lowQualScore : 1111111111 1111
lowQualScore : 22 1 11 1 1 333 11 1 22222 0 1 4 22222 1111111111 33 0 1 0000 2 2 1 333 1
lowQualScore : .. . .. . . ... .. . ..... . . . ..... .......... .. . . .... . . . ... .
lowQualScore : 88 0 33 0 0 333 33 0 33333 9 9 7 33333 3333333333 11 9 0 3333 0 0 0 888 0
consensus : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
Reference ( gi|26 ) : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------GAAA--T-GTTC-T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|16 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAA--T-GCTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|17 : AAACAA--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----AAT-A-T-----T---------AAAA--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|19 : AAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AGAA--T-GTCC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|24 : cAAAC----T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------GAAA--T-GTT--T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|25 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----C---------AAAA--T-GTTG-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTTTTTtt
gi|20 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTC-TC---C-TCCTTTT
gi|15 : AAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TCTTTTTc
gi|30 : cAAACA---T-GCA--TCCC-G-T---TT--T-GAA-----A-T-A-T-----T---------GAAA--T-GTTC-T-G--TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTt
gi|18 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-ATT-----T---------TAAA--T-GTAC-T----TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTCT
gi|11 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-ATT-----T---------TAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TCCTTTt
gi|23 : cAAACAA--T-GCA--T-CC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAAG-T-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TT---C-TCCTTTTctt
gi|6 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TAA-T-----T---------GAAA--TGGGTC-T-G--TTCA-GG-TTG-TC---C-TCTTTTTt
gi|8 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAAATTTTA-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TCT--C-CTCTTtt
gi|29 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T----------AA-----T-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTT
gi|28 : cAAACAA--T-GCA--TCCC--------C--G-TAA-------T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTt
gi|33 : cAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--C-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTTG-AG-TTT-TT---C-t
gi|14 : ccAAACAA--C-GGA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----T-T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-CTT-TT---C-TCCTTTTc
gi|22 : cAAACAA--T-G-A--TGCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----TG--------GAAA--T-GTTA-T-G--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|4 : cAAACAA--T-GCACGTCCC-G-T---TTTGG-TAG-----A-T---------T---------GAAAC-T-GTTC-T-GC-TTCA-AG-TTT-TC---CTTTCTTTTat
gi|13 : AAACAG--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T----------------AAACGT-GTTC-T-A--TGCA-AG-GTT-TC---T-TTCTTTt
gi|21 : accAAACAA--T-GCA--TCCC-C-T---TT--C-TAA-----A-T-ATT-----T---------TAAG--T-GTTC-T-A--TTAA-AC-TTT-TC---C-ATCTTTTa
gi|38 : AAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAA--T-GTCC-T-
gi|2 : cAAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAA--T-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTTtctttt
gi|1 : cAAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAA--T-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTTt
gi|12 : cAAACAA--T-GCT--TCCCTG-A---TT--G-TAA-----T-A-A-T-----T---------AAAA--T-GTTCCT-A--TTAA-AG-TGT-TC---C-TTCTTTTt
gi|27 : cAAACAA--T-GCA--TCC--A-T---TT--G-TAA-----A-T-G-T-----T---------AAAG--T-G-TA-T-A--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTTt
gi|43 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----A---------AAAG--T-ATTT-T-C--TTtt
gi|31 : cAAACAA--T-TCA--TCCC-GTT---TT--G-TAA-----A---A-T-----C----------AAA--T-A-TC-T-A---TCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTT
gi|34 : ccAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-T--------------------------------G--T-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TCGGGG-TTCTTTT
gi|35 : AAACAA--T-TCA--TACC-G-T---TT--G-TG----------------------------------T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TCG--A-TTTTTTTt
gi|7 : cAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--GTTAA-----A-T-ATT-----T---------GAAA--T-GTTC-T-GT-TTCA-AGTTTT-TT---C-TTCTTTTct
gi|42 : AACAA--T--CA--ACCC-G-T---TG--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------GAAA--T-GTTC-T-G--TTCA-AG-tt
gi|3 : AACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A-TTATTCT---------AGAG--T-GGTC-T-A--TTCA-AG-TTTGTC---C-TTTTT
gi|44 : cctAATAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T---------AAAA--T-
gi|37 : caaacAACAA--T-GCA--TCCC-G-------------------------------------------AG--T-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TTCTTTT
gi|9 : cgAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----G---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-A--TTT-TT---C-TCCTTTTttc
gi|10 : caaacaattAA--TAGCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TCA-T-----G---------AAAA--T-GTTC-TAA--TTCA-AGTTTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|36 : caA--T-GCA--TTCC-G-T---TT--T-TAA-------T-A-T-----T---------AAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTtt
gi|32 : A--T-GAA--TTCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A-T-----T-----------AG--G-GTTC-T-A--TTCA-AG-GTT-TC---C-TTCTT
gi|40 : A--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G---------------------------------GG--T-GTTT-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---G-TTCTTTTgttttc
gi|5 : -GCT--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----G-T-A-T-----TTTAATTTAAAAAG--T-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TT---T-TTCTTTTtt
gi|39 : aaCC-G-T---TT--G-TAA-------T-A-T-----T---------AAAA--T-GTTC------TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTTct
gi|41 : A-----A-T-AAT-----T---------AAAG--T-GTTC-T-T--TTTA-AG-TTT-CT---C-TTCTTTTttc
Alignments
lowQualScore : 22 1 11 0 0 333 11 0 22222 0 1 44 22222 555555555 0 0 0 44 2 2 1 333 1
lowQualScore : .. . .. . . ... .. . ..... . . .. ..... ......... . . . .. . . . ... .
lowQualScore : 77 0 33 9 9 333 33 9 33333 9 8 99 33333 555555555 9 9 9 55 0 0 0 888 0
consensus : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
Reference ( family-131 ) : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|1 : AAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTT
gi|10 : cAA--TAGCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TCA--T-----G---------AAAAT-GTTC-TAA--TTCA-AGTTTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|11 : caAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TCCTTTtt
gi|12 : cAAACAA--T-GCT--TCCCTG-A---TT--G-TAA-----T-A-A--T-----T---------AAAAT-GTTCCT-A--TTAA-AG-TGT-TC---C-TTCTTTTctt
gi|13 : cAAACAG--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AACGT-GTTC-T-A--TGCA-AG-GTT-TC---T-TTCTTTt
gi|14 : accAAACAA--C-GGA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-CTT-TT---C-TCCTTTTa
gi|15 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TCTTTTTtt
gi|16 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GCTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|17 : AAACAA--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----AAT-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|18 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-ATTT-----T---------AAA-T-GTAC-T----TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTCTt
gi|19 : cAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AGAAT-GTCC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|2 : cAAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTTt
gi|20 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTC-TC---C-TCCTTTTt
gi|21 : AAACAA--T-GCA--TCCC-C-T---TT--C-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTAA-AC-TTT-TC---C-ATCTTTTc
gi|22 : AAACAA--T-G-A--TGCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TG--------GAAAT-GTTA-T-G--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|23 : cAAACAA--T-GCA--T-CC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TA--------AAAGT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TT---C-TCCTTTTat
gi|24 : AAAC----T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTT--T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|25 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----C---------AAAAT-GTTG-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTTTTTtt
gi|26 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|27 : AAACAA--T-GCA--TCC--A-T---TT--G-TAA-----A-T-G--T-----T---------AAAGT-G-TA-T-A--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|28 : cAAACAA--T-GCA--TCCC--------C--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|29 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T----------AA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTt
gi|3 : cAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--TTATTCT---------AGAGT-GGTC-T-A--TTCA-AG-TTTGTC---C-TTTTTt
gi|30 : cctAAACA---T-GCA--TCCC-G-T---TT--T-GAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTT
gi|31 : cAAACAA--T-TCA--TCCC-GTT---TT--G-TAA-----A---A--T-----C---------AAA-T-A-TC-T-A---TCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTT
gi|32 : ccA--T-GAA--TTCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------A--GG-GTTC-T-A--TTCA-AG-GTT-TC---C-TTCTT
gi|33 : AAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--C-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTTG-AG-TTT-TT---C-gttttc
gi|34 : ccAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TCGGGG-TTCTTTTc
gi|35 : AAACAA--T-TCA--TACC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TCG--A-TTTTTTTt
gi|36 : cA--T-GCA--TTCC-G-T---TT--T-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTct
gi|37 : AACAA--T-GCA--TCCC-G--------------------------------------------AGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TTCTTTT
gi|38 : cgAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTCC-T-ttc
gi|39 : cCC-G-T---TT--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC------TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTTtctttt
gi|4 : AAACAA--T-GCACGTCCC-G-T---TTTGG-TAG-----A-T----T-----G---------AAACT-GTTC-T-GC-TTCA-AG-TTT-TC---CTTTCTTTTttc
gi|40 : A--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G----------------------------------GGT-GTTT-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---G-TTCTTTTt
gi|41 : A-----A-T-AA-T-----T---------AAAGT-GTTC-T-T--TTTA-AG-TTT-CT---C-TTCTTTTtt
gi|42 : tggAACAA--T--CA--ACCC-G-T---TG--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-tt
gi|43 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AAAGT-ATTT-T-C--TT
gi|44 : cAATAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-
gi|5 : caaac-GCT--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----G-T-A--T-----TTTAATTTAAAAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TT---T-TTCTTTT
gi|6 : aaAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TAA--T-----T---------GAAATGGGTC-T-G--TTCA-GG-TTG-TC---C-TCTTTTTct
gi|7 : cAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--GTTAA-----A-T-AT-T-----T---------GAAAT-GTTC-T-GT-TTCA-AGTTTT-TT---C-TTCTTTTtt
gi|8 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAAATTTTA-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TCT--C-CTCTTtt
gi|9 : cAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----G---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-A--TTT-TT---C-TCCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22 1 11 0 0 333 11 0 22222 0 1 44 22222 555555555 0 0 0 44 2 2 1 333 1
lowQualScore : .. . .. . . ... .. . ..... . . .. ..... ......... . . . .. . . . ... .
lowQualScore : 77 0 33 9 9 333 33 9 33333 9 8 99 33333 555555555 9 9 9 55 0 0 0 888 0
consensus : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
Reference ( family-131 ) : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|1 : AAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTT
gi|10 : cAA--TAGCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TCA--T-----G---------AAAAT-GTTC-TAA--TTCA-AGTTTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|11 : caAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TCCTTTtt
gi|12 : cAAACAA--T-GCT--TCCCTG-A---TT--G-TAA-----T-A-A--T-----T---------AAAAT-GTTCCT-A--TTAA-AG-TGT-TC---C-TTCTTTTctt
gi|13 : cAAACAG--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AACGT-GTTC-T-A--TGCA-AG-GTT-TC---T-TTCTTTt
gi|14 : accAAACAA--C-GGA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-CTT-TT---C-TCCTTTTa
gi|15 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TCTTTTTtt
gi|16 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GCTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|17 : AAACAA--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----AAT-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|18 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-ATTT-----T---------AAA-T-GTAC-T----TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTCTt
gi|19 : cAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AGAAT-GTCC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|2 : cAAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTTt
gi|20 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTC-TC---C-TCCTTTTt
gi|21 : AAACAA--T-GCA--TCCC-C-T---TT--C-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTAA-AC-TTT-TC---C-ATCTTTTc
gi|22 : AAACAA--T-G-A--TGCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TG--------GAAAT-GTTA-T-G--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|23 : cAAACAA--T-GCA--T-CC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TA--------AAAGT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TT---C-TCCTTTTat
gi|24 : AAAC----T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTT--T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|25 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----C---------AAAAT-GTTG-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTTTTTtt
gi|26 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|27 : AAACAA--T-GCA--TCC--A-T---TT--G-TAA-----A-T-G--T-----T---------AAAGT-G-TA-T-A--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|28 : cAAACAA--T-GCA--TCCC--------C--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|29 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T----------AA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTt
gi|3 : cAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--TTATTCT---------AGAGT-GGTC-T-A--TTCA-AG-TTTGTC---C-TTTTTt
gi|30 : cctAAACA---T-GCA--TCCC-G-T---TT--T-GAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTT
gi|31 : cAAACAA--T-TCA--TCCC-GTT---TT--G-TAA-----A---A--T-----C---------AAA-T-A-TC-T-A---TCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTT
gi|32 : ccA--T-GAA--TTCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------A--GG-GTTC-T-A--TTCA-AG-GTT-TC---C-TTCTT
gi|33 : AAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--C-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTTG-AG-TTT-TT---C-gttttc
gi|34 : ccAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TCGGGG-TTCTTTTc
gi|35 : AAACAA--T-TCA--TACC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TCG--A-TTTTTTTt
gi|36 : cA--T-GCA--TTCC-G-T---TT--T-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTct
gi|37 : AACAA--T-GCA--TCCC-G--------------------------------------------AGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TTCTTTT
gi|38 : cgAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTCC-T-ttc
gi|39 : cCC-G-T---TT--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC------TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTTtctttt
gi|4 : AAACAA--T-GCACGTCCC-G-T---TTTGG-TAG-----A-T----T-----G---------AAACT-GTTC-T-GC-TTCA-AG-TTT-TC---CTTTCTTTTttc
gi|40 : A--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G----------------------------------GGT-GTTT-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---G-TTCTTTTt
gi|41 : A-----A-T-AA-T-----T---------AAAGT-GTTC-T-T--TTTA-AG-TTT-CT---C-TTCTTTTtt
gi|42 : tggAACAA--T--CA--ACCC-G-T---TG--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-tt
gi|43 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AAAGT-ATTT-T-C--TT
gi|44 : cAATAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-
gi|5 : caaac-GCT--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----G-T-A--T-----TTTAATTTAAAAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TT---T-TTCTTTT
gi|6 : aaAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TAA--T-----T---------GAAATGGGTC-T-G--TTCA-GG-TTG-TC---C-TCTTTTTct
gi|7 : cAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--GTTAA-----A-T-AT-T-----T---------GAAAT-GTTC-T-GT-TTCA-AGTTTT-TT---C-TTCTTTTtt
gi|8 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAAATTTTA-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TCT--C-CTCTTtt
gi|9 : cAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----G---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-A--TTT-TT---C-TCCTTTT
blockSeqs : CT CG GGA TG ATTTT C TT TATTC TTAATTTAA TT C T G GGG T
blockSeqs : . . . . . A T . G C . T . G .
blockSeqs : . . . . . . T . A T . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** *** **
originalCons : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
finalCons : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22 1 11 0 0 333 11 0 22222 0 1 44 22222 555555555 0 0 0 44 2 2 1 333 1
lowQualScore : .. . .. . . ... .. . ..... . . .. ..... ......... . . . .. . . . ... .
lowQualScore : 77 0 33 9 9 333 33 9 33333 9 8 99 33333 555555555 9 9 9 55 0 0 0 888 0
consensus : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
Reference ( family-131 ) : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|1 : AAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTT
gi|10 : cAA--TAGCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TCA--T-----G---------AAAAT-GTTC-TAA--TTCA-AGTTTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|11 : caAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TCCTTTtt
gi|12 : cAAACAA--T-GCT--TCCCTG-A---TT--G-TAA-----T-A-A--T-----T---------AAAAT-GTTCCT-A--TTAA-AG-TGT-TC---C-TTCTTTTctt
gi|13 : cAAACAG--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AACGT-GTTC-T-A--TGCA-AG-GTT-TC---T-TTCTTTt
gi|14 : accAAACAA--C-GGA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-CTT-TT---C-TCCTTTTa
gi|15 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TCTTTTTtt
gi|16 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GCTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|17 : AAACAA--T-ACA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----AAT-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|18 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-ATTT-----T---------AAA-T-GTAC-T----TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTCTt
gi|19 : cAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AGAAT-GTCC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|2 : cAAACAACTT-GCA--TCC--G-TGGATT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC-T-ATTTTCACAG-TGT-TC---C-TTCTTTTt
gi|20 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTC-TC---C-TCCTTTTt
gi|21 : AAACAA--T-GCA--TCCC-C-T---TT--C-TAA-----A-T-AT-T-----T---------TAAGT-GTTC-T-A--TTAA-AC-TTT-TC---C-ATCTTTTc
gi|22 : AAACAA--T-G-A--TGCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TG--------GAAAT-GTTA-T-G--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|23 : cAAACAA--T-GCA--T-CC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----TA--------AAAGT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TT---C-TCCTTTTat
gi|24 : AAAC----T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTT--T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTTt
gi|25 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----C---------AAAAT-GTTG-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTTTTTtt
gi|26 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTTT
gi|27 : AAACAA--T-GCA--TCC--A-T---TT--G-TAA-----A-T-G--T-----T---------AAAGT-G-TA-T-A--TTCA-G---TT-TC---C-TTCTTTT
gi|28 : cAAACAA--T-GCA--TCCC--------C--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTtt
gi|29 : cAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T----------AA-----T-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TCT-TC---C-TTCTTTTt
gi|3 : cAACAA--T-GCA--TCCC-A-T---TT--G-TAA-----A-T-A--TTATTCT---------AGAGT-GGTC-T-A--TTCA-AG-TTTGTC---C-TTTTTt
gi|30 : cctAAACA---T-GCA--TCCC-G-T---TT--T-GAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTT
gi|31 : cAAACAA--T-TCA--TCCC-GTT---TT--G-TAA-----A---A--T-----C---------AAA-T-A-TC-T-A---TCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTT
gi|32 : ccA--T-GAA--TTCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------A--GG-GTTC-T-A--TTCA-AG-GTT-TC---C-TTCTT
gi|33 : AAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--C-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTTG-AG-TTT-TT---C-gttttc
gi|34 : ccAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--CTCA-AG-TTT-TCGGGG-TTCTTTTc
gi|35 : AAACAA--T-TCA--TACC-G-T---TT--G-T---------------------------------GT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TCG--A-TTTTTTTt
gi|36 : cA--T-GCA--TTCC-G-T---TT--T-TAA-------T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---C-TTCTTct
gi|37 : AACAA--T-GCA--TCCC-G--------------------------------------------AGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TT---C-TTCTTTT
gi|38 : cgAAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-GTCC-T-ttc
gi|39 : cCC-G-T---TT--G-TAA-------T-A--T-----T---------AAAAT-GTTC------TTCA-AG--TT-TC---C-TTCTTTTtctttt
gi|4 : AAACAA--T-GCACGTCCC-G-T---TTTGG-TAG-----A-T----T-----G---------AAACT-GTTC-T-GC-TTCA-AG-TTT-TC---CTTTCTTTTttc
gi|40 : A--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G----------------------------------GGT-GTTT-T-A--TTCA-AG-TTT-TC---G-TTCTTTTt
gi|41 : A-----A-T-AA-T-----T---------AAAGT-GTTC-T-T--TTTA-AG-TTT-CT---C-TTCTTTTtt
gi|42 : tggAACAA--T--CA--ACCC-G-T---TG--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------GAAAT-GTTC-T-G--TTCA-AG-tt
gi|43 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----A---------AAAGT-ATTT-T-C--TT
gi|44 : cAATAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----T---------AAAAT-
gi|5 : caaac-GCT--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----G-T-A--T-----TTTAATTTAAAAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AG-TTT-TT---T-TTCTTTT
gi|6 : aaAAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-TAA--T-----T---------GAAATGGGTC-T-G--TTCA-GG-TTG-TC---C-TCTTTTTct
gi|7 : cAACAA--T-GCA--TCCT-G-T---TT--GTTAA-----A-T-AT-T-----T---------GAAAT-GTTC-T-GT-TTCA-AGTTTT-TT---C-TTCTTTTtt
gi|8 : AAACAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAAATTTTA-T-A--T-----T---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-AA-TTT-TCT--C-CTCTTtt
gi|9 : cAA--T-GCA--TCCC-G-T---TT--G-TAA-----A-T-A--T-----G---------AAAGT-GTTC-T-A--TTCA-A--TTT-TT---C-TCCTTTT