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consensus : AAAAAGGGTAAGTATAGGCCACCGTTTGGGGG--CCA--GA---GGG---G-TCAAA--T---CC-TACCACATT-TC-ACT-AT----TTGAAA------CC-TTACCGGG-GAGGG---G----TC-A--AGNTA-C-GGCGC---CC-AGC-G--CCC--AAACTAG-GACT-T--GTGCC-ACT---TA-A-C-TGACCAC-C-AG-GGCA-AATTTA-G--C-AC--ATGGG---GT-C-----A-CC----T--A---GGAT----CT-GAC--CC--CAA-AAGGG-TAAGT-A-TA--G-CACC--GTTTG-GG-G-CC---AG-AGGG--GGTC-AAA------TC-GTACACC--AT---TTCCAC--T-AT---T-TGG-AAC-C-T-------AC-GG--A-------G---G----TNC-G---A-----C-AGTAA--GGCG-CC-----TAGCG-CC--CA--AACT-AGGGACTTG-T-G---CCACT-----TA---ACCT---GA-C-A-C--AG---G---A-------TTT--A-G--CACA-T-A-TGGTC---A----CCT--AA-TGGGA-TCTG-ACCC-C---A-AAA-GG--TA-AG--TAT-A-GGCACCGTTTTG--GGGCCAG--GAGG---------GGG-GTCA-A-ATCTACACC-C-AT-TTCCACTA--T--TTGAAACCTTACGGGGGGGG-CCGAG-TCCA---G--TANGGCG-CCAA-T-----GCGCCCAAAC-CAGGACTTGTGC---CACT-----TAAC--C--TGACCA-------CAGGGCCGTT-TAATTTTAGCAT--ATTGGTCAC-CC-TAATGG-GATCTGACCCCAAAAGGG-------------GGGTAAGTATAGGC----GGGTATGACNAGTNCGNNGNT---GGCCAGAGG--TGGGGTCAAAT-TAC---ACCATT---TCCACTATTTGG-AA-CC-T------TACGGG----AGTGGTGG-GTCCA-AGTAC--GGCGCC------------TAGCG--CCCAAAC-TA--GG-ACT-T--GTGC--CGC----TNAACTG------ACC-AC--AGGG---CA-ATTTAGGNCAGGG-GTC-ACACTC-TAAT--AG--GN-TCTG-ACCC--C----AA--G-GG-T--A--A-GTA-T--GGGCAC--C--G-TTTGGGGG-CCA--G-AGGGG---G----TC--A---A---TACAC-CCATT-----TTCCAC--TA----TTTGAA-A--CCCTAC------CGG--G-A-G-G-G----T-CC---AAGTA---C-G-CG-C--CC-A-GCG--CCCAAA--CTA----GG------------AC-T-TGTTGCCAC-TTAA-C-TG-A-C-C-CCAG---GGGCA-NTTT--AG---C-AC--AT--GGGT-CAC-C-CTAA--T-G-GG-AT-C-T-GA-CC-CCAAAAAGGG-TA-AG-TATA-GGCACCGTTTGGG-GG-CCA--G-A-GGG---GG---CAAATNT-ACAC------CATTT-----TCCAC--TA--TTTGAAAC-------CT--TAC--------GG--GA--G---GG---TCC---AAG-TACG----G-CG--CCCA-GC---GCCCAA--AC----------ACTA-GG-A--C----T---GTG---CCAC-T---TA-A-C-TG---ACCAC--AG-G-GC-A-TTT--AG----N-CA----GG-GGTC-CAC--CTAATAG-GAT-CT-G-ACCCC--AAAAGGG-TAAGTA-ATAG-GCACC--G--TTT-GGG--G--CC--AGA-GGGGG---TCA-AATCTACACC-AT-----TTCCACTT--ATTT---G-AAACC-TT----AC--------GG--GAG-GG-----T-C----AAGTACGGCG-CCT-C-AGCGCCC-AA--ACCTAG--GN--CTT-GTGCCACTTT--AAC-TGACCA-CAGG--GCAATTTAGGACAGN--TCGGT--CA--CTAA-TAGGATCTGA
Reference ( gi|1 ) : AAGAAGGGTAAGTATAGGCCACCGTT--AGGG--CCA--GA---GGG---G-TCAA---T---CC-TACCACATT-TC-ACT-CT----TTGGA-------CT-TTACCGGG-AAGGG---G----TCGAACAGTTA-TTGGCGC---CC-AGCCG--CCC--ACACTAG-GACT-T--GTGCC-ACT---TA-A-C-TGACCAC-C-AGCGGCA-AATTTA-G--C-AT--ATTGG---GT-C-----A-CC----T--A---GGAT----CT-G----CC--CAA-AAGGT-TAAGT-A-TA--G-CGAC--GTTTA-GG-G-CC---AG-AGGG-CGGTC-AAA------TC-ATACACC--AT---TCTCAC--T-CT---TATGG-AAC-C-T-------AC-GG--A-------G---G----TAC-G---A-----C-AGTAA--CGCG-CC-----TAGCG-CC--AA--AACT-AGCTACTT--T-G---CCACT----ATA---ACCT---GA-C-A-C--AG---G---A-------TTT--A-G--CATAAT-A-TGGT----A----CCT--AA-TGGAT-TCTG-GCCC-C---A-AA--GG--CG-AGCTTAT-A-GGCACCGCTTTATCGGGCCAGC-GAGGTGTGGTTGTGGG-GTTC---ATC-ACACC-CGATATTCCAC----T--TTGGACCTTTACCGGGGGGG-CTGAGATCCACTTGTTTATGGCG-CCAGTTGGTGTGCGCC--GACGTA-GATTT-TG----CACT-----TAACACCTGTGGCCAT------CAGGGTCGTTGTAACTTTTGCATCAGTTGGTCACGCCGTAAT-G-GATTTGGCCCCAAAAAGGGCTAGCTTTAGTGGAGTGGGTCTAGGCGGCTGGGTAT-ATCAGTGTGTAGTT---GACCAGAGG-CTGATGTCAAAT-TACTG-ACCATTGTGTCCAC-ATTTG--AA-CC-T------TACGGGGTGTAGTGGTGGTGTCGA-AGTACTTGGCACC------------TAGCG--CCCAAACGTA--G--ACT-TG-GTGGGGCGCGGGGCGAGCTGTAGGT-AGC-AC--AGGGGGACA-ATTTAGGTCAGGG-GTT-ACACTCATAAT--AG--GC-T-TG-ACCC--C----AA--G-GG-T--A--C-ATA-T--G---AC--C--G-TT--AGGA-CCACCG-TAGGG---G----TC--A---G---CACAC-CCATTA----TCCCACGTTC----TTTGGATA--TCCTAC------CGG--G-A-G-G-G----T-C----GAGTA---T-G-CG-C--CC-A-GCG--CCCAAA--CTAC---GG------------AC-T-TATTGCCAC-CTAA-C-TG-A-C-A-CCAGT--GAGCA-ATTT--AG---C-AT--AT--GCGT-CAC-C-CTAA--T-G-GG-A--C-T-GAGCC-CCAAAAAGGG-TA-AG-TATA-GGCACCGTTTAGGCGG-CCA--T-A-GGG---G----CAACTTTCACAC------AATTT-----TCCAC--TC--TTTGGCAA-------CT--TAA--------GG--GA--G---GC---TCC-G-AAG-T-TA----G-CG--CC---GC---GCCCAA--AC----------ACTA-G--A--C----T---GTG---CCAC-T---TA-A-C-TG---ACCAC--AG-G-GC-A-TTT--AG----T-CA----GA-GGTC-CAT--CTAATAG-GAT-CT-G-ACCCC--AAAAAGG-CACGTA-ATAGTCCACC--G--TT--AGG--G--CC--AGA-GGTGG---TC--AATCTACACC-A------TTCCACTT--ATTT---G-AA--C-TC----AC--------GG--GA--GG-----T-C----AAGTACGGCG-CCT-CAAGCGCCC-AA--ACCTAG--AA--TAT-GTGCCACCTTTAAAC-TGACCA-CAAGC-GCAATTCAGGTCAGT--TCGGT--CA--TTAATTAGGATCTGA
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gi|6 : tgcctaagtcaagctagcggccaataaagcttagcggccaaataagaaatttcaatatattttatcgcttaatataatgtaggtataaaacgagcccgatgataaaaagggggctcTA-TGGGCGC---CC-A--CG--CCC--AAACTAG-GACT-T--GTGCC-ACT---TA-A-C-TGACCA--C-AG-GGC--AATTTA-GGTC-A-----GGG---GTCC-----A-TCTAA-T--A---GGAT----CT-GAC--CC--CAA-AAGG--TAAGT-A-TA--G-GCCC--GTTTAGGG-G-CC---AG-AGGG--GGTC-AAA------TC--TACACC--AT---TTCCAC--T-AT---T-TGG-AAC-CTT-------AC-GG--AGG-----G---G----TCC-A-----------AGTA-----CG-GC-----TCGCG-CC--CA--AACT-AG-GACTTG-T-G---CCACT-----TA---A-CT---GACC-A-C--AG---GGC-A-------TTT--AGG--CA--------GGTCC--A----TCT--AA-TAGGA-TCTG-ACCC-C---A-AA--AGGTTA-AG--TAT-A-GGCACCG-TTTA-GGGGCCAGA-GGGGggtaagtataagacgtttgggggtcaggggggtcaaatgtaccccatttccactttttgaaaccttacgggagg
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gi|7 : ttcgactttactaaagtcaagctagcgcccaataaggaaaatgtatcgcttataaaattcaagtatattgaacccaaggaaaataatggtgctcaaagtagTTTA-G--C-ATTTATTAA----T-C-----C-CC----TCAAT--GGAT----CTTGACCCCC--CAA-AAGGGATAA-T-A-AA--G-CACC--GTTTGCGG-G-TC---AGAAGAG-GGATC-AAA------T--GTACACCTAATAAATTTCCC--C-CTAAATTTGA-AAC-C-TCCTAA--AC-GG--ATGAG---G---G----TCCTA---A-----G-AGTAAAGCGCGTCC-----CAGAG-CCTGAA--GACT-AGAGGCTG--T-GTGCCCACT-----TA---ACTG---GA-C-ACC--AA---G---AGGCATTTTTT--G-G--C--GAT-ATTGGA----ATCACCCT--AATTGGAT-CCTG-ACCaaagagcaaactgtacctttttcgctatctgaacattacgaag
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : AAGAAGGGTAAGTATAGGCCACCGTTAGGGCCAGAGGGGTCAATCCTACCACATTTCACTCTTTGGACTTTACCGGGAAGGGGTCGAACAGTTATTGGCGCCCAGCCGCCCACACTAGGACTTGTGCCACTTAACTGACCACCAGCGGCAAATTTAGCATATTGGGTCACCTAGGATCTGCCCAAAAGGTTAAGTATAGCGACGTTTAGGGCCAGAGGGCGGTCAAATCATACACCATTCTCACTCTTATGGAACCTACGGAGGTACGACAGTAACGCGCCTAGCGCCAAAACTAGCTACTTTGCCACTATAACCTGACACAGGATTTAGCATAATATGGTACCTAATGGATTCTGGCCCCAAAGGCGAGCTTATAGGCACCGCTTTATCGGGCCAGCGAGGTGTGGTTGTGGGGTTCATCACACCCGATATTCCACTTTGGACCTTTACCGGGGGGGCTGAGATCCACTTGTTTATGGCGCCAGTTGGTGTGCGCCGACGTAGATTTTGCACTTAACACCTGTGGCCATCAGGGTCGTTGTAACTTTTGCATCAGTTGGTCACGCCGTAATGGATTTGGCCCCAAAAAGGGCTAGCTTTAGTGGAGTGGGTCTAGGCGGCTGGGTATATCAGTGTGTAGTTGACCAGAGGCTGGNGTCAAATTCTACTGACCATT---TCCACTATTTGGAA-------CCTTACGG-G----AGTGGTGGCG-TCGA-AGTAC--GGCGCCTAGCG--CCCAAA-NTACGACTT--T--TGCCGC----TNAACTG-----ACC------CCAGGG---CAATTTAGGTCAGGGGTC-CA-T--C-TAATAGGNT--CTG-ACCCCAAAAGGGTAAG-T-ATAGGCACCGTTTGGGGGCCA--GAGGG--GGT----CAAATNTACNCCAT--TTCCAC--TATTT--GGA-ACCTTA-C------GGGAGGGGTCCAAGTAC-G-CGCCCAGCGCCCA--AACTA-GG-AC-TT--G-TGCCACTT-AAC-TGACCCCAG-GGGCANTTTAG---CA-C--ATNGGTCNCCCTAATGGGATCT-GA-CCCC--AAAAGGG-TA-AGTATAGG-CACCGTTTGGG-GGCCAGA--GGGGGTCAAATNT-ACACC------ATTTTCCACT--ATTTGGAACCTT----ACGG--GA-GGGTCC---AAGTACGGCG----CCA-GCGCCC--AA--ACTAG-GAC--------------T-TGTG-CCACTTAACTG---ACCACAGG-GCAT--TTTAG-C-ATATTGG--TC-CCTCTAATNG-GAT-CTGACC-----CCAAA-----------AGGGTAAGT-ATA-G-GCAC-C----GTT-TA---GGGGCCA--GAGGGGGTCAA--ATCTA--CACC-AT-TTCCACTTATTTGAAACCTCACGGGAGGGGGCTCCAAGTAC--GG-GCCCCAAGCG--CCCAAA-CTAGGACTTGTGCCACCTTTAAACTGACCNCAGGCGCAATTCAGGTCAGTTCGGTCATTAATTAGGATCTGA
Reference ( family-1335 ) : AAGAAGGGTAAGTATAGGCCACCGTTAGGGCCAGAGGGGTCAATCCTACCACATTTCACTCTTTGGACTTTACCGGGAAGGGGTCGAACAGTTATTGGCGCCCAGCCGCCCACACTAGGACTTGTGCCACTTAACTGACCACCAGCGGCAAATTTAGCATATTGGGTCACCTAGGATCTGCCCAAAAGGTTAAGTATAGCGACGTTTAGGGCCAGAGGGCGGTCAAATCATACACCATTCTCACTCTTATGGAACCTACGGAGGTACGACAGTAACGCGCCTAGCGCCAAAACTAGCTACTTTGCCACTATAACCTGACACAGGATTTAGCATAATATGGTACCTAATGGATTCTGGCCCCAAAGGCGAGCTTATAGGCACCGCTTTATCGGGCCAGCGAGGTGTGGTTGTGGGGTTCATCACACCCGATATTCCACTTTGGACCTTTACCGGGGGGGCTGAGATCCACTTGTTTATGGCGCCAGTTGGTGTGCGCCGACGTAGATTTTGCACTTAACACCTGTGGCCATCAGGGTCGTTGTAACTTTTGCATCAGTTGGTCACGCCGTAATGGATTTGGCCCCAAAAAGGGCTAGCTTTAGTGGAGTGGGTCTAGGCGGCTGGGTATATCAGTGTGTAGTTGACCAGAGGCTGGNGTCAAATTCTACTGACCATT---TCCACTATTTGGAA-------CCTTACGG-G----AGTGGTGGCG-TCGA-AGTAC--GGCGCCTAGCG--CCCAAA-NTACGACTT--T--TGCCGC----TNAACTG-----ACC------CCAGGG---CAATTTAGGTCAGGGGTC-CA-T--C-TAATAGGNT--CTG-ACCCCAAAAGGGTAAG-T-ATAGGCACCGTTTGGGGGCCA--GAGGG--GGT----CAAATNTATNCCAT--TTCCAC--TATTT--GGA-ACCTTA-C------GGGAGGGGTCCAAGTAC-G-CGCCCAGCGCCCA--AACTA-GG-AC-TT--G-TGCCACTT-AAC-TGACCCCAG-GGGCANTTTAG---CA-C--ATNGGTCNCCCTAATGGGATCT-GA-CCCC--AAAAGGG-TA-AGTATAGG-CACCGTTTGGG-GGCCAGA--GGGGGTCAAATNT-ACACC------ATTTTCCACT--ATTTGGAACCTT----ACGG--GA-GGGTCC---AAGTANGGCG----CCA-GCGCCC--AA--ACTAG-GAC--------------T-TGTG-CCACTTAACTG---ACCACAGG-GCA---TTTAG-C-ATATTGG--TC-CNTCTAATNG-GAT-CTGACC-----CCAAA-----------AGGGTAAGT-ATA-G-GCAC-C----GTT-TA---GGGGCCA--GAGGGGGTCAA--ATCTA--CACC-AT-TTCCACTTATTTGAAACCTCACGGGAGGGGGCTCCAAGTAC--GG-GCCCCAAGCG--CCCAAA-CTAGGACTTGTGCCACCTTTAAACTGACCNCAGGCGCAATTCAGGTCAGTTCGGTCATTAATTAGGATCTGA
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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