lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1111 4444444444444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222 111 2 11111111 55555555555555555 2222222222 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 33333333 11111 22222
lowQualScore : 7 7 77 77 0000 4444444444444 888 4 7 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 55 666 6666 1 00000 111 4 6666 3 7777 2 3 00000000 66 3 22222222222222222 666 1111111111 11111111 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 333 999 666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 2 444 5555 11111111 66666 2 33 99999999 2 2 2 6 33333
lowQualScore : . . .. .. .... ............. ... . . ... .................................................................................................................................... .. .. ... .... . ..... ... . .... . .... . . ........ .. . ................. ... .......... ........ . ................................................................ . ... ... ... ................................................................ . . . ... .... ........ ..... . .. ........ . . . . .....
lowQualScore : 0 0 99 99 6666 4444444444444 888 0 4 888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 55 222 4444 8 44444 777 7 5555 1 9999 9 3 44444444 88 3 55555555555555555 444 8888888888 88888888 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 111 666 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 5 5 444 4444 44444444 99999 5 44 77777777 7 7 7 3 44444
consensus : ATACTTGCCAACA--TTTC--T----GAG---C----G---A---AGCAGAACAGCA---GG------GGNCANG---------GGGN-TGCA-TC-TCCCCCACCGCC-ATCTTCC--CCC---NAATTTCCGC---CAA-AACA----------A-AATA-CCAATTGCCA-TT---T-GGG--T-----TAGAATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----TT-GC--CGT-GATCCGCCATTTTTA--------AA--CATGCTGTAA-TTGC----------T----AT---CTT------G---TCTG-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATCAAGCGTCTTAT-TGAA---AA--NTG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-AAA---C---AAACGN-ATG-GGAACAAT-CGGACC-CGAAT---T-CGGAATGC----GGAAAAAACG---GG-T--AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAATCC-G-A-ACGGTTGGCAAGTA
Reference ( gi|3 ) : ATACTAGCCATCA--TTTT--T----GA----T----G---A---AGCGGAACAACA---GG---T--GGTCATG---------GGGT-TGCA-TC-TCCCCTACCGCCGATTTTCC--CCC---CAATATCCGC---CAA-AACA----------A-AATA-CCAATTGCCAATT---T-TGG--T-----TGGAATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT--TCTAATA---GAGGAT----TT-GC--TGT-GATCCGCCATTTGTA--------AA--CATGCTGTAA-TTAC----------T----AT---CTT------T---TCTA-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATCGAGCGTCTTAT-TGAA---AA--ATG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-AAA---T---AAATGA-ATG-GGAACAAT-TGGATC-CGAAT---T-GGAAATAC----AAATAAAACC---GG-T--AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAATCC-G-G-ACGGTTGGCAAGTA
gi|4 : ATACTTGCCAACA--TTTC--T----GAATGAT----G---A---AGCAAAATTTCA---GAGAAT--GGCCAGG---------GTGT-TGCA-TC--------CCAC---TTTTCC--TCC---CATT-TCGGC---CCA-AACA----------A-AAAA-CCAATTGCCAATT---T-GGGG-T-----T----TAAAAT--CTC--AAAATCT-AATAGTCCAA-----GAAGAC----TT-GC--TGT-GATCCGCTATTTCTA--------AA--CATGCTGTAATTTTC----------T----GC---GTT------TTAATTTA-------TATATTTA--------T--------ATAAT----------A---------------G-TA------------AAAATCAAGTGTCTTAT-TAAA---AA--TTG-TAAA------------------AA----------AAAA------------AAACGC-ATGCGGAACAAT-TGGACC-CGAAT---T-CT---TGC----AGAAGAAACA---GG-T--AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAATCC-GAA-ACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACA--TTTT--T----GA----TTGACA---A---AGCAGAACAGCATAGGG---TCAGGGCAAG---------GGGA-TACA-TC----CCTCCC--------TCC--CCT---AAATGTC-------------------------------------GCCATTT---G-AGG--T-----TTGAATATG-T--TTACTAAGC-----AT--T-TGACA---GAAGAT----TT-GCCATGT-AATCTGCCATTTCTA--------AA--CATGCTGTAG-TTCCATTCTAAGAGT----AT---CTT------G---TCTG-------CTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACGA---------------GTTG------------AAAATCAAGTGTCGTA--TGTA---AA--ATG-------G---------TG----AA----------AAGA------------AAACGG-ATGCAGAACCAT-TGGACC-C-AAT---T-CGAAACAT----GGAAAAAATG---GT-T--AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAATCCTG-A-ACAGTCGACAA
gi|8 : cATACTTGCCAACA--TTTT--T----GAG---T----GACCA---AGCAGAACAGAA---GA------GGACCTG---------GGGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAAATCTT-----TT---TAATTTCCGC---CAGCAAAA----------A-AATA-CCATTTG-----------GGG--T-----TAGAAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA--ATTAATATATTAAGAT----TT-GC--CTT-AAACC-CCATTT-TA--------AA--
gi|14 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaaccATACTTGCCAACA--TTAT--T----GAG---T----G---ACCAAGCAGAACAGAA---GA---------CCTG---------GGCA-TGCA-CC-CTCCCCAACAAAAATCTTGT--TT-----AATTTCTGCAAGCAA-AA------------A-AATA-CCATTTGG-----------GG--T-----TAGAATA-GAC--CTA--CAGCCTTCAAA--ATTAATATATTAAGAT----TT-GC--CTT-GAACT-CCATTC-TA--------AA---ATGat
gi|17 : caATAATTGCCAACAATTCTTAGT----GA----T----C---A---AGCAGAACAGCA---TG------GGTCA-G---------GAGT-TCTT-TC-TTTCATA------A---------------AATTTCTTC---CAA-AA--------------AATA-CCAACT------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA--TTTAAAA---TAAGAT----TT-GC--TGT-t
gi|26 : agcaggaccTACTTGCCAACA--TTTC--T----GAGTGAC----G---A---AACGGAACAGCA---GG---T--GGTTAGG---------GGTT-TGCA-TC--CCCCTACTGCCGATTTT
gi|1 : ACTTGCCAACA--TTTC--TAAGTGA----C----G---A---AGCAGAACAGCA---GG---G--GGCCATGCGCCGCCCCGGGG-AGCA-TAATCCCCTGCTGCCCATTTTTTGTCTC---AAATTTCCAT---CAA-AACATACATGTATTATAATA-CCAATTGCCATCT---G-GGG--C-----TAGAATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA--TTTGATG---AAAGAT----TT-GC--AGC-GATCCACCATTTTTA--------AA--CATGTTGTAA-TTGCGA--------TCAGGAT---CTT------G---TCTG-------CAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------A---------------G-TG------------AAAATAAAGAGTTTTAA-AGAA---AA--TTG-TAAA--GTCT------AG----AAAAAAAAAAACAAAAA-AAA---A---AAACGG-ATGCCGATCAAT-TGAACT-CAAAT---T-TGGAACAC----AAA-AAAATC---AG--------------------GTA-AC-AATTCCGCGAAATCCAG-A-ACTGTTGGCAAGTAt
gi|2 : tcaa----GA----C----A---A---ATCAGAACAGCA---GG---A--GGT---------------GC--GCC-CC-TCCCCCACCACC-ACCATCC--GCCGATCAATTCTTAC---CAA-AACA----------A-AATAACCCATTGCCAATTGGGTGTGG--TGTTTATAGAA-AAGAT--CT--------TTAAAC--TTTAATA---GAAGAAAGAATT-GC--CGTTGATCTGTCATCTTTACTTTAAAAAA--CATGCTGTAA-TTGTTGATG-----T----GT---CTTGGGCGCT---TTTACATTAATTGA-TTTA--------T--------AT--A----------A---------------T-TT------------AAAACAAAGTGTCTTG--TGAA---AA--AT--TGAATTG---------AG----GA----------AAAAC-AGACCCC---A-----------GAACAAT-TATACC-CAAAT---T-CAAAATGC----GG--AAAACG---AT-T--AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-GAACGGTTGGCAAGTA
gi|9 : -CCAATTGCC--TT---T-TGGGGT-----TAGAATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----TT-GC--TAT-GTTTTGCCATTGTTA--------AA--CATGCTGTAA-TTGT----------G----AT---CTT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------AATTAATTTATATTAGG-TG------------AAAATCAAGTGTCTTAA-GGAA---AA--TTG-TAAA--G---------AG----AA----------CAAt
gi|10 : atttccaggtcatacatgcctatttgtgtcaaacATT---T-GGG--T-----TAGAATAGTAC--ATA--AA----------------TA---AAAGAT----TTCGC--T-T-GAACAGCCGTTT-TA--------AA--TACA-TGTTA-TTGC----------A----AT---CTC------A---TCTG-------TGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------ATATAA----------A-TA------------AAAATCACGTGTCATAT-TGAA---AA--AGGGTAAA--G---------AG----AA----------AAAAACAGA---C---ATA----------AACAAT-GGAACC-TGAAT---T-TGGAACAC----TGAAAATACG---GG-T--AAAAggc
gi|6 : --CTA--AAACCTTCAAA--TCTAATG---GAGGAT----TT-CC--CGT-GAACCGCCATTTTTA--------AA--TATGATGTAA-TCGC----------G----AT---CTT------T---TCAG-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------A-TACATTTATTTACCGATATCAAGCATCTTAT-TGAA---AA--TTA-TAAA--G---------AG----AA----------AAAC---------------CGG-ACGTGGAACAAT-TGGACC-CGAAT---T-CGGAATGT----GGAAAAAACG---GA-T--TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG-------C-G-A-ACGGTTGGCAAGTA
gi|23 : CTTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----AT-GC--CAT-GATCCGCC-CTTATA--------AAA-CATGCTGT---TT-C----------T----GTCAACCT------C---TCTA-------CGC-TTTA--------C--------AT--T----------A---------------A-TC------------AA
gi|24 : CCTCAAA--TTTAATA---GAAGAT----AA-AC--CAT-GGTATGCTATATTTA--------AA--CATGATGTAA-TCAT----------TGTG-AT---CTT------G---TCTG-------CGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|7 : ----TT-GC--CAT-GATCTGCCATTTTTA--------AA--CATGCTGGAA-TT
gi|12 : T-GATCCGCCATTT-TA--------AA--CATGCTGTAA-TCAT----------G----AT---CCT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT--T----------G---------------G-T----------------------CGTTTTATATAAAGC-AA--AT--TCAA--G---------CATCTTAT----------AGAAA-AAA---C------TGACAT--GGAACAAT-CAGACC-CACAT---T-GGGGATGT----GGAAAAAAAC---GGTT--CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAATTC-ACA-ATGGTTGGTAATTAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|11 : CGCCATTT-TA--------AAAACATGCTGTAA-T--C----------TG---AT---CCT------G---TCTG-------TGC-TTTA--------C--------AT-------------------------------------------------TTGGTCGTTTAATATAAAGCCAA--ATT-CAAA--GCATCTTATTAG----AA----------AA--------------AACTGACAT--GGAACAAT-CAGACC-CACATTGGT-GGGAATGTTG--GAA-AAAAAC---GG-TTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAATTC-A-C-ATGG-TGGTAAATt
gi|16 : T------T---TATA-------TAT-TTTA--------A--------A--------------A---------------G-TG------------AAAATCAAAAGTCTTCA-GGAA---AA--TTG-TATA--G---------AG----AA----------AAAAC-AGA---TGCGAAATAA-AT-----------TGGACC-CGTAT---T-CTGAATGC----GAAAAAAACT---GG-T--AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAAT---------GGTTGACAAGTAta
gi|15 : a-TTTA--------T--------AG--A----------A---------------A-TC------------AAAGTCAAGCATCTTAT-GGAA---AA--GT-------------------------------------AGGA-AAA---T---AC-TGACATG-G-AACAAT-CAGACCTCGATT---T-GGAA-CAC----CGAAAAAACG---GG-T--GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAATCG-G-GAATGGTTGGCAAG
gi|25 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcatcgaTTA--------T--------AT--T----------G---------------G-TG------------AAAATCAAGCACCTTAT-TGAA---AATTATT-T-AA--G---------GG----AA----------AAA
gi|18 : aacattaattgaG------------AAAATCAAACATCTTAA-GGAA---AA--ATG-TAAA--G---------AG----AA----------AAAAA-GA-----------TGC-AT----AACAAAATGGACC-TGAAT---T-TGGAATAC----AGA-AAAACCA--GG-T--TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAATCCAG-A-ACGGTTGGCAAgcggacatggaacaat
gi|19 : ----AA----------GAGAA-AAA---C---AAATGC-A----GAACAAC-TGGAAC-TGAAT---T-CGGAATAC----AGAAAAAA-----------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAATCC-G-A-a
gi|21 : ---AAATGC-ATGTGGAACAAT-TGGATC-TGAAT---T---CAATACGCTGAAAAAAAG-----GG-T--AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGATCT-G-GAACAGTTGGacagtggaaa
gi|22 : aagagtaaAACGAT-CAGATC-TGAAT---TCAGAAATGCGG--AAA-AAAATG---GG-T--AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGATCT-G-G-
gi|7 : aaaacatcatcaaaaCAAC-TGGAAC-TGAAT---T-CGGAATAC----AGA-AAAACCCCAGG-T--AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAATCC-GAA-ACAGTTGAAAAGTAatgctt
gi|28 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACC-TGAAT---T-CAGAATGC----AGAAAAAATG---GG-T--AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGATCT-GAA-ATGCTTGGtg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAACAGCAGGGGGTCAGGGGGTGGGTGCATTCCCCTGTCACTAATTTTTTTTCTTCAAATTTCGGCTAAAATATATCTAACTGTGGTTACTAAGAGTAAGAACCAAAGCCTTCAAATTTCATAAAAGGGTTGCCTTGATCCACCATTTTAAAA
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|27 ): GGGGGGGGGTTTGCATCCCCCTGCCACTGATTTTTTTCTCCTCAAATTTAATAGAAGATAAACCATGGTATGCT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 222222222222222222222 11111 11 4444444444444 111111 2222222222222222 11111111111111 2222222222 111111111 333333333333333333333 11111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111111111111 3333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 9999999999999 777 777 666666666666666666666 55555 44 0000000000000 0 777777 777 6 0 55 7777777777777777 4 1 7 777 33333333333333 5 666 44 0 2 0000000000 44 33 222222222 2 2 555 3 999999999999999999999 555 3 55555555555555555 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222 2 666 33 2 00 0 11111111111111 7777777777777777777777777 2 4 444 2 66666 5555 33 99999999 2 2 2 3 2 33333
lowQualScore : ............. ... ... ..................... ..... .. ............. . ...... ... . . .. ................ . . . ... .............. . ... .. . . .......... .. .. ......... . . ... . ..................... ... . ................. .. ................................................. . ... .. . .. . .............. ......................... . . ... . ..... .... .. ........ . . . . . .....
lowQualScore : 7777777777777 000 000 666666666666666666666 44444 33 7777777777777 5 333333 888 4 1 22 6666666666666666 0 6 3 777 55555555555555 6 666 66 1 7 9999999999 55 77 999999999 5 5 444 1 555555555555555555555 888 1 33333333333333333 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999 9 222 99 0 55 1 88888888888888 2222222222222222222222222 4 7 111 4 00000 2222 00 11111111 5 5 5 8 5 88888
consensus : ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---CGACCAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGN-C-ANG---------GGGN---TGCATC-TCCCCCACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GC----------G----ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 ) : ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---CGA---AGCAGAA---CAGCA---GG---GGN-C-ANG---------GGGN---TGCATC-TCCCCCACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GC----------T----ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AAACGNATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1 : ACTTGCCAACATTTCTAA---GTGACGA---AGCAGAA---CAGCA---GG---GGG-CCATGCGCCGCCCCGGGG---AGCATAATCCCCTGCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAAAACATACATGTATTATAAT-ACC-AATTGCCA-TCT-G-GGGC-TA----G----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---AT-T----GCGA--------TCAGGATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAGA---AAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGCCGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--AAAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10 : tcaaA-TTT-G-GG-T-TA----G----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------AT-T----GC----------A----ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAAAAA---C---------AGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--GAAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11 : CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATCT----G----------------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--AAAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12 : -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---AT-C----AT----------G----ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAAC--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13 : ATACTTGCCAACATTTCTGA---G---TGACCAAGCCGAA---CAGCA---GG---GGGTC-AGG---------GGGTGGGTGCAT--TCCCCTGTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAAAATA--------------T-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14 : cATACTTGCCAACATTATTGA---G---TGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------A-C-CTG---------GGCA---TGCACCCTCCCCAACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--AAGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-TA----G----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15 : caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGGAAAATAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--GAAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAAAA----C---------AGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--AAAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17 : atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTA---G---TGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGT-C-A-G---------GAGT-------TC-TT----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA---A----------A-AAT-ACC-AACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18 : agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAGA--------------TGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--GAAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19 : ----AAGAGAAAAAC---------AAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2 : ---CAA---ATCAGAA---CAGCA---GG----------AG---------GTGC----GCCCC-TCCCCCACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAAAACA----------A-AATAACC-CATTGCCA-ATT-G-GG-TGTG----GTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---AT-T----GT----------T----GATGTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAAAACAGAC------------CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G--AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21 : ga---------AAATGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTGAAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22 : aagagtaaAACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--GAAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23 : aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TC-T----GT----------C----AACCTCTCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCAT-T----GT----------G----ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25 : TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG--------AAAAAGC---------GGAC--AT--GGAACAA-T
gi|26 : aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGA---GTGACGA---AACGGAA---CAGCA---GGT--GGT-T-AGG---------GGTT---TGCATC--CCCCTACTGCCGA----TTTT
gi|27 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28 : gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--GAAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3 : ATACTAGCCATCATTTTTGA-------TGA---AGCGGAA---CAACA---GGT--GGT-C-ATG---------GGGT---TGCATC-TCCCCTACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAAAACA----------A-AAT-ACC-AATTGCCAATTT-T-GG-T-TG----G----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----AC----------T----ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAT---------AAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--AATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4 : ATACTTGCCAACATTTCTGA---A---TGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGC-C-AGG---------GTGT---TGCATC-----CCAC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCAAACA----------A-AAA-ACC-AATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-TTTCTGCGTTT------T----AATTTATAT---A----TTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA----------------AAAAAA----------AAACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--GAAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACATTTTTGATTGA---CAA---AGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGG-C-AAG---------GGGA---TACATC-CCTCCC---------------TCC--CCTAA---ATGTC----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-TT----G----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GT-T----CCATTCTAAGAGT----ATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG----A-------------------AAACGGATGCAGAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--GAAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6 : c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---AT-C----GC----------G----ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAAA-----C------------CGGACGTGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--GAAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7 : TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---AT-T----G
gi|7 : CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGA---G---TGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGA-C-CTG---------GGGCA--TGCACCCTCCCCCAACAAA-AA---TCTTTT-----TA---ATTTCCGCCAG--CA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-TA----G----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaaccCC-AATTGCCT-TTT-G-GGGT-TA----G----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---AT-T----GT----------G----ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACAAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 44444444444444 111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222 111111111 222222222222222222222222 11111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 333333333333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 66 5 777 4444444444444444444444444 777 888 4 00 00000000000000 0 3 222222 777 6 0 11111111111111111 6666 7777777 33333333333333 5 666 44 0 2 0000000000 44 33 222222222 2 2 555 777777777777777777777777 1 555 6 55555555555555555 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222 2 666 33 2 00 0 222222222222222222222222222222222222222222 1 2 4 444 2 66666 2 2 33 33 99999999 2 2 2 3 2 33333
lowQualScore : .. . ... ......................... ... ... . .. .............. . . ...... ... . . ................. .... ....... .............. . ... .. . . .......... .. .. ......... . . ... ........................ . ... . ................. .. ................................................. . ... .. . .. . .......................................... . . . ... . ..... . . .. .. ........ . . . . . .....
lowQualScore : 11 0 000 3333333333333333333333333 000 444 0 33 77777777777777 5 7 666666 888 4 1 00000000000000000 8888 7777777 55555555555555 6 666 66 1 7 9999999999 55 77 999999999 5 5 444 888888888888888888888888 0 888 2 33333333333333333 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999 9 222 99 0 55 1 777777777777777777777777777777777777777777 1 4 7 111 4 00000 4 4 22 00 11111111 5 5 5 8 5 88888
consensus : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------GGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 ) : ATACTTGCCAACATTTCTGAGCGACCAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAC---------AGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1 : ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAGA---AAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGCCGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10 : tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAAAAA---C---------AGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11 : CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AGAAAAAAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12 : -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAGAAAAAAC---------TGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13 : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14 : cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15 : caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGGAAAATAC---------TGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAAAA----C---------AGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17 : atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18 : agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAA--------------GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19 : ----AAGAGAAAAAC---------AAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2 : GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG--------GAAAAAC---------AGACCC--C-AGAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21 : AA--G---AG----TAAAAA-----------------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22 : AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23 : aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25 : TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG--------AAAAAGC---------GGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26 : aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28 : gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3 : ATACTAGCCATCATTTTTGA-TGA---AGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAAAAAAAAT---------AAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4 : ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AAAAAAAA------------ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG----------AAAAC---------GGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6 : c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAAAC----C---------GGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7 : TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7 : CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACAAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 44444444444444 111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222 111111111 222222222222222222222222 11111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 0 3 777 4444444444444444444444444 777 888 4 00 00000000000000 0 3 222222 777 6 0 11111111111111111 6666 7777777 33333333333333 5 666 44 0 2 0000000000 44 33 222222222 2 2 555 777777777777777777777777 1 555 6 55555555555555555 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222 2 666 33 2 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 444 2 66666 2 2 33 33 99999999 2 2 2 3 2 33333
lowQualScore : . . ... ......................... ... ... . .. .............. . . ...... ... . . ................. .... ....... .............. . ... .. . . .......... .. .. ......... . . ... ........................ . ... . ................. .. ................................................. . ... .. . .. . ................................................. . . ... . ..... . . .. .. ........ . . . . . .....
lowQualScore : 1 2 000 3333333333333333333333333 000 444 0 33 77777777777777 5 7 666666 888 4 1 00000000000000000 8888 7777777 55555555555555 6 666 66 1 7 9999999999 55 77 999999999 5 5 444 888888888888888888888888 0 888 2 33333333333333333 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999 9 222 99 0 55 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222 4 7 111 4 00000 4 4 22 00 11111111 5 5 5 8 5 88888
consensus : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 ) : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1 : ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAG----AAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGC----CGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10 : tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAA--------------AAA---CAGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11 : CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AG--------------AAAAAACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12 : -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAG--------------AAAAAACTGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13 : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14 : cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15 : caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGG--------------AAAATACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAA--------------AA----CAGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17 : atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18 : agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAA-----GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19 : ----AAGA--------------GAAAAACAAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2 : GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAA--------------AACAGAC---CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21 : AA--G---AG----TAAA--------------AA--------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22 : AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23 : aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25 : TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG----------------------AAAAAGCGGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26 : aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28 : gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3 : ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAATAAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4 : ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AA--------------AAAAAA---ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG------------------------AAAACGGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6 : c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAA--------------AC----CGGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7 : TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7 : CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACA--------------At
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 44444444444444 111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222 111111111 222222222222222222222222 11111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 0 3 777 4444444444444444444444444 777 888 4 00 00000000000000 0 3 222222 777 6 0 11111111111111111 6666 7777777 33333333333333 5 666 44 0 2 0000000000 44 33 222222222 2 2 555 777777777777777777777777 1 555 6 55555555555555555 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222 2 666 33 2 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 444 2 66666 2 2 33 33 99999999 2 2 2 3 2 33333
lowQualScore : . . ... ......................... ... ... . .. .............. . . ...... ... . . ................. .... ....... .............. . ... .. . . .......... .. .. ......... . . ... ........................ . ... . ................. .. ................................................. . ... .. . .. . ................................................. . . ... . ..... . . .. .. ........ . . . . . .....
lowQualScore : 1 2 000 3333333333333333333333333 000 444 0 33 77777777777777 5 7 666666 888 4 1 00000000000000000 8888 7777777 55555555555555 6 666 66 1 7 9999999999 55 77 999999999 5 5 444 888888888888888888888888 0 888 2 33333333333333333 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999 9 222 99 0 55 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222 4 7 111 4 00000 4 4 22 00 11111111 5 5 5 8 5 88888
consensus : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 ) : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1 : ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGGCCATGCGCCGCCCCG---GG-GAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATAAA-GAGTTTTAA-AGAA--AATTG-TAAA--GTCTAG----AAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACGGATGC----CGATCAA-TTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--A-AAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10 : tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-TA-------------AAAATCAC-GTGTCATAT-TGAA--AAAGGGTAAA--G---AG----AAAA--------------AAA---CAGACATA-----AACAA-TGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--G-AAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11 : CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-CC-------------AAATTCAAAGCATCTTAT-T-----------------------------AG--------------AAAAAACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--A-AAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12 : -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-T------------------------CGTTTTATATAAAGCAAAT--TCAA--G---CATCTTATAG--------------AAAAAACTGA--CAT--GGAACAA-TCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAA-C--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13 : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAA---CAGCAG--GG---GGTC-AGG---------GGGTGG-GTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTC--TTCAA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14 : cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---G------AC-CTG---------G---GC-ATGCA-CCCTCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGT--T--TA---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15 : caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-TC-------------AAAGTCAA-GCATCTTAT-GGAA--AAGT-------------------AGG--------------AAAATACTGAC--ATG-G-AACAA-TCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--G-AAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-AAGTCTTCA-GGAA--AATTG-TATA--G---AG----AAAA--------------AA----CAGATGC----GAAATAAATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--A-AAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17 : atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAA---CAGCA---TG---GGTC-A-G---------G---AG-T-----TC-TT-----------------TCTTTC--ATAAA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18 : agcaggaccG-------------AAAATCAA-ACATCTTAA-GGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAA-----GATGCATA-ACAA-AA-T-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19 : ----AAGA--------------GAAAAACAAATGCA----GAACAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2 : GACAAATCAGAA---CAGCA---GG---------AG---------G---TG-C-GCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCC--GCCGATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATTGATTTATATAATTTAAAACAAA-GTGTCTTG--TGAA--AAAT--TGAATTG---AG----GAAA--------------AACAGAC---CCCA----GAACAA-TTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G---AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21 : AA--G---AG----TAAA--------------AA--------TGCATGTGGAACAA-TTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTG-AAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22 : AACGA-TCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--G-AAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23 : aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TC-------------AAatgctt
gi|24 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25 : TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCACCTTAT-TGAA--AATTATTTAA--G---GG----------------------AAAAAGCGGA--CAT--GGAACAA-T
gi|26 : aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAA---CAGCA---GGT--GGTT-AGG---------G---GT-TTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28 : gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--G-AAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3 : ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAA---CAACA---GGT--GGTC-ATG---------G---GG-TTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCC--CCCCA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCGA-GCGTCTTAT-TGAA--AAATG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAATAAATGAATG-GGAACAA-TTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--A-ATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4 : ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAG-A---GAAT-GGCC-AGG---------G---TG-TTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCC--TCCCA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-TA-------------AAAATCAA-GTGTCTTAT-TAAA--AATTG-TAAA--------------AA--------------AAAAAA---ACGCATGCGGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--G-AAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAA---CAGCATAGGGTCAGGGC-AAG---------G---GG-ATACA-TC-CCTCCC----------------TCC--CCTAA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTTG-------------AAAATCAA-GTGTCGTAT-GTAA--AATGG-TGAA--A---AG------------------------AAAACGGATGCA----GAACCA-TTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--G-AAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6 : c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-TACATTTATTTACC-GATATCAA-GCATCTTAT-TGAA--AATTA-TAAA--G---AG----AAAA--------------AC----CGGACGT----GGAACAA-TTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--G-AAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7 : TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7 : CAA-CTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--G-AAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAA---CAGAA---GA---GGAC-CTG---------G---GGCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTT-----TTTA---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-TG-------------AAAATCAA-GTGTCTTAA-GGAA--AATTG-TAAA--G---AG----AACA--------------At
blockSeqs : C TTT TAGGGTCAGGGCAAG GGT CAT C CT TGTCACTAATTT T TTCA TCA G CAAAAA TAT TTTGG TGTGGTGTT A TAT CT C GTCCAAG GT TA TACTTTAAA T A ATC CCATTCTAAGAGT A TGG T CCGTGATTG AA TGGTCGTTTAATATAAAGCC A TAT GC A GG GCATCTTATAGAAAAAACTGACATGG A G TGG A TGG A A CC CC CCAGGTTT A C A C G CAC
blockSeqs : C . GAATGGCCAGG . GT . T TACTGCCGA G ATAA . T AGCAA TAA ATTTT TTACTAAG A C . . GAAGA T . A . . . TTCTGCG G . A C . AATTAATTTATATTAGGTG . TT . A AT GAGAAAAAAAAAATAAATGAATGGG . C . . GCT . . . A . . . . C . GGG
blockSeqs : C . GGGGGTCAGG . AT . T TACCGCCGA T GCCG . T AACAA TA ATTTG GTTAG A A . . TATT T . A . . . GTTG G . . C . AATTGATTTATATAATTT . TT . G G TTGAGGAAAAACAGACCCCAG . C . . T . . . C . . . . A . CAG
blockSeqs : A . GGTGGTTAGG . TT . T CAACAAAAA C CCCC . T AACAA TA TTTGA TTAG A C . . TATT T . A . . . GTCA G . . T . AATACATTTATTTACC . TG . T G GAGAAAAAAAGATGCATAAC . C . . G . . . G . . . . C . TGG
blockSeqs : G . GGTGGTCATG . TT . T AACAAAAA C TCCC . C AACAA AA TTTG TTAG A C . . A G . A . . . GCA G . . C . GATCTATACGAGTTG . AG . A G GAGAAAAAAACAGACATA . T . . C . . . A . . . . T . TGA
blockSeqs : G . GAGGACCTG . TT . C CACCACCA C CCTA . G AAT TA ATTG TTGG G C . . A A . A . . . ATG T . . C . ATATAAATA . AG . A G AGGAAAATACTGACATGG . T . . G . . . T . . . . T . CGA
blockSeqs : G . TGGGTCAG . AT . T CAC C TTT . C AA . TTTG TTTG . T . . T A . T . . . GTG A . . T . AATC . TT . T G GAGAAAAAACAGATGCGA . T . . A . . . A . . . . T . CTG
blockSeqs : A . GACCTG . T . . C . TT . . . . G TTAG . C . . G G . T . . . ACT G . . T . AGTG . TT . A A GAGTAAAAATGCATGTGG . T . . A . . . A . . . . T . CGA
blockSeqs : C . GGAG . C . . . . GT . . . . G G . T . . . GCG T . . C . AATC . TT . T G GGGAAAAAGCGGACATGG . C . . G . . . A . . . . C . CA
blockSeqs : . . . . . . G A . T . . . GTG G . . T . GGTG . TG . T . AAAAAAAAACGCATGCGG . T . . G . . . A . . . . T . CG
blockSeqs : . . G G . T . . . TG . . . C . AGTG . TT . T . GAGAAAAACCGGACGTGG . T . . A . . . A . . . . C . GG
blockSeqs : . G A . T . . . . C . AGTA . AG . T . AGAAAAAACTGACATGG . T . . A . . . A . . . . C . TG
blockSeqs : . G T . A . . C GGT . T . . . AAGAAAACGGATGCAG . T . . A . . . A . . . . T . CG
blockSeqs : . G A . T . . . T . . G . . . A . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . G . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . A
blockSeqCons : GGGGGTCANG*************** T* NCCA** AACAA************ TTTG*** TTAG********** GCG********************* C**************** GAGAAAAAACGGACGCGG******************************* A*
originalCons : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCA---GG---GGNC-ANG---------G---GG-NTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCC--CCCNA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAA--G---AG----AAAA--------------AAAAAACGGACGCATG-GGAACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
finalCons : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAA---CAGCAGGGGGTCANG---------------G---GG-NTGCA-TCT-CCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCCA--A---ATTTCCGCCAAAACAA------------AAT-A-CCAATTGCCATTTG---GGTTAG----------AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTGCG---------------------ATCTTGTCT---GCGC-TTTAC----------------AT--T----------------A---------------G-TG-------------AAAATCAA-GCGTCTTAT-TGAA--AANTG-TAAAGAGAAAAAACGGACGCGG-------------------------------AACAA-TCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--G-AAAAAA-C--GGGTA-AAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 44444444444444 111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222 111111111 222222222222222222222222 11111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222222222222222 11111
lowQualScore : 0 3 8888 6 555555555555555 1 8 66 00000000000000 0 666666 777 6 0 11111111111111111 6666 7777777 33333333333333 5 666 44 0 2 0000000000 44 33 222222222 2 2 555 777777777777777777777777 1 555 6 55555555555555555 44 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 66 9999 0 33 444 2 000000000000000000000000000 0 2 0 55 4 444 2 66666 5555 33 99999999 2 2 2 3 2 33333
lowQualScore : . . .... . ............... . . .. .............. . ...... ... . . ................. .... ....... .............. . ... .. . . .......... .. .. ......... . . ... ........................ . ... . ................. .. .............................................................. . . .. .... . .. ... . ........................... . . . .. . ... . ..... .... .. ........ . . . . . .....
lowQualScore : 1 2 6666 3 555555555555555 0 0 33 77777777777777 5 000000 888 4 1 00000000000000000 8888 7777777 55555555555555 6 666 66 1 7 9999999999 55 77 999999999 5 5 444 888888888888888888888888 0 888 2 33333333333333333 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 9 99 6666 1 44 444 5 000000000000000000000000000 3 7 8 66 7 111 4 00000 2222 00 11111111 5 5 5 8 5 88888
consensus : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGTCAGG---------G-----GGNTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCC--AA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCGTCTTATNGAAAATTG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAACGGA-CGCGGAAC--AATCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
Reference ( family-150 ) : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGTCANG---------G-----GGNTGCA-TC-TCCCCC-ACCGCC-A----TCTTCCNCC--AA---ATTTCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAAGAC--CTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCCG-TG--ATCCGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-C------G----------ATCTTGTCT---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCGTCTTATTGAAAANTG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAACGGA-CGCGGAAC--AATCGGACCCGAAT---TCGGAA-TGC--G--GAAAAAA-C--GGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|1 : ACTTGCCAACATTTCTAAGTGACGAAGCAGAACAGCAGGG---GGCCATGCGCCGCCCCG-----GGGAGCA-TAATCCCCT-GCTGCCCA----TTTTTTGTCTCAA---ATTTCCATCAA-AACATACATGTATTATAAT-A-CCAATTGCCA-TCT-G-GGGC-T----AG----AATAACAC--CTA--AAACCTTTAAA-TTTGATG---A------AAGATTTGCAG-CG--ATCCACCATTTTT--------AA-A-CATGTTGTA---ATT----G-CGATCAGG----------ATCTTGTCT---GCAC-TTTACATTAATCC--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-AAA-GAGTTTTAAAGAAAATTG-TAAA--GTCTAG-AAAAAAAAAAACAAAAAAAAA--------AAACGGA-TGCCGATC--AATTGAACTCAAAT---TTGGAA-CAC--A--AAAAAAT-C--AGGT-------------------A-AC-AATTCCGCGAAA-TC-CAG-AACTGTTGGCAAGTA
gi|10 : tcaaA-TTT-G-GG-T-T----AG----AATAGTAC--ATA--AA---------------TA---A------AAGATTTCGCT-TG--AACAGCCGTTTTA--------AATA-CATGTT------ATT----G-C------A----------ATCTCATCT---GTGC-ATTA--------CCGTGATTGAT--T----------------ATATAA----------A-T-------------A-------------AAAAT-CAC-GTGTCATATTGAAAAAGGGTAAA--G---AGAAA------------------A--------AAACAGA-CAT-AAAC--AATGGAACCTGAAT---TTGGAA-CAC--T--GAAAATA-C--GGGT-AAAA
gi|11 : CGCCATTTTA--------AA-AACATGCTGTA---ATC------T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--TTGGTCGTTTAATATAAA---------------G-C-------------C-------------AAATT-CAAAGCATCTTATT-------------------AG-AA------------------A--------AAACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCCACATTGGTGGGAA-TGTTGG--AAAAAAA-C--GGTTCCAAAC--------TC-GTA-AG-AATT-CACGAAA-TT-C-A-CATGG-TGGTAAAT
gi|12 : -TG--ATCCGCCATTTT---------AA-A-CATGCTGTA---ATC----A-T------G----------ATCCTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------G---------------G-TCGTTTTATATAAAG-------------CAAATTCAA-GCATCTTAT--------------------AG-AA------------------A--------AAACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCCACAT---TGGGGA-TGT--G--GAAAAAAAC--GGTT-CAAAC--------TC-GTA-AG-AATTCCACGAAA-TT-C-ACAATGGTTGGTAATTAta
gi|13 : ATACTTGCCAACATTTCTGAGTGACCAAGCCGAACAGCAGGG---GGTCAGG---------GGGT--GGGTGCA-T--TCCCCT-GTCACT-AATTTTTTTTCTTC--AA---ATTTCGGCTAA-AAT--------------AT-ATCTAACTGT---------GG-T-TACTAAG----AGTAAGAA--CCA--AAGCCTTCAAA-TTTCATA---A------AAGGGTTGCCT-TG--ATCCACCATTTTA--------AA-A-t
gi|14 : cATACTTGCCAACATTATTGAGTGACCAAGCAGAACAGAAGA-------CCTG---------G-----GCATGCACCC-TCCCCA-ACAAAA-A----TCTTGTTT----A---ATTTCTGC--A-AGCA----------A-AA------AAATACCA-TTTGG-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--CAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TG--AACT-CCATTCTA--------AA-A-
gi|15 : caCGA-TTTA--------T--------AG--A----------------A---------------A-T-------------C-------------AAAGT-CAA-GCATCTTATGGAAAAGT-----A--G----G-AA------------------A--------ATACTGA-CATGGAAC--AATCAGACCTCGAT---TTGGAA-CAC--C--GAAAAAA-C--GGGT-GAAAC--------TC-GGA-AC-AATTATGAGAAA-TCGG-G-AATGGTTGGCAAGtgt
gi|16 : ttgtaatcttaactgctcgattctacattcat----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-AAGTCTTCAGGAAAATTG-TATA--G---AG-AA------------------A--------AAACAGA-TGCGAAATA-AATTGGACCCGTAT---TCTGAA-TGC--G--AAAAAAA-C--TGGT-AAAAC--------TCAGGA-AC-AAT--CA-GAAA-T---------GGTTGACAAGTA
gi|17 : atttatatattttaaaATAATTGCCAACAATTCTTAGTGATCAAGCAGAACAGCA-TG---GGTCA-G---------G-----AGT-----TC-TT-----------------TCTTTCATA--AA---ATTTCTTCCAA----A----------A-AAT-A-CCAACT-------------------------------AGAC--CTC--AAATCTTCAGA-TTTAAAA---T------AAGATTTGCTG-T
gi|18 : agcaggacc-------------G-------------AAAAT-CAA-ACATCTTAAGGAAAAATG-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AAA-AGA-TGCATAACAAAAT-GGACCTGAAT---TTGGAA-TAC--A--GAAAAAC-C--AGGT-TAAAT--------TC-GGA-GC-AATTCCGCCGAA-TC-CAG-AACGGTTGGCAA
gi|19 : AA--G---AG-AA------------------A--------AA-CAAA-TGCAGAAC--AACTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAA---------AAAACCCAGGTTTTC-CGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-G-AAa
gi|2 : GACAAATCAGAACAGCAGGA---GGT---------------------GCGCC-CC-TCCCCC-ACCACC-A----CCATCCGCC--GATCAATTCTTACCAA-AACA----------A-AATAA-CCCATTGCCA-ATT-G-GG-TGT----GGTGTTTATAGAA-----A--AGATCTTTAAACTTTAATA---GAAGA--AAGAATTGCCGTTG--ATCTGTCATCTTTACTTTAAAAA-A-CATGCTGTA---ATT----GTT------G----------AT-GTGTCTTGGGCGCTTTTA--------C--------AT--T----------------A---------------ATT-------------GATTTATATAATTTAAAAC-AAA-GTGTCTTG-TGAAAAAT--TGAATTG---AG-GA------------------A--------AAACAGACCCCAGAAC--AATTATACCCAAAT---TCAAAA-TGC--G--G--AAAA-C--GATT-AATAA--------TC-GGA-AC-AATTCTGTGAAAGTC-G-G-AACGGTTGGCAAGTAacagtggaaa
gi|21 : AA--G---AG-TA------------------A--------AAATGCA-TGTGGAAC--AATTGGATCTGAAT---TC--AA-TAC--GCTGAAAAAA-A--GGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCTGTGAGA-TC-TGG-AACAGTTGGt
gi|22 : AAC--GATCAGATCTGAAT---TCAGAAATGC--G--GAAAAAAAT--GGGT-AAAAC--------TT-GGA-AC-AATTCCATGGGA-TC-T-G-GA
gi|23 : aaaacatcatcaaaaCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATATGCCA-TG--ATCCGCCCTTATA--------AA-A-CATGCTGTT---TCT----GTC------A----------ACCTC-TCT---ACGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-T-------------C-------------AAatgctt
gi|24 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATAAACCA-TG--GTATGCTATATTT--------AA-A-CATGATGTAATCATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GCGA-TTTA--------T--------Atttat
gi|25 : TTA--------T--------AT--T----------------G---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GCACCTTATTGAAAATTATTTAA--G---GG-AA------------------A--------AAGCGGA-CATGGAAC--AAT
gi|26 : aacattaattgaTACTTGCCAACATTTCTGAGTGACGAAACGGAACAGCAGGT---GGTTAGG---------G-----GTTTGCA-TC--CCCCT-ACTGCCGA----TTTT
gi|27 : CCTCAAA-TTTAATA---G------AAGATt
gi|28 : gggggggggtttgcatccccctgccactgatttttttctGACCTGAAT---TCAGAA-TGC--A--GAAAAAA-T--GGGT-AAAAG--------TT-GAA-AC-AATTGTGCAAGA-TC-T-GAAATGCTTGGaaaccatggtatgct
gi|3 : ATACTAGCCATCATTTTTGA----TGAAGCGGAACAACAGGT---GGTCATG---------G-----GGTTGCA-TC-TCCCCT-ACCGCCGA----TTTTCCCCC--CA---ATATCCGCCAA-AACA----------A-AAT-A-CCAATTGCCAATTT-T-GG-T-T----GG----AATAAGAC--CTA--AAACCCTCAAT-TCTAATA---G------AGGATTTGCTG-TG--ATCCGCCATTTGT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----A-C------T----------ATCTTTTCT---ATGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------G-T-------------G-------------AAAAT-CGA-GCGTCTTATTGAAAAATG-TAAA--G---AG-AA------------------AAAAAAAATAAATGAA-TG-GGAAC--AATTGGATCCGAAT---TGGAAA-TAC--A--AATAAAA-C--CGGT-AAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCCGTGAAA-TC-C-G-GACGGTTGGCAAGTAt
gi|4 : ATACTTGCCAACATTTCTGAATGATGAAGCAAAATTTCAGAGAATGGCCAGG---------G-----TGTTGCA-TC-----CC-AC----------TTTTCCTCC--CA----TTTCGGCCCA-AACA----------A-AAA-A-CCAATTGCCAATTT-G-GG-G-T--------------------TTA--AAATCTCAAAA-TCTAATA---GTCCAAGAAGACTTGCTG-TG--ATCCGCTATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---ATTTTCTG-C------G----------TTTTAATTT---ATATATTTA--------T--------ATAAT----------------A---------------G-T-------------A-------------AAAAT-CAA-GTGTCTTATTAAAAATTG-TAAA--A---AA-AA------------------A--------AAACGCA-TGCGGAAC--AATTGGACCCGAAT---TCT----TGC--A--GAAGAAA-C--AGGT-AAAAT--------TC-AGA-AC-AATTCCGCGAAA-TC-C-GAAACGGTTGGCAAGTA
gi|5 : cATACTTGCCAACATTTTTGATTGACAAAGCAGAACAGCATAG---GGTCAGG---------GCAAGGGGATACA-TC-CCTCCC----------------TCCCCT--AA---ATGTC-----------------------------------GCCA-TTT-GAGG-T-T----TG----AATATG-T--TTACTAAGC------A-TTTGACA---G------AAGATTTGCCA-TGTAATCTGCCATTTCT--------AA-A-CATGCTGTA---GTT----C-C------ATTCTAAGAGTATCTTGTCT---GCTC-TTTA--------C--------AT--TGATCTATACG------A---------------GTT-------------G-------------AAAAT-CAA-GTGTCGTATGTAAAATGG-TGAA--A---AG---------------------A--------AAACGGA-TGCAGAAC--CATTGGACCC-AAT---TCGAAA-CAT--G--GAAAAAA-T--GGTT-AAAAC--------T--GGACACAAATTCCACGAAA-TC-CTG-AACAGTCGACAA
gi|6 : c--CTA--AAACCTTCAAA-TCTAATG---G------AGGATTTCCCG-TG--AACCGCCATTTTT--------AA-A-TATGATGTA---ATC----G-C------G----------ATCTTTTCA---GCGC-TTTA--------C--------AT--T----------------A---------------A-T-------------ACATTTATTTACC-GATAT-CAA-GCATCTTATTGAAAATTA-TAAA--G---AG-AA------------------A--------AACCGGA-CGTGGAAC--AATTGGACCCGAAT---TCGGAA-TGT--G--GAAAAAA-C--GGAT-TAAAC--------TC-GGA-AC-AATTCGG---------C-G-AACGGTTGGCAAGTA
gi|7 : TTGCCA-TG--ATCTGCCATTTTT--------AA-A-CATGCTGGA---ATT----G-
gi|7 : C--AACTGGAACTGAAT---TCGGAA-TAC--A--GAAAAAC-CCCAGGT-AAAAC--------TC-AGA-AC-AATTCCATGAAA-TC-C-GAAACAGTTGAAAAGTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactggaactgaattcggaatacagaaaaaccccaggtaaaactcagaacaattccatgaaatccgaaacagttgaaaagtatg
gi|8 : ttgccatgatctgccatttttaaacatgctggaattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACTTGCCAACATTTTTGAGTGACCAAGCAGAACAGAAGAG---GACCTGG---------G-----GCATGCACCC-TCCCCCAACAAAA-A----TCTTTTT-----A---ATTTCCGCCAGCAAAA----------A-AAT-A-CCATTTG--------G-GG-T-T----AG----AAT-AGAC--CTA--AAGCCTTCAAA-ATTAATATATT------AAGATTTGCCT-TA--AACC-CCATTTTA--------AA-A-tg
gi|9 : aaatctcagaaacagatgatgatgttgacagtaacc-CCAATTGCCT-TTT-G-GGGT-T----AG----AATGAGATATCTA--AAACCTTCAAA-TTTAATA---G------AAGATTTGCTA-TG--TTTTGCCATTGTT--------AA-A-CATGCTGTA---ATT----G-T------G----------ATCTTGTCT---GTGC-TTTA--------C--------AT--T----------------AATTAATTTATATTAGG-T-------------G-------------AAAAT-CAA-GTGTCTTAAGGAAAATTG-TAAA--G---AG-AA------------------C--------AAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATCACATTTTTTTGTTTTAAATTTAAAAACATGACAAAATCTACTTCATAAACATGATTAAACTATCCATACTGAAAACTTATATTGAATGTACCATCAT
Unaligned ( gi|29 ): AATCCATTTCTCTTCCTACAATAAAACAAAAAA