lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 2222222222 11111 11111111 22 11 111 1111111111111 222222222 22222 55555555555555555555555555555555555555555 11111111111 222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333 11111 111 11111111111111111111111111111111111 11 9999999999999999999999999 1111 1111 11 333333333 222222222222 33333333
lowQualScore : 6 66 4 77777 22222222 55 5555555555 44 5 444 2 3 33 88888 66666 11111111 444 444 5 66 00 2 00 99999999 2 111 22 0000000000000 2 8888888 666666666 55 2 33 2 11111 999999 66666 55 99999999999999999999999999999999999999999 2 444 00000000000 33 2 33 666 444444444444444444444444444444444444 2 5555 2 33 999 6666 44444444444444444444 33333 3 5 6 99 444 22222222222222222222222222222222222 6 5 33 1 2222222222222222222222222 0000 3 55 6 5555 00 3 44 44 0 333333333 999999999999 3 99999999 7777 6 3
lowQualScore : . .. . ..... ........ .. .......... .. . ... . . .. ..... ..... ........ ... ... . .. .. . .. ........ . ... .. ............. . ....... ......... .. . .. . ..... ...... ..... .. ......................................... . ... ........... .. . .. ... .................................... . .... . .. ... .... .................... ..... . . . .. ... ................................... . . .. . ......................... .... . .. . .... .. . .. .. . ......... ............ . ........ .... . .
lowQualScore : 7 11 0 00000 99999999 55 7777777777 66 3 777 5 1 22 66666 99999 66666666 444 444 0 99 99 5 99 11111111 5 222 77 2222222222222 5 1111111 999999999 99 5 44 5 22222 777777 22222 99 99999999999999999999999999999999999999999 4 111 44444444444 22 4 22 555 777777777777777777777777777777777777 7 7777 7 99 666 5555 99999999999999999999 99999 9 7 7 22 222 00000000000000000000000000000000000 0 7 66 9 1111111111111111111111111 4444 6 00 0 5555 00 3 66 66 1 222222222 222222222222 3 22222222 1111 7 3
consensus : CTTTAACAACTG--TATG-TA--C--CA---TG---TA--T---GTAT---TCT--TCT-GTC---AGACA-GNA--AAAT--C--TA-----CT-----C--A---T---AG-TAT--GTATC-TAA-AA-CA--------ATC-C-T-GAT-TCA-------A-TA-TA-T-------G---------CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TTTAAT--TT--GGCA---AC--ACC----T-GCA----TAA-CC--CAATC---AT----AT----ACA--TGT--------ACC----AGTATT-ACTA-A--GGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGG-------ACATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CCTA---A----TTTTTTTN-----------CCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
Reference ( gi|3 ) : CTTTAACAAGTG--TATG-TA--C--CA---TG---TA--T---GTAT---TCT--TCT-GTC---AGACA-GAA--AAAT--C--TA-----CT-----T--A---T---AG-TAT--GTAT--TAA-AG-CA--------ATC-C-T-GAT-TCA-------A-CA-CA-T-------G---------CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TTGAAT--CT--GGCA---AC--ACC----T-GCA----TAA-CC--CAATC---AT----AT----GCA--TGT--------ACC----AGTATT-ACTA-A--GGGTGT-CCATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCACTTC--------ACATGTTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCCA-T--CG--ACC-CT--A--CCT----A----TTTTTTTT-----------CCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|2 : CTTTAACAACTGAGTTTG-GT--C--CA---TA---TT--TAAAGTATCT-TCT--TCT-CTC---AGACC-ACA--AAAT--CC-TA-----CTAATACT--G---T---AG-TAT--GTATCTTAA-AA-CA--------ATC-G-T-GAT--CA-------A-TA-TA-T-------G---------CT--GCA-A--TC-T-A-----AAA------ATA-----A--ACCAAAG-C--AGA--CTAAT----A-----CCAGATAGACATTTTTT-TTT---TTT-----T-----C--TA-C--A---GT-------TTTAAT--CT--GGCA---AC--ATC----TGGTA----TAA-ACAACAATT---AT----AT----ACA--TGT--------ACC-----GTATT-
gi|13 : TAACAACTG--TATG-TA--C--CA---TGCAGTA--T---GTATC--TCT--TCT-GTC---AGAGA-GAA--AAAT--C--TA-----CT-----C--A---T---AG-TAT--GTACC-TAA-AA-CA--------ACT-C-T-GAT-TCA-------A-TA-TA-T-------G---------CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTGAA----A-----CT--------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----G-TTGAAT--TT--GGCA---AC--ACC----T-GTA----TAA-Ccggcatgctcaaacaaaattaaaaaaaatgatcagaaaacctaccaacctaacttaatttctttgcctgctgaaccaagagcaaaacatttttttttaggcct
gi|5 : gTAACAACTG--TATG-TA--C--CAGTATG---TACAT---GTAT---CCT--TC--GTC---AGACA-GAA--AAAT--C--TA-----CT-----C--A---T---AG-TAG--ACCT--AAA-AC-CA--------ATC-C-T-GAT-TCA-------A-TA-TA-T-------G---------CCTGGCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----TACACCAAAG-CCAGG---CTAAA----AAAC--T---------------T-CTT---TTT-----AAGAATA--AG-A--A---GCAATGTA-TTCAAT--CTC-GACA---AA--CCC----T-GCA----T-A-CT--CAATCGG-AT----AT----aaaggcctaccgaccctacttaatttttttgcctgcgaaaccagaaccaaac
gi|12 : TAACAACTG--TAT--TA--C--CA----G---TA--T---GTATC--TCT--TCT-GTC----GACA-GAA--AA-T--C--TA-----CT-----C--A---T---AGCTAT--GTACC-TAA-AA-CA--------ATC-C-T-GAT-TCA-------A-TA-TA-T-------G---------TC--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AA-------------------------------------TT---T----------------------------A----A-T----T--TT--GGCA---A---ACC----T-GCA----TAA-CT--CAATC---AT----AT----aattaaaaaagcctaaccgccaccctctaaatttttttttgcctgcgcaaacaagaacaaacaatttttttgtagcgccc
gi|8 : GTA--TATG-TAA-C--CA----G---TA--TAA-GTATATCTCT--TCTTGTC---AGACA-GAA--AAAT--C--TA-----CT-----TCAA---T---AG-TATAGGTAC--TAA-AA-CA--------ATC-CCT-GAT-TCA-------A-TAGTA-T-------G---------CT--GCA-A--TCGTCA-----AAAT-----ATA-----T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-TCT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TTTAAT--TT--GGCA---AC--ACC----T-GCA----TAA-TT--CAATC---AT----AT----taaaaaaggccctaccgaccctacttagattttttttgctgccgaaaccatgcagataccaaacattgtttttaggccc
gi|10 : aaactGTA--TATGCTAAGC--CA----G---TA--T---GTAT---TCTCTTCTTGTC---AGACA-GAA--AAATT-C--TA-----CT-----TC-A---T---AG-TATAGGTACC-TAACAA-CA--------ATC-C-T-GATATCA-------A-TAGTA-T-------G---------CTT-GCA-A--T--TCA-----AAA-------TA-----TT-ACCAAA--C--AG---CTAAA----AC----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--AG--GCA----A-TTTAAT--TTTGGGC----AC--ACC----T-GCA----TAATTT--CAATC---AT----AT----ataaaaaacgcctactccgaccctactaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|4 : G--TATG-TA--CATCA---TG---TA--T------C---TCT--TCT-GTC---AGACA-GCA--AAAT--C--TA-----TA-----T--A---T---AT-TAT--ATAC--TTA-TA-CA--------ATC-C-A-GAT-TCA-------A-TA-TA-T-------G---------CT--GC--A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCGA-------------AAA----T-----G---------------T-CTT---TTTTA---A-----A--AA-A--A---TCA----T-TTTGAT--CT--GGCA---AC--ACTTGCAT-GCA----TAA-CC--CAATC---------------------GT--------ACC----AGAATA-ACTA-A--GGGTGT-CAAT---------TCC-----------TTTCG-------ACATGCTCAAAAACA-AAAGTTTAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CCT----AG---TTTTTTTG-----------CCTG-CA----A--AAC----CAG-A-ACCAAAaaaaaaagcctaccgaccctacttaaaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|4 : ctttaacaactgagtttgtcctgtgtaccaG--TATA-TA--A--TA---TA---TA--T---AGAT---TTT--GCT-GTC---TGACA-GAA--GAcaatttttta
gi|6 : ctttaacaactgagtttgtcctgtgtaccagtatgtacatcatgtatc--TGTG-TA--CAGTA---TG---TA--C---ATGT---TCT--TCT-GTCGTCAGACATGAA--AAAT--C--TA-----CT-----C--A---T---AG-TA---GACT--CAA-AA-CA--------ATC-C-T-GAT-TCA-------A-TAGTACT-------GC--------CT--GCATATCTC-TCA-----GAAGGTTATATA-----T--ACCAAAGCC--AG---CTAAA----AAAACTC---------------T-CTTTTGTTC-----A-----A--AA-AATA---GCA----ATTTTAAT--T----GCA---ACA-ACC----T-GC------AA-CT--CAATC---AT----AT-----CA--Tttatacaatccagattcaatatatgctgcatctcaaaaatataccgaaaatgtcttttttaaaaaaatcattttgatctggcaacacttgcatgcataacccaatcgtaccagaataactaagggtgtcaattcctttcgacatgctcaaaaacaaaagtttaaaaaaaaaaaaagcctaccgaccctacctagtttttttgcctgcaaaaccagaaccaaacaatttttta
gi|1 : aacATG-TAG-C--CA---TG---TA--T------C---TCT--TCT-GTC---AGACA-GTA--AAAT--G--TA-----CT-----C--A---C---AG-TAT--GTAT--TTA-AA-CACCCTGAACATCTC-T-GAT--CA-------A-TA-TT-A-------G---------CT--GAC-A--TC-TCC-----AAA------CT------C--ATCAA-G-C--AT---TTAAACTTCA-----T---------------T-CTC---TT---------------AA-A--A---GCC----A-TCTTATTTCT--GGCACGAAC--CCC----T-GCA----TCA-AC--CAATCCAAAT----AT----ACA--TGTAACCTGTAACC----AGCATTAACTATA--GGGTGT-CAATAC-----------------GTCATTCG--------ACATGCTCCAAAACACAAAG-TTAAAAAAC------T-ATTT---------TTTTTTATTTTAAAA-G--CCTA-G--TG--ACC-CT--AAGCCT----T----TTTTTTTTTTTTTTGTTTGCTTG-C-----G--AAC----TAG-A-ACaaaaaagagcctaccggtaccgctacaaatttttttttatgcctgcgaaacagaaccaaacaattttttttaaaggccc
gi|16 : --TCT-GTC---AGACA-GCA--AAAT--T--TATATATCT-----C--A---T---CG-TAT--GTATC-TAA-AT-CA--------ATC-C-CAGAT-TCA-------A-TA-CA-T-------G---------TT--ATA-A--TC-TGATCCTCAAC------ATA-----T--AGGATGT-T--AC---CAAAA----A-----CCT-------------T-CTT---TTT-----A-----A--AATA--A---GCaacaagtttctaagg
gi|17 : --TCT-GTC---AGACA-GCA--AAATTAT--TA-----CT-----C--A---T---CG-TAT--GTCTC-TAA-AT-TA--------AAT-C-A-GAT-TCA-------A-TA-CA-TGTATATAG---------CT--GCA-A--TC-TCA-----ACA------TTATCGATT--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----ACTAG-A--A---CCA----A-tgcaaacctaagaccaaacaattgtttttt
gi|9 : CT-GTC---AGACA-GCA--AAAT--C--TATATA-CT-----C--A---T---AG-TAT--GTATC-TAA-AT-AA--------ATC-C-A-GAT-TCA-------A-TA-CA-T-------GTATATG---CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----A--AC-A--A---GCA----G-T---AT------------------------T-ACA----TAA-CC--AAATC---AT----ATAGATGTACTTGT--------ACC----AGTATT-ACTA-A--AGGTGT-CGATCCTTTTA--TCCAAAACAAATCATTCG--------ACATGCTCAAAAACA-AAAG-TAAAAAAAA------acatatttttta
gi|7 : CT-GTC----GACA-TAAGCAAAT--CAATA-----TC-----T--A---TCATAG-TAT--GTAC--TTA-AT-CA--------ATT-C----AT-TCA-------ATCG-AA-T-------GTATGTATGGCT--GC------T-TCATTC--AAA------TTA-----T--A---AAG-A--AATTTCCAAA----C-----T---------------T-CTT---TTTTCAAAA-----A--AA-A--ACCCGTATT--A-TTGTA-------GGTA----CTTAAT----T-GTAATAGTAA-CT--TAATA---A-----------------------------C----AG-ATT-ACTA-A--AGGTGTTCCATACTTTTAATTTCAAAACAAGTC--TTCGATAAGAAACATGCTCAAAAACA-AAA---TAAAAAAAACTGCGC-AATT---------TTTTTAA----aaaaaaacagacaatttttttag
gi|11 : cT-GTC---AGACA-GCG--AAAT--C--TATATA-CT-----C--A---T---AG-TAT--GTATC-TTA-AT-AA--------ATC-C-A-CAT-TCA-------A-TA-CA-T-------GTATATG---CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAA-C----------------------T---------------T-TTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A----AAT--TT--------------------T-GCA----TAA-CC--AAATC---ATATAGAT----GTACTTGT--------ACCAACTAGTATT-GCTA-A--GGGTGT-CGATACT---------------AGTCATTCG--------ACAGGCTCAAAAAAA-AAA----AAAAAAggcc
gi|15 : ACA-GCA--AAAT--C--TA-----TA-----T--ACCAT---AG-TAT--GTAT--CTA-CA-TA--------ATC-C-A-GAT-TCATACATGTA-CA-TA-T-------G---------CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-------------------A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TT-----------------------T----T-GCA----TAA-CC--CAATC---AT----AT----AAA--TGT--------ACT----TGTACC-AGTA-AATGAGTATAACATGTTTTTgaacctgcgaaagcagaaccacacgatttttt
gi|14 : A--AAAT------A-----CT-----T------T---AGATAT--ATGT--AAA-AGTCG--------ATC-T----AT----------------CA-T-------G---------CT--GCG-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------TTCAT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TTTAAT--TT--GGCA---AC-----------------------T--CAATC---AT----AT----
gi|21 : ---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A---GCA----A-TTTAAT--TT--GGCA---AC--ACC----T-GCA----TAA-CT--CAATaaaaaaggcctaccgaccctacttaattttttttgcctgccaaaccagaaccaaacaattttttttaggcc
gi|2 : ctCATGCTCAAA--CA-AAAT-TAAAAAAAA------TGATC----------------A----GAAA-A--CCTA-C--CA--ACC-TA--A--CTTA---A----TTTCTTTG-----------CCTG-CT----G--AAC----CAA-G-AGCAAA
gi|18 : ctttaacaactgagtttggtccatatttaaagtatcttcttctctcagaccacaaaatcctactaatactgtagtatgtatcttaaaacaatcgtgatcaatatatgctgcaatctaaaaataaaccaaagcagactaataccagatagacatttttttttttttctacagttttaatctggcaacatctggtataaacaacaattatatacatgtaccgtattcggATGCTCAAAAACA-ATAG-TTAAAAAAA------A-ATATAAAAAAAAA----TAG----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CCTA---A----TTTTTTGG-----------CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAacatttttttttaggcct
gi|5 : TTAA----AAAA-G--CCTAAC--CGCCACC-CT------CT----AAATTTTTTTTTG-----------CCTG-C-----GCAAAC----AAG-A-ACAAAcaattttttttaggcctaa
gi|12 : taacaactgtatgtaccagtatgtacatgtatccttcgtcagacagaaaaatctactcatagtagacctaaaaccaatcctgattcaatatatgcctggcaatctcaaaaatatacaccaaagccaggctaaaaaacttctttttaagaataagaagcaatgtattcaatctcgacaaaccctgcatactcaatcggatataaTTAA----AAAA-GGCCCTA-C--CG--ACC-CT--A--CTTAG--A----TTTTTTTT-----------GCTG-CCG---A--AACCATGCAG-ATACCAAAcaatttttttgtagcgccc
gi|13 : taacaactgtattaccagtatgtatctcttctgtcgacagaaaatctactcatagctatgtacctaaaacaatcctgattcaatatatgtcgcaatctcaaaaatataccaaagcaatttaattttggcaaacctgcataactcaatcataTAAC---AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CTTA---A----TTTTTTTG-----------CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAcattgtttttaggccc
gi|8 : gtaacaactgtatgtaccatgcagtatgtatctcttctgtcagagagaaaaatctactcatagtatgtacctaaaacaactctgattcaatatatgctgcaatctcaaaaatataccaaagcagctgaaacttctttttaaaaaagcagttgaatttggcaacacctgtaTAA----AAAACG--CCTA-CTCCG--ACC-CT--A---CTAA--A----ATTTTTTT-----------GCTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAc
gi|10 : aaactgtatatgtaaccagtataagtatatctcttcttgtcagacagaaaaatctacttcaatagtataggtactaaaacaatccctgattcaatagtatgctgcaatcgtcaaaatatataccaaacagctaaaacttcttttaaaaaagcaatttaatttggcaacacctgcataattcaatcatataAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CTTAAAAA----ATTTTTTT-----------GCTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAc
gi|6 : gtatatgctaagccagtatgtattctcttcttgtcagacagaaaaattctacttcatagtataggtacctaacaacaatcctgatatcaatagtatgcttgcaattcaaaatattaccaaacagctaaaacctctttttaaaaaaggcaatttaattttgggcacacctgcataatttcaatcatataAA----AAGA-G--CCTA-C--CGGTACCGCT--A--CAA----A----TTTTTTTTTATG-------CCTG-C-----G--AAA----CAG-A-ACCAAAc
gi|14 : aactgtgtacagtatgtacatgttcttctgtcgtcagacatgaaaaatctactcatagtagactcaaaacaatcctgattcaatagtactgcctgcatatctctcagaaggttatatataccaaagccagctaaaaaaactctcttttgttcaaaaaatagcaattttaattgcaacaacctgcaactcaatcatatcataaAA----AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CT--A--CTTA---A----TTTTTTTTG----------CCTGCC-----A--AAC----CAG-A-ACCAAAcaattttttttaaaggccc
gi|22 : aaaatactttagatatatgtaaaagtcgatctatcatgctgcgatctcaaaaatataccaaagcagctaaaacttcattttaaaaaagcaatttaatttggcaactcaatcatataCC-CTCCA--CTA----A----TTTTTTTG-----------CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAcaattttttttaggcc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCTTTAACAACTGCATCGTGAGTTGTCCTGTATACATGTACATGTATCTCTTCTCTGCAGAC
Unaligned ( gi|20 ): GCTTTAACAACTGCATCATGAGTTTGACCTGTGTGTACATGTATCCCTTCTGTCAGA
Unaligned ( gi|23 ): GCCTGAGAAACCAGAACCAAATATTTTTTTAGGCC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 11111111 2222222222222222 22222 111111 55555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444 444444444444444444444444444444444 11 7777777777777777777777777 1111111111 33333333
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 5 444 666 3 55555 2 55 55555 444 2 33 55555 2 66 4 2 00000000 44 888 2 7777777 1111111111111111 2 2 7777777 4 55 2 33 2 00000 111111 55555 33 33333333333333333333333333333333333333333 2 333 99999999999 33 2 33 2 5555 2 2 2 2 88888 99999999999999 2 2 66 888 1 5 55555555555555555 0 2 5 5 6 3 3 999999999999999999999999999999999 5 00 0 9999999999999999999999999 8888 3 44 3 44 88 2 33 8888888888888 2222222222 77777 3 55555555 6666 6 3
lowQualScore : ............................................................ .. . ... ... . ..... . .. ..... ... . .. ..... . .. . . ........ .. ... . ....... ................ . . ....... . .. . .. . ..... ...... ..... .. ......................................... . ... ........... .. . .. . .... . . . . ..... .............. . . .. ... . . ................. . . . . . . . ................................. . .. . ......................... .... . .. . .. .. . .. ............. .......... ..... . ........ .... . .
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 0 444 999 4 99999 4 66 99999 111 4 22 99999 4 55 1 4 99999999 88 555 4 6666666 9999999999999999 4 4 6666666 7 66 4 22 4 00000 555555 99999 22 77777777777777777777777777777777777777777 2 999 33333333333 11 2 11 2 0000 4 5 5 5 99999 44444444444444 5 5 33 999 6 0 44444444444444444 4 2 0 7 7 7 2 444444444444444444444444444444444 0 66 5 8888888888888888888888888 9999 1 22 1 22 55 9 99 4444444444444 5555555555 55555 1 44444444 5555 2 1
consensus : CTTTAACAACTG---------TAT-----G-T---A--CC---A---TG---T-----A--T---GTATC--TCT--TCT-GTC---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCA-TTC-G------ACATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTTG----CCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
Reference ( family-1625 ) : CTTTAACAACTG---------TAT-----G-T---A--CC---A---TG---T-----A--T---GTAT---TCT--TCT-GTC---AGACA---GNAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCA-TTCGG------ACATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTTN----CCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|1 : AT-----G-T---AG-CC---A---TG---T-----A--T------C---TCT--TCT-GTC---AGACA---GTAAA-----AT-G--TA-----C---T-C--ACA-----G-TAT--GTATT-TAAACACCCTGAA-CATCTC-T-GA--TCA-------AT---------A------T-T-A-------G-CT--GAC-A--TC-TCC-----AAA------CT------C--ATC-AAG-C--AT---TTAAACTTCA-----T---------------T-CTC---TT---------------AA-A--A-GCC----A-T-CTTA-T-TTCT--GGCACGAAC-CCC----T-GCATCA-AC--CAATCCAAATATACATG-TAACCTGTA--A------CCAGCATTAACTATAGGGTGT-CAATAC-----------------GTCA-TTC-G------ACATGCTCCAAAACACAAAG-TTAAAAAAC------T-ATTT---------TTTTTTATTTTAAAA-G--CCT-AG--TG--ACC-CTAAGC-CT----T-T---TTTTTTTTTTTTTGTTTG----CTTG-C-----G--AAC----TAG-A-AC
gi|10 : TA---------TAT-----GCT---AAGCC---A----G---T-----A--T---GTAT---TCTCTTCTTGTC---AGACA---GAAAA-----ATTC--TA-----C---TTC--ATA-----G-TATAGGTACC-TAAC-------AA-CAATCC-T-GATATCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CTT-GCA-A--T--TCA-----AAAT-----AT------T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----AC----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--AGGCA----A-T-TTAA-T-T--TTGGGC----AC-ACC----T-GCATAATTT--CAATC---ATATAaacaagtttctaagg
gi|10 : gAA----AAAA-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-TTAAAAA-A---TTTT----------TTTG-----CTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaaagcctaccgaccctacttaaaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|11 : gtatatgctaagccagtatgtattctcttcttgtcagacagaaaaattctacttcatagtataggtacctaacaacaatcctgatatcaatagtatgcttgcaattcaaaatattaccaaacagctaaaacctctttttaaaaaaggcaatttaattttgggcacacctgcataatttcaatcatataT-GTC---AGACA---GCGAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TTA--------AT-AAATCC-A-CAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAA-C----------------------T---------------T-TTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-----AA-T-T--T-------------------T-GCATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-TACTTGTACCAA------CTAGTATT-GCTA-AGGGTGT-CGATACT---------------AGTCA-TTC-G------ACAGGCTCAAAAAAA-AAA----AAAAAAc
gi|12 : TAACAACTG---------TAT-------T---A--CC---A----G---T-----A--T---GTATC--TCT--TCT-GTC----GACA---G-AAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----GCTAT--GTACC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-TC--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACC----------------------------------------------------------------------A-A--A-GCA----A-T-TTAATT-T--T--GGC---AA--ACC----T-GCATAA-CT--CAATC---ATATgaacctgcgaaagcagaaccacacgatttttt
gi|12 : TTAA----AAAA-GGCCCT-AC--CG--ACC-CTA--C-TT----AGA---TTTT----------TTTT----GCTG-CCG---A--AACCATGCAG-ATACCAAAtaaaaaaggccctaccgaccctacttagattttttttgctgccgaaaccatgcagataccaaacattgtttttaggccc
gi|13 : taacaactgtattaccagtatgtatctcttctgtcgacagaaaatctactcatagctatgtacctaaaacaatcctgattcaatatatgtcgcaatctcaaaaatataccaaagcaatttaattttggcaaacctgcataactcaatcataTAACAACTG---------TAT-----G-T---A--CC---A---TGCAGT-----A--T---GTATC--TCT--TCT-GTC---AGAGA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTACC-TAA--------AA-CAACTC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTGAA----A-----CT--------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----G-T-TGAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GTATAA-Ccattgtttttaggccc
gi|13 : gTAAC---AAAG-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-TT----A-A---TTTT----------TTTG----CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAaaaggcctaccgaccctacttaatttttttgcctgcgaaaccagaaccaaac
gi|14 : gtaacaactgtatgtaccatgcagtatgtatctcttctgtcagagagaaaaatctactcatagtatgtacctaaaacaactctgattcaatatatgctgcaatctcaaaaatataccaaagcagctgaaacttctttttaaaaaagcagttgaatttggcaacacctgtaAAA-----AT-----A-----C---T-T---TA-----G--AT--ATATG-TAA--------AA---GTC----GAT-C----------T---------A------TCA-T-------G-CT--GCG-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------TTCAT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC------------------T--CAATC---ATATAc
gi|14 : AA----AAAG-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-TT----A-AT--TTTT----------TTTG----CCTGCC-----A--AAC----CAG-A-ACCAAAaaaaaggcctaccgaccctacttaattttttttgcctgccaaaccagaaccaaacaattttttttaggcc
gi|15 : aaaatactttagatatatgtaaaagtcgatctatcatgctgcgatctcaaaaatataccaaagcagctaaaacttcattttaaaaaagcaatttaatttggcaactcaatcatataACA---GCAAA-----AT-C--TA-----TATAC-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAC--------A--TAATCC-A-GAT-TCATACATGTAC---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-------------------A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TT----------------------------T-GCATAA-CC--CAATC---ATATAAATG-T----------A------CTTGTACC-AGTA-Acaattttttttaggcc
gi|16 : --TCT-GTC---AGACA---GCAAA-----AT-T--TATATATC---T-C--ATC-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-CAATCC-CAGAT-TCA-------AT---------A------C-A-T-------G-TT--ATA-A--TC-TGATCCTCAAC------ATA-----T--AGGATGT-T--AC---CAAAA----A-----CCT-------------T-CTT---TTT-----A-----A--AATA--A-GCatgagtataacatgttttt
gi|17 : --TCT-GTC---AGACA---GCAAA-----AT-TATTA-----C---T-C--ATC-----G-TAT--GTCTC-TAA--------AT-TAAATC-A-GAT-TCA-------AT---------A------C-A-TGTATATAG-CT--GCA-A--TC-TCA-----ACA------TTATCGATT--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----ACTAG-A--A-CCA----A-tgcaaacctaagaccaaacaattgtttttt
gi|18 : ATGCTCAAAAACA-ATAG-TTAAAAAAA------A-ATATAAAAAAAAAT----AG----AAAA-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTGG----CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAacatatttttta
gi|2 : CTTTAACAACTGAG-------TTT-----G-G---T--CC---A---TA---T-----T--TAAAGTATCT-TCT--TCT-CTC---AGACC---ACAAA-----AT-CC-TA-----C---T-A--ATACTGTAG-TAT--GTATCTTAA--------AA-CAATCG-T-GA--TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-T-A-----AAA------ATA-----A--ACCAAAG-C--AGA--CTAAT----A-----CCAGATAGACATTTTTT-TTT---TTT-----T-----C--TA-C--A-GT-------T-TTAA-T-C--T--GGC---AAC-ATC----TGGTATAA-ACAACAATT---ATATACATG-T----------A------CC-GTATT-caattttttttaggcctaa
gi|2 : A-TTCGG-------CATGCTCAAA--CA-AAAT-TAAAAAAAA------TGATC----------------A----GAAA-A--CCT-AC--CA--ACC-TAA--C-TT----A-A---TTTC----------TTTG----CCTG-CT----G--AAC----CAA-G-AGCAAAcggcatgctcaaacaaaattaaaaaaaatgatcagaaaacctaccaacctaacttaatttctttgcctgctgaaccaagagcaaaacatttttttttaggcct
gi|20 : ctttaacaactgagtttggtccatatttaaagtatcttcttctctcagaccacaaaatcctactaatactgtagtatgtatcttaaaacaatcgtgatcaatatatgctgcaatctaaaaataaaccaaagcagactaataccagatagacatttttttttttttctacagttttaatctggcaacatctggtataaacaacaattatatacatgtaccgtCTTTAACAACTG---------CATCATGAG-TTTGA--CCT--G---TG---TGTAC-A--T---GTATC--CCT--TCT-GTC---AGAacatttttttttaggcct
gi|21 : g---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CT--CAAT
gi|22 : ctCC-CTC--CACT----A-A---TTTT----------TTTG----CCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|3 : tacCTTTAACAAGTG---------TAT-----G-T---A--CC---A---TG---T-----A--T---GTAT---TCT--TCT-GTC---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-T--ATA-----G-TAT--GTAT--TAA--------AG-CAATCC-T-GAT-TCA-------AC---------A------C-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TGAA-T-C--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATGCATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CCATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCACTTC--------ACATGTTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCC-AT--CG--ACC-CTA--C-CT------A---TTTT----------TTTT----CCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAAtc
gi|4 : CTTTAACAACTGAGTTTGTCCTGT-----G-T---A--CCAGTA---TG---TACATCA--T---GTATC--TCT--TCT-GTC---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----T---A-T--ATA-----T-TAT--ATA-C-TTA--------TA-CAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GC--A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCGA-------------AAA----T-----G---------------T-CTT---TTTTA---A-----A--AA-A--A-TCA----T-T-TTGA-T-C--T--GGC---AAC-ACTTGCAT-GCATAA-CC--CAATC-----------G-T----------A------CCAGAATA-ACTA-AGGGTGT-CAAT---------TCC------------TTTCG------ACATGCTCAAAAACA-AAAGTTTAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-G--CCT-AC--CG--ACC-CTA--C-CT----A-G---TTTT----------TTTG----CCTG-CA----A--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|5 : TAACAACTG---------TAT-----G-T---A--CC---AGTATG---T-----ACAT---GTAT---CCT--TC--GTC---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACC-TAA--------AACCAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CCTGGCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----TACACCAAAG-CCAGG---CTAAA----AAAC--T---------------T-CTT---TTT-----AAGAATA--AG-A--A-GCAATGTA-T-TCAA-TCT--C--GAC---AAA-CCC----T-GCAT-A-CT--CAATCGG-ATATAcaatttttta
gi|5 : TTAA----AAAA-G--CCTAAC--CGCCACC-CT-----CT----A-AATTTTTT----------TTTG----CCTG-C-----GCAAAC----AAG-A-ACAAAattaaaaaagcctaaccgccaccctctaaatttttttttgcctgcgcaaacaagaacaaacaatttttttgtagcgccc
gi|6 : taacaactgtatgtaccagtatgtacatgtatccttcgtcagacagaaaaatctactcatagtagacctaaaaccaatcctgattcaatatatgcctggcaatctcaaaaatatacaccaaagccaggctaaaaaacttctttttaagaataagaagcaatgtattcaatctcgacaaaccctgcatactcaatcggatataaAACTG---------TGT-----A-C---A--GT---A---TG---T-----A--C---ATGT---TCT--TCT-GTCGTCAGACAT--GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACT-CAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-ACT-------GCCT--GCATATCTC-TCA-----GAAGGTTATATA-----T--ACCAAAGCC--AG---CTAAA----AAAACTC---------------T-CTTTTGTTC-----A-----A--AA-AATA-GCA----ATT-TTAA-T-T------GC---AACAACC----T-GC--AA-CT--CAATC---ATAT-CATcaatttttttgtagcgccc
gi|6 : AA----AAGA-G--CCT-AC--CGGTACCGCTA--C-A-----A-A---TTTT----------TTTTTATGCCTG-C-----G--AAA----CAG-A-ACCAAAaaaaaagagcctaccggtaccgctacaaatttttttttatgcctgcgaaacagaaccaaacaattttttttaaaggccc
gi|7 : aactgtgtacagtatgtacatgttcttctgtcgtcagacatgaaaaatctactcatagtagactcaaaacaatcctgattcaatagtactgcctgcatatctctcagaaggttatatataccaaagccagctaaaaaaactctcttttgttcaaaaaatagcaattttaattgcaacaacctgcaactcaatcatatcataaCT-GTC----GACATAAGCAAATCAATAT-C--TA---------T-C--ATA-----G-TAT--GTA-C-TTA--------AT-CAATTC----AT-TCA-------ATCGAATGTATG------T-A-T-------GGCT--GC------T-TCATTC--AAA------TTA-----T--A---AAG-A--AATTTCCAAA----C-----T---------------T-CTT---TTTTCAAAA-----A--AA-A--A-CCC----G-TATTAT-T-G--TA-GGT---A-----C----T----TAA-TTG-TAATA---GTA-ACTTAAT----------A------ACAG-ATT-ACTA-AAGGTGTTCCATACTTTTAATTTCAAAACAAGTC--TTCGATAAGAAACATGCTCAAAAACA-AAA---TAAAAAAAACTGCGC-AATT---------TTTTTAA----caattttttttaaaggccc
gi|8 : cAACTG---------TAT-----A-TGTAA--CC---A----G---T-----A--TAA-GTATATCTCT--TCTTGTC---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-TCAATA-----G-TATAGGTA-C-TAA--------AA-CAATCCCT-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CT--GCA-A--TCGTCA-----AAAT-----ATA-----T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-TCT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-TT--CAATC---ATATATAggcc
gi|8 : aTAA----AAAACG--CCT-ACTCCG--ACC-CTA--C-TA----A-A---ATTT----------TTTT----GCTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaacgcctactccgaccctactaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|9 : aaactgtatatgtaaccagtataagtatatctcttcttgtcagacagaaaaatctacttcaatagtataggtactaaaacaatccctgattcaatagtatgctgcaatcgtcaaaatatataccaaacagctaaaacttcttttaaaaaagcaatttaatttggcaacacctgcataattcaatcatataCT-GTC---AGACA---GCAAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-AAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----A--AC-A--A-GCA----G-T----A-T-T------------------------ACATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-T----------ACTTGTACCAGTATT-ACTA-AAGGTGT-CGATCCTTTTA--TCCAAAACAAATCA-TTC-G------ACATGCTCAAAAACA-AAAG-TAAAAAAAA--------------------------AA----AAAA--------AC--AG--AC---------------A-A---TTTT----------TTTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCTTTAACAACTGCATCGTGAGTTGTCCTGTATACATGTACATGTATCTCTTCTCTGCAGAC
Unaligned ( gi|23 ): GCCTGAGAAACCAGAACCAAATATTTTTTTAGGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111 2222222222222222 22222 111111 55555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444 4444444444444444 1111111 11 7777777777777777777777777 1111111111 1111111111 33333333
lowQualScore : 999999999 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 4 2 444 666 3 55555 2 55 55555 444 2 33 55555 2 66 4 2 00000000 44 888 2 7777777 1111111111111111 2 2 7777777 4 55 2 33 2 00000 111111 55555 33 33333333333333333333333333333333333333333 2 333 99999999999 33 2 33 2 5555 2 2 2 2 88888 99999999999999 2 2 66 888 1 5 55555555555555555 0 2 5 5 6 3 3 8888888888888888 1 8888888 5 00 0 9999999999999999999999999 8888 3 44 3 44 88 2 33 2 1111111111 2222222222 6666 3 55555555 6666 6 3
lowQualScore : ......... ................................................ . . . . ... ... . ..... . .. ..... ... . .. ..... . .. . . ........ .. ... . ....... ................ . . ....... . .. . .. . ..... ...... ..... .. ......................................... . ... ........... .. . .. . .... . . . . ..... .............. . . .. ... . . ................. . . . . . . . ................ . ....... . .. . ......................... .... . .. . .. .. . .. . .......... .......... .... . ........ .... . .
lowQualScore : 555555555 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 4 111 999 5 99999 4 66 99999 111 4 22 99999 4 55 1 4 99999999 88 555 4 6666666 9999999999999999 4 4 6666666 7 66 4 22 4 00000 555555 99999 22 77777777777777777777777777777777777777777 2 999 33333333333 11 2 11 2 0000 4 5 5 5 99999 44444444444444 5 5 33 999 6 0 44444444444444444 4 2 0 7 7 7 2 5555555555555555 4 6666666 0 66 5 8888888888888888888888888 9999 1 22 1 22 55 9 99 9 0000000000 5555555555 1111 1 44444444 5555 2 1
consensus : CTTTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
Reference ( family-1625 ) : CTTTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|1 : AT-------------G-T---AG-C-C---A---TG---T------------AT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GTAAA-----AT-G--TA-----C---T-C--ACA-----G-TAT--GTATT-TAAACACCCTGAA-CATCTC-T-GA--TCA-------AT---------A------T-T-A-------G-CT--GAC-A--TC-TCC-----AAA------CT------C--ATC-AAG-C--AT---TTAAACTTCA-----T---------------T-CTC---TT---------------AA-A--A-GCC----A-T-CTTA-T-TTCT--GGCACGAAC-CCC----T-GCATCA-AC--CAATCCAAATATACATG-TAACCTGTA--A------CCAGCATTAACTATAGGGTGT-CAATAC-----------------GTCATTCGA-------CATGCTCCAAAACACAAAG-TTAAAAAAC------T-ATTT---------TTTTTTATTTTAAAA-G--CCTA-G--TG--ACC-CTAAGC-CT----T-T---TTTTTTTTTTTTTGTTT----GCTTG-C-----G--AAC----TAG-A-AC
gi|10 : TA---------TAT-------------GCT---AAGC-C---A----G---TA-----T---GTATTCT-CTTCTTGT-C---AGACA---GAAAA-----ATTC--TA-----C---TTC--ATA-----G-TATAGGTACC-TAAC-------AA-CAATCC-T-GATATCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CTT-GCA-A--T--TCA-----AAAT-----AT------T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----AC----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--AGGCA----A-T-TTAA-T-T--TTGGGC----AC-ACC----T-GCATAATTT--CAATC---ATATAaacaagtttctaagg
gi|10 : gAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TTAAAAA-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaaagcctaccgaccctacttaaaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|11 : gtatatgctaagccagtatgtattctcttcttgtcagacagaaaaattctacttcatagtataggtacctaacaacaatcctgatatcaatagtatgcttgcaattcaaaatattaccaaacagctaaaacctctttttaaaaaaggcaatttaattttgggcacacctgcataatttcaatcatataT-GT-C---AGACA---GCGAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TTA--------AT-AAATCC-A-CAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAA-C----------------------T---------------T-TTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-----AA-T-T--T-------------------T-GCATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-TACTTGTACCAA------CTAGTATT-GCTA-AGGGTGT-CGATACT---------------AGTCATTCGA-------CAGGCTCAAAAAAA-AAA----AAAAAAc
gi|12 : TAACAACTG---------TAT---------------T---A--C-C---A----G---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C----GACA---G-AAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----GCTAT--GTACC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-TC--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACC----------------------------------------------------------------------A-A--A-GCA----A-T-TTAATT-T--T--GGC---AA--ACC----T-GCATAA-CT--CAATC---ATATgaacctgcgaaagcagaaccacacgatttttt
gi|12 : TTAA----AAAA-GGCCCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----AGA---TTTT----------TTT----TGCTG-CCG---A--AACCATGCAG-ATACCAAAtaaaaaaggccctaccgaccctacttagattttttttgctgccgaaaccatgcagataccaaacattgtttttaggccc
gi|13 : taacaactgtattaccagtatgtatctcttctgtcgacagaaaatctactcatagctatgtacctaaaacaatcctgattcaatatatgtcgcaatctcaaaaatataccaaagcaatttaattttggcaaacctgcataactcaatcataTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TGCAGTA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGAGA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTACC-TAA--------AA-CAACTC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTGAA----A-----CT--------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----G-T-TGAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GTATAA-Ccattgtttttaggccc
gi|13 : gTAAC---AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAaaaggcctaccgaccctacttaatttttttgcctgcgaaaccagaaccaaac
gi|14 : gtaacaactgtatgtaccatgcagtatgtatctcttctgtcagagagaaaaatctactcatagtatgtacctaaaacaactctgattcaatatatgctgcaatctcaaaaatataccaaagcagctgaaacttctttttaaaaaagcagttgaatttggcaacacctgtaAAA-----AT-----A-----C---T-T---TA-----G--AT--ATATG-TAA--------AA---GTC----GAT-C----------T---------A------TCA-T-------G-CT--GCG-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------TTCAT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC------------------T--CAATC---ATATAc
gi|14 : AA----AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-AT--TTTT----------TTT----GCCTGCC-----A--AAC----CAG-A-ACCAAAaaaaaggcctaccgaccctacttaattttttttgcctgccaaaccagaaccaaacaattttttttaggcc
gi|15 : aaaatactttagatatatgtaaaagtcgatctatcatgctgcgatctcaaaaatataccaaagcagctaaaacttcattttaaaaaagcaatttaatttggcaactcaatcatataACA---GCAAA-----AT-C--TA-----TATAC-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAC--------A--TAATCC-A-GAT-TCATACATGTAC---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-------------------A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TT----------------------------T-GCATAA-CC--CAATC---ATATAAATG-T----------A------CTTGTACC-AGTA-Acaattttttttaggcc
gi|16 : TCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-T--TATATATC---T-C--ATC-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-CAATCC-CAGAT-TCA-------AT---------A------C-A-T-------G-TT--ATA-A--TC-TGATCCTCAAC------ATA-----T--AGGATGT-T--AC---CAAAA----A-----CCT-------------T-CTT---TTT-----A-----A--AATA--A-GCatgagtataacatgttttt
gi|17 : TCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-TATTA-----C---T-C--ATC-----G-TAT--GTCTC-TAA--------AT-TAAATC-A-GAT-TCA-------AT---------A------C-A-TGTATATAG-CT--GCA-A--TC-TCA-----ACA------TTATCGATT--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----ACTAG-A--A-CCA----A-tgcaaacctaagaccaaacaattgtttttt
gi|18 : ATGCTCAAAAACA-ATAG-TTAAAAAAA------A-ATATAAAAAAAAAT----AG----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTG----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAacatatttttta
gi|19 : CTTTAACAACTG---------CATCGTGAGTTGTCCTG-T---A--TAC---A---TG---TACA---T---GTAT-CT-CTTCT-CTGC---AGACcaattttttttaggcctaa
gi|2 : gCTTTAACAACTGAG-------TTT-------------G-G---T--C-C---A---TA---TT-----TAAAGTAT-CTTCTTCT-CT-C---AGACC---ACAAA-----AT-CC-TA-----C---T-A--ATACTGTAG-TAT--GTATCTTAA--------AA-CAATCG-T-GA--TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-T-A-----AAA------ATA-----A--ACCAAAG-C--AGA--CTAAT----A-----CCAGATAGACATTTTTT-TTT---TTT-----T-----C--TA-C--A-GT-------T-TTAA-T-C--T--GGC---AAC-ATC----TGGTATAA-ACAACAATT---ATATACATG-T----------A------CC-GTATT-
gi|2 : ATTCGG-------CATGCTCAAA--CA-AAAT-TAAAAAAAA------TGATC----------------A----GAAA-A--CCTA-C--CA--ACC-TAA--C-TT----A-A---TTTC----------TTT----GCCTG-CT----G--AAC----CAA-G-AGCAAAcggcatgctcaaacaaaattaaaaaaaatgatcagaaaacctaccaacctaacttaatttctttgcctgctgaaccaagagcaaaacatttttttttaggcct
gi|20 : ctttaacaactgagtttggtccatatttaaagtatcttcttctctcagaccacaaaatcctactaatactgtagtatgtatcttaaaacaatcgtgatcaatatatgctgcaatctaaaaataaaccaaagcagactaataccagatagacatttttttttttttctacagttttaatctggcaacatctggtataaacaacaattatatacatgtaccgtCTTTAACAACTG---------CATCATGA--------G-TTTGA--C-CTGTG---TG---TACA---T---GTAT-CC-CTTCT-GT-C---AGAacatttttttttaggcct
gi|21 : g---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CT--CAAT
gi|22 : ctCC-CTC--CACT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|3 : tacCTTTAACAAGTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT--T-CTTCT-GT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-T--ATA-----G-TAT--GTAT--TAA--------AG-CAATCC-T-GAT-TCA-------AC---------A------C-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TGAA-T-C--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATGCATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CCATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCACTTCA-------CATGTTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCCA-T--CG--ACC-CTA--C-CT------A---TTTT----------TTT----TCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAAtc
gi|4 : CTTTAACAACTGAGTTTGTCCTGT-------------G-T---A--C-C---AGTATG---TACATCAT---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----T---A-T--ATA-----T-TAT--ATA-C-TTA--------TA-CAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GC--A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCGA-------------AAA----T-----G---------------T-CTT---TTTTA---A-----A--AA-A--A-TCA----T-T-TTGA-T-C--T--GGC---AAC-ACTTGCAT-GCATAA-CC--CAATC-----------G-T----------A------CCAGAATA-ACTA-AGGGTGT-CAAT---------TCC--------T--TTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGTTTAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-G---TTTT----------TTT----GCCTG-CA----A--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|5 : TAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---AGTATG---TACA---T---GTAT-C--CTTC--GT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACC-TAA--------AACCAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CCTGGCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----TACACCAAAG-CCAGG---CTAAA----AAAC--T---------------T-CTT---TTT-----AAGAATA--AG-A--A-GCAATGTA-T-TCAA-TCT--C--GAC---AAA-CCC----T-GCAT-A-CT--CAATCGG-ATATAcaatttttta
gi|5 : TTAA----AAAA-G--CCTAAC--CGCCACC-CT-----CT----A-AATTTTTT----------TTT----GCCTG-C-----GCAAAC----AAG-A-ACAAAattaaaaaagcctaaccgccaccctctaaatttttttttgcctgcgcaaacaagaacaaacaatttttttgtagcgccc
gi|6 : taacaactgtatgtaccagtatgtacatgtatccttcgtcagacagaaaaatctactcatagtagacctaaaaccaatcctgattcaatatatgcctggcaatctcaaaaatatacaccaaagccaggctaaaaaacttctttttaagaataagaagcaatgtattcaatctcgacaaaccctgcatactcaatcggatataaAACTG---------TGT-------------A-C---A--G-T---A---TG---TA-----C---ATGT--T-CTTCT-GT-CGTCAGACAT--GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACT-CAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-ACT-------GCCT--GCATATCTC-TCA-----GAAGGTTATATA-----T--ACCAAAGCC--AG---CTAAA----AAAACTC---------------T-CTTTTGTTC-----A-----A--AA-AATA-GCA----ATT-TTAA-T-T------GC---AACAACC----T-GC--AA-CT--CAATC---ATAT-CATcaatttttttgtagcgccc
gi|6 : AA----AAGA-G--CCTA-C--CGGTACCGCTA--C-A-----A-A---TTTT----------TTTTTATGCCTG-C-----G--AAA----CAG-A-ACCAAAaaaaaagagcctaccggtaccgctacaaatttttttttatgcctgcgaaacagaaccaaacaattttttttaaaggccc
gi|7 : aactgtgtacagtatgtacatgttcttctgtcgtcagacatgaaaaatctactcatagtagactcaaaacaatcctgattcaatagtactgcctgcatatctctcagaaggttatatataccaaagccagctaaaaaaactctcttttgttcaaaaaatagcaattttaattgcaacaacctgcaactcaatcatatcataaCT-GT-C----GACATAAGCAAATCAATAT-C--TA---------T-C--ATA-----G-TAT--GTA-C-TTA--------AT-CAATTC----AT-TCA-------ATCGAATGTATG------T-A-T-------GGCT--GC------T-TCATTC--AAA------TTA-----T--A---AAG-A--AATTTCCAAA----C-----T---------------T-CTT---TTTTCAAAA-----A--AA-A--A-CCC----G-TATTAT-T-G--TA-GGT---A-----C----T----TAA-TTG-TAATA---GTA-ACTTAAT----------A------ACAG-ATT-ACTA-AAGGTGTTCCATACTTTTAATTTCAAAACAAGTC-TTCGATAAGAAACATGCTCAAAAACA-AAA---TAAAAAAAACTGCGC-AATT---------TTTTTAA----caattttttttaaaggccc
gi|8 : cAACTG---------TAT-------------A-TGTAA--C-C---AG--TA---TAAG---T---ATAT-CT-CTTCTTGT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-TCAATA-----G-TATAGGTA-C-TAA--------AA-CAATCCCT-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CT--GCA-A--TCGTCA-----AAAT-----ATA-----T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-TCT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-TT--CAATC---ATATATAggcc
gi|8 : aTAA----AAAACG--CCTA-CTCCG--ACC-CTA----CTAA--A-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaacgcctactccgaccctactaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|9 : aaactgtatatgtaaccagtataagtatatctcttcttgtcagacagaaaaatctacttcaatagtataggtactaaaacaatccctgattcaatagtatgctgcaatcgtcaaaatatataccaaacagctaaaacttcttttaaaaaagcaatttaatttggcaacacctgcataattcaatcatataCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-AAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----A--AC-A--A-GCA----G-T----A-T-T------------------------ACATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-T----------ACTTGTACCAGTATT-ACTA-AAGGTGT-CGATCCTTTTA--TCCAAAACAAATCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TAAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-------A-C--AG--AC---------------A-A---TTTT----------TTT----c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GCCTGAGAAACCAGAACCAAATATTTTTTTAGGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111 2222222222222222 22222 111111 55555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444 4444444444444444 1111111 11 7777777777777777777777777 1111111111 1111111111 33333333
lowQualScore : 999999999 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 4 2 444 666 3 55555 2 55 55555 444 2 33 55555 2 66 4 2 00000000 44 888 2 7777777 1111111111111111 2 2 7777777 4 55 2 33 2 00000 111111 55555 33 33333333333333333333333333333333333333333 2 333 99999999999 33 2 33 2 5555 2 2 2 2 88888 99999999999999 2 2 66 888 1 5 55555555555555555 0 2 5 5 6 3 3 8888888888888888 1 8888888 5 00 0 9999999999999999999999999 8888 3 44 3 44 88 2 33 2 1111111111 2222222222 6666 3 55555555 6666 6 3
lowQualScore : ......... ................................................ . . . . ... ... . ..... . .. ..... ... . .. ..... . .. . . ........ .. ... . ....... ................ . . ....... . .. . .. . ..... ...... ..... .. ......................................... . ... ........... .. . .. . .... . . . . ..... .............. . . .. ... . . ................. . . . . . . . ................ . ....... . .. . ......................... .... . .. . .. .. . .. . .......... .......... .... . ........ .... . .
lowQualScore : 555555555 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 4 111 999 5 99999 4 66 99999 111 4 22 99999 4 55 1 4 99999999 88 555 4 6666666 9999999999999999 4 4 6666666 7 66 4 22 4 00000 555555 99999 22 77777777777777777777777777777777777777777 2 999 33333333333 11 2 11 2 0000 4 5 5 5 99999 44444444444444 5 5 33 999 6 0 44444444444444444 4 2 0 7 7 7 2 5555555555555555 4 6666666 0 66 5 8888888888888888888888888 9999 1 22 1 22 55 9 99 9 0000000000 5555555555 1111 1 44444444 5555 2 1
consensus : CTTTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
Reference ( family-1625 ) : CTTTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|1 : AT-------------G-T---AG-C-C---A---TG---T------------AT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GTAAA-----AT-G--TA-----C---T-C--ACA-----G-TAT--GTATT-TAAACACCCTGAA-CATCTC-T-GA--TCA-------AT---------A------T-T-A-------G-CT--GAC-A--TC-TCC-----AAA------CT------C--ATC-AAG-C--AT---TTAAACTTCA-----T---------------T-CTC---TT---------------AA-A--A-GCC----A-T-CTTA-T-TTCT--GGCACGAAC-CCC----T-GCATCA-AC--CAATCCAAATATACATG-TAACCTGTA--A------CCAGCATTAACTATAGGGTGT-CAATAC-----------------GTCATTCGA-------CATGCTCCAAAACACAAAG-TTAAAAAAC------T-ATTT---------TTTTTTATTTTAAAA-G--CCTA-G--TG--ACC-CTAAGC-CT----T-T---TTTTTTTTTTTTTGTTT----GCTTG-C-----G--AAC----TAG-A-AC
gi|10 : TA---------TAT-------------GCT---AAGC-C---A----G---TA-----T---GTATTCT-CTTCTTGT-C---AGACA---GAAAA-----ATTC--TA-----C---TTC--ATA-----G-TATAGGTACC-TAAC-------AA-CAATCC-T-GATATCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CTT-GCA-A--T--TCA-----AAAT-----AT------T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----AC----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--AGGCA----A-T-TTAA-T-T--TTGGGC----AC-ACC----T-GCATAATTT--CAATC---ATATAaacaagtttctaagg
gi|10 : gAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TTAAAAA-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaaagcctaccgaccctacttaaaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|11 : gtatatgctaagccagtatgtattctcttcttgtcagacagaaaaattctacttcatagtataggtacctaacaacaatcctgatatcaatagtatgcttgcaattcaaaatattaccaaacagctaaaacctctttttaaaaaaggcaatttaattttgggcacacctgcataatttcaatcatataT-GT-C---AGACA---GCGAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TTA--------AT-AAATCC-A-CAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAA-C----------------------T---------------T-TTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-----AA-T-T--T-------------------T-GCATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-TACTTGTACCAA------CTAGTATT-GCTA-AGGGTGT-CGATACT---------------AGTCATTCGA-------CAGGCTCAAAAAAA-AAA----AAAAAAc
gi|12 : TAACAACTG---------TAT---------------T---A--C-C---A----G---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C----GACA---G-AAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----GCTAT--GTACC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-TC--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACC----------------------------------------------------------------------A-A--A-GCA----A-T-TTAATT-T--T--GGC---AA--ACC----T-GCATAA-CT--CAATC---ATATgaacctgcgaaagcagaaccacacgatttttt
gi|12 : TTAA----AAAA-GGCCCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----AGA---TTTT----------TTT----TGCTG-CCG---A--AACCATGCAG-ATACCAAAtaaaaaaggccctaccgaccctacttagattttttttgctgccgaaaccatgcagataccaaacattgtttttaggccc
gi|13 : taacaactgtattaccagtatgtatctcttctgtcgacagaaaatctactcatagctatgtacctaaaacaatcctgattcaatatatgtcgcaatctcaaaaatataccaaagcaatttaattttggcaaacctgcataactcaatcataTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TGCAGTA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGAGA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTACC-TAA--------AA-CAACTC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTGAA----A-----CT--------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----G-T-TGAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GTATAA-Ccattgtttttaggccc
gi|13 : gTAAC---AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAaaaggcctaccgaccctacttaatttttttgcctgcgaaaccagaaccaaac
gi|14 : gtaacaactgtatgtaccatgcagtatgtatctcttctgtcagagagaaaaatctactcatagtatgtacctaaaacaactctgattcaatatatgctgcaatctcaaaaatataccaaagcagctgaaacttctttttaaaaaagcagttgaatttggcaacacctgtaAAA-----AT-----A-----C---T-T---TA-----G--AT--ATATG-TAA--------AA---GTC----GAT-C----------T---------A------TCA-T-------G-CT--GCG-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------TTCAT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC------------------T--CAATC---ATATAc
gi|14 : AA----AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-AT--TTTT----------TTT----GCCTGCC-----A--AAC----CAG-A-ACCAAAaaaaaggcctaccgaccctacttaattttttttgcctgccaaaccagaaccaaacaattttttttaggcc
gi|15 : aaaatactttagatatatgtaaaagtcgatctatcatgctgcgatctcaaaaatataccaaagcagctaaaacttcattttaaaaaagcaatttaatttggcaactcaatcatataACA---GCAAA-----AT-C--TA-----TATAC-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAC--------A--TAATCC-A-GAT-TCATACATGTAC---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-------------------A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TT----------------------------T-GCATAA-CC--CAATC---ATATAAATG-T----------A------CTTGTACC-AGTA-Acaattttttttaggcc
gi|16 : TCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-T--TATATATC---T-C--ATC-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-CAATCC-CAGAT-TCA-------AT---------A------C-A-T-------G-TT--ATA-A--TC-TGATCCTCAAC------ATA-----T--AGGATGT-T--AC---CAAAA----A-----CCT-------------T-CTT---TTT-----A-----A--AATA--A-GCatgagtataacatgttttt
gi|17 : TCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-TATTA-----C---T-C--ATC-----G-TAT--GTCTC-TAA--------AT-TAAATC-A-GAT-TCA-------AT---------A------C-A-TGTATATAG-CT--GCA-A--TC-TCA-----ACA------TTATCGATT--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----ACTAG-A--A-CCA----A-tgcaaacctaagaccaaacaattgtttttt
gi|18 : ATGCTCAAAAACA-ATAG-TTAAAAAAA------A-ATATAAAAAAAAAT----AG----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTG----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAAacatatttttta
gi|19 : CTTTAACAACTG---------CATCGTGAGTTGTCCTG-T---A--TAC---A---TG---TACA---T---GTAT-CT-CTTCT-CTGC---AGACcaattttttttaggcctaa
gi|2 : gCTTTAACAACTGAG-------TTT-------------G-G---T--C-C---A---TA---TT-----TAAAGTAT-CTTCTTCT-CT-C---AGACC---ACAAA-----AT-CC-TA-----C---T-A--ATACTGTAG-TAT--GTATCTTAA--------AA-CAATCG-T-GA--TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-T-A-----AAA------ATA-----A--ACCAAAG-C--AGA--CTAAT----A-----CCAGATAGACATTTTTT-TTT---TTT-----T-----C--TA-C--A-GT-------T-TTAA-T-C--T--GGC---AAC-ATC----TGGTATAA-ACAACAATT---ATATACATG-T----------A------CC-GTATT-
gi|2 : ATTCGG-------CATGCTCAAA--CA-AAAT-TAAAAAAAA------TGATC----------------A----GAAA-A--CCTA-C--CA--ACC-TAA--C-TT----A-A---TTTC----------TTT----GCCTG-CT----G--AAC----CAA-G-AGCAAAcggcatgctcaaacaaaattaaaaaaaatgatcagaaaacctaccaacctaacttaatttctttgcctgctgaaccaagagcaaaacatttttttttaggcct
gi|20 : ctttaacaactgagtttggtccatatttaaagtatcttcttctctcagaccacaaaatcctactaatactgtagtatgtatcttaaaacaatcgtgatcaatatatgctgcaatctaaaaataaaccaaagcagactaataccagatagacatttttttttttttctacagttttaatctggcaacatctggtataaacaacaattatatacatgtaccgtCTTTAACAACTG---------CATCATGA--------G-TTTGA--C-CTGTG---TG---TACA---T---GTAT-CC-CTTCT-GT-C---AGAacatttttttttaggcct
gi|21 : g---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CT--CAAT
gi|22 : ctCC-CTC--CACT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----GA-AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|3 : tacCTTTAACAAGTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT--T-CTTCT-GT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-T--ATA-----G-TAT--GTAT--TAA--------AG-CAATCC-T-GAT-TCA-------AC---------A------C-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TGAA-T-C--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATGCATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CCATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCACTTCA-------CATGTTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCCA-T--CG--ACC-CTA--C-CT------A---TTTT----------TTT----TCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAAtc
gi|4 : CTTTAACAACTGAGTTTGTCCTGT-------------G-T---A--C-C---AGTATG---TACATCAT---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----T---A-T--ATA-----T-TAT--ATA-C-TTA--------TA-CAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GC--A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCGA-------------AAA----T-----G---------------T-CTT---TTTTA---A-----A--AA-A--A-TCA----T-T-TTGA-T-C--T--GGC---AAC-ACTTGCAT-GCATAA-CC--CAATC-----------G-T----------A------CCAGAATA-ACTA-AGGGTGT-CAAT---------TCC--------T--TTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGTTTAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-G---TTTT----------TTT----GCCTG-CA----A--AAC----CAG-A-ACCAAA
gi|5 : TAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---AGTATG---TACA---T---GTAT-C--CTTC--GT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACC-TAA--------AACCAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CCTGGCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----TACACCAAAG-CCAGG---CTAAA----AAAC--T---------------T-CTT---TTT-----AAGAATA--AG-A--A-GCAATGTA-T-TCAA-TCT--C--GAC---AAA-CCC----T-GCAT-A-CT--CAATCGG-ATATAcaatttttta
gi|5 : TTAA----AAAA-G--CCTAAC--CGCCACC-CT-----CT----A-AATTTTTT----------TTT----GCCTG-C-----GCAAAC----AAG-A-ACAAAattaaaaaagcctaaccgccaccctctaaatttttttttgcctgcgcaaacaagaacaaacaatttttttgtagcgccc
gi|6 : taacaactgtatgtaccagtatgtacatgtatccttcgtcagacagaaaaatctactcatagtagacctaaaaccaatcctgattcaatatatgcctggcaatctcaaaaatatacaccaaagccaggctaaaaaacttctttttaagaataagaagcaatgtattcaatctcgacaaaccctgcatactcaatcggatataaAACTG---------TGT-------------A-C---A--G-T---A---TG---TA-----C---ATGT--T-CTTCT-GT-CGTCAGACAT--GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACT-CAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-ACT-------GCCT--GCATATCTC-TCA-----GAAGGTTATATA-----T--ACCAAAGCC--AG---CTAAA----AAAACTC---------------T-CTTTTGTTC-----A-----A--AA-AATA-GCA----ATT-TTAA-T-T------GC---AACAACC----T-GC--AA-CT--CAATC---ATAT-CATcaatttttttgtagcgccc
gi|6 : AA----AAGA-G--CCTA-C--CGGTACCGCTA--C-A-----A-A---TTTT----------TTTTTATGCCTG-C-----G--AAA----CAG-A-ACCAAAaaaaaagagcctaccggtaccgctacaaatttttttttatgcctgcgaaacagaaccaaacaattttttttaaaggccc
gi|7 : aactgtgtacagtatgtacatgttcttctgtcgtcagacatgaaaaatctactcatagtagactcaaaacaatcctgattcaatagtactgcctgcatatctctcagaaggttatatataccaaagccagctaaaaaaactctcttttgttcaaaaaatagcaattttaattgcaacaacctgcaactcaatcatatcataaCT-GT-C----GACATAAGCAAATCAATAT-C--TA---------T-C--ATA-----G-TAT--GTA-C-TTA--------AT-CAATTC----AT-TCA-------ATCGAATGTATG------T-A-T-------GGCT--GC------T-TCATTC--AAA------TTA-----T--A---AAG-A--AATTTCCAAA----C-----T---------------T-CTT---TTTTCAAAA-----A--AA-A--A-CCC----G-TATTAT-T-G--TA-GGT---A-----C----T----TAA-TTG-TAATA---GTA-ACTTAAT----------A------ACAG-ATT-ACTA-AAGGTGTTCCATACTTTTAATTTCAAAACAAGTC-TTCGATAAGAAACATGCTCAAAAACA-AAA---TAAAAAAAACTGCGC-AATT---------TTTTTAA----caattttttttaaaggccc
gi|8 : cAACTG---------TAT-------------A-TGTAA--C-C---AG--TA---TAAG---T---ATAT-CT-CTTCTTGT-C---AGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-TCAATA-----G-TATAGGTA-C-TAA--------AA-CAATCCCT-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CT--GCA-A--TCGTCA-----AAAT-----ATA-----T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-TCT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-TT--CAATC---ATATATAggcc
gi|8 : aTAA----AAAACG--CCTA-CTCCG--ACC-CTA----CTAA--A-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAAA--AAC----CAGAA-ACCAAAaaaaacgcctactccgaccctactaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|9 : aaactgtatatgtaaccagtataagtatatctcttcttgtcagacagaaaaatctacttcaatagtataggtactaaaacaatccctgattcaatagtatgctgcaatcgtcaaaatatataccaaacagctaaaacttcttttaaaaaagcaatttaatttggcaacacctgcataattcaatcatataCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-AAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----A--AC-A--A-GCA----G-T----A-T-T------------------------ACATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-T----------ACTTGTACCAGTATT-ACTA-AAGGTGT-CGATCCTTTTA--TCCAAAACAAATCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TAAAAAAAA--------------------------AA----AAAA-------A-C--AG--AC---------------A-A---TTTT----------TTT----c
blockSeqs : AGTTTGTCC CGTGAGTTGTCCTGTATACATGTACAT T T T G GTC TAA A TCAAT T AT TATAT ATA T CA CTGTA C AG C T C AC CA A TACATGT CGAATGTATG C C GTATATA C TG T TC G TCCTC GGTTAT TCGAT AC GCAGACTAATACCAGATAGACATTTTT T TTG AAGAAT CT T AT G ATGT T A T C TTG AACACTTGCA G T AA GG G A ACTTGTACCAA T . . T G A TTTTAATTTCAAAACA A TAAGAAA . GT AATATAAAAAAAAAT C C GC A TC CC G . A AAAAAA . TTAT C CGAAAA CATG A T
blockSeqs : AG CATGAGTTTGACCTGTGTGTACAT . . T . . T C . . C TATA . . . . . AG T . . A CT . . ACATGTA . . . G T . . . TTCA T . . GCCAGCTAAAAAAACTC . . TCAAAA . . . . . . . . . TA AACAACC . . G . A . ACTTGTA T . . . C A TTTTATCCAAAACA A . . G ACTGCGCAATTTTTT . . . . . GT . . . AAATT . . . CGAAAA . A .
blockSeqs : . GTACCAGTATGTACATCAT . . . . . . A . . . TATA . . . . . . C . . T T . . ACATGTA . . . . . . . . TTCA T . . GCCAGGCTAAAAAACT . . TAA . . . . . . . . . T AACACC . . . . C . A T . . . A A TTTTATCCAAAACA A . . T TATTTTTTT . . . . . . . . . AAAA . . . CGA . . .
blockSeqs : . ATGTAACCAGTATAAGT . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . A A . . AG . . . . . . . . TTC . . . GAAATTTCCAAACT . . A . . . . . . . . . T AACATC . . . . C . A T . . . C C TCC A . . G TGATC . . . . . . . . . AGA . . . GCA . . .
blockSeqs : . GTACCAGTATGTACAT . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . A T . . AG . . . . . . . . . . . . TTACCAAAAACCT . . A . . . . . . . . . T AACACC . . . . C . A A . . . G . T . . . G . . . . . . . . . . AAT . . . GA . . .
blockSeqs : . GTACCATGCAGTAT . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . A T . . AG . . . . . . . . . . . . GCAGCTGAAACT . . A . . . . . . . . . T AACACC . . . . C . A T . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . GA . . .
blockSeqs : . GGTCCATATTTAAA . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . T A . . A . . . . . . . . . . . . CAGCTAAAACC . . A . . . . . . . . . T AAACCC . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . AA . . . TG . . .
blockSeqs : . GCTAAGCCAGTAT . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . T A . . A . . . . . . . . . . . . GCAGCTAAAAC . . A . . . . . . . . . T AACACC . . . . G . . . . . . . . . AA . . . GA . . .
blockSeqs : . GTACCATGTAT . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . A T . . A . . . . . . . . . . . . GCAGCTAAAAC . . A . . . . . . . . . T ACACC . . . . . . . . . . . . . . AA . . . AA . . .
blockSeqs : . ACAGTATGTAC . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . G T . . A . . . . . . . . . . . . CAGCTAAAAC . . A . . . . . . . . . T AAACC . . . . . . . . . . . . . AG . . . A . . .
blockSeqs : TACCAGTAT . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . A A . . A . . . . . . . . . . . . AAATG . . T . . . . . . . . . C AAC . . . . . . . . . . . . . AA . . . G . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . C . . A T . . A . . . . . . . . . . . . AACT . . A . . . . . . . . . T AC . . . . . . . . . . . . . AA . . . G . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . T . . T T . . A . . . . . . . . . . . . AACT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . A A . . A . . . . . . . . . . . . ACT . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . AC . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : GTACCAGTATGTACAT******************************** ******** GCAGCTAAAAC****************************** A********** T**** AACACC******** *** A**************** TTTTATCCAAAACA** AATTT******************** **** ** ********** GA******
originalCons : CTTTAACAACTG---------TAT-------------G-T---A--C-C---A---TG---TA-----T---GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------A------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAA------T-ATTT---------TTTTTAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C-----G--AAC----CAG-A-ACCAAA
finalCons : CTTTAACAACTG---------TATGTACCAGTATGTACAT--------------------------------GTAT-CT-CTTCT-GT-C---AGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAGCAGCTAAAAC------------------------------T-CTT---TTTA----------A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-TT----GGCAACACC--------T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-TA----------------CCAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTATCCAAAACA--AGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAG-TTAAAAAAAAATTT--------------------TAA----AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-CGA------AAC----CAG-A-ACCAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GCCTGAGAAACCAGAACCAAATATTTTTTTAGGCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 11111111 11111 11111111 2222222222222222 22222 111111 55555555555555555555555555555555555555555 4444444444 111111 4444444444444444 1111111 44444444444444444 1111111111 1111111111 111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444 3 7777 88888888 3 888 2 666 3 55555 2 55 55555 444 2 33 55555 2 66 4 2 00000000 44 888 2 7777777 1111111111111111 2 2 7777777 4 55 2 33 2 00000 111111 55555 33 33333333333333333333333333333333333333333 2 333 99999999999 33 2 33 2 5555 2 2 2 2 88888 99999999999999 2 2 66 888 1 5 0000000000 444444 0 2 5 5 6 3 3 8888888888888888 1 8888888 5 8 0 2 99999999999999999 555 3 3 44 3 44 88 2 33 2 1111111111 2222222222 6666 3 333333 6666 6 3
lowQualScore : .............................. . .... ........ . ... . ... . ..... . .. ..... ... . .. ..... . .. . . ........ .. ... . ....... ................ . . ....... . .. . .. . ..... ...... ..... .. ......................................... . ... ........... .. . .. . .... . . . . ..... .............. . . .. ... . . .......... ...... . . . . . . . ................ . ....... . . . . ................. ... . . .. . .. .. . .. . .......... .......... .... . ...... .... . .
lowQualScore : 111111111111111111111111111111 6 1111 33333333 3 888 4 999 5 99999 4 66 99999 111 4 22 99999 4 55 1 4 99999999 88 555 4 6666666 9999999999999999 4 4 6666666 7 66 4 22 4 00000 555555 99999 22 77777777777777777777777777777777777777777 2 999 33333333333 11 2 11 2 0000 4 5 5 5 99999 44444444444444 5 5 33 999 6 0 0000000000 444444 4 2 0 7 7 7 2 5555555555555555 4 6666666 0 8 1 0 55555555555555555 444 1 1 22 1 22 55 9 99 9 0000000000 5555555555 1111 1 777777 5555 2 1
consensus : CTTTAACAACTG---------TAT-----G-T---A------CCAGTAT----GTA--CAT---GTATCT-CTTCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------AC------CAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGTTAAAAAAAAA-----TNT---------TA---A-AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C----G-AAAC----CAG-A-ACCAAA
Reference ( family-1625 ) : CTTTAACAACTG---------TAT-----G-T---A------CCAGTAT----GTA--CAT---GTATCT-CTTCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATACATG-T----------AC------CAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CGATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGTTAAAAAAAAA-----TTT---------TA---A-AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C----G-AAAC----CAG-A-ACCAAA
gi|1 : AT----GTAGCCAT---GTATCT-CTTCT---GT-CAGACA---GTAAA-----AT-G--TA-----C---T-C--ACA-----G-TAT--GTATT-TAAACACCCTGAA-CATCTC-T-GA--TCA-------AT---------A------T-T-A-------G-CT--GAC-A--TC-TCC-----AAA------CT------C--ATC-AAG-C--AT---TTAAACTTCA-----T---------------T-CTC---TT---------------AA-A--A-GCC----A-T-CTTA-T-TTCT--GGCACGAAC-CCC----T-GCATCA-AC--CAATCCAAATATACATG-TAACCTGTA--AC------CAGCATTAACTATAGGGTGT-CAATAC-----------------GTCATTCGA-------CATGCTCCAAAACACAAAGTTAAAAAACTATTTTTTTT---------TATTTT-AAAA-G--CCTA-G--TG--ACC-CTAAGC-CT----T-T---TTTTTTTTTTTTTGTTT----GCTTG-C----G--AAC----TAG-A-AC
gi|10 : TA---------TAT-----GCT---AAG----CCAGTAT----GTA--T--------TCT-CTTCTT--GT-CAGACA---GAAAA-----ATTC--TA-----C---TTC--ATA-----G-TATAGGTACC-TAAC-------AA-CAATCC-T-GATATCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CTT-GCA-A--T--TCA-----AAAT-----AT------T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----AC----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--AGGCA----A-T-TTAA-T-T--TTGGGC----AC-ACC----T-GCATAATTT--CAATC---ATATAaacaagtttctaagg
gi|10 : gA---A-AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TTAAAAA-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAA-AAAC----CAGAA-ACCAAAaaaaaagcctaccgaccctacttaaaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|11 : gtatatgctaagccagtatgtattctcttcttgtcagacagaaaaattctacttcatagtataggtacctaacaacaatcctgatatcaatagtatgcttgcaattcaaaatattaccaaacagctaaaacctctttttaaaaaaggcaatttaattttgggcacacctgcataatttcaatcatataT---GT-CAGACA---GCGAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TTA--------AT-AAATCC-A-CAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAA-C----------------------T---------------T-TTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-----AA-T-T--T-------------------T-GCATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-TACTTGTACCAAC------TAGTATT-GCTA-AGGGTGT-CGATACT---------------AGTCATTCGA-------CAGGCTCAAAAAAA-AAA---AAAAAAGAA-----c
gi|12 : TAACAACTG---------TAT-------T---A------CCAGTAT----GTA-----------TCT-CTTCT---GT-C-GACA---G-AAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----GCTAT--GTACC-TAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-TC--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACC----------------------------------------------------------------------A-A--A-GCA----A-T-TTAATT-T--T--GGC---AA--ACC----T-GCATAA-CT--CAATC---ATATcctgcgaaagcagaaccacacgatttttt
gi|12 : A-----TAT---------TA---A-AAAA-GGCCCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----AGA---TTTT----------TTT----TGCTGCC----G-AAACCATGCAG-ATACCAAAtaaaaaaggccctaccgaccctacttagattttttttgctgccgaaaccatgcagataccaaacattgtttttaggccc
gi|13 : taacaactgtattaccagtatgtatctcttctgtcgacagaaaatctactcatagctatgtacctaaaacaatcctgattcaatatatgtcgcaatctcaaaaatataccaaagcaatttaattttggcaaacctgcataactcaatcTAACAACTG---------TAT-----G-T---A------CCA---T----GCAG-TAT---GTATCT-CTTCT---GT-CAGAGA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TAT--GTACC-TAA--------AA-CAACTC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTGAA----A-----CT--------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----G-T-TGAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GTATAA-Ccattgtttttaggccc
gi|13 : g---------TA---ACAAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C----G-AAAC----CAG-A-ACCAAAaaaggcctaccgaccctacttaatttttttgcctgcgaaaccagaaccaaac
gi|14 : gtaacaactgtatgtaccatgcagtatgtatctcttctgtcagagagaaaaatctactcatagtatgtacctaaaacaactctgattcaatatatgctgcaatctcaaaaatataccaaagcagctgaaacttctttttaaaaaagcagttgaatttggcaacacctgtaAAA-----AT-----A-----C---T-T---TA-----G--AT--ATATG-TAA--------AA---GTC----GAT-C----------T---------A------TCA-T-------G-CT--GCG-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------TTCAT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC------------------T--CAATC---ATATAc
gi|14 : A---A-AAAG-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-TT----A-AT--TTTT----------TTT----GCCTG-C----C-AAAC----CAG-A-ACCAAAaaaaaggcctaccgaccctacttaattttttttgcctgccaaaccagaaccaaacaattttttttaggcc
gi|15 : aaaatactttagatatatgtaaaagtcgatctatcatgctgcgatctcaaaaatataccaaagcagctaaaacttcattttaaaaaagcaatttaatttggcaactcaatcatataACA---GCAAA-----AT-C--TA-----TATAC-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAC--------A--TAATCC-A-GAT-TCATACATGTAC---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-------------------A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TT----------------------------T-GCATAA-CC--CAATC---ATATAAATG-T----------AC------TTGTACC-AGTA-Acaattttttttaggcc
gi|16 : TCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-T--TATATATC---T-C--ATC-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-CAATCC-CAGAT-TCA-------AT---------A------C-A-T-------G-TT--ATA-A--TC-TGATCCTCAAC------ATA-----T--AGGATGT-T--AC---CAAAA----A-----CCT-------------T-CTT---TTT-----A-----A--AATA--A-GCatgagtataacatgttttt
gi|17 : TCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-TATTA-----C---T-C--ATC-----G-TAT--GTCTC-TAA--------AT-TAAATC-A-GAT-TCA-------AT---------A------C-A-TGTATATAG-CT--GCA-A--TC-TCA-----ACA------TTATCGATT--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----ACTAG-A--A-CCA----A-tgcaaacctaagaccaaacaattgtttttt
gi|18 : ATGCTCAAAAACA-ATAGTTAAAAAAAAA-----TATAAAAAAAAATA---G-AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-A---TTTT----------TTG----GCCTG-C----G-AAAC----CAG-A-ACCAAAacatatttttta
gi|19 : CTTTAACAACTG---------CATC----G-T---GAGTTGTCCTGTATACATGTA--CAT---GTATCT-CTTCT---CTGCAGACcaattttttttaggcctaa
gi|2 : gCTTTAACAACTGAG-------TTT-----G-G---T------CCA-TAT----TTA--AA----GTATCTTCTTCT---CT-CAGACC---ACAAA-----AT-CC-TA-----C---T-A--ATACTGTAG-TAT--GTATCTTAA--------AA-CAATCG-T-GA--TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-T-A-----AAA------ATA-----A--ACCAAAG-C--AGA--CTAAT----A-----CCAGATAGACATTTTTT-TTT---TTT-----T-----C--TA-C--A-GT-------T-TTAA-T-C--T--GGC---AAC-ATC----TGGTATAA-ACAACAATT---ATATACATG-T----------AC------C-GTATT-
gi|2 : ATTCGG-------CATGCTCAAA--CA-AAA-TTAAAAAA-AA-----TGA---------TC---A-GAAA-A--CCTA-C--CA--ACC-TAA--C-TT----A-A---TTTC----------TTT----GCCTG-C----T-GAAC----CAA-G-AGCAAAcggcatgctcaaacaaaattaaaaaaaatgatcagaaaacctaccaacctaacttaatttctttgcctgctgaaccaagagcaaaacatttttttttaggcct
gi|20 : ctttaacaactgagtttggtccatatttaaagtatcttcttctctcagaccacaaaatcctactaatactgtagtatgtatcttaaaacaatcgtgatcaatatatgctgcaatctaaaaataaaccaaagcagactaataccagatagacatttttttttttttctacagttttaatctggcaacatctggtataaacaacaattatatacatgtaccgtCTTTAACAACTG---------CATCATGAG-TTTGA------CCTGTGT----GTA--CAT---GTATCC-CTTCT---GT-CAGAacatttttttttaggcct
gi|21 : g---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CT--CAAT
gi|22 : ctCC-CTC--CACT----A-A---TTTT----------TTT----GCCTG-C----G-AAAC----CAG-A-ACCAAA
gi|3 : tacCTTTAACAAGTG---------TAT-----G-T---A------CCA---T----GTA----T---GTAT-T-CTTCT---GT-CAGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-T--ATA-----G-TAT--GTAT--TAA--------AG-CAATCC-T-GAT-TCA-------AC---------A------C-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCAAAG-C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-CTT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TGAA-T-C--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-CC--CAATC---ATATGCATG-T----------AC------CAGTATT-ACTA-AGGGTGT-CCATACTTTTA--TCCAAAACAAGTCACTTCA-------CATGTTCAAAAACA-AAAGTTAAAAAAATATTTT-TTT---------TA---A-AAAA-G--CCCA-T--CG--ACC-CTA--C-CT------A---TTTT----------TTT----TCCTG-C----G--AAC----CAG-A-ACCAAAtc
gi|4 : CTTTAACAACTGAGTTTGTCCTGT-----G-T---A------CCAGTAT----GTA--CATCATGTATCT-CTTCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-C--TA-----T---A-T--ATA-----T-TAT--ATA-C-TTA--------TA-CAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CT--GC--A--TC-TCA-----AAA------ATA-----T--ACCGA-------------AAA----T-----G---------------T-CTT---TTTTA---A-----A--AA-A--A-TCA----T-T-TTGA-T-C--T--GGC---AAC-ACTTGCAT-GCATAA-CC--CAATC-----------G-T----------AC------CAGAATA-ACTA-AGGGTGT-CAAT---------TCC--------T--TTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGTTTAAAAAAA-------------------A---A-AAAA-G--CCTA-C--CG--ACC-CTA--C-CT----A-G---TTTT----------TTT----GCCTG-C----A-AAAC----CAG-A-ACCAAA
gi|5 : TAACAACTG---------TAT-----G-T---A------CCAGTAT----GTA--CAT---GTATC--CTTC----GT-CAGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACC-TAA--------AACCAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------A------T-A-T-------G-CCTGGCA-A--TC-TCA-----AAA------ATA-----TACACCAAAG-CCAGG---CTAAA----AAAC--T---------------T-CTT---TTT-----AAGAATA--AG-A--A-GCAATGTA-T-TCAA-TCT--C--GAC---AAA-CCC----T-GCAT-A-CT--CAATCGG-ATATAcaatttttta
gi|5 : T---------TA---A-AAAA-G--CCTAAC--CGCCACC-CT-----CT----A-AATTTTTT----------TTT----GCCTG-C----GCAAAC----AAG-A-ACAAAattaaaaaagcctaaccgccaccctctaaatttttttttgcctgcgcaaacaagaacaaacaatttttttgtagcgccc
gi|6 : taacaactgtatgtaccagtatgtacatgtatccttcgtcagacagaaaaatctactcatagtagacctaaaaccaatcctgattcaatatatgcctggcaatctcaaaaatatacaccaaagccaggctaaaaaacttctttttaagaataagaagcaatgtattcaatctcgacaaaccctgcatactcaatcggatataaAACTG---------T-------G-T---A------C-AGTAT----GTA--CAT---GT---T-CTTCTGTCGT-CAGACAT--GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-C--ATA-----G-TA---G-ACT-CAA--------AA-CAATCC-T-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-ACT-------GCCT--GCATATCTC-TCA-----GAAGGTTATATA-----T--ACCAAAGCC--AG---CTAAA----AAAACTC---------------T-CTTTTGTTC-----A-----A--AA-AATA-GCA----ATT-TTAA-T-T------GC---AACAACC----T-GC--AA-CT--CAATC---ATAT-CATcaatttttttgtagcgccc
gi|6 : A---A-AAGA-G--CCTA-C--CGGTACCGCTA--C-A-----A-A---TTTT----------TTTTTATGCCTG-C----G-AAA-----CAG-A-ACCAAAaaaaaagagcctaccggtaccgctacaaatttttttttatgcctgcgaaacagaaccaaacaattttttttaaaggccc
gi|7 : aactgtgtacagtatgtacatgttcttctgtcgtcagacatgaaaaatctactcatagtagactcaaaacaatcctgattcaatagtactgcctgcatatctctcagaaggttatatataccaaagccagctaaaaaaactctcttttgttcaaaaaatagcaattttaattgcaacaacctgcaactcaatcatatcataaCT---GT-C-GACATAAGCAAATCAATAT-C--TA---------T-C--ATA-----G-TAT--GTA-C-TTA--------AT-CAATTC----AT-TCA-------ATCGAATGTATG------T-A-T-------GGCT--GC------T-TCATTC--AAA------TTA-----T--A---AAG-A--AATTTCCAAA----C-----T---------------T-CTT---TTTTCAAAA-----A--AA-A--A-CCC----G-TATTAT-T-G--TA-GGT---A-----C----T----TAA-TTG-TAATA---GTA-ACTTAAT----------AA------CAG-ATT-ACTA-AAGGTGTTCCATACTTTTAATTTCAAAACAAGTC-TTCGATAAGAAACATGCTCAAAAACA-AAA--TAAAAAAAAcaattttttttaaaggccc
gi|8 : cAACTG---------TAT-----A-TGTAA------CCAGTAT------A--AGT---ATATCT-CTTCTT--GT-CAGACA---GAAAA-----AT-C--TA-----C---T-TCAATA-----G-TATAGGTA-C-TAA--------AA-CAATCCCT-GAT-TCA-------AT---------AG-----T-A-T-------G-CT--GCA-A--TCGTCA-----AAAT-----ATA-----T--ACCAAA--C--AG---CTAAA----A-----C---------------T-TCT---TTT-----A-----A--AA-A--A-GCA----A-T-TTAA-T-T--T--GGC---AAC-ACC----T-GCATAA-TT--CAATC---ATATATActgcgcaatttttttaaggcc
gi|8 : a---------TA---A-AAAACG--CCTA-CTCCG--ACC-CTA----CTAA--A-A---TTTT----------TTT----G-CTG-CCGAAA-AAAC----CAGAA-ACCAAAaaaaacgcctactccgaccctactaaaatttttttgctgccgaaaaaaccagaaaccaaac
gi|9 : aaactgtatatgtaaccagtataagtatatctcttcttgtcagacagaaaaatctacttcaatagtataggtactaaaacaatccctgattcaatagtatgctgcaatcgtcaaaatatataccaaacagctaaaacttcttttaaaaaagcaatttaatttggcaacacctgcataattcaatcatataCT---GT-CAGACA---GCAAA-----AT-C--TATATA-C---T-C--ATA-----G-TAT--GTATC-TAA--------AT-AAATCC-A-GAT-TCA-------AT---------ACATGTAT-A-T-------G-CT--GCA-A--TC-TCATTCA-AAA------ATA-----T--ACCAAA-----AA---CT-----------------------------T-CTT---TTT-----A-----A--AC-A--A-GCA----G-T----A-T-T------------------------ACATAA-CC--AAATC---ATATAGATG-T----------ACTTGTACCAGTATT-ACTA-AAGGTGT-CGATCCTTTTA--TCCAAAACAAATCATTCGA-------CATGCTCAAAAACA-AAAGT--AAAAAAAA------------------A---A-AAAA-------A-C--AG--AC---------------A-A---TTTT----------TTT----c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GCCTGAGAAACCAGAACCAAATATTTTTTTAGGCC