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Reference ( gi|5 )            :                                 CTTGATTG--GTTG-AGACAGA----ACCTTT---TG----TATAAA---CAAGA--C-T--G-C--AC-CC--C-----TGT------A--ATGAT--CAA------ACC-T-C---GCC-C-A-CAG-T---GT----TATGTGAG--A--C-GTA--A-C-A-A-CGGT-ATCCAGCAATTG---CTTG-A-CAAC---------G-GTG-TG---T-TA--------TTC----TA--AAAAAAA-TG-TTGA-C-C-T------GC-CGAAA--T--T-A-T-GC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
gi|3                          :                                  TTGATTGTCGTTG-AAG--GA----ACTCTT---TG-----ATAGA----AATA--C-TCTG-CC-AC-CG--C-----TG-------A--ATGATA-CAA------ACCGC-C---ACC-C-A---------GT----TGTGTGAG--AACC-GTA--A-C-A---CG-T--CCCAGT--TTG---CTT--A-CAAT---------G--T--TG---A-TA--------CTC----CC--AAAAG---TG-TTGA-C-T-C------GC-GGAAA--T--T-ACT-GC-G--TG----T--A--CGG-TT
gi|9                          :   aatatattattctttcatgtaatacttgattTTGATGG--GCTGTGGATGGAGGAAACCTTTCT-TG----AATAAA---ATACA--C-T--GTC--ACGCC--C-----GGCTCAGAAA--GTGATTTCAATAACCAATC-C-C---GCC-CCA-CAG-T---GT----GGTGGGAA--A--T-ATAACA-C-A-A-TGGT--TCCA-CA--TG---CTTG-ATCAAC---------G-G-G-TGAAAT-AA--------TTC----TAGGAGAGAAATTG-TTGA-C-T-T------acctttct
gi|4                          :                                   TGATTA--GTTG-AG-CA------AC--TT---TG-----ATAAA---ATACA--C-T--GTC--AC-CCA-C-----TG-------A--ATGAT--AAAT-----ACC-G-C---ACC-C-AATAG-T---GT-------GTTAG--AATC-ATA--G-C-A-AACGGT---CCA-CATTTGGCACTTGGA-CAAC---------G-GTGTTG---CATA--------TTC----C-----AAAAA-TG--TGA-A-C-T------ACGTGAAAT-T--T-A-TCGC---GCG----T--A--CAG-
gi|10                         :          actttaaagtaaattacttgatttcTGATGG--TTTG-AGA---A----GCCTTT----G----AATAAA---CA-GATGC-T--GTC--AT-CGGGC-----TGA------T--ATGAT--AAAG-----ACA-G-C---GCC-C-A-CAG-T---G-------TGTGGA--A--C-GCA--A-C-A-A-GGGT----CAGCATTTG----TTG-A-CAACT--------G-GTT-TG---A-TA--------TTC---------AAAAAA-TG-
gi|1                          : catcatgcattcatctcattagaataatcgattcTGATTG--GTTG-AGA----------CT-----------TATAAA---ATAGA--T------C--AC-TC--CG----TG-------A--ATGAT--AAA------ACC-G-C---GCC-CAA-CAG------------GTGTGAGA-A--C-ACA--A-C-ATA-CG----TCCA-C-ATTG----TTA-A-C-AC---------G-G-G-TGA--T-AA--------TTC---------AAAAAA-TG-TCGA-CTC-C------G--CAAAA--T--T---T-AT-T-GCG----C--A--GCG-TTCGTCCAT--GCTAGT
gi|2                          :     ataatatatctttaatgtaaatatttattcTGATTG--GTTT-TGGGAAA----ACCTATATATGGAATTATAAA---CT-GA--C-TT-G-T--CC-TC--CACGAATGA------ATTATGAT----A------ATC-T-CTAAACC-G-A-CAG-TCCCGG----TGTTCGAGTAA--TTGTA--AAC-A-A-CGGT-CTC--ACAATTGG--CTTG-A-C--C---------G-G-G-TG---T-TA--------TTC----T----AAAAAA-TGATTGA-C-C-TGGGTGCGT-CGAAA--T--T---T-GCTC-GCGCCGTT--AACCGGCTTCAC-GAT--TCTAGTgtggataagcggagcggtaaaaacaga
gi|6                          :                                    GATTG--GTTG-AGA---G----ACCTAT---TG-----ATAAAACTC-AGACTC-T--G-TCAAC-CC--A-----CGTGCTTG-G--ATGAT--AAACAT---ACC-TGC---GTC-C-ACCAG-A---GGCGAATGTGTGGA--A--C-GTA--A-CAA-A-CGG---TCCA-C-ATTGT--TTTGTA-CAAA---------G-A----G---G-TA--------TTC--------AAGAAAA-TG-t
gi|8                          :  atatcatacctttcatgtaaatatatcttattctgaTTG--GTTG-AGA---A----ACATTT----G-----ATAAA----ATGC--CAT--G-T--AA-CCGAC-----TG-------A--ATGAT--AAA------ACC-G-C---ACC-CCA-CGGCT---G------AGTTGAG--AA-C-GTA--A-C-A-AACG---ATCCA-CA-TTG---CTTG-A-CAAC---------GCGCT-TG---A-TA--------TTC----C----AATCAA-TG-TTTA---C-T------GC-
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gi|11                         :                                                                                                   tgt-CC--C-----TGA------A--GTGATT-CAA------ACC---C---GCC-CCA-CAG-T---------CGTGTGAG--AACC-GTA--AAC-A-AACGGT---TAAGCA-TTG---CTTG-A-CAAC---------G-CCG-TG---T-TA--------TTC----TT--AAAAAAA-TG-TTGG-A-C-T------GCGCGAAA--TC-T-A-T-GC-C-GCG----T--A--CGT-TTCA-TCTTTATCTAGTa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1538 )     :                              NTTGATTG--GTT---GA-GA---AACCT---T--TTG-----ATA-AA--NNAGA--C-TG-C-ACCC--C-------TG--------A---A-TGAT---A------A-A---ACC-G----CG-CC-C-A-CAG-T---G--G----T---GT--G-AG-AA-C-GTA-A-CA-AACGGT-T-C-CAGCA-TT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GCG-TG--NT-A---TT----C-CA------AAAAAA-TG-TTGA-CC----TGCG-CGAAA--T--TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
gi|1                          :                                TGATTG--GTT---GA-GA------CT---T----------ATA-AA--ATAGA--T----C-ACTC--CG------TG--------A---A-TGAT---A------A-A---ACC-G----CG-CC-CAA-CA------G--G----T---GT--G-AG-AA-C-ACA-A-CA-TACG---T-C-CA-CA-TT----G--TT-A-A-C-AC---------G-G-G-TG--ATAA---TT----C---------AAAAAA-TG-TCGA--C----TCCG-CAAAA--T--T--TAT-T-GCG----C--A--GCG-TTCGTCCAT--GCTAGT
gi|10                         :  ataatatatctttaatgtaaatatttattcTGATGG--TTT---GA-GA---AGCCT---T--TGA-----ATA-AA--C-AGATGC-TGTC-ATCGGGC-------TG--------AT--A-TGAT---A------A-AG--ACA-G----CG-CC-C-A-CAG-T---G-------T---GT--G--G-AA-C-GCA-A-CA-AG-GGT-----CAGCA-TT----T-GTT-G-A-CAACT--------G-GTT-TG--AT-A---TT----C---------AAAAAA-TG-gtggataagcggagcggtaaaaacaga
gi|11                         :                                                               catcatgcattcatctcattagaataatcgattcCC--C-------TG--------A---AGTGATTC-A------A-A---CCC-G----C--CC-C-A-CAG-T---C--G----T---GT--G-AG-AA-CCGTA-AACA-AACGGT-T-A--AGCA-TT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-CCG-TG--TT-A---TT----CTTA------AAAAAA-TG-TTGG-AC----TGCG-CGAAA--TC-TA-TGC-C-GCG----T--A--CGT-TTCA-TCTTTATCTAGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-TG-TTGA-C-----TGCG-CGAAAATT--TA-TGC---GCG----T--A--CGG-TTCAC-CAT--CCAAGTgct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -TG-TTGA-C-----TGCG-CAAAA--TG-TA-TGC-G--TG----T--A--CGG-TTCACT-AT--TCTAGT
gi|15                         :                                                                                            -C-ACCCG-C-------TG--------A---A-TGAT---A------A-A---ACC-A----CG-CCTC-A-CAG-T------G----T---GT--G-AG-AA-g
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgt-TG-TTGA-C-----TGTG-CCAAAATT--TA-TGC-G--CG----T--A--CGG-TTCAC-CAT--TCT
gi|2                          :                                TGATTG--GTTTTGGG-AA---AACCTATAT--ATGGAATTATA-AA--CT-GA--CTTG-T-CCTC--CACGAA--TG--------AATTA-TGAT---AATCTCTA-A---ACC-G------------A-CAG-TCCCG--G----T---GTTCG-AGTAATT-GTA-A-AC-AACGGT-C-T-CACAA-TTG---G-CTT-G-A-C--C---------G-G-G-TG--TT-A---TT----C-T-------AAAAAA-TGATTGA-CCTGGGTGCGTCGAAA--T--T--TGCTC-GCGCCGTT--AACCGGCTTCAC-GAT--TCTAGTtg
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gi|4                          : aatatattattctttcatgtaatacttgattTGATTA--GTT---GA-GC---AAC-----T--TTG-----ATA-AA--ATACA--C-TGTC-ACCCA-C-------TG--------A---A-TGAT---A------A-AT--ACC-G----CA-CC-CAA-TAG-T------G----T---GT--T-AG-AATC-ATA-G-CA-AACGG--T-C-CA-CA-TTTGGCA-CTTGG-A-CAAC---------G-GTGTTGC-AT-A---TT----C-C--------AAAAA-TG--TGA-AC----TACG-TGAAAT-T--TA-T-C-GCGCG----T--A--CAG-acctttct
gi|5                          :      actttaaagtaaattacttgatttcTTGATTG--GTT---GA-GACAGAACCT---T--TTGT----ATA-AA--CAAGA--C-TG-C-ACCC--C-------TGT-------A---A-TGAT---C------A-A---ACC-T----CG-CC-C-A-CAG-T---GTTA----T---GT--G-AG-A--C-GTA-A-CA-A-CGGTAT-C-CAGCAATT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GTG-TG--TT-A---TT----C-TA------AAAAAAATG-TTGA-CC----TGC--CGAAA--T--TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
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gi|9                          :          gatatattattacttcatgtaaaataactttattcgat-GA---AACCT---TTCTTGA----ATA-AA--ATACA--C-TGTC-ACGC--C-------CGGCTCAGAAA---G-TGATTTCA------ATA---ACC-AATCCCGCCC-C-A-CAG-T---G--T----G---GT--G-GGAAA-T-ATA-A-CACAATGGT-T-C-CA-CA--T----G-CTT-G-ATCAAC---------G-G-G-TGAAATAA---TT----C-TAGGAG--AGAAAT-TG-TTGA-CT----T
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Reference ( family-1538 )     :                              NTTGATTG--GTT---GA-GA---AACCTTT---TG-----A-TA-AAA--TAGA--C-T-GTCACCC--C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----CG-CC-C-A-CAG-T---G--G----T---GT--G-AG-AA-C-GTA-A-CA-AACGGT-T-C-CAGCA-TT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GCG-TG--NT-A---TT----C-CA------AAAAAA-TG-TTGA-CC----TGCG-CGAAA--T--TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
gi|1                          :                                TGATTG--GTT---GA-GA------CTT-----------A-TA-AAA--TAGA-------TCACTC--CG------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----CG-CC-CAA-CA------G--G----T---GT--G-AG-AA-C-ACA-A-CA-TACG---T-C-CA-CA-TT----G--TT-A-A-C-AC---------G-G-G-TG--ATAA---TT----C---------AAAAAA-TG-TCGA--C----TCCG-CAAAA--T--T--TAT-T-GCG----C--A--GCG-TTCGTCCAT--GCTAGT
gi|10                         :  ataatatatctttaatgtaaatatttattcTGATGG--TTT---GA-GA---AGCCTTT---GA-----A-TA-AA---CAGATGC-T-GTCATCGGGC-------TG--------ATA-T---GAT---A-A------AG--ACA-G----CG-CC-C-A-CAG-T---G-------T---GT--G--G-AA-C-GCA-A-CA-AG-GGT-----CAGCA-TT----T-GTT-G-A-CAACT--------G-GTT-TG--AT-A---TT----C---------AAAAAA-TG-gtggataagcggagcggtaaaaacaga
gi|11                         :                                                              catcatgcattcatctcattagaataatcgattcCC--C-------TG--------A-AGT---GATTC-A-A------A---CCC-G----C--CC-C-A-CAG-T---C--G----T---GT--G-AG-AA-CCGTA-AACA-AACGGT-T-A--AGCA-TT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-CCG-TG--TT-A---TT----CTTA------AAAAAA-TG-TTGG-AC----TGCG-CGAAA--TC-TA-TGC-C-GCG----T--A--CGT-TTCA-TCTTTATCTAGT
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gi|2                          :                                TGATTG--GTTTTGGG-AA---AACCTATATATGGAATTA-TA-AAC--T-GA--C-TTGTC-CTC--CACGAA--TG--------A-A-TTATGAT---A-ATCTCTAA---ACC-G------------A-CAG-TCCCG--G----T---GTTCG-AGTAA-TTGTA-A-AC-AACGGT-C-T-CACAA-TT----GGCTT-G-A-C--C---------G-G-G-TG--TT-A---TT----C-TA------AAAAA--TGATTGA-CCTGGGTGCGTCGAAA--T--T--TGCTC-GCGCCGTT--AACCGGCTTCAC-GAT--TCTAGTtg
gi|3                          :                               TTGATTGTCGTT---GAAGG---AACTCTT---TG-----A-TAGAAA--TACT--C-T-GCCACCG--C-------TG--------A-A-T---GAT---ACA------A---ACC-G----C--CA-C-C-CAG-T---T--G----T---GT--G-AG-AACC-GTA-A-C---AC-GT-C-C-CAGT--TT----G-CTT---A-CAAT---------G---T-TG--AT-A---CT----C-C-------CAAAAG-TG-TTGA-CT----CGCG--GAAA--T--TACTGC---GTG----T--A--CGG-TTt
gi|4                          : aatatattattctttcatgtaatacttgattTGATTA--GTT---GA-GC---AAC--TT---TG-----A-TA-AAA--TACA--C-T-GTCACCCA-C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------AT--ACC-G----CA-CC-CAA-TAG-T------G----T---GT--T-AG-AATC-ATA-G-CA-AACGG--T-C-CA-CA-TTTGGCA-CTTGG-A-CAAC---------G-GTGTTGC-AT-A---TT----C-C--------AAAAA-TG--TGA-AC----TACG-TGAAAT-T--TA-T-C-GCGCG----T--A--CAG-acctttct
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gi|6                          :                                cGATTG--GTT---GA-GA---GACCTAT---TG-----A-TA-AAACTCAGACTC-T-GTCAACC--CACGTGCTTG--------G-A-T---GAT---A-A------ACATACCTG----CG-TC-C-ACCAG-A---G--GCGAAT---GT--GTGG-AA-C-GTA-A-CA-AACGG--T-C-CA-CA-TT----GTTTT-GTA-CAAA---------G-A----G--GT-A---TT------CA------AGAAAA-TG-
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AAAATTTATTGCGAAGCGATCTCCAAGAGACTATGTGGATAAGGAGCGGTCAAATGAGACAG






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Reference ( family-1538 )     :                              NTTGATTG--GTT---GA-GA---AACCTTT---TG-----A-TA-AAA--TAGA--C-T-GTCACCC--C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----CG-CC-C-A-CAG-T---G--G----T---GT--G-AG-AA-C-GTA-A-CA-AACGGT-T-C-CAGCA-TT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GCG-TG--NT-A---TT----C-CA------AAAAAA-TG-TTGA-CC----TGCG-CGAAA--T--TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
gi|1                          :                                TGATTG--GTT---GA-GA------CTT-----------A-TA-AAA--TAGA-------TCACTC--CG------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----CG-CC-CAA-CA------G--G----T---GT--G-AG-AA-C-ACA-A-CA-TACG---T-C-CA-CA-TT----G--TT-A-A-C-AC---------G-G-G-TG--ATAA---TT----C---------AAAAAA-TG-TCGA--C----TCCG-CAAAA--T--T--TAT-T-GCG----C--A--GCG-TTCGTCCAT--GCTAGT
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gi|5                          :      actttaaagtaaattacttgatttcTTGATTG--GTT---GA-GACAGAACCTTT---TGT----A-TA-AAC--AAGA--C-T-G-CACCC--C-------TGT-------A-A-T---GAT---C-A------A---ACC-T----CG-CC-C-A-CAG-T---GTTA----T---GT--G-AG-A--C-GTA-A-CA-A-CGGTAT-C-CAGCAATT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GTG-TG--TT-A---TT----C-TA------AAAAAAATG-TTGA-CC----TGC--CGAAA--T--TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
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blockSeqs                     :                                      .    .    .  .         TG         .  .  ATACA     . .       AC          .        . . .     .   . A            . CG       . . .   TCGT               .  .  .  C     . .  .     TT   .  G  .  G        . . .    GCGCTTGATATTCC                                  .  .    CC         .     TT    A    G     .    .  .    .    C    . 
blockSeqs                     :                                      .    .    .  .         TG         .  .  CTGA      . .       C           .        . . .     .   . A            . CG       . . .   TTGT               .  .  .  C     . .  .     T    .  .  .  G        . . .    TGGTTTGATATTC                                   .  .    CT         .     T     A    G     .    .  .    .    T    . 
blockSeqs                     :                                                .  .         G          .  .  ATGC      . .       C           .        . . .     .   . A            . C        . . .   TGTG               .  .  .  T     . .  .     T    .  .  .  G        . . .    GGGTGTTATTCTA                                   .  .    C          .     T     A    .     .    .  .    .           
blockSeqs                     :                                                                                        . .       C           .        . . .     .   . A            . C        . . .   TGT                .  .  .  C     . .  .     T    .  .  .  G        . . .    GTTGATACTCC                                     .  .    C          .     T     .    .     .    .  .    .           
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finalCons                     :                              NTTGATTG--GTT---GA-GA---AACCTTTTG--------A-TA-AAA--TAGA--C-T-GTCACCCC---------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----CG-CC-C-A-CAGTGT--------------GT--G-AG-AA-C-GTA-A-CA-AACGGTT--C-CAGCA-TT----G-CTT-G-A-CAACGGCGTGNTATTCCA----------------------------AAAAAA-TG-TTGACC-----TGCG-CGAAATT---TA-TGC-G-GCG----T--A--CGG-TTCAC-CAT--TCTAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AAAATTTATTGCGAAGCGATCTCCAAGAGACTATGTGGATAAGGAGCGGTCAAATGAGACAG






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Reference ( family-1538 )     :                              NTTGATTG--GTT---GA-GA---AACCTTT---TG-----A-TA-AAA--TAGA--C-T-GTCACCC--C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----C-G-CC-C-AC--------AG-T-G---T-G-TGAG-AA-C-GTA-A-CA-AACGGT-T-C-CAGC-ATT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GCG-TG--NT-A---TT----C-C-A------AAAAAATG-TTGA-CC----TGCG-CGAAA-TT-TA--T---GCG-GCG-T--A--CGG-TTCAC-CAT--TCTAGT
gi|1                          :                                TGATTG--GTT---GA-GA------CTT-----------A-TA-AAA--TAGA-------TCACTC--CG------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----C-G-CC-CAAC--------AG---G---T-G-TGAG-AA-C-ACA-A-CA-TACG---T-C-CA-C-ATT----G--TT-A-A-C-AC---------G-G-G-TG--ATAA---TT----C----------AAAAAATG-TCGA--C----TCCG-CAAAA-TT-TA--TTGCGCA-GCG-T--T--C-G-T---C-CAT--GCTAGT
gi|10                         :  ataatatatctttaatgtaaatatttattcTGATGG--TTT---GA-GA---AGCCTTT---GA-----A-TA-AA---CAGATGC-T-GTCATCGGGC-------TG--------ATA-T---GAT---A-A------AG--ACA-G----C-G-CC-C-AC--------AG-T-G---T-G-TG-G-AA-C-GCA-A-CA-AG-GGT-----CAGC-ATT----T-GTT-G-A-CAACT--------G-GTT-TG--AT-A---TT----C----------AAAAAATG-gtggataagcggagcggtaaaaacaga
gi|11                         :                                                              catcatgcattcatctcattagaataatcgattcCC--C-------TG--------A-AGT---GATTC-A-A------A---CCC-G----C---CC-C-AC--------AG-TCG---T-G-TGAG-AA-CCGTA-AACA-AACGGT-T-A--AGC-ATT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-CCG-TG--TT-A---TT----CTT-A------AAAAAATG-TTGG-AC----TGCG-CGAAA-TC-TA--T---GCC-GCG-T--A--CGT-TTCAT-CTTTATCTAGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATG-TTGA-C-----TGCG-CGAAAATT-TA--T---GCG--CG-T--A--CGG-TTCAC-CAT--CCAAGTgct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TG-TTGA-C-----TGCG-CAAAA-TG-TA--T---GCG--TG-T--A--CGG-TTCAC-TAT--TCTAGT
gi|15                         :                                                                                        -T-GTCACCCG-C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-A----C-G-CCTC-AC--------AG-T-G---T-G-TGAG-AA-g
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TG-TTGA-CTG---TGC--CAAAA-TT-TA--T---GCG--CG-T--A--CGG-TTCAC-CAT--TCT
gi|2                          :                                TGATTG--GTTTTGGG-AA---AACCTATATATGGAATTA-TA-AAC--T-GA--C-TTGTC-CTC--CACGAA--TG--------A-A-TTATGAT---A-ATCTCTAA---ACC-GA---CAG-TC-C--C--------GG-T-G---T-T-CGAGTAA-TTGTA-A-AC-AACGGT-C-T-CACA-ATT----GGCTT-G-A-C--C---------G-G-G-TG--TT-A---TT----C-T-A------AAAAA-TGATTGA-CCTGGGTGCGTCGAAA-TT-TGCTC---GCG-CCGTT--AACCGGCTTCAC-GAT--TCTAGTtg
gi|3                          :                               TTGATTGTCGTT---GAAGG---AACTCTT---TG-----A-TAGAAA--TACT--C-T-GCCACCG--C-------TG--------A-A-T---GAT---ACA------A---ACC-G----C---CA-C-CC--------AGTT-G---T-G-TGAG-AACC-GTA-A-C---AC-GT-C-C-CAGT--TT----G-CTT---A-CAAT---------G---T-TG--AT-A---CT----C-C--------CAAAAGTG-TTGA-CT----CGCG--GAAA-TT-AC--T---GC--GTG-T--A--CGG-TT-AC-CTT--TCTt
gi|4                          : aatatattattctttcatgtaatacttgattTGATTA--GTT---GA-GC---AAC--TT---TG-----A-TA-AAA--TACA--C-T-GTCACCCA-C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------AT--ACC-G----C-A-CC-CAAT--------AG-T-G---T-G-TTAG-AATC-ATA-G-CA-AACGG--T-C-CA-C-ATTTGGCA-CTTGG-A-CAAC---------G-GTGTTGC-AT-A---TT----C-C---------AAAAATG--TGA-AC----TACG-TGAAA-TT-TA--T----CGCGCG-T--A--CAG-
gi|5                          :      actttaaagtaaattacttgatttcTTGATTG--GTT---GA-GACAGAACCTTT---TGT----A-TA-AAC--AAGA--C-T-G-CACCC--C-------TGT-------A-A-T---GAT---C-A------A---ACC-T----C-G-CC-C-AC--------AG-T-GTTAT-G-TGAG--A-C-GTA-A-C--AACGGTAT-C-CAGCAATT----G-CTT-G-A-CAAC---------G-GTG-TG--TT-A---TT----C-TAA------AAAAAATG-TTGA-CC----TGC--CGAAA--T-TA--T---GCG-GCG-T--A--CGG-TTCACTCAT--TCTAGT
gi|6                          :                                cGATTG--GTT---GA-GA---GACCTAT---TG-----A-TA-AAACTCAGACTC-T-GTCAACC--CACGTGCTTG--------G-A-T---GAT---A-A------ACATACCTG----C-G-TC-C-ACCAGAGGCGAA-T-G---T-G-TG-G-AA-C-GTA-A-CA-AACGG--T-C-CA-C-ATT----GTTTT-GTA-CAAA---------G-A----G--GT-A---TT------C-A------AGAAAATG-
gi|7                          :                                                                                                                                                   atatcatacctttcatgtaaatatatcttattctga-G-TGAG-AA-T-ATACA-CA-AACGGT-TACGCAGC-ATT----G-CTT-G-A-CAACTTGATGGGAG-GTG-TG--TT-AATGTTGCCCT-C-ACGATACAAAATATG-TTGATCC----TGCGCCGAAA-TTATA--T---GCGTGCC-TCCA--CGGTTTCAT-CA
gi|8                          :     agtgattgcggctgccccacagataggaagTTG--GTT---GA-GA---AACATTT----G-----A-TA-AAA--T-GC--CAT-GTAACCGA-C-------TG--------A-A-T---GAT---A-A------A---ACC-G----C-ACCC-C-AC--------GGCT-G---A-GTTGAG-AA-C-GTA-A-CA-AACGA--T-C-CA-C-ATT----G-CTT-G-A-CAAC---------GCGCT-TG--AT-A---TT----C-C--------AATCAATG-TTTA--C----TGCG-cattttcttggtctgttgcat
gi|9                          :          gatatattattacttcatgtaaaataactttattcgat-GA---AACCTTTCT-TG-----AATA-AAA--TACA--C-T-GTCACGC--C-------CGGCTCAGAAA-G-T---GATTTCA-AT-----A---ACC-AATCCC-GCCC-C-AC--------AG-T-G---TGG-TGGGAAA-T-ATA-A-CACAATGGT-T-C-CA-C-A-T----G-CTT-G-ATCAAC---------G-G-G-TGAAATAA---TT----C-T-AGGAG--AGAAATTG-TTGA-CT----T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AAAATTTATTGCGAAGCGATCTCCAAGAGACTATGTGGATAAGGAGCGGTCAAATGAGACAG