lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 333 33 2 44 4444 77777777 55 88 5
lowQualScore : ... .. . .. .... ........ .. .. .
lowQualScore : 999 11 2 88 2222 00000000 55 55 2
consensus : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
Reference ( gi|10 ) : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTT-AAGCTAATAGCCAGTAAA
gi|15 : GGATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAAT
gi|2 : aGAATTTT----T--AAA-AAAAATGC----------A--AAAACA--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|19 : aGAATTTTA---T--AGA-AAGA--GT----C---TTTT-AAAGAG--TCTAAACCTC-AAGCCAATgaaaga
gi|9 : aGAATTTTA---T--AGA-AAA----------------------AG--TCTAAATCTT-AAGCCCGTACCCAGTAAA
gi|18 : aaaaGAATTT-A---T--AGA-AAAA--GA----C---TTT--TAAAAA--TTTAAATTTC-AAGCCAATAGCggagagga
gi|11 : aGAATTTTA---T--TGA-AAAA--GT----C---TTT--AAAAA---TCTAAACCTC-AAGCCAGTA
gi|1 : aaGAAATTTA---T--AG---GAA--GC----CT--TTAATAAAAAC--TCTGAATCTC-GAGCCAAAAG-CAGTAAAaaggaga
gi|3 : AATTTTA---T--AGA-AAAA--GAAAAAC---TTA--CGAAAG--TCTTAACCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAAggagaagagc
gi|13 : AATTTTA---CCAAAA-AAAA--GC----T---T----AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGTCAGTga
gi|20 : AAGTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAA-G--TCTAAACCTC-AAGCCAATAGCgca
gi|7 : AATTTTAAAGT--AGA-AAAG--GC----C---T-A--CATGAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTA
gi|4 : AATTGTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAAAT--TCTCCACTTC-TAGCCAATAGCCATTAAAttaag
gi|6 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAgaaaa
gi|5 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAggag
gi|17 : ATTTTA---T--AGA-AAAAA-GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATggag
gi|12 : gTTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C----CA--GAAAGG--TCTAACTCTC-AAGTCAACATCCA
gi|21 : TTTA---T--AGAGAAAA--GC----C---AT---AAAAAT--TGTAAATCTC-AAGCCAATAttcaaggg
gi|8 : ataaTTA---T--AGA-AAAG--GC----C---TTA--AAAG-G--TCTAAACCTT-AAGTCAAACGTCAGTAAA
gi|16 : AAG--GC----C---TTA--AAA-AG--TCTAAATCTC-AAGCTCATAGACAGTAAAggagaagag
gi|14 : AAA--GC----C---T-G--AAACAG--TCTAAACCTC-AAGTCATTTGCCAGTAAAgagaaga
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 333 22 2 44 4444 22222222 55 3
lowQualScore : ... .. . .. .... ........ .. .
lowQualScore : 777 99 1 55 0000 66666666 22 8
consensus : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
Reference ( family-1735 ) : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|1 : GAAATTTA---T--AG---GAA--GC----CT--TTAATAAAAAC--TCTGAATCTC-GAGCCAAAAG-CAGTAAA
gi|10 : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTT-AAGCTAATAGCCAGTAAAggagaagagc
gi|11 : GAATTTTA---T--TGA-AAAA--GT----C---TTT--AAAAA---TCTAAACCTC-AAGCCAGTA
gi|12 : aaTTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---C-A--GAAAGG--TCTAACTCTC-AAGTCAACATCCAaaggaga
gi|13 : AATTTTA---CCAAAA-AAAA--GC----T---T----AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGTCAGTttcaaggg
gi|14 : AAA--GC----C---T-G--AAACAG--TCTAAACCTC-AAGTCATTTGCCAGTAAAgca
gi|15 : GGATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATggagaaggg
gi|16 : aAAG--GC----C---TTA--AAA-AG--TCTAAATCTC-AAGCTCATAGACAGTAAA
gi|17 : ATTTTA---T--AGA-AAAAA-GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATgagaaga
gi|18 : gGAATTT-A---T--AGA-AAAA--GA----C---TTT--TAAAAA--TTTAAATTTC-AAGCCAATAGC
gi|19 : aGAATTTTA---T--AGA-AAGA--GT----C---TTTT-AAAGAG--TCTAAACCTC-AAGCCAAT
gi|2 : aGAATTTT----T--AAA-AAAAATGC----------A--AAAACA--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|20 : aAAGTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAA-G--TCTAAACCTC-AAGCCAATAGCgaaaga
gi|21 : TTTA---T--AGAGAAAA--GC----C---ATA--AAAA-T--TGTAAATCTC-AAGCCAATA
gi|3 : ataaAATTTTA---T--AGA-AAAA--GAAAAAC---TTA--CGAAAG--TCTTAACCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|4 : AATTGTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAAAT--TCTCCACTTC-TAGCCAATAGCCATTAAAga
gi|5 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAgaaaa
gi|6 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAggag
gi|7 : AATTTTAAAGT--AGA-AAAG--GC----C---T-A--CATGAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAggag
gi|8 : TTA---T--AGA-AAAG--GC----C---TTA--AAAG-G--TCTAAACCTT-AAGTCAAACGTCAGTAAAttaag
gi|9 : GAATTTTA---T--AGA-AAA----------------------AG--TCTAAATCTT-AAGCCCGTACCCAGTAAAggagaagag
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 333 22 2 44 4444 22222222 55 3
lowQualScore : ... .. . .. .... ........ .. .
lowQualScore : 777 99 1 55 0000 66666666 22 8
consensus : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
Reference ( family-1735 ) : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|1 : GAAATTTA---T--AG---GAA--GC----CT--TTAATAAAAAC--TCTGAATCTC-GAGCCAAAAG-CAGTAAA
gi|10 : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTT-AAGCTAATAGCCAGTAAAggagaagagc
gi|11 : GAATTTTA---T--TGA-AAAA--GT----C---TTT--AAAAA---TCTAAACCTC-AAGCCAGTA
gi|12 : aaTTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---C-A--GAAAGG--TCTAACTCTC-AAGTCAACATCCAaaggaga
gi|13 : AATTTTA---CCAAAA-AAAA--GC----T---T----AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGTCAGTttcaaggg
gi|14 : AAA--GC----C---T-G--AAACAG--TCTAAACCTC-AAGTCATTTGCCAGTAAAgca
gi|15 : GGATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATggagaaggg
gi|16 : aAAG--GC----C---TTA--AAA-AG--TCTAAATCTC-AAGCTCATAGACAGTAAA
gi|17 : ATTTTA---T--AGA-AAAAA-GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATgagaaga
gi|18 : gGAATTT-A---T--AGA-AAAA--GA----C---TTT--TAAAAA--TTTAAATTTC-AAGCCAATAGC
gi|19 : aGAATTTTA---T--AGA-AAGA--GT----C---TTTT-AAAGAG--TCTAAACCTC-AAGCCAAT
gi|2 : aGAATTTT----T--AAA-AAAAATGC----------A--AAAACA--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|20 : aAAGTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAA-G--TCTAAACCTC-AAGCCAATAGCgaaaga
gi|21 : TTTA---T--AGAGAAAA--GC----C---ATA--AAAA-T--TGTAAATCTC-AAGCCAATA
gi|3 : ataaAATTTTA---T--AGA-AAAA--GAAAAAC---TTA--CGAAAG--TCTTAACCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|4 : AATTGTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAAAT--TCTCCACTTC-TAGCCAATAGCCATTAAAga
gi|5 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAgaaaa
gi|6 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAggag
gi|7 : AATTTTAAAGT--AGA-AAAG--GC----C---T-A--CATGAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAggag
gi|8 : TTA---T--AGA-AAAG--GC----C---TTA--AAAG-G--TCTAAACCTT-AAGTCAAACGTCAGTAAAttaag
gi|9 : GAATTTTA---T--AGA-AAA----------------------AG--TCTAAATCTT-AAGCCCGTACCCAGTAAAggagaagag
blockSeqs : AAG CA G AT AAAA CTTTTA GA A
blockSeqs : . . . A . CTTTTA GA A
blockSeqs : . . . . . TTTT . .
blockSeqs : . . . . . TTA . .
blockSeqs : . . . . . TTT . .
blockSeqs : . . . . . TTA . .
blockSeqs : . . . . . TTT . .
blockSeqs : . . . . . TTT . .
blockSeqs : . . . . . ATA . .
blockSeqs : . . . . . TTA . .
blockSeqs : . . . . . TTT . .
blockSeqs : . . . . . CTA . .
blockSeqs : . . . . . CTA . .
blockSeqs : . . . . . TTA . .
blockSeqs : . . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . T . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TTA*****
originalCons : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
finalCons : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----CTTA-----AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 333 22 2 44 4444 22222222 55 3
lowQualScore : ... .. . .. .... ........ .. .
lowQualScore : 777 99 1 55 0000 66666666 22 8
consensus : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
Reference ( family-1735 ) : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|1 : GAAATTTA---T--AG---GAA--GC----CT--TTAATAAAAAC--TCTGAATCTC-GAGCCAAAAG-CAGTAAA
gi|10 : GAATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTA--AAAAAG--TCTAAATCTT-AAGCTAATAGCCAGTAAAggagaagagc
gi|11 : GAATTTTA---T--TGA-AAAA--GT----C---TTT--AAAAA---TCTAAACCTC-AAGCCAGTA
gi|12 : aaTTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---C-A--GAAAGG--TCTAACTCTC-AAGTCAACATCCAaaggaga
gi|13 : AATTTTA---CCAAAA-AAAA--GC----T---T----AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGTCAGTttcaaggg
gi|14 : AAA--GC----C---T-G--AAACAG--TCTAAACCTC-AAGTCATTTGCCAGTAAAgca
gi|15 : GGATTTTA---T--AGA-AAAA--GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATggagaaggg
gi|16 : aAAG--GC----C---TTA--AAA-AG--TCTAAATCTC-AAGCTCATAGACAGTAAA
gi|17 : ATTTTA---T--AGA-AAAAA-GC----CCTTTTA--AAAAAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATgagaaga
gi|18 : gGAATTT-A---T--AGA-AAAA--GA----C---TTT--TAAAAA--TTTAAATTTC-AAGCCAATAGC
gi|19 : aGAATTTTA---T--AGA-AAGA--GT----C---TTTT-AAAGAG--TCTAAACCTC-AAGCCAAT
gi|2 : aGAATTTT----T--AAA-AAAAATGC----------A--AAAACA--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|20 : aAAGTTTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAA-G--TCTAAACCTC-AAGCCAATAGCgaaaga
gi|21 : TTTA---T--AGAGAAAA--GC----C---ATA--AAAA-T--TGTAAATCTC-AAGCCAATA
gi|3 : ataaAATTTTA---T--AGA-AAAA--GAAAAAC---TTA--CGAAAG--TCTTAACCTC-AAGCCAATAGCCAGTAAA
gi|4 : AATTGTA---T--AGA-AAAA--GC----C---TTT--AAAAAT--TCTCCACTTC-TAGCCAATAGCCATTAAAga
gi|5 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAgaaaa
gi|6 : ATTTTA---A--AGA-AAAA--GC----C---CTA--AGAAAGGACTTAAATCTCAAAGCCAATAGCCAGTAAggag
gi|7 : AATTTTAAAGT--AGA-AAAG--GC----C---T-A--CATGAG--TCTAAATCTC-AAGCCAATAGCCAGTAggag
gi|8 : TTA---T--AGA-AAAG--GC----C---TTA--AAAG-G--TCTAAACCTT-AAGTCAAACGTCAGTAAAttaag
gi|9 : GAATTTTA---T--AGA-AAA----------------------AG--TCTAAATCTT-AAGCCCGTACCCAGTAAAggagaagag