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gi|13 : ctGCTAAA-TGGTTGTGTGATAAATAA-A-GCGG--A--TGTG-T-GTGTTACC-T-----G------TCTGT-------CACTT-TC-TCTCTCTGTTCCATCCC---------------TG-ATTTAAA-AAGGA-AGC-T---TATGCGGAAGTCTTG-TCT-TCCAGATAGA-GCAT----CT--TC------GACTGC-TG-GACCTATGTG--GCTTAGATA---------------------GAGGTAGC-----AA-AAGGCAGTT-GG-GTACC--CTGT---GA-TCC-A-AAACAGAACTAGCTA------C----GAGG-TTTTG-GA-GGAG-AC-TA-A--ACTCCT---A---------------CATAGCC-CAGTAGTGTATGG-AT-----A-TGGC-TTGGT-GCC-TGCAATCC-TATCCTCCACCTAc
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gi|8 : tCTGAA-TGGCTGTGTGATGCGTAA-A-GTGT--A--TGTG-TTGTCTG----T-----G------TCTGT-GCTTAGCACCC-TC-GCTTTCAGCTCCACCCTA---GATAGCAGCT-TG-CTGTGAA-AAGGA-AGC-AGAATGTAT--AAGTTTTC-CCT-GCCAGGTACAC-------CCTC-TC------CACAGT-TA-GACCTATGTG--GCCCAGATATGAGATCCTC--------CTCGAGGTAGC-----AG-ATGGAAATT-GG-GTACT--TTAC---GG-CTC-C-AAGCAGGAG---CCA------C----AAGG-TCTTG-GA-GGAG-AC-C--A--GCCCTT---AAA--TGCAC-GCATACATGG-C-CACCGGTGTGTGGAATGTGGAG-TGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCA-TATCCCCCAGCTATGGG-A--AAAT-AGCAA-CACCACATC--AC--TGCCTTG-T-GA-T-T-ACT-T---GGGGCAGTCAAAGGC
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gi|6 : tgtgttgtTGCGTAC-A-GTGT--G--TGTG-TTGTGG-----T-----G------TCTGT-GCTTGAAAATT-TC-GCTTTCAGCC--ACACCGTTGGATAGCAGCT-TG-ATGTCAA-AAGGA-AGC-AGAATGAGT--CAGTCTTC-CTT-TCCA---AC-TATATA-GCCTC-TTATCTAATACAGT-AA-GACCTATGTG--ACCCAGATATGGGATCCTC--------CACGAGGTGAC-----AG-ATGGTAATT-GG-CCACC--CTGC---GG-CCC-C-AGGCAGAA----TCA------C----AAGG-TCTCG-GA-GGAA-TC-TA-G--GCCCCT---AGA--TGCACGGTATACCAGGCC-CACCGGCGTGTAG-AT-----A-TGTC-CTGGT-AGC-TGCAAACC-TAGATCCCAACTGTGGGTC--AAAT-AG-----------TTCCAC--TGCCTTG-TGGA-T-G-GCTAT---GGG-TAGTCAAAGGCTA--TGGAAGTAAATCC-AG-ACAGAAAATCCGGGTA-GATGGAACTCGTCAGCAcggccagatgagggtcgccccgagggtcgcagccttggttggcaactcaactctaaataaaccggttagatctgactcgtgagccatggaaggcagccaatctataggaagggaacctagaagaagaaaaaaacctggccctcctggtagagggttgagtatgaggctaataatctcatctcataaaaacaaccgtattacagaaattgacgcaagaaa
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gi|7 : CCACCCC-T-GGATAGCA-CT-T---TGTGAT-AAAGA-AAC-AGctgcagatatcgttcagg
gi|9 : ACCCC-T-GGATAGCAGCT-TG-TTGTGAA-AAGGA-AGC-AGtgtagacctatgtgacccagatatcgatccttatttctcactcgtagcacaaattgtacctacccacaagcagaaccacagattattgtaaggataccaatggcccctttaaaatgcatggtcacccaccgtgttaatcccagcctcaatctaacccccagatcgggaaaaataagcaatcattataacactttgccttgttggacttggaagtccaaagctaagcgaaagtaaacccacatacagaaatctagaaatggcctctctagaaggaaattacaagaccattagtagatttctagaagaaggaatccggagcaatgaaattagaccttccaagtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|2 : cGTGAA-ACGGAGAAT-CGAGTTCGT--AAATCTTT-CCTTGCCAGA-----ATACA-GCTTC-TA------CACTAT-CAAGACTCCT-------TCAAACA------CCTC--------CTTGGGGCAAC-----AC-ACAGTAACTTGG-GTCTA--TCACTCAAG-GCT-A-A--CATGA------A------G----GGGA-TCTTG-GA-GTAG--C-AA-G--GACCCC---AGAGGTGCAGAACATA---GGCC-CACCGGTGTGTGG-AC-----G-CGCC-CTGAC-TCT-CACCAACC-TTG-CTCCAGCTAT-GG-ATTAAAT-AG-----------TTCCAC--TGCCTTG-TGGA-T-G-ACCAT---GAG---GTCAAAGGCTA--TGGGAGACAACCC-AG-AAAGAAAATCCGGACA-GATGGAGTTCGTCAGCAAAGATAC-TGCA--AT----T--------GT----------CTAA--GGGAAAGA-AA-ACTCTGATAAA-A-AA-CACAAACCttagacctatgtgacccagatatcggatccttctcgaggtagcagacgaaaatttgttaccttacggccacaagcagaaccacagggtattgaaggagacaaggcccctaaatgcatggcccaccggtgtgtggatatgcccaggtgcctgcaatcctaacccccagttatgggaaaatagcatcattataacactgccttgtggtggacttggggaagtcaaaggctaagcgagtaaaccccaacagaaaatctaggaagatggcgctcatgagcagggaaaatacaaccatttagtaggagttctgagaaggagaattccgagcaagaaattcagaccttccgagaa
gi|16 : gatctttactgccgctggctaacctatctgtagAA-AAGGA-AGT--GAATGAGT--AAGTTTTC-CCT-GCTAGGTA------TA-GCCTC-TC------CACAGT-TA-AACCTAAATG--GCCAGGATATGGGAACCTC--------CTCGAGGTACC-----AGAATGGAAATT-GG---ACC--CTTC---GG-ACC---AGGCAGAA-----CA------C----AAGA-TTTCG-AG-GGAG-AC-TA-G--G-CCCT---AAC--TGCAAGGCATGCATGA-C-CAACGGTGGTTGG-AT-----A-TGCCGCTGGT-GCT-TGCCAACT-AACCCCCCCACTATGTT----AAAT-AGCA-----CAAACC--AT--TACCTTG-T-Gtagagatactaggttgagcgtaaggctaatcacctcacctcggaaaaaagagatgattatggaaatcagaagcaatttaagtcaaattttagaagaaggggggagcaaggaatccaccaaccttcaaaccagccagacaaagttgttacagtgacgcatggggatgaaagccacacacggaagttcacatgccgaagaatacactagcaaacaccaa
gi|7 : ACAGTGTA-GACCTATGTG--ACCCAGATAT-CGATCCTTATTTCTCACTC---GTAGC-----A-----CAAATT----GTACC--T-------A-CCC-ACAAGCAGAA----CCA------C----AGAT-TATTGTAA-GGAT-AC-CA-ATGGCCCCTTTAAAA--TGCATGGT---CA---CC-CACC---GTGTTA-AT---------CC-CA----GCC-T-C-AATC-TAACCCCCAGATCGGGA-A--AAATAAGCAATCATTATAAC--ACTTTGCCTTG-T----TGG-ACT-T---GG--AAGTCCAAAGCTAAGCGAAAGTAAACCCACATACAG-AAATCTAGAAATG--GCCTCTC-T-AGAAGG--AAATTACAAGAC----CATTAGTAGAT----------TT-CTAGAAGAAGG-A--ATCCGGAGCAATG-AA-ATTAGACCTTCCAAtgtggagtggtagtc
gi|9 : ccacccctggatagcactttgtgataaagaaCAGT-TA-GACCTATGTG--ACCCAGATATCGGATCCTT--------CTCGAGGTAGC-----AG-ACGAAAATT-TG-TTACC--TTAC---GG-CCA-C-AAGCAGAA----CCA------C----AGGG-TATTG-AA-GGAG-AC-AA-G--GCCCCT---AAA--TGC---------ATGGCC-CACCGGTGTGTGG-AT-----A-TGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCC-TAACCCCCAGTTATGGG-A--AAAT-AGCAT-CATTATAAC--AC--TGCCTTG-T-GG-TGG-ACT-T---GGGGAAGTCAAAGGCTA--AGCGAGTAAACCC-CA-ACAGAAAATCTAGGAA-GATGGCGCTCATGAGCAGGGAAAA-TACA--AC----C--------ATTTAGTAGGAGTT-C--TGAGAAGG-AGAATTCCGAGCAA-GAAA-TTCAGACCTTCCGAgtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|18 : cacccctggatagcagcttgttgtgaaaaggaagGCTATGGA-A--AAAT-AGCAA-CACTACATC--AC--TGCCTTG-T-GA-TAG-ACT-T---GGGGAAGTCAAAGGCTA--AGGGAGTAAATTC-CA-ACAGAAAATCTGGGAA-GATGGCACTCATGAGCAGGGTAAA-TGCA--AC----C--------AT----------CT-gaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|2 : gtggattgcgtctagtttgagggggatcaaaatgcagatctactgtcgccgctggctagcctacttgtaggGTGAA-ACGGAGAAT-CGAGTTCGTAAAT-CTT-T-CCTTGCCAG--A-----ATACAGC--TTC-TA------C-ACTAT-CAAGACTCCT-------TCAAACA------CCTC--------CTTGGGGCAAC-----AC-ACAGTAACTTGG-GT---CTATCA-CTC-AAGGCT-AA------C------A-TGA--AGGGGATCTTG-GA-GTAG--C-AA--G-GACCCC---AGAGGTGCAGAACATA---GGCC-CACCGGTGTGTGG-AC-----GCGCC-CTGAC-TCT-CACCAACC-TTGCTCC-AGCTATGG--ATTAAAT-AGT------TC----CAC--TGCCTTG-T-GGA-T-GAC---CA-TGA--GG---T-CAAAGGCTATGGG--AGACAACCC-AG-AA---AGAAAATCCGGACAGATGGAGTTCGTCAG-CAAAGATACTGCA--AT----T-G----------TCTAAG----------GGAAAGA-A-AACTCT-GATAAA-A-AA-CAC-A--AACCT
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gi|3 : tGCTGAAATGACTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTGTGTGT-T-G--TC-TGT--C----CTTGTCAA-TC-AA-GCTTTCAG-CTCCACCCC-TGGGTAGCAGCT-TG-CAATGAA-AAGGG-AGC-AGAGTG------T-CTT-C-CC-----------------A--GC--CTC-TC------C-ACAGT-T--GACCTATGTG--GCCCAGATATGGGACCATC--------CTGGAGGTAGC-----AG-ACGG-AAATTGG-GTACCTTACGG-TCC-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AAGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-TA--G-GCCCAT---AAA--TGCATGACATACATAGTC-CACCGATGTGTAG-AT-----ATGTC-CAGGT-GCC-TACAATCC-TTGTCATATGCTAAGGG-A--AAAT-AACAT-C-ATTATATCAC--TGCTTTG-T-G-ATT-GAC---T--TGA--GAAAAT-CAATGACTAAGGG--AGTAATCTT--------------------GAAGATGGC-CTCATGAG-CAGGGCAAATGCA--ACCATGC-A----------TCT-AG----------GAGAAGGAA-AACTCC-GAACAA-G-AAGCTC-A--GACCTTCTGA
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gi|6 : TGCGT-AC-AG----TGTGTGTGT-T-G--TGGTGT--CTGTGCTTGAAAA-TT-TC-GCTTTCAG-CCACACCGT-TGGATAGCAGCT-TG-ATGTCAA-AAGGA-AGC-AGAATGAGTCAGT-CTT-C-CTT-TCCAACTAT----ATA--GC--CTC-TTATCTAAT-ACAGT-AA-GACCTATGTG--ACCCAGATATGGGATCCTC--------CACGAGGTGAC-----AG-ATGG-TAATTGG-CCACCCTGCGG-CCC-CAGGCA-GAA----TC------A-C----AAGG--TCTCG-GA-GGAA-TC-TA--G-GCCCCT---AGA--TGCACGGTATACCAGGCC-CACCGGCGTGTAG-AT-----ATGTC-CTGGT-AGC-TGCAAACC-TAGATCCCAACTGTGGGTC--AAAT-AGT------TC----CAC--TGCCTTG-TGG-A-T-GGC---T--ATG--GGTAGT-CAAAGGCTATGGA--AGTAAATCC-AG-AC---AGAAAATCCGGGTAGATGGAACTCGTCAG-CAATTTTAA-GCT--AT----C-G----------CCT-AA----------GGGAGAA-T-AACCCC-T-ACAG-G-AA-ATCTACTGGCCCCCCGA
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gi|7 : -ACAGTGTA-GACCTATGTG--ACCCAGATAT-CGATCCTTATTTCTCACTC---GTAGC--------AC---AAATT---GTA-CCTAC---CCA-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AGAT--TATTGTAA-GGAT-AC-CAATG-GCCCCTTTAAAA--TGCATGGT---CA---CC-CACC---GTGTTA-AT--------CC-C---A-GCC-T-CAAT-C-TAACCCCCAGATCGGGA-A--AAATAAGCAATC-ATTATAACACTTTGCCTTGTT-G-----GAC---T--T----GGAAGT-CCAAAGCTAAGCGAAAGTAAACCCACATAC---AG-AAATCTAG--AAATGGC-CTCTCTAG--AAGGAAATTACAAGAC----C-ATTAGTAGATTTCT-AG----------AAGAAGG-A-A--TCCGGAGCAATG-AA-ATT-A--GACCTTCCAAtgtagacctatgtgacccagatatcgatccttatttctcactcgtagcacaaattgtacctacccacaagcagaaccacagattattgtaaggataccaatggcccctttaaaatgcatggtcacccaccgtgttaatcccagcctcaatctaacccccagatcgggaaaaataagcaatcattataacactttgccttgttggacttggaagtccaaagctaagcgaaagtaaacccacatacagaaatctagaaatggcctctctagaaggaaattacaagaccattagtagatttctagaagaaggaatccggagcaatgaaattagaccttccaagtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|8 : ccacccctggatagcactttgtgataaagaaCT-GAATGGCTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTATGTGT-T-G--TC-TGTGTCTGTGCTTAGCAC-CC-TC-GCTTTCAG-CTCCACCC--TAGATAGCAGCT-TG-CTGTGAA-AAGGA-AGC-AGAATGTATAAGT-TTT-C-CCT-GCCAGGTA------CA--CC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-GACCTATGTG--GCCCAGATATGAGATCCTC--------CTCGAGGTAGC-----AG-ATGG-AAATTGG-GTACTTTACGG-CTC-CAAGCAGGAG----CC------A-C----AAGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-CA----GCCCTT---AAA--TGCAC-GCATACATGG-C-CACCGGTGTGTGGAATGTGGAGTGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCA-TATCCCCCAGCTATGGG-A--AAAT-AGCAA-C-ACCACATCAC--TGCCTTG-T-G-A-T-TAC---T--TGG--GGCAGT-CAAAGGCgtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|9 : CACCCC-TGGATAGCAGCT-TG-TTGTGAA-AAGGA-AGC-AG
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blockSeqs : . . . . . . CC . GC GT . . . . . A . GCT . . A C . C . T . . . G . . . TGA . . . C A . T . . TC . . . . . . . G . AA NN . . . . T . . A . AA . AACAAAA . . . AT T . A . A . . . . C . . . CA .
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blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . A T . C . T . . . C . . . . . . . T A . C . . C . . . . . . . G . . . . . . . A . . T .
blockSeqs : . . . . . . A . . C . C . . . C . . . . . . . C A . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . A . . T .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
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blockSeqs : .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTAATCGTATATACAGTGTAGCACCACTTTCTG
Alignments
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gi|12 : tctGCT-GAATGGCTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTGTGTGT-T-G--TC-TGTGTCTGTGCTTAGCAC-CT-TC-GCTTTCAG-CTCCACCCC-TGGATAGCAGCT-TG-CTGTGAA-AAGGA-AGC-AGAATGTGTAAGT-CTT-A-CCT-GCCAG--G-TA------T--A-GC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-GACCTATGTGTGGTCCAGATATGGGATCCTC--------CTCGAAGTAGC-----AG-ATGG-AAATTGG-GTACCTTACGG-CCC-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AGGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-TA--G-GCCCCT---AAA--TGCACGGCATGCATGGCC-CGCCGGTGTGTGG-AT-----ATGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCC-TAGCCCCCAGCT
gi|13 : ctGCT-AAATGGTTGTGTGATAAAT-AA-AGCGGATGTGTGTGT-T-A--CC-TGT--CTGT------CAC-TT-TC-TCTCTCTG-TTCCATCCC-TGA--------T-T-----TAAA-AAGGA-AGC-TTA-TGCGGAAGT-CTT-G-TCT-TCCAG--A-TA------G--A-GC--ATC-TT------CGACTGC-TG-GACCTATGTG--GCTTAGATA---------------------GAGGTAGC-----AA-AAGG-CAGTTGG-GTACCCTGTGA-TCC-AAAACA-GAACTAGCT------A-C----GAGG--TTTTG-GA-GGAG-AC-TA--A-ACTCCT---A---------------CATAGCC-CAGTAGTGTATGG-AT-----ATGGC-TTGGT-GCC-TGCAATCC-TATCCTCCACCTA
gi|14 : CT-AAATGGTTGTGTGATAAATAAA-AG----CGGATGTGT-T-G--TT-TAC--CTGT--CTGTCACTTT-TC-TCTCTCTGTTTCCATCCC-T-GAT--------------TAAA-AAGGA-AGC--TTATGCGGAAGT-CTT-TGTCT-TCCAG--A-TA------G--A-GC--ATC-TT------CGACTGT-GG-GACGTATGTG--GCTT---TATGATA--------------TAGAGGTA-C-----AA-A-GG-CAGTTGG-GTACCCCTTGA-TTC-CAAACA-GAA----CTAAGCTAA-C----GAGG--TTTTG-GA-GGAGTACTTA--A-ACTCCT---A---------------CATAGCC-CAGTAGTGTA-GG-AT-----A-GGC-TTGGT-G---TGCAATCA-TATCCTCCatcgtatatacatgtagcaccacttt
gi|15 : gtGCT-AAATGGTTGTGTGAAAAAT-AA-AGCGGATGTGTGTGT-TTA--CC-TGT--CTGT------CAC-TT-TC-TCTCTCTG--TCCATCCC-TGA--------T-T-----TAAA-AAGGA-AGCTAG---GCGGAAGT-CTT-G-TCT-TCCAG--A-TA------G--AAGCATCTT-TC------G-ACTGC-TG-GACCTATGTG--CTTTAGATA---------------------GAGGTAGC-----AA-A-AG-CAGTT-G-GTACCCTGTGA-TCCAAAAACA-GAA----CT------AGCTACGAGGT--TTTTG-GAGGGAG-AC-TA--A-ATCC----------TACATAGCCAGTATAGT-------GT-TATGG-A------ATGGC-TTGGTGGCC-TGCAATCC-TATCCTCC
gi|16 : tAA-AAGGA-AGT--GAATGAGTAAGT-TTT-C-CCT-GCTAG--G-TA------T--A-GC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-AACCTAAATG--GCCAGGATATGGGAACCTC--------CTCGAGGTACC-----AGAATGG-AAATTGG---ACCCTTCGG--AC-CAGGCA-GAA-----C------A-C----AAGA--TTTCG-AG-GGAG-AC-TA--G-G-CCCT---AAC--TGCAAGGCATGCATGA-C-CAACGGTGGTTGG-AT-----ATGCCGCTGGT-GCT-TGCCAACT-AACCCCCCCACTATGTT----AAAT-AGCA------CAAACCAT--TACCTTG-T-G-
gi|17 : GCT-GAACGGCTGTGTGGGATGT-AA-AG----TGTGTATGTCT-G--TC-TGTGTCTGTGTTTGTCAC-TC-TT-GCTTTCAG-TGTCACCAC-TAGCTAACAGTT-CG-CGGTGAA-AAGTA-AGC-AGATTCTATAAGT-CTT-A-TAT-GCCAG--G-TA------T--A-TC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-GACGTATGTG--GCCCAGATATGGGATCCTC--------CTGGAGGTAGCAATTTAA-ATGG-ACATTGG-GTtgtggagtggtagtc
gi|18 : ctGCTATGGA-A--AAAT-AGCAA-C-ACTACATCAC--TGCCTTG-T-G-A-TAGAC---T--TGG--GGAAGT-CAAAGGCTAAGGG--AGTAAATTC-CA-AC---AGAAAATCTGGGAAGATGGCACTCATGAG-CAGGGTAAATGCA--AC----C-A----------TCT-c
gi|19 : TGCGTTAAT-CTTGC-CCT-GCCA---G-TA------CAAA-GC--CTC-TA------C-ACTGT-
gi|2 : gtggattgcgtctagtttgagggggatcaaaatgcagatctactgtcgccgctggctagcctacttgtaggGTGAA-ACGGAGAAT-CGAGTTCGTAAAT-CTT-T-CCTTGCCAG--AATA------C--A-GC--TTC-TA------C-ACTAT-CAAGACTCCT-------TCAAACA------CCTC--------CTTGGGGCAAC-----AC-ACAGTAACTTGG-GT---CTATCA-CTC-AAGGCT-AA------C------A-TGA--AGGGGATCTTG-GA-GTAG--C-AA--G-GACCCC---AGAGGTGCAGAACATA---GGCC-CACCGGTGTGTGG-AC-----GCGCC-CTGAC-TCT-CACCAACC-TTGCTCC-AGCTATGG--ATTAAAT-AG----------TTCCAC--TGCCTTG-T-GGA-T-GAC---CA-TGA--GG---T-CAAAGGCTATGGG--AGACAACCC-AG-AA---AGAAAATCCGGACAGATGGAGTTCGTCAG-CAAAGATACTGCA--AT----T-G----------TCTAAG----------GGAAAGA-A-AACTCT-GATAAA-A-AA-CAC-A--AACCT
gi|20 : gatctttactgccgctggctaacctatctgtagGCT-AAATGTCTGTGTAATGC---AC-AG----TTTGTATGCAT-G---C-TGT--CTGTG-TTAGTAC-agagatactaggttgagcgtaaggctaatcacctcacctcggaaaaaagagatgattatggaaatcagaagcaatttaagtcaaattttagaagaaggggggagcaaggaatccaccaaccttcaaaccagccagacaaagttgttacagtgacgcatggggatgaaagccacacacggaagttcacatgccgaagaatacactagcaaacaccaa
gi|3 : tGCTGAAATGACTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTGTGTGT-T-G--TC-TGT--C----CTTGTCAA-TC-AA-GCTTTCAG-CTCCACCCC-TGGGTAGCAGCT-TG-CAATGAA-AAGGG-AGC-AGAGTG------T-CTT-C-CC----------------------A-GC--CTC-TC------C-ACAGT-T--GACCTATGTG--GCCCAGATATGGGACCATC--------CTGGAGGTAGC-----AG-ACGG-AAATTGG-GTACCTTACGG-TCC-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AAGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-TA--G-GCCCAT---AAA--TGCATGACATACATAGTC-CACCGATGTGTAG-AT-----ATGTC-CAGGT-GCC-TACAATCC-TTGTCATATGCTAAGGG-A--AAAT-AACAT-C-ATTATATCAC--TGCTTTG-T-G-ATT-GAC---T--TGA--GAAAAT-CAATGACTAAGGG--AGTAATCTT--------------------GAAGATGGC-CTCATGAG-CAGGGCAAATGCA--ACCATGC-A----------TCT-AG----------GAGAAGGAA-AACTCC-GAACAA-G-AAGCTC-A--GACCTTCTGA
gi|4 : ctAATTACTGTGTGATGCGT-AC-AG----TGTGTGTGT-T-G--TAGTGC--GTGTGCTTGTCAC-TC-TC-GCTTTCAG-CCTTACCAT-TGGATAGCAGCT-CG-CTGC-AA-AAGGT-AAC-TAAATATGTAAGT-CTT-C-C-------------A------T--A-AC--CTC-TCA-----T-GCAGT-AA-GACCAATGTG--GTT-----------TCCTC--------CCCGAGGTAACA----AA-ATGG-TAACTGG-A-ATCACACGG-TTC-CAG--------------------------NNNN--NNNNN-NN-NNNN-NN-NN--N-NNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCCGGCGTGTGG-AT-----ATGCC-CTGAT-GCC-TGCAAGCC-TAGTCCCCAGCTATGGG-T--AAAT-AGC---CGGCCAGATGAG--GGTC------------GCC---C--CGA--GG--GT-CGCAGCCTTGGTT--GGCAA--CT-CA-ACTCTAAATAAACCGGTTAGATCTGACTCGTGAGCCATGG--AAGGCA--GC----CAA----------TCT-AT----------AGGAAGG-G-AACCTA-GAAGAA-G-AA-gaaggttgggcgtgggatcagcaccctcatccgaaaaaaacccgctacagaagcattaacaactacccaagaaactccagtgctgggagaggatgggcttgctcctgcaggaagta
gi|5 : tgtgttgtGCT-GAATGGCTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTATGTGT---G--T--TGT--CTGTGCTTAGCAC-CC-TC-GCTTTCAG-CTCTACCCCATGGATAGCAGCT-TG-CTGTGAA-AAGGA-AGC-AGAATATGTAAGT-CTT-C-CCT-GCTAG--G-TACATGTAT--A-TC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-GACCTATGTG--GCCCAGATATGAGGTCCTC--------CTCGAGGTAGC-----AG-ATGG-AAACTGG-GTACCTTACAG-CCC-AAAGCA-GGA----CC------A-C----AGGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-TA--A-GTCCCT---AAA--TGCACGGCATGCATGGCC-CACCGGTGTGTGG-AT-----ATGCC-CAGGT-GCC-TGCAAACC-TAGCCCCCAGCTATGGG-A--AAAT-AGCAA-C-ACCAAATTAC--TGCCTTG-T-G-A-TAGAC---T--TGG--GAAAGT-CAAAGGCTATGGG--AGTAAACCC-CA-AC---AGAAAATCTGGGAAGATGCCGCTCATGAG-CAGGGTAAATGCA--AC----C-A----------TTT-CG----------GAAAAGG-A-TATTCC-GAACAA-G-AA-CTC-A--AACCCTCCGAaaaaacctggccctcctggtagagggttgagtatgaggctaataatctcatctcataaaaacaaccgtattacagaaattgacgcaagaaa
gi|6 : TGCGT-AC-AG----TGTGTGTGT-T-G--TGGTGT--CTGTGCTTGAAAA-TT-TC-GCTTTCAG-CCACACCGT-TGGATAGCAGCT-TG-ATGTCAA-AAGGA-AGC-AGAATGAGTCAGT-CTT-C-CTT-TCCAACTA-TA------T--A-GC--CTC-TTATCTAAT-ACAGT-AA-GACCTATGTG--ACCCAGATATGGGATCCTC--------CACGAGGTGAC-----AG-ATGG-TAATTGG-CCACCCTGCGG-CCC-CAGGCA-GAA----TC------A-C----AAGG--TCTCG-GA-GGAA-TC-TA--G-GCCCCT---AGA--TGCACGGTATACCAGGCC-CACCGGCGTGTAG-AT-----ATGTC-CTGGT-AGC-TGCAAACC-TAGATCCCAACTGTGGGTC--AAAT-AG----------TTCCAC--TGCCTTG-TGG-A-T-GGC---T--ATG--GGTAGT-CAAAGGCTATGGA--AGTAAATCC-AG-AC---AGAAAATCCGGGTAGATGGAACTCGTCAG-CAATTTTAA-GCT--AT----C-G----------CCT-AA----------GGGAGAA-T-AACCCC-T-ACAG-G-AA-ATCTACTGGCCCCCCGA
gi|7 : CCACCCC-TGGATAGCA-CT-T---TGTGAT-AAAGA-AAC-AGgcca
gi|7 : -ACAGTGTA-GACCTATGTG--ACCCAGATAT-CGATCCTTATTTCTCACTC---GTAGC--------AC---AAATT---GTA-CCTAC---CCA-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AGAT--TATTGTAA-GGAT-AC-CAATG-GCCCCTTTAAAA--TGCATGGT---CA---CC-CACC---GTGTTA-AT--------CC-C---A-GCC-T-CAAT-C-TAACCCCCAGATCGGGA-A--AAATAAGCAATC-ATTATAACACTTTGCCTTGTT-G-----GAC---T--T----GGAAGT-CCAAAGCTAAGCGAAAGTAAACCCACATAC---AG-AAATCTAG--AAATGGC-CTCTCTAG--AAGGAAATTACAAGAC----C-ATTAGTAGATTTCT-AG----------AAGAAGG-A-A--TCCGGAGCAATG-AA-ATT-A--GACCTTCCAAtgtagacctatgtgacccagatatcgatccttatttctcactcgtagcacaaattgtacctacccacaagcagaaccacagattattgtaaggataccaatggcccctttaaaatgcatggtcacccaccgtgttaatcccagcctcaatctaacccccagatcgggaaaaataagcaatcattataacactttgccttgttggacttggaagtccaaagctaagcgaaagtaaacccacatacagaaatctagaaatggcctctctagaaggaaattacaagaccattagtagatttctagaagaaggaatccggagcaatgaaattagaccttccaagtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|8 : ccacccctggatagcactttgtgataaagaaCT-GAATGGCTGTGTGATGCGT-AA-AG----TGTATGTGT-T-G--TC-TGTGTCTGTGCTTAGCAC-CC-TC-GCTTTCAG-CTCCACCC--TAGATAGCAGCT-TG-CTGTGAA-AAGGA-AGC-AGAATGTATAAGT-TTT-C-CCT-GCCAG--G-TA------C--A-CC--CTC-TC------C-ACAGT-TA-GACCTATGTG--GCCCAGATATGAGATCCTC--------CTCGAGGTAGC-----AG-ATGG-AAATTGG-GTACTTTACGG-CTC-CAAGCAGGAG----CC------A-C----AAGG--TCTTG-GA-GGAG-AC-CA----GCCCTT---AAA--TGCAC-GCATACATGG-C-CACCGGTGTGTGGAATGTGGAGTGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCA-TATCCCCCAGCTATGGG-A--AAAT-AGCAA-C-ACCACATCAC--TGCCTTG-T-G-A-T-TAC---T--TGG--GGCAGT-CAAAGGCgtgagtgcgtcaaaccctcaccggaaaaataataagccagcgatcaacaatcccatcctgggaggaggagaacctctctgcaagaagta
gi|9 : CACCCC-TGGATAGCAGCT-TG-TTGTGAA-AAGGA-AGC-AG
gi|9 : CAGT-TA-GACCTATGTG--ACCCAGATATCGGATCCTT--------CTCGAGGTAGC-----AG-ACGA-AAATTTG-TTACCTTACGG-CCA-CAAGCA-GAA----CC------A-C----AGGG--TATTG-AA-GGAG-AC-AA--G-GCCCCT---AA-----------ATGCATGGCC-CACCGGTGTGTGG-AT-----ATGCC-CAGGT-GCC-TGCAATCC-TAACCCCCAGTTATGGG-A--AAAT-AGCAT-C-ATTATAACAC--TGCCTTG-T-G-G-TGGAC---T--TGG--GGAAGT-CAAAGGCTAAGCG--AGTAAACCC-CA-AC---AGAAAATCTAGGAAGATGGCGCTCATGAG-CAGGGAAAATACA--AC----C-A----------TTT-AGTAGGAGTTCTGAGAAGG-AGAATTCC-GAGCAA-GAAA-TTC-A--GACCTTCCGAttagacctatgtgacccagatatcggatccttctcgaggtagcagacgaaaatttgttaccttacggccacaagcagaaccacagggtattgaaggagacaaggcccctaaatgcatggcccaccggtgtgtggatatgcccaggtgcctgcaatcctaacccccagttatgggaaaatagcatcattataacactgccttgtggtggacttggggaagtcaaaggctaagcgagtaaaccccaacagaaaatctaggaagatggcgctcatgagcagggaaaatacaaccatttagtaggagttctgagaaggagaattccgagcaagaaattcagaccttccgagaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTAATCGTATATACAGTGTAGCACCACTTTCTG