lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11 333333 111 333333 44444 111 33 22 11 0000000000000000000000000000000000000 222222 11 2 11 222222 2222222222222222222222 1111111111111111 22222 22222222 11111 2 11
lowQualScore : 77 2 4 3 4 3 88 4 888888 777 222222 22222 777 2 66 8 66 6 6 3 99 88 1111111111111111111111111111111111111 000000 55 6 6 66 22 444444 4 3 7777777777777777777777 7 4 0 9999999999999999 4 4 4 88 777 4 77 3 3 3 3 3 88888 777 8888 3 88 3 3 6 555 3 3 22222222 2 2 888888 33 11111 8 2 9999999 11 33
lowQualScore : .. . . . . . .. . ...... ... ...... ..... ... . .. . .. . . . .. .. ..................................... ...... .. . . .. .. ...... . . ...................... . . . ................ . . . .. ... . .. . . . . . ..... ... .... . .. . . . ... . . ........ . . ...... .. ..... . . ....... .. ..
lowQualScore : 55 5 0 0 0 0 00 0 333333 777 777777 55555 555 5 55 0 77 7 7 5 22 88 0000000000000000000000000000000000000 000000 88 7 0 44 77 888888 0 6 8888888888888888888888 3 0 8 4444444444444444 0 0 0 99 000 0 99 1 1 3 6 6 11111 000 7777 3 88 3 3 2 111 1 1 88888888 5 6 222222 99 88888 8 9 3333333 22 99
consensus : AGTAAGTGTTGCTATCGACAGANANATCNTNTANATACTATGTANACT------ATTAT-T-AATA---T--ATTTAAGA---CAGAA---ATGCGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACC----------------AA-------------------CATATCG----TG--TTTT-ATATTC-ACT-ATACTATT-TAC-AAGCTATAATGGTA-TT-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTA--TGTTACG-A-AT-AAC-TATG-TTTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATGTAA------AAA--C----GTTAAACCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Reference ( gi|2 ) : AGTAAGTGTTGC--TCGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---T--ATTTAA-----CAGAA---ATGCGTATATATCAAGCT-GAC-GGTT-A-TCTT--CAAAATTTACC----------------AA-------------------CATATCA----TG--TTTT-ATATTCCACC-ATACTATT-TAC-AGCTTATAATGGTA-TT-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTA--TTTTACG-A-GT-AAC-TATG-TTTATATGTC--TG-T-TA-------ATTTATACTATGTAA------AAA--C----GTTAAACCTCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-GATAA--ACAATACAATAC
gi|3 : AGTAAGTGTTGC--TCGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-TTAATA---T--ATTTAA-----CAGAA---ATGCGTATATA-CAAGCTTGACAGGTT-ACTCTT--CAAAATTTACC----------------AA-------------------CATATCA----TG--TTTT-ATATTCCACC-ATACTTAT-TAC-AAGCTATAATGGTA-TT-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CA-CTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-ATTGTAA-TG--T--ATTT---ATTTA--TTTTACG-A-GT-AAC-TATGTTTTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATGTAA------AAA--C-----TTAAACCTCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GTCGATAA--ACAATACAA
gi|1 : GTAAGTGTTGTTATCAACAGACAAATCGTTTAGAT--TATGTAAATTGGGGAAACTGT-T-TATA---TAAATTCAAGATATAAGAACAGATG-GCATATATAATGCT-GA--GGTTCA-TCCT--CAAATTTTACCAATTACAATAAAATATAA-------------------CATATTG----TGT-TTTT-ATA-TCTATCGATACTATG-CAC-AAGCTAT-AT-GTA--T-CTGT-----------AC---------AAGCAAA-CAGCTATA-------T------A-G-C-AATC-GTGCTTTC-CA--TTTACTTTAC-C-AC-ATTACAATTGT-A-TG--T--ATTTTTCAGTTA--TGTTATG-A-TA-AAC-TATGTTTTATATGT---TA-T-TA---------TTAC-TTATGTTA------ATAGCC----GTT-AACC------------TAG-TTCTTG-------GT-A--AA--ACAAT
gi|5 : ------ATTATAT-AATAATCT--ATATAAGAA--CAGAA---ATACATATATA--AAGCT-GA---GTT-A-TCCT--CAA--TTCACC----------------AAATATAA-------------CATATTG----TG--TTTTTATATTC-ACT-ATACTATTGTGCGAACTCA--ATGTTAATC-TTGT-----------ATAAAAAAAAAAAA-AAG-CAGCTA---------T------A-C-G-AATC-GTG---CC-CA--TTTACCTTACTCT----TTGC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTA--TGCTATG-A-AT-AAC-TATG-TTT-TAT-----TG-T-TT-------GTTTAT-TTATGT-A------AAA--C----CTTAAACAT-ATGGA-----------CTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATACtatca
gi|4 : AA-----CAGAA---ATGCATATAAA--AAGCT-GA--GGTT-A-TCCTGCCAAAATATA-------------------A-------------------CATATTG----TG--TTTT-ACATTC-ATT-ATAATATG-TAC-AA---ACAATGGTA-TC-TTGT-----------A----------AAATAAATCAGCTA---------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTGC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---GATTA--
gi|9 : a-GAC-G-TT-A-TCCT--CAAA-TTTACC----------------AATTGCAAAGTATACGTATAACATACTG----TA--TTTT-ATATTC-ACT-ATACTATG-TAC-AAGCTATAATGGTA-TC-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CAGC--GA-------T------A-T-G-AATC--TG---TC-CA--TTGACCTTAC-CTAC-ATTAccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgttacggaataacaatgtttatatgtctgtttatttgtctatttatactatgtaaaaacgttaaacctatgaactgtatagttcttggtaataaacaatacaatt
gi|6 : -GGTT-A-TCCT--CAA--TTCACC----------------AA-------------------AATATAACTATTGCTTTTT-ATATTC-ACT-ATACTATTGTGCGAAC--ACAA-GTTA-TTCTTGTTTGTATAAAAAA----------AAA-AAA-AAGC-GCC-------T------A-TAG-AATC-GTG---CCACAC-TTTACCTTA--CTACTTTTGC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---ATGTA------ATG-A-ATAAAC-TATG-TTTATATGTA--TG-T-T-------------TATTATGTAA------AAA--C----CTTAAACAT-ATG-ACT----------TTG-------GT-AATAACTACAATACAA
gi|21 : a-ATACTATT-TAC-AAGCTATAATGGTA-TT-TTGT-----------A----------AAG-AA
gi|18 : -AGCT-ATAATGGTA-CT-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CAGCTACAATGTACAT------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-AT
gi|7 : TANGATGGTA-TT-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CAGCTACA-------TGTACATA-T-G-ACTC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---ATTTA--TGTTACG-A-AT-GAC-TATG-TTTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACT-----A------AAA--C----GTTAAACCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAAT
gi|19 : tacattcatgtgaacctgtagaaATAATGGTA-TC-TTGT-----------A----------AAG-AAA-CATATATA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTAC-ATTAT-ATTGT-A-TG-T
gi|17 : -TTGT-----------A----------AAT-AAA-CATCTGCA-------T------ACT-ACAATCCATG----C-CACTTTTACCTTAC-CTAC-ATTAC-ATTGT-ACTGTTT--ATTT---ATCTA--TGTTACa
gi|10 : A--TTTACTTTAC-CTAC-ATTAC-AGTGT-A-TA-T---ATTT---ATCTA--TGTTACG-A-AT-AAC-TATG-TTTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATGTAA------AAA--C----GTTAAACCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATGC
gi|8 : t--TTTACCATAC-CTGC-ATTGC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTA--TTATATG-A-AT-AGCCTATG-TTTATATGTC--TG-T-TT-------ATCTATACTATGTAAAACGTTAAA--CAGTTGTTAAACCT-ATGGGCTGTATAGTTTCTTGGTACGATGT-AATAA--ACAATACAAT
gi|11 : AC-CTAC-ATTGC-ATTTT-A-CA-TTGTATGT---ATTTAAGTTTT--G-A-AT-TAC-TATG-TTTATATGTA--TG-T-TT-------ATTTATTTCATGTAA------AAA--C----GTTAAACCT-ATGAACTGTAT
gi|16 : atcgcTTA--TGTTACG-A-AT-AAC-TATG-TTTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATAT----------A--T----GTAAAAACCTATGAACTGT----------------------ATAA--ACAATACAATACtttctctagcac
gi|4 : TTACGGA-AT-AAC-AATG-TTTATATGTC--TGTT-TATTTGTCTATTTATACTATGTAA------AAA--C----GTTAAACCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATa
gi|13 : aaacagaaatgcatataaaaagctgaggttatcctgccaaaatataacatattgtgttttacattcattataatatgtacaaacaatggtatcttgtaaaataaatcagctatatgaatcgtgtccatttaccttacctacattgcattgtatgtatttgattaccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgTTACG-CCAT-AAC-TATG--------GTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATGTAA------AAA--AAAA-GTTAAACCCTATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAACAt
gi|15 : atgcTTACG-A-AT-AAC-TATG-ATTATATGTC--TG-T-TT-------ATTTATACTATGCAA------A---------------------GAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATA
gi|14 : atagaTG-TTAACATGTTATTG-TACA-------AATTATTTTATATGT------ATA--T----GTTAAACAT-ATCAACTGTATGG-TTCTTA-------GT-AATAA--TTAATACAAAAC
gi|20 : AA------AAG--C----TTTAATCCT-ATGACCCCTATGG-TTCTTG-------GT-AATAA--A-AGTACAATaa
gi|12 : CCT-ATGAACTGTATGG-TTCTTG-------GTCAATAA--ACAATACAATACg
Alignments
lowQualScore : 33 222222 111 111 11 222 111 111 11 22 11 9999999999999999999 1111111 1 1 2222222 2222222222 1111111111111111 22222 11111111 11111
lowQualScore : 00 0 0 1 1 1 1 1 7 0 1 888888 111 777 33 111 444 444 8 99 6 00 5 5 77 66 88 8888888888888888888 7777777 1 1 5 1111111 3 8888888888 6 3 5555555555555555 3 3 3 44 666 3 77 2 2 3 3 3 55555 666 2 3 3 3 3 5 33 77777 00000000 2 444 777777 2 33 22222 2 5 2 8888888 5 33
lowQualScore : .. . . . . . . . . . . ...... ... ... .. ... ... ... . .. . .. . . .. .. .. ................... ....... . . . ....... . .......... . . ................ . . . .. ... . .. . . . . . ..... ... . . . . . . .. ..... ........ . ... ...... . .. ..... . . . ....... . ..
lowQualScore : 77 7 7 0 0 0 0 0 3 7 0 888888 000 555 88 888 000 000 0 00 7 77 7 7 99 44 00 6666666666666666666 9999999 4 4 7 2222222 6 8888888888 7 6 1111111111111111 6 6 6 00 444 6 33 9 9 1 3 3 22222 444 9 1 1 1 1 7 99 11111 44444444 9 777 777777 5 77 00000 5 0 7 7777777 3 77
consensus : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTT-ACCAA-T--AA-------------CATAT------CGTGTTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Reference ( family-1346 ) : AGTAAGTGTTGCTATCGACAGANANATCNTNTANATACTATGTANACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTT-ACCAA-------------------CATAT------CGTGTTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
gi|1 : GTAAGTGTTGTTATCAACAGACAAATCGTTTAGAT--TATGTAAATTGGGGAAACTGT-T-TATA---TAAATTCAAGA-TATAAGAACAGATGGCATATATA--ATGCT-GA--GGTTCA-TCCT--CAAA-TTTTACCAATTACAATAAAATATAA---CATAT------TGTGTTTTTATATCT-ATCGATACTATG-------CACAAGCTATA-TG-TA-TCT-GTAC---------AAGCAAA-CAGCTATA-------T------A-G-C-AATC-GTGCTTTC-CA--TTTACTTTAC-C-ACATT-ACAATTGT-A-TG-T---ATTTTTCAGTTATG-TTATG-A-TAAA-C-TATGTTTTATATG------------TTATT--------ATTACTTATGTT---A------ATAGCC----GTT-AACC-------------TAG-TTCTTG-------GT-A--AA--ACAAT
gi|10 : A--TTTACTTTAC-CTACATT-ACA-GTGT-A-TA-T---ATTT---ATCTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATGCtatca
gi|11 : tAC-CTACATT-GCA-TTTT-A-CA-TTGTATGT---ATTTAAG-TTTTG-A-ATTA-C-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTATT--------TATTT-CATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTAT
gi|12 : atcgcCC-T-ATGAACTGTATGG-TTCTTG-------GTCAATAA--ACAATACAATACtttctctagcac
gi|13 : atttgcctattccaaactttcaatttcaaagtacataattctatgATGCTTACG-CCATAA-C-TATG--------GTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--AAAA-GTTAAACCCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAACAaatgcataaaccaagaacaaaaaaagat
gi|14 : TG-TTAACATGTTATTGTACAAATTATT--------T-TA--TATGTA---T------A----T----GTTAAACA-T-ATCAACTGTATGG-TTCTTA-------GT-AATAA--TTAATACAAAAC
gi|15 : -TTACG-A-ATAA-C-TATG-ATTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGCA---A------A----------------------GAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAaa
gi|16 : atagaTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATATATGTA------A------------AAACC-T-ATGAACTGT----------------------ATAA--ACAATACAATAC
gi|17 : TTGTA----------AAT-AAA-CATCTGCA-------T------ACT-ACAATCCATG----C-CACTTTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGT-ACTGTTT--ATTT---ATCTATG-TTACa
gi|18 : AGCTATAATGGTA-CTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACAATGTACAT------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-T
gi|19 : ATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CATATATA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ATA-TTGT-A-TG-T
gi|2 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATATCAAGCT-GAC-GGTT-A-TCTT--CAAAATTT-ACCAA-------------------CATAT------CATGTTTT-ATATTCCA-CCATACTATT-------TACAGCTTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TAATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-GATAA--ACAATACAATACa
gi|20 : A---A------AAG--C----TTTAATCC-T-ATGACCCCTATGG-TTCTTG-------GT-AATAA--A-AGTACAAT
gi|21 : ATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAg
gi|3 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-TTAATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATAC-AAGCTTGACAGGTT-ACTCTT--CAAAATTT-ACCAA-------------------CATAT------CATGTTTT-ATATTCCA-CCATACTTAT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CA-CTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGTAA-TG--T--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATGTTTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C-----TTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GTCGATAA--ACAATACAA
gi|4 : AAA-CA---GAA---ATG-CATATAAA--AAGCT-GA--GGTT-A-TCCTGCCAAA-AT--AT-AA-------------------CATAT------TGTGTTTT-ACATTC-A-TTATAATATG-------TACAAAC---AATGGTA-TCTTGTA----------AAATAAATCAGCTA---------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-GCA-TTGT-A-TG--T--ATTT---GATTA
gi|4 : TG-TTACGGA-ATAA-C-AATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATTTGTCTATTTATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgttacggaataacaatgtttatatgtctgtttatttgtctatttatactatgtaaaaacgttaaacctatgaactgtatagttcttggtaataaacaatacaatt
gi|5 : aaacagaaatgcatataaaaagctgaggttatcctgccaaaatataacatattgtgttttacattcattataatatgtacaaacaatggtatcttgtaaaataaatcagctatatgaatcgtgtccatttaccttacctacattgcattgtatgtatttgattaccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaac------ATTATAT-AATAATCTA--TATAAGAACA---GAA---ATA-CATATATA--AAGCT-GA---GTT-A-TCCT--CAA--TTC-ACCAAATATAA-------------CATAT------TGTGTTTTTATATTC-A-CTATACTATTG------TGCGAACT-CAATGTTAATCTTGTATAAAAAAAAAAAA-AAG-CAGCTA---------T------A-C-G-AATC-GTG---CC-CA--TTTACCTTACTCT---TT-GCA-TTGT-A-TG-T----------ATTTATG-CTATG-A-ATAA-C-TATG-TTT-TAT-----TGT-----TTGTT--------TAT-T-TATGT----A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATGGA-----------CTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATACt
gi|6 : -GGTT-A-TCCT--CAA--TTC-ACCAA-------------------AATATAACTATTGCTTTTT-ATATTC-A-CTATACTATTGTGCGAACACAAGTTATTCTTGT----TTGTATAAAAAA---AAA-AAA-AAGC-GCC-------T------A-TAG-AATC-GTG---CCACAC-TTTACCTTAC--TACTTTTGCA-TTGT-A-TG-T----------ATTTATG-TAATG-A-ATAAAC-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTAT---------------TATGTA---A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATG-ACT----------TTG-------GT-AATAACTACAATACAA
gi|7 : aTANGATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------TGTACATA-T-G-ACTC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-ACA-TTGT-A-TG-T---ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATGA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TA--------------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAAT
gi|8 : tacattcatgtgaacctgtagaa--TTTACCATAC-CTGCATT-GCA-TTGT-A-TG-T---ATTT---ATT-ATA-T---G-A-ATAG-CCTATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATC--------TATAC-TATGTA---AAACGTTAAA--CAGTTGTTAAACC-T-ATGGGCTGTATAGTTTCTTGGTACGATGT-AATAA--ACAATACAAT
gi|9 : -GAC-G-TT-A-TCCT--CAAA-TTT-ACCAATTGCAAAGTATACGTATAACATAC------TGTATTTT-ATATTC-A-CTATACTATG-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGC--GA-------T------A-T-G-AATC--TG---TC-CA--TTGACCTTAC-CTACATT-A
Alignments
lowQualScore : 11 222222 111 111 11 222 111 111 11 22 22 88888888888888888888888888888888888 1 2222222 2222222222 11111111111111 22222 11111111 11111
lowQualScore : 88 7 888888 111 777 33 111 444 444 8 99 6 00 5 5 77 22 2 77777777777777777777777777777777777 1 5 5 1 5 1111111 3 8888888888 6 3 22 33333333333333 3 3 3 44 666 3 77 2 2 3 3 3 44444 666 2 3 3 3 3 5 33 77777 00000000 2 444 777777 2 33 22222 2 5 2 8888888 5 33
lowQualScore : .. . ...... ... ... .. ... ... ... . .. . .. . . .. .. . ................................... . . . . . ....... . .......... . . .. .............. . . . .. ... . .. . . . . . ..... ... . . . . . . .. ..... ........ . ... ...... . .. ..... . . . ....... . ..
lowQualScore : 33 3 888888 000 555 88 888 000 000 0 00 7 77 7 7 99 11 3 44444444444444444444444444444444444 4 7 7 4 7 2222222 6 8888888888 7 6 44 33333333333333 6 6 6 00 444 6 33 9 9 1 3 3 99999 444 9 1 1 1 1 7 99 11111 44444444 9 777 777777 5 77 00000 5 0 7 7777777 3 77
consensus : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----T----------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Reference ( family-1346 ) : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----T----------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
gi|1 : GTAAGTGTTGTTATCAACAGACAAATCGTTTAGAT--TATGTAAATTGGGGAAACTGT-T-TATA---TAAATTCAAGA-TATAAGAACAGATGGCATATATA--ATGCT-GA--GGTTCA-TCCT--CAAATTTTACCAATTACAATAAAATA----T----------------AACATATTGTGTTTTT-ATATCT-ATCGATACTATG-------CACAAGCTAT-AT-GTA-TC-TGTAC---------AAGCAAA-CAGCTATA-------T------A-G-C-AATC-GTGCTTTC-CA--TTTACTTTAC-C-ACATT-ACAATTGT-A-TG--T--ATTTTTCAGTTATG-TTATG-A-TAAA-C-TATGTTTTATATG------------TTATT--------ATTACTTATGTT---A------ATAGCC----GTT-AACC-------------TAG-TTCTTG-------GT-A--AA--ACAAT
gi|10 : A--TTTACTTTAC-CTACATT-AC-AGTGT-A-TA-T---ATTT---ATCTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATGCtatca
gi|11 : tAC-CTACATT-GC-ATTTT-A-CA-TTGTATGT---ATTTAAG-TTTTG-A-ATTA-C-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTATT--------TATTT-CATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTAT
gi|12 : atcgcCC-T-ATGAACTGTATGG-TTCTTG-------GTCAATAA--ACAATACAATACtttctctagcac
gi|13 : atttgcctattccaaactttcaatttcaaagtacataattctatgATGCTTACG-CCATAA-C-TATG--------GTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--AAAA-GTTAAACCCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAACAaatgcataaaccaagaacaaaaaaagat
gi|14 : TG-TTAACATGTTATTGTACAAATTATT--------T-TA--TATGTA---T------A----T----GTTAAACA-T-ATCAACTGTATGG-TTCTTA-------GT-AATAA--TTAATACAAAAC
gi|15 : -TTACG-A-ATAA-C-TATG-ATTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGCA---A------A----------------------GAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAaa
gi|16 : atagaTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATATATGTA------A------------AAACC-T-ATGAACTGT----------------------ATAA--ACAATACAATAC
gi|17 : TTGTA----------AAT-AAA-CATCTGCA-------T------ACT-ACAATCCATG----C-CACTTTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-ACTGTTT--ATTT---ATCTATG-TTACa
gi|18 : AGCTATAATGGTA-CTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACAATGTACAT------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-AT
gi|19 : ATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CATATATA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AT-ATTGT-A-TG-T
gi|2 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATATCAAGCT-GAC-GGTT-A-TCTT--CAAAATTTACCA-------------A-----------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTATT-------TACAGCTTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TAATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-GATAA--ACAATACAATACa
gi|20 : A---A------AAG--C----TTTAATCC-T-ATGACCCCTATGG-TTCTTG-------GT-AATAA--A-AGTACAAT
gi|21 : ATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAg
gi|3 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-TTAATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATAC-AAGCTTGACAGGTT-ACTCTT--CAAAATTTACCA-------------A-----------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTTAT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CA-CTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGTAA-TG--T--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATGTTTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C-----TTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GTCGATAA--ACAATACAA
gi|4 : AAA-CA---GAA---ATG-CATATAAA--AAGCT-GA--GGTT-A-TCCTGCCAAA-AT------------------A----T----------------AACATATTGTG-TTTT-ACATTC-A-TTATAATATG-------TACAAAC---AATGGTA-TCTTGTA----------AAATAAATCAGCT--A-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-GC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---GATTA
gi|4 : TG-TTACGGA-ATAA-C-AATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATTTGTCTATTTATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgttacggaataacaatgtttatatgtctgtttatttgtctatttatactatgtaaaaacgttaaacctatgaactgtatagttcttggtaataaacaatacaatt
gi|5 : aaacagaaatgcatataaaaagctgaggttatcctgccaaaatataacatattgtgttttacattcattataatatgtacaaacaatggtatcttgtaaaataaatcagctatatgaatcgtgtccatttaccttacctacattgcattgtatgtatttgattaccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaac------ATTATAT-AATAATCTA--TATAAGAACA---GAA---ATA-CATATATA--AAGCT-GA---GTT-A-TCCT--CAA--TTCACCA-------------AATA-T----------------AACATATTGTG-TTTTTATATTC-A-CTATACTATTG------TGCGAACT-CAATGTTAATCTTGTATAAAAAAAAAAAA-AAG-CAGCTA---------T------A-C-G-AATC-GTG---CC-CA--TTTACCTTACTCT---TT-GC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-CTATG-A-ATAA-C-TATG-TTT-TAT-----TGT-----TTGTT--------TAT-T-TATGT----A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATGGA-----------CTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATACt
gi|6 : -GGTT-A-TCCT--CAA--TTCACCA-------------AAATAT----------------AAC-TATTGCT-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATTGTGCGAACACAAGTTATTCTTGT----TTGTATAAAAAA---AAA-AAA-AAGC-GCC-------T------A-TAG-AATC-GTG---CCACAC-TTTACCTTAC--TACTTTTGC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-TAATG-A-ATAAAC-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTAT---------------TATGTA---A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATG-ACT----------TTG-------GT-AATAACTACAATACAA
gi|7 : aTANGATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------TGTACATA-T-G-ACTC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATGA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TA--------------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAAT
gi|8 : tacattcatgtgaacctgtagaa--TTTACCATAC-CTGCATT-GC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATT-ATA-T---G-A-ATAG-CCTATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATC--------TATAC-TATGTA---AAACGTTAAA--CAGTTGTTAAACC-T-ATGGGCTGTATAGTTTCTTGGTACGATGT-AATAA--ACAATACAAT
gi|9 : -GAC-G-TT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----TTGCAAAGTATACGTATAACATACTGTA-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATG-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGC--GA-------T------A-T-G-AATC--TG---TC-CA--TTGACCTTAC-CTACATT-A
Alignments
lowQualScore : 11 222222 111 111 11 222 111 111 11 22 22 88888888888888888888888888888888888 1 2222222 2222222222 11111111111111 22222 11111111 11111
lowQualScore : 88 7 888888 111 777 33 111 444 444 8 99 6 00 5 5 77 22 2 77777777777777777777777777777777777 1 5 5 1 5 1111111 3 8888888888 6 3 22 33333333333333 3 3 3 44 666 3 77 2 2 3 3 3 44444 666 2 3 3 3 3 5 33 77777 00000000 2 444 777777 2 33 22222 2 5 2 8888888 5 33
lowQualScore : .. . ...... ... ... .. ... ... ... . .. . .. . . .. .. . ................................... . . . . . ....... . .......... . . .. .............. . . . .. ... . .. . . . . . ..... ... . . . . . . .. ..... ........ . ... ...... . .. ..... . . . ....... . ..
lowQualScore : 33 3 888888 000 555 88 888 000 000 0 00 7 77 7 7 99 11 3 44444444444444444444444444444444444 4 7 7 4 7 2222222 6 8888888888 7 6 44 33333333333333 6 6 6 00 444 6 33 9 9 1 3 3 99999 444 9 1 1 1 1 7 99 11111 44444444 9 777 777777 5 77 00000 5 0 7 7777777 3 77
consensus : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----T----------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Reference ( family-1346 ) : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----T----------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
gi|1 : GTAAGTGTTGTTATCAACAGACAAATCGTTTAGAT--TATGTAAATTGGGGAAACTGT-T-TATA---TAAATTCAAGA-TATAAGAACAGATGGCATATATA--ATGCT-GA--GGTTCA-TCCT--CAAATTTTACCAATTACAATAAAATA----T----------------AACATATTGTGTTTTT-ATATCT-ATCGATACTATG-------CACAAGCTAT-AT-GTA-TC-TGTAC---------AAGCAAA-CAGCTATA-------T------A-G-C-AATC-GTGCTTTC-CA--TTTACTTTAC-C-ACATT-ACAATTGT-A-TG--T--ATTTTTCAGTTATG-TTATG-A-TAAA-C-TATGTTTTATATG------------TTATT--------ATTACTTATGTT---A------ATAGCC----GTT-AACC-------------TAG-TTCTTG-------GT-A--AA--ACAAT
gi|10 : A--TTTACTTTAC-CTACATT-AC-AGTGT-A-TA-T---ATTT---ATCTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATGCtatca
gi|11 : tAC-CTACATT-GC-ATTTT-A-CA-TTGTATGT---ATTTAAG-TTTTG-A-ATTA-C-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTATT--------TATTT-CATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTAT
gi|12 : atcgcCC-T-ATGAACTGTATGG-TTCTTG-------GTCAATAA--ACAATACAATACtttctctagcac
gi|13 : atttgcctattccaaactttcaatttcaaagtacataattctatgATGCTTACG-CCATAA-C-TATG--------GTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--AAAA-GTTAAACCCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAACAaatgcataaaccaagaacaaaaaaagat
gi|14 : TG-TTAACATGTTATTGTACAAATTATT--------T-TA--TATGTA---T------A----T----GTTAAACA-T-ATCAACTGTATGG-TTCTTA-------GT-AATAA--TTAATACAAAAC
gi|15 : -TTACG-A-ATAA-C-TATG-ATTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGCA---A------A----------------------GAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAaa
gi|16 : atagaTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATATATGTA------A------------AAACC-T-ATGAACTGT----------------------ATAA--ACAATACAATAC
gi|17 : TTGTA----------AAT-AAA-CATCTGCA-------T------ACT-ACAATCCATG----C-CACTTTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-ACTGTTT--ATTT---ATCTATG-TTACa
gi|18 : AGCTATAATGGTA-CTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACAATGTACAT------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-AT
gi|19 : ATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CATATATA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AT-ATTGT-A-TG-T
gi|2 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATATCAAGCT-GAC-GGTT-A-TCTT--CAAAATTTACCA-------------A-----------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTATT-------TACAGCTTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TAATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-GATAA--ACAATACAATACa
gi|20 : A---A------AAG--C----TTTAATCC-T-ATGACCCCTATGG-TTCTTG-------GT-AATAA--A-AGTACAAT
gi|21 : ATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAg
gi|3 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-TTAATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATAC-AAGCTTGACAGGTT-ACTCTT--CAAAATTTACCA-------------A-----------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTTAT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CA-CTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGTAA-TG--T--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATGTTTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C-----TTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GTCGATAA--ACAATACAA
gi|4 : AAA-CA---GAA---ATG-CATATAAA--AAGCT-GA--GGTT-A-TCCTGCCAAA-AT------------------A----T----------------AACATATTGTG-TTTT-ACATTC-A-TTATAATATG-------TACAAAC---AATGGTA-TCTTGTA----------AAATAAATCAGCT--A-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-GC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---GATTA
gi|4 : TG-TTACGGA-ATAA-C-AATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATTTGTCTATTTATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgttacggaataacaatgtttatatgtctgtttatttgtctatttatactatgtaaaaacgttaaacctatgaactgtatagttcttggtaataaacaatacaatt
gi|5 : aaacagaaatgcatataaaaagctgaggttatcctgccaaaatataacatattgtgttttacattcattataatatgtacaaacaatggtatcttgtaaaataaatcagctatatgaatcgtgtccatttaccttacctacattgcattgtatgtatttgattaccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaac------ATTATAT-AATAATCTA--TATAAGAACA---GAA---ATA-CATATATA--AAGCT-GA---GTT-A-TCCT--CAA--TTCACCA-------------AATA-T----------------AACATATTGTG-TTTTTATATTC-A-CTATACTATTG------TGCGAACT-CAATGTTAATCTTGTATAAAAAAAAAAAA-AAG-CAGCTA---------T------A-C-G-AATC-GTG---CC-CA--TTTACCTTACTCT---TT-GC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-CTATG-A-ATAA-C-TATG-TTT-TAT-----TGT-----TTGTT--------TAT-T-TATGT----A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATGGA-----------CTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATACt
gi|6 : -GGTT-A-TCCT--CAA--TTCACCA-------------AAATAT----------------AAC-TATTGCT-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATTGTGCGAACACAAGTTATTCTTGT----TTGTATAAAAAA---AAA-AAA-AAGC-GCC-------T------A-TAG-AATC-GTG---CCACAC-TTTACCTTAC--TACTTTTGC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-TAATG-A-ATAAAC-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTAT---------------TATGTA---A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATG-ACT----------TTG-------GT-AATAACTACAATACAA
gi|7 : aTANGATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------TGTACATA-T-G-ACTC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATGA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TA--------------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAAT
gi|8 : tacattcatgtgaacctgtagaa--TTTACCATAC-CTGCATT-GC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATT-ATA-T---G-A-ATAG-CCTATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATC--------TATAC-TATGTA---AAACGTTAAA--CAGTTGTTAAACC-T-ATGGGCTGTATAGTTTCTTGGTACGATGT-AATAA--ACAATACAAT
gi|9 : -GAC-G-TT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----TTGCAAAGTATACGTATAACATACTGTA-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATG-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGC--GA-------T------A-T-G-AATC--TG---TC-CA--TTGACCTTAC-CTACATT-A
blockSeqs : . A . TT ATC . GAA . . . TC T CA . C GC AA T ATTGCAAAGTATACGTAT C . T C . GTGCGAA A TAAAAAAAAA T T GC ATGTACAT C A C CA . A CT T T . A C TTGT . C G C A C T AT ACAAA TGTCTATT . TGT AACGTT A . AGTTG C C T GTACGAT C CT
blockSeqs : . A . AT . . AA . . . C . C . . . AA T AAATAT C . . C . G . TAAAAAA . . AC TGTACAT . . . A . . C . . . . . TTT . . . . . . . . . . . . . A . AAAG . C . . C .
blockSeqs : . T . . . . . . . . C . . . A C AATAT T . . . . . . . . . AT T . . . G . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A C AT T . . . . . . . . . AC T . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A T . . . . . . . . . AC T . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T . . . . . . . . . GC T . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC T . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GA* *** *** C* AA ATAT******************************* ********** *** *** **
originalCons : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAA-TTTACCA-------------A----T----------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
finalCons : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAAATTTACCAATAT-------------------------------AACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Alignments
lowQualScore : 11 222222 111 111 11 222 111 111 11 22 11 777777777777777777777777777777 1 2222222 2222222222 11111111111111 22222 11111111 11111
lowQualScore : 88 7 888888 111 777 33 111 444 444 8 99 6 00 5 5 77 33 111111111111111111111111111111 1 5 5 1 5 1111111 3 8888888888 6 3 22 33333333333333 3 3 3 44 666 3 77 2 2 3 3 3 44444 666 2 3 3 3 3 5 33 77777 00000000 2 444 777777 2 33 22222 2 5 2 8888888 5 33
lowQualScore : .. . ...... ... ... .. ... ... ... . .. . .. . . .. .. .............................. . . . . . ....... . .......... . . .. .............. . . . .. ... . .. . . . . . ..... ... . . . . . . .. ..... ........ . ... ...... . .. ..... . . . ....... . ..
lowQualScore : 33 3 888888 000 555 88 888 000 000 0 00 7 77 7 7 99 66 666666666666666666666666666666 4 7 7 4 7 2222222 6 8888888888 7 6 44 33333333333333 6 6 6 00 444 6 33 9 9 1 3 3 99999 444 9 1 1 1 1 7 99 11111 44444444 9 777 777777 5 77 00000 5 0 7 7777777 3 77
consensus : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAAATTTACC-----------AA--T--------------ATAACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
Reference ( family-1346 ) : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAAGA-CA---GAA---ATG-CGTATATA--AAGCT-GAC-GGTT-A-TCCT--CAAAATTTACC-----------AA--T--------------ATAACATATCGTG-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAC
gi|1 : GTAAGTGTTGTTATCAACAGACAAATCGTTTAGAT--TATGTAAATTGGGGAAACTGT-T-TATA---TAAATTCAAGA-TATAAGAACAGATGGCATATATA--ATGCT-GA--GGTTCA-TCCT--CAAATTTTACCAATTACAATAAAA--T--------------ATAACATATTGTGTTTTT-ATATCT-ATCGATACTATG-------CACAAGCTAT-AT-GTA-TC-TGTAC---------AAGCAAA-CAGCTATA-------T------A-G-C-AATC-GTGCTTTC-CA--TTTACTTTAC-C-ACATT-ACAATTGT-A-TG--T--ATTTTTCAGTTATG-TTATG-A-TAAA-C-TATGTTTTATATG------------TTATT--------ATTACTTATGTT---A------ATAGCC----GTT-AACC-------------TAG-TTCTTG-------GT-A--AA--ACAAT
gi|10 : A--TTTACTTTAC-CTACATT-AC-AGTGT-A-TA-T---ATTT---ATCTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATGCtatca
gi|11 : tAC-CTACATT-GC-ATTTT-A-CA-TTGTATGT---ATTTAAG-TTTTG-A-ATTA-C-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTATT--------TATTT-CATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTAT
gi|12 : atcgcCC-T-ATGAACTGTATGG-TTCTTG-------GTCAATAA--ACAATACAATACtttctctagcac
gi|13 : atttgcctattccaaactttcaatttcaaagtacataattctatgATGCTTACG-CCATAA-C-TATG--------GTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--AAAA-GTTAAACCCT-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAACAaatgcataaaccaagaacaaaaaaagat
gi|14 : TG-TTAACATGTTATTGTACAAATTATT--------T-TA--TATGTA---T------A----T----GTTAAACA-T-ATCAACTGTATGG-TTCTTA-------GT-AATAA--TTAATACAAAAC
gi|15 : -TTACG-A-ATAA-C-TATG-ATTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGCA---A------A----------------------GAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATAaa
gi|16 : atagaTTATG-TTACG-A-ATAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATATATGTA------A------------AAACC-T-ATGAACTGT----------------------ATAA--ACAATACAATAC
gi|17 : TTGTA----------AAT-AAA-CATCTGCA-------T------ACT-ACAATCCATG----C-CACTTTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-ACTGTTT--ATTT---ATCTATG-TTACa
gi|18 : AGCTATAATGGTA-CTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACAATGTACAT------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-AT
gi|19 : ATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CATATATA-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AT-ATTGT-A-TG-T
gi|2 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-T-AATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATATCAAGCT-GAC-GGTT-A-TCTT--CAAAATTTACC-----------AA---------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTATT-------TACAGCTTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-TT--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TAATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-GATAA--ACAATACAATACa
gi|20 : A---A------AAG--C----TTTAATCC-T-ATGACCCCTATGG-TTCTTG-------GT-AATAA--A-AGTACAAT
gi|21 : ATACTATT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAg
gi|3 : AGTAAGTGTTGCT--CGATAAAGATATCTTATATATACTATATATACT------ATTAT-TTAATA---TA--TTTAA---CA---GAA---ATG-CGTATATAC-AAGCTTGACAGGTT-ACTCTT--CAAAATTTACC-----------AA---------------------CATATCATG-TTTT-ATATTCCA-CCATACTTAT-------TACAAGCTATAATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CA-CTACA-------T------A-T-G-AATC-ATG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGTAA-TG--T--ATTT---ATTTATT-TTACG-A-GTAA-C-TATGTTTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TATGTA---A------AAA--C-----TTAAACC-TCATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GTCGATAA--ACAATACAA
gi|4 : AAA-CA---GAA---ATG-CATATAAA--AAGCT-GA--GGTT-A-TCCTGCCAAAAT-----------------------------------ATAACATATTGTG-TTTT-ACATTC-A-TTATAATATG-------TACAAAC---AATGGTA-TCTTGTA----------AAATAAATCAGCT--A-------T------A-T-G-AATC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-GC-ATTGT-A-TG--T--ATTT---GATTA
gi|4 : TG-TTACGGA-ATAA-C-AATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATTTGTCTATTTATAC-TATGTA---A------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaactgttacggaataacaatgtttatatgtctgtttatttgtctatttatactatgtaaaaacgttaaacctatgaactgtatagttcttggtaataaacaatacaatt
gi|5 : aaacagaaatgcatataaaaagctgaggttatcctgccaaaatataacatattgtgttttacattcattataatatgtacaaacaatggtatcttgtaaaataaatcagctatatgaatcgtgtccatttaccttacctacattgcattgtatgtatttgattaccgtcaagcaaaaaccacccttaagtgaaaac------ATTATAT-AATAATCTA--TATAAGAACA---GAA---ATA-CATATATA--AAGCT-GA---GTT-A-TCCT--CAA--TTCACC-----------AAA-T--------------ATAACATATTGTG-TTTTTATATTC-A-CTATACTATTG------TGCGAACT-CAATGTTAATCTTGTATAAAAAAAAAAAA-AAG-CAGCTA---------T------A-C-G-AATC-GTG---CC-CA--TTTACCTTACTCT---TT-GC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-CTATG-A-ATAA-C-TATG-TTT-TAT-----TGT-----TTGTT--------TAT-T-TATGT----A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATGGA-----------CTTG-------GT-AATAA--ACAATACAATACt
gi|6 : -GGTT-A-TCCT--CAA--TTCACC-----------AAAAT--------------ATAAC-TATTGCT-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATTGTGCGAACACAAGTTATTCTTGT----TTGTATAAAAAA---AAA-AAA-AAGC-GCC-------T------A-TAG-AATC-GTG---CCACAC-TTTACCTTAC--TACTTTTGC-ATTGT-A-TG-T----------ATTTATG-TAATG-A-ATAAAC-TATG-TTTATATGTA--TGT-----TTAT---------------TATGTA---A------AAA--C----CTTAAACA-T-ATG-ACT----------TTG-------GT-AATAACTACAATACAA
gi|7 : aTANGATGGTA-TTTTGTA----------AAG-AAA-CAGCTACA-------TGTACATA-T-G-ACTC-GTG---TC-CA--TTTACCTTAC-CTACATT-AC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATTTATG-TTACG-A-ATGA-C-TATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATT--------TATAC-TA--------------AAA--C----GTTAAACC-T-ATGAACTGTATAG-TTCTTG-------GT-AATAA--ACAATACAAT
gi|8 : tacattcatgtgaacctgtagaa--TTTACCATAC-CTGCATT-GC-ATTGT-A-TG-T---ATTT---ATT-ATA-T---G-A-ATAG-CCTATG-TTTATATGTC--TGT-----TTATC--------TATAC-TATGTA---AAACGTTAAA--CAGTTGTTAAACC-T-ATGGGCTGTATAGTTTCTTGGTACGATGT-AATAA--ACAATACAAT
gi|9 : -GAC-G-TT-A-TCCT--CAAA-TTTACC-----------AA--TTGCAAAGTATACGTATAACATACTGTA-TTTT-ATATTC-A-CTATACTATG-------TACAAGCTATAATGGTA-TCTTGTA----------AAG-AAA-CAGC--GA-------T------A-T-G-AATC--TG---TC-CA--TTGACCTTAC-CTACATT-A