lowQualScore : 11 3333 2 3 11111 333 1 2 11 11111 22 1111 111111 111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222 1111111111111 111111111111 2222222222222 1 3333333333333 111111111 2222
lowQualScore : 66 2222 4 4 3 5 5 33333 111 5 5 5 7777 4 4 4 00 4 99999 77 2222 4 4 444444 55 4 111111 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000000000000000 2 3 4444444444444 4444 22 5 777777777777 1 1111111111111 0 3 3 3 2 666 3 6 3 3 3 8888888888888 666666666 3 3 77 2 444 33 2 5 4444 6
lowQualScore : .. .... . . . . . ..... ... . . . .... . . . .. . ..... .. .... . . ...... .. . ...... ..... ......................................................................... ............... . . ............. .... .. . ............ . ............. . . . . . ... . . . . . ............. ......... . . .. . ... .. . . .... .
lowQualScore : 22 1111 4 5 8 0 0 99999 555 0 5 0 0000 4 4 4 66 4 44444 44 5555 0 0 444444 55 0 555555 00000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888888888888 2 3 7777777777777 9999 22 4 111111111111 2 4444444444444 1 3 6 4 1 444 3 7 3 3 3 9999999999999 777777777 3 3 99 9 111 99 9 7 5555 0
consensus : TTACAGACACCTTAAG-TTCATTACATC-ACAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT---G-AGTTTAAATCGGT-T--GTA-TT-GA-TA--A-GATAA-T-A-GATTA-TC----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTATC------AT-----TCCT----T----CTCC-GAGGATTTTGTCCG-TGT--A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGCGTAAATC-CC----AA-TCGA-AATATGC-ATA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATCT------------CTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAACGAAT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-N-TTCTAAAAATTCGAGACAAGTCC
Reference ( gi|2 ) : TTACATGCACCTTCAGCTTCATTACATCCACAAATAGAATA-T-TCAA----ATAAT--TG-AGTTTAAATCG-T-T--ATA-TT-GA-TA--A-GATAA-T-A-GATTAATC----T-CGCTAA-TTGTC----GCCA--GCTG-TTTATC------AT-----TCCT----A----TCCC-GAGGATTTTGTCCG-TGT--A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGCGTAAATC-CT----AA-TCGACAATATGC-ATA--T-GC--C----GTGTT--GAAATTTTCATCT------------CTCAATATATTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAAAGAAT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-C-CTCTAAAAATTCGAGACAAGTTC
gi|5 : TTACAGACACCTTAAG-TTCATTACATC-ACAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT---G-AGTT-AAATCGGT-T--GTA-TT-GA-TA--A-GATAATT-A-GATTA--T----T-CGCTAA-TTACC----GCCA--GCTG-TTTATC------AT-----TCCT----T----CTCC-GAGGA-TTTGT-CG-TAN--N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCATA-A--TTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAACG-AT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAAGT-TTCT-AAAATTCGAGGCAAGTC
gi|4 : TTACAGACACCTTAAG-TTCATTACATC-A-AAATA-AACA-T-TCAA-----TAATAATG-AGTTTAAATCG-TGT--GTA-TT-GA-TAG-A-TATAT-T-A-GATT--TC----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TT-ATC------AT-----TCCT----T----CTCC-GAGGATTTNNNNNN-NNN--N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCAT--ATATTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAA--GAT--------ATT---------AGT-AT-AAGAA-AA-ATTTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-G-TTCATAAAATTCGAGACA
gi|8 : TACAGACACCTT-AG-TTCATTACATACA-AAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT---G-AGTT-AAATCG-T----ATA-TTAGA-TA--AAGATAA-TTA-GATTA-TC----T-TGCTAA-TTG-C----GCCA--GCTG-TTTATC------AT-----TCCT----T----CTCC-GAGGATTT-GTC-G-TGT--A--TGAC-------------AGG--AAATT---------GGCGCGTAAATCTCC----AA-TCGA-AATATGC-ATA--TTGC--C----GTGTT--GGAATTT-CATCT------------CTCAATAT-CTCTGTTAATA-TGC-TCACA-ATTTT-TTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAACG-AT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A--TTTC--ATA-AAATT--TACAA-C-TTCTAA
gi|7 : TACAGACACCTTAAG-TTCATTACATC-ACAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT---G-AGTT-AAATCGGT-T--GTA-TT-GA--------ATAA-----GATNNNNN----N-NNNNNN-NNNNN----NNNN--NNNN-NNNNNN------NN-----NNNN----N----NNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNN--N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNGT------------CTCAATAT-CTCTGTAA-TA-TGC-TC-TA-ATTTTTTT--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAACGA-T--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-G-TTCTAAAAATTCGAGGCAAGTC
gi|6 : ACATAAACCCTTAAGTTC-TTACATCAACAAATA-AATAATGTCAA-----TA----TGCAGCTTCAATCG-T-TTAATA-TT-GA-TA--A-GATAA-TTA-GAATTATC----TTCGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTGTTTTATC------AT-----TCCT----T----TTCC-GTGGA-TTTGT-CG-TGT--A--TGAC-GTGACACAA---AGGAAAA-TT---------GGCGCGTAAATT-CTCCGAAA-TCG--AATTGGC-ATAT-T-GC--C----GTGGT--GGA--TTTCATCT------------TTCAACATAT-------------C-TCACA-AATTGTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTTGT-T-TAACG-AT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AACA-AATTC--ATA-AAA-T-ATACAG---TTATAAAATTTCGAGACAAt
gi|1 : CACCTTAAG-TACATTACA-CCACAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT---G-AGTT-AAATCGGT-T--ATA-TT-GA-TA--A-GATAATT-A-GATT-ATC----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-CTTATC------AT-----TCCT----T----CTCC-GAGGATT---TNNN-NNN--N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TGGCG-AT--------GTTTTCCGTGAAA-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-C-TTCTAAAAATTCGAGACAAGTC
gi|3 : tatagaCACCTTAAGTTTCATTACATC-ACAAATAGAATA-T-TCAA----ATAAT--GG----TTAAATCGGT-T--GTA-TT-GA-TA--A-GATAATT-A-GATT-ATC----T-CGCTGACTTG-C----GCCA--GCTG-TTTATC------AC-----TCCTTCTCC----TCCC-GA-----TTGTTCG-TATCNN--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTAGTCCTT-T-T-TAACG-AT--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-G-TTTTAAAAACTCGAGACAAtt
gi|13 : aggaTTATTAAATC-ATAAATA-AATA-T-TCATTTTTATAAT---G-AGGTTAAATCGGT-T--GTAATT-GAATAGAA-GATAA-T-C-GATTA-TCA---T-CGCTAA-TGGCA----TCCA--GCTG-TTTGTC------AT-----TC---------------------TTTTGT-CG-TTT--C--TGAT-TT--CAC-----AGG--AA-TTG--------GGCG-GTAAATT-CC-----A-TCGAAGATACGC-ACA--T-ATTGC----GTGTTAAGGAAGTTTCATTT------------CTCAATAT-CTC-GT-AATTATGC-agtcct
gi|9 : acaccataa-T--ATA-GT-GA-TA--A-GATAA-T-AAGATTGTTCAAAAT-CGCTAA-TTGCCACAAGCCAAAGCTG-TTTACCCACACAATCACAATCAT----AACCTTCCC-TCCAAGTTT--CCG-TAC--AATTGACAGT--CAC-----AGG--AA-AT---------GGTGCGTAAATCTCA----AA-TCGA-AAT-TGCAATAT-T-GC--CCACGATGTT--GGGAATTTCATCT------------CTCA----ATTCCGTAAATAATATGTCACA-A-TTATTTTTATT---GTG-TT-GGT--TCCTT-T-T-TAACGGATGG------ATT---------A-T-ATGAAG-A-AA-A-TTTTCAAATA-AAATT-ATACAA-CATTTTAAACATTCGAG
gi|11 : aATTA-TC----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTAAC------AT-----TCCT---------TCTCAGAGGATTT-GTC-G-TGN--N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNNNNNNNNN-NN----NN-NNNNNNNNNNNN-NNN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AACA-ATTTTTTC--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-T-T-TAACGA-T--------ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-C-TTCTGAAAATTTAAGACAAGT
gi|12 : -GAGAATTC-GTACGCTGT--A--TGAC-GA--GACTAGAGAGG--GA-TTCATGTTTTAGGCGCGTAAATC-TC----AAGTCGA-AATATGC-ATAATT-GC--C----GTGTT--GGAATTTCCATCTTCTCATAATCATCTCAAT-CAATCTGTGAATA-TGC-TCACAGATTTTTTTGTATTCAAGTGTTTGGGTACTCCGT-TATATAAAAAACGGATACAGATT---------A-TCC--AAGAACAA-A-ATTCC--ATAGAAATT-ATc
gi|10 : TTGTT-G-CAT--G--TGAT-AT--CAC-----AGC--CT-TTT--------GGCGCGTAAATTTCT----TA-TCGA-AATATGC-ATA--TTGC--C----ATATC--AGAATTC-CAACT------------ATTAATAT-TTCTAAAAATA-TTC-TTACA-AGTTTGTTT-ATT---GTATTC-AATA-TCCTT-T-T--AAACTAT--------ATT---------A-C-A--AGGAA-TA-T-CTTTC--ATA-AAATT-ATTCAA-T-TTCTAAgtcgaaacttc
gi|14 : taaatatacaaataacgatgttaatgcagttgcatttttaagattaacacgcaaatgaccacctgttaattagaaaactcgtttgacTGTTT-GCTA-TATTT-T-T-TAACTA-T--------ATTG--------A-T-C--AAATA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATTAATACAG----TTTAAAAATTCGAGACAAGTcactagatgtcacgtgcctgta
gi|15 : A-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-G-TTTTTAAAATTCGAGACAAGTCcatt
gi|16 : -AA-T-TTTTC--ATA-AAATTCATACAA---TTTTAAAAATTCGAGACAAGTCtt
Alignments
lowQualScore : 1111 111 11111 222222222222222 1111111 11111 1111111111111 111111111 11111111 1111 111111111111 111111111111111 2222222 111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 77 8 4 4 4444 4 4 4 7 5 4 5 3 3 3 3 3 88 3 333 4 3 3 22222 3 3 7777 55 3 222222222222222 99999 3 1111111 8 44444 3 3 888888 4444444444444 44 3 666666666 0 3 3 33333333 3 3 11 3 3333 44 7777 44 8 555555555555 444444444444444 3 6 7 44 555 3 6 3 888888 1111111 555555555 3 3 77 2 333 33 2 5 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. . . . .... . . . . . . . . . . . . .. . ... . . . ..... . . .... .. . ............... ..... . ....... . ..... . . ...... ............. .. . ......... . . . ........ . . .. . .... .. .... .. . ............ ............... . . . .. ... . . . ...... ....... ......... . . .. . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 4 4 4 4 33 0 0 0 0000 0 0 0 1 7 0 0 6 6 6 6 6 66 6 444 0 6 6 77777 6 6 7777 00 6 777777777777777 11111 6 7777777 5 77777 3 3 888888 9999999999999 66 3 777777777 1 3 3 77777777 3 3 00 3 1111 66 1111 66 7 888888888888 222222222222222 1 7 4 33 888 1 2 1 888888 2222222 444444444 1 1 33 7 333 77 7 3 99 7 6
consensus : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
Reference ( family-1532 ) : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|1 : TATAGACACCTTAAG-TA-CATTACAC-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-CTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTT--NNNN-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------GGCG-AT----GTTTTCCGTGAAA-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|10 : TA-AATA-T-ACAA----ATAAC-G-ATGTT--AATGCAGTTG-CA-TT-T-T-TA--A-GAT-----------TA-AC-----A-CGCAAA-TGACC----ACC-----TG-TTAA---------------TTAGAAAACT-CGTTT------------GACTT-GTT-G-C-AT---G--TGAT-AT--CAC-----AGC--CT-TTT--------GGCGC-GTAAATT-TC----TTA-TCGA-A-ATATGCA-TA--TTGC--C----ATATC--AGAA-TTCCAAC------------TATTAATAT-TTCTAAAAATA-TTC-TTACA-AGTTTGTTT-ATT---GTATTC-AATA-TCCTT-TTA------AACTA-T----ATT---------A-C-A--AGGAA-TA-T-CTTTC--ATA-AAATT-ATTCAA-TTTCTAAtt
gi|11 : A-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------ACA-----TT-CCTTC--T----CAGAGGATTT-GTC-G-T-GN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NAACA-ATTTTTTC--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTGAAAATTTAAGAC-AAGTCcactagatgtcacgtgcctgta
gi|12 : GAGAATTC-GTACGCT-GT---A--TGAC-GA--GACTAGAGAGG--GA-TTCATGTTTTAGGCGC-GTAAATC-TC----A-AGTCGA-A-ATATGCA-TAATT-GC--C----GTGTT--GGAATTTCCATCTTCTCATAATCATCTCAAT-CAATCTGTGAAT-ATGC-TCACAGATTTTTTTGTATTCAAGTGTTTGGGTACTCCGT-TATATAAAAAACGGATACAGATT---------A-TCC--AAGAACAA-A-ATTCC--ATAGAAATT-AT
gi|13 : ACACCATAA---T-TATTAAAT-C-A-TAAATA-AATA-T-TCATTTTTATAAT-G-A-GGTTAAAT-CGGTTG-TAATT-G-AATAGAA-GATAA-T-C-GA-TTA-TCA----T-CGCTAA-TGGCA----TCCA--GCTG-TTTG---------------TCA-----TT-C------------------TTTTGTC-G-T-TT---C--TGAT-TT--CAC-----AGG--AA-TT---------GG-GCGGTAAATT-CC------A-TCGA-AGATACGCA-CA--T-ATTGC----GTGTTAAGGAAGTTTCATT------------TCTCAATAT-CTC-GT-AATTATGC-gtcgaaacttc
gi|14 : TGTTT-GCTA-TATTT-TTT------AACTA-T----ATTG--------A-T-C--AAATA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATTAATACAG-TT--TAAAAATTCGAGAC-AAGTC
gi|15 : A-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTTAAAATTCGAGAC-AAGTCCatt
gi|16 : -AA-T-TTTTC--ATA-AAATTCATACAA-TTT-TAAAAATTCGAGAC-AAGTCCtt
gi|2 : TTACATGCACCTTCAGCTT-CATTACAT-CCA-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAATTG-A-GTTTAAAT-CG-TTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTAATC-----T-CGCTAA-TTGTC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTAT--C----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CT----A-A-TCGACA-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GAAATTTTCATC------------TCTCAATATATTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AAAGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CCTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTTCtt
gi|3 : GACACCTTAAG-TTTCATTACAT-C-A-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAAT-G-G---TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTGACTTG-C----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----CT-CCTTC--TCCTCCCGA-----TTGTTCG-T-ATCNNN--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTAGTCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTAAAAACTCGAGACAAAGTCC
gi|4 : agTTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A--AAATA-AACA-T-TCAATA--ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGTGTG-TA-TT-G-A-TAG-A-TATAT-T-A-GA-TT--TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG--TTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGA-TTTNNNNN-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNCATATATTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AA--GAT----ATT---------AGT-AT-AAGAA-AA-ATTTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCATAAAATTCGAGAC-t
gi|5 : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-T------T-CGCTAA-TTACC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGA-TTTGT-CG-TANN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCATA-A--TTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTCTAAAATTCGAGGC-AAGTCC
gi|6 : CCTTAAG-TT-C-TTACAT-C-AACAAATA-AATAATGTCAA-----TA-T-GCA-GCTTCAAT-CGTTTAATA-TT-G-A-TA--A-GATAA-TTA-GAATTA-TC-----TTCGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTGTTTTA---------------TCA-----TT-CCTTT--T----CCGTGGA-TTTGT-CG-T-GT---A--TGAC-GTGACACAA---AGGAAAA-TT---------GGCGC-GTAAATT-CTCCGAA-A-TCGA-A-TTG-GCA-TAT-T-GC--C----GTGGT--GGA--TTTCATC------------TTTCAACATAT-------------C-TCACA-AATTGTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTTGTTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AACA-AATTC--ATA-AAA-T-ATAC-A-GTTATAAAATTTCGAGAC-AA
gi|7 : acataaacTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-GAA-TA--A-GAT
gi|7 : ------------TCTCAATAT-CTCTGTAA-TA-TGC-TC-TA-ATTTTTTT--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCTAAAAATTCGAGGC-AAGTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcaatatctctgtaatatgctctaatttttttatcgtgtttggtatcctttttaacgatattataaagaaaatttttcataaaattatacaagttctaaaaattcgaggcaagtcct
gi|8 : tacagacaccttaagttcattacatcacaaataaatattcaaataatgagttaaatcggttgtattgaataagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTACAGACACCTTA-G-TT-CATTACATAC-A--AAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CG--TA-TA-TTAG-A-TA--AAGATAA-TTA-GA-TTA-TC-----T-TGCTAA-TTGC-----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTT-GTC-G-T-GT---A--TGAC-------------AGG--AAATT---------GGCGC-GTAAATCTCC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--TTGC--C----GTGTT--GGAA-TTTCATC------------TCTCAATAT-CTCTGTTAATA-TGC-TCACA-ATTTT-TTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A--TTTC--ATA-AAATT--TACAA-CTTCTAAt
gi|9 : TA-TA-GT-G-A-TA--A-GATAA-T-AAGA-TTG-TTCAAAAT-CGCTAA-TTGCCACAAGCCAAAGCTG-TTTACCCACACAATCACAATCA-----TAACCTTCCCT----CCAAG----TT-TCCG-T-AC---AATTGACAGT--CAC-----AGG--AA-AT---------GGTGC-GTAAATC-TC----A-AATCGA-A-AT-TGCAATA--TTGC--CCACGATGTT--GGGAATTTCATC------------TCTCAAT----TCCGTAAATAATATGTCACA-ATTATTTTT-ATT---GTGTT--GGT--TCCTT-TTT------AACGGATGG--ATT---------A-T-ATGAAG-A-AA-A-TTTTCAAATA-AAATT-ATACAACATTTTAAACATTCGAG
Alignments
lowQualScore : 1111 111 11111 222222222222222 1111111 11111 1111111111111 111111111 11111111 1111 111111111111 111111111111111 2222222 111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 77 8 4 4 4444 4 4 4 7 5 4 5 3 3 3 3 3 88 3 333 4 3 3 22222 3 3 7777 55 3 222222222222222 99999 3 1111111 8 44444 3 3 888888 4444444444444 44 3 666666666 0 3 3 33333333 3 3 11 3 3333 44 7777 44 8 555555555555 444444444444444 3 6 7 44 555 3 6 3 888888 1111111 555555555 3 3 77 2 333 33 2 5 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. . . . .... . . . . . . . . . . . . .. . ... . . . ..... . . .... .. . ............... ..... . ....... . ..... . . ...... ............. .. . ......... . . . ........ . . .. . .... .. .... .. . ............ ............... . . . .. ... . . . ...... ....... ......... . . .. . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 4 4 4 4 33 0 0 0 0000 0 0 0 1 7 0 0 6 6 6 6 6 66 6 444 0 6 6 77777 6 6 7777 00 6 777777777777777 11111 6 7777777 5 77777 3 3 888888 9999999999999 66 3 777777777 1 3 3 77777777 3 3 00 3 1111 66 1111 66 7 888888888888 222222222222222 1 7 4 33 888 1 2 1 888888 2222222 444444444 1 1 33 7 333 77 7 3 99 7 6
consensus : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
Reference ( family-1532 ) : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|1 : TATAGACACCTTAAG-TA-CATTACAC-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-CTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTT--NNNN-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------GGCG-AT----GTTTTCCGTGAAA-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|10 : TA-AATA-T-ACAA----ATAAC-G-ATGTT--AATGCAGTTG-CA-TT-T-T-TA--A-GAT-----------TA-AC-----A-CGCAAA-TGACC----ACC-----TG-TTAA---------------TTAGAAAACT-CGTTT------------GACTT-GTT-G-C-AT---G--TGAT-AT--CAC-----AGC--CT-TTT--------GGCGC-GTAAATT-TC----TTA-TCGA-A-ATATGCA-TA--TTGC--C----ATATC--AGAA-TTCCAAC------------TATTAATAT-TTCTAAAAATA-TTC-TTACA-AGTTTGTTT-ATT---GTATTC-AATA-TCCTT-TTA------AACTA-T----ATT---------A-C-A--AGGAA-TA-T-CTTTC--ATA-AAATT-ATTCAA-TTTCTAAtt
gi|11 : A-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------ACA-----TT-CCTTC--T----CAGAGGATTT-GTC-G-T-GN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NAACA-ATTTTTTC--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTGAAAATTTAAGAC-AAGTCcactagatgtcacgtgcctgta
gi|12 : GAGAATTC-GTACGCT-GT---A--TGAC-GA--GACTAGAGAGG--GA-TTCATGTTTTAGGCGC-GTAAATC-TC----A-AGTCGA-A-ATATGCA-TAATT-GC--C----GTGTT--GGAATTTCCATCTTCTCATAATCATCTCAAT-CAATCTGTGAAT-ATGC-TCACAGATTTTTTTGTATTCAAGTGTTTGGGTACTCCGT-TATATAAAAAACGGATACAGATT---------A-TCC--AAGAACAA-A-ATTCC--ATAGAAATT-AT
gi|13 : ACACCATAA---T-TATTAAAT-C-A-TAAATA-AATA-T-TCATTTTTATAAT-G-A-GGTTAAAT-CGGTTG-TAATT-G-AATAGAA-GATAA-T-C-GA-TTA-TCA----T-CGCTAA-TGGCA----TCCA--GCTG-TTTG---------------TCA-----TT-C------------------TTTTGTC-G-T-TT---C--TGAT-TT--CAC-----AGG--AA-TT---------GG-GCGGTAAATT-CC------A-TCGA-AGATACGCA-CA--T-ATTGC----GTGTTAAGGAAGTTTCATT------------TCTCAATAT-CTC-GT-AATTATGC-gtcgaaacttc
gi|14 : TGTTT-GCTA-TATTT-TTT------AACTA-T----ATTG--------A-T-C--AAATA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATTAATACAG-TT--TAAAAATTCGAGAC-AAGTC
gi|15 : A-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTTAAAATTCGAGAC-AAGTCCatt
gi|16 : -AA-T-TTTTC--ATA-AAATTCATACAA-TTT-TAAAAATTCGAGAC-AAGTCCtt
gi|2 : TTACATGCACCTTCAGCTT-CATTACAT-CCA-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAATTG-A-GTTTAAAT-CG-TTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTAATC-----T-CGCTAA-TTGTC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTAT--C----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CT----A-A-TCGACA-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GAAATTTTCATC------------TCTCAATATATTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AAAGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CCTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTTCtt
gi|3 : GACACCTTAAG-TTTCATTACAT-C-A-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAAT-G-G---TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTGACTTG-C----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----CT-CCTTC--TCCTCCCGA-----TTGTTCG-T-ATCNNN--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTAGTCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTAAAAACTCGAGACAAAGTCC
gi|4 : agTTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A--AAATA-AACA-T-TCAATA--ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGTGTG-TA-TT-G-A-TAG-A-TATAT-T-A-GA-TT--TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG--TTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGA-TTTNNNNN-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNCATATATTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AA--GAT----ATT---------AGT-AT-AAGAA-AA-ATTTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCATAAAATTCGAGAC-t
gi|5 : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-T------T-CGCTAA-TTACC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGA-TTTGT-CG-TANN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NN-NN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCATA-A--TTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTCTAAAATTCGAGGC-AAGTCC
gi|6 : CCTTAAG-TT-C-TTACAT-C-AACAAATA-AATAATGTCAA-----TA-T-GCA-GCTTCAAT-CGTTTAATA-TT-G-A-TA--A-GATAA-TTA-GAATTA-TC-----TTCGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTGTTTTA---------------TCA-----TT-CCTTT--T----CCGTGGA-TTTGT-CG-T-GT---A--TGAC-GTGACACAA---AGGAAAA-TT---------GGCGC-GTAAATT-CTCCGAA-A-TCGA-A-TTG-GCA-TAT-T-GC--C----GTGGT--GGA--TTTCATC------------TTTCAACATAT-------------C-TCACA-AATTGTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTTGTTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AACA-AATTC--ATA-AAA-T-ATAC-A-GTTATAAAATTTCGAGAC-AA
gi|7 : acataaacTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-GAA-TA--A-GAT
gi|7 : ------------TCTCAATAT-CTCTGTAA-TA-TGC-TC-TA-ATTTTTTT--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCTAAAAATTCGAGGC-AAGTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcaatatctctgtaatatgctctaatttttttatcgtgtttggtatcctttttaacgatattataaagaaaatttttcataaaattatacaagttctaaaaattcgaggcaagtcct
gi|8 : tacagacaccttaagttcattacatcacaaataaatattcaaataatgagttaaatcggttgtattgaataagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTACAGACACCTTA-G-TT-CATTACATAC-A--AAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CG--TA-TA-TTAG-A-TA--AAGATAA-TTA-GA-TTA-TC-----T-TGCTAA-TTGC-----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTT-GTC-G-T-GT---A--TGAC-------------AGG--AAATT---------GGCGC-GTAAATCTCC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--TTGC--C----GTGTT--GGAA-TTTCATC------------TCTCAATAT-CTCTGTTAATA-TGC-TCACA-ATTTT-TTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A--TTTC--ATA-AAATT--TACAA-CTTCTAAt
gi|9 : TA-TA-GT-G-A-TA--A-GATAA-T-AAGA-TTG-TTCAAAAT-CGCTAA-TTGCCACAAGCCAAAGCTG-TTTACCCACACAATCACAATCA-----TAACCTTCCCT----CCAAG----TT-TCCG-T-AC---AATTGACAGT--CAC-----AGG--AA-AT---------GGTGC-GTAAATC-TC----A-AATCGA-A-AT-TGCAATA--TTGC--CCACGATGTT--GGGAATTTCATC------------TCTCAAT----TCCGTAAATAATATGTCACA-ATTATTTTT-ATT---GTGTT--GGT--TCCTT-TTT------AACGGATGG--ATT---------A-T-ATGAAG-A-AA-A-TTTTCAAATA-AAATT-ATACAACATTTTAAACATTCGAG
blockSeqs : C T A C AC G A G TTTT T C T T T G G A A A A A GA A TT A A A CAAAA T C ACAA AA T CCCACACAATCACAA GAAAA A TCCTC C TGTCC C A CNNN GAGACTAGAG AA A CATGTTTTA G T CCGAAA C G AT A ATT TG CACG AA N TTCTCATAATCA NNNNNNNNNNNNNNN G G G GT CAA G C G ATAAAA GATACAG G G C TG C AT AA G A CA C A
blockSeqs : . . . . T G . . TA . . . G T . G . . . . . G . TT . . . A . . . . . . . . CCT T TGTTC . . AAT GTGACACAA . . T . . TTA . . NN . TT . . . T . ATATTCTGTAAATAA . T T TT . . G . . GATGG . . . T . CA . . C T C .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T T . G . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . T T TNNNN . . G AGTCAC . . . . . AAG . . AT . TT . . . G . NNNNNNNNNNNNNNN . . T TT . . . . . AAT . . . . . T . . . C T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T T . T . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . C T GTAC . . N ATCAC . . . . . AAA . . AC . TT . . . T . NNNNNNNNNNNNNNN . . T TT . . . . . GAT . . . . . A . . . T C .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T T . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T T TGTC . . A NNNNN . . . . . NN . . AT . TT . . . N . NNNNNNNNNNNNNNN . . T TT . . . . . AT . . . . . A . . . G T .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . C T . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T T TGTC . . C TTCAC . . . . . AA . . NN . N . . . N . ATTTCTAAAAATA . . A TT . . . . . AT . . . . . A . . . T C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . TGTC . . A GTCAC . . . . . NN . . NN . T . . . N . CAATCTGTGAATA . . T TT . . . . . AT . . . . . A . . . C T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . TTCC . . N NNNNN . . . . . NN . . NN . T . . . A . ATCTCTGTTAATA . . T T . . . . . AT . . . . . T . . . G A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTT . . N NNNNN . . . . . NN . . AT . N . . . . . ATCTCGTAATTA . . T T . . . . . AT . . . . . A . . . G C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTC . . A NNNNN . . . . . AA . . G . N . . . . . ATCTCTGTAATA . . . . . . . . . AT . . . . . A . . . G C .
blockSeqs : . GTC . . A . . . . . . A . . T . N . . . . . TCCGTAAATAA . . . . . . . . . AT . . . . . T . . . G T
blockSeqs : . ATAT . . . . . AT . . . . . T . . . G .
blockSeqs : . A . . . C .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqCons : TT* TGTC* *********
originalCons : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAA-T-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTCCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
finalCons : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATAATT-A-GA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--T----CCGAGGATTTTGTC-G-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AA-TT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 222222222222222 1 11111 111111111 11111111 1111 111111111111 111111111111111 2222222 111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 77 8 4 4 4444 4 4 4 7 5 4 5 3 3 3 3 3 55 3 4 2 3 3 22222 3 3 99999 55 3 222222222222222 99999 3 55 7777 2 4 6 3 3 3 888888 77777 22222 77 666666666 0 3 3 33333333 3 3 11 3 3333 44 7777 44 8 555555555555 444444444444444 3 6 7 44 555 3 6 3 888888 1111111 555555555 3 3 77 2 333 33 2 5 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. . . . .... . . . . . . . . . . . . .. . . . . . ..... . . ..... .. . ............... ..... . .. .... . . . . . . ...... ..... ..... .. ......... . . . ........ . . .. . .... .. .... .. . ............ ............... . . . .. ... . . . ...... ....... ......... . . .. . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 4 4 4 4 33 0 0 0 0000 0 0 0 1 7 0 0 6 6 6 6 6 00 6 0 4 6 6 77777 6 6 11111 00 6 777777777777777 11111 6 00 7777 6 1 7 3 3 3 888888 33333 99999 99 777777777 1 3 3 77777777 3 3 00 3 1111 66 1111 66 7 888888888888 222222222222222 1 7 4 33 888 1 2 1 888888 2222222 444444444 1 1 33 7 333 77 7 3 99 7 6
consensus : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGATTTTGT-C-G-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AATT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
Reference ( family-1532 ) : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGATTTTGT-C-G-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AATT---------GGCGC-GTAAATC-CC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GGAANTTTCATC------------TCTCAATATACTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-NTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|1 : TATAGACACCTTAAG-TA-CATTACAC-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CGGTTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGA-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-CTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGA-TTTNN-N-N-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NNNN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------GGCG-AT----GTTTTCCGTGAAA-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTCC
gi|10 : TA-AATA-T-ACAA----ATAAC-G-ATGTT--AATGCAGTTG-CA-TT-T-T-TA--A-GAT----------TA-AC-----A-CGCAAA-TGACC----ACC-----TG-TTAA---------------TTAGAAAACT-CGTTT------------GACTT-GT-T-G-C-AT---G--TGAT-AT--CAC-----AGC--CTTTT--------GGCGC-GTAAATT-TC----TTA-TCGA-A-ATATGCA-TA--TTGC--C----ATATC--AGAA-TTCCAAC------------TATTAATAT-TTCTAAAAATA-TTC-TTACA-AGTTTGTTT-ATT---GTATTC-AATA-TCCTT-TTA------AACTA-T----ATT---------A-C-A--AGGAA-TA-T-CTTTC--ATA-AAATT-ATTCAA-TTTCTAAtt
gi|11 : A-TTA-TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG-TTTA---------------ACA-----TT-CCTTC--TC----AGAGGATTT-GT-C-G-T-GN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NNNN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NAACA-ATTTTTTC--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CTTCTGAAAATTTAAGAC-AAGTCcactagatgtcacgtgcctgta
gi|12 : GAGAATTC-GTAC-GCT-GT---A--TGAC-GA--GACTAGAGAGG--GATTCATGTTTTAGGCGC-GTAAATC-TC----A-AGTCGA-A-ATATGCA-TAATT-GC--C----GTGTT--GGAATTTCCATCTTCTCATAATCATCTCAAT-CAATCTGTGAAT-ATGC-TCACAGATTTTTTTGTATTCAAGTGTTTGGGTACTCCGT-TATATAAAAAACGGATACAGATT---------A-TCC--AAGAACAA-A-ATTCC--ATAGAAATT-AT
gi|13 : ACACCATAA---T-TATTAAAT-C-A-TAAATA-AATA-T-TCATTTTTATAAT-G-A-GGTTAAAT-CGGTTG-TAATT-G-AATAGAA-GATA-ATC-GA-TTA-TCA----T-CGCTAA-TGGCA----TCCA--GCTG-TTTG---------------TCA-----TT-C------------------TTTTGT-C-G-T-TT---C--TGAT-TT--CAC-----AGG--AATT---------GG-GCGGTAAATT-CC------A-TCGA-AGATACGCA-CA--T-ATTGC----GTGTTAAGGAAGTTTCATT------------TCTCAATAT-CTC-GT-AATTATGC-gtcgaaacttc
gi|14 : TGTTT-GCTA-TATTT-TTT------AACTA-T----ATTG--------A-T-C--AAATA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATTAATACAG-TT--TAAAAATTCGAGAC-AAGTC
gi|15 : A-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTTAAAATTCGAGAC-AAGTCCatt
gi|16 : -AA-T-TTTTC--ATA-AAATTCATACAA-TTT-TAAAAATTCGAGAC-AAGTCCtt
gi|2 : TTACATGCACCTTCAGCTT-CATTACAT-CCA-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAATTG-A-GTTTAAAT-CG-TTA-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-AT-AGA-TTAATC-----T-CGCTAA-TTGTC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTAT--CC----CGAGGATTTTGT-CCG-T-GT---A--TGAC-GT--CAC-----AGG--AATT---------GGCGC-GTAAATC-CT----A-A-TCGACA-ATATGCA-TA--T-GC--C----GTGTT--GAAATTTTCATC------------TCTCAATATATTCTGTAAATAATGC-TCACA-ATTTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AAAGAAT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-CCTCTAAAAATTCGAGAC-AAGTTCtt
gi|3 : GACACCTTAAG-TTTCATTACAT-C-A-CAAATAGAATA-T-TCAA----ATAAT-G-G---TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGA-TTA-TC-----T-CGCTGACTTGC-----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----CT-CCTTC--TCCTCCCGA-----TTGTTC-G-T-ATCNNN--NNNN-NN--NNN-----NNN--NNNN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCACA-ATTTT-TTTTATC---GTGTTT-GGTAGTCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTTAAAAACTCGAGACAAAGTCC
gi|4 : agTTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A--AAATA-AACA-T-TCAATA--ATAAT-G-A-GTTTAAAT-CGTGTG-TA-TT-G-A-TA----GATATATTAGA-TT--TC-----T-CGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTG--TTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGATTTNNN-N-N-N-NN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NNNN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNCATATATTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AA--GAT----ATT---------AGT-AT-AAGAA-AA-ATTTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCATAAAATTCGAGAC-t
gi|5 : TTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGA-TTA-T------T-CGCTAA-TTACC----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGA-TTTGT-C-G-TANN---N--NNNN-NN--NNN-----NNN--NNNN---------NNNNN-NNNNNNN-NN----N-N-NNNN-N-NNNNNNN-NN--N-NN--N----NNNNN--NNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCATA-A--TTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTTCTAAAATTCGAGGC-AAGTCC
gi|6 : CCTTAAG-TT-C-TTACAT-C-AACAAATA-AATAATGTCAA-----TA-T-GCA-GCTTCAAT-CGTTTAATA-TT-G-A-TA--A-GATA-ATTAGAATTA-TC-----TTCGCTAA-TTGCC----GCCA--GCTGTTTTA---------------TCA-----TT-CCTTT--TC----CGTGGA-TTTGT-C-G-T-GT---A--TGAC-GTGACACAA---AGGAAAATT---------GGCGC-GTAAATT-CTCCGAA-A-TCGA-A-TTG-GCA-TAT-T-GC--C----GTGGT--GGA--TTTCATC------------TTTCAACATAT-------------C-TCACA-AATTGTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTTGTTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AACA-AATTC--ATA-AAA-T-ATAC-A-GTTATAAAATTTCGAGAC-AA
gi|7 : acataaacTACAGACACCTTAAG-TT-CATTACAT-C-A-CAAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-G-TTAAAT-CGGTTG-TA-TT-GAA-TA--A-GAT
gi|7 : ------------TCTCAATAT-CTCTGTAA-TA-TGC-TC-TA-ATTTTTTT--ATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACGA-T----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-T-TTTTC--ATA-AAATT-ATACAA-GTTCTAAAAATTCGAGGC-AAGTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcaatatctctgtaatatgctctaatttttttatcgtgtttggtatcctttttaacgatattataaagaaaatttttcataaaattatacaagttctaaaaattcgaggcaagtcct
gi|8 : tacagacaccttaagttcattacatcacaaataaatattcaaataatgagttaaatcggttgtattgaataagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTACAGACACCTTA-G-TT-CATTACATAC-A--AAATA-AATA-T-TCAA----ATAAT-G-A-GTT-AAAT-CG--TA-TA-TTAG-A-TA--AAGATA-ATTAGA-TTA-TC-----T-TGCTAA-TTGC-----GCCA--GCTG-TTTA---------------TCA-----TT-CCTTC--TC----CGAGGA-TTTGT-C-G-T-GT---A--TG--------AC-----AGGA-AATT---------GGCGC-GTAAATCTCC----A-A-TCGA-A-ATATGCA-TAT-T-GC--C----GTGTT--GGAA-TTTCATC------------TCTCAATAT-CTCTGTTAAT-ATGC-TCACA-A-TTTTTTTTATC---GTGTTT-GGTA-TCCTT-TTT------AACG-AT----ATT---------A-T-A--AAGAA-AA-A--TTTC--ATA-AAATT--TACAA-CTTCTAAt
gi|9 : TA-TA-GT-G-A-TA--A-GATA-ATAAGA-TTG-TTCAAAAT-CGCTAA-TTGCCACAAGCCAAAGCTG-TTTACCCACACAATCACAATCA-----TAACCTTCCCTC----CAAG---TTT-C-C-G-T-AC---AATTGACAGT--CAC-----AGG--AAAT---------GGTGC-GTAAATC-TC----A-AATCGA-A-AT-TGCAATA--TTGC--CCACGATGTT--GGGAATTTCATC------------TCTCAAT----TCCGTAAATAATATGTCACA-ATTATTTTT-ATT---GTGTT--GGT--TCCTT-TTT------AACGGATGG--ATT---------A-T-ATGAAG-A-AA-A-TTTTCAAATA-AAATT-ATACAACATTTTAAACATTCGAG