lowQualScore : 1 111 111111 11111111111111 4444444444444444 3333333333333333333333 2222222222222 22222 111111111 4444444444 1
lowQualScore : 1 4 1 1 555555 3 8 6 1 44 1 1 777 2 2 1 2222 333 8888 1 000000 1 88888 11 2222 99 1 777777 6666666 00000000000000 4444 3 3 4 1 5555555555555555 66 22 44 1 1 22 44 555 1 9999999999999999999999 1 1 55 1 6 22 1 2222222222222 1 3 22 22 22222 1 7777777777 1 1 22 1 44 1 000000000 1 5555555555 1 2 1 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . . .. . . ... . . . .... ... .... . ...... . ..... .. .... .. . ...... ....... .............. .... . . . . ................ .. .. .. . . .. .. ... . ...................... . . .. . . .. . ............. . . .. .. ..... . .......... . . .. . .. . ......... . .......... . . . .
lowQualScore : 7 4 7 6 777777 3 3 7 6 55 3 3 111 6 6 3 7777 000 5555 3 000000 3 77777 88 8888 88 3 999999 1111111 33333333333333 3333 0 3 2 7 5555555555555555 88 33 00 7 7 44 33 000 7 5555555555555555555555 7 7 66 7 7 33 7 8888888888888 7 8 44 44 88888 7 6666666666 7 7 44 8 33 8 444444444 8 5555555555 8 7 8 8
consensus : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACGAA-AG------T-TAT-----AATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------GT-GC-TTTC-G-CCATCTCT
Reference ( gi|12 ) : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-G-CA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACGAA-AG------T-TAT-----AATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATCTCT
gi|15 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TA------AATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-C------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-
gi|5 : AGAAAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GACA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--ATTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TACCGGTAAATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-AC--CAG-A--TTT-C------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATTTCTaaacc
gi|5 : AGAAAT-GGCAAAA-GC-AC--------------G-CAGAA-A--T-CT-GGTGG---AC-A-TT---------G---TGTCCTGCAGAT-AG------T-CA-----A--AA----AC--TACA-GGA------C-------A---------------TGGTAATT--TTTT-GGAG-GGGAA-AGAGCATTT-TATTTACCGGTAA-----------C-T-TTTGT--CTTC--AAATT--TT-AC------CGGACATTG-------TGTCCGG-TA-T--TTT-TCT--G-AAATT---------TAT-C----GGAC--A--TTCAG-A-A---A------AA-CT-AC--CAG-A--TTT-TG-----TCGG-CAGTCCG----GT-GCGTTTC-G-CCATTTCT
gi|10 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACAGCC-GACA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-TA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TA------AATAAAA-T--GTT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--CT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTTCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-AC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATCCCT
gi|10 : AGGGAT-GGCAAAA-GC-AC--------------G-CA-AA-AA-T-CT-GGTGGACATTGTGTC-CTGA----A------------GAT-AG------T-CA-----A--AA----AC--TACA-GGA------C-------A-T--------------GGTAG-T--TTTTTGGAG-GGGAA-AGAACA--T-TTT-----ATTTAA----------C-T-TTTGT--CTTC-AAAAT---TT-AC------C-------GGACATTGTGTCCGG-TA-T--TTT-T-C--T-A---A---------AAT-TTATCGGAC--A--TTCAG-A-A---A------AA-CT-AC--CAG-A--TTT-TGTCGGCT--G-TCCG-------GT-GCGTTTC-G-CCATCTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GACA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGATTGAA---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCAGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TA------AATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAG--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G---TT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-C------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATCTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAA-GC-A-------------C-G-CAGAA-A--T-CT-GGCGG---AC-A-TT---------G---TGTCC----TGC-AGA-T------A--GTCA--AA----AC--TACA-GGA------C-------A---------------TGGTAA-CT-TTTT-GGAG-GGGAA-AGAGCA--T-TTT-----ATTTAA----------C-T-TTTGT--CTTC--AAAAT--TT-ACTGGA--C-------ATTG----TGTCCGG-TA-T--TTT-TCT--G-AAATT---------TAT-C----GGAC--ATTC-----A-A---TCAGAAAAA-CT-AC--CAG-A--TTT-TG-----TCGG-CAGTCCG----GT-GCGTTTT-G-CCATCTCT
gi|11 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-A-GAACAG------T-AAA-----AATATAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--T-A---C---------TAT-CTGTAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------AT-GC-TTTT-G-CCATCTC
gi|3 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGTC-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TC-CA--A--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TA------AATAAAA-T--GCT--C-T-TTTCC--CTCC-AAAAAA--TT-CC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---CTACATTATGTAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--ATG-T------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATCTCT
gi|3 : AGAGAT-GGCAAAA-GC-AC--------------G-CA-AC-A--TTCT-GGCGG---AC-A-TT---------G---TGTCCTGCAGAT-ACA-TAATG-TA--GTCA--AA----AAC-TACA-GGA------C-------A-------TG-------GGAAT-T--TTTT-GGAG-GGAAA-AGAGCA--T-TTT-----ATTTAA----------C-T-TTTGT--CTTC-AAAAT---TT-AC------C-------GGACATTGTGTCCGG-TA-T--TTT-T-TTGG-A--------------AT-TTATCGGAC--A--TTCAG-A-A---A------AA-CT-AC--CAG-A--TTT-T---------G-CCGACAGTCCGGT-GCGTTTC-G-CCATCTCT
gi|9 : AGAGAT-GACGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCAG-CA-AA-A--T-CT-GGTAGT--TT-T-TT-TTTT----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA--A--A--AA----AA--TACA-TGA------C-------A-C--AA-TG--T--CTGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG--------TA------AATAAAA-T--GAT--C-T-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AT------T-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGAAC--A--C-----A-A---T------GT-CT-GC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------GT-GT-TTTT-G-CTATCTCT
gi|9 : AGAGAT-AGCAAAA-AC-AC--------------G-CA-AAAA--T-CT-GGCAGACATTGTGTT-CTG------------CA----GAT-AG------T-CA-----A--AA----AC--TACA-GGA------C-------A-T--AA-T------------A-ATTTTTT-GGAG-GGGAA-AG---------AT-----CATTTTA-T--TTA--C-T-TTTGT--CTTC--AAAAT--TT-AC------C-------AGACATTGTGTCATG-TATT--TTT-T-T--G-AAATT---------TAT-C----GGAC--A--TAAAAAA-A---A------AA-CT-AC--CAG-A---TT-T------T--G-CTGGCAGTCCGGT-GCGTTTC-G-TCATCTCTg
gi|8 : AGAGATCGGCGAAATGC-ACTG---G-ACTGCG-G-GC-AA-A--T-CT-GGTAGA--TT-T-TT-CCGA----A---TGTCG----GAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--TCGGTAG-A--TTTT-GAAG-ACAAA-A---------TA------AATAAAG-T--GCT--C-T-TTCTC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-GT-TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----A-AT--T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------AT-GC-TTTT-G-CCATCTCTg
gi|13 : AGAGAT-GGCGAA-CGC-ACCG-----ACTGCC-GGCA-AA-AA-T-CT-G-TAG---TT-T-TT-CTGA----T---TGTCC----GAT-AAA-T--TTTCA--G--A--AA----AAA-TATC-GGA------CC------A-C--AA-T---T--CCAGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T--A------AATAAAAAT--GCT--C-T-TTCCC--CTC--AAAAAA--TG-AC------C-------A--------GTC-TG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TA--CTGCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAG-A--TTT-C------T--G-C----------AT-GC-TTTT-G-CCATCTCT
gi|7 : AGAGAT-G-CGAAACGCCACCG---GGACTGCC-GGCA-GA-ACAT-CTCGGT-G---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-CA-----A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C---A-TGGTT--CTGGTAA-A--TTTT-GAAGAACAAA-AG--------TA------AATAAAATT--GCT--C-T-TTCCC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------C-------A-------T-TCCT--TA-G--TTCGT-T--G-A---C---------TAT-C-GCAGGAC--A--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAGAA--TTT-T------T--G-C----------GT-GC-TTTC-GCCCATCTga
gi|21 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-GCTGCCGG-CA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----
gi|11 : GAGAT-GGCAAAA-GC-A----------TGC----AA-AA-A--T-CT-GGCGG---AC-A-TT---------G---TGTCC----TAC-AGA-T--AG-TA--A--A--AA----AC--TACA-GGA------C-------A---------------TGGTAATT--TTTT-GGAG-GGGAA-AGAGCA--T-TAT-----ATT-----T--TTA--C-TGTTCTC--TTC---AAAAT--TT-AC------CGGACATTG-------TGTCCGG-TA-T--TTT-TCT--G-AAATT---------TAT-C----GGAC--A--TTCAG-A-A---A------AA-CT-AC--CAG-A---TT-T------T--G-CCGGCAGTCCGGT-GCGTTTC-G-CCATCTCT
gi|4 : GAGAT-GGCGAA-CGC-ACCGTGTG-ACTGCC-G-GC-AA-A--T-CT-AGTAG---TT-T-TTTCTGA----A---TGTCC----GAT-AA--T--TT-CATTA--G--AA----AA--TCTG-GGA------C-------A-C--AA-TG--TTCCCTGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AG------T-TA------AATAAAAGT--GCTT-C-T-TTCCC--CCTC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---CG--------TAT-CTGCAGG-C--A--C-----A-A---T------GTCCC-AC--CAG-A--TTC-T------T--G-C----------GT-GC-TTTT-G-CCATTTCT
gi|2 : GAGAT-G-CGAAATGT-AACG---G--CTGCC-G-TA-AA-A--T-CT-G-TAG---TT-T-TT-CTGA----AA--TGTCC----GAT-AAAAT--TT-CA--G--ATGAATCATAA--TACCAGGA------C-------A-A--AAATG--T--CTGGCAA-A--TTT--GAAA-ACAAA-AG------T--A------AATAAAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CTCCAAAAAAA--TTAAC------C-------ATGTTAC-TGTCCTG-TA-G---CT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGACGAA--C-----A-A---T------GT-CC-GC--CAC-A---TT-T------G--G-C----------GT-GC-TATT-G-CAATCTCTg
gi|1 : AGCT-AGGGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GACATAA-A--T-CC-GGTAT---AT-T-TT-CTGA----A---TGTCC-----ATAAAA-T--TT-CA-----A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-CA-AA-TG--A--TCGGTAA-A---TTT-GAAG-AC-AA-AG------T-TA------AATAAAA-TTCGCTTAC-T-TCTCCATCCCC-AAAAAAATTT-ACGCCTGGT-------A-------TGT-CTGCTA-GATTTT-T-T--GCA---C---------TATCCTGCAGGAC--A--C-----A-AATGT------GT-CCTGCCACAG-AACTTTGT------T--G-C----------GT-GC-TTTCGG-CCATCT
gi|18 : gagaAGAT-TTCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCC-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GGT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-T--AA-TG--T--CCGGTAA-A---TCT-GAGG-ACAAA-AG------T-ATT-----TATAAAA-T--GCT--t
gi|16 : GAT-GGCGAAACAC-ACCG---G-ACTGCT-GGCA-AA-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGTCC----GAT-AAA-T--TT-TA--A--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--AA-TG--T--CCGGTAA-A--TTTT-GAAG-ACAAA-AA------T-TA------AATAAAA-T--GCT--CTT-TTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------C-------A-------TGTCCTG-TA-GT-TTT-T-T--T-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--C-----AGA---T------GT-CC-GC--C
gi|17 : AT-GGCGAA-C-C-ACCG-----ACTGCC-G-CA-AA-A--T-CT-G-TAG---TT-T-TT-CTGA----A---TGT-C----GGT-AAA-----T-CA--G--A--CA----AAT-TACG-AGA------C---------T--AA-TG--T--C--GTAA-A--ATCT-G--GTACAAC-AG------TATCT-----TATACAA-T--GCT--C-T-TTCCC--CAC---AAAAA--CT-AC------------------------------TA-G--TTT-T-T--c
gi|15 : C-G-CAGAA-A--T-CT-GGCGG---AC-A-TT---------G---TGTCCTGCAGAT-AG------T-CA-----A--AA----AC--TACA-GGA------C-------A-T--------------GGTAA-T--TTTTTGGAG-GGGAA-AGAGCA--T-TTT-----ATTTAA----------C-T-TTTGT--CTTC-AAAAT---TT-AC------C-------GGACATTGTGTCCGG-TA-T--TTT-TCT--G-AAATT---------TAT-C----GGAC--A--TTCAG-A-A---A------AA-CT-AC--CAG-A--TTT-T---------G-CCGGCAGTCCGGT-GCGTTTC-G-CCATCTCTctaatca
gi|20 : A-A--T-CT-GGTAG---TT-T-TT-CTGA----A---TATCC----AAT-AAA-T--TT-CA--G--A--AA----AA--TACC-GGA------C-------A-C--Atgcttttgcaaacc
gi|8 : att--T-CC-GGTA----TT-T-TT-CTGA----AATTTATCC----GAC-A------TT-CG--G--A--AA----AATCTACC-AGATTTGCCC-------G-C--A---G--T--CCAGTGC-A--TTTC-G
gi|16 : agagatcgg--T-CC-GGTA----TT-T-TT-TTAA----AATTTATCG----GAC-A------TT-CA--G--A--AA----AAC-TACC-AGATTTTGCC-------AGC--A---G--T--CCGGTGT-G--TTTC-Gcacaatgttcggtagattttgaagacaaaataaataaagtgctctttctcctcccaaaaattaccatgtcctgtagttttttgactatctgcaggacacaattgtccgccagatttttgcatgcttttgccatctct
gi|7 : gatgg--T-CC-GGTA-----T-T-TT-TTGA----AATTTATCG----GAC-A------TT-CA--G--A--AA----AA--CACC-Gcacaatgtccggtaaattttgaagacaaaaattaaataaaatgctcttttcccctccaaaaaattaccatgtcctgtagtttttttactatctgcaggacacagatgtccgccc
gi|18 : agagatgcgaaacgccaccgggactgccggcagaacatct--T-CC-GGTA----TT-T-TT-CTGA----AATTTACCG----GAC-A------TT-CA--G--A--AA----AAC-TACC-AGA------TTTTGCCGG-C--A---G--T--CCGGTGC-G--TTTC-GAAcacatggttctggtaaattttgaagaacaaaagtaaataaaattgctctttcccctcccaaaaattaccattccttagttcgttgactatcgcaggacacaatgtccgccagaatttttgcgtgctttcgcccatct
gi|20 : agat--T-CC-GGTA----TT-T-TT-CTGA----AATTTATTG----GAT-A------TT-CA--G--A--AA----AAC-TACC-AGA------cataatgtccggtaaatctgaggacaaaagtatttataaaatgct
gi|14 : attaaT-GGTAG---TT-T-T--CTGA----A---TGTC-----GAT-AAA-A--TT-CA--A--A--GA----AA--TACC-GGA------C-------A-TCAAA-TGG-T--CCG-TAC-A--TTGT-GAAG-AC-AA-AG------T-TA------AATAAAA-T--GCT--C-T-TT-CC--CTC----AAAA--TT-AA------C-------A---------TTCGG-TA-G--TTT-T-T--G-A-----------------CTGCAGGA---A--------A-A---T------GT--C-GC--CAG-AT-TTT-T------T--GCC----------GTGGC-TTTT-C-GCATCTcaca
gi|19 : gaaactggggaaacatgcccccctcgttgattcacggcagataatagTCCTG-TA-G--TTT-T-T--G-A---C---------TAT-CTGCAGGAC--A--T-----A-A---T------GT-CC-AT--CAG-A--TTT-T------T--G-C----------GT-GT-TTTT-G-CCATCTCT
Alignments
lowQualScore : 333333 111111111
lowQualScore : 2 2 333 2 1 2 55 2 2 2 6666 2 2 2 2 22 22 4444 4 2 2 55 2 55 33 4 8 2 44 444444 6 33 55 2 33 2 33 2 666666 666666 2 77 2 2 111111111 2 33 2 666 2 2 33 2 55 2 2 33 55 2
lowQualScore : . . ... . . . .. . . . .... . . . . .. .. .... . . . .. . .. .. . . . .. ...... . .. .. . .. . .. . ...... ...... . .. . . ......... . .. . ... . . .. . .. . . .. .. .
lowQualScore : 2 2 999 2 9 2 00 0 0 0 2222 1 1 1 1 99 99 5555 2 1 1 00 2 33 11 4 0 2 33 222222 7 11 33 4 22 4 22 4 888888 888888 2 55 2 4 888888888 4 22 4 555 4 4 22 5 99 5 5 44 55 5
consensus : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--CTTTT-G-CCATCTCT
Reference ( family-1775 ) : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACGAA-AGT-TAT-----AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--CTTTC-G-CCATCTCT
gi|1 : AGCT-AGGGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACATAAA--TCC-GGTAT-ATTTT-CTGA----A-TGTCC-ATAAAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-ACA-AA-TG--A--TCGGTAAA-TTTGAAG-AC-AA-AGT-TA------AATAAAA-TTCGCTTAC-TTCTCCATCCCC-AAAAAAATTT-ACGCCTGGTA------TGT-CTGCTAGATTTT-TTGCAC---------TATCCTGCAGGAC--ACA-AATGTGT-CCTGCCACAG-AACTTTGTTG-CGTG--CTTTCGG-CCATCT
gi|10 : gagaAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACAGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAA-T--GTT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--CT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTTCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--CTTTT-G-CCATCCCTt
gi|11 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-A-GAACAGT-AAA-----AATATAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTT-AC---------TAT-CTGTAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CATG--CTTTT-G-CCATCTCg
gi|12 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCG-CA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACGAA-AGT-TAT-----AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--CTTTT-G-CCATCTCT
gi|13 : AGAGAT-GGCGAA-CGC-ACCG-----ACTGCCGGCA-AAAA-TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----T-TGTCCGAT-AAA-TTTTCA--GA--AA----AAATATC-GGACCAC--AA-T---T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT--A------AATAAAAAT--GCT--C-TTTCCC--CTC--AAAAAA--TG-AC------CA-------GTC-TG-TAG--TTT-TTG-AC---------TA--CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CATG--CTTTT-G-CCATCTCT
gi|14 : T-GGTAG-TTTT--CTGA----A-TGTC-GAT-AAA-ATT-CA--AA--GA----AA-TACC-GGAC-ATCAAA-TGG-T--CCG-TACATTGTGAAG-AC-AA-AGT-TA------AATAAAA-T--GCT--C-TTT-CC--CTC----AAAA--TT-AA------CA--------TTCGG-TAG--TTT-TTG-A--------------CTGCAGGA---A-A-A---TGT--C-GC--CAG-AT-TTT-TTGCCGTGGCTTTTC-G--CATCTga
gi|15 : gaaactggggaaacatgcccccctcgttgattcacggcagataatagAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGTG--CTTTT-G-
gi|16 : GAT-GGCGAAACAC-ACCG---G-ACTGCTGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AAT-TA------AATAAAA-T--GCT--CTTTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTT-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACAGA---TGT-CC-GC--Caaacc
gi|17 : AT-GGCGAA-C-C-ACCG-----ACTGCCG-CA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----A-TGT-CGGT-AAA---T-CA--GA--CA----AATTACG-AGAC--T--AA-TG--T--C--GTAAAATCTG--GTACAAC-AGTATCT-----TATACAA-T--GCT--C-TTTCCC--CAC---AAAAA--CT-AC----------------------TAG--TTT-TTc
gi|18 : AGAT-TTCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGGT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AT--AA-TG--T--CCGGTAAA-TCTGAGG-ACAAA-AGT-ATT-----TATAAAA-T--GCT--ctaatca
gi|19 : TCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ATA-A---TGT-CC-AT--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--TTTTT-G-CCATCTCT
gi|2 : GAGAT-G-CGAAATGT-AACG---G--CTGCCG-TA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----AATGTCCGAT-AAAATTT-CA--GATGAATCATAA-TACCAGGAC-AA--AAATG--T--CTGGCAAATTT-GAAA-ACAAA-AGT--A------AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCCAAAAAAA--TTAAC------CATGTTACTGTCCTG-TAG---CT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGACGAACA-A---TGT-CC-GC--CAC-A---TT-TGG-CGTG--CTATT-G-CAATCTCTg
gi|20 : AA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TATCCAAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--A
gi|21 : attAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-GCTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----
gi|3 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGTCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTC-CA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAA-T--GCT--C-TTTTCC--CTCC-AAAAAA--TT-CC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACTACATTATGTAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--ATG-TTG-CGTG--CTTTT-G-CCATCTCT
gi|4 : GAGAT-GGCGAA-CGC-ACCGTGTG-ACTGCCGGCA-AA---TCT-AGTAG-TTTTTTCTGA----A-TGTCCGAT-AA--TTT-CATTAG--AA----AA-TCTG-GGAC-AC--AA-TG--TTCCCTGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAAGT--GCTT-C-TTTCCC--CCTC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACG--------TAT-CTGCAGG-C--ACA-A---TGTCCC-AC--CAG-A--TTC-TTG-CGTG--CTTTT-G-CCATTTCT
gi|5 : AGAAAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAAATTTGAAG-ACAAA-AGT-TACCGGTAAATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-CTG-CGTG--CTTTT-G-CCATTTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGATTGAA-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT-TA------AATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAG--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG---TT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGTG--CTTTT-G-CCATCTCT
gi|7 : AGAGAT-G-CGAAACGCCACCG---GGACTGCCGGCA-GAACATCTCGGT-G-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-AC---A-TGGTT--CTGGTAAATTTTGAAGAACAAA-AG--TA------AATAAAATT--GCT--C-TTTCCC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------T-TCCT--TAG--TTCGTTG-AC---------TAT-C-GCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAGAA--TTT-TTG-CGTG--CTTTC-GCCCATCT
gi|8 : AGAGATCGGCGAAATGC-ACTG---G-ACTGCGGGCA-AA---TCT-GGTAGATTTTT-CCGA----A-TGTCGGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--TCGGTAGATTTTGAAG-ACAAA-A---TA------AATAAAG-T--GCT--C-TTTCTC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-AT--TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CATG--CTTTT-G-CCATCTCT
gi|9 : AGAGAT-GACGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCAGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-TTTTT---A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--AA--AA----AA-TACA-TGAC-AC--AA-TG--T--CTGGTAAATTTTGAAG-ACAAA-AGT--A------AATAAAA-T--GAT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AT------TA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGAAC--ACA-A---TGT-CT-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGTG--TTTTT-G-CTATCTCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111
lowQualScore : 2 2 333 2 1 2 55 2 2 2 6666 2 2 2 2 22 22 4444 4 2 2 55 2 55 33 4 4444444 2 4444 6 33 55 2 33 2 33 2 666666 666666 2 77 2 2 111111111 2 33 2 666 2 2 33 2 55 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . ... . . . .. . . . .... . . . . .. .. .... . . . .. . .. .. . ....... . .... . .. .. . .. . .. . ...... ...... . .. . . ......... . .. . ... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 999 2 9 2 00 0 0 0 2222 1 1 1 1 99 99 5555 2 1 1 00 2 33 11 4 2222222 2 7777 7 11 33 4 22 4 22 4 888888 888888 2 55 2 4 888888888 4 22 4 555 4 4 22 5 99 5 5 5 5 5
consensus : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
Reference ( family-1775 ) : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|1 : AGCT-AGGGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACATAAA--TCC-GGTAT-ATTTT-CTGA----A-TGTCC-ATAAAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-ACA-AA-TG--A--TCGGTAAA-TTTGAAG-AC-AAAGT------TA-A----ATAAAA-TTCGCTTAC-TTCTCCATCCCC-AAAAAAATTT-ACGCCTGGTA------TGT-CTGCTAGATTTT-TTGCAC---------TATCCTGCAGGAC--ACA-AATGTGT-CCTGCCACAG-AACTTTGTTG-CGT-GCTTTCGG-CCATCT
gi|10 : gagaAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACAGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GTT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--CT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTTCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCCCTt
gi|11 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-AGAACAGTA-----AA-A----ATATAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTT-AC---------TAT-CTGTAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCg
gi|12 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCG-CA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACGAAAGT------TATA----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|13 : AGAGAT-GGCGAA-CGC-ACCG-----ACTGCCGGCA-AAAA-TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----T-TGTCCGAT-AAA-TTTTCA--GA--AA----AAATATC-GGACCAC--AA-T---T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAAAT--GCT--C-TTTCCC--CTC--AAAAAA--TG-AC------CA-------GTC-TG-TAG--TTT-TTG-AC---------TA--CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|14 : T-GGTAG-TTTT--CTGA----A-TGTC-GAT-AAA-ATT-CA--AA--GA----AA-TACC-GGAC-ATCAAA-TGG-T--CCG-TACATTGTGAAG-ACAAA-GT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTT-CC--CTC----AAAA--TT-AA------CA--------TTCGG-TAG--TTT-TTG-A--------------CTGCAGGA---A-A-A---TGT--C-GC--CAG-AT-TTT-TTGCCGTGGCTTTT-C-GCATCTga
gi|15 : gaaactggggaaacatgcccccctcgttgattcacggcagataatagAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-
gi|16 : GAT-GGCGAAACAC-ACCG---G-ACTGCTGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAAT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--CTTTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTT-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACAGA---TGT-CC-GC--Caaacc
gi|17 : AT-GGCGAA-C-C-ACCG-----ACTGCCG-CA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----A-TGT-CGGT-AAA---T-CA--GA--CA----AATTACG-AGAC--T--AA-TG--T--C--GTAAAATCTG--GTACAACAGT---------ATCTTATACAA-T--GCT--C-TTTCCC--CAC---AAAAA--CT-AC----------------------TAG--TTT-TTc
gi|18 : AGAT-TTCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGGT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AT--AA-TG--T--CCGGTAAA-TCTGAGG-ACAAAAGTA-----TT-T----ATAAAA-T--GCT--ctaatca
gi|19 : TCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ATA-A---TGT-CC-AT--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CCATCTCT
gi|2 : GAGAT-G-CGAAATGT-AACG---G--CTGCCG-TA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----AATGTCCGAT-AAAATTT-CA--GATGAATCATAA-TACCAGGAC-AA--AAATG--T--CTGGCAAATTT-GAAA-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCCAAAAAAA--TTAAC------CATGTTACTGTCCTG-TAG---CT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGACGAACA-A---TGT-CC-GC--CAC-A---TT-TGG-CGT-GCTATT-G-CAATCTCTg
gi|20 : AA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TATCCAAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--A
gi|21 : attAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-GCTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----
gi|3 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGTCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTC-CA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTTCC--CTCC-AAAAAA--TT-CC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACTACATTATGTAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--ATG-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|4 : GAGAT-GGCGAA-CGC-ACCGTGTG-ACTGCCGGCA-AA---TCT-AGTAG-TTTTTTCTGA----A-TGTCCGAT-AA--TTT-CATTAG--AA----AA-TCTG-GGAC-AC--AA-TG--TTCCCTGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAAGT--GCTT-C-TTTCCC--CCTC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACG--------TAT-CTGCAGG-C--ACA-A---TGTCCC-AC--CAG-A--TTC-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCT
gi|5 : AGAAAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAAATTTGAAG-ACAAAAGTTACCGGTA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGATTGAA-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAG--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG---TT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|7 : AGAGAT-G-CGAAACGCCACCG---GGACTGCCGGCA-GAACATCTCGGT-G-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-AC---A-TGGTT--CTGGTAAATTTTGAAGAACAAAAG-------TA-A----ATAAAATT--GCT--C-TTTCCC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------T-TCCT--TAG--TTCGTTG-AC---------TAT-C-GCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAGAA--TTT-TTG-CGT-GCTTTC-GCCCATCT
gi|8 : AGAGATCGGCGAAATGC-ACTG---G-ACTGCGGGCA-AA---TCT-GGTAGATTTTT-CCGA----A-TGTCGGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--TCGGTAGATTTTGAAG-ACAAAA--------TA-A----ATAAAG-T--GCT--C-TTTCTC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-AT--TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|9 : AGAGAT-GACGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCAGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-TTTTT---A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--AA--AA----AA-TACA-TGAC-AC--AA-TG--T--CTGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GAT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AT------TA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGAAC--ACA-A---TGT-CT-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CTATCTCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111
lowQualScore : 2 2 333 2 1 2 55 2 2 2 6666 2 2 2 2 22 22 4444 4 2 2 55 2 55 33 4 4444444 2 4444 6 33 55 2 33 2 33 2 666666 666666 2 77 2 2 111111111 2 33 2 666 2 2 33 2 55 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . ... . . . .. . . . .... . . . . .. .. .... . . . .. . .. .. . ....... . .... . .. .. . .. . .. . ...... ...... . .. . . ......... . .. . ... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 999 2 9 2 00 0 0 0 2222 1 1 1 1 99 99 5555 2 1 1 00 2 33 11 4 2222222 2 7777 7 11 33 4 22 4 22 4 888888 888888 2 55 2 4 888888888 4 22 4 555 4 4 22 5 99 5 5 5 5 5
consensus : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
Reference ( family-1775 ) : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|1 : AGCT-AGGGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACATAAA--TCC-GGTAT-ATTTT-CTGA----A-TGTCC-ATAAAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-ACA-AA-TG--A--TCGGTAAA-TTTGAAG-AC-AAAGT------TA-A----ATAAAA-TTCGCTTAC-TTCTCCATCCCC-AAAAAAATTT-ACGCCTGGTA------TGT-CTGCTAGATTTT-TTGCAC---------TATCCTGCAGGAC--ACA-AATGTGT-CCTGCCACAG-AACTTTGTTG-CGT-GCTTTCGG-CCATCT
gi|10 : gagaAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACAGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GTT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--CT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTTCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCCCTt
gi|11 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-AGAACAGTA-----AA-A----ATATAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTT-AC---------TAT-CTGTAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCg
gi|12 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCG-CA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACGAAAGT------TATA----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|13 : AGAGAT-GGCGAA-CGC-ACCG-----ACTGCCGGCA-AAAA-TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----T-TGTCCGAT-AAA-TTTTCA--GA--AA----AAATATC-GGACCAC--AA-T---T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAAAT--GCT--C-TTTCCC--CTC--AAAAAA--TG-AC------CA-------GTC-TG-TAG--TTT-TTG-AC---------TA--CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|14 : T-GGTAG-TTTT--CTGA----A-TGTC-GAT-AAA-ATT-CA--AA--GA----AA-TACC-GGAC-ATCAAA-TGG-T--CCG-TACATTGTGAAG-ACAAA-GT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTT-CC--CTC----AAAA--TT-AA------CA--------TTCGG-TAG--TTT-TTG-A--------------CTGCAGGA---A-A-A---TGT--C-GC--CAG-AT-TTT-TTGCCGTGGCTTTT-C-GCATCTga
gi|15 : gaaactggggaaacatgcccccctcgttgattcacggcagataatagAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-
gi|16 : GAT-GGCGAAACAC-ACCG---G-ACTGCTGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAAT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--CTTTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTT-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACAGA---TGT-CC-GC--Caaacc
gi|17 : AT-GGCGAA-C-C-ACCG-----ACTGCCG-CA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----A-TGT-CGGT-AAA---T-CA--GA--CA----AATTACG-AGAC--T--AA-TG--T--C--GTAAAATCTG--GTACAACAGT---------ATCTTATACAA-T--GCT--C-TTTCCC--CAC---AAAAA--CT-AC----------------------TAG--TTT-TTc
gi|18 : AGAT-TTCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGGT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AT--AA-TG--T--CCGGTAAA-TCTGAGG-ACAAAAGTA-----TT-T----ATAAAA-T--GCT--ctaatca
gi|19 : TCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ATA-A---TGT-CC-AT--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CCATCTCT
gi|2 : GAGAT-G-CGAAATGT-AACG---G--CTGCCG-TA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----AATGTCCGAT-AAAATTT-CA--GATGAATCATAA-TACCAGGAC-AA--AAATG--T--CTGGCAAATTT-GAAA-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCCAAAAAAA--TTAAC------CATGTTACTGTCCTG-TAG---CT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGACGAACA-A---TGT-CC-GC--CAC-A---TT-TGG-CGT-GCTATT-G-CAATCTCTg
gi|20 : AA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TATCCAAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--A
gi|21 : attAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-GCTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----
gi|3 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGTCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTC-CA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTTCC--CTCC-AAAAAA--TT-CC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACTACATTATGTAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--ATG-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|4 : GAGAT-GGCGAA-CGC-ACCGTGTG-ACTGCCGGCA-AA---TCT-AGTAG-TTTTTTCTGA----A-TGTCCGAT-AA--TTT-CATTAG--AA----AA-TCTG-GGAC-AC--AA-TG--TTCCCTGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAAGT--GCTT-C-TTTCCC--CCTC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACG--------TAT-CTGCAGG-C--ACA-A---TGTCCC-AC--CAG-A--TTC-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCT
gi|5 : AGAAAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAAATTTGAAG-ACAAAAGTTACCGGTA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGATTGAA-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAG--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG---TT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|7 : AGAGAT-G-CGAAACGCCACCG---GGACTGCCGGCA-GAACATCTCGGT-G-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-AC---A-TGGTT--CTGGTAAATTTTGAAGAACAAAAG-------TA-A----ATAAAATT--GCT--C-TTTCCC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------T-TCCT--TAG--TTCGTTG-AC---------TAT-C-GCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAGAA--TTT-TTG-CGT-GCTTTC-GCCCATCT
gi|8 : AGAGATCGGCGAAATGC-ACTG---G-ACTGCGGGCA-AA---TCT-GGTAGATTTTT-CCGA----A-TGTCGGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--TCGGTAGATTTTGAAG-ACAAAA--------TA-A----ATAAAG-T--GCT--C-TTTCTC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-AT--TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|9 : AGAGAT-GACGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCAGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-TTTTT---A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--AA--AA----AA-TACA-TGAC-AC--AA-TG--T--CTGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GAT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AT------TA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGAAC--ACA-A---TGT-CT-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CTATCTCT
blockSeqs : C C TGT G A . CA C A T TTGA A . A T TT TG TCAT A A C CA A GT TC T TACCGGT T TCTT A . T T . A . A . TGTTAC . T G . TACATTATG . GA G T C . . A T . C G . C
blockSeqs : . . . . G . A . . . T . . . . . . . T . . . . G . A AA . . G . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** ** ** ** ** ****** ** *** ** **
originalCons : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
finalCons : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111
lowQualScore : 2 2 333 2 1 2 55 2 2 2 6666 2 2 2 2 22 22 4444 4 2 2 55 2 55 33 4 4444444 2 4444 6 33 55 2 33 2 33 2 666666 666666 2 77 2 2 111111111 2 33 2 666 2 2 33 2 55 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . ... . . . .. . . . .... . . . . .. .. .... . . . .. . .. .. . ....... . .... . .. .. . .. . .. . ...... ...... . .. . . ......... . .. . ... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 999 2 9 2 00 0 0 0 2222 1 1 1 1 99 99 5555 2 1 1 00 2 33 11 4 2222222 2 7777 7 11 33 4 22 4 22 4 888888 888888 2 55 2 4 888888888 4 22 4 555 4 4 22 5 99 5 5 5 5 5
consensus : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
Reference ( family-1775 ) : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|1 : AGCT-AGGGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACATAAA--TCC-GGTAT-ATTTT-CTGA----A-TGTCC-ATAAAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-ACA-AA-TG--A--TCGGTAAA-TTTGAAG-AC-AAAGT------TA-A----ATAAAA-TTCGCTTAC-TTCTCCATCCCC-AAAAAAATTT-ACGCCTGGTA------TGT-CTGCTAGATTTT-TTGCAC---------TATCCTGCAGGAC--ACA-AATGTGT-CCTGCCACAG-AACTTTGTTG-CGT-GCTTTCGG-CCATCT
gi|10 : gagaAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACAGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GTT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--CT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTTCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCCCTt
gi|11 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-AGAACAGTA-----AA-A----ATATAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTT-AC---------TAT-CTGTAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCg
gi|12 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCG-CA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACGAAAGT------TATA----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|13 : AGAGAT-GGCGAA-CGC-ACCG-----ACTGCCGGCA-AAAA-TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----T-TGTCCGAT-AAA-TTTTCA--GA--AA----AAATATC-GGACCAC--AA-T---T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAAAT--GCT--C-TTTCCC--CTC--AAAAAA--TG-AC------CA-------GTC-TG-TAG--TTT-TTG-AC---------TA--CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|14 : T-GGTAG-TTTT--CTGA----A-TGTC-GAT-AAA-ATT-CA--AA--GA----AA-TACC-GGAC-ATCAAA-TGG-T--CCG-TACATTGTGAAG-ACAAA-GT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTT-CC--CTC----AAAA--TT-AA------CA--------TTCGG-TAG--TTT-TTG-A--------------CTGCAGGA---A-A-A---TGT--C-GC--CAG-AT-TTT-TTGCCGTGGCTTTT-C-GCATCTga
gi|15 : gaaactggggaaacatgcccccctcgttgattcacggcagataatagAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-
gi|16 : GAT-GGCGAAACAC-ACCG---G-ACTGCTGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-TA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAAT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--CTTTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTT-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACAGA---TGT-CC-GC--Caaacc
gi|17 : AT-GGCGAA-C-C-ACCG-----ACTGCCG-CA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----A-TGT-CGGT-AAA---T-CA--GA--CA----AATTACG-AGAC--T--AA-TG--T--C--GTAAAATCTG--GTACAACAGT---------ATCTTATACAA-T--GCT--C-TTTCCC--CAC---AAAAA--CT-AC----------------------TAG--TTT-TTc
gi|18 : AGAT-TTCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGGT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AT--AA-TG--T--CCGGTAAA-TCTGAGG-ACAAAAGTA-----TT-T----ATAAAA-T--GCT--ctaatca
gi|19 : TCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ATA-A---TGT-CC-AT--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CCATCTCT
gi|2 : GAGAT-G-CGAAATGT-AACG---G--CTGCCG-TA-AAA--TCT-G-TAG-TTTTT-CTGA----AATGTCCGAT-AAAATTT-CA--GATGAATCATAA-TACCAGGAC-AA--AAATG--T--CTGGCAAATTT-GAAA-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCCAAAAAAA--TTAAC------CATGTTACTGTCCTG-TAG---CT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGACGAACA-A---TGT-CC-GC--CAC-A---TT-TGG-CGT-GCTATT-G-CAATCTCTg
gi|20 : AA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TATCCAAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--A
gi|21 : attAGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-GCTGCCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----
gi|3 : AGAGAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGTCGGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTC-CA--AA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTTCC--CTCC-AAAAAA--TT-CC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACTACATTATGTAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--ATG-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|4 : GAGAT-GGCGAA-CGC-ACCGTGTG-ACTGCCGGCA-AA---TCT-AGTAG-TTTTTTCTGA----A-TGTCCGAT-AA--TTT-CATTAG--AA----AA-TCTG-GGAC-AC--AA-TG--TTCCCTGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAAGT--GCTT-C-TTTCCC--CCTC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-ACG--------TAT-CTGCAGG-C--ACA-A---TGTCCC-AC--CAG-A--TTC-TTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCT
gi|5 : AGAAAT-GGCGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCGGTAAAATTTGAAG-ACAAAAGTTACCGGTA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-AC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATTTCTg
gi|6 : AGAGAT-GGCAAAACGC-ACCG---G-ACTGCCGACA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-CTGATTGAA-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--CCAGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT------TA-A----ATAAAA-T--GCT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAG--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAG---TT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-CTG-CGT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|7 : AGAGAT-G-CGAAACGCCACCG---GGACTGCCGGCA-GAACATCTCGGT-G-TTTTT-CTGA----A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA---A--AA----AA-TACC-GGAC-AC---A-TGGTT--CTGGTAAATTTTGAAGAACAAAAG-------TA-A----ATAAAATT--GCT--C-TTTCCC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------T-TCCT--TAG--TTCGTTG-AC---------TAT-C-GCAGGAC--ACA-A---TGT-CC-GC--CAGAA--TTT-TTG-CGT-GCTTTC-GCCCATCT
gi|8 : AGAGATCGGCGAAATGC-ACTG---G-ACTGCGGGCA-AA---TCT-GGTAGATTTTT-CCGA----A-TGTCGGAT-AAA-TTT-CA--GA--AA----AA-TACC-GGAC-AC--AA-TG--T--TCGGTAGATTTTGAAG-ACAAAA--------TA-A----ATAAAG-T--GCT--C-TTTCTC--CTCC-CAAAAA--TT-AC------CA------TGTCCTG-TAGT-TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGGAC--ACA-AT--TGT-CC-GC--CAG-A--TTT-TTG-CAT-GCTTTT-G-CCATCTCT
gi|9 : AGAGAT-GACGAAACGC-ACCG---G-ACTGCCAGCA-AAA--TCT-GGTAG-TTTTT-TTTTT---A-TGTCCGAT-AAA-TTT-CA--AA--AA----AA-TACA-TGAC-AC--AA-TG--T--CTGGTAAATTTTGAAG-ACAAAAGT-------A-A----ATAAAA-T--GAT--C-TTTCCC--CTCC-AAAAAA--TT-AT------TA------TGTCCTG-TAG--TTT-TTG-AC---------TAT-CTGCAGAAC--ACA-A---TGT-CT-GC--CAG-A--TTT-TTG-CGT-GTTTTT-G-CTATCTCT