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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|21 : CA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----TG-----T-A-TATCC---------CTTCAAAG-T-ATTATT------TGTGGTTTTAAtctatatttgagttgc
gi|22 : AT--C-----TCA-----A-A---A-ACTTTC--GACTC---AAAC-AGA--------G-AAA-CGAAC----ATTAA--T-A-CATCA---------TTTCAAAT-T-ATTCTC------CGCGGTTTGAAATA-tccatttctg
gi|23 : TGTT-TG----A-T---GTT---ATG-TGCA---T-TGTA-TT--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTT---GAAA-AGT--------G-AAA-TGATC----AT-----T-G-CATCC---------
gi|24 : ggcTGTT-TG----A-TA-TATAC--ATG-TATA---T-TGTA-CA--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTA--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGA
gi|25 : agggcTGTT-CA----A-CA-AGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-TG--ATATA-CTAGTATCA-----A-A---A-GCATT
gi|26 : accataattaccgagagcATCA---------CTTCAAAGAT-A-----------CGCGGTATGAAATA-CA----TAATTTCCA---TCTC----GGAATt
gi|27 : gtgcacagaagT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-TATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTC--------CAGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTgcgtca
gi|28 : GTCTAAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTCTTAATTAATCCA--TTTTTGA-AAAG-CG
gi|29 : TG-CA----TAATTTCAA---TCTA----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGTacacgg
gi|3 : -TGTT---AT--TGTA---A-TATA-CAGAATAT--------TCA-----AGA---A-ACATTA--GGCTT---TAAC-ATTTAACCTGAG-AAA-TGAAC----AT-----TTA-CATCC---------ATTCAAAG-TTATTCTC------AA-----TGAAGTAACA----TAATTTCAAAACGCTC----TGAATCCA--TTTCcacg
gi|30 : gctTGTT-CG----A-TA-TGCA---AGG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCA-----A-A---gtacaatacttacac
gi|32 : gagggcTTCAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-TGT
gi|4 : TGTT-AG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TGA-----A-A---A-GCTCTC--GACTC---AAAA-AGT--------T-AAA-TGAAT----AT-----C-A-CATCC---------CTTTAAAG-C-ATTTTC------CGCCCTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTT----TGAATCCAT-TTTCTGA-AATG-CGTcatgg
gi|5 : gggaTGTT-CG----A-AA-TGTA---AGG-TGTAATAT-TGTAACG--ATAT--C-----TCATAT--A-ATATACGCATTC--GACTC---AAAA-TGT--------G-AAA-TGAAC-------------G-CGTTA---------CT-------T-ATTCTC------C-CATTTTGAAAT----------------A---TCTC----TGAAATAAATTTTCTGAGAAT--CGTc
gi|6 : agagcTGTT-CG----A-CA-TGTA---ATG-TGCA---TGTGTA-C---ATAT--C-----TCA-----T-A---A-GCATTC--AACTC---GAAA-AGT--------G-AAAATGATC----AT-----T-A-CATCCTTCACAACCCTTCAAAG-T-ATTCTC------CGCGGTTTGAAAT--------------------TCTC----TGATACCA--TTTCTGA-CATG-CGcgtca
gi|7 : agtTGTT-CA----T-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-TG--ATAT--T-----TCA-----A-A---A-GCATTT--GCCTC---AAAC-AGT--------G-AAA-TGAGC----AT-----T-A-CATCC---------TTTCAAAG-T-ATTATC------CGTGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCCA---TATC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATA-CAT
gi|8 : TT-AG----A-TA-TTTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATGT--C-----TCA-----A-A---A-ACATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-G-CATCT---------CTTGTAAG-T-ATTATC------CGCTTTTTGAAATG-CA----TCATTTTAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CG
gi|9 : attTT-CG----A-TA-TGTA---CTG-TGTA---T-CATA-CA--ATAT----------A-----A-A---T-GCATTC--GACTC---AA-T-AGT--------G-AAG-TGAAC----AT-----A-A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTATC------CGCGGTTTAAAAT--------------------TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGT
blockSeqs : . TATG A G TTA . ATA G A AGA ACTAGTA TAGAC G TAT T . . TA TAACCTGA A A ATAT ACTAGT A TTCACAACC A C C AA . AAC TTAA AT G .
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blockSeqs : . . . . C . . . . G C . . . . . . T . . . . TA . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G T . . . . . . A . . . . TT . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A C . . . . . . T . . . . A . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T C . . . . . . T . . . . T . . . . C C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . T . . . . T . . . . C G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T C . . . . . . T . . . . T . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A C . . . . . . T . . . . T . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . T . . . . T . . . . G A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . T . . . . G . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . C . . . . T . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . T . . . . T . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . C . . . . T . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . . . A . . . . T . . . . C G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A C . . . . . . T . . . . T . . . . C A . . . . .
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blockSeqs : T . . . .
blockSeqCons : *** C******* ** *** T* T****** C****** **** **
originalCons : TGTT-CG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTC------CGCGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGT
finalCons : TGTT-CG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATATC-------TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----ATT------A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTCC------GCGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CACGGCAATCTGATTTATATCTACGAACTGTCTCATA
Alignments
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lowQualScore : . .... . . ... . ... . . ... ........ ..... . ... . .. ... .. ........ . . .... ....... . ......... . . . ....... .. .... . . ... .... .. . .
lowQualScore : 2 7777 2 0 555 0 555 9 9 000 11111111 44444 7 000 3 33 999 22 88888888 2 6 5555 9999999 7 444444444 7 3 3 3333333 33 0000 2 9 333 2222 55 4 5
consensus : TGTT-CG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTC------CGCGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGT
Reference ( family-1896 ) : TGTT-CG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTC------CGCGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTC----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGT
gi|1 : TGTTGCA----A-TA-TGTA---ATGCTGTAC--T-TGT--CG--ATATGTC-----TCC-----A-A---A-CCATTCGAGACTCTTTAAA--AGT--------GAAAA-TGAAC----ATG----T-A-CATCC---------CTTC---C-T-ATTTTCTTCTCTCGCGCTT--AAATA-TACCGTTAATTCCAA---ATTC----AGATACCAG-TTTCTAA-AATGACGT
gi|10 : agggtTGTT-CG----A-TAGCATA---AT--TGTA---T--GTA-C---ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AACTAAGC--------G-ACA-TAAAC----AT-----TAA-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTTGC------C-------AAAGTA-----------TTCGA---TCTC----TGAATCC---TTTTTGA-AGTG-tcc
gi|11 : acTT-CG----AATA-TGTAC--GTG-TG-A---T-CATA-CA--ATAT----------A-----A-A---T-GCATTC--GACTC---AA-T-AGT--------G-AAG-TGAAC----AT-----A-A-CATCC---------CTTCAAAG-T-ATTATC------CGCGGTTTAAAAT--------------------TCTC----TGAA-CCA--TTTCTGA-AATG-CG
gi|12 : acttTGTT-CG----A-AA-TGTA---ATG-TGTA---T----------------C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTC---AAGT-GTT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-CATCC-----------------------CTC------CGCGGTTTGAAATA-CA----TAATTTCCG---TCTT----CGAATCCA--ATTCTGA-AATG-
gi|13 : aaggcTGTT-CGTATGA-TA-TGTA---ATA-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--T-----TCA-----A-A---A-GCATTG--GACTT---GAAA-AGT--------G-AAT-TGAACATATAT-----T-A-CAT-C---------CTTTAAAG-T-ATTCTC------AGCGCTTTGAAATA-
gi|14 : cgagggc-TGTA-----ATGT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--TACCC---AAAT-AGT--------GAAAA-TGAAC----GT-----T-A-CAGCC------------TAAAG-TCATTCTC------AGCAGTTTGAAATA-CA----TGAT--------------------TCCA--TTTCGGA-AAAG-CGT
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gi|18 : CATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGAAC----ATACTAGT-AATATTC---------CTTCCAAG-T-ATTCTT------CGCGATTTGAAATA-CA----TTAATTCAA---TCTC----CGACTCCA--TTTTTGA-AATG-gcgac
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gi|2 : TGTT-TG----A-TA-TGTATTAATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCATAGACA-A---ATGCATTC--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TAAAC----AT-----T-A-AATCC---------CTTCAAAA-T-ATTCTC------AGTTGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTC----TGAATCTA--TTTCTGA-AATG-CATat
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gi|23 : TGTT-TG----A-T---GTT---ATG-TGCA---T-TGTA-TT--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTC--GACTT---GAAA-AGT--------G-AAA-TGATC----AT-----T-G-CATCC---------
gi|24 : ggcTGTT-TG----A-TA-TATAC--ATG-TATA---T-TGTA-CA--ATAT--C-----TCA-----A-A---A-GCATTA--GACTC---AAAT-AGT--------G-AAA-TGA
gi|25 : agggcTGTT-CA----A-CA-AGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-TG--ATATA-CTAGTATCA-----A-A---A-GCATT
gi|26 : accataattaccgagagcATCA---------CTTCAAAGAT-A-----------CGCGGTATGAAATA-CA----TAATTTCCA---TCTC----GGAATt
gi|27 : gtgcacagaagT-AGT--------G-AAA-TGAAC----AT-----T-A-TATCC---------CTTCAAAG-T-ATTCTC--------CAGTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTgcgtca
gi|28 : GTCTAAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTCTTAATTAATCCA--TTTTTGA-AAAG-CG
gi|29 : TG-CA----TAATTTCAA---TCTA----TGAATCCA--TTTCTGA-AATG-CGTacacgg
gi|3 : -TGTT---AT--TGTA---A-TATA-CAGAATAT--------TCA-----AGA---A-ACATTA--GGCTT---TAAC-ATTTAACCTGAG-AAA-TGAAC----AT-----TTA-CATCC---------ATTCAAAG-TTATTCTC------AA-----TGAAGTAACA----TAATTTCAAAACGCTC----TGAATCCA--TTTCcacg
gi|30 : gctTGTT-CG----A-TA-TGCA---AGG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TCA-----A-A---gtacaatacttacac
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gi|4 : TGTT-AG----A-TA-TGTA---ATG-TGTA---T-TGTA-CG--ATAT--C-----TGA-----A-A---A-GCTCTC--GACTC---AAAA-AGT--------T-AAA-TGAAT----AT-----C-A-CATCC---------CTTTAAAG-C-ATTTTC------CGCCCTTTGAAATA-CA----TAATTTCAA---TCTT----TGAATCCAT-TTTCTGA-AATG-CGTcatgg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CACGGCAATCTGATTTATATCTACGAACTGTCTCATA