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lowQualScore                  :                                          11                                                3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                                           
lowQualScore                  :                      1  1 1 2  2    111  44 0 222 333 1 1 1111 0 22 1 1 222  55  1 0  666  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2   88 111  2 2222 0  1 1 222 333    2222     2  2 1 1    
lowQualScore                  :                      .  . . .  .    ...  .. . ... ... . . .... . .. . . ...  ..  . .  ...  ............................................................................ .   .. ...  . .... .  . . ... ...    ....     .  . . .    
lowQualScore                  :                      4  1 1 1  9    555  77 8 111 444 5 5 6666 8 88 5 5 111  88  5 8  333  4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1   77 999  8 6666 8  5 5 111 555    8888     9  1 1 1    
consensus                     :                   AAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-G-TA--TA--N--CGCT-----C-AC-AA--T---TTG-T--G-------TAG---CGA---T--A--TAC---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGAT
Reference ( gi|11 )           :                   AAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTT-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCA-CT-C-AC-A-TA--TA--A--CACT----TC-AC-AAGGT---TTG-T--G-------TAG---GGA---T--A--TAT---T-T---G-AGC-AG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGAT
gi|10                         :                   AAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--T-A-A---CCG-CT-C-CC-A-TAC-TA--T--CACT----AC-AC-GAAGC---TT--T--G-------TAG---TGA---TG-G--TAT---G-G---G-AGT-GG---AG-C----A-AA-G-G---G---TCTA----ATATA-GA-T-T-AGA
gi|8                          :                   AAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--GAA-T---CTG-CT-CAAC-G-TA--TA--GATCGCTAACATC--C-AA------TTA-------------AG---CGATC-T--A--TAC---G-T---G-AGC--G---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----AATTT-AA-T-T-g
gi|14                         :                  cAAT-TT-A-A-TG-AAAA---CTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCA-CT-C-CC---CA--GA--C--TACT----GCTGC-A-----------T--A-------TAG---TGA---T--AG-TAT---G-T---G-AAC-AG---AT-C----A-AA-G-G---A---TTTA----ATTTT-AA-T-T-ag
gi|29                         :                 tcAAT-CT-A-A-TT-AAA----TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T----CG-CT-C-AC-AGTA--TA--G---A------TC-GC---GAT---C--------------------------T--A--TAT---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCca
gi|2                          :                   AAT-CTTA-A-TT-AAAA---TATAG-AG--T---C-C-T----T-TTTG-A-TG--CCG-CTTC-AC-G-TA--TA--GATCGCT----AC-AC-AAG------TG-T--A-------TAG---CGA---TC-G--TAT---A-C---GTAGC-GG---TC-T----A-AA-GTG---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGATg
gi|12                         :                  cAAT-CT-A-A-TT-AAAA---GTA-G-A---C---A-T-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AT-A-TA--CC--AT-CACT----AC-AC-AAAGT---AT--T--G-------AAG---CG----------TAT---C-G---G-TAC-CG------T----A-GA-G-A---G---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGAT
gi|12                         :                 caAAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---C---T-C-T----C-TACG-G-T------------AC-C-GA--TA-----CGCT----TC-A--ATACT---TTG-T--G-------TAG---TGA---T--GG-TAT---A-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-A-T---G---TCTA----CTTTT-AA-T-T-AGATtg
gi|17                         :                  cAGT-CT-G-A-TT-AGAA---GAA-G-A---T---C-C-T----T-A--G-A-C---CCG-CT-C-GC-A-TA--GA--T--CGCT----AC-AC-AAG-------G-T--A-------TA----GGA---T--G--TAC---G-T---G-AGG-CG---AT-T----A-AA-G-G---A---TCTttg
gi|1                          :           attatcccAGT-CT-A-A-TT-GGAA---TTA-T-A---T---C-C-T----T-T--G-A-C---CTG-CT-C-TC-A-TA--TA--T--CGC------C-AC-ACGAT---TAG-T--GAAAGCCATGA---GCA---C--A--T-T---T-T---G-AAT-AG---AT-ga
gi|7                          : tctataaggaatttaacaAAT-CT-A-A-TT-AAAA----TT-A-A---T---C-C------T-T--G-A-T----CG-CTAC-AC-G-TA--TA--G---A-T----TC------GGC---TAC-TA-G-------TAG---CGATACT--A--TAC---G-T---G-AGC-GGAAAAT-C----A-A----G---A---TCTA----ATTTT-AA-TAT-AGggatgacaaatgacccactcaagcatttctatt
gi|7                          :                 tcAATGCT-ATA-TT-AAAA---TTA-G-A---T---C--------T-T--G-A-TTTTCCG-CT-C-AC-G-TA--TA--G--TA------TC-GC-TA------CTA----G-------TAGCC-GAA---TCTA--TAC---G-T---GTAGC--G---AT-C----A-A--G-G---A---T-TA----ATTTT-AA-T-T-AGATcattg
gi|18                         :                tcaAAT-TT-A-A-TT-AGAA---TTA-G-A---A---C-C-T----T-T--G-A-A---CAG-CT-T-CC-A-TA--CA--A----------TC-AC-A--------------G-------TAT---GG----------------------G-AGT-GG---GT-C----A-AA-G-G---A---CCTA----AGTTC-AA-T-C-AGATg
gi|9                          :                actAAT-CT-A-A-TT-AAGA---TTA-G-A---C---C-C-CTTAAT-T--G-A-T---CTG-CT-C-CC-A-TAC-TA--T--CGCT-------AC-ATG-----CTG-A--G-------T-----GGA---T--AGGCAT---G-G---G-AGC-CG---AT-C----A-AA-ATG---C---TCTA----ATCTT-AA-A-T-TGATg
gi|26                         :                   AAT-CT-A-A-TT-AAA-----TT-G-AATTT---C-C-T----T-TT-G-A-T---CCG----------------A--A-------------AC-G--------TG----G-------TAG---CGA---T--A--TAC---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA---G---A---TCTA----AATT
gi|19                         :                   AAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---------C-T----G-C--G-A-T------------------G--TA-----CGCT----TC--------------G-T--G-------TAG---CGA---T--AG-TAA---G-T---G-AAC-GG---AG-C----A-AA-G-A---A---TCTA----ATTCT-AA-C-A-AGAT
gi|19                         :                 tcAAT-CT-T-G-TT-AGAA---TTA-G-A---T---T-C-T----T-T--G-C-T---CCG-TT-C-AC-T-TAC-TA--T--CGCT----AC-AC-GA----------------------AG---CG----T--A--CAT---C--------GC-AG--------------------------TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGATtg
gi|15                         :                 tcaAT-CT-A-A-TTTAAAACACTCT-A-A---T---C-C-T----T-T--G-C-T---CCG-CT-C-AC-G-TA--TA--GATCGCT----AC-AC-AAGGT---CTA-T--A-------CAG-----------------------T---G-AGC-GG---AT-C----ATAA-G-GC--A---TCTA----ATTTT-Ag
gi|2                          :                  aaAT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---CAC-T----T-T--A-G-A---CCG-CT---AC-G-TA--TACGAT-CGCT----AT-AC-A---C---TTG-T--G-------TAG---CGATC-T--A--TAC---G-T---GAAGC-GGC--AT-CAA--A-AA-G-G---AC--TCTAT---ATTTT-AA-T-TAAGAT
gi|18                         :                  caAT-CT-G-A-TT-GAAC---TTA-G-G---T---C-C-T----T-T--G-A-C---CCA-CT-C-CC-A-T-----------ACT-------------GTGA-TTG-T--A-------T-----GGA-----------------------AGC-TG---TT-C----A-AA-G-G---T---TCTA----ATTCT-AA-T-T-AAAT
gi|9                          :                 actAT-CA-A-T-TT-AAGA---TTA-G-A---G---CAT-T----T-T--G-A-T---CGG-CT-C-CC-A-TGCCTAT-C--CACT----CA-GC-A-----------T--G-------TAG---CGA---T--AG-TAT---G-G---G-AGC-AG---AT-CAATTA-AG-G-G---G---TCTA----ATCTT-AA-T-T-AGATtg
gi|3                          :                    AT-CT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---C-G-T----T-T--G-A-T---CTC-CT-C-CC-C-TAC-TA--T--CGCT-------AC-AAAGT-------------------------GA---T-----------------------------T-C----A-TA-T-G---A---TCTT----ATTTT-CA-T-T-AGATt
gi|10                         :                   caT-CT-A-A-TC-TATA---TTA-G-A---C---C-C-T----T-T--G-C-T---CCA-CT-C-CC-A-TA--CC--AT-CACT----AC-A--AAGCT---TCG-T--G-------TAG---TGA---T--AG-TAT---G-G---G-AGC-GG---TT-A----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGATggaaaaaccctgaattgagccttttgactatt
gi|6                          :                     T-CT-A-A-TTTAAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-AAT---CCAGCT-C-ACGA-TA--TA--GATCGCT----AC-AC-AAG-T---TAG-C--A-------TC----------T--A--TAC---G-----G-AGC--G---AT-C----A-AATG-G---AATATCTA----ATTTT-AACT-T-AGtg
gi|5                          :                   acT-CT-A-A-TTTAAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-AAT---CCAGCT-C-ACGA-TA--TA--GATCGCT----AC-AC-AAG-T---TAG-C--A-------TC----------T--A--TAC---G-----G-AGC--G---AT-C----A-AATG-G---AATATCTA----ATTTT-AACT-T-AGcat
gi|28                         :                   acT-CT-G-A-TT-AAAA---TAA-G-A---C---C-C-T----T-T--G-A-C---CCG-CT-C-A-----------------------------------------T--G-------TAG-----A---T--C--TAT---G-T---G-AGC-GG---AT-C----T-AA-G-G---A---TCCA----ATTTT-cat
gi|30                         :                   taT-CT-A-A-TT-AGAA---TTA-A-A---T---C-C-T----T-T--G-A------------------------A--G-------------AC-A-------TTG-T--A-------CAG---CGA------A--TGC---G-T---G-AGC-GA---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTGT-Aatg
gi|6                          :                      -CT-A-AGTT-AAAA---TTA-G-A---TATTC-CAT----T-T--G-A-T---C-G-CT-C--C-G-TA--TAG-A--TGCT----------AA--C---TTG-T--G-------TAG---CGA---TCTA--TAT---CGT---G-AGCTGG---ATTC----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTTAAA-T-T-AGAat
gi|5                          :                    ac-CT-A-AGTT-AAAA---TTA-G-A---TATTC-CAT----T-T--G-A-T---C-G-CT-C--C-G-TA--TAG-A--TGCT----------AA--C---TTG-T--G-------TAG---CGA---TCTA--TAT---CGT---G-AGCTGG---ATTC----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTTAAA-T-T-AGAcat
gi|25                         :                    ac-CT-A-T-TT-AAAA---TTA-T-A---T---C-C-T----G-T--G-A-T---TCG-CT-C-AT-G-TA--TA-------------TC------GGT--------------------------A---C--A--CA------------AGT-AG---AA-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTCT-AA-T-T-cat
gi|8                          :                        T-A-A-TT-AAAT---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---C-G-CT-C-AC-G-TA--TA--GATCGCT----TA-AT-TGGAT-----G-T----------TAG---CGA---T--C--TATACGT-T---G-AGC-AG---ATTC----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGAT
gi|14                         :                      caT-A-A-TT-AAAA---TTA-A-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CTG-TT-C-AC-A-T-----------ACTA---TC-AC-----T---ATA-T--G-------CAG---CAG---T--A---GT---C-TGGGG-AGT-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----GTTTT-CA-T-T-AAATag
gi|4                          :                     tcaT-A-A-TT-AAAA---TTA-G-A---T---T-C-T----T-A--G-A-T---CCG-CA-A-AC-A-TA--T------TACTA---TC-AT-TAAGTACATCAAT--T-------TAG---TGA---T--AAGCAT---G-T---G-AGT-GA---AT-C----A-AA-G-G---A---ca
gi|25                         :  ccagtttgctttgagagctggtT-A-A-TT-AGAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-T-T---CTA-CT------------------------------------------TG-T--G-------TAC---CGA---T--A--TAC---A-T---G-AGC-GA---AT-C----A-CA-G-G---A---TATA----ATTTT-AA-A-T-AG
gi|20                         :                        T-A-A-TC-AAAA---TCA-C-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---AAG-CT-C-AC-G-TA--TA-------------TC-A---------------------------------A---T--A--AAT---------G-AGC-AG---AT------A-AA-G-G---A---TCTA----ATTCT-AA-T-
gi|22                         :                   tattaa-A-A-CT-AAAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CTG-CT-C-CC-A-TAC-TA--T--CACT----AT-AC-AAAG-----------G-------TAG---Gaa
gi|21                         :    catttcaatacagattccactgg-A-TT-ACAA---TAA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCA-CT-C-AC---TA--TT--T--TACT----GC-AC-AAAAT---TTC-T--G-------TAG---TAA---G--A---AT---T-T---G-AGC-AA---AT-C----T-AA-
gi|20                         :                           -A-TT-AGAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T----A-T---CTG-CT-C-A---------------------------------T---TTA-T----------T------GA---T--A--TAC---G-T---G-AGC-TT---AT-C----A-AA-G-G---A---TGTG----ATTTT-GA-T-T-c
gi|24                         :                     tattaa-A-TT-AACA---TCA-G-G---T---C-C-T----T-A--G-A-T---CCA-CT-C-AT-T-TA--GA--T--TGCT-------AC----------TC-T--A-------TAGCTAGGA---T--A--TAA---G-T---G-AGC-GG---AT-C----aa
gi|15                         :                          cccaaT-AAAA---TTA-G-A---TG--C-C-T----TAT--G-A-T---CCG-CT-C-ACTG-TA--TA--G-------------AC-----C---TTG-T--G-------TAG---CGA---TCTA--TAC---G-T---G-AGC-GG---AG-C----A-AA-G-G---A---T-TAGAGTGTTTTAAA-T-T-AGATa
gi|30                         :                             aaT-ACAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---TCG-CT-C-AC-G-CA--T--------------TC-GC----------TG-T--A-------CA-------------A--TGT---C-T---------------T-C----A-AA-G-G---A---TTTA----ATTCT-AA-T-T-AGA
gi|28                         :                                -AAAA---TTG-G-A---T---C-C-T----T-A--G-A-T---CCG-CT-C-AC-A-TA-----------------------------------------------------GA---T--C--TAC---A-T---G-AGC-GG---GT-C----A-AA-G-G---G---TCTT----ATTTT-AA-T-C-AGAat
gi|37                         :                                taAAA---TTG-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-A-TA--atg
gi|33                         :                                  AAA---TTA-G-C---T---T-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-A-TA--gttc
gi|36                         :                   ttgttcatagcgatagAA---TTA-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-G-CA--TA--T--CGCT----AC-AC-
gi|23                         :                                   AA---TTT-GTA---T---G-C-T----A-G--A-A-T---CCG-CC-C-AC-T-TA--TA--T--CGCT----AT-AT-A--------------G-------TAG---CGA---T--A--TAC---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---
gi|26                         :                            ataagacAA---TTTAG-A---T---C---T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-G-TA--TA--T--CGCT-------AC-CACGT---TT-----------------------------------------------C-GG---AT-C----A-AA-A-GGAAA---TTCA----A-TTT-AA-T-T-AGAT
gi|31                         :                                        aTT-G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-G-TA--GA--T--CGC------C-AC-A---C---TAG-T--G-------TAG---CGA---C--C--TAC---G-A---G-AGC--G---ATGC----A-AA-G-G---A---
gi|29                         :                                           -G-A---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-A-TA--TA--G---A------TC-GC---GAT---CT----------------------------A--TAC---TGT---G-AGC--G---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----A-TTT-AA-T-T-AGATcttg
gi|17                         :                                           -G-A---T---C-C-T----T-T--A-A-T---CGC-CT-C-AC-G-TA--CA--T--C-CT----AT-AC-----C---TTG-T--G-------TAG---CGA---T--C--TAT---G-C---G-AGC-GG---GT-C----T-AA-G-G---A---TCTT----CTTCT-AA-T-C-AGAtg
gi|27                         :                                    attatccca-A---T---T-C-T----C-T--G-A-T---CTG-CT-C-AC-A-TA--AT--T--CACT----TC-AC-AAAGT---CAG-C--G-------CAG---CAA------G--TAA---T-T---G-AGC-AG---AT-ctga
gi|4                          :                                        attacaa---T---C-C-T----T-T--G-A-T---TCA-CT-C-AC-A-TGCTTA--T--CACT----AA-ATTGATGTAC-TTAAT--GA------TAG---TAA---T--A--TGT---T-T---G---C-GG---AT-C----T-AA-G-A---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-ttaac
gi|31                         :                         ccagtttgctttgagagctggt---T---C-C-T----T-T--GCA-T---C-G-CT-C-TC-G-TA--GG--T--CGCT----AC-AC-TAG---------T--G-------TGG---CGA---T--C--TAC---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TC
gi|23                         :                                             tt---T---C-C-T----T-T--G-A-T---CCG-CT-C-AC-G-TA--TA--T--CGCT-------AC----------TA-T--A-------TAG---CGA---T--A--TAA---G-T---G-GGC-GG---AT-cttg
gi|21                         :                                                                                ataagacaatttgtatgctagaACT----AC-AG-AAATT---TTG-T--G-------CAG---TAA---A--A--TAG---T-----G-AGT-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTT----ATTGT-AA-T-
gi|1                          :                                                                                                        T----TC-ACTAA------TCG-T--G-------TGG---CGA---T--A--TAT---G-A---G-AGC-AG---GT-C----A-AA-G-G---A---TATA----ATTCC-AA-T-T-AGAaagaatttgagcaaatctaac
gi|22                         :                                                                            tctataaggaatttaacaatctattcaaaatgtgctcatggctT---TTG-T--A-------TAG---TGA---T--AG-TAT---G-G---G-AGC-AG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATTTT-AG-T-T-ctggatgacaaatgacccactcaagcatttctatt
gi|27                         :                                                                                          catttcaatacagattccactggcctaccT---TTG-T--G-------AAGT--GAA---T-----TAT---G-T---G-AGC-AG---AT-C----A-GA-G-A---A---TTT
gi|33                         :                                                                                                                   attac---TTG-TTCA-------TAG---CGA---T--AG-TAT---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-A---A---GCTA----ATTTgtcagcgcagcaagtaattgagcagatttaac
gi|36                         :                                                                                                                             G-T--G-------TAG---CGA---T--A--TGC---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCTA----ATT
gi|3                          :                                                                                                                              -T--G-------TAG---CGA---T--AG-TAG---G-G---G-AGG-AG---AT-C----A-AA-C-G---A---TCTA----ATTTT-AA-T-T-AGAT
gi|37                         :                                                                                                                        caatctaatgaaaataagatcatatgaatcactt--TAT---G-T---G-AGC-GG---AT-C----A-AA-G-G---A---TCCA----ATTTggaaaaaccctgaattgagccttttgactatt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TCAATTTAATCTAAATTAGGTCTTGAATTGATTCACAGACTACTATTGTATTGGTATGATAGGGAGTGCATCAAAGGACCTACTTTTACTTAGGTTGTAGT
Unaligned ( gi|16 ): TCCAATCTCATTAAAATCAGCTCCCTGTAGCGATCTAAGTGAGCGGATCTAAGGAACTGATTCTTATCAGATTGCATACAAGTATAATTTTTGGTA
Unaligned ( gi|32 ): TCAATATAAATCCCTTTATCCTTTCCCATACCATTGCTACACAGTAACAATAGTACGGGAGCG
Unaligned ( gi|34 ): TTGTAGTGACTAAGTGGGCGAATCTAAGGAGCTGATTTTAAT
Unaligned ( gi|35 ): GTGTAGTGATAGTATGGGAGTGGATCAAAGGTCTAGATT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                2  3       1    1 888 1 2 222 1 22   1 3   000000000000000000000000000000000000000000000000  11     222   0000000  44  1    2  222  4   2222  1      5555     5   1     
lowQualScore                  :                                                .  .       .    . ... . . ... . ..   . .   ................................................  ..     ...   .......  ..  .    .  ...  .   ....  .      ....     .   .     
lowQualScore                  :                                                0  5       6    4 999 4 9 555 4 00   4 2   888888888888888888888888888888888888888888888888  66     000   0000000  99  1    3  000  6   6666  2      7777     0   8     
consensus                     :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AN---C-GCT-----CA-CAA---T---T---TGT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
Reference ( family-2001 )     :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AN---C-GCT-----CA-CAA---T---T---TGT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
gi|1                          :                                                                                                                   T-----CA-CTA---A---T---CGT--GTGGC---GAT---A---TA-TGA-GAGC-AG---GT-CAA----AG-GATATA----ATTCC-AAT-TAGA
gi|10                         : tctataaggaatttaacaatctattcaaaatgtgctcatggcttTCT-AA-TCTATAT-TAGA-C---C-C-T---T-T--GCT-CCACT-CCC--ATA----CCAT---C-ACT------A-CAAAGCT---T---CGT--GTAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-GG---TT-AAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATctggatgacaaatgacccactcaagcatttctatt
gi|11                         :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TTGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CAC--ATA----T-AA---C-ACTT----CA-CAAGG-T---T---TGT--GTAGG---GAT---A---TA-TTT-GAGC-AG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|12                         :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-C---T-C-T---C-T--A----CGGT-ACC--G-A----T-A----C-GCT-----T--CAA---TACTT---TGT--GTAGT---GAT---GG--TA-TAT-GAGC-GG---AT-CAA----AA-TGTCTA----CTTTT-AAT-TAGAT
gi|13                         :                                          cAATTT-AA-TCTAAAT-TAGG-T---C-T-TGAAT-T--GAT-TCACA-GAC---TAC---T-AT---T-GT-----------A---T---T---GGT--AT------GAT---A-------GG-GAGT-GC---AT-CAA----AG-GACCTA----CTTTT-ACT-TAGGTttg
gi|14                         :                                         tcAATTT-AA-TGAAAAC-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CCCCAGAC----T-AC---T-GCT------G-CA--------------T--ATAGT---GAT---AG--TA-TGT-GAAC-AG---AT-CAA----AG-GATTTA----ATTTT-AAT-TAtgtagt
gi|15                         :                                                   tcTAAAAT-TAGA-TG--C-C-T---TAT--GAT-CCGCT-CACT-GTA----T-AG--------------A-C-----C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TA-CGT-GAGC-GG---AG-CAA----AG-GAT-TAGAGTGTTTTAAAT-TAGATca
gi|16                         :                                                                                                                                          aaT--GTAGC---GAT---C---TA-AGT-GAGC-GG---AT-CTA----AG-GAACTG----ATTCT-TAT-CAGAT
gi|17                         :                                    tccaatctcattaaaatcagctcccAGA-T---C-C-T---T-T--AAT-CGCCT-CAC--GTA----C-AT---C--CT------A-TAC---C---T---TGT--GTAGC---GAT---C---TA-TGC-GAGC-GG---GT-CTA----AG-GATCTT----CTTCT-AAT-CAGAtgcatacaagtataatttttggta
gi|18                         :                                   attatcccAATTT-AA-TTAGAAT-TAGA-A---C-C-T---T-T--GAA-CAGCT-TCC--ATA----C-AA-------T-----CA-CA-------------GT--ATGG---------------------GAGT-GG---GT-CAA----AG-GACCTA----AGTTC-AAT-CAGATctga
gi|19                         :                                        actAATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-------C-T---G-C--GAT------------GTA-----------C-GCT------------------T---CGT--GTAGC---GAT---AG--TA-AGT-GAAC-GG---AG-CAA----AG-AATCTA----ATTCT-AAC-AAGATg
gi|2                          :                                         tcAATCTTAA-TTAAAATATAGAGT---C-C-T---T-TTTGATGCCGCTTCAC--GTA----T-AGAT-C-GCTA----CA-CAA---G---T----GT--ATAGC---GATCGTA---TA-CGT--AGC-GG---TC-TAA----AGTGATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|20                         :                                                 cA-TTAGAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T---AT-CTGCT-CA------------------------------------T---T---TAT------T---GAT---A---TA-CGT-GAGC-TT---AT-CAA----AG-GATGTG----ATTTT-GAT-TA
gi|21                         :                                            tattaaA-TTACAAT-AAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CAC---TATTT-T-AC---T-GCA-----CA-AAA---T---T---TCT--GTAGT---AAG---A----A-TTT-GAGC-AA---AT-CTA----Aaa
gi|22                         :                                                                                                                               ---T---T---TGT--ATAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-AG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AGT-c
gi|23                         :                                   catttcaatacagattccactggcctacc-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AT---C-GCT------A-C-------------TAT--ATAGC---GAT---A---TA-AGT-GGGC-GG---AT-
gi|24                         :                            ataagacaatttgtatgctagaA-TTAACAT-CAGG-T---C-C-T---T-A--GAT-CCACT-CAT--TTA----G-AT---T-GCT------A-C-------------TCT--ATAGCTAGGAT---A---TA-AGT-GAGC-GG---AT-C
gi|25                         :                                          cccaaT-AA-TTAGAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GTT-CTACT-----------------------------------------------TGT--GTACC---GAT---A---TA-CAT-GAGC-GA---AT-CAC----AG-GATATA----ATTTT-AAA-TAGa
gi|26                         :                                           AATCT-AA-TTAAA-T-TGAA-TTTCC-T-T---T-T--GAT-CCG----------A------AA---C-G------------------------TG---GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----A--GATCTA----AATT
gi|28                         :                                             TCT-GA-TTAAAAT-AAGA-C---C-C-T---T-T--GAC-CCGCT-CAT--GTA---------------------------------------------------GAT---C---TA-TGT-GAGC-GG---AT-CTA----AG-GATCCA----ATTTT-
gi|29                         :                                         taAATCT-AA-TTAAA-T-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT--CGCT-CACA-GTA----T-A------GAT-----CG-CGA---T---C------------------T---A---TA-TGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCatg
gi|3                          :                                           AATCT-AA-TGAAAAT-AAGA-T---C-A-T---A-T--GA----------------------AT---C-ACT-----T------------------T--GTAGC---GAT---AG--TA-GGG-GAGG-AG---AT-CAA----AC-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATg
gi|30                         :                                            cTCT-AA-TTAGAAT-TAAA-T---C-C-T---T-T--GA----------------------AG--------------A-CA--------T---TGT--ACAGC---GA----A---TG-CGT-GAGC-GA---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTGT-Aggaaaaaccctgaattgagccttttgactatt
gi|31                         :                                                              GA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----G-AT---C-GC------CA-C-A---C---T---AGT--GTAGC---GAC---C---TA-CGA-GAGC--G---ATGCAA----AG-GAat
gi|32                         :                                                                                     ttCGCT-CCC--GTAC---T-AT---T-GTT------A-C-------------TGT--GTAGC---AATG--G---TA-TGG-GAAA-GG---AT-AAA----GG-GATTTAT---ATTcttg
gi|33                         :                                                                                                                                 tc---T---TGTTCATAGC---GAT---AG--TA-TGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-AAGCTA----ATTT
gi|34                         :                                                                                                                                            T--GTAGT---GAC-------TA-AGT-GGGC-GA---AT-CTA----AG-GAGCTG----ATTTT-AAT-
gi|35                         :                                                                                                                                          tGT--GTAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGT-GG---AT-CAA----AG-G-TCTAG---ATT
gi|36                         :                                                                                                                                           GT--GTAGC---GAT---A---TG-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATT
gi|37                         :                                                       AAAT-TGGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--ATA----
gi|4                          :                                               T-AA-TTAAAAT-TAGA-T---T-C-T---T-A--GAT-CCGCA-AAC--ATATTACT-AT---C-ATTAAGTACATCAA---T---T---------TAGT---GAT---AAG-CA-TGT-GAGT-GA---AT-CAA----AG-GAgttc
gi|5                          :                        ccagtttgctttgagagctggtCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTC-CAT---T-T--GAT-C-GCT-C-C--GTA----T-AGA--T-GCT---------AA---C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TATCGT-GAGCTGG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGA
gi|6                          :                                            acCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTC-CAT---T-T--GAT-C-GCT-C-C--GTA----T-AGA--T-GCT---------AA---C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TATCGT-GAGCTGG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGAcat
gi|7                          :                                         acAATCT-AA-TTAAAAT-TA-A-T---C-C-T---T----GAT-C-GCTACAC--GTA----T-AGATTC-GGC-----TA-CTA----------------GTAGC---GAT---ACTATA-CGT-GAGC-GGAAAAT-CAA-------GATCTA----ATTTT-AATATAGcat
gi|8                          :                                             tcT-AA-TTAAATT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-C-GCT-CAC--GTA----T-AGAT-C-GCT-----TA---A---T---TGGATGT---TAGC---GATCT-A---TA-CGTTGAGC-AG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATcattg
gi|9                          :                                          caATCA-AT-TTAAGAT-TAGA-G---CAT-T---T-T--GAT-CGGCT-CCC--ATGCC--T-AT---CCACT-----CAGCA--------------T--GTAGC---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-AG---AT-CAATTAAGG-GGTCTA----ATCTT-AAT-TAGATag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATTACAAATTCTCTGATCTGCTCACATAATTCACTTCACAAAGTCAGCGCAGCAAGTAATTGAGCAGATTTAAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                2  3       1    1 888 1 2 222 1 22   1 3   000000000000000000000000000000000000000000000000  11     222   0000000  44  1    2  222  4   2222  1      5555     5   1     
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lowQualScore                  :                                                0  5       6    4 999 4 9 555 4 00   4 2   888888888888888888888888888888888888888888888888  66     000   0000000  99  1    3  000  6   6666  2      7777     0   8     
consensus                     :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AN---C-GCT-----CA-CAA---T---T---TGT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
Reference ( family-2001 )     :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AN---C-GCT-----CA-CAA---T---T---TGT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
gi|1                          :                                                                                                                   T-----CA-CTA---A---T---CGT--GTGGC---GAT---A---TA-TGA-GAGC-AG---GT-CAA----AG-GATATA----ATTCC-AAT-TAGA
gi|10                         : tctataaggaatttaacaatctattcaaaatgtgctcatggcttTCT-AA-TCTATAT-TAGA-C---C-C-T---T-T--GCT-CCACT-CCC--ATA----CCAT---C-ACT------A-CAAAGCT---T---CGT--GTAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-GG---TT-AAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATctggatgacaaatgacccactcaagcatttctatt
gi|11                         :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TTGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CAC--ATA----T-AA---C-ACTT----CA-CAAGG-T---T---TGT--GTAGG---GAT---A---TA-TTT-GAGC-AG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|12                         :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-C---T-C-T---C-T--A----CGGT-ACC--G-A----T-A----C-GCT-----T--CAA---TACTT---TGT--GTAGT---GAT---GG--TA-TAT-GAGC-GG---AT-CAA----AA-TGTCTA----CTTTT-AAT-TAGAT
gi|13                         :                                          cAATTT-AA-TCTAAAT-TAGG-T---C-T-TGAAT-T--GAT-TCACA-GAC---TAC---T-AT---T-GT-----------A---T---T---GGT--AT------GAT---A-------GG-GAGT-GC---AT-CAA----AG-GACCTA----CTTTT-ACT-TAGGTttg
gi|14                         :                                         tcAATTT-AA-TGAAAAC-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CCCCAGAC----T-AC---T-GCT------G-CA--------------T--ATAGT---GAT---AG--TA-TGT-GAAC-AG---AT-CAA----AG-GATTTA----ATTTT-AAT-TAtgtagt
gi|15                         :                                                   tcTAAAAT-TAGA-TG--C-C-T---TAT--GAT-CCGCT-CACT-GTA----T-AG--------------A-C-----C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TA-CGT-GAGC-GG---AG-CAA----AG-GAT-TAGAGTGTTTTAAAT-TAGATca
gi|16                         :                                                                                                                                          aaT--GTAGC---GAT---C---TA-AGT-GAGC-GG---AT-CTA----AG-GAACTG----ATTCT-TAT-CAGAT
gi|17                         :                                    tccaatctcattaaaatcagctcccAGA-T---C-C-T---T-T--AAT-CGCCT-CAC--GTA----C-AT---C--CT------A-TAC---C---T---TGT--GTAGC---GAT---C---TA-TGC-GAGC-GG---GT-CTA----AG-GATCTT----CTTCT-AAT-CAGAtgcatacaagtataatttttggta
gi|18                         :                                   attatcccAATTT-AA-TTAGAAT-TAGA-A---C-C-T---T-T--GAA-CAGCT-TCC--ATA----C-AA-------T-----CA-CA-------------GT--ATGG---------------------GAGT-GG---GT-CAA----AG-GACCTA----AGTTC-AAT-CAGATctga
gi|19                         :                                        actAATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-------C-T---G-C--GAT------------GTA-----------C-GCT------------------T---CGT--GTAGC---GAT---AG--TA-AGT-GAAC-GG---AG-CAA----AG-AATCTA----ATTCT-AAC-AAGATg
gi|2                          :                                         tcAATCTTAA-TTAAAATATAGAGT---C-C-T---T-TTTGATGCCGCTTCAC--GTA----T-AGAT-C-GCTA----CA-CAA---G---T----GT--ATAGC---GATCGTA---TA-CGT--AGC-GG---TC-TAA----AGTGATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|20                         :                                                 cA-TTAGAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T---AT-CTGCT-CA------------------------------------T---T---TAT------T---GAT---A---TA-CGT-GAGC-TT---AT-CAA----AG-GATGTG----ATTTT-GAT-TA
gi|21                         :                                            tattaaA-TTACAAT-AAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCACT-CAC---TATTT-T-AC---T-GCA-----CA-AAA---T---T---TCT--GTAGT---AAG---A----A-TTT-GAGC-AA---AT-CTA----Aaa
gi|22                         :                                                                                                                               ---T---T---TGT--ATAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-AG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AGT-c
gi|23                         :                                   catttcaatacagattccactggcctacc-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AT---C-GCT------A-C-------------TAT--ATAGC---GAT---A---TA-AGT-GGGC-GG---AT-
gi|24                         :                            ataagacaatttgtatgctagaA-TTAACAT-CAGG-T---C-C-T---T-A--GAT-CCACT-CAT--TTA----G-AT---T-GCT------A-C-------------TCT--ATAGCTAGGAT---A---TA-AGT-GAGC-GG---AT-C
gi|25                         :                                          cccaaT-AA-TTAGAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GTT-CTACT-----------------------------------------------TGT--GTACC---GAT---A---TA-CAT-GAGC-GA---AT-CAC----AG-GATATA----ATTTT-AAA-TAGa
gi|26                         :                                           AATCT-AA-TTAAA-T-TGAA-TTTCC-T-T---T-T--GAT-CCG----------A------AA---C-G------------------------TG---GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----A--GATCTA----AATT
gi|28                         :                                             TCT-GA-TTAAAAT-AAGA-C---C-C-T---T-T--GAC-CCGCT-CAT--GTA---------------------------------------------------GAT---C---TA-TGT-GAGC-GG---AT-CTA----AG-GATCCA----ATTTT-
gi|29                         :                                         taAATCT-AA-TTAAA-T-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT--CGCT-CACA-GTA----T-A------GAT-----CG-CGA---T---C------------------T---A---TA-TGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCatg
gi|3                          :                                           AATCT-AA-TGAAAAT-AAGA-T---C-A-T---A-T--GA----------------------AT---C-ACT-----T------------------T--GTAGC---GAT---AG--TA-GGG-GAGG-AG---AT-CAA----AC-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATg
gi|30                         :                                            cTCT-AA-TTAGAAT-TAAA-T---C-C-T---T-T--GA----------------------AG--------------A-CA--------T---TGT--ACAGC---GA----A---TG-CGT-GAGC-GA---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTGT-Aggaaaaaccctgaattgagccttttgactatt
gi|31                         :                                                              GA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----G-AT---C-GC------CA-C-A---C---T---AGT--GTAGC---GAC---C---TA-CGA-GAGC--G---ATGCAA----AG-GAat
gi|32                         :                                                                                     ttCGCT-CCC--GTAC---T-AT---T-GTT------A-C-------------TGT--GTAGC---AATG--G---TA-TGG-GAAA-GG---AT-AAA----GG-GATTTAT---ATTcttg
gi|33                         :                                                                                                                                 tc---T---TGTTCATAGC---GAT---AG--TA-TGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-AAGCTA----ATTT
gi|34                         :                                                                                                                                            T--GTAGT---GAC-------TA-AGT-GGGC-GA---AT-CTA----AG-GAGCTG----ATTTT-AAT-
gi|35                         :                                                                                                                                          tGT--GTAGT---GAT---AG--TA-TGG-GAGT-GG---AT-CAA----AG-G-TCTAG---ATT
gi|36                         :                                                                                                                                           GT--GTAGC---GAT---A---TG-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATT
gi|37                         :                                                       AAAT-TGGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--ATA----
gi|4                          :                                               T-AA-TTAAAAT-TAGA-T---T-C-T---T-A--GAT-CCGCA-AAC--ATATTACT-AT---C-ATTAAGTACATCAA---T---T---------TAGT---GAT---AAG-CA-TGT-GAGT-GA---AT-CAA----AG-GAgttc
gi|5                          :                        ccagtttgctttgagagctggtCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTC-CAT---T-T--GAT-C-GCT-C-C--GTA----T-AGA--T-GCT---------AA---C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TATCGT-GAGCTGG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGA
gi|6                          :                                            acCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTC-CAT---T-T--GAT-C-GCT-C-C--GTA----T-AGA--T-GCT---------AA---C---T---TGT--GTAGC---GATCT-A---TATCGT-GAGCTGG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGAcat
gi|7                          :                                         acAATCT-AA-TTAAAAT-TA-A-T---C-C-T---T----GAT-C-GCTACAC--GTA----T-AGATTC-GGC-----TA-CTA----------------GTAGC---GAT---ACTATA-CGT-GAGC-GGAAAAT-CAA-------GATCTA----ATTTT-AATATAGcat
gi|8                          :                                             tcT-AA-TTAAATT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-C-GCT-CAC--GTA----T-AGAT-C-GCT-----TA---A---T---TGGATGT---TAGC---GATCT-A---TA-CGTTGAGC-AG---ATTCAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATcattg
gi|9                          :                                          caATCA-AT-TTAAGAT-TAGA-G---CAT-T---T-T--GAT-CGGCT-CCC--ATGCC--T-AT---CCACT-----CAGCA--------------T--GTAGC---GAT---AG--TA-TGG-GAGC-AG---AT-CAATTAAGG-GGTCTA----ATCTT-AAT-TAGATag


blockSeqs                     :                                                T  G       A    G TTC A A GAA A TT   G C   AACATATTACTATCATTAAGTACATCAATT                    TC     TAG   CGTA     TC  T    T  AAA  G   TTAA  T      GAGT     A   A
blockSeqs                     :                                                .  G       .    . ATT . A .   . .    . C   CACATATAACACTTCACAAGGTTT                          .      .     ACTA     TC  .    T  .    T   .     .      T        A   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . ATT . . .   . .    . C   TCACGTATAGATCGCTACACAAGT                          .      .     CTA      T   .    .  .    T   .     .      G        A   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . G   . . .   . .    . C   CACGTATAGATCGCTTAATTGGAT                          .      .     AAG      T   .    .  .    T   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CACTATTTTACTGCACAAAATTT                           .      .     CTA      T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . G   ACACGTATAGATTCGGCTACTA                            .      .     CTA      T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . A   ACCGATACGCTTCAATACTTT                             .      .     CTA      C   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CCCATGCCTATCCACTCAGCA                             .      .     AG       A   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . T   CACGTACATCCTATACCTT                               .      .     GG       T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CACAGTATAGATCGCGATC                               .      .     AG       A   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CACGTAGATCGCCACACTA                               .      .     AG       C   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CCCCAGACTACTGCTGCA                                .      .     AG       C   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . T   CCGTATAGATGCTAACTT                                .      .     AG       T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CCGTATAGATGCTAACTT                                .      .     GG       T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CCCGTACTATTGTTACT                                 .      .     AG       A   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   GACTACTATTGTATTG                                  .      .     AG       A   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CACGTATATCGCTACT                                  .      .     AG       C   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CATTTAGATTGCTACT                                  .      .     A        C   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                .  .       .    . .   . . .   . .    . C   CACTGTATAGACCTT                                   .      .     A        T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .    . .   . . .   . .    . C   TCCATACAATCACA                                    .      .     C        T   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .    . .   . . .   . .    . G   GTACGCTTC                                         .      .     C        G   .    .  .    .   .     .      .        .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .    . .   . . .   . .    . .   ATCACTT                                           .      .     A        C   .    .  .    .   .     .      .        .    
blockSeqs                     :                                                           .    . .   . . .   . .    . .   AGACATT                                           .      .     A        C   .    .  .    .   .     .      .        .    
blockSeqs                     :                                                           .    . .   . . .   . .    . .   AAACGT                                            .      .     A        T   .    .  .    .   .     .      .             
blockSeqs                     :                                                                . .   . . .   . .    . .   CATGTA                                            .      .     A        T   .    .  .    .   .     .      .             
blockSeqs                     :                                                                . .   . . .   . .    . .   CATTT                                             .      .     A        A   .    .  .    .   .     .      .             
blockSeqs                     :                                                                . .   . . .   . .    . .   T                                                 .      .     A        T   .    .  .    .   .     .      .             
blockSeqs                     :                                                                                       .                                                     .      .     C        C   .    .  .    .   .     .      .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .      .     A        T   .    .  .    .   .     .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .      .     A        C   .    .  .    .   .     .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .      .     C        C   .    .  .    .   .     .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .      .     A        T   .    .  .    .   .                          
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blockSeqCons                  :                                                                                           CACGTATATCGCTACT********************************
originalCons                  :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCT-CAC--GTA----T-AN---C-GCT-----CA-CAA---T---T---TGT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
finalCons                     :                                           AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---C-C-T---T-T--GAT-CCGCTCACGTATATCGCTACT--------------------------------GT--GTAGC---GAT---A---TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAA----AG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATTACAAATTCTCTGATCTGCTCACATAATTCACTTCACAAAGTCAGCGCAGCAAGTAATTGAGCAGATTTAAC






Alignments
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consensus                     :                                AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---CC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-GTA--T--A---T-C-GC--T--A--C-------T--G--TGT-A----GC---GA---T---A----TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAAAG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
Reference ( family-2001 )     :                                AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-T---CC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-GTA--T--A---T-C-GC--T--A--C-------T--G--TGT-A----GC---GA---T---A----TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAAAG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGAT
gi|1                          :                                                                             GCT-CAT-GGC--T--T---T-C-AC--T--A--A-------TC-G--TGT-G----GC---GA---T---A----TA-TGA-GAGC-AG---GT-CAAAG-GATATA----ATTCC-AAT-TAGA
gi|10                         : tctataaggaatttaacaatctattcaaaatgtTCT-AA-TCTATAT-TAGA-C---CC-T----T-T--GCT-CCACT-CCC-ATA--CC-A---T-C-AC--T--A--CAAAGCTTC--G--TGT-A----GT---GA---T---AG---TA-TGG-GAGC-GG---TT-AAAAG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATctggatgacaaatgacccactcaagcatttctatt
gi|11                         :                                AATCT-AA-TTAAAAT-TTGA-T---CC-T----T-T--GAT-CCACT-CAC-ATA--T--A---A-C-AC--TTCA--CAAGGTT-T--G--TGT-A----GG---GA---T---A----TA-TTT-GAGC-AG---AT-CAAAG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|12                         :                                AATCT-AA-TTAAAAT-TAGA-C---TC-T----C-TACGGTACCGAT--AC-GC---T------T-C-AA--T--A--C-------TTTG--TGT-A----GT---GA---T---GG---TA-TAT-GAGC-GG---AT-CAAAA-TGTCTA----CTTTT-AAT-TAGAT
gi|13                         :                               cAATTT-AA-TCTAAAT-TAGG-T---CT-TGAA-T-T--GAT-TCACA-GAC--TAC-T--A---T-T-G---T--A--T-------T--G---GT-A-----T---GA---T---A--------GG-GAGT-GC---AT-CAAAG-GACCTA----CTTTT-ACT-TAGGTttg
gi|14                         :                              tcAATTT-AA-TGAAAAC-TAGA-T---CC-T----T-T--GAT-CCACT-CCC--CA--G--A---C-T-AC--T--G--C-------T--GCATAT-A----GT---GA---T---AG---TA-TGT-GAAC-AG---AT-CAAAG-GATTTA----ATTTT-AAT-TAtgtagt
gi|15                         :                                        tcTAAAAT-TAGA-TG--CC-T----TAT--GAT-CCGCT-CACTGTA--T--A---G-A-CC--T-------------T--G--TGT-A----GC---GA---TCT-A----TA-CGT-GAGC-GG---AG-CAAAG-GAT-TAGAGTGTTTTAAAT-TAGATca
gi|16                         :                              aaAATCT-GA-TAAGAAT-CAGT-T---CC-T----T-A--GAT-CCGCT-CAC-TTA--G--A---T-C-GC--T--A--C-------
gi|17                         :                        tccaatctcattaaaatcagctccctAGA-T---CC-T----T-T--AAT-CGCCT-CAC-GTA--C--A---T-C--C--T--A--TACCT---T--G--TGT-A----GC---GA---T---C----TA-TGC-GAGC-GG---GT-CTAAG-GATCTT----CTTCT-AAT-CAGAgcatacaagtataatttttggta
gi|18                         :                         attatcccATCT-GA-TTGAACT-TAGG-T---CC-T----T-T--GAC-CCACT-CCC-A-------------------T--A--C-------T--G--T-------------GAT--T---G----TA-TGG-AAGC-TG---TT-CAAAG-GTTCTA----ATTCT-AAT-TAAATctga
gi|19                         :                             actAATCT-AA-TTAAAAT-TAGA------C-T----G-C--GAT-----------GTA-----------C-GC--T--T--C----------G--TGT-A----GC---GA---T---AG---TA-AGT-GAAC-GG---AG-CAAAG-AATCTA----ATTCT-AAC-AAGATtg
gi|2                          :                              tcAATCTTAA-TTAAAATATAGAGT---CC-T----T-TTTGATGCCGCTTCAC-GTA--T--AGA-T-C-GC--T--A--CACAAG--T--G--TAT-A----GC---GA---TCGTA----TA-CGT--AGC-GG---TC-TAAAGTGATCTA----ATTTT-AAT-TAGATtg
gi|20                         :                                   cT-AA-TCAAAAT-CACA-T---CC-T----T-T--GAT-AAGCT-CAC-GTA--T--A---T-C-A----------------------------------------------A----TA-AAT-GAGC-AG---AT--AAAG-GATCTA----ATTCT-AAT-
gi|21                         :                                                                                                          tattaa-------T--G--TGC-A----GT---AA---A---A----TA--GT-GAGT-GG---AT-CAAAG-GATCTT----ATTGT-AAT-aa
gi|22                         :                                                                                                      C--T--A--CCTT----T--G--TAT-A----GT---GA---T---AG---TA-TGG-GAGC-AG---AT-CAAAG-GATCTA----ATTTT-AGT-aaatttctgtagtaagaatttgagcaaatctaac
gi|23                         :                             catttcaatacagattccactggc-T---CC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-GTA--T--A---T-C-GC--T--A--C-------T--A--TAT-A----GC---GA---T---A----TA-AGT-GGGC-GG---AT-
gi|24                         :                 ataagacaatttgtatgctagaA-TTAACAT-CAGG-T---CC-T----T-A--GAT-CCACT-CAT-TTA--G--A---T-T-GC--T--A--C-------T--C--TAT-A----GCTAGGA---T---A----TA-AGT-GAGC-GG---AT-C
gi|25                         :                               cccaaT-AA-TTAGAAT-TAGA-T---CC-T----T-T--GTT-CTACT---------------------------------------T--G--TGT-A----CC---GA---T---A----TA-CAT-GAGC-GA---AT-CACAG-GATATA----ATTTT-AAA-TAGa
gi|26                         :                                AATCT-AA-TTAAA-T-TGAA-TTTCCT-T----T-T--GAT-CCGA--AAC-GTG--------------------------------------GT-A----GC---GA---T---A----TA-CGT-GAGC-GG---AT-CAAA--GATCTA----AATT
gi|28                         :                                  TCT-GA-TTAAAAT-AAGA-C---CC-T----T-T--GAC-CCGCT-CAT-GTA---------------------------------------------------GA---T---C----TA-TGT-GAGC-GG---AT-CTAAG-GATCCA----ATTTT-
gi|29                         :                              taAATCT-AA-TTAAA-T-TAGA-T---CC-T----T-T--GAT--CGCT-CACAGTA--TAGA---T-C-GC--G--A--T-------C------------------------T---A----TA-TGT-GAGC-GG---AT-CAAAG-GATCatg
gi|3                          :                                AATCT-AA-TGAAAAT-AAGA-T---CA-T----A-T--GA--------------------A---T-C--------A--C-------T--T--TGT-A----GC---GA---T---AG---TA-GGG-GAGG-AG---AT-CAAAC-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATg
gi|30                         :                                 cTCT-AA-TTAGAAT-TAAA-T---CC-T----T-T--GA--------------------A-------GA--C--A--T-------T--G--TAC-A----GC---GA-------A----TG-CGT-GAGC-GA---AT-CAAAG-GATCTA----ATTGT-Aggaaaaaccctgaattgagccttttgactatt
gi|31                         :                                                   GA-T---CC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-GTA--G--A---T-C-GCCAC--A--C-------TA-G--TGT-A----GC---GA---C---C----TA-CGA-GAGC--G---ATGCAAAG-GAat
gi|32                         :                                                                          ttCGCT-CCC-GTAC-T--A---T-T-GT--T--A--C-------T--G--TGT-A----GC---AA---TG--G----TA-TGG-GAAA-GG---AT-AAAGG-GATTTAT---ATTcttg
gi|33                         :                                          tcAAAT-TAGC-T---TC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-ATAC-T--A---T-C-GC--T--A--
gi|34                         :                                                                                                                    ttgttca--TGT-A----GT---GA---C--------TA-AGT-GGGC-GA---AT-CTAAG-GAGCTG----ATTTT-AAT-
gi|35                         :                                                                                                                       t--G--TGT-A----GT---GA---T---AG---TA-TGG-GAGT-GG---AT-CAAAG-G-TCTAG---ATT
gi|36                         :                                                                                                                        --G--TGT-A----GC---GA---T---A----TG-CGT-GAGC-GG---AT-CAAAG-GATCTA----ATT
gi|37                         :                                            AAAT-TGGA-T---CC-T----T-T--GAT-CCGCT-CAC-ATA--
gi|4                          :                                                     -T---CC-T----T-T--GAT-TCACT-CAC-ATGCTT--A---T-C-AC--T--AAAT-------T--GA-TGT-ACTTAAT---GA---T---AGTAATA-TGT-TTGC-GG---AT-CTAAG-AATCTA----ATTTT-AAT-TAgttc
gi|5                          :             ccagtttgctttgagagctggtCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTCCAT----T-T--GAT-C-GCT-C-C-GTA--T--A---GAT-GC--T--AACT-------T--G--TGT-A----GC---GA---TCT-A----TATCGT-GAGCTGG---ATTCAAAG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGA
gi|6                          :                                 acCT-AAGTTAAAAT-TAGA-TATTCCAT----T-T--GAT-C-GCT-C-C-GTA--T--A---GAT-GC--T--AACT-------T--G--TGT-A----GC---GA---TCT-A----TATCGT-GAGCTGG---ATTCAAAG-GATCTA----ATTTTAAAT-TAGAcat
gi|7                          :                              acAATCT-AA-TTAAAAT-TA-A-T---CC------T-T--GAT--CGCTACAC-GTA--T--AGATT-CGGC--T--A--C-------T--A---GT-A----GC---GATACT---A----TA-CGT-GAGC-GGAAAAT-CAA---GATCTA----ATTTT-AATATAGcat
gi|8                          :                                  tcT-AA-TTAAATT-TAGA-T---CC-T----T-T--GAT-C-GCT-CAC-GTA--T--AGA-T-C-GC--TTAA--T-------T--GGATGTTA----GC---GA---TCT-A----TA-CGTTGAGC-AG---ATTCAAAG-GATCTA----ATTTT-AAT-TAGATcattg
gi|9                          :                              caAATCT-AA-TTAAGAT-TAGA-C---CC-CTTAAT-T--GAT-CTGCT-CCC-ATAC-T--A---T-C-GC--T--A--CA------T--GC-TG--A----GTG--GA---T---AGG--CA-TGG-GAGC-CG---AT-CAAAATGCTCTA----ATCTT-AAA-TTGATag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATTACAAATTCTCTGATCTGCTCACATAATTCACTTCACAAAGTCAGCGCAGCAAGTAATTGAGCAGATTTAAC