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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|1 : --T-G-TT-TTA---GTC---ATAAT-A-TT-T---C-CT-G-CC-G-GATGAA-A-T--G-T--TT-T-T-T--C--CA-AA-CCGAA-A-GT--G-TCC--A--AAAA-CTGA-G-TACCAGG-TCAAC----T----T--T--T------------A--TA--TTT---ATTTTTC------A--G--C--A-CG-ATTC-A---TG-T------AC-A--C--TCC-A-T---G-T-GGA--A-TTTT--C--AG-T-C---ATAT---T-T-AT----G-A----A--C-
gi|10 : ttaaaattaAACG-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A---A-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTAGG-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---T--CCA--GA--AA--TTT---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T----G-G------A--G--C--TAC-A-T---G-TGGCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-A-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---TATAC------------GG-----------AAG----GTAATGAAGAGA---------A---C-CTG-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGCcttcgagatgccagatttcactgaataaaagaacatgaatcattccatttgattagtagtaatcctaaaaggcagttttcgttattcgttaaagctttgaagaatgtacctattcttcatctatgaatattctcc
gi|11 : TT---TA-T-CAAACA-GA-TAAGA-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-C--A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCACAGA--AA--TTT----A----A------A--A--A--A-TGAATTT-T---TG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--GG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
gi|12 : -T-CAGACGAGA-TAATATA---G-A-C--T-G-TA-TTA---AGT---T-AAC-A-GC--GATT-CC-A-CCAA-AA--AG-T-T--G----TA---T-T--G--CACAA-TCGGA----TA-GTTGC--C--G-AA-TTGG-G-C-----G-TT-------T----T--T--T---A--TTT---A--AA--TTG---AG----A------AGGA--A--A-TG-ATGT-T---CG-C------AT-G--C--TCA-A-T---A-T-GAA--A-TATT--C--AG-A-C---GT-T---TAT-GC----G-A----AG-C-T--------------------------T----------------CA-----------AA-----G---------AA---------A---C-T-G-G--GA--TT-G---Tt
gi|13 : -T-CAAACG-AA-TAA-T-A---G-A-C--T-G-TA-T-A---AGA---A-ACA-A-TA-TG--T-CCCA-CC-A-GA---G-T-T--G-A--TATC-T-T--T--CA-AA-TTTGG-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTTG-G-C-----A-TT-------T----T--TGAT--------T--GA--AA--CTG---AA----G------A--AT-A--A-TG-ATAT-TCCCCG-GC-----ATGG--C--TCA-A-TA--A-T-GAA--A-TATTC-C--AGAC-C---A--T---T-T-AT----G-A----A--C-T------TT------------------------------------------------AAA----G---------AA---------A---C-T-G-G--gtgcaagaaccgaagttgatttaggg
gi|14 : TGAGA-AATTTAAT----TT-TTTTA-GAATAACAATGTT---TA-T-CCAACA-CA-TCA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTG---AGT---A-AGT-A-TT-TT--T-CC-A-CT-G-GA--AG-T-T--A-A--TA-T-T-T--C--CA-AA-CCAGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-TGG---G-TT-------T----T--T----------CT--GA--AA--TAT---TC----A------G--A--A--A-TG-ATTC-G---TG-A------AT-G--C--CAC-A-T---G-T-GCA--C-TGTT--C--AA-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--ggatgtatggcaagaacttgtaggttgttt
gi|15 : GTT---TA-T-CAAACATGA-TAA-A-A---GGA-C--T-G-TA-TTATAGAGT---A-AGT-AATC-TG--CATC-A-CC-G-AA-----T-T--G-AA-TA-T-T-T--C--CA-AA-C-GGA-A-GT--G-TGCA-C--GAAA-TTGG-G-T-----T-TT-------T----T--T--C---C--CCT--G---AA--TTT---CA----A------A--A--A--A-TG-ATTC-T------G------AT-G--C--T-T-A-T---G-T-GCA--TATGTT--C--AG-T-CA--AT-T---T-T-AT----G-A----T--C-T------AT--------------A---T-----------------------------------------------AT--------A---C-C-G-G--AAG-Tgttaaaatataccg
gi|16 : --T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCTGA-A-GTA-G-TGA-----GAAA-TTGG---T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCA--GA--AA--TTA---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T---TG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------ATATATACCGGAAGTAA---T----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTCAGCgattcgacagagaaccg
gi|17 : T-TTA---AGTCA-A-AAT---TC-T---T-CC-A-CC-A-GA--AC-T-G--G-A--TA-C-T-T--T--CA-AA-CTGGG-A-GTA-G-TGC--C--AAAA-TTGA-G-C-----G--C-------T----T--T--T---C--ATT--GA--AA--CTT---TG----G------A--A--A--A-TG-ATTC-C---TG-G------AT-GCTC--TTC-A-T---G---GAA--T-T-TT--C--TG-T-C---AT---------------------------T------AT--------------A---T---------------------------------------------------------A---C-C-G-G--AA--TT-G---TT--TAA---A---
gi|18 : tttttattcagtatgtaagaaaagcaata--GAAA-TTGG-GCT-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCT--GA--AA--TTC---AA----A------A--G--ATTATTG-A-TT-G---CG-GAATTATAT-GC-C--TAT-A-TAA-G-T-GCACCT-TGTT--CGTAG-T-CCAAGT-TTTAT-T-AT----G-AAACTA--C-T------AT--------------A---TTACACGGGAAGTAGTCGA-----------AGA----G---------AA---------A---C-C-G-G--AAGCTT-ACTCTT--GAA---ATATTCCGATTGCTTTATGCga
gi|19 : -CC-A-GA--AG-T-T--GCA--TA-C-T-T--TTTCA-AA-TCAGATA-GTA-G-TGC--C--GAAAAGTAG-G-C-----G-TT-------T----A--T--T---G--ATT--GA--AA--CTA---GA----A------T--A--C--A-TG-ATTT-C---CGCA------AT-G--C--TCA-A-T---A-T-GAA--A-TATCG-C--AG-A-CG--AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------
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gi|23 : ATTTCAC----TT-TTTCC-ATCTGA-AATGTT---TA-T--AAAAG-TG-TAG-A-A---G-A-C--C-A-TT-TAA---AGT---C-TGA-A-TA-TG--T-TC-A-TT-A-GA--CG-T-G--G---------T-T------A-AA-CTGTA-T-ATT-G-TAC--C--GAAA-TTGG-G-C-----G-TT-------ggatgcatgacaagaaatcgtaaagtgttta
gi|24 : aatataggcaat----A------A--A--A--A-TG-ATTC-G---TG-G------AT-G--T--TAT-A-T---G-T-GGA--C-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---A-T-AT----A-A----AGTC-TTG----AT--------------ATACT----------------GA-----------AAGTTGTA---------GA---------AAAGCAC-G-G--AAG-CT-G---TT--GAA---
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gi|26 : gtttctaaattaa--T-G-TT-TTC---AGT---C-ATA-A-TA-TT--T-CC-A-TC-G-GA--TG-T-A--G-T--TT-C-T-T--C--CA-AA-CCGAA-AGGTA---TCC--A--AAAA-CTGA-G-T-----accagggcaattttca
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gi|1 : --T-G-TT-TTA---GTC---ATAAT-A-TT-T---C-CT-G-CC-G-GATGAA-A-T--G-T--TT-T-T-T--C--CA-AA-CCGAA-A-GT--G-TCC--A--AAAA-CTGA-G-TACCAGG-TCAAC----T----T--T--T------------A--TA--TTT---ATTTTTC------A--G--C--A-CG-ATTC-A---TG-T------AC-A--C--TCC-A-T---G-T-GGA--A-TTTT--C--AG-T-C---ATAT---T-T-AT----G-A----A--C-
gi|10 : ttaaaattaAACG-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A---A-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTAGG-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---T--CCA--GA--AA--TTT---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T----G-G------A--G--C--TAC-A-T---G-TGGCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-A-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---TATAC------------GG-----------AAG----GTAATGAAGAGA---------A---C-CTG-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGCcttcgagatgccagatttcactgaataaaagaacatgaatcattccatttgattagtagtaatcctaaaaggcagttttcgttattcgttaaagctttgaagaatgtacctattcttcatctatgaatattctcc
gi|11 : TT---TA-T-CAAACA-GA-TAAGA-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-C--A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCACAGA--AA--TTT----A----A------A--A--A--A-TGAATTT-T---TG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--GG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
gi|12 : -T-CAGACGAGA-TAATATA---G-A-C--T-G-TA-TTA---AGT---T-AAC-A-GC--GATT-CC-A-CCAA-AA--AG-T-T--G----TA---T-T--G--CACAA-TCGGA----TA-GTTGC--C--G-AA-TTGG-G-C-----G-TT-------T----T--T--T---A--TTT---A--AA--TTG---AG----A------AGGA--A--A-TG-ATGT-T---CG-C------AT-G--C--TCA-A-T---A-T-GAA--A-TATT--C--AG-A-C---GT-T---TAT-GC----G-A----AG-C-T--------------------------T----------------CA-----------AA-----G---------AA---------A---C-T-G-G--GA--TT-G---Tt
gi|13 : -T-CAAACG-AA-TAA-T-A---G-A-C--T-G-TA-T-A---AGA---A-ACA-A-TA-TG--T-CCCA-CC-A-GA---G-T-T--G-A--TATC-T-T--T--CA-AA-TTTGG-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTTG-G-C-----A-TT-------T----T--TGAT--------T--GA--AA--CTG---AA----G------A--AT-A--A-TG-ATAT-TCCCCG-GC-----ATGG--C--TCA-A-TA--A-T-GAA--A-TATTC-C--AGAC-C---A--T---T-T-AT----G-A----A--C-T------TT------------------------------------------------AAA----G---------AA---------A---C-T-G-G--gtgcaagaaccgaagttgatttaggg
gi|14 : TGAGA-AATTTAAT----TT-TTTTA-GAATAACAATGTT---TA-T-CCAACA-CA-TCA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTG---AGT---A-AGT-A-TT-TT--T-CC-A-CT-G-GA--AG-T-T--A-A--TA-T-T-T--C--CA-AA-CCAGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-TGG---G-TT-------T----T--T----------CT--GA--AA--TAT---TC----A------G--A--A--A-TG-ATTC-G---TG-A------AT-G--C--CAC-A-T---G-T-GCA--C-TGTT--C--AA-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--ggatgtatggcaagaacttgtaggttgttt
gi|15 : GTT---TA-T-CAAACATGA-TAA-A-A---GGA-C--T-G-TA-TTATAGAGT---A-AGT-AATC-TG--CATC-A-CC-G-AA-----T-T--G-AA-TA-T-T-T--C--CA-AA-C-GGA-A-GT--G-TGCA-C--GAAA-TTGG-G-T-----T-TT-------T----T--T--C---C--CCT--G---AA--TTT---CA----A------A--A--A--A-TG-ATTC-T------G------AT-G--C--T-T-A-T---G-T-GCA--TATGTT--C--AG-T-CA--AT-T---T-T-AT----G-A----T--C-T------AT--------------A---T-----------------------------------------------AT--------A---C-C-G-G--AAG-Tgttaaaatataccg
gi|16 : --T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCTGA-A-GTA-G-TGA-----GAAA-TTGG---T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCA--GA--AA--TTA---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T---TG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------ATATATACCGGAAGTAA---T----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTCAGCgattcgacagagaaccg
gi|17 : T-TTA---AGTCA-A-AAT---TC-T---T-CC-A-CC-A-GA--AC-T-G--G-A--TA-C-T-T--T--CA-AA-CTGGG-A-GTA-G-TGC--C--AAAA-TTGA-G-C-----G--C-------T----T--T--T---C--ATT--GA--AA--CTT---TG----G------A--A--A--A-TG-ATTC-C---TG-G------AT-GCTC--TTC-A-T---G---GAA--T-T-TT--C--TG-T-C---AT---------------------------T------AT--------------A---T---------------------------------------------------------A---C-C-G-G--AA--TT-G---TT--TAA---A---
gi|18 : tttttattcagtatgtaagaaaagcaata--GAAA-TTGG-GCT-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCT--GA--AA--TTC---AA----A------A--G--ATTATTG-A-TT-G---CG-GAATTATAT-GC-C--TAT-A-TAA-G-T-GCACCT-TGTT--CGTAG-T-CCAAGT-TTTAT-T-AT----G-AAACTA--C-T------AT--------------A---TTACACGGGAAGTAGTCGA-----------AGA----G---------AA---------A---C-C-G-G--AAGCTT-ACTCTT--GAA---ATATTCCGATTGCTTTATGCga
gi|19 : -CC-A-GA--AG-T-T--GCA--TA-C-T-T--TTTCA-AA-TCAGATA-GTA-G-TGC--C--GAAAAGTAG-G-C-----G-TT-------T----A--T--T---G--ATT--GA--AA--CTA---GA----A------T--A--C--A-TG-ATTT-C---CGCA------AT-G--C--TCA-A-T---A-T-GAA--A-TATCG-C--AG-A-CG--AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------
gi|2 : tcctacAAA-AATTTCAAGTAATTATTTTA-ATTTAA-CATGTTAGGT--T-CCAACG-GACTAA-A-A---G-A-C--T-A-TTATTA---AGT---AGAGTTA-TC-TG--TGCC-AACC-G-GA--AG-TCT--G-AATCA-T-TCT--C--CA-AA-CCG---A-GTA-G-TGC--CTTGAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------TGGGCT--T--C---CGGCCT--GA--AA--TTTCC-AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-TGC-TG-GCC----AT-G--C--TATTA-TTCTGCT-GCA--T-TGTTTTC--AG-TTC---AT-T---A-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---TATCATCG---------GAATTAGTGTTCCAAG----A---------GA---------A---C-C-G-GAAAAG-TT-C---TT--GAG---AT--TTCGATTCTTttcaaaaaaactgggatggatgggcaagaacgtagttgtttaga
gi|21 : aat-TGC--C--GAAA-TTGG-GCT-----G-TT-------A----TGAT--T--------T--AA--AA--CTG---GA----G------A--ATAA--A-TG-ATTT-C---CG-C------AT-G--C--TTA-A-T---A-T-GAA--A-TATT--C--AG-A-G---A--T---T-T-AT----GAA----A--C-T--------------------------T----------------CA-----------AA-----G---------AA---------A---C-T-G-G--
gi|22 : -TGC--C--GAAA-TTGGCG-T-----G-TT-------TGA--T--T--T------------A--AA--CTG---AG----A------A--T--A--A-TG-A-TT-T---CG-C------AT-G--C--TTA-A-T-----T-AGA--A-TATT--C--AG-A-CG--AT-A---T-T-AT----G-A----AG-C-T--------------------------T----------------CA-----------AA-----G---------AA---------A---C-T-G-G--ggatgtatacaaggatgaaagtttgttta
gi|23 : ATTTCAC----TT-TTTCC-ATCTGA-AATGTT---TA-T--AAAAG-TG-TAG-A-A---G-A-C--C-A-TT-TAA---AGT---C-TGA-A-TA-TG--T-TC-A-TT-A-GA--CG-T-G--G---------T-T------A-AA-CTGTA-T-ATT-G-TAC--C--GAAA-TTGG-G-C-----G-TT-------ggatgcatgacaagaaatcgtaaagtgttta
gi|24 : aatataggcaat----A------A--A--A--A-TG-ATTC-G---TG-G------AT-G--T--TAT-A-T---G-T-GGA--C-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---A-T-AT----A-A----AGTC-TTG----AT--------------ATACT----------------GA-----------AAGTTGTA---------GA---------AAAGCAC-G-G--AAG-CT-G---TT--GAA---
gi|25 : actttg--T-G-TT-TTC---AGTCTTA-ATT-A-T------T-CC-T-CC-G-GA--TA-A-A--G-G--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGAA-A-ATT-G-TCC--A--AAAA-CTGA-G-T-----
gi|26 : gtttctaaattaa--T-G-TT-TTC---AGT---C-ATA-A-TA-TT--T-CC-A-TC-G-GA--TG-T-A--G-T--TT-C-T-T--C--CA-AA-CCGAA-AGGTA---TCC--A--AAAA-CTGA-G-T-----accagggcaattttca
gi|28 : tacaatgaTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT------------------------------------------------AAA----T---------AT---------A---C-C-A-A--AAG--T-G---TT--GAaacagggcagtttt
gi|29 : ----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-G-GCG--AAG-TG-G---CT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAcagagaaccgg
gi|3 : -TAA-A-A---T-A-A--T-G-GT-TTC---AGT---C--GT-AATA-TT--T-CC-A-TC-A-GA--TG-T-A--G-G--TT-C-T-T--C--CA-AA-CCGAA-A-GTT-A-TCC--A--AAAA-CTGA-G-T-----A-TCAGCGCAGT----T--T--T---C--ATC--AT--AA--CTT---TC----A------G--G--C--A-TG-ATTC-A---TG-T------AC-G--C--TCA-A-T---G-T-GGA--T-TTGT--C--AG-T-T---AT-A---T-T-AT----G-A----A--C-C-------T--------------A---T----------------GA-----------GAT----G------------------------C-C-A-G--AAG-Ttggctct
gi|4 : gtttcGAGACAATTTCAAA---TT-TTTTATATCTGA---TGGT---TAATACAAACG-GA-TAA-A-A---G-AAC--T-A-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-TCGA-A--TA-T-T-TTGC--CA-AAACCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----GTTT-------T----T--T--T---C--CCT--GAAGAA--TTTCAAAA----A------A--A--A--A-TG-ATTTGT---TT-G------AT-G--CTATAG-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--T--CA-T-C---AT-T---TATAAT----G-A----A--TAT------AT--------------A---TACCCA-----------GAAGTGTTCG---AAG----A---------GA---------A---C-CGG-G--AAG-TTCT---TT--GAA---AAG-TTCGATTCTTTTgaataaagaagaaccaggaagtatcttaaattgatcagtctaatttctaaagcagttttcgttaaactttgaagaatatgcttattccttacaactatgatttttc
gi|5 : AGA-AATTTCAA----TT-TTT-A-ATT-AA-AATGTT---TT-T-CAAATG-GA-TAA-A-A---G-A-CT-T-GTTT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-TC-GTGA--AGTT-T--G-A--TA-----T--T--CA-AA--CGGA-A-G-A-G-TGTGAA--GAAA-TTGG-G-T-------TT-------T----T--T--TCCAC--CCT--GA--AAATTTC---GA----A------A--A--A--A-TG-ATTG-G---TG-G------AT-G--C--TTA-ATT---G-T-GCA--T-TGTT--G--CG-T-C---A--T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---TATACCG----------GAAAGTGTTCG--AAG----A---------GA---------AAC-C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGCATCTTTTATGCtaatgct
gi|6 : ATGCAA-ATTTTCAA----TT-TCCTC-ATTTTA-AACGTT---TA-T-TAAACG-GA-TAA-T-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---CTGGT---TA-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--CA-C-T-G--C--TA-AA-CCGGA-A-ATA-T-TAC--C--ACAA-TTGG-C-C-----G-TT---------------------------G--GA--AA--TTT---TA----AGTTTTGA--A--A--A-TG-ATTC-C---TG-G------AT-G--C--TTT-C-T---G-A-GAA--A-GTTT--C--CG-T-C---AT-A---A-T-ATACCGG-A----A--T-T------AT--------------A---T------------------------------AT----A---------GAT--------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TTTAGAATCTA---TTGTATTTTTTTccttt
gi|7 : atATGAGA-AATTTCAA----TT-TTTTA-ATTTAA-AATGTT---TA-T-CAAACA-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CT-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCA--GA--AA--TTT---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T---TG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----G---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
gi|8 : AACG-GA-TAA-A-AAA-G-A-C--TTG-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A--C-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-CTT-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA--TGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCA--GA--AA--TTT---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-TG--GG-G------AT-G--C--TAC-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C----T-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------ATATATTACGGAAGTAA---T----------------GA-----------AAG----A---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
gi|9 : -TTTCA-TTTTTG-AATGTT---CA-T--------AA-TAA-A-ATTTA-A-CAGT-G-TT-TCA---AGT---C-A-T-A-TCATT--T-CC-A-TT-G-GA--AA-T-T--G-G--TT-C-T-T--C--CA-CA-CTGGA-A-GTT-G-T-C--C--AAAA-ATCA-A-C-----G-TT-------T----T--T--C---A--TC---GA--AA--TTT-----------------------------------T---CA-G------A------------------------G--T-TTTT--C--AG-T-C---GT-T---T-T-AT----G-G----A--C-TTTAGAGAT--------------AC--C----------------GA-----------AAG----T---------GAATAGAAAATA---C-C-A-G--AAG-TT-G---TT--TAG---A---ATTGATt
blockSeqs : C GTAA A T A C AGG A A A C G T TTT G A AG T T A TAG CTTA T A CA GAT A C A A T A T C CG AAT TC C TG TT C A T G AG T GA TT A C C GG T AGCGCAGT GA GA CCACCCT AG AT TAAGTTTTG GG TA TT T A GCGGAATTAT G CT TA ATT T TCT C G C CCT TT GT A T CAA . TTA A A ACCG A AACT GT A ATATATCATCGGAATTAGTGTTCCAAGAGA AAG A G C AA C C CTC TA TCT TAT
blockSeqs : . A . . G A . . . T . T . AA . . T . . . . CAA . A C G G . . . . A . . . AA CT . . . . . . . A . A . . . C . . TGGGC . . CCCACA . . CAAAAA . T . . . TCCCCGGC . C . AC . AA . . C TA C . . . A . . A . . . . G . ATATTACACGGGAAGTAGTCGAAGAGAA AC . . . . . . . . . AG
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . AG . . C G . . . . . A . . . CA C . . . . . . . A . . . . . . . . TGA . . CGGCCT . . CCAAA . . . . . TGCTGGCC . . . AC . A . . A T G . . . G . . . . . . . G . TTAGAGATACCGAAAGTGAATAGAAAAT . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . CT . . C G . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . TCCA . . AAA . . . . . CCGCA . . . CA . . . . A T . . . . G . . . . . . . . . ATATATACCGGAAAGTGTTCGAAGAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . A . . A T . . . . . A . . . A T . . . . . . . A . . . . . . . . T . . ATTT . . AGA . . . . . GTTTG . . . CA . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . ATATATACCGGAAGTAATGAAAGAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . T G . . . . . A . . . A T . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CCCT . . AAG . . . . . TGGGG . . . AC . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . ATATATTACGGAAGTAATGAAAGAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C G . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CCCA . . TCA . . . . . TTGG . . . AC . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . ATATACCCAGAAGTGTTCGAAGAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C G . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CATT . . CAA . . . . . TCGC . . . TC . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . TGATATACTGAAAGTTGTAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C T . . . . . C . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CCCT . . AAA . . . . . GTGA . . . AT . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . ATATGAAAGAGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . A T . . . . . T . . . G T . . . . . . . T . . . . . . . . T . . GATT . . TGG . . . . . TTGG . . . CA . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . ATATGAAAGGGA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . A G . . . . . T . . . T C . . . . . . . T . . . . . . . . T . . CATC . . AAA . . . . . CTGG . . . TA . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . ATATATAGAT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . A G . . . . . T . . . G C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CCCT . . GAA . . . . . CCGC . . . TA . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . TATGAGATG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . C G . . . . . A . . . A C . . . . . . . T . . . . . . . . T . . CCCA . . GAG . . . . . TCGC . . . AT . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . TCAAAGAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . C G . . . . . A . . . A T . . . . . . . A . . . . . . . . A . . CCCA . . AGA . . . . . GTGG . . . CA . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . TTAAAGAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . A G . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . ATC . . TCA . . . . . ATGT . . . AG . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . TCAAAGAA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C T . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . CT . . GAA . . . . . GTGG . . . TA . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . TCAAAGAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C . . . . . . A . . . A C . . . . . . . A . . . . . . . . T . . T . . AAA . . . . . CTGG . . . TT . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . ATAAATAT . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . T . . AAA . . . . . TTGG . . . AC . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . ATATAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . G . . AA . . . . . TCAG . . . AC . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGG . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A* A**** G** A** A* ***** T*********** CCCN******* AAA*************
originalCons : ATGAGA-AATTTCAA----TT-TTTTA-ATTTAA-AATGTT---TA-T-CAAACG-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TT-------T----T--T--T---C--CCT--GA--AA--TTT---AA----A------A--A--A--A-TG-ATTT-T---CG-G------AT-G--C--TNN-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----G---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
finalCons : ATGAGA-AATTTCAA----TT-TTTTA-ATTTAAA-ATGTT---TA-T-CAAACG-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGTA----AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GAA--G-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--GAAA-TTGG-G-T-----G-TTT-----------T--T--TCCCN-------GA--AA--TTTAAA-------------A--A--A--A-TG-ATTT-T---CG-G------AT-G--C--TNN-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----G---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTGACTTAGTGATAATTTGTAATGAACTTATGAGATGCCAAAATTGAATAAAGAAGAACCATGAAGTATTTGAAATTGATCAGCCTAATCTATAAAGCAGTTTTCGATAAACTTTGAATAACGTGCTTATTCCTTAAAACTATGATTTTTCTTAC
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Alignments
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Reference ( family-1273 ) : ATGAGA-AATTTCAA----TT-TTTTA-ATTTAA-AATGTT---TA-T-CAAACG-GA-TAA-A-A---G-A-C--T-G-TT-TTA---AGT---A-AGT-A-TC-TG--T-CC-A-CC-G-GA--AG-T-T--G-A--TA-C-T-T--C--CA-AA-CCGGA-A-GTA-G-TGC--C--G-AAATTGG-G-T-----G-T---T-------T----TT--T---C--CCN--GA--AA--TTT---A----AA------A---------A-A--A-TG-ATTT-T---CG-G------AT-G--C--TNN-A-T---G-T-GCA--T-TGTT--C--AG-T-C---AT-T---T-T-AT----G-A----A--C-T------AT--------------A---T----------------GA-----------AAG----G---------GA---------A---C-C-G-G--AAG-TT-G---TT--GAA---A---TTCGATTCTTTTAAGC
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