lowQualScore : 22 111111 33333333333333 22222222222 111 3333333333333 111 11 111 1111
lowQualScore : 33 7777 3 77777 3 2 2 5555 2 33 33 2 2 000000 33 6666 66 88888888888888 7777777 44444444444 7 999 2 2 6666666666666 2 4 000 0 88 4 2 222 333 2 2 99999 2 2222 8 2 33 9
lowQualScore : .. .... . ..... . . . .... . .. .. . . ...... .. .... .. .............. ....... ........... . ... . . ............. . . ... . .. . . ... ... . . ..... . .... . . .. .
lowQualScore : 00 1111 3 77777 1 9 9 7777 7 77 77 7 7 333333 77 0000 33 66666666666666 6666666 33333333333 1 222 2 2 9999999999999 2 4 111 1 88 4 2 666 999 2 4 11111 4 4444 0 7 99 5
consensus : GGTTTAAAGTA----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TT--T-ATGC-AAA------ATA--TA--T-T--TT-------T------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGT--ACAT---G-T-AG-AAGG-G-AAATTNAA-GAT-TTT-AATTCTTCATTG---AA-G-A-----T-T----TT-TT-T--GGGTATG
Reference ( gi|9 ) : GGTTTAGTGTA----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TT--T-ATGC-AAA------ATA--TA--T-T--TT-------T------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGG---ACAT---G-T-AG-AAGG-A-AAATTTCA-GAT-TTA-AATTCTTCATTG---AA-G-A-----T-T----TT-TT-T--GGATATG
gi|7 : GATTTAAAATA----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-CAGAA----TTA-T--TT--T-ATGC-AAA------ATA--TA--T-T--TCTGGATAAT------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TAAGGAGAAA-CA-CGGT--ACAT---G-T-AG-AAGG-G-AAA-------AT-CTA--------CATTG---AA-G-A-----T-T----TTATT-T--AGGTAT
gi|10 : GGTTTAAAGTA----A-TTACTATGGTTCC-AATGA-ACAA-TAAAA----TTA-G--TT--T-ATGC-CAA------ATA--TA--T-T--TT-------T------TG-------AAA----T------GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGT--ACAT---G-T-AG-AAGG------------------G-AATTCTTCATTG---AA-GAA-----T-T----TT-TT-TGGGGGTATGatatgat
gi|12 : aGGTTTAAAGTAATACTATTG-----GTTCC-AATGA-ACAAATAAAA----T-A-G--TT--T-ATGC-CAA------ATA--TA----T--TT-------T------TG-------AAA----AT-----GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGT--ACAT---G-TAAG-AAGG------------------G-AATTCTTCATTG---AA-G-AAT---T-T----TT-TT-T--GGat
gi|11 : aGTTTAAAATT----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TT--T-AAGC-AAA------ATA--TA--C-T--TT-------T------TG-------ATA----ATTGAT-ATGAA-ATATGTATAGAGAAG-CA-TGGT--ATAT---G-C-AG-AAGG-G-AAACGTAATGAT-TTT-AAATCTTCATTG---AA-G-A-----T-T----
gi|1 : GTTTAAAATA----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----TCAGG--TT--T-TTAC-AAA------CTA--TA--A-TGATT-------T------TG-------ATA----ATTGATCATAAACATG--TATAGAGAAA-CA-TG-----------A-T-AG-AAGG-A-ATCTTTAA-GAT-TTT-AATT-TTCATTG---AA-G-A-----TATTA--TT-TT-T--G
gi|2 : TTTAAAATA----T-TTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----TCA-GGTTC--T-TTAC-AAAC-----CTA--TA--T-GA-TT-------T------TG-------ATA----ATTGATCATAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG-----------A-T-AG-AGGG-A-CATTTATA-GAT-T---AATTCTTCATTG---AACG-A-----T-TATTATT-TT-T--Gtctttgtttgtatgatttgtct
gi|17 : GTA----T-CTA-----GTTCCCAACCA-ACAA-AAGAAGAATTTT-G--TT--T--CGCTAAA------ATACATA--T-T--TT-------TGATAATTG-------ATA----A------G-AAA-ATGT--ATAGAGAAA-CA-TGG---tttgtttgctattga
gi|8 : attaTA----T-CTA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TT--T-ATGC-AAAATATCTATA--TA--T-T--TT-------T------TA---------A----A------G----------TATAGAGAAA-CA-TGGT--ACAT---G-T-AG-AAGG-G-AAATTTAA-GAT-TTT-ATTTCTACATTG---AA-A-AGGTTTT-T----TT-TT-T--GGGTATGta
gi|3 : ttTA----T-TTA-----GTTTC-AACCA-ACAA-TTTAA----TTA-G--TT--T-AAGG-AAA------ACA--TA--TAT--TT-------T------TGACAATTCATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG-----------G-T-AG-AAGG-G-CAAATACA-GAT-TAA-AATTCTTCACTG---AA-G-A-----T-T----TTATT-T--atgtc
gi|4 : ggttaa----T-TAA-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----TAA-G--TT--TTATGC-AAA------ATA--AAGTT-T--TTGAATCA-T------TG-------ATA----A------GTAA-----T-TATAGAGAAAACAATGGTA-ACAT---GGT-AG-CAGG-G-AAATTTAAAGAT-TTT-AATTCTTCATTG---AA-G-A-----T-T----TT-TG-T--GGGTATctttgtatgatttgtc
gi|6 : aaaattatc----T-TTA-----GTTCC-AACCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TT--T-ATGC-TAA------ATA--TA--T-T--TTTGGTAA-T------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG------AT---G-A-AACAAGT-G-AAATTGAA-GATCTTA-A----TTCATTG---AA-G-A-----T-T----TTATT-T--TTATAT
gi|5 : ----T-TTA-----CTTC--AATCAGACAA-TAGAA----TTA-G--TTTAT-ATGC-AAA------ATA---A--T-T--TTGATAA--T------TG-------ATA----A------GTAAA-A--T-TATAGAGAAA-CA-TG-----------G-T-AG-AAAG-G-AATTTTAA-GAT-TTT-AATTCTTCATTG------G-A-----T-T----TT-TT-ttggtatgatttg
gi|22 : ttaaatatttac-----GTTCC-AATCA-ACAA-TAGAA----CTA-G--TT--T-ATGC-AAA------ATgtatgttgtctta
gi|13 : aggtttaaaat-ACAA-TAGAA----TTA-G--GT--T-ATTT-CAA------ATT--TA--T-T--TTGATAA--T------TG-------ATATTAAA------GTAAT-ATGT--ATTGCGAAA-CA-TGG------------T-AA-GATG-G-AAATTCAA-GAT-TTT-AATTCATTGCTC---AA-G-A-----T-T----TT-TT-T--TG-TATGgac
gi|14 : ----TTA-G--TT--T-ATGC-AAA------ATA--TA--TAT--TT-------T------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGGTACATAT---G-T-AG-AAGG-A-AAATTTCA-GAT-C-----TTTTTCTTTGGGTAT-G-A-----T-T----Tatttgtc
gi|15 : gtTA--TA--T-T--TT-------TGATAT-TG-------ATATTAAA------GTAAA-ATGT--ATAGAGAAA-C---GG---ATGT-----T-AG-AAGG-G-AAATTAAA-GAT-TTT-AATTCTTCATCG---AA-G-A-----T-T----TT-TT-T--g
gi|20 : -------T------TC-------ATA----A------GTAAA-ATGT--ATAGAGAA--CA-TGG---A----------AG-AAAG-AGAAAATAAA-GAA-TTA-AATTCTTCA-TG---AA-cttagtatga
gi|16 : ttgataa------TA-------ATA----A------ATAAA-ATGT----AGAGAAA-CA-TGGT--ACAT---G-T-AGGAAGG-G-AAATTTAA-GAT-TTTTAATT-TTCAATG---AA-G-A-----T-T----TT-TT-T--
gi|19 : GAAA-CA-TGGT--ACGTTACG-T-AG-AAGG-G-AAATG-AA-GAT-TTT-AATTCTACATTG---AA-G-A-----T-T----TT-TTGC--GGGTATGttattttgtaatgatttgtc
gi|21 : -AG-AAGGGA-AAATTAAA-GAC-TTT-AATTCTTCATTG---AA-G-A-----G-TGAA-TT-TT-T--G--TATGat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGATATATGTATAGAGAAAAATTGTAGGAGTGATGTTAAAGATTTTAATTTTTCAATGAGGATACGATTTTTGTTTGTATAATTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 22222222222 111 1111111111111 1111
lowQualScore : 5 6666 2 33 77777 6666 2 2 2 5555 2 33 2 33 2 2 33 777777 5555 55 55555555555555 7777777 22222222222 6 999 2 2 0 8888888888888 2 2 333 4 2 2 2 88888 6666 1111 6 2 444
lowQualScore : . .... . .. ..... .... . . . .... . .. . .. . . .. ...... .... .. .............. ....... ........... . ... . . . ............. . . ... . . . . ..... .... .... . . ...
lowQualScore : 0 1111 9 99 11111 1111 9 7 7 3333 5 44 5 44 5 5 44 222222 1111 99 55555555555555 2222222 44444444444 3 222 0 0 8 7777777777777 0 0 333 0 0 0 1 22222 6666 1111 7 2 111
consensus : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
Reference ( family-1984 ) : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
gi|1 : GTTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCAGG--TTT-TT--AC-AAA-CTA--T------A--A-TGATT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAACATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------A-T-AG-AAGGAATC-TTTA-A-GA-TTTTAATT-TTCATTGAA-G-A-----TA---TTA--TT-TT-T--G
gi|10 : GGTTTAAAGTA----A-TT--ACTATGGTTC----C-AATGA-ACAA-TAAAA----TTA-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------AAA----T------GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-GAA-----T----T----TT-TT-TGGGGGTATGtctttgtttgtatgatttgtct
gi|11 : aGTTTAAAATT----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AA--GC-AAA-ATA--T------A--C-T--TT------T-------TG-------ATA----ATTGAT-ATGAA-ATATGTATAGAGAAG-CA-TGGTA-T--AT---G-C-AG-AAGGGAAA-CGTA-ATGA-TTTTAAATCTTCATTGAA-G-A-----T----T----at
gi|12 : GGTTTAAAGTAATACTATT--G-----GTTC----C-AATGA-ACAAATAAAA----T-A-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A----T--TT------T-------TG-------AAA----AT-----GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-TAAG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-G-AAT---T----T----TT-TT-T--G
gi|13 : a-ACAA-TAGAA----TTA-G--GTT-AT--TT-CAA-ATT--T------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATATTAAA------GTAAT-ATGT--ATTGCGAAA-CA-TGGTA-------------AG-A-TGGAAA-TTCA-A-GA-TTTTAATTCATTGCTCAA-G-A-----T----T----TT-TT-T---TGTATG
gi|14 : ----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--TAT--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGGTA-CATAT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TCTT-----------------------T----T----TC-TT-T--GGGTATGatttgtc
gi|15 : gtTA--T------A--T-T--TT------TGATAT--TG-------ATATTAAA------GTAAA-ATGT--ATAGAGAAA-C---GG------AT---G-TTAG-AAGGGAAA-TTAA-A-GA-TTTTAATTCTTCATCGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--atttg
gi|16 : -------TA-------ATA----A------ATAAA-ATGT----AGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AGGAAGGGAAA-TTTA-A-GATTTTTAATT-TTCAATGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--cttagtatga
gi|17 : AGTA----T-CT--A-----GTTC----CCAACCA-ACAA-AAGAAGAATTTT-G--TTT--C--GCTAAA-ATACAT------A--T-T--TT------TGATAAT-TG-------ATA----A------G-AAA-ATGT--ATAGAGAAA-CA-TGGTA-ttattttgtaatgatttgtc
gi|18 : att-ATGT--ATAGAGAAA-AA-T---------T---G-T-AG-GAGTGATG-TTAA-A-GA-TTTTAATTTTTCAATGAG-G-A-----TACGAT----TT-TT-
gi|19 : atgatatGAAA-CA-TGGTA-C--GTTACG-T-AG-AAGGGAAA-T-GA-A-GA-TTTTAATTCTACATTGAA-G-A-----T----T----TT-TTGC--GGGTATGgtttgtataattt
gi|2 : TTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCA-GGTTCT-TT--AC-AAACCTA--T------A--T-GA-TT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATA----------------GAGGGACA-TTTATA-GA---TTAATTCTTCATTGAACG-A-----T----TATTATT-TT-T--Gat
gi|20 : ------T-------TC-------ATA----A------GTAAA-ATGT--ATAGAGAA--CA-TGGAA-G--A-----------AAGAGAAA-ATAA-A-GA-ATTAAATTCTTCA-TGAA-tttgtttgctattga
gi|21 : ttgataa-AG-AAGGGAAAATTAA-A-GA-CTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----G----TGAA-TT-TT-T----GTATG
gi|22 : acGGTTTAAAAT-----------------GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----CTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATattag
gi|3 : aTTAA--TA----T-TT--A-----GTTT----C-AACCA-ACAA-TTTAA----TTA-G--TTT-AA--GG-AAA-ACA--T------A--TAT--TT------T-------TGACAATTCATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------G-T-AG-AAGGGCAA-ATAC-A-GA-TTAAAATTCTTCACTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--gac
gi|4 : ggAAATTA----T-CTTAA-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TAA-G--TTTTAT--GC-AAA-ATA--A------AGTT-T--TTGAATCAT-------TG-------ATA----A------GTAA-----T-TATAGAGAAAACAATGGTAAC--AT---GGT-AG-CAGGGAAA-TTTA-AAGA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TG-T--GGGTATctttgtatgatttgtc
gi|5 : aTTAAA-TA----T-TT--A-----CTTTACTTC-AATCAGACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-ATATGC-AAA-ATA---------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATA----A------GTAAA-AT---TATAGAGAAA-CA-TGGTA--------------G-AAAGGAAT-TTTA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTG---G-A-----T----T----TT-TT------GTATG
gi|6 : ----T-TT--A-----GTTC----C-AACCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-TAA-ATA--T------A--T-T--TTTGGTAAT-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATG-A--A--------AC-AAGTGAAA-TTGA-A-GA-TCTTAA---TTCATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--ttgtctta
gi|7 : GATTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-CAGAA----TTA-T--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TC------TGGATAATTG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-AA-GGAGAAA-CA-CGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA----------------AT-CTACATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--AGGTATttatatttggtatgatttg
gi|8 : TA----T-CT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--TCTATATA--T-T--TT------T-------TA-------A------A------GTA----------TAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTTA-A-GA-TTTTATTTCTACATTGAA-A-AGGTTTT----T----TT-TT-T--GGGTATGatatgat
gi|9 : ttGGTTTAGTGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGG-A-C--AT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TTTAAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGATATGatgtc
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 22222222222 111 1111111111111 1111
lowQualScore : 5 6666 2 33 77777 6666 2 2 2 5555 2 33 2 33 2 2 33 777777 5555 55 55555555555555 7777777 22222222222 6 999 2 2 0 8888888888888 2 2 333 4 2 2 2 88888 6666 1111 6 2 444
lowQualScore : . .... . .. ..... .... . . . .... . .. . .. . . .. ...... .... .. .............. ....... ........... . ... . . . ............. . . ... . . . . ..... .... .... . . ...
lowQualScore : 0 1111 9 99 11111 1111 9 7 7 3333 5 44 5 44 5 5 44 222222 1111 99 55555555555555 2222222 44444444444 3 222 0 0 8 7777777777777 0 0 333 0 0 0 1 22222 6666 1111 7 2 111
consensus : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
Reference ( family-1984 ) : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
gi|1 : GTTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCAGG--TTT-TT--AC-AAA-CTA--T------A--A-TGATT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAACATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------A-T-AG-AAGGAATC-TTTA-A-GA-TTTTAATT-TTCATTGAA-G-A-----TA---TTA--TT-TT-T--G
gi|10 : GGTTTAAAGTA----A-TT--ACTATGGTTC----C-AATGA-ACAA-TAAAA----TTA-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------AAA----T------GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-GAA-----T----T----TT-TT-TGGGGGTATGtctttgtttgtatgatttgtct
gi|11 : aGTTTAAAATT----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AA--GC-AAA-ATA--T------A--C-T--TT------T-------TG-------ATA----ATTGAT-ATGAA-ATATGTATAGAGAAG-CA-TGGTA-T--AT---G-C-AG-AAGGGAAA-CGTA-ATGA-TTTTAAATCTTCATTGAA-G-A-----T----T----at
gi|12 : GGTTTAAAGTAATACTATT--G-----GTTC----C-AATGA-ACAAATAAAA----T-A-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A----T--TT------T-------TG-------AAA----AT-----GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-TAAG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-G-AAT---T----T----TT-TT-T--G
gi|13 : a-ACAA-TAGAA----TTA-G--GTT-AT--TT-CAA-ATT--T------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATATTAAA------GTAAT-ATGT--ATTGCGAAA-CA-TGGTA-------------AG-A-TGGAAA-TTCA-A-GA-TTTTAATTCATTGCTCAA-G-A-----T----T----TT-TT-T---TGTATG
gi|14 : ----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--TAT--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGGTA-CATAT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TCTT-----------------------T----T----TC-TT-T--GGGTATGatttgtc
gi|15 : gtTA--T------A--T-T--TT------TGATAT--TG-------ATATTAAA------GTAAA-ATGT--ATAGAGAAA-C---GG------AT---G-TTAG-AAGGGAAA-TTAA-A-GA-TTTTAATTCTTCATCGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--atttg
gi|16 : -------TA-------ATA----A------ATAAA-ATGT----AGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AGGAAGGGAAA-TTTA-A-GATTTTTAATT-TTCAATGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--cttagtatga
gi|17 : AGTA----T-CT--A-----GTTC----CCAACCA-ACAA-AAGAAGAATTTT-G--TTT--C--GCTAAA-ATACAT------A--T-T--TT------TGATAAT-TG-------ATA----A------G-AAA-ATGT--ATAGAGAAA-CA-TGGTA-ttattttgtaatgatttgtc
gi|18 : att-ATGT--ATAGAGAAA-AA-T---------T---G-T-AG-GAGTGATG-TTAA-A-GA-TTTTAATTTTTCAATGAG-G-A-----TACGAT----TT-TT-
gi|19 : atgatatGAAA-CA-TGGTA-C--GTTACG-T-AG-AAGGGAAA-T-GA-A-GA-TTTTAATTCTACATTGAA-G-A-----T----T----TT-TTGC--GGGTATGgtttgtataattt
gi|2 : TTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCA-GGTTCT-TT--AC-AAACCTA--T------A--T-GA-TT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATA----------------GAGGGACA-TTTATA-GA---TTAATTCTTCATTGAACG-A-----T----TATTATT-TT-T--Gat
gi|20 : ------T-------TC-------ATA----A------GTAAA-ATGT--ATAGAGAA--CA-TGGAA-G--A-----------AAGAGAAA-ATAA-A-GA-ATTAAATTCTTCA-TGAA-tttgtttgctattga
gi|21 : ttgataa-AG-AAGGGAAAATTAA-A-GA-CTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----G----TGAA-TT-TT-T----GTATG
gi|22 : acGGTTTAAAAT-----------------GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----CTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATattag
gi|3 : aTTAA--TA----T-TT--A-----GTTT----C-AACCA-ACAA-TTTAA----TTA-G--TTT-AA--GG-AAA-ACA--T------A--TAT--TT------T-------TGACAATTCATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------G-T-AG-AAGGGCAA-ATAC-A-GA-TTAAAATTCTTCACTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--gac
gi|4 : ggAAATTA----T-CTTAA-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TAA-G--TTTTAT--GC-AAA-ATA--A------AGTT-T--TTGAATCAT-------TG-------ATA----A------GTAA-----T-TATAGAGAAAACAATGGTAAC--AT---GGT-AG-CAGGGAAA-TTTA-AAGA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TG-T--GGGTATctttgtatgatttgtc
gi|5 : aTTAAA-TA----T-TT--A-----CTTTACTTC-AATCAGACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-ATATGC-AAA-ATA---------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATA----A------GTAAA-AT---TATAGAGAAA-CA-TGGTA--------------G-AAAGGAAT-TTTA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTG---G-A-----T----T----TT-TT------GTATG
gi|6 : ----T-TT--A-----GTTC----C-AACCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-TAA-ATA--T------A--T-T--TTTGGTAAT-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATG-A--A--------AC-AAGTGAAA-TTGA-A-GA-TCTTAA---TTCATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--ttgtctta
gi|7 : GATTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-CAGAA----TTA-T--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TC------TGGATAATTG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-AA-GGAGAAA-CA-CGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA----------------AT-CTACATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--AGGTATttatatttggtatgatttg
gi|8 : TA----T-CT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--TCTATATA--T-T--TT------T-------TA-------A------A------GTA----------TAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTTA-A-GA-TTTTATTTCTACATTGAA-A-AGGTTTT----T----TT-TT-T--GGGTATGatatgat
gi|9 : ttGGTTTAGTGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGG-A-C--AT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TTTAAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGATATGatgtc
blockSeqs : G ATAC A TA CTATG ACTT C G A GAAT . GT T AT T C CA CTATAT GTT A TGGATAAT ACAATTC ATTGATC T TGT A A CGTTACGT G A TAT T T C A GGTTT ACGA ATTA A G GGG
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . TGATAAT . ATTGAT T CT . . CATATGT . . TA A . . . AT . GAA A . G
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . GAATCAT . TTAAA . CT . . ACATGGT . . CA . . . . . . . A . G
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TGGTAAT . TTAAA . TT . . CATGTA . . TC . . . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . C . GATAAT . AT . TA . . CATGT . . AA . . . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TGATAT . T . TT . . TATGC . . TA . . . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . GATAAT . A . T . . ATGTT . . AA . . . . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . CATGT . . GA . . . . . . . . . G
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . CATGT . . AA . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . CATGT . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . CATGT . . AC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . TGT . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . GA . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . T . A . T . . GT . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . A . T . . AA . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : T . A . T . . . . . TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** A********** CATGT******** **** ****
originalCons : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
finalCons : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATAA----------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTACATGT--------AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 22222222222 111 1111111111111 1111
lowQualScore : 5 6666 2 33 77777 6666 2 2 2 5555 2 33 2 33 2 2 33 777777 5555 55 55555555555555 7777777 22222222222 6 999 2 2 0 8888888888888 2 2 333 4 2 2 2 88888 6666 1111 6 2 444
lowQualScore : . .... . .. ..... .... . . . .... . .. . .. . . .. ...... .... .. .............. ....... ........... . ... . . . ............. . . ... . . . . ..... .... .... . . ...
lowQualScore : 0 1111 9 99 11111 1111 9 7 7 3333 5 44 5 44 5 5 44 222222 1111 99 55555555555555 2222222 44444444444 3 222 0 0 8 7777777777777 0 0 333 0 0 0 1 22222 6666 1111 7 2 111
consensus : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
Reference ( family-1984 ) : GGTTTAAAGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTNA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGGTATG
gi|1 : GTTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCAGG--TTT-TT--AC-AAA-CTA--T------A--A-TGATT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAACATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------A-T-AG-AAGGAATC-TTTA-A-GA-TTTTAATT-TTCATTGAA-G-A-----TA---TTA--TT-TT-T--G
gi|10 : GGTTTAAAGTA----A-TT--ACTATGGTTC----C-AATGA-ACAA-TAAAA----TTA-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------AAA----T------GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-GAA-----T----T----TT-TT-TGGGGGTATGtctttgtttgtatgatttgtct
gi|11 : aGTTTAAAATT----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AA--GC-AAA-ATA--T------A--C-T--TT------T-------TG-------ATA----ATTGAT-ATGAA-ATATGTATAGAGAAG-CA-TGGTA-T--AT---G-C-AG-AAGGGAAA-CGTA-ATGA-TTTTAAATCTTCATTGAA-G-A-----T----T----at
gi|12 : GGTTTAAAGTAATACTATT--G-----GTTC----C-AATGA-ACAAATAAAA----T-A-G--TTT-AT--GC-CAA-ATA--T------A----T--TT------T-------TG-------AAA----AT-----GTAGATCTAC-TATAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-TAAG-AAGGG------------------AATTCTTCATTGAA-G-AAT---T----T----TT-TT-T--G
gi|13 : a-ACAA-TAGAA----TTA-G--GTT-AT--TT-CAA-ATT--T------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATATTAAA------GTAAT-ATGT--ATTGCGAAA-CA-TGGTA-------------AG-A-TGGAAA-TTCA-A-GA-TTTTAATTCATTGCTCAA-G-A-----T----T----TT-TT-T---TGTATG
gi|14 : ----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--TAT--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGGTA-CATAT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TCTT-----------------------T----T----TC-TT-T--GGGTATGatttgtc
gi|15 : gtTA--T------A--T-T--TT------TGATAT--TG-------ATATTAAA------GTAAA-ATGT--ATAGAGAAA-C---GG------AT---G-TTAG-AAGGGAAA-TTAA-A-GA-TTTTAATTCTTCATCGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--atttg
gi|16 : -------TA-------ATA----A------ATAAA-ATGT----AGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AGGAAGGGAAA-TTTA-A-GATTTTTAATT-TTCAATGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--cttagtatga
gi|17 : AGTA----T-CT--A-----GTTC----CCAACCA-ACAA-AAGAAGAATTTT-G--TTT--C--GCTAAA-ATACAT------A--T-T--TT------TGATAAT-TG-------ATA----A------G-AAA-ATGT--ATAGAGAAA-CA-TGGTA-ttattttgtaatgatttgtc
gi|18 : att-ATGT--ATAGAGAAA-AA-T---------T---G-T-AG-GAGTGATG-TTAA-A-GA-TTTTAATTTTTCAATGAG-G-A-----TACGAT----TT-TT-
gi|19 : atgatatGAAA-CA-TGGTA-C--GTTACG-T-AG-AAGGGAAA-T-GA-A-GA-TTTTAATTCTACATTGAA-G-A-----T----T----TT-TTGC--GGGTATGgtttgtataattt
gi|2 : TTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TCA-GGTTCT-TT--AC-AAACCTA--T------A--T-GA-TT------T-------TG-------ATA----ATTGATCATAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATA----------------GAGGGACA-TTTATA-GA---TTAATTCTTCATTGAACG-A-----T----TATTATT-TT-T--Gat
gi|20 : ------T-------TC-------ATA----A------GTAAA-ATGT--ATAGAGAA--CA-TGGAA-G--A-----------AAGAGAAA-ATAA-A-GA-ATTAAATTCTTCA-TGAA-tttgtttgctattga
gi|21 : ttgataa-AG-AAGGGAAAATTAA-A-GA-CTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----G----TGAA-TT-TT-T----GTATG
gi|22 : acGGTTTAAAAT-----------------GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----CTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATattag
gi|3 : aTTAA--TA----T-TT--A-----GTTT----C-AACCA-ACAA-TTTAA----TTA-G--TTT-AA--GG-AAA-ACA--T------A--TAT--TT------T-------TGACAATTCATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TG------------G-T-AG-AAGGGCAA-ATAC-A-GA-TTAAAATTCTTCACTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--gac
gi|4 : ggAAATTA----T-CTTAA-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TAA-G--TTTTAT--GC-AAA-ATA--A------AGTT-T--TTGAATCAT-------TG-------ATA----A------GTAA-----T-TATAGAGAAAACAATGGTAAC--AT---GGT-AG-CAGGGAAA-TTTA-AAGA-TTTTAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TG-T--GGGTATctttgtatgatttgtc
gi|5 : aTTAAA-TA----T-TT--A-----CTTTACTTC-AATCAGACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-ATATGC-AAA-ATA---------A--T-T--TTGATAA-T-------TG-------ATA----A------GTAAA-AT---TATAGAGAAA-CA-TGGTA--------------G-AAAGGAAT-TTTA-A-GA-TTTTAATTCTTCATTG---G-A-----T----T----TT-TT------GTATG
gi|6 : ----T-TT--A-----GTTC----C-AACCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-TAA-ATA--T------A--T-T--TTTGGTAAT-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATG--TATAGAGAAA-CA-TGATG-A--A--------AC-AAGTGAAA-TTGA-A-GA-TCTTAA---TTCATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--ttgtctta
gi|7 : GATTTAAAATA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-CAGAA----TTA-T--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TC------TGGATAATTG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-AA-GGAGAAA-CA-CGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA----------------AT-CTACATTGAA-G-A-----T----T----TTATT-T--AGGTATttatatttggtatgatttg
gi|8 : TA----T-CT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TATAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--TCTATATA--T-T--TT------T-------TA-------A------A------GTA----------TAGAGAAA-CA-TGGTA-C--AT---G-T-AG-AAGGGAAA-TTTA-A-GA-TTTTATTTCTACATTGAA-A-AGGTTTT----T----TT-TT-T--GGGTATGatatgat
gi|9 : ttGGTTTAGTGTA----T-TT--A-----GTTC----C-AATCA-ACAA-TAGAA----TTA-G--TTT-AT--GC-AAA-ATA--T------A--T-T--TT------T-------TG-------ATA----A------GTAAA-ATGT-TATAGAGAAA-CA-TGG-A-C--AT---G-T-AG-AAGGAAAA-TTTC-A-GA-TTTAAATTCTTCATTGAA-G-A-----T----T----TT-TT-T--GGATATGatgtc