lowQualScore                  :                                                                                11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                              111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                        
lowQualScore                  :                                    1                        33333333333        44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444             11       333333333333333333333333333333333333              11111                      1111111111111              333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333        1111           333333333333     11         22222222222222222           222222          11111           11       44444444                         11                           1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11111    111  5555555         111         
lowQualScore                  :                              6     2    6    9   1    66 2  33333333333  8     88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   7  2  3   33    3  333333333333333333333333333333333333  2 2  2  33  22222  33  2     2      2  8888888888888 2   2    2 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  77    9999     5555  333333333333 0 2 11   2   2 00000000000000000 2      2  000000  33  33  33333  33 33 2  22 2     00000000 2    2 0   3   3  6     00  7777 2   4 777  8888 55  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  5  99       44444  0 333  1111111         222         
lowQualScore                  :                              .     .    .    .   .    .. .  ...........  .     ......................................................................................   .  .  .   ..    .  ....................................  . .  .  ..  .....  ..  .     .      .  ............. .   .    . . ...............................................................................................................................................................................................................................................................  ..    ....     ....  ............ . . ..   .   . ................. .      .  ......  ..  ..  .....  .. .. .  .. .     ........ .    . .   .   .  .     ..  .... .   . ...  .... ..  .............................................................  .  ..       .....  . ...  .......         ...         
lowQualScore                  :                              0     6    0    0   7    44 4  44444444444  5     22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   4  5  1   00    1  444444444444444444444444444444444444  5 5  5  44  22222  44  7     7      7  5555555555555 7   7    7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  88    6666     7777  333333333333 5 7 11   7   7 11111111111111111 7      7  888888  99  77  00000  99 99 9  44 9     66666666 9    9 6   2   1  9     00  7777 3   0 000  5555 55  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  7  77       33333  3 111  5555555         000         
consensus                     :                          NNGTGGCGAATCACGTGACTTTGACATGA-CTNAT---TA----TACACGGAAAT--------ATGNC-GACG-AAGGGAAGA--CGA------AAA--CNAGGGA-AAAT--G-AAT--AA--AT-T-A--AA--GT--AACACCTTT-ATCAATAAC-GA------N--T----TG--T--CN-----CA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TAG-TTCTACGTGC--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AGAACATT--GA--C--A-------------G-----T-TT---------CAG-----GAA-ACTTT-TCGAC----AA-----CC---AAAAA---AC----TG-----TGTCGATG-TTCTCT---G-------CTT------CGATCGCACA--TA-GAACTAC-CATTTT----AG----TA--T-T-AGA-T-TTGT-TCC-T---G---G---------G-AAAATT-CT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-NA-AGTTA--CGT--GA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAGGT-GTT----ACTTA-C---TC----G--TT----T--ATTCC-CCTTGNTT--CTTCC--CTCGCGT-------C----------GNC---AT-TTC-CCGTGTA-----ATTA-G-TC--AT-T-AAAGTCACGCGNTTCGCCACC
Reference ( gi|1 )            :                          CTGTAGCGAAACACGCGACTCTGACATGA-CTAAT---TA----TACACGGAAAT--------ATGGC-GACGTAGGGGAAGA--CGA------AAA--CTAGAAA-AAAT--G-AAT--AAG-ATTTTA--AA--GA--AACGCCCTT-ATCGGTAAC-AA------T--T----TA--T--CC-----CA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----C--T--C---TG-----A-TAT---A-------ATGG-TAG-TTCTACATAT--G-AT----A---------GA---AG-AT--C--AG----AAAACATT--GA--C--A-------------G-----T-TT---------CAG-----GAA-ACTTT-TCGAC----AA-----CC---ACAAC---AC----TG-----TGTCGATG-TTCTCT---A-------CTT------TGATTGTATA--TA-AAACTGT-AATTTT----AG----TA--TCT-AGA-T-CTGT-TCC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----GCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-AA-AGTTA--C-T--AA-CAAT-TTGTTGTTG-ATGAAGGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----T--ATCCCGCCGTGCTT--CTGCC--CTCGCGT-------C----------GTC---AT-TTC-CTGTGTA-----ATTA-G-TC--G----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|5                          :                            GTGGCAAATCACGTGATT--GACATGATCTCAC---TA------CACAGAAA---------ATGTC-AACG----GGAATA--TCC------AAA--CTAGCAA------------------------------GT--AACACTTTT-ATCAATAAC-GA------A--T----TG--T--CC-----CA--AAACTT-A-T---C--AA-----CA--TT-TGAAA-AATTTT-CC---------T---T-GGA-ACAA-A-T-----C--T--A---TC-----C-TAA---A-------ATGA-TAG-TTCTATGTGC--G-GT----A---------GA---AG-----C--AT----AGAACAAT--GA--C--ACATTTTTTATTTTGT----T-TT---------CAGTAA--AAA-A-------GAA----AA-----CC---AC-------C----C------TGTCAATG-TTTTCT---G-------CTT------CTATCG
gi|9                          :                            GTGATGAATCATGTGACTTTGACATGA-TCTAT---------TACATGGTAAA--------ATGCT-GATGAA--AGAAGA--C----------A--CAAGGGA-AAATTCA-AAT--GAG-----TA--AA--T---AACACCTTT-ATCTATAAT-GA------A--T----TG--TTGCT-----TA--A---TT-ATTACTCGTAA-----CATTTT-TGAAG-AATTTCACT---------T---A-AGA-ATAA-A-TAG---A--T--T---TA-----C-TAA---A-------ATGG-AAG-TTCTA-ATGT--G-Acg
gi|12                         :                               GCGAGTCACATGACTCTGACATAA-CCTAT---TACATGTATATGGGAAA--------ATGCC-GAC-----GAAAGT--C---------AA--C-------ACAT--G-G----AAC-ATTTCAATAA--GT--AACACCTTT-ATAAATAACGAA------T--TGTGATA--T--ACACATGTA--A--CTT-A--A-TG--AA-----CA--TT-Tcg
gi|3                          :                                aGAAGCACGTGACTTTAATATGA-CTAAT---TA----CACA-AGAAATGACAACGCAAGTC-GACGCGAGGGAAGAATCAG------GAG--CTA-------AC--G-AGT--AA--AT--------------AATACCTTC-ATCAACAAC-AAA-----TAGT----TACGT--AC-----TA------TT-A-TA-TC--AA-----CA--AT-TGAAG-AATTTT-CT---------C---A-GAA-TCAG-A-G-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------AT---TAG-TTTTATGTAC--A-ATT---A---------AA---A------C--AG----AGAACATC--GA--CGCA-------------G-----TGTT---------GTG-----G-----TTG-TCGAA----AAGTGTTCT---CTGAA---AC----TG-----TGTCAATG-T-----------------TT------T-----------------CTGC----TTC----------TA--TC--AGA-T-TTGT-TCC-TCG-GCTCG---------G-AAAATT-CT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA----G--GA-TAAT-TTGTTATCG-ATAAGGGT-GTC----TCTTA-T---TT----T--TT----T--ATacca
gi|2                          : tggacgacttaagggaagacgaaaactaaaaaaaAGCACGTGACTTTGA--TG---TAAT-------------CGGGAA---------ATGCC-AACG------AAAG--TTA------ACA--CAAGGGA-AAATTCA-AAC--TAC-ATGTAA--AA-----------CCTTGATCAAGAAT-GA------G--T----TG--T--CG-----CATAA--CTT---TA-TC--AA-----CA--TT-TAAAG-AATTTT-CC---------CC--A-GGA-ATAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TGG-TTCTACGTGT--G-AG----ACCGGGGTGTGAC--AGAATCAC--AG----AAAAC--T--GG--C--A-------------G-----T-TTTCCCC----CAGTTA--TAA-ACGTT-CAGAC-----T-----CC---AAAA-----------G-----T-TCTATG-----CT---A-------CT---------ATCGCAAG--TA-GAACTAC-CATTTT----AG----TA----T-AGA-T-TTGT-TTC-T---G---G---------G-AAATTT-CT-----TCA--AA--TT-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA--TGT--GA-CAAT-TCGGTGT
gi|6                          :                                    atcaccatCTTTAATATGA-GTAAT---TA----CACA-GGAAAT---------TG-C-AACGTAAGTGGACG--CGAGGGAAGAAT--CAAGAGATAAAC--G-AGT--AA--AT--------------AATACTTAT-ATCAACAAC-AA------A--T----TG--T--CA-----TATAA--TTT-A-TA-TT--AA-----CA--AT-TGAAG-AATTTT-CT---------C---A-GGA-ACAG-A-T-----C------------------------A-------ATTA-CAG-TTATATGTGC--A-AT----C---------AA---AG-----C--AG----AAAACATC--GA--C--A-------------G-----T-cactttccctagtgctgactttcgtcatcgttacatcacgtcaaagtcacgtgattcgccaccgt
gi|15                         :                       gtttcaggatactttgacaaccaaaacCATGA-ATAAT---TA------CATGGAAAT--------ATGGC-GACCTAAGGGAAGA--GGA------AAA--CTAGGGG-GAA-----AAT--CCGCAT----------------CACCCTC-ATCGATAAC-AA------T--T----TA--T--CC-----TA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--Tctccctgaactttgcc
gi|4                          :                                                    TGA-CTGATCTATG----TGCACAGAAAT-----------GCTGAC-------------CGA------AAGTGCCAAACA-AAAT--G-GAA--AA----TTCG--AACTGT--AACAC--TT-ATACGCAAT-AAGGAATTT--T----TA-----CG-----TA--A--TTTCA-TA-TC--AGAG---CA--TT-TGAAG-AATTTT-CCGCGAACAATC---A-GAA-ACAACA-T-----CATT--A---TA-----C-TAA---A-------ATGAATAG-TTCTA-ATGTTTG-AT----A---------GA---AA-----C--AG----AATTTTTT--T--------------------G-----T-TTTTAGT----CAA-----TAA-ACTTT-TC--C----AAACTGCCC---AAAAATAAAC----TG-----TATCAA-G-CTCTCT---C-------CCTGCCGTCTG-TTGCATA--TA-GAACTAG-AGTTTT----AG----TA---AT-AGATT-TTATCTCC-TTGAG---A---------G-AAAATT-CT-----
gi|3                          :                                                                         gagatcatgcatactcctGAC-GACTTAAGGGAAGA--CGA------AAA--CTAAAAA-AAAT--A-AA---AAA-AT------AA--GA--GACACCCTT-ATCGATAAC-AA------A--T----TA--T--CC-----TA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CCGAGC-----CG--A-GGA-ACAA-A-T-----C--------------------------------------------------T--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AAAACATT--GA--C--ACA-----------G-----T-TT---------CAGA----GAACACTTT-TCGAC----AA-----CC---ACAAC---AC----TG-----CGTCGATG-TTCTCT---G-------TTT------TAATTGTACA--TA-AAAC--T-AATTTT----AG----TA----T-AGC-T-CTGA-TTC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----TCA--AT--TG-----TT--G--A-TATAATAG-TA--CGT--AA-CTAT-TTGTTGTTG-ATGAAGGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----A--GCTCC----TGATT--CTTCC--CTCGCGT-------CGACTTGCGTTGTC---AT-TTC-TTGTGTA-----ATTA-G-TC--ATATTAAAGTCACGTGCTTC
gi|10                         :                                                                                                         tgGA--CGA------AAG--TCAACAT-AAGG--G-AA----AA-ATTCAA--AG--GAGTAACATCTTT-ATCAATAAC-GT------A--T----TG--T--TG-----CATAA--CGT-A-TG-TC--AAGACAATA--TT-TGAAA-AATGTT-CC---------C---A-GGA-ACA----------C--T--T---TA-----A-TACTAAA-------ATGG-TAG-TTTT
gi|11                         :                                                                                                                                gaAA-AAAT--GGAATTCGAA-ACTT----GA--GT--AACACTAT--ACCAATAAG-AA------C--T----TA------------CA--A--AT--A-TT-TC--A------CA--TT-TGAAGAAATTTT-CC---------C---A--GA-AC-A-A-T-----C--T--A---TA-----C-TA----A-------ATGA-TAGTTTCTAggcacgtgattcgtcaccaatggaaacgtcacgt
gi|7                          :                                                                                                                 cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaacaA--AA--GT--AACATTTTT-ATCAATAAC-GA------A--T----TG--T--CA-----CA-------T-A-AG-T----A-----C---TT-TGAAA-AATTTT-CC---------C---TTGAA-ACAA-A-T-----C--T--A---T------A-TAT---ACACCAAAATGG-TAG-TTGTACATGC--A-AT----A---------GAAGCAG-AT--CTTAG----AGAACAgtgt
gi|8                          :                                                                                                                 tttcagtcaaaaaactttccgacctcgaaaaaaaaatgtatcg--AA--GT--AACCACCTT-ATTT-TAAT-GA------A--T----TG--T--CA-----GA--A--TTT-A-TC-TT--AG-----TG--CTCTCAAG-AATTTC-GG---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----T--T--CAACTG-----A-------A-------ATGG-TAG-TTC-ACGTGC--G-ATTTCGT---------GA---CT-AG--C--AG----AGAATATTTGAA--C--A-------------T-----T-TT---------TAttgcctttgtgttgacattcgaaaaggcactttcacgtataatagatcattt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                 cacccaaaA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----AA--TT-TGAAG-AAATTT-CC---------C---A-GAA-ACAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TAG-TTCTACTTGC--G-AT----A---------GT---AG-----C--AT----AGAACTTT--TG--G--A-------------G-----T-CT------------------GA-ACGTT-T--AT----AA-----CTGGGGGAAA---AC----TGCCAGTTTTCTGTGATTCTGTCACA-------CCC------CGGTCTCACACGTA-GAACCAC-CATTTT----AG----TA----T-AGA-T-TTAT-TCC-TG--G---G---------G-AAAATT-CT-----TTA--AA--TG-----TT--G--A-T--AA-AGTTA--TGC--GA-CAAC-TCATTCTTG-ATCAAGGT---------TTTA-CATGTA----G--TT----TGAATTTT-CC---CTT--GTGTTAACTTTCGT-------T----------GGC---AT-TTC-CCG---------ATTACA-TC-------AAAGTCACGgctcgtttgaattttcccgtgttgactttcgtcgggcactgatcatatgtcaaagtcacgtgatcgcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                             atcaccatagcaA--A--CTT-T-TA-TT--AA-----CA--TT-ACAAG-AAATTT-CC---------C---A-GTA-AGAA-A-TATATAC--T--T---TT-----A--AA---A-------GTGG-TAG-TTCTATGTGC--G-Aatgtgacaattcggtgtcactttccctagtgctgactttcgtcatcgttacatcacgtcaaagtcacgtgattcgccaccgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                 T-A-TG-TC--AAA----CA--TT-TGAAG-AATTTC-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----G--TACC---TAAAATCA-TAT---G-------AT-G-CAG-ATCTTCGTGC--GAAT----A---------GA---AA-----C--GA----AGGGCAGT--GA--C--A-------------G-----C-TT---------attcaataatacgtcattaataaagttcacgtgattcgccaccataatat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                       agtaaaAG-AATTTT-CT---------CTCAA-GGAGATAA-AAT-----C--T--A---TT-----ACTAA---A-------ACTC-TAG-TTCTATATGC--A-AC----A---------GA---CG-G---C--AGGGAGAGAGC-TT--GATAC--A-------------G-----T-TTATTTTTGGGCAGTTTGGAAA-AGTTTATTGACTAA-AA-----AC---AAAAA---AA----T--------TC--TG-TT-TCT---A---------T------CAA--ACAT---TA-GAACTATTCATTTT----AG----TA--TAA-TGA-TGTTGT-TTC-T---G---ATTGTTCGCGG-AAAATT-CT-----TCA--AA--TGCT---CT--G--A-TATGA-AATTA--CGT--AA-AAAT-TCCTTATTGCGTATAAGT-GTT----A--CAGT---TC----G--AA----T--TTTCCATTTTGTTTGGC-ACT--TTCG-GT-------C----------AGC---AT-TT--CTGTGCACATAGATCA-G-TC--A----AGGAGTATGCATtatattatgtgaccaatgttgttattga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gagatc--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AAAACATT--GA--C--A-------------GGGTGGT-TT---------T------------CTTT-TTTACTGA-AA-----AC---AAAAT---AAAAAATG-----TGTCATTG-TTCTAT---G-------CTT------CTACCGCACA--TA-GAACTAT-CATTTT----AG----GA--T---AGA-T-TTGT-TCC-A---A---G---------G-AAAATT-TT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-T---A-AGTT---T-TGGGA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAAGT-GTT----ACTTG-C---TA----G--TTTGGAT--ATTCC----------------------CGT-------T----------GAC---AT-TTT-CTGTGTA-----GTGA-GATCATG----TCAATCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       c-------------G-----T-TT---------CAG-----GAT-ACTTT---GAC----AA-----CC---AAAAC---AC----TG-----T--CGATG-TTTTCT---G-------CTT------TGATTGCACA--TA-TAACTGT-AATT---------------------GA-T-CTGT-TCC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----TCA--AT--TG-----TT--A--A-TA-TA-AATTA--TAT--GA-CAAT-TTGTTGTTG-ATATAAGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----T--ATC---TCTTGATT--CTTCC--CTCGCGTCCACTTAC----------GTTGCAAT-TTC-CTGTGTA-----ATTA-C-TC--g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T---------CAA-----AAA-ACTTT-CCGACCTCGAA----------AAAAA---AA----TG-----TATCG-TG-TTCTCT---AAGATCTGCTT------CTATTGCATG--TA-CAACTAC-CATTTT----GGTGTATA--TAT-AGA-T-TTGT-TTCAA---G---G---------G-AAAATT-TT-----TCA--AA---G-----T--------------ACTTA--TGT--GA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAAAT-GTT----ACTTatattaaagctccctgaactttgcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcagTCGCACA--TA-GAACTAC-CACTTTTAAAAG----TA--TAT-A---T-TTCT-TAC-T---G---G---------G-AAATTT-CTT----GTA--A---TG-----TT--A--A-TA-AA-AGTTA--T-TC-AA-TAAT-ACGTCATTA-ATAAAGtttgcctttgtgttgacattcgaaaaggcactttcacgtataatagatcattt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACA--TAGAAACTAT-CATTT-----AG----TA--T---AGA-T--TGT-TC--T---G---G---------G-AAAATTTCT-----TCA--AA--TG-----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaa--TA-GAACTTC-CATTTT----AG----TAAATCT-A---T-TTAT-TCT-T---A---A---------GTGAAATT-CT-----TCA--AAAATG-----TTACG--AGTA-AT-AATTAAGC----AA-CAAT-TCATTATAG-ATAAAGGT-GTT----ATTTA-C---TC----A--TT----TGAATTTTCCCTTGTGT--CT--T--CTTTCAT-------C----------AGC---AT-TTTACCATGTA-----ATAG-A-TC--ATGTCAAAGTCACATGATTCATCACCgaaatatttgtaagttcttattggtatagtgttactcaagtttcgaattccatttttgtgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcacatA-AAACTAC-CATTTT----AG----TA--T-T-AAA-G--TGT-TCC-T---G---G---------G-AACATT-TT-----TCA--AA--TATTGTCTT--G--A-CA-TA-CGTTA--TGC--AA-CAAT-ACGTTATTG-ATAAAGAT-GTT----ACTCC-T---TT----GAATT----T--TTCCCg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaAACTAC-CATTTC----AG----T-----TGAAA-T-TTGT-TCC-T---G---C---------C-GAAATT-CTTGAGAGCACTAA-------------G--A-TA-AA---TT---C-T--GA-CAAT-TCATTA-AA-AT-AAGGTGGTT----ACTTG-C---TC----G--TT----TGAATTTTCCCGTGTTttatgttgactttcgtcggcacgtgattcgtcaccaatggaaacgtcacgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cacccaaataaaaatgttcaaatattctctgctagtcacgaaatcgcacgtgTAT-GATTTT----AG----G-----T-ACA-T-TTGT-TCC-T---G---G---------G-GAAATT-CT-----TCA--AA--TGT----TT--GACA-TA-TA-TATTA--TGT--GACCAATGTTGTTATTG-Agactttcgtcgggcactgatcatatgtcaaagtcacgtgatcgcc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agtaaaaagctgtcactgcccttcgtttctattcgcacgaagatctgcatcaA--TG-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA----G--GA-TAAA-TTGTTATCG-ATGAGGGT-GATGCGGATTTT-C---CCCCTAG--TT----T---TCC---------T--CTTCC--CTTAGGT-------C----------GCC---ATATTT-CCATGTA-----ATTA-T-TC--
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Unaligned ( gi|17 ): GAATTTTCCCGTGTTGACTTTCGTAGGCATTTCCCCCTGTAATAAGTTATGTCAAAGTCACGAGATTTGTCACGT
Unaligned ( gi|18 ): TGAGTTGACTTTCGTCCGCATTTTACCGTGTAATAGATCATGTCAAAGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                           111111111                   4444444444444                 666666666666666666666666                            222222222222222222222            11                   333333333                         11111   11                    1111                             111111  11111111111111     111111111111  2222222222222222      11111             2222222222222                                         333333333               111                       1111111111111111                                            444444444       111              4444444444         11111              1111111                      
lowQualScore                  :                                                               1       5        66    555  666666666  1 0  2 999  1    0000000000000    66 5         555555555555555555555555 5   5   555  4 22   0  55  888888888888888888888    4       00    5     5        555555555 5        5   77 888  3  44444   33    5   77    1  5  2222   77  77 0      1  77    66 444444  11111111111111     666666666666  5555555555555555 1    44444 5   3  5    8888888888888   5  3        66 4       3      8888    333333333    4     4    555   4             66    7777777777777777     333                              66 2  111111111 666   444 0    0 44    3333333333 1  5    33333        0 88  7777777    1     2 1         
lowQualScore                  :                                                               .       .        ..    ...  .........  . .  . ...  .    .............    .. .         ........................ .   .   ...  . ..   .  ..  .....................    .       ..    .     .        ......... .        .   .. ...  .  .....   ..    .   ..    .  .  ....   ..  .. .      .  ..    .. ......  ..............     ............  ................ .    ..... .   .  .    .............   .  .        .. .       .      ....    .........    .     .    ...   .             ..    ................     ...                              .. .  ......... ...   ... .    . ..    .......... .  .    .....        . ..  .......    .     . .         
lowQualScore                  :                                                               7       7        99    111  888888888  4 2  1 888  0    0000000000000    99 9         999999999999999999999999 2   0   222  4 33   1  44  666666666666666666666    4       66    0     7        000000000 7        7   99 777  6  33333   66    7   11    0  7  1111   99  99 1      7  99    99 444444  33333333333333     333333333333  0000000000000000 3    33333 3   9  7    9999999999999   7  0        11 0       2      5555    444444444    0     0    000   0             11    2222222222222222     999                              44 5  999999999 666   111 2    2 88    8888888888 0  0    99999        5 44  5555555    0     8 0         
consensus                     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGGAAA-ATGCCGACG-AAGGGAAGNCGAAAA--CTAGGGAAAAT--G-AAT---AAA---TT--AA--GTAAC-ACCCTTAT-CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-TA-A--AGTTATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T-CAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 )     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGGAAATATGNCGACG-AAGGGAAGACGAAAA--CNAGGGAAAAT--G-AAT---AAA---TT-AAA--GTAAC-ACCTTTAT-CAATAACGAN-TTG-T------CNC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-TANA--AGTTACGTGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTA---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T-TAAAGTCACGCGNTTCGCCACC
gi|1                          :                                                        GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGGAAATATGGCGACGTAGGGGAAGACGAAAA--CTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGATTTT-AAA--GAAAC-GCCCTTAT-CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAAA--AGTTAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTGCCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G-----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-CATA--CGTTATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTTCCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C-CAA
gi|11                         :                                                                                                                                              gaAAAAT--GGAATTCGAAA---CT-TGA--GTAAC-AC-TATAC-CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGTtggaaacgtcacgt
gi|12                         :                    cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAAATGCCGACG-AA----AGTC-AACA--C-ATGGAACAT--T---T---CAA---T---AA--GTAAC-ACCTTTAT-AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                         aT-CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAAA--AGTTATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14                         :                                                        GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15                         : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGGAAATATGGCGACCTAAGGGAAGAGGAAAA--CTAGGGGGAA------------AA---TC-C----GCATC-ACCCTCAT-CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17                         :                                                        GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CAGGGGGAA--ATGCCTACG-A----AAGTC---AA--CACGGGAAAAT--
gi|18                         :                                                                     ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAAATGCGGACG-AAAGgt
gi|2                          :                                                tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG-----ATGACGA--------AAGTC-AGCA--CTAGGGAAAGT--G-A-----------------------C-ACC-------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-TA-A--AGTTATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTTAACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T-CAAAGTCACGTGC
gi|3                          :                                                                                                         atcaccatGACGACTTAAGGGAAGACGAAAA--CTAAAAAAAAT--A-AAA---AAA---TA-AGA--G--AC-ACCCTTAT-CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-TATAATAG-TACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T-TAAAGTCACGTGCTTCcgt
gi|4                          :                                                                                 tgTGACTGATCTATG----TGCACAGAAAT--GCTGAC-----------CGAAAGTGCCAAACAAAAT--G-GA----AAA---TTCGAACTGTAAC-ACTTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---------TAGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T--A--AGTTTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGT-------------TTG-GATATTCC----CGTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA-TCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-TATA--AATTATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T-TAAAGg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACTTATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG-TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T-Tctccctgaactttgcc
gi|8                          :                                                    tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC-----------CCGACG-AA----AGTC---AA--CACGGGAAAATTCA-AAC---GAG---C---AA--GTAACCACCTT-AT-TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGTAAT--AATTAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTTCTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT-CAAAGTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                           2222222222222222222222            2222    2     1         666666666666666666666666                             222222222222222222222            11                   333333333                         11111   11                    1111                             111111  11111111111111     111111111111  2222222222222222      11111             2222222222222                                         2222222222              111                       1111111111111111                                                 444444       11               4444444444         11111              11111111   1111111                  
lowQualScore                  :                                                               1       5        66    555  3333333333333333333333  2    5 8  5555  1 1  3  5         666666666666666666666666 2      4 2  888888   0  55  666666666666666666666    4       00    5     5        555555555 5        5   77 888  3  44444   33    5   77    1  5  2222   77  77 0      1  77    66 444444  11111111111111     666666666666  5555555555555555 1    44444 5   3  5    8888888888888   5  3        66 4       3      8888    9999999999   4     4    555   4             66    9999999999999999   66   0                               66 2     000000 666   00  0      44    3333333333 1  5    33333        0 88  99999999   8888888        1         
lowQualScore                  :                                                               .       .        ..    ...  ......................  .    . .  ....  . .  .  .         ........................ .      . .  ......   .  ..  .....................    .       ..    .     .        ......... .        .   .. ...  .  .....   ..    .   ..    .  .  ....   ..  .. .      .  ..    .. ......  ..............     ............  ................ .    ..... .   .  .    .............   .  .        .. .       .      ....    ..........   .     .    ...   .             ..    ................   ..   .                               .. .     ...... ...   ..  .      ..    .......... .  .    .....        . ..  ........   .......        .         
lowQualScore                  :                                                               7       7        99    111  9999999999999999999999  5    0 9  9999  0 2  0  5         999999999999999999999999 4      5 0  666666   1  44  666666666666666666666    4       66    0     7        000000000 7        7   99 777  6  33333   66    7   11    0  7  1111   99  99 1      7  99    99 444444  33333333333333     333333333333  0000000000000000 3    33333 3   9  7    9999999999999   7  0        11 0       2      5555    3333333333   0     0    000   0             11    4444444444444444   11   1                               44 5     111111 666   99  2      88    8888888888 0  0    99999        5 44  44444444   0000000        0         
consensus                     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAANACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 )     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAAAACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1                          :                                                        GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTGCCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTTCCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11                         :                                                                                                                                              gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12                         :                    cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14                         :                                                        GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15                         : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17                         :                                                        GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18                         :                                                                     ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2                          :                                                tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTTAACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3                          :                                                                                                                  atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4                          :                                                                         tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCC--AAAC-----AAAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATTCCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG-TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8                          :                                                    tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTTCTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                           2222222222222222222222            2222    1     1         666666666666666666666666                             222222222222222222222            11                   333333333                         11111   11                    1111                             111111  11111111111111     111111111111  2222222222222222      11111             2222222222222                                         2222222222              111                       1111111111111111                                                 444444444444444444444444444444444444444444         11111              11111111   1111111                  
lowQualScore                  :                                                               1       5        66    555  3333333333333333333333  2    5 8  5555  1 7  1  2         666666666666666666666666 2      4 2  888888   0  55  666666666666666666666    4       00    5     5        555555555 5        5   77 888  3  44444   33    5   77    1  5  2222   77  77 0      1  77    66 444444  11111111111111     666666666666  5555555555555555 1    44444 5   3  5    8888888888888   5  3        66 4       3      8888    9999999999   4     4    555   4             66    9999999999999999   66   0                               66 2     555555555555555555555555555555555555555555 1  5    33333        0 88  99999999   8888888        1         
lowQualScore                  :                                                               .       .        ..    ...  ......................  .    . .  ....  . .  .  .         ........................ .      . .  ......   .  ..  .....................    .       ..    .     .        ......... .        .   .. ...  .  .....   ..    .   ..    .  .  ....   ..  .. .      .  ..    .. ......  ..............     ............  ................ .    ..... .   .  .    .............   .  .        .. .       .      ....    ..........   .     .    ...   .             ..    ................   ..   .                               .. .     .......................................... .  .    .....        . ..  ........   .......        .         
lowQualScore                  :                                                               7       7        99    111  9999999999999999999999  5    0 9  9999  0 0  0  4         999999999999999999999999 4      5 0  666666   1  44  666666666666666666666    4       66    0     7        000000000 7        7   99 777  6  33333   66    7   11    0  7  1111   99  99 1      7  99    99 444444  33333333333333     333333333333  0000000000000000 3    33333 3   9  7    9999999999999   7  0        11 0       2      5555    3333333333   0     0    000   0             11    4444444444444444   11   1                               44 5     444444444444444444444444444444444444444444 0  0    99999        5 44  44444444   0000000        0         
consensus                     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 )     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAANACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1                          :                                                        GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTT--CCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11                         :                                                                                                                                              gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12                         :                    cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14                         :                                                        GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15                         : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17                         :                                                        GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18                         :                                                                     ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2                          :                                                tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3                          :                                                                                                                  atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4                          :                                                                         tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCCAAACA-------AAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG---TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8                          :                                                    tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                           2222222222222222222222            2222    1     1         666666666666666666666666                             222222222222222222222            11                   333333333                         11111   11                    1111                             111111  11111111111111     111111111111  2222222222222222      11111             2222222222222                                         2222222222              111                       1111111111111111                                                 444444444444444444444444444444444444444444         11111              11111111   1111111                  
lowQualScore                  :                                                               1       5        66    555  3333333333333333333333  2    5 8  5555  1 7     2         666666666666666666666666 2      4 2  888888   0  55  666666666666666666666    4       00    5     5        555555555 5        5   77 888  3  44444   33    5   77    1  5  2222   77  77 0      1  77    66 444444  11111111111111     666666666666  5555555555555555 1    44444 5   3  5    8888888888888   5  3        66 4       3      8888    9999999999   4     4    555   4             66    9999999999999999   66   0                               66 2     555555555555555555555555555555555555555555 1  5    33333        0 88  99999999   8888888        1         
lowQualScore                  :                                                               .       .        ..    ...  ......................  .    . .  ....  . .     .         ........................ .      . .  ......   .  ..  .....................    .       ..    .     .        ......... .        .   .. ...  .  .....   ..    .   ..    .  .  ....   ..  .. .      .  ..    .. ......  ..............     ............  ................ .    ..... .   .  .    .............   .  .        .. .       .      ....    ..........   .     .    ...   .             ..    ................   ..   .                               .. .     .......................................... .  .    .....        . ..  ........   .......        .         
lowQualScore                  :                                                               7       7        99    111  9999999999999999999999  5    0 9  9999  0 0     4         999999999999999999999999 4      5 0  666666   1  44  666666666666666666666    4       66    0     7        000000000 7        7   99 777  6  33333   66    7   11    0  7  1111   99  99 1      7  99    99 444444  33333333333333     333333333333  0000000000000000 3    33333 3   9  7    9999999999999   7  0        11 0       2      5555    3333333333   0     0    000   0             11    4444444444444444   11   1                               44 5     444444444444444444444444444444444444444444 0  0    99999        5 44  44444444   0000000        0         
consensus                     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 )     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1                          :                                                        GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTT--CCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11                         :                                                                                                                                              gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12                         :                    cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14                         :                                                        GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15                         : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17                         :                                                        GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18                         :                                                                     ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2                          :                                                tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3                          :                                                                                                                  atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4                          :                                                                         tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCCAAACA-------AAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG---TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8                          :                                                    tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC


blockSeqs                     :                                                               G       A        TA    CCT  TACATGTATATGGGAAAA      C    C T  GGGA  T G     T         GGAATTCGAAACTTGA         T      A T  ACGCAA      CA  GTGATATACACATGTA         C       AG    C     A        GCGAACAAT G        C   AT ATA  A  ATCAT   AT    T   TA    G  A  TTCG   CT  .         A  TG    CA GGTGGT  TTTAGTCAATAA       CCGACCTCG     ACTGCCCAAAAAT    A    CCAGT T   G  A    CTAAGATCT       G  G        CG T       C      TAAA    TATATAT      T     C    TGA   T             AA    GTCTTGACATA        AG                                   AC A     TCTCTTGATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTT          A  C    GTCGG          GA  ATAT       TGGAAAC        C
blockSeqs                     :                                                               A       .        .     CGT  CTATGTGCACAGAAA         G    . .  GGGA  A G     T         GGAAAATTCGAACT           T      T C  CAA         C   GGTCACATAAT              .       A     .     .        GAGC      .        .   .  ATA  A  .       A     .   T     G  .  .      .   .         T  .     .  .       TCAGAGAAC          TTACTGAA      CTGGGGGA         C    .     G   A  .    CTCCCT          .  A        .  .       C      .       AATCT        .     .    G     .             .     ACGAGTAAT          .                                    GC C     CTCCTGATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTT           G  .    AC             G   ATGT       A              C
blockSeqs                     :                                                               A       .        .     ATA  TACATGGAAATA            C    . .  AGT   T A     T         TCAAACGAGCAA             C      C T  AAA         A   GTCACATA                 .       .     .     .        .         .        .   .  ATA  A  .       .     .   T     T  .  .      .   .         A  .     .  .       TCAGGAT            TCGAC         CAAAATAA         A    .     A   A  .    GTCAC           .  T        .  .       C      .       TT           .     .    A     .             .     AATAAA             .                                    AC A     AATTTTCCCTTGTGTTAACTTTCGTT                 T  .    C              G   ATAT       A              A
blockSeqs                     :                                                               A       .        .     CTT  TACAGGGGGAAA            C    . .  A     T .     .         AAAAAAATAA               A      C T  CAA         T   TTTACGTA                 .       .     .     .        .         .        .   .  CAA  G  .       .     .   T     G  .  .      .   .         A  .     .  .       TCAAAAA            TAT           CCACA            A    .     G   T  .    CT              .  T        .  .       G      .       AT           .     .    .     .             .     AATATA             .                                    AC C     AATTTTCCCTTGTGTCTTCTTTCATC                 A  .    T              C   ATGT       A              A
blockSeqs                     :                                                               .       .        .     TCT  TACACGGTAAAA            C    . .  .     A .     .         TTCAATAA                 T      C T  CGA         A   ATCCTA                   .       .     .     .        .         .        .   .  AC   .  .       .     .   .     .  .  .      .   .         A  .     .  .       TGA                TCC           CCAAA            C    .     A   A  .    AT              .  G        .  .       T      .       AT           .     .    .     .             .     GATAA              .                                    G  C     CCTTTGAATTTTTCCCTTATGTT                    C  .    C              A   AC         A               
blockSeqs                     :                                                                       .        .     CTG  TGTAACGA                C    . .  .     C .     .         AATCC                    T      . .  CGA         A   ATCCTA                   .       .     .     .        .         .        .   .  .    .  .       .     .   .        .  .      .   .         .  .     .  .       TC                 GAC           AAA              A    .     .   .  .    CT              .  T        .  .       C      .       T            .     .    .     .             .     GATAT              .                                    .  .     CCTTTGTGTTGACATTCGAAAA                     G  .    C              A   AT         .               
blockSeqs                     :                                                                                .     TG   CAGTGC                  .    . .  .     T .     .         GA                       .      . .  TT          A   GTCAGA                   .       .     .                                                                                                            .  .                                                                                                            .  .       C      .       T            .     .    .     .             .     GATAA              .                                    .  .     GATATTCCCGTT                               G  .    A              .   AT                         
blockSeqs                     :                                                                                      .                                   .                                                               .           A   ACA                      .       .                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .      .       T            .     .    .     .             .     .                  .                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .       .      .       T            .     .    .     .                                                                                                                                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                           TACACGGNAAAA**********            GG**                    GGAAAATAA***************                                                                                                                                                              **                                               TCGAC*******  CCAAA***********                                                                              T*********                                        GATAA***********                                                                                                                       ATGT****
originalCons                  :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
finalCons                     :                                                      NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNATTACACGGNAAAA----------TGCCGAC-G-AAGG--AGNCGAACACTAGGGAAAATGGAAAATAA---------------GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTCGAC-------AACCAAA-----------AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTAT---------AGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTTGATAA-----------AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TCATGT----CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                22222222222222222222              55555555555555555555555555555555555555555555555555555                                222222222222222222            22222                  333333333              111111     11111   11                   1111                             111111  11111111111111     111111111111  2222222222222222      11111             2222222222222                                         111111111               111                            1111111                                                 55555555555555555555555555555555555555555                     11                            
lowQualScore                  :                                                                1       5        55  8888   33  66666666666666666666   1 4   4 4  44444444444444444444444444444444444444444444444444444 2      3    888888      55   4 999999999999999999    4       11111    5             555555555 5        5   111111     44444   33       77  1 1  5  2222   77  77 0      1  77    66 444444  11111111111111     666666666666  5555555555555555 1    44444 5   3  5    8888888888888   5  3        55 4    4   3      8888   999999999    4     4    111   8      4       66    66  1111111 0 66   77                    0         11 0     66666666666666666666666666666666666666666 1  5    5         1 11   88             1         
lowQualScore                  :                                                                .       .        ..  ....   ..  ....................   . .   . .  ..................................................... .      .    ......      ..   . ..................    .       .....    .             ......... .        .   ......     .....   ..       ..  . .  .  ....   ..  .. .      .  ..    .. ......  ..............     ............  ................ .    ..... .   .  .    .............   .  .        .. .    .   .      ....   .........    .     .    ...   .      .       ..    ..  ....... . ..   ..                    .         .. .     ......................................... .  .    .         . ..   ..             .         
lowQualScore                  :                                                                7       0        55  5555   77  00000000000000000000   1 4   4 0  55555555555555555555555555555555555555555555555555555 4      4    666666      44   4 999999999999999999    4       77777    0             000000000 7        7   333333     33333   66       11  0 0  7  1111   99  99 1      7  99    99 444444  33333333333333     333333333333  0000000000000000 3    33333 3   9  7    9999999999999   7  0        55 0    0   9      5555   999999999    0     0    000   0      0       11    11  9999999 9 11   33                    9         66 7     11111111111111111111111111111111111111111 0  7    7         9 00   77             0         
consensus                     :                                                       NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--AT----GACNTAT-TA--C------ACGG-AAAATGCC-GAC-G-AAGG---AGTCGAACACTAGGGAAAATGGA---A------A---A-T----AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAA-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAA-CTACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATT-CTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTGATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC-CCGTGTAATTAG-TCATGTCAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 )     :                                                       NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--AT----GACTNAT-TA--C------ACGGNAAAATGCC-GAC-G-AAGG---AGNCGAACACTAGGGAAAATGGA---A------A---A-T----AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAA-CTACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATT-CTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTGATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC-CCGTGTAATTAG-TCATGTCAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1                          :                                                         GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--AT----GACTAAT-TATAC------ACGGAAATATGGC-GAC-G-TAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAATGAATA-A------G---A-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAGTTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAA-CTGTAATTTT----AGT------ATCTAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATT-CTGCAAA--TGTT--GA-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTGCTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC-CTGTGTAATTAG-TCG----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|10                         :                                                                 ctACGTG-ACGTTTCC--ATTGGTGACGAAT-----C------ACG------TGCC-GAC-G-AA-----AGTC-AACATAAGGGAAAA---ATTCA------A---A-G----GA--GTAACATCTTTAT---CAATAACGTA-TTG-TTG----CAT----A----ACGT-ATGTCAAGACAATATT-TGAAAAATGTTCC---------C-AGGAACAC-TTT--AATACTAAA-----ATG--GTAGTTTT-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaACA--T-AGAAACTATCATTT-----AGT------A--TAGA-TT-GT-TC-T---GGG-AAAATTTCTTCAAA--TG-T--GA-A-A-T-ATT--TGTA----AGTTC-TTATTGGTATA-GTGTTACTCA
gi|12                         :                     cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--AT----AACCTAT-TA--CATGTATATGGGAAAATGCC-GAC-G-AA-----AGTC-AACAC--------ATGGA---ACATTTCA---A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA-----CATT-Tagtttcgaattccatttttgtgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                  aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA----CATT-TGAAGAATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAGATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agtaaaTCGCACA--T-AGAA-CTACCACTTTTAAAAGT------A--TATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTT-CTTGTAA--TGTT--AA-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14                         :                                                         GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAAT----GACGTAT-TA--ttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15                         : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaaC--AT----GAATAAT-TA--C------ATGGAAATATGGC-GAC-CTAAGGGA-AGAGGAAAACTAGGG-----GGA---A------A---A-T----CC--GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA-----CATcataatat
gi|17                         :                                                         GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--AT----AACTTAT-TA--C------AGGGGGAAATGCC-TAC-G-AA-----AGTC-AACAC--GGGAAAAT
gi|18                         :                                                                      ga-ACTTTGAC--AT----GATCTAT-TA--C------ACGGTAAAATGCG-GAC-G-AAAG---gt
gi|2                          :                                                 tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GT----GATGTA-------------ACG-----ATG----AC-G-AA-----AGTC-AGCACTAGGGAAAGTG------------------------------ACACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA-----AATT-TGAAGAAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAA-CCACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTAT-TCCT---GGGGAAAATT-CTTTAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG--TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC-CCG----ATTA---CA--TCAAAGTCACGTGC
gi|3                          :                                                                                                                       atcaccat-AAGGGA-AGACGAAAACTAAAAAAAATAAA---A------A---AAT----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T---------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAA-CTA--ATTTT----AGT------A--TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATT-CTTCAAT--TGTT--GA-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TGATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC-TTGTGTAATTAG-TCATATTAAAGTCACGTGCTTCcgt
gi|4                          :                                                                tggacgacttCCTTGAC---T----GATCTATGTG--C------ACAG--AAATGCT-GACCG-AAAG---TGCCAAACA-------AAATGGA---A------A---A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAG---CATT-TGAAGAATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAGTTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAA-CTAGAGTTTT----AGTA-----A--TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATT-CT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gagatcatgcatactCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAA-CTATCATTTT----AGG------A--TAGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATT-TTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------GAT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT-CTGTGTAGTGAGATCATGTCAA--TCACGTGATTTGCCACC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAA-CTGTAATT--------------------GA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATT-CTTCAAT--TGTT--AA-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTGATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC-CTGTGTAATTAC-TCATATTAAAGg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAA-CTACCATTTT----GGTGTATATA--TAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATT-TTTCAAA---GT------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG--TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC-ACGTATAATAGA-TCATctccctgaactttgcc
gi|8                          :                                                     tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--AT----A--TGAT-CA-----------------GTGCCCGAC-G-AA-----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA---A------ACGAG-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG-----TGCTCTCAAGAATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAGTTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cacccaaaCACA--TTAGAA-CTTCCATTTT----AGT------AAATCTA-TTTAT-TCTT---AAGTGAAATT-CTTCAAAAATGTTACGAGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTGTGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTACCATGTAATAGA-TCATGTCAAAGTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA