lowQualScore : 44444 1 3333333 11 111111 111111111 2222 111 11 22222222222 22222 2222 333333333333333333333 1 22222222222 222222222222 22222222222 111 222222222 444444 22222222 333 11 22222222222 111 111 111 11111 2222 111 999999999999999999999999999999999999999 111 444444444444444444444444444444444 22222222 1 111
lowQualScore : 4 4 99 4 4 4 2 4 4 1 4 11111 4 1 4 4 2 5 2 66 1111111 1 88 111111 666666666 3 99999 3 3 2 0000 3 888 777 3 77 88888888888 77777 777 4 4 55 4 4 55 55 55 4 0000 4 77 4 2 4 44 4 222222222222222222222 88 4 66 1 4 11111111111 66 88 555555555555 5 55555555555 000 77 3 555555555 77 11 5 333333 5 5 00000000 7 111 99 99 8 8 0 8 8 3 11 3 11111111111 5 444 0 444 111 66666 6 0000 111 6 6 888888888888888888888888888888888888888 444 2 999999999999999999999999999999999 44444444 6 5 3 99 6 6 6 000 1
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . ..... . . . . . . . .. ....... . .. ...... ......... . ..... . . . .... . ... ... . .. ........... ..... ... . . .. . . .. .. .. . .... . .. . . . .. . ..................... .. . .. . . ........... .. .. ............ . ........... ... .. . ......... .. .. . ...... . . ........ . ... .. .. . . . . . . .. . ........... . ... . ... ... ..... . .... ... . . ....................................... ... . ................................. ........ . . . .. . . . ... .
lowQualScore : 4 3 66 2 4 4 2 4 4 1 4 11111 4 1 4 4 1 6 7 11 0000000 4 99 555555 000000000 6 11111 6 6 5 5555 6 333 333 6 77 33333333333 11111 000 0 0 55 0 0 55 55 55 0 1111 4 33 7 4 4 99 4 000000000000000000000 66 4 11 0 4 11111111111 11 44 666666666666 0 44444444444 000 99 0 666666666 99 66 7 444444 7 7 77777777 4 444 22 22 0 0 8 0 0 8 99 8 99999999999 6 000 8 000 777 77777 3 8888 777 7 7 555555555555555555555555555555555555555 222 2 000000000000000000000000000000000 22222222 7 0 7 22 7 7 7 111 7
consensus : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCC-AAATCG-A-TTTTCGATTCA-CAA-CNGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGTACAAG------TTAT---------CTATTCACTTCC-TTCAA-----C-TTTTTAACGGC-GCTTCTGATTGGCTAC--AAAAC-GTC--CAA--TCAAC-ACTTTAG-G--------CACTAAAAC----AAAC---AA-G-ATGG--AGG-AG-CAT--GATGAC--A--AT-CCGGTGCTCAA---AGATCCTC-CN-AAGCCAATTAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-ATTTT---GG-TTT--AG--A-TAGGTA-GTAAAAG-A--TAAGAAAACA-TG-----------TCAGT--CTT-GATT------------T-GATTATTC--CT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAA--NTCTT--GTAA-T--AT--A-AG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATAA-ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNT--CTC--AATCT---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----AGAAANT----TA---TG-A-TC---ATTTAATCCAGTC-AA---TG---TTGT-------TAGAATNT-ATTTTTGTT---TN---ATA-----AT-T-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGTTTG-A-GTA--ATGATGATTATGACTGAAAGTA
Reference ( gi|4 ) : GTGCAA-CGATTCACTGCA-GCGCATCG-A-AAACCGCAATTCTGCC-AGCC-AA-TC--A-TTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTAGGTTTGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGAATACAAG------TTAT---------CTATTCACTTCC-TTCAA-----C-TTTTTAACGGC-GCTTCTGATTGGTTAC--CAAAC-GTT--CAT--TCAAC-ATGTTAA-G--------CACTAAAAC----CAAC---AA-G-ATGG--AGG-AG-TAT--GATGAC--A--AT-CCAGTGCTCAA---TGATCCTC-CC-AAGCCAATTAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-ATTTT---GA-TTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAACA-TG-----------TCAGT--CTT-AATT------------T-GATTATTT--CT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAA--ATCTT--GTAA-T--ATTAA-AG-TGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAATATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-ACCAATCTTTCAAAATTT-TCT--CTC--AGTCT---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----AGAAACT----TA---TG-A-TA---ATTCAATCCAGTC-AA---TG---TTGTG------TAGAATAT-ATTCTTGTT---TT---ATA-----AT-T-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTATCTG--TAG-TGTTTG-A-GTA--ATGATGATTATGACTGAAAGTA
gi|2 : GTGCAAGCGAT---CTGCAAGCGCATCG-A-AAACCGCTAT-CTGCCGAGCC-AA-TC--A-TTT-CGATTCAACAAACTGAGCA--TTAGGTTTGGTTCA---T------TATAAAAGAATATAATGAATACAAG------TTAT---------CTATTCACTGTC-TCTAAAACTGC-TTTTTAACGGC-GCT-CTGAT--GTTACGTCAAAC-GTTGTCATCGTCAACGATGTTA-----------CACTATAAC----CAACTCAAA-G-ATGG--AGG-CG-TAT--GACGAC--ATAATTCCAGTGCTCAAACATGATTCTCTCC-GAGCCAATTAAATGACAAAGAGAGG-AGT-ATTT----GA-TT---AA--A-TAG-TATATAAAAG-A--TAAGAGAACAATG-----------TCAGT--CTT-AATT------------TTGATTATCTTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAA---TCTTTGGTAAAT--ATTAA-AGATGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAAGATAAAGGAACA--ATT--GATTTGGAATAATCACC-CTGAAACTATTCACA-CTCAAATACCAA--TTTCAAATTTT-GCT--CTC--AG-CT---GAGTTAA---TTTGA-AGT---TAC-----AGAAACT----TA---TGAA-TA-----TCAATCCAGTCAAA---TG---TTGTG------TAGAATATAATTCTTGTT---TT---AT------AT-T-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTAT-TG--TAG-TG-TTG-A-GTAGTATGA-GA-TAT-ACTG-AAGTA
gi|3 : gGTGCAA-CGATTCAC-GCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTGAC-AGCC-AAATCG-A-ACCTCGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGTACAAG------TTAT---------CTATTCACTTCCTTTCAA-----C-TTTTTAACGGCGGTTTTTGATTGAATA---CAAAC-G-T--CAA--TAAAC-ACTTTAG-T--------CACT-AAAC----AGAC---AA-G-ATGG--AGG-AGCTAT--GATGAC--A--AT-CCAGTGCTCAA----GTTCCTC-CG-AAGCCAATT-AAT-ACAAAGAGAGGG--------T---AA-TTT--------CGGCTA-GT-AAAG-A--TAAGAAATCA-TG-----------TCAGT--TTT-GATT------------T-GAT--------T-----TGTGTTAA---TGA--TTT-CC--GAAG--TTCTT--GTAA-T------A-AG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATGAT---AAGGAACAATATT--GA-CTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-T--CACCCCAGA-GCTAATCTTTTAAGATTT-GAT---TT--AATCTACAGAGTC-----TCTGGTAGTATCTAAATTCTAGAAGTTTCTCTAGTCTG-AGTT---ATTTGAT--AGTT-AA---AGAATTTATGAAATTTTAAAATTT-ATTTTTG-----TA---ATA-----A----AG----CC--TAA--------TTA-ATA-TATTTG--TAATTGTTTT-A-GTG--GTGGTGATTATGACTGAAAGTAa
gi|6 : agGTGCAA-CGATTCACAGCT-GTGCATCG-A-TAACCGCAATTCTGTC-AGCC-AAATC--AATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCAGTTTAGTTCA--AT-------ATAAAAGAGTATAATGTGTACAAG------TTAT---------CTATTCACGTCC-TTCAA-----C-CTTTTAACGGC-ATTTCTGATTGGTTAC--AAAAC-GTC--CAA--TCAAC-ACTTCAT-G--------CACAAAAAC----AAAC---AA-G-ATGG--AGG-AG-CAT--GATGAC--A--AT-CCGGTACTCAA---AGATCCTC-CA-AAGCCAATTAAAT-ACGAAGAGAGGGTGT-ATTTT---GGTTTT--AG--A-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAACA-TGTCGCTCTTGAATCAGTTACTT-GATC------------T-GATTATTC--CTTGGAGTGGACTAAATGTAAATTTTACT---AAA--CTCTG--GTAA-TACATGTA-AG-TGTC--------ATCAAGTTGTTAACATGGATATA--ATAAAGGAACA--ATT--Gaatgttgaataa
gi|5 : gGTGCAA-CGATTCACCGTT-GTACACCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-GTCC-AAATCGAA-TCTT-GATTCA-CAA-CAGAGCAAATTTGATTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGTACAAG------TTAT---------GTATTCACTTCT-TTCAT-----C-TTTTTAACGGT-GGTTCTGGTTAGCTAC--AAAAT-GTC--CAA--TAAAC-ACTTTAG-T--------CACTAAAACAATTAAAC---AT-G-ATGG--AGG-AG-TAT--GATGAC--A--AT-CCAGTGCTCAA---TGTTCCTC-TG-AAGCTATATAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-ATTTT---G--TT-------A-T---TA---AAAAA-A--TAAGAAATCA-TG-----------TCAGT--CTT-GATT------------T-GATTATTC--CT-----TGGGTTAA---TGA--ATTTCT--G-AA--GTCTT--GTAA-T------A-AG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATA--ATAAAGGAACA--TTTTGGA-CAGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACC-CAGA-GCCAATCATTCAA
gi|7 : GTGCAG-CGATTCACTGCG-ATGCATCG-A-AAACCGCGATTATGTC-ACCC-AAATCG-A-TTTTCGATTCA-CAA-CTGAGGAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGTACAAG------TTAT---------CTATTCACGTTC-TTCAA-----C-TTTTTAACGGC-GCTTCTGATTGGTTAC--ACAAC-GTC--CAA--TCAAC-AC-TTAAGG--------CACTAAAAC----AAAC---AA-G-ATGG--AGG-AG-CAT--GATGAC--A--AC-CCGGTACTCAA---AAATCCTC-CA-AAGCCAATTAAAT-ACAAAGAAAGGGAGT-ATTTT---GGTTTT--AG--A-TAGGTA-ATAAAAT-A--TAAGAAAACA-TG-----------TCACT--CTTGAATCAGTTACTTGATAT-GATTATTC--CT-----TGGgt
gi|10 : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTTGC-AGCCAAA-TCG-A-TTCTCGGTTCA-CGA-TGGAGCAAATTCGGTTCGGTTCG--AT------T---CACGAATAAAATATGTACTAC------TTAT---------CTATTTTTCTTC-TTCAA-----TATTTTCAACGGC-CTCTGTGATTGGCTAA--GAAAC-GTC--CAA--TCAAA-A--TCAA-GAT------TGCTAAAAC----AAAC---AATGTATGG--AGGCAG-T------TGACAGA--AT-CCCGTTCTCAG---AGATCCCC-CTAAAACCA--TCGGT-CGAAAGTGTGGGAATGATTTC---GG-GTA--AAGGA-AAAGT--GTGAAAG-A--CCAGACAACC-TG-----------TAAGT--
gi|17 : gGTGCAA-TGATTCACTGTG-ATGTATCATATAAACCACAATTTTTTC-AGCT-GA-TTCAA-TTCTCAATTCA-CAA-GTGAGCAAATTTGGTTCTGTTCA--A-------TATAAAATGTTAAAACATGTACATG------TTAT---------ATATtatgt
gi|1 : GCAA-CGATTC--T-TA-ATGCATCA-A-AAACTACAATTCTATC-AGCC-AAATCGAA-TCTT-GCTTCA-CAA-CGGAAGAAATTCTATTCAGTTCACCATACCGGGTATAA--GAATAAAATGTGTACAAT------GTAT---------CTATTTACTTCC-TTCAA-----C-TTTTCAACGGC-GCCTTTGGTTGAATA---GAAACTGTC--CAA--TCAAC-GCTTTGG-G--------CACTAAAAC----AAAC---AA-G-ATAG--AGG-GA-CAT--GATGTC--A--AT-CCAGTGCTCAA---AGACCCTC-CC-AAGTAACTTGAAT-CCAACAAATGGTAGT-CTTTT---GG-TTTTGAG--ATTATATA-GTAAAAA-AATTAAGA-AATA-TG-----------CAAGT--TTT-GTTT------------T-GATTAC-------------ACCCAA---TAA--TGTGTT--G-CA--ATCTT--AC-A-T--ATGAAGAG-TGTT--------AACAAGTGTTTAACGTCAATa
gi|13 : GCAA-TGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCAGCC-A----AA-TCG-A-TTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATT-----CGGTTCA--AT-------GTAAAAGAATATAATGTGTACAAG------TTAT---------CTATTCACTTCC-TTCAA-----C-TTTTTAACGGC-GCTTCTGATTGGTTAC--AAAAC-GTC--CAA--TCAAC-ACTTTAG-G--------CACTAAAAC----cttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttatagttgaagaaattatatcatatgaaatcagtctagtcaagaatgttaattttttgttcatttctgataatttagatatcaataaaatgttatttctatattatctgtagtgtttgtatataatgatgattatgaataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|21 : TAAAAGAAGAAAATGTGTACAAGAAGTATCTATTAACTTCTACTATTTACTTCC-TTTTA-----C--CTTTAATGGC-ATATCTTATTGGCTAa
gi|16 : TTCACTT------AA-----C-TTTCTAACAGC-GCCTCTGATTGGCTAG--AAAAC-GTC--CAA--TCAGC-ATG-TAA-GTCATCGCATATTGTGAC----AAAC---AA-G-ATAGCCAGG-AG-CATCATATAAC--A--AT-TCGGTgaaaatatc
gi|9 : ttaag-TTCA--------TTTCCAACGGC-GCTTCTGATTGGCTCG--TAAAC-GTC--CAT--TCAAT-AT-TTAG-GT-------CAC-AAAACAAGTTAAC---AA-G-ATGA--AGG-AG-CAT--GGCAAC--T--AC-CTATTGC--------------C-CC-ACGTCACTTA------------------T-ATCTT---AA-T--------A-T--GTA-CTAAAAGTA--TAGGA-AACA-T-------------------------TT------------T-GATTATTT-------------CCAA---TGA--TGTGCTACGGTATCAGCTT--G----T--GTT-G-AG-TGTC--------AATAAGTGGTaaaaaaaattcaataaaaaaaa
gi|8 : aaaatgtgtttataattatctttccttaagtttcattgtaatAC--AAAAC-GTC--CAA--TCAAA-ACGTTAG-G--------CACTAAAAC----AAAC---AA-G-ATGG--AGG-AG-CAT--GATAAG--A--AT-CCATAGCTCAA---CGATCCTC-CC-AAACCAATTGATT-ACGAAAAGAGGAAGT-ATTTTTTGGT-TTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAATA-TG-----------TCAGT--TTT-GATT------------T-GATCATTC--CT-----TGGGCTAA---TAT--TTTGCT--G-AA--ATCTT--GTAA-T------A-AG-TGTCACTAACTGACTAAGTGATTAACATGAACATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATAATCACTCAAA-TA-TCACACCTCCAA-agtcagactagcatttggaatttgcatgtaattcattgattttcttatcactaatttctaaatgttttaaagttagatagctgaaagaatcgctgtctatcattga
gi|11 : AACA--ATT--GA-TTGGCTT-ATCATCACTGAAA-TG-TCACACCTCTAA-GCCAACCTGTCAAGATTT-gatatgtatttaatccactaagtctctggtatcattaatctaatgtctagaagtttttct
gi|11 : AAA-TCTAATTTCTAGAAATTTCTCCAACTTGAAATCT---GAGTTAA---TGTTATAAT---TAA-----AACAAAT----TA---TG-A-TC---ATTTAATCCAGTC-CA---TG---TTGTT------TAGAATGT-ATTCTTGTT---TA---ATATTTTGAT-TATG----CG--TAA--------TTC-ATATTGTCTG--TAG-TGTTTA-A-GTA--ATGATGATTACGACTGAAAGTAgtatttaatctattgagtctctggtattataaatctaatttctagaaatttctccaacttgaaatctgagttaatgttataattaaaacaaattatgatcatttaatccagtccatgttgtttagaatgtattcttgtttaatattttgattatgcgtaattcatattgtctgtagtgtttaagtaatgatgattacgactgaaagtaaaatgttaaataataa
gi|12 : aacaattgattggcttatcatcactgaaatgtcacacctctaagccaacctgtcaagatttgtatttaatctattgagtctctggtattatAGAAGTT-TGT--CCA--AGTCT---GAGCTAA---TTTGATAGT---TAA-----AGAAATT----TA---TG-A-TC---ATTT-------------------------------TAAAATCT-ATTTTTG-----TA---ACA-----A----TG----CC--TAA--------TTC-ATATCATTTG--TAG-TGTTTG-A-GTA--GTGGTGATTATG-TTGAAaaatgttaaataataa
gi|14 : -TTT--CTC--AAGCT---GAAGTAAATATTTGATAAT---TAA-----AGAAAAT----TA---TG-A-TC---ATTT-------------------------------TAGAATGT-ATTAATTTT---TT---GTA-----ATAA-TG----CC--TAA--------TTC-ATATCATCTGTATAG-TGTTTG-A-GTA-----ATGATTATGATTGAAAGTAtaatatagcttctattcaaataatcaaatcggtaataaccgaatcgaatgtcaaaaatcggaattgagacgaattgaaaagtttgtgaatcgttgcagct
gi|1 : agtttctggtatcatatgcatatacctaaattctagaagATAGT---TGA-----AGAAATTA---TA---TC-A-TATGAAATCAGTCTAGTC-AAGAATG---TT------------AAT----TTTTTGTTCATTTCTGATA-----AT-T-TAGATATCAATAAAATGTTATTTCTATATTATCTG--TAG-TGTTTGTATATA--ATGATGATTATGAaattttgaataat
gi|19 : gcaacgattcttaatgcatcaaaaactacaattctatcagccaaatcgaatcttgcttcacaacggaagaaattctattcagttcaccataccgggtataagaataaaatgtgtacaatgtatctatttacttccttcaacttttcaacggcgcctttggttgaatagaaactgtccaatcaacgctttgggcactaaaacaaacaagatagagggacatgatgtcaatccagtgctcaaagaccctcccaagtaacttgaatccaacaaatggtagtcttttggttttgagattatatagtaaaaaaattaagaaatatgcaagttttgttttgattacacccaataatgtgttgcaatcttacatatgaagagtgttaacaagtgtttaacgtcaatcttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttTA--ATGATGAATATGACTGAAAGTAataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTATCTGGGGTGTTTGTGTATGACGATGGTTATTGAAAGTAAATGTTGATTAACCGAGTTACAGCCAATAAAAAAATCGAATCGAAAAAAGCCTTGCCGAATCGAATGTTTGAAAGCGAGCGAATCGAAAAACTCGTAAATCGTTGC
Unaligned ( gi|18 ): TTGTGTATGCTGATTATGATTGAAAGTAAATGTGGAATAACCAAGTCATTATTCAAGTAATCAAATGATGGAATCGAATGCCTAAAATGGAGATAGAGTCAAATCGAAAAGTGTGAATCGTTGC
Unaligned ( gi|20 ): TAAATAATAAAGTTCCTATTCAAATGATTGAATCAAAAATAGCCGAATCCAATGTCAAAAATCAAAATTCAAAATCGAGTTGAATCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCAGCTCT
Unaligned ( gi|22 ): AAATAATTTAAATTGAATGTTCGAAAATTTGAAATTGGAGTCAAATCGAAAGTTTGTAAATCGTGGCAGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCGTTGCGGCTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TANAATCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCGG
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111111 11111 11111111 1111111111 11111111111 11111 11111111 11111 1 4444444444444 11111111 333 11111111 1111111 11111 111 33333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222222222222222222222 11111111 11
lowQualScore : 4 6 4 4 4 1 4 3 1 4 4 1 0 44444444444 0 44 44 88888 333333333 3 3 88888 3 22222 44 3 1 0 777 44 44 3 33 22222222 44 999999999 666 3 3 55 3 55 55 3 55 2 8888 1 4 4 55 11 1 4 777 0 8 55 7777777777 4 6 99 4 55 1 4 99999999999 55 55555 66666666 66 11111 888 66 1 66 2 5 66 66 0000000000000 5 88888888 1 000 77 77 6 6 6 6 1 5 1 666 55555555 1 1111111 22222 333 66666666666 5 0000 888 2 7777 00000000000000000000000000000000000000000000 777 666 44444444444444444444444444444 66 88888888 5 1 0 66 4 9999 555 11 777
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . ........... . .. .. ..... ......... . . ..... . ..... .. . . . ... .. .. . .. ........ .. ......... ... . . .. . .. .. . .. . .... . . . .. .. . . ... . . .. .......... . . .. . .. . . ........... .. ..... ........ .. ..... ... .. . .. . . .. .. ............. . ........ . ... .. .. . . . . . . . ... ........ . ....... ..... ... ........... . .... ... . .... ............................................ ... ... ............................. .. ........ . . . .. . .... ... .. ...
lowQualScore : 0 4 0 0 0 4 0 4 2 0 0 0 7 33333333333 5 66 66 33333 333333333 3 3 33333 3 99999 66 3 0 8 444 22 66 3 33 55555555 66 222222222 444 6 6 00 6 00 00 6 00 5 0000 1 0 0 00 88 3 0 000 7 0 55 5555555555 0 6 55 0 55 1 0 00000000000 55 66666 11111111 11 11111 888 99 4 99 0 6 99 99 8888888888888 0 11111111 0 555 99 99 7 7 7 7 7 7 7 777 77777777 4 0000000 99999 888 22222222222 9 6666 888 5 2222 66666666666666666666666666666666666666666666 555 000 88888888888888888888888888888 99 11111111 0 8 9 11 4 4444 777 00 000
consensus : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAA-T--CTT--GT-AATA----T-A-AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATAT-A-ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAATNT-ATTCTTGTT------TAATA-----ATT-T-G----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
Reference ( family-1901 ) : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CNGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-GTAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAANT--CTT--GT-AATA----T---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATAA-ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AATC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAATNT-ATTTTTGTT------TNATA-----ATT-T-G----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|1 : GCAA-CGATTC---TTA-ATGCATCA-A-AAACTACAATTCTATC-AGCCAAATCGAATCTTGCTTCA-CAA-CGGAAGAAATTCTATTCAGTTCACCATACCGGGTATAA--GAATAAAATGTGT--ACAAT--GTATCTATTT-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTC--AACGGC-GCCTTTGGTTGAATAGA--AACTGT--CCA--ATCAAC-GCTTTGG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATAG--AGGGAC-AT--GATGTC--A-A--TCCAGTGCTCAAA---GACC-CTC-C-CAAGTAACTTGAAT-CCAACAAA---TGGTAGT-C--TTTTGG-TTTTGA--GATTATATA-GTAAAAA-AATTAAG-AAAT-ATG-----------CAAGT--TTTGT-----TT--------TGATTA--CAC-----------CCAA---TAA--TGTGTT--GCAA-T--CTT--AC--ATA----TGAAGAG-TGTT--------AACAAGTGTTTAACGTCAAT
gi|1 : ATAGT---TGA-----------AGAAA-T----TA---T-A-TC-ATATGAAATC--AGTCT-AGTC-A--------AGA---AT---GT-T-A--AT----TTTTTGTTCATTTCTGATA-----ATT-T-AGATATCAATAAAATGTTATTTCTATATTATCTG--TAG-TGT----TTGTATATA--ATGA---TGATTATGActtgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttatagttgaagaaattatatcatatgaaatcagtctagtcaagaatgttaattttttgttcatttctgataatttagatatcaataaaatgttatttctatattatctgtagtgtttgtatataatgatgattatgaataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|10 : gcaacgattcttaatgcatcaaaaactacaattctatcagccaaatcgaatcttgcttcacaacggaagaaattctattcagttcaccataccgggtataagaataaaatgtgtacaatgtatctatttacttccttcaacttttcaacggcgcctttggttgaatagaaactgtccaatcaacgctttgggcactaaaacaaacaagatagagggacatgatgtcaatccagtgctcaaagaccctcccaagtaacttgaatccaacaaatggtagtcttttggttttgagattatatagtaaaaaaattaagaaatatgcaagttttgttttgattacacccaataatgtgttgcaatcttacatatgaagagtgttaacaagtgtttaacgtcaatcttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttGTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTTGC-AGCCAAATCGATTCTCGGTTCA-CGA-TGGAGCAAATTCGGTTCGGTTCG--AT------T---CACGAATAAAATATGT--ACTAC--TTATCTATTT-----TTCTT---------C-TT-CAA-----TATT-----TTC--AACGGC-CTCTGTGATTGGCTAAG--AAACGT--CCA--ATCAAA-A--TCAA-----GATT--GCTAAAAC----A----AAC---AATGTATGG--AG--GC-A---GTTGACAGA-A--TCCCGTTCTCAGA---GATC-CCC-CTAAAACCA--TCGGT-CGAAAGTG---TGGGAATGA--TTTCGG-GTA--AAGGA-AAAGT--GTGAAAG-A--CCAGACAAC-CTG-----------TAAGT--ataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|11 : gAACA--ATT--GA-TTGGCTT-ATCATCACTGAAA-TG-TCACACCTCTAA-GCCAACCTGTCAAGATTTGTAT----TT--AATCTATT---GAGTC-----TCTGGTATTA--TAAATCTAATTTCTAGAAATT----TC---T---CCAAC------TTGAAATCTGAGTT-A--------ATG---TTATAAT-T-AAAACAA-AT-----TA------TGATC-----ATT-TAA----TC--CAG--------TCC-ATGTTGTTTA--GAA-TGTATTCTTG-T-TTA--AT-ATTTTGATTATGtatgt
gi|11 : AAA-TCTAATTTCTAGAAATTT-CTCCAACTTGAAATC---T---GAGTTAA---TGTTATAAT---TAA-----------AACAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-C--------ATG---TT---GT-TTAGAATGT-ATTCTTGTT------TAATATTTTGATTAT-G----CG--TAA--------TTC-ATATTGTCTG--TAG-TGT----TTA-A-GTA--ATGA---TGATTACGACTGAAAGTAcgtaattcatattgtctgtagtgtttaagtaatgatgattacgactgaaagtaaaatgttaaataataa
gi|12 : aacaattgattggcttatcatcactgaaatgtcacacctctaagccaacctgtcaagatttgtatttaatctattgagtctctggtattatAGAAGTT-TGTC---CA--AGTC---T---GAGCTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAATT----TA---TGA-TC-AT------TT------------------------------------T-AAAATCT-ATTTTTGT--------AACA-----AT----G----CC--TAA--------TTC-ATATCATTTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--GTGG---TGATTATG-TTGAAaaatgttaaataataa
gi|13 : GCAA-TGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTC-----AGCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTC-----A--AT-------GTAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----taatatagcttctattcaaataatcaaatcggtaataaccgaatcgaatgtcaaaaatcggaattgagacgaattgaaaagtttgtgaatcgttgcagct
gi|14 : -TTTC---TC--AAGC---T---GAAGTAAATATTTGATAAT---TAA-----------AGAAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT------T-AG---A--------ATG----T---AT-T---AAT----TTTTTG--------TAATA-----A---T-G----CC--TAA--------TTC-ATATCATCTGTATAG-TGT----TTG-A-GTA-----A---TGATTATGATTGAAAGTA
gi|15 : agtttctggtatcatatgcatatacctaaattctagaagTATTATCTG--GGG-TGT----TTG-T-GTATGACGA---TGGTTAT---TGAAAGTAaattttgaataat
gi|16 : TTC-----ACTT----------------AA-----C-TT-----TCT--AACAGC-GCCTCTGATTGGCTAGA--AAACGT--CCA--ATCAGC-ATGTAAGTCATCG--CATATTGTGAC----A----AAC---AA-G-ATAGCCAGGAGC-ATCATATAAC--A-A--TTCGGTaatgttgattaaccgagttacagccaataaaaaaatcgaatcgaaaaaagccttgccgaatcgaatgtttgaaagcgagcgaatcgaaaaactcgtaaatcgttgc
gi|17 : ttaagGTGCAA-TGATTCACTGTG-ATGTATCATATAAACCACAATTTTTTC-AGCTGATTCAATTCTCAATTCA-CAA-GTGAGCAAATTTGGTTCTGTTCA--A-------TATAAAATGTTAAAACATGT--ACATG--TTATATATaaaaaaaattcaataaaaaaaa
gi|19 : TA--ATGA---TGAATATGACTGAAAGTAa
gi|2 : GTGCAAGCGAT---CTGCAAGCGCATCG-A-AAACCGCTAT-CTGCCGAGCCAA-TCA--TTTCGATTCAACAAACTGAGCA--TTAGGTTTGGTTCA---T------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTGT---------C-TC-TAAAACTGC-TT-----TTT--AACGGC-GC-TCTGAT--GTTACGTCAAACGTTGTCATCGTCAACGATGTTA---------C--ACTATAAC----C----AACTCAAA-G-ATGG--AGGCGT-AT--GACGAC--ATAATTCCAGTGCTCAAACATGATT-CTCTC-CGAGCCAATTAAATGACAAAGAG---A-GGAGT-A--TTT--G-ATT--A--AA-TA-GTATATAAAAG-A--TAAGAGAACAATG-----------TCAGT--CTTAAT----TT--------TGATTATCTTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAA-T--CTTTGGTAAATA----TTA-AAGATGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAAGATAAAGGAACA--ATT--GATTTGGAATAATCACC-CTGAAACTATTCACA-CTCAAATACCAA--TTTCAAATTTT-GCTC---TC--AG-C---T---GAGTTAA---TTTGA-AGT---TAC-----------AGAAACT----TA---TGA----ATA-----TC--AATCC-AGTCAA--------ATG---TT---GTGT-AGAATATAATTCTTGTT------TTAT------ATT-T-G----TC--TAA--------TTC-ATAGTAT-TG--TAG-TG-----TTG-A-GTAGTATGA----GA-TAT-ACTG-AAGTAaaatgctagatgataaagttcctacttctaataatcgaatagaaaataaccaaatcgaattgaaatcaagttgaatcgaatagtttgtgaatcattgca
gi|21 : gTAAAAGAAGAAAATGTGT--ACAAGAAGTATCTATTA-----ACTTCTACTATTTAC-TT-C-------C-TTTTACCTTT--AATGGC-ATATCTTATTGGCTAGA--AAATAT--Ca
gi|3 : GTGCAA-CGATTCAC-GCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTGAC-AGCCAAATCGAACCTCGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--A-------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------CTTT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGCGGTTTTTGATTGAATAC---AAACGT---CA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACT-AAAC----A----GAC---AA-G-ATGG--AGGAGCTAT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTC-AA---GTTC-CTC-C-GAAGCCAATT-AAT-ACAAAGAG---AGG--GTAA--TTTCGG-C--------------TA-GT-AAAG-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGAT--------T-----TGTGTTAA---TGA--TTT-CC--GAAGTT--CTT--GT-A--A----T---AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATAT-G-AT-AAGGAACAATATT--GA-CTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-T--CACCCCAGA-GCTAATCTTTTAAGATTT-GAT----TT--AATC---TACAGAGTC-----TCTGGTAGTATCTAAATTCT------AGAAGTTTCTCTAGTCTGAGTT-AT------TT--GAT---AGTT-AAAGAATTTATGAAATT----T-T-AAAATTT-ATTTTTG--------TAATA-----A---A-G----CC--TAA--------TTA-ATA-TATTTG--TAATTGT----TTT-A-GTG--GTGG---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|4 : agGTGCAA-CGATTCACTGCA-GCGCATCG-A-AAACCGCAATTCTGCC-AGCCAA-TC-ATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTAGGTTTGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACC--AAACGT--TCA--TTCAAC-ATGTTAA-----G--C--ACTAAAAC----C----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GATC-CTC-C-CAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGA-TTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAC-ATG-----------TCAGT--CTTAA-----TT--------TGATTA--TTTCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAAAT--CTT--GT-AATA----TTA-AAG-TGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAATATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-ACCAATCTTTCAAAATTT-TCTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAACT----TA---TGA-TA-AT------TC--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GTGT-AGAATAT-ATTCTTGTT------TTATA-----ATT-T-G----TC--TAA--------TTC-ATAGTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTAaatgttgaataa
gi|5 : GTGCAA-CGATTCACCGTT-GTACACCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-GTCCAAATCGAATCTTGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTTGATTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATGTATTC-----ACTTC---------T-TT-CAT-----C-TT-----TTT--AACGGT-GGTTCTGGTTAGCTACA--AAATGT--CCA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACTAAAACAATTA----AAC---AT-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GTTC-CTC-T-GAAGCTATATAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTT-G-TT-------A-T---TA---AAAAA-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGTTAA---TGA--ATTTCT--G-AAGT--CTT--GT-A--A----T---AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATAT-A-ATAAAGGAACA--TTTTGGA-CAGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACC-CAGA-GCCAATCATTCAA
gi|6 : GTGCAA-CGATTCACAGCT-GTGCATCG-A-TAACCGCAATTCTGTC-AGCCAAATCAATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCAGTTTAGTTCA--AT-------ATAAAAGAGTATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTC---------C-TT-CAA-----C-CT-----TTT--AACGGC-ATTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTCAT-----G--C--ACAAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTACTCAAA---GATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACGAAGAG---AGGGTGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATGTCGCTCTTGAATCAGTTACTTGA-----TC--------TGATTA--TTCCTTGGAGTGGACTAAATGTAAATTTTACT---AAACT--CTG--GT-AATACATGT---AAG-TGTC--------ATCAAGTTGTTAACATGGATAT-A-ATAAAGGAACA--ATT--Ggt
gi|7 : gGTGCAG-CGATTCACTGCG-ATGCATCG-A-AAACCGCGATTATGTC-ACCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGGAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTT---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--CAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTAAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--CCCGGTACTCAAA---AATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAA---AGGGAGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAT-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCACT--CTTGAATCAGTTACTTGATATGATTA--TTCCT-----TGG
gi|8 : ACA--AAACGT--CCA--ATCAAA-ACGTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATAAG--A-A--TCCATAGCTCAAC---GATC-CTC-C-CAAACCAATTGATT-ACGAAAAG---AGGAAGT-ATTTTTTGGTTTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAT-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGATCA--TTCCT-----TGGGCTAA---TAT--TTTGCT--GAAA-T--CTT--GT-A--A----T---AAG-TGTCACTAACTGACTAAGTGATTAACATGAACAT-A-ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATAATCACTCAAA-TA-TCACACCTCCAA-G
gi|9 : AATGTGTTTATAA---TTATCT-TTCCTTAAGTTTC---------A-TTGTAA-----T-TTCA---TTTCCAACGGC-GCTTCTGATTGGCT-CGT-AAACGT--CCA--TTCAAT-A-TTTAG-----GT-C--AC-AAAAC----AAGTTAAC---AA-G-ATGA--AGGAGC-AT--GGCAAC--T-A--CCTATTGCCCCAC---G-TCACTT-A-TATCTTAA-TATGT-ACTAAAAGTATAGGAAAC-A--TTTTGA-TTatatgtatttaatccactaagtctctggtatcattaatctaatgtctagaagtttttct
gi|9 : aaTT--A---A-TATGTA-CTAAAAGTA--TAGGAAA-C-AT-----------------------------TT--------TGATTA--TTTCC-----------AA---TGA--TGTGCTACGGTATCAGCTT--GT-G-T-----T---GAG-TGTC--------AATAAGTGGTatttccaatgatgtgctacggtatcagcttgtgttgagtgtcaataagtggtagtcagactagcatttggaatttgcatgtaattcattgattttcttatcactaatttctaaatgttttaaagttagatagctgaaagaatcgctgtctatcattga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTGTATGCTGATTATGATTGAAAGTAAATGTGGAATAACCAAGTCATTATTCAAGTAATCAAATGATGGAATCGAATGCCTAAAATGGAGATAGAGTCAAATCGAAAAGTGTGAATCGTTGC
Unaligned ( gi|20 ): TAAATAATAAAGTTCCTATTCAAATGATTGAATCAAAAATAGCCGAATCCAATGTCAAAAATCAAAATTCAAAATCGAGTTGAATCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCAGCTCT
Unaligned ( gi|22 ): AAATAATTTAAATTGAATGTTCGAAAATTTGAAATTGGAGTCAAATCGAAAGTTTGTAAATCGTGGCAGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCGTTGCGGCTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TANAATCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCGG
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111111 11111 11111111 1111111111 11111111111 11111 11111111 11111 444444444 11111111 11 11111111 1111111 11111 111 33333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 22222222 3333333333333333 11111111 11
lowQualScore : 4 6 4 4 4 1 4 3 3 1 4 4 1 0 44444444444 0 44 44 88888 333333333 3 3 88888 3 22222 44 3 1 0 777 44 44 3 33 22222222 44 999999999 666 3 3 55 3 55 55 3 55 2 8888 1 4 4 55 11 1 4 777 0 8 55 5555555555 4 5 888 4 55 1 4 99999999999 55 55555 66666666 66 11111 888 66 1 66 5 5 888 66 5 777777777 5 88888888 1 88 77 77 6 6 6 6 1 5 1 666 55555555 1 1111111 22222 333 66666666666 5 0000 888 2 7777 00000000000000000000000000000000000000000000 777 22222222 88 3333333333333333 66 88888888 5 1 0 66 4 9999 555 11 777
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . . ........... . .. .. ..... ......... . . ..... . ..... .. . . . ... .. .. . .. ........ .. ......... ... . . .. . .. .. . .. . .... . . . .. .. . . ... . . .. .......... . . ... . .. . . ........... .. ..... ........ .. ..... ... .. . .. . . ... .. . ......... . ........ . .. .. .. . . . . . . . ... ........ . ....... ..... ... ........... . .... ... . .... ............................................ ... ........ .. ................ .. ........ . . . .. . .... ... .. ...
lowQualScore : 0 4 0 0 0 4 0 4 2 4 0 0 0 7 33333333333 5 66 66 33333 333333333 3 3 33333 3 99999 66 3 0 8 444 22 66 3 33 55555555 66 222222222 444 6 6 00 6 00 00 6 00 5 0000 1 0 0 00 88 3 0 000 7 0 55 5555555555 0 7 555 0 55 1 0 00000000000 55 66666 11111111 11 11111 888 99 4 99 0 0 888 99 0 999999999 0 11111111 0 33 99 99 7 7 7 7 7 7 7 777 77777777 4 0000000 99999 888 22222222222 9 6666 888 5 2222 66666666666666666666666666666666666666666666 555 44444444 22 1111111111111111 99 11111111 0 8 9 11 4 4444 777 00 000
consensus : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATA-T--A---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAAT---NT---ATTCTTGTTTAATA-----ATT-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
Reference ( family-1901 ) : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATA-T--A---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAAT---NT---ATTCTTGTTTAATA-----ATT-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|1 : GCAA-CGATTC---TTA-ATGCATCA-A-AAACTACAATTCTATC-AGCCAAATCGAATCTTGCTTCA-CAA-CGGAAGAAATTCTATTCAGTTCACCATACCGGGTATAA--GAATAAAATGTGT--ACAAT--GTATCTATTT-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTC--AACGGC-GCCTTTGGTTGAATAGA--AACTGT--CCA--ATCAAC-GCTTTGG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATAG--AGGGAC-AT--GATGTC--A-A--TCCAGTGCTCAAA---GACC-CTC-C-CAAGTAACTTGAAT-CCAACAAA---TGGTAGT-C--TTTTGG-TTTTGA--GATTATATA-GTAAAAA-AATTAAG-AAAT-ATG-----------CAAGT--TTTGT-----TT--------TGATTA--CAC-----------CCAA---TAA--TGTGTT--G-CAA-TC---TT--AC--ATA-TGAA---GAG-TGTT--------AACAAGTGTTTAACGTCAAT
gi|1 : ATAGT---TGA-----------AGAAA-T----TA---T-A-TC-ATATGAAATC--AGTCT-AGTC-A--------AGA---AT---GT-T-A--AT---TTTTTGTTCATTTCTGATA-----ATT-TAGATATCAATAAAATGTTATTTCTATATTATCTG--TAG-TGT----TTGTATATA--ATGA---TGATTATGActtgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttatagttgaagaaattatatcatatgaaatcagtctagtcaagaatgttaattttttgttcatttctgataatttagatatcaataaaatgttatttctatattatctgtagtgtttgtatataatgatgattatgaataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|10 : gcaacgattcttaatgcatcaaaaactacaattctatcagccaaatcgaatcttgcttcacaacggaagaaattctattcagttcaccataccgggtataagaataaaatgtgtacaatgtatctatttacttccttcaacttttcaacggcgcctttggttgaatagaaactgtccaatcaacgctttgggcactaaaacaaacaagatagagggacatgatgtcaatccagtgctcaaagaccctcccaagtaacttgaatccaacaaatggtagtcttttggttttgagattatatagtaaaaaaattaagaaatatgcaagttttgttttgattacacccaataatgtgttgcaatcttacatatgaagagtgttaacaagtgtttaacgtcaatcttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttGTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTTGC-AGCCAAATCGATTCTCGGTTCA-CGA-TGGAGCAAATTCGGTTCGGTTCG--AT------T---CACGAATAAAATATGT--ACTAC--TTATCTATTT-----TTCTT---------C-TT-CAA-----TATT-----TTC--AACGGC-CTCTGTGATTGGCTAAG--AAACGT--CCA--ATCAAA-A--TCAA-----GATT--GCTAAAAC----A----AAC---AATGTATGG--AG--GC-A---GTTGACAGA-A--TCCCGTTCTCAGA---GATC-CCC-CTAAAACCA--TCGGT-CGAAAGTG---TGGGAATGA--TTTCGG-GTA--AAGGA-AAAGT--GTGAAAG-A--CCAGACAAC-CTG-----------TAAGT--ataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|11 : gAACA--ATT--GA-TTGGCTT-ATCATCACTGAAA-TG-TCACACCTCTAA-GCCAACCTGTCAAGATTTGTAT----TT--AATCTATT---GAGTC-----TCTGGTATTA--TAAATCTAATTTCTAGAAATT----TC---T---CCAAC------TTGAAATCTGAGTT-A--------ATG---TTATAAT-T-AAAACAAATT---ATGATCATTTAAT-----------------C--CAG--------TCC-ATGTTGTTTA--GAA-TGTATTCTTG-T-TTA--AT-ATTTTGATTATGtatgt
gi|11 : AAA-TCTAATTTCTAGAAATTT-CTCCAACTTGAAATC---T---GAGTTAA---TGTTATAAT---TAA-----------AACAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-C--------ATG---TT---GT-TTAGAAT---GT---ATTCTTGTTTAATATTTTGATTATG----CG--TAA--------TTC-ATATTGTCTG--TAG-TGT----TTA-A-GTA--ATGA---TGATTACGACTGAAAGTAcgtaattcatattgtctgtagtgtttaagtaatgatgattacgactgaaagtaaaatgttaaataataa
gi|12 : aacaattgattggcttatcatcactgaaatgtcacacctctaagccaacctgtcaagatttgtatttaatctattgagtctctggtattatAGAAGTT-TGTC---CA--AGTC---T---GAGCTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAATT----TA---TGA-TC-AT------TT------------------------------------T-AAAAT---CT---ATTTTTGT--AACA-----AT---G----CC--TAA--------TTC-ATATCATTTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--GTGG---TGATTATG-TTGAAaaatgttaaataataa
gi|13 : GCAA-TGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTC-----AGCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTC-----A--AT-------GTAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----taatatagcttctattcaaataatcaaatcggtaataaccgaatcgaatgtcaaaaatcggaattgagacgaattgaaaagtttgtgaatcgttgcagct
gi|14 : -TTTC---TC--AAGC---T---GAAGTAAATATTTGATAAT---TAA-----------AGAAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT------T-AG---A--------ATG----T---AT-T---AAT---------TTTTTG--TAATA-----A---TG----CC--TAA--------TTC-ATATCATCTGTATAG-TGT----TTG-A-GTA-----A---TGATTATGATTGAAAGTA
gi|15 : agtttctggtatcatatgcatatacctaaattctagaagTATTATCTG--GGG-TGT----TTG-T-GTATGACGA---TGGTTAT---TGAAAGTAaattttgaataat
gi|16 : TTC-----ACTT----------------AA-----C-TT-----TCT--AACAGC-GCCTCTGATTGGCTAGA--AAACGT--CCA--ATCAGC-ATGTAAGTCATCG--CATATTGTGAC----A----AAC---AA-G-ATAGCCAGGAGC-ATCATATAAC--A-A--TTCGGTaatgttgattaaccgagttacagccaataaaaaaatcgaatcgaaaaaagccttgccgaatcgaatgtttgaaagcgagcgaatcgaaaaactcgtaaatcgttgc
gi|17 : ttaagGTGCAA-TGATTCACTGTG-ATGTATCATATAAACCACAATTTTTTC-AGCTGATTCAATTCTCAATTCA-CAA-GTGAGCAAATTTGGTTCTGTTCA--A-------TATAAAATGTTAAAACATGT--ACATG--TTATATATaaaaaaaattcaataaaaaaaa
gi|19 : TA--ATGA---TGAATATGACTGAAAGTAa
gi|2 : GTGCAAGCGAT---CTGCAAGCGCATCG-A-AAACCGCTAT-CTGCCGAGCCAA-TC-ATT-TCGATTCAACAAACTGAGCA--TTAGGTTTGGTTCA---T------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTGT---------C-TC-TAAAACTGC-TT-----TTT--AACGGC-GC-TCTGAT--GTTACGTCAAACGTTGTCATCGTCAACGATGTTA---------C--ACTATAAC----C----AACTCAAA-G-ATGG--AGGCGT-AT--GACGAC--ATAATTCCAGTGCTCAAACATGATT-CTCTC-CGAGCCAATTAAATGACAAAGAG---A-GGAGT-A--TTT--G-ATT--A--AA-TA-GTATATAAAAG-A--TAAGAGAACAATG-----------TCAGT--CTTAAT----TT--------TGATTATCTTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TTTGGTAAATATT--A---AAGATGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAAGATAAAGGAACA--ATT--GATTTGGAATAATCACC-CTGAAACTATTCACA-CTCAAATACCAA--TTTCAAATTTT-GCTC---TC--AG-C---T---GAGTTAA---TTTGA-AGT---TAC-----------AGAAACT----TA---TGA----ATA-----TC--AATCC-AGTCAA--------ATG---TT---GTGT-AGAAT---ATA--ATTCTTGTTTTAT------ATT-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTAT-TG--TAG-TG-----TTG-A-GTAGTATGA----GA-TAT-ACTG-AAGTAaaatgctagatgataaagttcctacttctaataatcgaatagaaaataaccaaatcgaattgaaatcaagttgaatcgaatagtttgtgaatcattgca
gi|21 : gTAAAAGAAGAAAATGTGT--ACAAGAAGTATCTATTA-----ACTTCTACTATTTAC-TT-C-------C-TTTTACCTTT--AATGGC-ATATCTTATTGGCTAGA--AAATAT--Ca
gi|3 : GTGCAA-CGATTCAC-GCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTGAC-AGCCAAATCGAACCTCGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--A-------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------CTTT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGCGGTTTTTGATTGAATAC---AAACGT---CA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACT-AAAC----A----GAC---AA-G-ATGG--AGGAGCTAT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTC-AA---GTTC-CTC-C-GAAGCCAATT-AAT-ACAAAGAG---AGG--GTAA--TTTCGG-CT-----------AGT-----AAAG-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGAT--------T-----TGTGTTAA---TGA--TTT-CC--G-AAGTTC---TT--GT-AAT---------AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATG--AT-AAGGAACAATATT--GA-CTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-T--CACCCCAGA-GCTAATCTTTTAAGATTT-GAT----TT--AATC---TACAGAGTC-----TCTGGTAGTATCTAAATTCT------AGAAGTTTCTCTAGTCTGAGTT-AT------TT--GAT---AGTT-AAAGAATTTATGAAATT----T-T-AAAAT---TT---ATTTTTG--TAATA-----A---AG----CC--TAA--------TTA-ATA-TATTTG--TAATTGT----TTT-A-GTG--GTGG---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|4 : agGTGCAA-CGATTCACTGCA-GCGCATCG-A-AAACCGCAATTCTGCC-AGCCAA-TC-ATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTAGGTTTGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACC--AAACGT--TCA--TTCAAC-ATGTTAA-----G--C--ACTAAAAC----C----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GATC-CTC-C-CAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGA-TTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAC-ATG-----------TCAGT--CTTAA-----TT--------TGATTA--TTTCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAAA-TC---TT--GT-AATATT--A---AAG-TGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAATATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-ACCAATCTTTCAAAATTT-TCTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAACT----TA---TGA-TA-AT------TC--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GTGT-AGAAT---AT---ATTCTTGTTTTATA-----ATT-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTAaatgttgaataa
gi|5 : GTGCAA-CGATTCACCGTT-GTACACCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-GTCCAAATCGAATCTTGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTTGATTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATGTATTC-----ACTTC---------T-TT-CAT-----C-TT-----TTT--AACGGT-GGTTCTGGTTAGCTACA--AAATGT--CCA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACTAAAACAATTA----AAC---AT-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GTTC-CTC-T-GAAGCTATATAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTT-G-TT-------A-T---TA---AAAAA-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGTTAA---TGA--ATTTCT--G-AAG-TC---TT--GT-AAT---------AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATA--ATAAAGGAACA--TTTTGGA-CAGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACC-CAGA-GCCAATCATTCAA
gi|6 : GTGCAA-CGATTCACAGCT-GTGCATCG-A-TAACCGCAATTCTGTC-AGCCAAATCAATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCAGTTTAGTTCA--AT-------ATAAAAGAGTATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTC---------C-TT-CAA-----C-CT-----TTT--AACGGC-ATTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTCAT-----G--C--ACAAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTACTCAAA---GATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACGAAGAG---AGGGTGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATGTCGCTCTTGAATCAGTTACTTGA-----TC--------TGATTA--TTCCTTGGAGTGGACTAAATGTAAATTTTACT--A-AAC-TC---TG--GT-AATA-C--ATGTAAG-TGTC--------ATCAAGTTGTTAACATGGATATA--ATAAAGGAACA--ATT--Ggt
gi|7 : gGTGCAG-CGATTCACTGCG-ATGCATCG-A-AAACCGCGATTATGTC-ACCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGGAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTT---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--CAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTAAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--CCCGGTACTCAAA---AATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAA---AGGGAGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAT-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCACT--CTTGAATCAGTTACTTGATATGATTA--TTCCT-----TGG
gi|8 : ACA--AAACGT--CCA--ATCAAA-ACGTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATAAG--A-A--TCCATAGCTCAAC---GATC-CTC-C-CAAACCAATTGATT-ACGAAAAG---AGGAAGT-ATTTTTTGGTTTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAT-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGATCA--TTCCT-----TGGGCTAA---TAT--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AAT---------AAG-TGTCACTAACTGACTAAGTGATTAACATGAACATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATAATCACTCAAA-TA-TCACACCTCCAA-G
gi|9 : AATGTGTTTATAA---TTATCT-TTCCTTAAGTTTC---------A-TTGTAA-----T-TTCA---TTTCCAACGGC-GCTTCTGATTGGCT-CGT-AAACGT--CCA--TTCAAT-A-TTTAG-----GT-C--AC-AAAAC----AAGTTAAC---AA-G-ATGA--AGGAGC-AT--GGCAAC--T-A--CCTATTGCCCCAC---G-TCACTT-A-TATCTTAA-TATGT-ACTAAAAGTATAGGAAAC-A--TTTTGA-TTatatgtatttaatccactaagtctctggtatcattaatctaatgtctagaagtttttct
gi|9 : aaTT--A---A-TATGTA-CTAAAAGTA--TAGGAAA-C-AT-----------------------------TT--------TGATTA--TTTCC-----------AA---TGA--TGTGCTACG-GTA-TCAGCTT--GT-GTTG---------AG-TGTC--------AATAAGTGGTatttccaatgatgtgctacggtatcagcttgtgttgagtgtcaataagtggtagtcagactagcatttggaatttgcatgtaattcattgattttcttatcactaatttctaaatgttttaaagttagatagctgaaagaatcgctgtctatcattga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTGTATGCTGATTATGATTGAAAGTAAATGTGGAATAACCAAGTCATTATTCAAGTAATCAAATGATGGAATCGAATGCCTAAAATGGAGATAGAGTCAAATCGAAAAGTGTGAATCGTTGC
Unaligned ( gi|20 ): TAAATAATAAAGTTCCTATTCAAATGATTGAATCAAAAATAGCCGAATCCAATGTCAAAAATCAAAATTCAAAATCGAGTTGAATCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCAGCTCT
Unaligned ( gi|22 ): AAATAATTTAAATTGAATGTTCGAAAATTTGAAATTGGAGTCAAATCGAAAGTTTGTAAATCGTGGCAGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCGTTGCGGCTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TANAATCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCGG
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111111 11111 11111111 1111111111 11111111111 11111 11111111 11111 444444444 11111111 11 11111111 1111111 11111 111 33333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 22222222 3333333333333333 11111111 11
lowQualScore : 4 6 4 4 4 1 4 3 3 1 4 4 1 0 44444444444 0 44 44 88888 333333333 3 3 88888 3 22222 44 3 1 0 777 44 44 3 33 22222222 44 999999999 666 3 3 55 3 55 55 3 55 2 8888 1 4 4 55 11 1 4 777 0 8 55 5555555555 4 5 888 4 55 1 4 99999999999 55 55555 66666666 66 11111 888 66 1 66 5 5 888 66 5 777777777 5 88888888 1 88 77 77 6 6 6 6 1 5 1 666 55555555 1 1111111 22222 333 66666666666 5 0000 888 2 7777 00000000000000000000000000000000000000000000 777 22222222 88 3333333333333333 66 88888888 5 1 0 66 4 9999 555 11 777
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . . ........... . .. .. ..... ......... . . ..... . ..... .. . . . ... .. .. . .. ........ .. ......... ... . . .. . .. .. . .. . .... . . . .. .. . . ... . . .. .......... . . ... . .. . . ........... .. ..... ........ .. ..... ... .. . .. . . ... .. . ......... . ........ . .. .. .. . . . . . . . ... ........ . ....... ..... ... ........... . .... ... . .... ............................................ ... ........ .. ................ .. ........ . . . .. . .... ... .. ...
lowQualScore : 0 4 0 0 0 4 0 4 2 4 0 0 0 7 33333333333 5 66 66 33333 333333333 3 3 33333 3 99999 66 3 0 8 444 22 66 3 33 55555555 66 222222222 444 6 6 00 6 00 00 6 00 5 0000 1 0 0 00 88 3 0 000 7 0 55 5555555555 0 7 555 0 55 1 0 00000000000 55 66666 11111111 11 11111 888 99 4 99 0 0 888 99 0 999999999 0 11111111 0 33 99 99 7 7 7 7 7 7 7 777 77777777 4 0000000 99999 888 22222222222 9 6666 888 5 2222 66666666666666666666666666666666666666666666 555 44444444 22 1111111111111111 99 11111111 0 8 9 11 4 4444 777 00 000
consensus : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATA-T--A---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAAT---NT---ATTCTTGTTTAATA-----ATT-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
Reference ( family-1901 ) : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATA-T--A---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAAT---NT---ATTCTTGTTTAATA-----ATT-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|1 : GCAA-CGATTC---TTA-ATGCATCA-A-AAACTACAATTCTATC-AGCCAAATCGAATCTTGCTTCA-CAA-CGGAAGAAATTCTATTCAGTTCACCATACCGGGTATAA--GAATAAAATGTGT--ACAAT--GTATCTATTT-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTC--AACGGC-GCCTTTGGTTGAATAGA--AACTGT--CCA--ATCAAC-GCTTTGG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATAG--AGGGAC-AT--GATGTC--A-A--TCCAGTGCTCAAA---GACC-CTC-C-CAAGTAACTTGAAT-CCAACAAA---TGGTAGT-C--TTTTGG-TTTTGA--GATTATATA-GTAAAAA-AATTAAG-AAAT-ATG-----------CAAGT--TTTGT-----TT--------TGATTA--CAC-----------CCAA---TAA--TGTGTT--G-CAA-TC---TT--AC--ATA-TGAA---GAG-TGTT--------AACAAGTGTTTAACGTCAAT
gi|1 : ATAGT---TGA-----------AGAAA-T----TA---T-A-TC-ATATGAAATC--AGTCT-AGTC-A--------AGA---AT---GT-T-A--AT---TTTTTGTTCATTTCTGATA-----ATT-TAGATATCAATAAAATGTTATTTCTATATTATCTG--TAG-TGT----TTGTATATA--ATGA---TGATTATGActtgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttatagttgaagaaattatatcatatgaaatcagtctagtcaagaatgttaattttttgttcatttctgataatttagatatcaataaaatgttatttctatattatctgtagtgtttgtatataatgatgattatgaataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|10 : gcaacgattcttaatgcatcaaaaactacaattctatcagccaaatcgaatcttgcttcacaacggaagaaattctattcagttcaccataccgggtataagaataaaatgtgtacaatgtatctatttacttccttcaacttttcaacggcgcctttggttgaatagaaactgtccaatcaacgctttgggcactaaaacaaacaagatagagggacatgatgtcaatccagtgctcaaagaccctcccaagtaacttgaatccaacaaatggtagtcttttggttttgagattatatagtaaaaaaattaagaaatatgcaagttttgttttgattacacccaataatgtgttgcaatcttacatatgaagagtgttaacaagtgtttaacgtcaatcttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttGTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTTGC-AGCCAAATCGATTCTCGGTTCA-CGA-TGGAGCAAATTCGGTTCGGTTCG--AT------T---CACGAATAAAATATGT--ACTAC--TTATCTATTT-----TTCTT---------C-TT-CAA-----TATT-----TTC--AACGGC-CTCTGTGATTGGCTAAG--AAACGT--CCA--ATCAAA-A--TCAA-----GATT--GCTAAAAC----A----AAC---AATGTATGG--AG--GC-A---GTTGACAGA-A--TCCCGTTCTCAGA---GATC-CCC-CTAAAACCA--TCGGT-CGAAAGTG---TGGGAATGA--TTTCGG-GTA--AAGGA-AAAGT--GTGAAAG-A--CCAGACAAC-CTG-----------TAAGT--ataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|11 : gAACA--ATT--GA-TTGGCTT-ATCATCACTGAAA-TG-TCACACCTCTAA-GCCAACCTGTCAAGATTTGTAT----TT--AATCTATT---GAGTC-----TCTGGTATTA--TAAATCTAATTTCTAGAAATT----TC---T---CCAAC------TTGAAATCTGAGTT-A--------ATG---TTATAAT-T-AAAACAAATT---ATGATCATTTAAT-----------------C--CAG--------TCC-ATGTTGTTTA--GAA-TGTATTCTTG-T-TTA--AT-ATTTTGATTATGtatgt
gi|11 : AAA-TCTAATTTCTAGAAATTT-CTCCAACTTGAAATC---T---GAGTTAA---TGTTATAAT---TAA-----------AACAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-C--------ATG---TT---GT-TTAGAAT---GT---ATTCTTGTTTAATATTTTGATTATG----CG--TAA--------TTC-ATATTGTCTG--TAG-TGT----TTA-A-GTA--ATGA---TGATTACGACTGAAAGTAcgtaattcatattgtctgtagtgtttaagtaatgatgattacgactgaaagtaaaatgttaaataataa
gi|12 : aacaattgattggcttatcatcactgaaatgtcacacctctaagccaacctgtcaagatttgtatttaatctattgagtctctggtattatAGAAGTT-TGTC---CA--AGTC---T---GAGCTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAATT----TA---TGA-TC-AT------TT------------------------------------T-AAAAT---CT---ATTTTTGT--AACA-----AT---G----CC--TAA--------TTC-ATATCATTTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--GTGG---TGATTATG-TTGAAaaatgttaaataataa
gi|13 : GCAA-TGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTC-----AGCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTC-----A--AT-------GTAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----taatatagcttctattcaaataatcaaatcggtaataaccgaatcgaatgtcaaaaatcggaattgagacgaattgaaaagtttgtgaatcgttgcagct
gi|14 : -TTTC---TC--AAGC---T---GAAGTAAATATTTGATAAT---TAA-----------AGAAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT------T-AG---A--------ATG----T---AT-T---AAT---------TTTTTG--TAATA-----A---TG----CC--TAA--------TTC-ATATCATCTGTATAG-TGT----TTG-A-GTA-----A---TGATTATGATTGAAAGTA
gi|15 : agtttctggtatcatatgcatatacctaaattctagaagTATTATCTG--GGG-TGT----TTG-T-GTATGACGA---TGGTTAT---TGAAAGTAaattttgaataat
gi|16 : TTC-----ACTT----------------AA-----C-TT-----TCT--AACAGC-GCCTCTGATTGGCTAGA--AAACGT--CCA--ATCAGC-ATGTAAGTCATCG--CATATTGTGAC----A----AAC---AA-G-ATAGCCAGGAGC-ATCATATAAC--A-A--TTCGGTaatgttgattaaccgagttacagccaataaaaaaatcgaatcgaaaaaagccttgccgaatcgaatgtttgaaagcgagcgaatcgaaaaactcgtaaatcgttgc
gi|17 : ttaagGTGCAA-TGATTCACTGTG-ATGTATCATATAAACCACAATTTTTTC-AGCTGATTCAATTCTCAATTCA-CAA-GTGAGCAAATTTGGTTCTGTTCA--A-------TATAAAATGTTAAAACATGT--ACATG--TTATATATaaaaaaaattcaataaaaaaaa
gi|19 : TA--ATGA---TGAATATGACTGAAAGTAa
gi|2 : GTGCAAGCGAT---CTGCAAGCGCATCG-A-AAACCGCTAT-CTGCCGAGCCAA-TC-ATT-TCGATTCAACAAACTGAGCA--TTAGGTTTGGTTCA---T------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTGT---------C-TC-TAAAACTGC-TT-----TTT--AACGGC-GC-TCTGAT--GTTACGTCAAACGTTGTCATCGTCAACGATGTTA---------C--ACTATAAC----C----AACTCAAA-G-ATGG--AGGCGT-AT--GACGAC--ATAATTCCAGTGCTCAAACATGATT-CTCTC-CGAGCCAATTAAATGACAAAGAG---A-GGAGT-A--TTT--G-ATT--A--AA-TA-GTATATAAAAG-A--TAAGAGAACAATG-----------TCAGT--CTTAAT----TT--------TGATTATCTTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TTTGGTAAATATT--A---AAGATGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAAGATAAAGGAACA--ATT--GATTTGGAATAATCACC-CTGAAACTATTCACA-CTCAAATACCAA--TTTCAAATTTT-GCTC---TC--AG-C---T---GAGTTAA---TTTGA-AGT---TAC-----------AGAAACT----TA---TGA----ATA-----TC--AATCC-AGTCAA--------ATG---TT---GTGT-AGAAT---ATA--ATTCTTGTTTTAT------ATT-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTAT-TG--TAG-TG-----TTG-A-GTAGTATGA----GA-TAT-ACTG-AAGTAaaatgctagatgataaagttcctacttctaataatcgaatagaaaataaccaaatcgaattgaaatcaagttgaatcgaatagtttgtgaatcattgca
gi|21 : gTAAAAGAAGAAAATGTGT--ACAAGAAGTATCTATTA-----ACTTCTACTATTTAC-TT-C-------C-TTTTACCTTT--AATGGC-ATATCTTATTGGCTAGA--AAATAT--Ca
gi|3 : GTGCAA-CGATTCAC-GCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTGAC-AGCCAAATCGAACCTCGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--A-------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------CTTT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGCGGTTTTTGATTGAATAC---AAACGT---CA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACT-AAAC----A----GAC---AA-G-ATGG--AGGAGCTAT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTC-AA---GTTC-CTC-C-GAAGCCAATT-AAT-ACAAAGAG---AGG--GTAA--TTTCGG-CT-----------AGT-----AAAG-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGAT--------T-----TGTGTTAA---TGA--TTT-CC--G-AAGTTC---TT--GT-AAT---------AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATG--AT-AAGGAACAATATT--GA-CTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-T--CACCCCAGA-GCTAATCTTTTAAGATTT-GAT----TT--AATC---TACAGAGTC-----TCTGGTAGTATCTAAATTCT------AGAAGTTTCTCTAGTCTGAGTT-AT------TT--GAT---AGTT-AAAGAATTTATGAAATT----T-T-AAAAT---TT---ATTTTTG--TAATA-----A---AG----CC--TAA--------TTA-ATA-TATTTG--TAATTGT----TTT-A-GTG--GTGG---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|4 : agGTGCAA-CGATTCACTGCA-GCGCATCG-A-AAACCGCAATTCTGCC-AGCCAA-TC-ATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTAGGTTTGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACC--AAACGT--TCA--TTCAAC-ATGTTAA-----G--C--ACTAAAAC----C----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GATC-CTC-C-CAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGA-TTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAC-ATG-----------TCAGT--CTTAA-----TT--------TGATTA--TTTCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAAA-TC---TT--GT-AATATT--A---AAG-TGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAATATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-ACCAATCTTTCAAAATTT-TCTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAACT----TA---TGA-TA-AT------TC--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GTGT-AGAAT---AT---ATTCTTGTTTTATA-----ATT-TG----TC--TAA--------TTC-ATAGTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTAaatgttgaataa
gi|5 : GTGCAA-CGATTCACCGTT-GTACACCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-GTCCAAATCGAATCTTGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTTGATTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATGTATTC-----ACTTC---------T-TT-CAT-----C-TT-----TTT--AACGGT-GGTTCTGGTTAGCTACA--AAATGT--CCA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACTAAAACAATTA----AAC---AT-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GTTC-CTC-T-GAAGCTATATAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTT-G-TT-------A-T---TA---AAAAA-A--TAAGAAATC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGTTAA---TGA--ATTTCT--G-AAG-TC---TT--GT-AAT---------AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATA--ATAAAGGAACA--TTTTGGA-CAGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACC-CAGA-GCCAATCATTCAA
gi|6 : GTGCAA-CGATTCACAGCT-GTGCATCG-A-TAACCGCAATTCTGTC-AGCCAAATCAATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCAGTTTAGTTCA--AT-------ATAAAAGAGTATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTC---------C-TT-CAA-----C-CT-----TTT--AACGGC-ATTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTCAT-----G--C--ACAAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTACTCAAA---GATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACGAAGAG---AGGGTGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATGTCGCTCTTGAATCAGTTACTTGA-----TC--------TGATTA--TTCCTTGGAGTGGACTAAATGTAAATTTTACT--A-AAC-TC---TG--GT-AATA-C--ATGTAAG-TGTC--------ATCAAGTTGTTAACATGGATATA--ATAAAGGAACA--ATT--Ggt
gi|7 : gGTGCAG-CGATTCACTGCG-ATGCATCG-A-AAACCGCGATTATGTC-ACCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGGAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTT---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--CAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTAAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--CCCGGTACTCAAA---AATC-CTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAA---AGGGAGT-A--TTTTGGTTTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAT-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCACT--CTTGAATCAGTTACTTGATATGATTA--TTCCT-----TGG
gi|8 : ACA--AAACGT--CCA--ATCAAA-ACGTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATAAG--A-A--TCCATAGCTCAAC---GATC-CTC-C-CAAACCAATTGATT-ACGAAAAG---AGGAAGT-ATTTTTTGGTTTT--A--AA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAGAAT-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGATCA--TTCCT-----TGGGCTAA---TAT--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AAT---------AAG-TGTCACTAACTGACTAAGTGATTAACATGAACATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATAATCACTCAAA-TA-TCACACCTCCAA-G
gi|9 : AATGTGTTTATAA---TTATCT-TTCCTTAAGTTTC---------A-TTGTAA-----T-TTCA---TTTCCAACGGC-GCTTCTGATTGGCT-CGT-AAACGT--CCA--TTCAAT-A-TTTAG-----GT-C--AC-AAAAC----AAGTTAAC---AA-G-ATGA--AGGAGC-AT--GGCAAC--T-A--CCTATTGCCCCAC---G-TCACTT-A-TATCTTAA-TATGT-ACTAAAAGTATAGGAAAC-A--TTTTGA-TTatatgtatttaatccactaagtctctggtatcattaatctaatgtctagaagtttttct
gi|9 : aaTT--A---A-TATGTA-CTAAAAGTA--TAGGAAA-C-AT-----------------------------TT--------TGATTA--TTTCC-----------AA---TGA--TGTGCTACG-GTA-TCAGCTT--GT-GTTG---------AG-TGTC--------AATAAGTGGTatttccaatgatgtgctacggtatcagcttgtgttgagtgtcaataagtggtagtcagactagcatttggaatttgcatgtaattcattgattttcttatcactaatttctaaatgttttaaagttagatagctgaaagaatcgctgtctatcattga
blockSeqs : G C A T T G G A G C A A G ATT TT AA CTTAA TACTATTTA T G AACTG A TTACC CC G C GTC TG TC G CT TCATCG AT AATTA TCA T T CC T CA AG T AT C ACAT A A T TA AT C G TAT G TT GTAAAGG . A ATA T . A A TCGCTCTTGAA TA ATCAG ACTTGATA TC TGGAG ATG AT G AC A T AGC TG A ACATGT A ACTAACTG T AT AT TG T A C T T T T CT CAACTTGA T TACA AAATA ATC ATCTAATTTCT T TCTC GTC G CCA TTGATAGTTAAAGAATTTATGAAATTT TAG AAATT TT ATTTTGATTATG . . . T TA T ATTC T TG TTT
blockSeqs : . C . . . T . A G T . . T ATT . . . . . . . . CA . . T GT . . . TG GAT . AAGTT . . . . . . . . . G A A . . C AT A . . A . TTTTAG . A AA . . A . . . T . . . . . G . . . . . . ATTA . . G . . . . . . . C . T TG CCA T T AA A ATTCT A . . G GTT TTGAAATCTGAGTTAATGTTATAAT AA ATA TT AATTTG . . . T . . . A GT .
blockSeqs : . T . . . C . T A C . . T AT . . . . . . . . . . . C G . . . TG GT . A . . . . . . . . . A A T . . G AT A . . . . TTTTAG . G AA . . T . . . . . . . . . T . . . . . . ATTA . . T . . . . . . . T . T TT CTC G T AA . . T . . G TC ATCAATCCAGTCAAATGTTGTG AA GT TT ATTTG . . . T . . . A . .
blockSeqs : . T . . . A . A G C . . T AT . . . . . . . . . . . A A . . . CT G . A . . . . . . . . . A T A . . C TA A . . . . TTTTAA . G AA . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G . . G . . . . . . . T . T GC CTC T T AA . . A . . G TC TCAATCCAGTCAATGTTGTG AG CT TT AATG . . . T . . . A . .
blockSeqs : . T . . . C . A G T . . A TT . . . . . . . . . . . T A . . . TG T . A . . . . . . . . . A T T . . G AT A . . . . ATTAA . G AA . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . GA CTC T T AA . . C . . G TC TTAATCCAGTCCATGTTGT AA TT T AATG . . . T . . . T . .
blockSeqs : . C . . . T . A A C . . T AT . . . . . . . . . . . T A . . . CT G . C . . . . . . . . . A A A . . A AT A . . . . TTTAA . G AC . . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . TC TT . T . . . T . . G TA TTTAGAATGTAT AG AT . AAAG . . . G . . . A . .
blockSeqs : . A . . . T . A G T . . A AT . . . . . . . . . . . T C . . . CT T . A . . . . . . . . . G A A . . A AT G . . . . CT . T G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . TT . . . . . . . G . . . A . .
blockSeqs : . T . . . T . . . T . . T AT . . . . . . . . . . . T A . . . CT G . C . . . . . . . . . G C A . . C A A . . . . TT . . A . . A . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . T A . . . CG G . A . . . . . . . . . A C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T A . . . T G . A . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AT********* TTTAA***** ** AT******* ** TN* CTC***** T****** AA*** TTAATCCAGTCAATGTTATG************************ AA* NT****** AATG************ ** ******** A**
originalCons : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT------TATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--A--GA-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATA-T--A---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-A--------ATG---TT---GT-T-AGAAT---NT---ATTCTTGTTTAATA-----ATT-TG----CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
finalCons : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCAAT---------ATAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATC-CTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAG---AGGGAGT-A--TTTTGGTTTAA-----A-TAGGTA-ATAAAAG-A--TAAGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-TC---TT--GT-AATAT-------AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTTTN-TCTC-----AGTCT------GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-ATTTAATCCAGTCAATGTTATG------------------------TAA-AATNT------ATTCTTGTTTAATAATG------------CC--TAA--------TTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTGA--GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTGTATGCTGATTATGATTGAAAGTAAATGTGGAATAACCAAGTCATTATTCAAGTAATCAAATGATGGAATCGAATGCCTAAAATGGAGATAGAGTCAAATCGAAAAGTGTGAATCGTTGC
Unaligned ( gi|20 ): TAAATAATAAAGTTCCTATTCAAATGATTGAATCAAAAATAGCCGAATCCAATGTCAAAAATCAAAATTCAAAATCGAGTTGAATCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCAGCTCT
Unaligned ( gi|22 ): AAATAATTTAAATTGAATGTTCGAAAATTTGAAATTGGAGTCAAATCGAAAGTTTGTAAATCGTGGCAGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCGTTGCGGCTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TANAATCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCGG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 11111111 2222222222 11111111111 11111 11111111 1111111 4444444444444 11111111 11 11111111 1111111 11111 111 33333333333 1111 333333333333333333333333333333333333333 22222222222 33333333333333333333333333333 11
lowQualScore : 4 6 4 4 4 1 4 3 3 1 4 4 1 55 4 99999 0 44 44 88888 333333333 3 3 88888 3 22222 44 3 1 0 777 44 44 3 33 22222222 44 999999999 666 3 3 55 3 55 55 3 55 2 8888 4 55 3 1 4 1 8 55 2 0000000000 4 5 888 55 4 4 99999999999 55 55555 66666666 66 1111111 888 66 1 66 5 5 888 66 0000000000000 5 88888888 1 88 77 77 6 6 6 6 1 5 1 666 55555555 1 1111111 22222 333 66666666666 5 0000 888 2 7777 444444444444444444444444444444444444444 11111111111 1 99999999999999999999999999999 5 1 0 66 4 9999 555 11 777
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . .. . ..... . .. .. ..... ......... . . ..... . ..... .. . . . ... .. .. . .. ........ .. ......... ... . . .. . .. .. . .. . .... . .. . . . . . .. . .......... . . ... .. . . ........... .. ..... ........ .. ....... ... .. . .. . . ... .. ............. . ........ . .. .. .. . . . . . . . ... ........ . ....... ..... ... ........... . .... ... . .... ....................................... ........... . ............................. . . . .. . .... ... .. ...
lowQualScore : 0 4 0 0 0 4 0 4 2 4 0 0 0 55 0 11111 5 66 66 33333 333333333 3 3 33333 3 99999 66 3 0 8 444 22 66 3 33 55555555 66 222222222 444 6 6 00 6 00 00 6 00 5 0000 0 00 3 3 0 6 0 55 5 6666666666 0 7 555 55 0 0 00000000000 55 66666 11111111 11 3333333 888 99 4 99 0 0 888 99 8888888888888 0 11111111 0 33 99 99 7 7 7 7 7 7 7 777 77777777 4 0000000 99999 888 22222222222 9 6666 888 5 2222 999999999999999999999999999999999999999 99999999999 1 99999999999999999999999999999 0 8 9 11 4 4444 777 00 000
consensus : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-A-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATCCTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAGA--TA-AGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-T---CTT--GT-AATA----T-A-AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-AATG---TTGTG------TAAAAT---NT------ATTCTTG----TTTA-------ATA--------A--TGCCTAATTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
Reference ( family-1901 ) : GTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-AGCCAAATCGATTCTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-A-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGCTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTGCTCAAA---GATCCTC-C-NAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-A--TTTTGG-TTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAGA--TA-AGAAAAC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-T---CTT--GT-AATA----T---AAG-TGTC--------ANTAAGTGGTTAACATGAATATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-GCCAATCTTTCAAAATTT-TNTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAANT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-AATG---TTATG------TAAAAT---NT------ATTCTTG----TTTA-------ATA--------A--TGCCTAATTC-ATATTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|1 : GCAA-CGATTC---TTA-ATGCATCA-A-AAACTACAATTCTATC-AGCCAAATCGAATCTTGCTTCA-CAA-CGGAAGAAATTCTATTCAGTTCACCAT-ACCGGGTATAAGAATAAAATGTGT--ACAAT--GTATCTATTT-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTC--AACGGC-GCCTTTGGTTGAATAGA--AACTGT--CCA--ATCAAC-GCTTTGG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATAG--AGGGAC-AT--GATGTC--A-A--TCCAGTGCTCAAA---GACCCTC-C-CAAGTAACTTGAAT-CCAACAAATGGTAGT-C--TTTTGG-TTTTGAG--ATTATATA-GTAAAAAAATTA-AG-AAAT-ATG-----------CAAGT--TTTGT-----TT--------TGATTA--CAC-----------CCAA---TAA--TGTGTT--G-CAA-T---CTT--AC--ATA----TGAAGAG-TGTT--------AACAAGTGTTTAACGTCAAT
gi|1 : ATAGT---TGA-----------AGAAA-T----TA---T-A-TC-ATATGAAATC--AGTCT-AGTC-AAGA-----ATG------TTAATT---TTTTGTTCATTTCTGATAATTTAGATATCAATA--------AAATGT-TATTTCTATATTATCTG--TAG-TGT----TTGTATATA--ATGA---TGATTATGActtgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttatagttgaagaaattatatcatatgaaatcagtctagtcaagaatgttaattttttgttcatttctgataatttagatatcaataaaatgttatttctatattatctgtagtgtttgtatataatgatgattatgaataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|10 : gcaacgattcttaatgcatcaaaaactacaattctatcagccaaatcgaatcttgcttcacaacggaagaaattctattcagttcaccataccgggtataagaataaaatgtgtacaatgtatctatttacttccttcaacttttcaacggcgcctttggttgaatagaaactgtccaatcaacgctttgggcactaaaacaaacaagatagagggacatgatgtcaatccagtgctcaaagaccctcccaagtaacttgaatccaacaaatggtagtcttttggttttgagattatatagtaaaaaaattaagaaatatgcaagttttgttttgattacacccaataatgtgttgcaatcttacatatgaagagtgttaacaagtgtttaacgtcaatcttgcattatcatatacatgctgttaatttactgattctctaataccatgtatttgatttttagaagttttaccttGTGCAA-CGATTCACCGCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTTGC-AGCCAAATCGATTCTCGGTTCA-CGA-TGGAGCAAATTCGGTTCGGTTCG--AT-T-----C--ACGAATAAAATATGT--ACTAC--TTATCTATTT-----TTCTT---------C-TT-CAA-----TATT-----TTC--AACGGC-CTCTGTGATTGGCTAAG--AAACGT--CCA--ATCAAA-A--TCAA-----GATT--GCTAAAAC----A----AAC---AATGTATGG--AG--GC-A---GTTGACAGA-A--TCCCGTTCTCAGA---GATCCCC-CTAAAACCA--TCGGT-CGAAAGTGTGGGAATGA--TTTCGG-GTA--AAGGA-AAAGT--GTGAAAGA--CC-AGACAAC-CTG-----------TAAGT--ataatcgaatcgaaaataactgaatcaaatggataatatagaaatcaagacgaattgaaaagtttttgagtagttgcagctc
gi|11 : gAACA--ATT--GA-TTGGCTT-ATCATCACTGAAA-TG-TCACACCTCTAA-GCCAACCTGTCAAGATTTGTAT----TT--AATCTATT---GAGTC-----TCTGGTATTA--TAAATCTAATTTCTAGAAATT----TC---T---CCAAC------TTGAAATCTGAGTT-AATG---TTATAAT----TAAAACAAATT------ATGATCA----TTTA-------AT---------------CCAGTCC-ATGTTGTTTA--GAA-TGTATTCTTG-T-TTA--AT-ATTTTGATTATGtatgt
gi|11 : AAA-TCTAATTTCTAGAAATTT-CTCCAACTTGAAATC---T---GAGTTAA---TGTTATAAT---TAA-----------AACAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT--AATCC-AGTC-CATG---TTGTT------TAGAAT---GT------ATTCTTG----TTTA-------ATATTTTGATTA--TGCGTAATTC-ATATTGTCTG--TAG-TGT----TTA-A-GTA--ATGA---TGATTACGACTGAAAGTAcgtaattcatattgtctgtagtgtttaagtaatgatgattacgactgaaagtaaaatgttaaataataa
gi|12 : aacaattgattggcttatcatcactgaaatgtcacacctctaagccaacctgtcaagatttgtatttaatctattgagtctctggtattatAGAAGTT-TGTC---CA--AGTC---T---GAGCTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAATT----TA---TGA-TC-AT------TT-------------------------------TAAAAT---CT------ATTTTTG----T--A-------ACA--------A--TGCCTAATTC-ATATCATTTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--GTGG---TGATTATG-TTGAAaaatgttaaataataa
gi|13 : GCAA-TGATTCACCGCG-GTGCATCG-A-AAACCGCGATTC-----AGCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCG-----GTTCA--AT-G-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----taatatagcttctattcaaataatcaaatcggtaataaccgaatcgaatgtcaaaaatcggaattgagacgaattgaaaagtttgtgaatcgttgcagct
gi|14 : -TTTC---TC--AAGC---T---GAAGTAAATATTTGATAAT---TAA-----------AGAAAAT----TA---TGA-TC-AT------TT------T-AG---AATG---T-AT-------TAA-------T-------TTTTTG----T--A-------ATA--------A--TGCCTAATTC-ATATCATCTGTATAG-TGT----TTG-A-GTA-----A---TGATTATGATTGAAAGTA
gi|15 : agtttctggtatcatatgcatatacctaaattctagaagTATTATCTG--GGG-TGT----TTG-T-GTATGACGA---TGGTTAT---TGAAAGTAaattttgaataat
gi|16 : TTC-----ACTT----------------AA-----C-TT-----TCT--AACAGC-GCCTCTGATTGGCTAGA--AAACGT--CCA--ATCAGC-ATGTAAGTCATCG--CATATTGTGAC----A----AAC---AA-G-ATAGCCAGGAGC-ATCATATAAC--A-A--TTCGGTaatgttgattaaccgagttacagccaataaaaaaatcgaatcgaaaaaagccttgccgaatcgaatgtttgaaagcgagcgaatcgaaaaactcgtaaatcgttgc
gi|17 : ttaagGTGCAA-TGATTCACTGTG-ATGTATCATATAAACCACAATTTTTTC-AGCTGATTCAATTCTCAATTCA-CAA-GTGAGCAAATTTGGTTCTGTTCA--AT-A-----TAAAATGTTAAAACATGT--ACATG--TTATATATaaaaaaaattcaataaaaaaaa
gi|19 : TA--ATGA---TGAATATGACTGAAAGTAa
gi|2 : GTGCAAGCGAT---CTGCAAGCGCATCG-A-AAACCGCTAT-CTGCCGAGCCAA-TC-ATT-TCGATTCAACAAACTGAGCA--TTAGGTTTGGTTCA--TT-A-----TAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTGT---------C-TC-TAAAACTGC-TT-----TTT--AACGGC-GC-TCTGAT--GTTACGTCAAACGTTGTCATCGTCAACGATGTTA---------C--ACTATAAC----C----AACTCAAA-G-ATGG--AGGCGT-AT--GACGAC--ATAATTCCAGTGCTCAAACATGATTCTCTC-CGAGCCAATTAAATGACAAAGAGA-GGAGT-A--TTT--G-ATT--AA--A-TA-GTATATAAAAGA--TA-AGAGAACAATG-----------TCAGT--CTTAAT----TT--------TGATTATCTTCCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--G-AAA-T---CTTTGGTAAATA----TTA-AAGATGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAAGATAAAGGAACA--ATT--GATTTGGAATAATCACC-CTGAAACTATTCACA-CTCAAATACCAA--TTTCAAATTTT-GCTC---TC--AG-C---T---GAGTTAA---TTTGA-AGT---TAC-----------AGAAACT----TA---TGA----ATA-----TC--AATCC-AGTCAAATG---TTGTG------TAGAAT---ATA-----ATTCTTG----TTTT-------ATAT-------T--TGTCTAATTC-ATAGTAT-TG--TAG-TG-----TTG-A-GTAGTATGA----GA-TAT-ACTG-AAGTAaaatgctagatgataaagttcctacttctaataatcgaatagaaaataaccaaatcgaattgaaatcaagttgaatcgaatagtttgtgaatcattgca
gi|21 : g-----TAAAAGAAGAAAATGTGT--ACAAGAAGTATCTATTA-----ACTTCTACTATTTAC-TT-C-------C-TTTTACCTTT--AATGGC-ATATCTTATTGGCTAGA--AAATAT--Ca
gi|3 : GTGCAA-CGATTCAC-GCG-GTGCACCG-A-AAACCGCGATTCTGAC-AGCCAAATCGAACCTCGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-A-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------CTTT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGCGGTTTTTGATTGAATAC---AAACGT---CA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACT-AAAC----A----GAC---AA-G-ATGG--AGGAGCTAT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTC-AA---GTTCCTC-C-GAAGCCAATT-AAT-ACAAAGAGAGG--GTAA--TTTCGG-CT-----------AGT-----AAAGA--TA-AGAAATC-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGAT--------T-----TGTGTTAA---TGA--TTT-CC--G-AAGTT---CTT--GT-A--A----T---AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATG--AT-AAGGAACAATATT--GA-CTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-T--CACCCCAGA-GCTAATCTTTTAAGATTT-GAT----TT--AATC---TACAGAGTC-----TCTGGTAGTATCTAAATTCT------AGAAGTTTCTCTAGTCTGAGTT-AT------TT--GAT---AGTT-AAAGAATTTATGAAATTTTAAAAT---TT------ATTTTTG------TA-------ATA--------A--AGCCTAATTA-ATA-TATTTG--TAATTGT----TTT-A-GTG--GTGG---TGATTATGACTGAAAGTA
gi|4 : agGTGCAA-CGATTCACTGCA-GCGCATCG-A-AAACCGCAATTCTGCC-AGCCAA-TC-ATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTAGGTTTGGTTCA--ATTA-----TAAAAGAATATAATGAAT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACTTC---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACC--AAACGT--TCA--TTCAAC-ATGTTAA-----G--C--ACTAAAAC----C----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GATCCTC-C-CAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-A--TTTTGA-TTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAGA--TA-AGAGAAC-ATG-----------TCAGT--CTTAA-----TT--------TGATTA--TTTCT-----TGGGCTAA---TGA--TTTGCT--GAAAA-T---CTT--GT-AATA----TTA-AAG-TGTC--------ATTAAGTGGTTAACATGAATATAATATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACCTCAAA-ACCAATCTTTCAAAATTT-TCTC---TC--AGTC---T---GAGTTAA---TTTGATAGT---TAA-----------AGAAACT----TA---TGA-TA-AT------TC--AATCC-AGTC-AATG---TTGTG------TAGAAT---AT------ATTCTTG----TTTT-------ATA--------ATTTGTCTAATTC-ATAGTATCTG--TAG-TGT----TTG-A-GTA--ATGA---TGATTATGACTGAAAGTAaatgttgaataa
gi|5 : GTGCAA-CGATTCACCGTT-GTACACCG-A-AAACCGCGATTCTGTC-GTCCAAATCGAATCTTGATTCA-CAA-CAGAGCAAATTTGATTCGGTTCA--AT-A-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATGTATTC-----ACTTC---------T-TT-CAT-----C-TT-----TTT--AACGGT-GGTTCTGGTTAGCTACA--AAATGT--CCA--ATAAAC-ACTTTAG-----T--C--ACTAAAACAATTA----AAC---AT-G-ATGG--AGGAGT-AT--GATGAC--A-A--TCCAGTGCTCAAT---GTTCCTC-T-GAAGCTATATAAAT-ACAAAGAGAGGGAGT-A--TTTT-G-TT-------A-T---TA---AAAAAA--TA-AGAAATC-ATG-----------TCAGT--CTTGA-----TT--------TGATTA--TTCCT-----TGGGTTAA---TGA--ATTTCT--G-AAG-T---CTT--GT-A--A----T---AAG-TTTC--------AGTAAGTGGTTAAAATGAATATA--ATAAAGGAACA--TTTTGGA-CAGGAAT-ATCATCACTGAAA-TA-TCACACC-CAGA-GCCAATCATTCAA
gi|6 : GTGCAA-CGATTCACAGCT-GTGCATCG-A-TAACCGCAATTCTGTC-AGCCAAATCAATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGCAAATTCAGTTTAGTTCA--AT-A-----TAAAAGAGTATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTC---------C-TT-CAA-----C-CT-----TTT--AACGGC-ATTTCTGATTGGTTACA--AAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTCAT-----G--C--ACAAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--TCCGGTACTCAAA---GATCCTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACGAAGAGAGGGTGT-A--TTTTGGTTTT--AG--A-TAGGTA-ATAAAAGA--TA-AGAAAAC-ATGTCGCTCTTGAATCAGTTACTTGA-----TC--------TGATTA--TTCCTTGGAGTGGACTAAATGTAAATTTTACT--A-AAC-T---CTG--GT-AATACATGT---AAG-TGTC--------ATCAAGTTGTTAACATGGATATA--ATAAAGGAACA--ATT--Ggt
gi|7 : gGTGCAG-CGATTCACTGCG-ATGCATCG-A-AAACCGCGATTATGTC-ACCCAAATCGATTTTCGATTCA-CAA-CTGAGGAAATTCGGTTCGGTTCA--AT-A-----TAAAAGAATATAATGTGT--ACAAG--TTATCTATTC-----ACGTT---------C-TT-CAA-----C-TT-----TTT--AACGGC-GCTTCTGATTGGTTACA--CAACGT--CCA--ATCAAC-ACTTAAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATGAC--A-A--CCCGGTACTCAAA---AATCCTC-C-AAAGCCAATTAAAT-ACAAAGAAAGGGAGT-A--TTTTGGTTTT--AG--A-TAGGTA-ATAAAATA--TA-AGAAAAC-ATG-----------TCACT--CTTGAATCAGTTACTTGATATGATTA--TTCCT-----TGG
gi|8 : ACA--AAACGT--CCA--ATCAAA-ACGTTAG-----G--C--ACTAAAAC----A----AAC---AA-G-ATGG--AGGAGC-AT--GATAAG--A-A--TCCATAGCTCAAC---GATCCTC-C-CAAACCAATTGATT-ACGAAAAGAGGAAGT-ATTTTTTGGTTTT--AA--A-TAGGTA-ATAAAAGA--TA-AGAGAAT-ATG-----------TCAGT--TTTGA-----TT--------TGATCA--TTCCT-----TGGGCTAA---TAT--TTTGCT--G-AAA-T---CTT--GT-A--A----T---AAG-TGTCACTAACTGACTAAGTGATTAACATGAACATA--ATAAAGGAACA--ATT--GA-TTGGAAT-ATAATCACTCAAA-TA-TCACACCTCCAA-G
gi|9 : AATGTGTTTATAA---TTATCT-TTCCTTAAGTTTC---------A-TTGTAA-----T-TTCA---TTTCCAACGGC-GCTTCTGATTGGCT-CGT-AAACGT--CCA--TTCAAT-A-TTTAG-----GT-C--AC-AAAAC----AAGTTAAC---AA-G-ATGA--AGGAGC-AT--GGCAAC--T-A--CCTATTGC--------------C-C-CACGTCACTTA------------------T-A--TCTT---------A--A-TATGTA-CTAAAAG---TATAGGAAAC-AT-----------------------------TT--------TGATTA--TTT-----------CCAA---TGA--TGTGCTACG-GTA-TCAGCTT--GT--GT-----T---GAG-TGTC--------AATAAGTGGTatatgtatttaatccactaagtctctggtatcattaatctaatgtctagaagtttttct
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTGTATGCTGATTATGATTGAAAGTAAATGTGGAATAACCAAGTCATTATTCAAGTAATCAAATGATGGAATCGAATGCCTAAAATGGAGATAGAGTCAAATCGAAAAGTGTGAATCGTTGC
Unaligned ( gi|20 ): TAAATAATAAAGTTCCTATTCAAATGATTGAATCAAAAATAGCCGAATCCAATGTCAAAAATCAAAATTCAAAATCGAGTTGAATCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCAGCTCT
Unaligned ( gi|22 ): AAATAATTTAAATTGAATGTTCGAAAATTTGAAATTGGAGTCAAATCGAAAGTTTGTAAATCGTGGCAGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCGTTGCGGCTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TANAATCGAAATCGAGTCAAAAAGTTTGTGAATCATTGCGG