lowQualScore : 1111111111 1111111 111111111111111 1111111111 1111 3333333 1111111 1 11111 1 11111 1 1 1 222
lowQualScore : 55 2 777 2 44 6 2 2 66 2 5 8888 0 33 2 2 2 8888888 4444444444 7777777 444444444444444 2 666 2 777777 2 2 2 5555555555 66 2 2 2 2 2 999 5555 2 4 5 9999 3 6666 555 2 5 2 33 77 2 333 3333333 33 555 2 8888 6 8888 2222222 6 5 00000 66 66 5 7 66 55555 777 4 4 4 66 5 5 0 0 3 7 333
lowQualScore : .. . ... . .. . . . .. . . .... . .. . . . ....... .......... ....... ............... . ... . ...... . . . .......... .. . . . . . ... .... . . . .... . .... ... . . . .. .. . ... ....... .. ... . .... . .... ....... . . ..... .. .. . . .. ..... ... . . . .. . . . . . . ...
lowQualScore : 55 7 333 7 55 1 7 7 33 7 3 3333 3 77 7 7 7 7777777 3333333333 3333333 333333333333333 7 111 7 777777 7 7 7 3333333333 33 7 5 5 7 7 333 5555 9 5 7 6666 1 1111 000 9 7 9 99 11 9 111 0000000 66 000 9 9999 2 5555 3333333 6 6 00000 99 99 0 0 11 66666 888 4 4 4 99 7 7 0 0 3 3 333
consensus : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-AC-AA-T-G------GCAG--A-TGGT-GGTGG-ATGGA-C-AGTT---TTC-GAT-CAATAAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATTTCCCTAAATTTCGTAA-----TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AGGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-CGTTTCTTAAATCTG---TATA
Reference ( gi|5 ) : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-AC-AA-T-G------GTAG--A-TGGT-GGTGG-ATGGA-C-AGTT---TTT-GCT-CAATGAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--C-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATTTCCCTAAATGTCATAA-----TTC--TT--TCA-CATAATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATAAA
gi|6 : GTTTA--TTCAGAAA-A----C-A--TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TG-T-A---CA-GT------G-AC-AA-T-G-------TAG--A-TGGT-AGTGG-ATGAA-C-AGTT---TTC-GAT-CAATGAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A---TTCT-TA--TAATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATGTCGCTAAATTTCGTAA------TC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAAT
gi|2 : aGTTT---TTCAGAAA-CA---T-A-----TGTT--T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC-----------A-------AAT-------A-------TGG--A--ACA-GT------G-AC-AA----------GTAG--ATTGGT-GGTGG-ATGAT-C-AGTT---TTTCGCT-CAATGAAGCA----T-TTAAC----TA---ATATACT-ATAA-CT---T--AGC-TATATA-T-TTCT-T---T-ATG-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTTTCTTAAAAAACGCATTTGTC-AAA------ATTTCCCTAAATTTCGT-A-----TTCTTTT--TCA-CATTATTGGTA---TT-----AAT---ATATT-GTAACGAGTTT--GAACGTTGCAAGGTC-TGAACCAATAATACTATTTT-AATGTGCG-TGTTTCTT-AATCTGAAATATA
gi|7 : taGTTTA--TTTAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-A--ACT-GT------G-AC-AA-T-G------GTAG--A-TGGT-GGTGG-ATGGA-C-AGTT---TCC-GAT-CAATAAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTC----------------------------TC-CTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATTTCCCTAAATTCCGTAC-----TTC--TT--TCcgaggaaatattcagaacaaagagatgatattcatcttctatctttcacaattacagtggtgtcatatcccgtcagattttggtatagttcccaatgcctccttttttaattttcaaagagtgtggctagaataatcttaacctactatgtttatttctttgtctagtagaaaagtttctttgtcaaatactgaagtgtgaattgcagtcagaaatttgttgtatatatgggcatttagaagcctatcgcttataattcccttagttgtctgtaaaaactatctcttaacctggtgctaaaattcctttgttcataaaatgctacacttcattcaaaacattctgtgtttccatactatgaaaatccattgttttctcaatagattctttacatttgagccagttttttactattcatcatggtagaaactaatattcctaatatttcctttgtcaaaactatacaatttccagtcttcaaatgtgagccaatacttttaattgataaccatattcttctatcatatttcattggtaactaacctaattccttaaaatactgcgcttgaattattgctttgctcattacacacctaaatagcatgtattacaaattgtggtaaatacctttctaattttgagcttttaaaacctcaatttcaggcgctatccatatattgtatatataggccgtgcatatgtatctcaaaaatactataattcagtttccacattaaactgaacatccctacatgaatcttaaaaaaccaaaaatttgcttttcttccctggtctgcgat
gi|11 : ataGTTTA--TTCAGAAACAA---C-AA-TAATGTTA-T-A-C--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TA---TA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-ATAACAAGT------G-AC-AAAT-G------GTAG--A-TGGT-GGTGG-ATG---C-AGTT---TTC-GATGCAATGAA-CA----T-TTAAC----TA----TACA-T-ATAA--TATCT--AGC--ATA-A-T-T-CT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TA-TTTTCTTCT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATTTCCCTAAATTTCGTAA-----TTgtcaacgttgaaaatgaattttaggaatatttatatattg
gi|9 : taGTTTA--TT-AGAAA-AA---C-A--TAATGTTAAT-ATCC-TGT-TA-TA----A-AC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-AC-AA-T-G------G-AG--A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CAAGTT---TTC-GAT-CAAT-AA-CA----T-TTTAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT---GC--A-A-A-T-TTCTATA--T-ATA-A---ATTAAATT--ATTC-TTTTCTCT-----AACGCATTTGTCAAAA----------CCTTGAATACCTGAA-----TT
gi|12 : ataGTTTAATTTCAGAAA-AAA--C-AA-TTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TAC---ATACTTTT-GTTGA-TTA-------AC----------AA-------AATC------A-------TGGT----ACA-GT------G-AC-AA-TAA------GTAG--A-TGGT-GGTGGAATGG--C-AGGTACATTA-ACT-TAATAAATCA----TAATATC----TA---GTAT-----TAA-TTATCT--AGCTTATA-A-A-TTCT-T-----ATA-A---ATT-AATTGGA-TCTTTTTCTCCT---CAAtgcagaagtacctcaatgcaccattgtt
gi|3 : ataTTAA--TTCTGAAA-AA---CCAG-TAATGTTA-TCATC--TGTGTA-TA----AT-----T-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------TGGT-A--CCA-ATCGGGTAA-AC-AG-T-ACATAGTGTAA--A-TGGT-GGTGG-A
gi|15 : tagtcTTTA--TTCAGAAA-GA---C-GA-TCATGTTA-T-ATC--AGT-T--TA----CAGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ACACAATGTGGT-A--ACA-AT------G-GC-AA-T-----------A--A-TGGT-GGAGA-A---A-C-AGTT---TCC-GAT-CAACAAA-CA----T-CTACG----AA---ATGGA-TAAAAA-ATACCT--ATC-CATA-A-T-TTC--TA----ATA-A---ATC-AAagtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatactaggtatacattataaatatctcgtataagtattcttgattataatatactaattatcttttctcttaaacgatttgtcaaaatttccctaaatttcgtaatctttcacattatgtgtactttaataatttgtacgagtttatgaaagttgaaggtcgtgaaccactaatactttttaatgtgcgccgtttcttaaatatgtcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|17 : TTTA--TTCAAGAA-AA---C-AA-TTATGTAA-T-ATC--TGT-TA-TT----TTGC--TT-G-TGA-TTAACAAAATAC----------AA-------AAT-------A-------TGG--A----A-GT------G-AC-AA-T-A------GCAG--C-TGGT-GGT-G-ATGGA-C-AGTT---TTT-
gi|14 : atatTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TTATGTTA-C-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AAAATACAAAAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-AT-AA-T-A------GCAG--A-TGGT-GGTGG-ATGGA-C-AGTT---TTC-GAT-CAATAAA-CAT---T-TTAAC----TG---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA----AT--A---ATC-AATT--A-TC-TTTTcactgtcccagtaaaataacacta
gi|4 : TCAGAAA-AAAACC-AA-TCCTTTTC-T-ATC--TGT--G-TA----CCAC--AT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------A-------C----A--AAG-AT------G-------T-G------GAAC--A-TG-T-AACAG---GGA-C-ATTT---TTT---T-AAATCAA-CAAAATT-TTAGC----AA---ATACT-T--TAACATATCT--AAC----A-A-T-TTCT-AA--C-A---A---ACC-AGTT--A-TC-TTT---CTT---AAACGCATTTGTCAAAACTTTTAATTTCCTCAAATTTTGTAA-----TTC--TT--TCA-CATTATTGATA--CTA-----AGT---A-ATT-GT-ATAAGTTT--GAAAGATG-AGGGCC-CAAACCAGT-TTATT-TTTT-AAT
gi|8 : AGAAA-AA---C-AA-CTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-T-TGA-TTA-------AC----------AAGATACAAAAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-AC-AA-T-A------GCAG--A-TGGT-GGTGG-ATAGA-C-AGTT---TTC-GAT-CAATAAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-AGAA-ATATCTACAGC-TATA-A-T-TTCT-T-----ATA-A----------------C-TTTTCTTTT---AAACACATTCGTAAAAA------ATTTCCCTAAATTTCGTAA-----TTC--TTTGTCAGCATTATTGGTGACCTT-------T---A-ATT-GT-ACGGGTTacatctagatatagtgagcacttcaaagcaaaatgacattcctcttctaattcattacagtgcgtgcatactcatattcaaatgcctatctttgtttttaaagattacccaaatattcttagcata
gi|16 : AGAAA-AA---C-AA-CAATGTTA-T-ATC--TGT-TATTT----ATGC--T----TGA-TTA-------ACA---------AA-------AATACAAATAA-------TGGTAA--ACA-GT------GAAC-AA-T-A------GCAATTA-TATT-ATTTC-ATGAA-C-AATTCTATTT-ATT-C--TGAA-C
gi|13 : catagatagtttttaaAAA-AA---C-AAGTCATGTTA-T-ATC--TGT-TATTC----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------ATCAAAAATTCAAA-------AAT-------A-------TGGT-A--ACA-GT------G-ACAAA-TAG------GCAGT-A-TGGT-GGTGG-ATGGAGC-AGTT---TTC-GAT-CAATAAA-CA----T-TTAACTAATTA---ATACA-T-ATAA-ATAT-T--AGC-TATA-A-T-TTTT-------ATA-A---ATC-AATT--T-TC-TTTTTT
gi|1 : attccAA-AT---C-AA-TTAGTTTA-T-ATCATTGT--A-TATCATATAC--TTAG-TGAATTA-------AC----------AA-------AAT----------------GGT-A---CA-GT------G-AC-AA-T-G------G-AG--A-TGGTGGGTGG-ATGGA-C-AGTT---TTC-GAT-CAATAAA-CA----T-TTAAC----TA---ATACA-T-AT---ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--TAATATA---ATT-AATTA-A-TCTTTTTCTCTT----AAC-CATTTGTCAAAA------ATTTCCCTAAAT-TTATAAGTAACTTC--TT--TCA-CATTGTTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGA-TTT--GGAAGTTG-AAGGTC-TGAAC--GTAATACT-TTTTCAATGTGCT-TGTTTCTTAAATCTA---AATA
gi|10 : gtagtttttcgaaaatatcT-GGTGG-ATGGA-C-AGTT---TA--AAT-CAACAAA-CA----T-TTAAC----AA---ATATA-T-CAAA-ATATCT--------TG-A-C-TACT-T--------------CT-AAT------------CTCTT---TAATGCATTTATCAAAA------ATTTCACTAAATTTTGCAA-----TTT--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTTAGTAAAGT---A-ATC-TT-ATAAGTTT--GAAAGTTA-AGGGTC-TGAACCAGTAATAtagagaaattcaaaacaaaatgtattcaatcttatttcattacagtgtgtgccataaccgcttagattttggtatatcctaatgcctcacctttttctatttcaaaagagggcagataatcttaacctactatgtttttttttctttgttcttatgaaagtttccttgtcaaaataaaacgaagtgtgtgaaattgtcagtcaagtaaaattgtatatatgacattagaaattcgcttcaaattcccccttattttttttaaaaatatatcctaacctggtggctaaattctttcaaaaactgcttcattcgactaatattcctgcatttatccccatatcataaattatagataaagtccaatattattgtgctttgtgtaaatgagctttttaccatttccagtccagtttttttctagcatgtcattacatgacaatcaacatattcctatatattgatcttattcaaaaaatgatggtcaacatattcatcagtcttcaacaaagtgagccaatacttaatgataaccatatatctctaatatttcatgggtaacacactacctaattacatttaaatcttggagagctgcatttatgagagtcttctctccctattaaacctaatagatcattcgtaatataaaattgtgtaatggaaaagtacacgcattttgctatatttaggtgtagttattagaagaaccttcactccaagtttcgagcgctacaccataattttaatattacggcgtaacatattgtatcacaaaataataatattaatgagtcagtttcacatttaactgagatcatacgcctacatatgaatgtccttgagaaccataagatagttgtgctttgtcttattcttactggtcacgat
gi|3 : AC----TAGGTATACA-TTATAA-ATATCT--CG--TATA-AGTATTCT-TGATT-ATA-ATATACT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACG-ATTTGTCAAAA-------TTTCCCTAAATTTCGTAA-----T-C--TT--TCA-CATTATGTGTA--CTTT----AAT---A-ATTTGT-ACGAGTTTATGAAAGTTG-AAGGTCGTGAACCACTAATACT-TTTT-AATGTGCGCCGTTTCTTAAATATG---taaatgtatccttgatatatgcttaattgtagttatcaagaa
gi|19 : tagtcttaattctgaaaaaccagtaatgttatcatctgtgtataattgtgattaacaaaatatggtaccaatcgggtaaacagtacatagtgtaaatggtggtggaagtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgat-CATTACTAGTA--CTT-----AGTTTTA-GTT-TT-A---GTTT--GAAAGTAA-AGGGTT-TGAACCAGTcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|20 : TGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGTCAGTCAGAAATTTGTATATATTCGCTTATAATTTCCCTTATTTCTGGTAAAAAAAATATCTCTTAACCTGGTGCTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 1111111 22222222 111111 11111 11 111
lowQualScore : 55 2 666 2 33 1 2 2 55 2 5 7777 2 33 2 2 2 8888888 3333333333 6666666 0000000 22 555 88888 777777 2 2 2 99999999 4 2 2 2 2 2 2 2 444 33 2 2 2 2 2 5555 444 2 5 2 33 66 2 2 2 11111111 44444 2 7777 5 7777 000000 7777 666 4 66 66 4 55 44444 777 4 4 4 66 5 5 8 8 22 3 777
lowQualScore : .. . ... . .. . . . .. . . .... . .. . . . ....... .......... ....... ....... .. ... ..... ...... . . . ........ . . . . . . . . ... .. . . . . . .... ... . . . .. .. . . . ........ ..... . .... . .... ...... .... ... . .. .. . .. ..... ... . . . .. . . . . .. . ...
lowQualScore : 00 5 999 5 66 0 5 5 99 5 0 8888 1 44 5 5 5 1111111 4444444444 2222222 6666666 66 111 88888 222222 5 5 5 88888888 8 7 7 5 5 7 7 7 777 99 9 9 9 9 9 7777 777 7 3 7 77 11 7 7 7 55555555 88888 7 6666 7 1111 555555 7777 444 0 11 11 4 55 00000 000 0 0 0 11 0 0 0 0 00 2 555
consensus : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
Reference ( family-1597 ) : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AGGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-CGTTTCTTAAATCTG---TATA
gi|1 : AA-AT---C-AA-TTAGTTTA-T-ATCATTGT--A-TATCATATAC--TTAG-TGAATTA-------AC----------AA-------AAT---------GGT-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGTGGGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AT---ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--TAATATA---ATT-AATTA-A-TCTTTTTCTCTT----AAC-CATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTTATAAGTAACTTC--TT--TCA-CATTGTTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGA-TTT--GGAAGTTG-AAGGTC-TGAAC--GTAATACT-TTTTCAATGTGCT-TGTTTCTTAAATCTA---AATA
gi|10 : gtagtttttcgaaaatatcT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---T-A--AAT-CAAC-AAA-CA-T-TTAAC----AA---ATATA-T-CAAA-ATATCT--------TG-A-C-TACT-T--------------CT-AAT------------CTCTT---TAATGCATTTATCAAAA------ATT----TCACTAAATTT---TGCAA-TTT--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTTAGTAAAGT---A-ATC-TT-ATAAGTTT--GAAAGTTA-AGGGTC-TGAACCAGTAATAtagagaaattcaaaacaaaatgtattcaatcttatttcattacagtgtgtgccataaccgcttagattttggtatatcctaatgcctcacctttttctatttcaaaagagggcagataatcttaacctactatgtttttttttctttgttcttatgaaagtttccttgtcaaaataaaacgaagtgtgtgaaattgtcagtcaagtaaaattgtatatatgacattagaaattcgcttcaaattcccccttattttttttaaaaatatatcctaacctggtggctaaattctttcaaaaactgcttcattcgactaatattcctgcatttatccccatatcataaattatagataaagtccaatattattgtgctttgtgtaaatgagctttttaccatttccagtccagtttttttctagcatgtcattacatgacaatcaacatattcctatatattgatcttattcaaaaaatgatggtcaacatattcatcagtcttcaacaaagtgagccaatacttaatgataaccatatatctctaatatttcatgggtaacacactacctaattacatttaaatcttggagagctgcatttatgagagtcttctctccctattaaacctaatagatcattcgtaatataaaattgtgtaatggaaaagtacacgcattttgctatatttaggtgtagttattagaagaaccttcactccaagtttcgagcgctacaccataattttaatattacggcgtaacatattgtatcacaaaataataatattaatgagtcagtttcacatttaactgagatcatacgcctacatatgaatgtccttgagaaccataagatagttgtgctttgtcttattcttactggtcacgat
gi|11 : GTTTA--TTCAGAAACAA---C-AA-TAATGTTA-T-A-C--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TA---TA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-ATAACAA----GT------G-AC-AAAT-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATG---CA-G-TT---TTC--GATGCAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA----TACA-T-ATAA--TATCT--AGC--ATA-A-T-T-CT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TA-TTTTCTTCT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTtaaatgtatccttgatatatgcttaattgtagttatcaagaa
gi|12 : taGTTTAATTTCAGAAA-AAA--C-AA-TTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TAC---ATACTTTT-GTTGA-TTA-------AC----------AA-------AATC------ATGGT----ACA-----GT------G-AC-AA-TAA------GTAG-A-TGGT-GGTGGAATGG--CA-G-GTACATTA--ACT-TAAT-AAATCA-TAATATC----TA---GTAT-----TAA-TTATCT--AGCTTATA-A-A-TTCT-----T-ATA-A---ATT-AATTGGA-TCTTTTTCTCCT---CAA
gi|13 : ataAAA-AA---C-AAGTCATGTTA-T-ATC--TGT-TATTC----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------ATCAAAAATTCAAA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-ACAAA-TAG------GCAGTA-TGGT-GGTGG-ATGGAGCA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAACTAATTA---ATACA-T-ATAA-ATAT-T--AGC-TATA-A-T-TTT------T-ATA-A---ATC-AATT--T-TC-TTTTTT
gi|14 : attccTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TTATGTTA-C-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AAAATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AT-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CATT-TTAAC----TG---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA----AT--A---ATC-AATT--A-TC-TTTT
gi|15 : TTTA--TTCAGAAA-GA---C-GA-TCATGTTA-T-ATC--AGT-T--TA----CAGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC-------ACAATGTGGT------A-AC-AA-T-G------GCA--A-TAAT-GGTGG-AGAAA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAC-AAA-CA-T-CTACG----AA---ATGGA-TAAAAA-ATACCT--ATC-CATA-A-T-TTC--TA----ATA-A---ATC-AA
gi|16 : AGAAA-AA---C-AA-CAATGTTA-T-ATC--TGT-TATTT----ATGC--T----TGA-TTA-------ACA---------AA-------AATACAAATAATGGTAA--ACA-----GT------GAAC-AA-T-A------GCA
gi|17 : catagatagtttttaaTTTA--TTCAAGAA-AA---C-AA-TTATGTAA-T-ATC--TGT-TA-TT----TTGC--TT-G-TGA-TTAACAAAATAC----------AA-------AAT-------ATGG--A----A-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-C-TGGT-GGT-G-ATGGA-CA-G-TT---TTattatattatttcatgaacaattctatttattctgaac
gi|19 : atat-CATTACTAGTA--CTT-----AGTTTTA-GTT-TT-A---GTTT--GAAAGTAA-AGGGTT-TGAACCAGTtcactgtcccagtaaaataacacta
gi|2 : GTTT---TTCAGAAA------C-A---TATGTT--T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC-----------A-------AAT-------ATGG--A--ACA-----GT------G-AC-AA----------GTAG-ATTGGT-GGTGG-ATGAT-CA-GTTT---TTC--GCT-CAATGAAG-CA-T-TTAAC----TA---ATATACT-ATAA-CT---T--AGC-TATATA-T-TTCT-T---T-ATG-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTTTCTTAAAAAACGCATTTGTC-AAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGT-A-TTCTTTT--TCA-CATTATTGGTA---TT-----AAT---ATATT-GTAACGAGTTT--GAACGTTGCAAGGTC-TGAACCAATAATACTATTTT-AATGTGCG-TGTTTCTT-AATCTGAAATATA
gi|20 : taTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGcgaggaaatattcagaacaaagagatgatattcatcttctatctttcacaattacagtggtgtcatatcccgtcagattttggtatagttcccaatgcctccttttttaattttcaaagagtgtggctagaataatcttaacctactatgtttatttctttgtctagtagaaaagtttctttgtcaaatactgaagtgtgaattgcagtcagaaatttgttgtatatatgggcatttagaagcctatcgcttataattcccttagttgtctgtaaaaactatctcttaacctggtgctaaaattcctttgttcataaaatgctacacttcattcaaaacattctgtgtttccatactatgaaaatccattgttttctcaatagattctttacatttgagccagttttttactattcatcatggtagaaactaatattcctaatatttcctttgtcaaaactatacaatttccagtcttcaaatgtgagccaatacttttaattgataaccatattcttctatcatatttcattggtaactaacctaattccttaaaatactgcgcttgaattattgctttgctcattacacacctaaatagcatgtattacaaattgtggtaaatacctttctaattttgagcttttaaaacctcaatttcaggcgctatccatatattgtatatataggccgtgcatatgtatctcaaaaatactataattcagtttccacattaaactgaacatccctacatgaatcttaaaaaaccaaaaatttgcttttcttccctggtctgcgat
gi|3 : TTAA--TTCTGAAA-AA---CCAG-TAATGTTA-TCATC--TGTGTA-TA----AT-----T-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--CCA-----ATCGGGTAA-AC-AG-T-ACATAGTGTAA-A-TGGT-GGTGG-A
gi|3 : tagtcAC----TAGGTATACA-TTATAA-ATATCT--CG--TATA-AGTATTCT-TGATT-ATA-ATATACT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACG-ATTTGTCAAAA-------TT----TCCCTAAATTT---CGTAA-T-C--TT--TCA-CATTATGTGTA--CTTT----AAT---A-ATTTGT-ACGAGTTTATGAAAGTTG-AAGGTCGTGAACCACTAATACT-TTTT-AATGTGCGCCGTTTCTTAAATATG---agtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatactaggtatacattataaatatctcgtataagtattcttgattataatatactaattatcttttctcttaaacgatttgtcaaaatttccctaaatttcgtaatctttcacattatgtgtactttaataatttgtacgagtttatgaaagttgaaggtcgtgaaccactaatactttttaatgtgcgccgtttcttaaatatgtcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|4 : tagtcttaattctgaaaaaccagtaatgttatcatctgtgtataattgtgattaacaaaatatggtaccaatcgggtaaacagtacatagtgtaaatggtggtggaagtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatTCAGAAA-AAAACC-AA-TCCTTTTC-T-ATC--TGT--G-TA----CCAC--AT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC----A--AAG-----AT------G-------T-G------GAAC-A-TG-T-AACAG---GGA-CA-T-TT---TTTTAAAT-CAAC-AAA-AT-T-TTAGC----AA---ATACT-T--TAACATATCT--AAC----A-A-T-TTCT--A----ACA-A---ACC-AGTT--A-TC-TTT---CTT---AAACGCATTTGTCAAAACTTTTAATT----TCCTCAAATTT---TGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGATA--CTA-----AGT---A-ATT-GT-ATAAGTTT--GAAAGATG-AGGGCC-CAAACCAGT-TTATT-TTTT-AATcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|5 : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTT--GCT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--C-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATGT---CATAA-TTC--TT--TCA-CATAATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATAacatctagatatagtgagcacttcaaagcaaaatgacattcctcttctaattcattacagtgcgtgcatactcatattcaaatgcctatctttgtttttaaagattacccaaatattcttagcata
gi|6 : GTTTA--TTCAGAAA-A----C-A--TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATG-T-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G-------TAG-A-TGGT-AGTGG-ATGAA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A---TTCT-TA--TAATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATG----TCGCTAAATTT---CGTAA--TC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATaa
gi|7 : aGTTTA--TTTAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACT-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTC----------------------------TC-CTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTC---CGTAC-TTC--TT--TC
gi|8 : ataAGAAA-AA---C-AA-CTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-T-TGA-TTA-------AC----------AAGATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATAGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AGAA-ATATCTACAGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-A-A------------------C-TTTTCTTTT---AAACACATTCGTAAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TTTGTCAGCATTATTGGTGACCTT-------T---A-ATT-GT-ACGGGTTgtcaacgttgaaaatgaattttaggaatatttatatattg
gi|9 : GTTTA--TT-AGAAA-AA---C-A--TAATGTTAAT-ATCC-TGT-TA-TA----A-AC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CAAG-TT---TTC--GAT-CAAT--AA-CA-T-TTTAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT---GC--A-A-A-T-TTCTATA--T-ATA-A---ATTAAATT--ATTC-TTTTCTCT-----AACGCATTTGTCAAAA------CCTTGAATACCTGAATTT---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGTCAGTCAGAAATTTGTATATATTCGCTTATAATTTCCCTTATTTCTGGTAAAAAAAATATCTCTTAACCTGGTGCTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 1111111 22222222 111111 11111 1 111
lowQualScore : 55 2 666 2 33 1 2 2 55 2 5 7777 33 2 2 2 8888888 3333333333 6666666 0000000 22 555 88888 777777 2 2 2 99999999 4 2 2 2 2 2 2 2 444 33 2 2 2 2 2 5555 444 2 5 2 33 66 2 2 2 11111111 44444 2 7777 5 7777 000000 7777 666 4 66 66 4 55 44444 777 4 4 4 66 5 5 8 8 0 3 777
lowQualScore : .. . ... . .. . . . .. . . .... .. . . . ....... .......... ....... ....... .. ... ..... ...... . . . ........ . . . . . . . . ... .. . . . . . .... ... . . . .. .. . . . ........ ..... . .... . .... ...... .... ... . .. .. . .. ..... ... . . . .. . . . . . . ...
lowQualScore : 00 5 999 5 66 0 5 5 99 5 0 8888 44 5 5 5 1111111 4444444444 2222222 6666666 66 111 88888 222222 5 5 5 88888888 8 7 7 5 5 7 7 7 777 99 9 9 9 9 9 7777 777 7 3 7 77 11 7 7 7 55555555 88888 7 6666 7 1111 555555 7777 444 0 11 11 4 55 00000 000 0 0 0 11 0 0 0 0 0 2 555
consensus : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
Reference ( family-1597 ) : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
gi|1 : AA-AT---C-AA-TTAGTTTA-T-ATCATTGT--A-TATCATATAC--TTAG-TGAATTA-------AC----------AA-------AAT---------GGT-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGTGGGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AT---ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--TAATATA---ATT-AATTA-A-TCTTTTTCTCTT----AAC-CATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTTATAAGTAACTTC--TT--TCA-CATTGTTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGA-TTT--GGAAGTTG-AAGGTC-TGAAC--GTAATACT-TTTTCAATGTGCT-TGTTTCTTAAATCTA---AATA
gi|10 : gtagtttttcgaaaatatcT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---T-A--AAT-CAAC-AAA-CA-T-TTAAC----AA---ATATA-T-CAAA-ATATCT--------TG-A-C-TACT-T--------------CT-AAT------------CTCTT---TAATGCATTTATCAAAA------ATT----TCACTAAATTT---TGCAA-TTT--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTTAGTAAAGT---A-ATC-TT-ATAAGTTT--GAAAGTTA-AGGGTC-TGAACCAGTAATAtagagaaattcaaaacaaaatgtattcaatcttatttcattacagtgtgtgccataaccgcttagattttggtatatcctaatgcctcacctttttctatttcaaaagagggcagataatcttaacctactatgtttttttttctttgttcttatgaaagtttccttgtcaaaataaaacgaagtgtgtgaaattgtcagtcaagtaaaattgtatatatgacattagaaattcgcttcaaattcccccttattttttttaaaaatatatcctaacctggtggctaaattctttcaaaaactgcttcattcgactaatattcctgcatttatccccatatcataaattatagataaagtccaatattattgtgctttgtgtaaatgagctttttaccatttccagtccagtttttttctagcatgtcattacatgacaatcaacatattcctatatattgatcttattcaaaaaatgatggtcaacatattcatcagtcttcaacaaagtgagccaatacttaatgataaccatatatctctaatatttcatgggtaacacactacctaattacatttaaatcttggagagctgcatttatgagagtcttctctccctattaaacctaatagatcattcgtaatataaaattgtgtaatggaaaagtacacgcattttgctatatttaggtgtagttattagaagaaccttcactccaagtttcgagcgctacaccataattttaatattacggcgtaacatattgtatcacaaaataataatattaatgagtcagtttcacatttaactgagatcatacgcctacatatgaatgtccttgagaaccataagatagttgtgctttgtcttattcttactggtcacgat
gi|11 : GTTTA--TTCAGAAACAA---C-AA-TAATGTTA-T-A-C--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TA---TA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-ATAACAA----GT------G-AC-AAAT-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATG---CA-G-TT---TTC--GATGCAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA----TACA-T-ATAA--TATCT--AGC--ATA-A-T-T-CT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TA-TTTTCTTCT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTtaaatgtatccttgatatatgcttaattgtagttatcaagaa
gi|12 : taGTTTAATTTCAGAAA-AAA--C-AA-TTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TAC---ATACTTTT-GTTGA-TTA-------AC----------AA-------AATC------ATGGT----ACA-----GT------G-AC-AA-TAA------GTAG-A-TGGT-GGTGGAATGG--CA-G-GTACATTA--ACT-TAAT-AAATCA-TAATATC----TA---GTAT-----TAA-TTATCT--AGCTTATA-A-A-TTCT-----T-ATA-A---ATT-AATTGGA-TCTTTTTCTCCT---CAA
gi|13 : ataAAA-AA---C-AAGTCATGTTA-T-ATC--TGT-TATTC----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------ATCAAAAATTCAAA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-ACAAA-TAG------GCAGTA-TGGT-GGTGG-ATGGAGCA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAACTAATTA---ATACA-T-ATAA-ATAT-T--AGC-TATA-A-T-TTT------T-ATA-A---ATC-AATT--T-TC-TTTTTT
gi|14 : attccTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TTATGTTA-C-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AAAATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AT-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CATT-TTAAC----TG---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA----AT--A---ATC-AATT--A-TC-TTTT
gi|15 : TTTA--TTCAGAAA-GA---C-GA-TCATGTTA-T-ATC--AGT-T--TA----CAGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC-------ACAATGTGGT------A-AC-AA-T-G------GCA--A-TAAT-GGTGG-AGAAA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAC-AAA-CA-T-CTACG----AA---ATGGA-TAAAAA-ATACCT--ATC-CATA-A-T-TTC--TA----ATA-A---ATC-AA
gi|16 : AGAAA-AA---C-AA-CAATGTTA-T-ATC--TGT-TATTT----ATGC--T----TGA-TTA-------ACA---------AA-------AATACAAATAATGGTAA--ACA-----GT------GAAC-AA-T-A------GCA
gi|17 : catagatagtttttaaTTTA--TTCAAGAA-AA---C-AA-TTATGTAA-T-ATC--TGT-TA-TT----TTGC--TT-G-TGA-TTAACAAAATAC----------AA-------AAT-------ATGG--A----A-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-C-TGGT-GGT-G-ATGGA-CA-G-TT---TTattatattatttcatgaacaattctatttattctgaac
gi|19 : atat-CATTACTAGTA--CTT-----AGTTTTA-GTT-TT-A---GTTT--GAAAGTAA-AGGGTT-TGAACCAGTtcactgtcccagtaaaataacacta
gi|2 : GTTT---TTCAGAAA------C-A---TATGTT--T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC-----------A-------AAT-------ATGG--A--ACA-----GT------G-AC-AA----------GTAG-ATTGGT-GGTGG-ATGAT-CA-GTTT---TTC--GCT-CAATGAAG-CA-T-TTAAC----TA---ATATACT-ATAA-CT---T--AGC-TATATA-T-TTCT-T---T-ATG-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTTTCTTAAAAAACGCATTTGTC-AAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGT-A-TTCTTTT--TCA-CATTATTGGTA---TT-----AAT---ATATT-GTAACGAGTTT--GAACGTTGCAAGGTC-TGAACCAATAATACTATTTT-AATGTGCG-TGTTTCTT-AATCTGAAATATA
gi|20 : taTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGcgaggaaatattcagaacaaagagatgatattcatcttctatctttcacaattacagtggtgtcatatcccgtcagattttggtatagttcccaatgcctccttttttaattttcaaagagtgtggctagaataatcttaacctactatgtttatttctttgtctagtagaaaagtttctttgtcaaatactgaagtgtgaattgcagtcagaaatttgttgtatatatgggcatttagaagcctatcgcttataattcccttagttgtctgtaaaaactatctcttaacctggtgctaaaattcctttgttcataaaatgctacacttcattcaaaacattctgtgtttccatactatgaaaatccattgttttctcaatagattctttacatttgagccagttttttactattcatcatggtagaaactaatattcctaatatttcctttgtcaaaactatacaatttccagtcttcaaatgtgagccaatacttttaattgataaccatattcttctatcatatttcattggtaactaacctaattccttaaaatactgcgcttgaattattgctttgctcattacacacctaaatagcatgtattacaaattgtggtaaatacctttctaattttgagcttttaaaacctcaatttcaggcgctatccatatattgtatatataggccgtgcatatgtatctcaaaaatactataattcagtttccacattaaactgaacatccctacatgaatcttaaaaaaccaaaaatttgcttttcttccctggtctgcgat
gi|3 : TTAA--TTCTGAAA-AA---CCAG-TAATGTTA-TCATC--TGTGTA-TA----AT-----T-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--CCA-----ATCGGGTAA-AC-AG-T-ACATAGTGTAA-A-TGGT-GGTGG-A
gi|3 : tagtcAC----TAGGTATACA-TTATAA-ATATCT--CG--TATA-AGTATTCT-TGATT-ATA-ATATACT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACG-ATTTGTCAAAA-------TT----TCCCTAAATTT---CGTAA-T-C--TT--TCA-CATTATGTGTA--CTTT----AAT---A-ATTTGT-ACGAGTTTATGAAAGTTG-AAGGTCGTGAACCACTAATACT-TTTT-AATGTGCGCCGTTTCTTAAATATG---agtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatactaggtatacattataaatatctcgtataagtattcttgattataatatactaattatcttttctcttaaacgatttgtcaaaatttccctaaatttcgtaatctttcacattatgtgtactttaataatttgtacgagtttatgaaagttgaaggtcgtgaaccactaatactttttaatgtgcgccgtttcttaaatatgtcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|4 : tagtcttaattctgaaaaaccagtaatgttatcatctgtgtataattgtgattaacaaaatatggtaccaatcgggtaaacagtacatagtgtaaatggtggtggaagtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatTCAGAAA-AAAACC-AA-TCCTTTTC-T-ATC--TGT--G-TA----CCAC--AT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC----A--AAG-----AT------G-------T-G------GAAC-A-TG-T-AACAG---GGA-CA-T-TT---TTTTAAAT-CAAC-AAA-AT-T-TTAGC----AA---ATACT-T--TAACATATCT--AAC----A-A-T-TTCT--A----ACA-A---ACC-AGTT--A-TC-TTT---CTT---AAACGCATTTGTCAAAACTTTTAATT----TCCTCAAATTT---TGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGATA--CTA-----AGT---A-ATT-GT-ATAAGTTT--GAAAGATG-AGGGCC-CAAACCAGT-TTATT-TTTT-AATcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|5 : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTT--GCT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--C-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATGT---CATAA-TTC--TT--TCA-CATAATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATAacatctagatatagtgagcacttcaaagcaaaatgacattcctcttctaattcattacagtgcgtgcatactcatattcaaatgcctatctttgtttttaaagattacccaaatattcttagcata
gi|6 : GTTTA--TTCAGAAA-A----C-A--TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATG-T-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G-------TAG-A-TGGT-AGTGG-ATGAA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A---TTCT-TA--TAATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATG----TCGCTAAATTT---CGTAA--TC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATaa
gi|7 : aGTTTA--TTTAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACT-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTC----------------------------TC-CTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTC---CGTAC-TTC--TT--TC
gi|8 : ataAGAAA-AA---C-AA-CTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-T-TGA-TTA-------AC----------AAGATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATAGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AGAA-ATATCTACAGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-A-A------------------C-TTTTCTTTT---AAACACATTCGTAAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TTTGTCAGCATTATTGGTGACCTT-------T---A-ATT-GT-ACGGGTTgtcaacgttgaaaatgaattttaggaatatttatatattg
gi|9 : GTTTA--TT-AGAAA-AA---C-A--TAATGTTAAT-ATCC-TGT-TA-TA----A-AC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CAAG-TT---TTC--GAT-CAAT--AA-CA-T-TTTAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT---GC--A-A-A-T-TTCTATA--T-ATA-A---ATTAAATT--ATTC-TTTTCTCT-----AACGCATTTGTCAAAA------CCTTGAATACCTGAATTT---
blockSeqs : AT C AAC C AG A A C C G T C TT . T . ACAAAAT CAAAAATTCA AATACAA ACAAATA TA TAA ATGTG CGGGTA A A A ACATAGT T T T . A G A T ACA TA G G T T A TAAT GGT C A C AC TT T G A TTGATT ATAT A GGA T AAAA CTTTTA TGAA . . TT TG G AC AGTAA TTT T T A AT C G A . C A AAA
blockSeqs : . . A . A T . . . . T . . . . . . A GATACAA C T A A . . . . AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . TTATA A . AT . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . AG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TATAT A . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . TTAT A . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TTAC A . A . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TTAT A . A . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TTA A . A . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TTT A . A . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TT A . A . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TT A . A . A . . .
blockSeqs : . . . A A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA A . . . .
blockSeqs : . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** **** A** TTAT**** A**** A*** A*** ***
originalCons : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
finalCons : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-AA--CA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCTTAT----ATAA----ATT-AATTA---TC-TTTTCTCTTA---AACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGTCAGTCAGAAATTTGTATATATTCGCTTATAATTTCCCTTATTTCTGGTAAAAAAAATATCTCTTAACCTGGTGCTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 1111111 22222222 111111 11111 1 111
lowQualScore : 55 2 666 2 33 1 2 2 55 2 5 7777 33 2 2 2 8888888 3333333333 6666666 0000000 22 555 88888 777777 2 2 2 99999999 4 2 2 2 2 2 2 2 444 33 2 2 2 2 2 5555 444 2 5 2 33 66 2 2 2 11111111 44444 2 7777 5 7777 000000 7777 666 4 66 66 4 55 44444 777 4 4 4 66 5 5 8 8 0 3 777
lowQualScore : .. . ... . .. . . . .. . . .... .. . . . ....... .......... ....... ....... .. ... ..... ...... . . . ........ . . . . . . . . ... .. . . . . . .... ... . . . .. .. . . . ........ ..... . .... . .... ...... .... ... . .. .. . .. ..... ... . . . .. . . . . . . ...
lowQualScore : 00 5 999 5 66 0 5 5 99 5 0 8888 44 5 5 5 1111111 4444444444 2222222 6666666 66 111 88888 222222 5 5 5 88888888 8 7 7 5 5 7 7 7 777 99 9 9 9 9 9 7777 777 7 3 7 77 11 7 7 7 55555555 88888 7 6666 7 1111 555555 7777 444 0 11 11 4 55 00000 000 0 0 0 11 0 0 0 0 0 2 555
consensus : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
Reference ( family-1597 ) : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TNATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATA
gi|1 : AA-AT---C-AA-TTAGTTTA-T-ATCATTGT--A-TATCATATAC--TTAG-TGAATTA-------AC----------AA-------AAT---------GGT-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGTGGGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AT---ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--TAATATA---ATT-AATTA-A-TCTTTTTCTCTT----AAC-CATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTTATAAGTAACTTC--TT--TCA-CATTGTTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGA-TTT--GGAAGTTG-AAGGTC-TGAAC--GTAATACT-TTTTCAATGTGCT-TGTTTCTTAAATCTA---AATA
gi|10 : gtagtttttcgaaaatatcT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---T-A--AAT-CAAC-AAA-CA-T-TTAAC----AA---ATATA-T-CAAA-ATATCT--------TG-A-C-TACT-T--------------CT-AAT------------CTCTT---TAATGCATTTATCAAAA------ATT----TCACTAAATTT---TGCAA-TTT--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTTAGTAAAGT---A-ATC-TT-ATAAGTTT--GAAAGTTA-AGGGTC-TGAACCAGTAATAtagagaaattcaaaacaaaatgtattcaatcttatttcattacagtgtgtgccataaccgcttagattttggtatatcctaatgcctcacctttttctatttcaaaagagggcagataatcttaacctactatgtttttttttctttgttcttatgaaagtttccttgtcaaaataaaacgaagtgtgtgaaattgtcagtcaagtaaaattgtatatatgacattagaaattcgcttcaaattcccccttattttttttaaaaatatatcctaacctggtggctaaattctttcaaaaactgcttcattcgactaatattcctgcatttatccccatatcataaattatagataaagtccaatattattgtgctttgtgtaaatgagctttttaccatttccagtccagtttttttctagcatgtcattacatgacaatcaacatattcctatatattgatcttattcaaaaaatgatggtcaacatattcatcagtcttcaacaaagtgagccaatacttaatgataaccatatatctctaatatttcatgggtaacacactacctaattacatttaaatcttggagagctgcatttatgagagtcttctctccctattaaacctaatagatcattcgtaatataaaattgtgtaatggaaaagtacacgcattttgctatatttaggtgtagttattagaagaaccttcactccaagtttcgagcgctacaccataattttaatattacggcgtaacatattgtatcacaaaataataatattaatgagtcagtttcacatttaactgagatcatacgcctacatatgaatgtccttgagaaccataagatagttgtgctttgtcttattcttactggtcacgat
gi|11 : GTTTA--TTCAGAAACAA---C-AA-TAATGTTA-T-A-C--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TA---TA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-ATAACAA----GT------G-AC-AAAT-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATG---CA-G-TT---TTC--GATGCAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA----TACA-T-ATAA--TATCT--AGC--ATA-A-T-T-CT-TA--T-ATA-A---ATT-AATT--A-TA-TTTTCTTCT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTtaaatgtatccttgatatatgcttaattgtagttatcaagaa
gi|12 : taGTTTAATTTCAGAAA-AAA--C-AA-TTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TAC---ATACTTTT-GTTGA-TTA-------AC----------AA-------AATC------ATGGT----ACA-----GT------G-AC-AA-TAA------GTAG-A-TGGT-GGTGGAATGG--CA-G-GTACATTA--ACT-TAAT-AAATCA-TAATATC----TA---GTAT-----TAA-TTATCT--AGCTTATA-A-A-TTCT-----T-ATA-A---ATT-AATTGGA-TCTTTTTCTCCT---CAA
gi|13 : ataAAA-AA---C-AAGTCATGTTA-T-ATC--TGT-TATTC----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------ATCAAAAATTCAAA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-ACAAA-TAG------GCAGTA-TGGT-GGTGG-ATGGAGCA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAACTAATTA---ATACA-T-ATAA-ATAT-T--AGC-TATA-A-T-TTT------T-ATA-A---ATC-AATT--T-TC-TTTTTT
gi|14 : attccTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TTATGTTA-C-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AAAATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AT-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CATT-TTAAC----TG---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA----AT--A---ATC-AATT--A-TC-TTTT
gi|15 : TTTA--TTCAGAAA-GA---C-GA-TCATGTTA-T-ATC--AGT-T--TA----CAGC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC-------ACAATGTGGT------A-AC-AA-T-G------GCA--A-TAAT-GGTGG-AGAAA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAC-AAA-CA-T-CTACG----AA---ATGGA-TAAAAA-ATACCT--ATC-CATA-A-T-TTC--TA----ATA-A---ATC-AA
gi|16 : AGAAA-AA---C-AA-CAATGTTA-T-ATC--TGT-TATTT----ATGC--T----TGA-TTA-------ACA---------AA-------AATACAAATAATGGTAA--ACA-----GT------GAAC-AA-T-A------GCA
gi|17 : catagatagtttttaaTTTA--TTCAAGAA-AA---C-AA-TTATGTAA-T-ATC--TGT-TA-TT----TTGC--TT-G-TGA-TTAACAAAATAC----------AA-------AAT-------ATGG--A----A-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-C-TGGT-GGT-G-ATGGA-CA-G-TT---TTattatattatttcatgaacaattctatttattctgaac
gi|19 : atat-CATTACTAGTA--CTT-----AGTTTTA-GTT-TT-A---GTTT--GAAAGTAA-AGGGTT-TGAACCAGTtcactgtcccagtaaaataacacta
gi|2 : GTTT---TTCAGAAA------C-A---TATGTT--T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC-----------A-------AAT-------ATGG--A--ACA-----GT------G-AC-AA----------GTAG-ATTGGT-GGTGG-ATGAT-CA-GTTT---TTC--GCT-CAATGAAG-CA-T-TTAAC----TA---ATATACT-ATAA-CT---T--AGC-TATATA-T-TTCT-T---T-ATG-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTTTCTTAAAAAACGCATTTGTC-AAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGT-A-TTCTTTT--TCA-CATTATTGGTA---TT-----AAT---ATATT-GTAACGAGTTT--GAACGTTGCAAGGTC-TGAACCAATAATACTATTTT-AATGTGCG-TGTTTCTT-AATCTGAAATATA
gi|20 : taTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGcgaggaaatattcagaacaaagagatgatattcatcttctatctttcacaattacagtggtgtcatatcccgtcagattttggtatagttcccaatgcctccttttttaattttcaaagagtgtggctagaataatcttaacctactatgtttatttctttgtctagtagaaaagtttctttgtcaaatactgaagtgtgaattgcagtcagaaatttgttgtatatatgggcatttagaagcctatcgcttataattcccttagttgtctgtaaaaactatctcttaacctggtgctaaaattcctttgttcataaaatgctacacttcattcaaaacattctgtgtttccatactatgaaaatccattgttttctcaatagattctttacatttgagccagttttttactattcatcatggtagaaactaatattcctaatatttcctttgtcaaaactatacaatttccagtcttcaaatgtgagccaatacttttaattgataaccatattcttctatcatatttcattggtaactaacctaattccttaaaatactgcgcttgaattattgctttgctcattacacacctaaatagcatgtattacaaattgtggtaaatacctttctaattttgagcttttaaaacctcaatttcaggcgctatccatatattgtatatataggccgtgcatatgtatctcaaaaatactataattcagtttccacattaaactgaacatccctacatgaatcttaaaaaaccaaaaatttgcttttcttccctggtctgcgat
gi|3 : TTAA--TTCTGAAA-AA---CCAG-TAATGTTA-TCATC--TGTGTA-TA----AT-----T-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--CCA-----ATCGGGTAA-AC-AG-T-ACATAGTGTAA-A-TGGT-GGTGG-A
gi|3 : tagtcAC----TAGGTATACA-TTATAA-ATATCT--CG--TATA-AGTATTCT-TGATT-ATA-ATATACT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACG-ATTTGTCAAAA-------TT----TCCCTAAATTT---CGTAA-T-C--TT--TCA-CATTATGTGTA--CTTT----AAT---A-ATTTGT-ACGAGTTTATGAAAGTTG-AAGGTCGTGAACCACTAATACT-TTTT-AATGTGCGCCGTTTCTTAAATATG---agtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatactaggtatacattataaatatctcgtataagtattcttgattataatatactaattatcttttctcttaaacgatttgtcaaaatttccctaaatttcgtaatctttcacattatgtgtactttaataatttgtacgagtttatgaaagttgaaggtcgtgaaccactaatactttttaatgtgcgccgtttcttaaatatgtcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|4 : tagtcttaattctgaaaaaccagtaatgttatcatctgtgtataattgtgattaacaaaatatggtaccaatcgggtaaacagtacatagtgtaaatggtggtggaagtaccaccgtagggaaacgtatgacgagagagctgttatccgcatcataatggatacatgatTCAGAAA-AAAACC-AA-TCCTTTTC-T-ATC--TGT--G-TA----CCAC--AT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------AC----A--AAG-----AT------G-------T-G------GAAC-A-TG-T-AACAG---GGA-CA-T-TT---TTTTAAAT-CAAC-AAA-AT-T-TTAGC----AA---ATACT-T--TAACATATCT--AAC----A-A-T-TTCT--A----ACA-A---ACC-AGTT--A-TC-TTT---CTT---AAACGCATTTGTCAAAACTTTTAATT----TCCTCAAATTT---TGTAA-TTC--TT--TCA-CATTATTGATA--CTA-----AGT---A-ATT-GT-ATAAGTTT--GAAAGATG-AGGGCC-CAAACCAGT-TTATT-TTTT-AATcttatagagaacatttcaaattcgaagaaaaagttactggatgtcgtctcta
gi|5 : GTTTA--TTCAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TTT--GCT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTCT-TA--C-ATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATGT---CATAA-TTC--TT--TCA-CATAATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATACT-TTTT-AATGTGCG-TGTTTCTTAAATCTG---TATAacatctagatatagtgagcacttcaaagcaaaatgacattcctcttctaattcattacagtgcgtgcatactcatattcaaatgcctatctttgtttttaaagattacccaaatattcttagcata
gi|6 : GTTTA--TTCAGAAA-A----C-A--TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATG-T-A---CA-----GT------G-AC-AA-T-G-------TAG-A-TGGT-AGTGG-ATGAA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-GAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A---TTCT-TA--TAATA-A---ATT-AATT--A-TC-TTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATG----TCGCTAAATTT---CGTAA--TC--TT--TCA-CATTATTGGTA--CTT-----AAT---A-ATT-GT-ACGAGTTT--GAAAGTTG-AAGGTC-TGAACCAGTAATaa
gi|7 : aGTTTA--TTTAGAAA-AA---C-AA-TAATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TA----ATAC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACT-----GT------G-AC-AA-T-G------GTAG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CA-G-TT---TCC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT--AGC-TATA-A-T-TTC----------------------------TC-CTTTCTCTT---AAACGCATTTGTCAAAA------ATT----TCCCTAAATTC---CGTAC-TTC--TT--TC
gi|8 : ataAGAAA-AA---C-AA-CTATGTTA-T-ATC--TGT-TA-TT----ATGC--TT-T-TGA-TTA-------AC----------AAGATACAAAAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-A------GCAG-A-TGGT-GGTGG-ATAGA-CA-G-TT---TTC--GAT-CAAT-AAA-CA-T-TTAAC----TA---ATACA-T-AGAA-ATATCTACAGC-TATA-A-T-TTCT-TA--T-A-A------------------C-TTTTCTTTT---AAACACATTCGTAAAAA------ATT----TCCCTAAATTT---CGTAA-TTC--TTTGTCAGCATTATTGGTGACCTT-------T---A-ATT-GT-ACGGGTTgtcaacgttgaaaatgaattttaggaatatttatatattg
gi|9 : GTTTA--TT-AGAAA-AA---C-A--TAATGTTAAT-ATCC-TGT-TA-TA----A-AC--TT-G-TGA-TTA-------AC----------AA-------AAT-------ATGGT-A--ACA-----GT------G-AC-AA-T-G------G-AG-A-TGGT-GGTGG-ATGGA-CAAG-TT---TTC--GAT-CAAT--AA-CA-T-TTTAC----TA---ATACA-T-ATAA-ATATCT---GC--A-A-A-T-TTCTATA--T-ATA-A---ATTAAATT--ATTC-TTTTCTCT-----AACGCATTTGTCAAAA------CCTTGAATACCTGAATTT---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGTCAGTCAGAAATTTGTATATATTCGCTTATAATTTCCCTTATTTCTGGTAAAAAAAATATCTCTTAACCTGGTGCTAAA