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Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGG----T-A----TACCG-CG--A-TGT--A--T-G--AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G-TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT---T-----C--CCCTC-T--T-TTT-T-------A--TG--TA--AA-A--AAAAAAATAATAAT-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AAACCC-GAACC-AA---NT-A--TT--TTTTTTAGGCCT
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gi|13 : tgctcaaattaacatgattt--GG-CGA-T---TG--TT--CAC-AAANN-N-N-NNNNNN--N-NN-N-N-NN-NN-NN-N-----NNNNN-NNN-NN--NN-NNNNN--------------NNN--N----N-N-NN-N-NN--NN-N----NN-NN----N-NNNN-----------N------------N-----------N---------N-------------N--N-NN-N-NN-NNN-------NNNNA--------A------GA--A-------TT---------TT---TAT---C--CCCTC-T--T-TTT-TT------A--GG--TA--AA-A--AAAAATATAATTGA-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AGCGGTCGGG--AACTC-AAACC-AA---atacaaaaaaaatagggtcgggaaaccaaacaaaatcagcctcttcctctaacacaggaaaatgacgcagtcaacgtgaacagttg
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gi|26 : AAT-AAGGAT----TTGGCGAAGA-TGTTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AAACTC-GAACC-AA---ACAA--TTGGTTTTTAAGGC
gi|27 : aa--AAAAAAATA--------GGAT----C-GGCGA-CA-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AATCCC-GAAGC-AA---AC-A--AT--CGTTTTAGGCC
gi|28 : TGACG-ATTAA---CTATCGGC--T-------TAT-ACC-TGGG----TAA----TACTG-CG--A-TGT----------AGAAA-------G--TC-----A--GG-CGA-T---TGT-T---CAC-
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT---T-----C--CCCTC-T--T-TTT-T-------A--TG--TA--AA-A--AAAAAAATAATAAT-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAA-C-A----TT--TTTTTTAGGCCT
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gi|21 : -T-GA-T-AA--GT-AGCGGCC-AC----A-AAGT-----------A------------AGT---------T---------A-------------GGGC-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TG---------TT---TGCGGAT--CCCTC-T--TATTT-T-------A--TGCTTA--AA-A--AAAAATATAATAA---AGGGT----C-GGCGA-G
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gi|31 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--------------ACC-TGGGT----AAATACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
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gi|9 : ctgaaattaacatgattatacctgggtataacacgatatagaaagtcaaagcgattgtttacaagtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggaaCTGAAATAAAAA---C-AT-GATGAT-------TAT-ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATAT----------AGAAACTTCAGTG--TC----AA--GG-CGA-T---AGT-T---TAC-AAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): TGTATTAATTTCTTGTACTTTTGATGAACACATTTATTAAGATCTCCAAAATATTCTGTGAAAATTATCTAGCAAAAGTATAAAGCTAAATTGACCGCTTGTT
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consensus : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT---T-----C--CCCTC-T--T-TTT-T-------A--TG--TA--AA-A--AAAAAAATAA-AAT-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT---T-----C--CCCTC-T--T-TTT-T-------A--TG--TA--AA-A--AAAAAAATAATAAT-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
gi|1 : CTGAAA---TAAAATC-AT-GAT--T-----------ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATGT---A------GAAAACTT----G--TC----AA--GG-CGA-T---TGGTT---TAC-AATTCTT-G--TACTTT--A--T-T-A-GA-GT-AT-GGGGGTTTTTT-TCT-AA--AA-AAAAAAAAACAAAAAACATTTC--A----G-T-GA-TAAA--AT-A----CC-ACA---A-AAGT-----------ATTAAGTTAAAAGA-----------TTC-------A-------------C--C-GC-T-TG-TTCAAAATTTA---A--------A------AA--A-------TT---------TT---T-----CTTTCCTCTT--T-TTT-T-------T--TA--TA--AA-A--AAAAAAAAAAAAAA-AA
gi|10 : tgA-ATTAA---C-AT-GAT--T--------AT-ACC-CCGGT----A--TACCG-CG--ACGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--TT--CAC-AAANN-N-N--NNNNNN--N-NN-N-N-NN-NN-NN-N-----NNNNN-NNN-NN--NN-NNNNN--------------NNN--N----N-N-NN-N-NN--NN-N----NN-NNN---A-AAGT-----------A------------A-----------TT--------A-------------C--T-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT---T-----A--T-----T--T-TTT-T-------A--TG--TA--AA-C--AAAAAAAT-----T-A-GGGT----C-GGCGA-G------------T--AG---TCAGG-AA-ACTC-GTACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCaaaaaagatggagaatatttctaacgcggggaaaatgacgcaggtcgacgtgaacag
gi|11 : tgCTGAAATAAAAA---C-A--GAT--T--------AT-ACC-CGA-T----A--TACCGGCG--ATGT---A-------GAAA-------C--TTGTGAAA--GG-CGA-T---TG--T---T-T-AAATC-TTG--TACTTT--GGTT-TGA-GA-TG-TT-A-----TTATGATCA-GC--AA-AA-TA--------------TTC--A----G-T-GA---AA--AT-A----CC-AA----A-AGGT-----------A------------T-----------T---------AAGGTAAAAATTATC--C-GC-T-TG-TTC-------A--------------------A--A-------TT---------TT---T-----CTTTCCTC-T--T-TTT-T-------AATCA--TACCAA-ATTAAAAAAA-AAGGA--AAAGGT----C-GGAGA-
gi|12 : tg--TC----AA--GG-CGA-T---TGC-T---CAC-AAATC-TTG--TACGTT--G-TT-T-A-GA-GT----------TTATT-TCT-GC--AATAAATA--------------TGC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A-------------A-A--------------A------------A-----------T---------A-------------T--C-GC-G-TG-TTT-------A---A--------ATTTTG-GA--A-------TT---------T
gi|13 : tgctcaaattaacatgattt--GG-CGA-T---TG--TT--CAC-AAANN-N-N--NNNNNN--N-NN-N-N-NN-NN-NN-N-----NNNNN-NNN-NN--NN-NNNNN--------------NNN--N----N-N-NN-N-NN--NN-N----NN-NN----N-NNNN-----------N------------N-----------N---------N-------------N--N-NN-N-NN-NNN-------NNNNA--------A------GA--A-------TT---------TT---TAT---C--CCCTC-T--T-TTT-TT------A--GG--TA--AA-A--AAAAATATAATTGA-AAGGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATAGGT--AGCGGTCGGG--A-ACTC-AAACCAAAatacaaaaaaaatagggtcgggaaaccaaacaaaatcagcctcttcctctaacacaggaaaatgacgcagtcaacgtgaacagttg
gi|14 : T-A----CC-AC----A-AAGTGTTAAGTTAAAA------------A-----------TT--------A-------------C--C-AC-G-TG-TTC-------A---ATTTTTTTTG------AA--A-------TT---------TTCTTT-----C--CTCTT-TATT-TTT-T-------A--T---CA--AA-A--AAAAAACCAA-----AAGGGT----C-GGAGA-GA-T-CTAA
gi|16 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAC--T--------AT-ACC-TGGGT----A-----------------------------AA-------T--TC----AA--GA-CGA-C---CG--TGTGCA--AAATC-G-GG-TGCTT---G-TT-T-A-AA-AT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AG-AAATA--------------TTA--ACTTGG-T-GA-T-AA--AC-A----CC-cgcggggaaaatgacgcagtcgacg
gi|17 : gAA-ATTGA---C-TT-GAT--T--------AT-ATC-TGAGT----A-----------------------------AA-------T--TC----AA--GA-CGA-CGA-TA--TG--CA--AAATC-G-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-AT-TG-A-----TTATT-TCT-GC---A-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-GC----A-gt
gi|18 : ccgCTGAAA--TTAA---C-AT-AAT--T-------T-T-ACC-TGCGT----A-----------------------------AA-------T--TT----AC--GA-CGA-C---TG--TA--TGC-AAAAT-T-GAGTACTTT--G-TA-T-A-AA-AT-TT-A-----TCATT-TCT-GT--AA-ATATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-
gi|19 : g-T-GA-T-AA--GT-AGCGGCC-AC----A-AAGT-----------A------------AGT---------T---------A-------------GGGC-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TG---------TT---TGCGGAT--CCCTC-T--TATTT-T-------A--TGCTTA--AA-A--AAAAATATAATAA---AGGGT----C-GGCGA-G
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gi|20 : gct-T-GA-T-AA--GT-AGCGGCC-AC----A-AAGT-----------A------------AGT---------T---------A-------------GGGC-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TG---------TT---TGCGGAT--CCCTC-T--TATTT-T-------A--TGCTTA--AA-A--AAAAATATAATAA---AGGGT----C-GGCGA-G
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gi|25 : ccccGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--CC----AA--GG-CGA-T---TG--TT--CACTAAACT-T-A--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TCATT-TCT-
gi|26 : AAT-AAGGAT----TTGGCGAAGA-TGTTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TTGGTTTTTAAGGC
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gi|30 : CTGAAA-ATAAAAA-C-AT-GAT--T--------AT-ACC---GGT----A--TGCCG-CG--ATGT----------AGAAACTT----G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
gi|31 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--------------ACC-TGGGT----AAATACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
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gi|5 : AA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---ACATGTTAG-AA-------G--TC----AA--GG-CGA-TTTGTA--T---CAC-AATCT-T-G--TACTTT--G-TT-A-A-GA-G--TT-A-----TCATT-TCT-GC---A-AAATA--------------TT---A----G-T-GATT-AA--AT-A----CC-AC------AAGT-----------A------------AT----------T---------A-------------C--C--C-T-TG-TTCA------A---A--------A------GA--A-------TT---------TC---C-----C--CCCTC-T--T-TTTAT-------A--TGT-TA--AATA--AAAAAATTAATAATAAAAGGT----C-GGCGA-GATT-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-AAACCAAAg
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gi|8 : AAT-A-GGGT----C-GGCGA-GA-T-TTGATATGT--AG-GGTCGGG-AA-ACCC-GAACCGAACAA----TT--TTGTTTAGGCttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggaaaatagggtcggcgagatttgatatgtagggtcgggaaacccgaaccgaacaattttgtttaggc
gi|9 : ctgaaattaacatgattatacctgggtataacacgatatagaaagtcaaagcgattgtttacaagtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggaaCTGAAATAAAAA---C-AT-GATGAT-------TAT-ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATAT----------AGAAACTTCAGTG--TC----AA--GG-CGA-T---AGT-T---TAC-AAA
gi|9 : tgC-T-TT-TTC-------A---A--------AATTTTGGA--AATTT---TC---------TT---T-----C--CCCCT-T--T-TTT-T-------A--TA---A--AA-A--AAAAAAAAAAAAAA-AAGGGT----C-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttttcaaaattttggaaattttctttccccctttttttataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagggtcggag
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): TGTATTAATTTCTTGTACTTTTGATGAACACATTTATTAAGATCTCCAAAATATTCTGTGAAAATTATCTAGCAAAAGTATAAAGCTAAATTGACCGCTTGTT
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consensus : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
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gi|31 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--------------ACC-TGGGT----AAATACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
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gi|9 : ctgaaattaacatgattatacctgggtataacacgatatagaaagtcaaagcgattgtttacaagtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggCTGAAATAAAAA---C-AT-GATGAT-------TAT-ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATAT----------AGAAACTTCAGTG--TC----AA--GG-CGA-T---AGT-T---TAC-AAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
gi|1 : CTGAAA---TAAAATC-AT-GAT--T-----------ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATGT---A------GAAAACTT----G--TC----AA--GG-CGA-T---TGGTT---TAC-AATTCTT-G--TACTTT--A--T-T-A-GA-GT-AT-GGGGGTTTTTT-TCT-AA--AA-AAAAAAAAACAAAAAACATTTC--A----G-T-GA-TAAA--AT-A----CC-ACA---A-AAGT-----------ATTAAGTTAAAAGA-----------TTC-------A-------------C--C-GC-T-TG-TTCAAAATTTA---A--------A------AA--A-------TT---------TT-T-----CTTTCCTCTTT-T--TT-T-------T--TA-TA--AA-A--AAAAAAAAAA--AAA-AA
gi|10 : tgA-ATTAA---C-AT-GAT--T--------AT-ACC-CCGGT----A--TACCG-CG--ACGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--TT--CAC-AAANN-N-N--NNNNNN--N-NN-N-N-NN-NN-NN-N-----NNNNN-NNN-NN--NN-NNNNN--------------NNN--N----N-N-NN-N-NN--NN-N----NN-NNN---A-AAGT-----------A------------A-----------TT--------A-------------C--T-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----A--T-----TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-C--AAAAAAAT------T-A-GGGT----C-GGCGA-G-------------T--AG---TCAGG-AA-ACTC-GTACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCaaaaaaagatggagaatatttctaacgcggggaaaatgacgcaggtcgacgtgaacag
gi|11 : tgCTGAAATAAAAA---C-A--GAT--T--------AT-ACC-CGA-T----A--TACCGGCG--ATGT---A-------GAAA-------C--TTGTGAAA--GG-CGA-T---TG--T---T-T-AAATC-TTG--TACTTT--GGTT-TGA-GA-TG-TT-A-----TTATGATCA-GC--AA-AA-TA--------------TTC--A----G-T-GA---AA--AT-A----CC-AA----A-AGGT-----------A------------T-----------T---------AAGGTAAAAATTATC--C-GC-T-TG-TTC-------A--------------------A--A-------TT---------TT-T-----CTTTCCTC-TT-T--TT-T-------AATCA-TACCAA-ATTAAAAAAA-AA--GGA-AAAGGT----C-GGAGA-
gi|12 : tg--TC----AA--GG-CGA-T---TGC-T---CAC-AAATC-TTG--TACGTT--G-TT-T-A-GA-GT----------TTATT-TCT-GC--AATAAATA--------------TGC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A-------------A-A--------------A------------A-----------T---------A-------------T--C-GC-G-TG-TTT-------A---A--------ATTTTG-GA--A-------TT---------T
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gi|14 : T-A----CC-AC----A-AAGTGTTAAGTTAAAA------------A-----------TT--------A-------------C--C-AC-G-TG-TTC-------A---ATTTTTTTTG------AA--A-------TT---------TTCT-----T--TCCTC-TT-TATTT-T-------T--TA-TC--AA-A--AAAAAAACCA--AA---AGGGT----C-GGAGA-G-A-T-CTAA
gi|16 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAC--T--------AT-ACC-TGGGT----A-----------------------------AA-------T--TC----AA--GA-CGA-C---CG--TGTGCA--AAATC-G-GG-TGCTT---G-TT-T-A-AA-AT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AG-AAATA--------------TTA--ACTTGG-T-GA-T-AA--AC-A----CC-cgcggggaaaatgacgcagtcgacg
gi|17 : gAA-ATTGA---C-TT-GAT--T--------AT-ATC-TGAGT----A-----------------------------AA-------T--TC----AA--GA-CGA-CGA-TA--TG--CA--AAATC-G-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-AT-TG-A-----TTATT-TCT-GC---A-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-GC----A-gt
gi|18 : ccgCTGAAA--TTAA---C-AT-AAT--T-------T-T-ACC-TGCGT----A-----------------------------AA-------T--TT----AC--GA-CGA-C---TG--TA--TGC-AAAAT-T-GAGTACTTT--G-TA-T-A-AA-AT-TT-A-----TCATT-TCT-GT--AA-ATATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-
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gi|20 : gct-T-GA-T-AA--GT-AGCGGCC-AC----A-AAGT-----------A------------AGT---------T---------A-------------GGGC-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TG---------TT-TGCGGAT--CCCTC-TTAT--TT-T-------A--TG-CT--TA-A--AAAAAAATAT--AATAAAGGGT----C-GGCGA-G-
gi|21 : -T-GA-T-AA--GT-AGCGGCC-AC----A-AAGT-----------A------------AGT---------T---------A-------------GGGC-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TG---------TT-TGCGGAT--CCCTC-TTAT--TT-T-------A--TG-CT--TA-A--AAAAAAATAT--AATAAAGGGT----C-GGCGA-G-
gi|23 : -----C--CCCTC-TT-T--TT---------A--TA-CC--AA-A--AAAAAAA--A--AAT-AAGA------C-GGCGA-G-A-T-T-GATAGGT--AG-GGTCGGG-AA--CCC-GAACCAAACAT----TT--TTTTTTAGGCCT
gi|24 : cccc-T-TG-CTCT------A---A--------A------TA-----------T---------TG-T-----C--GCCT--TT-T--TT-A-------A--TA-CA--AA-A--AAAAAAAAAA--AAA-AAGGGT----A-GGAGA-G-A-
gi|25 : aaattttggaaatGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--CC----AA--GG-CGA-T---TG--TT--CACTAAACT-T-A--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TCATT-TCT-
gi|26 : AA--AAT-AAGGAT----TTGGCGAAG-A-TGTTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TTGGTTTTTAAGGC
gi|27 : AAA-AA--AAT-A-GGAT----C-GGCGA-C-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-TCCC-GAAGCAAACAA-----T--CGTTTTAGGCC
gi|28 : TGACG-ATTAA---CTATCGGC--T-------TAT-ACC-TGGGTA---A--TACTG-CG--ATGT----------AGAAA-------G--TC-----A--GG-CGA-T---TGT-T---CAC-
gi|29 : ttCTGAAA-CTTAA---C-AT-GAT-----------AT-ACC-TGGGACAAAA--AACCG-CG--ATGG---A------A-AAA-------G--TC----AAG-GG-CGA-T---TG--T---g
gi|3 : CTGAAA---TAA---C-AT-GAT--T--------AT-AC--TGGGTG---A--TACCG-CG-----T---G------AGAA--------G--TC----AA--GG--GA-T---TGGTT---CAC-TAATC-TTG--TATATT--G-TT---A-GA-GT-TTTA-----TTATT-TC--GC-----AAATA--------------TTC--A----GCT-GA-T-AA--ATAA----TC-AC----A-AAGTGA---------A------------A-----------TTTTAAAAGAA-------------T--T-ACGT-TG--CC-------A---A--------T------AA--A-------TTTGGATTTTGTT-T-----G--TCTTT-TT-T--TT-C-------C--TT-TA--AA------------AA--AAT-AGGGTT----C-GGCGA-G-A-T-TTGAT-GGT--AG-GGTCGGG-AACAC-C-GAACCAAACCATATTTT--TTTTTTAGGCCt
gi|30 : CTGAAA-ATAAAAA-C-AT-GAT--T--------AT-ACC---GGT----A--TGCCG-CG--ATGT----------AGAAACTT----G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
gi|31 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--------------ACC-TGGGT----AAATACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---
gi|32 : tgCTGAAA--TTAA---C-AT-GAT-----------AT-ACC-TGG-T----A--TACCG-CG--ATGT---A-------GAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---T
gi|33 : --T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CA--ATGTACAA------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---C
gi|34 : gaCTGAAA-ATCAA---C-AT-GAT--TACATGTGTAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-Ct
gi|35 : tgCTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--TACATGTGTAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-C
gi|36 : gAA-ATCAA---C-AT-GAA--T--------AT-ACC-TGGGC----A--TACCG-CG--ATGT----------AGAAA-------G--
gi|37 : CTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--TAC-----T-T-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--
gi|38 : tgAA-ATTAA---C-AT-GAT--T--------AT-ACC-TGGGT----A--TATCA-CG--AGGT---A------
gi|4 : CTAAAA-ATTAA-----AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---ACATGT-AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GTGTT-A-----TTATT-TTT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-TTGA-T-AA--AT-A----CC-GC----C-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAAT-AAT-AAGTGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGGAAA-ACTC-AAACCAATT------TT--TTTTTTAGGCCT
gi|40 : CTGAAA--TTAA---C-AT-G-T--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TAC
gi|41 : gCTGAAA--TTAA---C-AT-GAT--T--------AT-ACC-TGGGT----A--TA
gi|5 : AA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---ACATGTTAG-AA-------G--TC----AA--GG-CGA-TTTGTA--T---CAC-AATCT-T-G--TACTTT--G-TT-A-A-GA-G--TT-A-----TCATT-TCT-GC---A-AAATA--------------TT---A----G-T-GATT-AA--AT-A----CC-AC------AAGT-----------A------------AT----------T---------A-------------C--C--C-T-TG-TTCA------A---A--------A------GA--A-------TT---------TC-C-----C--CCCTC-TT-T--TTAT-------A--TGTTA--AATA--AAAAAATTAAT-AATAAAAGGT----C-GGCGA-G-ATT-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-AAACCAAAg
gi|6 : ctGGT----A--TACCG-GGGGATGT---AG-----AAAAA-------GGCTC----AACGGG-CGAGT---TG--TT--CAC-AAA-C-T-T--TACTTTTTG-TT-T-A-GAGGT-TT-A-----TCATT-TCTAGCCAAA-AAATA--------------TTCCAA----G-T-GA-T-AAG-AT-A----TCAAC----ATAAGT-----------AT-----------AAAATTAAAAATT---------A-------------C--CGGC-TCCGTTTC-------A---A--------AATTTT-GG--ATATTTTTTT---------TT-T-----T--CCCTC-TT-T--TT-TC------A--AA-TA--TA-A--ATAAAAAT------T-TAGGGTCCTGC-GGCGA-A-T-T-TTGATAGGT--AG-G
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gi|8 : AA--AAT-A-GGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATATGT--AG-GGTCGGG-AA-ACCC-GAACCGAACAA----TT--TTGTTTAGGCttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggaaaatagggtcggcgagatttgatatgtagggtcgggaaacccgaaccgaacaattttgtttaggc
gi|9 : ctgaaattaacatgattatacctgggtataacacgatatagaaagtcaaagcgattgtttacaagtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggCTGAAATAAAAA---C-AT-GATGAT-------TAT-ACC-CGG-T----A--TACCG-CG--ATAT----------AGAAACTTCAGTG--TC----AA--GG-CGA-T---AGT-T---TAC-AAA
gi|9 : tgC-T-TT-TTC-------A---A--------AATTTTGGA--AATTT---TC---------TT-T-----C--CCCCT-TT-T--TT-T-------A--TA-AA--AA-A--AAAAAAAAAA--AAA-AAGGGT----C-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttttcaaaattttggaaattttctttccccctttttttataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagggtcggag
blockSeqs : TA AA T C GA ACATGTGT T C CAAA AA G GG ACATGTTAG CTTCAGT GC GTGA CG A G TTG TGTG T N . GAG TT G A G T G G T . A A CAA T . CA CTTG C T T . CT A GCGG A TAACA ATAAAATTAAAAATTACCGGCTCCGTTTCAAAATTTTGGATATTTTTTTTTTT . A AT A TTTCTTT AT T CC T TT TAATAATA CCTG T A GA G TA C A C A CATATT GG
blockSeqs : TA . . . . ACATGTGT . . A . . GG ACATGTAG CTT GC . CG . G GA GTT . T . TG TT . . . . G . . . . A CAA . . CA . . . . . G . GCGG A NA ATAAAATTAAAAATTACCGGCTCCGTTTCAAAATTTTGGATATTTTTTTTTTT . A . . T . . . . . TAATTGA CCTG . . AT . . T . . . TA .
blockSeqs : A . . . . ACT . . G . . . ACAAAG . . . G . . . TT . T . TG . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . G . GCGG . AT GTTAAGTTAAAAATTACCACGTGTTCAATTTTTTTTGAAATTTTCTT . A . . C . . . . . TATAATA . . . A . . . . . . AT .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . AGAA . . . . . . . CT . N . GG . . . . . . . . . . . N . . . . . . . . . . . . AT GAAATTTTAAAAGAATTACGTTGCCAATAAATTTGGATTTTGTTTG . . . . C . . . . . TATAATA . . . A . . . . . . AA .
blockSeqs : A . . . . A . . . . . . AGAA . . . . . . . TT . T . TG . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A ATTAAGGTAAAAATTATCCGCTTGTTCAAATTTTTCTT . . . . . . . . . . TATAATA . . . A . . . . . . AA .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . GAG . . . . . . . TG . T . TG . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A TAGAATTACCGCAGTTCAAATGATAATTTTTTCATC . . . . . . . . . . TAATAAT . . . A . . . . . . AA .
blockSeqs : C . . . . T . . . . . . AG . . . . . . . TA . A . N . . . . . . . . . . . N . . . . . . . . . . . . N AAGTTAGGGCGCTTGTTCAAAGAATGTTTGCGGAT . . . . . . . . . . AAAAAA . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . AG . . . . . . . TT . T . N . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A AAGTTAGGGCGCTTGTTCAAAGAATGTTTGCGGAT . . . . . . . . . . AAAAAA . . . A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . AG . . . . . . . TT . C . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A AAGTTAGGGCGCTTGTTCAAAGAATGTTTGCGGAT . . . . . . . . . . AAGGA . . . A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . AG . . . . . . . TT . T . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGAATTTTTATC . . . . . . . . . . CCAAA . . . A . . .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . AG . . . . . . . TT . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AATTACTGCTTGTTCAAAGAATTTTTA . . . . . . . . . . AAAAT . . . T . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . TT . C . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AATTACCCTTGTTCAAAAGAATTTCCC . . . . . . . . . . AAAAT . . . T .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . TT . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AATACCGCTTGTTCAAAGAATTTTTC . . . . . . . . . . AAAT . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . TT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . AAAT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . T . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A* *** AG********** ******* TT**** ***** ************** A***** TAAAAT*** A**
originalCons : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT---A------AGAAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TG--T---CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
finalCons : CTGAAAA-TTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGTAG----------AAA-------G--TC----AA--GG-CGA-T---TGTT----CAC-AAATC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-GT-TT-A-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-ACA-----AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAAAAT---AAGGGT----C-GGCGA-GA--T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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consensus : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT----A------GA------AA-------G----TC----AA--GG-CGA-T--T-GT-TCAC-AAA-TC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-G-T-TTA-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
Reference ( family-2070 ) : CTGAAA-ATTAA---C-AT-GAT--T-------TAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-CG--ATGT----A------GA------AA-------G----TC----AA--GG-CGA-T--T-GT-TCAC-AAA-TC-T-G--TACTTT--G-TT-T-A-GA-G-T-TTA-----TTATT-TCT-GC--AA-AAATA--------------TTC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A----CC-AC----A-AAGT-----------A------------A-----------T---------A-------------C--C-GC-T-TG-TTC-------A---A--------A------GA--A-------TT---------TT-T-----C--CCCTC-TT-T--TT-T-------A--TG-TA--AA-A--AAAAAAATAA--AAT-AAGGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATAGGT--AG-GGTCGGG-AA-ACTC-GAACCAAACAA----TT--TTTTTTAGGCCT
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gi|12 : tg----TC----AA--GG-CGA-T--T-GC-TCAC-AAA-TCTT-G--TACGTT--G-TT-T-A-GA-G-T---------TTATT-TCT-GC--AATAAATA--------------TGC--A----G-T-GA-T-AA--AT-A-------------A-A--------------A------------A-----------T---------A-------------T--C-GC-G-TG-TTT-------A---A--------ATTTTG-GA--A-------TT---------T
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gi|14 : T-A----CC-AC----A-AAGTGTTAAGTTAAAA------------A-----------TT--------A-------------C--C-AC-G-TG-TTC-------A---ATTTTTTTTG------AA--A-------TT---------TTCT-----T--TCCTC-TT-TATTT-T-------T--TA-TC--AA-A--AAAAAAACCA--AA---AGGGT----C-GGAGA-G-A-T-CTAA
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gi|34 : gaCTGAAA-ATCAA---C-AT-GAT--TACATGTGTAT-ACC-TGGGT----A--TACCG-Cct
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gi|6 : ctGGT----A--TACCG-GGGGATGT----A------GA------AA-------AAGGCTC----AACGGG-CGAGT--T-GT-TCAC-AAA--C-T-T--TACTTTTTG-TT-T-A-GAGG-T-TTA-----TCATT-TCTAGCCAAA-AAATA--------------TTCCAA----G-T-GA-T-AAG-AT-A----TCAAC----ATAAGT-----------AT-----------AAAATTAAAAATT---------A-------------C--CGGC-TCCGTTTC-------A---A--------AATTTT-GG--ATATTTTTTT---------TT-T-----T--CCCTC-TT-T--TT-TC------A--AA-TA--TA-A--ATAAAAAT------T-TAGGGTCCTGC-GGCGA-A-T-T-TTGATAGGT--AG-G
gi|7 : GGT----A--TACCG-GGGGATGT----A------GA------AA-------AAGGCTC----AACGGG-CGAGT--T-GT-TCAC-AAA--C-T-T--TACTTTTTG-TT-T-A-GAGG-T-TTA-----TCATT-TCTAGCCAAA-AAATA--------------TTCCAA----G-T-GA-T-AAG-AT-A----TCAAC----ATAAGT-----------AT-----------AAAATTAAAAATT---------A-------------C--CGGC-TCCGTTTC-------A---A--------AATTTT-GG--ATATTTTTTT---------TT-T-----T--CCCTC-TT-T--TT-TC------A--AA-TA--TA-A--ATAAAAAT------T-TAGGGTCCTGC-GGCGA-A-T-T-TTGATAGGT--AG-G
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gi|8 : AA--AAT-A-GGGT----C-GGCGA-G-A-T-TTGATATGT--AG-GGTCGGG-AA-ACCC-GAACCGAACAA----TT--TTGTTTAGGCttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttagggggggaaaatagggtcggcgagatttgatatgtagggtcgggaaacccgaaccgaacaattttgtttaggc
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): TGTATTAATTTCTTGTACTTTTGATGAACACATTTATTAAGATCTCCAAAATATTCTGTGAAAATTATCTAGCAAAAGTATAAAGCTAAATTGACCGCTTGTT
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