lowQualScore : 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 33333 2 777 33 22 1 99999999999 5555555 1 2 33333 1 222 22 1 2 555 9 2 2 5
lowQualScore : . . . . ..... . ... .. .. . ........... ....... . . ..... . ... .. . . ... . . . .
lowQualScore : 7 7 7 5 44444 9 666 44 00 4 88888888888 9999999 4 8 44444 4 555 00 4 9 777 2 2 4 4
consensus : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--GAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAATGAAG-TNATGGA
Reference ( gi|2 ) : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--TTTGC-ACAATGAAG-TAATGGA
gi|26 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CT
gi|25 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTaat
gi|27 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAaaa
gi|4 : tCCCATC-TTAC-A-TTT-T--A--CGACTT-T--GAA--C--T-C-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAATGAAG-TTATGctaa
gi|15 : CTCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGATTT-TA-AAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CT-----------AG-TAATGGa
gi|5 : tCCCATT-TGAC-A-GTT-T---A-CGACCT-T--GAA--C--T---------------------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-GAA--TTCGC-AAAATAAAG-TTATGGA
gi|13 : CTCATT-TCCT-A-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAAA-C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AAA--CT-----------AG-TAATGGA
gi|24 : tCCTATT-TCAC---GTT-TTAAA-CGATTT-T--AAA--C--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--
gi|1 : CCCATT-TTAC-A-TTT-T--A--CGACCC-T--GAA--C--T-TTTACAGCTAGCA-------TT-T-ACA-----AT-TATAGA--A-G-AAA--TTCGC-ACAATGACG-TTTTGGAactat
gi|29 : aatCCCAAT-TTAC-A-TTC-T--A--CGAATT-T--GAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-
gi|20 : aatCCATT-TCAC-ATGTT-T--AAACGATTT-T--GAA--C--T-T-----------GT------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-A-AA
gi|17 : atCCATT-TCAC-A-GTT-T--AAACGATTT-TTTAAA--C--T-------------G-------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-TAA--Tctaatg
gi|22 : tctCTATT-TCACCA-GTT-T--AA-CGATTT-T--AAA--C--T-TA----------G-------TT-T-ACA-----TC-T---GA--G-G-AAA--CTaactaa
gi|3 : CCATT-TTGC-A-TTT-T--A--CGCTAT-T--GAA--C--T-TTG---------G-------TT-TCACG-----AT-C---CACGG-G-AAA--CTCGCTACAATGAAG-Taaacg
gi|7 : CAAT-TTAC-A-GTT-T--A--CGACTT-TG-AAA--T--T-T-----------G-------TT---ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CT--C-GCAACAAAG-TAATGGAtt
gi|9 : CATT-T-------TT-T--TA-CGAATT-T--GAA--T--T-T-----------G-------TT-TTACA-----AT-C---GA--G-GAAAA--CTCGC-AC-ATGAAG-TTATGGA
gi|6 : CATT-TTAC-A-G-------A-CTATGT-----GA--T--T-T-----------G-------TTGT-CCA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAATGAAGTTATTGGA
gi|28 : taCATT-TCA--A-GTT-T--A--CGAGTT-A--TAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--GTG-AAA--CT
gi|19 : ATTATCAC-A-GTTCT--CA-CCATTTAC--AAAAGC--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAaa
gi|8 : TT-TTAC-A-GTT-T--A--CAACTT-C--GAA--T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTTGC-ACAATGAAG-TAATGGAgctaatgga
gi|10 : TT-TTAC-A-GTT-T--A--CAACTT-C--GAA--T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTTGC-ACAATGAAG-TAATGG
gi|12 : T-TTAC-A-GTT-T--A--CAACTT-C--GAA--T--T-T-----------G-------TT-T--CA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTTGC-ACAATGAAG-TAATGG
gi|23 : T-TCAC-A-GTT-TC-AA-CGATTTGT--AAA--AAAT-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CT
gi|14 : TT-T--TA-CGAATT-T--GAA--T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAGTGAAG-TTATGGAattaatg
gi|18 : caTT-T--TA-TGACTT-T--GGA--T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAATGAGT-TATTGGAa
gi|16 : tTT-T--TA-CGACTT-TTGGAA--T--TAT-----------G-------TT-T-ACATTTTAAT-C---GA--G-G-AAGACTCCGC-ACAATG
gi|11 : atTTT-T--GAA--T--T-T-----------GGGATTGTTT-T-ACA-----AT-C---GA--G-GAAAA--CTCGC--CAATGAAT-T-ATGGA
gi|21 : tccatTT-T--GAA--T--T-T-------------------TT-T-ACA-----ATTC---GA--G-G-AAA--CTCGC-ACAATGAAG-TTATGGAat
gi|30 : tatgaaa-----------G-------TT-T-ACG-----AT-C---GA--G-G-AAA--CTCGC-ATAATGAAG-TTATGGAa
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 22222 22 1 11 555 11 1 9999999999999999999 1 2 33333 1 222 11 1 2 1 1 2 1 5
lowQualScore : . . . . ..... .. . .. ... .. . ................... . . ..... . ... .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 7 7 5 33333 00 4 99 222 99 4 9999999999999999999 3 7 33333 3 444 99 4 8 4 5 2 0 0
consensus : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
Reference ( family-1842 ) : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTNA-TGGA
gi|1 : CCCATT-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CCC-T--GAA---C--T-TTTACAGCTAGCA-------TT-T-ACA-----AT-TATAGA--A-G-AA-ATT-CGC-ACAATGACGTTT-TGGA
gi|10 : aatTT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGG
gi|11 : --TTT-T--GAA---T--T-T-----------GGGATTGTTT-T-ACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC--CAATGAA-TTA-TGGA
gi|12 : tccatT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T--CA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGat
gi|13 : CTCATT-TCCT-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT------------AGTAA-TGGA
gi|14 : tTT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAGTGAAGTTA-TGGA
gi|15 : caCTCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|16 : tTT-T--TA-CGA--CTT-TTGGAA---T--TAT-----------G-------TT-T-ACATTTTAAT-C---GA--G-G-AAGACTCCGC-ACAATGagtaatgg
gi|17 : atCCATT-TCAC-A-GTT-TA-AA-CGATTTTT-T--AAA---C----T-----------G-------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-TA-A
gi|18 : tctTT-T--TA-TGA--CTT-T--GGA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATG-AGTTATTGGAtaactaa
gi|19 : tATTATCAC-A-GTTCT--CA-CCA--TTT-A--CAAAAGC--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-GCT-
gi|2 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ATT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGAaatgga
gi|20 : CCATT-TCAC-ATGTT-T--AAACGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------GT------TT-T-ACA-----AT-C---GA----G-AA-ACT-
gi|21 : atTT-T--GAA---T--T-T-------------------TT-T-ACA-----ATTC---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGAaatg
gi|22 : tatgaaaCTATT-TCACCA-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-TA----------G-------TT-T-ACA-----TC-T---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|23 : T-TCAC-A-GTT-TC-AA-CGA--TTTGT--AAA---AAAT-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaacg
gi|24 : CCTATT-TCAC---GTT-TTAAA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-Aattaatg
gi|25 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-actat
gi|26 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaa
gi|27 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-aat
gi|28 : tCATT-TCA--A-GTT-T--A--CGA--GTT-A--TAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--GTG-AA-ACT-ctaa
gi|29 : CCCAAT-TTAC-A-TTC-T--A--CGA--ATT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-aa
gi|3 : aatCCATT-TTGC-A-TTT-T--A--CGC--TAT-T--GAA---C--T-TTG---------G-------TT-TCACG-----AT-C---CACGG-G-AA-ACT-CGCTACAATGAAGT
gi|30 : -----------G-------TT-T-ACG-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ATAATGAAGTTA-TGGAtt
gi|4 : CCCATC-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---C--T-C-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TG
gi|5 : CCCATT-TGAC-A-GTT-T---A-CGA--CCT-T--GAA---C--T---------------------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-GA-ATT-CGC-AAAATAAAGTTA-TGGAa
gi|6 : CATT-TTAC-A-G-------A-CTA--TGT-----GA---T--T-T-----------G-------TTGT-CCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTATTGGA
gi|7 : taCAAT-TTAC-A-GTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---A--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CG---CAACAAAGTAA-TGGA
gi|8 : TT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGA
gi|9 : CATT-T-------TT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-TTACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC-AC-ATGAAGTTA-TGGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 22222 22 1 11 555 11 1 0000000000000000000 1 2 33333 1 222 11 1 2 1 1 2 5
lowQualScore : . . . . ..... .. . .. ... .. . ................... . . ..... . ... .. . . . . . .
lowQualScore : 7 7 7 5 33333 00 4 99 222 99 4 7777777777777777777 3 7 33333 3 444 99 4 8 4 5 4 3
consensus : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
Reference ( family-1842 ) : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
gi|1 : CCCATT-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CCC-T--GAA---C--T-TTTACAGCTAGCA-------TT-T-ACA-----AT-TATAGA--A-G-AA-ATT-CGC-ACAATGACGTTT-TGGA
gi|10 : aatTT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGG
gi|11 : --TTT-T--GAA---T--T-T-----------GGGATTGTTT-T-ACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC--CAATGAA-TTA-TGGA
gi|12 : tccatT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T--CA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGat
gi|13 : CTCATT-TCCT-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT-
gi|14 : tTT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAGTGAAGTTA-TGGAagtaatgga
gi|15 : caCTCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|16 : tTT-T--TA-CGA--CTT-TTGGAA---T--TAT-----------G-------TT-T-ACATTTTAAT-C---GA--G-G-AAGACTCCGC-ACAATGagtaatgg
gi|17 : atCCATT-TCAC-A-GTT-TA-AA-CGATTTTT-T--AAA---C----T-----------G-------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-TA-A
gi|18 : tctTT-T--TA-TGA--CTT-T--GGA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATG-AGTTATTGGAtaactaa
gi|19 : tATTATCAC-A-GTTCT--CA-CCA--TTT-A--CAAAAGC--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-GCT-
gi|2 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ATT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGAaatgga
gi|20 : CCATT-TCAC-ATGTT-T--AAACGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------GT------TT-T-ACA-----AT-C---GA----G-AA-ACT-
gi|21 : atTT-T--GAA---T--T-T-------------------TT-T-ACA-----ATTC---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGAaatg
gi|22 : tatgaaaCTATT-TCACCA-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-TA----------G-------TT-T-ACA-----TC-T---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|23 : T-TCAC-A-GTT-TC-AA-CGA--TTTGT--AAA---AAAT-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaacg
gi|24 : CCTATT-TCAC---GTT-TTAAA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-Aattaatg
gi|25 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-actat
gi|26 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaa
gi|27 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-aat
gi|28 : tCATT-TCA--A-GTT-T--A--CGA--GTT-A--TAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--GTG-AA-ACT-ctaa
gi|29 : CCCAAT-TTAC-A-TTC-T--A--CGA--ATT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-aa
gi|3 : aatCCATT-TTGC-A-TTT-T--A--CGC--TAT-T--GAA---C--T-TTG---------G-------TT-TCACG-----AT-C---CACGG-G-AA-ACT-CGCTACAATGAAGTT
gi|30 : -----------G-------TT-T-ACG-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ATAATGAAGTTA-TGGAt
gi|4 : CCCATC-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---C--T-C-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TG
gi|5 : CCCATT-TGAC-A-GTT-T--A--CGA--CCT-T--GAA---C--T-T--------------------T-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-GA-ATT-CGC-AAAATAAAGTTA-TGGAa
gi|6 : CATT-TTAC-A-G-------A-CTA--TGT-----GA---T--T-T-----------G-------TTGT-CCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTATTGGA
gi|7 : taCAAT-TTAC-A-GTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---A--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CG---CAACAAAGTAA-TGGA
gi|8 : TT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGA
gi|9 : CATT-T-------TT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-TTACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC-AC-ATGAAGTTA-TGGA
blockSeqs : A C T C TAAA TT G TG AAG AA A GGGATTGT G C TTTTA T . CG T A G C T T
blockSeqs : . . . . AAA . . . A . . TGG . T . . . . . A . . . T
blockSeqs : . . . . AAA . . . A . . GT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CAA . . . . . . AG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AA*** G****************** ***
originalCons : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
finalCons : CCCATT-TCAC-A-GTT-TAA---CGA--TTT-T--GAA---C--T-TG------------------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 22222 22 1 11 555 11 1 0000000000000000000 1 2 33333 1 222 11 1 2 1 1 2 5
lowQualScore : . . . . ..... .. . .. ... .. . ................... . . ..... . ... .. . . . . . .
lowQualScore : 7 7 7 5 33333 00 4 99 222 99 4 7777777777777777777 3 7 33333 3 444 99 4 8 4 5 4 3
consensus : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
Reference ( family-1842 ) : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGA
gi|1 : CCCATT-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CCC-T--GAA---C--T-TTTACAGCTAGCA-------TT-T-ACA-----AT-TATAGA--A-G-AA-ATT-CGC-ACAATGACGTTT-TGGA
gi|10 : aatTT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGG
gi|11 : --TTT-T--GAA---T--T-T-----------GGGATTGTTT-T-ACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC--CAATGAA-TTA-TGGA
gi|12 : tccatT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T--CA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGat
gi|13 : CTCATT-TCCT-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT-
gi|14 : tTT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-T---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAGTGAAGTTA-TGGAagtaatgga
gi|15 : caCTCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAAA--C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|16 : tTT-T--TA-CGA--CTT-TTGGAA---T--TAT-----------G-------TT-T-ACATTTTAAT-C---GA--G-G-AAGACTCCGC-ACAATGagtaatgg
gi|17 : atCCATT-TCAC-A-GTT-TA-AA-CGATTTTT-T--AAA---C----T-----------G-------TT-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-TA-A
gi|18 : tctTT-T--TA-TGA--CTT-T--GGA---T--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATG-AGTTATTGGAtaactaa
gi|19 : tATTATCAC-A-GTTCT--CA-CCA--TTT-A--CAAAAGC--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-GCT-
gi|2 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ATT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGAaatgga
gi|20 : CCATT-TCAC-ATGTT-T--AAACGA--TTT-T--GAA---C--T-T-----------GT------TT-T-ACA-----AT-C---GA----G-AA-ACT-
gi|21 : atTT-T--GAA---T--T-T-------------------TT-T-ACA-----ATTC---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TGGAaatg
gi|22 : tatgaaaCTATT-TCACCA-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-TA----------G-------TT-T-ACA-----TC-T---GA--G-G-AA-ACT-a
gi|23 : T-TCAC-A-GTT-TC-AA-CGA--TTTGT--AAA---AAAT-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaacg
gi|24 : CCTATT-TCAC---GTT-TTAAA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-Aattaatg
gi|25 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-actat
gi|26 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-aaa
gi|27 : CCCATT-TCAC-A-GTT-T--AA-CGA--TTT-T--AAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-aat
gi|28 : tCATT-TCA--A-GTT-T--A--CGA--GTT-A--TAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--GTG-AA-ACT-ctaa
gi|29 : CCCAAT-TTAC-A-TTC-T--A--CGA--ATT-T--GAA---C--T-T-----------G-------TT-T-ACA-----AT-aa
gi|3 : aatCCATT-TTGC-A-TTT-T--A--CGC--TAT-T--GAA---C--T-TTG---------G-------TT-TCACG-----AT-C---CACGG-G-AA-ACT-CGCTACAATGAAGTT
gi|30 : -----------G-------TT-T-ACG-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ATAATGAAGTTA-TGGAt
gi|4 : CCCATC-TTAC-A-TTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---C--T-C-----------G-------TT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTA-TG
gi|5 : CCCATT-TGAC-A-GTT-T--A--CGA--CCT-T--GAA---C--T-T--------------------T-T-ACA-----GT-C---GA--G-G-GA-ATT-CGC-AAAATAAAGTTA-TGGAa
gi|6 : CATT-TTAC-A-G-------A-CTA--TGT-----GA---T--T-T-----------G-------TTGT-CCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CGC-ACAATGAAGTTATTGGA
gi|7 : taCAAT-TTAC-A-GTT-T--A--CGA--CTT-T--GAA---A--T-T-----------T-------GT-T-ACA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-CG---CAACAAAGTAA-TGGA
gi|8 : TT-TTAC-A-GTT-T--A--CAA--CTT-C--GAA---T--T-T-----------G-------TT-T-TCA-----AT-C---GA--G-G-AA-ACT-TGC-ACAATGAAGTAA-TGGA
gi|9 : CATT-T-------TT-T--TA-CGA--ATT-T--GAA---T--T-T-----------G-------TT-TTACA-----AT-C---GA--G-GAAA-ACT-CGC-AC-ATGAAGTTA-TGGA