgtctaccattaggcagaattagataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-A-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-ATT------AT---G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAACGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TG----AT
gi|11 : AA---AAA-T--GAAC-AT---------GC-C-T------ATTATG-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-AAACAC-TCAGATC-AA-GTGT-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAGATGTTA-G-TAAGAA-A-TAGCA-C---A-AA--------ATA-TGACAATACCTTGA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---CAT-G-TTA--GA-CAAA-CCTA-TG---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGA-A---C-AAACAAACCATTATGCTACCACAAAACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--
gi|12 : gct-C--------A-----------G-A-ACTTAGA-CAAAA-CAACACG-TCAT-C-AAGGGCA-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-TCTTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AAGA----AATTT-GACTTC--CAA-C---TG-ATCTACGAAA-C-GGTA----------------------TA--T----CA-CAAC--A--CTA---GA-T-AT---T-GGGACACGGACAG--T-ACATA-TAAAAAGG---AA-GTTTCCA-A-ACTGTC---TTGCA--CT--AGC-CAA-TG---A
gi|13 : ttggcgcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-
gi|16 : tatgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------N-A-A-TAAGctatt
gi|2 : tttatgTGTT-TA-CTA---TTGGG-TTT------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-TCAT-C-AAGG--ATA--TCTA---AGAGAA-GGT--CCA-T-TTA-TAT-C-AATTAGAAA-T-----AAATGA-CAA---GTA----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T-AGTA-----------------------A--T-----A-CACTATA--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAGCTT-ACA-ATTAAAAAAGTGTAA-GTT--CATA-A----TTCATTG-AT-CT--AG--CAA-TAGGTACAAACTAGA-TCAGGAC-ACATTTTTTTCCT-A-T------A----T-AAG----T-ATGACATGAGAAATAA--CAC-T-AGATCAAA-GT-TAT---GATCTTTTTAGAGTAGCGTCCTCTGAGAAGT---ATA-CAAAAAGA-TAA-A-C---ACAAATTG----ATATTGATT-------AAATCGCACAATATAT-GTATCCGTGA--AGTA--C-TTT-G---CAT-GATGGCGGA-CAAA-CCTA-TTATCCATA-AAATCTT-ATTAGG-CAAA-A--AAGTTGA-A---CAAAACAC------------------AACACATTATG-TA---C-AC-AAACAAAGAAACCGCTGACATACCAAG--ATGGGG
gi|3 : ttttatgtcgggtttgcttgGTTGTC-TAACAA---GTAGG-CC-------A-----------GCACA-TTAGA-CAAAA-CAA--CG-T-AT-C-AAG-----A--T--A---AGA-AAAGGCTAC-A-T-TTA-T-T----AT---AGAAT-----AAATGAACAA--AATA----A---TAGA--TA--CAA-A---TGGAC------AAAT-GGTAA---------------------TA--T----CAACAGA--A--CTA---GA-T-ATGTAT-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAA-GG---AA-GTTT-CA-A-A----T---TTG-AGACT--AGTTCAA-TGG--ACAA---AAAATA-GAAC-A----------GT-A-T------A----GGCAA----TGATGA-----AAAAT-A--CACAT-AGATC-AA-GT-T-TT--GA-CT------AGGAGCGA-------CAAGT---A---CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------CA-----ACAA--TAT-G--TCTCCGA--G--AGAC-ATTTG---C-TTG-T----GA-CAAA-CCTA--T---CA-A-AAATC-T-A-CAGGCCAAA-A--G---TGACA---C-AAAC--------------------AACA---TATG-TA---C-ACAAAA-----AAAC-----ACATA--AAG--ATGGGGC-GT-CAAATATGGACC--AACGTAACAACCGTA-CAGC--AAAGAAT--AAAGTTTATAAC-AAACCTGGCTT
gi|4 : atgttcTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------AATTTAGGGCAGG-A-ACTTAGAACAAAAACA---CG-T-AT-CCAAGG--A-A--T--ATAGAGG-AA-GGT--C-AAC-TTA-T-TTC-AAT---AGA-TTATGAAAATAA-TGA----TA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AAATAGGGA----------------------TA--TAATACG-CA----AATCTATATGA-TCAT---T-G------GGACAG--T-A-----TAAATACG-----------CA------------CTG-A--CT----------------CAA---AAA-T--GA-C-A----------GTTA-TTACCTAG----G-CTA----T-ATGAC---AAATAT-A--CCC-T-TGATC-AACGT-T-T---GA-CT------ATGAGCTC-------CAGTT---A-GGCAAAAA-AATAA-AACGAGA-AA--T------TA-TGA---------AA-----ACAA-ATATCG--TTC-TGA--G--A--C-ATT-GGGCT-T-G-T----G--CAGA-CCTAATT---CA-A-AA-TC-G-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATGTTATTCC-AA-CAA-----AAAC-----ACATA-CGAG--ATGGGGCAGTCC----ATAGGCC--TACGTAACAA--G-GCCCGCATAGA-AATAATAAGTTTATAACAAAA-CTGGTT
gi|5 : GTTGTCGTA-CAA---TTAGGAC--------A-----------G-A-A-TTA---CGATA-CA---CACT-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AG-GTT--A-A-T-TTAAT-T-CGAAT---A-A-T-----AAATAA-CAATGAGTA----AC--T-GA--TTTCCAC-A---TGGAC------GA-T-GGTA----------------------TAGAT----CA-CA----A--CTA---GACT-AT---T-G--------ACAG--T-A-A-A-TTAAAAGG---AA-GTT--CA-AGA----T---TTG----CT--AG--CAA-TG---ACAA---AA--T--GAAC-------------T-A-T-----------G-TA-----C-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GC-T-TTAGAA-CTTA----AGGAGCGCC------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---ACAAC-TGCCGCATG-TAA---------AA-----ACAA-ATAA-----CTCTGA--T--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CTT--TT---CA-A-AA-TC-TGA-CAGG-GGAA-ATAG---TGA-A---C-AAA----------------------ACA---TATG-CA---CGAC-AAA-----ACAC-----CAATA-GAGA--ATGGG-C-GT-C----ATAGGCC--AGCCGAACAA--G-G-CACC--AGA-AATAAAAAGTTAATATCAAAACCTGGTTg
gi|6 : cctttttagggcTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-TTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TA--CAA-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--T-A-A-A-TAAAAAGG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------A----G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-AGATC-AA-GT-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-A-TAA-A-C---A-AA--TG----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGA--G--A--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGC-GT-C----ATAGGCC--ACCGTAACAA--G-G-CAGC--AGA-AATAATAAGTTTATAACAAAACCTGGCTT
gi|7 : TCGGTTGTC-TATCTA---TTGTG-C--------A-----------G-A-A-TTAGC-CAAAA-CA---CA-T--T-C-AAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-AAT-TTA-T-T-C-AAT---AGA-------ATATGA-CAA--AGTA----A---TTGA--TT--CAATA---TG-AC------AA-T-G-TA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGAC-G--T-A-A-A-TAAAGAT----AT-GTT--CA-A-AA---T---TTG-A--CT--AG--CAG-TG---ACAA---AAA-T--GA-C-A----------GT-A-T------AT---G-CAA----T--TGAC---AAAAAT-A--CAC---AGATC-TA-GT-T-T---GAACT------AGGA-C-C-------AAAGT---A-G---AAAA-A-TAA-G-C---A-AA--TT----GTA-TGA---------AA-----ACAA-ATAT-G--TCCCTGATAG--A--CCATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CATATAAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-AAACT-AAACA-------------------AACA---TATG-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-CAAG--ATGGGGg
gi|8 : atgTCGGTTATC-TA-CTACTATTAGG-C--------A-----------G-A-A-TTAGA-CAAAA-CA---CG-T-AT-T-GAGG--A-A--T--A---AGA-AA-GGT--C-A-T-CTA-T-T-C-AAT---AGA-T-----AAATGA-CAA--AGTA----A---T-GA--TT--CAC-A---TG-AC------AA-T-GGTA----------------------TA--T----CA-CA----A--CTA---GA-T-AT---T-G------GGACAG--C-A-A-A-TAAAAAAG---AA-GTT--CA-A-A----T---TTG-A--CT--AG--CAA-TG---ACAA---AAA-T--GAAC-A----------GT-A-T------AAT--G-CAA----T-ATGAC---AAAAAT-A--CAC-T-ATACC-AA-GC-T-T---GA-CT------AGGAGCGC-------AAAGT---A-G-CAAAAA-T-TAA-A-C---A-AA--AG----ATA-TGA---------AA-----TTAG-ATAT-G--TCCCTGA--G--T--C-ATT-G---C-T-G-T----GA-CAAA-CCTA-TT---CA-A-AAATC-T-A-CAGG-CAAA-A--G---TGA-A---C-AAA-A-------------------AACA---TATC-TA---C-AC-AAA-----AAAC-----ACATA-GAAG--ATGGG
gi|9 : tgTCGGTTGTC-TA-CTA---TTGGG-CAATATGGAA-----------G-A-A---AGA-CAA----A---CA-T-A--C-AA-G--A-A--T--A---AGA-AA-AGC--T-A---------T-C-AAT---A-A-TA----AAATGA-CAA--AGT-----A---T-GA--TT--CAA-A---TG-AC------AA-T--GTA----------------------TA--TA---CA-CA----A-------------AT---T-A------AGA-------A-A-T-TAAAAA---------TT--CA-A-----------TG-A---T--AG--CAA-TG---ACAA---AAA----GAACTA----------TT-A-T------C----A-AAA----T-ATAAC---AAAACT-AC-CAC-T-AGATC-AG----T-T---GA--T------AGGA-CGC-------AAAGT---A-G-CCAAAA-A--AA-A-C---A-AA--T-----ATA-TGA---------AA-----ACAA-ATA--G--T-CCTGA-----A--C-ATT-T---C-T-G-T----GACCAAA-CCTA-TTA--CA-ACAAATC-T-A-CA---CAAA-A--G---T---A---C-AAACA-------------------AACA---AATG-AA---C-AC---A-----AAAC-----ACAT--CAAG--A--GGGC-GT-C----ATAGGCC--AAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCCGTAACAAGGTTGCCTAAAAATATAACGGCGCAGATTATGAACCTTAGCTAGCTTGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TCTAAATATTTATTTATAACTATATCCCCACAAGTAGAAATATATA