lowQualScore : 4 55555 5555555 11 4444444444444444444444444444444444444444 111 1 222222 111 666666666666666666666666666666 1111 111111111111 111111 111 2222222222222 33333333 3333 3333333 333333 55
lowQualScore : 0 11111 8 77 8888888 8 8 33 77 3333333333333333333333333333333333333333 000 3 3 888888 9 99 333 2 6 5 6 222222222222222222222222222222 2 6 6 2222 2 888888888888 77 666666 1 000 5555555555555 5 0 77 4 3 33333333 1111 3 0 6666666 888888 00
lowQualScore : . ..... . .. ....... . . .. .. ........................................ ... . . ...... . .. ... . . . . .............................. . . . .... . ............ .. ...... . ... ............. . . .. . . ........ .... . . ....... ...... ..
lowQualScore : 0 00000 0 44 4444444 0 0 22 99 1111111111111111111111111111111111111111 000 7 3 555555 3 22 555 8 3 2 7 333333333333333333333333333333 2 7 7 5555 8 333333333333 99 444444 7 000 1111111111111 3 7 99 2 3 00000000 2222 2 8 5555555 888888 00
consensus : NTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACGGG-CCATAACGCTCACCC-GAGTNAT-CT-T-GGTCCT--GTTGTTCT----------TC-A-A---A---G-ACTN-----------TT---ACCTTCTT-AATT-TCA-ATGACAAA--TT-T-GATCCCGTACTAT-GA----CCCTAANTAGT---CTGT-C-AC-ACGGGGTNATGA-CT-NA-CCGAACTTGAATC--C---A--C--A--ACA------TAGG---GATG--TC----T-A--TGACTAT--CATGATNTTGCT-GTT-CTGGAAATTAAGA--TGTTTTCCCTATAT-TC-CG-TGTATATGTAC-----TCATGTAAAATTTGATCAT
Reference ( gi|4 ) : ATAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGG-CCATAATGCTCACC--GA-TTAT-CT-T-AGCCCT--ATTGTTCT----------TC-A-A---A---G-ACTG-----------TT---ACTTTCTT-AATT-ACA-ATGACAAA--TT-T-GATCTTGTACTAT-GA----CTCTAAGTAGTAAACTGT-C-ACAAGGGGGTTATCA-CT-AA-CCAAACTTGAATT--C---A--C--A--ACA------TAGG---GATG--TC----T-A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT-CT-GAAATTAAGA--T-TTTTCCCTATAT-TC-CA-TGTATATGTA------TCATG--AAATTTGATCAT
gi|3 : TAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGG-CCATA--GCTCACCC-GAGTTAT-CT-TTAGCCC---ATTGTTCT----------TC-A-ACCAG---G-ACTG-----------TT---ACTTTCTTTAATT-TCA--TGACAAA--TT-TTGATCTTGTACTATGGA------CTAAGTAGTAAACTGTCC-ACAAGGGGGTTATCA-CT-AA-CCAAACTTGAATT--CCAAA--C--A--ACA------TA-G---GATG--TC----T-A--TGACTAT--CATGATATTGCTGTTTACTGGAAATTAAGATGT-TTTCCCCTATAT-TC-C--TGTATATGTAT-----TCATGT-AAATT
gi|8 : CATGGG-CCATAACACTCATCTAGA--AATCCC-T-GGTCCT--GTTGTTTT----------TC-AGA---G---G-GTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTT-TATT-TCC-ATGA-AAATTTT-T-GACAATAAATTAT-GA----TCCTACCCAA------GC-C-AC-ACGGGGTAATGATTT-GA-CCGAACTT
gi|6 : AGGTCCACAATGCTCACCC-GAGTCAC-CT-T-TCCCTT--ACTATTCTGCAGAAAATTTT-A-A---AAATG-ATTC-----------TT---ATCTTCTT-TATTCACACATGGTGAA--TTCT-GATACCATAATAC-AA----CCCCAA----T---CTAG-C-CCTATAGAGTAACGA-CTTAA-CCAAACTGGAATC--CAT-A--C--A--ACA------TGGG---AATG--CTTTGGT-A--TGACTATAGCATGGCCTTGCTag
gi|1 : aAAG-TCATAATGCTCACCC-GA-AAAC-CCAT-GGTCTTGCATT--TCT----------TC-A-G---A---A-ATTT-----------TTTAAACCTT--T-AATT-TCC-ATAA--AA--TT-T-GACCCCATA---T-GA----C-CTCATT------CTAG-C-CCTACGGGGTCGTGA-CT-T--CCGAGCTTTAATC--T---A--C--A---CAAGTAATTAGGAATGATG--TC----A-AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT-AT-GAAAAAAAGA--A-T---CCTTATAT-GCATG-TGTATATATACATGTTTCATGGAAAATGTGATCAt
gi|13 : tAGG-TCAAACCGCTCACC--TAGTCAT-CT-T-GGTCCT--GTTGTTCT----------TCAA-A---A---G-ACTT-----------TT---gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|2 : acaagCT--GCTGTTCT----------TC-G-G---A---G---TA------------T---ATTTTTTA-AATT-AT------CAAA--TT-C-AATCCT-TACAAT-TAATACCTCT--CTAGT---C--T-C-AC---GGGGCTATGA-TT-TA-TT--GCTTGAATCAAC---A--G--A--ACA------TAAA---GATG---C----T-C--CAA-TAT--CA--ATATTACTtaaaaaaactgttaccctctttat
gi|5 : ataagcataccactcgcacaagcaaccatcgttT--ATTGTTCT----------TC-A-A---A---GGACTG-----------TT---ATTTTCTTTAATT--CA-ATGACAAA--TT-TTGATCTTGTACTAT-GA----CTCTAAGTAGTAAACTGT-CCACAAGGGGGTTATCA-CA-AAACCAAACTTGAATT--C---AAAC--A--ACA------TAGG---GATG--TC----T-A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT-CTGGAAATTAAGA--TGTTTTCCCTATAT-TC-C--TGTATATGTA------TCATGTAAAATTTGATCATatccttatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|11 : A-CCGAACTTGAATT--C---A--CTAA--ACA------TAGG---GACGCCTC----C-A--T-ACCAA--TATG-TTTTGCT-ATT-C------TTGAGA--TGTTTTTCCTGCACATA-CATTGTATATGCA------Ttgaataaaataccttaaattcaagc
gi|14 : gtctCAAACTTGAACC--C---A--C--ACAACA------TAAA---GATGCTTC----TGA--TCAATAT--CA
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTGATCCTGTACTATGAACCCAGAACTTAGTCCACAAACTGAACTGGAATTCATACAAAACACAACATGGGAATTAATGCCTCAATATGACTTACATGGCCTGGCTGTACTGGGGAAGTAAATGTTTTTAAAGATCGATTCAAACCTTCCCCTCCCACCCCCTCCCTATATTCATGTATTATGTAAGATTTGTTCC
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|10 ): AGAAGATTTTGAAAAGATCTTAACCCTCTTTAATCCAATATCATGACCCCAACCTAGCCCCATATGGGTTGTGATGTAACTGAGCTTGAATCAACACACATGTAACATGGAGATGC
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Unaligned ( gi|15 ): AATGCTATATCAGACTCTATCCTAGCACCATGGATTTGTGACATAACGAAACCTGAATCCACATACATGTAACATG
Unaligned ( gi|16 ): AGATAAACTTTAACCCCCCCCTCCCCCCCCCCTATATTCATGCATTCATGTAGAAATTTGGTTCCTG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCACCTGGTCCTGTTGTTTTTCATCAGAAAATTTCAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 111 1111111111 1111111 2222222222222 11111 4444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 333333
lowQualScore : 0 5 5 0 44 66 33 111 66 9999999999 4 0000000 5 0 6666666666666 888 77 00000 66 66 4 8 99999 3333333333333333333333333333333333 55 3 2 666 1 6 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 2 1 0 77 88 3 2 5 99 999 666666 999
lowQualScore : . . . . .. .. .. ... .. .......... . ....... . . ............. ... .. ..... .. .. . . ..... .................................. .. . . ... . . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . . .. .. . . . .. ... ...... ...
lowQualScore : 0 5 0 2 22 88 22 666 11 4444444444 4 4444444 0 2 6666666666666 888 99 11111 66 11 4 9 77777 8888888888888888888888888888888888 00 6 3 222 0 7 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 8 0 0 99 22 2 5 7 22 555 444444 444
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNACCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTN------------TT---ACCTTCTT-NATTT-CA-ATGACAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-GCCACAC---GGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-C-TGTATATGTAT-----TCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNATCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTN------------TT---ACCTTCTT-AATTT-CA-ATGACAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-GTCACAC---GGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-CGTGTATATGTAC-----TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AACCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC-AG---A---A-ATTT------------TTTAAACCT--TT-AATTT-CC-ATA--AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC----T---CATT---CTAGCCCTAC---GGG--G-TCGTGA-C-TT--C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----AT-CCTT--ATATGCATGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC--TAGC---CC---CATAT---GGGTTG-TGATG----TAA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TATG-TTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTT-TCCTGCACATAC-ATTGTATATGCAc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCATCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAA---A---G-ACTT------------TT---t
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-TTA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CAtaaaaaaactgttaccctctttat
gi|15 : ctctctagcttatatCAT---GGA--T-TTGTGA-CATAA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcac-CCCT--ATATTC--------ATGCAT-----TCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCACCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC-Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAACCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC-GG---A---G---TA-------------T---ATTTTTTA-AATT-----AT--CAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT--C---TAGT---CT-----CAC---GGG--G-CTATGA-T-TTA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTATCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC-AACCAG---G-ACTG------------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGACAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAAG---TAGTAAACT-GTC-CACAAGGGG--G-TTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTAT-----TCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTATCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTG------------TT---ACTTTCTT-AATTA-CA-ATGACAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTCACAA---GGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTT-CCCT--ATATTC-CATGTATATGTA------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC-AA---A---GGACTG------------TT---ATTTTCTT-TAATT-CA-ATGACAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTC-CACAAGGGG--G-TTATCA-C-AAAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCACCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT-AA---AAATG-ATTC------------TT---ATCTTCTT-TATTCACACATGGTGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA-------T---CTAGCCCTAT---AGA--G-TAACGA-C-TTAAC-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAGAACTTAGT---C----CACA---------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTT-t
gi|8 : tCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCCTGGTCC--TGTTGTTTT----------TC-AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTT-TATTT-CC-ATGA-AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTACC---CAA-------GCCACAC---GGG--G-TAATGATT-TGA-C-CGAACTTtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1111111111 2222222222222222222222222 44444444444444444444444444 1 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 66 33 5 666 66 9999999999 4 9999999999999999999999999 888 0 1 77777 5 888 66 4 8 99999 44444444444444444444444444 7 55 0 2 666 1 6 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .. .. . ... .. .......... . ......................... ... . . ..... . ... .. . . ..... .......................... . .. . . ... . . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 88 22 0 666 11 4444444444 4 0000000000000000000000000 888 4 0 99999 7 999 11 4 9 77777 99999999999999999999999999 3 00 9 3 222 0 7 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 0 0 99 22 2 5 7 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTN------------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTN------------TT---ACCTTCTTNA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AA-CCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC-AG---A---A-ATTT------------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC----T---CATT---CTAG-CCCTACGGG--G-TCGTGA-C-TT--C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----ATCCT-T--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC--TAGC---C----CCATATGGGTTG-TGATG----TAA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTTTCC-TGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCA-TCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAA---A---G-ACTT------------TT---
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-TTA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CAtaaaaaaactgttaccctctttat
gi|15 : ctctctagcttatatCATGGA--T-TTGTGA-CATAA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcacCCC-T--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCA-CCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC-Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAA-CCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC-GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT--C---TAGT---CT------CACGGG--G-CTATGA-T-TTA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTA-TCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC-AACCAG---G-ACTG------------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTA-TCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC-AA---A---G-ACTG------------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-G-TCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTTCCC-T--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC-AA---A---GGACTG------------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-AAAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCA-CCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT-AA---AAATG-ATTC------------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA-------T---CTAG-CCCTATAGA--G-TAACGA-C-TTAAC-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAGAACTTAGT---C-----CACA------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTTt
gi|7 : tTCCC-T--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCC-TGGTCC--TGTTGTTTT----------TC-AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTACC---CAA-------G-CCACACGGG--G-TAATGATT-TGA-C-CGAACTTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 1 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 66 33 5 666 66 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 55 66 5 888 66 4 8 99999 44444444444444444444444444 7 55 0 2 666 1 6 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .. .. . ... .. ..................................................... ... .. .. . ... .. . . ..... .......................... . .. . . ... . . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 88 22 0 666 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 44 00 7 999 11 4 9 77777 99999999999999999999999999 3 00 9 3 222 0 7 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 0 0 99 22 2 5 7 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-ACTG------------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-ACTN------------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AA-CCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC--------------AG---A---A-ATTT------------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC----T---CATT---CTAG-CCCTACGGG--G-TCGTGA-C-TT--C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----ATCCT-T--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC--TAGC---C----CCATATGGGTTG-TGATG----TAA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTTTCC-TGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCA-TCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAAAGACTTTTTAAAA---A---A-ACTG------------TT---ACCCTCTTTA-T
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-TTA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CA
gi|15 : ctctctagcttatatCATGGA--T-TTGTGA-CATAA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcacCCC-T--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCA-CCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAA-CCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC--------------GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT--C---TAGT---CT------CACGGG--G-CTATGA-T-TTA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTA-TCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC--------------AACCAG---G-ACTG------------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTA-TCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-ACTG------------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-G-TCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTTCCC-T--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---GGACTG------------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-AAAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCA-CCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT--------------AA---AAATG-ATTC------------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA-------T---CTAG-CCCTATAGA--G-TAACGA-C-TTAAC-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAGAACTTAGT---C-----CACA------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTTt
gi|7 : tTCCC-T--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCC-TGGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTACC---CAA-------G-CCACACGGG--G-TAATGATT-TGA-C-CGAACTTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444444444444444444 1 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 66 33 5 666 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 55 66 5 888 66 4 8 99999 444444444444444444444444444 7 55 0 2 999 1 3 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .. .. . ... .. ..................................................... ... .. .. . ... .. . . ..... ........................... . .. . . ... . . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 88 22 0 666 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 44 00 7 999 11 4 9 77777 999999999999999999999999999 3 00 9 3 888 0 3 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 0 0 99 22 2 5 7 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAA-N---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TAA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAA-N---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-TNA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AA-CCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC--------------AG---A---A-A-TTT-----------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC-----T---CATT---CTAG-CCCTACGGG--G-TCGTGA-C-TT--C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----ATCCT-T--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC---TAGC---C----CCATATGGGTTG-TGATG----TAA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTTTCC-TGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCA-TCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAAAGACTTTTTAAAA---A---A-A-CTG-----------TT---ACCCTCTTTA-T
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-TTA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CA
gi|15 : ctctctagcttatatCATGGA--T-TTGTGA-CATAA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcacCCC-T--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCA-CCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAA-CCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC--------------GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT---C---TAGT---CT------CACGGG--G-CTATGA-T-TTA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTA-TCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC--------------AACCAG---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAA-G---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTA-TCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAA-G---TAGTAAACT-G-TCACAAGGG--GGTTATCA-C-TAA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTTCCC-T--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---GGA-CTG-----------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAA-G---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-AAAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCA-CCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT--------------AA---AAATG-A-TTC-----------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA--------T---CTAG-CCCTATAGA--G-TAACGA-CTTAA-C-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAG-AACTTAGT---C-----CACA------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTTt
gi|7 : tTCCC-T--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCC-TGGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTAC-C---CAA-------G-CCACACGGG--G-TAATGATT-TGA-C-CGAACTTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 1 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 66 33 5 666 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 55 66 5 888 66 4 8 99999 44444444444444444444444444 7 55 0 2 666666 3 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .. .. . ... .. ..................................................... ... .. .. . ... .. . . ..... .......................... . .. . . ...... . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 88 22 0 666 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 44 00 7 999 11 4 9 77777 99999999999999999999999999 3 00 9 3 999999 3 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 0 0 99 22 2 5 7 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AA-CCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC--------------AG---A---A-A-TTT-----------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC----T---CATT---CTAG-CCCTACGGG--G-TCGTGA-C-T--T-C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----ATCCT-T--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC--TAGC---C----CCATATGGGTTG-TGATG----T-AA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTTTCC-TGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCA-TCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAAAGACTTTTTAAAA---A---A-A-CTG-----------TT---ACCCTCTTTA-T
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-T-TA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CA
gi|15 : ctctctagcttatatCATGGA--T-TTGTGA-CAT-AA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcacCCC-T--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCA-CCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAA-CCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC--------------GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT--C---TAGT---CT------CACGGG--G-CTATGA-T-T-TA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTA-TCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC--------------AACCAG---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTA-TCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-G-TCACAAGGG--GGTTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTTCCC-T--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---GGA-CTG-----------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-A-AAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCA-CCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT--------------AA---AAATG-A-TTC-----------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA-------T---CTAG-CCCTATAGA--G-TAACGA-C-TTAA-C-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAGAACTTAGT---C-----CACA-------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTTt
gi|7 : tTCCC-T--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCC-TGGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTACC---CAA-------G-CCACACGGG--G-TAATGATT-T-GA-C-CGAACTTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444 1 33333333333333333333333 111111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 66 33 5 666 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 55 66 5 888 66 4 8 99999 44444444444444444444444444 7 55 0 2 666666 3 3 66666666666666666666666 3 000000 777 8888 1111111111111 66 1 66 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .. .. . ... .. ..................................................... ... .. .. . ... .. . . ..... .......................... . .. . . ...... . . ....................... . ...... ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 88 22 0 666 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 44 00 7 999 11 4 9 77777 99999999999999999999999999 3 00 9 3 999999 3 3 11111111111111111111111 6 555555 000 5555 4444444444444 11 9 11 0 0 99 22 2 5 7 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCGAA-AA-CCCATGGTCT--TGCATTTCT----------TC--------------AG---A---A-A-TTT-----------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT-T-GACCCCA-----TATGA----CC----T---CATT---CTAG-CCCTACGGG--G-TCGTGA-C-T--T-C-CGAGCTTTAATC--T---A---------C--------ACAAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----ATCCT-T--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT-T-AATCCAAT--ATCATGA----CCCCAACC--TAGC---C----CCATATGGGTTG-TGATG----T-AA-C-TGAGCTTGAATCAAC---A---------CACATGTA-ACA------TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAATT--C---A---------CTA----A-ACA------TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTTTCC-TGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT-AGTCA-TCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TCAAAAGACTTTTTAAAA---A---A-A-CTG-----------TT---ACCCTCTTTA-T
gi|14 : acaagaG--G-TCAGGA-T-T-TA-TTCAAACTTGAACCCAC---A---------C------A-ACA------TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CA
gi|15 : ctctctagcttatatCATGGA--T-TTGTGA-CAT-AA-C-GAAACCTGAATC--C---A---------C------ATACA------Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcacCCC-T--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTGAGTCA-CCT--GGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACAAGCAA-CCA-TCGTTC--TGCTGTTCT----------TC--------------GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT-C-AATCCT-T--ACAATTAATACCTCT--C---TAGT---CT------CACGGG--G-CTATGA-T-T-TA-T-TG--CTTGAATCAAC---A---------G------A-ACA------TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCGAGTTA-TCT-TTAGCC--CATTGTTCT----------TC--------------AACCAG---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGG----AC-TAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAATT--CCAAA---------C------A-ACA------TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-GA-TTA-TCT-TAGCCC--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-G-TCACAAGGG--GGTTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAATT--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTTCCC-T--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : a--TATTGTTCT----------TC--------------AA---A---GGA-CTG-----------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT-TTGATCTTGT--ACTATGA----CTCTAAG---TAGTAAACT-GTCCACAAGGG--GGTTATCA-C-A-AAAC-CAAACTTGAATT--C---AAA-------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCGAGTCA-CCT-T--TCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT--------------AA---AAATG-A-TTC-----------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTCT-GATACCAT--AATACAA----CCCCAA-------T---CTAG-CCCTATAGA--G-TAACGA-C-TTAA-C-CAAACTGGAATC--CAT-A---------C------A-ACA------TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT-T-GATCCTGT--ACTATGA----ACCCAGAACTTAGT---C-----CACA-------------------AA-C-TGAACTGGAATT--C---ATACAAAACAC------A-ACA------TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTTt
gi|7 : tTCCC-T--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCT-AGAAATCCC-TGGTCC--TGTTGTTTT----------TC--------------AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT-T-GA--CAATAAATTATGA----TCCTACC---CAA-------G-CCACACGGG--G-TAATGATT-T-GA-C-CGAACTTc
blockSeqs : T . . CC TG TC T TG CT TCAAAAGACTTTTTAAAAAAACTG . AT CA C ATC TT C T AATAA CTCTAAGTAGTAAACTGT T TT G G CATA A T CATACAAAACAC T . . TAAT CTTTGGT . C AG T G TA GG T G C GC AT T T G
blockSeqs : AT CA TC . TC . GCAGAAAATTTTAAAAATGATTC . T T . AC . . T AAT ACTAAGTAGTAAACTGT T . G C CTTA . . AACACACATGT . . . . CCTCAAT . A . A . . G T G . . CA T T .
blockSeqs : CC CG CA . TT . TCAGAGGGTTGCAAAATAAAGT . T A . AC . . . TGT CTCTAAGTAGTAAACTG C . G T TTTG . . CCAAAC . . . . CTTCTG . G . A . . G T G . . C T T .
blockSeqs : AT CG TT . TA . TCAACCAGGACTG . A T . AC . . . TGT ATACCTCTCTAGTCT A . . T TTT . . CACTA . . . . CCTCC . G . A . . . T G . . C T T .
blockSeqs : AT T TT . TG . TCAAAGGACTG . T T . GT . . . TGT ACCCAGAACTTAGTC A . . T TTT . . CACAC . . . . TCT . G . A . . . G . . . . . . .
blockSeqs : AC G TC . G . TCAAAGACTG . T . . A . . . CAT CCCCAACCTAGCC A . . T CTA . . AACAG . . . . TCT . G . C . . . . . .
blockSeqs : . T AA . T . TCGGAG . . . . . TGT CCCCAATCTAG T . . T CTA . . CAAAC . . . . TCT . G . C .
blockSeqs : . . . . TT TCCTACCCAAG C . . A CAA . . CATAC . . . . CT . . .
blockSeqs : . . . A TA . . CAC . . . .
blockSeqs : . . . A . . CAC . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TC TN* *** AC* CGT** CCCCAACTAGTAACTGT********* CTA*** CACAC****************** ****** *** ** C** T*******
originalCons : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTNA-CCT-TGGTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGA----CCCTAAN---TAGT---CT-G-CCACACGGG--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAATC--C---A---------C------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
finalCons : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCGAGTCA-CCTTN-GTCC--TGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGAC-AAA--TT-T-GATCCCGT--ACTATGACCCCAACTAGTAACTGT---------CCACACGGG--G-TNATGACTA---A-C-CGAACTTGAATCCACAC------------------A-ACA------TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTTCCC-T--ATATTCC--TGTATATGTAT-------TCATGTA-AAATTTGATCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTCTATTCCCACAAAAATTGTTGACCTAATATATTTACCCCACTTAGCCCAAGATAGCCATGAATTAACAGAATCGGAATCCATGCACAAAACATGGGGATGCATCTATAACAAT
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1111 11111 555555555555555555 1111111 1111 2222222222222 1 222 22222222
lowQualScore : 5 5 5 0 44 9999 0 0 99 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 66 5 22 55 0000 00000 5 777 444444444444444444 88888 3 8 3 44 6 2 999 44 3 3 3 44 5555555 1111 3 44 666 7777 1111111111111 55 2 55 1 0 77 88 3 2 5 77 111 33333333 3 6
lowQualScore : . . . . .. .... . . .. . ..................................................... ... . .. . .. .. .... ..... . ... .................. ..... . . . .. . . ... .. . . . .. ....... .... . .. ... .... ............. .. . .. . . .. .. . . . .. ... ........ . .
lowQualScore : 5 5 0 2 22 4444 2 2 11 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 4 00 0 66 55 0000 88888 7 000 777777777777777777 44444 6 0 3 66 7 2 555 00 1 1 3 66 4444444 7777 3 66 444 7777 6666666666666 55 3 55 0 0 99 22 2 5 0 99 666 66666666 2 7
consensus : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCG--AGTCACCT-TGGTCCTGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT--T-GATCCCGT--ACTATG---ACCCCA-A-CTAGT-AA-CT--GTCCA----C-ANGG-G--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAAT-C--CA-------CAC----AA-CA--TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
Reference ( family-1607 ) : NTAAAATATACACAGAATGCGTCACGGGCCATAACGCTCACCCG--AGTCACCT-TNGTCCTGTTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACCTTCTTTA-TTT-CA-ATGA-CAAA--TT--T-GATCCCGT--ACTATG---ACCCCA-A-CTAGT-AA-CT--GTCCA----C-ACGG-G--G-TNATGA-C-T-AA-C-CGAACTTGAAT-C--CA-------CAC----AA-CA--TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGGTNTTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|1 : GTCATAATGCTCACCCG--AA-AACCCATGGTCTTGCATTTCT----------TC--------------AG---A---A-A-TTT-----------TTTAAACCT--TTAA-TTT-CC-ATA---AAA--TT--T-GACCCCA-----TATG---ACCTCATT-CTAG-----------CCC----T-ACGG-G--G-TCGTGA-C-T--T-C-CGAGCTTTAAT-C--TA-------CAC----AAGTAATTAGGAATGAT----G--TC----A----AATTAACGAA--CATGGTCTTACTCGTT--AT-GAAAA-AAAGA----AT-CCTT--ATATGC-A-TGTGTATATATACATGTTTCATGGA-AAATGTGATCA
gi|10 : taa--TT--T-AATCCAAT--ATCATG---ACCCCA-A-CC--T-AG-CC----CCA----T-ATGG-GTTG-TGATG----T-AA-C-TGAGCTTGAAT-CAACA-------CACATGTAA-CA--TGGA---GAT----G--gtattccaaattttaacgcctaaccccagggtccataatatgaaatcaaagcacagcgggaatgtttgtacatgcatattattgtaatttagtgtagtt
gi|11 : agaagattttgaaaagatcttaaccctcA-C-CGAACTTGAAT-T--CA-------CTA----AA-CA--TAGG---GAC----GCCTC----C----A--T-ACCAA--TAT-GTTTTGCT-ATT--C-------TTGAGATGTTTT-TCCTGCACATACAT-TGTATATGCA-------Tc
gi|13 : gtctGGTCAAACCGCTCACCT---AGTCATCT-TGGTCCTGTTGTTCT----------TCAAAAGACTTTTTAAAA---A---A-A-CTG-----------TT---ACCCTCTTTA-T
gi|14 : acaaga-G--G-TCAGGA-T-T-TA-TTCAAACTTGAAC-C--CA-------CAC----AA-CA--TAAA---GAT----GCTTC----TG---A--TCAATAT--CA
gi|15 : ctctctagcttatat----C-ATGG-A--T-TTGTGA-CAT-AA-C-GAAACCTGAAT-C--CA-------CAT-----A-CA--Tatacta
gi|16 : aatgctatatcagactctatcctagcac-CCCT--ATATTC--------ATGCA-------TTCATGTAGAAATTTGGTgtaacatg
gi|17 : agataaactttaacccccccctcccccccTCAAGGTCCACAATTTTCACCTG--AGTCACC--TGGTCCTGTTGTTTT----------TC--------------Atcctg
gi|2 : ggcCATACCACTCGCACA--AGCAACCA-TCGTTCTGCTGTTCT----------TC--------------GG---A---G------------------T---ATATTTTTTA------A-ATTATCAAA--TT--C-AATCCT-T--A------------CA-A-TTAAT-AC-CT--CTCTAGTCTC-ACGG-G--G-CTATGA-T-T-TA-T-TG--CTTGAAT-C--AA-------CAG----AA-CA--TAAA---GAT----G---C----T----C--CAA-TAT--CA--ATATTACT-ATC--CT-tcagaaaatttcaaaa
gi|3 : ataagTAAAATA-ACACAGAATGCGTCACAGGCCATA--GCTCACCCG--AGTTATCT-TTAGCCCATTGTTCT----------TC--------------AACCAG---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTTAATTT-CA--TGA-CAAA--TT--TTGATCTTGT--ACTATG---GACT-A-A-GTAGT-AAACT--GTCCA----C-AAGG-G--GGTTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAATTC--CA-------AAC----AA-CA--TAGG----AT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTTTACT-GGAAATTAAGATGTTTTCCCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA-------TTCATGTA-AAtatcgtgtttttatgaagacgaaagttctttgaattatttctcccttggaaaattcccaagtttaactccatcatgaaccccaagatccataatttgaagtaaaaataccgacctcaaatccacacaaattgcatgtttgtatatatattactagactttaggtgtccgagtt
gi|4 : TAAAATATACACAGA-TGC-TCACAGGCCATAATGCTCACC-G--A-TTATCT-TAGCCCTATTGTTCT----------TC--------------AA---A---G-A-CTG-----------TT---ACTTTCTTAA-TTA-CA-ATGA-CAAA--TT--T-GATCTTGT--ACTATG---ACTCTA-A-GTAGTAAA-CT--GT-CA----CAAGGG-G--G-TTATCA-C-T-AA-C-CAAACTTGAAT-T-----------CAC----AA-CA--TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCTGGTT--CT--GAAATTAAGAT-TTTT-CCCT--ATATTC-CATGTATATGTA--------TCATG---AAATTTGATCATtt
gi|5 : aTATTGTTCT----------TC--------------AA---A---GGA-CTG-----------TT---ATTTTCTTTA-ATT-CA-ATGA-CAAA--TT--TTGATCTTGT--ACTATG---ACTCTA-A-GTAGT-AAACT--GTCCA----C-AAGG-G--GGTTATCA-C-A-AAAC-CAAACTTGAAT-T--CA-------AAC----AA-CA--TAGG---GAT----G--TC----T----A--TGACTAT--CATGATATTGCT-GTT--CT-GGAAATTAAGATGTTTT-CCCT--ATATTC-C-TGTATATGTA--------TCATGTA-AAATTTGATCAT
gi|6 : GGTCCACAATGCTCACCCG--AGTCACCT-TTCCCTTACTATTCTGCAGAAAATTTT--------------AA---AAATG-A-TTC-----------TT---ATCTTCTTTA-TTCACACATGG-TGAA--TTC-T-GATACCAT--AATACA---ACCCCA-ATCTAG-----------CCC----T-ATAG-A--G-TAACGA-C-TTAA-C-CAAACTGGAAT-C--CA-------TAC----AA-CA--TGGG---AAT----G--CTTTGGT----A--TGACTATAGCATGGCCTTGCT-tgaataaaataccttaaattcaagc
gi|7 : aa--TT--T-GATCCTGT--ACTATG---AACCCA-G-------AA-CTTAGTCCA----C-A--------------------AA-C-TGAACTGGAAT-T--CATACAAAACAC----AA-CA--TGGG---AATTAATG--CC----TCAATA--TGACTTA--CATGGCCTGGCT-GTA--CTGGGGAAGTAA-ATGTTTT-t
gi|7 : tT-CCCT--ATATTC--------ATGTA-------TT-ATGTA-AGATTTGTTCtaaagatcgattcaaaccttcccctcccaccccctccctatattcatgtattatgtaagatttgttcc
gi|8 : ttttgatcctgtactatgaacccagaacttagtccacaaactgaactggaattcatacaaaacacaacatgggaattaatgcctcaatatgacttacatggcctggctgtactggggaagtaaatgtttttaaagatcgattcaaaccttcccctcccacccccCATGGGCCATAACACTCATCTAGAAATC--CC-TGGTCCTGTTGTTTT----------TC--------------AG---A---G-GGTTGCAAAATAAAGTTT---ACCTTTTTTA-TTT-CC-ATGA--AAATTTT--T-GA--CAATAAATTATG---ATCCTA-C-CCAA---------G-CCA----C-ACGG-G--G-TAATGATT-T-GA-C-CGAACTTc
gi|9 : TCTCTA-TTC-CC-ACAA--AAA--TTGTT-GACC---T--AATATATTTACCCCA-C-TTAG-----------CC-----C-AAGATA--G-CCATGAAT-T-AA-C-AGAATCGGAAT-C--CATG-----CACAA--AA-CA--TGGG---GAT----GCATC----T----A--TAACAAT--ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CAATATGAGCTTACACAGTCTTGTGATTTAGAGGAAGATAAACTTTTACCCCCCCCTCCCGGGCCCATATTTCATGCATTATGTAACAATTTGTTCC