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lowQualScore                  :        22                                        3333333                                  11       333               11          2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                              
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Reference ( gi|5 )            : ATACATT--AA--CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-TTTTT--ACCTC---T---A--T-C-T-TATTC-TGA-C-ACAG-A-TGA-AG--TT-GATAG--TCC-TTT-T-GGAAG--T---CT--CC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGG-CTCCC-AATACCCTTTCCACCCTCC
gi|3                          : ATACATTT-AG--AATCTGTTTCTGA-G-T-CT-TT-TTTTTTTACCTC---TT--A--T-C-T-TATTC-TGA-C-ACAGAA-TGA-AG--TT-GATA---TCC-TTTGG-GGAAT--T---CT--CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGCTCCC-AATACCCTTTCCACCCTCC
gi|11                         : ATACATTT-GA--CATCTGTTTCT-A-GTT-CT-TTATTATT--ATCTCTTAT---A--T-CTT-TACTC-TGA-C-ACGG-ATTGA-AA--TT-GATA---TTC-TTT-T-GGAAGCTT---CT--CC-----ca
gi|2                          : ATACATTT-AA--CAT-TGTT-CT-A-G-T-CT-TT-T------ACCTC---T---AAAT-C-TATATTC-TGA-C-ACAG-A-TGA-AG-----GA-AGATTCC-TTT-T-
gi|12                         :  TACATT--AA--CATCTGTTTCT-A-G-T-C---T-TTTTC--ACCTC---TTAAA--C-T-T-TATTC-T-A-CAACAG-A-TGA-AGT-TT-GATCT--CCT-TTT-T-GGAAGA-T---CT--CC-----tttggacaacgttcttcccttccttcttctgcctcgcccccttctttcctttctcccgcagccccccccgccccttctctcctctttcaccgggcccctcttgctcctttctcccgccccctttctcccggagctccaatacacctttccaccctcccctaattgatgc
gi|14                         :  TACATTCTAA--CATC-GTT-CT-ACG-T-CT-TT-TTT----ACCTC---TTA-A--T-C-T-TATTC-TGACC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GATAT--CCT-TTT-T-TGAAG--T---
gi|13                         :  TACATTT-CA--CATC-GTTTCT-A-G-TACT-TT-TCCCC--TCCTT---T---A--T-C-T-TATTCTTGA-C-ACAG---CGACAG--TT-GATA---TCC-TTT-T-GGAAG--T---AT--Ctc
gi|4                          :   ACATT--AAAACATCTGTTT-T-A-G-T-CT-TG-TTTTT--TCCTC---TTT-A--TTC-T-TATTC--GA-C-ACAG-A-TGA-AAGTTT-GATA-----C-TTT-T-GGAAG--TTTCTT--CC-----CTCCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCTTTCTCCCGGG-CTCCA-CATACCCTTTCCACCCTCCtc
gi|7                          :      TT--AA--CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-TTTTT--ACCTCTT-T---A--T-C---TATTC-TGA-C-ACAG---TGA-AG--TT-GATA---TCC-TTT-T-GGAAGT-T---CC--CC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGG-CT-CC-AATACCCTTTCCACCCTCCct
gi|6                          :    ttTT--AA--CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-TTTTTT-ACCTC---TTT-A--T-C-T-TATTC-TGA-C-ACAG-A-TGA-AG--TT-GATA---TCC-TTTAT-GGAAGT-T---CT--CC--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGG-CTCCC-AATA-CCTTTCC-CCCTc
gi|15                         :   aatTT--AA--CATCGGTTTCT-A-G-C-CGATT-CTCCC--CCCTC---TTT-A--T---T-TATCT-GGA-C-ACAG-A-TGA-AG--TT-GATA----TC-TTT-T-GGAAGT-T---CT--Caccc
gi|1                          :                                       cTTT--ACCTC---TTA-A--T-C-T-TATT--TGA-C-ACAG-A-TG--AG--TTGGATAA--TCCTTTT-T-GGAAG--T---C
gi|16                         :                                 agtcttgaTT--AC-TC---TTA-A--T-C-T-TATTC-TGA-A-ACAG-T-TAA-AG--TT-GAT-C--TTC-TTT-T-GGAAG--T---TC--CC-----gttccctacctttcctcccacacccaattcttccttttctcccgcttcccttctttccactttctcccacgctccgccatcctctcctatgctcgccatcccctctctcgcttttctcccgccccttcttgcacttatacttcccggcccccttttctcctttctccccgcccctttctcgggctccaattatccctgtcccaccatcccattaatgc
gi|8                          :                                               CTT---T---A--T-C-T-TATTC-T-A-C-ACAG-A-TGA-AGT-TT-GATA---CCC-TTT-TGGGAAG--T---CTTCCC-----TCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTACTCCGGG-CTCCCAAATACCCTTTCCACCCTcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GCTTTCTACCCGGCCCACTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGGCTCCCAATATACCCTTCTCACC
Unaligned ( gi|10 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTCCCGGGTCCAATACCTCTTCGCACCTCTCAT






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Reference ( family-1511 )     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--T-T-GAT-A-TCC---TTT-T-GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
gi|1                          :                                                 TTT-ACCTC-TTA-A-T---CT-TATT-T-GAC-ACAG-A-TG--AG--T-TGGATAA-TCCT--TTT-T-GGA-AG---T---CGTT--CCC-----
gi|11                         : agtcttgaATACATT-TGA-CATCTGTTTCT-A-GTT-CT-TTAT--TATT-ATCTC-TT--A-TATCTT-TACTCT-GAC-ACGG-ATTGA-AA--T-T-GAT-A-TTC---TTT-T-GGA-AG---C---T--T--CTC-----C------tacctttcctcccacacccaattcttccttttctcccgcttcccttctttccactttctcccacgctccgccatcctctcctatgctcgccatcccctctctcgcttttctcccgccccttcttgcacttatacttcccggcccccttttctcctttctccccgcccctttctcgggctccaattatccctgtcccaccatcccattaatgc
gi|12                         :          TACATT--AA-CATCTGTTTCT-A-G-T-C---T-T--TTTC-ACCTC-TTAAA-C---TT-TATTCT--ACAACAG-A-TGA-AGT-T-T-GAT-C-TCCT--TTT-T-GGA-AGA--T---C--T--CC
gi|13                         :          TACATT-TCA-CATC-GTTTCT-A-G-TACT-TT-T--CCCC-TCCT--TT--A-T---CT-TATTCTTGAC-ACAG---CGACAG--T-T-GAT-A-TCC---TTT-T-GGA-AG---T---A--T--CTC-----
gi|14                         :          TACATTCTAA-CATC-GTT-CT-ACG-T-CT-TT-T--TT---ACCTC-TT--AAT---CT-TATTCT-GACCACAG-A-TGA-AG--T-T-GAT-A-TCCT--TTT-T-TGA-AG---T---
gi|15                         :               T-TAA-CATCGGTTTCT-A-G-C-CGATT-C--TCCC-CCCTC-TTT-A-T----T-TATCTG-GAC-ACAG-A-TGA-AG--T-T-GAT-A-T-C---TTT-T-GGA-AGT--T---C--T--Ctc
gi|16                         :                                                 cTT-AC-TC-TT--AAT---CT-TATTCT-GAA-ACAG-T-TAA-AG--T-T-GAT-C-TTC---TTT-T-GGA-AG---T------T--CCC-----C------C
gi|2                          :         ATACATT-TAA-CAT-TGTT-CT-A-G-T-CT-TT-T-------ACCTC-TA--AAT---CTATATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--GAA-GAT---TCCTTTTTT-T-GGACAACGTT---C--T--TCC-----CTTCCTTCTTCTGCCTCGCCCCCTTCTTTCCTTTCTCCCGCAGCCCCCCCCGCCCCTTCTCTCCTCTTTCACCGGGCCCCTCTTGCTCCTTTCTCCCGCCCCCTTTCTCCCG--GAG-CT-CC-AATACACCTTTCCACCCTCC
gi|3                          :         ATACATT-TAG-AATCTGTTTCTGA-G-T-CT-TT-TTTTTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAGAA-TGA-AG--T-T-GAT-A-TCC---TTTGG-GGA-AT---T---C--T--CCCTNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNG--G-GGCTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCcctaattgatgc
gi|4                          :           ACATT-AAAACATCTGTTT-T-A-G-T-CT-TG-T--TTTT-TCCTCTTT--ATT---CT-TATTC--GAC-ACAG-A-TGA-AAGTT-T-GAT-A---C---TTT-T-GGA-AG---TTTCT--T--CCC-----T------CCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCTTTCT-CCCG--G-G-CTCCA-CATAC-CCTTTCCACCCTCCca
gi|5                          :         ATACATT--AA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC--T--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--T-T-GAT-AGTCC---TTT-T-GGA-AG---T---C--T--CCN-----N------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCct
gi|6                          :             ATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTTTACCTC-TTT-A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--T-T-GAT-A-TCC---TTTAT-GGA-AG----------T--TCT-----C------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNG--G-G-CTCCC-AATA--CCTTTCC-CCCT
gi|7                          :             aTT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTCTTT--A-T---C--TATTCT-GAC-ACAG---TGA-AG--T-T-GAT-A-TCC---TTT-T-GGA-AG---T------T--CCC-----C------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNCG-G-CT-CC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCaccc
gi|8                          :                                                     tCCTC-TTT-A-T---CT-TATTCT--AC-ACAG-A-TGA-AGT-T-T-GAT-A-CCC---TTT-TGGGA-AG---T---C--TTCCCT-----C------CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTAC-TCCG--G-G-CTCCCAAATAC-CCTTTCCACCCTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|10 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTCCCGGGTCCAATACCTCTTCGCACCTCTCAT






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Reference ( family-1511 )     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CTTNTGCCTCGCCCCC--TTCTTTCCTTTCTCCCGCAGCCC---------------CCCCCGCCCC----TTCTCTCCTCT-TTCACCGGGCCCCTCTTGCTCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
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Reference ( family-1511 )     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CTTNCNCCCCGCNCCC--TTCTTCCCTTTCTCCCGCNNCCC---------------CCCNCGCCCC----TCCTCTCCTNT-CTCGCCGGNCCCCTCTCNCNCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
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blockSeqs                     :                T   .    T      . . . .  .  . .     .     .  AA   .    .      .   .    A     .  .   .   A     .   . .     .  CT         .    T              NNNN     N   .                   NN   .                 N      .            N N      NNN       NN N                  N .    .  . .  C  .     .
blockSeqs                     :                A   .    T      . . . .  .  . .     .     .  AT   .    .      .   .    T     .  .   .   A     .   . .     .  TA         .    N              NNNN     N   .                   NN   .                 N      .            N N      NNN       NN N                  A .    .  . .  .  .     .
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originalCons                  :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CTTNCNCCCCGCNCCC--TTCTTCCCTTTCTCCCGCNNCCC---------------CCCNCGCCCC----TCCTCTCCTNT-CTCGCCGGNCCCCTCTCNCNCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
finalCons                     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GATA--TCC-TTT-T---GGA-AGTC--------T--CCCC-----------CTTNCNCCCCGCNCCC--TTCTTCCCTTTCTCCCGCNNCCC---------------CCCNCGCCCC----TCCTCTCCTNTT-TCGCCGGGCCCCTCTCNCNCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GCTTTCTACCCGGCCCACTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGGCTCCCAATATACCCTTCTCACC
Unaligned ( gi|10 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTCCCGGGTCCAATACCTCTTCGCACCTCTCAT






Alignments
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consensus                     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CTTNCNCCCCGCNCCC--TTCTTCCCTTTCTCCCGCNNCCC---------------CCCNCGCCCC----TCCTCTCCTNT-CTCGCCGGNCCCCTCTCNCNCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
Reference ( family-1511 )     :         ATACATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCC-----C------CTTNCNCCCCGCNCCC--TTCTTCCCTTTCTCCCGCNNCCC---------------CCCNCGCCCC----TCCTCTCCTNT-TTCGCCGGGCCCCTCTCNCNCCTTTCTCCCGCCCCTTTNC-CCCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCC
gi|1                          :                                                 TTT-ACCTC-TTA-A-T---CT-TATT-T-GAC-ACAG-A-TG--AG--TTGGATAA-TCCTTTT-T---GGA-AG---T---CGTT--CCCTA---C------CTTTCCTCCCACACCCAATTCTTCCTTTTCTCCCGCTTCCCTTCTTTCCACTTTCTCCCACGCTCCGCCATCCTCTCCTATGCTCGCC-ATCCCCTCTCTCGCTTTTCTCCCGCCCCTT
gi|11                         : agtcttgaATACATT-TGA-CATCTGTTTCT-A-GTT-CT-TTAT--TATT-ATCTC-TT--A-TATCTT-TACTCT-GAC-ACGG-ATTGA-AA--TT-GAT-A-TTC-TTT-T---GGA-AG---C---T--T--CTC-----C------cttgcacttatacttcccggcccccttttctcctttctccccgcccctttctcgggctccaattatccctgtcccaccatcccattaatgc
gi|12                         :          TACATT--AA-CATCTGTTTCT-A-G-T-C---T-T--TTTC-ACCTC-TTAAA-C---TT-TATTCT--ACAACAG-A-TGA-AGT-TT-GAT-C-TCCTTTT-T---GGA-AGA--T---C--T--CC
gi|13                         :          TACATT-TCA-CATC-GTTTCT-A-G-TACT-TT-T--CCCC-TCCT--TT--A-T---CT-TATTCTTGAC-ACAG---CGACAG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T---A--T--CTC-----
gi|14                         :          TACATTCTAA-CATC-GTT-CT-ACG-T-CT-TT-T--TT---ACCTC-TT--AAT---CT-TATTCT-GACCACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCCTTTT-T---TGA-AG---T---
gi|15                         :               T-TAA-CATCGGTTTCT-A-G-C-CGATT-C--TCCC-CCCTC-TTT-A-T----T-TATCTG-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-T-C-TTT-T---GGA-AGT--T---C--T--Ctc
gi|16                         :                                                 cTT-AC-TC-TT--AAT---CT-TATTCT-GAA-ACAG-T-TAA-AG--TT-GAT-C-TTC-TTT-T---GGA-AG---T------T--CCC-----C------C
gi|2                          :         ATACATT-TAA-CAT-TGTT-CT-A-G-T-CT-TT-T-------ACCTC-TA--AAT---CTATATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--GAAGAT---TCC-TTT-TTTTGGACAACGTT---C--T--TCC-----CTTCCTTCTTCTGCCTCGCCCCC--TTCTTTCCTTTCTCCCGCAGCCC---------------CCCCCGCCCC----TTCTCTCCTCT-TTCACCGGGCCCCTCTTGCTCCTTTCTCCCGCCCCCTTTCTCCCG--GAG-CT-CC-AATACACCTTTCCACCCTCC
gi|3                          :         ATACATT-TAG-AATCTGTTTCTGA-G-T-CT-TT-TTTTTTT-ACCTC-TT--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAGAA-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTTGG---GGA-AT---T---C--T--CCCTNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNG--G-GGCTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCcctaattgatgc
gi|4                          :           ACATT-AAAACATCTGTTT-T-A-G-T-CT-TG-T--TTTT-TCCTCTTT--ATT---CT-TATTC--GAC-ACAG-A-TGA-AAGTTT-GAT-A---C-TTT-T---GGA-AG---TTTCT--T--CCC-----T------CCTANNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCTTTCT-CCCG--G-G-CTCCA-CATAC-CCTTTCCACCCTCCca
gi|5                          :         ATACATT--AA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTC--T--A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-AGTCC-TTT-T---GGA-AG---T---C--T--CCN-----N------NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCG--G-G-CTCCC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCct
gi|6                          :             ATT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTTTACCTC-TTT-A-T---CT-TATTCT-GAC-ACAG-A-TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTTAT---GGA-AG----------T--TCT-----C------CNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNG--G-G-CTCCC-AATA--CCTTTCC-CCCT
gi|7                          :             aTT-TAA-CATCTGTTTCT-A-G-T-CT-TT-T--TTTT-ACCTCTTT--A-T---C--TATTCT-GAC-ACAG---TGA-AG--TT-GAT-A-TCC-TTT-T---GGA-AG---T------T--CCC-----C------NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNCG-G-CT-CC-AATAC-CCTTTCCACCCTCCaccc
gi|8                          :                                                     tCCTC-TTT-A-T---CT-TATTCT--AC-ACAG-A-TGA-AGT-TT-GAT-A-CCC-TTT-TG--GGA-AG---T---C--TTCCCT-----C------CTTNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTAC-TCCG--G-G-CTCCCAAATAC-CCTTTCCACCCTc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GCTTTCTACCCGGCCCACTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGGCTCCCAATATACCCTTCTCACC
Unaligned ( gi|10 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTCCCGGGTCCAATACCTCTTCGCACCTCTCAT