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lowQualScore                  :        3    444   33   33    2 444  6666666    2     22           55    
lowQualScore                  :        .    ...   ..   ..    . ...  .......    .     ..           ..    
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Reference ( gi|7 )            :    AGCTGTAGT---TGT--GTT--CCTT-T---TTTGTCCAAGTTA-TTCAT-TCCCCCTTTGAAGATACT
gi|8                          :    AGCTATAGT---TGT--GTTACCTTT-T---TTTGTTCAGGTTA-TTCAT-TCCTCCTTTAAATA
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gi|17                         :   tcgCTATAGT---TGT--ATT--GCTT-T---TTAGTCCAAGTTA-TTCAT-GCCCCCTTTGAAt
gi|2                          :      CTGTACC---TGT--ATT--CCCT-T---TTTCTCCAGGTTAATTCAT-TGCCCCTTTGAAtgt
gi|16                         :        aTGGT---TAT--GTT--CCTT-T---TTTGTCCAGGTTA-TTCAC-GCCCCCTTTGAACGTACtttcctttttgt
gi|9                          :         aAGT---TGT--GTT--CCCT-T---TTTGTCCCAGTTA-TCCAT-GCCCCCTTTGAATGTACT
gi|6                          :         cAGT---TGT--GTT--CCTT-T---TT-GTCCAGGTTA-TTTAT-GCTCTATTTGAATGTACtttt
gi|15                         :        ctaaT---TGT--GTT--TCTT-TAATTTTGTCCCGGTTA-T-AAT-GTCCCCTTTGAATGTACTgttt
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTCAGCACTATAGTTAAGTTCCCCTTTTTTGTCCAGGTCTTTGAAGCGTACTTTTTGT
Unaligned ( gi|5 ): ATTCAGCTGGACATGTTCTTTTTTTTTTTTTTGTACAGGTCTTTGAATGTACTTTTT
Unaligned ( gi|14 ): TCAGCTATAGCTGAGTTATTTTTTTTTGTCCAGGTCTTTGAATGTACTTTTT
Unaligned ( gi|20 ): TCAGCTATAGCAGTTTCTTTTTGTCCAGGTCTTTAAATGTACGTTTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCAGCTATAGTTGTGCTAATTTTTTGGTCCAGGTCTTTGAATGTACT






Alignments
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lowQualScore                  :               ...   ..  .. ..  ..   ...   .        ..  .   ...          .      
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Reference ( family-1577 )     :      AGCTATAGT---TGT--GT--T--CC--TTT---TTT-GTCCAGGTT-ATTCATG-CCCCCTTTGAA-TGTACT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTCAGCTGGACATGTTCTTTTTTTTTTTTTTGTACAGGTCTTTGAATGTACTTTTT






Alignments
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lowQualScore                  :               ...   ..  .. ..  ..   ...   .        ..  .   ...          .      
lowQualScore                  :               222   55  55 55  55   222   8        00  2   666          9      
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Reference ( family-1577 )     :      AGCTATAGT---TGT--GT--T--CC--TTT---TTT-GTCCAGGTT-ATTCATG-CCCCCTTTGAA-TGTACT
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gi|13                         :              c---TGT--AT--T--CC--CTT---TTT-CTCCAGGTT-ATTCATG-CCCCCTTTGAA-tt
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gi|17                         :        CTATAGT---TGT--AT--T--GC--TTT---TTA-GTCCAAGTT-ATTCATG-CCCCCTTTGAA-TGT
gi|18                         :      AGCTATAGT---TGT--GT--T--CC--TTT---TTT-GTACAGGT--------------CTTTGAA-TGTACT
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gi|4                          :    attcCTATAGT---TAA--GT--T--CCCCTTT---TTT-GTCCAGGT--------------CTTTGAAGCGTACTtttt
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gi|7                          :      AGCTGTAGT---TGT--GT--T--CC--TTT---TTT-GTCCAAGTT-ATTCATT-CCCCCTTTGAA-GATACTgttt
gi|8                          :      AGCTATAGT---TGT--GT--TACCT--TTT---TTT-GTTCAGGTT-ATTCATT-CCTCCTTTAAA-TAT
gi|9                          :           cAGT---TGT--GT--T--CC--CTT---TTT-GTCCCAGTT-ATCCATG-CCCCCTTTGAA-TGTACT


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blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   GC           .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   GT           .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   GC           .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   GC           .
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blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   TG           .
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blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   A   GC           .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        T   T   TC           .
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blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        .   .   .            .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        .   .   .            .
blockSeqs                     :               .     .   .  .   .    .     .        .   .   .            .
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blockSeqCons                  :                                                            GC*
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTCAGCTGGACATGTTCTTTTTTTTTTTTTTGTACAGGTCTTTGAATGTACTTTTT






Alignments
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lowQualScore                  :               ...   ..  .. ..  ..   ...   .        ..  .   ...          .      
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTCAGCTGGACATGTTCTTTTTTTTTTTTTTGTACAGGTCTTTGAATGTACTTTTT