lowQualScore : 1 1 2222 11 3333 1 11 1 22 11 2222 1111 22222 1 3333333333333 2222222 111 11 111 11 5555555555555555555 11111 44444444444444444444444 3333333333333333 22222222 1 1 1111111 1111 11 1 111111 1111 1111 1 1111 111111 1 999999999999 1111 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999 3 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 333333
lowQualScore : 3 3 6666 7 44 3 1111 3 88 0 00 11 8 8 8 8 11 5555 8 2 7777 8 0 8 8 8 33333 0 666 0000000000000 8 6666666 333 11 6 666 66 9999999999999999999 0 22222 4 55 00000000000000000000000 55 55 55 55 5 6666666666666666 5 5 55555555 66 5 2 66 0 5 5555555 7777 33 77 5 5 0 5 3 66 000000 66 6 0000 5 5 0 9999 5 999 77 1 5 5 6 5555 5 5 77 77 77 77 5 666666 1 5 0 5 5 0 5 5 5 5 5 5 77 0 333333333333 5 5 1 5 4 99 6 7 6 6666 6 6 1 4444 7777777777777777777777777777777777777777777777 99 6 1 777777 6 1 88888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 333333
lowQualScore : . . .... . .. . .... . .. . .. .. . . . . .. .... . . .... . . . . . ..... . ... ............. . ....... ... .. . ... .. ................... . ..... . .. ....................... .. .. .. .. . ................ . . ........ .. . . .. . . ....... .... .. .. . . . . . .. ...... .. . .... . . . .... . ... .. . . . . .... . . .. .. .. .. . ...... . . . . . . . . . . . . .. . ............ . . . . . .. . . . .... . . . .... .............................................. .. . . ...... . . ........ ................................................................... .. . ......
lowQualScore : 3 3 0000 3 33 7 7777 3 33 0 88 88 0 0 0 0 00 4444 0 2 0000 0 8 2 0 0 55555 0 555 5555555555555 0 8888888 555 55 7 000 88 2222222222222222222 7 55555 0 55 55555555555555555555555 55 55 55 55 0 0000000000000000 0 0 00000000 99 0 5 99 0 7 9999999 9999 66 99 0 0 2 0 2 99 111111 99 2 6666 0 0 2 0000 0 111 99 4 0 0 5 6666 0 6 99 99 11 99 7 444444 4 7 1 0 0 1 0 7 7 7 7 7 99 1 000000000000 7 7 7 7 0 22 7 3 7 3333 7 7 7 2222 7777777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 777777 7 7 77777777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 0 777777
consensus : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTATAT---TGA-CA--ATCTA-ATG-NTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GAT--GGCA-GAGATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA------------T--AN--TACTCGTATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA-------T---A-----CT----CG--G--A--CTGTA--TAAA-TGCC------A-G-----A-AGACG-A--------AT--TGGAC-GTCCCC--AT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAAT-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCAAAAATTGAAACATA-----AC---ACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T-T-------TTTA--TT-CCTTTTAT-TTGCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-AC-TATGAATA-AA-CCTAA--TT----A-ATT-------T-----------AGATG----G--GG--GGGGGGGGGGGCTGCAG-TT-TGAACAA
Reference ( gi|2 ) : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-TGTGAATGGATATTTCGGTATAA---TGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GAT--GTCA-GAAATA--TTAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-CTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA------------T--AC--TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA-------T---A-----C-----CG--G--A--CTGTA--TAAA-TGTC------A-A-----A-AGACG-A--------AT--TGGAC-GTCTCC--AT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACGA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTGAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAAT-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCAAAAATTGAAACATACATGTAA---ACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATAAT--G-ATGGA-T-ATCCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AGTT-T-------TTTA--TT-CCTTTTATGTTGCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATATAT-TATGAATATAA-CCTAA--TT----G-ATT-------T-----------AG-------G--GG--GGGGGGGGGGGCTACA--TT-GGAACAA
gi|3 : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC---GATATCTACAT-CGTGAATGGATATTTCGGTATAT---TGA-CATAATCTA-ATG--TATATTGAAAAGACCA-TTAG-ATTAT-TTT--GAT--GGCA-GATATA--TCAT-CTGTTAGTACA-AAT-GAGA-CTGC-T-CGCG-ATATAAAA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-AGTCAA-TTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA------------T--AAAGTACTCGTATGGCAT-AA-----TAAGGA--TTCCCA-------T---A-----C-----AG--GGGA--CTGTA--TAAA-TGCC------AGA-----A-AGACG-A---------T--AGGAC-GTC-CC--AT-TACA-TTG-----G-TACCG----TCAATG--AT--GGTG-TACACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-TAAC--GGAAGA-TT----GCC-TGATGGTT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATTACAC--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AA-AATAACCGCTA--TTGATAT-ATA--AT-A------CATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTATGA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCAAAAATTGAAACA-AC---------ACAGCTCT-TCTGCA-TTTATT-ATGCATAATTGA-ATGGATT-ATTCT-AA-T-TAATTAATCCTTT----AAT--ATTTA--T-AT---AGCA------AGTTGT-------TTTA--TTGTCCTTTATTTGGCAAA--TTGGGC-ATTTTA--CATGA-ATAT
gi|11 : taaATATTAAGAAGAGTGAGACGGCGA-ATCTACACGTGTGAATGGATATTTGGGTATTATCTTGATCA--ATCTAGATGTCTAAATTGACAAG-CCATTTAG-ATTTTATTT--GATTGGCTA-GAACTA---TAT-CTG---------------AA-CTGCAT-C-CG-ATAT---A--T-A---------A-GATAAGTG-TCA---GACGCGA-TCAA-TTGT-Gg
gi|9 : aaAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-CGTGGATGAATATTTTGGTATAT---TGA-CA--ATCTA-ATG-
gi|14 : aaagA-ATG-AT---TTGACAAG-CCT-TTAGCATTAT-TTTCCGATC-GGCATGAGATAACTCATTCTCTTAGTACAAAAT-GAGACCTGC-TCC-CGCATATAGCATGT-AAACATGATTA-GATCAGTGTT-AT--GACGC-G-ATAA-ATA--GATC-GTGTAGACGCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactactcgcatcgcatcattgggattcccatactggcggactgtat
gi|4 : TG-GTATATTGACAAA-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GAT--GGCA-GAAATA--TAGT-CTGTTAGTACAGAATGGAGA-CTGC-T---CG-ATATAACA--TAAA-------TA-GATCAGTG-T-----GACGC-AGTCAATTTAT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA------------TAAAG--TACTCGTATCG-ATCAA-----AG-GGA--TTCCCA-------T---A-----C-----TGGCG--A--CTGTA--TAAA-TG-C------A-G-----A-AG-CGAA--------ATGGTGGAC-GTTCCC--AT-TACA-TTG-----G-TCCCA----TCAATG--AT---GTG-T-CATCTCAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTCGTGATGATT-ACATTCATTTGTTCCATTTT-ATCACAT--GAGAATTT-AAA-ACTGAACAGT-TATATT----AAGAAT-ACCGCTAATTTG--AT-ATATCAT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCGCA-TATT-A-TTGGCTGAGTG---AATGCAAAAATTGAAACATA-----AC---ACAGTGCTGTCTGCA-TTTTAT-ATGCATAAT--GTATGAA-T-ATTCTCAA-T-TCATT-A----TT---------ATTT---T-GA---TGC-------AAGT-G-------TTTA--TT-CCTTTTAT-TTGCAAA--TTG-GC-ATTTTA--TTACA-ATA------TATGAA---AACCCTAA--TT----C-ATT-------T-----------AG-------GATGG--GGGGGGGGGGG
gi|7 : TATACTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GAT--AGCA-GAGATA--TCAC-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-ATGg
gi|5 : -AA-------TAAGATCAGTG-T-GATCGACAA-A-TCAA-TTGTTGA-CAGTCTAGAAAACCAACAATAAAGGTAGTTC--AC--TACCCGTATCGC-TCAACAACATG-GTA--TCACCAATGGAATT---C-----C-----CG--G--A-----TA--AAAA-TGCCGT----A-A-----C-AGAGG-AGA------AT--TTGACAG---CC--GTATACAATTG-----G-TCCCGG---TCAATA--ATCAGGTG-T-CAC-ACAA-GAATAA--GATT-------CA------------T----GC-----TGA---------AT--GTTCAA-TTT-ATGACAT--TAAA--CA-AAATATTGAACTGG-TAT-TT----AAAAAT-AC-GATA--TTG--AT--T----T-A------CA--A-ACGCACAG-GTGGT-GTA-GAATATGC-TGAAAATCAATTATCG-A-TATTTA-TTGG-TGA-TGGAAAAGGCAAAAAATGAAACA-----ATAAC--ACAGTGCT-TGTGCACTTTA-T-ATGCATATT--G-A--AA-T-----TCAA-TGCATTTGG----TT----AA---TTTTTC-T-CA---AG-----------T-T-------TTTA--TT-C--TCTGTCTTGCAAT--T---GC-A-TTTA--TAACA-ATA-------ATAAA-AGAA-CCTAACTTT----A-ATT-------T-----------AGATGAGCTG--AG--GGGGGGGGGGtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacgaattggacgtccccattttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|7 : G-C-A---GAGAT-A-TCAC-CTGT-TA---GT--ACAGAATGAGAA------------T--G---TACTCGTATCGCATCAA-----AG-GGA--TTCCCA-------T---A-----CTGG--CG--G--A--CTGTA--TAAA-TGCC------A-G-----A-AGACG-A--------AT--TGGAC-GTCCCC--AT-T
gi|9 : tatactgacaagccattagattattttgata------------T--AC--TACTCGCATCGCATCAT-----TG-GGA--TTCCCA-------T---A-----CTGG--CG--G--A--CTGTA--Tttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|8 : aaagatgagaagaggagaccaatatctacaccgtggatgaatattttggtatattgacaatctaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt--TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA-------T---A-----C----------------------TAAA-TGCC------A-G-----A-AGACG-A--------AT--TGGAC-GTCCCC--AT-TACA-TTG-----T-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TTAAAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAAT-ATCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-ATACATGTATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCG
gi|7 : AA-----TT-GGACGTCCCCA-------TTTTN-----G-----CG--G--A--CTGTA--TAAA-TGCC------A-G-----A-AGACG-A--------AT--TGCAC-GTCCCC--AT-TACA-TTG-----G-TCCCGGCTGTCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATA-TATATT----AAGAAT-ATCGCTA--TTG--AT-CTA--AT-A------TATCA-ACGTACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATTAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCAAAAATTGAAACATA-----AC---ACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCAT
gi|17 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagaatgtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacg-----TG-GGA--TTCCCA-------T---A-----CTGA--CG--G--A--CTGTA--TA
gi|1 : atG-GGA--TTCCCA-------T---A-----CTCTGACG--G--AACTTGTAAATAAAATGAG------A-ACCGTGATAGGTG-AGTACGCTCAT--TGAGC-GTTGCCGCATATATA-TTGTGTAAA-TCCTA----TCAATAGAAT--GGTT-T-CATCACAAAGAATAACAGACTATGCATTCAACTCGGAGGATTTTGGGGAA-TGAGGATT-AACTTCATTTGTCG---TTC-ATCACATTTAAAG--TTTAAA-ACTGAAAATGAGATATTTTTAAAGAAT-AA---TA--CTG--ATGATA--ATCA------TATCATACGCACGGAGTGATTGTA-GA-TATGCGCGAAATCCATTCATCG-A-TATG-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCATGAAATAAAATA-ACATAT-C---ACATTGGT-TGTGCA-TTTATT--TGCAAGTT--G-ATGGA-T-AGTTTCAATT-TAATTAT----TT---------ATTT---CAAA---AGCATTCGTTAATT-TTCCATTATTTA--TT-CCTCTTAT-TTGCAAAT-T---GCTATTT--------A-ATA-ATAC-TA--A--ATAG-CCAAA--TTTCA-G-ATC-------TTTAAAGCATAGAG-------G--GGGAGGGGGGGGGGGCTGCAG-TT-TGAACA
gi|13 : caaatgaG-GGA--ATCCCA-------T---AACTGAT-----CG--G--A--CTG-A--TAAA-TGGCCGTGATA-G-----A-GGAC--A--------AT--TGGAC-GTCCCA--AT------TTG-----GTTTCCA----TCAATGC-AT--GGCATT-CACCACAA-AA--AA--GAATA---TA-CAAC--GGAGGA-TT----GCC-TGCTTATA-ACTTTCA-TTGT--AG-TTTCATT-CAT--AAAtatgtgaatagtggattccattgttaatcgacacaattagaacactgattgttcactcataaaacctaatctaatagatgtgtcttaaattcactgtctaacatatgtcctagacagatatcgtttacatccaaattttatattcagactggtcataagaagtccta
gi|12 : -T-CACCAC-A-GA-TA---GACTA---GT-CAAC--G-AAGATTT----GCC-TGAGAATTAACATTCATTTGTT-CA-TTT-ATCACAT---AAA--TT--AA-ACTGAACATG-TATTCTA---AAGAAT-ACCtt
gi|6 : agggaaaaatgctaaaggccatcgaatacgtcctataaatccgacgttgtcatagcccA-ACTGAAAATG-TAT-TA----AAGAA--ATAGCTG--TTG--A--ATA--TC-A------TATCATACGCA-GG-GTATTGGTA-AA-TGCGCG-GAAAATCAATTTACG-AATATG-AATTTGCTGA-TT--AAAT-CATAAAT--AAA-ATAAAT-CAATTCACAATGTG-TGTGCA-TTTATTGATGCAAGTT--G-A-GGA-TTAGTTTCAA-T-TAATTAA----TTCATCAATGCATTTCGTT-AATTTA-C-------AAAT-T-------ATTAAGTT-CCTCTAAT-TTGCAAA--T-------TGTCAATTAA---ATATATAC-TA--AATAAAG-CCAAA--TTTTCAG-ATCCTTGACAT-----------AG-------G--AG--GGTGGGGG-GGCTGCAAGTT-GAACCAc
gi|10 : GTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGACTGA-TG--AAATGCAAAAATCGAAACATA-----AC---ACAGTGCT-TATGCA-TTTATT-AAGCATAAT--G-ATGGA-T-ATTCTCAG-T-TAATTAA----TT-----A---ATTT---C-AA---TGC-------AG-T-T-------TTTA--TT-CCTTTTAT-TTGCAAAATT---GC-ATTTTA--TAACA-ATA------TATGAAT-TAA-CCTAA--CT----A-ATT-------T-----------Atatgaataatgattcccatgtttattccgatcaaaatagaacaactgattgttcacctaataacctaaatctaaagattttacttataattccactgcttaacatatttcagacaagtatcatttaactcaaattatatatcaactgggttcataagaagcct
gi|15 : A--TAAGATATATAAATATATGAATA--A-C-TAA--TT----ACATT-------T-----------AGATG----G--GG--GGGGGGGGGGGCTACA--TTCTGAACAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTCGCTACCCGTATCGGTTTACAACATGGGTATTACCATTGGGATTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 1 1 11 1 11 11 111 11 2222222 22222 111 1 4444444444444444444 11111 111111 22222 111111 22222222222 11111111 1111111 1111 11 1 1111 111111 1 2222222222222 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 3333333333 111111111 11111 222222222 1
lowQualScore : 0 0 666 3 0 0 0 33 0 33 8 55 6 6 6 6 99 6 6 6 6 2 99 5 6 5 6 6 8 666 8 0 11 6 1111111 6 6 66666 777 6 6 8 6 3 6 99 4444444444444444444 11111 3 55 000000 3 99999 3 000000 55 4 33333333333 4 4 4 4 66666666 66 66 0 66 5 2222222 5555 11 66 4 4 4 66 777 4 66 4 9999 4 4 22 4 4 777 66 0 4 4 4 3333 4 4 55 66 66 55 66 5 444444 0 5 4 4 5 5 5 5 5 66 5 2 66 5 3333333333333 5 5 0 5 1 77 5 5 5 5 1 5 5 0 2222 666666666666666666666666666666666666666666666666 77 5 5 5 222222 5 66 4 5 66 2222222222 444444444 77 11111 5 666666666 99 6 2
lowQualScore : . . ... . . . . .. . .. . .. . . . . .. . . . . . .. . . . . . . ... . . .. . ....... . . ..... ... . . . . . . .. ................... ..... . .. ...... . ..... . ...... .. . ........... . . . . ........ .. .. . .. . ....... .... .. .. . . . .. ... . .. . .... . . .. . . ... .. . . . . .... . . .. .. .. .. .. . ...... . . . . . . . . . .. . . .. . ............. . . . . . .. . . . . . . . . .... ................................................ .. . . . ...... . .. . . .. .......... ......... .. ..... . ......... .. . .
lowQualScore : 0 0 222 2 0 2 0 88 0 88 0 55 7 7 7 7 22 7 7 7 7 2 22 2 7 2 7 7 0 000 0 8 00 7 7777777 7 7 77777 777 7 7 0 7 3 7 22 9999999999999999999 11111 6 00 555555 6 00000 6 555555 00 4 44444444444 4 4 4 4 11111111 11 11 1 33 0 6666666 6666 99 99 4 4 4 11 888 4 11 6 4444 4 4 99 4 4 111 99 0 4 4 8 9999 4 4 88 99 99 11 99 0 444444 0 0 4 4 0 0 0 0 0 99 0 2 99 0 0000000000000 0 0 4 0 0 99 7 0 7 7 3 7 7 1 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 7 7 444444 7 99 5 0 99 5555555555 666666666 99 66666 7 777777777 22 7 8
consensus : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-TG--CG-GAC------TGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-AT--ATA-A-TAT--GAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
Reference ( family-1556 ) : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-NTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAGATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGTATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-T---CG-GAC------TGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-AT--ATA-ACTAT--GAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCAGTTTGAACAA
gi|1 : G-GGA--TTCCCA------TA-C-T---CT-GACGGAACTTGTAAATAAAATGAGAACC-----GTGATA-GGTG-AGTACGCTCAT--TGAGCGTTGCCGCATATATA-TTGTGTAAA-TCCTA----TCAATAGAAT--GGTT-T-CATCACAAAGAATAACAGACTATGCATTCAACTCGGAGGATTTTGGGGAA-TGAGGATT-AACTTCATTTGTC--G-TTC-ATCACATTTAAAG--TTTAAA-ACTGAAAATGAGATATTTTTAAAGAA-T-AA---TA--CTG--ATGATA--ATCA------TATCATACGCACGGAGTGATTGTA-GA-TATGCGCGAAATCCATTCATCG-A-TATG-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCATGAAATAAAATAACA-TA-----T-------CACATTGGT-TGTGCA-TTTATT--TGCAAGTT--G-ATGGA-T-AGTTTCAATT-TAATTAT----TT---------ATTT---CAAA---AGCATTCGTTAA-T--TTTCCATTATTTA--TT-CCTCTTAT-TT-GCAAAT-T---GCTATTTAA--TAATA-CTAAATA-GCCA----AATTTCA-GA-TCT----TTA-AAGCATA-GAG---------GGG--GAGGGGGGGGGGGCTGCAGTTTGAACA
gi|10 : caaatgaGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGACTGA-TG--AAATGCA-AAAATCGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TATGCA-TTTATT-AAGCATAAT--G-ATGGA-T-ATTCTCAG-T-TAATTAA----TT-----A---ATTT---C-AA---TGC-------AG-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAAATT---GC-ATTTTA--TAACA-AT--A-----TAT--GAAT---T-AA-CCTAA--CTA-A--TTTA-tatgtgaatagtggattccattgttaatcgacacaattagaacactgattgttcactcataaaacctaatctaatagatgtgtcttaaattcactgtctaacatatgtcctagacagatatcgtttacatccaaattttatattcagactggtcataagaagtccta
gi|11 : ATATTAAGAAGAGTGAGACGGCGA-ATCTACACGTGTGAATGGATATTTGGGTATTATCTTGATCA--ATCTAGATGTCTAAATTGACAAG-CCATTTAG-ATTTTATTT--GATT-GGCTA-GAACTA--T-AT-CTG---------------AA-CTGCAT-C-CG-ATAT---A--T-A---------A-GATAAGTG-TCA---GACGCGA-TCAA-TTGT-G
gi|12 : aa-T-CACCACAG---ATA---GACTA---GT-CAAC--G-AAGATTT----GCC-TGAGAATTAACATTCATTTGTTC-A-TTT-ATCACAT---AAA--TT--AA-ACTGAACATG-TATTCTA---AAGAA-T-ACC
gi|13 : agggaaaaatgctaaaggccatcgaatacgtcctataaatccgacgttgtcatagcccG-GGA--ATCCCA------TAAC-TGATCG-GAC------TG-A--TAAA-TGG---CCGTGATA-GA-G-GAC--A--------AT--TGGACGT--CCCAAT------TTG-----GTTTCCA----TCAATGC-AT--GGCATT-CACCACAA-AA--AA--GAATA---TA-CAAC--GGAGGA-TT----GCC-TGCTTATA-ACTTTCA-TTGT--AG-TTTCATT-CAT--AAAc
gi|14 : A-ATG-AT---TTGACAAG-CCT-TTAGCATTAT-TTTCCGA-TCGGC-ATGAGATAACTCATTCTCTTAGTACAAAAT-GAGACCTGC-TCC-CGCATATAGCATGT-AAACATGATTA-GATCAGTGTT-AT--GACGCGA-TAAA-T--A-GATC-GTGTAG-ACG--CTCAtt
gi|15 : A--TAAGATAT--ATA-AATATATGAAT---A-A---CTAA--TTACA--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACATTCTGAACAA
gi|17 : -----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-TGA-CG-GAC------TGTA--TAgaaaacgtgaatgaattcatgttatttgaacaactgaactctgactttttcactagatacctacttttagatg
gi|2 : atATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-TGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--ATGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GTC-A-GAAATA--TTAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-CTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AC--TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-----CG-GAC------TGTA--TAAA-TG----TC-----A-AA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CTCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACGA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTGAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TACATGTA-------AACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATAAT--G-ATGGA-T-ATCCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AGTT--T--------TTTA--TT-CCTTTTATGTT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-AT--ATATATTAT--GAAT---ATAA-CCTAA--TTG-A--TTTA-------------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACA-TTGGAACAA
gi|3 : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC---GATATCTACAT-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CATAATCTA-ATG--TATATTGAAAAGACCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GATATA--TCAT-CTGTTAGTACA-AAT-GAGA-CTGC-T-CGCG-ATATAAAA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-AGTCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AAAGTACTCGTATGGCAT-AA-----TAAGGA--TTCCCA------TA-CAG---GG-GAC------TGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-AAGACG-A---------T--AGGACGT--CCC-AT-TACA-TTG-----G-TACCG----TCAATG--AT--GGTG-TACACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-TAAC--GGAAGA-TT----GCC-TGATGGTT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATTACAC--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AA-AA-TAACCGCTA--TTGATAT-ATA--AT-A------CATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTATGA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AAC---A-----A-------CACAGCTCT-TCTGCA-TTTATT-ATGCATAATTGA-ATGGATT-ATTCT-AA-T-TAATTAATCCTTT----AAT--ATTTA--T-AT---AGC-------AAGTTGT--------TTTA--TTGTCCTTTAT-TTGGCAAA--TTGGGC-ATTTTA--CATGA-AT--AT
gi|4 : taaTG-GTATATTGACAAA-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TAGT-CTGTTAGTACAGAATGGAGA-CTGC-T---CG-ATATAACA--TAAA-------TA-GATCAGTG-T-----GACGC-AGTCAATTTAT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------TAAAG--TACTCGTATCG-ATCAA-----AG-GGA--TTCCCA------TA-C-T---GGCGAC------TGTA--TAAA-TG-----C-----A-GA-A-G-CGAA--------ATGGTGGACGT--TCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCA----TCAATG--AT---GTG-T-CATCTCAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTCGTGATGATT-ACATTCATTTGTTCCATTTT-ATCACAT--GAGAATTT-AAA-ACTGAACAGT-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTAATTTG--AT-ATATCAT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCGCA-TATT-A-TTGGCTGAGTG---AATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCTGTCTGCA-TTTTAT-ATGCATAAT--GTATGAA-T-ATTCTCAA-T-TCATT-A----TT---------ATTT---T-GA---TGC-------AAGT--G--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--TTG-GC-ATTTTA--TTACA-AT--A-----TAT--GAA----A-AC-CCTAA--TTC-A--TTTAGGAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGg
gi|5 : -AA-------TAAGATCAGTG-T-GATCGACAA-A-TCAA-TTGTTGA-CAGTCTAG-AAA--ACCAACAATAAAGGTAGTTC--AC--TACCCGTATCGC-TCAACAACATG-GTA--TCACCAATGGAATT-C-C---CG-GA---------TA--AAAA-TG----CCGTAACA-GA-G-GA-G-A--------AT--TTGACAG--CCGTAT--ACAATTG-----G-TCCCGG---TCAATA--ATCAGGTG-T-CAC-ACAA-GAATAA--GATT-------CA------------T----GC-----TGA---------AT--GTTCAA-TTT-ATGACAT--TAAA--CA-AAATATTGAACTGG-TAT-TT----AAAAA-T-AC-GATA--TTG--AT--T----T-A------CA--A-ACGCACAG-GTGGT-GTA-GAATATGC-TGAAAATCAATTATCG-A-TATTTA-TTGG-TGA-TGGAAAAGGCA-AAAAATGA--AACAATA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCACTTTA-T-ATGCATATT--G-A--AA-T-----TCAA-TGCATTTGG----TT----AA---TTTTTC-T-CA---AG-----------T--T--------TTTA--TT-CTCTGT-C-TT-GCAAT--T---GC-A-TTTA--TAACA-AT--A------AT--AAAA---G-AA-CCTAACTTTA-A--TTTA-GAT---------GAGCTG-AGGGGGGGGGG
gi|6 : A-ACTGAAAATG-TAT-TA----AAGAAAT-A--GCTG--TTG--A--ATA--TC-A------TATCATACGCA-GG-GTATTGGTA-AA-TGCGCG-GAAAATCAATTTACG-AATATG-AATTTGCTGA-TT--AAAT-CA-TAAAT--A--AA-A-TA-----AATCAATTCACAATGTG-TGTGCA-TTTATTGATGCAAGTT--G-A-GGA-TTAGTTTCAA-T-TAATTAA----TTCATCAATGCATTTCGTT-AATTTACA-------AA-T--T--------ATTAAGTT-CCTCTAAT-TT-GCAAA--T-------TGTCAATTAA---AT--ATATACTA----AAT---A-AAGCCAAA--TT-----TTCA-GATCCTTGACATAGG--A-GGGTGGGGGGGCTGCAAGTTGAACg
gi|7 : TATACTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-AGC-A-GAGATA--TCAC-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-ATGcatatgaataatgattcccatgtttattccgatcaaaatagaacaactgattgttcacctaataacctaaatctaaagattttacttataattccactgcttaacatatttcagacaagtatcatttaactcaaattatatatcaactgggttcataagaagcct
gi|7 : -GT-TAGTACAGAATGAGAA------------T---G--TACTCGTATCGCATCAA-----AG-GGA--TTCCCA------TA-C-TGG-CG-GAC------TGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-Ttactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacgaattggacgtccccattttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|7 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctAA-----TT-GGACGTCCCCA------TT-T-TNG-CG-GAC------TGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGCACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCGGCTGTCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATA-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-CTA--AT-A------TATCA-ACGTACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATTAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|8 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagaatgtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacg--TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-T----------------------AAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----T-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TTAAAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-ATACATGTATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCG
gi|9 : AT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-CGTGGATGAATATTTTGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-
gi|9 : aaag------------T--AC--TACTCGCATCGCATCAT-----TG-GGA--TTCCCA------TA-C-TGG-CG-GAC------TGTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactactcgcatcgcatcattgggattcccatactggcggactgtat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTCGCTACCCGTATCGGTTTACAACATGGGTATTACCATTGGGATTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 1 1 11 1 11 11 111 11 2222222 22222 111 1 4444444444444444444 3333333333333333 222222 22222222222 11111111 1111111 1111 11 1 1111 111111 1 2222222222222 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 33333333 111111111 11111 222222222 1
lowQualScore : 0 0 666 3 0 0 0 33 0 33 8 44 6 6 6 6 99 6 6 6 6 0 99 5 6 5 6 6 8 666 8 0 11 6 1111111 6 6 66666 777 6 6 8 6 3 6 99 4444444444444444444 7777777777777777 3 55 3 666666 55 55 4 33333333333 4 4 4 4 66666666 66 66 0 66 5 2222222 5555 11 66 4 4 4 66 777 4 66 4 9999 4 4 22 4 4 777 66 0 4 4 4 3333 4 4 55 66 66 55 66 5 444444 0 5 4 4 5 5 5 5 5 66 5 2 66 5 3333333333333 5 5 0 5 1 77 5 5 5 5 1 5 5 0 2222 666666666666666666666666666666666666666666666666 77 5 5 5 222222 5 66 1 5 33333333 888 444444444 77 11111 5 666666666 99 6 0
lowQualScore : . . ... . . . . .. . .. . .. . . . . .. . . . . . .. . . . . . . ... . . .. . ....... . . ..... ... . . . . . . .. ................... ................ . .. . ...... .. .. . ........... . . . . ........ .. .. . .. . ....... .... .. .. . . . .. ... . .. . .... . . .. . . ... .. . . . . .... . . .. .. .. .. .. . ...... . . . . . . . . . .. . . .. . ............. . . . . . .. . . . . . . . . .... ................................................ .. . . . ...... . .. . . ........ ... ......... .. ..... . ......... .. . .
lowQualScore : 0 0 222 2 0 2 0 88 0 88 0 99 7 7 7 7 22 7 7 7 7 3 22 2 7 2 7 7 0 000 0 8 00 7 7777777 7 7 77777 777 7 7 0 7 3 7 22 9999999999999999999 9999999999999999 6 00 6 555555 00 00 4 44444444444 4 4 4 4 11111111 11 11 1 33 0 6666666 6666 99 99 4 4 4 11 888 4 11 6 4444 4 4 99 4 4 111 99 0 4 4 8 9999 4 4 88 99 99 11 99 0 444444 0 0 4 4 0 0 0 0 0 99 0 2 99 0 0000000000000 0 0 4 0 0 99 7 0 7 7 3 7 7 1 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 7 7 444444 7 99 4 0 11111111 000 666666666 99 66666 7 777777777 22 7 8
consensus : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT---G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-A---TA--TGAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
Reference ( family-1556 ) : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT---G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-A---TA--TGAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
gi|1 : G-GGA--TTCCCATA-CTCTGA--CGGAACTTGTAAATAAAATGAGAACC-----GTGATA-GGTG-AGTACGCTCAT--TGAGCGTTGCCGCATATATA-TTGTGTAAA-TCCTA----TCAATAGAAT--GGTT-T-CATCACAAAGAATAACAGACTATGCATTCAACTCGGAGGATTTTGGGGAA-TGAGGATT-AACTTCATTTGTC--G-TTC-ATCACATTTAAAG--TTTAAA-ACTGAAAATGAGATATTTTTAAAGAA-T-AA---TA--CTG--ATGATA--ATCA------TATCATACGCACGGAGTGATTGTA-GA-TATGCGCGAAATCCATTCATCG-A-TATG-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCATGAAATAAAATAACA-TA-----T-------CACATTGGT-TGTGCA-TTTATT--TGCAAGTT--G-ATGGA-T-AGTTTCAATT-TAATTAT----TT---------ATTT---CAAA---AGCATTCGTTAA-T--TTTCCATTATTTA--TT-CCTCTTAT-TT-GCAAAT-T---GCTATTTAA--TAATA-CTA-A-A---TAGCCAAATTTCA-GA-TCT----TTA-AAGCATA-GAG---------GGG--GAGGGGGGGGGGGCTGCAGTTTGAACA
gi|10 : caaatgaGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGACTGA-TG--AAATGCA-AAAATCGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TATGCA-TTTATT-AAGCATAAT--G-ATGGA-T-ATTCTCAG-T-TAATTAA----TT-----A---ATTT---C-AA---TGC-------AG-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAAATT---GC-ATTTTA--TAACA-AT----A---TA--TGAAT---T-AA-CCTAA--CTA-A--TTTA-tatgtgaatagtggattccattgttaatcgacacaattagaacactgattgttcactcataaaacctaatctaatagatgtgtcttaaattcactgtctaacatatgtcctagacagatatcgtttacatccaaattttatattcagactggtcataagaagtccta
gi|11 : ATATTAAGAAGAGTGAGACGGCGA-ATCTACACGTGTGAATGGATATTTGGGTATTATCTTGATCA--ATCTAGATGTCTAAATTGACAAG-CCATTTAG-ATTTTATTT--GATT-GGCTA-GAACTA--T-AT-CTG---------------AA-CTGCAT-C-CG-ATAT---A--T-A---------A-GATAAGTG-TCA---GACGCGA-TCAA-TTGT-G
gi|12 : aa-T-CACCACAG---ATA---GACTA---GT-CAAC--G-AAGATTT----GCC-TGAGAATTAACATTCATTTGTTC-A-TTT-ATCACAT---AAA--TT--AA-ACTGAACATG-TATTCTA---AAGAA-T-ACC
gi|13 : agggaaaaatgctaaaggccatcgaatacgtcctataaatccgacgttgtcatagcccG-GGA--ATCCCATAACT---GATCGGA--CTG-A--TAAA-TGG---CCGTGATA-GA-G-GAC--A--------AT--TGGACGT--CCCAAT------TTG-----GTTTCCA----TCAATGC-AT--GGCATT-CACCACAA-AA--AA--GAATA---TA-CAAC--GGAGGA-TT----GCC-TGCTTATA-ACTTTCA-TTGT--AG-TTTCATT-CAT--AAAc
gi|14 : A-ATG-AT---TTGACAAG-CCT-TTAGCATTAT-TTTCCGA-TCGGC-ATGAGATAACTCATTCTCTTAGTACAAAAT-GAGACCTGC-TCC-CGCATATAGCATGT-AAACATGATTA-GATCAGTGTT-AT--GACGCGA-TAAA-T--A-GATC-GTGTAG-ACG--CTCAtt
gi|15 : A--TAAGATATATA-AATATA--TGAAT---A-A---CTAA--TTACA--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACATTCTGAACAA
gi|17 : TG-GGA--TTCCCATA-CT---GA-CGGA--CTGTA--TAgaaaacgtgaatgaattcatgttatttgaacaactgaactctgactttttcactagatacctacttttagatg
gi|2 : atATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-TGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--ATGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GTC-A-GAAATA--TTAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-CTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AC--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-C-------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----TC-----A-AA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CTCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACGA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTGAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TACATGTA-------AACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATAAT--G-ATGGA-T-ATCCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AGTT--T--------TTTA--TT-CCTTTTATGTT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATATAT--TA--TGAAT---ATAA-CCTAA--TTG-A--TTTA-------------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACA-TTGGAACAA
gi|3 : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC---GATATCTACAT-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CATAATCTA-ATG--TATATTGAAAAGACCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GATATA--TCAT-CTGTTAGTACA-AAT-GAGA-CTGC-T-CGCG-ATATAAAA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-AGTCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AAAGTACTCGTATGGC----------------AT-AATAAGGA--TTCCCATA-CA---G--GGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-AAGACG-A---------T--AGGACGT--CCC-AT-TACA-TTG-----G-TACCG----TCAATG--AT--GGTG-TACACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-TAAC--GGAAGA-TT----GCC-TGATGGTT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATTACAC--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AA-AA-TAACCGCTA--TTGATAT-ATA--AT-A------CATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTATGA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AAC---A-----A-------CACAGCTCT-TCTGCA-TTTATT-ATGCATAATTGA-ATGGATT-ATTCT-AA-T-TAATTAATCCTTT----AAT--ATTTA--T-AT---AGC-------AAGTTGT--------TTTA--TTGTCCTTTAT-TTGGCAAA--TTGGGC-ATTTTA--CATGA-ATAT
gi|4 : taaTG-GTATATTGACAAA-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TAGT-CTGTTAGTACAGAATGGAGA-CTGC-T---CG-ATATAACA--TAAA-------TA-GATCAGTG-T-----GACGC-AGTCAATTTAT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------TAAAG--TACTCGTATCG-----------------ATCAAAG-GGA--TTCCCATA-CT---G--GCGA--CTGTA--TAAA-TG-----C-----A-GA-A-G-CGAA--------ATGGTGGACGT--TCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCA----TCAATG--AT---GTG-T-CATCTCAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTCGTGATGATT-ACATTCATTTGTTCCATTTT-ATCACAT--GAGAATTT-AAA-ACTGAACAGT-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTAATTTG--AT-ATATCAT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCGCA-TATT-A-TTGGCTGAGTG---AATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCTGTCTGCA-TTTTAT-ATGCATAAT--GTATGAA-T-ATTCTCAA-T-TCATT-A----TT---------ATTT---T-GA---TGC-------AAGT--G--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--TTG-GC-ATTTTA--TTACA-AT----A---TA--TGAA----A-AC-CCTAA--TTC-A--TTTAGGAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGg
gi|5 : -AA-------TAAGATCAGTG-T-GATCGACAA-A-TCAA-TTGTTGA-CAGTCTAG-AAA--ACCAACAATAAAGGTAGTTC--AC--TACCCGTATCGCTCAACAACATGGTATCACCAATG-GAA--TTCCC-------------GGA-----TA--AAAA-TG----CCGTAACA-GA-G-GA-G-A--------AT--TTGACAG--CCGTAT--ACAATTG-----G-TCCCGG---TCAATA--ATCAGGTG-T-CAC-ACAA-GAATAA--GATT-------CA------------T----GC-----TGA---------AT--GTTCAA-TTT-ATGACAT--TAAA--CA-AAATATTGAACTGG-TAT-TT----AAAAA-T-AC-GATA--TTG--AT--T----T-A------CA--A-ACGCACAG-GTGGT-GTA-GAATATGC-TGAAAATCAATTATCG-A-TATTTA-TTGG-TGA-TGGAAAAGGCA-AAAAATGA--AACAATA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCACTTTA-T-ATGCATATT--G-A--AA-T-----TCAA-TGCATTTGG----TT----AA---TTTTTC-T-CA---AG-----------T--T--------TTTA--TT-CTCTGT-C-TT-GCAAT--T---GC-A-TTTA--TAACA-ATA--------A--TAAAA---G-AA-CCTAACTTTA-A--TTTA-GAT---------GAGCTG-AGGGGGGGGGG
gi|6 : A-ACTGAAAATG-TAT-TA----AAGAAAT-A--GCTG--TTG--A--ATA--TC-A------TATCATACGCA-GG-GTATTGGTA-AA-TGCGCG-GAAAATCAATTTACG-AATATG-AATTTGCTGA-TT--AAAT-CA-TAAAT--A--AA-A-TA-----AATCAATTCACAATGTG-TGTGCA-TTTATTGATGCAAGTT--G-A-GGA-TTAGTTTCAA-T-TAATTAA----TTCATCAATGCATTTCGTT-AATTTACA-------AA-T--T--------ATTAAGTT-CCTCTAAT-TT-GCAAA--T-------TGTCAATTAAAT-ATATA-C---TA----AAT---A-AAGCCAAA--TT-----TTCA-GATCCTTGACATAGG--A-GGGTGGGGGGGCTGCAAGTTGAACg
gi|7 : TATACTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-AGC-A-GAGATA--TCAC-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-ATGcatatgaataatgattcccatgtttattccgatcaaaatagaacaactgattgttcacctaataacctaaatctaaagattttacttataattccactgcttaacatatttcagacaagtatcatttaactcaaattatatatcaactgggttcataagaagcct
gi|7 : -GT-TAGTACAGAATGAGAA------------T---G--TACTCGTATCGC----------------ATCAAAG-GGA--TTCCCATA-CT---GG-CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-Ttactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacgaattggacgtccccattttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|7 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctAATT-GGACGTCCCCATT-TTN--G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGCACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCGGCTGTCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATA-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-CTA--AT-A------TATCA-ACGTACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATTAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|8 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagaatgtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacg--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT--------------------AAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----T-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TTAAAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-ATACATGTATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCG
gi|9 : AT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-CGTGGATGAATATTTTGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-
gi|9 : aaag------------T--AC--TACTCGCATCGC----------------ATCATTG-GGA--TTCCCATA-CTG--G--CGGA--CTGTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactactcgcatcgcatcattgggattcccatactggcggactgtat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTCGCTACCCGTATCGGTTTACAACATGGGTATTACCATTGGGATTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 1 1 11 1 11 11 111 11 2222222 22222 111 1 4444444444444444444 3333333333333333 222222 22222222222 11111111 1111111 1111 11 1 1111 111111 1 2222222222222 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 33333333 111111111 11111 222222222 1
lowQualScore : 0 0 666 3 0 0 0 33 0 33 8 44 6 6 6 6 99 6 6 6 6 0 99 5 6 5 6 6 8 666 8 0 11 6 1111111 6 6 66666 777 6 6 8 6 3 6 99 4444444444444444444 7777777777777777 3 55 3 666666 55 55 4 33333333333 4 4 4 4 66666666 66 66 0 66 5 2222222 5555 11 66 4 4 4 66 777 4 66 4 9999 4 4 22 4 4 777 66 0 4 4 4 3333 4 4 55 66 66 55 66 5 444444 0 5 4 4 5 5 5 5 5 66 5 2 66 5 3333333333333 5 5 0 5 1 77 5 5 5 5 1 5 5 0 2222 666666666666666666666666666666666666666666666666 77 5 5 5 222222 5 66 1 5 33333333 888 444444444 77 11111 5 666666666 99 6 0
lowQualScore : . . ... . . . . .. . .. . .. . . . . .. . . . . . .. . . . . . . ... . . .. . ....... . . ..... ... . . . . . . .. ................... ................ . .. . ...... .. .. . ........... . . . . ........ .. .. . .. . ....... .... .. .. . . . .. ... . .. . .... . . .. . . ... .. . . . . .... . . .. .. .. .. .. . ...... . . . . . . . . . .. . . .. . ............. . . . . . .. . . . . . . . . .... ................................................ .. . . . ...... . .. . . ........ ... ......... .. ..... . ......... .. . .
lowQualScore : 0 0 222 2 0 2 0 88 0 88 0 99 7 7 7 7 22 7 7 7 7 3 22 2 7 2 7 7 0 000 0 8 00 7 7777777 7 7 77777 777 7 7 0 7 3 7 22 9999999999999999999 9999999999999999 6 00 6 555555 00 00 4 44444444444 4 4 4 4 11111111 11 11 1 33 0 6666666 6666 99 99 4 4 4 11 888 4 11 6 4444 4 4 99 4 4 111 99 0 4 4 8 9999 4 4 88 99 99 11 99 0 444444 0 0 4 4 0 0 0 0 0 99 0 2 99 0 0000000000000 0 0 4 0 0 99 7 0 7 7 3 7 7 1 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 7 7 444444 7 99 4 0 11111111 000 666666666 99 66666 7 777777777 22 7 8
consensus : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT---G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-A---TA--TGAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
Reference ( family-1556 ) : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT---G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-A---TA--TGAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
gi|1 : G-GGA--TTCCCATA-CTCTGA--CGGAACTTGTAAATAAAATGAGAACC-----GTGATA-GGTG-AGTACGCTCAT--TGAGCGTTGCCGCATATATA-TTGTGTAAA-TCCTA----TCAATAGAAT--GGTT-T-CATCACAAAGAATAACAGACTATGCATTCAACTCGGAGGATTTTGGGGAA-TGAGGATT-AACTTCATTTGTC--G-TTC-ATCACATTTAAAG--TTTAAA-ACTGAAAATGAGATATTTTTAAAGAA-T-AA---TA--CTG--ATGATA--ATCA------TATCATACGCACGGAGTGATTGTA-GA-TATGCGCGAAATCCATTCATCG-A-TATG-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCATGAAATAAAATAACA-TA-----T-------CACATTGGT-TGTGCA-TTTATT--TGCAAGTT--G-ATGGA-T-AGTTTCAATT-TAATTAT----TT---------ATTT---CAAA---AGCATTCGTTAA-T--TTTCCATTATTTA--TT-CCTCTTAT-TT-GCAAAT-T---GCTATTTAA--TAATA-CTA-A-A---TAGCCAAATTTCA-GA-TCT----TTA-AAGCATA-GAG---------GGG--GAGGGGGGGGGGGCTGCAGTTTGAACA
gi|10 : caaatgaGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGACTGA-TG--AAATGCA-AAAATCGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TATGCA-TTTATT-AAGCATAAT--G-ATGGA-T-ATTCTCAG-T-TAATTAA----TT-----A---ATTT---C-AA---TGC-------AG-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAAATT---GC-ATTTTA--TAACA-AT----A---TA--TGAAT---T-AA-CCTAA--CTA-A--TTTA-tatgtgaatagtggattccattgttaatcgacacaattagaacactgattgttcactcataaaacctaatctaatagatgtgtcttaaattcactgtctaacatatgtcctagacagatatcgtttacatccaaattttatattcagactggtcataagaagtccta
gi|11 : ATATTAAGAAGAGTGAGACGGCGA-ATCTACACGTGTGAATGGATATTTGGGTATTATCTTGATCA--ATCTAGATGTCTAAATTGACAAG-CCATTTAG-ATTTTATTT--GATT-GGCTA-GAACTA--T-AT-CTG---------------AA-CTGCAT-C-CG-ATAT---A--T-A---------A-GATAAGTG-TCA---GACGCGA-TCAA-TTGT-G
gi|12 : aa-T-CACCACAG---ATA---GACTA---GT-CAAC--G-AAGATTT----GCC-TGAGAATTAACATTCATTTGTTC-A-TTT-ATCACAT---AAA--TT--AA-ACTGAACATG-TATTCTA---AAGAA-T-ACC
gi|13 : agggaaaaatgctaaaggccatcgaatacgtcctataaatccgacgttgtcatagcccG-GGA--ATCCCATAACT---GATCGGA--CTG-A--TAAA-TGG---CCGTGATA-GA-G-GAC--A--------AT--TGGACGT--CCCAAT------TTG-----GTTTCCA----TCAATGC-AT--GGCATT-CACCACAA-AA--AA--GAATA---TA-CAAC--GGAGGA-TT----GCC-TGCTTATA-ACTTTCA-TTGT--AG-TTTCATT-CAT--AAAc
gi|14 : A-ATG-AT---TTGACAAG-CCT-TTAGCATTAT-TTTCCGA-TCGGC-ATGAGATAACTCATTCTCTTAGTACAAAAT-GAGACCTGC-TCC-CGCATATAGCATGT-AAACATGATTA-GATCAGTGTT-AT--GACGCGA-TAAA-T--A-GATC-GTGTAG-ACG--CTCAtt
gi|15 : A--TAAGATATATA-AATATA--TGAAT---A-A---CTAA--TTACA--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACATTCTGAACAA
gi|17 : TG-GGA--TTCCCATA-CT---GA-CGGA--CTGTA--TAgaaaacgtgaatgaattcatgttatttgaacaactgaactctgactttttcactagatacctacttttagatg
gi|2 : atATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-TGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--ATGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GTC-A-GAAATA--TTAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-CTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AC--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-C-------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----TC-----A-AA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CTCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACGA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTGAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TACATGTA-------AACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATAAT--G-ATGGA-T-ATCCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AGTT--T--------TTTA--TT-CCTTTTATGTT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATATAT--TA--TGAAT---ATAA-CCTAA--TTG-A--TTTA-------------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACA-TTGGAACAA
gi|3 : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC---GATATCTACAT-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CATAATCTA-ATG--TATATTGAAAAGACCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GATATA--TCAT-CTGTTAGTACA-AAT-GAGA-CTGC-T-CGCG-ATATAAAA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-AGTCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AAAGTACTCGTATGGC----------------AT-AATAAGGA--TTCCCATA-CA---G--GGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-AAGACG-A---------T--AGGACGT--CCC-AT-TACA-TTG-----G-TACCG----TCAATG--AT--GGTG-TACACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-TAAC--GGAAGA-TT----GCC-TGATGGTT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATTACAC--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AA-AA-TAACCGCTA--TTGATAT-ATA--AT-A------CATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTATGA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AAC---A-----A-------CACAGCTCT-TCTGCA-TTTATT-ATGCATAATTGA-ATGGATT-ATTCT-AA-T-TAATTAATCCTTT----AAT--ATTTA--T-AT---AGC-------AAGTTGT--------TTTA--TTGTCCTTTAT-TTGGCAAA--TTGGGC-ATTTTA--CATGA-ATAT
gi|4 : taaTG-GTATATTGACAAA-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TAGT-CTGTTAGTACAGAATGGAGA-CTGC-T---CG-ATATAACA--TAAA-------TA-GATCAGTG-T-----GACGC-AGTCAATTTAT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------TAAAG--TACTCGTATCG-----------------ATCAAAG-GGA--TTCCCATA-CT---G--GCGA--CTGTA--TAAA-TG-----C-----A-GA-A-G-CGAA--------ATGGTGGACGT--TCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCA----TCAATG--AT---GTG-T-CATCTCAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTCGTGATGATT-ACATTCATTTGTTCCATTTT-ATCACAT--GAGAATTT-AAA-ACTGAACAGT-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTAATTTG--AT-ATATCAT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCGCA-TATT-A-TTGGCTGAGTG---AATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCTGTCTGCA-TTTTAT-ATGCATAAT--GTATGAA-T-ATTCTCAA-T-TCATT-A----TT---------ATTT---T-GA---TGC-------AAGT--G--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--TTG-GC-ATTTTA--TTACA-AT----A---TA--TGAA----A-AC-CCTAA--TTC-A--TTTAGGAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGg
gi|5 : -AA-------TAAGATCAGTG-T-GATCGACAA-A-TCAA-TTGTTGA-CAGTCTAG-AAA--ACCAACAATAAAGGTAGTTC--AC--TACCCGTATCGCTCAACAACATGGTATCACCAATG-GAA--TTCCC-------------GGA-----TA--AAAA-TG----CCGTAACA-GA-G-GA-G-A--------AT--TTGACAG--CCGTAT--ACAATTG-----G-TCCCGG---TCAATA--ATCAGGTG-T-CAC-ACAA-GAATAA--GATT-------CA------------T----GC-----TGA---------AT--GTTCAA-TTT-ATGACAT--TAAA--CA-AAATATTGAACTGG-TAT-TT----AAAAA-T-AC-GATA--TTG--AT--T----T-A------CA--A-ACGCACAG-GTGGT-GTA-GAATATGC-TGAAAATCAATTATCG-A-TATTTA-TTGG-TGA-TGGAAAAGGCA-AAAAATGA--AACAATA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCACTTTA-T-ATGCATATT--G-A--AA-T-----TCAA-TGCATTTGG----TT----AA---TTTTTC-T-CA---AG-----------T--T--------TTTA--TT-CTCTGT-C-TT-GCAAT--T---GC-A-TTTA--TAACA-ATA--------A--TAAAA---G-AA-CCTAACTTTA-A--TTTA-GAT---------GAGCTG-AGGGGGGGGGG
gi|6 : A-ACTGAAAATG-TAT-TA----AAGAAAT-A--GCTG--TTG--A--ATA--TC-A------TATCATACGCA-GG-GTATTGGTA-AA-TGCGCG-GAAAATCAATTTACG-AATATG-AATTTGCTGA-TT--AAAT-CA-TAAAT--A--AA-A-TA-----AATCAATTCACAATGTG-TGTGCA-TTTATTGATGCAAGTT--G-A-GGA-TTAGTTTCAA-T-TAATTAA----TTCATCAATGCATTTCGTT-AATTTACA-------AA-T--T--------ATTAAGTT-CCTCTAAT-TT-GCAAA--T-------TGTCAATTAAAT-ATATA-C---TA----AAT---A-AAGCCAAA--TT-----TTCA-GATCCTTGACATAGG--A-GGGTGGGGGGGCTGCAAGTTGAACg
gi|7 : TATACTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-AGC-A-GAGATA--TCAC-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-ATGcatatgaataatgattcccatgtttattccgatcaaaatagaacaactgattgttcacctaataacctaaatctaaagattttacttataattccactgcttaacatatttcagacaagtatcatttaactcaaattatatatcaactgggttcataagaagcct
gi|7 : -GT-TAGTACAGAATGAGAA------------T---G--TACTCGTATCGC----------------ATCAAAG-GGA--TTCCCATA-CT---GG-CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-Ttactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacgaattggacgtccccattttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|7 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctAATT-GGACGTCCCCATT-TTN--G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGCACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCGGCTGTCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATA-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-CTA--AT-A------TATCA-ACGTACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATTAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|8 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagaatgtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacg--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT--------------------AAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----T-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TTAAAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-ATACATGTATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCG
gi|9 : AT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-CGTGGATGAATATTTTGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-
gi|9 : aaag------------T--AC--TACTCGCATCGC----------------ATCATTG-GGA--TTCCCATA-CTG--G--CGGA--CTGTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactactcgcatcgcatcattgggattcccatactggcggactgtat
blockSeqs : . . C T . . . . TA . A A . C . CC . C . T AC C T A G C . CC C TG A ACATGAT A T GATC GA T T . A C T GA ATAAAGGTAGTTCAC TCAACAACATGGTATC A CG A GAT . . . GCCGTGAT . . A A . GG . T A GT GCTG C CA T A . . . . . T . G A GA T C A AT A T . T A A A CC AT AT A TC . TACATG T . T A C A T A G GA . C . A AATCAATT G C G A TG T T T T T . G TCCT CATCAATGCATTTCGTTAATTTACAAATT AG G G G TTGG . AT C T ATAAATA T TATAA CT ACA G CCTTGACAT CT . T
blockSeqs : . . C T . . . . . . G . . . . . . . . . . T . G . . . CG . . . . . . AT AG . . . . . . . TAAAG . . . . GA . . . CCGTAAC . . . . . . . T . G G . . . . . . . . . T . . . CA . . A . . . . A . . . CC . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . CATGTA . . . A . . T . . T . . . AATATTTATATAGCAAGTTGT . . . . ATT . . G . ATATAT T TAAAG . AA . . . . A
blockSeqs : . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . C . G . . . C . . . . . . A AG . . . . . . . TAAAG . . . . GG . . . TC . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . T . . . CC . . A . . . . A . . . CC . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . A . . T . . T . . . AAATTTTAAAGCAGTTT . . . . TTG . . C . ATAC T TTAA . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . A A . . . . . . . TAC . . . . NG . . . CC . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . T . . . CA . . G . . . . A . . . CC . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . A . . T . . T . . . AATTTCAATGCAGTT . . . . T . . G . A T AGAA . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . TG . . . . GG . . . CC . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . T . . . CA . . T . . . . A . . . TC . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . T . . . . . G . . . ATTTTGATGCAAGTG . . . . T . . C . A T TAA . AA . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . CC . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . CA . . A . . . . A . . . TC . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . T . . . . . . . . . AATTTTTCTCAAGTT . . . . T . . C . A . AAC . . .
blockSeqs : . . . G . . . CC . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : G* *** A**** TAAAG************** GG**** ** ** CC********* ******** ** T* G****** ** ** *** ** **** CA A** **** CC A* ** AATTTTAATGCAAGTTT******************************* TTG*** ATA***** T** TANAA**** AA***
originalCons : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T-C-CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACA------------T--AN--TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CT---G--CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT----AA---ATTT---T-AA---AGC-------AA-T--T--------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAA--T---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-A---TA--TGAAT---A-AA-CCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
finalCons : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATGG-TATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTGC-T---CG-ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-TA----GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAG-ACA--ATCAACATAAAG--------------TACTCGCATCGC----------------ATCAATG-GGA--TTCCCATA-CTGG----CGGA--CTGTA--TAAA-TGCC---------A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCATT-ACA-TTGG------TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACATA--AAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--ATA-TA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TTAATTTTAATGCAAGTTT-------------------------------TTTA--TT-CCTTTTAT-TT-GCAAATTG---GC-ATTTTA--TAACA-ATATA-----TAT--GAATANAA----CCTAA--TTAA---TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTCGCTACCCGTATCGGTTTACAACATGGGTATTACCATTGGGATTCC
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 1 1 11 1 11 11 11111 11 2222222 22222 111 1 1 22222222222 11111 1111111111 22222222222 11111111 1111111 1111 11 1 1111 111111 1 2222222222222 1111 44444444444444444444444444444444444444444 11 111 111 11 111111 11111 222222222 1
lowQualScore : 0 0 666 3 0 0 0 33 0 33 8 44 6 6 6 6 99 6 6 6 6 0 99 5 6 5 6 6 99 11111 6 55 3 99 5 1111111 6 6 66666 777 6 6 8 8 6 0 33333333333 11111 3 55 3 5555555555 55 55 4 33333333333 4 4 4 4 66666666 66 66 0 66 5 2222222 5555 11 66 4 4 4 66 777 4 66 4 9999 4 4 22 4 4 777 66 0 4 4 4 3333 4 4 55 66 66 55 66 5 444444 0 5 4 4 5 5 5 5 5 66 5 2 66 5 3333333333333 5 5 0 5 1 77 5 5 5 5 1 5 5 0 2222 77 5 66666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 5 00 1 0 000 0 000 33 111111 77 11111 5 666666666 99 6 0
lowQualScore : . . ... . . . . .. . .. . .. . . . . .. . . . . . .. . . . . . .. ..... . .. . .. . ....... . . ..... ... . . . . . . ........... ..... . .. . .......... .. .. . ........... . . . . ........ .. .. . .. . ....... .... .. .. . . . .. ... . .. . .... . . .. . . ... .. . . . . .... . . .. .. .. .. .. . ...... . . . . . . . . . .. . . .. . ............. . . . . . .. . . . . . . . . .... .. . ......................................... . . . . .. . . ... . ... .. ...... .. ..... . ......... .. . .
lowQualScore : 0 0 222 2 0 2 0 88 0 88 0 99 7 7 7 7 22 7 7 7 7 3 22 2 7 2 7 7 22 88888 7 88 2 22 7 7777777 7 7 77777 777 7 7 0 0 0 0 99999999999 11111 6 00 6 8888888888 00 00 4 44444444444 4 4 4 4 11111111 11 11 1 33 0 6666666 6666 99 99 4 4 4 11 888 4 11 6 4444 4 4 99 4 4 111 99 0 4 4 8 9999 4 4 88 99 99 11 99 0 444444 0 0 4 4 0 0 0 0 0 99 0 2 99 0 0000000000000 0 0 4 0 0 99 7 0 7 7 3 7 7 1 1111 11 7 77777777777777777777777777777777777777777 7 7 7 7 00 7 4 999 4 000 66 999999 99 66666 7 777777777 22 7 8
consensus : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTG--C--T--C-G--ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA-TAAAG---------TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCATA-CT--GG------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT-AAT-T-----------TTA-AT--GCA------AGTT-T-------TTTA-TT-CCTTTTAT-TT-GCAAATT-GGCATTTTATAACAATATA---TA--TGAA--TAAAACCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
Reference ( family-1556 ) : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CGATATCTACAC-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TCAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTG--C--T--C-G--ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-TTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA-TAAAG---------TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCATA-CT--GG------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATANT--G-ATGGA-T-ATTCTCAA-T-TAATTAA----TT-AAT-T-----------TTA-AT--GCA------AGTT-T-------TTTA-TT-CCTTTTAT-TT-GCAAATT-GGCATTTTATAACAATATA---TA--TGAA--TANAACCTAA--TTA-A--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTGCANTTTGAACAA
gi|1 : G-GGA--TTCCCATA-CTCTGA------CGGAACTTGTAAATAAAATGAGAACC-----GTGATA-GGTG-AGTACGCTCAT--TGAGCGTTGCCGCATATATA-TTGTGTAAA-TCCTA----TCAATAGAAT--GGTT-T-CATCACAAAGAATAACAGACTATGCATTCAACTCGGAGGATTTTGGGGAA-TGAGGATT-AACTTCATTTGTC--G-TTC-ATCACATTTAAAG--TTTAAA-ACTGAAAATGAGATATTTTTAAAGAA-T-AA---TA--CTG--ATGATA--ATCA------TATCATACGCACGGAGTGATTGTA-GA-TATGCGCGAAATCCATTCATCG-A-TATG-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCATGAAATAAAATAACA-TA-----T-------CACATTGGT-TGTGCA-TTTATT--TGCAAGTT--G-ATGGA-T-AGTTTCAATT-TAATTAT----TT-ATT-T-----------CAA-AA--GCATTCGTTAATT-TTCCATTATTTA-TT-CCTCTTAT-TT-GCAAATT-GCTATTTAATAATACTAAA---TAGCCAAATTTCAGATCT----TTA-AAGCATA-GAG---------GGG--GAGGGGGGGGGGGCTGCAGTTTGAACA
gi|10 : caaatgaGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGACTGA-TG--AAATGCA-AAAATCGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TATGCA-TTTATT-AAGCATAAT--G-ATGGA-T-ATTCTCAG-T-TAATTAA----TT-AAT-T-----------TCA-AT--GCA------G--T-T-------TTTA-TT-CCTTTTAT-TT-GCAAAAT-TGCATTTTATAACA--ATA---TA--TGAA--T-TAACCTAA--CTA-A--TTTA-tatgtgaatagtggattccattgttaatcgacacaattagaacactgattgttcactcataaaacctaatctaatagatgtgtcttaaattcactgtctaacatatgtcctagacagatatcgtttacatccaaattttatattcagactggtcataagaagtccta
gi|11 : ATATTAAGAAGAGTGAGACGGCGA-ATCTACACGTGTGAATGGATATTTGGGTATTATCTTGATCA--ATCTAGATGTCTAAATTGACAAG-CCATTTAG-ATTTTATTT--GATT-GGCTA-GAACTA--T-AT-CTG---------------AA-CTG--CATC--C-G--ATAT---A--T-A---------A-GATAAGTG-TCA---GACGCGA-TCAA-TTGT-G
gi|12 : aa-T-CACCACAG---ATA---GACTA---GT-CAAC--G-AAGATTT----GCC-TGAGAATTAACATTCATTTGTTC-A-TTT-ATCACAT---AAA--TT--AA-ACTGAACATG-TATTCTA---AAGAA-T-ACC
gi|13 : agggaaaaatgctaaaggccatcgaatacgtcctataaatccgacgttgtcatagcccG-GGA--ATCCCATAACT--GAT-----CGGA--CTG-A--TAAA-TGG---CCGTGATA-GA-G-GAC--A--------AT--TGGACGT--CCCAAT------TTG-----GTTTCCA----TCAATGC-AT--GGCATT-CACCACAA-AA--AA--GAATA---TA-CAAC--GGAGGA-TT----GCC-TGCTTATA-ACTTTCA-TTGT--AG-TTTCATT-CAT--AAAc
gi|14 : A-ATG-AT---TTGACAAG-CCT-TTAGCATTAT-TTTCCGA-TCGGC-ATGAGATAACTCATTCTCTTAGTACAAAAT-GAGACCTG--C--TCCC-GC-ATATAGCATGT-AAACATGATTA-GATCAGTGTT-AT--GACGCGA-TAAA-T--A-GATC-GTGTAGACGCTCAtt
gi|15 : TATAA----ATA---TA--TGAA--TAA---CTAA--TTACA--TTTA-GAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACATTCTGAACAA
gi|17 : ataagata-----TG-GGA--TTCCCATA-CT--GA------CGGA--CTGTA--TAgaaaacgtgaatgaattcatgttatttgaacaactgaactctgactttttcactagatacctacttttagatg
gi|2 : atATAT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-TGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--ATGA-CA--ATCTA-ATG-GTATATTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GTC-A-GAAATA--TTAT-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-CTG--C--T--CCG--ATATAACA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-A-TCAA-CTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA-TAC-----------TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCATA-C-----------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----TC-----A-AA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CTCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACGA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTGAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TACATGTA-------AACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATAAT--G-ATGGA-T-ATCCTCAA-T-TAATTAA----TTAAAT-T-----------TTA-AA--GC-------AGTT-T-------TTTA-TT-CCTTTTATGTT-GCAAAT---GCATTTTATAACAATATATATTA--TGAA--TATAACCTAA--TTG-A--TTTA-------------GGG--G-GGGGGGGGGGGCTACA-TTGGAACAA
gi|3 : ATAT-GAGAAGAG-GAGAC---GATATCTACAT-CGTGAATGGATATTTCGGTA-TA--TTGA-CATAATCTA-ATG--TATATTGAAAAGACCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GATATA--TCAT-CTGTTAGTACA-AAT-GAGA-CTG--C--T--C-GCGATATAAAA--T-AA-------TA-GATCAGTG-T-A---GACGC-AGTCAA-TTGT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA-TAAAG---------TACTCGTATGGCAT-AA-----TAAGGA--TTCCCATA-CA--GG-------GGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-AAGACG-A---------T--AGGACGT--CCC-AT-TACA-TTG-----G-TACCG----TCAATG--AT--GGTG-TACACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-TAAC--GGAAGA-TT----GCC-TGATGGTT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATTACAC--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATG-TATATT----AA-AA-TAACCGCTA--TTGATAT-ATA--AT-A------CATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTATGA-TATGCGTGAAAATCAATTATCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AAC---A-----A-------CACAGCTCT-TCTGCA-TTTATT-ATGCATAATTGA-ATGGATT-ATTCT-AA-T-TAATTAATCCTTT-AATAT-----------TTATATA-GCA------AGTTGT-------TTTA-TTGTCCTTTAT-TTGGCAAATTGGGCATTTTACATGAATAT
gi|4 : taaTG-GTATATTGACAAA-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-GGC-A-GAAATA--TAGT-CTGTTAGTACAGAATGGAGA-CTG--C--T--C-G--ATATAACA--TAAA-------TA-GATCAGTG-T-----GACGC-AGTCAATTTAT-GA-C-GT-TAGACAATCAACA-TAAAG---------TACTCGTATCG-ATCAA-----AG-GGA--TTCCCATA-CT--GG------C-GA--CTGTA--TAAA-TG-----C-----A-GA-A-G-CGAA--------ATGGTGGACGT--TCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCA----TCAATG--AT---GTG-T-CATCTCAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTCGTGATGATT-ACATTCATTTGTTCCATTTT-ATCACAT--GAGAATTT-AAA-ACTGAACAGT-TATATT----AAGAA-T-ACCGCTAATTTG--AT-ATATCAT-A------TATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATCAATTATCGCA-TATT-A-TTGGCTGAGTG---AATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCTGTCTGCA-TTTTAT-ATGCATAAT--GTATGAA-T-ATTCTCAA-T-TCATT-A----TT--AT-T-----------TTG-AT--GCA------AG-T-G-------TTTA-TT-CCTTTTAT-TT-GCAAATT-GGCATTTTATTACA--ATA---TA--TGA----AAACCCTAA--TTC-A--TTTAGGAT---------GGG--G-GGGGGGGGGGg
gi|5 : -AA-------TAAGATCAGTG-T-GATCGACAA-A-TCAA-TTGTTGA-CAGTCTAGAAAACCAACAATAAAGGTAGTTCACTACCCGTATCGC-TCAACAACATG-GTA--TCACCA-A--T--GGAATTCCCGGA-----TA--AAAA-TG----CCGTAACA-GA-G-GA-G-A--------AT--TTGACAG--CCGTAT--ACAATTG-----G-TCCCGG---TCAATA--ATCAGGTG-T-CAC-ACAA-GAATAA--GATT-------CA------------T----GC-----TGA---------AT--GTTCAA-TTT-ATGACAT--TAAA--CA-AAATATTGAACTGG-TAT-TT----AAAAA-T-AC-GATA--TTG--AT--T----T-A------CA--A-ACGCACAG-GTGGT-GTA-GAATATGC-TGAAAATCAATTATCG-A-TATTTA-TTGG-TGA-TGGAAAAGGCA-AAAAATGA--AACAATA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCACTTTA-T-ATGCATATT--G-A--AA-T-----TCAA-TGCATTTGG----TT-AAT-T-----------TTT-CT---CA------AG-T-T-------TTTA-TT-CTCTGT-C-TT-GC-AATT--GCA-TTTATAACAATA------A--TAAA---AGAACCTAACTTTA-A--TTTA-GAT---------GAGCTG-AGGGGGGGGGG
gi|6 : A-ACTGAAAATG-TAT-TA----AAGAAAT-A--GCTG--TTG--A--ATA--TC-A------TATCATACGCA-GG-GTATTGGTA-AA-TGCGCG-GAAAATCAATTTACG-AATATG-AATTTGCTGA-TT--AAAT-CA-TAAAT--A--AA-A-TA-----AATCAATTCACAATGTG-TGTGCA-TTTATTGATGCAAGTT--G-A-GGA-TTAGTTTCAA-T-TAATTAA----TT-CAT-CAATGCATTTCGTTA-ATTTACA------AATT-A-------TTAAGTT-CCTCTAAT-TT-GCAAATT-GTCAATT----A-AATATA---TAC-TAAA--TAAAGCCAAA--TT-----TTCA-GATCCTTGACATAGG--A-GGGTGGGGGGGCTGCAAGTTGAACg
gi|7 : TATACTGACAAG-CCA-TTAG-ATTAT-TTT--GA-T-AGC-A-GAGATA--TCAC-CTGTTAGTACAGAAT-GAGA-ATGTAC--T--C-G---TATCGCA--T-catatgaataatgattcccatgtttattccgatcaaaatagaacaactgattgttcacctaataacctaaatctaaagattttacttataattccactgcttaacatatttcagacaagtatcatttaactcaaattatatatcaactgggttcataagaagcct
gi|7 : AATG---------TACTCGTATCGCATCAA-----AG-GGA--TTCCCATA-CT--GG------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-Tcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacgaattggacgtccccattttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|7 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagAA-----TT-GGACGTCCCCATT-TT--NG------CGGA--CTGTA--TAAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGCACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----G-TCCCGGCTGTCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GCC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TT-AAA-ACTGAACATA-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-CTA--AT-A------TATCA-ACGTACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCGTGAAAATTAATTGTCG-A-TATT-A-TTGGCTGA-TG--AAATGCA-AAAATTGA--AACA-TA-----A-------CACAGTGCT-TGTGCA-TTTATT-ATGCATttngcggactgtataaatgccagaagacgaattgcacgtccccattacattggtcccggctgtcaatgatggtgtcaccacaagaataagactaatcaacggaagatttgcctgatgattacattcatttgttcaatttatcacataaaattaaaactgaacatatatattaagaatatcgctattgatctaatatatcaacgtacgggtggttgtagatatgcgtgaaaattaattgtcgatattattggctgatgaaatgcaaaaattgaaacataacacagtgcttgtgcatttattatgcat
gi|8 : tatactgacaagccattagattattttgatagcagagatatcacctgttagtacagaatgagaatgtactcgtatcgcatcaaagggattcccatactggcggactgtataaatgccagaagacg---------TACTCGCATCGCATCAA-----TG-GGA--TTCCCATA-CT------------------------AAA-TG----CC-----A-GA-A-GACG-A--------AT--TGGACGT--CCCCAT-TACA-TTG-----T-TCCCG----TCAATG--AT--GGTG-T-CACCACAA-GAATAA--GACTA---AT-CAAC--GGAAGATTT----GTC-TGATGATT-ACATTCATTTGTTCAA-TTT-ATCACAT--AAAA--TTAAAA-ACTGAACATG-TATATT----AAGAA-T-ATCGCTA--TTG--AT-ATA--AT-ATACATGTATCA-ACGCACGG-GTGGTTGTA-GA-TATGCG
gi|9 : AT-GAGAAGAG-GAGAC--CAATATCTACAC-CGTGGATGAATATTTTGGTA-TA--TTGA-CA--ATCTA-ATG-
gi|9 : aaag---------TACTCGCATCGCATCAT-----TG-GGA--TTCCCATA-CT--GG------CGGA--CTGTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactactcgcatcgcatcattgggattcccatactggcggactgtat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTCGCTACCCGTATCGGTTTACAACATGGGTATTACCATTGGGATTCC