lowQualScore : 333333333 222222222222222 22222222222222 1111 2
lowQualScore : 1 9 3 555555555 999999999999999 99999999999999 2 2 6666 2 4 22 2 2 5555 2 2 2 2 6666 22 0 1 44 1 4444 66 44 3 1 1 44 2 333 2 2 66 4444 333 22 444 2 2 4 333
lowQualScore : . . . ......... ............... .............. . . .... . . .. . . .... . . . . .... .. . . .. . .... .. .. . . . .. . ... . . .. .... ... .. ... . . . ...
lowQualScore : 4 0 6 666666666 999999999999999 11111111111111 5 5 9999 0 0 88 0 0 2222 0 0 0 0 2222 88 8 9 55 9 8888 44 33 6 8 9 55 0 555 0 0 88 2222 555 88 999 0 0 0 555
consensus : ATAATAGATAATCAT-A-T---T-GTATGTA----T-T-----A-TAATATATA-A--------ATA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-T--AG-T-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
Reference ( gi|11 ) : ATGATAGATAATTAT-A-T---T-GCATGTA----T-T-----A-CAATATGTA-A--------ATA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--GT-A-CA---AT-ATG-A-T-AA----T--TGTTT-T--AG-T-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|10 : ATAATAGATAATCAA-A-T---T-GTATGTA----T-T-----A-TAATATGCA-A---------TA-TAG-ATGT----TAC-ATTCAT--GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-A--AG-T-A--T--TG--T-GT-AGT-A--T-G---AT-G-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTG
gi|6 : tatattATGATAGATAATGAT-A-A---T-GTATGTA----T-T-----A-TA-TATATA-A--------ATA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-ATA-A-T-AA----T--TTTTT-T--AG-T-A--T--TGT-T-GT-AAT-A--T-GATCAT-A-AA--G----TG---TA--A--TGA-A-TG--AAA---TCCTGT
gi|4 : tatcaatataaaataattatattcctatattATAATAGATAATCAT-A-T-------ATATA----T-T-----T-AAATAT----A--------ATA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--T-TTT-T--AG-T-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TA---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|3 : ataattatattatatatatatcaagatatcatataatattatttatataatatattattcatattatatcctatattATAATAGATAACCA--A-TGAAT-GTATGTT----T-TTT---A-TAATATATA-A--------ATA---G-ATGT----TAT-ATT-AT--GTTA-CC---CTTATG-A-T-AAA---T--TTTTT-T--AG-T-AAAT--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A---GG-A-TGAAAAA---TCCTGT
gi|8 : cgattatggattatatgatatagcgatattatgtaatgataatattatatctattatatcctatacttaACGAGAGCTGACTGT-AAT---T-GTATATA----T-T-----A-TGATATATC-ATATGATATATA-TAG-ATAG----TAT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-TT-AA-T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CAG-A-TA-AAAA---TCCTG
gi|7 : ATAATATATCAT-AT-G-T---T---ATATA----TCT-----A-TGATATATA-----------TA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--GT-A-CAT--TT-ATG-ACT-AA----T--TTTTT-T--AA-T-G--TC-TG--T-GT-
gi|5 : gataaatatttatattaccaattgatatcatataatatgattttatTAATATATAATGAT-T-T---TCGGATA-A----T-C-----AATAATAT-CATA--------ATA-TAGTATGTGAAATAT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-TAG-A-T-AA----T--TTTTT-T--AG-T----T--TGCCT-GT-AAT-ATGT-G---AT-A-AA--GCTGTTG---TA--A--GTG-A-TG-AAAA---TCC
gi|9 : catataaattctctatttccgaaaacaacaaaacattgaatatctctatatcATAGATAATAATAA-T---A-ATATGTA----T-TA----A-TAATAT-T-----------ATA-TA----GT----TTT-ATT--T--GT-A-C----AT-TTG---T--A----T--T-TTT-T--AG-TAA--T--TG--T-GC-AAT-A--T-T---AT-A-AA-------TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|2 : ttaatccttattatATAGATA-TCAT-AAT---T---ATGTA----T-TCAT--G-CACTATATA-A---------TACTAG-ATGTA---TAT-TTT-AT--GT-A-CACTTAT-AT--A-T-AA----A--T-TTT-T--AGGT-AA-T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AAT-G----TGTCTTA--T--TGGAA-TGTAAAA---TCCTGTggt
gi|1 : aatatttatattctattgagaactaaaaatgaacctatgattcttaatataatatatcttatattcaatacatcctatattatatTAGATAATCAT-A-T---T---ATGTAGCTAT-TGGTACA-TAATATAAT-A--------ATA-TAG-ATGT----T-T-ATTTATTTGT-A-CA---TT-ATGCA-T-AA----T--TTTTT-T--AG-T-A--T--TG--TGGT-AAT-A--TAG---ATAA-AA--G----CG---TA--AATTGG-A-TG-AAAA---TCCTGTg
gi|17 : taatatatagtatttatataatacaatgagatcatatttaatatcgattttatgataatatttatatcatattgatatccttaatattttatataacATTAT-A---------ATGTA--------------CATCATGTA-A---------TA-CAG-ATAT----CAT-AGT-GT--GT-A-CA---AT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-T--TA-T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--g
gi|12 : ttATAT----A--------ACA-TAG-ATAT----GAT-AGT-AT--GA-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-T--AA-T-G--T--TA--C-GT-AAT-A--C-G---AT-A-AA--G----TG---TA--G--AAG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|13 : atatcATAT-TA-A--------ATA-----ACAA----TAT-ATC-AT--AT-A-CA---AT-ATG-A-TAAA----T--TCTTT-T--A--T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AG-A-AAGTG----TG---TA--A--C---A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|14 : -A--------ATA-TAG-ATGT----TAT-TTT-A---GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTTGT--AG-T-A--T---G--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TA-AAAA---TCCT
gi|18 : t--------ATA-TAG-ATGT----TAT-ATT-AT--G----------------A-T-AA----T--TTTTT-T--AA-T-G--T--TG--G-GT-GAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGTcgt
gi|16 : A-TAG-ATGT----TATAATT-AT--GT---TA---AT-ATA-A-T--A----T--TTTTT-T--AG-T-A--T--TG--T-GTAAAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--ATA-A-TG-AAAA---TCCT
gi|15 : ----TAT-AAT-AT--GT-AGTA---TT-ATG-A-T-AA----T--TTTTT-T--AG-T-A--TGCTG--TGGT-AATGA--T-G---AT-ATAA--G----TG---TA--C--TGG-ACTG-AAAAAATCCCTGTtgt
gi|19 : ----TAT-ATT-AC-------TA---GT-ATG-A-T-AAATCAT--T-TTT-T--AA-T-G--T--TG--T-GT-AAT-AA-T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG--AAA---TCTTGTgg
gi|21 : AT-ATT-AT--GT-A-CA---TT-ATG-A-T-AA----T--T-TTT-T--AG-T-A--T--TG--T-AT-AAT-A--T-G----T-A-AT--A----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---CCCTGT
gi|20 : AT-ATT-AT-------CA---TT-ATG-C-T-AA----TATTATTT-T---G-A-A--TG-TG--T-TT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG-AAAA---TCTTGT
gi|22 : TTT-TCAAG-T-A--T--TG--T-GT-AAT-T--C-A---AT-A-AAA-G----TG---TAGAA--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|23 : --T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCATGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CCGTTGTAACGAGAGCTGACTGTAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 2222222222222222 111
lowQualScore : 4 4 0 3333333 44 3 5555555 44 33 0000000000000000 2 2 6666 1 22 1 1 1 1 5 3 1 5 22 1 1 1 1 44 66 44 3 1 3 22 1 333 1 1 66 4444 333 22 000 1 1 3 333
lowQualScore : . . . ....... .. . ....... .. .. ................ . . .... . .. . . . . . . . . .. . . . . .. .. .. . . . .. . ... . . .. .... ... .. ... . . . ...
lowQualScore : 0 0 8 3333333 66 3 9999999 22 00 5555555555555555 4 4 6666 9 66 9 9 9 9 7 8 9 7 55 8 8 8 8 33 11 11 5 7 6 55 9 333 9 9 44 0000 333 66 111 9 9 8 333
consensus : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
Reference ( family-1989 ) : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|1 : ATA-ACTAGATAATCATAT---T-A-TGTAGCTAT-TGGTACA-T--AATAT-AAT------A--------ATA-TAG-ATGT----TTATTTA-TT--TGT-A-CA-TTATGCA-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--TGGT-AAT-A--TAG---ATAA-AA--G----CG---TA--AATTGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|10 : taatatatagtatttatataatacaatgagatcatatttaatatcgattttatgataatatttatatcatattgatatccttaatattttatATA-A-TAGATAATCAAAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-GC-------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AC--A-TTCATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AGT-A--T-G---AT-G-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGg
gi|11 : tatattATG-A-TAGATAATTATAT---T-G-CATG--TAT-T-----A-C--AATAT-GTA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TGT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|12 : -----A-T--ATCAT-ATA------A---------CA-TAG-ATAT----G-AT--A-GT-ATGA-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TA--C-GT-AAT-A--C-G---AT-A-AA--G----TG---TA--G--AAG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|13 : ATAT--TA------A--------ATA-----ACAA----T-AT--A-TC-ATAT-A-CA-ATATG-A-TAAAT--TCT-TT-T-A-T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AG-A-AAGTG----TG---TA--A--C---A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|14 : ------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--T-TT-A-GT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TTGT-AGT-A-----TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TA-AAAA---TCCT
gi|15 : t----T-AT--A-AT-ATGT-AGTA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--TGCTG--TGGT-AATGA--T-G---AT-ATAA--G----TG---TA--C--TGG-ACTG-AAAAAATCCCTGTcgt
gi|16 : A-TAG-ATGT----T-AT--AATT-ATGT---TA-ATATA-A-TA--T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GTAAAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--ATA-A-TG-AAAA---TCCTgg
gi|17 : --TAT-T-----A-T--AATGT-ACATCATGTA--------ATA-CAG-ATAT----C-AT--A-GT-GTGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-TAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--tgt
gi|18 : t--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-A------------TG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TG--G-GT-GAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|19 : ----T-AT--A-TT-AC-----TA-GTATG-A-TAAATCATTT-TT-T-AAT-G--T--TG--T-GT-AATAA--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG--AAA---TCTTGT
gi|2 : ATATA-TAGATA-TCATAA---T---TATG--TAT-TC----A-TGCACTAT-ATA------A---------TACTAG-ATGTA---T-AT--T-TT-ATGT-A-CACTTATATA-TAA-A--TTT-TT-A-GGT-AA-T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AAT-G----TGTCTTA--T--TGGAA-TGTAAAA---TCCTGT
gi|20 : aatatttatattctattgagaactaaaaatgaacctatgattcttaatataatatatcttatattcaatacatcctatatt-AT--A-TT-AT-----CA-TTATG-C-TAA-T--ATTATT-T-TGA-A--TG-TG--T-TT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG-AAAA---TCTTGTg
gi|21 : -AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA----TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-AT-AAT-A--T-G----T-A-AT--A----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---CCCTGT
gi|22 : --TTT-TC-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-T--C-A---AT-A-AAA-G----TG---TAGAA--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|23 : --T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCATGT
gi|3 : ATA-A-TAGATAACCA-ATGAAT-G-TATG--TTT-TTT---A-T--AATAT-ATA------A--------ATA---G-ATGT----T-AT--A-TT-ATGTTA-CCCTTATG-A-TAAAT--TTT-TT-T-AGT-AAAT--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A---GG-A-TGAAAAA---TCCTGTggtct
gi|4 : cgattatggattatatgatatagcgatattatgtaatgataatattatatctattatatcctatacttaATA-A-TAGATAATCATAT--------ATA--TAT-T-------T--AA-AT-ATA------A---------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT--T-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TA---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|5 : ataattatattatatatatatcaagatatcatataatattatttatataatatattattcatattatatcctatattTA-A-TATATAATGATTT---TCG-GATA---AT-C-----AAT--AATATCATA------A---------TA-TAGTATGTGAAAT-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTTAG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT----T--TGCCT-GT-AAT-ATGT-G---AT-A-AA--GCTGTTG---TA--A--GTG-A-TG-AAAA---TCC
gi|6 : catataaattctctatttccgaaaacaacaaaacattgaatatctctatatcATG-A-TAGATAATGATAA---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--A-TAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATA-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TGT-T-GT-AAT-A--T-GATCAT-A-AA--G----TG---TA--A--TGA-A-TG--AAA---TCCTGT
gi|7 : tatcaatataaaataattatattcctatattATA-A-TA--TA-TCATAT---G-T-TATA--TATCT-----A-T--GATAT-ATA----------------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CATTTATG-ACTAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--TC-TG--T-GT-
gi|8 : gataaatatttatattaccaattgatatcatataatatgattttatAT---T-G-TATA--TAT-T-----A-T--GATAT-ATC------ATATGATATATA-TAG-ATAG----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-TTAAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CAG-A-TA-AAAA---TCCTG
gi|9 : acgagagctgactgta-A-TAGATAATAATAA---T-AATATG--TAT-T-----AAT--AATAT--TA----------------TA-TAG----T----T-TT--A-TT--TGT-A-CA-TT-TG---TA--T--TTT--T-T-AGTAA--T--TG--T-GC-AAT-A--T-T---AT-A-AA-------TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CCGTTGTAACGAGAGCTGACTGTAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 2222222222222222 111
lowQualScore : 4 4 0 3333333 44 3 5555555 44 33 0000000000000000 2 2 6666 1 22 1 1 1 1 5 3 1 5 22 1 1 1 1 44 66 44 3 1 3 22 1 333 1 1 66 4444 333 22 000 1 1 3 333
lowQualScore : . . . ....... .. . ....... .. .. ................ . . .... . .. . . . . . . . . .. . . . . .. .. .. . . . .. . ... . . .. .... ... .. ... . . . ...
lowQualScore : 0 0 8 3333333 66 3 9999999 22 00 5555555555555555 4 4 6666 9 66 9 9 9 9 7 8 9 7 55 8 8 8 8 33 11 11 5 7 6 55 9 333 9 9 44 0000 333 66 111 9 9 8 333
consensus : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
Reference ( family-1989 ) : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|1 : ATA-ACTAGATAATCATAT---T-A-TGTAGCTAT-TGGTACA-T--AATAT-AAT------A--------ATA-TAG-ATGT----TTATTTA-TT--TGT-A-CA-TTATGCA-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--TGGT-AAT-A--TAG---ATAA-AA--G----CG---TA--AATTGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|10 : taatatatagtatttatataatacaatgagatcatatttaatatcgattttatgataatatttatatcatattgatatccttaatattttatATA-A-TAGATAATCAAAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-GC-------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AC--A-TTCATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AGT-A--T-G---AT-G-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGg
gi|11 : tatattATG-A-TAGATAATTATAT---T-G-CATG--TAT-T-----A-C--AATAT-GTA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TGT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|12 : -----A-T--ATCAT-ATA------A---------CA-TAG-ATAT----G-AT--A-GT-ATGA-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TA--C-GT-AAT-A--C-G---AT-A-AA--G----TG---TA--G--AAG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|13 : ATAT--TA------A--------ATA-----ACAA----T-AT--A-TC-ATAT-A-CA-ATATG-A-TAAAT--TCT-TT-T-A-T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AG-A-AAGTG----TG---TA--A--C---A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|14 : ------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--T-TT-A-GT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TTGT-AGT-A-----TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TA-AAAA---TCCT
gi|15 : t----T-AT--A-AT-ATGT-AGTA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--TGCTG--TGGT-AATGA--T-G---AT-ATAA--G----TG---TA--C--TGG-ACTG-AAAAAATCCCTGTcgt
gi|16 : A-TAG-ATGT----T-AT--AATT-ATGT---TA-ATATA-A-TA--T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GTAAAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--ATA-A-TG-AAAA---TCCTgg
gi|17 : --TAT-T-----A-T--AATGT-ACATCATGTA--------ATA-CAG-ATAT----C-AT--A-GT-GTGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-TAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--tgt
gi|18 : t--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-A------------TG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TG--G-GT-GAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|19 : ----T-AT--A-TT-AC-----TA-GTATG-A-TAAATCATTT-TT-T-AAT-G--T--TG--T-GT-AATAA--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG--AAA---TCTTGT
gi|2 : ATATA-TAGATA-TCATAA---T---TATG--TAT-TC----A-TGCACTAT-ATA------A---------TACTAG-ATGTA---T-AT--T-TT-ATGT-A-CACTTATATA-TAA-A--TTT-TT-A-GGT-AA-T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AAT-G----TGTCTTA--T--TGGAA-TGTAAAA---TCCTGT
gi|20 : aatatttatattctattgagaactaaaaatgaacctatgattcttaatataatatatcttatattcaatacatcctatatt-AT--A-TT-AT-----CA-TTATG-C-TAA-T--ATTATT-T-TGA-A--TG-TG--T-TT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG-AAAA---TCTTGTg
gi|21 : -AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA----TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-AT-AAT-A--T-G----T-A-AT--A----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---CCCTGT
gi|22 : --TTT-TC-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-T--C-A---AT-A-AAA-G----TG---TAGAA--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|23 : --T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCATGT
gi|3 : ATA-A-TAGATAACCA-ATGAAT-G-TATG--TTT-TTT---A-T--AATAT-ATA------A--------ATA---G-ATGT----T-AT--A-TT-ATGTTA-CCCTTATG-A-TAAAT--TTT-TT-T-AGT-AAAT--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A---GG-A-TGAAAAA---TCCTGTggtct
gi|4 : cgattatggattatatgatatagcgatattatgtaatgataatattatatctattatatcctatacttaATA-A-TAGATAATCATAT--------ATA--TAT-T-------T--AA-AT-ATA------A---------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT--T-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TA---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|5 : ataattatattatatatatatcaagatatcatataatattatttatataatatattattcatattatatcctatattTA-A-TATATAATGATTT---TCG-GATA---AT-C-----AAT--AATATCATA------A---------TA-TAGTATGTGAAAT-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTTAG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT----T--TGCCT-GT-AAT-ATGT-G---AT-A-AA--GCTGTTG---TA--A--GTG-A-TG-AAAA---TCC
gi|6 : catataaattctctatttccgaaaacaacaaaacattgaatatctctatatcATG-A-TAGATAATGATAA---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--A-TAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATA-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TGT-T-GT-AAT-A--T-GATCAT-A-AA--G----TG---TA--A--TGA-A-TG--AAA---TCCTGT
gi|7 : tatcaatataaaataattatattcctatattATA-A-TA--TA-TCATAT---G-T-TATA--TATCT-----A-T--GATAT-ATA----------------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CATTTATG-ACTAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--TC-TG--T-GT-
gi|8 : gataaatatttatattaccaattgatatcatataatatgattttatAT---T-G-TATA--TAT-T-----A-T--GATAT-ATC------ATATGATATATA-TAG-ATAG----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-TTAAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CAG-A-TA-AAAA---TCCTG
gi|9 : acgagagctgactgta-A-TAGATAATAATAA---T-AATATG--TAT-T-----AAT--AATAT--TA----------------TA-TAG----T----T-TT--A-TT--TGT-A-CA-TT-TG---TA--T--TTT--T-T-AGTAA--T--TG--T-GC-AAT-A--T-T---AT-A-AA-------TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
blockSeqs : T . GAATG . C TTA GC CA ATATGATATA C T GAAA . . A C T G C T C A CA A G T A AA GC CC G A G TG . ATC . T GT CTGT TCT GA T A C T AAT
blockSeqs : . . TCG . . CA . G TCATGTAA . . A . . . . . . C . . A . . . . . A G T . . A . . . . . T . . . T . . A .
blockSeqs : . . TAA . . AA . G AA . . . . . . . . . T . . A . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . A . . . .
blockSeqs : . . TG . . AA . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . TG . . A . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . TG . . A . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . GT . . A . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . TG . . A . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . T . . A . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . A . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** A****** ** T**
originalCons : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
finalCons : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-TA------T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--AT--GG-A-TG-AAAA---TCCTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CCGTTGTAACGAGAGCTGACTGTAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 2222222222222222
lowQualScore : 4 4 0 3333333 44 3 5555555 44 33 0000000000000000 2 2 6666 1 22 1 1 1 1 5 3 1 5 22 1 1 1 1 44 66 44 3 1 3 22 1 333 1 1 66 4444 333 22 444 1 1 3 333
lowQualScore : . . . ....... .. . ....... .. .. ................ . . .... . .. . . . . . . . . .. . . . . .. .. .. . . . .. . ... . . .. .... ... .. ... . . . ...
lowQualScore : 0 0 8 3333333 66 3 9999999 22 00 5555555555555555 4 4 6666 9 66 9 9 9 9 7 8 9 7 55 8 8 8 8 33 11 11 5 7 6 55 9 333 9 9 44 0000 333 66 222 9 9 8 333
consensus : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
Reference ( family-1989 ) : ATA-A-TAGATAATCATAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|1 : ATA-ACTAGATAATCATAT---T-A-TGTAGCTAT-TGGTACA-T--AATAT-AAT------A--------ATA-TAG-ATGT----TTATTTA-TT--TGT-A-CA-TTATGCA-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--TGGT-AAT-A--TAG---ATAA-AA--G----CG---TA--AATTGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|10 : taatatatagtatttatataatacaatgagatcatatttaatatcgattttatgataatatttatatcatattgatatccttaatattttatATA-A-TAGATAATCAAAT---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--AATAT-GC-------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AC--A-TTCATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AGT-A--T-G---AT-G-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGg
gi|11 : tatattATG-A-TAGATAATTATAT---T-G-CATG--TAT-T-----A-C--AATAT-GTA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TGT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|12 : -----A-T--ATCAT-ATA------A---------CA-TAG-ATAT----G-AT--A-GT-ATGA-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TA--C-GT-AAT-A--C-G---AT-A-AA--G----TG---TA--G--AAG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|13 : ATAT--TA------A--------ATA-----ACAA----T-AT--A-TC-ATAT-A-CA-ATATG-A-TAAAT--TCT-TT-T-A-T-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AG-A-AAGTG----TG---TA--A--C---A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|14 : ------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--T-TT-A-GT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TTGT-AGT-A-----TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TA-AAAA---TCCT
gi|15 : t----T-AT--A-AT-ATGT-AGTA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--TGCTG--TGGT-AATGA--T-G---AT-ATAA--G----TG---TA--C--TGG-ACTG-AAAAAATCCCTGTcgt
gi|16 : A-TAG-ATGT----T-AT--AATT-ATGT---TA-ATATA-A-TA--T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-GTAAAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--ATA-A-TG-AAAA---TCCTgg
gi|17 : --TAT-T-----A-T--AATGT-ACATCATGTA--------ATA-CAG-ATAT----C-AT--A-GT-GTGT-A-CA-ATATG-A-TAA-T--TTT-TT-T-TAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--tgt
gi|18 : t--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-A------------TG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--T--TG--G-GT-GAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|19 : ----T-AT--A-TT-AC-----TA-GTATG-A-TAAATCATTT-TT-T-AAT-G--T--TG--T-GT-AATAA--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG--AAA---TCTTGT
gi|2 : ATATA-TAGATA-TCATAA---T---TATG--TAT-TC----A-TGCACTAT-ATA------A---------TACTAG-ATGTA---T-AT--T-TT-ATGT-A-CACTTATATA-TAA-A--TTT-TT-A-GGT-AA-T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AAT-G----TGTCTTA--T--TGGAA-TGTAAAA---TCCTGT
gi|20 : aatatttatattctattgagaactaaaaatgaacctatgattcttaatataatatatcttatattcaatacatcctatatt-AT--A-TT-AT-----CA-TTATG-C-TAA-T--ATTATT-T-TGA-A--TG-TG--T-TT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--AAG-A-TG-AAAA---TCTTGTg
gi|21 : -AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA----TTT-TT-T-AGT-A--T--TG--T-AT-AAT-A--T-G----T-A-AT--A----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---CCCTGT
gi|22 : --TTT-TC-A-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-T--C-A---AT-A-AAA-G----TG---TAGAA--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|23 : --T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCATGT
gi|3 : ATA-A-TAGATAACCA-ATGAAT-G-TATG--TTT-TTT---A-T--AATAT-ATA------A--------ATA---G-ATGT----T-AT--A-TT-ATGTTA-CCCTTATG-A-TAAAT--TTT-TT-T-AGT-AAAT--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A---GG-A-TGAAAAA---TCCTGTggtct
gi|4 : cgattatggattatatgatatagcgatattatgtaatgataatattatatctattatatcctatacttaATA-A-TAGATAATCATAT--------ATA--TAT-T-------T--AA-AT-ATA------A---------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT--T-T-AGT-A--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TA---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
gi|5 : ataattatattatatatatatcaagatatcatataatattatttatataatatattattcatattatatcctatattTA-A-TATATAATGATTT---TCG-GATA---AT-C-----AAT--AATATCATA------A---------TA-TAGTATGTGAAAT-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTTAG-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT----T--TGCCT-GT-AAT-ATGT-G---AT-A-AA--GCTGTTG---TA--A--GTG-A-TG-AAAA---TCC
gi|6 : catataaattctctatttccgaaaacaacaaaacattgaatatctctatatcATG-A-TAGATAATGATAA---T-G-TATG--TAT-T-----A-T--A-TAT-ATA------A--------ATA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATA-A-TAA-T--TTT-TT-T-AGT-A--T--TGT-T-GT-AAT-A--T-GATCAT-A-AA--G----TG---TA--A--TGA-A-TG--AAA---TCCTGT
gi|7 : tatcaatataaaataattatattcctatattATA-A-TA--TA-TCATAT---G-T-TATA--TATCT-----A-T--GATAT-ATA----------------TA-TAG-ATGT----T-AT--A-TT-ATGT-A-CATTTATG-ACTAA-T--TTT-TT-T-AAT-G--TC-TG--T-GT-
gi|8 : gataaatatttatattaccaattgatatcatataatatgattttatAT---T-G-TATA--TAT-T-----A-T--GATAT-ATC------ATATGATATATA-TAG-ATAG----T-AT--A-TT-ATGT-A-CA-TTATG-A-TAA-T--TTT-TT-TTAAT-G--T--TG--T-GT-AAT-A--T-G---AT-A-AA--G----TG---TA--A--CAG-A-TA-AAAA---TCCTG
gi|9 : acgagagctgactgta-A-TAGATAATAATAA---T-AATATG--TAT-T-----AAT--AATAT--TA----------------TA-TAG----T----T-TT--A-TT--TGT-A-CA-TT-TG---TA--T--TTT--T-T-AGTAA--T--TG--T-GC-AAT-A--T-T---AT-A-AA-------TG---TA--A--TGG-A-TG-AAAA---TCCTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CCGTTGTAACGAGAGCTGACTGTAAT