lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 444444444444444 11111 333333333333 3333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333 2222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 11 111 6666666666666666666666 111 1 2222222
lowQualScore : 4 9999 66 22 5 444 111111111111111 2 33 7777 5 88888 33 2 55 5 5 222222222222 555 555 555 2 3333333333333333 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 5 55 33333333333333333 7777 555 6666666666666666666666666666666666666 33 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 3 777 4444444 55 44 2 44 888 4 4 7777777777777777777777 999 5 3333333 3 6
lowQualScore : . .... .. .. . ... ............... . .. .... . ..... .. . .. . . ............ ... ... ... . ................ . ................................................................................................................ .. . .. ................. .... ... ..................................... .. . ..................................................................................... .. . ... ....... .. .. . .. ... . . ...................... ... . ....... . .
lowQualScore : 4 4444 11 11 0 444 666666666666666 5 44 8888 0 00000 22 4 66 3 0 333333333333 000 000 444 1 8888888888888888 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 0 44 88888888888888888 1111 888 7777777777777777777777777777777777777 77 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 9 000 2222222 66 11 2 66 888 0 5 8888888888888888888888 777 5 5555555 2 0
consensus : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---A-----------GTG-ACCTT-T--C----AG-T--G--A--CT-GA--AA-GGTCA-----------CT---GAAAG---G---TGAC------TGAATGGATGGTCA-CTTGA-A--ATCATTCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCATCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTACAGTTGTCCAAGTGA-CCA--TT-CA-GTCAAG--T-TT--CAG--TGACC----AT---TCAA-TTA-C------C-T-T--CCAGT------------GACC--AT-TCAGTCCC-C-T---T-----C-A-T-A--------C--CATG-T-ATAG--A-A-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-A-GTG-ACC-A--TTCAGTC---CCCT----TTCAGTG-ACC-NTTCAG-TCACGTTTCAGTGACC--TN--TT------GTCAC-G-TGACC--NTTCAGTTCACG----TTTCAGTGATCTT
Reference ( gi|1 ) : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---A-----------TTGCACCTT-T--C----AG-T--G--A--CT-GA--AA-GATCAC----------CT---GAAAG---G---TGAC-----GTGGATAGATAGTCA-CTTGACAT-ATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGGTG--CCA--TT-CA-GTTAAG--T-TT--CA---TGACC----AT---TCA--TTA-C------C-T-T--CGAGT------------GACC--AT-TCAGTCCC-C-T---T-----C-A-T-A--------C--CATG-T-ATAG--A-A-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-A-GT--ACCGA--TTCAGCC---CCGA----GTCAGTG-ACC-TTTTAG-TCACATTTCGGTGACC--TC--TT------GTCAC-G-TGACC--CTTCAGTTCACA----TATCAGTGATCCT
gi|4 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCAC----------------------------CTT-T--C----AG-T--G--A--CT-GA--AAGGGTCAC----------AT---G-AAG---GTTTTGAC-------GGA---ATGGTCA-CTTG
gi|10 : CACACGGAT----GAAA--TCGCAC-CTTTTC---A------------TG-ACCTT-TTCC----GT-T--G--A---T-GAATAA-GGTCAC----------TG---GAAAA---G---GGAC----------TGAATGGTCA-CTTGAgatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaccattcagttaagattgttcagtgtccattcactacctttcaggtaccatctcagtccctttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|2 : ACA-GGATTTTCGAAACGTCGCAC-TCTTTCTCCA-----------GTG-ACCTT-T--C----AGAT--GG-A--TT-GA--AA-GGTCA------------T---GAAAG---G---TGAC-----TTGAAT---TGGTCA-CTTGA----ATTATTCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCATCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTACAGTTGTCCAAGTG--CCAATTT-C--GTTCAC--C-TT--TAG--TGACC----ATCAGTCAAGTTT-C------C-T-----AAG-------------GACC--AT-TCAGTTTA-C-T-----------A-T-T--------CG-CAAG-T----G--ACC-ATTACAG----TA-CC-CC--TT-A-
gi|15 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---A-----------GTG-ACCTT-T--C----AG-T--GGAA--CT-GA--tcaagtgtacgatgttgttacagaatgtaacaagtgacct
gi|8 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---A-----------GTG-ACCTT-T--C----AG-T--G--
gi|16 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---A-----------GTG---CTT-T--C----AG-T---------T-GA--Agnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttcagtcacctttcagtcaccattccgttaccattcagttcactgaatggcatg
gi|18 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---A-----------GTGct
gi|17 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--TACCTTTC---A-----------
gi|3 : ttttCA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTGGCCTTCAGTTG-ACCTT-T--CC---AG-T--G--A--CT-GA--AA-GGTCA------------T---GAA-G---G---T-AC----------TAAATGGTCAGCCTGAAATGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACCA--TT-CA-GT-AAG--T-TT--CAG--TGACA----CT---TCAG-TTA-C------T-T-T--C-AGT------------GAACTGAT-TCAGTCCC-T-T---T-----C-AGT-GG-------C--CATT-TTATTG--A-A--TTACAG----TG-AC-CT--TT-A-GT--gatcagtgaaag
gi|2 : CACCTTTC---A------------TG-ACCTT-T--C----AA-TCCA--T--CT-GA--AA-GGTCA-----------CTGGAGAAAGAGTG---CGAC-----GTtgc
gi|12 : acaggattttcgaaCACCTTTC---A-----------T-G-ACCTT-T--C----AG-T--TC-A--CT-GA--AA-GGTCA-----------CT---GAAAG---G---TAAacttgaattggtcacttgaattattcgagctcaaaattgcactttttcaatcacctttcagtcaccatccgtacctatcatacagtctattcactgtgatggatttgtgtacagttgtccaagtgccaatttcgttcacctttagtgaccatcagtcaagtttcctaaggaccattcagtttactattcgcaagtgaccattacagtaccccttatcaagtgtacgatgttgttacagaatgtaacaagtgacct
gi|11 : catcCACCTTTC---A-----------TT-TACCTT-T--C----AGTT--C--A--CT-GA--AA-GGTatgaatggtaactgaatgat
gi|13 : caaaggatgaattcgcCACCTTTC---A-----------GTGC-CTTTAT--C----GG-T--G--AGACT-GAT-AA-GGTCAC----------TT---GAAAG---G---T-AC------TGAATGGactggatggtaaatgaatggt
gi|12 : ACCTTTC---A-----------GTG-ACCTT-T--C----AG-T--GA-A--CT-GA--AA-GGTCA------------T---GAAAG---G---TGA-------TGAATGGtccctgaatga
gi|3 : catcttCCTTC---A-----------T-G-ACCTT-T--C----AG-T--C--A--CTGGA--AA-GGTCAA----------CT---GAAGG---taactgaatgat
gi|4 : caggatgaaatcgcacctttcagtggTTC---A-----------TTACATGTC-A--CTGAAAG-G--G--A--CT-GA--GATGGT-AC----------CT---GAAAG---G---TA-------GTGAATGGA----CA-CTGAACA--ATCtactaaatggtcagcctgaaatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaccattcagtaagtttcagtgacacttcagttactttcagtgaactgattcagtccctttcagtggccattttattgaattacagtgacctttagttgc
gi|11 : cacaggatgaaatcgcacctttcagtgactgaaagggtcacatgaaggttttgacggaatggtcacttggatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaccattcagttaa-----------TCGCACCTT-T--C----AG-T--GA-A--CT-GA--AA-GGT-AA----------AT---GAAAG---G---TGAC------TGGATGGttacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|15 : caaaggatgaat-T--C----AG-T--TCCA--CT-GA--AA-GGTCA-----------CT---GAAAG---G---TGtaaatgaatggt
gi|7 : acaggatgaaatcg--G--A--CT-GA--AA-GATCACTATGATTTAACT---GAATG---G---TCACCGAAAGTGATTGGATGGTCA-CT
gi|8 : ccattcagtcccttttc--A--CT-GA--AA-GGTCA-----------CT---GAAAG---G---TGtcatttcagtgtcttttcagagcccattcattcccctttcagtgtcgattcagccaagtttcagtgatcattaagtcaagtttctgtagc
gi|4 : acaggatgaaatcgGTGA-CCA--TT-CA-GTTAAGATTGTT--CAG--TGTCC----AT---TCA--CTA-C------C-T-T--TCAGG------------TACC--ATCTCAGTCCC-T-T---T-----C-AGT-G--------A--CATG-T-A-AT--G-A-ATTACAGT---TG-AC-TCT-TT-T-GT--GCCTA--TTCAGTC---ggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttcagtcacctttcagtcaccattccgttaccattcagttcactgaatggcatg
gi|9 : cacaggatgaaatcgcacctttcagtgactgaaagggtcacatgaaggttttgacggaatggtcacttggatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTGA-CCA--TT-CT-GTCAAG--T-TT--CAG--TAGCCTGGTAT---AGAAGTTA-CAGTGTCC-T-T--TCAGT------------GATC--AT-TCAG-CCC-C-T---T-----CAA-TGA--------C--CAT
gi|7 : accgtgtatagcagttacaatgaccattcggtgaccattcagtcatctgtca--CCA--TT-CA-GTCCCT--T-TT--CAG--TGACC----AT---CCAA-TCA-C------T-T-T--CG-GT------------GACC--AT-TCAGT------TAAAT-----C-A-T-AGTGATCTTT--CA-G-T-CT------C-ATTTCAG----TG-TC-TT--TTCA-GA--GCCCA--TTCATTC---CCCT----TTCAGTG-TCG-ATTCAG-CCAAGTTTCAGTGATC--taagtgaag
gi|5 : --CCA--TTTCATGTCAAA--T-TTTCCGC--TGA------AT---TCA--TGATC------C-T-T--TCA-T------------GCAC--AT-TCAGTCCC-CTT---T-----C-A-TGA--------C--CATT-T-ATAG--A-ACATGACAAGCGTTG-ACATCGTTT-AGGG--ACC-ATTTTCAGTC---CCCCTTTTGTC-GCGCACCATCATA--TC-CATTTCAGTCAC----A--TT------GTTAA-GCTGACCGTTTTCAG-TCACATTGTTATC-GTGATCTattaagtcaagtttctgtagc
gi|12 : CA--TT-CA-GTT------------------ACC----AT---TCA--TCA-C------C-T-T--TCA-T------------GACC--TT-TCAGTTCA-C-T---t
gi|6 : catcttacctttcagtgacctttcA--TT-CA-GTTT-G--T-TT--CA---TGACC----AT---TCAA-TTA-C------T-T-T--C-AGTCCCGCTTTGCCTAACA--AT-TCAGTCAC-C-T---TTCCGGC-A-C-A--------CTTCA-G-T----G--A-C-ACT-CAG----TC-AC-TT--AT-A-GTGGAC--A--TTCAGTCAACTTTA----GTCA------C-GTTTAG-TC---TTTCAGTGACC--A----T------GTCAT---TGACC--ATTCAGTCAACC----TTTCAGTGATCat
gi|3 : tacca--T-TT--CAGGCTGACC----AT---TTA--GTA-C------C-T-T--C--AT------------GACC--TT-TCAGTC
gi|9 : caggatgaaatcgcacctttcagtggccttcagttgacctttccagt---TGACC----AT---TCAG-TCA-T------C-TGT--C-AGT------------GACC--AT-TCTGTCAAGT-T---T-----C-AGT-A--------G--CCTGGT-ATAG--A-A-GTTACAG----TGTCC-TT--TC-A-GTG-ATC-A--TTCAGCC---CC------TTCAATG-ACC-ATTAAG-Ttgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaccattcagtaagtttcagtgacacttcagttactttcagtgaactgattcagtccctttcagtggccattttattgaattacagtgacctttagttgc
gi|13 : accgtgtatagcagttacaatgaccattcggGACC----AT---TCA--GTA-C------CTT-T--CAAGT------------GACC--TTATCAGTCTC-gaag
gi|7 : cacctttcagtgcctttatcggtCC----AT---TCA--GTC-C------C-T-TTTC-AGT------------GACC--AT-CCAATCAC-T-T---T-----CGG-TGA--------C--CAT--T--CAGTTA-A-ATCATAG----TG-A--TC--T---------------TTCAGTC---TCAT----TTCAGTG-TCT-TTTCAGAGCCCA-TTCATT--CC--CC--TT-------TCA--G-TGTCG--ATTCAG-CCAAG----TTTCAGTGATCcctgaatga
gi|8 : A-C------C-T-T--TCAGT------------GACC--TT-TCAGT------------------G-G-N--------N--NNNN-N-NNNN--N-N-NNNNNNN----NN-NN-NN--NN-N-NN--NNNNN--NNNNNNN---NNNN----NNNNNNN-ACC-TTTCAG-TCACCTTTCAGTCACC--------------ATTCC-G-TTACC--ATTCAGTTCACattaagtcaagtttctgtagc
gi|10 : acaggatgaaatcgc-T--CAAGT------------GACC--AT-TCAGTCCC-T-T---T-----tgaatggcatg
gi|3 : cacacggatgaaatcgcaccttttcatgaccttttccgttgatgaataaggtcactgga------------GACC--AT-TCAGTAAG-T-T---T-----C-A------------------G-T----G--A-C-ACTTCAG----TT-AC-TT--TC-A-GTGAACTGA--TTCAGTC---CCT-----TTCAGTG-GCCATTTTAT-TGA-ATTACAGTGACC--TT--TA------GT
gi|9 : caggatgaaatcgcacctttcagtggccttcagttgacctttccagtgactgaaaggtcatgaaggtactaaatggtcagcctgaaatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A--------C--CGTG-T-ATAG--C-A-GTTACAA----TG-AC-CA--TTCG-GTG-ACC-A--TTCAGTC---ATCT----GTCAGTG-ACC-ATTCTG-TCAAGTTTCAGTAGCC--TG--GTATAGAAGTTACAG-TGTCC--TTTCAGTtgc
gi|7 : A--TTCAGTC---CCTT----TTCAGTG-ACC-ATCCAA-TCAC-TTTCGGTGACCATTCAGTTAA----ATCATAG-TGATC--TTTCAG-TCTCA----TTTCAGTGgatcattcagccccttcaatgaccattaagtgaag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111 11 22 1 1111 11 1111 22222222222 111 111 1111 55555555555555555555555 111111 1111 1111 222222222222 111111111 555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 222 3333333 111 111 1 11
lowQualScore : 3 7777 55 55 66 555 1 77777777777 0 99 3 3 00 44 77 8 00 55 1 44 4 0 2222 33 2222 5 55555555555 000 8 000 2 2222 6 8 8 55 99999999999999999999999 4 4 4 888888 3 55 888888 3 5555 0 0 4 0000 000000000000 55 8 4 444 4 777777777 555555555555555555555555555555555555 0 5 5555 5 5 33 5 1 6 99 1 2 3 77777 666 1 8 222 0000000 999 999 7 9 3 88
lowQualScore : . .... .. .. .. ... . ........... . .. . . .. .. .. . .. .. . .. . . .... .. .... . ........... ... . ... . .... . . . .. ....................... . . . ...... . .. ...... . .... . . . .... ............ .. . . ... . ......... .................................... . . .... . . .. . . . .. . . . ..... ... . . ... ....... ... ... . . . ..
lowQualScore : 6 7777 00 66 33 444 5 77777777777 4 22 1 1 44 22 99 0 66 55 1 22 0 2 9999 66 1111 7 00000000000 222 0 000 2 0000 8 0 0 66 33333333333333333333333 4 4 4 888888 6 00 222222 6 4444 9 5 0 7777 555555555555 55 0 0 666 4 444444444 555555555555555555555555555555555555 4 0 6666 0 0 66 7 5 7 22 7 2 2 00000 888 4 0 222 8888888 000 333 3 0 3 33
consensus : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAG----------------------TGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--C---A-GTGACCA-TTCA--G-TTACC-TTT-C-AGT------------GACC--AT-T-CAGT-C-CCC-T---T-----CAG---T-A--------C--CA-T-G----TATAGAA-ATTAC-AG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TTCAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCATTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
Reference ( family-1962 ) : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTGTCCAAG----------------------TGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--C---A-GTGACCA-TTCA--A-TTACC-TTC-C-AGT------------GACC--AT-T-CAGT-C-CCC-T---T-----CA----T-A--------C--CA-T-G----TATAGAA-ATTAC-AG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TTCAGTCCCCTTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACCTNTT--GTCACG-TGACC--NTTCAGTTCACGTT-TCA--GTGATCTT
gi|1 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---ATTGC----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GATCACCTG--AAAGGTGACGT-GGATAGA---TAGTCA--CTT----GACAT-ATCNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNCAAGG----------------------TG-CCA-TT-CA-GTTAAG--T-TT--C---A--TGACCA-TTCA----TTACC-TTC-G-AGT------------GACC--AT-T-CAGT-C-CCC-T---T-----CA----T-A--------C--CA-T-G----TATAGAA-ATTAC-AG----TG-AC-TC--TT-AGT-ACCGA--TTCAGCCCCGAGTCAGT-G---ACCTTTTA-GTCACATTTCGGTGACCTCTT--GTCACG-TGACC--CTTCAGTTCACATA-TCA--GTGATCCT
gi|10 : CACACGGAT----GAAA--TCGCAC-CTTTTC---A-TG-----------ACCTTTTCC-GT-TG--A---TGAATAA-GGTCAC-TGGAAAAGG-GAC-T-GA----A---TGGTCA--CTT----GA-
gi|11 : CAAA-GGAT----GAAT--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------A----------------A--CTGA--AA-GGTAAA-TG--AAAGGTGAC-T-GGATGG
gi|12 : ACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGA-A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGA--T-GAATGGtaaatgaatggt
gi|12 : catctt-TT--C---A-GTTACCA-TTC---A-TCACC-TTT-C-A-T------------GACC--TT-T-CAGT-T-CAC-T---taactgaatgat
gi|13 : catcttacctttcagtgacctttcCACCTTTC---AGTG------------CCTTTATC-GG-TG--AGACTGAT-AA-GGTCACTTG--AAAGGT-AC-T-GAATGGtgat
gi|13 : -TT--C---A-GGGACCA-TTCA--G--TACC-TTT-CAAGT------------GACC--TTAT-CAGT-C-TCtccctgaatga
gi|15 : cacctttcagtgcctttatcggtACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGGAA--CTGA--tga
gi|16 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-------------CTTT--C-AG-T-------TGA--A
gi|17 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--TACCTTTC---A--G-----------A----T--C-AG-TG--A--ct
gi|18 : ttttACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-----------aag
gi|2 : ACA-GGATTTTCGAAACGTCGCAC-TCTTTCTCCAGTG-----------ACCTTT--C-AGATGG-A--TTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGAC-TTGAAT------TGGTCA--CTT----GA-A---TTAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTGTCCAAGTGCCAATTTCGTTCACCTTTAGTGACCA-T--CA-GTCAAG--T-TT--CCTAA-G-GACCA-TTCA--GTTTACTATTCGCAAGT------------GACC--AT-TACAGTAC-CCC-TTA-T-----CAAGTGT-A--------C--GA-T-GTTGTTACAGAATGTAACAAG----TG-AC-
gi|3 : CA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTGGCCTTCAGTTGACCTTT--CCAG-TG--A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AA-GGT-AC-T-AAATGG-------TCAG-CCT----GA-A--ATGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNN----------------------NGACCA-TT-CA-GT-AAG--T-TT--C---A-GTGACAC-TTCA--G-TTA-C-TTT-C-AGT------------GAACTGAT-T-CAGT-C-CCT-T---T-----CAG---TGG--------C--CATT-T----TATTG-A-ATTAC-AG----TG-AC-CT--TT-AGTct
gi|4 : CACA-GGAT----GAAA--TCGC---------------------------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGGGTCACATG--AAGGTT--T-T-GACGGAA---TGGTCA--CTT----GG-A--tgc
gi|4 : -AG-GG--A--CTGA--GATGGTACC-TG--AAAGGT-AG-T-GAATGGACACTGAACAATCTTAACTGA-ATGGTCAC----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNGATCATCCAAG----------------------TGACCA-TT-CC-GTCAAAACC-TT--C---ATGTGACCCTTTCA--G-TCACtgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaccattcagttaagattgttcagtgtccattcactacctttcaggtaccatctcagtccctttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|4 : cacaggatgaaatcgcacctttcaAG----------------------TGACCA-TT-CA-GTTAAGATTGTT--C---A-GTGTCCA-TTCA----CTACC-TTT-C-AGG------------TACC--ATCT-CAGT-C-CCT-T---T-----CAG---T-G--------A--CA-T-G----TA-ATGA-ATTAC-AGT---TG-AC-TCT-TT-TGTGCCT-A--TTCAGTCttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|5 : cacaggatgaaatcgcacctttcagtgactgaaagggtcacatgaaggttttgacggaatggtcacttggatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCA-TTTCATGTCAAA--T-TTTCC---G-CTGA--A-TTCATGA-T--CC-TTT-C-A-T------------GCAC--AT-T-CAGT-C-CCCTT---T-----CA----TGA--------C--CA-T-T----TATAGAACATGAC-AAGCGTTG-ACATCGTTT-AGGGACC-ATTTTCAGTCCCCCTTTTGTCGCGCACCA-TCATATC-CATTTCAGTCAC--ATT--GTTAAGCTGACCGTTTTCAG-TCACATTGTTATCGTGATCTT
gi|6 : ACCAATT-CA-GTTT-G--T-TT--C---A--TGACCA-TTCA--A-TTACT-TTC---AGTCCCGCTTTGCCTAACA--AT-T-CAGT-C-ACC-T---TTCCGGCA----C-A--------CTTCA---G----T---GAC-ACT-C-AG----TC-AC-TT--AT-AGTGGAC-A--TTCAGTCAACTTT-AGT-C---AC-GTTTA-GTC---TTTCAGTGACCA--T--GTCAT--TGACC--ATTCAGTCAACCTT-TCA--GTGATCt
gi|7 : tCCA-TT-CA-GTCCCT--T-TT--C---A-GTGACCA-TCCA--A-TCA-C-TTT-C-GGT------------GACC--AT-T-CAGT-------TAAAT-----CA----T-AGTGATCTTT--CA---G----TCT---C-ATTTC-AG----TG-TC-TT--TTCAGAGCCC-A--TTCATTCCCCTTTCAGT-G---TCGATTCA-GCCAAGTTTCAGTGATC-ATTAAGTCAAG-T
gi|8 : ACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-T---------------GGNNNN-NN--NNNNNNNNN-N-NNNNNNN---NNNNNN--NNN----NN-N--NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNAC---CTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCATTCCGT---TACCATTCAG----TTCACTG-AATGGttctgtagc
gi|9 : TGTATAGCAG-TTA--CAA-----------------------TGACCA-TT-CG-GT--------------------GACCA-TTCA--G-TCATC-TGT-C-AGT------------GACC--AT-T-CTGT-CAAGT-T---T-----CAG---T-A--------G--CC-TGG----TATAGAA-GTTAC-AG----TGTCC-TT--TC-AGTGATC-A--TTCAG--CCCCTTCAAT-G---ACCATTAA-GTcatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111 11 22 1 1111 11 1111 22222222222 111 111 1111 22222222 1 222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 11111 111 111 111 1 11
lowQualScore : 3 7777 55 55 66 555 1 77777777777 0 99 3 3 00 44 77 8 00 55 1 44 4 0 2222 33 2222 5 55555555555 000 8 000 1 2222 6 8 8 4 0 1 4 4 4 66666666 55 77 3 1 66 222222222222222222 55 8 333333333333333333333333333333333333333333333 5 88888888888888 5 5 66 5 1 1 66666 44 6 777 777 8 111 999 999 7 3 88
lowQualScore : . .... .. .. .. ... . ........... . .. . . .. .. .. . .. .. . .. . . .... .. .... . ........... ... . ... . .... . . . . . . . . . ........ .. .. . . .. .................. .. . ............................................. . .............. . . .. . . . ..... .. . ... ... . ... ... ... . . ..
lowQualScore : 6 7777 00 66 33 444 5 77777777777 4 22 1 1 44 22 99 0 66 55 1 22 0 2 9999 66 1111 7 00000000000 222 0 000 0 0000 8 0 0 8 2 4 4 4 4 66666666 00 33 6 1 55 333333333333333333 55 0 888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111111111111 0 0 99 0 7 0 77777 77 7 000 222 0 888 000 333 3 3 33
consensus : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CA-GTGACCA-TTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CAGT-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
Reference ( family-1962 ) : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CA-GTGACCA-TTCAGTTA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CAGT-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCATTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
gi|1 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---ATTGC----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GATCACCTG--AAAGGTGACGT-GGATAGA---TAGTCA--CTT----GACAT-ATCNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNCAAGGTG-CCA-TT-CA-GTTAAG--T-TT--CA--TGACCA-TTCA-TTA-CCTTCG---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CA-T-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGT-ACCGA--TT-CAGCCCCGAGTCAGT-G---ACCTTTTA-GTCACATTTCGGTGACCTCTT--GTCACG-TGACC--CTTCAGTTCACATA-TCA--GTGATCCT
gi|10 : CACACGGAT----GAAA--TCGCAC-CTTTTC---A-TG-----------ACCTTTTCC-GT-TG--A---TGAATAA-GGTCAC-TGGAAAAGG-GAC-T-GA----A---TGGTCA--CTT----GA-
gi|11 : CAAA-GGAT----GAAT--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------A----------------A--CTGA--AA-GGTAAA-TG--AAAGGTGAC-T-GGATGG
gi|11 : ACC-A--TT-CATTTACCATCCAGT-C---ACCTTTCA-TTTACCTTTCAGT--TC-ACT--GAAAGG-TGtaaatgaatggt
gi|12 : caaaggatgaattcgACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGA-A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGA--T-GAATGG
gi|12 : catctt-TT--CA-GTTACCA-TTCA-TCA-CCTTTC---A-T------------GACC--TT-TCAGTT------------CAC-Ttaactgaatgat
gi|13 : catcttacctttcagtgacctttcCACCTTTC---AGTG------------CCTTTATC-GG-TG--AGACTGAT-AA-GGTCACTTG--AAAGGT-AC-T-GAATGGtgat
gi|13 : -TT--CA-GGGACCA-TTCAG-TA-CCTTTCA--AGT------------GACC--TTATCAGTC------------TCtccctgaatga
gi|15 : cacctttcagtgcctttatcggtACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGGAA--CTGA--tga
gi|16 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-------------CTTT--C-AG-T-------TGA--A
gi|17 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--TACCTTTC---A--G-----------A----T--C-AG-TG--A--ct
gi|18 : ttttACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-----------aag
gi|2 : ACA-GGATTTTCGAAACGTCGCAC-TCTTTCTCCAGTG-----------ACCTTT--C-AGATGG-A--TTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGAC-TTGAAT------TGGTCA--CTT----GA-A---TTAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTGTCCAAGTGCCAA-TT-TC-GTTCAC--C-TT--TA-GTGACCA--TCAGTCA-AGTTTCCTAAG-------------GACC--AT-TCAGTT-----------------------T-AC----TA-T-----------TCGCA------------------AGTGACC-A--TTACAGTACCCCTT
gi|3 : CA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTGGCCTTCAGTTGACCTTT--CCAG-TG--A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AA-GGT-AC-T-AAATGG-------TCAG-CCT----GA-A--ATGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNGACCA-TT-CA-GT-AAG--T-TT--CA-GTGACAC-TTCAGTTA--CTTTC---AGT------------GAACTGAT-TCAGTC------------CCT-TT--CAGTGGC----CATT-TTATTG-A-ATTACAG----TG-AC-CT--TT-AGTatcaagtgtacgatgttgttacagaatgtaacaagtgacct
gi|4 : CACA-GGAT----GAAA--TCGC---------------------------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGGGTCACATG--AAGGTT--T-T-GACGGAA---TGGTCA--CTT----GG-A--tgc
gi|4 : -AG-GG--A--CTGA--GATGGTACC-TG--AAAGGT-AG-T-GAATGGACACTGAACAATCTTAACTGA-ATGGTCAC----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNGATCATCCAAGTGACCA-TT-CC-GTCAAAACC-TT--CATGTGACCCTTTCAGTCA-Ctgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaccattcagttaagattgttcagtgtccattcactacctttcaggtaccatctcagtccctttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|4 : cacaggatgaaatcgcacctttcaAGTGACCA-TT-CA-GTTAAGATTGTT--CA-GTGTCCA-TTCA-CTA-CCTTTC---AGG------------TACC--ATCTCAGTC------------CCT-TT--CAGT-GA----CA-T-GTA-ATGA-ATTACAGT---TG-AC-TCT-TT-TGTGCCT-A--TT-CAGTCttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|5 : cacaggatgaaatcgcacctttcagtgactgaaagggtcacatgaaggttttgacggaatggtcacttggatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCA-TTTCATGTCAAA--T-TTTCCG-CTGA--A-TTCA-TGATCCTTTC---A-T------------GCAC--AT-TCAGTC------------CCCTTT--CATG-AC----CA-T-TTATAGAACATGACAAGCGTTG-ACATCGTTT-AGGGACC-ATTTT-CAGTCCCCCTTTTGTCGCGCACCA-TCATATC-CATTTCAGTCA-C-ATT--GTTAAGCTGACCGTTTTCAG-TCACATTGTTATCGTGATCTT
gi|6 : ACCAATT-CA-GTTT-G--T-TT--CA--TGACCA-TTCAATTA-C-TTTC---AGTCCCGCTTTGCCTAACA--AT-TCAGTC------------ACC-TTTCCGGC-ACACTTCA---GT---GAC-ACT-CAG----TC-AC-TT--AT-AGTGGAC-A--TT-CAGTCAACTTT-AGT-C---AC-GTTTA-GTC---TTTCAGTGACC-AT---GTCAT--TGACC--ATTCAGTCAACCTT-TCA--GTGATCt
gi|7 : tCCA-TT-CA-GTCCCT--T-TT--CA-GTGACCA-TCCAATCA--CTTTC---GGT------------GACC--AT-TCAGTTAAATCATAGTGATCT-TT--CAGT-CT----CA-T-----------TT-CAG----TG-TC-TT--TTCAGAGCCC-A--TT-CATTCCCCTTTCAGT-G---TCGATTCA-GCCAAGTTTCAGTGATC-ATTAAGTCAAG-T
gi|8 : ACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-T---------------GGNNNN-NN--NNNNNNNNN-N-NNNNNNN---NNNNNN--NNN----NN-N--NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNAC---CTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCATTCCGT---TACCATTCAG----TTCACTG-AATGGttctgtagc
gi|9 : TGTATAGCAG-TTA--CAA-TGACCA-TT-CG-GT-----------------GACCA-TTCAGTCA-TCTGTC---AGT------------GACC--AT-TCTGTCA-----------AGT-TT--CAGT-AG----CC-TGGTATAGAA-GTTACAG----TGTCC-TT--TC-AGTGATC-A--TT-CAG--CCCCTTCAAT-G---ACCATTAA-GTcatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111 11 22 1 1111 11 1111 22222222222 111 111 1111 22222222 222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 11111 111 111 111 1 11
lowQualScore : 3 7777 55 55 66 555 1 77777777777 0 99 3 3 00 44 77 8 00 55 1 44 4 0 2222 33 2222 5 55555555555 000 8 000 1 2222 6 8 8 4 0 1 4 4 4 66666666 55 77 3 8 5 66 222222222222222222 55 8 333333333333333333333333333333333333333333333 5 88888888888888 5 5 66 5 1 1 66666 33 6 777 777 8 111 999 999 7 3 88
lowQualScore : . .... .. .. .. ... . ........... . .. . . .. .. .. . .. .. . .. . . .... .. .... . ........... ... . ... . .... . . . . . . . . . ........ .. .. . . . .. .................. .. . ............................................. . .............. . . .. . . . ..... .. . ... ... . ... ... ... . . ..
lowQualScore : 6 7777 00 66 33 444 5 77777777777 4 22 1 1 44 22 99 0 66 55 1 22 0 2 9999 66 1111 7 00000000000 222 0 000 0 0000 8 0 0 8 2 4 4 4 4 66666666 00 33 6 8 7 55 333333333333333333 55 0 888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111111111111 0 0 99 0 7 0 77777 55 7 000 222 0 888 000 333 3 3 33
consensus : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CA-GTGACCA-TTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CAGT-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
Reference ( family-1962 ) : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CA-GTGACCA-TTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CAGT-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
gi|1 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---ATTGC----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GATCACCTG--AAAGGTGACGT-GGATAGA---TAGTCA--CTT----GACAT-ATCNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNCAAGGTG-CCA-TT-CA-GTTAAG--T-TT--CA--TGACCA-TTCA-TTA-CCTTCG---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CA-T-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGT-ACCGA--TT-CAGCCCCGAGTCAGT-G---ACCTTTTA-GTCACATTTCGGTGACCTCTT--GTCACG-TGACC--CTTCAGTTCACATA-TCA--GTGATCCT
gi|10 : CACACGGAT----GAAA--TCGCAC-CTTTTC---A-TG-----------ACCTTTTCC-GT-TG--A---TGAATAA-GGTCAC-TGGAAAAGG-GAC-T-GA----A---TGGTCA--CTT----GA-
gi|11 : CAAA-GGAT----GAAT--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------A----------------A--CTGA--AA-GGTAAA-TG--AAAGGTGAC-T-GGATGG
gi|11 : ACC-A--TT-CATTTACCATCCAGT-C---ACCTTTCA-TTTACCTTTCAGT--TC-ACT--GAAAGG-TGtaaatgaatggt
gi|12 : caaaggatgaattcgACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGA-A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGA--T-GAATGG
gi|12 : catctt-TT--CA-GTTACCA-TTCA-TCA-CCTTTC---A-T------------GACC--TT-TCAGTT------------CAC-Ttaactgaatgat
gi|13 : catcttacctttcagtgacctttcCACCTTTC---AGTG------------CCTTTATC-GG-TG--AGACTGAT-AA-GGTCACTTG--AAAGGT-AC-T-GAATGGtgat
gi|13 : -TT--CA-GGGACCA-TTCAGT-A-CCTTTCA--AGT------------GACC--TTATCAGTC------------TCtccctgaatga
gi|15 : cacctttcagtgcctttatcggtACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TGGAA--CTGA--tga
gi|16 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-------------CTTT--C-AG-T-------TGA--A
gi|17 : ACA-GGAT----GAAA--TCG--TACCTTTC---A--G-----------A----T--C-AG-TG--A--ct
gi|18 : ttttACA-GGAT----GAAA--TCG--CACCTTTC---AGTG-----------aag
gi|2 : ACA-GGATTTTCGAAACGTCGCAC-TCTTTCTCCAGTG-----------ACCTTT--C-AGATGG-A--TTGA--AA-GGTCA--TG--AAAGGTGAC-TTGAAT------TGGTCA--CTT----GA-A---TTAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTGTCCAAGTGCCAA-TT-TC-GTTCAC--C-TT--TA-GTGACCA--TCAGTCA-AGTTTCCTAAG-------------GACC--AT-TCAGTT-----------------------T-AC----TA-T-----------TCGCA------------------AGTGACC-A--TTACAGTACCCCTT
gi|3 : CA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTGGCCTTCAGTTGACCTTT--CCAG-TG--A--CTGA--AA-GGTCA--TG--AA-GGT-AC-T-AAATGG-------TCAG-CCT----GA-A--ATGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNGACCA-TT-CA-GT-AAG--T-TT--CA-GTGACAC-TTCAGTTA--CTTTC---AGT------------GAACTGAT-TCAGTC------------CCT-TT--CAGTGGC----CATT-TTATTG-A-ATTACAG----TG-AC-CT--TT-AGTatcaagtgtacgatgttgttacagaatgtaacaagtgacct
gi|4 : CACA-GGAT----GAAA--TCGC---------------------------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGGGTCACATG--AAGGTT--T-T-GACGGAA---TGGTCA--CTT----GG-A--tgc
gi|4 : -AG-GG--A--CTGA--GATGGTACC-TG--AAAGGT-AG-T-GAATGGACACTGAACAATCTTAACTGA-ATGGTCAC----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNGATCATCCAAGTGACCA-TT-CC-GTCAAAACC-TT--CATGTGACCCTTTCAGTCA-Ctgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaccattcagttaagattgttcagtgtccattcactacctttcaggtaccatctcagtccctttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|4 : cacaggatgaaatcgcacctttcaAGTGACCA-TT-CA-GTTAAGATTGTT--CA-GTGTCCA-TTCACT-A-CCTTTC---AGG------------TACC--ATCTCAGTC------------CCT-TT--CAGT-GA----CA-T-GTA-ATGA-ATTACAGT---TG-AC-TCT-TT-TGTGCCT-A--TT-CAGTCttcagtgacatgtaatgaattacagttgactcttttgtgcctattcagtc
gi|5 : cacaggatgaaatcgcacctttcagtgactgaaagggtcacatgaaggttttgacggaatggtcacttggatgatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCA-TTTCATGTCAAA--T-TTTCCG-CTGA--A-TTCA-TGATCCTTTC---A-T------------GCAC--AT-TCAGTC------------CCCTTT--CATG-AC----CA-T-TTATAGAACATGACAAGCGTTG-ACATCGTTT-AGGGACC-ATTTT-CAGTCCCCCTTTTGTCGCGCACCA-TCATATC-CATTTCAGTCA-C-ATT--GTTAAGCTGACCGTTTTCAG-TCACATTGTTATCGTGATCTT
gi|6 : ACCAATT-CA-GTTT-G--T-TT--CA--TGACCA-TTCAATTA-C-TTTC---AGTCCCGCTTTGCCTAACA--AT-TCAGTC------------ACC-TTTCCGGC-ACACTTCA---GT---GAC-ACT-CAG----TC-AC-TT--AT-AGTGGAC-A--TT-CAGTCAACTTT-AGT-C---AC-GTTTA-GTC---TTTCAGTGACC-AT---GTCAT--TGACC--ATTCAGTCAACCTT-TCA--GTGATCt
gi|7 : tCCA-TT-CA-GTCCCT--T-TT--CA-GTGACCA-TCCAATCA--CTTTC---GGT------------GACC--AT-TCAGTTAAATCATAGTGATCT-TT--CAGT-CT----CA-T-----------TT-CAG----TG-TC-TT--TTCAGAGCCC-A--TT-CATTCCCCTTTCAGT-G---TCGATTCA-GCCAAGTTTCAGTGATC-ATTAAGTCAAG-T
gi|8 : ACA-GGAT----GAAA--TCGCAC--CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-T---------------GGNNNN-NN--NNNNNNNNN-N-NNNNNNN---NNNNNN--NNN----NN-N--NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNAC---CTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCATTCCGT---TACCATTCAG----TTCACTG-AATGGttctgtagc
gi|9 : TGTATAGCAG-TTA--CAA-TGACCA-TT-CG-GT-----------------GACCA-TTCAGTCA-TCTGTC---AGT------------GACC--AT-TCTGTCA-----------AGT-TT--CAGT-AG----CC-TGGTATAGAA-GTTACAG----TGTCC-TT--TC-AGTGATC-A--TT-CAG--CCCCTTCAAT-G---ACCATTAA-GTcatg
blockSeqs : C TTTC CG CA AC TCC G GCCTTCAGTTG TC C A GA GA AT G CT GA G C T ACAC AT AACT . ATGATCNNN ACT T ACC A TCTA T G A T C A T T TAAGATTG TC TG T G C TC AGTCCCGCTTTGCCT TG A AAATCATAGTGATCTTTCAGTCTCAT G GCGTTGACATCGT C . TT A A C CGCGC CT T ACC GAC . TAA AGC GTT T G TC
blockSeqs : . . . CA AC . G . AT . . A . T T CA . G C . A G . . TGGTCAC NNN . NNN N NNNN N . . N A . . . CAAAACC . G . G C C CTAAG . C CCCTTTCATGACCATTTATAGAAC A TTGACTCT . . . . C T C CA . AAG GAT . T GG A . . .
blockSeqs : . . . CA AC . G . . . . G . . . C . G C . A . . . NNNNN NNN . NNN N NNNN N . . T A . . . TCACC . G . G T C AAGT . . ACCTTTCCGGCACACTTCAGTGAC A TGTCCTT . . . . C C C GA . CA CA . T AG
blockSeqs : . . . CA AC . G . . . . . . . . A . G C . N . . . TTAT . . . T . . . . . A . . . CAAAT . G . G C A AGT . . AAGTTTCAGTAGCCTGGTATAGAA A TGACCT . . . . T C G CA . . T . . T
blockSeqs : . . . CA AC . G . . . . . . . . C . N C . . . . . A . . . CCCTT . G . C G C AGG . . CCTTTCAGTGGCCATTTTATTGA A TCACTT . . . . T . G G .
blockSeqs : . . . CA C . G . . . . . . . . N . . T . . . . . A . . . AAGT . G . A T C GGT . . CCTTTCAGTGACATGTAATGA . TGTCTT . . . . C
blockSeqs : . . . C T . G . . . . . . . . . . . G . . . . TTGT . C . A C C AGT . . TACTAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . N . . . . . . G . G C T AT . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : C* *********** C* C* TGATCAT**** G* CCTTTCAGTGGCCATNTCATGA***********************
originalCons : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACACCTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-A--ATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CA-GTGACCA-TTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTC------------CCC-TT--CAGT-AC----CA-T-GTATAGAA-ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
finalCons : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACC-CTTTC---AGTG-----------ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AA-GGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGA---TGGTCA--CTT----GA-ATGATCAT----TCGAGCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAG-TTATCCAAGTGACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CAG-TGACCA-TTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGTCCCTTTCAGTGGCCATNTCATGA-----------------------ATTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TT-CAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 11 11 22 11111111111 1111 2222222222222222 111 1111 22222222 111 2222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11 11111 111 111 111 1 11
lowQualScore : 3 7777 55 66 6666666666 6666 555 3 44 00 3 3 22 55 88 22 66 5 88888888888 99 2 5555 5 5 8 1 8888888888888888 8 000 1 2222 6 8 6 9999 3 5 5 5 66666666 66 8 9 5 222 888 5555555555555 66 5 5 777777777777777777777777777777777777777777777 5 3 5555 55 5 11 5 5 77 0 3 1 66666 33 6 777 777 8 111 999 999 7 3 88
lowQualScore : . .... .. .. .......... .... ... . .. .. . . .. .. .. .. .. . ........... .. . .... . . . . ................ . ... . .... . . . .... . . . . ........ .. . . . ... ... ............. .. . . ............................................. . . .... .. . .. . . .. . . . ..... .. . ... ... . ... ... ... . . ..
lowQualScore : 6 7777 00 77 3333333333 5555 444 1 22 00 6 6 33 00 66 33 11 1 99999999999 55 1 6666 7 9 0 6 4444444444444444 0 000 0 0000 8 0 8 0000 2 0 0 0 00000000 99 8 6 4 000 888 8888888888888 99 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999 0 2 6666 22 0 99 0 7 99 1 7 0 77777 55 7 000 222 0 888 000 333 3 3 33
consensus : CACA-GGAT----GAAA--TCGCAC-C---------CTT----TC---AGT-G-ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGATGGTCA-CTTGA----A-TGATCA-TTNGA-GCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAGTTGTCCAAGT-GACCA-TT-CA-GTTAAG--T-TT--CAGTGACCATTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGT-CA-----------C-CT-TTC---AGTGGC-CATNT-TA-T-GA--A-TTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TTCAGTCCCCNTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
Reference ( family-1962 ) : CACA-GGAT----GAAA--TCGCAC-C---------CTT----TC---AGT-G-ACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGGTCAC-TG--AAAGGTGAC-T-GAATGGATGGTCA-CTTGA----A-TGATCA-TTCGA-GCTCAAAATTGCACTCTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTACCATNCAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAGTTATCCAAGT-GACCA-TT-CA-GTCAAG--T-TT--CAGTGACCATTCAGTCA-CCTTTC---AGT------------GACC--AT-TCAGT-C------------C-CT-TTC---AGTGGC-CATNT-CA-T-GA--A-TTACAG----TG-AC-TC--TT-AGTGACC-A--TTCAGTCCCCCTTCAGT-G---ACCNTTCA-GTCACGTTTCAGTGACC-ATT--GTCANG-TGACC--NTTCAGTTCACATT-TCA--GTGATCCT
gi|1 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCACAC---------CTT----TC---ATT-GCACCTTT--C-AG-TG--A--CTGA--AAGATCACCTG--AAAGGTGACGT-GGATAGATAGTCA-CTTGAC---A-T-ATCN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNCAAGGT-G-CCA-TT-CA-GTTAAG--T-TT--CA-TGACCATTCA-TTA-CCTTCG---AGT------------GACC--AT-TCAGT-C------------C-CC-TTC---A-TA-C-CATGTATA-G-AA--A-TTACAG----TG-AC-TC--TT-AGT-ACCGA--TTCAGCCCCGAGTCAGT-G---ACCTTTTA-GTCACATTTCGGTGACCTCTT--GTCACG-TGACC--CTTCAGTTCACATA-TCA--GTGATCCT
gi|10 : CACACGGAT----GAAA--TCGCAC-C---------TTT----TC---A-T-G-ACCTTTTCC-GT-TG--A---TGAATAAGGTCAC-TGGAAAAGG-GAC-T-GA----ATGGTCA-CTTGA----
gi|11 : CAAA-GGAT----GAAT--TCGCA--C---------CTT----TC---AGT-G-A----------------A--CTGA--AAGGTAAA-TG--AAAGGTGAC-T-GGATGG
gi|11 : ACC-A--TTCATTTACCATCCAGT-C---ACCTTTCA-TTTACCTTTCAGT--TC-ACT--GAAAGG-TGtaaatgaatggt
gi|12 : caaaggatgaattcg-C---------CTT----TC---AGT-G-ACCTTT--C-AG-TGA-A--CTGA--AAGGTCA--TG--AAAGGTG-------ATGAATGGTAA-C-TGA----A-TGAT
gi|13 : catctta-C---------CTT----TC---AGT-G--CCTTTATC-GG-TG--AGACTGAT-AAGGTCACTTG--AAAGGT-AC-T-GA----ATGGTC--CCTGA----A-TGA
gi|15 : caACA-GGAT----GAAA--TCGCAC-C----------TT----TC---AGT-G-ACCTTT--C-AG-TGGAA--CTGA--
gi|16 : ACA-GGAT----GAAA--TCGCA--C---------CTT----TC---AGT-G---CTTT--C-AG-T-------TGA--A
gi|17 : ACA-GGAT----GAAA--TCGTAC-C---------TTTCAGATC---AGT-G-Act
gi|18 : ttttACA-GGAT----GAAA--TCGCA--C---------CTT----TC---AGT-G-aag
gi|2 : ACA-GGATTTTCGAAACGTCGCAC-T---------CTT----TCTCCAGT-G-ACCTTT--C-AGATGG-A--TTGA--AAGGTCA--TG--AAAGGTGAC-TTGAAT---TGGTCA-CTTGA----A-T---TA-TTCGA-GCTCAAAATTGCACTTTTTCAATCACCTTTCAGTCACCA-TCCGTACCTATCATACAGTCTATTCACTGTGATGGATTTGTGTA-CAGTTGTCCAAGT-GCCAA-TT-TC-GTTCAC--C-TT--TAGTGACCA-TCAGTCA-AGTTTCCTAAG-------------GACC--AT-TCAGT-T------------TACTATTCGCAAGTGAC-C--------------A-TTACAG----TA-CC-CC--TT-A
gi|3 : CA-GGAT----GAAA--TCGCAC-CTTTCAGTGGCCT----TC---AGTTG-ACCTTT--CCAG-TG--A--CTGA--AAGGTCA--TG--AA-GGT-AC-T-AAATGG----TCAGCCTGA----AATGATCN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACCA-TT-CA-GT-AAG--T-TT--CAGTGACACTTCAGTTA-C-TTTC---AGT------------GAACTGAT-TCAGT-C------------C-CT-TTC---AGTGGC-CATTT-TATT-GA--A-TTACAG----TG-AC-CT--TT-AGTtcaagtgtacgatgttgttacagaatgtaacaagtgacct
gi|4 : CACA-GGAT----GAAA--TCGCAC-C------------------------------TTT--C-AG-TG--A--CTGA--A-------------AGGGTCAC-----ATGAA-GGTT---TTGACGGAA-TGGTCACTTGGATGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNA-GT-GACCA-TT-CA-GTTAAGATTGTT--CAGTGTCCATTCACT-A-CCTTTC---AGG------------TACC--ATCTCAGT-C------------C-CT-TTC---AGTGA--CATGT-AA-T-GA--A-TTACAGT---TG-AC-TCT-TT-TGTGCCT-A--TTCAGTCtgc
gi|5 : CCA-TTTCATGTCAAA--T-TTTCCGCTGA--ATTCA-TGATCCTTTC---A-T------------GCAC--AT-TCAGTCC------------C-CT-TTC---A-TGAC-CATTT--A-TAGAACA-TGACAAGCGTTG-ACATCGTTT-AGGGACC-ATTTTCAGTCCCCCTTTTGTCGCGCACCA-TCATATC-CATTTCAGTCA-C-ATT--GTTAAGCTGACCGTTTTCAG-TCACATTGTTATCGTGATCTT
gi|6 : ACCAATT-CA-GTTT-G--T-TT--CA-TGACCATTCAATTA-C-TTTC---AGTCCCGCTTTGCCTAACA--AT-TCAGT-CA-----------C-CT-TTC-----CGGCACACTT-CAGT-GAC-A-CT-CAG----TC-AC-TT--AT-AGTGGAC-A--TTCAGTCAACTTT-AGT-C---AC-GTTTA-GTC---TTTCAGTGACC-AT---GTCAT--TGACC--ATTCAGTCAACCTT-TCA--GTGATCt
gi|7 : tCCA-TT-CA-GTCCCT--T-TT--CAGTGACCATCCAATCA-C-TTTC---GGT------------GACC--AT-TCAGT-TAAATCATAGTGAT-CT-TTC---AGT-------CT-CA-T-------TT-CAG----TG-TC-TT--TTCAGAGCCC-A--TTCATTCCCCTTTCAGT-G---TCGATTCA-GCCAAGTTTCAGTGATC-ATTAAGTCAAG-T
gi|8 : ACA-GGAT----GAAA--TCGCAC-C----------TT----TC---AGT-G-ACCTTT--C-AG-TG--G--NNNN--NNNNNNNN-NN--NNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNN-NNNNN----N-NNNNNN-NNNNN-AC-------------CTTTCAGTCACCTTTCAGTCACCATTCCGT---TACCATTCAG----TTCACTG-AATGGttctgtagc
gi|9 : TGTATAGCAGTTA--CAA-T-GACCA-TT-CG-GT----------------GACCATTCAGTCA-TCTGTC---AGT------------GACC--AT-TCTGT-CA-----------A-GT-TTC---AGTAGC-C-TGG-TA-TAGA--AGTTACAG----TGTCC-TT--TC-AGTGATC-A--TTCAG--CCCCTTCAAT-G---ACCATTAA-GTcatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTTCAGT