lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 333333333333333333333333 11111 3333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1 11 77777777777 6666666
lowQualScore : 3 88 44 444 2 3 11 888888888888888888888888 3 77777 6666666666666666666666666666666666666 1 2 333333333333333333333333333333333333333333333333 222 8 6 3 5 22 6 33333333333 5555555
lowQualScore : . .. .. ... . . .. ........................ . ..... ..................................... . . ................................................ ... . . . . .. . ........... .......
lowQualScore : 6 66 55 111 7 1 00 222222222222222222222222 6 11111 1111111111111111111111111111111111111 0 2 222222222222222222222222222222222222222222222222 333 0 8 8 0 00 0 55555555555 0000000
consensus : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTNAGATT-C-GAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------GCCT-GTCT----GTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANCTTTTA-A---TG-----GCA-AG-G--GT-GGGACTTTCA--TA-TT---NCATGTGTATT-CCTTGTGACA-GTACCAATGTCTTTGGCCCCAGGGTGGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCTCA
Reference ( gi|1 ) : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGATT-C-GAGAGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------GCCT-GTCC----GTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATAACTTTTG-A-C-TG-----GCA-AGTA--AT-GGGACTTTCA--TA-TT---ACATGTGTGTT-CCTTATGACAGGTACCAACATTTTTGGCC------TG---ACCTTGAAGTTTGACCTACTTTTCAAAATGGTAATGTGATAGACTTTTTCATATTTCACATGCATAATCCATTTGAGCAAGCCTTTCACTGCATGTGGAATCCGGGGGCATCAGTGTTTTCACAACGAGCCATCTTGAT
gi|4 : TTTTT-TG-CCTCCA-GGAATCAAAGATT-C-TGGGTCATA-TAG-TTT-----------TT-----------GCCT-GTCT----GTCTGT--------G---GCAAAAAAAAAAC--T-T--GAA---ACCTTATCTTTTACA-C-T------ACA-AAGA--GT--AGACATTCA--TA-TT---TGATGCGTGT
gi|3 : TTTTTATA-CCCCCCAGGAGTTCAAGATT-T-GAAGGCATA-CAGTTTTGGCCTGTTTCTCT-----------GCCT-GTCT----GTCTGT----C---TATGGC-----AAAAACGTT-T--ACA----CCATAGCCT-----------------------------------TCA--TA-TTTTGGCATGTGTATT-CCTTGTGGCAa
gi|2 : TTTTTATG-CCCCC--ATAATTGGATATT-T-G---GTCTG-T--TTCT-----------CT-----------GTCT-GTCT----GTCTGTCTGGC---T---GC-----AAACCT--T-T--AATTTGGCCATAACTTTGA-A-TGTG-----GCATAG-A--GT-G----TTTCATGTA-TC---ATATGTTAATTGCCTTGTGAa
gi|15 : TTTTTATG-CCCCT--GGGATCTTTGATT-C-AAGCGCATA-AA----T-----------TT-----------GCCT-GTCT----Gg
gi|13 : tagttttTTTTTATGGCTCCC--AGAATCTCAGATT-C-AA------------TTT-----------TT-----------GCTT-GTCCATCTGTCTGT----C---C---AC-----AAA
gi|14 : atTTTTTACG-CCCTG--AGAATCTTTGAT-----AG-GCACAATAGTTTT-----------TG-----------GCCT-GTCT----GTTTGT----C---T---G
gi|17 : TTTCTATG-TCCCC--GGAATCTTTGATT-T-GAGGTCATA-TAt
gi|11 : tTTTTATG-CTCAA--GGAATCAAAAACT-C-TAGAGCATA-CAGTATTAGA--------AT-----------ATCT-GTCT----TTCTGT--------G---GC-----AAAA
gi|18 : TATG-CCCCC--GGAATCTTAGATT-C-GGGGGCATA-
gi|18 : TATG-CCCCC---GAATCTAAGATTCC-GGGGGCATA-
gi|8 : TG-CCCCT--GGAATCTTTGATT-TTGAGGGAATA-TGATTTT-----------TCAATTATTTTTGGCCT-GTCCATCTGTTTGT----C---C---ACAGG--AAAAAC--T-TTAACAT
gi|5 : T-C-GAG-GCAAA-TTGTTTC-----------TT------------CCTAGTCT----GTTTGT----CTATC---TT-----AAAA----------CAT-GTCCATAACTCTTA-A-A-TG-----GTG-AGTG--ATGGGGACTT--A--TG-TT---TCAC-T---TT-CTTTATGACA
gi|12 : ttttatatgtttttttaactgATA-TAGTTTT-----------G------------GCCT-GTCC----GTCTGT----C---T---G
gi|7 : AGTTGT-----------TT-----------ATCT-ATTT----GTCTAT----C---C---AT-----CAAAAT--TGT--AGCTTGGTCATAACATTTG-AAT-TGATGTTGCA-AGTG--CT-AAAATATT-------TT---CCAAGTGTATT-CCTTATAACAtcgtcagtctttagctattgtaatatcgtatacaccat
gi|6 : -----AAAAAA--T-TGAACCTTGGCTCTATCTGTCA-A----G-----TCA-AGGGGGAT-AGGACTTTAA--TAATT---GCATGTCTTAT-CTTT-TG----GTACCAATGTCTTTGACCCCAGGGTG---ACCTTGA-------CCTACTTTTCA
gi|16 : TTGGCC------TGGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTTCTTGTTCCTGTCTGTATGTAGCAAAAAACCACTTGGTCATATCTTTTACACTAATAAAAGTAGTAGACCTTTC
Unaligned ( gi|10 ): GTCTGTCTGTGGGTAAAAAGAAAAGCTTTATAATTTTTACACCATAAGAGATAGACCTTTCATATTTGACATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 2222222222222222 111111 66666666666666666666666666666666666 1111 11 1 8888888 2222222
lowQualScore : 3 88 11 3 0 3 0 333333333333333333333333 44 7777 7777 3333333333333333 777 5 555555 1 22222222222222222222222222222222222 6 2222 55 88 1 3 0 9999999 1111111 0
lowQualScore : . .. .. . . . . ........................ .. .... .... ................ ... . ...... . ................................... . .... .. .. . . . ....... ....... .
lowQualScore : 6 66 55 6 4 3 5 555555555555555555555555 66 1111 1111 5555555555555555 111 0 666666 0 88888888888888888888888888888888888 7 7777 88 88 4 8 0 0000000 7777777 7
consensus : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCTG----TC----TGTCTGT----CC---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TTA-A--TG--GC-A-AG-AG---TGGGACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTGTGACA-GTACCAACGTCTTTGGCC-------GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
Reference ( family-12336 ) : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTNAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCTG----TC----TGTCTGT----CC---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TTA-A--TG--GC-A-AG-GG---TGGGACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTGTGACA-GTACCAATGTCTTTGGCCCCAGGGTGGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCTCA
gi|1 : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGAGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCTG----TC----CGTCTGT----CC---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATAAC--TT---TTG-AC-TG--GC-A-AGTAA---TGGGACTTTCATA-TT---ACATGTGT--GTT-CCTTATGACAGGTACCAACATTTTTGGCC---------TGACCTTGAAGTTTGACCTACTTTTCA
gi|11 : TTTTATG-CTCAA--GGAATCAAAAA-CTCTAGAGCATA-CAGTATTAGA--------AT-----------A--TCTG----TC----TTTCTGT-----G---GC-----AAAAaaatggtaatgtgatagactttttcatatttcacatgcataatccatttgagcaagcctttcactgcatgtggaatccgggggcatcagtgttttcacaacgagccatcttgat
gi|12 : ATA-TAGTTTT-----------G------------G--CCTG----TC----CGTCTGT----CT---G
gi|13 : TTTTTATGGCTCCC--AGAATCTCAGA-TTCAA------------TTT-----------TT-----------G--CTTG----TCCATCTGTCTGT----CC---AC-----AAAtcgtcagtctttagctattgtaatatcgtatacaccat
gi|14 : atTTTTTACG-CCCTG--AGAATCTTTGA-T----AGGCACAATAGTTTT-----------TG-----------G--CCTG----TC----TGTTTGT----CT---G
gi|15 : TTTTTATG-CCCCT--GGGATCTTTGA-TTCAAGCGCATA-AA----T-----------TT-----------G--CCTG----TC----TGt
gi|16 : tagttttTTGGCC------TGGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCT
gi|17 : gcaagaactttcctgTTTCTATG-TCCCC--GGAATCTTTGA-TTTGAGGTCATA-TAactaaa
gi|18 : tTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGGGGGCATA-
gi|2 : TTTTTATG-CCCCC--ATAATTGGATA-TTTG---GTCTG-T--TTCT-----------CT-----------G--TCTG----TC----TGTCTGTCTGGCT---GC-----AAACCT--T-T--AATTTGGCCATAAC--TT---TGA-ATGTG--GC-ATAG-AG---TG----TTTCATG-TA---TCATATGTTAATTGCCTTGTGA
gi|3 : TTTTTATA-CCCCCCAGGAGTTCAAGA-TTTGAAGGCATA-CAGTTTTGGCCTGTTTCTCT-----------G--CCTG----TC----TGTCTGT----CTATGGC-----AAAAACGTT-T--ACA----CCATAG-------------------------------------CCTTCATA-TTTTGGCATGTGT--ATT-CCTTGTGGCA-g
gi|4 : TTTTT-TG-CCTCCA-GGAATCAAAGA-TTCTGGGTCATA-TAG-TTT-----------TT-----------G--CCTG----TC----TGTCTGT-----G---GCAAAAAAAAAAC--T-T--GAA---ACCTTATC--TT---TTACA--CT--ACAA-AG-AG---T-AGACATTCATA-TT---TGATGCGT--GTa
gi|6 : -----AAAAAA--T-TGAACCTTGGCTCTATC--TG---TCA-A---G--TC-A-AG-GGGGATAGGACTTTAATAATT---GCATGTCTT-AT---CTTTTG----GTACCAATGTCTTTGACCCCAG---GGTGACCTTG-------ACCTACTTTTCAa
gi|7 : AGTTGT-----------TT-----------A--TCTA----TT----TGTCTAT----CC---AT-----CAAAAT--TGT--AGCTTGGTCATAACATTTGAATTG-A--TGTTGC-A-AG-TG---CTAAAAT---ATT-TT---CCAAGTGT--ATT-CCTTATAACA-
gi|8 : TG-CCCCT--GGAATCTTTGATTTTGAGGGAATA-TGATTTT-----------TCAATTATTTTTGG--CCTGTCCATC----TGTTTGT----CC---ACAGG--AAAAAC--T-TTAACAT
gi|9 : TTTC-----------TT-----------GTTCCTG----TC----TGTATGT-----A---GC-----AAAAAA--C-C--AC-TTGGTCATATC--TT---TTA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTTATATGTTTTTTTAACTGTCGAGGCAAATTGTTTCTTCCTAGTCTGTTTGTCTATCTTAAAACATGTCCATAACTCTTAAATGGTGAGTGATGGGGACTTATGTTTCACTTTCTTTATGACA
Unaligned ( gi|10 ): GTCTGTCTGTGGGTAAAAAGAAAAGCTTTATAATTTTTACACCATAAGAGATAGACCTTTCATATTTGACATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 2222222222222222222 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666 1111 11 44444 444444
lowQualScore : 3 88 22 3 0 3 000000000000000000000000000 3 6666 6666 7777777777777777777 8888888888888 1 66 3333333333333333333333333333333333333 00 5 1111 0 33 6 2 1 8 88888 000000
lowQualScore : . .. .. . . . ........................... . .... .... ................... ............. . .. ..................................... .. . .... . .. . . . . ..... ......
lowQualScore : 6 66 11 6 4 1 111111111111111111111111111 1 5555 5555 6666666666666666666 7777777777777 0 99 2222222222222222222222222222222222222 88 7 0000 7 66 7 2 7 0 33333 333333
consensus : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
Reference ( family-12336 ) : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTGTGACA-GTACCAACGTCTTTGGCC----GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
gi|1 : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGAGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----CGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATAAC--TT---TT-G-AC-TG--GC-A-AGTAA---T----GG--GACTTTCATA-TT---ACATGTGT--GTT-CCTTATGACAGGTACCAACATTTTTGGCC------TGACCTTGAAGTTTGACCTACTTTTCA
gi|11 : TTTTATG-CTCAA--GGAATCAAAAA-CTCTAGAGCATA-CAGTATTAGA--------AT-----------A--TCT-G----TC----TTTCTGT--------G---GC-----AAAAaaatggtaatgtgatagactttttcatatttcacatgcataatccatttgagcaagcctttcactgcatgtggaatccgggggcatcagtgttttcacaacgagccatcttgat
gi|12 : ATA-TAGTTTT-----------G------------G--CCT-G----TC----CGTCTGT----C---T---G
gi|13 : TTTTTATGGCTCCC--AGAATCTCAGA-TTCAA------------TTT-----------TT-----------G--CTT-G----TCCATCTGTCTGT----C---C---AC-----AAAtcgtcagtctttagctattgtaatatcgtatacaccat
gi|14 : atTTTTTACG-CCCTG--AGAATCTTTGA-T----AGGCACAATAGTTTT-----------TG-----------G--CCT-G----TC----TGTTTGT----C---T---G
gi|15 : TTTTTATG-CCCCT--GGGATCTTTGA-TTCAAGCGCATA-AA----T-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGt
gi|16 : tagttttTTGGCCT---GGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCT
gi|17 : gcaagaactttcctgTTTCTATG-TCCCC--GGAATCTTTGA-TTTGAGGTCATA-TAactaaa
gi|18 : tTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGGGGGCATA-
gi|2 : TTTTTATG-CCCCC--ATAATTGGATA-TTTG---GTCTG-T--TTCT-----------CT-----------G--TCT-G----TC----TGTCTGTCTGGC---T---GC-----AAACCT--T-T--AATTTGGCCATAAC--TT---TG-A-ATGTG--GC-ATAG-AG---T----G------TTTCATG-TA---TCATATGTTAATTGCCTTGTGA
gi|3 : TTTTTATA-CCCCCCAGGAGTTCAAGA-TTTGAAGGCATA-CAGTTTTGGCCTGTTTCTCT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---TATGGC-----AAAAACGTT-T--ACA----CCATAG--------------------------------------------CCTTCATA-TTTTGGCATGTGT--ATT-CCTTGTGGCA-g
gi|4 : TTTTT-TG-CCTCCA-GGAATCAAAGA-TTCTGGGTCATA-TAG-TTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT--------G---GCAAAAAAAAAAC--T-T--GAA---ACCTTATC--TT---TT-ACA--CT--ACAA-AG-AG---T-----A--GACATTCATA-TT---TGATGCGT--GTa
gi|5 : TCGAGG-CAAA-TTGTTTC-----------TT--------------CCTAG----TC----TGTTTGT----CTATC---TT-----AAAA----------CAT-GTCCATAAC--TC---TTAA-A--TG--GT----G-AG---TGATGGG--GACTT--ATG-TT---TCAC-T-----TT-CTTTATGACA-a
gi|6 : ttttatatgtttttttaactg-----AAAAAA--T-TGAACCTTGGCTCTATC--TG---TC-A-A---G--TC-A-AG-GGGGAT----AG--GACTTTAATAATT---GCATGTCTT-AT---CTTTTG----GTACCAATGTCTTTGACCCCAGGGTGACC-------TTGACCTACTTTTCA
gi|7 : AGTTGT-----------TT-----------A--TCT-A----TT----TGTCTAT----C---C---AT-----CAAAAT--TGT--AGCTTGGTCATAACATTTGAATT-G-A--TGTTGC-A-AG-TG---C----TA--AAAT---ATT-TT---CCAAGTGT--ATT-CCTTATAACA-
gi|8 : TG-CCCCT--GGAATCTTTGATTTTGAGGGAATA-TGATTTT-----------TCAATTATTTTTGG--CCT-GTCCATC----TGTTTGT----C---C---ACAGG--AAAAAC--T-TTAACAT
gi|9 : TTTC-----------TT-----------GTTCCT-G----TC----TGTATGT--------A---GC-----AAAAAA--C-C--AC-TTGGTCATATC--TT---TT-ACAC-TA--AT-A-AA-AG---T----AGTAGACCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTCTGTCTGTGGGTAAAAAGAAAAGCTTTATAATTTTTACACCATAAGAGATAGACCTTTCATATTTGACATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 2222222222222222222 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666 1111 11 3333 444444
lowQualScore : 3 88 22 3 0 3 000000000000000000000000000 3 6666 6666 7777777777777777777 8888888888888 1 66 3333333333333333333333333333333333333 00 5 1111 0 33 6 0 1 8 5555 000000
lowQualScore : . .. .. . . . ........................... . .... .... ................... ............. . .. ..................................... .. . .... . .. . . . . .... ......
lowQualScore : 6 66 11 6 4 1 111111111111111111111111111 1 5555 5555 6666666666666666666 7777777777777 0 99 2222222222222222222222222222222222222 88 7 0000 7 66 7 3 7 0 3333 333333
consensus : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
Reference ( family-12336 ) : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
gi|1 : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGAGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----CGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATAAC--TT---TT-G-AC-TG--GC-A-AGTAA---T----GG--GACTTTCATA-TT---ACATGTGT--GTT-CCTTATGACAGGTACCAACATTTTTGGCC------TGACCTTGAAGTTTGACCTACTTTTCA
gi|11 : TTTTATG-CTCAA--GGAATCAAAAA-CTCTAGAGCATA-CAGTATTAGA--------AT-----------A--TCT-G----TC----TTTCTGT--------G---GC-----AAAAaaatggtaatgtgatagactttttcatatttcacatgcataatccatttgagcaagcctttcactgcatgtggaatccgggggcatcagtgttttcacaacgagccatcttgat
gi|12 : ATA-TAGTTTT-----------G------------G--CCT-G----TC----CGTCTGT----C---T---G
gi|13 : TTTTTATGGCTCCC--AGAATCTCAGA-TTCAA------------TTT-----------TT-----------G--CTT-G----TCCATCTGTCTGT----C---C---AC-----AAAtcgtcagtctttagctattgtaatatcgtatacaccat
gi|14 : atTTTTTACG-CCCTG--AGAATCTTTGA-T----AGGCACAATAGTTTT-----------TG-----------G--CCT-G----TC----TGTTTGT----C---T---G
gi|15 : TTTTTATG-CCCCT--GGGATCTTTGA-TTCAAGCGCATA-AA----T-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGt
gi|16 : tagttttTTGGCCT---GGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCT
gi|17 : gcaagaactttcctgTTTCTATG-TCCCC--GGAATCTTTGA-TTTGAGGTCATA-TAactaaa
gi|18 : tTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGGGGGCATA-
gi|2 : TTTTTATG-CCCCC--ATAATTGGATA-TTTG---GTCTG-T--TTCT-----------CT-----------G--TCT-G----TC----TGTCTGTCTGGC---T---GC-----AAACCT--T-T--AATTTGGCCATAAC--TT---TG-A-ATGTG--GC-ATAG-AG---T----G------TTTCATG-TA---TCATATGTTAATTGCCTTGTGA
gi|3 : TTTTTATA-CCCCCCAGGAGTTCAAGA-TTTGAAGGCATA-CAGTTTTGGCCTGTTTCTCT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---TATGGC-----AAAAACGTT-T--ACA----CCATAG--------------------------------------------CCTTCATA-TTTTGGCATGTGT--ATT-CCTTGTGGCA-g
gi|4 : TTTTT-TG-CCTCCA-GGAATCAAAGA-TTCTGGGTCATA-TAG-TTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT--------G---GCAAAAAAAAAAC--T-T--GAA---ACCTTATC--TT---TT-ACA--CT--ACAA-AG-AG---T-----A--GACATTCATA-TT---TGATGCGT--GTa
gi|5 : TCGAGG-CAAA-TTGTTTC-----------TT--------------CCTAG----TC----TGTTTGT----CTATC---TT-----AAAA----------CAT-GTCCATAAC--TC---TTAA-A--TG--GT----G-AG---TGATGGG--GACTT--ATG-TT---TCAC-T-----TT-CTTTATGACA-a
gi|6 : ttttatatgtttttttaactg-----AAAAAA--T-TGAACCTTGGCTCTATC--TG---TC-A-A---G--TC-A-AG-GGGGAT----AG--GACTTTAATAATT---GCATGTCTT-AT---CTTTTG----GTACCAATGTCTTTGACCCCAGGGTGACC-------TTGACCTACTTTTCA
gi|7 : AGTTGT-----------TT-----------A--TCT-A----TT----TGTCTAT----C---C---AT-----CAAAAT--TGT--AGCTTGGTCATAACATTTGAATT-G-A--TGTTGC-A-AG-TG---C----TA--AAAT---ATT-TT---CCAAGTGT--ATT-CCTTATAACA-
gi|8 : TG-CCCCT--GGAATCTTTGATTTTGAGGGAATA-TGATTTT-----------TCAATTATTTTTGG--CCT-GTCCATC----TGTTTGT----C---C---ACAGG--AAAAAC--T-TTAACAT
gi|9 : TTTC-----------TT-----------GTTCCT-G----TC----TGTATGT--------A---GC-----AAAAAA--C-C--AC-TTGGTCATATC--TT---TT-ACAC-TA--AT-A-AA-AG---T----AGTAGACCTT
blockSeqs : G CA AA T A GGCCTGTTTCTCTG A TCCA CATC CTGGCTGC ATTGAACCTT A AT GAATTGATGTTGCAAGTGCTA A TTGG TA G A . CCAG TTGACC
blockSeqs : . A CA . . TCAATTATTTTTGG . . . GGCAAAAA TTGTAGCTT G . TTACACTAATAAAAGTAGTA . T T . G . T .
blockSeqs : . . TT . . AGAATA . . . CTATGGC TTTAATTT T . TTAAATGGTGAGTGATGGG . T . . A .
blockSeqs : . . TT . . TTGTT . . . CTATCTT CGTTTACA A . TGAATGTGGCATAGAGTG . T . . A .
blockSeqs : . . TT . . TTG . . . CCACAGG ACCACTT T . TCAAGTCAAGGGGGATAG . G . . .
blockSeqs : . . TA . . TGG . . . CCAC CTTGAA A . TTACACTACAAAGAGTA . C .
blockSeqs : . . GA . . TTG . . . CCAT CAT T . .
blockSeqs : . . AA . . CTG . . . GGC
blockSeqs : . . AA . . TTG . . . AGC
blockSeqs : . . TT . . TTA . . .
blockSeqs : . GG . . .
blockSeqs : . TT . . .
blockSeqCons : CCACGGC************
originalCons : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGT----C---C---GC-----AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
finalCons : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------G--CCT-G----TC----TGTCTGTCCACGGC------------AAAAAC--T-T--ACATTGGCCATANC--TT---TT-A-A--TG--GC-A-AG-AG---T----GG--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTCTGTCTGTGGGTAAAAAGAAAAGCTTTATAATTTTTACACCATAAGAGATAGACCTTTCATATTTGACATTTGTA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222 2222222222222 222222222222222 666666666666666666666666666666 1111 111 3333 444444
lowQualScore : 3 88 22 3 0 3 999999999999999999999999 3 6666 44 6666 1111111111111 333333333333333 1 66 888 333333333333333333333333333333 00 5 1111 555 6 0 1 8 5555 000000
lowQualScore : . .. .. . . . ........................ . .... .. .... ............. ............... . .. ... .............................. .. . .... ... . . . . .... ......
lowQualScore : 6 66 11 6 4 1 555555555555555555555555 1 5555 22 5555 0000000000000 999999999999999 0 99 888 999999999999999999999999999999 88 7 0000 999 7 3 7 0 3333 333333
consensus : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------GCCT-G----T--C----TGTCTGTCC-GCGGC-----AAAAAC--TT--ACA--TTGGCCATANC--TT---TTA-A--TG--GC-A-AG-AG---TG----G--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
Reference ( family-12336 ) : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGGGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------GCCT-G----T--C----TGTCTGTCC-ACGGC-----AAAAAC--TT--ACA--TTGGCCATANC--TT---TTA-A--TG--GC-A-AG-AG---TG----G--GACTTTCATA-TT---NCATGTGT--ATT-CCTTATGACA-GTACCAACGTCTTTGGCCC---GGTGACCTTGA--TTTGACCTACTTTTCA
gi|1 : TTTTTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGAGAGCATA-TAGTTTT-----------TT-----------GCCT-G----T--C----CGTCTGTCC----GC-----AAAAAC--TT--ACA--TTGGCCATAAC--TT---TTG-AC-TG--GC-A-AGTAA---TG----G--GACTTTCATA-TT---ACATGTGT--GTT-CCTTATGACAGGTACCAACATTTTTGGCC------TGACCTTGAAGTTTGACCTACTTTTCA
gi|11 : TTTTATG-CTCAA--GGAATCAAAAA-CTCTAGAGCATA-CAGTATTAGA--------AT-----------ATCT-G----T--C----TTTCTGT-----GGC-----AAAAaaatggtaatgtgatagactttttcatatttcacatgcataatccatttgagcaagcctttcactgcatgtggaatccgggggcatcagtgttttcacaacgagccatcttgat
gi|12 : ATA-TAGTTTT-----------G------------GCCT-G----T--C----CGTCTGTC
gi|13 : TTTTTATGGCTCCC--AGAATCTCAGA-TTCAA------------TTT-----------TT-----------GCTT-G----T--CCATCTGTCTGTCC-ACtgtcgtcagtctttagctattgtaatatcgtatacaccat
gi|14 : atTTTTTACG-CCCTG--AGAATCTTTGA-T----AGGCACAATAGTTTT-----------TG-----------GCCT-G----T--C----TGTTTGTCaaa
gi|15 : TTTTTATG-CCCCT--GGGATCTTTGA-TTCAAGCGCATA-AA----T-----------TT-----------GCCT-G----T--C----TGtgt
gi|16 : tagttttTTGGCCT---GGTGACCTTGACCTTTAACCTACTTCT
gi|17 : gcaagaactttcctgTTTCTATG-TCCCC--GGAATCTTTGA-TTTGAGGTCATA-TAactaaa
gi|18 : tTATG-CCCCC--GGAATCTTAGA-TTCGGGGGCATA-
gi|2 : TTTTTATG-CCCCC--ATAATTGGATA-TTTG---GTCTG-T--TTCT-----------CT-----------GTCT-G----T--C----TGTCTGTCTGGCTGC-----AAACCT--TT--AAT--TTGGCCATAAC--TT---TGA-ATGTG--GC-ATAG-AG---TG----------TTTCATG-TA---TCATATGTTAATTGCCTTGTGA
gi|3 : TTTTTATA-CCCCCCAGGAGTTCAAGA-TTTGAAGGCATA-CAGTTTTGGCCTGTTTCTCT-----------GCCT-G----T--C----TGTCTGTCT-ATGGC-----AAAAACGTTT--ACA------CCATAG-------------------------------------------CCTTCATA-TTTTGGCATGTGT--ATT-CCTTGTGGCA-g
gi|4 : TTTTT-TG-CCTCCA-GGAATCAAAGA-TTCTGGGTCATA-TAG-TTT-----------TT-----------GCCT-G----T--C----TGTCTGT-----GGCAAAAAAAAAAC--TT--GAA-----ACCTTATC--TT---TTACA--CT--ACAA-AG-AG---T-----A--GACATTCATA-TT---TGATGCGT--GTa
gi|5 : TCGAGG-CAAA-TTGTTTC-----------TT------------CCTAG----T--C----TGTTTGTCT-ATCTT-----AAAA---------CA--T-GTCCATAAC--TC---TTA-AA-TG--GT----G-AG---TGATGGG--GACTT--ATG-TT---TCAC---T---TT-CTTTATGACA-a
gi|6 : ttttatatgtttttttaactg-----AAAAAA--TTGAACC--TTGGCTCTATC--TG---TCA-A---G--TC-A-AG-GGGGATA----G--GACTTTAATAATT---GCATGTCTT-AT---CTTTTG----GTACCAATGTCTTTGACCCCAGGGTGACC-------TTGACCTACTTTTCA
gi|7 : AGTTGT-----------TT-----------ATCT-A----T--T----TGTCTATCC-AT--C-----AAAA----TT--GTAGCTTGGTCATAACATTTGAATTG-A--TGTTGC-A-AG-TG---CT----A--AAAT---ATT-TT---CCAAGTGT--ATT-CCTTATAACA-
gi|8 : TG-CCCCT--GGAATCTTTGATTTTGAGGGAATA-TGATTTT-----------TCAATTATTTTTGGCCT-GTCCAT--C----TGTTTGTCC-ACAGG-----AAAAAC--TTTAACA--T
gi|9 : T-----------TT-----------TCTT-G----TTCC----TGTCTGTAT-GTAGC-----AAAAAA--CC--AC---TTGGTCATATC--TT---TTACAC-TA--AT-A-AA-AG---TA----GTAGACCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTCTGTCTGTGGGTAAAAAGAAAAGCTTTATAATTTTTACACCATAAGAGATAGACCTTTCATATTTGACATTTGTA