lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 1111 1111 111 11 11111 11 111 111 11111 1 111111 55555555555 11111 222222222 11111 55555555555555555555 222222 0000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444444444 1111111 22222222222222 222222222222 11111111111111 222222 1111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 222 11111 11 777777777777777777777 4444 22222 111 111 5555555 11 1 1111111 111 66666666 11 111 111 2 222 1111 11 11111111 555555 33333333 11 444444444444444444444444444 1111111 1 33333333333333333333333333333 222222222222 4444444444444444444444 111111111111 1111111111111111111 1111111 1111 111 11 3333333 22222222222222222 222222222222 3333 1
lowQualScore : 99 6 5 1 5 5 5 5 0 2 5 000000 5 88888 555 0 5 2222 1 2222 5 1 000 5 5 33 5 44444 22 000 77 555 66 5 2 5 3 22222 5 1 444444 77 77777777777 44444 77 5 666666666 5 5 5 5 5 00000 888888 4 4 3 8 4 00000000000000000000 3 8888 4 333333 4444444444444444444444444444444444444444 55 4 44444 4 4444444444444444444444444 4 55 4 4 55 2 4 8 2222222 4 4 44 55 22222222222222 55 4 4 4 000000000000 4 8 88888888888888 55 88 000000 777 55 55 777 4 6666 4 2222 777 8888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 6 444444444 333 6 6 0 6 666 1 8 99999 11 222 555555555555555555555 8 2 2222 66666 66 0 333 000 7777777 2 33 0 2 9999999 8 33 3 000 11111111 8 8 88 1 888 8 1 444 1 222 0 7777 11 77 3 66666666 5 555555 99 5 77777777 0 99 77 55 11 55 3 000000000000000000000000000 3 55 2222222 3 55 666 44 2 3 44 44 33333333333333333333333333333 7777 1 55 555555555555 0 2222222222222222222222 1 3 666 88888888 4 222222222222 3 3 7777777777777777777 7 888888 4444444 4 8 4 6666 5555 000 55 11 88 3 3 3 1111111 7777 7777 66666666666666666 99999 3 555555555555 55 4 0000 4 4 66 3 8
lowQualScore : .. . . . . . . . . . . ...... . ..... ... . . .... . .... . . ... . . .. . ..... .. ... .. ... .. . . . . ..... . . ...... .. ........... ..... .. . ......... . . . . . ..... ...... . . . . . .................... . .... . ...... ........................................ .. . ..... . ......................... . .. . . .. . . . ....... . . .. .. .............. .. . . . ............ . . .............. .. .. ...... ... .. .. ... . .... . .... ... .... ........................................................................................................................................ . . . . ......... ... . . . . ... . . ..... .. ... ..................... . . .... ..... .. . ... ... ....... . .. . . ....... . .. . ... ........ . . .. . ... . . ... . ... . .... .. .. . ........ . ...... .. . ........ . .. .. .. .. .. . ........................... . .. ....... . .. ... .. . . .. .. ............................. .... . .. ............ . ...................... . . ... ........ . ............ . . ................... . ...... ....... . . . .... .... ... .. .. .. . . . ....... .... .... ................. ..... . ............ .. . .... . . .. . .
lowQualScore : 22 7 7 4 7 7 7 7 9 4 7 000000 7 99999 999 7 6 1111 4 1111 7 4 000 7 7 66 7 33333 66 000 44 777 99 0 2 0 2 55555 7 4 000000 44 11111111111 33333 99 7 000000000 7 0 0 0 0 44444 666666 4 4 1 9 4 99999999999999999999 3 9999 4 999999 1111111111111111111111111111111111111111 55 1 00000 0 4444444444444444444444444 0 55 0 0 55 5 0 0 4444444 0 0 77 55 33333333333333 55 0 0 0 555555555555 0 0 66666666666666 55 00 000000 000 55 55 000 0 5555 0 1111 000 5555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 7 7 7 555555555 333 7 7 7 7 222 8 0 00000 00 888 444444444444444444444 0 2 8888 00000 44 8 000 222 5555555 5 88 0 5 2222222 0 66 0 000 44444444 0 0 33 0 111 0 4 000 0 000 8 0000 00 00 2 88888888 7 111111 11 0 11111111 7 55 00 55 00 55 6 000000000000000000000000000 6 00 0000000 3 00 222 66 2 3 66 66 00000000000000000000000000000 6666 9 00 999999999999 5 2222222222222222222222 4 6 444 66666666 0 555555555555 6 6 4444444444444444444 3 444444 4444444 4 0 0 4444 5555 000 00 44 66 6 6 6 4444444 7777 7777 00000000000000000 11111 6 555555555555 55 0 4444 4 4 11 3 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAA-CGTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-A-NAAA-AT-GG--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTCG--TT-GAT-----TTAGAAC-AATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--T-A-GAACCGAT-ATA----A---C-GAT-----TT--TT-CTGGAA-C-------TG-A-T-T-G-AT----GATAAAAAT---TCCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-ATT--A---TT---GGCA-C--AGAANAA--G-AACTT-TTA------TAGAA-T--AA-TT----A---ATTTTTTGT-TT---------C-T--TTTCT-----CAGATAC-T--T----AT---AA------A---TA-TA--CTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------CTT-GGA-AT-------A-T--T-TTT--CTN-C------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTA----T-AT-AN-TA---GA----A--C-------------A-T-G------T---C--AAA-----GA-----AG--TA---ANC---C--TAAATT-A-GA--AAT------TAAAAG-------------A------TTT-----ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AATCCAAAT-ATTAGTAATTCAAA-TA---CCGAGTT--GAAATAATGTTT-AACC-G---CATGT-ACTAA-TTGACCTGCCATATTTATTG-N---GATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---TAGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCA-AAGATTTGAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCG-TTATA---AAGAAAAT---CAAGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTA-TC--A--TAATAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GAG-A--GAC--CT--TGG-CCCTC---A--CTAAG---ACT-AA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTA-A-TT--TTT-G--AAT--TA----C-AC-----------T-----A-A-GTG--T-ATTTAA--A------------TATTTAGA------A--A-C------N-A-TACATG-AA---T---T----AA-AA----GAA--T--TTT-CA-A----AT---A-CA------AGTTCANAA---C--TC-------TAA-T-T-ACTTN---ATG-A--TA---GTA--ATT-NAAA--AATT-AA-C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT-AGT-GTN--A-----G--GG-CCAA-AGGTCTC-T-C--ACAAAACTGAC-TTAATAAA
Reference ( gi|3 ) : ATAGAATAGTAAC--A-GAA-TATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-A-AAAA-AT-GG--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTCA--TT-GAT-----TTAGAAA-AATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--T-A-GAACCAAT-ATA---TA---C-GAT-----TT--TT-CTGGAA-C-------TG-A-T-T-G-AT----AATAAAGAT---TCCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-ATT--A---TT---AGCT-T--AGAAAAA--G-AACTT-TTA------TAGAA-T--AA-TT----AAAAATTTTTTGT-TT---------C-T--TTTCT-----CAGATAC-T--T----AT---GA------A---TA-TA--CTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------CTT-GGA-AT-------A-T--T-TTT--CTT-C------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTA----T-AT-AA-TA---GA----A--C-------------A-T-G------T---C--AAA-----GA-----AG--TA---AA----C--TAAATT-A-GA--AAT------TAAATG-------------A------TTT-----ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAA-TA---CGGAGTT--GAAATAATGTTTAAACT-G---CATGT-AC--A-TTGACTTGCCATA---ATTG-A---GATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGTAGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCA-AAGGTTTAAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTG-TTATA---AAGTAAAT---CAAGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTA-TTG-A-GTAATAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GAA-A--GAC--CT--TGG-CCCTC---A--CTAAG---ACT-AA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTA-A-TT--TAT-G--AAT--TA----C-AC-----------T-----A-A-GTG--T-ATTTAA--A------------TATTTAGA------A--A-C------A-A-TACATG-AA---T---T----AA-AA----GAA--T--TTT-CA-A----AT---A-CA------AGTTCACAA---C--TC-------TAA-T-T-ACTTA---ATG-A--TA---GTA--ATT-AAAA--AATT-AA-C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT-AGT-GTC--A-----G--GG-CCAACAGGTCTC-T-C--ACAAAACTGAC-TTAATTAA
gi|2 : ATAGAATAGTAAC--A-GAA-TATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTA-AAAA-AT-GGTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-CA--TTCGAT-----TTAGAAA-AAAT---TCTGAA-T-CATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAATG-CC-TTAAA-----AA-GCTTC--TTATGAACCTAA-ATA---TA---C-GAT-----TT-----CTGGAA---------TGTA-T-T-GTAT----AAATAAG-T---TCCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT---AGCT-T--AGAAAA---T-AACTT-TAA------TAGAA-T--AA-TT----AAAAAATTTCTGT-TT---------CCT--TTTCT-----CA-ATAC-T--T----AT---GA----------TA-TA--CTAG-CATTTAA-AT--CCCTAAAATG-TTTCA----A--T-AAATA-TCTAT--TT-------------AGAG--CAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--A-TTT--CTT-C------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA---T-AT-AA-TA---GA----A--C-------------AAT-G------T---C--AA------GA-----AG--TA---AA----C--TAAATT-A-GA--AAT------TAAAT--------------A------TTT-----ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATTT----TC---TC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAATCG---CATGT-ACT-ACTTGACCTGCCAT----ATTGAA---GATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATACCTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATG-AAGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTA-GTATATATAAGTAAATA--CAAGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTG-ATGTAAT-A-AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGAA-A--GAC--CT--TGGCCCCCC---A--CTAAG---ACT-AA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTA-A-TTCGTAT-G--AAT--TA----C-AC-----------T-----A-ATGTG--T-ATTTAATTA------------TATTTAGA------A--A-C------ATA-TACA-G-AA---T---T----AA-AA----GA------TTT-CATA----TT---A-CA------AGTTCA-AA---CAGTC-------TAA-T-TAACTTAT--AT--A--TA---GTA--AGT-AAAAT-AATT-AA-C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TTAAGT--TC--A-----G--GG-CAAACACGTCTC-T-C--AC-AAACTGAC-TTAACT
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAA-CGTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATGAAA-AT-GG--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTCG--TT-GGT-----TTAGAAC-AATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATT-A-GAACCAATAATA----A---G-GAT-----TT--TT-CTGGAA-C-------TG-ATT-T-G-AT----GATAAA-AT---TCAT-G---ATATCCCTCGAAATAATA--A---TTGGGAGC-----AGAACAA--GCAACTC-TTA------TAGAA----------------------TTGTCTT---------C-T--TTT-T-----CAGATACTT--T----AT---AAAT----A---TA-TA--CTAG-CATTAAA-ATCCCCCTAAAATG-TT-CAACTGA--T-TAATA-T---T--TT-------------GGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------CTT-GGG-ATGAACATAA-T--A-TTT--C-A-C------AGTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TTAGTACT-AG-AA-TT---GA----A--A-------------A-TCC------T---T--AAA-----CA-----TATCTA---AGC---C--TAAATT-A-GA--AAT------TAAAAA-------------AGAACTTTTT-----ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTTC----CC---CCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAA-TA---CCGAGTTGGGAAATACTATT--AACC-GTGACATTTGACTAA-TAGACACACCATATTTATTG-GGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC----AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCC-AAGA-TTGAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTTTAAA---AAG-AAAT---CAAGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTA-T---A-ATAATAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GAG-A--GAC--CT--TGG-CCCT-------CTGAT---A---AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTA-ATTT--TTT-G--AAT--TA----CTAT-----------C-----ATA-GAG--TAACTTAG--AGTGTTGACCTTGTATTTGAA------A--A-TTCTTTAA-A-T-CATGTAAGGTT---T----TA-AA----TA------TTT-C--A----AT---A-CA------AATTCACA
gi|4 : ttttaATAGAATGGTTAC--A-GAA-CGTTT-T-TAG-TA-CAG-T-----------------------------------TATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTCA--TT-GAT-----TTAGAAC-AATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--T-A-GAACCGAT-AT---------CGGAT-----TT--TT-TGGGAA-C-------TG-A-T-T-G-AT----GATAAAAAT---TCCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-ATT--A---TT---GGGA-C--AGAACTA--G-AGTTT-TTATACATGTAGAA-TGGAA-TT----A------TCTTAT-TT---------A-TTCTTTGT-----CAGATAC-T--TGCCAAT---AATATAT-A---TA-TA--CTAG-CATTAAA-AT--CACTAAAATG-TT---------------GA-TC-AT--TG-------------TGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------GTT-GGA-AT-------A-A--T-TTT--CTA-C------AGTG----TT--T--TCTA---GAAC-TTA----T-AT-AC-TA---GA----A--C---------------T-GAAATCCT---T--AAA------ATGTTTAT--TA---AGC---C--TAAATT-A-AAAGAATTTTTTATAAA---------------A------TTCAGCAGACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AATCCAAAT-ACT-------------------GAGTT--GAAATAA---TTCAAC---------GT-ACAAA-TTGACTTCCAATATTCATTG-T---GATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------TAGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCA-AATATTTGAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTACtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|7 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataACAGCATAGTAAC--A-GAA-TATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-A-TGAA-AT-GG--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTCA--TT-GAT-----TTACAAC-AATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--T-A-GAACCAAT-ATA---G------GAT-----TT--TT-CTGGAA-C-------TG-A-T-T-G-AT----GATAAAAAT---TCAT-GAA-ATAT------AGGG-AC--------------------AGAAAAA----AACTT-TAA------TAGAA-T----------------TTTTTT----------------T--TTTCT-------GAAAC-T-------AT---AA------A---TA-TA--CTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GGA------------CTT-GGA-AT-------A-T--T-TTT--CTA-CATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTG----T-AT-AA-AAACTGA----AATCCCTAAA-------A-T-G------T---T--CGA-----GA-----AT--CA---GC----C--TAAATTGA-GA--AAA------TAA
gi|6 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataACAAAATAGTAAC--A-GCA-AGTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATGAAA-AT-CA--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTTGG-TT-GAT-----TTAGAAC-AATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--T-A-GAACCGAT-ATG----------GAT-----TT--TTTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-G-AT----GATAAAAAT---TCCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-ATT--A---TT---GGCA-C--AGAACAA--G-AACTT-TTA------CAGAACT--AA-TC---------TTTTTTTT-TT---------C-T--TTTCCTCATGCAGATAC-T--T----AT----A------A---GA-TA--ATAA-TA--------------AAAATG-TT-CA----T--T-AAATA-TT-ATTGTT-------------TGAG--CAGAAAA-AT-GAA------------CTT-GGA-AT-------ATT--T-TTT--CTA-C------AATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TTA----T-AT-ACTTA---AA----A--C---------------T-GAAAT--T---CCTAAA-----AA-----TGTTTC---AT----CTTTAAATT-A-GA--AAT------TAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTTT----TT---TCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATTctttttaaagaattaa
gi|8 : caAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-G-AAAACATAGG--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAGTCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-T-A-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-GATGCTGTTTAGTT-CTGGAA-T-------CG-A-TGTAG-GT----AATAA-GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-ATT--AGGGTT---AGCTATCGAGAAAAATAG-AACTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTT----AGCAATTTTTTGT-TTGCGTTCCTAC-T--TTTCTG----CAGATAC-T-------AT---GA------GAGGTAGTA--CTAGGCATTAAAGAT--CCCTAAAATGGTTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------CTG-GGATATG------A-T--T-TTTTCCTT-C-------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTTAT---T-ATGAA-TA---GAGAAGA--C-------------A-T-G------TCGGC--AAA-----GA-----AG--TA---AACCCCC--T-AATT-ACGA--AAT------tattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|9 : aggggatacgagcA-TGTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-A-TGGA-AT-AG--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTCA--TT-GAT-----CTAGATG-AATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--T---GAAACAA-----------------------TT--TT-CTAGAA-TTACAATATA-A-T-T-G-ATGAAGAATACAAA----TCTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-ATC--A---TTC--AGGA-T--CAAAGGC--G-AAGTT-TCA------TAAAG-T--TA-TTATTGAAAGA------GT-TT---------T-T--TTTCC-----CGGA-AC-----------------------------TA--CTGG--ACTAAA-AT--C---AAAA----T-CA----C--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAA--CAT-AAAGAT--AA------------CTT-----AT-------A-TAGG-TGT--CTT-CGCTA--AGTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TTG----TGAT----TA---GA----A--T------------------------T---C--AAA-----cctaa
gi|5 : attaatgctaacaaagttctctttctgctttaaataaaattcattgaacaatcttagaaAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----
gi|10 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaa-T-T-G-AT----GATAAAAAT---TCCT-GAA-ATATTACT-GGGA---------------------C--AGAAAAA--G-AACTT-TTA------TAGAA-T-----T---------ATTTTTAAT-T------------T--TTTTT-----CAGATAC-T--T----AT---AAATATATA---TA-TA--CTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAATG-TT-CA----A--T-AAATA-TA-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------CTT-GGA-AT-------A-T--T-TTC--CTT-C------AGTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TTA----T-AA-AC-TA---GA----A--CTGAAATCCCTAAAA-T-A------T---C--CAAGATC-GA-----AG--TA---GC----T--TAAATT-A-GA--AAT------TAAAAG-------------A------TTT-----ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTTTTCCTC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAA-TA---CTGAGTT--GAAATAATGTT--AAT--------TGT-AC--A-TTGACCTGCCATA---ATTG-A---GATCGGGCTCATAATTC
gi|5 : T----GATAAAAAT---TCCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-AAT--AA--TT---GGGA-C--AGAACAA--G-AACTC-TTA------TAGAA-T---------------------TGTCTT---------C-T--TTT-T-----CAGATAC-T--T----AT---AA------A---TA-TATACTAG-CATTAAA-AT--CACTAAAATG-TT-CA----A--T-GATTA-AT-AT--TT-------------TGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------CTT-GGG-AT-------A-T--T-TTT--CTA-C------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTA----T-AT-AC-TA---GA----A--T---------------T-G-------------AAATCCTTAA-----AA--TATCTAAGC--C--TAAATT-A-GA--AAT------TAAAAG-------------AACTT--TTT-----ATAGAATTAATA-T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTC----CCCCCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAA-TA---CCGAGTT--GAAATACTATT--AACC-G-------T-AC--A-TTGACTTGCCATATTTATTG-C---GATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAAAA----TAGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCA-AAGATTTGAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCG-TTAAA---AAGAAAAT---CAAGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTA-TC-----TAATAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GAG-A--GAC--CT--TGG-CCCT-------CT--G---ACT-AA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTA-A-TT--TTT-G--AAT--TA----C-
gi|14 : tatgata-T--TTTCT-----AAATTAC-TATT----ATTTGGA------A----A-TA--ATA--CAT--AA-AT--CCCAAAAATG-TT-CA----A--TAAAATA-TC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAAG--AAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGCTT-GGACAG-------A-T--TATTT--TTTAC------AGTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TAA----C-AT-TT-CA---GA----A--C-------------A-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCA-AAGATTTGAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTG-TTATA---AAGAAAAT---CAAGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTA-TC-----TAATAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GAG-A--GAC--CT--TGG-CCCTC---A--CTGAG----TT-AATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTA-A-TT--TTT-G--AATAATA----C-ATATACATGTATAT-----A-A-GTG--T-ATTGAA--A------------TATTTAGA------A--A-T--------G-TACATG-AA---T---T----aaaatccctaaaatgttcaagaaatagcatataaaaaaataggtt
gi|16 : TG--AATGTAC-----AGCTG-TTTTG---AAG-AAATTTGCA-GA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-CT-----TTATAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GAG-AGGGGC--GT--TAG-CC
gi|18 : TTATAGTGTA-TTTTA-AAAATAG-AC-TTG---------------------AG-A--GAC--CT--TGA-CCCTC---A--C--------CC-AA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-tgctctttctgagtt
gi|13 : tactttatgatagTATAGTGTA-TC-----TAATAG-AC-TTG---------------------AG-A--GAC--AT--TGA-CCCTC---A--CTAAT----TT-AA------GTTATGA-G--------G--TA-T--GATA-A-TT--TTT-G--AAT--TACTATC-AT-----------A-----A-A-GTAATT-ATTTA-------------------TTAGA------GTTG-T------G-A--ACTTG-TA---T---T----TG-AA-----AA--TTCTTT-TA-ATTC-AT---G-TA------GGTTTCTAAATGT--TT-------CAA-TAC-ACTTA---A---A--TAAATGTA--ATT-AAAA--ACAT-AA-C-ACATG---CA----C----CTCA-----T-----------AAC--------AGT-ATT--A-----ttgagcaatatagaacaata
gi|12 : actctcaagtATAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACT--GGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT---------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTA-A-TT--TTT-T--AAT--TA----C-AC-----------T-----A-A-GTG--GGATATGA--A------------TTTTTT-------------C------G-ACTCCAT--AA---T---C----CA-AG------A--T--TTT-CA-A----TG---A-AA------AGTTCAAAA---C--TC-------TAA-T-T-ACTTT---AAG-GCCTA---GTT--TTC-CAAA--AAAT-AA-CAA-------TA----C------CA-----T-----------AAC-----TT-GATAGTA--A-----G--GG-CCAAAATGTCTC-T-C--ACAtgattgagcaatatagaac
gi|2 : ------GTCAGTTT-GT--GAG-A--GAC--GTGTTTG-CCCTG---A----------ACTTAA------GTTATGA-G--------G--TA-T--GTTA-A-TT----------AT--TT----T-AC-----------T-----T-A-CTA--T-ATATAA--GT-----------TAATTAG----------A-C----------TGTTTG-AA---CTTGT----AATAT----GAAATC--TTT-TA-ATTCTGT---A-TA------TGTTTCTAA---A--TA-------TAA-T-T-AAATACACATT-A--GT---GTA--ATT-CATACGAATT-AA-C-A-------TA----CGATACT-A-----TTA---------AAC-----TT-AGT-CTT--AGTGGGG--GG-CCA--AGGTCTT-T-CGGACAAAACTGAC-ttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|12 : tagttaaTGT--GAG-A--GACATTT--TGG-CCCTT---A--CTA------TC-AA------GTTATG-----GT-A-T------T--GTTA-T-TT--TTT-G--GA----A----A-AC-----------T-----A-G-GC------CTTAA--AG-----------TAATTAGAGTTTTGA--A-C------T-T-TTCAT-------T---G----AA-AATCTTGGA--T--TAT-GG-A----GTCGAA-AA------AATTCATAT---C--CC---------------ACTTA---GTG----------TA--ATT-AAAA--AATTAAA-C-A-------TA----C----CTCAAACAGTG----------AAC-----TT-GGT--TG--A-----GAAGGTCCAGTA-GTCTCTT-C--AAAAAACTGAC-Tacaagttattacatcaaatacactgtaaatttacttactcgaacaaactgattaacataaaatcttgtatttacttatatatactaacttcaaagtaactcaacattctgcatgcttcattggatcaagtagaattttaactatatggcgggaatatgaaaaggtggtctaaatattgtggcatttcaagtccgatgctcaaggtattttaataattcttgaatttgaggccgatcttcaatatggcaggtcaagtagtacatgcgattttaaacattagttcaactccggtttaatttaaattcgaattttggactgaatgttaagtttgagaaaataactgtcaataaagtatataaatatttaatttctaatttagtttacttcttgacattgttctattatattaagttccagaaaaacactgaagaaataattccaaagttctttctgctctaaatagatatttattgaaacattttagggatttaaatgctagtatatcataagtattgagaaaaggaaacagaaattttttaattattctattaaagttattttctaagctaatagagtatttcaggaatatcttctaggaacttatttatacaatacattccagaaatcgtatatttaggttcataagaagctttttaaggcatttaaatttctgaatgtgcttagatgattcagaattttttctaaatcgaatgaatggtggagtctagaattttttaagaatatttgttgcaccattttttaagatattaaactgtactaaaaatattctgttactattctat
gi|13 : atagactt-CTCTC---AAGTTAAT---ACT---------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTATG-TT--T-T-T--AAT--TA----C-AT-----------TTATTTA-A-GTG--T-ATTGAA--A------------CATTTAGA------A--A-C------C---TACATG-AA---T---T----AA-AA----GAA--T--TTT-CA-A----AT---A-CA------AGTTCACAA---C--TCTAATAAATAA-T-T-ACTTT---ATG-A--TA---GTA--ATT-CAAA--AATT-AT-C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AACTTAAATT-AGT-G----A-----G--GG-TCAAT--GTCTC-T-C--Attatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|17 : aA------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG---TT--TAT-G----------------------------T-----A-ACGTG--T-ATTGAA--A------------TATTTAGA------A--ATC------A-A-TA-A-G-AA---T---TACTAAA-AA----GAA--T--TTT-CA-A----AT---A-AC------AGTTagtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|15 : ctcaagtaatt--TA-T--GTTA-A-TT--TTTTG--AAT--TA----C-AC-----------CC----A-A-GTG--T-ATTGAA--A------------TATTTAGA------A--A-C------C---TACATG-AA---T---T----AA-AA----GAA--T--TTTTCA-A----AT---AACATGTACTAGTTCACAA---C--TC-------TAA-T-T-ACTTT---ATG-A--TA---GTA--ATTAAAAA--AACT-AA-C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT-A---GTT--A-----G--GG-
gi|1 : a-TT--TAT-GTGAAT--T-------------------------------TG--T-ATTGAA--A------------TATTTA-A------A--A-C------C-T-TACATG-AT---T---T----AA-A-----GAA--T--TTT-CA-A----AT---A-CA------AGGTCAACA---C--TC-------TAAGT-T-ACTCT---ATG-A--TA---GTA--ATTCAAAA--AATT-AACC-AATAACATTA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT---T-ATCAGA-----G--GG-CCA--AGGTCTC-TCC--ACAAAACTGACTTTAATAAA
gi|11 : tA--T--TTC-TA-A----AT---A-T---------TTCAATA---C--AC-------TTA-TAT-AC------ATGTA--TAT--GTATTATT-CAAA--AATT-AA-C-A-------TAAGTAC----CTCA-----TGACAGTATATTAAC-----TC-AGT-G----A-----G--GG-CCAA--GGTCTC-T-C--CCAAAACTGAC-TTAAgtactattattatacactgaaactcagacaaactgcttaatagcataacagtgtccttgatttctttttaaacgacttcataccatggtcaacatctgcgatgctgcagtccacttttagaattcaatcttgggcgggaatattgagaaaggtggttttaatatttctatttcatgtatctcatctgtatttaatttttgaattatgagcccgatcgccccaataaatatggtgtgtctattagtcaaatgtcacggttaatagtatttcccaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagttttgagggggaaaaacttcataagaaatagtaattctataaaaagttcttttttaatttctaatttaggcttagatatgtttaaggattttcaattctagtactaagttcagaaaaaacactgtgaaatattatgttcatcccaagttcattttctgctccaaaatattaatcagttgaacattttagggggattttaatgctagtatatatttataaagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttgcttgttctgctcccaattattatttcgagggatatcatgaattttatcatcaaatcagttccagaaaaatccttattattggttctaatgaggcctaagaattaggccatttaaattctgaatgtggctgatgagttcaagaattgttctaaaccaacgaaatgattgagatctaaaacatttttagaataattgttagccattttcatagttctagaactgtactatataaacgttctgttactattctgttatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|18 : aattcatgtac-T-ACTTT---ATG-A--TA---GTA--------------------C-A-------TA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT-GG--GTG--A-----G--GG-TCA--AGGTCTC-T-C--Agtctattagatacactgtaaattacttactcagacaaactagcttaatcataacatcttgattttctttataacaacttcatacactcaacatctgcatgcttgaatcaatagaattcaaatctttggcgggaatattgaggtggccttaat
gi|5 : ---ATG-A--TA---GTA--ATT-CAAA--AATT-AA-C-AATAAACATA----C----CTCA-----T-----------AAC-----TT-AGT-CAG--A-----G--GG-CCA--AGGTCTC-T-C--ACAAAACTGACTTTAATAAAagtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 111 11111 111 11111 11 444444444444444444444444444 11111111 111 1111111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 44444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 1111111111111 111111111111 111111111111 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 111 1 333333333 22 111 111 3333333333 11 111 3333333 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111 111111 2222222 11 333333 111111 1
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 4 4 2 4 4 4 55555555 66 4 666666 4 4 2 9999 9999 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 777 66 222 55 4 2 4 3 00000 4 8 55 4 66666 888888888888888888888888888 4 66666666 4 4 4 4 7777 666 55 55 3 3 2 7 3 55 000 55 5555555 4 44 3 44 3 777777 88888888888888888888888888888888888888888888 44 4444444 4 3 11111111111111111111111111111111111 44 3 0000000 3 3 44 3 222222222 6 3 7777777 3 3 3 44 6666666666666 44 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 33333333333 666 55 666666 3 3 3 3 88 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 55 777 99 4 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 5 5 77777777 000 5 5 77 3 111 6 99 5 99 555555555 6 22 2 111 111 1 3 8 0 0 8 8888888888 11 8 111 3 3 6 6 1 2222222 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 77777777 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 7777777777777777777777777777777777777777777777 5 3 66 5 66666 3 0000 0 5 5 5 5 666666 1 6 6666666 1 9999 3 00 6 1 6 222222 1 999999 7 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . ........ .. . ...... . . . .... .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . ..... ........................... . ........ . . . . .... ... .. .. . . . . . .. ... .. ....... . .. . .. . ...... ............................................ .. ....... . . ................................... .. . ....... . . .. . ......... . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ........... ... .. ...... . . . . .. .... ................................................... . .. ... .. . ...... ............................................... . . . . ........ ... . . .. . ... . .. . .. ......... . .. . ... ... . . . . . . .......... .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. .............................................. . . .. . ..... . .... . . . . . ...... . . ....... . .... . .. . . . ...... . ...... . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 4 4 7 4 4 4 99999999 11 4 999999 4 4 6 4444 4444 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 33 222 55 0 4 0 4 00000 4 9 00 4 77777 222222222222222222222222222 4 33333333 4 0 0 0 7777 444 00 00 6 6 6 3 6 00 000 00 3333333 2 66 3 66 3 999999 77777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444 3 1 11111111111111111111111111111111111 22 1 8888888 1 1 22 1 333333333 2 1 5555555 1 1 1 22 9999999999999 22 3 3 3 666666666666 6 3 999999999999 00 0 66666666666 444 00 555555 6 6 6 6 22 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55 000 55 0 555555 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 44444444 000 7 7 11 2 777 7 22 5 22 222222222 7 88 2 888 777 0 2 2 8 8 0 2222222222 00 0 333 2 2 7 7 0 7777777 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 99 0 44444 6 6666 7 0 7 7 7 444444 0 7 0000000 0 3333 5 00 7 8 7 000000 0 888888 3 0
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----AA---TTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC----A------GTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TT-AT-AT-A-CTAGA----AC-------------ATG-------TC----AAA----GA-----AG--T---AAGCCTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TGT-ATTNAA--ATATT-TAGAAAC-CA-TACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACA-ACTC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACAN-GTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----AA---TTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC----A------GTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TT-AT-AT-A-NTAGA----AC-------------ATG-------TC----AAA----GA-----AG--T---AANCCTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-ACTAATTGACCTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CA--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TGT-ATTTAA--ATATT-TAGAAAC-NA-TACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCANA-ACTC-------TAATTACTTNATG-A--TAGTAATT-NAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAA-AG-GTCTCTCACAAAACTGACTTAATAAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-G-G--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACCAATAATA----A---G-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-ATT-T-GATG----A---T-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT--GGG-AGC--AGAACAA--GCAA--CTC-TTA------TAGAA----------------------TT------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATACTT----T----AT----AAAT----A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-ATCCCCC-TAAA---------ATG-TT-CAACTGA--T-TAATA-T---T--TT-------------GGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC----A------GTG---TTT--TTTC---T--GAAC-TT-A--GT-A-CTAGA----AT--------------TGAAAATCCTT----AAA----CA-----TATCT---AAGCCTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAA-------------AGAACTTTTT-----------ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTT---C----CCCCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AA-CCGTGACATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC-------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----AA--TAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAGTGTTGACCTTGT-ATTTGA--AAATTCTTTAAAT-CA-TGTAAGGTTT----TAAATA--TTT-C--AATA-CA------AATTCACA-
gi|10 : tttta-T-T-GATG----A---TAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT--GGG-A-C--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T----T------A---TTT-TTA------AT-T-----------TT--TTTT-----CAGATAC-T----T----AT----AAATATATA---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-AAATA-TA-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC----A------GTG---TTC--TTCT---G--GAAC-TT-AT-AA-A-CTAGA----ACTGAAATCCCTAAAATA-------TC----CAAGATCGA-----AG--T----AGCTTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTT---TTTCCTCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AA-T-------TGT-AC--ATTGACCTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-G-----------TGT-ATTGAA--ATATT-TAGAAA--TG-TACATGAATT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TGGGATATGA--ATTTT-TT----C-GACTCCAT-AATC----CAAG--ATTTT-CA-ATGA-AA------AGTTCAAA-ACTC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAA-AATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-G-----------TGT-ATTGAA--ACATT-TAGAAAC-C--TACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACA-ACTCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTC-A-AT-GTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aTT--TTCT-----AAATTAC-TAT--T----ATTTGGAA------A---TAA-----TA--C-----------A-T--AA-AT--CCC-AAAA---------ATG-TT-CA----A--TAAAATA-TC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAAG--AAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC----A------GTG---TTC--TTCT---A--AAAC-TA-AC-AT-T-TCAGA----AC-------------AT--------------AAA-------------------ATCCCTA--AAATGTTCAA-GAAA------Tagtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|14 : --AGAAGAA--G-AAAGCTT-GGA------CAG-------ATT-----A---TTT-TTTACA---GTGTT---------CTT--CT--------AAA-AC-T----------------A------A---CA------TT--TCA-GAAC----A--TAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--G-AAATA-GC-AT--AT-------------A------AA-AAA-AT-agcatataaaaaaataggtt
gi|15 : ttttctaaattactattatttggaaataatacataaatcccaaaaatgttcaataaaatatcattcgaaataaaaaaaaaaagaagaagaagaa--TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-G-----------TGT-ATTGAA--ATATT-TAGAAAC-C--TACATGAATT----AAAAGAATTTTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACA-ACTC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----CT--TTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACG-----------TGT-ATTGAA--ATATT-TAGAAAT-CA--ATAAGAATTACTAAAAAGAATTTT-CA-AATA-AC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTC-A-AG-GTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----TT--TAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTAA-------AA--A-AT-G-GTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAA-ATAT---A---C-G--A--------T----TTCTGG-AA--------TGTA-T-T-G-T-----A---TAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT--AGC-T-T--AGAA-AA--T-AA--CTT-TAA------TAGAA-T--AATTAAA-AA---ATT-TCT------GT-TTC--------CTT--TTCT-----CA-ATAC-T----T----AT-----G------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTTAA-AT--CCC-TAAA---------ATGTTT-CA----A--T-AAATA-TCTAT--TT-------------AGAG--CAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC----A------GTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TTAAT-AT-A-ATAGA----ACA------------ATG-------TC-----AA----GA-----AG--T---AAA-CTA--AA---TT--A-GAAA------TT-AAAT-------------A------TTT-----------ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATT---T----TCTC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAA-TCG---CATGT-ACTACTTGACCTGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATAC---CTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATGA-AGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGATG--TAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATG-----------TGT-ATTTAATTATATT-TAGAAACATA-TACA-GAATT----AAAAGA--TTT-CATATTA-CA------AGTTCAAACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCAAACAC-GTCTCTCAC-AAACTGACTTAAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : tagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATAT---A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATA----A---TAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT--AGC-T-T--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----AAAAATTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----GA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC----A------GTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TT-AT-AT-A-ATAGA----AC-------------ATG-------TC----AAA----GA-----AG--T---AAAC-TA--AA---TT--A-GAAA------TTAAATG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTG---CATGT-AC--ATTGACTTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGT---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TGT-ATTTAA--ATATT-TAGAAAC-AA-TACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACA-ACTC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCCAACAG-GTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT--------------------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-AT---------CGG--A-T-----TT----TTTGGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGG-A-C--AGAACTA--G-AG--TTT-TTATACATGTAGAA-TGGAATT----AT---CTTATTT------AT-T-----------CT--TTGT-----CAGATAC-T----TGCCAAT----AATATAT-A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------ATG-TT---------------GA-TC-AT--TG-------------TGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC----A------GTG----TT--TTCT---A--GAAC-TT-AT-AT-A-CTAGA----AC--------------TGAAATCC-TT----AAA-----ATGTTTAT--T---AAGCCTA--AA---TT--A-AAAGAATTTTTTATAAA-------------A------TTCAGCAG------ACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C--------GT-ACAAATTGACTTCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT--GGG-A-C--AGAACAA--G-AA--CTC-TTA------TAGAA-T---------------------T------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TATACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-GATTA-AT-AT--TT-------------TGAG--CAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC----A------GTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TT-AT-AT-A-CTAGA----AT--------------TGAAA----TCCTTAAAA----TA-----TC--T---AAGCCTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAG-------------AAC----TTTTTATAGAATTAATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTCCCC----CCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTA-TT--AA-CC-------GT-AC--ATTGACTTGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAA-AA---T---AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-C-A--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATG----------G--ATT-----TT----TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAACAA--G-AA--CTT-TTA------CAGAACT--AATC---------TTT-TTT------TT-TT---------CTT--TTCCTCATGCAGATAC-T----T----AT----AA------G----A------TA--ATA-A--T----A----------------AAA---------ATG-TT-CA----T--T-AAATA-TT-ATTGTT-------------TGAG--CAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC----A------ATGTTTTTT--TTCT---G--GAAA-TT-AT-AT-ACTTAAA----AC--------------TGAAAT---TCCT--AAA----AA-----TG--TTTCATCTTTA--AA---TT--A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----------ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTT---T----TTTCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|6 : caA-CAA-TTCTAGAA-C-T-ACCCCATTGAATTA-GT-GTG--C-A--CTATTATCCTAGA----AATG----TTCTAtattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : caaatcatttggattaatgttagttttgagaaaaaaaaacttcatcaagatataagttctataaaaagttcttttaatttctaatttaaagatgaaacatttttaggaatttcagttttaagtatataatttccagaaaaaaaacattgtagaaaaaatattccaagttcatttttctgctcaaacaataatatttaatgaacatttttattattatcttataagtatctgcatgaggaaaagaaaaaaaaaagattagttctgtaaaagttcttgttctgtgccaataatatttcagggatatttcaggaatttttatcatcagtcagtttccagaaaaaatccatatcggttctagaaccttttaaggccattttaaattctgaatgtgcttgatgagtttcaaaaattgttctaaatcaaccaaaatgatgagatcctagaacattttagataaattgttgtgattttcatagttcaagaactgtactaaaaacttgctgttactattttgttattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttaAATT---TTTA----TCATC---AATCAGTTCCAGAA-------AAAT--CC-TATAT-----TG-G-TTC--TA-GAACCT-T-TTA----A---G-GTCA-T-----TTTAAATTCTGA-ATG-------TG-C-T-T-GATG----AGTTCAA--GAATT--GTT-GTA-A-ATCAAT-GAAA------------T--GGT-G----AGATCAA--G-AA--CAT-TTT------TAGAA-T--AATT----G-----TT-GCC------AT-TT---------CATAGTTC------CAGA-AC-TGTACT----AA----AA------A---TATTCTGTTA--CTATG--CTGTTATTTAAA-GT--CCTATAAAGTTCCATAGATA-TT-CA----A--G-AAGTG-CC-AT--TT-------------AGAA--CAttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaaACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-AT-------GA--A-AT-G-G--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATA----G-----G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A-------GGG-A-C--AGAAAAA----AA--CTT-TAA------TAGAA-T---------------TTT-TTT---------------------TT--TTCT-------GAAAC-T---------AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------ATG-TT-CA----A--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAG--CAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTAC----ATGTATAGTG---TTT--TTCT---G--GAAC-TT-GT-AT-A---AAA----ACTGAAATCCCTAAAATG-------TT----CGA----GA-----A---T---CAGCCTA--AA---TTG-A-GAAA------ATAAcatgaaatatagggacagaaaaaaactttaatagaatttttttttttctgaaactataaatatactagcattaaaatccctaaaatgttcaataaatatcatttagagcagaaaatggacttggaatatttttctacatgtatagtgtttttctggaacttgtataaaaactgaaatccctaaaatgttcgagaatcagcctaaattgagaaaataactttttaaagaattaa
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-GA-------AA--ACATAG-G--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-G--A-TGCTGTTTAG--TTCTGG-AAT-------CG-A-TGTAGGTA----A---TAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT--AGCTA-TCGAGAAAAATAG-AA--CTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTTAGCAA---TTT-TTT------GT-TTGCGTTCCTACTT--TTCTG----CAGATAC-T---------AT----GA------GAGGTAG-----TA--CTA-GG-C----A-TTAAAGAT--CCC-TAAA---------ATGGTTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-----------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGA-ATAGAGAAGAC-------------ATG-------TCGGC-AAA----GA-----AG--T---AAACCCCCTAA---TT--ACGAAA------Tctttttaaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-AT-------GG--A-AT-A-G--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC-------A----A----------------TT----TTCTAG-AATTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAA---TAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAGGA-T-C--A-AAGGC--G-AA--GTT-TCA------TAAAG-T--TATT----A---------TTGAAAGAGT-TT---------TTT--TTCC-----CGGA-AC-------------------------------------TA--CTG-G-------A-CTAAA-AT--C----AAA---------A----T-CA----C--T-AAATA-TC-AT--TT-------------AGAA--CAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTAA------GTT---TTTTGTCCT---G--GAAC-TT-GT-G--A-TTAGA----AT-----------------------TC----AAA----cctaa
Alignments
lowQualScore : 1 22222222 111 11111 111 11111 11 444444444444444444444444444 11111111 111 1111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777 1111111 44444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 1111111111111 111111111111 111111111111 11111111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 66666666666666666666666666666666666666666 1111 111 222 111 111 333333333333333333 111 111 3333333333 11 111 3333333 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 11 2222222 333333 11
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 4 4 2 4 4 4 55555555 66 4 666666 4 4 2 9999 9999 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 777 66 222 55 4 2 4 3 00000 4 8 55 4 66666 888888888888888888888888888 4 66666666 4 4 4 4 7777 666 55 55 3 3 2 7 3 55 000 55 1111111 4 44 3 44 3 777777 00000000000000000000000000000000000000000000 44 4444444 4 3 11111111111111111111111111111111111 44 3 0000000 3 0 3 44 3 222222222 3 3 3 7777777 3 3 3 44 6666666666666 44 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 33333333333 666 55 55 666 3 3 3 3 111111 7777 99999999999999999999999999999999999999999999999999 777 66 4 4 222222 55555555555555555555555555555555555555555 5 5 5 5 2222 000 000 5 5 77 3 111 6 99 7 000 777777777777777777 0 111 111 1 3 8 0 0 8 8888888888 11 8 111 3 3 6 6 1 2222222 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 44444444 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 7777777777777777777777777777777777777777777777 888 1 66 5 7777 0 6 0000 0 5 5 5 5 666666 2 11 6666666 9999 3 99 6 1 6 222222 1 55 1 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . ........ .. . ...... . . . .... .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . ..... ........................... . ........ . . . . .... ... .. .. . . . . . .. ... .. ....... . .. . .. . ...... ............................................ .. ....... . . ................................... .. . ....... . . . .. . ......... . . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ........... ... .. .. ... . . . . ...... .... .................................................. ... .. . . ...... ......................................... . . . . .... ... ... . . .. . ... . .. . ... .................. . ... ... . . . . . . .......... .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. .............................................. ... . .. . .... . . .... . . . . . ...... . .. ....... .... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 4 4 7 4 4 4 99999999 11 4 999999 4 4 6 4444 4444 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 33 222 55 0 4 0 4 00000 4 9 00 4 77777 222222222222222222222222222 4 33333333 4 0 0 0 7777 444 00 00 6 6 6 3 6 00 000 00 2222222 2 66 3 66 3 999999 77777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444 3 1 11111111111111111111111111111111111 22 1 8888888 1 4 1 22 1 333333333 1 1 1 5555555 1 1 1 22 9999999999999 22 3 3 3 666666666666 6 3 999999999999 00 0 66666666666 444 00 00 444 6 6 6 6 111111 7777 22222222222222222222222222222222222222222222222222 888 11 4 4 888888 66666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 1111 000 000 7 7 11 2 777 7 22 3 888 555555555555555555 3 888 777 0 2 2 8 8 0 2222222222 00 0 333 2 2 7 7 0 7777777 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000000000000000000 888 0 99 0 5555 2 6 6666 7 0 7 7 7 444444 5 00 0000000 3333 5 77 7 8 7 000000 0 66 0 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----A----TTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC----A------GTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-A----C-TAGA----AC-------------ATGAAA----T---C----AAA----GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TG---TATTGAA--ATATT-TAGAAAC-CATACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----AA---TTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC----A------GTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-A----C-TAGA----AC-------------ATG-------T---C----AAA----GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TG---TATTNAA--ATATT-TAGAAAC-CATACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-G-G--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACCAATAATA----A---G-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-ATT-T-GATG----A---T-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT--GGG-AGC--AGAACAA--GCAA--CTC-TTA------TAGAA----------------------TT------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATACTT----T----AT----AAAT----A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-ATCCCCC-TAAA---------AT-G-TT-CAACTGA--T-TAAT-AT---T--TT-------------GGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC----A------GTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TT-A--GT-A----C-TAGA----AT--------------TGAAAATCCT---T----AAA----CA-----TATCT---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAA-------------AGAACTTTTT-----ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTTC----CC---CCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AA-CCGTGACATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC-------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----AA--TAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAGTGTTGACCTTG---TATTTGA--AAATTCTTTAAAT-CATGTAAGGTTT----TAAATA--TTT-C--AATA-CA------AATTCACA
gi|10 : tttta-T-T-GATG----A---TAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT--GGG-A-C--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T----T------A---TTT-TTA------AT-T-----------TT--TTTT-----CAGATAC-T----T----AT----AAATATATA---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATA-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC----A------GTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAA-A----C-TAGA----ACTGAAATCCCTAAAATA-------T---C----CAAGATCGA-----AG--T----AGCTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTTTTCCTC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AA-T-------TGT-AC--ATTGACCTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-G-----------TG---TATTGAA--ATATT-TAGAAA--TGTACATGAATT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TGGGATAT-GAA--TTTTT-TCGACTC-CATA-----ATC----CAAG--ATTTT-CA-ATGA-AA------AGTTCAAAAC--TC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAAAATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-G-----------TG---TATTGAA--ACATT-TAGAAAC-C-TACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTCA--ATGTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aTT--TTCT-----AAATTAC-TAT--T----ATTTGGAA------A---TAA-----TA--C-----------A-T--AA-AT--CCC-AAAA---------AT-G-TT-CA----A--TAAAAT-ATC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAA--GAAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC----A------GTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TA-A-CAT-T----T-CAGA----AC-------------ATagtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|14 : --AGAAGAA--G-AAAGCTT-GGA------CAGA-------TT----A----TTT-TTTACA---GTGTT---------CTT--CT--------AAA-AC-T----------------A------A---CA------TT--TCA-GAAC----A-T-AAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--G-AAAT-AGC-AT--AT-------------A------AA-AAA-AT-aaaatccctaaaatgttcaagaaatagcatataaaaaaataggtt
gi|15 : ttttctaaattactattatttggaaataatacataaatcccaaaaatgttcaataaaatatcattcgaaataaaaaaaaaaagaagaagaagaa--TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-G-----------TG---TATTGAA--ATATT-TAGAAAC-C-TACATGAATT----AAAAGAATTTTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----CT--TTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACG-----------TG---TATTGAA--ATATT-TAGAAAT-CA-ATAAGAATTACTAAAAAGAATTTT-CA-AATA-AC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTCA--AGGTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----TT--TAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTAA-------AA--A-AT-G-GTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAA-ATAT---A---C-G--A--------T----TTCTGG-AA--------TGTA-T-T-G-T-----A---TAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT--AGC-T-T--AGAA-AA--T-AA--CTT-TAA------TAGAA-T--AATTAAA-AA---ATT-TCT------GT-TTC--------CTT--TTCT-----CA-ATAC-T----T----AT-----G------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTTAA-AT--CCC-TAAA---------AT-GTTT-CA----A--T-AAAT-ATCTAT--TT-------------AGA--GCAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC----A------GTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA-TAT-A----A-TAGA----ACA------------ATG-------T---C-----AA----GA-----AG--T---AAA-CTA--AATT-A-GAAA------TT-AAAT-------------A------TTT-----ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATTT----TC---TC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAA-TCG---CATGT-ACTACTTGACCTGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATAC---CTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATGA-AGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGATG--TAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATG-----------TG---TATTTAATTATATT-TAGAAACATATACA-GAATT----AAAAGA--TTT-CATATTA-CA------AGTTCA-AACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCAAACACGTCTCTCAC-AAACTGACTTAACTAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : ATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATAT---A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATA----A---TAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT--AGC-T-T--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT----AAAAATTT-TTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----GA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC----A------GTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-A----A-TAGA----AC-------------ATG-------T---C----AAA----GA-----AG--T---AAAC-TA--AATT-A-GAAA------TTAAATG-------------A------TTT-----ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTG---CATGT-AC-A-TTGACTTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGT---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-G-----------TG---TATTTAA--ATATT-TAGAAAC-AATACATGAATT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCCAACAGGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT--------------------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-AT---------CGG--A-T-----TT----TTTGGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGG-A-C--AGAACTA--G-AG--TTT-TTATACATGTAGAA-TGGAATT----AT---CTTATTT------AT-T-----------CT--TTGT-----CAGATAC-T----TGCCAAT----AATATAT-A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT---------------G-ATC-AT--TG-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC----A------GTG----TT--T--TCTA---GAAC-TT-A-TAT-A----C-TAGA----AC--------------TGAAATCC-T---T----AAA-----ATGTTTAT--T---AAGCCTA--AATT-A-AAAGAATTTTTTATAAA-------------A------TTCAGCAGACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTTT----TC---TC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C--------GT-ACAAATTGACTTCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT--GGG-A-C--AGAACAA--G-AA--CTC-TTA------TAGAA-T---------------------T------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TATACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-GATT-AAT-AT--TT-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC----A------GTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-A----C-TAGA----AT--------------TGAAA----T---CCTTAAAA----TA-----TC--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------AACTT--TTT-----ATAGAATTAATA-T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTC----CCCCCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTATT---AA-CCG-------T-AC-A-TTGACTTGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAA-AA---T---AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-C-A--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATG----------G--ATT-----TT----TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAACAA--G-AA--CTT-TTA------CAGAACT--AATC---------TTT-TTT------TT-TT---------CTT--TTCCTCATGCAGATAC-T----T----AT----AA------G----A------TA--ATA-A--T----A----------------AAA---------AT-G-TT-CA----T--T-AAAT-ATT-ATTGTT-------------TGA--GCAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC----A------ATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TT-A-TAT-A----CTTAAA----AC--------------TGAAAT---T---CCT--AAA----AA-----TG--TTTCATCTTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTTT----TT---TCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|6 : caA-CAA-TTCTAGAA-C-T-ACCCCATTGAATTA-GT-GTG--C-A--CTATTATCCTAGA----AATG----TTCTAtattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : caaatcatttggattaatgttagttttgagaaaaaaaaacttcatcaagatataagttctataaaaagttcttttaatttctaatttaaagatgaaacatttttaggaatttcagttttaagtatataatttccagaaaaaaaacattgtagaaaaaatattccaagttcatttttctgctcaaacaataatatttaatgaacatttttattattatcttataagtatctgcatgaggaaaagaaaaaaaaaagattagttctgtaaaagttcttgttctgtgccaataatatttcagggatatttcaggaatttttatcatcagtcagtttccagaaaaaatccatatcggttctagaaccttttaaggccattttaaattctgaatgtgcttgatgagtttcaaaaattgttctaaatcaaccaaaatgatgagatcctagaacattttagataaattgttgtgattttcatagttcaagaactgtactaaaaacttgctgttactattttgttattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttaAATT---TTTA----TCATC---AATCAGTTCCAGAA-------AAAT--CC-TATAT-----TG-G-TTC--TA-GAACCT-T-TTA----A---G-GTCA-T-----TTTAAATTCTGA-ATG-------TG-C-T-T-GATG----AGTTCAA--GAATT--GTT-GTA-A-ATCAAT-GAAA------------T--GGT-G----AGATCAA--G-AA--CAT-TTT------TAGAA-T--AATT----G-----TT-GCC------AT-TT---------CATAGTTC------CAGA-AC-TGTACT----AA----AA------A---TATTCTGTTA--CTATG--CTGTTATTTAAA-GT--CCTATAAAGTTCCATAGAT-A-TT-CA----A--G-AAGT-GCC-AT--TT-------------AGA--ACAttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaaACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-AT-------GA--A-AT-G-G--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATA----G-----G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A-------GGG-A-C--AGAAAAA----AA--CTT-TAA------TAGAA-T---------------TTT-TTT---------------------TT--TTCT-------GAAAC-T---------AT----AA------A---TA------TA--CTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTAC----ATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-G-TAT-AAAAAC-TGAA----ATCCCTAAA------ATG-------T---T----CGA----GA-----A---T---CAGCCTA--AATTGA-GAAA------ATAAcatgaaatatagggacagaaaaaaactttaatagaatttttttttttctgaaactataaatatactagcattaaaatccctaaaatgttcaataaatatcatttagagcagaaaatggacttggaatatttttctacatgtatagtgtttttctggaacttgtataaaaactgaaatccctaaaatgttcgagaatcagcctaaattgagaaaataactttttaaagaattaa
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-GA-------AA--ACATAG-G--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-G--A-TGCTGTTTAG--TTCTGG-AAT-------CG-A-TGTAGGTA----A---TAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT--AGCTA-TCGAGAAAAATAG-AA--CTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTTAGCAA---TTT-TTT------GT-TTGCGTTCCTACTT--TTCTG----CAGATAC-T---------AT----GA------GAGGTAG-----TA--CTA-GG-C----A-TTAAAGAT--CCC-TAAA---------ATGG-TTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-----------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGA----A-TAGAGAAGAC-------------ATG-------TCGGC----AAA----GA-----AG--T---AAACCCCCTAATT-ACGAAA------Tctttttaaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-AT-------GG--A-AT-A-G--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC-------A----A----------------TT----TTCTAG-AATTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAA---TAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAGGA-T-C--A-AAGGC--G-AA--GTT-TCA------TAAAG-T--TATT----A---------TTGAAAGAGT-TT---------TTT--TTCC-----CGGA-AC-------------------------------------TA--CTG-G-------A-CTAAA-AT--C----AAA---------A-----T-CA----C--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--ACAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTAA------GTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TT-G-TG--A----T-TAGA----AT-----------------------T---C----AAA----cctaa
Alignments
lowQualScore : 1 22222222 111 11111 111 11111 11 444444444444444444444444444 11111111 111 1111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 44444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 1111111111111 111111111111 111111111111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 111 1 333333333333333333 111 111 3333333333 11 111 3333333 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444 1 111 111111 1111 111111 11 2222222 333333 11
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 4 4 2 4 4 4 55555555 66 4 666666 4 4 2 9999 9999 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 777 66 222 55 4 2 4 3 00000 4 8 55 4 66666 888888888888888888888888888 4 66666666 4 4 4 4 7777 666 55 55 3 3 2 7 3 55 000 55 1111111 4 44 3 44 3 777777 00000000000000000000000000000000000000000000 44 4444444 4 3 11111111111111111111111111111111111 44 3 0000000 3 3 44 3 222222222 3 3 3 7777777 3 3 3 44 6666666666666 44 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 888888 666 55 55 666 3 3 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 66 4 4 222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 5 5 77777777 000 5 5 77 3 111 6 99 5 99 777777777777777777 0 111 111 1 3 8 0 0 8 8888888888 11 8 111 3 3 6 6 1 2222222 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 44444444 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 8888888888888888888888888888888 0 888 555 777777 888 3 5 888 0000 0 5 5 5 5 666666 2 11 6666666 9999 3 99 6 1 6 222222 1 55 1 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . ........ .. . ...... . . . .... .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . ..... ........................... . ........ . . . . .... ... .. .. . . . . . .. ... .. ....... . .. . .. . ...... ............................................ .. ....... . . ................................... .. . ....... . . .. . ......... . . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ...... ... .. .. ... . . . . .. .... ................................................ ... .. . . ...... ............................................... . . . . ........ ... . . .. . ... . .. . .. .................. . ... ... . . . . . . .......... .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. ............................... . ... ... ...... ... . . ... .... . . . . . ...... . .. ....... .... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 4 4 7 4 4 4 99999999 11 4 999999 4 4 6 4444 4444 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 33 222 55 0 4 0 4 00000 4 9 00 4 77777 222222222222222222222222222 4 33333333 4 0 0 0 7777 444 00 00 6 6 6 3 6 00 000 00 2222222 2 66 3 66 3 999999 77777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444 3 1 11111111111111111111111111111111111 22 1 8888888 1 1 22 1 333333333 1 1 1 5555555 1 1 1 22 9999999999999 22 3 3 3 666666666666 6 3 999999999999 00 0 222222 444 00 00 444 6 6 6 6 99 7777 000000000000000000000000000000000000000000000000 888 11 4 4 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 44444444 000 7 7 11 2 777 7 22 5 22 555555555555555555 3 888 777 0 2 2 8 8 0 2222222222 00 0 333 2 2 7 7 0 7777777 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000 0 888 666 666666 888 4 0 888 6666 7 0 7 7 7 444444 5 00 0000000 3333 5 77 7 8 7 000000 0 66 0 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGA----AC--TGAAA----T---C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGA----AC-ATGAAA----T---C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CATA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-G-G--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACCAATAATA----A---G-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-ATT-T-GATG----A---T-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT--GGG-AGC--AGAACAA--GCAA--CTC-TTA------TAGAA----------------------TT------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATACTT----T----AT----AAAT----A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-ATCCCCC-TAAA---------AT-G-TT-CAACTGA--T-TAAT-AT---T--TT-------------GGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC------AGTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TT-A--GT-AC-TAGA----AT--TGAAAATCCT---T----A--AA------------CA-----TATCT---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAA-------------AGAACTTTTT-----------ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTT---C----CCCCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AA-CCGTGACATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC-------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----AA--TAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAG---TGTTGACCTTGTATTTGAAAATTC-TTTAAATCATGTAAGGTTT----TAAATA--TTT-C--AATA-CA------AATTCACA
gi|10 : tttta-T-T-GATG----A---TAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT--GGG-A-C--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAG------AATT-----A----TTTTTA------AT-T-----------TT--TTTT-----CAGATAC-T----T----AT----AAATATATA---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATA-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC------AGTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAA-AC-TAGA----AC--TGAAA----T---CCCT-A--AAATATCCAAGATCGA-----AG--T----AGCTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTT---TTTCCTCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AA-T-------TGT-AC--ATTGACCTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA----TGTA---CATG-AA---TT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTGGGATAT-GAA---TTTTTTCGACT--C-CATA---------A---TC----CAAG--ATTTT-CA-ATGA-AA------AGTTCAAAAC--TC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAAAATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-GTG---TATTGAA---ACATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTCA--ATGTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aTT--TTCT-----AAATTAC-TAT--T----ATTTGGAA------A---TAA-----T--AC-----------A-T--AA-AT--CCC-AAAA---------AT-G-TT-CA----A--TAAAAT-ATC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAA--GAAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC------AGTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TA-A-CAT-TT-CAGA----AC-ATAAAA----T---C----agtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|14 : --AGAAGAA--G-AAAGCTT-GGA------CAG-------ATT-----A----TTTTTTACA---GTGTT---------CTT--CT--------AAA-AC-T----------------A------A---CA------T--TTCA-GAAC----A--TAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--G-AAAT-AGC-AT--AT-------------A------AA-AAA-AT-cctaaaatgttcaagaaatagcatataaaaaaataggtt
gi|15 : ttttctaaattactattatttggaaataatacataaatcccaaaaatgttcaataaaatatcattcgaaataaaaaaaaaaagaagaagaagaa--TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----CT--TTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACGTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--T-CA-A---TAAG-AA---TTACTAAAAAGAATTTT-CA-AATA-AC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTCA--AGGTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----TT--TAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTAA-------AA--A-AT-G-GTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAA-ATAT---A---C-G--A--------T----TTCTGG-AA--------TGTA-T-T-G-T-----A---TAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT--AGC-T-T--AGAA-AA--T-AA--CTT-TAA------TAGAA-T--AATTAAAA-A----ATTTCT------GT-TTC--------CTT--TTCT-----CA-ATAC-T----T----AT-----G------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTTAA-AT--CCC-TAAA---------AT-GTTT-CA----A--T-AAAT-ATCTAT--TT-------------AGA--GCAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA-TAT-AA-TAGA----ACAATG-------T---C-------AA------------GA-----AG--T---AAA-CTA--AATT-A-GAAA------TT-AAAT-------------A------TTT-----------ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATT---T----TCTC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAA-TCG---CATGT-ACTACTTGACCTGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATAC---CTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATGA-AGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGATG--TAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATGTG---TATTTAATT-ATATTTAGAAA--CATATA---CA-G-AA---TT----AAAAGA--TTT-CATATTA-CA------AGTTCA-AACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCAAACACGTCTCTCAC-AAACTGACTTAACTAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : ATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATAT---A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATA----A---TAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT--AGC-T-T--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----AAAAATTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----GA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AA-TAGA----AC-ATG-------T---C----A--AA------------GA-----AG--T---AAAC-TA--AATT-A-GAAA------TTAAATG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTG---CATGT-AC-A-TTGACTTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGT---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTTAA---ATATTTAGAAA--C-AATA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCCAACAGGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT--------------------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-AT---------CGG--A-T-----TT----TTTGGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGG-A-C--AGAACTA--G-AG--TTT-TTATACATGTAGAA-TGGAATT-----A----TCTTAT------TT-AT---------TCT--TTGT-----CAGATAC-T----TGCCAAT----AATATAT-A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT---------------G-ATC-AT--TG-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC------AGTG----TT--T--TCTA---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGA----AC--TGAAA----T---C----CTTAA------------AATGTTTAT--T---AAGCCTA--AATT-A-AAAGAATTTTTTATAAA-------------A------TTCAGCAG------ACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C--------GT-ACAAATTGACTTCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT--GGG-A-C--AGAACAA--G-AA--CTC-TTA------TAGAA-T---------------------T------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TATACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-GATT-AAT-AT--TT-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGA----AT--TGAAA----T---CCTTAA--AA------------TA-----TC--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------AAC----TTTTTATAGAATTAATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTCCCC----CCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTA-TT--AA-CC-------GT-AC--ATTGACTTGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAA-AA---T---AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-C-A--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATG----------G--ATT-----TT----TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAACAA--G-AA--CTT-TTA------CAGAACT--AATC----------TTTTTT------TT-TT---------CTT--TTCCTCATGCAGATAC-T----T----AT----AA------G----A------T--AATA-A--T----A----------------AAA---------AT-G-TT-CA----T--T-AAAT-ATT-ATTGTT-------------TGA--GCAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC------AATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TT-A-TAT-ACTTAAA----AC--TGAAA----TTCCT----A--AA------------AA-----TG--TTTCATCTTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----------ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTT---T----TTTCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|6 : caA-CAA-TTCTAGAA-C-T-ACCCCATTGAATTA-GT-GTG--C-A--CTATTATCCTAGA----AATG----TTCTAtattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : caaatcatttggattaatgttagttttgagaaaaaaaaacttcatcaagatataagttctataaaaagttcttttaatttctaatttaaagatgaaacatttttaggaatttcagttttaagtatataatttccagaaaaaaaacattgtagaaaaaatattccaagttcatttttctgctcaaacaataatatttaatgaacatttttattattatcttataagtatctgcatgaggaaaagaaaaaaaaaagattagttctgtaaaagttcttgttctgtgccaataatatttcagggatatttcaggaatttttatcatcagtcagtttccagaaaaaatccatatcggttctagaaccttttaaggccattttaaattctgaatgtgcttgatgagtttcaaaaattgttctaaatcaaccaaaatgatgagatcctagaacattttagataaattgttgtgattttcatagttcaagaactgtactaaaaacttgctgttactattttgttattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttaAATT---TTTA----TCATC---AATCAGTTCCAGAA-------AAAT--CC-TATAT-----TG-G-TTC--TA-GAACCT-T-TTA----A---G-GTCA-T-----TTTAAATTCTGA-ATG-------TG-C-T-T-GATG----AGTTCAA--GAATT--GTT-GTA-A-ATCAAT-GAAA------------T--GGT-G----AGATCAA--G-AA--CAT-TTT------TAGAA-T--AATT-----G-----TTGCC------AT-TT---------CATAGTTC------CAGA-AC-TGTACT----AA----AA------A---TATTCTGTT--ACTATG--CTGTTATTTAAA-GT--CCTATAAAGTTCCATAGAT-A-TT-CA----A--G-AAGT-GCC-AT--TT-------------AGA--ACAttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaaACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-AT-------GA--A-AT-G-G--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATA----G-----G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A-------GGG-A-C--AGAAAAA----AA--CTT-TAA------TAGAA-T----------------TTTTTT---------------------TT--TTCT-------GAAAC-T---------AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTACATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-G-TAT-A---AAA----AC--TGAAA----T---CCCT-A--AAATGTTC------GAG----AA--T---CAGCCTA--AATTGA-GAAA------ATAAcatgaaatatagggacagaaaaaaactttaatagaatttttttttttctgaaactataaatatactagcattaaaatccctaaaatgttcaataaatatcatttagagcagaaaatggacttggaatatttttctacatgtatagtgtttttctggaacttgtataaaaactgaaatccctaaaatgttcgagaatcagcctaaattgagaaaataactttttaaagaattaa
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-GA-------AA--ACATAG-G--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-G--A-TGCTGTTTAG--TTCTGG-AAT-------CG-A-TGTAGGTA----A---TAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT--AGCTA-TCGAGAAAAATAG-AA--CTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTTAGCAA----TTTTTT------GT-TTGCGTTCCTACTT--TTCTG----CAGATAC-T---------AT----GA------GAGGTAG-----T--ACTA-GG-C----A-TTAAAGAT--CCC-TAAA---------ATGG-TTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGAA-TAGAGAAGAC-ATGTCG----G---C----A--AA------------GA-----AG--T---AAACCCCCTAATT-ACGAAA------Tctttttaaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-AT-------GG--A-AT-A-G--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC-------A----A----------------TT----TTCTAG-AATTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAA---TAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAGGA-T-C--A-AAGGC--G-AA--GTT-TCA------TAAAG-T--TATT-----A--------TTGAAAGAGT-TT---------TTT--TTCC-----CGGA-AC-------------------------------------T--ACTG-G-------A-CTAAA-AT--C----AAA---------A-----T-CA----C--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--ACAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTA--AGTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TT-G-TG--AT-TAGA----AT-TCAAAT----T---C----T--AA------------GA-----cctaa
Alignments
lowQualScore : 1 22222222 111 11111 111 11111 11 444444444444444444444444444 11111111 111 1111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 44444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 1111111111111 111111111111 111111111111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 111 1 333333333333333333 111 111 3333333333 11 111 3333333 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444 1 111 333333 1111 111111 11 2222222 333333 11
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 4 4 2 4 4 4 55555555 66 4 666666 4 4 2 9999 9999 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 777 66 222 55 4 2 4 3 00000 4 8 55 4 66666 888888888888888888888888888 4 66666666 4 4 4 4 7777 666 55 55 3 3 2 7 3 55 000 55 1111111 4 44 3 44 3 777777 22222222222222222222222222222222222222222222 44 4444444 4 3 11111111111111111111111111111111111 44 3 0000000 3 3 44 3 222222222 3 3 3 7777777 3 3 3 44 6666666666666 44 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 888888 666 55 55 666 3 3 3 3 77 7 3 9999999999999999999999999999999999999999999 777 66 4 4 222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 5 5 77777777 000 5 5 77 3 111 6 99 5 99 777777777777777777 0 111 111 1 3 8 0 0 8 8888888888 11 8 111 3 3 6 6 1 2222222 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 44444444 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 8888888888888888888888888888888 0 888 555 000000 888 0 5 888 0000 0 5 5 5 5 666666 2 11 6666666 9999 3 99 6 1 6 222222 1 55 1 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . ........ .. . ...... . . . .... .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . ..... ........................... . ........ . . . . .... ... .. .. . . . . . .. ... .. ....... . .. . .. . ...... ............................................ .. ....... . . ................................... .. . ....... . . .. . ......... . . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ...... ... .. .. ... . . . . .. . . ........................................... ... .. . . ...... ............................................... . . . . ........ ... . . .. . ... . .. . .. .................. . ... ... . . . . . . .......... .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. ............................... . ... ... ...... ... . . ... .... . . . . . ...... . .. ....... .... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 4 4 7 4 4 4 99999999 11 4 999999 4 4 6 4444 4444 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 33 222 55 0 4 0 4 00000 4 9 00 4 77777 222222222222222222222222222 4 33333333 4 0 0 0 7777 444 00 00 6 6 6 3 6 00 000 00 2222222 2 66 3 66 3 999999 77777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444 3 1 11111111111111111111111111111111111 22 1 8888888 1 1 22 1 333333333 1 1 1 5555555 1 1 1 22 9999999999999 22 3 3 3 666666666666 6 3 999999999999 00 0 222222 444 00 00 444 6 6 6 6 99 3 6 7777777777777777777777777777777777777777777 888 11 4 4 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 44444444 000 7 7 11 2 777 7 22 5 22 555555555555555555 3 888 777 0 2 2 8 8 0 2222222222 00 0 333 2 2 7 7 0 7777777 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000 0 888 666 222222 888 4 0 888 6666 7 0 7 7 7 444444 5 00 0000000 3333 5 77 7 8 7 000000 0 66 0 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-G-G--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACCAATAATA----A---G-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-ATT-T-GATG----A---T-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT--GGG-AGC--AGAACAA--GCAA--CTC-TTA------TAGAA----------------------TT------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATACTT----T----AT----AAAT----A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-ATCCCCC-TAAA---------AT-G-TT-CAACTGA--T-TAAT-AT---T--TT-------------GGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC------AGTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TT-A--GT-AC-TAGAAT-TGAA-AATCCT-----T----A--AA------------CA-----TATCT---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAA-------------AGAACTTTTT-----------ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTT---C----CCCCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AA-CCGTGACATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC-------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----AA--TAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAG---TGTTGACCTTGTATTTGAAAATTC-TTTAAATCATGTAAGGTTT----TAAATA--TTT-C--AATA-CA------AATTCACA
gi|10 : tttta-T-T-GATG----A---TAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT--GGG-A-C--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAG------AATT-----A----TTTTTA------AT-T-----------TT--TTTT-----CAGATAC-T----T----AT----AAATATATA---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATA-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC------AGTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAA-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----CCCT-A--AAATATCCAAGATCGA-----AG--T----AGCTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTT---TTTCCTCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AA-T-------TGT-AC--ATTGACCTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA----TGTA---CATG-AA---TT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTGGGATAT-GAA---TTTTTTCGA------C-TC---CAT--AA---TC----CAAG--ATTTT-CA-ATGA-AA------AGTTCAAAAC--TC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAAAATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-GTG---TATTGAA---ACATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTCA--ATGTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aTT--TTCT-----AAATTAC-TAT--T----ATTTGGAA------A---TAA-----T--AC-----------A-T--AA-AT--CCC-AAAA---------AT-G-TT-CA----A--TAAAAT-ATC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAA--GAAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC------AGTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TA-A-CAT-TT-CAGAACATAAA-A----T-----C----agtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|14 : --AGAAGAA--G-AAAGCTT-GGA------CAGA-------TT-----A----TTTTTTACA---GTGTT---------CTT--CT--------AAA-AC-T----------------A------A---CA------T--TTCA-GAAC----A--TAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--G-AAAT-AGC-AT--AT-------------A------AA-AAA-AT-cctaaaatgttcaagaaatagcatataaaaaaataggtt
gi|15 : ttttctaaattactattatttggaaataatacataaatcccaaaaatgttcaataaaatatcattcgaaataaaaaaaaaaagaagaagaagaa--TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----CT--TTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACGTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--T-CA-A---TAAG-AA---TTACTAAAAAGAATTTT-CA-AATA-AC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTCA--AGGTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----TT--TAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTAA-------AA--A-AT-G-GTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAA-ATAT---A---C-G--A--------T----TTCTGG-AA--------TGTA-T-T-G-T-----A---TAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT--AGC-T-T--AGAA-AA--T-AA--CTT-TAA------TAGAA-T--AATTAAAA-A----ATTTCT------GT-TTC--------CTT--TTCT-----CA-ATAC-T----T----AT-----G------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTTAA-AT--CCC-TAAA---------AT-GTTT-CA----A--T-AAAT-ATCTAT--TT-------------AGA--GCAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA-TAT-AA-TAGAAC---AATG----T-----C-------AA------------GA-----AG--T---AAA-CTA--AATT-A-GAAA------TT-AAAT-------------A------TTT-----------ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATT---T----TCTC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAA-TCG---CATGT-ACTACTTGACCTGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATAC---CTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATGA-AGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGATG--TAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATGTG---TATTTAATT-ATATTTAGAAA--CATATA---CA-G-AA---TT----AAAAGA--TTT-CATATTA-CA------AGTTCA-AACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCAAACACGTCTCTCAC-AAACTGACTTAACTAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : ATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATAT---A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATA----A---TAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT--AGC-T-T--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----AAAAATTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----GA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AA-TAGAACATG--------T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAAC-TA--AATT-A-GAAA------TTAAATG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTG---CATGT-AC-A-TTGACTTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGT---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTTAA---ATATTTAGAAA--C-AATA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCCAACAGGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT--------------------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-AT---------CGG--A-T-----TT----TTTGGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGG-A-C--AGAACTA--G-AG--TTT-TTATACATGTAGAA-TGGAATT-----A----TCTTAT------TT-AT---------TCT--TTGT-----CAGATAC-T----TGCCAAT----AATATAT-A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT---------------G-ATC-AT--TG-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC------AGTG----TT--T--TCTA---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----CTTAA------------AATGTTTAT--T---AAGCCTA--AATT-A-AAAGAATTTTTTATAAA-------------A------TTCAGCAG------ACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C--------GT-ACAAATTGACTTCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT--GGG-A-C--AGAACAA--G-AA--CTC-TTA------TAGAA-T---------------------T------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TATACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-GATT-AAT-AT--TT-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAT-TGAA-A----T-----CCTTAA--AA------------TA-----TC--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------AAC----TTTTTATAGAATTAATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTCCCC----CCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTA-TT--AA-CC-------GT-AC--ATTGACTTGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAA-AA---T---AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-C-A--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATG----------G--ATT-----TT----TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAACAA--G-AA--CTT-TTA------CAGAACT--AATC----------TTTTTT------TT-TT---------CTT--TTCCTCATGCAGATAC-T----T----AT----AA------G----A------T--AATA-A--T----A----------------AAA---------AT-G-TT-CA----T--T-AAAT-ATT-ATTGTT-------------TGA--GCAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC------AATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TT-A-TAT-ACTTAAAAC-TGAA-A----TTCC--T----A--AA------------AA-----TG--TTTCATCTTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----------ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTT---T----TTTCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|6 : caA-CAA-TTCTAGAA-C-T-ACCCCATTGAATTA-GT-GTG--C-A--CTATTATCCTAGA----AATG----TTCTAtattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : caaatcatttggattaatgttagttttgagaaaaaaaaacttcatcaagatataagttctataaaaagttcttttaatttctaatttaaagatgaaacatttttaggaatttcagttttaagtatataatttccagaaaaaaaacattgtagaaaaaatattccaagttcatttttctgctcaaacaataatatttaatgaacatttttattattatcttataagtatctgcatgaggaaaagaaaaaaaaaagattagttctgtaaaagttcttgttctgtgccaataatatttcagggatatttcaggaatttttatcatcagtcagtttccagaaaaaatccatatcggttctagaaccttttaaggccattttaaattctgaatgtgcttgatgagtttcaaaaattgttctaaatcaaccaaaatgatgagatcctagaacattttagataaattgttgtgattttcatagttcaagaactgtactaaaaacttgctgttactattttgttattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttaAATT---TTTA----TCATC---AATCAGTTCCAGAA-------AAAT--CC-TATAT-----TG-G-TTC--TA-GAACCT-T-TTA----A---G-GTCA-T-----TTTAAATTCTGA-ATG-------TG-C-T-T-GATG----AGTTCAA--GAATT--GTT-GTA-A-ATCAAT-GAAA------------T--GGT-G----AGATCAA--G-AA--CAT-TTT------TAGAA-T--AATT-----G-----TTGCC------AT-TT---------CATAGTTC------CAGA-AC-TGTACT----AA----AA------A---TATTCTGTT--ACTATG--CTGTTATTTAAA-GT--CCTATAAAGTTCCATAGAT-A-TT-CA----A--G-AAGT-GCC-AT--TT-------------AGA--ACAttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaaACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-AT-------GA--A-AT-G-G--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATA----G-----G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A-------GGG-A-C--AGAAAAA----AA--CTT-TAA------TAGAA-T----------------TTTTTT---------------------TT--TTCT-------GAAAC-T---------AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTACATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-G-TAT-A---AAAAC-TGAA-A----T-----CCCT-A--AAATGTTC------GAG----AA--T---CAGCCTA--AATTGA-GAAA------ATAAcatgaaatatagggacagaaaaaaactttaatagaatttttttttttctgaaactataaatatactagcattaaaatccctaaaatgttcaataaatatcatttagagcagaaaatggacttggaatatttttctacatgtatagtgtttttctggaacttgtataaaaactgaaatccctaaaatgttcgagaatcagcctaaattgagaaaataactttttaaagaattaa
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-GA-------AA--ACATAG-G--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-G--A-TGCTGTTTAG--TTCTGG-AAT-------CG-A-TGTAGGTA----A---TAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT--AGCTA-TCGAGAAAAATAG-AA--CTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTTAGCAA----TTTTTT------GT-TTGCGTTCCTACTT--TTCTG----CAGATAC-T---------AT----GA------GAGGTAG-----T--ACTA-GG-C----A-TTAAAGAT--CCC-TAAA---------ATGG-TTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGAA-TAGAGA-AGAC-A----TGTCGGC----A--AA------------GA-----AG--T---AAACCCCCTAATT-ACGAAA------Tctttttaaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-AT-------GG--A-AT-A-G--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC-------A----A----------------TT----TTCTAG-AATTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAA---TAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAGGA-T-C--A-AAGGC--G-AA--GTT-TCA------TAAAG-T--TATT-----A--------TTGAAAGAGT-TT---------TTT--TTCC-----CGGA-AC-------------------------------------T--ACTG-G-------A-CTAAA-AT--C----AAA---------A-----T-CA----C--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--ACAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTA--AGTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TT-G-TG--AT-TAGAAT-TCAA-AT---T-----C----T--AA------------GA-----cctaa
Alignments
lowQualScore : 1 22222222 111 11111 111 11111 11 444444444444444444444444444 11111111 111 1111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 44444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 1111111111111 111111111111 111111111111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222 111 1 333333333333333333 111 111 3333333333 11 111 3333333 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444 1 111 333333 1111 111111 11 2222222 333333 11
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 4 4 2 4 4 4 55555555 66 4 666666 4 4 2 9999 9999 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 777 66 222 55 4 2 4 3 00000 4 8 55 4 66666 888888888888888888888888888 4 66666666 4 4 4 4 7777 666 55 55 3 3 2 7 3 55 000 55 1111111 4 44 3 44 3 777777 22222222222222222222222222222222222222222222 44 4444444 4 3 11111111111111111111111111111111111 44 3 0000000 3 3 44 3 222222222 3 3 3 7777777 3 3 3 44 6666666666666 44 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 888888 666 55 55 666 3 3 3 3 77 7 3 9999999999999999999999999999999999999999999 777 66 4 4 222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 5 5 77777777 000 5 5 77 3 111 6 99 5 99 777777777777777777 0 111 111 1 3 8 0 0 8 8888888888 11 8 111 3 3 6 6 1 2222222 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 44444444 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 8888888888888888888888888888888 0 888 555 000000 888 0 5 888 0000 0 5 5 5 5 666666 2 11 6666666 9999 3 99 6 1 6 222222 1 55 1 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . ........ .. . ...... . . . .... .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . ..... ........................... . ........ . . . . .... ... .. .. . . . . . .. ... .. ....... . .. . .. . ...... ............................................ .. ....... . . ................................... .. . ....... . . .. . ......... . . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ...... ... .. .. ... . . . . .. . . ........................................... ... .. . . ...... ............................................... . . . . ........ ... . . .. . ... . .. . .. .................. . ... ... . . . . . . .......... .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. ............................... . ... ... ...... ... . . ... .... . . . . . ...... . .. ....... .... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 4 4 7 4 4 4 99999999 11 4 999999 4 4 6 4444 4444 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 33 222 55 0 4 0 4 00000 4 9 00 4 77777 222222222222222222222222222 4 33333333 4 0 0 0 7777 444 00 00 6 6 6 3 6 00 000 00 2222222 2 66 3 66 3 999999 77777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444 3 1 11111111111111111111111111111111111 22 1 8888888 1 1 22 1 333333333 1 1 1 5555555 1 1 1 22 9999999999999 22 3 3 3 666666666666 6 3 999999999999 00 0 222222 444 00 00 444 6 6 6 6 99 3 6 7777777777777777777777777777777777777777777 888 11 4 4 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 44444444 000 7 7 11 2 777 7 22 5 22 555555555555555555 3 888 777 0 2 2 8 8 0 2222222222 00 0 333 2 2 7 7 0 7777777 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000 0 888 666 222222 888 4 0 888 6666 7 0 7 7 7 444444 5 00 0000000 3333 5 77 7 8 7 000000 0 66 0 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-G-G--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACCAATAATA----A---G-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-ATT-T-GATG----A---T-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT--GGG-AGC--AGAACAA--GCAA--CTC-TTA------TAGAA----------------------TT------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATACTT----T----AT----AAAT----A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-ATCCCCC-TAAA---------AT-G-TT-CAACTGA--T-TAAT-AT---T--TT-------------GGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC------AGTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TT-A--GT-AC-TAGAAT-TGAA-AATCCT-----T----A--AA------------CA-----TATCT---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAA-------------AGAACTTTTT-----------ATAGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTT---C----CCCCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AA-CCGTGACATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAA---ATT-AAATAC-------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTA-AAAGTGGACTGC-AGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----AA--TAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAG---TGTTGACCTTGTATTTGAAAATTC-TTTAAATCATGTAAGGTTT----TAAATA--TTT-C--AATA-CA------AATTCACA
gi|10 : tttta-T-T-GATG----A---TAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT--GGG-A-C--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAG------AATT-----A----TTTTTA------AT-T-----------TT--TTTT-----CAGATAC-T----T----AT----AAATATATA---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATA-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC------AGTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAA-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----CCCT-A--AAATATCCAAGATCGA-----AG--T----AGCTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTT---TTTCCTCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AA-T-------TGT-AC--ATTGACCTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TTGATTCAA-----GCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA----TGTA---CATG-AA---TT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTGGGATAT-GAA---TTTTTTCGA------C-TC---CAT--AA---TC----CAAG--ATTTT-CA-ATGA-AA------AGTTCAAAAC--TC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAAAATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-GTG---TATTGAA---ACATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTCA--ATGTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aTT--TTCT-----AAATTAC-TAT--T----ATTTGGAA------A---TAA-----T--AC-----------A-T--AA-AT--CCC-AAAA---------AT-G-TT-CA----A--TAAAAT-ATC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAA--GAAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC------AGTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TA-A-CAT-TT-CAGAACATAAA-A----T-----C----agtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|14 : --AGAAGAA--G-AAAGCTT-GGA------CAGA-------TT-----A----TTTTTTACA---GTGTT---------CTT--CT--------AAA-AC-T----------------A------A---CA------T--TTCA-GAAC----A--TAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--G-AAAT-AGC-AT--AT-------------A------AA-AAA-AT-cctaaaatgttcaagaaatagcatataaaaaaataggtt
gi|15 : ttttctaaattactattatttggaaataatacataaatcccaaaaatgttcaataaaatatcattcgaaataaaaaaaaaaagaagaagaagaa--TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-C-TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----CT--TTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACGTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--T-CA-A---TAAG-AA---TTACTAAAAAGAATTTT-CA-AATA-AC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTCA--AGGTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----TT--TAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTAA-------AA--A-AT-G-GTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAA-ATAT---A---C-G--A--------T----TTCTGG-AA--------TGTA-T-T-G-T-----A---TAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT--AGC-T-T--AGAA-AA--T-AA--CTT-TAA------TAGAA-T--AATTAAAA-A----ATTTCT------GT-TTC--------CTT--TTCT-----CA-ATAC-T----T----AT-----G------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTTAA-AT--CCC-TAAA---------AT-GTTT-CA----A--T-AAAT-ATCTAT--TT-------------AGA--GCAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA-TAT-AA-TAGAAC---AATG----T-----C-------AA------------GA-----AG--T---AAA-CTA--AATT-A-GAAA------TT-AAAT-------------A------TTT-----------ATA----------TACTTTATTG-ACAGTTATT---T----TCTC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAA-TCG---CATGT-ACTACTTGACCTGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAAATAC---CTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTACTTGATCCAATGA-AGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGATG--TAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATGTG---TATTTAATT-ATATTTAGAAA--CATATA---CA-G-AA---TT----AAAAGA--TTT-CATATTA-CA------AGTTCA-AACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCAAACACGTCTCTCAC-AAACTGACTTAACTAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : ATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATAT---A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATA----A---TAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT--AGC-T-T--AGAAAAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----AAAAATTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----GA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AA-TAGAACATG--------T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAAC-TA--AATT-A-GAAA------TTAAATG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTG---CATGT-AC-A-TTGACTTGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATACCTGT---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA-TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTTAA---ATATTTAGAAA--C-AATA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCCAACAGGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT--------------------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-AT---------CGG--A-T-----TT----TTTGGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGG-A-C--AGAACTA--G-AG--TTT-TTATACATGTAGAA-TGGAATT-----A----TCTTAT------TT-AT---------TCT--TTGT-----CAGATAC-T----TGCCAAT----AATATAT-A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT---------------G-ATC-AT--TG-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC------AGTG----TT--T--TCTA---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----CTTAA------------AATGTTTAT--T---AAGCCTA--AATT-A-AAAGAATTTTTTATAAA-------------A------TTCAGCAG------ACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C--------GT-ACAAATTGACTTCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AAA------T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA-TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT--GGG-A-C--AGAACAA--G-AA--CTC-TTA------TAGAA-T---------------------T------GTCTT---------CTT--TT-T-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------TATACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CAC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-GATT-AAT-AT--TT-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAT-TGAA-A----T-----CCTTAA--AA------------TA-----TC--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------AAC----TTTTTATAGAATTAATA----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTCCCC----CCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTA-TT--AA-CC-------GT-AC--ATTGACTTGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA---AAA-AA---T---AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATG------AA--A-AT-C-A--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATG----------G--ATT-----TT----TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGC-A-C--AGAACAA--G-AA--CTT-TTA------CAGAACT--AATC----------TTTTTT------TT-TT---------CTT--TTCCTCATGCAGATAC-T----T----AT----AA------G----A------T--AATA-A--T----A----------------AAA---------AT-G-TT-CA----T--T-AAAT-ATT-ATTGTT-------------TGA--GCAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC------AATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TT-A-TAT-ACTTAAAAC-TGAA-A----TTCC--T----A--AA------------AA-----TG--TTTCATCTTTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATAGAA------CTT-----------ATA----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTT---T----TTTCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|6 : caA-CAA-TTCTAGAA-C-T-ACCCCATTGAATTA-GT-GTG--C-A--CTATTATCCTAGA----AATG----TTCTAtattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : caaatcatttggattaatgttagttttgagaaaaaaaaacttcatcaagatataagttctataaaaagttcttttaatttctaatttaaagatgaaacatttttaggaatttcagttttaagtatataatttccagaaaaaaaacattgtagaaaaaatattccaagttcatttttctgctcaaacaataatatttaatgaacatttttattattatcttataagtatctgcatgaggaaaagaaaaaaaaaagattagttctgtaaaagttcttgttctgtgccaataatatttcagggatatttcaggaatttttatcatcagtcagtttccagaaaaaatccatatcggttctagaaccttttaaggccattttaaattctgaatgtgcttgatgagtttcaaaaattgttctaaatcaaccaaaatgatgagatcctagaacattttagataaattgttgtgattttcatagttcaagaactgtactaaaaacttgctgttactattttgttattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttaAATT---TTTA----TCATC---AATCAGTTCCAGAA-------AAAT--CC-TATAT-----TG-G-TTC--TA-GAACCT-T-TTA----A---G-GTCA-T-----TTTAAATTCTGA-ATG-------TG-C-T-T-GATG----AGTTCAA--GAATT--GTT-GTA-A-ATCAAT-GAAA------------T--GGT-G----AGATCAA--G-AA--CAT-TTT------TAGAA-T--AATT-----G-----TTGCC------AT-TT---------CATAGTTC------CAGA-AC-TGTACT----AA----AA------A---TATTCTGTT--ACTATG--CTGTTATTTAAA-GT--CCTATAAAGTTCCATAGAT-A-TT-CA----A--G-AAGT-GCC-AT--TT-------------AGA--ACAttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|7 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaaACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-AT-------GA--A-AT-G-G--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCAAT-ATA----G-----G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A-------GGG-A-C--AGAAAAA----AA--CTT-TAA------TAGAA-T----------------TTTTTT---------------------TT--TTCT-------GAAAC-T---------AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTACATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-G-TAT-A---AAAAC-TGAA-A----T-----CCCT-A--AAATGTTC------GAG----AA--T---CAGCCTA--AATTGA-GAAA------ATAAcatgaaatatagggacagaaaaaaactttaatagaatttttttttttctgaaactataaatatactagcattaaaatccctaaaatgttcaataaatatcatttagagcagaaaatggacttggaatatttttctacatgtatagtgtttttctggaacttgtataaaaactgaaatccctaaaatgttcgagaatcagcctaaattgagaaaataactttttaaagaattaa
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-GA-------AA--ACATAG-G--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC-AAT-ATACCCTATCCC-G--A-TGCTGTTTAG--TTCTGG-AAT-------CG-A-TGTAGGTA----A---TAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT--AGCTA-TCGAGAAAAATAG-AA--CTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTTAGCAA----TTTTTT------GT-TTGCGTTCCTACTT--TTCTG----CAGATAC-T---------AT----GA------GAGGTAG-----T--ACTA-GG-C----A-TTAAAGAT--CCC-TAAA---------ATGG-TTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGAA-TAGAGA-AGAC-A----TGTCGGC----A--AA------------GA-----AG--T---AAACCCCCTAATT-ACGAAA------Tctttttaaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-AT-------GG--A-AT-A-G--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC-------A----A----------------TT----TTCTAG-AATTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAA---TAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAGGA-T-C--A-AAGGC--G-AA--GTT-TCA------TAAAG-T--TATT-----A--------TTGAAAGAGT-TT---------TTT--TTCC-----CGGA-AC-------------------------------------T--ACTG-G-------A-CTAAA-AT--C----AAA---------A-----T-CA----C--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--ACAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTA--AGTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TT-G-TG--AT-TAGAAT-TCAA-AT---T-----C----T--AA------------GA-----cctaa
blockSeqs : CC C CT G . G G G T G G T CCCCATTG TT C GGTG . G A CAAC GTGG G GCA . C GG C C GTCTG A GAG AC CAA GT A T G T . A C T T CTAA CCCTATCCCGATGCTGTTTAG A TTACAATA T . G A AAGA GTT AT GT A G T A . CT GGG CA CTATCG A TA . AG G TACATG TAACTTAGCAATTTTTTGTTTGCGTTCCTA AG CCTCATG T . GTACTAAAAATATTCTGT AT T CTGTT T G . A GTTCCATAG G T G AAT A C T TG GAAATAAAAAAAA GG A G C AGAAGAAGAAAG T C ATTA TC T ATGTAT TTT TG TC GAC G A T G CT A T TCCCTAAAATATCCAAGATCGAAG TTC CT G C AATTTT AACTTTTTATAGAATTAATA A T T C TTTCC TCA T C TG T TAA G . T AA TCGCATGTACTAC TTG . A T G A TACCTTG . C TT A T A C T CAATGCA . A AC CTT A TAT . A C . . T C A A TTGATG AAA . . TTATTAAA CC A GG TA C CACTGAGTTAATATACT A T AT . T TT T . . CG T AA ATATACATGTATAT C GGA TT CATA . . . ACTA A T T A TGTACT A AG TAATAAA TA A AA T T . AAATTA G AC T A
blockSeqs : . . T . . . . . T . . . TG . . GTG . . A . . . . . . AG . . . . . T T . . A . T . . . C . CAAT AGGTCATTTTAAA . C . . . . . . . . . . T . . . A . GAC G . . . . AGTAG TAATTAAAAAATTTCTGTTTC . CTG T . TGCCAATAATATATATA . . AAC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T ATAG . A GCTA . . . . . . . . C A . TCCCTAAAATGTTCGAGAA . . . . . AACTTTTTATAGAACTTATA . . . . CCCC . . . T T . . . T . ACTGCATGTACA TTC . A T G . TACCTGT . . TT A G . . T CAATGA . . AC CTA T . . . . . . A C A . TGAG . . . AA . . . . . CTCAACCAAGTTCACT A . . . . . . . . . . . ATTTATTT T . . TCA . . . . A . . . . C . . A A C . C . AAGT T AC G .
blockSeqs : . . T . . . . . C . . . A . . AGG . . T . . . . . . A . . . . . C . . . A . T . . . . . CGAT TACGATTT . C . . . . . . . . . . C . . . . . CTT A . . . . . TAATTAAAAATTTTTTGTTT . TT T . ATTATTTGGAAATAA . . GC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . ATT . T . . . . . . . . . T . . TCCTTAAAATGTTTAT . . . . . ATTCAGCAGACA . . . . T . . . T T . . . T . CGTACAAA TTT . A T . . AAT . . TC A T . . T CAA . . . TA A . . . . . . T T A . CT . . . GT . . . . . CAAGTTAATACT A . . . . . . . . . . . ACCC . . . CAA . . . . A . . . . C . . A A A . T . AGT G . C
blockSeqs : . . C . . . . . C . . . A . . GG . . T . . . . . . A . . . . . C . . . A . T . . . . . CGAT CGGATTT . C . . . . . . . . . . C . . . . . CTT C . . . . . TGGAATTATCTTATTTAT . CT T . TATAAATATATATA . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . GAT . T . . . . . . . . . A . . TGTCGGCAAAGAAG . . . . . ATTTATA . . . . T . . . T . . . . . . TTGTACA . . T . . . T . . . . T . . G TG . . . C A . . . . . . T C A . TT . . . GT . . . . . CACTAAGACTAA A . . . . . . . . . . . ACT . . . TG . . . . A . . . . C . . A A A . T . GG C . G
blockSeqs : . . A . . . . . C . . . T . . CA . . T . . . . . . A . . . . . T . . . A . T . . . . . CAAT TACGAT . G . . . . . . . . . . C . . . . . GAC C . . . . . TTATTATTGAAAGAGTTT . CT T . ATGAGAGGTAG . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . A . . . . . . . . . A . . TCCTTAAAATATC . . . . . ATTTATA . . . . T . . . . . . . . . . CCGTACA . . C . . . T . . G C . . . . A . . . . . . . C . . C . . . A . . . . . CACTAAGACTAA A . . . . . . . . . . . ACT . . . CC . . . . A . . . . . A . . . . . A C
blockSeqs : . . T . . . . . T . . . A . . GG . . A . . . . . . A . . . . . C . . . A . A . . . . . CTT GATTTT . C . . . . . . . . . . C . . . . . GAC C . . . . . TTATTTTTTACAGTGTT . CT T . TATGAATA . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . A . . . . . . . . . C . . TTCCTAAAAATG . . . . . ATTTATA . . . . T . . . . . C . . . T . . . . . CTGACTAA A . . . . . . . . . . . ACT . . . CC . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . . T . . AG . . A . . . . . . A . . . . . . . . . A . T . . . . . AAT GGATTT . T . . . . . . . . . . T . . . . . CAC C . . . . . CTAATCTTTTTTTTTT . GT T . TATAAATA . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . A . . . . . . . . . C . . TCAAAGAAG . . . . . . . . G . . . . . CACCCAA . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . T . . . . . GAC A . . . . . TAATTGTTGCCATTT . CT A . TATGATA . . C . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AT . A . . . . . . . . . A . . TCAAGAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC A . . . . . AATTATTTTTAATT . CC T . TATAAGA . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . T . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TG G . . . . . TTGTCTT . T . . ATAAATA . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTTTTTT . C . . AACA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A******* ***** ** CGAT* AGATTT********************* GAC**** TAATTATTTTTGTTT***************************** CT***** TATAAATA*************************** ** A****** AT********** TCCCTAAAAATG******************************* AACTTTTTATA************************************ *** ** CCGTACA*********** *** AT******** ** TT* CATGA** **** ** GT****** ** CACTAAGACTAA************** ** ** ACT**************************** *** CN**** *** *** A*** AGT*** **
originalCons : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AN-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATA----A---C-G--A-T-----TT----TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGN-A-C--AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAA-T--AATT-----A----TTTTTT------GT-TT---------CTT--TTCT-----CAGATAC-T----T----AT----AA------A---TA------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-A----T-----C----A--AA------------GA-----AG--T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAG-------------A------TTT-----------ATA----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AA-CCG---CATGT-AC-AATTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAATAC---T---AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCAATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CGTA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCCAACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
finalCons : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-AA-------AA--A-AT-G-G--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACCGAT-ATAAGATTT---------------------TTCTGG-AAC-------TG-A-T-T-GATG----A---TAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT--GGGAC----AGAANAA--G-AA--CTT-TTA------TAGAATAATTATTTTTGTTT-----------------------------CTT--TTCT-----CAGATAC-TTATAAATA---------------------------T--ACTA-G--C----A-TTAAA-AT--CCC-TAAA---------AT-G-TT-CAA------T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-ATAT----------TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TGAA-ATCCCTAAAAATG-------------------------------T---AAGCCTA--AATT-A-GAAA------TTAAAAGAACTTTTTATA------------------------------------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AACCGTACA-----------TTGACTTGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATT-AAAAT--------AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA-TNGATTCATGA--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----CG--TAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTCACTAAGACTAA--------------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TACACT----------------------------AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAACN----TA---CATG-AA---TT----AAAAGAATTTT-CA-AATA-CA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATGA---TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTTAGT---GTNAGGGCCA--ANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Alignments
lowQualScore : 1 1111 1111 1111 111 11111 111 11111 1 11 1111 44444444444444444 222222222 111 11111 222222 55555555555555555555555555 2222222222 11111 3333333333333333333333333 1111111 2222222222222 111111111111 111111111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 222 111 1 222222222222222 1111 22222222 111 111 111 3333333333333 11 111 2222 44444444 11 111 111 1111 33333333 33333333 11 22222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444 1 111 11111 11111111 11111 111111 11 2222222 333333 22222
lowQualScore : 77 5 66 0 5 5 5 5 4 1 5 5 5555 5 5 66 5 5 2 0000 0 0000 5 888 5 5 000 5 5 22222 5 888 55 333 66 4 1 4 1 11111 5 0 66 5 2222 5 44444444444444444 66 111111111 5 4 4 4 8888 55 55 4 4 3 8 4 55 111 4 00000 4 4 4 4 111111 44444444444444444444444444 0 8 0000000000 55 2 22222 3 0000000000000000000000000 7 55 3 3 55 1 3 3 3 0000000 3 3 3 55 0000000000000 55 3 3 3 888888888888 3 7 777777777777 55 1 888888 666 55 55 666 3 3 3 3 77 7 3 0 8888 55555555555555555555555555555555555555555 55 3 55 33 33333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5 5 77777777 000 5 5 77 3 111 6 99 5 99 888888888888888 6 5555 44444444 111 111 1 3 8 222 1111111111111 11 8 111 3 3 6 0000 1 66666666 6 6 55 000 0 3 111 6 6 6 4444 99 3 1 3 6 44444444 888 5 5 33333333 11 5 66 66 4 11111111111111111111111111 1 4 66 4 4 99 4 66 4 66 4 66 8888888888888888888888888888888 0 888 555 00000 0 5 55555555 44444 555 5 5 666666 2 11 6666666 9999 3 99 6 1 6 222222 1 44444 1 7
lowQualScore : .. . .. . . . . . . . . . .... . . .. . . . .... . .... . ... . . ... . . ..... . ... .. ... .. . . . . ..... . . .. . .... . ................. .. ......... . . . . .... .. .. . . . . . .. ... . ..... . . . . ...... .......................... . . .......... .. . ..... . ......................... . .. . . .. . . . . ....... . . . .. ............. .. . . . ............ . . ............ .. . ...... ... .. .. ... . . . . .. . . . .... ......................................... .. . .. .. ............................................... . . . . ........ ... . . .. . ... . .. . .. ............... . .... ........ ... ... . . . ... ............. .. . ... . . . .... . ........ . . .. ... . . ... . . . .... .. . . . . ........ ... . . ........ .. . .. .. . .......................... . . .. . . .. . .. . .. . .. ............................... . ... ... ..... . . ........ ..... ... . . ...... . .. ....... .... . .. . . . ...... . ..... . .
lowQualScore : 99 7 11 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1111 0 0 99 0 0 8 6666 1 6666 0 888 0 0 000 0 0 55555 0 888 22 888 11 4 0 4 9 11111 0 0 99 0 5555 0 00000000000000000 99 555555555 0 4 4 4 5555 55 55 0 0 9 0 0 55 000 0 00000 0 9 0 0 555555 99999999999999999999999999 7 0 7777777777 00 8 77777 6 6666666666666666666666666 3 00 6 6 00 4 6 6 6 5555555 6 6 6 00 0000000000000 00 6 6 6 666666666666 6 3 999999999999 00 0 222222 444 00 00 444 6 6 6 6 99 3 6 5 4444 44444444444444444444444444444444444444444 00 6 55 33 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 7 44444444 000 7 7 11 2 777 7 22 5 22 888888888888888 7 0000 22222222 888 777 0 2 2 444 0000000000000 00 0 333 2 2 7 8888 0 55555555 7 7 77 888 7 5 777 7 7 7 2222 22 5 0 2 7 11111111 888 0 0 88888888 99 0 99 99 4 77777777777777777777777777 9 4 11 4 4 55 0 11 4 11 4 11 0000000000000000000000000000000 0 888 666 00000 1 0 11111111 33333 999 7 7 444444 5 00 0000000 3333 5 77 7 8 7 000000 0 00000 0 3
consensus : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-A-NAAA-AT-GG--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--AAT-ATA----G----GAT-----TT--TTCTGGAA-C-------TG-A-T-T-GATG----ATAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT-GG-----GA-CAGAANAAG-AACTT-TTA------TAGAA-T--AA-TT-----A-----TTT---TTGT-TT---------CT--TTTCT-----CAGATAC-T--T----AT----AA------A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAAT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TG-AAATCCC--TAAAA-AT-----------G-----T---A-----A--------GCCTA--AATTA-GAAATT--AAAAGAACTTT---------TT---------AT--------------A----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AACC-----G-------T-AC--A-TTGACT--------TGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATTAAA-----AT------AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA----TNGACTC-ATG--AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C--GTAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CTACAT-GAATT----A---AAAG-----AA-T-TTTCA-AAT-ACA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCC--AACANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
Reference ( family-1812 ) : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-A-AAAA-AT-GG--C-A-ACAANTATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-CCAT-TTC-G-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--GAT-ATA----A----GAT-----TT--TTCTGGAA-C-------TG-A-T-T-GATG----ATAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT-GG-----GA-CAGAANAAG-AACTT-TTA------TAGAA-T--AA-TT-----A-----TTT---TTGT-TT---------CT--TTTCT-----CAGATAC-T--T----AT----AA------A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAAT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTNC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TG-AAATCCC--TAAAA-AT-----------G-----T---A-----A--------GCCTA--AATTA-GAAATT--AAAAGAACTTT---------TT---------AT--------------A----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATAATGTTT--AACC-----G-------T-AC--A-TTGACT--------TGCCATATTTATT---GNGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATTAAA-----AT------AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA----TNGATTC-ATG-AAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTCGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C--GTAA---TAG-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-NTACAT-GAATT----A---AAAG-----AA-T-TTTCA-AAT-ACA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTNAGGGCC--A--ANGTCTCTCACAAAACTGACTTAACTAA
gi|1 : ACAGAATAGTAAC--A-GAAC-GTTTATATAG-TA-CAG-TTCTAGAA-C-T-ATGAAA-AT-GG--CTA-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTTTAG-ATCTC---AATCAT-TTC-G-T-T-GGT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AGCCACATTCAGAAT--T-T-AAATGGCC-T--AATTCTTAG-GCCTCATTA-GAACC--AATAATA----AG---GAT-----TT--TTCTGGAA-C-------TG-ATT-T-GATG----AT-A--AAATT--CAT-G---ATATCCCTCGAAATAA--TAA---TT-GG-----GAGCAGAACAAGCAACTC-TTA------TAGAA--------------------------TTGTCTT---------CT--TTT-T-----CAGATACTT--T----AT----AAAT----A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-ATCCCCCTAAAAT-G-TT-CAACTGA--T-TAAT-AT---T--TT-------------GGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-ATGAACATAA-T--ATTT--C-AC------AGTG---TTT--T--TTCT---GAAC-TT-A--GT-AC-TAGAAT-TGAAAATCCT--TAAAC-AT-----------ATC---T---A-----A--------GCCTA--AATTA-GAAATTAAAAAAGAACTTT---------TT---------AT--------------AGAATTACTATT-TCTTA-TG-A-AGTTTTT---C----CCCCTCAAAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTTGGGAAATACTA-TT--AACC-----G-------TGAC--ATTTGACTAATAGACACACCATATTTATTGGGGCGATCGGGCTCATAATTCAAAAATTA--AAT-----AC------AG-ATGAGATACATGAAATA-GA-AATATTAAAACCACCTTTCTCAATATTCCCGCCCAAGA-TT-GAATTCTAAAAGTGGAC----TG-CAGCATCGCAG-ATGTTG--ACCATGGTATGAAGTCGTT-TA---AAAAGAAAT-CA-AGGACACTGTTATGCTATTAAG-CAGTTTGTCTGAGT-------TT--CAGTGTAT----A--ATAA---TAGTACTTTATTAAA--GTCAGTTTTGTG-GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CTGAT---A--AA------GTTATGA-G--GTAA-TGT-TA-TTGGTTAATTT--TTT-GAAT--TACTATCATAGAGTAAC-----------T-----TA-GAG---TGTTGACCTTGTATTTGAAAATTC-TT---T-AAATC----ATGTAAGGTTTTAAA-TATTTC--AAT-ACA------AATTCACA
gi|10 : tttta-T-T-GATG----ATAA--AAATT---------------CCT-GAAAT-A--TTA---CT-GG-----GA-CAGAAAAAG-AACTT-TTA------TAG------AA-TT-----A-----TTT---TTAA-TT----------T--TTTTT-----CAGATAC-T--T----AT----AAATATATA---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAAT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATA-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTC--CTTC------AGTG---TTC--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAA-AC-TAGAAC-TG-AAATCCC--TAAAATATCCAAGATCGAAG-----T---------A--------GCTTA--AATTA-GAAATT--AAAAGA----T---------TT---------AT--------------A----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTT---TTTCCTCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAATG-TT--AATT-----G-------T-AC--A-TTGACC--------TGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCtatttttaaaacggattttaaaagtcctataaaagttccaagaaatattcaaaaaatgcctgtttagaaatatttctaggataatagtgcaaaataattcaatggatagttctagaattgttttaaggtcatactagaaacaattctacaacactagaacatcatgtcggaggg
gi|11 : ATTAAGGCCACCT----CAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA----TTGATTC-A----AGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTA---TGAAGTTGTTATA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGA--TTAAGCTAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-AC-TTAA------GTCAGTTTTGG--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTGAG----TTAATATACTGTCATGA-G--GT-A-CT--TA-T--GTTAA-TT--TTT-GAATAATAC------------ATATACATGTATAT-----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--T-GTACAT-GAATT----
gi|12 : A---TAG-AC-TTA-------GTCAGTTTTTT--GAAGA--GACTACTGGA-CCTTCTCAA--CCAAGTTCACT--------GTT-TGA-G--GT-A-TG--T------TTAA-TT--TTT-TAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTGGGATAT-GAA---TTTTTTCGA------CTCCAT--AATC----C---AAG-------A-T-TTTCA-ATG-AAA------AGTTCAAAAC--TC-------TAATTACTTTAAG-GCCTAGTTTTC-CAAA-AAATAACAATAC--CATAACTT-GATA-GTAAGGGCCAAA--ATGTCTCTCACA
gi|13 : -CTCTC---AAGTTAAT---ACT--------GTTATGA-G--GT-G-CA--TG-T--GTTAT-GT--TTT-TAAT--TAC------------AT-----------TTATTTAA-GTG---TATTGAA---ACATTTAGAAA--C-CTACAT-GAATT----A---AAAG-----AA-T-TTTCA-AAT-ACA------AGTTCACAAC--TCTAATAAATAATTACTTTATG-A--TAGTAATT-CAAA-AATTATC-ATACCTCATAACTTAAATTAGTGAGGGTC--A--ATGTCTCTCAttatcatcggtatatattatattgggcaagtat
gi|14 : aT--TTTCT-----AAATTAC-TATT----ATTTGGAA------A---TAAT--AC-----AT--AA-AT--CCCAAAAAT-G-TT-CA----A--TAAAAT-ATC-AT--TCGAAATAAAAAAAAAAA--GAAG-AAG-AA-GAAAGAAGAAGAAAGC-TTGGACAG-------A-TTATTTT--TTAC------AGTG---TTC--T--TCTA---AAAC-TA-A-CAT-TT-CAGAACATA-AAATCCC--T-AAA-AT-----------G-----TTC-A-----A--------G---A--AA-TA-GCATAT--AAAAAAAagtctattagatacactatatgattgagcaatatagaac
gi|15 : --TA-T--GTTAA-TT--TTTTGAAT--TAC------------AC-----------CC----AA-GTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--C-CTACAT-GAATT----A---AAAG-----AATT-TTTCA-AATAACATGTACTAGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTTATG-A--TAGTAATTAAAAA-AACTAAC-ATACCTCATAACTT-A----GTTAGGGtaggtt
gi|16 : aTG--AATGTAC-----AGCTGTTTTG---AAGA-AATT-TGCAGA----TGTTATGT--TATTGCCA--TTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTG-----C--TTTA---TAG-AC-T--T------GTCAGTTTTGT--GA-GAGGGGC--GTTAG-CC
gi|17 : A------GTTATAA-AATGT-A-CG--TA-C---TTG--TT--TAT-G---------------------------------T-----AACGTG---TATTGAA---ATATTTAGAAA--T-CAATAA-GAATTACTAA---AAAG-----AA-T-TTTCA-AAT-AAC------AGTTtgctctttctgagtt
gi|18 : ctcaagtaattTACTTTATG-A--TAGTA---------------C-ATACCTCATAACTT-GG---GTGAGGGTC--A--AGGTCTCTCA
gi|18 : TTATAGTGTAT----T--TTAAAAATAG-AC-TTG---------------------A-GA--GAC--CTTGA-CCCTC---A--C--------CCAA------GTTATGA-G--GT-A-TG--TA-agtctatttttaaaatacactataattgagcaatatagaacaata
gi|2 : tactttatgatagATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTAATAT-C-TTA-AAAA-AT-GGTGC-A-ACAAATATTCTTAA----AAAA----TTCTAG-ACTCC---A-CCAT-T-C-A-T-TCGAT-----TTAGAA-AAAAT---TCTGAA--TCATCT--AAGCACATTCAGAAA--T-TTAAAT-GCC-TTAAA-----AA-GCTTCT-TATGAACCTAAAT-ATA----C----GA-------T--TTCTGGAA---------TGTA-T-T-G-T-----ATAAATAAGTT--CCTAGAAGATATTCCT-GAAAT-ACTCTA---TT-AG-----CT-TAGAA-AAT-AACTT-TAA------TAGAA-T--AA-TTAAAAAA-----TTT---CTGT-TTC--------CT--TTTCT-----CA-ATAC-T--T----AT-----G------A---TA-T--ACTAG-CATTTAA-AT--CCCTAAAAT-GTTT-CA----A--T-AAAT-ATCTAT--TT-------------AGA--GCAG-AAA----GAA------------CTTTGGA-AT---------T--ATTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TTAA-TAT-AA-TAGAAC-----AATGTC---AAGA-A------------G-----T---A-----A--------A-CTA--AATTA-GAAATT--AAA-----TAT---------TT---------AT--------------A----------TACTTTATTG-ACAGTTATT---T----TCTC---AAACTTAACATTCAGTCCAAA--ATTCG-AATTTAAATTAAACCGGAGTT--GAACTAATGTTTAAAATC-----GCATGTACT-AC----TTGACC--------TGCCATATTGA------AGATCGGCCTCA-AATTCAAGAATTATTAAA-----ATACCTTGAGCATCGG--ACTTGAAATGCCACAATATTTAGACCACCTTT-TC-ATATTCCCGCCATATAGTTAAAATTCTAC---TTGATCCAATG-AAGCAT-GCAGAATGTTG--AGT-TACTTTGAAGTTAGTATATATAAGT-AAATACA-AGA----TTTTATGT--T--AATCAGTTTGTTCGAGTAAGTAAATTTACAGTGTATTTGAT--GTAA---TA--AC-TTGT------GTCAGTTTTGTCCGA-AA--GAC--CTTGGCCCCCC---A--CTAAG---ACTAA------GTT-TAATA--GT-ATCG--TA-T--GTTAA-TTCGTAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AATGTG---TATTTAATT-ATATTTAGAAA--C-ATATACAGAATT----A---AAAG-----A----TTTCATATT-ACA------AGTTCA-AACAGTC-------TAATTAACTTATATA--TAGTAAGT-AAAATAATTAAC-ATACCTCATAACTTAAGT---TCAGGGCA--AACACGTCTCTCAC-AAACTGACTTAACTAttgagcaatatagaacaata
gi|3 : ATAGAATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTTTAGAA-C-T-A-AAAA-AT-GG--C-A-ACAAATATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ACCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-AAATT---CTTGAA-TTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--AAT-ATAT---AC---GAT-----TT--TTCTGGAA-C-------TG-A-T-T-GATA----ATAA--AGATT--CCT-GAA-ATATTCCT-GAAAT-A--TTA---TT-AG-----CT-TAGAAAAAG-AACTT-TTA------TAGAA-T--AA-TT-----AAAAATTTT---TTGT-TT---------CT--TTTCT-----CAGATAC-T--T----AT----GA------A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAAT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTTC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AA-TAGAACATG----TC-----AAAG-AA-----------G-----T---A-----A--------A-CTA--AATTA-GAAATT--AAATGA----T---------TT---------AT--------------A----------T-CTTTA-TG-A-AGTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AGTCCAAAT-ATTAGTAATTTAAAT---ACG-GAGTT--GAAATAATGTTT--AAACTGCATG-------T-AC--A-TTGACT--------TGCCATA---ATT---GAGATCGGGCTCATAATTCAAGAATTATTAAATACCTGT------AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACCACCTTT-TCAATATTCCCGCCAAAGGTTT-AAATTCTA----TTGATCCAATGCAAGCAT-GCAG-ATGTTG--AGTGTACTATGAAGTTGTTATA---AAGT-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAGTAAGT-AATTTACAGTGTAT----TGAGTAA---TAA-AC-TTGT------GTCAGTTTTGT--GA-AA--GAC--CTTGG-CCCTC---A--CTAAG---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-CG--TA-T--GTTAA-TT--TAT-GAAT--TAC------------AC-----------T-----AA-GTG---TATTTAA---ATATTTAGAAA--CAATACAT-GAATT----A---AAAG-----AA-T-TTTCA-AAT-ACA------AGTTCACAAC--TC-------TAATTACTTAATG-A--TAGTAATT-AAAA-AATTAAC-ATACCTCATAACTT-AGT--GTCAGGGCC--AACAGGTCTCTCACAAAACTGACTTAATTAA
gi|4 : ATAGAATGGTTAC--A-GAAC-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TT-----------------------------------ATTCTAAA----AATG----TTCTAG-ATCTC---A-TCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---CTTGAA-CTAATC---AAGCACATTCAGAAT--A-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--GAT-ATC----G----GAT-----TT--TTTGGGAA-C-------TG-A-T-T-GATG----ATAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT-GG-----GA-CAGAACTAG-AGTTT-TTATACATGTAGAA-TGGAA-TT-----A------TC---TTAT-TT---------ATTCTTTGT-----CAGATAC-T--TGCCAAT----AATATAT-A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CACTAAAAT-G-TT---------------G-ATC-AT--TG-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------G-TTGGA-AT-------A-A--TTTT--CTAC------AGTG----TT--T--TCTA---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAC-TG-AAATCCT--T-AAA-AT-----------GTTTATT---A-----A--------GCCT----------AAATT--AAAAGAATTTT---------TT---------ATAAAATTCAGCAGACA----------T-CTTTA-TGTA-TTTTTTT---T----TCTC---AAAC-TAACATT-AATC----------------CAAAT---ACT-GAGTT--GAAATAA--TTC--AA-C-----G-------T-ACAAA-TTGACT--------TCCAATATTCATT---GTGATC-GGCTC--AAC------ATTATT-AA-----AT------AGCATCGG--ACTTGAAATG-CACAATATTAAGACTACT-------ATATTCCCACCAAATATTT-GAATTCTA----TGGACT---TG--AGCAT-GAAG-ATGTTGACAGTGTAC
gi|5 : cccctacgaaacgatgttctagtgttctagaattgttctggtatgacttaaacaattctagaactaccccattgaattattttgcactattatcctagaaatgttctaaaaggcattttttgaatatttctggaacttttatacacttttaaaatccgtttaaaataTG----ATAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--ATAA--TT-GG-----GA-CAGAACAAG-AACTC-TTA------TAGAA-T-------------------------TGTCTT---------CT--TTT-T-----CAGATAC-T--T----AT----AA------A---TA-TATACTAG-CATTAAA-AT--CACTAAAAT-G-TT-CA----A--T-GATT-AAT-AT--TT-------------TGA--GCAG-AAA-AT-GAA------------C-TTGGG-AT-------A-T--TTTT--CTAC------AGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-A-TAT-AC-TAGAAT-TG-AAATCCT--TAAAATAT-----------C-----T---A-----A--------GCCTA--AATTA-GAAATT--AAAAGAACTTT---------TTATAGAATTAAT--------------A----------T-TTTTA-TG-A-AGTTTTTCCCC----CCTC---AAAC-TAACATT-AAACCAAAT-ATTAGTAATTCAAAT---ACC-GAGTT--GAAATACTA-TT--AACC-----G-------T-AC--A-TTGACT--------TGCCATATTTATT---GCGATCGGGCTCATAATTCAA-AATTA-AAAA-----AT------AGCATCGG--GCTTGAAATG-CACAATATTAAAACCACCTTC-TCAATATTCCCGCCAAAGATTT-GAATTCTA----TGGACTC------AGCAT-GCAG-ATGTTGACAGTG---TATGAAGTCGTTAAA---AAGA-AAAT-CA-AGA----TGTTATGT--TTAAGCCAGTTTGTCTGAG--------TTTACAGTGTAT----C---TAA---TAG-TC-TTTTATTAAAGTCAGTTTTGT--GA-GA--GAC--CTTGG-CCCT-------CT--G---ACTAA------GTTATGA-G--GT-A-TGTTTATT--GTTAA-TT--TTT-GAAT--TAC------------
gi|5 : tatgataAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatttaaggccattttaaattctgaatgtgct
gi|6 : tatgatagtaattcaaaaattaacaataaacatacctcataacttagtcagagggccaaggtctctcacaaaactgactttaataaaagactattagatacactgtaaactcagacaaactggcttaaacataacatcttgattttctttttaacgacttcatacactgtcaacatctgcatgctgagtccatagaattcaaatctttggcgggaatattgagaaggtggttttaatattgtgcatttcaagcccgatgctattttttaattttgaattatgagcccgatcgcaataaatatggcaagtcaatgtacggttaatagtatttcaactcggtatttgaattactaatatttggtttaatgttagtttgaggggggaaaaacttcataaaaatattaattctataaaaagttcttttaatttctaatttaggcttagatattttaaggatttcaattctagtatataagttccagaaaaacactgtagaaaaatatcccaagttcattttctgctcaaaatattaatcattgaacattttagtgattttaatgctagtatatatttataagtatctgaaaaagaagacaattctataagagttcttgttctgtcccaattattatttcagggatatttcaggaatttttatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaACAAAATAGTAAC--A-GCAA-GTTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTTGAA-C-T-ATGAAA-AT-CA--C-A-ACAATTTATCTAAA----A-TG----TTCTAGGATCTC---A-TCAT-TTT-GGT-T-GAT-----TTAGAA-CAATT---TTTGAAACTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGGCC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--GAT-ATG----G----ATT-----TT--TTCTGGAAAC-------TG-A-C-T-GATG----ATAA--AAATT--CCT-GAA-ATATCCCT-GAAAT-A--TTA---TT-GG-----CA-CAGAACAAG-AACTT-TTA------CAGAACT--AA-TC-----T-----TTT---TTTT-TT---------CT--TTTCCTCATGCAGATAC-T--T----AT----AA------G----A-T--AATAA-TA--------------AAAAT-G-TT-CA----T--T-AAAT-ATT-ATTGTT-------------TGA--GCAGAAAA-AT-GAA------------C-TTGGA-AT-------ATT--TTTT--CTAC------AATGTTTTTT--T--TCTG---GAAA-TT-A-TAT-ACTTAAAAC-TG-AAATTCC--TAAAA-AT-----------G-----TTTCA-----T--------CTTTA--AATTA-GAAATT--AAAAGAACTTTTTATAGAACTT---------AT--------------A----------T-CTTGA-TG-A-AGTTTTT---T----TTTCTCAAAAC-TAACATT-AATCCAAATGATT
gi|7 : caACAGCATAGTAAC--A-GAAT-ATTT-T-TAG-TA-CAG-TTCTGGAA-C-T-A-TGAA-AT-GG--C-A-ACAATTATTCTAAA----AATG----TTCTTG-ATCTC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----TTACAA-CAATT---CTTGAA-CTCATC---AAGCACATTCAGAAT--T-TAAAATGACC-TTAAA-----AG-G-TTC--TA-GAACC--AAT-ATA----G----GAT-----TT--TTCTGGAA-C-------TG-A-T-T-GATG----ATAA--AAATT--CAT-GAA-ATAT----------------A------GG-----GA-CAGAAAAA--AACTT-TAA------TAGAA-T------------------------TT-T-TT---------TT--TTTCT-------GAAAC-T-------AT----AA------A---TA-T--ACTAG-CATTAAA-AT--CCCTAAAAT-G-TT-CA----A--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--GCAG-AAA-AT-GGA------------C-TTGGA-AT-------A-T--TTTT--CTACATGTATAGTG---TTT--T--TCTG---GAAC-TT-G-TAT-A---AAAAC-TG-AAATCCC--T-AAA-AT-----------G-----TTCGAGAATCA--------GCCTA--AATT--GAG-----AAAATAACTTT---------TT---------Atattttaaacagattttaaaattcctataaaagttctagaaatattttttttaaaaatgtcttatagaacatttctaggataatagtgcacactaattcaatggggtagttctagaattgtttaagtcataccagaacaattctagaacactagaacatcgtttcttagggg
gi|8 : ctcctacaaaacgatgttctagtgttctagaattgttctgatatgagttacttataatcccgttgaactatcttgcactattatcctagaaatgttctaaatggcacttcttgaatatctatggaactttataggactttaaataAGTAGTAACCCACGAGCTATTTGT-TAGGTAGCAGGTTTTAGAAGCGT-G-AAAACATAGG--C-AGACAAATAT-CTAAACAACGATGGTGGTTCTAG-ACCTTGCAA-CCATCTTCAG-TCT-GATGTCTGTTAGAAACAATTGAGCTTGAA-TTCATCCAAAGGCACATTCAGAATGTTATAAGATGGCCGTTAAG-----AGAG-TTCC-TA-GGAC---AAT-ATACCCTATCCCGATGCTGTTTAGTTCTGGAA-T-------CG-A-TGTAGGTA----ATAA--GACCTGTCCT-GAA-ATATTCTGAGAGAT-A--TTAGGGTT-AGCTATCGA-GAAAAATAG-AACTTGTTAAGTAG-TAGAA-T--AACTT-----AGCAATTTT---TTGT-TTGCGTTCCTACT--TTTCTG----CAGATAC-T-------AT----GA------GAGGTAGT--ACTAGGCATTAAAGAT--CCCTAAAATGG-TTGCA----AATT-AAATCCTC-AT--TT-------------AGAGGGCGG-AGA-ATCGAA------------C-TGGGATATG------A-T--TTTTTCCTTC-------GTG---TTT--TTCTCTGGACGAACGTT-ATTATGAA-TAGAGA-AG-ACATGTCGGCAAAG-AA-----------G-----T---A-----A--------ACCCCCTAATTACGAAATaagaattaa
gi|9 : aggggatacgagcAT-GTTT-T-CTG-AA-CAG-TTTTGGAA-C-T-A-TGGA-AT-AG--C-A-A---ATATTCTTAA----TCTG----TTCTAA-ATATC---A-CCAT-TTC-A-T-T-GAT-----CTAGAT-GAATT---AAAGAA-CTCATC---AGGCACAGTCAGAAT--T-TGAAATGGCC-T---------AA-G-TTT--TG-AAAC---------A----A------------TT--TTCTAGAA-TTACAATATA-A-T-T-GATGAAGAATAC--AAA-T--CTC-AAA-ATGTTCAA-CAAAT-A--TCA---TTCAG-----GA-TCAAAGGCG-AAGTT-TCA------TAAAG-T--TA-TT-----A-----TTGAAAGAGT-TT---------TT--TTTCC-----CGGA-AC------------------------------T--ACTGG--ACTAAA-AT--C---AAAA-----T-CA----C--T-AAAT-ATC-AT--TT-------------AGA--ACAT-AAAGAT--AA------------C-TT----AT-------A-TAGGTGT--CTTCGCTA--AGTT---TTTTGT--CCTG---GAAC-TT-G-TG--AT-TAGAAT-TC-AAAT-TC--TAAGA-TT-----------G-----TTC-A-----ATGAATTTTATTTA--AAGCA-GA------AAGAGAACTTTG--------TT---------Acctaa