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Reference ( gi|1 )            :                                            AGTTCGGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAA--------------TTTGAGA--CT--GA-TT-TT-GATTAGCCGCTAA-G--T-GGG---CCTAC-TGTGGT-TG--TAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTCGTC---T------A---------CA----GA-----------------AA-T-G-TTAGAAAT-G-AAAAGA--TT---AAC--TCC-TCTGTTCTAGA--TCCTATATT--AACATATC-AAGGACCTT--T---T---A---GT--TTGAAAATGAA-AC--TTG-AATTTTTTT
gi|17                         :                                            AGTTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGGAGAGATTCTGATAA------------------AAA--TA--AA-----T-AAATAGTGATCAA-G--T-AGG---CCTAC-TGCTGT-TG--CAGA---TTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---T------A---------TA----
gi|6                          :                                           aAGTTAAGGTTTTGTTTCATTCTTGGAGAGATTCTGATAAATGTAAATAAATAGTTTGACA--TT--GA-TC-TT-GAT-------CAA-G--T-ATG---CCTAC-TGCGGT-TG--CAGA---TTCAC--TATTCT--A--TTT--TC---T------A---------TA----tggaa
gi|10                         :                                            aGTTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAATGAAAATAAATAGTTCGAGA--CT--GA-TT-TT-GATTTGCAGTTAA-G--T-GGG---CCTAC-TGCGGT-TG--TAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTCGTC---T------A---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAAT-G-AAAAGA--TT---TAC--TCC-TCttaacctatttaatgcctttttagtttgaaaataaaacttggatttatctgcca
gi|20                         :                                             GTTCAGGTTT-GTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAA--------------
gi|2                          :                                              TTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAATGTAAATAAATAGTTCGAGA--CT--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--T-GGG---CCTAC-TGCGGT-TG--TAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTTGTC---T------A---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAAT-----------T-----AC--TCC-TTTGTTGTATT--TCCTATATT--AACCT-----AG-----T--T---T---A---GT--TTGAA----AA-AC--TTG-AATTTTTCatg
gi|12                         :                                              TTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTTATAA--------------ATGTAAA---TAAGA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--T--------------------TG--TAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTCGTC---T------A---------CA----AA-----------------AA-TTG-TTAGAAAT-G-AAAAGA--TT---TAC--TCC-TCTGTTGTATT--TCCTATATT--AAg
gi|18                         :                                                     TTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTC---------------------------------------CT-GATTAGCCGCTAA-G--T-GGG---CC
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gi|4                          :                                                                     AGAGATTCTGATAAAG------------TTCGAGA--CT--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--T-AG-----CTAC-TGCAGT-TG--CAGA---TTCATGGTA---T--AAATTTCGTC---T------A---------TATATAGA-----------------AA-A----CAGAAATTG-TAAAGA--TT---TAC--TCC-TCCGTTCTATT--TTCTATATT--AACCTATT-AAGG-CCTT--TTTAT---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--CTG-GATTTCTCgt
gi|5                          :                                                                         ATTCTGATAAAG------------TTCGAGA--CT--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--T-AG----TCTAC-TGCGGT-TG--CAGA---TTT-CGTT----T--A--TATAGAA----------A---------CA----GA-----------------AA-TTG-TTAGAAAT-G-AAA-GA--TTTTTAAC--TCC-TCCGTTTTATT--TTCTACATT--AACCTATT-AAGG--CCT--A---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCgccaa
gi|14                         :                                                                                TAG--------------TTCGAG---CT--GAGTTGTT-GATTAGCCGTTAA-AATT-GGGGACCTTACATGCGGTATGTTTAGA---Tgccaat
gi|7                          : gttcacggttttgtttcataatcttcaatagagaaataattctttaatgtaaaataaataagtagttgtagaagaagtaaat--------------TTCGAGC--CT--GA-CT-TT----TAGTC---AA-G--T-AGG---CCTAT-TGCGGT-TG--CAGA---TTCACGGTA---T--AAATTTCGTC---T------ATAGAGAAAACA----GA-----------------AA-TTG-TTAGAAAT-G-GAAAGA--TT---TAC--TCC-TCCGTTCTATT--TTCTAT-----------------GGCCTT--T---TTATA---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTC
gi|9                          :                                                                                  g--------------TTCGAGA--CT--GA-TT-TTTGATTAGC-GTTAAAG--T-GGG---ACTAC-TGCGG---------G---TTCGCGGTA---T--A--TTTCGT----T------A---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAAT-G-ACAAGA--TT---TAC--TCC----GTTGTATT--TCCTATATT------TA-C-TAGG--TTTAGT---T---A---GTTGTTGAATACTAA-AC--TTG-AATTTTTTgcca
gi|11                         :                                                                                 gt--------------TTCGAGGATCT--GA-TT-TT-GATTAGCCG-TAA-G--T-GGG---C--AC--G-----CG--TAGA----TCACGGTA---C--G---TACGTC---T------A---------CA----AAT----------------AA-------AGAAAT-GAAAAAGA--TT----AC--TCC-TC--TTGTA-ATTTCCTATATTTAAACTT-----AG-----T--T---T---A---AT--TTGAATATAAA-ACCTTTG-AATTTTCTct
gi|16                         :                                                                                                     AGA--CT--GA-TT-TT-AAT-----G--AA-G--TTAGA---CCTAC-TGCGGT-TG--CAGATGTTTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---T------A---------TA-----A-----------------AT-T-G-TTAGAAAT-G---AAGA--TT----AC--TCC-TCCGTT-TATT--TTCTATATT--
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TAGTTTGAAAATAAAACTTGGATTTCTCTGCTGGCCAATA






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Reference ( family-1139 )     :                                                       AGTTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-T-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--TGGG---CCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTCGTC---T------A---------CA----GA-----------------AA-T-G-TTAGAAAT-GAAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTNT-ATTTCCTATATT--AACCTATT-AA--GG-CC-TT--T---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCT
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gi|13                         :                                                                             TGAAGAGATTCTAATAAA-TGTAAATAAATATTTCGAGG--C--T--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTTT-G--TGGG---ACTAC-CGCAGTTGTAGA---TTCACTGTA---T---------------------------------------A-----------------AA-T-GATTAGAAAT-GAAAAGATTT---AC--TCC-TACGTTGT-ATTTCCTATATT--AACCTA
gi|14                         :                                                                                          ATTAG-T-------------TCGAG---C--T--GAGTTGTT-GATTAGCCGTTAA-AATTGGGGACCTTACATGCGGTgt
gi|15                         :                                                                         gttcacggttttgtttcataatcttcaatagagaaataattctttaatgtaaaataaataagtagttgtagaagaagtaaG---CCTAT-TGCGGT---AAG---TTGCCG---------A--ATTCGTC---T------AGATATGGCACA----GA-----------------AT-T-GGTTAGAAAT-GGAAAGATTT---ACTATCC-TTCTTTCT-A-----TATATT--A----ATT-AAGGGG-CA-TT--T---T---T---GT--TTG-AAATAAA-A----TG-G-TTTCatgtttagat
gi|16                         :                                                                                                          atcagtaAGA--C--T--GA-TT-TT-AATGAA--GTTA-------GA---CCTAC-TGCGGTTGCAGATGTTTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---T------A---------TA-----A-----------------AT-T-G-TTAGAAAT-GAAGA---TT---AC--TCC-TCCGTT-T-ATTTTCTATATT--gccaattaat
gi|17                         :                                                    aaaAGTTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGGAGAGATTCTGATAAA--------------------A--A--T--AA----AT-AAATAGTGATCAA-G--TAGG---CCTAC-TGCTGTTGCAGA---TTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---T------A---------TA----taa
gi|18                         :                                                               aTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTC------------------------------------------CT-GATTAGCCGCTAA-G--TGGG---CCtggaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-AA--GG-CC-TT--T---TTATA---GT--TTGAAAATAAA-AC--TCG-GATTTCTCT
gi|2                          :                                                         TTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-TGTAAATAAATAGTTCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--TGGG---CCTAC-TGCGGTTGTAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTTGTC---T------A---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAA----------TT---AC--TCC-TTTGTTGT-ATTTCCTATATT--AACCT-----A--G------T--T---T---A---GT--TTGA----AAA-AC--TTG-AATTTTTCTgcc
gi|20                         :                                                        GTTCAGGTTT-GTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-T-------------g
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTg
gi|3                          :                                                                                               -T-------------TCGAAG--CCCT--GA-CT-TT----TAGTCA--AG-G--TAGGGC-CCTAT-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---TA-A--ATTCGTCCCTT------A---------TA----GAGGAAGCAGTATACCATGAA-T-G-GTAGAAAT-GGAAAGATTTTA-AC--TCCTTCCGTTAT--TTTTCTAT---------------A--GG-CCTTT--T---T---ATTCGT--TTG-AAATAAACAT--TTGCGATTT-TCTgctggccaata
gi|4                          :                                                                            aagtAGAGATTCTGATAAAGT-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--TAG-----CTAC-TGCAGTTGCAGA---TTCATGGTA---T--AAATTTCGTC---T------A---------TATATAGA-----------------AA-A----CAGAAATTGTAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTCT-ATTTTCTATATT--AACCTATT-AA--GG-CC-TT--TTTAT---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--CTG-GATTTCTCTgccaaaac
gi|5                          :                                                                                    ATTCTGATAAAGT-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--TAG----TCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTT-CGTT----T--A--TATAGAA----------A---------CA----GA-----------------AA-TTG-TTAGAAAT-GAAA-GATTTTTAAC--TCC-TCCGTTTT-ATTTTCTACATT--AACCTATT-AA--GG-CC-TA--T-------A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgccaa
gi|6                          :                                                       AGTTAAGGTTTTGTTTCATTCTTGGAGAGATTCTGATAAA-TGTAAATAAATAGTTTGACA--T--T--GA-TC-TT-GATCA-------A-G--TATG---CCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTCAC--TATTCT--A--TTT--TC---T------A---------TA----gccaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           aAGATTC---AC--T------ATTCT-ATTTTCTATATT--AACCTATTTAA--TG-CC-TT--T---TT--A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTATCTttaacctatttaatgcctttttagtttgaaaataaaacttggatttatctgcca
gi|7                          : aagttaaggttttgtttcattcttggagagattctgataaatgtaaataaatagtttgacattgatcttgatcaagtatgcctactgcggttgc-T-------------TCGAGC--C--T--GA-CT-TT----TAGTC---AA-G--TAGG---CCTAT-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---T--AAATTTCGTC---T------ATAGAGAAAACA----GA-----------------AA-TTG-TTAGAAAT-GGAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTCT-ATTTTCTAT------------------GG-CC-TT--TTTAT---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgcca
gi|8                          :                                                                                                                      g--T--GA-TG-TT-GATCA-------A-G--TAGG---CCTAC-TGCGGTTGCAAA---TTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---TCTATAAA---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAAT-GGAAATATTT---AC--TCC-GGGGATTT-A-CTCCTCTGTT-----CTATT-AA-----CT-TT--T---T---AT--GT--TTTAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgcca
gi|9                          :                                                                                               -T-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TTTGATTAGC-GTTAAAG--TGGG---ACTAC-TGCGG------G---TTCGCGGTA---T--A--TTTCGT----T------A---------CA----GA-----------------AATT-G-TTAGAAAT-GACAAGATTT---A-----C-TCCGTTGT-ATTTCCTATATT------TACT-AG--G---T-TTAGT---T---A---GTTGTTGAATACTAA-AC--TTG-AATTTTgcca


blockSeqs                     :                                                                                               TGAAAATAAATAGT       AT CC AA  G  G  T     GCAGTT  A AT G  GAC     A            TGT         TTC AAA         CCT CTATAA TAGAGGAAGCAGTATACCATGAATG                        T          TTA  TA   T      G A            AACCTATTTAATG       T  AG TTATA        TG           C  CT   C     C
blockSeqs                     :                                                                                               TGTAAATAAATATT       .  .  .   .  .  .     GCCGTT  . .  G  GC      .            .           .   AAA         .   .      GATATGGCACAGAATTGG                               .          TA   .    .      G .            AACCTATTAAGG        .  .  TATTC        .            .  .    .     C
blockSeqs                     :                                                                                               TGTAAATAAATAGT       .  .  .   .  .  .     GCCGTT  . .  G  .       .            .           .   AAA         .   .      TAGAGAAAACAGAAATTG                               .          .    .    .      G .            AACCTATTAAGG        .  .  TTATA        .            .  .    .     T
blockSeqs                     :                                                                                               TGTAAATAAATAGT       .  .  .   .  .  .     GCCGTT  . .  G  .       .            .           .   AAA         .   .      TATATAGAAAA                                      .          .    .    .      C .            AATTAAGGGG          .  .  TTATA        .            .  .    .     C
blockSeqs                     :                                                                                               GT                   .  .  .   .  .  .     GTGATC  . .  A  .       .            .           .   AAA         .   .      CAGAAATTG                                        .          .    .    .      G .            TAAACTTAG           .  .  TTA          .            .  .    .     C
blockSeqs                     :                                                                                               GT                   .  .  .   .  .  .     GCCGCT  . .  G  .       .            .           .   AA          .   .      CAAAAATTG                                        .          .    .    .      A .            AACCTAG             .  .  TAT          .            .  .    .     C
blockSeqs                     :                                                                                               T                    .  .  .   .  .  .     GCCGTT  . .  G  .       .            .           .   A           .   .      CAGAAATTG                                        .          .    .    .      C .            CTATTAA             .  .  TA           .            .  .    .     A
blockSeqs                     :                                                                                               T                    .  .  .   .  .  .     GCCGT   . .  A  .       .            .           .   G           .   .      CAGAAATTG                                        .          .    .    .      T .            TACTAGG             .  .  TT           .            .  .    .     C
blockSeqs                     :                                                                                               T                    .  .  .   .  .  .     GCGTT   . .  A  .       .            .           .   A           .   .      CAGAAATTG                                        .          .    .    .      C .            AGG                 .  .  TA           .            .  .    .     C
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Reference ( family-1139 )     :                                                       AGTTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-T-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--TGGG---CCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTCGTC---T------A---------CA----GA------AAT----------TGTTAGAAAT-GAAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTNT-ATTTCCTATATT--AACCTATT-AA--GG-CC-TT--T---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-AA--GG-CC-TT--T---TTATA---GT--TTGAAAATAAA-AC--TCG-GATTTCTCT
gi|2                          :                                                         TTCAGGTTTTGTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-TGTAAATAAATAGTTCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATTAGCCGTTAA-G--TGGG---CCTAC-TGCGGTTGTAGA---TTCACGGTA---T--A--TTTTGTC---T------A---------CA----GA------AAT----------TGTTAGAAA----------TT---AC--TCC-TTTGTTGT-ATTTCCTATATT--AACCT-----A--G------T--T---T---A---GT--TTGA----AAA-AC--TTG-AATTTTTCTgcc
gi|20                         :                                                        GTTCAGGTTT-GTTTCATTCTTGAAGAGATTCTGATAAA-T-------------g
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTg
gi|3                          :                                                                                               -T-------------TCGAAG--CCCT--GA-CT-TT----TAGTCA--AG-G--TAGGGC-CCTAT-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---TA-A--ATTCGTCCCTT------A---------TA----GAGGAAGCAGTATACCATGAATGGTAGAAAT-GGAAAGATTTTA-AC--TCCTTCCGTTAT--TTTTCTAT---------------A--GG-CCTTT--T---T---ATTCGT--TTG-AAATAAACAT--TTGCGATTT-TCTgctggccaata
gi|4                          :                                                                            aagtAGAGATTCTGATAAAGT-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--TAG-----CTAC-TGCAGTTGCAGA---TTCATGGTA---T--AAATTTCGTC---T------A---------TATATAGA------AAA----------C---AGAAATTGTAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTCT-ATTTTCTATATT--AACCTATT-AA--GG-CC-TT--TTTAT---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--CTG-GATTTCTCTgccaaaac
gi|5                          :                                                                                    ATTCTGATAAAGT-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TT-GATCA-------A-G--TAG----TCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTT-CGTT----T--A--TATAGAA----------A---------CA----GA------AAT----------TGTTAGAAAT-GAAA-GATTTTTAAC--TCC-TCCGTTTT-ATTTTCTACATT--AACCTATT-AA--GG-CC--T--A---T---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgccaa
gi|6                          :                                                       AGTTAAGGTTTTGTTTCATTCTTGGAGAGATTCTGATAAA-TGTAAATAAATAGTTTGACA--T--T--GA-TC-TT-GATCA-------A-G--TATG---CCTAC-TGCGGTTGCAGA---TTCAC--TATTCT--A--TTT--TC---T------A---------TA----gccaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        aAGATTC---AC--T------ATTCT-ATTTTCTATATT--AACCTATTTAA--TG-CC-TT--T---TT--A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTATCTttaacctatttaatgcctttttagtttgaaaataaaacttggatttatctgcca
gi|7                          : aagttaaggttttgtttcattcttggagagattctgataaatgtaaataaatagtttgacattgatcttgatcaagtatgcctactgcggttgc-T-------------TCGAGC--C--T--GA-CT-TT----TAGTC---AA-G--TAGG---CCTAT-TGCGGTTGCAGA---TTCACGGTA---T--AAATTTCGTC---T------ATAGAGAAAACA----GA------AAT----------TGTTAGAAAT-GGAAAGATTT---AC--TCC-TCCGTTCT-ATTTTCTAT------------------GG-CC-TT--TTTAT---A---GT--TTGAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgcca
gi|8                          :                                                                                                                      g--T--GA-TG-TT-GATCA-------A-G--TAGG---CCTAC-TGCGGTTGCAAA---TTCACGGTA---TAAA--TTTCGTC---TCTATAAA---------CA----GA------AAT----------TGTTAGAAAT-GGAAATATTT---AC--TCC-GGGGATTT-A-CTCCTCTGTT-----CTATT-AA-----CT-TT--T---T---AT--GT--TTTAAAATAAA-AC--TTG-GATTTCTCTgcca
gi|9                          :                                                                                               -T-------------TCGAGA--C--T--GA-TT-TTTGATTAGC-GTTAAAG--TGGG---ACTAC-TGCGG------G---TTCGCGGTA---T--A--TTTCGT----T------A---------CA----GA------AAT----------TGTTAGAAAT-GACAAGATTT---A-----C-TCCGTTGT-ATTTCCTATATT------TACT-AG--G---T-TTAGT---T---A---GTTGTTGAATACTAA-AC--TTG-AATTTTgcca