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Reference ( gi|8 )            :                                                                                                                                       ATTGTCCACATGAT--ATTCTA--AAT---A-CC-T-----C---TTGCTTGA-------A---A---GT----ATA-T-CT--A----GC-----A--TTA--------ATTGGTACAATCTCA-GTCCCAA-----GAA-AGAAGA----T--A-AC----C------CT---T---ATC--AGT-------AC--TG-TT---TCA--AAT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-TAAAATAT--C---G-----AAA-AATTTAGTT---TGT-T--TC----------A----GA--A-GCG-T---TTGAAACTGAAAAA-----GAGT--GAATT--AGGA-ACAGTG----ATTGCC---TTTCAAGA----------------GTC-T----TT--------CGGTATT--GAT-CC-CTA-GGA-CACAAAATA--AAAAGTCAGG
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gi|3                          :                                                                                                                        tagaccaagccttgtacacagtaCATGATCTATTCTG--GATGT-A-CC-T-----C---T-GTTTGATTAACAAA---A---GT----GGA-T-CTTTC----GC-----A--TTA--------ATTGTTACAA------GTCCCAA-----GAA-AAGAAA----C--A-ACGCGTC------TT---T---ATCTAAATAA-----AC--TG-TT---TCA--AA----GCC-A--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-AT-AAAAATAC--CCGAA-----AAA-AATTTTGTTA--TGT-T--TC----------AACTCGA--G-GCGAT---TTG-AATTAGAAAT-----CAGT--GActg
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gi|4                          :                                                                                                                                                  atgtctatcgaatcttatgagtgta-----C---TTGCTTAAT------A---ATTGGT----ATA-T-CT--A----GC-----A--TTA--------ATTATTGGAACCT---------A-----AAA-AGAAGC----C--G-AG----C------CG---T---ATT--AATGACAAAAAT--GG-GT---CCA--ACT---GGC-A--A----GGT------c
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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGTC-A-GT-CCCAA-----GAA-AG--AAG-A----CGAC----C------CNT-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GNT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----T-TT-G--------TT---TGT-TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGAGA------TG---A-A-G-AG--TG-A---A-TTAGAAA-CAGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--G-TA--------------T-NT-----G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                   -TGCTTGAT-------A----A------TTATCATA-TTT--A----GCA--TTAAT----ACAGTGTT-T-GT-CCCTA-----GAA-AG--AA------------------------T-----AT-------C--AT-T-------AT--T-GAT---T-CA--A---CT---GTAA--A----GGT------C--------------AAAA---CGACT---ACAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----TACT-G--------TT---TTT-TCCA----ATATTTTGAAA---AG-TGT---TTAACA-------G---T-A-C-A---TA-A---A-TTG--AA-CAGTG-----G--TTGCAG--T-CAA-AGA--G-TA--------------T-AT-----G-ACC---CTGACT--GAT-TT-TCA-GG
gi|10                         :                                                                                                                                     gtttcgccaatttttatagaatttgtttatttctaatatttttatgtcctcaaaagaaaggacattgttttagaccaaaatcttggttccaccctagaccaagtgttgcaaacaaatcgcgGTACAGT-CC-ACGT-CCCAA-----GAA-A---AAG-AATCGTGAC----CAACTAACTT-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---C-CA--A---ATATAGTCACTA----AGT------C--------------CAAGCTAT-ACT---AAACTA-TG-CG----AGAAAAAA-A-A-----C-AT-G--------TT---TGT-TTCA----G---------A---AA-CGCCGATTGAGC------CA---G-A-G-AGACTG-ACGGG-TTGGAAG-TAG-G-----AACTTGCCCAATGTGA-AGATCA-TAATAACCCACTGGCCT-AT-----G-ACC--GGTT-AT--GAT-TCGCAA-GGA-CACCAAGTATCAAAAGTCgt
gi|11                         :                                                                                                                                                          ATTGTCTA--CTTGAT--ATTCTGAGTGT------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGT----------CCAA-----GAA-AG--AAG-A----CAAC----C------CTT-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CA--A---AT---GCCA--AA---GGT------C--------------AAA----T-ACT---AAAATA-C--CG----A-----AA-T-T-----T-TTTG--------TT---TGT-TTCA----G---------A---AGGCGT---TTGA------------------------------A-TTAGAAA-CGTTG-----A--TTATTC--T--CA-AAA--G-TA--------------T-AT-----G-ACC---GTG--T--GAT-CC-C---AGA-CTCAAA--ATAATAAGTCGG
gi|12                         :                                                                                                                                                   gactcagcTTGACGG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT---GT-TCCTA-----GAA-A---ATG-A----CGAC----C------CAT-----AT-------T--AA-T-------ctg
gi|13                         :                                      tttcgcactttcttggggaaattgcatgtaattattacatgtatttttatatcccctttatgaaagaagggacatcgatttagttcaaatgcctggttttgtttatagacaaggtgATTG-CTA--CATG-T--ATTC-AAGGA-------ATATCT-TGTTTGAT-------A----G------T----ATtaacaatgttgaattaaat
gi|13                         :                                                                                                                                                                         gtataccaagtattgaatacagtTCT-TGTTTGAT-------A----T------T----ATG-TCT--T----GCA--TT----GGTGCAGTGCT-A-GT-CCCAAACATTGAA-AG--AAG-T----CAAT----C------CAA-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---AT---GGCA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ACT---TAATTA-T--CA----A-----GA-A-A-----TATT-G--------TC---TGT-T--A----G---------A---AG-CGT---TTGgtcttgtttgatattatgtcttgcattggtgcagtgctagtcccaaacattgaaagaagtcaatccaaatcaatattggttcaaatggcaatgtcaaactacttaattatcaagaaatattgtctgttagaagcgtttg
gi|14                         :                                                                                          gtataccaagtattgaatacagtattgctacatgtattcaaggaatatcttgtttgatagtatgATTGTCTA--CTTGAT--ATTCTAAGT--------ACCTCT-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TTT--A----GCA--TTAATTGGTA------C-A-GT-CCCAA-----GAA-AG--AAG-A----CACC----C------CAT-----A--------------------------T-G-----T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----A----------------------------------TCA----G---------A---AG-CGT---TT---A------TG---A-GTG-AG--TG-A---A-TTTGAAA-CAGTG-----A--T---------------------------------------T-----G-ACC--GGTA-TT--GAT-TC------------------TCAAAAGTCAGG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  gaccaagt-GT-CCCAA-----GAA-AG--AAG-A----CAAC----C------CTA-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CG--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-C--CG----A-----AC-A-A-----T-TTTG--------TT---TGT-TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGA------------------------------A-TTAGAAA-CAGTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--G-TA--------------T-AT-----G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTCAAA--ATAAAAAGTCAGG
gi|16                         :                                                                                                                                      tatttctaggaatattattatTTGTCTC--CTTGAT--ATTCTAAGTACCTGATTACCTGT-TGTTTGTT-------A----G------T----CTA-TAT--A----GCA--TT---TG-TACAGTGCC-A-GT-CCAAA-----GAA-AC--AAG-A----GAAC----C------AAC-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---TT---GC------------------------------------------ACA---AAAGTA-T--CA------------------------T-G-------------TGT-TTCT----G---------A---TA-CTT---TTGAGAG-----TG---A-A-A-AG--Tct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                agaccaagat-GT-CCTTA-----GAA-AG--AAG-A----ATAT----C------CAG-----ATTGGTTAAC--AA-C-------AT--T-AGG---C-CA--A---CT---GTCA--A----GTT------A--------------AAAC---C-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AC-A-A-----T-atgattttgaggacaca
gi|18                         :                                                                                                                                                             cagtG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT---GT-TCCTA-----GAA-A---ATG-A----CGAC----C------CAT-----AT-------T--AA-TTA-----ACAAT-GTTGAAT-TA--A---AT---GTCA--A----GGTCAATTGC--------------AAAC---T-ACT----TAATA-T--CG----A-----Aaccgtcatcttaatacatgtaccttaagaagcatttggcagaacttacacttttaaaatacagtgcttggtctaaaagattacatg
gi|19                         :                                                                                                                                          tgttgaattaaatgggacgGTCTG--CTTGAT--ATTC--ACT---------CCTCT-CATTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--ATATAGTA--TTA-TCGGTACAATGTT-A-GT-TCCAA-----TAA-AG--AAG-A----CGAC----C------CAT-----AG-------C--AA-T-------AC--T-GAT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AGAC---T-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AT-A-A--------T-G--------TC---TG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTT-T-GTGCCTAG-----GAA-AAACAAGTA----CAAC----CGTATTGATT-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GA----T-CA--ACTTGT---TCCA--A-----GT------C--------------AAAC---C-CCTTTCAAAA-A-T--CG----A-----AA-ATACCGTTT-TT-GGGTTTTTTTT---TCT-CTCA--------------A---AA-TG----TTGAAAAATATTTG---ACA-GAAA--TA-A---A-TTAAGAA-CAGTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--T-GGT---T-CA--A---AT---GACA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ATT---TAATTA-T--TA----A-----AA-A-AGG---T-TT-G--------TC---TAT-T--A----G---------A---AG-TGT---TTGC-------------A-A-G-TG--TGTAC--A-TTTGAGA-CAGTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--A-TA--------------T-AT-----G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          -GT-CCCAT-----GAACAA--AAG-A----CAAC----C------CTT-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GTT---T-CA--A---AT---ACCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ATT---AATTTA-T--CG----A-----AA-A-A-----A-TT-G--------TT---TGT-TTCA----G---------A---AG-CGT---TTAAG--------G---G-T-G-AG--TG-A---A-TTAGAAA-CAGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--G-TA--------------T-AT-----ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ------C--------------AAAG---T-ACT---AAACAA-T--CG----A-----AA-A-A-----A-TT-G--------TT---TGTCTTCA----A---------AAG-AG-CGT---TTGAGAG-----T--------G-AG--TG-A---A-TTAGATG--AGTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--T-TA--------------T-AT-----G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         a-GT-CCCTA-----GAA-AG--AAG-AT---CTAT----A------CATTGATTAT-------C--AA-G-------AC--T-GAG---T-CA--A---AT---GTCA--A----GGT------T--------------AAAcc
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----TGTT-G--------CC---CGT-TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGAGA------
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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CNT-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GNT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAN---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----T---------TT-G--------TT---TGT---TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGAGA------TG---A-A-G-AG--TG-A---A---TTAGAA-A-CAGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|11                         :                                                                                                                                                          ATTGTCTA--CTTGAT--ATTCTGAGTGT------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGT---------CCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CA--A---AT---GCCA--AA---GGT------C--------------AAA----T-ACT---AAAATA-C--CG----A-----AA-T-T-----T---------TTTG--------TT---TGT---TTCA----G---------A---AGGCGT---TTGA------------------------------A---TTAGAA-A-CGTTG-----A--TTATTC--T--CA-AAA--GTA--------------TA-T------G-ACC---GTG--T--GAT-CC-C---AGA-CTCAAA--ATAATAAGTCGG
gi|12                         :                                                                                                                                                   gactcagcTTGACGG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT--GT-TCCTA-----GAA-A-----AT----G-A-C-GAC----C------CAT-----AT-------T--AA-T-------ctg
gi|13                         :                                      tttcgcactttcttggggaaattgcatgtaattattacatgtatttttatatcccctttatgaaagaagggacatcgatttagttcaaatgcctggttttgtttatagacaaggtgATTG-CTA--CATG-T--ATTC-AAGGA-------ATATCT-TGTTTGAT-------A----G------T----ATtaacaatgttgaattaaat
gi|13                         :                                                                                                                                                                         gtataccaagtattgaatacagtTCT-TGTTTGAT-------A----T------T----ATG-TCT--T----GCA--TT----GGTGCAGTGCTA-GT-CCCAAACATTGAA-A--G--AA----G-T-C-AAT----C------CAA-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---AT---GGCA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ACT---TAATTA-T--CA----A-----GA-A-A-----TA--------TT-G--------TC---TGT---T--A----G---------A---AG-CGT---TTGgtcttgtttgatattatgtcttgcattggtgcagtgctagtcccaaacattgaaagaagtcaatccaaatcaatattggttcaaatggcaatgtcaaactacttaattatcaagaaatattgtctgttagaagcgtttg
gi|14                         :                                                                                          gtataccaagtattgaatacagtattgctacatgtattcaaggaatatcttgtttgatagtatgATTGTCTA--CTTGAT--ATTCTAAGT--------ACCTCT-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TTT--A----GCA--TTAATTGGTA------CA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-ACC----C------CAT-----A--------------------------T-G-----T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----A--------------------------------------------TCA----G---------A---AG-CGT---TT---A------TG---A-GTG-AG--TG-A---A---TTTGAA-A-CAGTG-----A--T--------------------------------------T------G-ACC--GGTA-TT--GAT-TC------------------TCAAAAGTCAGG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 gaccaagt-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CTA-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CG--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-C--CG----A-----AC-A-A-----T---------TTTG--------TT---TGT---TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGA------------------------------A---TTAGAA-A-CAGTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTCAAA--ATAAAAAGTCAGG
gi|16                         :                                                                                                                                      tatttctaggaatattattatTTGTCTC--CTTGAT--ATTCTAAGTACCTGATTACCTGT-TGTTTGTT-------A----G------T----CTA-TAT--A----GCA--TT---TG-TACAGTGCCA-GT-CCAAA-----GAA-A--C--AA----G-A-G-AAC----C------AAC-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---TT---GC------------------------------------------ACA---AAAGTA-T--CA--------------------------------T-G-------------TGT---TTCT----G---------A---TA-CTT---TTGAGAG-----TG---A-A-A-AG--Tct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                               agaccaagat-GT-CCTTA-----GAA-A--G--AA----G-A-A-TAT----C------CAG-----ATTGGTTAAC--AA-C-------AT--T-AGG---C-CA--A---CT---GTCA--A----GTT------A--------------AAAC---C-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AC-A-A-----TACCGTCATCTT-A--------ATACATGTACCTTAA----G---------A---AG-CAT---TTG----------G---C-A-G-AACTTA-C---ACTTTTAAAATA-CAGTG-----C--TTGGTC--T-AAA-AGA--TTA--------------CA-T------G-atgattttgaggacaca
gi|18                         :                                                                                                                                                             cagtG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT--GT-TCCTA-----GAA-A-----AT----G-A-C-GAC----C------CAT-----AT-------T--AA-TTA-----ACAAT-GTTGAAT-TA--A---AT---GTCA--A----GGTCAATTGC--------------AAAC---T-ACT----TAATA-T--CG----A-----A
gi|19                         :                                                                                                                                          tgttgaattaaatgggacgGTCTG--CTTGAT--ATTC--ACT---------CCTCT-CATTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--ATATAGTA--TTA-TCGGTACAATGTTA-GT-TCCAA-----TAA-A--G--AA----G-A-C-GAC----C------CAT-----AG-------C--AA-T-------AC--T-GAT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AGAC---T-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AT-A-A----------------T-G--------TC---TG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTTT-GTGCCTAG-----GAA-A--AACAA----GTA-C-AAC----CGTATTGATT-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GA----T-CA--ACTTGT---TCCA--A-----GT------C--------------AAAC---C-CCTTTCAAAA-A-T--CG----A-----AA-ATACCGTTT---------TT-GGGTTTTTTTT---TCT---CTCA--------------A---AA-TG----TTGAAAAATATTTG---ACA-GAAA--TA-A---A---TTAAGA-A-CAGTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--T-GGT---T-CA--A---AT---GACA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ATT---TAATTA-T--TA----A-----AA-A-AGG---T---------TT-G--------TC---TAT---T--A----G---------A---AG-TGT---TTGC-------------A-A-G-TG--TGTAC--A---TTTGAG-A-CAGTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--ATA--------------TA-T------G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--A--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GTT---T-CA--A---AT---ACCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ATT---AATTTA-T--CG----A-----AA-A-A-----A---------TT-G--------TT---TGT---TTCA----G---------A---AG-CGT---TTAAG--------G---G-T-G-AG--TG-A---A---TTAGAA-A-CAGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------C--------------AAAG---T-ACT---AAACAA-T--CG----A-----AA-A-A-----A---------TT-G--------TT---TGTC--TTCA----A---------AAG-AG-CGT---TTGAGAG-----T--------G-AG--TG-A---A---TTAGAT-G--AGTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--TTA--------------TA-T------G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--G--AA----G-ATC-TAT----A------CATTGATTAT-------C--AA-G-------AC--T-GAG---T-CA--A---AT---GTCA--A----GGT------T--------------AAAcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tCA-GT-CTCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----T------CTTT----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CA--A---TA---GCCA--A----GGT------C--------------AAcc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G--------CC---CGT---TTCA----G---------A---AG-CGT---TTGAGA------
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--A--GA----A-A-C-AACGCGTC------TTT-----AT-------CTAAA-TAA-----AC--T-GTT---T-CA--A---A----GCCA--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-ATA---AAAATACC--CG----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G--------TTA--TGT---TTCAACTCG---------A---GG-CGA---TT-------------------------TG-A---A---TTAGAA-ATCAGTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GGgtg
gi|4                          :                                                                                                                                              gtagaccaagaacagGTCTG--CTTAAT--TAACTAGAGA-------ACGCCT-TGCTTAAT-------AATTGG------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATT-----ATTGGAA----CCTAA------AA-A--G--AA----G-C-C-GAG----C------CGT-----AT-------T--AA-TGACAAAAAT--G-GGT---C-CA--A---CT---GGCA--A----GGT------
gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAG----C------CTT-----AT-------C--AAAT-------AC--TTGTT---T-CGGCA---AT---GCCA--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT--AAAATA----CA----A-----AA-A-AAA---TA--------TT-G--------TT---TTT---ATCA----G---------ATGAAG-CGT---TTAA-A------TT---T-A-G-AA-----A---A---CCA--A-G-CAA-------A--TTACC---T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--GA--A----G-A-C-AAC----C--CN------T-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GNT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAN---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----T---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A----G---------A---AG-CGT---TTGA-----G--A--GA-AGAGTG-A---A---TTAGAA-A--CA-GTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|13                         :                                                                                                                                                                         gtataccaagtattgaatacagtTCT-TGTTTGAT-------A----T------T----ATG-TCT--T----GCA--TT----GGTGCAGTGCTA-GT-CCCAAACATTGAA-A--GA--A----G-T-C-AAT----C--CA------A-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---AT---GGCA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ACT---TAATTA-T--CA----A-----GA-A-A-----TA--------TT-G----TC---TGT---T---------------A----G---------A---AG-CGT---TTGgtcttgtttgatattatgtcttgcattggtgcagtgctagtcccaaacattgaaagaagtcaatccaaatcaatattggttcaaatggcaatgtcaaactacttaattatcaagaaatattgtctgttagaagcgtttg
gi|14                         :                                                                                          gtataccaagtattgaatacagtattgctacatgtattcaaggaatatcttgtttgatagtatgATTGTCTA--CTTGAT--ATTCTAAGT--------ACCTCT-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TTT--A----GCA--TTAATTGGTA------CA-GT-CCCAA-----GAA-A--GA--A----G-A-C-ACC----C--CA------T-----A--------------------------T-G-----T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----A----------------------------------------TC-------------A----G---------A---AG-CGT---TTAT-----G--A--G--TGAGTG-A---A---TTTGAA-A--CA-GTG-----A--T--------------------------------------T------G-ACC--GGTA-TT--GAT-TC------------------TCAAAAGTCAGG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 gaccaagt-GT-CCCAA-----GAA-A--GA--A----G-A-C-AAC----C--CT------A-----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CG--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ACT---AAAATA-C--CG----A-----AC-A-A-----T---------TTTG----TT---TGT---TTC-------------A----G---------A---AG-CGT---TTGA-------------------------A---TTAGAA-A--CA-GTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTCAAA--ATAAAAAGTCAGG
gi|16                         :                                                                                                                                      tatttctaggaatattattatTTGTCTC--CTTGAT--ATTCTAAGTACCTGATTACCTGT-TGTTTGTT-------A----G------T----CTA-TAT--A----GCA--TT---TG-TACAGTGCCA-GT-CCAAA-----GAA-A--CA--A----G-A-G-AAC----C--AA------C-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GGT---T-CA--A---TT---GC------------------------------------------ACA---AAAGTA-T--CA--------------------------------T-G---------TGT---TTC-------------T----G---------A---TA-CTT---TTGA-----G--AGTGA-AAAGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                               agaccaagat-GT-CCTTA-----GAA-A--GA--A----G-A-A-TAT----C--CA------G-----ATTGGTTAAC--AA-C-------AT--T-AGG---C-CA--A---CT---GTCA--A----GTT------A--------------AAAC---C-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AC-A-A-----TACCGTCATCTT-A----ATACATGTACCTTA-------------A----G---------A---AG-CAT---TTGG-----C--A--GA-A-CTTA-C---ACTTTTAAAATA--CA-GTG-----C--TTGGTC--T-AAA-AGA--TTA--------------CA-T------G-atgattttgaggacaca
gi|18                         :                                                                                                                                                             cagtG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT--GT-TCCTA-----GAA-A---A--T----G-A-C-GAC----C--CA------T-----AT-------T--AA-TTA-----ACAAT-GTTGAAT-TA--A---AT---GTCA--A----GGTCAATTGC--------------AAAC---T-ACT----TAATA-T--CG----A-----A
gi|19                         :                                                                                                                                          tgttgaattaaatgggacgGTCTG--CTTGAT--ATTC--ACT---------CCTCT-CATTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--ATATAGTA--TTA-TCGGTACAATGTTA-GT-TCCAA-----TAA-A--GA--A----G-A-C-GAC----C--CA------T-----AG-------C--AA-T-------AC--T-GAT---T-CA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AGAC---T-ACT---ACTATA-T--CG----A-----AT-A-A----------------T-G----TC---TG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTTT-GTGCCTAG-----GAA-A--AACAA----GTA-C-AAC----C--GTATTGATT-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GA----T-CA--ACTTGT---TCCA--A-----GT------C--------------AAAC---C-CCTTTCAAAA-A-T--CG----A-----AA-ATACCGTTT---------TT-GGGTTTT---TTT---TTCTCTCAAAATGTTGA----A---------A---AA-TAT---TTGA-----C--A--GA---AATA-A---A---TTAAGA-A--CA-GTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--T-GGT---T-CA--A---AT---GACA--A----TGT------C--------------AAAC---T-ATT---TAATTA-T--TA----A-----AA-A-AGG---T---------TT-G----TC---TAT---T---------------A----G---------A---AG-TGT---TTG------------CA-AGTGTGTAC--A---TTTGAG-A--CA-GTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--ATA--------------TA-T------G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--AA--A----G-A-C-AAC----C--CT------T-----AT-------C--AA-T-------AT--T-GTT---T-CA--A---AT---ACCA--A----GGT------C--------------AAAG---T-ATT---AATTTA-T--CG----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A----G---------A---AG-CGT---TTAA-----G-----GG-TGAGTG-A---A---TTAGAA-A--CA-GTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------C--------------AAAG---T-ACT---AAACAA-T--CG----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGTC--TTC-------------A----A---------AAG-AG-CGT---TTGA-----G--A--G--TGAGTG-A---A---TTAGAT-G---A-GTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--TTA--------------TA-T------G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--GA--A----G-ATC-TAT----A--CA------TTGATTAT-------C--AA-G-------AC--T-GAG---T-CA--A---AT---GTCA--A----GGT------T--------------AAAcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tCA-GT-CTCAA-----GAA-A--GA--A----G-A-C-AAC----T--CT------TT----AT-------C--AA-T-------AC--T-GTT---T-CA--A---TA---GCCA--A----GGT------C--------------AAcc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---T-ACT---AAAATA-T--CG----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G----CC---CGT---TTC-------------A----G---------A---AG-CGT---TTGA-----G--A--G
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--AG--A----A-A-C-AACGCGTC--TT------T-----AT-------CTAAA-TAA-----AC--T-GTT---T-CA--A---A----GCCA--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-ATA---AAAATACC--CG----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G----TTA--TGT---TTC-------------AACTCG---------A---GG-CGA---TT--------------------TG-A---A---TTAGAA-AT-CA-GTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GGtg
gi|4                          :                                                                                                                                              gtagaccaagaacagGTCTG--CTTAAT--TAACTAGAGA-------ACGCCT-TGCTTAAT-------AATTGG------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATT-----ATTGGAA----CCTAA------AA-A--GA--A----G-C-C-GAG----C--CG------T-----AT-------T--AA-TGACAAAAAT--G-GGT---C-CA--A---CT---GGCA--A----GGT------
gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--GA--A----G-A-C-AAG----C--CT------T-----AT-------C--AAAT-------AC--TTGTT---T-CGGCA---AT---GCCA--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT--AAAATA----CA----A-----AA-A-AAA---TA--------TT-G----TT---TTT---ATC-------------A----G---------ATGAAG-CGT---TTAA---------------------A---T---TTAGAA-AACCAAGCA-----A--ATTACC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
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gi|7                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCTG---TTGAT--ATT--AAAGA-------ACCTCC--GTTTAAT-------G----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CC--A-----AAA-A--GA--A----G-A-C-AAC----C--CA------TGCA--AT-------C--AA-G-------AT--T-GGT---TTCA--A---AT---GCCA--A----GGT------C--------------AAAC---T-ACT---ACAATA-TAACA----A-----AATA-A-----TG--------TT-T----CC---TGT---TT-------------------G---------A---GG-CAT---TTGA-----G-----CA-CAAGTA-C---AT--TTGGAC-A--CA-GTG-----A--GTGCTC--T-T-A-AGA--GT---------------TA-TTTAAAAG-ACC--CTTA--T--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GA--ATCAAAAGTTAGGc
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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CNT-----AT-------C--AAT-------AC--TGNT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAN---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A----G---------AA-G--CGT---T------TGAG--AGAGAG--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|16                         :                                                                                                                                      tatttctaggaatattattatTTGTCTC--CTTGAT--ATTCTAAGTACCTGATTACCTGT-TGTTTGTT-------A----G------T----CTA-TAT--A----GCA--TT---TG-TACAGTGCCA-GT-CCAAA-----GAA-A--C--AA----G-A-G-AAC----C------AAC-----AT-------C--AAT-------AT--TGGT---T-CA--A---TT---GC-------------------------------------------AC-A---AAAGTA-T--C--A--------------------------------T-G---------TGT---TTC-------------T----G---------AT-A--CTT---T------TGAG--AGTGAct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                               agaccaagat-GT-CCTTA-----GAA-A--G--AA----G-A-A-TAT----C------CAG-----ATTGGTTAAC--AAC-------AT--TAGG---C-CA--A---CT---GTC-A--A----GTT------A--------------AAAC---C-AC-T---ACTATA-T--C--G----A-----AC-A-A-----TACCGTCATCTT-A----ATACATGTACCTTA-------------A----G---------AA-G--CAT---T------TGGC--AGAACT--TAC---ACTTTTAA-AATA-C--AGTG-----C--TTGGTC--T-AAA-AGA--TTA--------------CA-T------G-aaagtatgattttgaggacaca
gi|18                         :                                                                                                                                                             cagtG--CTTGAT--AAT-TAAG-G-------ATCTTAATGCTTGAT-------A----G------TTATTGTA-TCT--A----GCA--TTAAT------AATGTT--GT-TCCTA-----GAA-A-----AT----G-A-C-GAC----C------CAT-----AT-------T--AATTA-----ACAATGTTGAAT-TA--A---AT---GTC-A--A----GGTCAATTGC--------------AAAC---T-AC-T----TAATA-T--C--G----A-----A
gi|19                         :                                                                                                                                          tgttgaattaaatgggacgGTCTG--CTTGAT--ATTC--ACT---------CCTCT-CATTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--ATATAGTA--TTA-TCGGTACAATGTTA-GT-TCCAA-----TAA-A--G--AA----G-A-C-GAC----C------CAT-----AG-------C--AAT-------AC--TGAT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AGAC---T-AC-T---ACTATA-T--C--G----A-----AT-A-A----------------T-G----TC---TG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTTT-GTGCCTAG-----GAA-A--AACAA----GTA-C-AAC----CGTATTGATT-----AT-------C--AAT-------AT--TGA----T-CA--ACTTGT---TCC-A--A-----GT------C--------------AAAC---C-CC-TTTCAAAA-A-T--C--G----A-----AA-ATACCGTTT---------TT-GGGTTTT---TTT---TTCTCTCAAAATGTTGA----A---------AA-A--TAT---T------TGAC--AGA-AA--TAA---A---TTAA-GA-A-C--AGTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--TGGT---T-CA--A---AT---GAC-A--A----TGT------C--------------AAAC---T-AT-T---TAATTA-T--T--A----A-----AA-A-AGG---T---------TT-G----TC---TAT---T---------------A----G---------AA-G--TGT---T------TGCA--AGTGTG--TAC---A---TTTG-AG-A-C--AGTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--ATA--------------TA-T------G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--A--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AT--TGTT---T-CA--A---AT---ACC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AT-T---AATTTA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A----G---------AA-G--CGT---T------TAAG--GGTGAG--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------C--------------AAAG---T-AC-T---AAACAA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGTC--TTC-------------A----A---------AA-GAGCGT---T------TGAG--AGTGAG--TGA---A---TTAG-AT-G----AGTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--TTA--------------TA-T------G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--G--AA----G-ATC-TAT----A------CATTGATTAT-------C--AAG-------AC--TGAG---T-CA--A---AT---GTC-A--A----GGT------T--------------AAAcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tCA-GT-CTCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----T------CTTT----AT-------C--AAT-------AC--TGTT---T-CA--A---TA---GCC-A--A----GGT------C--------------AAcc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G----CC---CGT---TTC-------------A----G---------AA-G--CGT---T------TGAG--AG
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--A--GA----A-A-C-AACGCGTC------TTT-----AT-------CTAAATAA-----AC--TGTT---T-CA--A---A----GCC-A--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-AT-A---AAAATACC--C--G----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G----TTA--TGT---TTC-------------AACTCG---------AG-G--CGA---T------T-------------TGA---A---TTAG-AA-ATC--AGTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GGtg
gi|4                          :                                                                                                                                              gtagaccaagaacagGTCTG--CTTAAT--TAACTAGAGA-------ACGCCT-TGCTTAAT-------AATTGG------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATT-----ATTGGAA----CCTAA------AA-A--G--AA----G-C-C-GAG----C------CGT-----AT-------T--AATGACAAAAAT--GGGT---C-CA--A---CT---GGC-A--A----GGT------
gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAG----C------CTT-----AT-------CA-AAT-------ACT-TGTT---T-CGGCA---AT---GCC-A--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT---AAAATA----CAAA----A-----AA-A-A-----TA--------TT-G----TT---TTT---ATC-------------AGAT-G---------AA-G--CGT---T------TAA-------------A---T---TTAGAAA-A-CCAAGCA-----A--ATTACC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
gi|6                          :                                                                                                                                            tagatccaagcatgATTGTCTG--CTTGAT--ATTAAAAG-A-------ACCTCC-TGTTTAAT-------T----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CCCAT-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAT-------AT--TGGT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-T--C-------------AA-A-A-----T---------AT-G----TTTCCTGT---TT-------------------G---------AG-G--CAT---T------TGAG--CACAAG--TAC---A---TTTG-AC-A-C--AGTG-----A--TTGCTC--T-TTA-AGA--GTATT------------TA-TAAA---G-ACC--CTTA-TT--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GG--ATCAAAAGTTAGGt
gi|7                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCTG---TTGAT--ATT--AAAGA-------ACCTCC--GTTTAAT-------G----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CC--A-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAG-------AT--TGGT---TTCA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-TAAC--A----A-----AATA-A-----TG--------TT-T----CC---TGT---TT-------------------G---------AG-G--CAT---T------TGAG--CACAAG--TAC---AT--TTGG-AC-A-C--AGTG-----A--GTGCTC--T-T-A-AGA--GT---------------TA-TTTAAAAG-ACC--CTTA--T--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GA--ATCAAAAGTTAGGc
gi|8                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCCA--CATGAT--ATTCTAAAT--------ACCTCT-TGCTTGAA-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAATCTCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-T-AAC----C------CTT-----AT-------C--AGT-------AC--TGTT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TTAG----TT---TGT---TTC-------------A----G---------AA-G--CGT---TTGAAACTGAA--AAAGAG--TGA---A---TTAG-GA-A-C--AGTG-----A--TTGCCT--T-TCA-AGA--GTC--------------TT-T----------C--GGTA-TT--GAT-CC-CTA-GGA-CACAAA--ATAAAAAGTCAGGgg
gi|9                          :                                                                                                                                                                      TGAT--ATTCTGAGTGT------ACCTCC-TGTTTG-T------------G------T----A-A-TCT--A-----CA--TTA-TTGGTACAGCGCCA--------A-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AC--TG-T---T-C---A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T----AAATA-C--C--GAAAAA-----AA-A-A-----T---------GT-G----TT---TCT---TCC-------------A----G---------AA-G--C-T---T--------------------TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--GTA--------------TATT------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTTAAA--A--AAAAGTCAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TATGTAGACCAATCATTGTATATACTTAATATTCTACGTATCTCTTGTTTGAT






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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CNT-----AT-------C--AAT-------AC--TGNT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAN---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGC-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--A--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AT--TGTT---T-CA--A---AT---ACC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AT-T---AATTTA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTA--AG--GGT-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
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gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--G--AA----G-ATC-TAT----A------CATTGATTAT-------C--AAG-------AC--TGAG---T-CA--A---AT---GTC-A--A----GGT------T--------------AAAcc
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G----CC---CGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGT-------G
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--A--GA----A-A-C-AACGCGTC------TTT-----AT-------CTAAATAA-----AC--TGTT---T-CA--A---A----GCC-A--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-AT-A---AAAATACC--C--G----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G----TTA--TGT---TTC-------------A--------------------AC---TCG--AG---GC-------GATT--TGA---A---TTAG-AA-ATC--AGTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GG
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gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAG----C------CTT-----AT-------CA-AAT-------ACT-TGTT---T-CGGCA---AT---GCC-A--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT---AAAATA----CAAA----A-----AA-A-A-----TA--------TT-G----TT---TTT---ATC-------------AGATG---------AA-G--CGT---TTA--A---------------------A---T---TTAGAAA-A-CCAAGCA-----A--ATTACC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
gi|6                          :                                                                                                                                            tagatccaagcatgATTGTCTG--CTTGAT--ATTAAAAG-A-------ACCTCC-TGTTTAAT-------T----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CCCAT-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAT-------AT--TGGT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-T--C-------------AA-A-A-----T---------AT-G----TTTCCTGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---A---TTTG-AC-A-C--AGTG-----A--TTGCTC--T-TTA-AGA--GTATT------------TA-TAAA---G-ACC--CTTA-TT--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GG--ATCAAAAGTTAGGt
gi|7                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCTG---TTGAT--ATT--AAAGA-------ACCTCC--GTTTAAT-------G----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CC--A-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAG-------AT--TGGT---TTCA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-TAAC--A----A-----AATA-A-----TG--------TT-T----CC---TGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---AT--TTGG-AC-A-C--AGTG-----A--GTGCTC--T-T-A-AGA--GT---------------TA-TTTAAAAG-ACC--CTTA--T--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GA--ATCAAAAGTTAGGc
gi|8                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCCA--CATGAT--ATTCTAAAT--------ACCTCT-TGCTTGAA-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAATCTCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-T-AAC----C------CTT-----AT-------C--AGT-------AC--TGTT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TTAG----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--A---AACTGAAAAAGA-G--TGA---A---TTAG-GA-A-C--AGTG-----A--TTGCCT--T-TCA-AGA--GTC--------------TT-T----------C--GGTA-TT--GAT-CC-CTA-GGA-CACAAA--ATAAAAAGTCAGGgg
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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CNT-----AT-------C--AAT-------AC--TGNT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAN---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGC-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTTT-GTGCCTAG-----GAA-A--AACAA----GTA-C-AAC----CGTATTGATT-----AT-------C--AAT-------AT--TGA----T-CA--ACTTGT---TCC-A--A-----GT------C--------------AAAC---C-CC-TTTCAAAA-A-T--C--G----A-----AA-ATACCGTTT---------TT-GGGTTTT---TTT---TTCTCTCAAAATGTTGA---A---------AA-A--TAT---TTG--AC--AG--------AA-A--TAA---A---TTAA-GA-A-C--AGTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--TGGT---T-CA--A---AT---GAC-A--A----TGT------C--------------AAAC---T-AT-T---TAATTA-T--T--A----A-----AA-A-AGG---T---------TT-G----TC---TAT---T---------------A---G---------AA-G--TGT---TTG--CA--AGT-------GT-G--TAC---A---TTTG-AG-A-C--AGTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--ATA--------------TA-T------G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--A--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AT--TGTT---T-CA--A---AT---ACC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AT-T---AATTTA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTA--AG--GGT-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------C--------------AAAG---T-AC-T---AAACAA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGTC--TTC-------------A---A---------AA-GAGCGT---TTG--AG--AGT-------GA-G--TGA---A---TTAG-AT-G----AGTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--TTA--------------TA-T------G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--G--AA----G-ATC-TAT----A------CATTGATTAT-------C--AAG-------AC--TGAG---T-CA--A---AT---GTC-A--A----GGT------T--------------AAAcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tCA-GT-CTCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----T------CTTT----AT-------C--AAT-------AC--TGTT---T-CA--A---TA---GCC-A--A----GGT------C--------------AAcc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G----CC---CGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGT-------G
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--A--GA----A-A-C-AACGCGTC------TTT-----AT-------CTAAATAA-----AC--TGTT---T-CA--A---A----GCC-A--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-AT-A---AAAATACC--C--G----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G----TTA--TGT---TTC-------------A--------------------AC---TCG--AG---GC-------GATT--TGA---A---TTAG-AA-ATC--AGTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GG
gi|4                          :                                                                                                                                              gtagaccaagaacagGTCTG--CTTAAT--TAACTAGAGA-------ACGCCT-TGCTTAAT-------AATTGG------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATT-----ATTGGAA----CCTAA------AA-A--G--AA----G-C-C-GAG----C------CGT-----AT-------T--AATGACAAAAAT--GGGT---C-CA--A---CT---GGC-A--A----GGT------
gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAG----C------CTT-----AT-------CA-AAT-------ACT-TGTT---T-CGGCA---AT---GCC-A--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT---AAAATA----CAAA----A-----AA-A-A-----TA--------TT-G----TT---TTT---ATC-------------AGATG---------AA-G--CGT---TTA--A---------------------A---T---TTAGAAA-A-CCAAGCA-----A--ATTACC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
gi|6                          :                                                                                                                                            tagatccaagcatgATTGTCTG--CTTGAT--ATTAAAAG-A-------ACCTCC-TGTTTAAT-------T----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CCCAT-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAT-------AT--TGGT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-T--C-------------AA-A-A-----T---------AT-G----TTTCCTGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---A---TTTG-AC-A-C--AGTG-----A--TTGCTC--T-TTA-AGA--GTATT------------TA-TAAA---G-ACC--CTTA-TT--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GG--ATCAAAAGTTAGGt
gi|7                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCTG---TTGAT--ATT--AAAGA-------ACCTCC--GTTTAAT-------G----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CC--A-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAG-------AT--TGGT---TTCA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-TAAC--A----A-----AATA-A-----TG--------TT-T----CC---TGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---AT--TTGG-AC-A-C--AGTG-----A--GTGCTC--T-T-A-AGA--GT---------------TA-TTTAAAAG-ACC--CTTA--T--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GA--ATCAAAAGTTAGGc
gi|8                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCCA--CATGAT--ATTCTAAAT--------ACCTCT-TGCTTGAA-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAATCTCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-T-AAC----C------CTT-----AT-------C--AGT-------AC--TGTT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TTAG----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--A---AACTGAAAAAGA-G--TGA---A---TTAG-GA-A-C--AGTG-----A--TTGCCT--T-TCA-AGA--GTC--------------TT-T----------C--GGTA-TT--GAT-CC-CTA-GGA-CACAAA--ATAAAAAGTCAGGgg
gi|9                          :                                                                                                                                                                      TGAT--ATTCTGAGTGT------ACCTCC-TGTTTG-T------------G------T----A-A-TCT--A-----CA--TTA-TTGGTACAGCGCCA--------A-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AC--TG-T---T-C---A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T----AAATA-C--C--GAAAAA-----AA-A-A-----T---------GT-G----TT---TCT---TCC-------------A---G---------AA-G--C-T---T------------------------TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--GTA--------------TATT------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTTAAA--A--AAAAGTCAGG


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   TGTT          AA        AACAATGAT                  C   .  .      .   AATT      G GCTA   .     .       . AAC    .    . . .   .    AA     T GCA    .       A    TA       T   T .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . G  .  .    .      T . CCGTTT           A .     TCC   C     AGATG                        . .    .     .  GCCAGAGAGAC           .   T      .  . . .     CTGA  .       .  . C .   .    TT              . AAA    .   G    TA  .    GC CC  .   CTCAAA     C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   TGT           T         AGTTATT                    .   .  .      .   AATT      A GCCA   .     .       . G      .    . . .   .    .      A GCA    .       .    AA       .   G .   .  .  .    .     . .  .      .      .                G    .  . .        . .  .  .    .      . . AATT             . .     A     .     AG                           . .    .     .  GAGTGAG               .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   G    AT  .    T  TT  .   CTCAAA     A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    AT   TGT           T         AGTTATT                    .   .  .      .   AATT      G GTTA   .     .       . G      .    . . .   .    .      A T      .       .    .        .   T .   .  .  .    .     . .  .      .      .                G    .  . .        . .  .  .    .      . . GGT              . .     .     .     AG                           . .    .     .  AAGTGTG               .   .      .  . . .     .     .       .  . A .   .    .               . .      .   G    GT  .    C  TC  .   CTCAAA     C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   GA            T         AGCTAGT                    .   .  .      .   AATT      G GTTT   .     .       . G      .    . . .   .    .      A .      .       .    .        .   G .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . TA               . .     .     .     AG                           . .    .     .  GGGTGAG               .   .      .  . . .     .     .       .  . A .   .    .               . .      .   C    GT  .    T  CC  .   CACAAA     C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   GA            T         AATTGGT                    .   .  .      .   AATT      A GGAA   .     .       . G      .    . . .   .    .      T .      .       .    .        .   G .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . TG               . .     .     .     AG                           . .    .     .  GAGTGAG               .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   G    TG  .    C  CC  .   CTTAAA     C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   TG            T         AGT                        .   .  .      .   AATT      A GCCA   .     .       . C      .    . . .   .    .      A .      .       .    .        .   T .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . TA               . .     .     .     AG                           . .    .     .  GGCGATT               .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   G    AT  .    T  TC  .   TACGG      C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    AA   GA            T         AGT                        .   .  .      .   AAT       G GCCA   .     .       . G      .    . . .   .    .      A .      .       .    .        .   A .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . TG               . .     .     .     TG                           . .    .     .  GCACAAG               .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   C    AT  .    C  TC  .   TACGA      A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   GA            C         ATT                        .   .  .      .   AAT       G CTCA   .     .       . G      .    . . .   .    .      A .      .       .    .        .   A .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . C                . .     .     .     AG                           . .    .     .  GCACAAG               .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   C    AT  .    C  CT  .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    CT   G             T         AGT                        .   .  .      .   ATC       T GCCA   .     .       . A      .    . . .   .    .      A .      .       .    .        .   G .   .  .  .    .     . .  .      .      .                G    .  . .        . .  .  .    .      . . T                . .     .     .     AG                           . .    .     .  CAGAAA                .   .      .  . . .     .     .       .  . T .   .    .               . .      .   G    GT  .    .  CC  .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    T    T             C         AGT                        .   .  .      .   ATT       A GTT    .     .       . G      .    . . .   .    .      T .      .       .    .        .   T .   .  .  .    .     . .  .      .      .                G    .  . .        . .  .  .    .      . . T                . .     .     .     AG                           . .    .     .  GAACT                 .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   G    G   .    .  C   .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    C    G             C         AGT                        .   .  .      .   T         T GTT    .     .       . G      .    . . .   .    .      T .      .       .    .        .   A .   .  .  .    .     . .  .      .      .                A    .  . .        . .  .  .    .      . . A                . .     .     .     AA                           . .    .     .  .                     .   .      .  . . .     .     .       .  . C .   .    .               . .      .   .    A   .    .  .   .               
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .       .    C    A             T         TGT                        .   .  .      .   .         A CA     .     .       . G      .    . . .   .    .      T .      .       .    .        .   T .   .  .  .    .     . .  .      .      .                C    .  . .        . .  .  .    .      . . T                . .     .     .     AG                           . .    .     .  .                     .   .      .  . . .     .     .       .  . . .   .    .               . .                                               
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TATGTAGACCAATCATTGTATATACTTAATATTCTACGTATCTCTTGTTTGAT






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Reference ( family-1834 )     :                                                                                                                                                          ATTGTCTG--CTTGAT--ATTCTAAGTG-------ACCTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTGCCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CNT-----AT-------C--AAT-------AC--TGNT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAN---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGC-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGCCC--T-TCA-AGA--GTA--------------TA-T------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CNCAAA--ATCAAAAGTCAGG
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGATACAGTGTTT-GTGCCTAG-----GAA-A--AACAA----GTA-C-AAC----CGTATTGATT-----AT-------C--AAT-------AT--TGA----T-CA--ACTTGT---TCC-A--A-----GT------C--------------AAAC---C-CC-TTTCAAAA-A-T--C--G----A-----AA-ATACCGTTT---------TT-GGGTTTT---TTT---TTCTCTCAAAATGTTGA---A---------AA-A--TAT---TTG--AC--AG--------AA-A--TAA---A---TTAA-GA-A-C--AGTG-----G--T
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tagcattgttatgttctcctttagaaacaataggcattaacattagctgaaattgttggttcgtctgtagaccaagtgttgtagc--TGGT---T-CA--A---AT---GAC-A--A----TGT------C--------------AAAC---T-AT-T---TAATTA-T--T--A----A-----AA-A-AGG---T---------TT-G----TC---TAT---T---------------A---G---------AA-G--TGT---TTG--CA--AGT-------GT-G--TAC---A---TTTG-AG-A-C--AGTG-----T--TTGCTC--T-TAA-AGA--ATA--------------TA-T------G-ACT--CATG-TT--GAT--T-TTA-GG----------ATCAAAAGTCGGGgctgtctaacccagatatgaaccctttaagcctattgatttcagggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         -GT-CCCAT-----GAACA--A--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AT--TGTT---T-CA--A---AT---ACC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AT-T---AATTTA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTA--AG--GGT-------GA-G--TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTGTCC--T-TCA-ATA--GTA--------------TA-T------ct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ------C--------------AAAG---T-AC-T---AAACAA-T--C--G----A-----AA-A-A-----A---------TT-G----TT---TGTC--TTC-------------A---A---------AA-GAGCGT---TTG--AG--AGT-------GA-G--TGA---A---TTAG-AT-G----AGTGCTGA-A--CTGCCC--T-TC--AGA--TTA--------------TA-T------G-GCC--GGTT-GG--GAT-TC-TCACGGATCACAAG--ATCAAAAGT
gi|23                         :                                                                                                                                                           TTGTCTG--CTTAAT--GT-CTAAAGA-------ACATCT-TGCTTGAT-------A----GCTAG--T----ATA-TCT--A----GCT--TT
gi|24                         :                                                                                                                                                gcacaccaagtgTGTCTA--TCGAAT--CTTATGAGTG-------TACTCC-TGTTTGAT-------A----G------T----ATATTCT--A----GCA--TTAATTGGTACAGTcccattagaaagaagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        a-GT-CCCTA-----GAA-A--G--AA----G-ATC-TAT----A------CATTGATTAT-------C--AAG-------AC--TGAG---T-CA--A---AT---GTC-A--A----GGT------T--------------AAAcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tCA-GT-CTCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----T------CTTT----AT-------C--AAT-------AC--TGTT---T-CA--A---TA---GCC-A--A----GGT------C--------------AAcc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----TG--------TT-G----CC---CGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--AG--AGT-------G
gi|3                          :                                                                                                                                                            TGTCTGTGCATGATCTATTCTGGATGT------ACCTC--TGTTTGATTAACAAAA----G------T----GGA-TCTTTC----GCA--TTAATTGTTACA-----A-GT-CCCAA-----GAA-A--A--GA----A-A-C-AACGCGTC------TTT-----AT-------CTAAATAA-----AC--TGTT---T-CA--A---A----GCC-A--GGAACGGT------TCAATTTCATAGAAAAAAA---C-AT-A---AAAATACC--C--G----A-----AA-A-AAAT--T---------TT-G----TTA--TGT---TTC-------------A--------------------AC---TCG--AG---GC-------GATT--TGA---A---TTAG-AA-ATC--AGTGAGCTCA--TACCCC--T-TCACAAA--GTA--------------TA-T------GAACCCAGGTATTT--GATGCC-CCA-GG
gi|4                          :                                                                                                                                              gtagaccaagaacagGTCTG--CTTAAT--TAACTAGAGA-------ACGCCT-TGCTTAAT-------AATTGG------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATT-----ATTGGAA----CCTAA------AA-A--G--AA----G-C-C-GAG----C------CGT-----AT-------T--AATGACAAAAAT--GGGT---C-CA--A---CT---GGC-A--A----GGT------
gi|5                          : ttattattcaatacttgttaactatatagttgatgcatatagaacttgcttggagtacagttgacccctttaataaaagaagtgacattgcggtagacgcaaaattttggtttctgcctgtagaccaaatgttgtctgtttaattactagagaacTGTTTC--TTTGAT--ATTCTGAGTGTT-----ACCTCC-TGTTTGAT-------A----ACAATGAT----ATACTCT--A----GCACTTTAATTGG----AT-CTA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAG----C------CTT-----AT-------CA-AAT-------ACT-TGTT---T-CGGCA---AT---GCC-A--G----GGT------C--------------AAAG---T-ACTT---AAAATA----CAAA----A-----AA-A-A-----TA--------TT-G----TT---TTT---ATC-------------AGATG---------AA-G--CGT---TTA--A---------------------A---T---TTAGAAA-A-CCAAGCA-----A--ATTACC--T-TCA-AAA--GTA--------------TA-T------G-A-C--GGTA-TTTAGATGCC-CCA-GGA-CTCAAA--AT-AAAAGTCAGG
gi|6                          :                                                                                                                                            tagatccaagcatgATTGTCTG--CTTGAT--ATTAAAAG-A-------ACCTCC-TGTTTAAT-------T----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CCCAT-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAT-------AT--TGGT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-T--C-------------AA-A-A-----T---------AT-G----TTTCCTGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---A---TTTG-AC-A-C--AGTG-----A--TTGCTC--T-TTA-AGA--GTATT------------TA-TAAA---G-ACC--CTTA-TT--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GG--ATCAAAAGTTAGGt
gi|7                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCTG---TTGAT--ATT--AAAGA-------ACCTCC--GTTTAAT-------G----G------T----GTA-TTT--A-----CA--TT----GGTACATTGCCA-GT-CC--A-----AAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CATGCA--AT-------C--AAG-------AT--TGGT---TTCA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAC---T-AC-T---ACAATA-TAAC--A----A-----AATA-A-----TG--------TT-T----CC---TGT---TT------------------G---------AG-G--CAT---TTG--AG--CAC-------AA-G--TAC---AT--TTGG-AC-A-C--AGTG-----A--GTGCTC--T-T-A-AGA--GT---------------TA-TTTAAAAG-ACC--CTTA--T--GAT--T-TCA-GGA-TAC-GA--ATCAAAAGTTAGGc
gi|8                          :                                                                                                                                                   accaagtATTGTCCA--CATGAT--ATTCTAAAT--------ACCTCT-TGCTTGAA-------A----G------T----ATA-TCT--A----GCA--TTAATTGGTACAATCTCA-GT-CCCAA-----GAA-A--G--AA----G-A-T-AAC----C------CTT-----AT-------C--AGT-------AC--TGTT---T-CA--A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T---AAAATA-T--C--G----A-----AA-A-A-----T---------TTAG----TT---TGT---TTC-------------A---G---------AA-G--CGT---TTG--A---AACTGAAAAAGA-G--TGA---A---TTAG-GA-A-C--AGTG-----A--TTGCCT--T-TCA-AGA--GTC--------------TT-T----------C--GGTA-TT--GAT-CC-CTA-GGA-CACAAA--ATAAAAAGTCAGGgg
gi|9                          :                                                                                                                                                                      TGAT--ATTCTGAGTGT------ACCTCC-TGTTTG-T------------G------T----A-A-TCT--A-----CA--TTA-TTGGTACAGCGCCA--------A-----GAA-A--G--AA----G-A-C-AAC----C------CTT-----AT-------C--AAT-------AC--TG-T---T-C---A---AT---GCC-A--A----GGT------C--------------AAAG---T-AC-T----AAATA-C--C--GAAAAA-----AA-A-A-----T---------GT-G----TT---TCT---TCC-------------A---G---------AA-G--C-T---T------------------------TGA---A---TTAG-AA-A-C--AGTG-----A--TTATCC--T-TCA-AAA--GTA--------------TATT------G-ACC--GGTG-TT--GAT-CC-CCA-GGA-CTTAAA--A--AAAAGTCAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TATGTAGACCAATCATTGTATATACTTAATATTCTACGTATCTCTTGTTTGAT