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Reference ( gi|1 )            : AGCAAAGATTTTGAACAAAAAAATAACAGATATGACAAATCTTTGGTGGTTTGACG---TT-GGCAAACGGTTTGACCTTGAC---CTTTGGCCA-GGTGACCTGAAAATC-AA--TA-GGGA-TCATCT-ACT--CCA-AGGA-C--AACCC----CTGT--A--CAAAATTTGGT---TGTTACCAA------GC--AAAG----------GGGT-CAAAATATA--CTGAGCAGAC--AACACA--TGGGGTTAAGACCA-GCAGTCTGTCCTTG-AC---CTTTGACCTTATGA-CT--TA--AAAATC--CC---TA-GGGA-TCATC-A--ACTCTCTAAGG-GC--AACCCCT---GTA--C------C-A-AGTTTGGTAGCTA--TC-AAG-------CAAA--G-GG--GT-----CA-AAAGATA-TTGA--GAGGACAACACATATGGTCTA--C-A----GA-CTG---AC--CA-AC--C-AACAG---CTG-C-A--AAAT--G----A-T-A-T-G-C-----CCCCTCT--TT----TT-C--AAAGG-G-GAG----CATAAA
gi|7                          : AGCAAAACCTGTGG-TAGAAAAGAAACAAGT-CAACAAATCTTTAGTGGTTTGACGAGCTTGGGAAAAAGGTTTGAGCTTTGCAGGCTTTGGCTATGGTGACATGAAAA-------------A-TCAT-T-G-T--CCAGGGGG-C--AACCCATAGCTGT--A--C
gi|2                          :                                              GCGGTTTGAC----TT-GAGAAAC--TTTAA-----AC---CTATGACTA--CTAAC---AAAATT-AAACTA-GGGATTTAGCTAACTTCCTA-AGGAGCAAAACCC----ACGA--AGCCAAAGTTTTAT---TGTTATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGATCGAACAC
gi|31                         :                                                               accatACGGTTTGACCTTG-C---CTTTGGCCA-TGTAACCTGAAAACC-gaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|8                          :                                                                               TTGAC---CT----------TGATCTTAAAACCAAA--TACGGGT-TCATCT-CCT----A-AGTA-G--AACCA----CTGTAAA--CCAAGTTTAATATCTGTCA--AA------GC--AAAG----------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                           cgtAC--AACACACTTG---TTAAGACCA-GC-GTTTA-CCTTGTAT---CTT-GCCAATGTAA-AC--TA--AAAA-C--CC---AACAGGA-TCACC-T--ACTTCCTAAAA-G---AACTCCTTTAGTAG-C------T-ATAGCTTG--AGTTACTTT-AAGTACTTATCAAA--G------T-----CC-AAAG------GG--CAAAACAAAACTTACGACCAA--C-A----CA-CTG---TCTACA-AC--C-GACAG---ATG-C-A--AAAC--A----G-T-ACT-G-TG----CGCCTCT--TT----TTCC--AAAGGAG-GGA----CATtgtatatttccataaaatattaagag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCATGCGGTTTG-ACTTG-AGAAACTTTAAACCTATGA-CTACTAACAAAATTAAAC---TA-GGGATTTAGCTA--ACTTCCTAAGGAGCAAAACCCAC---GAAG-C------CAA-AGTTTTATTGTTA--TC-AGC-------CA----------GTTG---CAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATA--ATCTAAGC-A----GA-TCGAACAC--GA-AC--C-GACAG---ca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTGACCTT--GATCT--TA--AAA-----CCAAATACGGGT-TCATC------TC-CTAAGT-AG--AACCACT---GTAAAC------C-A-AGTTTAATATCTG--TCAAAG-------CAAA--GTGT--ATATTTCCA-TAAAATA-TTAA--GAGacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cg-GGGT-TCATCCACCACTCCTTAAGA-----------T---GTA--CAGAGTAC-A-AGTTTGATATTTG--TC-A-G-------CAAACTA-GGTTGT-----TA-AGAG-TA-CTGA--G--------------GGTCTA--C-A---------G---AC--CA-AC--C-AACAG---ACGCC-A--AAAC--A----A-T-A-T-G-CAGAGA---------------TT-C--AAAGG-G-G-G----CATAAA
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGG-TCATC-T--CCTCTCCAGAG-GC--AACCACT---GCA--C------C-A-AGTTCAGCAACTG--TC-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---GTA--C--------A-AGTTTGATATTTG--TC-A-G-------CAAACTA-GGTTGT-----TA-AGAG-TA-CTGA--G--------------GGTCTA--C-A---------G---AC--CA-AC--C-AACAG---ACGCC-A--AAAC--A----A-T-A-T-G-CAGAGA---------------TT-C--AAAGG-G-G-G----CATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggttcatccaccactccttaagatgtacagaGATA-TTGA--GGGGATAAGACA---GGTCTA--G-A----GA-C------C--AA-AC--C-A-CAG---GTG-G-A--AAAC--G----A-T-A-T-G-------CCCTTCT--Taa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GACAACA--TGCTGTCTA--C-AACTTGA-CAG---AC--CA-GA--C-AACAG---ATG-T-A--AAAACAA----A-A-A-T-G-T-----CCC-TCT--TC----TT-C--GAAGG-C-GGG----AATAAAacagacaaacatgataa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACACACTTGG-CTA--C-A----G--CAG---AC--CG-G------ACAG---TTG-C-A--AAAC--A----A-T-G-T-G-------CCCCTC---TT----TT-C--AAAGG-A-GAaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtTGGTGTG--CCA----GAACCG---AA--CA--C--T-GACAG----TG-C-A--AAAT-------A-T-A---G-C-----CCTCG-T--TT----TT-C--AAAGG-G-GGG----CATAAAcaaatgacataaaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TA--T-A----CA-CCG---AC--CG-AC--C-AACAG---TTG-C-A--AAAC--A----G-CGA-T-T-C-----CCCCTC---------TT-C--AAAGG-G---G----CATAAAaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----GA-CCG---AC--CATACGAC-GACAGGTTTTG-C-A--AAAC--A----AGT-A-T-G-C-----CCCCTCTTATT----TT-C--AAAGG-A-GGG----a
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -CCG---AC--CG-AC--C-A-CAG-----G-C-A--AAAA--C----A-T-A-T-G-C-----CCCCTCT--TT----TT-CAAAAAGG-G-GA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AC--C-AACAG---TTG-C-A--AAAC--A----G-C-A-T-G-C-----CCCCTC---------TT-C--AAAGG-G-GGG----CATAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        g-AC--C-AACCG---TTG-C-A--AAAC--A----A-T-A-T-G-C-----CCCCCCC--CCCTAATT-C--AAAGG-G-GAGGGGACATAAAa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AC--CGAACAG---GTG-C-ACAAGAC--A----A-T-A-TCG-C-----CCCCTCT--TT----TT-C--CCAAG-G-GGG----CAa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gACAG---TTG-C-A--AAGC--A----A-T-T-T-G-C-----CCCCACT--TC----TT-C--AAAGG-G-GGG----CATAAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACAG---TTG-C-A--AAAT--A----A-T-A-A-G-C-----CCCCTCT--TT----TT-C--GGTGG-G-G-G----AATAAaaaac
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gACAG---TTG-C-A--AAAC--AGTATA-T-A-T-G-C-----CTAGTCT--TT----TT-C--AAAGG-G-G-G----CATAAAtaattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACAG----TG-CCA--AAACC-A----A-T-A-T-G-C-----CCCCTC---TT----TT-C--AAAGG-GAGGG----CATAAAa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AG---TTG-C-A--AA-C--A----A-T-A-T-G-C-----CTCCTCT--TT----TT-T--CAAAG-G-GAA----CATAAAaaatatg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaAG---GTG-C-A--AAAC-------A-T-A-T-GGC-----CCCCTCT--TT----AT-T--AAAGG-G-G-G----CATAAAac
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cgaccggacgTG-C-A--AACC--A----A-T-A-A-G-C-----CCCCTCT--TT----TT-T--GAAAG-G-GAG----CATAAaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatTG-C-A--AAAC--A----A-C-A-T-G-T-----TCCCTCT--TT----TA-C--AAAGG-G-AGA----CATAcaa
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ACCGACCAAACGACAATCACAAGAAACAATACGCCCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|30 ): CTTAGCGTACACACGTGGCTACAGCAGACCGACAGCAAACCAA






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consensus                     : AGCAAAGNCTNTGGACAGAAAAGNAACAGGTACGACAAATCTTTGGCGGTTTGACG---TTGGG-AAACGGTTTGA-C-TTTGC---CTTTGGCCAT-G-TGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CCGTA--CAAAGTTTNGT---TGTTACCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTGAGCAGACCGAACACACTTGGGGTTAAGACCA-GCGGTCTGCCCTTGTAT-ACCTTTGACCTTG-TGACTTAAAAA-CCC---TACGGGNTCATCCACCACTCCCTAAGGTGCAACCACT---GTA--CCA-AGTTCGA--TANCTGTC-AAGCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG-GG----AC-AA-AC---T---G--GTCTAC-A----GA-CCGAC--CG-AC--CG-A-C-AGTT---GCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
Reference ( family-1628 )     : AGCAAAACCTGTGG-TAGAAAAGAAACAAGT-CAACAAATCTTTAGCGGTTTGACGAGCTTGGGGAAACGGTTTGA-C-TTGAC---CTTTGGCTA--G-TGACCTGAAAACCAA--TAGGGATC-ATCTN--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CCGTA--CNAAGTTTNATATCTGTCATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGACCGAACACACTTG---TTAAGACCATGCGGTTTGNC-TTGTANAAACTTTGACCNTG-TGACTTAAAAA-CCC---TACGGGNTCATCNAC---TCCCTAAGG-GCAACCACT---GTA--CCA-AGTTCGA--TANTTGTC-AAGCAAACTAGGTTGTCAAGAGATACTGAG-GG----AC-AA-AC---T---G--GTCTAC-A----GA-CCGAC--CA-AC--CG-A-C-AGNT---GCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|1                          : AGCAAAGATTTTGAACAAAAAAATAACAGATATGACAAATCTTTGGTGGTTTGACG---TTGGC-AAACGGTTTGA-CCTTGAC---CTTTGGCCA--GGTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CTGTA--CAAAATTTGGT---TGTTACCAA------GCA--AAG----------GGGT-CAAAATATA--CTGAGCAGAC--AACACA--TGGGGTTAAGACCA-GCAGTCTGTCCTTG----ACCTTTGACCTTA-TGACTTAAAAATCCC---TA-GGGATCATCAAC---TCTCTAAGG-GCAACCCCT---GTA--CCA-AGTTTGG--TAGCTATC-AAGCAAA--GGG--GTCAAAAGATATTGAGAGG----AC-AACACATAT---G--GTCTAC-A----GA-CTGAC--CA-AC--CA-A-C-AGCT---GCA--AAA-T-G----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------AGCATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GATATTGAG-GGG---AT-AAGAC---A---G--GTCTAG-A----GA-CCAA------AC--C--A-C-AGGT---GGA--AAA-C-G----A-T-A-T-G---CCCTTCTT--
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----AC-AC-AC---T---T--GGCTAC-A----G--CAGAC--CG------G-A-C-AGTT---GCA--AAA-C-A----A-T-G-T-G---CCCCTC-T--T-----TT-C-A-AAG----G-A-GACAAATGACATAAAacagacaaacatgataa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gt---T---G--GTGTGCCA----GAACCGAA--CA--C--TG-A-C-AG-T---GCA--AAA-T-A------T-A---G-C-CCTCG-TT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----GA-CCGAC--CATACGACG-A-C-AGGTTTTGCA--AAA-C-A----AGT-A-T-G-C-CCCCTCTTATT-----TT-C-A-AAG----G-A-G------GGaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAT-A----CA-CCGAC--CG-AC--CA-A-C-AGTT---GCA--AAA-C-A----G-CGA-T-T-C-CCCCTC----------TT-C-A-AA-------G-G------GGCATAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -AC--CA-A-C-CGTT---GCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCCCCC--CCTAA-TT-C-A-AAGGGGAG-G-G------GACATAAAa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --CG-AC--CGGA-CGAGGT---GCA--AAA-C-A------T-A-T-GGC-CCCCTCTT--T-----AT-T-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A-C-AGTG---CCA--AAA-CCA----A-T-A-T-G-C-CCCCTC-T--T-----TT-C-A-AAG----G-GAG------GGCATAAAaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 G-A-C-AGTT---GCA--AAA-T-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-G-GTG----G-G-G------GA-ATAAaaatatg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GGGTCATCTCC---TCTCCAGAG-GCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG--CAACTGTC-AAtaattt
gi|2                          :                                              GCGGTTTGAC----TTGAG-AAAC--TTTAA------AC---CTATGACTA--C-TAAC---AAAATTAAACTAGGGATTTAGCTAACTTCCTA-AGGAGCAAAACCC----ACGAAGCCAAAGTTTTAT---TGTTATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGATCGAACAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            accatT--T-----TT-C-ACAAG----G-G-G------GGCATAAAgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|20                         :                                                                    accatgcggtttgacttgagaaactttaaacctatgactactaacaaaattaaactagggatttagctaacttcctaaggagcaaaacccacgaagccaaagttttattgttatcagccagttgcagaaagatagttgaatgggcacaagacataatctaagcagatcgaacacgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcGGGTCATCTCC---TCTCCAGAG-GCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG--CAACTGTC-AA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -AC--CG-AAC-AGGT---GCACAAGA-C-A----A-T-A-TCG-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-C-CAA----G-G-G------GGCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 g-A-C-AGTT---GCA--AAG-C-A----A-T-T-T-G-C-CCCCACTT--C-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A-C-AGTT---GCA--AAA-C-AGTATA-T-A-T-G-C-CTAGTCTT--T-----TT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAaaaac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CCGAC--CG-AC--C--A-C-AG-----GCA--AAA-A-C----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAA----A-G-G------GGa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -AC--CA-A-C-AGTT---GCA--AAA-C-A----G-C-A-T-G-C-CCCCTC----------TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     g-AGTT---GCA--AA--C-A----A-T-A-T-G-C-CTCCTCTT--T-----TT-T-C-AAA----G-G-G------AACATAAAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aa-AATT---GCA--AAC-C-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-T-G-AAA----G-G-G------AGCATAAac
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -C-AAGT---GCA--AAA-C-A----A-C-A-T-G-T-TCCCTCTT--T-----TA-C-A-AAG----G-G-A------GACATAcaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-CCGAC--CA-AA--CG-A-C-AATC---ACAAGAAA-C-A----A-T-A-C-G---CCCTTCTT--T-----TT-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                AACACACTTG---TTAAGACCA-GCG-TTTACC-TTGTAT----CTTGCCAATG-TAAACTAAAAA-CCC---AACAGGATCACCTAC---TTCCTAAAA-G-AACTCCTTTAGTAG-CTATAGCTTGAGTTACT--TT-AAGT--AC----TTATCAA-AG-TCCAAAG-GGCAAAACAAA-AC---TTACG--ACCAAC-A----CA-CTGTCTACA-AC--CG-A-C-AGAT---GCA--AAA-C-A----G-T-ACT-G-TGCGCCTCTT--T-----TTCC-A-AAG----GAG-G------GACAT
gi|31                         :                                                                  acACGGTTTGA-C-CTTGC---CTTTGGCCAT-G-TAACCTGAAAACCca
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AAA-C-A----A-T-A-T-A-C-CCCCTCTT--T-----TT-TAA-AAG----G-G-A------GACATAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA--TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--GC-----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA--TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--GC-----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA--TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--GC-----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|7                          : AGCAAAACCTGTGG-TAGAAAAGAAACAAGT-CAACAAATCTTTAGTGGTTTGACGAGCTTGGGAAAAAGGTTTGAGC-TTTGCAGGCTTTGGCTATGG-TGACATGAAAA-----------ATC-AT-TG---TCC-AGGGGG-CAA--CCCATAGCTGTA--Caa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTGACCTTGAT--CTTAAAA---CCAAATACGGGTTCATCT-------CCTAAGT-AGAACCACT---GTAAACCA-AGTTTAA--TATCTGTCAAAGCAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cgG----AC-AA-CA---T---GCTGTCTAC-AACTTGA-CAGAC--CA-GA--CA-A-C-AGAT---GTA--AAAACAA----A-A-A-T-G---TCCCTCTT--C-----TT-C-G-AAG----G-C-G------GGAATAAAgtgtatatttccataaaatattaagag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): CTTAGCGTACACACGTGGCTACAGCAGACCGACAGCAAACCAA






Alignments
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Reference ( family-1628 )     : AGCAAAGNCTNTGGACAGAAAAGNAACAGGTACGACAAATCTTTGGCGGTTTGACG---TTGGG-AAACGGTTTGA-CTTTG-C---CTTTGGCCAT-GTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CCGTA--CAAAGTTTNGTTGTTACCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTGAGCAGACCGAACACACTTGGGGTTAAGACCAGCGGTCTGCCCTTGTATACCTTTGACCTTG-TGACTTAAAAA-CCC---TACGGGNTCATCCACCACTCCCTAAGGTGCAACCACT---GTA--CCA-AGTTCGA-TANCTGTC-AAGCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG-GG----AC-AA-AC---T---G--GTCTAC-A----GA-CCGAC--CG-AC--CG-A-C-AG---TTGCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-A-C-AG---TTGCA--AAA-T-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-G-GTG----G-G-G------GA-ATAAaaatatg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AAtaattt
gi|2                          :                                              GCGGTTTGAC----TTGAG-AAAC--TTTAA-----A-C---CTATGACTAC--TAAC---AAAATTAAACTAGGGATTTAGCTAACTTCCTA-AGGAGCAAAACCC----ACGAAGCCAAAGTTTTATTGTTATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGATCGAACAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     accatT--T-----TT-C-ACAAG----G-G-G------GGCATAAAgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|20                         :                                                              accatgcggtttgacttgagaaactttaaacctatgactactaacaaaattaaactagggatttagctaacttcctaaggagcaaaacccacgaagccaaagttttattgttatcagccagttgcagaaagatagttgaatgggcacaagacataatctaagcagatcgaacacgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcGGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G-AC--CG-AAC-AG---GTGCACAAGA-C-A----A-T-A-TCG-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-C-CAA----G-G-G------GGCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-C-AG---TTGCA--AAG-C-A----A-T-T-T-G-C-CCCCACTT--C-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-C-AG---TTGCA--AAA-C-AGTATA-T-A-T-G-C-CTAGTCTT--T-----TT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAaaaac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CCGAC--CG-AC--C--A-C-AG-----GCA--AAA-A-C----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAA----A-G-G------GGa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G-AC--CA-A-C-AG---TTGCA--AAA-C-A----G-C-A-T-G-C-CCCCTC----------TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AG---TTGCA--AA--C-A----A-T-A-T-G-C-CTCCTCTT--T-----TT-T-C-AAA----G-G-G------AACATAAAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aa-AA---TTGCA--AAC-C-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-T-G-AAA----G-G-G------AGCATAAac
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCA--AAA-C-A----A-C-A-T-G-T-TCCCTCTT--T-----TA-C-A-AAG----G-G-A------GACATAcaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     caagA-CCGAC--CA-AA--CG-A-C-AA---TCACAAGAAA-C-A----A-T-A-C-G---CCCTTCTT--T-----TT-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                            AACACACTTG---TTAAGACCAGCG-TTTACC-TTGTAT---CTTGCCAATG-TAAACTAAAAA-CCC---AACAGGATCAC---CTACTTCCTAAAA-G-AACTCCTTTAGTAG-CTATAGCTTGAGTTACT-TT-AAGT--AC----TTATCAA-AG-TCCAAAG-GGCAAAACAAA-AC---TTACG--ACCAAC-A----CA-CTGTCTACA-AC--CG-A-C-AG---ATGCA--AAA-C-A----G-T-ACT-G-TGCGCCTCTT--T-----TTCC-A-AAG----GAG-G------GACAT
gi|31                         :                                                                  acACGGTTTGA-CCTTG-C---CTTTGGCCAT-GTAACCTGAAAACCca
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --AAA-C-A----A-T-A-T-A-C-CCCCTCTT--T-----TT-TAA-AAG----G-G-A------GACATAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--G---C--CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--G---C--CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1628 )     : AGCAAAGNCTNTGGACAGAAAAGNAACAGGTACGACAAATCTTTGGCGGTTTGACG---TTGGG-AAACGGTTTGA-CCTTG-C---CTTTGGCCAC-GTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CCGTA--CAAAGTTTNGTTGTTACCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTGAGCAGACCGAACACACTTGGGGTTAAGACCAGCGGTCTGCCCTTGTATACCTTTGACCTTG-TGACTTAAAAA-CCC---TACGGGNTCATCCACCACTCCCTAAGATGCAACCACT---GTA--CCA-AGTTCGA-TANCTGTC-AAGCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG-GG----AC-AA-AC---T---G--GTCTAC-A----GA-CCGAC--CG-AC--CG-A-C-AG---TTGCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|1                          : AGCAAAGATTTTGAACAAAAAAATAACAGATATGACAAATCTTTGGTGGTTTGACG---TTGGC-AAACGGTTTGA-CCTTGAC---CTTTGGCCAG-GTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CTGTA--CAAAATTTGGTTGTTACCAA------GCA--AAG----------GGGT-CAAAATATA--CTGAGCAGAC--AACACA--TGGGGTTAAGACCAGCAGTCTGTCCTTG---ACCTTTGACCTTA-TGACTTAAAAATCCC---TA-GGGATCATC-A--ACTCTCTAAGG-GCAACCCCT---GTA--CCA-AGTTTGG-TAGCTATC-AAGCAAA--GGG--GTCAAAAGATATTGAGAGG----AC-AACACATAT---G--GTCTAC-A----GA-CTGAC--CA-AC--CA-A-C-AG---CTGCA--AAA-T-G----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------AGCATAAA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gt---T---G--GTGTGCCA----GAACCGAA--C--AC--TG-A-C-AG---T-GCA--AAA-T-A------T-A---G-C-CCTCG-TT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ----GA-CCGAC--CATACGACG-A-C-AGGTTTTGCA--AAA-C-A----AGT-A-T-G-C-CCCCTCTTATT-----TT-C-A-AAG----G-A-G------GGaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TAT-A----CA-CCGAC--CG-AC--CA-A-C-AG---TTGCA--AAA-C-A----G-CGA-T-T-C-CCCCTC----------TT-C-A-AA-------G-G------GGCATAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AC--CA-A-C-CG---TTGCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-CCCCCCCC--CCTAA-TT-C-A-AAGGGGAG-G-G------GACATAAAa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --CG-AC--CGGA-CGAG---GTGCA--AAA-C-A------T-A-T-GGC-CCCCTCTT--T-----AT-T-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-C-AG---TGCCA--AAA-CCA----A-T-A-T-G-C-CCCCTC-T--T-----TT-C-A-AAG----G-GAG------GGCATAAAaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-A-C-AG---TTGCA--AAA-T-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-G-GTG----G-G-G------GA-ATAAaaatatg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AAtaattt
gi|2                          :                                              GCGGTTTGAC----TTGAG-AAAC--TTTAA-----A-C---CTATGACTAC--TAAC---AAAATTAAACTAGGGATTTAGCTAACTTCCTA-AGGAGCAAAACCC----ACGAAGCCAAAGTTTTATTGTTATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGATCGAACAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     accatT--T-----TT-C-ACAAG----G-G-G------GGCATAAAgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|20                         :                                                              accatgcggtttgacttgagaaactttaaacctatgactactaacaaaattaaactagggatttagctaacttcctaaggagcaaaacccacgaagccaaagttttattgttatcagccagttgcagaaagatagttgaatgggcacaagacataatctaagcagatcgaacacgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcGGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G-AC--CG-AAC-AG---GTGCACAAGA-C-A----A-T-A-TCG-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-C-CAA----G-G-G------GGCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-C-AG---TTGCA--AAG-C-A----A-T-T-T-G-C-CCCCACTT--C-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-C-AG---TTGCA--AAA-C-AGTATA-T-A-T-G-C-CTAGTCTT--T-----TT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAaaaac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CCGAC--CG-AC--C--A-C-AG-----GCA--AAA-A-C----A-T-A-T-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-C-A-AAA----A-G-G------GGa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G-AC--CA-A-C-AG---TTGCA--AAA-C-A----G-C-A-T-G-C-CCCCTC----------TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AG---TTGCA--AA--C-A----A-T-A-T-G-C-CTCCTCTT--T-----TT-T-C-AAA----G-G-G------AACATAAAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aa-AA---TTGCA--AAC-C-A----A-T-A-A-G-C-CCCCTCTT--T-----TT-T-G-AAA----G-G-G------AGCATAAac
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCA--AAA-C-A----A-C-A-T-G-T-TCCCTCTT--T-----TA-C-A-AAG----G-G-A------GACATAcaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     caagA-CCGAC--CA-AA--CG-A-C-AA---TCACAAGAAA-C-A----A-T-A-C-G---CCCTTCTT--T-----TT-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                            AACACACTTG---TTAAGACCAGCG-TTTACC-TTGTAT---CTTGCCAATG-TAAACTAAAAA-CCC---AACAGGATCAC---CTACTTCCTAAAA-G-AACTCCTTTAGTAG-CTATAGCTTGAGTTACT-TT-AAGT--AC----TTATCAA-AG-TCCAAAG-GGCAAAACAAA-AC---TTACG--ACCAAC-A----CA-CTGTCTACA-AC--CG-A-C-AG---ATGCA--AAA-C-A----G-T-ACT-G-TGCGCCTCTT--T-----TTCC-A-AAG----GAG-G------GACAT
gi|31                         :                                                                  acACGGTTTGA-CCTTG-C---CTTTGGCCAT-GTAACCTGAAAACCca
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --AAA-C-A----A-T-A-T-A-C-CCCCTCTT--T-----TT-TAA-AAG----G-G-A------GACATAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--G---C--CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--G---C--CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG----------------------G--GTCTAC-A----GA-CCAAC--CA-AC--AG-A-C--G---C--CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|7                          : AGCAAAACCTGTGG-TAGAAAAGAAACAAGT-CAACAAATCTTTAGTGGTTTGACGAGCTTGGGAAAAAGGTTTGAGCTTTG-CAGGCTTTGGCTATGGTGACATGAAAA-----------ATC-AT-TG---TCC-AGGGGG-CAA--CCCATAGCTGTA--Caa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTGACCTTGAT--CTTAAAA---CCAAATACGGGTTCATCT-------CCTAAG-TAGAACCACT---GTAAACCA-AGTTTAA-TATCTGTCAAAGCAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgG----AC-AA-CA---T---GCTGTCTAC-AACTTGA-CAGAC--CA-GA--CA-A-C-AG---ATGTA--AAAACAA----A-A-A-T-G---TCCCTCTT--C-----TT-C-G-AAG----G-C-G------GGAATAAAgtgtatatttccataaaatattaagag


blockSeqs                     :        C  G   .        A       .                       GAGC     A    G      GCTTTGCAGG          TGG    C      TTAAAC        T  C  ACT   TA     G   AA   ATAG     GC        T           CCAGTT   GA   ATAGTTGAAT    A         AT          CG      CT  .              .      .   TAT             TA         A    AAA  C   G     CA       C     G C A    TTTA   AACC T    C  G  A     A A      T          G  .       GGCAAAACAAAACTTAC      CT      C ACTT  A     TA AT  GA  G A G  GTTTT   CA   A C GTAT G G C C GC       T AT AGAGA  C A C  GGGGA A A ACAAAT
blockSeqs                     :                                                        .        .    G      CCTTGC              TG     A      .             .  .  .     AG     .   .    .        .                                                                                                                             AT         .    .    C   G     CA       T     G C A    T      GCT  .    C  .  A     . A      T          G  .       GGGATAAGACA            .       . .     .     .  G   .   . . .  GT      AG   . A .    . . . . TG       T .  AGAGA  . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                      .      AC                  C      .                                                                                                                                                                                                                A     CA       T     T T A    T      CC   .    T  .  A     . A      T          G  .       .                      .       . .     .     .  G   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  AGAGA  . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T     T        T     T T A    A      CC   .    T  .  T     . A      .          .  .       .                      .       . .     .     .  G   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        C .  CTAA   . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T     T        C     T T .    A      C    .    T  .  T     . .                    .       .                      .       . .     .     .  G   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T     T        .     T G .    A      C    .    T  .  T     . .                                                   .       . .     .     .  G   .   . . .  GT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T     .        .     . . .    T      C    .    T  .  T     . .                                                   .       . .     .     .  G   .   . . .  TG      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .       . .     .     .  A   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  A     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  . .     .     .  A   .   . . .  GT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .     .     .  A   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  A     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .     .  A   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .     .  A   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  A     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .  A   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  A     . . .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .   .   . . .  TT      .    . . .    . . . . C        T .  .      . . .  G     . . .     
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   . . .  AT      .    . . .    . . . . T        T .  .      . . .  G     . . .     
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lowQualScore                  :        .  .   .        .       .              .        ....     .    .      ...........         ...    .      ......        .  .  ...   ...    .   ..   .... .   ..        .           ......  ..    ..........    .         ..          ..      ..  ...            .      .   ......          ...        ..   ...  .   .    ...  .    .     . . .    ....   .... .    .  .  .     . .      .   .      .  .       ..........................      ....  .     .......... ...  .. .. . ..  .......   ..   . . .... . . . . ... .......     ...................  . . .  ..... . . ......        
lowQualScore                  :        0  0   5        0       5              7        0000     3    5      22222222222         888    8      666666        3  7  333   777    3   33   3333 7   33        0           000000  00    5555555555    5         55          55      00  000            0      0   000000          333        77   333  7   0    000  5    5     2 4 4    5555   6666 0    0  0  0     0 4      6   8      2  0       22222222222222222222222222      1111  9     7777777777 555  11 11 8 00  2222222   22   5 1 0000 5 5 5 5 000 0000000     9999999999999999999  6 7 7  77777 7 7 888888        
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Reference ( family-1628 )     : AGCAAAGNCTNTGGACAGAAAAGNAACAGGTACGACAAATCTTTGGCGGTTTGACG---TTGGG-AAACGGTTTGA-CCTTG-C---CTTTGGCCAC-GTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CCGTA--CAAAGTTTNGTTGTTACCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTGAGCAGACCGAACACACTTGGGGTTAAGACCAGCGGTCTGCCCTTGTATACCTTTGACCTTG-TGACTTAAAAA-CCC---TACGGGNTCATCCACCACTCCCTAAGATGCAACCACT---GTA--CCA-AGTTCGA-TANCTGTC-AAGCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG--------------GG----------TCTACA----GA-CCGAC----------C-G-AC--CG-A-C--AG---TT--GCA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|1                          : AGCAAAGATTTTGAACAAAAAAATAACAGATATGACAAATCTTTGGTGGTTTGACG---TTGGC-AAACGGTTTGA-CCTTGAC---CTTTGGCCAG-GTGACCTGAAAATCAA--TAGGGATC-ATCTA--CTCC-A-AGGA-CAA--CCC----CTGTA--CAAAATTTGGTTGTTACCAA------GC--AAAG----------GGGT-CAAAATATA--CTGAGCAGAC--AACACA--TGGGGTTAAGACCAGCAGTCTGTCCTTG---ACCTTTGACCTTA-TGACTTAAAAATCCC---TA-GGGATCAT-CA--ACTCTCTAAGG-GCAACCCCT---GTA--CCA-AGTTTGG-TAGCTATC-AAGCAAA--GGG--GTCAAAAGATATTGAGAGGACAACACATATGG----------TCTACA----GA-CTGAC----------C-A-AC--CA-A-C--AG---CT--GCA--AAA-T-G----A-T-A-T-G-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-C-A-AAG----G-G-G------AGCATAAA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G-A-C--AG---TT--GCA--AAA-T-A----A-T-A-A-G-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-C-G-GTG----G-G-G------GA-ATAAaaatatg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AAtaattt
gi|2                          :                                              GCGGTTTGAC----TTGAG-AAAC--TTTAA-----A-C---CTATGACTAC--TAAC---AAAATTAAACTAGGGATTTAGCTAACTTCCTA-AGGAGCAAAACCC----ACGAAGCCAAAGTTTTATTGTTATCAGCCAGTTGCAGAAAGATAGTTGAATGGGCACAAGACATAATCTAAGCAGATCGAACAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           accatACA----GA-C-GAC----------CTG-AC--CA-A-CCCAG---TTATGCA--AA--C-ATTG-A-T-A-A-A-C-CACTAATCCCCTCGCTTTTTTTCT--T-----TT-C-ACAAG----G-G-G------GGCATAAAgaaccgacagacagacgacctgaccaacccagttatgcaaacattgataaaccactaatcccctcgctttttttcttttcacaaggggggcataaa
gi|20                         :                                                                                                                               accatgcggtttgacttgagaaactttaaacctatgactactaacaaaattaaactagggatttagctaacttcctaaggagcaaaacccacgaagccaaagttttattgttatcagccagttgcagaaagatagttgaatgggcacaagacataatctaagcagatcgaacacgaaccgacagGGGTCATCT-CCTCTCC---AGAGGCAACCACT---GCA--CCA-AGTTCAG-CAACTGTC-AA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G-AC--CG-AAC--AG---GT--GCACAAGA-C-A----A-T-A-TCG-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-C-C-CAA----G-G-G------GGCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -A-C--AG---TT--GCA--AAG-C-A----A-T-T-T-G-C-C-------CCCAC---------TT--C-----TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -A-C--AG---TT--GCA--AAA-C-AGTATA-T-A-T-G-C-C-------TAGTC---------TT--T-----TT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAaaaac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -CCGAC----------C-G-AC--C--A-C--AG-------GCA--AAA-A-C----A-T-A-T-G-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-C-A-AAA----A-G-G------GGa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G-AC--CA-A-C--AG---TT--GCA--AAA-C-A----G-C-A-T-G-C-C-------CCCTC-------------------TT-C-A-AAG----G-G-G------GGCATAAAa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AG---TT--GCA--AA--C-A----A-T-A-T-G-C-C-------TCCTC---------TT--T-----TT-T-C-AAA----G-G-G------AACATAAAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aa--AA---TT--GCA--AAC-C-A----A-T-A-A-G-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-T-G-AAA----G-G-G------AGCATAAac
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T--GCA--AAA-C-A----A-C-A-T-G-T-T-------CCCTC---------TT--T-----TA-C-A-AAG----G-G-A------GACATAcaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caagA-CCGAC----------C-A-AA--CG-A-C--AA---TC--ACAAGAAA-C-A----A-T-A-C-G---C-------CCTTC---------TT--T-----TT-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                            AACACACTTG---TTAAGACCAGCG-TTTACC-TTGTAT---CTTGCCAATG-TAAACTAAAAA-CCC---AACAGGATCAC---CTACTTCCTAAAA-G-AACTCCTTTAGTAG-CTATAGCTTGAGTTACT-TT-AAGT--AC----TTATCAA-AG-TCCAAAG--------------GGCAAAACAAAACTTAC-----GA-CCAACACACTGTCTAC-A-AC--CG-A-C--AG---AT--GCA--AAA-C-A----G-T-ACT-G-TGC-------GCCTC---------TT--T-----TTCC-A-AAG----GAG-G------GACAT
gi|31                         :                                                                  acACGGTTTGA-CCTTG-C---CTTTGGCCAT-GTAACCTGAAAACCca
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --AAA-C-A----A-T-A-T-A-C-C-------CCCTC---------TT--T-----TT-TAA-AAG----G-G-A------GACATAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG--------------GG----------TCTACA----GA-CCAAC----------C-A-AC--AG-A-C---G---C----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C----------------------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG--------------GG----------TCTACA----GA-CCAAC----------C-A-AC--AG-A-C---G---C----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C----------------------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGTTCATCCACCACTCCTTAAGATGTA--CAGA---GTA--C-A-AGTTTGA-TATTTGTC-A-GCAAACTAGGTTGTTAAGAG-TACTGAG--------------GG----------TCTACA----GA-CCAAC----------C-A-AC--AG-A-C---G---C----CA--AAA-C-A----A-T-A-T-G-C----------------------------AGAGATT-C-A-AA-----G-G-G------GGCATAAAa
gi|7                          : AGCAAAACCTGTGG-TAGAAAAGAAACAAGT-CAACAAATCTTTAGTGGTTTGACGAGCTTGGGAAAAAGGTTTGAGCTTTG-CAGGCTTTGGCTATGGTGACATGAAAA-----------ATC-AT-TG---TCC-AGGGGG-CAA--CCCATAGCTGTA--Caa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTGACCTTGAT--CTTAAAA---CCAAATACGGGTTCATCT-------CCTAAG-TAGAACCACT---GTAAACCA-AGTTTAA-TATCTGTCAAAGCAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cgG----------TCTACAACTTGA-CAGAC----------C-A-GA--CA-A-C--AG---AT--GTA--AAAACAA----A-A-A-T-G---T-------CCCTC---------TT--C-----TT-C-G-AAG----G-C-G------GGAATAAAgtgtatatttccataaaatattaagag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): CTTAGCGTACACACGTGGCTACAGCAGACCGACAGCAAACCAA