lowQualScore                  :                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                          1    1           1111  4444444444444                     222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                          22222     111                                 2  11111111                 55555555555555555        2222222222   11111111        5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                111            8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                        1111     33333333    11111                                            22222              
lowQualScore                  :                                          7    7  77    77 0000  4444444444444 888   4     7  888  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    11   55  666  6666 1  00000     111  4   6666  3  7777 2            3  00000000  66          3  22222222222222222  666   1111111111   11111111   3    9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999      5         333   999  666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000       2    5 2     444 5555     11111111    66666  2 33     99999999  2   2  2       6       33333              
lowQualScore                  :                                          .    .  ..    .. ....  ............. ...   .     .  ...  ....................................................................................................................................    ..   ..  ...  .... .  .....     ...  .   ....  .  .... .            .  ........  ..          .  .................  ...   ..........   ........   .    ................................................................      .         ...   ...  ... ................................................................       .    . .     ... ....     ........    .....  . ..     ........  .   .  .       .       .....              
lowQualScore                  :                                          0    0  99    99 6666  4444444444444 888   0     4  888  777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    88   55  222  4444 8  44444     777  7   5555  1  9999 9            3  44444444  88          3  55555555555555555  444   8888888888   88888888   1    7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777      5         111   666  444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666       7    5 5     444 4444     44444444    99999  5 44     77777777  7   7  7       3       44444              
consensus                     :                                     ATACTTGCCAACA--TTTC--T----GAG---C----G---A---AGCAGAACAGCA---GG------GGNCANG---------GGGN-TGCA-TC-TCCCCCACCGCC-ATCTTCC--CCC---NAATTTCCGC---CAA-AACA----------A-AATA-CCAATTGCCA-TT---T-GGG--T-----TAGAATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----TT-GC--CGT-GATCCGCCATTTTTA--------AA--CATGCTGTAA-TTGC----------T----AT---CTT------G---TCTG-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATCAAGCGTCTTAT-TGAA---AA--NTG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-AAA---C---AAACGN-ATG-GGAACAAT-CGGACC-CGAAT---T-CGGAATGC----GGAAAAAACG---GG-T--AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAATCC-G-A-ACGGTTGGCAAGTA
Reference ( gi|3 )            :                                     ATACTAGCCATCA--TTTT--T----GA----T----G---A---AGCGGAACAACA---GG---T--GGTCATG---------GGGT-TGCA-TC-TCCCCTACCGCCGATTTTCC--CCC---CAATATCCGC---CAA-AACA----------A-AATA-CCAATTGCCAATT---T-TGG--T-----TGGAATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT--TCTAATA---GAGGAT----TT-GC--TGT-GATCCGCCATTTGTA--------AA--CATGCTGTAA-TTAC----------T----AT---CTT------T---TCTA-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATCGAGCGTCTTAT-TGAA---AA--ATG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-AAA---T---AAATGA-ATG-GGAACAAT-TGGATC-CGAAT---T-GGAAATAC----AAATAAAACC---GG-T--AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAATCC-G-G-ACGGTTGGCAAGTA
gi|4                          :                                     ATACTTGCCAACA--TTTC--T----GAATGAT----G---A---AGCAAAATTTCA---GAGAAT--GGCCAGG---------GTGT-TGCA-TC--------CCAC---TTTTCC--TCC---CATT-TCGGC---CCA-AACA----------A-AAAA-CCAATTGCCAATT---T-GGGG-T-----T----TAAAAT--CTC--AAAATCT-AATAGTCCAA-----GAAGAC----TT-GC--TGT-GATCCGCTATTTCTA--------AA--CATGCTGTAATTTTC----------T----GC---GTT------TTAATTTA-------TATATTTA--------T--------ATAAT----------A---------------G-TA------------AAAATCAAGTGTCTTAT-TAAA---AA--TTG-TAAA------------------AA----------AAAA------------AAACGC-ATGCGGAACAAT-TGGACC-CGAAT---T-CT---TGC----AGAAGAAACA---GG-T--AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAATCC-GAA-ACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                    cATACTTGCCAACA--TTTT--T----GA----TTGACA---A---AGCAGAACAGCATAGGG---TCAGGGCAAG---------GGGA-TACA-TC----CCTCCC--------TCC--CCT---AAATGTC-------------------------------------GCCATTT---G-AGG--T-----TTGAATATG-T--TTACTAAGC-----AT--T-TGACA---GAAGAT----TT-GCCATGT-AATCTGCCATTTCTA--------AA--CATGCTGTAG-TTCCATTCTAAGAGT----AT---CTT------G---TCTG-------CTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACGA---------------GTTG------------AAAATCAAGTGTCGTA--TGTA---AA--ATG-------G---------TG----AA----------AAGA------------AAACGG-ATGCAGAACCAT-TGGACC-C-AAT---T-CGAAACAT----GGAAAAAATG---GT-T--AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAATCCTG-A-ACAGTCGACAA
gi|8                          :                                    cATACTTGCCAACA--TTTT--T----GAG---T----GACCA---AGCAGAACAGAA---GA------GGACCTG---------GGGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAAATCTT-----TT---TAATTTCCGC---CAGCAAAA----------A-AATA-CCATTTG-----------GGG--T-----TAGAAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA--ATTAATATATTAAGAT----TT-GC--CTT-AAACC-CCATTT-TA--------AA--
gi|14                         : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaaccATACTTGCCAACA--TTAT--T----GAG---T----G---ACCAAGCAGAACAGAA---GA---------CCTG---------GGCA-TGCA-CC-CTCCCCAACAAAAATCTTGT--TT-----AATTTCTGCAAGCAA-AA------------A-AATA-CCATTTGG-----------GG--T-----TAGAATA-GAC--CTA--CAGCCTTCAAA--ATTAATATATTAAGAT----TT-GC--CTT-GAACT-CCATTC-TA--------AA---ATGat
gi|17                         :                                   caATAATTGCCAACAATTCTTAGT----GA----T----C---A---AGCAGAACAGCA---TG------GGTCA-G---------GAGT-TCTT-TC-TTTCATA------A---------------AATTTCTTC---CAA-AA--------------AATA-CCAACT------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA--TTTAAAA---TAAGAT----TT-GC--TGT-t
gi|26                         :                             agcaggaccTACTTGCCAACA--TTTC--T----GAGTGAC----G---A---AACGGAACAGCA---GG---T--GGTTAGG---------GGTT-TGCA-TC--CCCCTACTGCCGATTTT
gi|1                          :                                       ACTTGCCAACA--TTTC--TAAGTGA----C----G---A---AGCAGAACAGCA---GG---G--GGCCATGCGCCGCCCCGGGG-AGCA-TAATCCCCTGCTGCCCATTTTTTGTCTC---AAATTTCCAT---CAA-AACATACATGTATTATAATA-CCAATTGCCATCT---G-GGG--C-----TAGAATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA--TTTGATG---AAAGAT----TT-GC--AGC-GATCCACCATTTTTA--------AA--CATGTTGTAA-TTGCGA--------TCAGGAT---CTT------G---TCTG-------CAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATAAAGAGTTTTAA-AGAA---AA--TTG-TAAA--GTCT------AG----AAAAAAAAAAACAAAAA-AAA---A---AAACGG-ATGCCGATCAAT-TGAACT-CAAAT---T-TGGAACAC----AAA-AAAATC---AG--------------------GTA-AC-AATTCCGCGAAATCCAG-A-ACTGTTGGCAAGTAt
gi|2                          :                                                       tcaa----GA----C----A---A---ATCAGAACAGCA---GG---A--GGT---------------GC--GCC-CC-TCCCCCACCACC-ACCATCC--GCCGATCAATTCTTAC---CAA-AACA----------A-AATAACCCATTGCCAATTGGGTGTGG--TGTTTATAGAA-AAGAT--CT--------TTAAAC--TTTAATA---GAAGAAAGAATT-GC--CGTTGATCTGTCATCTTTACTTTAAAAAA--CATGCTGTAA-TTGTTGATG-----T----GT---CTTGGGCGCT---TTTACATTAATTGA-TTTA--------T--------AT--A----------A---------------T-TT------------AAAACAAAGTGTCTTG--TGAA---AA--AT--TGAATTG---------AG----GA----------AAAAC-AGACCCC---A-----------GAACAAT-TATACC-CAAAT---T-CAAAATGC----GG--AAAACG---AT-T--AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-GAACGGTTGGCAAGTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                       -CCAATTGCC--TT---T-TGGGGT-----TAGAATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----TT-GC--TAT-GTTTTGCCATTGTTA--------AA--CATGCTGTAA-TTGT----------G----AT---CTT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------AATTAATTTATATTAGG-TG------------AAAATCAAGTGTCTTAA-GGAA---AA--TTG-TAAA--G---------AG----AA----------CAAt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                atttccaggtcatacatgcctatttgtgtcaaacATT---T-GGG--T-----TAGAATAGTAC--ATA--AA----------------TA---AAAGAT----TTCGC--T-T-GAACAGCCGTTT-TA--------AA--TACA-TGTTA-TTGC----------A----AT---CTC------A---TCTG-------TGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------ATATAA----------A-TA------------AAAATCACGTGTCATAT-TGAA---AA--AGGGTAAA--G---------AG----AA----------AAAAACAGA---C---ATA----------AACAAT-GGAACC-TGAAT---T-TGGAACAC----TGAAAATACG---GG-T--AAAAggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                --CTA--AAACCTTCAAA--TCTAATG---GAGGAT----TT-CC--CGT-GAACCGCCATTTTTA--------AA--TATGATGTAA-TCGC----------G----AT---CTT------T---TCAG-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------A-TACATTTATTTACCGATATCAAGCATCTTAT-TGAA---AA--TTA-TAAA--G---------AG----AA----------AAAC---------------CGG-ACGTGGAACAAT-TGGACC-CGAAT---T-CGGAATGT----GGAAAAAACG---GA-T--TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG-------C-G-A-ACGGTTGGCAAGTA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                           CTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----AT-GC--CAT-GATCCGCC-CTTATA--------AAA-CATGCTGT---TT-C----------T----GTCAACCT------C---TCTA-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------A-TC------------AA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                           CCTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----AA-AC--CAT-GGTATGCTATATTTA--------AA--CATGATGTAA-TCAT----------TGTG-AT---CTT------G---TCTG-------CGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                    ----TT-GC--CAT-GATCTGCCATTTTTA--------AA--CATGCTGGAA-TT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T-GATCCGCCATTT-TA--------AA--CATGCTGTAA-TCAT----------G----AT---CCT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------G---------------G-T----------------------CGTTTTATATAAAGC-AA--AT--TCAA--G---------CATCTTAT----------AGAAA-AAA---C------TGACAT--GGAACAAT-CAGACC-CACAT---T-GGGGATGT----GGAAAAAAAC---GGTT--CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAATTC-ACA-ATGGTTGGTAATTAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CGCCATTT-TA--------AAAACATGCTGTAA-T--C----------TG---AT---CCT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT-------------------------------------------------TTGGTCGTTTAATATAAAGCCAA--ATT-CAAA--GCATCTTATTAG----AA----------AA--------------AACTGACAT--GGAACAAT-CAGACC-CACATTGGT-GGGAATGTTG--GAA-AAAAAC---GG-TTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAATTC-A-C-ATGG-TGGTAAATt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T------T---TATA-------TAT-TTTA--------A--------A--------------A---------------G-TG------------AAAATCAAAAGTCTTCA-GGAA---AA--TTG-TATA--G---------AG----AA----------AAAAC-AGA---TGCGAAATAA-AT-----------TGGACC-CGTAT---T-CTGAATGC----GAAAAAAACT---GG-T--AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAAT---------GGTTGACAAGTAta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           a-TTTA--------T--------AG--A----------A---------------A-TC------------AAAGTCAAGCATCTTAT-GGAA---AA--GT-------------------------------------AGGA-AAA---T---AC-TGACATG-G-AACAAT-CAGACCTCGATT---T-GGAA-CAC----CGAAAAAACG---GG-T--GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAATCG-G-GAATGGTTGGCAAG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgtaatcttaactgctcgattctacattcatcgaTTA--------T--------AT--T----------G---------------G-TG------------AAAATCAAGCACCTTAT-TGAA---AATTATT-T-AA--G---------GG----AA----------AAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aacattaattgaG------------AAAATCAAACATCTTAA-GGAA---AA--ATG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-GA-----------TGC-AT----AACAAAATGGACC-TGAAT---T-TGGAATAC----AGA-AAAACCA--GG-T--TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAATCCAG-A-ACGGTTGGCAAgcggacatggaacaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ----AA----------GAGAA-AAA---C---AAATGC-A----GAACAAC-TGGAAC-TGAAT---T-CGGAATAC----AGAAAAAA-----------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAATCC-G-A-a
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ---AAATGC-ATGTGGAACAAT-TGGATC-TGAAT---T---CAATACGCTGAAAAAAAG-----GG-T--AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGATCT-G-GAACAGTTGGacagtggaaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aagagtaaAACGAT-CAGATC-TGAAT---TCAGAAATGCGG--AAA-AAAATG---GG-T--AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGATCT-G-G-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaacatcatcaaaaCAAC-TGGAAC-TGAAT---T-CGGAATAC----AGA-AAAACCCCAGG-T--AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAATCC-GAA-ACAGTTGAAAAGTAatgctt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACC-TGAAT---T-CAGAATGC----AGAAAAAATG---GG-T--AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGATCT-GAA-ATGCTTGGtg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAACAGCAGGGGGTCAGGGGGTGGGTGCATTCCCCTGTCACTAATTTTTTTTCTTCAAATTTCGGCTAAAATATATCTAACTGTGGTTACTAAGAGTAAGAACCAAAGCCTTCAAATTTCATAAAAGGGTTGCCTTGATCCACCATTTTAAAA
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|27 ): GGGGGGGGGTTTGCATCCCCCTGCCACTGATTTTTTTCTCCTCAAATTTAATAGAAGATAAACCATGGTATGCT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  3333333333333                    222222222222222222222   11111     11    4444444444444      111111                   2222222222222222                     11111111111111                                  2222222222                            111111111                     333333333333333333333                     11111111111111111     7777777777777777777777777777777777777777777777777                             11    11111111111111     3333333333333333333333333                                                                                          11111               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  9999999999999       777     777  666666666666666666666   55555     44    0000000000000 0    777777 777     6  0  55  7777777777777777   4  1     7   777  33333333333333   5   666   44  0        2       0000000000          44  33            222222222  2 2         555  3 999999999999999999999         555    3    55555555555555555  44 2222222222222222222222222222222222222222222222222        2        666   33  2 00 0  11111111111111     7777777777777777777777777     2 4          444      2   66666       5555    33    99999999  2   2  2       3    2  33333               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  .............       ...     ...  .....................   .....     ..    ............. .    ...... ...     .  .  ..  ................   .  .     .   ...  ..............   .   ...   ..  .        .       ..........          ..  ..            .........  . .         ...  . .....................         ...    .    .................  .. .................................................        .        ...   ..  . .. .  ..............     .........................     . .          ...      .   .....       ....    ..    ........  .   .  .       .    .  .....               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  7777777777777       000     000  666666666666666666666   44444     33    7777777777777 5    333333 888     4  1  22  6666666666666666   0  6     3   777  55555555555555   6   666   66  1        7       9999999999          55  77            999999999  5 5         444  1 555555555555555555555         888    1    33333333333333333  22 9999999999999999999999999999999999999999999999999        9        222   99  0 55 1  88888888888888     2222222222222222222222222     4 7          111      4   00000       2222    00    11111111  5   5  5       8    5  88888               
consensus                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---CGACCAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGN-C-ANG---------GGGN---TGCATC-TCCCCCACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GC----------G----ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 )      :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---CGA---AGCAGAA---CAGCA---GG---GGN-C-ANG---------GGGN---TGCATC-TCCCCCACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GC----------T----ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AAACGNATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                ACTTGCCAACATTTCTAA---GTGACGA---AGCAGAA---CAGCA---GG---GGG-CCATGCGCCGCCCCGGGG---AGCATAATCCCCTGCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAAAACATACATGTATTATAAT-ACC-AATTGCCA-TCT-G-GGGC-TA----G----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---AT-T----GCGA--------TCAGGATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAGA---AAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGCCGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--AAAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcaaA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------AT-T----GC----------A----ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAAAAA---C---------AGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--GAAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATCT----G----------------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--AAAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---AT-C----AT----------G----ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAAC--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13                         :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---TGACCAAGCCGAA---CAGCA---GG---GGGTC-AGG---------GGGTGGGTGCAT--TCCCCTGTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAAAATA--------------T-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14                         :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTATTGA---G---TGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------A-C-CTG---------GGCA---TGCACCCTCCCCAACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--AAGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-TA----G----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGGAAAATAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--GAAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAAAA----C---------AGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--AAAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17                         :                                                                                                                              atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTA---G---TGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGT-C-A-G---------GAGT-------TC-TT----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA---A----------A-AAT-ACC-AACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAGA--------------TGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--GAAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ----AAGAGAAAAAC---------AAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                      ---CAA---ATCAGAA---CAGCA---GG----------AG---------GTGC----GCCCC-TCCCCCACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAAAACA----------A-AATAACC-CATTGCCA-ATT-G-GG-TGTG----GTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---AT-T----GT----------T----GATGTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAAAACAGAC------------CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G--AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ga---------AAATGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTGAAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aagagtaaAACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--GAAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TC-T----GT----------C----AACCTCTCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCAT-T----GT----------G----ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG--------AAAAAGC---------GGAC--AT--GGAACAA-T
gi|26                         :                                                                                                                                   aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGA---GTGACGA---AACGGAA---CAGCA---GGT--GGT-T-AGG---------GGTT---TGCATC--CCCCTACTGCCGA----TTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--GAAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3                          :                                                                                                                                              ATACTAGCCATCATTTTTGA-------TGA---AGCGGAA---CAACA---GGT--GGT-C-ATG---------GGGT---TGCATC-TCCCCTACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCAATTT-T-GG-T-TG----G----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----AC----------T----ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAT---------AAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--AATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4                          :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGA---A---TGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGC-C-AGG---------GTGT---TGCATC-----CCAC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCAAACA----------A-AAA-ACC-AATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-TTTCTGCGTTT------T----AATTTATAT---A----TTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA----------------AAAAAA----------AAACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--GAAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTTTTGATTGA---CAA---AGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGG-C-AAG---------GGGA---TACATC-CCTCCC---------------TCC--CCTAA---ATGTC----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-TT----G----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GT-T----CCATTCTAAGAGT----ATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG----A-------------------AAACGGATGCAGAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--GAAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---AT-C----GC----------G----ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAAA-----C------------CGGACGTGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--GAAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---AT-T----G
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8                          : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGA---G---TGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGA-C-CTG---------GGGCA--TGCACCCTCCCCCAACAAA-AA---TCTTTT-----TA---ATTTCCGCCAG--CA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-TA----G----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaaccCC-AATTGCCT-TTT-G-GGGT-TA----G----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GT----------G----ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACAAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                        2222222222222222222222222               11    44444444444444      111111               22222222222222222                         11111111111111                                  2222222222                            111111111                    222222222222222222222222                     11111111111111111     7777777777777777777777777777777777777777777777777                             11    333333333333333333333333333333333333333333                                                                                             11111               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  66   5        777     4444444444444444444444444 777  888   4  00    00000000000000 0  3 222222 777     6  0  11111111111111111  6666          7777777  33333333333333   5   666   44  0        2       0000000000          44  33            222222222  2 2         555   777777777777777777777777     1   555    6    55555555555555555  44 2222222222222222222222222222222222222222222222222        2        666   33  2 00 0  222222222222222222222222222222222222222222 1     2 4          444      2   66666 2      2 33    33    99999999  2   2  2       3    2  33333               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  ..   .        ...     ......................... ...  ...   .  ..    .............. .  . ...... ...     .  .  .................  ....          .......  ..............   .   ...   ..  .        .       ..........          ..  ..            .........  . .         ...   ........................     .   ...    .    .................  .. .................................................        .        ...   ..  . .. .  .......................................... .     . .          ...      .   ..... .      . ..    ..    ........  .   .  .       .    .  .....               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  11   0        000     3333333333333333333333333 000  444   0  33    77777777777777 5  7 666666 888     4  1  00000000000000000  8888          7777777  55555555555555   6   666   66  1        7       9999999999          55  77            999999999  5 5         444   888888888888888888888888     0   888    2    33333333333333333  22 9999999999999999999999999999999999999999999999999        9        222   99  0 55 1  777777777777777777777777777777777777777777 1     4 7          111      4   00000 4      4 22    00    11111111  5   5  5       8    5  88888               
consensus                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------GGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 )      :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGCGACCAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAGA---AAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGCCGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAAAAA---C---------AGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAGAAAAAAC---------TGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13                         :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14                         :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGGAAAATAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAAAA----C---------AGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17                         :                                                                                                                              atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAA--------------GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----AAGAGAAAAAC---------AAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                    GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG--------GAAAAAC---------AGACCC--C-AGAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--G---AG----TAAAAA-----------------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG--------AAAAAGC---------GGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26                         :                                                                                                                                   aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3                          :                                                                                                                                              ATACTAGCCATCATTTTTGA-TGA---AGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAT---------AAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4                          :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AAAAAAAA------------ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG----------AAAAC---------GGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAAAC----C---------GGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8                          : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACAAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                        2222222222222222222222222               11    44444444444444      111111               22222222222222222                         11111111111111                                  2222222222                            111111111                    222222222222222222222222                     11111111111111111     7777777777777777777777777777777777777777777777777                             11    3333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                                           11111               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  0    3        777     4444444444444444444444444 777  888   4  00    00000000000000 0  3 222222 777     6  0  11111111111111111  6666          7777777  33333333333333   5   666   44  0        2       0000000000          44  33            222222222  2 2         555   777777777777777777777777     1   555    6    55555555555555555  44 2222222222222222222222222222222222222222222222222        2        666   33  2 00 0  7777777777777777777777777777777777777777777777777     2 4          444      2   66666 2      2 33    33    99999999  2   2  2       3    2  33333               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  .    .        ...     ......................... ...  ...   .  ..    .............. .  . ...... ...     .  .  .................  ....          .......  ..............   .   ...   ..  .        .       ..........          ..  ..            .........  . .         ...   ........................     .   ...    .    .................  .. .................................................        .        ...   ..  . .. .  .................................................     . .          ...      .   ..... .      . ..    ..    ........  .   .  .       .    .  .....               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  1    2        000     3333333333333333333333333 000  444   0  33    77777777777777 5  7 666666 888     4  1  00000000000000000  8888          7777777  55555555555555   6   666   66  1        7       9999999999          55  77            999999999  5 5         444   888888888888888888888888     0   888    2    33333333333333333  22 9999999999999999999999999999999999999999999999999        9        222   99  0 55 1  2222222222222222222222222222222222222222222222222     4 7          111      4   00000 4      4 22    00    11111111  5   5  5       8    5  88888               
consensus                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 )      :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAG----AAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGC----CGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAA--------------AAA---CAGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AG--------------AAAAAACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAG--------------AAAAAACTGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13                         :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14                         :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGG--------------AAAATACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAA--------------AA----CAGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17                         :                                                                                                                              atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAA-----GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----AAGA--------------GAAAAACAAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                    GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAA--------------AACAGAC---CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--G---AG----TAAA--------------AA--------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG----------------------AAAAAGCGGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26                         :                                                                                                                                   aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3                          :                                                                                                                                              ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAATAAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4                          :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AA--------------AAAAAA---ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG------------------------AAAACGGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAA--------------AC----CGGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8                          : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACA--------------At
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                        2222222222222222222222222               11    44444444444444      111111               22222222222222222                         11111111111111                                  2222222222                            111111111                    222222222222222222222222                     11111111111111111     7777777777777777777777777777777777777777777777777                             11    3333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                                           11111               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  0    3        777     4444444444444444444444444 777  888   4  00    00000000000000 0  3 222222 777     6  0  11111111111111111  6666          7777777  33333333333333   5   666   44  0        2       0000000000          44  33            222222222  2 2         555   777777777777777777777777     1   555    6    55555555555555555  44 2222222222222222222222222222222222222222222222222        2        666   33  2 00 0  7777777777777777777777777777777777777777777777777     2 4          444      2   66666 2      2 33    33    99999999  2   2  2       3    2  33333               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  .    .        ...     ......................... ...  ...   .  ..    .............. .  . ...... ...     .  .  .................  ....          .......  ..............   .   ...   ..  .        .       ..........          ..  ..            .........  . .         ...   ........................     .   ...    .    .................  .. .................................................        .        ...   ..  . .. .  .................................................     . .          ...      .   ..... .      . ..    ..    ........  .   .  .       .    .  .....               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  1    2        000     3333333333333333333333333 000  444   0  33    77777777777777 5  7 666666 888     4  1  00000000000000000  8888          7777777  55555555555555   6   666   66  1        7       9999999999          55  77            999999999  5 5         444   888888888888888888888888     0   888    2    33333333333333333  22 9999999999999999999999999999999999999999999999999        9        222   99  0 55 1  2222222222222222222222222222222222222222222222222     4 7          111      4   00000 4      4 22    00    11111111  5   5  5       8    5  88888               
consensus                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 )      :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAG----AAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGC----CGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAA--------------AAA---CAGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AG--------------AAAAAACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAG--------------AAAAAACTGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13                         :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14                         :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGG--------------AAAATACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAA--------------AA----CAGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17                         :                                                                                                                              atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAA-----GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----AAGA--------------GAAAAACAAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                    GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAA--------------AACAGAC---CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--G---AG----TAAA--------------AA--------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG----------------------AAAAAGCGGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26                         :                                                                                                                                   aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3                          :                                                                                                                                              ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAATAAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4                          :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AA--------------AAAAAA---ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG------------------------AAAACGGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAA--------------AC----CGGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8                          : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACA--------------At


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       C        TTT     TAGGGTCAGGGCAAG           GGT  CAT   C  CT    TGTCACTAATTT      T TTCA   TCA     G     CAAAAA             TAT           TTTGG    TGTGGTGTT        A   TAT   CT           C       GTCCAAG             GT  TA            TACTTTAAA  T A         ATC   CCATTCTAAGAGT                A   TGG    T    CCGTGATTG          AA TGGTCGTTTAATATAAAGCC                                     A        TAT   GC  A GG    GCATCTTATAGAAAAAACTGACATGG                            A G          TGG      A   TGG   A      A CC    CC    CCAGGTTT  A   C  A       C    G  CAC  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       C        .       GAATGGCCAGG               .    GT    .  T     TACTGCCGA         G ATAA   .       T     AGCAA              TAA           ATTTT    TTACTAAG         A   C     .            .       GAAGA               T   .             A          . .         .     TTCTGCG                      G   .      A    C                  .  AATTAATTTATATTAGGTG                                      .        TT    .   A AT    GAGAAAAAAAAAATAAATGAATGGG                             . C          .        .   GCT   .      . .     A     .         .   .  .       C    .  GGG  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       C        .       GGGGGTCAGG                .    AT    .  T     TACCGCCGA         T GCCG   .       T     AACAA              TA            ATTTG    GTTAG            A   A     .            .       TATT                T   .             A          . .         .     GTTG                         G   .      .    C                  .  AATTGATTTATATAATTT                                       .        TT    .   G G     TTGAGGAAAAACAGACCCCAG                                 . C          .        .   T     .      . .     C     .         .   .  .       A    .  CAG  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       A        .       GGTGGTTAGG                .    TT    .  T     CAACAAAAA         C CCCC   .       T     AACAA              TA            TTTGA    TTAG             A   C     .            .       TATT                T   .             A          . .         .     GTCA                         G   .      .    T                  .  AATACATTTATTTACC                                         .        TG    .   T G     GAGAAAAAAAGATGCATAAC                                  . C          .        .   G     .      . .     G     .         .   .  .       C    .  TGG  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       G        .       GGTGGTCATG                .    TT    .  T     AACAAAAA          C TCCC   .       C     AACAA              AA            TTTG     TTAG             A   C     .            .       A                   G   .             A          . .         .     GCA                          G   .      .    C                  .  GATCTATACGAGTTG                                          .        AG    .   A G     GAGAAAAAAACAGACATA                                    . T          .        .   C     .      . .     A     .         .   .  .       T    .  TGA  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       G        .       GAGGACCTG                 .    TT    .  C     CACCACCA          C CCTA   .       G     AAT                TA            ATTG     TTGG             G   C     .            .       A                   A   .             A          . .         .     ATG                          T   .      .    C                  .  ATATAAATA                                                .        AG    .   A G     AGGAAAATACTGACATGG                                    . T          .        .   G     .      . .     T     .         .   .  .       T    .  CGA  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       G        .       TGGGTCAG                  .    AT    .  T     CAC               C TTT    .       C     AA                 .             TTTG     TTTG             .   T     .            .       T                   A   .             T          . .         .     GTG                          A   .      .    T                  .  AATC                                                     .        TT    .   T G     GAGAAAAAACAGATGCGA                                    . T          .        .   A     .      . .     A     .         .   .  .       T    .  CTG  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       A        .       GACCTG                    .    T     .  .     C                 . TT     .       .     .                  .             G        TTAG             .   C     .            .       G                   G   .             T          . .         .     ACT                          G   .      .    T                  .  AGTG                                                     .        TT    .   A A     GAGTAAAAATGCATGTGG                                    . T          .        .   A     .      . .     A     .         .   .  .       T    .  CGA  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       C        .       GGAG                      .    C     .  .     .                                                                         .        GT               .   .     .            .       G                   G   .             T          . .         .     GCG                          T   .      .    C                  .  AATC                                                     .        TT    .   T G     GGGAAAAAGCGGACATGG                                    . C          .        .   G     .      . .     A     .         .   .  .       C    .  CA   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .        .                .   .     .            .       G                   A   .             T          . .         .     GTG                          G   .      .    T                  .  GGTG                                                     .        TG    .   T .     AAAAAAAAACGCATGCGG                                    . T          .        .   G     .      . .     A     .         .   .  .       T    .  CG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .            .       G                   G   .             T          . .         .     TG                           .   .      .    C                  .  AGTG                                                     .        TT    .   T .     GAGAAAAACCGGACGTGG                                    . T          .        .   A     .      . .     A     .         .   .  .       C    .  GG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .       G                   A   .             T          . .         .                                             .    C                  .  AGTA                                                     .        AG    .   T .     AGAAAAAACTGACATGG                                     . T          .        .   A     .      . .     A     .         .   .  .       C    .  TG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .       G                   T   .             A          . .                                                            C                     GGT                                                      .        T     .   . .     AAGAAAACGGATGCAG                                      . T          .        .   A     .      . .     A     .         .   .  .       T    .  CG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .       G                   A   .             T          . .                                                                                                                                                                                                                            . T          .        .   G     .      . .     A     .         .   .  .       .    .  CG   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .          . .                                                                                                                                                                                                                            . .          .        .   G     .      . .     T     .         .   .  .       .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .            .        .   A     .      . .     A                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                        GGGGGTCANG***************               T*                        NCCA**               AACAA************                TTTG***  TTAG**********                                                                                                     GCG*********************                     C****************                                                                                         GAGAAAAAACGGACGCGG*******************************                                                    A*
originalCons                  :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
finalCons                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCAGGGGGTCANG---------------G---GG-NTGCA-TCT-CCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCCA--A---ATTTCCGCCAAAACAA------------AAT-A-CCAATTGCCATTTG---GGTTAG----------AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTGCG---------------------ATCTTGTCT---GCGC-TTTAC----------------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAAGAGAAAAAACGGACGCGG-------------------------------AACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGTA-AAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                  222222222222222                44444444444444      111111               22222222222222222                         11111111111111                                  2222222222                            111111111                    222222222222222222222222                     11111111111111111     88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                            222222222222222222222222222                                                                                                        11111               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  0    3               8888     6 555555555555555  1    8  66    00000000000000 0    666666 777     6  0  11111111111111111  6666          7777777  33333333333333   5   666   44  0        2       0000000000          44  33            222222222  2 2         555   777777777777777777777777     1   555    6    55555555555555555  44 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444     2   2        66     9999 0  33 444  2  000000000000000000000000000    0  2  0     55   4          444      2   66666       5555    33    99999999  2   2  2       3    2  33333               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  .    .               ....     . ...............  .    .  ..    .............. .    ...... ...     .  .  .................  ....          .......  ..............   .   ...   ..  .        .       ..........          ..  ..            .........  . .         ...   ........................     .   ...    .    .................  .. ..............................................................     .   .        ..     .... .  .. ...  .  ...........................    .  .  .     ..   .          ...      .   .....       ....    ..    ........  .   .  .       .    .  .....               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  1    2               6666     3 555555555555555  0    0  33    77777777777777 5    000000 888     4  1  00000000000000000  8888          7777777  55555555555555   6   666   66  1        7       9999999999          55  77            999999999  5 5         444   888888888888888888888888     0   888    2    33333333333333333  22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     9   9        99     6666 1  44 444  5  000000000000000000000000000    3  7  8     66   7          111      4   00000       2222    00    11111111  5   5  5       8    5  88888               
consensus                     :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGTCAGG---------G-----GGNTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCC--AA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCGTCTTATNGAAAATTG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAACGGA-CGCGGAAC--AATCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 )      :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGTCANG---------G-----GGNTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCC--AA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCGTCTTATTGAAAANTG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAACGGA-CGCGGAAC--AATCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGCCATGCGCCGCCCCG-----GGGAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-AAA-GAGTTTTAAAGAAAATTG-TAAA--GTCTAG-AAAAAAAAAAACAAAAAAAAA--------AAACGGA-TGCCGATC--AATTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--AAAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-T-------------A-------------AAAAT-CAC-GTGTCATATTGAAAAAGGGTAAA--G---AGAAA------------------A--------AAACAGA-CAT-AAAC--AATGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--GAAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-C-------------C-------------AAATT-CAAAGCATCTTATT-------------------AG-AA------------------A--------AAACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--AAAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-TCGTTTTATATAAAG-------------CAAATTCAA-GCATCTTAT--------------------AG-AA------------------A--------AAACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAAC--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13                         :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAACAGCAGGG---GGTCAGG---------GGGT--GGGTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTCTTC--AA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14                         :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAACAGAAGA-------CCTG---------G-----GCATGCACCC-TCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGTTT----A---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-T-------------C-------------AAAGT-CAA-GCATCTTATGGAAAAGT-----A--G----G-AA------------------A--------ATACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--GAAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-AAGTCTTCAGGAAAATTG-TATA--G---AG-AA------------------A--------AAACAGA-TGCGAAATA-AATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--AAAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17                         :                                                                                                                              atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAACAGCA-TG---GGTCA-G---------G-----AGT-----TC-TT-----------------TCTTTCATA--AA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agcaggacc-------------G-------------AAAAT-CAA-ACATCTTAAGGAAAAATG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAA-AGA-TGCATAACAAAAT-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--GAAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA--G---AG-AA------------------A--------AA-CAAA-TGCAGAAC--AACTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                    GACAAATCAGAACAGCAGGA---GGT---------------------GCGCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCCGCC--GATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATT-------------GATTTATATAATTTAAAAC-AAA-GTGTCTTG-TGAAAAAT--TGAATTG---AG-GA------------------A--------AAACAGACCCCAGAAC--AATTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G--AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA--G---AG-TA------------------A--------AAATGCA-TGTGGAAC--AATTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTGAAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAC--GATCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--GAAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-T-------------C-------------AAatgctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCACCTTATTGAAAATTATTTAA--G---GG-AA------------------A--------AAGCGGA-CATGGAAC--AAT
gi|26                         :                                                                                                                                   aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAACAGCAGGT---GGTTAGG---------G-----GTTTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--GAAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3                          :                                                                                                                                              ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAACAACAGGT---GGTCATG---------G-----GGTTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCCCCC--CA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CGA-GCGTCTTATTGAAAAATG-TAAA--G---AG-AA------------------AAAAAAAATAAATGAA-TG-GGAAC--AATTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--AATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4                          :                                                                                                                                              ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAGAGAATGGCCAGG---------G-----TGTTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCCTCC--CA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-T-------------A-------------AAAAT-CAA-GTGTCTTATTAAAAATTG-TAAA--A---AA-AA------------------A--------AAACGCA-TGCGGAAC--AATTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--GAAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5                          :                                                                                                                                             cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAACAGCATAG---GGTCAGG---------GCAAGGGGATACA-TC-CCTCCC----------------TCCCCT--AA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTT-------------G-------------AAAAT-CAA-GTGTCGTATGTAAAATGG-TGAA--A---AG---------------------A--------AAACGGA-TGCAGAAC--CATTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--GAAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-T-------------ACATTTATTTACC-GATAT-CAA-GCATCTTATTGAAAATTA-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AACCGGA-CGTGGAAC--AATTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--GAAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C--AACTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8                          : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAACAGAAGAG---GACCTGG---------G-----GCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTTTTT-----A---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                            aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GTGTCTTAAGGAAAATTG-TAAA--G---AG-AA------------------C--------AAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA