lowQualScore : 2 1 222222222 333333333333 22222222222222222 1111 11 1111111 1111 2222222222222222 11 222 111111 333333333333333333 111111 222 111 5555555555555555555 22 555555555555555555555555 111 11
lowQualScore : 8 0 9 5 5 5 1 555 66 4 8 2 666666 2 33 2 33 55 33 777777777 55 33 2 444 2 2 2 777777 000000000000 5 2 99 2 99999999999999999 44 8 1111 4 33 5 0 77 5 3333333 2222 5 2222222222222222 777 00 44 333 888888 2 000000000000000000 666666 2 33 9999 2 33 2 111 33 33 2 22 77 55 2 33 2 2 55 2 2 2 2 55 2 2 66666666 22 4 2 66 2 2 2 2 2 2 2 2 666 2 55 2 333 2 4 333 2 2 2 4444 555 4 2 33 5 33 3 3 3 3 3 444 66 5 2 8888888888888888888 77 555555555555555555555555 111 888 11 8
lowQualScore : . . . . . . . ... .. . . . ...... . .. . .. .. .. ......... .. .. . ... . . . ...... ............ . . .. . ................. .. . .... . .. . . .. . ....... .... . ................ ... .. .. ... ...... . .................. ...... . .. .... . .. . ... .. .. . .. .. .. . .. . . .. . . . . .. . . ........ .. . . .. . . . . . . . . ... . .. . ... . . ... . . . .... ... . . .. . .. . . . . . ... .. . . ................... .. ........................ ... ... .. .
lowQualScore : 0 4 2 7 7 7 4 999 11 4 9 7 888888 4 22 2 22 66 22 888888888 66 22 4 444 5 5 5 666666 888888888888 0 7 33 7 00000000000000000 66 6 4444 4 66 7 7 99 7 1111111 1111 7 9999999999999999 888 99 22 666 000000 7 333333333333333333 666666 5 22 5555 2 11 2 222 11 11 2 88 55 33 2 11 2 1 22 1 1 1 1 00 1 1 77777777 99 2 1 66 2 2 2 2 2 2 2 2 999 2 33 2 999 2 4 999 2 2 2 7777 888 7 5 77 7 99 1 1 1 1 3 999 77 0 5 5555555555555555555 55 000000000000000000000000 777 777 66 0
consensus : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TC----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTTG----GA------G----G--AANA----CCGC-GAGA--TGTTC-CGAG--CGTG-GAT--T----CCGA----AT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---AAAC-GAGG--AT--ATAGT---G--CAC-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-AC-G-C-GAAG-CAGATC-----------CG------CTACATCATATGAGCG------------------------TAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
Reference ( gi|6 ) : TTAT-CACTCCATGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TA----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-GT-CGC-CATTTTG----GA------G----G--AACA----CTGC-GAGA--TGTTC-CGAG--TGTG-AAT--T----CCGA----AT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---AAAC-AAGG--AT--ATAGT---A--CAC-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-T--TAAT--GC-A--A-ACTATT-G-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTA-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-AC-A-C-AAAG-CAGATC-----------CA------CTACAT--TATGAGCG------------------------TAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
gi|15 : TTATTCACGCC--GG-C-T-CT-AT-C-TTTG--C-C-TT-CATGATCATC-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TC----TA--T--CA-TGCC-----------------G--A---T-------T-----GT-AA-GC-AGA-CATTTTGGAAAGA------G----G--AATA----
gi|9 : tgtcatctttatTTAT-CAG-CCGTGG-CCT-CT-ATTA-TTTG--CAC-TT-CAT------C-T--G-AGTTTTCAAG--AAA--A--AGGATC----TA--C--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TGC-ATT-T-----GT-AA-GT-CGC-CATTTgtcgtcacttcataattaaattgtcttactgcaaactatttaaatggatattacgtagataaacagcaatgtgcatattcagaaaagttgtagagcaaattatgcagttttttcgtgcaagaagttttcaaa
gi|5 : aataccttgccatctttaatttaTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAAGA--G---TC----TA--T--CA-CGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTTG----GA------ctaactaaaattgtcattactgccaaactattaaatggatattacgttagatttaaacagatgtgtagtgctaaattatgcagttattcctgcagaagtgcttcaaataaagtcaaaatcggacgagaagcaatcagcttcgcggctgctacattacgagtataggagtgcgaatctgagcgtagc
gi|2 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcatttaTAA-CACGCCATGAAC-TACT-AT-AATTTG--C-CATT-CAT------C-T--G-AGTTT-CAAG--AAA--A--G----AGTCTTA--T--CA-CGCCAAAT-AT-T-GAAAAC-G--AA--TG--A---TT----GTTAA-GC-CGC-CATTTTG----GAAAGAGGG----A--AATA----GTGC-AACA--CGTTCATTAA--TGTA-AATCGT----TCGACAGCAT-AAAaagaggaaagtggcacttcattaatgtaaattcgtcgtactgcaaactatttaatggaatattacgtagattaaacagcatgtgcatatttcagaaaaggtaatgtagtgcaaaattattgcagtttttccgtgcagaagtttcaaataaagtcaaatatatgacgccgaagcagaatctgcattgcgg
gi|12 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttataTAT-CACACCGTGG-T-T-CTGAT-A-TT-G--C-CATT-CAT------CCT--GGGGTTAGCAAG--AAA--A--A---AA---------------GTT---T--T-TTGAAAACAG--AAATTGTTA---TTT---AT-AA-GC-TGC-CATTCTG----GA------A----G--AAGAAAAACCGC-AAGAAATGTTC-CGAAGCTGTGAAAT--TAACACCGA----AT-Actatttaatggaaatattaacgtagattaacagcatgtgatattcagaaaaaggttatagctaatgcataaatataagcaagatttctccgttgtttcaggtagtttcaaattaa
gi|1 : acttacgagttaccacctatactcgctcataacaaatcatttttttaatatgatataagtggctttgaaagaacctgactaaaatgtaagaagacattattgtaaattactgtatctgtttaatttaCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTGGCC-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GTT-TC----TA--T--CA-TGC-------T-TTGTAAAC-G--C---CA--AATTT-----GA-AA-GC-CGC-CATTTTG----GA------A----GAAAACA----CCGCTGAGGT-TGTTC-CGAG--CGTG-AAT--T----CTGA----AT--AAAT-----------------TTT---AAACGAGGG--AT--A-AAT---G--CAC-CTCATAAT-T------AA----ATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--AG--A-TT-TTA-ACG--T--GA--TT---AACT-AC-ATGT-GCAT-A--TCAG---AA-GG-T---A----TG--T-A-GTA-C-A-A-A-A-T-T-A-T---GCCA--GTTTTTTCC---A-T-G---C-AGA-ATG----TTCC-T-CAAATAG-A--G--CA--At
gi|19 : ctataggaagttaccacaccctatgagggcgcgccgcttcgtagcaaatgattattttttttataaactgcttcaaagactgataaatgaagaaaaagttatagtataatacctgtcatctttaatttattcacaGG-C-T-CTTAT-A-TCTG--C-C-TTACAT------C-TCGGAAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TC----TA--T--CA-T
gi|18 : atgaacttcgcacgccctatactcggcttcgtaggcaaaatgatttttcttataaagcggcttgaaagactgataaagaacaagctatttattgttaaatacagctgtcatctttaatcaatttcacagcgtg--C-C-TT-CAT------C-T--GCAGTTTTCAAGTAAAG--A--G---TC----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTTGGAAAGA------G----G--AATA----GTGC-
gi|8 : --C-C-TT-CAT------C-T--G-AGTTGTCAAG--AAA--A--GAG-TC----TA--T--CA--GCC---T-ATCTTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTTG----acttcataattaaattgttttactgcaaattatttaatggatattgcgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcggaagtgttcaaataa
gi|10 : T-CAT------C-T--GAGTTTTTCAA---AAA--A--G---TC----TA--T--CA-T-CC---T-AT-TTGAAA----------TG--T---T-----AT-AAAGCGCGC-CATTT-G----GA------TTC--A--AAAA----CCGC-GAGA--TGTTC-C-AG--TGTG-GAT--T----CCGA----ATTAAAATGGCTGT-CAA------ATTT---AAACGAAAG--AT--CTAAT---A--CAC-TTC------T------AA----ATTT-----GTC-T---AAT--GC-A--A-ACTATT-T-AA---GG--A-TA-TTAAACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-G-AT-A-GTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCTC---G-T-G---C-AGA-T-G----TC-T-T-CAAAT-A-A--G-C-----A-A-T-C-G-AC-G-CGAAAG-CA-ATC-----------CG------CTGCctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|13 : atatcg-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GG--TC----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAT-G--T---TGT-A---T-----A--AA-GC-CGC-CATTTTG----GA------T----G--AAAA----CCGC-AAGA--TGTTC-CGAG--TGTG-GAT--T----CCGA----AT-AAAATGGCTGTACAA------ATTT---TAAC-GAGGTTCT--ATAGT---A--CAC-TTCA-----T------AA----ATT------GTA-T--TAA---GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--A-T--TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-GCAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-CAA-A-A-A-T-T-A-T---T-C---G-TTTTCCC---G-T-G---C-----A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-gc
gi|14 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TC----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGTAAAC-GGCA---TT------T-----GA-AA-GC-TGC-CATTTTG----GA------A----G--AAAAA---CCGC-GAGG--T-TTC-CGAG--CGTG-AAT--T----CCGA----AT-AAA-------------------TTT---AAAT-GAGG--A---ATAGT---G--CAC-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATC-T-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCA---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-
gi|11 : -CAT------C-T--GGAGTTCTCAAG--AAA--AAAG---TC----TAATC--CA-TGCC---TTAT-TTGAAAAT-G--T---TT--T---T-----AA-AA-GC-CGC-CATTTTG----GG------ATTGAA--AAAA----CCGC-GAGA--TGTTC-CGAG--TGTG-GAT--C----CCGA----AT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---AAAC-GAGG--ATTTATAAT---A--CAC-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-T--TAAT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--A-TA--T--ACGT-T-AGA--TT-A-AAAG-CC-ATGC-GCAT-A-TTCA---AAA-GG-T---A----TG--C-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCC---G-T-G---C-AGA-T-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TTA--AA-A-T-C-G-
gi|21 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAG-A--G---TG----CA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTTGTAAAGA------G----G--AATA----GTGC-
gi|27 : -CAT------T-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---AA----TC--TTTCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-Aacttcattattaaatagtctcactgcgaactatgtaatgtatattacgtagattaaacagcatatgcatattcagaaaggtatgtagtg
gi|7 : AT------C-T--GGAGTTTTCAAA--GAA--A--G---TC----TAC-T--CATTGTC---C-AT-TTG--AAC-G--A---TG--A---TTTTCGGTAAA-GTCCGCGCATTTTGAGAAGA------G----G--AATA----GTG
gi|17 : T------C-A--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GAG-TG----TA--T--CA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-GC-CGC-CATTTGG----AA------A----G--Agcgtttcaccaattaaattgtcttactgcaaactattttatctggatatagtaattagaatgcgcatgtgcattattcagaaaggtgacacgtagtgcaaaaattatgcaagtttttcctccgtgcaggagttcttaaatatagtcaaaatctgatggcgaagcagatcgcgtttcacagctgctacatcatatgggtggaattcttactagtgaactgagcgtagcctgttcacagtaagaatgtatctttc
gi|2 : AATGATTGT-TAAGCCGCCATTTTGGAAAG-AGGG--AA--ATAGTGCAA--CACGTTCA-----TTAATGTAA----ATC------GTT-C--GACA--GC-ATAA-ACTATT-T-AAT--GGAAA-TA-TTA-ACG--T-AGA--TT---AACA-GC-ATGT-G-AT-A-TTCAGAAAAA-GGTT---A----TAGCT-A-ATG-C-ATA-A-A-TAT-A-A---G-CAAGA-TTTCTCC---GTT-GTTTC-AGGTA-G----TT---T-CAAATTA-A--gaatagtgcatttcataattaaataagtcttactgcaatactattttaaagtatagttacgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcagaagttcaaataaagatcaaaatc
gi|17 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttatataacacgccatgaactactataatttgccattcatctgagtttcaagaaaagagtcttatcacgccaaatattgaaaacg------ATTT---GGAA-AGAG--A---ATAGT---G--CAT-TTCA-----T------AA-----TTAAATAAGTC-T--TACT--GC-A--ATACTATT-TTAAA--GT--A-TAGTT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----T----T-CAAATAA-A--GATCA--AA-A-T-C-
gi|26 : tcaggagttttcaagaaaagagtgtatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccTTA---AAAC-GAAG--GT--A-AG-------CAC-TTCA-----TG-----AA----ATT------GTC-T--TAATGGGC-A--A-A-TATT-T-AAT--GG----TA-TT--ACGGAT-AGA--TT-A-AA
gi|21 : T---AAA--GAGG--A---ATAGT---G--CAC-TTCA-----TTATT--AA----ATA------GTC-T--CACT--GC-G--A-ACTATG-T-AAT--GT--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATAT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT
gi|8 : catctggagttttcaagaaagagtgcatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttg-AAAG--A---ATGGTT--G--CAC-T-CA-----T------AC----ATTAAT---GTC-TACTA----GC-A--A-ACTATT---AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-ACAG-GC-A--T-GCAT-A-TTCAG--AAACGG-T---A----TA--TCA-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-TAG-G-CA--G-TTTTTCC---G-TCG---C-AGA-A-GGTAACT-T-T-CAAATAA-A--GTTCA--AA-A-T-C-G-AC-G-C-GAAGACAGATC-----------Cg
gi|18 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctAGG--A---ATAGT---G--CAC-TTCA-----T------AATTAAATT------GTT-T--TACT--GC-A--A-ATTATT-T-AAT--GG--A-TA-TT--GCG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-GGA-A-G----TG-T-T-CAAATAA-gataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|15 : ccttcatctgcagttttcaagtaaagagtctatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggaaagAGG--A---ATAGT---CGTCAC-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATTTA-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA---T-A-AACA-GCAATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-AG-T--------TG--T-A-GAG-C---A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTTC---G-T-G---CAAGA-A-G----TT-T-T-CAAA
gi|7 : tgtcatctttatttattcacgccggctctatctttgccttcatgatcatctggagttttcaagaaaagtctatcatgccgattgtaagcagacattttggaaagAGG--A---ATAGT---GG-CGT-TTCACCAATT------AA----ATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATT-T-TATCTGG--A-TA-T---A-G--T-A-A--TT-AGAATGCGC-ATGT-GCATTA-TTCAG--AAA-GG-TGACA----CG--T-A-GTG-C-A-A-A-AAT-T-A-T---G-CAA-G-TTTTTCCTCCG-T-G---C-AGG-A-G----TT-C-T-TAAATAT-A--G-TCA--AA-A-T-CTG-ATGG-C-GAAG-CAGATCGCGTTT-----CACAGCTGCTACATCATATGGGTGGAATTCTTACTAGTGAACTGAGCGTAGCCTGTTCAC---AG-T-AAGAATGTATCTTTC
gi|5 : atctggagttttcaaagaaagtctactcattgtccatttgaacgatgattttcggtaaagtccgcgcattttgagaag--CAC-TTCA-----TTAATGTAA----ATTC-----GTC-G--TACT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--AATA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-ATTTCAGA-AAA-GG-TA--A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-ATT---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT---T-CAAATAA-A--G-TCA--AATA-TAT-G-AC-GCC-GAAG-CAGA
gi|22 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcatttatatcacgccgtggctctatatttgccttcatctggagttttcaagaaaagagtctatcacgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggaaagaggaaagtggAC-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-T--TACT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCTG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCT---G-T-G---C-AGA-A-G----Tatctgcattgcgg
gi|9 : ttgaaaatatgtgagagtttggtg------AA----ATT------GTCAT--TACT--GCCA--A-ACTATT-A-AAT--GG--A-TA-TT--ACG--TTAGA--TTTA-AAC--------------------------A-GA-T---G----TG--T-A-GTG-C-T-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTATTCC-----T-G---C-AGA-A-G----TG-C-TTCAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GGAC-G-A-GAAG-CA-ATCAGCTTCGCGGCTG------CTACAT--TACGAGTA------------------------TAG
gi|23 : aataccttgccatctttaatttattatcagccgtggcctctattatttgcacttcatctgagttttcaagaaaaaggatctaccatgcctatttgaaaacgatgcatttgtaagtcgccatttctaacta--TAAT--GC-A--A-ACTATT-T-AAT--GG--A-T---T--ACG--T-AGA--TT-A-CACG-GC-ATGT-GCGT-A-TACAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTCC---G-C-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAA--AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-AC-G-C-gagtgcgaatctgagcgtagc
gi|16 : C-A--A-ACTATT---AAT--GG--A-T---T--AC---T-AGAATTT-A-CACG--C-ATGTCGC-T-A-TACA---AAA-GG-T---ACTTTTG--TCA-GTAGC-A-ATA-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTGC---G---G---C-AGA-A-G----TT-CTT-CAAA-AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G-AC-G-C-AAAG-CAGATC-----------CG------CT
gi|20 : c-AACA-GC-A-GT-ACAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---AA---TG--T-AAGTG-C-A-A-AGA-T-TGA-T---G-CC--G-TTTTTCC---C-TTG---C-AG---------TT-C-TTCAAATAA-ACAG-TAA--AA-AAT-C-G-AC-G-C-GAGG-CAGATT-----------CG------CTttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaatactgagcgagcctggtcacaaaagcaaagattattttttctat
gi|24 : -GC-ATAC-GACT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GTG-C-A-A-A-A-T-T-A-TGCAG-CA--G-TTTTCCC---T-T-G---C-----A-G----TT-C-T-C-AATAATA--G-TCAAGAA-A-T-C-G-AC-G-C-GAGG-CAGATC-----------CG------CTtcgcggctgctacttacgagtataagaggtggaaattcttactgttgatccaagcgtagttttggtcccagtaag
gi|16 : caaTGAGCG-------------------------AGCCTGGTCACAAAAG-CAAAGATTAT-TTTTTCtcgcggctg
gi|25 : ccaaactattaatggattactagaatttacacgcatgtcgctatacaaaaggtacttttgtcagtagcaataattatgtagtttttgcggcagaagttcttcaaaaaagtcaaaatcgacgcaaagcagatccgctttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaatacTGAGCG------------------------TAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCtat
gi|29 : tccggctgctacattacgatatagggtgaaaatcttactggaacTGAGCG------------------------TAGCCTGGTCAC---AG-
gi|4 : ggtgaacgctttatgaacAGCG------------------------TAGTTTGGTCAC---AG-T-AAG---AT-TCTTTC
gi|8 : cgttttaaagccgcgcatggctacgagtatagaggtggaattcttactgtgatccaG------------------------TA-CCTGGTCAC---AATT-AAGA-TAT-TCTTTtagggtaacctgtagcggtattaattcgtaacagtggaaattaaagcgccaatccgtattaattgtgtactatttgatatgcatcaaataatcttgaatatttccaccataaaaaggaatttcagtacaacaatttttttcatcaatgctagaattaatttccaatggctgggcctacagtatagcaattataatttcagaaaatgttttgatatttcttatattgaatgttgaatttatgattaaaagagagaaacattcattcttaacgcatagaaacttttgagttaatacaattaaacctacc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGAGTATAAGAGGTGGAAATTCTTACTGTTGATCCAAGCGTAGTTTTGGTCCCAGTAAGCCTTCCTTTCTAGGGGTACCTCGTAGCGGTATTAATTTCGTAACAGTGAAATTAGCGGCGCCAATTCCGTTGTAAATTGTGTTACTATTTAGATTATTGCTCAAGATGAATGCTTGAATATTTCACCATAAAAGGAAATGTTCCAGTACAACCAATTATTTTCACTCAATGCTAGAGAGTTACATTTTCCCAACTGCTGGGCCTACAAGTAAAGCAATTATAAATTTCAGAAAATGTTTTGATTTTCTTATTATTGATGATTGAATTTATGATTAATGAGAGAGAAAATTGCATGTTTAATCGCATAGAATTATTGATGTTTAATATTCAGTTAACCTACCT
Unaligned ( gi|28 ): AGGCCAATCTATTAACTGTGACGTATTGATATGCATCAAATAATCTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 111 222222222222 22222222222222222 11 1111 1111111111 111 111111 222222222222 111111 222222222222 666666666666666666666666 111
lowQualScore : 0 0 5 5 0 5 5 55 4 8 2 666666 2 33 1 33 55 33 888 33 2 55 2 444 2 2 2 666666 888888888888 4 2 33 2 2 44444444444444444 1 9999 66 11 5 5 5 5 2222 5 5 7777777777 111 2 5 2 666666 4 2 7 444 2 66666 999999999999 555555 2 55 2 22 2 2 2 22 22 2 22 77 55 2 22 2 2 44 2 2 2 2 44 2 2 555 6666 22 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 666 2 55 2 333 2 4 333 2 2 2 4444 444 4 2 33 5 33 2 2 2 5 4 4 4 4 55 222222222222 2 6 8 444444444444444444444444 000 5 6 7 6
lowQualScore : . . . . . . . .. . . . ...... . .. . .. .. .. ... .. . .. . ... . . . ...... ............ . . .. . . ................. . .... .. .. . . . . .... . . .......... ... . . . ...... . . . ... . ..... ............ ...... . .. . .. . . . .. .. . .. .. .. . .. . . .. . . . . .. . . ... .... .. . . . . . . . . . . . ... . .. . ... . . ... . . . .... ... . . .. . .. . . . . . . . . .. ............ . . . ........................ ... . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 5 444444 2 11 5 11 33 11 333 11 2 33 2 111 4 4 4 666666 444444444444 7 5 44 5 5 99999999999999999 0 6666 99 99 0 7 7 7 1111 7 0 2222222222 444 9 4 7 999999 1 5 5 444 5 22222 333333333333 666666 4 33 1 99 1 1 1 99 99 1 22 11 00 1 99 1 0 44 0 0 0 0 88 0 0 555 2222 88 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 666 1 00 1 777 1 2 777 1 1 1 5555 999 4 4 44 3 77 9 9 9 7 0 0 4 4 66 888888888888 5 7 0 222222222222222222222222 000 7 7 5 7
consensus : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------G----GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--A--TATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
Reference ( family-152 ) : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------G----GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--A--TATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
gi|1 : TTATTCACAC-GTGG-C-T-CT-AT-A-TTTGGCC-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TTTCT-A--TCA-TGC-------T-TTGTAAAC-G--C---CA--AATTT-----GA-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------A----GAAAA----CACCGCT-GAGGTTGTTCCG-AGC-GTG-AATT----CTGAAT-AAA-------T-----------TTT---A-AACGAG-GG-A--TA-AAT-G-CA---C-CTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--AG--A-TT-TTA-ACG--T--GA--TT---AACT-AC-ATGT-GCAT-A--TCAG---AA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-A-T-T-A-T---GCCA--GTTTTTTCC---A-T-G---C-AGA-ATG----TTCC-T-CAAATAG-A--G--CA--A
gi|10 : ctataggaagttaccacaccctatgagggcgcgccgcttcgtagcaaatgattattttttttataaactgcttcaaagactgataaatgaagaaaaagttatagtataatacctgtcatctttaatT-CAT------C-T--GAGTTTTTCAA---AAA--A--G---T--CT-A--TCA-T-CC---T-AT-TTGAAA----------TG--T---T-----AT-AAAG--CGCGC-CATTT-G----GA------TTC--AAAAA----C--CGC--GAGAT-GTTCC--AGT-GTG-GATT----CCGAATTAAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAAAG--A--TCTAAT-A-CA---C-TTC------T------AA----ATTT-----GTC-T-AAT--GC-A--A-ACTATTT-AA----GG--A-TA-TTAAACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-G-AT-A-GTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCTC---G-T-G---C-AGA-T-G----TC-T-T-CAAAT-A-A--G-C-----A-A-T-C-GAC-G-CGAAAG-CA--AT------------CCGCTGC
gi|11 : atatcg-CAT------C-T--GGAGTTCTCAAG--AAA--AAAG---T--CT-AATCCA-TGCC---TTAT-TTGAAAAT-G--T---TT--T---T-----AA-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GG------ATTGAAAAAA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATC----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--ATTTATAAT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA--T--ACGT-T-AGA--TT-A-AAAG-CC-ATGC-GCAT-A-TTCA---AAA-GG-T---A----TG--C-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCC---G-T-G---C-AGA-T-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TTA--AA-A-T-C-Ggc
gi|12 : TAT-CACACCGTGG-T-T-CTGAT-A-TT-G--C-CATT-CAT------CCT--GGGGTTAGCAAG--AAA--A--A--------------A-AGTT---T--T-TTGAAAACAG--AAATTGTTA---TTT---AT-AA-G--C-TGC-CATTCTG----GA------A----GAAGAAAAAC--CGCAAGAAAT-GTTCCGAAGCTGTGAAATTAACACCGAAT-A
gi|13 : acttacgagttaccacctatactcgctcataacaaatcatttttttaatatgatataagtggctttgaaagaacctgactaaaatgtaagaagacattattgtaaattactgtatctgtttaattta-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GG--T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAT-G--T---TG------T-----ATAAA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------T----GAAAA----C--CGC--AAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGTACAA------ATTT---T-AACGAG-GTTC--TATAGT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTA-TTAA---GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-T--TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-GCAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GCAA-A-A-A-T-T-A-T---T-C---G-TTTTCCC---G-T-G---C-----A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-Gt
gi|14 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGTAAAC-GGCA---TT------T-----GA-AA-G--C-TGC-CATTTTG----GA------A----GAAAAA---C--CGC--GAGGT--TTCCG-AGC-GTG-AATT----CCGAAT-AAA-------------------TTT---A-AATGAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATCT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCA---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G
gi|15 : TTATTCACGCCG--G-C-T-CT-AT-C-TTTG--C-C-TT-CATGATCATC-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC-----------------G--A---T-------T-----GT-AA-G--C-AGA-CATTTTGGAAAGA------G----GAATA----
gi|15 : tgtcatctttat-AAAGAG-G--A---ATAGTCGTCA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AAAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA---T-A-AACA-GCAATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-AG-T--------TG--T-A-GA-GC---A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTTC---G-T-G---CAAGA-A-G----TT-T-T-CAAAgtcgtcacttcataattaaattgtcttactgcaaactatttaaatggatattacgtagataaacagcaatgtgcatattcagaaaagttgtagagcaaattatgcagttttttcgtgcaagaagttttcaaa
gi|16 : tgtcatctttatttattcacgccggctctatctttgccttcatgatcatctggagttttcaagaaaagtctatcatgccgattgtaagcagacattttggC-A--A-ACTATT--AA-T--GG--A-T---T--AC---T-AGAATTT-A-CACG--C-ATGTCGC-T-A-TACA---AAA-GG-T---ACTTTTG--TCA-GTAGC-A-ATA-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTGC---G---G---C-AGA-A-G----TT-CTT-CAAA-AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CA-AAG-CAG-AT------------CCGCT
gi|16 : cATACTG------------------------AGCG-AGCCTGGTCACAAAAG-CAAAGATTAT-TTTTTCttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaatactgagcgagcctggtcacaaaagcaaagattattttttctat
gi|17 : ccaaactattaatggattactagaatttacacgcatgtcgctatacaaaaggtacttttgtcagtagcaataattatgtagtttttgcggcagaagttcttcaaaaaagtcaaaatcgacgcaaagcagatccgctttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaT------C-A--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GAG-T--GT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTGG----AA------A----GAGAA----tat
gi|17 : ------ATTT---GGAAAGAG-A--A--TA--GT-G-CA---T-TTCA-----T------AA-----TTAAATAAGTC-TTACT--GC-A--ATACTATTTTAA-A--GT--A-TAGTT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----T----T-CAAATAA-A--GATCA--AA-A-T-C-tagtgcatttcataattaaataagtcttactgcaatactattttaaagtatagttacgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcagaagttcaaataaagatcaaaatc
gi|18 : tcaggagttttcaagaaaagagtgtatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgcc--C-C-TT-CAT------C-T--GCAGTTTTCAAGTAAAG--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTGGAAAGA------G----GAATA----
gi|18 : -AAAGAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTT-TTACT--GC-A--A-ATTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--GCG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-GGA-A-G----TG-T-T-CAAATAA-gtgcacttcataattaaattgttttactgcaaattatttaatggatattgcgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcggaagtgttcaaataa
gi|19 : ccttcatctgcagttttcaagtaaagagtctatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggT-CACAGCGTGGGC-T-CTTAT-A-TCTG--C-C-TTACAT------C-TCGGAAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-T
gi|2 : atgaacttcgcacgccctatactcggcttcgtaggcaaaatgatttttcttataaagcggcttgaaagactgataaagaacaagctatttattgttaaatacagctgtcatctttaatcaattTAA-CACGCCATGAAC-TACT-AT-AATTTG--C-CATT-CAT------C-T--G-AGTTT-CAAG--AAA--A--GAG-T--CTTA--TCA-CGCCAAAT-AT-T-GAAAAC-G--AA--TG--A---TT----GTTAA-G--C-CGC-CATTTTG----GAAAGAGGG----AAATA----G--TGC--AACAC-GTTC
gi|2 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttataAATGATTGT-TAAGCCGCCATTTTGGA-AAGAGG-G--A--AATAGT-G-CAACACGTTCA-----TTAATGTAA----ATC------GTT-CGACA--GC-ATAA-ACTATTT-AA-T--GGAAA-TA-TTA-ACG--T-AGA--TT---AACA-GC-ATGT-G-AT-A-TTCAGAAAAA-GGTT---A----TAGCT-A-AT-GC-ATA-A-A-TAT-A-A---G-CAAGA-TTTCTCC---GTT-GTTTC-AGGTA-G----TT---T-CAAATTA-A--attaatgtaaatcgttcgacagcataaactatttaatggaaatattaacgtagattaacagcatgtgatattcagaaaaaggttatagctaatgcataaatataagcaagatttctccgttgtttcaggtagtttcaaattaa
gi|20 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttatataacacgccatgaactactataatttgccattcatctgagtttcaagaaaagagtcttatcacgccaaatattgaaaacg-AACA-GC-A-GT-ACAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---AA---TG--T-AAGT-GC-A-A-AGA-T-TGA-T---G-CC--G-TTTTTCC---C-TTG---C-AG---------TT-C-TTCAAATAA-ACAG-TAA--AA-AAT-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------TCGCT
gi|21 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAG-A--G---T--GC-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTGTAAAGA------G----GAATA----tcgcggctgctacttacgagtataagaggtggaaattcttactgttgatccaagcgtagttttggtcccagtaag
gi|21 : T---A-AA-GAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----TTATT--AA----ATA------GTC-TCACT--GC-G--A-ACTATGT-AA-T--GT--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATAT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-Ggtgcacttcattattaaatagtctcactgcgaactatgtaatgtatattacgtagattaaacagcatatgcatattcagaaaggtatgtagtg
gi|22 : catctggagttttcaagaaagagtgcatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttgGAG-A--G--TTTGGT-G--A---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCTG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCT---G-T-G---C-AGA-A-G----T
gi|23 : ttgaaaatatgtTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-T---T--ACG--T-AGA--TT-A-CACG-GC-ATGT-GCGT-A-TACAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTCC---G-C-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAA--AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-C
gi|24 : -GC-ATAC-GACT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-TGCAG-CA--G-TTTTCCC---T-T-G---C-----A-G----TT-C-T-C-AATAATA--G-TCAAGAA-A-T-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------CCGCT
gi|25 : caa-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCtcgcggctg
gi|26 : tccggctgctacattacgatatagggtgaaaatcttactggaacTTA---A-AACGAA-G--G--TA-AG----CA---C-TTCA-----TG-----AA----ATT------GTC-TTAATGGGC-A--A-A-TATTT-AA-T--GG----TA-TT--ACGGAT-AGA--TT-A-AA
gi|27 : -CAT------T-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GAA-T--CT-T--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-A
gi|29 : -TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-
gi|4 : ggtgaacgctttatgaac------------------------AGCGTAGTTTGGTCAC---AG-T-AAG---AT-TCTTTC
gi|5 : cgttttaaagccgcgcatggctacgagtatagaggtggaattcttactgtgatccaTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAAGA--G---T--CT-A--TCA-CGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------tagggtaacctgtagcggtattaattcgtaacagtggaaattaaagcgccaatccgtattaattgtgtactatttgatatgcatcaaataatcttgaatatttccaccataaaaaggaatttcagtacaacaatttttttcatcaatgctagaattaatttccaatggctgggcctacagtatagcaattataatttcagaaaatgttttgatatttcttatattgaatgttgaatttatgattaaaagagagaaacattcattcttaacgcatagaaacttttgagttaatacaattaaacctacc
gi|5 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcattta-AAAGAG-G--A---A-AGT-GGCA---C-TTCA-----TTAATGTAA----ATTC-----GTC-GTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--AATA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-ATTTCAGA-AAA-GG-TA--A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-ATT---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT---T-CAAATAA-A--G-TCA--AATA-TAT-GAC-GCCG-AAG-CAGAAT------------CTGCaagaggaaagtggcacttcattaatgtaaattcgtcgtactgcaaactatttaatggaatattacgtagattaaacagcatgtgcatatttcagaaaaggtaatgtagtgcaaaattattgcagtttttccgtgcagaagtttcaaataaagtcaaatatatgacgccgaagcagaatctgcattgcgg
gi|6 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcatttatatcacgccgtggctctatatttgccttcatctggagttttcaagaaaagagtctatcacgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggTTAT-CACTCCATGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--AT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--T-CGC-CATTTTG----GA------G----GAACA----C--TGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-AATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACAAG-G--A--TATAGT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTG-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-A-CA-AAG-CAG-AT------------CCACTACAT--TA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCattgcgg
gi|7 : AT------C-T--GGAGTTTTCAAA--GAA--A--G---T--CT-AC-TCATTGTC---C-AT-TTG--AAC-G--A---TG--A---TTTTCGGT-AA-AGTC-CGCGCATTTTGAGAAGA------G----GAATA----
gi|7 : ------ATTTTG-A-GAAGAG-G--A---ATAGT-GGCG---T-TTCACCAATT------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-TA-TCTGG--A-TA-T---A-G--T-A-A--TT-AGAATGCGC-ATGT-GCATTA-TTCAG--AAA-GG-TGACA----CG--T-A-GT-GC-A-A-A-AAT-T-A-T---G-CAA-G-TTTTTCCTCCG-T-G---C-AGG-A-G----TT-C-T-TAAATAT-A--G-TCA--AA-A-T-CTGATGG-CG-AAG-CAG-ATCGCGTTTCACAGCTGCTACATCATA-TGGGTGGAATTCTTACTAGTGAACTGAGCGTAGCCTGTTCAC---AG-T-AAGAATGTATCTTTCgtggcgtttcaccaattaaattgtcttactgcaaactattttatctggatatagtaattagaatgcgcatgtgcattattcagaaaggtgacacgtagtgcaaaaattatgcaagtttttcctccgtgcaggagttcttaaatatagtcaaaatctgatggcgaagcagatcgcgtttcacagctgctacatcatatgggtggaattcttactagtgaactgagcgtagcctgttcacagtaagaatgtatctttc
gi|8 : atctggagttttcaaagaaagtctactcattgtccatttgaacgatgattttcggtaaagtccgcgc--C-C-TT-CAT------C-T--G-AGTTGTCAAG--AAA--A--GAG-T--CT-A--TCA--GCC---T-ATCTTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----
gi|8 : T-G-CA---C-T-CA-----T------AC----ATTAAT---GTC-T-ACTA-GC-A--A-ACTATT--AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-ACAG-GC-A--T-GCAT-A-TTCAG--AAACGG-T---A----TA--TCA-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-TAG-G-CA--G-TTTTTCC---G-TCG---C-AGA-A-GGTAACT-T-T-CAAATAA-A--GTTCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAGACAG-AT------------CCGATA-ATCctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|8 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggtGTA-CCTGGTCAC---AATT-AAGA-TAT-TCTTTgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|9 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgaTTAT-CA-GCCGTGG-CCT-CT-ATTA-TTTG--CAC-TT-CAT------C-T--G-AGTTTTCAAG--AAA--A--AGGAT--CT-A--CCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TGC-ATT-T-----GT-AA-G--T-CGC-CATTTta
gi|9 : aataccttgccatctttaattta------AA----ATT------GTCATTACT--GCCA--A-ACTATTA-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--TTAGA--TTTA-AAC--------------------------A-GA-T---G----TG--T-A-GT-GC-T-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTATTCC-----T-G---C-AGA-A-G----TG-C-TTCAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-CGGAC-G-AG-AAG-CA--AT------------CAGCTctaactaaaattgtcattactgccaaactattaaatggatattacgttagatttaaacagatgtgtagtgctaaattatgcagttattcctgcagaagtgcttcaaataaagtcaaaatcggacgagaagcaatcagcttcgcggctgctacattacgagtataggagtgcgaatctgagcgtagc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGAGTATAAGAGGTGGAAATTCTTACTGTTGATCCAAGCGTAGTTTTGGTCCCAGTAAGCCTTCCTTTCTAGGGGTACCTCGTAGCGGTATTAATTTCGTAACAGTGAAATTAGCGGCGCCAATTCCGTTGTAAATTGTGTTACTATTTAGATTATTGCTCAAGATGAATGCTTGAATATTTCACCATAAAAGGAAATGTTCCAGTACAACCAATTATTTTCACTCAATGCTAGAGAGTTACATTTTCCCAACTGCTGGGCCTACAAGTAAAGCAATTATAAATTTCAGAAAATGTTTTGATTTTCTTATTATTGATGATTGAATTTATGATTAATGAGAGAGAAAATTGCATGTTTAATCGCATAGAATTATTGATGTTTAATATTCAGTTAACCTACCT
Unaligned ( gi|28 ): AGGCCAATCTATTAACTGTGACGTATTGATATGCATCAAATAATCTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 111 222222222222 22222222222222222 11 1111 1111111111 111 111111 222222222222 111111 222222222222 666666666666666666666666 111
lowQualScore : 0 0 5 5 0 5 5 55 4 8 2 666666 2 33 1 33 55 33 888 33 2 55 2 444 2 2 2 666666 888888888888 4 2 33 2 2 44444444444444444 1 9999 66 11 5 5 5 5 2222 5 5 7777777777 111 2 5 2 666666 4 2 7 444 2 66666 999999999999 555555 2 55 2 22 2 2 2 22 22 2 22 77 55 2 22 2 2 44 2 2 2 2 44 2 2 555 6666 22 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 666 2 55 2 333 2 4 333 2 2 2 4444 444 4 2 33 5 33 2 2 2 5 4 4 4 4 55 222222222222 2 6 8 444444444444444444444444 000 5 6 7 6
lowQualScore : . . . . . . . .. . . . ...... . .. . .. .. .. ... .. . .. . ... . . . ...... ............ . . .. . . ................. . .... .. .. . . . . .... . . .......... ... . . . ...... . . . ... . ..... ............ ...... . .. . .. . . . .. .. . .. .. .. . .. . . .. . . . . .. . . ... .... .. . . . . . . . . . . . ... . .. . ... . . ... . . . .... ... . . .. . .. . . . . . . . . .. ............ . . . ........................ ... . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 5 444444 2 11 5 11 33 11 333 11 2 33 2 111 4 4 4 666666 444444444444 7 5 44 5 5 99999999999999999 0 6666 99 99 0 7 7 7 1111 7 0 2222222222 444 9 4 7 999999 1 5 5 444 5 22222 333333333333 666666 4 33 1 99 1 1 1 99 99 1 22 11 00 1 99 1 0 44 0 0 0 0 88 0 0 555 2222 88 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 666 1 00 1 777 1 2 777 1 1 1 5555 999 4 4 44 3 77 9 9 9 7 0 0 4 4 66 888888888888 5 7 0 222222222222222222222222 000 7 7 5 7
consensus : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------G----GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--A--TATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
Reference ( family-152 ) : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------G----GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--A--TATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
gi|1 : TTATTCACAC-GTGG-C-T-CT-AT-A-TTTGGCC-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---TTTCT-A--TCA-TGC-------T-TTGTAAAC-G--C---CA--AATTT-----GA-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------A----GAAAA----CACCGCT-GAGGTTGTTCCG-AGC-GTG-AATT----CTGAAT-AAA-------T-----------TTT---A-AACGAG-GG-A--TA-AAT-G-CA---C-CTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--AG--A-TT-TTA-ACG--T--GA--TT---AACT-AC-ATGT-GCAT-A--TCAG---AA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-A-T-T-A-T---GCCA--GTTTTTTCC---A-T-G---C-AGA-ATG----TTCC-T-CAAATAG-A--G--CA--A
gi|10 : ctataggaagttaccacaccctatgagggcgcgccgcttcgtagcaaatgattattttttttataaactgcttcaaagactgataaatgaagaaaaagttatagtataatacctgtcatctttaatT-CAT------C-T--GAGTTTTTCAA---AAA--A--G---T--CT-A--TCA-T-CC---T-AT-TTGAAA----------TG--T---T-----AT-AAAG--CGCGC-CATTT-G----GA------TTC--AAAAA----C--CGC--GAGAT-GTTCC--AGT-GTG-GATT----CCGAATTAAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAAAG--A--TCTAAT-A-CA---C-TTC------T------AA----ATTT-----GTC-T-AAT--GC-A--A-ACTATTT-AA----GG--A-TA-TTAAACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-G-AT-A-GTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCTC---G-T-G---C-AGA-T-G----TC-T-T-CAAAT-A-A--G-C-----A-A-T-C-GAC-G-CGAAAG-CA--AT------------CCGCTGC
gi|11 : atatcg-CAT------C-T--GGAGTTCTCAAG--AAA--AAAG---T--CT-AATCCA-TGCC---TTAT-TTGAAAAT-G--T---TT--T---T-----AA-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GG------ATTGAAAAAA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATC----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--ATTTATAAT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA--T--ACGT-T-AGA--TT-A-AAAG-CC-ATGC-GCAT-A-TTCA---AAA-GG-T---A----TG--C-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCC---G-T-G---C-AGA-T-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TTA--AA-A-T-C-Ggc
gi|12 : TAT-CACACCGTGG-T-T-CTGAT-A-TT-G--C-CATT-CAT------CCT--GGGGTTAGCAAG--AAA--A--A--------------A-AGTT---T--T-TTGAAAACAG--AAATTGTTA---TTT---AT-AA-G--C-TGC-CATTCTG----GA------A----GAAGAAAAAC--CGCAAGAAAT-GTTCCGAAGCTGTGAAATTAACACCGAAT-A
gi|13 : acttacgagttaccacctatactcgctcataacaaatcatttttttaatatgatataagtggctttgaaagaacctgactaaaatgtaagaagacattattgtaaattactgtatctgtttaattta-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GG--T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAT-G--T---TG------T-----ATAAA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------T----GAAAA----C--CGC--AAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGTACAA------ATTT---T-AACGAG-GTTC--TATAGT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTA-TTAA---GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-T--TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-GCAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GCAA-A-A-A-T-T-A-T---T-C---G-TTTTCCC---G-T-G---C-----A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-Gt
gi|14 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGTAAAC-GGCA---TT------T-----GA-AA-G--C-TGC-CATTTTG----GA------A----GAAAAA---C--CGC--GAGGT--TTCCG-AGC-GTG-AATT----CCGAAT-AAA-------------------TTT---A-AATGAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATCT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCA---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G
gi|15 : TTATTCACGCCG--G-C-T-CT-AT-C-TTTG--C-C-TT-CATGATCATC-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC-----------------G--A---T-------T-----GT-AA-G--C-AGA-CATTTTGGAAAGA------G----GAATA----
gi|15 : tgtcatctttat-AAAGAG-G--A---ATAGTCGTCA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AAAT--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA---T-A-AACA-GCAATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-AG-T--------TG--T-A-GA-GC---A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTTC---G-T-G---CAAGA-A-G----TT-T-T-CAAAgtcgtcacttcataattaaattgtcttactgcaaactatttaaatggatattacgtagataaacagcaatgtgcatattcagaaaagttgtagagcaaattatgcagttttttcgtgcaagaagttttcaaa
gi|16 : tgtcatctttatttattcacgccggctctatctttgccttcatgatcatctggagttttcaagaaaagtctatcatgccgattgtaagcagacattttggC-A--A-ACTATT--AA-T--GG--A-T---T--AC---T-AGAATTT-A-CACG--C-ATGTCGC-T-A-TACA---AAA-GG-T---ACTTTTG--TCA-GTAGC-A-ATA-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTGC---G---G---C-AGA-A-G----TT-CTT-CAAA-AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CA-AAG-CAG-AT------------CCGCT
gi|16 : cATACTG------------------------AGCG-AGCCTGGTCACAAAAG-CAAAGATTAT-TTTTTCttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaatactgagcgagcctggtcacaaaagcaaagattattttttctat
gi|17 : ccaaactattaatggattactagaatttacacgcatgtcgctatacaaaaggtacttttgtcagtagcaataattatgtagtttttgcggcagaagttcttcaaaaaagtcaaaatcgacgcaaagcagatccgctttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaT------C-A--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GAG-T--GT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTGG----AA------A----GAGAA----tat
gi|17 : ------ATTT---GGAAAGAG-A--A--TA--GT-G-CA---T-TTCA-----T------AA-----TTAAATAAGTC-TTACT--GC-A--ATACTATTTTAA-A--GT--A-TAGTT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----T----T-CAAATAA-A--GATCA--AA-A-T-C-tagtgcatttcataattaaataagtcttactgcaatactattttaaagtatagttacgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcagaagttcaaataaagatcaaaatc
gi|18 : tcaggagttttcaagaaaagagtgtatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgcc--C-C-TT-CAT------C-T--GCAGTTTTCAAGTAAAG--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTGGAAAGA------G----GAATA----
gi|18 : -AAAGAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTT-TTACT--GC-A--A-ATTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--GCG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-GGA-A-G----TG-T-T-CAAATAA-gtgcacttcataattaaattgttttactgcaaattatttaatggatattgcgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcggaagtgttcaaataa
gi|19 : ccttcatctgcagttttcaagtaaagagtctatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggT-CACAGCGTGGGC-T-CTTAT-A-TCTG--C-C-TTACAT------C-TCGGAAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-T
gi|2 : atgaacttcgcacgccctatactcggcttcgtaggcaaaatgatttttcttataaagcggcttgaaagactgataaagaacaagctatttattgttaaatacagctgtcatctttaatcaattTAA-CACGCCATGAAC-TACT-AT-AATTTG--C-CATT-CAT------C-T--G-AGTTT-CAAG--AAA--A--GAG-T--CTTA--TCA-CGCCAAAT-AT-T-GAAAAC-G--AA--TG--A---TT----GTTAA-G--C-CGC-CATTTTG----GAAAGAGGG----AAATA----G--TGC--AACAC-GTTC
gi|2 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttataAATGATTGT-TAAGCCGCCATTTTGGA-AAGAGG-G--A--AATAGT-G-CAACACGTTCA-----TTAATGTAA----ATC------GTT-CGACA--GC-ATAA-ACTATTT-AA-T--GGAAA-TA-TTA-ACG--T-AGA--TT---AACA-GC-ATGT-G-AT-A-TTCAGAAAAA-GGTT---A----TAGCT-A-AT-GC-ATA-A-A-TAT-A-A---G-CAAGA-TTTCTCC---GTT-GTTTC-AGGTA-G----TT---T-CAAATTA-A--attaatgtaaatcgttcgacagcataaactatttaatggaaatattaacgtagattaacagcatgtgatattcagaaaaaggttatagctaatgcataaatataagcaagatttctccgttgtttcaggtagtttcaaattaa
gi|20 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttatataacacgccatgaactactataatttgccattcatctgagtttcaagaaaagagtcttatcacgccaaatattgaaaacg-AACA-GC-A-GT-ACAT-A-TTCAA--AAA-GG-T---AA---TG--T-AAGT-GC-A-A-AGA-T-TGA-T---G-CC--G-TTTTTCC---C-TTG---C-AG---------TT-C-TTCAAATAA-ACAG-TAA--AA-AAT-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------TCGCT
gi|21 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAG-A--G---T--GC-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTGTAAAGA------G----GAATA----tcgcggctgctacttacgagtataagaggtggaaattcttactgttgatccaagcgtagttttggtcccagtaag
gi|21 : T---A-AA-GAG-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCA-----TTATT--AA----ATA------GTC-TCACT--GC-G--A-ACTATGT-AA-T--GT--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATAT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-Ggtgcacttcattattaaatagtctcactgcgaactatgtaatgtatattacgtagattaaacagcatatgcatattcagaaaggtatgtagtg
gi|22 : catctggagttttcaagaaagagtgcatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttgGAG-A--G--TTTGGT-G--A---C-TTCA-----T------AATTAAATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-A-TTCTG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTCCT---G-T-G---C-AGA-A-G----T
gi|23 : ttgaaaatatgtTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-T---T--ACG--T-AGA--TT-A-CACG-GC-ATGT-GCGT-A-TACAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-TA--G-TTTTTCC---G-C-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAA--AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-C
gi|24 : -GC-ATAC-GACT-A-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-TGCAG-CA--G-TTTTCCC---T-T-G---C-----A-G----TT-C-T-C-AATAATA--G-TCAAGAA-A-T-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------CCGCT
gi|25 : caa-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCtcgcggctg
gi|26 : tccggctgctacattacgatatagggtgaaaatcttactggaacTTA---A-AACGAA-G--G--TA-AG----CA---C-TTCA-----TG-----AA----ATT------GTC-TTAATGGGC-A--A-A-TATTT-AA-T--GG----TA-TT--ACGGAT-AGA--TT-A-AA
gi|27 : -CAT------T-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--GAA-T--CT-T--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-A
gi|29 : -TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-
gi|4 : ggtgaacgctttatgaac------------------------AGCGTAGTTTGGTCAC---AG-T-AAG---AT-TCTTTC
gi|5 : cgttttaaagccgcgcatggctacgagtatagaggtggaattcttactgtgatccaTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAAGA--G---T--CT-A--TCA-CGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--AT--T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------tagggtaacctgtagcggtattaattcgtaacagtggaaattaaagcgccaatccgtattaattgtgtactatttgatatgcatcaaataatcttgaatatttccaccataaaaaggaatttcagtacaacaatttttttcatcaatgctagaattaatttccaatggctgggcctacagtatagcaattataatttcagaaaatgttttgatatttcttatattgaatgttgaatttatgattaaaagagagaaacattcattcttaacgcatagaaacttttgagttaatacaattaaacctacc
gi|5 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcattta-AAAGAG-G--A---A-AGT-GGCA---C-TTCA-----TTAATGTAA----ATTC-----GTC-GTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--AATA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCAT-ATTTCAGA-AAA-GG-TA--A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-ATT---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT---T-CAAATAA-A--G-TCA--AATA-TAT-GAC-GCCG-AAG-CAGAAT------------CTGCaagaggaaagtggcacttcattaatgtaaattcgtcgtactgcaaactatttaatggaatattacgtagattaaacagcatgtgcatatttcagaaaaggtaatgtagtgcaaaattattgcagtttttccgtgcagaagtttcaaataaagtcaaatatatgacgccgaagcagaatctgcattgcgg
gi|6 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcatttatatcacgccgtggctctatatttgccttcatctggagttttcaagaaaagagtctatcacgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggTTAT-CACTCCATGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--AT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--T-CGC-CATTTTG----GA------G----GAACA----C--TGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-AATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACAAG-G--A--TATAGT-A-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTG-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-A-CA-AAG-CAG-AT------------CCACTACAT--TA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCattgcgg
gi|7 : AT------C-T--GGAGTTTTCAAA--GAA--A--G---T--CT-AC-TCATTGTC---C-AT-TTG--AAC-G--A---TG--A---TTTTCGGT-AA-AGTC-CGCGCATTTTGAGAAGA------G----GAATA----
gi|7 : ------ATTTTG-A-GAAGAG-G--A---ATAGT-GGCG---T-TTCACCAATT------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-TA-TCTGG--A-TA-T---A-G--T-A-A--TT-AGAATGCGC-ATGT-GCATTA-TTCAG--AAA-GG-TGACA----CG--T-A-GT-GC-A-A-A-AAT-T-A-T---G-CAA-G-TTTTTCCTCCG-T-G---C-AGG-A-G----TT-C-T-TAAATAT-A--G-TCA--AA-A-T-CTGATGG-CG-AAG-CAG-ATCGCGTTTCACAGCTGCTACATCATA-TGGGTGGAATTCTTACTAGTGAACTGAGCGTAGCCTGTTCAC---AG-T-AAGAATGTATCTTTCgtggcgtttcaccaattaaattgtcttactgcaaactattttatctggatatagtaattagaatgcgcatgtgcattattcagaaaggtgacacgtagtgcaaaaattatgcaagtttttcctccgtgcaggagttcttaaatatagtcaaaatctgatggcgaagcagatcgcgtttcacagctgctacatcatatgggtggaattcttactagtgaactgagcgtagcctgttcacagtaagaatgtatctttc
gi|8 : atctggagttttcaaagaaagtctactcattgtccatttgaacgatgattttcggtaaagtccgcgc--C-C-TT-CAT------C-T--G-AGTTGTCAAG--AAA--A--GAG-T--CT-A--TCA--GCC---T-ATCTTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----
gi|8 : T-G-CA---C-T-CA-----T------AC----ATTAAT---GTC-T-ACTA-GC-A--A-ACTATT--AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-ACAG-GC-A--T-GCAT-A-TTCAG--AAACGG-T---A----TA--TCA-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-TAG-G-CA--G-TTTTTCC---G-TCG---C-AGA-A-GGTAACT-T-T-CAAATAA-A--GTTCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAGACAG-AT------------CCGATA-ATCctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|8 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggtGTA-CCTGGTCAC---AATT-AAGA-TAT-TCTTTgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|9 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgaTTAT-CA-GCCGTGG-CCT-CT-ATTA-TTTG--CAC-TT-CAT------C-T--G-AGTTTTCAAG--AAA--A--AGGAT--CT-A--CCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TGC-ATT-T-----GT-AA-G--T-CGC-CATTTta
gi|9 : aataccttgccatctttaattta------AA----ATT------GTCATTACT--GCCA--A-ACTATTA-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--TTAGA--TTTA-AAC--------------------------A-GA-T---G----TG--T-A-GT-GC-T-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTATTCC-----T-G---C-AGA-A-G----TG-C-TTCAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-CGGAC-G-AG-AAG-CA--AT------------CAGCTctaactaaaattgtcattactgccaaactattaaatggatattacgttagatttaaacagatgtgtagtgctaaattatgcagttattcctgcagaagtgcttcaaataaagtcaaaatcggacgagaagcaatcagcttcgcggctgctacattacgagtataggagtgcgaatctgagcgtagc
blockSeqs : T G C A G T A . A A A GATCAT C CG A TA AG AA GGA . T AT T AAA T C A AAAT ATTTTCG A A GT G G GAAAGAGGG A AAAA . AA . A T A AACA T A TAAGCCGCC TGG G C A ATTT T C T ACA G CCAAT TAATGTAA AAATAA A GG C TA T T A CT AA A AG AA GA T AT T G GC A C T T AA C T GAC CTTT GC C A A A T T G A A G T GCA . AG . TCC T T TTT A T . GTAA CT T T CA A AG T A A T G C . A GA CGCGTTTCACAG C C . GGTGGAATTCTTACTAGTGAACTG . T . T A
blockSeqs : . A . . T . . . . A . . . . G . G . AG . . C . . . . . GCA TTATTT T . . . . GGATTGA A A . . . . . . . . A ACAA TG . C . TTCT T . G . . . TAATGTAA AAT . A . . . . . . . . A A T . . . . A . . . . A . . A A . C . . . . . . . . . . AG . A . . . C . . . . . T T . . T . . . . G . . . . G . C C . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . AG . . . . . . . . AA CATTT . . . . . GAAAGAG G . . . . . . . . . A CAA . . C . AT T . G . . . AATTAA T . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . AA . . . . . . . . T ATT . . . . . GAAAGAG A . . . . . . . . . A CAA . . T . AT T . . . . . AATTAA C . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . AG . . . . . . . . T ATT . . . . . TAAAGAG A . . . . . . . . . A CAA . . A . AA T . . . . . AATTAA . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . A ATT . . . . . AGAAGAG T . . . . . . . . . . . . . A . GT T . . . . . TATTAA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A ATT . . . . . GATTC A . . . . . . A . GT T . . . . . AATTAA . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A ATT . . . . . GAA T . . . G . AT T . . . . . GAA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A ATT . . . . . GAT T . . . C . A T . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A TT . . . . . GAA T . . . A . A T . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A TT . . . . . AAA C . . C . A T . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . GAG T . . A . A . . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . A . . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ATT********* GAAGAG*********** ** ** CAA******* AT**** AATTAA****** ** C** G* ***
originalCons : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TG--A---T-----GT-AA-G--C-CGC-CATTTTG----GA------G----GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGAG-G--A--TATAGT-G-CA---C-TTCA-----T------AA----ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
finalCons : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA--A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAAC-G--A---TGATT---------GT-AA-G--C-CGC-CATTTTGGAAGAG-----------GAANA----C--CGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGTCAA-------ATTT---A-AACGAG-GAT----ATAGT-G-CA---C-TTCA-----TAATTAA------ATT------GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA-T--GG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCAT-A-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-A-T-T-A-T---G-CA--G-TTTTTCC---G-T-G---C-AGA-A-G----TTC--T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGAGTATAAGAGGTGGAAATTCTTACTGTTGATCCAAGCGTAGTTTTGGTCCCAGTAAGCCTTCCTTTCTAGGGGTACCTCGTAGCGGTATTAATTTCGTAACAGTGAAATTAGCGGCGCCAATTCCGTTGTAAATTGTGTTACTATTTAGATTATTGCTCAAGATGAATGCTTGAATATTTCACCATAAAAGGAAATGTTCCAGTACAACCAATTATTTTCACTCAATGCTAGAGAGTTACATTTTCCCAACTGCTGGGCCTACAAGTAAAGCAATTATAAATTTCAGAAAATGTTTTGATTTTCTTATTATTGATGATTGAATTTATGATTAATGAGAGAGAAAATTGCATGTTTAATCGCATAGAATTATTGATGTTTAATATTCAGTTAACCTACCT
Unaligned ( gi|28 ): AGGCCAATCTATTAACTGTGACGTATTGATATGCATCAAATAATCTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 1111111 1111 11 1111 1111111111 111 111 222222222222 666666666666666666666666 111
lowQualScore : 0 0 5 5 0 5 5 55 4 8 2 666666 2 33 1 33 2 33 111 33 2 55 2 444 2 2 33 7777 5555 0000000 444 2 33 2 2 2222 555555 6666 1 3 11 5 5 5 5 2222 5 5 7777777777 111 2 5 2 2 33 666 4 2 7 444 2 7 2 99 2 7 2 55 2 22 2 4 22 22 2 22 77 22 4 22 2 2 44 2 2 2 2 44 2 2 555 6666 22 4 2 2 4 2 2 2 2 2 2 666 2 2 22 2 333 2 4 333 2 2 2 4444 444 4 2 33 5 33 2 2 2 5 4 4 4 4 55 222222222222 2 6 8 444444444444444444444444 000 5 6 7 6
lowQualScore : . . . . . . . .. . . . ...... . .. . .. . .. ... .. . .. . ... . . .. .... .... ....... ... . .. . . .... ...... .... . . .. . . . . .... . . .......... ... . . . . .. ... . . . ... . . . .. . . . .. . .. . . .. .. . .. .. .. . .. . . .. . . . . .. . . ... .... .. . . . . . . . . . . ... . . .. . ... . . ... . . . .... ... . . .. . .. . . . . . . . . .. ............ . . . ........................ ... . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 5 444444 2 11 5 11 2 11 444 11 2 33 2 111 4 4 88 6666 0000 0000000 111 5 44 5 5 9999 999999 4444 0 3 99 0 7 7 7 1111 7 0 2222222222 444 9 4 7 7 77 000 1 5 1 111 4 1 4 55 4 1 4 33 1 99 1 2 99 99 1 22 11 99 2 99 1 0 44 0 0 0 0 88 0 0 555 2222 88 0 0 0 2 1 1 1 1 1 1 666 1 1 99 1 777 1 2 777 1 1 1 5555 999 4 4 44 3 77 9 9 9 7 0 0 4 4 66 888888888888 5 7 0 222222222222222222222222 000 7 7 5 7
consensus : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--G-A---A--GAGG--AANA-CCGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGA-G-G--AT--ATAGT-G-CA---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
Reference ( family-152 ) : TTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--G-A---A--GAGG--AANA-CCGC--GAGAT-GTTCCG-AGC-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGA-G-G--AT--ATAGT-G-CA---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAG-CAG-AT------------CCGCTACATCATA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTC
gi|1 : TTATTCACAC-GTGG-C-T-CT-AT-A-TTTGGCC-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---TTTCT-A--TCA-TGC-------T-TTGTAAACGC-CA-AATTT----GA-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--G-A---A--GAA---AACA-CCGCT-GAGGTTGTTCCG-AGC-GTG-AATT----CTGAAT-AAA-------T-----------TTT---A-AACGAGG-G--AT--A-AAT-G-CA---C-CTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TAG--A-TT-TTA-ACG--T--GA--TT---AACT-AC-ATGT-GCA-TA--TCAG---AA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-AT-T-A-T---GCC-A--GTTTTT---TCCA-T-G---C-AGA-ATG----TTCC-T-CAAATAG-A--G--CA--A
gi|10 : ctataggaagttaccacaccctatgagggcgcgccgcttcgtagcaaatgattattttttttataaactgcttcaaagactgataaatgaagaaaaagttatagtataatacctgtcatctttaatT-CAT------C-T--GAGTTTTTCAA---AAA-A--G---T--CT-A--TCA-T-CC---T-AT-TTGAAA-----TG----TT----AT-------A---AAG--CGCGC-CATTT-G--G-ATTCA--------AAAA-CCGC--GAGAT-GTTCC--AGT-GTG-GATT----CCGAATTAAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGA-AAG--AT--CTAAT-A-CA---C-TTC--------TAAA-TTTGTC-T-AAT--GC-A--A-ACTATTT-AA---GG--A-TA-TTAAACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-G-A-TA-GTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---CTCG-T-G---C-AGA-T-G----TC-T-T-CAAAT-A-A--G-C-----A-A-T-C-GAC-G-CGAAAG-CA--AT------------CCGCTGC
gi|11 : atatcg-CAT------C-T--GGAGTTCTCAAG--AAA-AAAG---T--CT-AATCCA-TGCC---TTAT-TTGAAAATGT-TT----TT----AA-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--G-G---ATTGAA---AAAA-CCGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATC----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACGA-G-G--ATTTATAAT-A-CA---C-TTCAT-A-A-----A-TT-GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-TA-T---ACG--TTAGA--TT-A-AAAG-CC-ATGC-GCA-TA-TTCA---AAA-GG-T---A----TG--C-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---CCCG-T-G---C-AGA-T-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TTA--AA-A-T-C-Ggc
gi|12 : TAT-CACACCGTGG-T-T-CTGAT-A-TT-G--C-CATT-CAT------CCT--GGGGTTAGCAAG--AAA-A--A--------------A-AGTT---T--T-TTGAAAACAG-AA-A--TT----GTTATTTATA---A-G--C-TGC-CATTCTG--G-A---A--GAAG--AAAAACCGCAAGAAAT-GTTCCGAAGCTGTGAAATTAACACCGAAT-A
gi|13 : acttacgagttaccacctatactcgctcataacaaatcatttttttaatatgatataagtggctttgaaagaacctgactaaaatgtaagaagacattattgtaaattactgtatctgtttaattta-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--GG--T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAATG--------TT----GT-------ATAAA-G--C-CGC-CATTTTG--G-A--------TG--AAAA-CCGC--AAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-GATT----CCGAAT-AAAATGGCTGTACAA------ATTT---T-AACGA-G-GTTCT--ATAGT-A-CA---C-TTCAT-A-A-----A-TT-GTA-TTAA---GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-T--TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGC-GCA-TA-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GCAA-A-A-AT-T-A-T---T-C----G-TTTT---CCCG-T-G---C-----A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-Gt
gi|14 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGTAAACGG-CA-T--TT----GA-------A---A-G--C-TGC-CATTTTG--G-A---A--GA----AAAA-CCGC--GAGGT--TTCCG-AGC-GTG-AATT----CCGAAT-AAA-------------------TTT---A-AATGA-G-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATCT-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCAG-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-G
gi|15 : TTATTCACGCCG--G-C-T-CT-AT-C-TTTG--C-C-TT-CATGATCATC-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--CT-A--TCA-TGCC--------------------G-A--TT----GT-------A---A-G--C-AGA-CATTTTG--GAA---A--GAGG--AATA-
gi|15 : tgtcatctttat-AAAGA-G-G--A---ATAGTCGTCA---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTTAAA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA---T-A-AACA-GCAATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-AG-T--------TG--T-A-GA-GC---A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TTCG-T-G---CAAGA-A-G----TT-T-T-CAAAgtcgtcacttcataattaaattgtcttactgcaaactatttaaatggatattacgtagataaacagcaatgtgcatattcagaaaagttgtagagcaaattatgcagttttttcgtgcaagaagttttcaaa
gi|16 : tgtcatctttatttattcacgccggctctatctttgccttcatgatcatctggagttttcaagaaaagtctatcatgccgattgtaagcagacattttggC-A--A-ACTATT--AA--TGG--A-T---T--AC---T-AGAATTT-A-CACG--C-ATGTCGC--TA-TACA---AAA-GG-T---ACTTTTG--TCA-GTAGC-A-ATA-AT-T-A-T---G-T-A--G-TTTT---TGCG---G---C-AGA-A-G----TT-CTT-CAAA-AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-CA-AAG-CAG-AT------------CCGCT
gi|16 : cATACTG------------------------AGCG-AGCCTGGTCACAAAAG-CAAAGATTAT-TTTTTCttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaatactgagcgagcctggtcacaaaagcaaagattattttttctat
gi|17 : ccaaactattaatggattactagaatttacacgcatgtcgctatacaaaaggtacttttgtcagtagcaataattatgtagtttttgcggcagaagttcttcaaaaaagtcaaaatcgacgcaaagcagatccgctttcgcggctgcctacatacggtatgaagatggaatcttcactgtgaT------C-A--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--GAG-T--GT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTGG--A-A---A--GAGA--Atat
gi|17 : ------ATTT---GGAAAGA-G-A--AT--A--GT-G-CA---T-TTCAT-A-AT-TAAA-TAAGTC-TTACT--GC-A--ATACTATTTTAA--AGT--A-TAGTT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-AGA-A-G----T----T-CAAATAA-A--GATCA--AA-A-T-C-tagtgcatttcataattaaataagtcttactgcaatactattttaaagtatagttacgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcagaagttcaaataaagatcaaaatc
gi|18 : tcaggagttttcaagaaaagagtgtatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgcc--C-C-TT-CAT------C-T--GCAGTTTTCAAGTAAAG-A--G---T--CT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--GAA---A--GAGG--AATA-
gi|18 : -AAAGA-G-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTT-TTACT--GC-A--A-ATTATTT-AA--TGG--A-TA-TT--GCG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-GGA-A-G----TG-T-T-CAAATAA-gtgcacttcataattaaattgttttactgcaaattatttaatggatattgcgtagattaaacagcatgtgcatattcagaaaggtatgtagtgcaaaattatgcagtttttccgtgcggaagtgttcaaataa
gi|19 : ccttcatctgcagttttcaagtaaagagtctatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggT-CACAGCGTGGGC-T-CTTAT-A-TCTG--C-C-TTACAT------C-TCGGAAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--CT-A--TCA-T
gi|2 : atgaacttcgcacgccctatactcggcttcgtaggcaaaatgatttttcttataaagcggcttgaaagactgataaagaacaagctatttattgttaaatacagctgtcatctttaatcaattTAA-CACGCCATGAAC-TACT-AT-AATTTG--C-CATT-CAT------C-T--G-AGTTT-CAAG--AAA-A--GAG-T--CTTA--TCA-CGCCAAAT-AT-T-GAAAACGAATG-A--TT----GTT------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--GAA---A--GAGGGAAATA-GTGC--AACAC-GTTC
gi|2 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttataAATGATTGT-TAAGCCGCCATTTTGGA-AAGAG-G-G--AA--ATAGT-G-CAACACGTTCATTA-ATGTAAA-TC-GTT-CGACA--GC-ATAA-ACTATTT-AA--TGGAAA-TA-TTA-ACG--T-AGA--TT---AACA-GC-ATGT-G-A-TA-TTCAGAAAAA-GGTT---A----TAGCT-A-AT-GC-ATA-A-ATAT-A-A---G-C-AAGA-TTTC---TCCGTT-GTTTC-AGGTA-G----TT---T-CAAATTA-A--attaatgtaaatcgttcgacagcataaactatttaatggaaatattaacgtagattaacagcatgtgatattcagaaaaaggttatagctaatgcataaatataagcaagatttctccgttgtttcaggtagtttcaaattaa
gi|20 : atggaaattccaccaccatatacctccgatcgttagcaaaaatatatttttaaatttaataaattaacttcaaaagactgagtaaaatgaagaaaagtttaagtaattacctgtcatcttattcataattttatataacacgccatgaactactataatttgccattcatctgagtttcaagaaaagagtcttatcacgccaaatattgaaaacg-AACA-GC-A-GT-ACA-TA-TTCAA--AAA-GG-T---AA---TG--T-AAGT-GC-A-A-AGAT-TGA-T---G-C-C--G-TTTT---TCCC-TTG---C-AG---------TT-C-TTCAAATAA-ACAG-TAA--AA-AAT-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------TCGCT
gi|21 : -CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAAGA--G---T--GC-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTGT-A-A---A--GAGG--AATA-tcgcggctgctacttacgagtataagaggtggaaattcttactgttgatccaagcgtagttttggtcccagtaag
gi|21 : T---A-AA-GA-G-G--A---ATAGT-G-CA---C-TTCAT-T-AT-TAAA-TA-GTC-TCACT--GC-G--A-ACTATGT-AA--TGT--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATAT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-Ggtgcacttcattattaaatagtctcactgcgaactatgtaatgtatattacgtagattaaacagcatatgcatattcagaaaggtatgtagtg
gi|22 : catctggagttttcaagaaagagtgcatcatgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttgGA-G-A--GT--TTGGT-G--A---C-TTCAT-A-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCA-TA-TTCTG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---CCTG-T-G---C-AGA-A-G----T
gi|23 : ttgaaaatatgtTAAT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--A-T---T--ACG--T-AGA--TT-A-CACG-GC-ATGT-GCG-TA-TACAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-T---G-T-A--G-TTTT---TCCG-C-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAA--AA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-G-C
gi|24 : -GC-ATAC-GAC-TA-TTCAA--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-TGCAG-C-A--G-TTTT---CCCT-T-G---C-----A-G----TT-C-T-C-AATAATA--G-TCAAGAA-A-T-C-GAC-G-CG-AGG-CAG-AT------------CCGCT
gi|25 : caa-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCtcgcggctg
gi|26 : tccggctgctacattacgatatagggtgaaaatcttactggaacTTA---A-AACGA-A-G--GT--A-AG----CA---C-TTCAT-G-A----AA-TT-GTC-TTAATGGGC-A--A-A-TATTT-AA--TGG----TA-TT--ACGGAT-AGA--TT-A-AA
gi|27 : -CAT------T-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--GAA-T--CT-T--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---
gi|29 : -TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-
gi|4 : ggtgaacgctttatgaac------------------------AGCGTAGTTTGGTCAC---AG-T-AAG---AT-TCTTTC
gi|5 : cgttttaaagccgcgcatggctacgagtatagaggtggaattcttactgtgatccaTAT-CACGCCGTGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--GAG-T--CT-A--TCA-CGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--TT----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTG--GAA---A--GAGG--AAtagggtaacctgtagcggtattaattcgtaacagtggaaattaaagcgccaatccgtattaattgtgtactatttgatatgcatcaaataatcttgaatatttccaccataaaaaggaatttcagtacaacaatttttttcatcaatgctagaattaatttccaatggctgggcctacagtatagcaattataatttcagaaaatgttttgatatttcttatattgaatgttgaatttatgattaaaagagagaaacattcattcttaacgcatagaaacttttgagttaatacaattaaacctacc
gi|5 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcattta-AAAGA-G-G--A---A-AGT-GGCA---C-TTCATTA-ATGTAAA-TTCGTC-GTACT--GC-A--A-ACTATTT-AA--TGG--AATA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACA-GC-ATGT-GCA-TATTTCAGA-AAA-GG-TA--A----TG--T-A-GT-GC-A-A-A-AT-T-ATT---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-AGA-A-G----TT---T-CAAATAA-A--G-TCA--AATA-TAT-GAC-GCCG-AAG-CAGAAT------------CTGCagtggcacttcattaatgtaaattcgtcgtactgcaaactatttaatggaatattacgtagattaaacagcatgtgcatatttcagaaaaggtaatgtagtgcaaaattattgcagtttttccgtgcagaagtttcaaataaagtcaaatatatgacgccgaagcagaatctgcattgcgg
gi|6 : tttttttttataaattaacttcaaagactgagtaataagaaaagtttataggtaattacctgtcattctttcatttatatcacgccgtggctctatatttgccttcatctggagttttcaagaaaagagtctatcacgcctatttgaaaacgatgattgtaagccgccattttggTTAT-CACTCCATGG-C-T-CT-AT-A-TTTG--C-C-TT-CAT------C-T--GGAGTTTTCAAG--AAA-A--G---T--AT-A--TCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TG-A--T-----GT-------A---A-G--T-CGC-CATTTTG--G-A--------GG--AACA-CTGC--GAGAT-GTTCCG-AGT-GTG-AATT----CCGAAT-AAAATGGCTGT-CAA------ATTT---A-AACAA-G-G--AT--ATAGT-A-CA---C-TTCAT-A-A-----A-TT-GTC-TTAAT--GC-A--A-ACTATTG-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-AACG-GC-ATGT-GCA-TA-TTCAG--AAA-GG-T---A----TG--T-A-GT-AC-A-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTTT---TCCG-T-G---C-AGA-A-G----TT-C-T-CAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-C-GAC-A-CA-AAG-CAG-AT------------CCACTACAT--TA-TG------------------------AGCGTAGCCTGGTCAC---AG-T-AAGATTAT-TCTTTCattgcgg
gi|7 : AT------C-T--GGAGTTTTCAAA--GAA-A--G---T--CT-AC-TCATTGTC---C-AT-TTG--AACGA-TG-A--TTTTCGGT-------A---A-AGTC-CGCGCATTTTGA-G-A---A--GAGG--AATA-
gi|7 : ------ATTTTG-A-GAAGA-G-G--A---ATAGT-GGCG---T-TTCACCA-AT-TAAA-TT-GTC-TTACT--GC-A--A-ACTATTT-TATCTGG--A-TA--T--A-G--T-A-A--TT-AGAATGCGC-ATGT-GCATTA-TTCAG--AAA-GG-TGACA----CG--T-A-GT-GCAA-A-A-AT-T-A-T---G-CAA--G-TTTTTCCTCCG-T-G---C-AGG-A-G----TT-C-T-TAAATAT-A--G-TCA--AA-A-T-CTGATGG-CG-AAG-CAG-ATCGCGTTTCACAGCTGCTACATCATA-TGGGTGGAATTCTTACTAGTGAACTGAGCGTAGCCTGTTCAC---AG-T-AAGAATGTATCTTTCgtggcgtttcaccaattaaattgtcttactgcaaactattttatctggatatagtaattagaatgcgcatgtgcattattcagaaaggtgacacgtagtgcaaaaattatgcaagtttttcctccgtgcaggagttcttaaatatagtcaaaatctgatggcgaagcagatcgcgtttcacagctgctacatcatatgggtggaattcttactagtgaactgagcgtagcctgttcacagtaagaatgtatctttc
gi|8 : atctggagttttcaaagaaagtctactcattgtccatttgaacgatgattttcggtaaagtccgcgc--C-C-TT-CAT------C-T--G-AGTTGTCAAG--AAA-A--GAG-T--CT-A--TCA--GCC---T-ATCTTGAAAACGA-TG-A---T----GT-------A---A-G--C-CGC-CATTTTGCTA-A---A--GA
gi|8 : T-G-CA---C-T-CAT-ACAT-TAA---T-GTC-T-ACTA-GC-A--A-ACTATT--AA--TGG--A-TA-TT--ACG--T-AGA--TT-A-ACAG-GC-A--T-GCA-TA-TTCAG--AAACGG-T---A----TA--TCA-GT-GC-A-A-A-AT-T-A-TAG-G-C-A--G-TTTT---TCCG-TCG---C-AGA-A-GGTAACT-T-T-CAAATAA-A--GTTCA--AA-A-T-C-GAC-G-CG-AAGACAG-AT------------CCGATA-ATCatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|8 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggtGTA-CCTGGTCAC---AATT-AAGA-TAT-TCTTTgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgagtacctggtcacaattaagatattctttta
gi|9 : ccttcatctgagttgtcaagaaaagagtctatcagcctatcttgaaaacgatgatgtaagccgccattttgctaaagaatggttgcactcatacattaatgtctactagcaaactattaatggatattacgtagattaacaggcatgcatattcagaaacggtatatcagtgcaaaattataggcagtttttccgtcgcagaaggtaactttcaaataaagttcaaaatcgacgcgaagacagatccgataatcgcggtctctattcttatgagtgatagggtggaattcttacggacctgaTTAT-CA-GCCGTGG-CCT-CT-ATTA-TTTG--CAC-TT-CAT------C-T--G-AGTTTTCAAG--AAA-A--AGGAT--CT-A--CCA-TGCC---T-AT-TTGAAAACGA-TGCAT-TT----GT-------A---A-G--T-CGC-CATTTta
gi|9 : aataccttgccatctttaattta-CA---T-TTC-T-A-AC-TAAAATT-GTCATTACT--GCCA--A-ACTATTA-AA--TGG--A-TA-TT--ACG--TTAGA--TTTA-AAC--------------------------A-GA-T---G----TG--T-A-GT-GC-T-A-A-AT-T-A-T---G-C-A--G-TTAT---TCC--T-G---C-AGA-A-G----TG-C-TTCAAATAA-A--G-TCA--AA-A-T-CGGAC-G-AG-AAG-CA--AT------------CAGCTctaactaaaattgtcattactgccaaactattaaatggatattacgttagatttaaacagatgtgtagtgctaaattatgcagttattcctgcagaagtgcttcaaataaagtcaaaatcggacgagaagcaatcagcttcgcggctgctacattacgagtataggagtgcgaatctgagcgtagc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACGAGTATAAGAGGTGGAAATTCTTACTGTTGATCCAAGCGTAGTTTTGGTCCCAGTAAGCCTTCCTTTCTAGGGGTACCTCGTAGCGGTATTAATTTCGTAACAGTGAAATTAGCGGCGCCAATTCCGTTGTAAATTGTGTTACTATTTAGATTATTGCTCAAGATGAATGCTTGAATATTTCACCATAAAAGGAAATGTTCCAGTACAACCAATTATTTTCACTCAATGCTAGAGAGTTACATTTTCCCAACTGCTGGGCCTACAAGTAAAGCAATTATAAATTTCAGAAAATGTTTTGATTTTCTTATTATTGATGATTGAATTTATGATTAATGAGAGAGAAAATTGCATGTTTAATCGCATAGAATTATTGATGTTTAATATTCAGTTAACCTACCT
Unaligned ( gi|28 ): AGGCCAATCTATTAACTGTGACGTATTGATATGCATCAAATAATCTGATT