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lowQualScore                  :                                .........       ...    . .. .......  . .   .       ........    ..     .  . ..  ..  ....   ..  .. .  . ........  . . . .   .    ......        .  .............   .    ..  ..   ....  .    .............  .     .. .......       .. .      .       .....   .    .    ..   .     .. ..           
lowQualScore                  :                                222222222       888    5 44 5555555  1 1   1       00000000    22     2  2 11  33  9999   11  11 2  5 55555555  1 9 9 9   9    111111        7  3333333333333   7    77  33   3333  0    2222222222222  1     99 9999999       99 0      0       66666   5    1    88   4     66 99           
consensus                     :                        AGACATGGG--GTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T--GG--TAATGC-A-TTG-CAATGCA--T-ACC-TTTT--ATCAA-GT-A--AT--GC---TAGT--AA--T-GTGT-AATGGCACTAA-A-A-ACT-GCAT----A-TACATGTA-AT---GG---T----AAT-GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTG--G------TGTAATGCTTA-GCATTA-TTTGGCAT-T--ACA-TTGA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
Reference ( gi|3 )            :                        AGACATGGC--GTAATTGGTAATG-T-GTAA-T--G---TAA-GC-A-TTG-CAATGCA--T-ACCATTTT--ATCAA-GT-A--AT--GCC-TTAGT--AA--T-GTGTGAATGGCCCTGA-A-A-ACT-GCAT----AGTACATGTA-AT---G----T----AAT-GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-TAA---------AA-TTTTG--G------GGTAATGCTTA-GCATTA-TTTGGCA--T--ACA-TTGACATTACCTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|2                          :                        AGACATGGCAGGTAAT-GGTAATGCT-GTAAAT--GG--TAATGC-A-TTG-CA-TGCAATT-ACT-TTTT--ATCAACGTTA--AT--GCC-A-AGT--AA--T-GTGT-AATGCAACTGA-A-A-ACTTGCAT------TACATGTA-AT---G----TT---AAT-GTAA--TGGTCAT----TA-CTTT-CAG---------A--TTTTG--G------TGTAA-GCT-A-GCATTA-TTTGGCAT-T--ACA-TTTAAATTA-CTTTTATAAG--AT-ATTAG
gi|8                          :                        AGACATGA---------GATACTA-T-GTAT-T--GA--TAATAC-A-TTG-CAATGCAT-T-ACC-TTTT--ATCAA-GT-A--AG--GC---TAAT--AA--T-GTGT-AAT-GCTCTAA-A-A-ACT-GCAT------TGCATGTA-CTG--G----T----AAT-GTAT--TT--CAT----TA-CTTT-CAA---------AT-TTTTG--G------TACAATG-TTA-GCATTA-TTTGGCA--T--at
gi|6                          :                        AGACAAGGG--GTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T--G---CAATGC-A-TTA-C--TTTT--T-A--ATTTTTCATCAA-GT-A--ATCTGC---TAGT--AT--T-GT---AATG-CACCAA-A-A-ACT-GCAT----A---CATGTA-AT---GG---T----AAT-GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CA--------------TTTG--GTATTTTTGTAATGC--A-GCATTA-CTTGGCA--T--TCA-TTAAt
gi|10                         :                       cAGACATAGG--GTCGT-GGTAACG-T-GTAA-T--GG--CAATGC-A-TTG-CAATGCA--T---TACTTT--ATCAA-GT-A--AT--GC---TAGT--AA--T-GTGT-AATG-CACTAA-A-A-ACT-GCAT------TACATGTA-AT---A--------------------G----------A-CTAT-CAG---------AA-TTTTG--G------CGTAATGC-TA-GCATTA-atactgtaatattaggtat
gi|14                         :                        AGACATGGG--GCAAC-GGTAATG-T-GTAA-T--GG--TAATGC-T-TTG-TAATGCA--TTACT-TTTT--ATCAA-GT-A--AT--GC---TAGT--AA--T-GTAT-AAC-GCACTAA-A-ATACT-GCAT----
gi|16                         :                        AGACATGGG--GTAGT-GGTAATG-T-GTAA-T--GG--TAATGC-A-TTG-CAATGCA--T-TACATTTT--GCCAA-GT-A--AT--GC---TAGT--AA--T-
gi|17                         :                         GACATGGG--GTAAT-GGTAATG---GTAA-T--G---TAATGC-A-TTG-CAATATA--TTACT-TTTT--ATCAA-GT-A--AC--GCC-TC-GT--AA--T-GT
gi|5                          :                          ACATGGG--ATAAT-GGTAATG-T-GTTA-T--GG--CAA-TTTA-TTG-CAATGTA--T-TGCTTTTT--ATCAA--T-A--AT------CTAGTTAAA--T-GTGT-AATG-CACTAA-A-A-ACG-GCAT------TAT-TGTA-AT---G----T----AAT-GTAA--TC--CCA----AA-TTTT-CAA---------AA-TTGTG--G------TGTAATGC----ACATTACTTTGGCA--T--ATA-TTGAAAT
gi|7                          :                            ATGGC--CTAA---GTAATG-T-GTAA-T--GCACTGA-AA-A-CTG-CAAT-----T-A-CATGTA--ATCCG-GT-A--AT--Gatttcgcacgatatttgtatt
gi|4                          : gcattgcaatgcattactttttatcagtaGGC--ATTCTTGATAA-------AA-A--G---TAATGC-A-TTG-CAATGCAT-T-ACCATTaatgcattcttttcaaaatttttggtgtaatgcctaggcattatcttgaattactttaatgaagatattagtattt
gi|4                          :               gggtaatggtaatgttgt--GTAAT-GGTAATG-TTGTAA-T--GG--TAATGC-A-TTG-CAATGCAT-T-ACT-TTTT--ATCAA-G--A--AT--GCC--TAGT--AA--T-GT-T-AAT-GCACCAATA-A-ACT-GCAT------TACAT-TA-AT---GGTA-C----AATAGTAAATTG--CAT----TGCCTTT-TAA---------AA-TTT----G------TGTAATGCTTA-GCATTA-TTTTACA--TTAACATTTGA-ATTAC--TTTATAAA--A--ATtagtaatgttaatgcaccaataaactgcattacattaatggtacaatagtaaattgcattgccttttaaaatttgtgtaatgcttagcattattttacattaacatttgaattactttataaaaatattagaatat
gi|16                         :                                  ggTACTTGGCAA-------AA-T--G---TAATGC-A-TTG-CAATGCAT-T-ACCATTattagaatat
gi|1                          :              agacatggggtagtggtaatgtgtATGGGTA-TG-T-GTAA-T--GG--TAATGC-ACTTG-CAA-GCA--TTACTTTTTC--ATCAA-GT-AGCAT--GCG-T-AGT--AA--T-GTGT-AAT-GCACTAA-ACA-ACT-GC-C----ATTACATGTACAA---G----TGGTAAAT-GTAA---G--TAT----TACCTTT-CAACGGTTCAACAA-TTTCT--G------TACAAT-CTAA-TC-----TTTGGCAT-T--ACACTTGGAATTA-CTTTTATGAAGTA--TTTAGTATatgctagtaat
gi|9                          :                             cagacattccgccgcggtG-T-GTAA-T--GG--TAATGC-A-TTGGCAATGCA--T-AC---TTT--ATCAA-GT-A--AT--GCCGCTCGT--AA--T-GTTT--ATG--CACGT-A-A-CCT-GCAT------TACATGT---T---G----G----TAT-GTAA--TGA-AAA----TA-CTTC-CAA---------GA-TGGT---G------GGTAATGC-TA-GCATTA-TTTGGAA--TTAACA-Ta
gi|21                         :                                                -T-GTAA-TCGG---TAA-G-----TG-TATTGCA--TTACTTTTTT--ATCAA-GT-A--AT--GC---TAGT--AA--TCGTGT-AATGgtcaagttttat
gi|10                         :                                                    TAA-A--G---TAATGC-A-TTG-CAATGCAT-T-GCCATTcacaaaa
gi|7                          :                                          agacatagggtcgtggtaacgtgt-GC-A-TTG-CAATGCAT-T-ACT-TTTT--ATC-A-GT-A--ATG-GCC-TAAGT--AA--T-GTGT-AAT-GCACTGA-A-A-ACT-GCA-----ATTACATGTA-ATCCGG----T----AAT-G-AA--TG--CAT----TC-TTTT-CAA---------AATTTTTG--G------TGTAATGCCTAGGCATTA-TC--------------TTGA-ATTA-CTTTAATGAA--GATATTAGTATTTtcaagtaatgctagtaatgtgtaatgcactaaaaactgcattacatgtaatagactatcagaattttggcgtaatgctagcatta
gi|26                         :                                                                  -GC-A-TTG-CAATGTAT-T-ACC-TTTT--ATCAA-GT-A--AT--G---TTAGT--AA--T-GT
gi|29                         :                                                              gggtagt-A-TGG-TAATGCA--TTACT-TTTT--ATCAA-GT-A--AT--GCtta
gi|11                         :                                                                                   gacatgggataT--ATCAA-GT-G--AT--GC---TAGT--AA--T-GTGC-AATG-CACTAA-A-A-ACT-GCAT------TACATGTA-AC---GG---T----AAT-GTAA--TG--CAT----TG-CCTT-T-A---------AA-TGTTG--G------TATAATGC-TA-GCATTA-TTTA--------ACA-TTGA-ATCA-CTTTTATAAG--AC-ATCAGTATTTTt
gi|12                         :                                                                                                     A-GC-A--AT--GCA---AAT--AAATT-GTAT-AATGCCCC--A-A-A-AAT-GCATTATAAGTACATGTA-ATT--G----T----AAT-TTAA--TT--CATGTAGTA-TGTC-CTA---------AA-TTATA--G------TGTAATACCAA-GCATTA-TATGGCA--T--t
gi|15                         :                                                                                                            atgtaaatacatGT--AA--T-GTGT-AATG-CACTGG-A-A-ACT-GCAT----A-TA-ATGTA-GT---GG---T----AAT-GTAA--TA--CAT----TA-CTTT-AAA---------AA-TGTTG--G------TGACATGC-TA-GCATTA-TTTGGCA--T--tgctaaaat
gi|13                         :                                                                                                                        tc--AA--C-GTGT-AATG-CACTAA-A-A-ACT-GCAT------TACATGTA-AT---GG---T----AAT--TAA--TG---AT----TA-CTTT-TCA---------AA-ATTTG--G------TGTAATGC-TA-ACATTA-TTTGGCAT-T--ACA-TTGA-ATTACTTT---TAAA--A--GCTATTATTt
gi|20                         :                                                                                                                                                                       cATGTA-AT---GGTAAT----AAT-GTAA--TA--CAT----TA-CTTTAAAA---------AA-AATTA--G------TGCAATGC-TA-GCATCA-TTTGGCA--T--a
gi|16                         :                                                                                                                                                                          GTA-AT---G----C----ATT-GCAA--TG--CAT----TA-C-----------------A-TTTTGCCA------AGTAATGCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                  agacatggggtagtggtaatgtgtaatg----TA-CTTT-CAA---------AA-TATTG--A------TGTAATGC-TA-TCATTA-TTTGGTAT-T--ACA-ATGA-ATTGCTTTT-----------ATTAGTAagtaat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                            A---------AA-TTTTG--G------GGTAATGCTTA-GCATTA-TTTGGCAATT--ACA-TTGAC-TTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                            A---------AA-TTTTG--G------TGTAATGCTTAGGCATTA-TTTTACAT-T--ACA-TTGA-ATTA-CTTTTATAAA--AT-ATTAGAATTTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                            A---------AA-TTTTG--G------TGTAATGCT-A-GCATTA-TTTGGCAT-T--ACATTTGA-ATTA-CTTTTATAAG--A--t
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TGCT-A-GCATTA-TTTGGCAT-T--ACA-ATGA-ATCA-CTTTTATAAG--A--t
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                TA-GCATTA-TTTGGCAT-T--ACA-TTGA-ATTA-ATTTTATAAtat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            gcGCA--TT-ACA-TTGA-ATTACATTT-ATAAA--AT-ATTAGTATTTTg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAATGTTGGTGTAATGGTAGAATTATATAACAATACCATATTTTATAAGATATCTAGGATTTCTATACTT
Unaligned ( gi|25 ): GAACATGTTGATGTTAACTATAATTATGAGGTCTGTTGCACTGTGTTGCTGAT
Unaligned ( gi|31 ): TGAATCACTTTTATAAGATATCAGTATTTTTATACT






Alignments
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Reference ( family-173 )      :          AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GGTAA-TGCA-TT-GCAATGCA--T-ACC-TTTT-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--TA-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-AC-TG-CAT-----A-TACATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
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gi|3                          : gacatgggaAGACAT------GG--CGTAATTGGTAATG-T-GTAA-T-G-TAA--GCA-TT-GCAATGCA--T-ACCATTTT-ATCAA-GT-A--A--T---G--CCTTA-GT--AA--T-GTGTGAATGGCCC-TGA-A-A-AC-TG-CAT-----AGTACATGT---AAT---GT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-TAA---------AA-TTTTGG------GGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-A-T-ACA-TT--GACATTACCTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
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gi|7                          :                                                        cGCA-TT-GCAATGCA--TTACT-TTTT-ATCA--GT-A--A--T---GGCC--TAAGT--AA--T-GTGT-AATG-CAC-TGA-A-A-AC-TG-CAA-----T-TACATGT---AATCCGGT--AAT---G-AA--TG--CAT----TC-TTTT-CAA---------AATTTTTGG------TGTAATGCCTA-----------GGC-ATT-ATC-TT--GA-ATTA-CTTTAATGAA--GATATTAGTATTTttaggtat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAATGTTGGTGTAATGGTAGAATTATATAACAATACCATATTTTATAAGATATCTAGGATTTCTATACTT
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lowQualScore                  :          111111  55      3       3 3    2 2  33   2    2  2        2    44   2 4     2  2 33 33 333 77 55 2 2  22  22 2    2   33   2   2 2 2   2 2 2  66  888888     444   33   66   777    33  66   5555  5    5   888888888  2      666666        77  1     1      1   4   7  33  2    2          44 99           
lowQualScore                  :          ......  ..      .       . .    . .  ..   .    .  .        .    ..   . .     .  . .. .. ... .. .. . .  ..  .. .    .   ..   .   . . .   . . .  ..  ......     ...   ..   ..   ...    ..  ..   ....  .    .   .........  .      ......        ..  .     .      .   .   .  ..  .    .          .. ..           
lowQualScore                  :          555555  00      6       1 1    9 7  77   7    5  5        5    11   4 7     2  2 11 11 999 55 33 2 2  99  99 1    4   88   5   5 5 5   7 7 7  33  222222     777   77   33   333    77  33   3333  0    0   444444444  1      111111        22  9     9      9   0   1  22  4    4          22 66           
consensus                     :    AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
Reference ( family-173 )      :    AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|1                          :    AGACATTCCGCCGC--GGTATG-GGTA-TG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCACTT-GCAA-GCA-TTACT-TTT-TCATCAA-GT-AGCA--T---G--CG-T-A-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-ACA-ACT-GCC-AT--TA------CATGTACAAGT--GGTA-AAT---GTAA---G--TAT----TACCTTT-CAACGGTTCAACAA-TTTCTG------TACAAT-CTAAT-C-----TTTGGC-ATT-ACA-CTTGGA-ATTA-CTTTTATGAAGTA--TTTAGTAT
gi|10                         :   cAGACAT------AG--GGTCGT-GGTAACG-T-GTAA-T-GG--CAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTAC---TT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--AG---------------------------A-CTAT-CAG---------AA-TTTTGG------CGTAATGC-TAG-CATTA-a
gi|11                         :                                                                              -T-ATCAA-GT-G--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGC-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAC--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TG-CCTT-T-A---------AA-TGTTGG------TATAATGC-TAG-CATTA-TTTA-------ACA-TT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AC-ATCAGTATTTT
gi|12                         :                                                                                     A-GC-A--A--T---G--C--A-A-AT--AAATT-GTAT-AATGCC-C-CAA-A-A-A-T-G-C-AT--TATAAGTACATGT---AAT--TGT--AAT---TTAA--TT--CATGTAGTA-TGTC-CTA---------AA-TTATAG------TGTAATACCAAG-CATTA-TATGGC-ATT-GCt
gi|13                         :                                                                                                    atgtaaatacat--AA--C-GTGT-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT----TAA--TG---AT----TA-CTTTTCAA---------AA-TTT-GG------TGTAATGCT-AA-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTT--TAAA--A--GCTATTATTtaaaat
gi|14                         :   cAGACAT------GG--GGCAAC-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCT-TT-GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTAT-AAC-GCAC-TAA-A-ATACT-G-C-AT--a
gi|15                         :                                                                                                             -GT--AA--T-GTGT-AATG-CAC-TGG-A-A-ACT-G-C-ATA-TA-------ATGT---AGT--GGT--AAT---GTAA--TA--CAT----TA-CTTT-AAA---------AA-TGTTGG------TGACATGC-TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-
gi|16                         :  tcAGACAT------GG--GGTAGT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACA-TTT-T-GCCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-
gi|17                         :     GACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG---GTAA-T-G---TAA-TGCA-TT-GCAATATA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--C---GC-C--T-C-GT--AA--T-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAGGCATTA-TTTTAC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--AT-ATTAGAATTTT
gi|2                          :    AGACAT------GGCAGGTAAT-GGTAATGCT-GTAAAT-GG--TAA-TGCA-TT-GCA-TGCAATTACT-TTT-T-ATCAACGTTA--A--T---G--C--C-AAGT--AA--T-GTGT-AATGCAAC-TGA-A-A-ACTTG-C-AT--TA------CATGT---AAT--GTT--AAT---GTAA--TGGTCAT----TA-CTTT-C-A---------GA-TTTTGG------TGTAA-GC-TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACATTT--AA-ATTA-CTTTTATAAG--AT-ATTAGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   ATGT---AAT--GGT--AATAATGTAA--TA--CAT----TA-CTTTAAAA---------AA-AATTAG------TGCAATGC-TAG-CATCA-TTTGGC-ATat
gi|21                         :                                  -T-GTAA-TCGG--TAAGTGTA-TT-GCA------TTACT-TTTTT-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--TCGTGT-AAT-GCAC--AA-A-A-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------GGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGCAATT-ACA-TT--GA-CTTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTAT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                       ----TA-CTTT-CAA---------AA-TATTGA------TGTAATGCT-AT-CATTA-TTTGGT-ATT-ACA-AT--GA-ATTG-CTTTTAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------TGTAATGCT-AG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACATTT--GA-ATTA-CTTTTATAAG--A--tagta
gi|26                         :                                           -GG--TAG-TGCA-TT-GCAATGTA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--T--T-A-GT--AA--T-GTTT-At
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    gGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CATTTATAAA--AT-ATTAGTATTTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                   TGCT-AG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-AT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--A--ttatatac
gi|29                         :                                        A-T-GGGATAA-TG------GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-tat
gi|3                          : gacAGACAT------GG--CGTAATTGGTAATG-T-GTAA-T-G---TAA--GCA-TT-GCAATGCA-T-ACCATTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--CCTT-A-GT--AA--T-GTGTGAATGGCCC-TGA-A-A-ACT-G-C-ATAGTA------CATGT---AAT--G-T--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-TAA---------AA-TTTTGG------GGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-A-T-ACA-TT--GACATTACCTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                       TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-ATTTTATAA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               gcT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AT-ATCAGTATTTTg
gi|4                          :                 G--GGTAAT-GGTAATG-TTGTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-G--A--A--T---GC-C--T-A-GT--AA--T-GT-T-AAT-GCAC-CAATA-A-ACT-G-C-AT--TA------CAT-T---AAT--GGTACAATA--GTAAATTG--CAT----TGCCTTT-TAA---------AA-TTT--G------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTTAC-ATTAACATTT--GA-ATTA-C-TTTATAAA--A--ATtatact
gi|5                          :      ACAT------GG--GATAAT-GGTAATG-T-GTTA-T-GG--CAA-TTTA-TT-GCAATGTA-TTGCT-TTT-T-ATCAA--T-A--A--T------C--T-A-GTTAAA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-A-A-ACG-G-C-AT--TA------T-TGT---AAT---GT--AAT---GTAA--TC--CCA----AA-TTTT-CAA---------AA-TTGTGG------TGTAATGC---A-CATTACTTTGGC-A-T-ATA-TT--GA-AATA-TTTattagaatat
gi|6                          :    AGACAA------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T--G--CAA-TGCA-TT-ACTTT----TTAAT-TTT-TCATCAA-GT-A--ATCT---G--C--T-A-GT---A--T--TGT-AAT-GCAC-CAA-A-A-ACT-G-C-A---TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CA--------------TTTGGTATTTTTGTAATGC--AG-CATTA-CTTGGC-ATT--CA-TT--AA-A-TA-CTGTAATAcgcacgatatttgtatt
gi|7                          :                                                    cGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATC-A-GT-A--A--T---GGCC--TAA-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TGA-A-A-ACT-G-CAAT--TA------CATGT---AATCCGGT--AAT---G-AA--TG--CAT----TC-TTTT-CAA---------AATTTTTGG------TGTAATGCCTA-----------GGC-ATT-ATC-TT--GA-ATTA-CTTTAATGAA--GATATTAGTATTTttaggtat
gi|8                          :    AGACAT------GA--GATACT-----ATG-T-AT---T-GA--TAA-TACA-TT-GCAATGCA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--G---G--C--T-A-AT--AA--T-GTGT-AAT-GCTC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TG------CATGT---ACT--GGT--AAT---GTAT--TT--CAT----TA-CTTT-CAA---------AT-TTTTGG------TACAATG-TTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-
gi|9                          :                                 G-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TTGGCAATGCA--TAC---TT-T-ATCAA-GT-A--A--TGCCG--C--T-C-GT--AA--T-GTTT--AT-GCACGT---A-A-CCT-G-C-AT--TA------CATGT-----T--GGT---AT---GTAA--TGA-AAA----TA-CTTC-CAA---------GA-TGGTGG-------GTAATGC-TAG-CATTA-TTTGGA-ATTAACA-T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAATGTTGGTGTAATGGTAGAATTATATAACAATACCATATTTTATAAGATATCTAGGATTTCTATACTT
Unaligned ( gi|25 ): GAACATGTTGATGTTAACTATAATTATGAGGTCTGTTGCACTGTGTTGCTGAT






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lowQualScore                  :          111111  55      3       3 3    2 2  33   2    2  2        2    44   2 4     2  2 33 33 333 77 55 2 2  22  22 2    2   33   2   2 2 2   2 2 2  66  888888     444   33   66   777    33  66   5555  5    5   888888888  2      666666        77  1     1      1   4   7  33  2    2          44 99           
lowQualScore                  :          ......  ..      .       . .    . .  ..   .    .  .        .    ..   . .     .  . .. .. ... .. .. . .  ..  .. .    .   ..   .   . . .   . . .  ..  ......     ...   ..   ..   ...    ..  ..   ....  .    .   .........  .      ......        ..  .     .      .   .   .  ..  .    .          .. ..           
lowQualScore                  :          555555  00      6       1 1    9 7  77   7    5  5        5    11   4 7     2  2 11 11 999 55 33 2 2  99  99 1    4   88   5   5 5 5   7 7 7  33  222222     777   77   33   333    77  33   3333  0    0   444444444  1      111111        22  9     9      9   0   1  22  4    4          22 66           
consensus                     :    AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
Reference ( family-173 )      :    AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|1                          :    AGACATTCCGCCGC--GGTATG-GGTA-TG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCACTT-GCAA-GCA-TTACT-TTT-TCATCAA-GT-AGCA--T---G--CG-T-A-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-ACA-ACT-GCC-AT--TA------CATGTACAAGT--GGTA-AAT---GTAA---G--TAT----TACCTTT-CAACGGTTCAACAA-TTTCTG------TACAAT-CTAAT-C-----TTTGGC-ATT-ACA-CTTGGA-ATTA-CTTTTATGAAGTA--TTTAGTAT
gi|10                         :   cAGACAT------AG--GGTCGT-GGTAACG-T-GTAA-T-GG--CAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTAC---TT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--AG---------------------------A-CTAT-CAG---------AA-TTTTGG------CGTAATGC-TAG-CATTA-a
gi|11                         :                                                                              -T-ATCAA-GT-G--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGC-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAC--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TG-CCTT-T-A---------AA-TGTTGG------TATAATGC-TAG-CATTA-TTTA-------ACA-TT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AC-ATCAGTATTTT
gi|12                         :                                                                                     A-GC-A--A--T---G--C--A-A-AT--AAATT-GTAT-AATGCC-C-CAA-A-A-A-T-G-C-AT--TATAAGTACATGT---AAT--TGT--AAT---TTAA--TT--CATGTAGTA-TGTC-CTA---------AA-TTATAG------TGTAATACCAAG-CATTA-TATGGC-ATT-GCt
gi|13                         :                                                                                                    atgtaaatacat--AA--C-GTGT-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT----TAA--TG---AT----TA-CTTTTCAA---------AA-TTT-GG------TGTAATGCT-AA-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTT--TAAA--A--GCTATTATTtaaaat
gi|14                         :   cAGACAT------GG--GGCAAC-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCT-TT-GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTAT-AAC-GCAC-TAA-A-ATACT-G-C-AT--a
gi|15                         :                                                                                                             -GT--AA--T-GTGT-AATG-CAC-TGG-A-A-ACT-G-C-ATA-TA-------ATGT---AGT--GGT--AAT---GTAA--TA--CAT----TA-CTTT-AAA---------AA-TGTTGG------TGACATGC-TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-
gi|16                         :  tcAGACAT------GG--GGTAGT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACA-TTT-T-GCCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-
gi|17                         :     GACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG---GTAA-T-G---TAA-TGCA-TT-GCAATATA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--C---GC-C--T-C-GT--AA--T-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------TGTAATGCTTAGGCATTA-TTTTAC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--AT-ATTAGAATTTT
gi|2                          :    AGACAT------GGCAGGTAAT-GGTAATGCT-GTAAAT-GG--TAA-TGCA-TT-GCA-TGCAATTACT-TTT-T-ATCAACGTTA--A--T---G--C--C-AAGT--AA--T-GTGT-AATGCAAC-TGA-A-A-ACTTG-C-AT--TA------CATGT---AAT--GTT--AAT---GTAA--TGGTCAT----TA-CTTT-C-A---------GA-TTTTGG------TGTAA-GC-TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACATTT--AA-ATTA-CTTTTATAAG--AT-ATTAGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   ATGT---AAT--GGT--AATAATGTAA--TA--CAT----TA-CTTTAAAA---------AA-AATTAG------TGCAATGC-TAG-CATCA-TTTGGC-ATat
gi|21                         :                                  -T-GTAA-TCGG--TAAGTGTA-TT-GCA------TTACT-TTTTT-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--TCGTGT-AAT-GCAC--AA-A-A-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------GGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGCAATT-ACA-TT--GA-CTTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTAT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                       ----TA-CTTT-CAA---------AA-TATTGA------TGTAATGCT-AT-CATTA-TTTGGT-ATT-ACA-AT--GA-ATTG-CTTTTAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TTTTGG------TGTAATGCT-AG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACATTT--GA-ATTA-CTTTTATAAG--A--tagta
gi|26                         :                                           -GG--TAG-TGCA-TT-GCAATGTA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--T--T-A-GT--AA--T-GTTT-At
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    gGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-CATTTATAAA--AT-ATTAGTATTTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                   TGCT-AG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-AT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--A--ttatatac
gi|29                         :                                        A-T-GGGATAA-TG------GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-tat
gi|3                          : gacAGACAT------GG--CGTAATTGGTAATG-T-GTAA-T-G---TAA--GCA-TT-GCAATGCA-T-ACCATTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--CCTT-A-GT--AA--T-GTGTGAATGGCCC-TGA-A-A-ACT-G-C-ATAGTA------CATGT---AAT--G-T--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-TAA---------AA-TTTTGG------GGTAATGCTTAG-CATTA-TTTGGC-A-T-ACA-TT--GACATTACCTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                       TAG-CATTA-TTTGGC-ATT-ACA-TT--GA-ATTA-ATTTTATAA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               gcT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AT-ATCAGTATTTTg
gi|4                          :                 G--GGTAAT-GGTAATG-TTGTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-G--A--A--T---GC-C--T-A-GT--AA--T-GT-T-AAT-GCAC-CAATA-A-ACT-G-C-AT--TA------CAT-T---AAT--GGTACAATA--GTAAATTG--CAT----TGCCTTT-TAA---------AA-TTT--G------TGTAATGCTTAG-CATTA-TTTTAC-ATTAACATTT--GA-ATTA-C-TTTATAAA--A--ATtatact
gi|5                          :      ACAT------GG--GATAAT-GGTAATG-T-GTTA-T-GG--CAA-TTTA-TT-GCAATGTA-TTGCT-TTT-T-ATCAA--T-A--A--T------C--T-A-GTTAAA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-A-A-ACG-G-C-AT--TA------T-TGT---AAT---GT--AAT---GTAA--TC--CCA----AA-TTTT-CAA---------AA-TTGTGG------TGTAATGC---A-CATTACTTTGGC-A-T-ATA-TT--GA-AATA-TTTattagaatat
gi|6                          :    AGACAA------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T--G--CAA-TGCA-TT-ACTTT----TTAAT-TTT-TCATCAA-GT-A--ATCT---G--C--T-A-GT---A--T--TGT-AAT-GCAC-CAA-A-A-ACT-G-C-A---TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CA--------------TTTGGTATTTTTGTAATGC--AG-CATTA-CTTGGC-ATT--CA-TT--AA-A-TA-CTGTAATAcgcacgatatttgtatt
gi|7                          :                                                    cGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATC-A-GT-A--A--T---GGCC--TAA-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TGA-A-A-ACT-G-CAAT--TA------CATGT---AATCCGGT--AAT---G-AA--TG--CAT----TC-TTTT-CAA---------AATTTTTGG------TGTAATGCCTA-----------GGC-ATT-ATC-TT--GA-ATTA-CTTTAATGAA--GATATTAGTATTTttaggtat
gi|8                          :    AGACAT------GA--GATACT-----ATG-T-AT---T-GA--TAA-TACA-TT-GCAATGCA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--G---G--C--T-A-AT--AA--T-GTGT-AAT-GCTC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TG------CATGT---ACT--GGT--AAT---GTAT--TT--CAT----TA-CTTT-CAA---------AT-TTTTGG------TACAATG-TTAG-CATTA-TTTGGC-ATT-
gi|9                          :                                 G-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TTGGCAATGCA--TAC---TT-T-ATCAA-GT-A--A--TGCCG--C--T-C-GT--AA--T-GTTT--AT-GCACGT---A-A-CCT-G-C-AT--TA------CATGT-----T--GGT---AT---GTAA--TGA-AAA----TA-CTTC-CAA---------GA-TGGTGG-------GTAATGC-TAG-CATTA-TTTGGA-ATTAACA-T


blockSeqs                     :          .       CA      T       C T    A C  GA   G    .  G        A    CA   T C     C  T .  TC GCC GC CT A A  TA  AT C    G   GC   G   T . T   T . A  AG  TAAGTA     .     CC   AC   AAT    AT  GT   GTAG  C    T   .          T      TATTTT        CA  G     C      A   A   T  .   C    C          .  AT
blockSeqs                     :          .       .       .       . .    . .  .    .    .  .        .    T    . .     .  . .  .  .   C  .  . .  .   .  .    .   GC   .   . . .   . . .  A   .          .     .    .    A      .   A    .     .    A   .          .      .             TT  .     .      .   A   T  .   .    .          .  C 
blockSeqs                     :          .       .       .       . .    . .  .    .    .  .        .    A    . .     .  . .  .  .   C  .  . .  .   .  .    .   GG   .   . . .   . . .  .   .          .     .    .    .      .   .    .     .    .   .          .      .             TT  .     .      .   .   T  .   .    .          .  T 
blockSeqs                     :          .       .       .       . .    . .  .    .    .  .        .    T    . .     .  . .  .  .   .  .  . .  .   .  .    .   G    .   . . .   . . .  .   .          .     .    .    .      .   .    .     .    .   .          .      .             TT  .     .      .   .   .  .   .    .          .  T 
blockSeqs                     :          .       .       .       . .    . .  .    .    .  .        .    T    . .     .  . .  .  .   .  .  . .  .   .  .    .   G    .   . . .   . . .  .   .          .     .    .    .      .   .    .     .    .   .          .      .             TT  .     .      .   .   .  .   .    .          .  T 
blockSeqs                     :          .       .       .       . .    . .  .    .    .  .        .    T    . .     .  . .  .  .   .  .  . .  .   .  .    .   G    .   . . .   . . .  .   .          .     .    .    .      .   .    .     .    .   .          .      .             CT  .     .      .   .   .  .   .    .          .  T 
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|25 ): GAACATGTTGATGTTAACTATAATTATGAGGTCTGTTGCACTGTGTTGCTGAT






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Reference ( family-173 )      :    AGACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATGGCAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CAA---------AA-TT-TTGG------TGTAATGC-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|1                          :    AGACATTCCGCCGC--GGTATG-GGTA-TG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCACTT-GCAA-GCA-TTACT-TTT-TCATCAA-GT-AGCA--T---G--CG-T-A-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-ACA-ACT-GCC-AT--TA------CATGTACAAGT--GGTA-AAT---GTAA---G--TAT----TACCTTT-CAACGGTTCAACAA-TT-TCTG------TACAAT-C-T--A--ATC--TTTGGCA-TT-ACA-CTTGGA-ATTA-CTTTTATGAAGTA--TTTAGTAT
gi|10                         :   cAGACAT------AG--GGTCGT-GGTAACG-T-GTAA-T-GG--CAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TT----ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGT-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--AG---------------------------A-CTAT-CAG---------AA-TT-TTGG------CGTAATGC-T--AGCATTA-a
gi|11                         :                                                                              -T-ATCAA-GT-G--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTGC-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAC--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TG-CCTT-T-A---------AA-TG-TTGG------TATAATGC-T--AGCATTA-TTTA-------ACA-TT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AC-ATCAGTATTTT
gi|12                         :                                                                                     A-GC-A--A--T---G--C--A-A-AT--AAATT-GTAT-AATGCC-C-CAA-A-A-A-T-G-C-AT--TATAAGTACATGT---AAT--TGT--AAT---TTAA--TT--CATGTAGTA-TGTC-CTA---------AA-TT-ATAG------TGTAATAC-CA-AGCATTA-TATGGCA-TT-GCt
gi|13                         :                                                                                                    atgtaaatacat--AA--C-GTGT-AATG-CAC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TA------CATGT---AAT--GGT--AAT----TAA--TG---AT----TA-CTTTTCAA---------AA-TT-T-GG------TGTAATGC-T--AACATTA-TTTGGCA-TT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTT--TAAA--A--GCTATTATTtaaaat
gi|14                         :   cAGACAT------GG--GGCAAC-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCT-TT-GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-GTAT-AAC-GCAC-TAA-A-ATACT-G-C-AT--a
gi|15                         :                                                                                                             -GT--AA--T-GTGT-AATG-CAC-TGG-A-A-ACT-G-C-ATA-TA-------ATGT---AGT--GGT--AAT---GTAA--TA--CAT----TA-CTTT-AAA---------AA-TG-TTGG------TGACATGC-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-
gi|16                         :  tcAGACAT------GG--GGTAGT-GGTAATG-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACA-TTT-T-GCCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--T-
gi|17                         :     GACAT------GG--GGTAAT-GGTAATG---GTAA-T-G---TAA-TGCA-TT-GCAATATA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--C---GC-C--T-C-GT--AA--T-GT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TT-TTGG------TGTAATGC-TTAGGCATTA-TTTTACA-TT-ACA-TT--GA-ATTA-CTTTTATAAA--AT-ATTAGAATTTT
gi|2                          :    AGACAT------GGCAGGTAAT-GGTAATGCT-GTAAAT-GG--TAA-TGCA-TT-GCA-TGCAATTACT-TTT-T-ATCAACGTTA--A--T---G--C--C-AAGT--AA--T-GTGT-AATGCAAC-TGA-A-A-ACTTG-C-AT--TA------CATGT---AAT--GTT--AAT---GTAA--TGGTCAT----TA-CTTT-C-A---------GA-TT-TTGG------TGTAA-GC-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-ACATTT--AA-ATTA-CTTTTATAAG--AT-ATTAGt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   ATGT---AAT--GGT--AATAATGTAA--TA--CAT----TA-CTTT-AAA---------AA-AAATTAG------TGCAATGC-T--AGCATCA-TTTGGCA-Tat
gi|21                         :                                  -T-GTAA-TCGG--TAAGTGTA-TT-GCA------TTACT-TTTTT-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-A-GT--AA--TCGTGT-AAT-GCAC--AA-A-A-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                     A---------AA-TT-TTGG------GGTAATGC-TT-AGCATTA-TTTGGCAATT-ACA-TT--GA-CTTA-CTTTTATAAA--A--ATTAGTAT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                       ----TA-CTTT-CAA---------AA-TA-TTGA------TGTAATGC-T--ATCATTA-TTTGGTA-TT-ACA-AT--GA-ATTG-CTTTTAT
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gi|26                         :                                           -GG--TAG-TGCA-TT-GCAATGTA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--T--T-A-GT--AA--T-GTTT-At
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      gGCA-TT-ACA-TT--GA-ATTA-CATTTATAAA--AT-ATTAGTATTTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                    TGC-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-ACA-AT--GA-ATCA-CTTTTATAAG--A--ttatatac
gi|29                         :                                        A-T-GGGATAA-TG------GTAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--C--T-tat
gi|3                          : gacAGACAT------GG--CGTAATTGGTAATG-T-GTAA-T-G---TAA--GCA-TT-GCAATGCA-T-ACCATTT-T-ATCAA-GT-A--A--T---G--CCTT-A-GT--AA--T-GTGTGAATGGCCC-TGA-A-A-ACT-G-C-ATAGTA------CATGT---AAT--G-T--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-TAA---------AA-TT-TTGG------GGTAATGCTT--AGCATTA-TTTGGCA--T-ACA-TT--GACATTACCTTTTATAAA--A--ATTAGTATTTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                     GC-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-ACA-TT--GA-ATTA-ATTTTATAA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   T--GA-ATCA-CTTTTATAAG--AT-ATCAGTATTTTg
gi|4                          :                 G--GGTAAT-GGTAATG-TTGTAA-T-GG--TAA-TGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATCAA-G--A--A--T---GC-C--T-A-GT--AA--T-GT-T-AAT-GCAC-CAATA-A-ACT-G-C-AT--TA------CAT-T---AAT--GGTACAATA--GTAAATTG--CAT----TGCCTTT-TAA---------AA-TT-T--G------TGTAATGCTT--AGCATTA-TTTTACA-TTAACATTT--GA-ATTA-C-TTTATAAA--A--ATtatact
gi|5                          :      ACAT------GG--GATAAT-GGTAATG-T-GTTA-T-GG--CAA-TTTA-TT-GCAATGTA-TTGCT-TTT-T-ATCAA--T-A--A--T------C--T-A-GTTAAA--T-GTGT-AAT-GCAC-TAA-A-A-ACG-G-C-AT--TA------T-TGT---AAT---GT--AAT---GTAA--TC--CCA----AA-TTTT-CAA---------AA-TT-GTGG------TGTAATGC-----ACATTACTTTGGCA--T-ATA-TT--GA-AATA-TTTattagaatat
gi|6                          :    AGACAA------GG--GGTAAT-GGTAATG-T-GTAA-T--G--CAA-TGCA-TT-ACTTT----TTAAT-TTT-TCATCAA-GT-A--ATCT---G--C--T-A-GT---A--T--TGT-AAT-GCAC-CAA-A-A-ACT-G-C-A---TA------CATGT---AAT--GGT--AAT---GTAA--TG--CAT----TA-CTTT-CA--------------T-TTGGTATTTTTGTAATGC----AGCATTA-CTTGGCA-TT--CA-TT--AA-A-TA-CTGTAATAcgcacgatatttgtatt
gi|7                          :                                                    cGCA-TT-GCAATGCA-TTACT-TTT-T-ATC-A-GT-A--A--T---GGCC--TAA-GT--AA--T-GTGT-AAT-GCAC-TGA-A-A-ACT-G-CAAT--TA------CATGT---AATCCGGT--AAT---G-AA--TG--CAT----TC-TTTT-CAA---------AATTT-TTGG------TGTAATGC--------CTA----GGCA-TT-ATC-TT--GA-ATTA-CTTTAATGAA--GATATTAGTATTTttaggtat
gi|8                          :    AGACAT------GA--GATACT-----ATG-T-AT---T-GA--TAA-TACA-TT-GCAATGCA-TTACC-TTT-T-ATCAA-GT-A--A--G---G--C--T-A-AT--AA--T-GTGT-AATG-CTC-TAA-A-A-ACT-G-C-AT--TG------CATGT---ACT--GGT--AAT---GTAT--TT--CAT----TA-CTTT-CAA---------AT-TT-TTGG------TACAATGT-T--AGCATTA-TTTGGCA-TT-
gi|9                          :                                 G-T-GTAA-T-GG--TAA-TGCA-TTGGCAATGCA--TAC---TT-T-ATCAA-GT-A--A--TGCCG--C--T-C-GT--AA--T-GTTT--AT-GCACGT---A-A-CCT-G-C-AT--TA------CATGT-----T--GGT---AT---GTAA--TGA-AAA----TA-CTTC-CAA---------GA-TG-GTGG-------GTAATGC-T--AGCATTA-TTTGGAA-TTAACA-T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAATGTTGGTGTAATGGTAGAATTATATAACAATACCATATTTTATAAGATATCTAGGATTTCTATACTT
Unaligned ( gi|25 ): GAACATGTTGATGTTAACTATAATTATGAGGTCTGTTGCACTGTGTTGCTGAT