lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 333333333333333333333333333333333333 11111 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 333333333333 11 22222222222222222 222222 11111 11 44444444 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111 5555555 111
lowQualScore : 6 2 6 9 1 66 2 33333333333 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 2 3 33 3 333333333333333333333333333333333333 2 2 2 33 22222 33 2 2 2 8888888888888 2 2 2 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 9999 5555 333333333333 0 2 11 2 2 00000000000000000 2 2 000000 33 33 33333 33 33 2 22 2 00000000 2 2 0 3 3 6 00 7777 2 4 777 8888 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 99 44444 0 333 1111111 222
lowQualScore : . . . . . .. . ........... . ...................................................................................... . . . .. . .................................... . . . .. ..... .. . . . ............. . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................... .. .... .... ............ . . .. . . ................. . . ...... .. .. ..... .. .. . .. . ........ . . . . . . .. .... . . ... .... .. ............................................................. . .. ..... . ... ....... ...
lowQualScore : 0 6 0 0 7 44 4 44444444444 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 5 1 00 1 444444444444444444444444444444444444 5 5 5 44 22222 44 7 7 7 5555555555555 7 7 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 6666 7777 333333333333 5 7 11 7 7 11111111111111111 7 7 888888 99 77 00000 99 99 9 44 9 66666666 9 9 6 2 1 9 00 7777 3 0 000 5555 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 77 33333 3 111 5555555 000
consensus : NNGTGGCGAATCACGTGACTTTGACATGA-CTNAT---TA----TACACGGAAAT--------ATGNC-GACG-AAGGGAAGA--CGA------AAA--CNAGGGA-AAAT--G-AAT--AA--AT-T-A--AA--GT--AACACCTTT-ATCAATAAC-GA------N--T----TG--T--CN-----CA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TAG-TTCTACGTGC--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AGAACATT--GA--C--A-------------G-----T-TT---------CAG-----GAA-ACTTT-TCGAC----AA-----CC---AAAAA---AC----TG-----TGTCGATG-TTCTCT---G-------CTT------CGATCGCACA--TA-GAACTAC-CATTTT----AG----TA--T-T-AGA-T-TTGT-TCC-T---G---G---------G-AAAATT-CT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-NA-AGTTA--CGT--GA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAGGT-GTT----ACTTA-C---TC----G--TT----T--ATTCC-CCTTGNTT--CTTCC--CTCGCGT-------C----------GNC---AT-TTC-CCGTGTA-----ATTA-G-TC--AT-T-AAAGTCACGCGNTTCGCCACC
Reference ( gi|1 ) : CTGTAGCGAAACACGCGACTCTGACATGA-CTAAT---TA----TACACGGAAAT--------ATGGC-GACGTAGGGGAAGA--CGA------AAA--CTAGAAA-AAAT--G-AAT--AAG-ATTTTA--AA--GA--AACGCCCTT-ATCGGTAAC-AA------T--T----TA--T--CC-----CA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----C--T--C---TG-----A-TAT---A-------ATGG-TAG-TTCTACATAT--G-AT----A---------GA---AG-AT--C--AG----AAAACATT--GA--C--A-------------G-----T-TT---------CAG-----GAA-ACTTT-TCGAC----AA-----CC---ACAAC---AC----TG-----TGTCGATG-TTCTCT---A-------CTT------TGATTGTATA--TA-AAACTGT-AATTTT----AG----TA--TCT-AGA-T-CTGT-TCC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----GCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-AA-AGTTA--C-T--AA-CAAT-TTGTTGTTG-ATGAAGGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----T--ATCCCGCCGTGCTT--CTGCC--CTCGCGT-------C----------GTC---AT-TTC-CTGTGTA-----ATTA-G-TC--G----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|5 : GTGGCAAATCACGTGATT--GACATGATCTCAC---TA------CACAGAAA---------ATGTC-AACG----GGAATA--TCC------AAA--CTAGCAA------------------------------GT--AACACTTTT-ATCAATAAC-GA------A--T----TG--T--CC-----CA--AAACTT-A-T---C--AA-----CA--TT-TGAAA-AATTTT-CC---------T---T-GGA-ACAA-A-T-----C--T--A---TC-----C-TAA---A-------ATGA-TAG-TTCTATGTGC--G-GT----A---------GA---AG-----C--AT----AGAACAAT--GA--C--ACATTTTTTATTTTGT----T-TT---------CAGTAA--AAA-A-------GAA----AA-----CC---AC-------C----C------TGTCAATG-TTTTCT---G-------CTT------CTATCG
gi|9 : GTGATGAATCATGTGACTTTGACATGA-TCTAT---------TACATGGTAAA--------ATGCT-GATGAA--AGAAGA--C----------A--CAAGGGA-AAATTCA-AAT--GAG-----TA--AA--T---AACACCTTT-ATCTATAAT-GA------A--T----TG--TTGCT-----TA--A---TT-ATTACTCGTAA-----CATTTT-TGAAG-AATTTCACT---------T---A-AGA-ATAA-A-TAG---A--T--T---TA-----C-TAA---A-------ATGG-AAG-TTCTA-ATGT--G-Acg
gi|12 : GCGAGTCACATGACTCTGACATAA-CCTAT---TACATGTATATGGGAAA--------ATGCC-GAC-----GAAAGT--C---------AA--C-------ACAT--G-G----AAC-ATTTCAATAA--GT--AACACCTTT-ATAAATAACGAA------T--TGTGATA--T--ACACATGTA--A--CTT-A--A-TG--AA-----CA--TT-Tcg
gi|3 : aGAAGCACGTGACTTTAATATGA-CTAAT---TA----CACA-AGAAATGACAACGCAAGTC-GACGCGAGGGAAGAATCAG------GAG--CTA-------AC--G-AGT--AA--AT--------------AATACCTTC-ATCAACAAC-AAA-----TAGT----TACGT--AC-----TA------TT-A-TA-TC--AA-----CA--AT-TGAAG-AATTTT-CT---------C---A-GAA-TCAG-A-G-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------AT---TAG-TTTTATGTAC--A-ATT---A---------AA---A------C--AG----AGAACATC--GA--CGCA-------------G-----TGTT---------GTG-----G-----TTG-TCGAA----AAGTGTTCT---CTGAA---AC----TG-----TGTCAATG-T-----------------TT------T-----------------CTGC----TTC----------TA--TC--AGA-T-TTGT-TCC-TCG-GCTCG---------G-AAAATT-CT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA----G--GA-TAAT-TTGTTATCG-ATAAGGGT-GTC----TCTTA-T---TT----T--TT----T--ATacca
gi|2 : tggacgacttaagggaagacgaaaactaaaaaaaAGCACGTGACTTTGA--TG---TAAT-------------CGGGAA---------ATGCC-AACG------AAAG--TTA------ACA--CAAGGGA-AAATTCA-AAC--TAC-ATGTAA--AA-----------CCTTGATCAAGAAT-GA------G--T----TG--T--CG-----CATAA--CTT---TA-TC--AA-----CA--TT-TAAAG-AATTTT-CC---------CC--A-GGA-ATAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TGG-TTCTACGTGT--G-AG----ACCGGGGTGTGAC--AGAATCAC--AG----AAAAC--T--GG--C--A-------------G-----T-TTTCCCC----CAGTTA--TAA-ACGTT-CAGAC-----T-----CC---AAAA-----------G-----T-TCTATG-----CT---A-------CT---------ATCGCAAG--TA-GAACTAC-CATTTT----AG----TA----T-AGA-T-TTGT-TTC-T---G---G---------G-AAATTT-CT-----TCA--AA--TT-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA--TGT--GA-CAAT-TCGGTGT
gi|6 : atcaccatCTTTAATATGA-GTAAT---TA----CACA-GGAAAT---------TG-C-AACGTAAGTGGACG--CGAGGGAAGAAT--CAAGAGATAAAC--G-AGT--AA--AT--------------AATACTTAT-ATCAACAAC-AA------A--T----TG--T--CA-----TATAA--TTT-A-TA-TT--AA-----CA--AT-TGAAG-AATTTT-CT---------C---A-GGA-ACAG-A-T-----C------------------------A-------ATTA-CAG-TTATATGTGC--A-AT----C---------AA---AG-----C--AG----AAAACATC--GA--C--A-------------G-----T-cactttccctagtgctgactttcgtcatcgttacatcacgtcaaagtcacgtgattcgccaccgt
gi|15 : gtttcaggatactttgacaaccaaaacCATGA-ATAAT---TA------CATGGAAAT--------ATGGC-GACCTAAGGGAAGA--GGA------AAA--CTAGGGG-GAA-----AAT--CCGCAT----------------CACCCTC-ATCGATAAC-AA------T--T----TA--T--CC-----TA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--Tctccctgaactttgcc
gi|4 : TGA-CTGATCTATG----TGCACAGAAAT-----------GCTGAC-------------CGA------AAGTGCCAAACA-AAAT--G-GAA--AA----TTCG--AACTGT--AACAC--TT-ATACGCAAT-AAGGAATTT--T----TA-----CG-----TA--A--TTTCA-TA-TC--AGAG---CA--TT-TGAAG-AATTTT-CCGCGAACAATC---A-GAA-ACAACA-T-----CATT--A---TA-----C-TAA---A-------ATGAATAG-TTCTA-ATGTTTG-AT----A---------GA---AA-----C--AG----AATTTTTT--T--------------------G-----T-TTTTAGT----CAA-----TAA-ACTTT-TC--C----AAACTGCCC---AAAAATAAAC----TG-----TATCAA-G-CTCTCT---C-------CCTGCCGTCTG-TTGCATA--TA-GAACTAG-AGTTTT----AG----TA---AT-AGATT-TTATCTCC-TTGAG---A---------G-AAAATT-CT-----
gi|3 : gagatcatgcatactcctGAC-GACTTAAGGGAAGA--CGA------AAA--CTAAAAA-AAAT--A-AA---AAA-AT------AA--GA--GACACCCTT-ATCGATAAC-AA------A--T----TA--T--CC-----TA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----CA--TT-TGAAG-AATTTT-CCGAGC-----CG--A-GGA-ACAA-A-T-----C--------------------------------------------------T--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AAAACATT--GA--C--ACA-----------G-----T-TT---------CAGA----GAACACTTT-TCGAC----AA-----CC---ACAAC---AC----TG-----CGTCGATG-TTCTCT---G-------TTT------TAATTGTACA--TA-AAAC--T-AATTTT----AG----TA----T-AGC-T-CTGA-TTC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----TCA--AT--TG-----TT--G--A-TATAATAG-TA--CGT--AA-CTAT-TTGTTGTTG-ATGAAGGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----A--GCTCC----TGATT--CTTCC--CTCGCGT-------CGACTTGCGTTGTC---AT-TTC-TTGTGTA-----ATTA-G-TC--ATATTAAAGTCACGTGCTTC
gi|10 : tgGA--CGA------AAG--TCAACAT-AAGG--G-AA----AA-ATTCAA--AG--GAGTAACATCTTT-ATCAATAAC-GT------A--T----TG--T--TG-----CATAA--CGT-A-TG-TC--AAGACAATA--TT-TGAAA-AATGTT-CC---------C---A-GGA-ACA----------C--T--T---TA-----A-TACTAAA-------ATGG-TAG-TTTT
gi|11 : gaAA-AAAT--GGAATTCGAA-ACTT----GA--GT--AACACTAT--ACCAATAAG-AA------C--T----TA------------CA--A--AT--A-TT-TC--A------CA--TT-TGAAGAAATTTT-CC---------C---A--GA-AC-A-A-T-----C--T--A---TA-----C-TA----A-------ATGA-TAGTTTCTAggcacgtgattcgtcaccaatggaaacgtcacgt
gi|7 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaacaA--AA--GT--AACATTTTT-ATCAATAAC-GA------A--T----TG--T--CA-----CA-------T-A-AG-T----A-----C---TT-TGAAA-AATTTT-CC---------C---TTGAA-ACAA-A-T-----C--T--A---T------A-TAT---ACACCAAAATGG-TAG-TTGTACATGC--A-AT----A---------GAAGCAG-AT--CTTAG----AGAACAgtgt
gi|8 : tttcagtcaaaaaactttccgacctcgaaaaaaaaatgtatcg--AA--GT--AACCACCTT-ATTT-TAAT-GA------A--T----TG--T--CA-----GA--A--TTT-A-TC-TT--AG-----TG--CTCTCAAG-AATTTC-GG---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----T--T--CAACTG-----A-------A-------ATGG-TAG-TTC-ACGTGC--G-ATTTCGT---------GA---CT-AG--C--AG----AGAATATTTGAA--C--A-------------T-----T-TT---------TAttgcctttgtgttgacattcgaaaaggcactttcacgtataatagatcattt
gi|2 : cacccaaaA--A--CTT-A-TA-TC--AA-----AA--TT-TGAAG-AAATTT-CC---------C---A-GAA-ACAA-A-T-----C--T--A---TA-----C-TAA---A-------ATGG-TAG-TTCTACTTGC--G-AT----A---------GT---AG-----C--AT----AGAACTTT--TG--G--A-------------G-----T-CT------------------GA-ACGTT-T--AT----AA-----CTGGGGGAAA---AC----TGCCAGTTTTCTGTGATTCTGTCACA-------CCC------CGGTCTCACACGTA-GAACCAC-CATTTT----AG----TA----T-AGA-T-TTAT-TCC-TG--G---G---------G-AAAATT-CT-----TTA--AA--TG-----TT--G--A-T--AA-AGTTA--TGC--GA-CAAC-TCATTCTTG-ATCAAGGT---------TTTA-CATGTA----G--TT----TGAATTTT-CC---CTT--GTGTTAACTTTCGT-------T----------GGC---AT-TTC-CCG---------ATTACA-TC-------AAAGTCACGgctcgtttgaattttcccgtgttgactttcgtcgggcactgatcatatgtcaaagtcacgtgatcgcc
gi|14 : atcaccatagcaA--A--CTT-T-TA-TT--AA-----CA--TT-ACAAG-AAATTT-CC---------C---A-GTA-AGAA-A-TATATAC--T--T---TT-----A--AA---A-------GTGG-TAG-TTCTATGTGC--G-Aatgtgacaattcggtgtcactttccctagtgctgactttcgtcatcgttacatcacgtcaaagtcacgtgattcgccaccgt
gi|13 : T-A-TG-TC--AAA----CA--TT-TGAAG-AATTTC-CC---------C---A-GGA-ACAA-A-T-----G--TACC---TAAAATCA-TAT---G-------AT-G-CAG-ATCTTCGTGC--GAAT----A---------GA---AA-----C--GA----AGGGCAGT--GA--C--A-------------G-----C-TT---------attcaataatacgtcattaataaagttcacgtgattcgccaccataatat
gi|4 : agtaaaAG-AATTTT-CT---------CTCAA-GGAGATAA-AAT-----C--T--A---TT-----ACTAA---A-------ACTC-TAG-TTCTATATGC--A-AC----A---------GA---CG-G---C--AGGGAGAGAGC-TT--GATAC--A-------------G-----T-TTATTTTTGGGCAGTTTGGAAA-AGTTTATTGACTAA-AA-----AC---AAAAA---AA----T--------TC--TG-TT-TCT---A---------T------CAA--ACAT---TA-GAACTATTCATTTT----AG----TA--TAA-TGA-TGTTGT-TTC-T---G---ATTGTTCGCGG-AAAATT-CT-----TCA--AA--TGCT---CT--G--A-TATGA-AATTA--CGT--AA-AAAT-TCCTTATTGCGTATAAGT-GTT----A--CAGT---TC----G--AA----T--TTTCCATTTTGTTTGGC-ACT--TTCG-GT-------C----------AGC---AT-TT--CTGTGCACATAGATCA-G-TC--A----AGGAGTATGCATtatattatgtgaccaatgttgttattga
gi|5 : gagatc--G-AT----A---------GA---AG-----C--AG----AAAACATT--GA--C--A-------------GGGTGGT-TT---------T------------CTTT-TTTACTGA-AA-----AC---AAAAT---AAAAAATG-----TGTCATTG-TTCTAT---G-------CTT------CTACCGCACA--TA-GAACTAT-CATTTT----AG----GA--T---AGA-T-TTGT-TCC-A---A---G---------G-AAAATT-TT-----TCA--AA--TG-----TT--G--A-T---A-AGTT---T-TGGGA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAAGT-GTT----ACTTG-C---TA----G--TTTGGAT--ATTCC----------------------CGT-------T----------GAC---AT-TTT-CTGTGTA-----GTGA-GATCATG----TCAATCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : c-------------G-----T-TT---------CAG-----GAT-ACTTT---GAC----AA-----CC---AAAAC---AC----TG-----T--CGATG-TTTTCT---G-------CTT------TGATTGCACA--TA-TAACTGT-AATT---------------------GA-T-CTGT-TCC-T---G---A---------G-AAAATT-CT-----TCA--AT--TG-----TT--A--A-TA-TA-AATTA--TAT--GA-CAAT-TTGTTGTTG-ATATAAGT-ATT----ATTTA-C---TC----G--TT----T--ATC---TCTTGATT--CTTCC--CTCGCGTCCACTTAC----------GTTGCAAT-TTC-CTGTGTA-----ATTA-C-TC--g
gi|7 : T---------CAA-----AAA-ACTTT-CCGACCTCGAA----------AAAAA---AA----TG-----TATCG-TG-TTCTCT---AAGATCTGCTT------CTATTGCATG--TA-CAACTAC-CATTTT----GGTGTATA--TAT-AGA-T-TTGT-TTCAA---G---G---------G-AAAATT-TT-----TCA--AA---G-----T--------------ACTTA--TGT--GA-CAAT-TCGTTATTG-ATAAAAAT-GTT----ACTTatattaaagctccctgaactttgcc
gi|14 : tttcagTCGCACA--TA-GAACTAC-CACTTTTAAAAG----TA--TAT-A---T-TTCT-TAC-T---G---G---------G-AAATTT-CTT----GTA--A---TG-----TT--A--A-TA-AA-AGTTA--T-TC-AA-TAAT-ACGTCATTA-ATAAAGtttgcctttgtgttgacattcgaaaaggcactttcacgtataatagatcattt
gi|11 : ACA--TAGAAACTAT-CATTT-----AG----TA--T---AGA-T--TGT-TC--T---G---G---------G-AAAATTTCT-----TCA--AA--TG-----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|9 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaa--TA-GAACTTC-CATTTT----AG----TAAATCT-A---T-TTAT-TCT-T---A---A---------GTGAAATT-CT-----TCA--AAAATG-----TTACG--AGTA-AT-AATTAAGC----AA-CAAT-TCATTATAG-ATAAAGGT-GTT----ATTTA-C---TC----A--TT----TGAATTTTCCCTTGTGT--CT--T--CTTTCAT-------C----------AGC---AT-TTTACCATGTA-----ATAG-A-TC--ATGTCAAAGTCACATGATTCATCACCgaaatatttgtaagttcttattggtatagtgttactcaagtttcgaattccatttttgtgt
gi|10 : tcacatA-AAACTAC-CATTTT----AG----TA--T-T-AAA-G--TGT-TCC-T---G---G---------G-AACATT-TT-----TCA--AA--TATTGTCTT--G--A-CA-TA-CGTTA--TGC--AA-CAAT-ACGTTATTG-ATAAAGAT-GTT----ACTCC-T---TT----GAATT----T--TTCCCg
gi|8 : gaAACTAC-CATTTC----AG----T-----TGAAA-T-TTGT-TCC-T---G---C---------C-GAAATT-CTTGAGAGCACTAA-------------G--A-TA-AA---TT---C-T--GA-CAAT-TCATTA-AA-AT-AAGGTGGTT----ACTTG-C---TC----G--TT----TGAATTTTCCCGTGTTttatgttgactttcgtcggcacgtgattcgtcaccaatggaaacgtcacgt
gi|13 : cacccaaataaaaatgttcaaatattctctgctagtcacgaaatcgcacgtgTAT-GATTTT----AG----G-----T-ACA-T-TTGT-TCC-T---G---G---------G-GAAATT-CT-----TCA--AA--TGT----TT--GACA-TA-TA-TATTA--TGT--GACCAATGTTGTTATTG-Agactttcgtcgggcactgatcatatgtcaaagtcacgtgatcgcc
gi|15 : agtaaaaagctgtcactgcccttcgtttctattcgcacgaagatctgcatcaA--TG-----TT--G--A-TA-TA-AGTTA----G--GA-TAAA-TTGTTATCG-ATGAGGGT-GATGCGGATTTT-C---CCCCTAG--TT----T---TCC---------T--CTTCC--CTTAGGT-------C----------GCC---ATATTT-CCATGTA-----ATTA-T-TC--
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Unaligned ( gi|17 ): GAATTTTCCCGTGTTGACTTTCGTAGGCATTTCCCCCTGTAATAAGTTATGTCAAAGTCACGAGATTTGTCACGT
Unaligned ( gi|18 ): TGAGTTGACTTTCGTCCGCATTTTACCGTGTAATAGATCATGTCAAAGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444444444 666666666666666666666666 222222222222222222222 11 333333333 11111 11 1111 111111 11111111111111 111111111111 2222222222222222 11111 2222222222222 333333333 111 1111111111111111 444444444 111 4444444444 11111 1111111
lowQualScore : 1 5 66 555 666666666 1 0 2 999 1 0000000000000 66 5 555555555555555555555555 5 5 555 4 22 0 55 888888888888888888888 4 00 5 5 555555555 5 5 77 888 3 44444 33 5 77 1 5 2222 77 77 0 1 77 66 444444 11111111111111 666666666666 5555555555555555 1 44444 5 3 5 8888888888888 5 3 66 4 3 8888 333333333 4 4 555 4 66 7777777777777777 333 66 2 111111111 666 444 0 0 44 3333333333 1 5 33333 0 88 7777777 1 2 1
lowQualScore : . . .. ... ......... . . . ... . ............. .. . ........................ . . ... . .. . .. ..................... . .. . . ......... . . .. ... . ..... .. . .. . . .... .. .. . . .. .. ...... .............. ............ ................ . ..... . . . ............. . . .. . . .... ......... . . ... . .. ................ ... .. . ......... ... ... . . .. .......... . . ..... . .. ....... . . .
lowQualScore : 7 7 99 111 888888888 4 2 1 888 0 0000000000000 99 9 999999999999999999999999 2 0 222 4 33 1 44 666666666666666666666 4 66 0 7 000000000 7 7 99 777 6 33333 66 7 11 0 7 1111 99 99 1 7 99 99 444444 33333333333333 333333333333 0000000000000000 3 33333 3 9 7 9999999999999 7 0 11 0 2 5555 444444444 0 0 000 0 11 2222222222222222 999 44 5 999999999 666 111 2 2 88 8888888888 0 0 99999 5 44 5555555 0 8 0
consensus : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGGAAA-ATGCCGACG-AAGGGAAGNCGAAAA--CTAGGGAAAAT--G-AAT---AAA---TT--AA--GTAAC-ACCCTTAT-CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-TA-A--AGTTATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T-CAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 ) : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGGAAATATGNCGACG-AAGGGAAGACGAAAA--CNAGGGAAAAT--G-AAT---AAA---TT-AAA--GTAAC-ACCTTTAT-CAATAACGAN-TTG-T------CNC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-TANA--AGTTACGTGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTA---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T-TAAAGTCACGCGNTTCGCCACC
gi|1 : GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGGAAATATGGCGACGTAGGGGAAGACGAAAA--CTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGATTTT-AAA--GAAAC-GCCCTTAT-CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAAA--AGTTAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTGCCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G-----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|10 : ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-CATA--CGTTATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTTCCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C-CAA
gi|11 : gaAAAAT--GGAATTCGAAA---CT-TGA--GTAAC-AC-TATAC-CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGTtggaaacgtcacgt
gi|12 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAAATGCCGACG-AA----AGTC-AACA--C-ATGGAACAT--T---T---CAA---T---AA--GTAAC-ACCTTTAT-AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13 : aT-CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14 : agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAAA--AGTTATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14 : GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15 : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGGAAATATGGCGACCTAAGGGAAGAGGAAAA--CTAGGGGGAA------------AA---TC-C----GCATC-ACCCTCAT-CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17 : GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CAGGGGGAA--ATGCCTACG-A----AAGTC---AA--CACGGGAAAAT--
gi|18 : ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAAATGCGGACG-AAAGgt
gi|2 : tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG-----ATGACGA--------AAGTC-AGCA--CTAGGGAAAGT--G-A-----------------------C-ACC-------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-TA-A--AGTTATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTTAACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T-CAAAGTCACGTGC
gi|3 : atcaccatGACGACTTAAGGGAAGACGAAAA--CTAAAAAAAAT--A-AAA---AAA---TA-AGA--G--AC-ACCCTTAT-CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-TATAATAG-TACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T-TAAAGTCACGTGCTTCcgt
gi|4 : tgTGACTGATCTATG----TGCACAGAAAT--GCTGAC-----------CGAAAGTGCCAAACAAAAT--G-GA----AAA---TTCGAACTGTAAC-ACTTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5 : gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---------TAGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T--A--AGTTTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGT-------------TTG-GATATTCC----CGTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA-TCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-TATA--AATTATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T-TAAAGg
gi|7 : -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACTTATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG-TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T-Tctccctgaactttgcc
gi|8 : tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC-----------CCGACG-AA----AGTC---AA--CACGGGAAAATTCA-AAC---GAG---C---AA--GTAACCACCTT-AT-TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAt
gi|9 : cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGTAAT--AATTAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTTCTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT-CAAAGTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 2222 2 1 666666666666666666666666 222222222222222222222 11 333333333 11111 11 1111 111111 11111111111111 111111111111 2222222222222222 11111 2222222222222 2222222222 111 1111111111111111 444444 11 4444444444 11111 11111111 1111111
lowQualScore : 1 5 66 555 3333333333333333333333 2 5 8 5555 1 1 3 5 666666666666666666666666 2 4 2 888888 0 55 666666666666666666666 4 00 5 5 555555555 5 5 77 888 3 44444 33 5 77 1 5 2222 77 77 0 1 77 66 444444 11111111111111 666666666666 5555555555555555 1 44444 5 3 5 8888888888888 5 3 66 4 3 8888 9999999999 4 4 555 4 66 9999999999999999 66 0 66 2 000000 666 00 0 44 3333333333 1 5 33333 0 88 99999999 8888888 1
lowQualScore : . . .. ... ...................... . . . .... . . . . ........................ . . . ...... . .. ..................... . .. . . ......... . . .. ... . ..... .. . .. . . .... .. .. . . .. .. ...... .............. ............ ................ . ..... . . . ............. . . .. . . .... .......... . . ... . .. ................ .. . .. . ...... ... .. . .. .......... . . ..... . .. ........ ....... .
lowQualScore : 7 7 99 111 9999999999999999999999 5 0 9 9999 0 2 0 5 999999999999999999999999 4 5 0 666666 1 44 666666666666666666666 4 66 0 7 000000000 7 7 99 777 6 33333 66 7 11 0 7 1111 99 99 1 7 99 99 444444 33333333333333 333333333333 0000000000000000 3 33333 3 9 7 9999999999999 7 0 11 0 2 5555 3333333333 0 0 000 0 11 4444444444444444 11 1 44 5 111111 666 99 2 88 8888888888 0 0 99999 5 44 44444444 0000000 0
consensus : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAANACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 ) : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAAAACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-NTTCTTCCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1 : GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTGCCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10 : ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTTCCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11 : gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13 : aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14 : agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14 : GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15 : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17 : GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18 : ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2 : tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTTAACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3 : atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4 : tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCC--AAAC-----AAAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5 : gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATTCCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7 : -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG-TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8 : tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9 : cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTTCTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 2222 1 1 666666666666666666666666 222222222222222222222 11 333333333 11111 11 1111 111111 11111111111111 111111111111 2222222222222222 11111 2222222222222 2222222222 111 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111 1111111
lowQualScore : 1 5 66 555 3333333333333333333333 2 5 8 5555 1 7 1 2 666666666666666666666666 2 4 2 888888 0 55 666666666666666666666 4 00 5 5 555555555 5 5 77 888 3 44444 33 5 77 1 5 2222 77 77 0 1 77 66 444444 11111111111111 666666666666 5555555555555555 1 44444 5 3 5 8888888888888 5 3 66 4 3 8888 9999999999 4 4 555 4 66 9999999999999999 66 0 66 2 555555555555555555555555555555555555555555 1 5 33333 0 88 99999999 8888888 1
lowQualScore : . . .. ... ...................... . . . .... . . . . ........................ . . . ...... . .. ..................... . .. . . ......... . . .. ... . ..... .. . .. . . .... .. .. . . .. .. ...... .............. ............ ................ . ..... . . . ............. . . .. . . .... .......... . . ... . .. ................ .. . .. . .......................................... . . ..... . .. ........ ....... .
lowQualScore : 7 7 99 111 9999999999999999999999 5 0 9 9999 0 0 0 4 999999999999999999999999 4 5 0 666666 1 44 666666666666666666666 4 66 0 7 000000000 7 7 99 777 6 33333 66 7 11 0 7 1111 99 99 1 7 99 99 444444 33333333333333 333333333333 0000000000000000 3 33333 3 9 7 9999999999999 7 0 11 0 2 5555 3333333333 0 0 000 0 11 4444444444444444 11 1 44 5 444444444444444444444444444444444444444444 0 0 99999 5 44 44444444 0000000 0
consensus : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 ) : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAANACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1 : GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10 : ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTT--CCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11 : gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13 : aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14 : agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14 : GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15 : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17 : GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18 : ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2 : tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3 : atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4 : tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCCAAACA-------AAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5 : gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7 : -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG---TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8 : tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9 : cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 2222 1 1 666666666666666666666666 222222222222222222222 11 333333333 11111 11 1111 111111 11111111111111 111111111111 2222222222222222 11111 2222222222222 2222222222 111 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111 1111111
lowQualScore : 1 5 66 555 3333333333333333333333 2 5 8 5555 1 7 2 666666666666666666666666 2 4 2 888888 0 55 666666666666666666666 4 00 5 5 555555555 5 5 77 888 3 44444 33 5 77 1 5 2222 77 77 0 1 77 66 444444 11111111111111 666666666666 5555555555555555 1 44444 5 3 5 8888888888888 5 3 66 4 3 8888 9999999999 4 4 555 4 66 9999999999999999 66 0 66 2 555555555555555555555555555555555555555555 1 5 33333 0 88 99999999 8888888 1
lowQualScore : . . .. ... ...................... . . . .... . . . ........................ . . . ...... . .. ..................... . .. . . ......... . . .. ... . ..... .. . .. . . .... .. .. . . .. .. ...... .............. ............ ................ . ..... . . . ............. . . .. . . .... .......... . . ... . .. ................ .. . .. . .......................................... . . ..... . .. ........ ....... .
lowQualScore : 7 7 99 111 9999999999999999999999 5 0 9 9999 0 0 4 999999999999999999999999 4 5 0 666666 1 44 666666666666666666666 4 66 0 7 000000000 7 7 99 777 6 33333 66 7 11 0 7 1111 99 99 1 7 99 99 444444 33333333333333 333333333333 0000000000000000 3 33333 3 9 7 9999999999999 7 0 11 0 2 5555 3333333333 0 0 000 0 11 4444444444444444 11 1 44 5 444444444444444444444444444444444444444444 0 0 99999 5 44 44444444 0000000 0
consensus : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 ) : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1 : GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--ATGACTAAT---TA----TACACGG-AAATATGGCGAC-GTAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAAT--G-AAT---AAGA-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAG-TTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAACTGTAATTTT----AGTA---TC----TAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTGCAAA--TGTT--G-----A-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTG-CTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC--C--TGTGTAATTAG-TC--G------AA---A---ATCACGCATTTCGCCACC
gi|10 : ct-AAAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAAA-GT-GT-TCCT---GGG-AACATTTTTCAAA--TATT--GTCTTGA-C-ATA-CGT--TATGCAACAATACGTTATTGATAAAGATGTTACT----------------C-CTTTGAATTTTT--CCCTTATGTT----------GAC--TTTCGTCGGCACGTGATTCG-TC--A--C--CAATGGAAACGTCACGT
gi|11 : gaAAAAT--GGAATTCGAA-ACTT---GA--GTAACACTAT-AC---CAATAAGAAC-TT----------AC----A----AAT--ATTTCA---CATT-TGAAGAAATTTTCC---------C-A-GAAC-A-ATC--TATACT-AA-----ATG--ATAGTTTCT-ATGT
gi|12 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--ATAACCTAT---TACATGTATATGGGAAA-ATGCCGAC-G-AA----AGTC-AACAC-ATGGAACAT--T---T---CA-A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA--CATT-Ttgtgt
gi|13 : aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA-CATT-TGAAG-AATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAG-ATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14 : agtaaaTCGCACA--T-AGAACTACCACTTTTAAAAGTA---T------ATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTTCTTGTAA--TGTT--A-----A-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14 : GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAATGACGTAT---TA----Tttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15 : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaC--ATGAATAAT---TA------CATGG-AAATATGGCGAC-CTAAGGGAAGAGGAAAACTAGGGGGAA------------A-A-TC---C---GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATcataatat
gi|17 : GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--ATAACTTAT---TA----CA-GGGG-GAA-ATGCCTAC-G-A----AAGTC-AACAC--GGGAAAAT--
gi|18 : ga-ACTTTGAC--ATGATCTAT---------TACACGGTAAA-ATGCGGAC-G-AAAGgt
gi|2 : tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GTGA--------TG----TA-ACG------ATG---AC-G-AA----AGTC-AGCACTAGGGAAAGT--G-A-----------------------CACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA--AATT-TGAAG-AAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAACCACCATTTT----AGTA---------TAGA-TTTAT-TCCTG--GGG-AAAATTCTTTAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG---TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC--C--CG----ATTA---C--A--T--CAA---A---GTCACGTGC
gi|3 : atcaccat-AAGGGAAGACGAAAACTAAAAAAAAT--A-AAA---AA-A-T----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T----------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAACTA--ATTTT----AGTA---------TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--G-----A-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TG-ATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC--T--TGTGTAATTAG-TCATA--T--TAA---A---GTCACGTGCTTCcgt
gi|4 : tggacgacttTGACTGATCTATG----TGCACAG-AAA--TGCTGACCG-AAAGT--GCCAAACA-------AAAT--G-GA----AA-A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAGCATT-TGAAG-AATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAG-TTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAACTAGAGTTTT----AGTA---A-----TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATTCT
gi|5 : gagatcatgcatactcctCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAACTATCATTTT----AGGA---T------AGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATTTTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------G-AT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT--C--TGTGTAGTGAGATC--A--TGTCAA--------TCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAACT-------------GTA---A-----TTGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATTCTTCAAT--TGTT--A-----A-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC--C--TGTGTAATTAC-TCATA--T--TAA---A---Gg
gi|7 : -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAACTACCATTTT----GGTG---TATATATAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATTTTTCAAA---GT-----------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG---TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC--A--CGTATAATAGA-TC--A--T--ctccctgaactttgcc
gi|8 : tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--ATA--TGAT---CAG---TGC------------CCGAC-G-AA----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA-AAC---GA-G-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG--TGCTCTCAAG-AATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAG-TTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9 : cacccaaaCACA--TTAGAACTTCCATTTT----AGTAAATC-----TA---TTTAT-TCTT---AAGTGAAATTCTTCAAAAATGTTACG-----AGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTG-TGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTA-C--CATGTAATAGA-TC--ATGT--CAA---A---GTCACATGATTCATCACC
blockSeqs : G A TA CCT TACATGTATATGGGAAAA C C T GGGA T G T GGAATTCGAAACTTGA T A T ACGCAA CA GTGATATACACATGTA C AG C A GCGAACAAT G C AT ATA A ATCAT AT T TA G A TTCG CT . A TG CA GGTGGT TTTAGTCAATAA CCGACCTCG ACTGCCCAAAAAT A CCAGT T G A CTAAGATCT G G CG T C TAAA TATATAT T C TGA T AA GTCTTGACATA AG AC A TCTCTTGATTCTTCCCTCGCGTCCACTTACGTT A C GTCGG GA ATAT TGGAAAC C
blockSeqs : A . . CGT CTATGTGCACAGAAA G . . GGGA A G T GGAAAATTCGAACT T T C CAA C GGTCACATAAT . A . . GAGC . . . ATA A . A . T G . . . . T . . . TCAGAGAAC TTACTGAA CTGGGGGA C . G A . CTCCCT . A . . C . AATCT . . G . . ACGAGTAAT . GC C CTCCTGATTCTTCCCTCGCGTCGACTTGCGTT G . AC G ATGT A C
blockSeqs : A . . ATA TACATGGAAATA C . . AGT T A T TCAAACGAGCAA C C T AAA A GTCACATA . . . . . . . . ATA A . . . T T . . . . A . . . TCAGGAT TCGAC CAAAATAA A . A A . GTCAC . T . . C . TT . . A . . AATAAA . AC A AATTTTCCCTTGTGTTAACTTTCGTT T . C G ATAT A A
blockSeqs : A . . CTT TACAGGGGGAAA C . . A T . . AAAAAAATAA A C T CAA T TTTACGTA . . . . . . . . CAA G . . . T G . . . . A . . . TCAAAAA TAT CCACA A . G T . CT . T . . G . AT . . . . . AATATA . AC C AATTTTCCCTTGTGTCTTCTTTCATC A . T C ATGT A A
blockSeqs : . . . TCT TACACGGTAAAA C . . . A . . TTCAATAA T C T CGA A ATCCTA . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A . . . TGA TCC CCAAA C . A A . AT . G . . T . AT . . . . . GATAA . G C CCTTTGAATTTTTCCCTTATGTT C . C A AC A
blockSeqs : . . CTG TGTAACGA C . . . C . . AATCC T . . CGA A ATCCTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC GAC AAA A . . . . CT . T . . C . T . . . . . GATAT . . . CCTTTGTGTTGACATTCGAAAA G . C A AT .
blockSeqs : . TG CAGTGC . . . . T . . GA . . . TT A GTCAGA . . . . . . . C . T . . . . . GATAA . . . GATATTCCCGTT G . A . AT
blockSeqs : . . . A ACA . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . .
blockSeqCons : TACACGGNAAAA********** GG** GGAAAATAA*************** ** TCGAC******* CCAAA*********** T********* GATAA*********** ATGT****
originalCons : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNAT---TA----TACACGG-AAA-ATGCCGAC-G-AAGGGAAGNCGAACACTAGGGAAAAT--G-AAT---AA-A-TT---AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTA---T-----TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTT--G-----A-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TC--A--T--CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
finalCons : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--ATGACTNATTACACGGNAAAA----------TGCCGAC-G-AAGG--AGNCGAACACTAGGGAAAATGGAAAATAA---------------GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA--CATT-TGAAG-AATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAG-TTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTCGAC-------AACCAAA-----------AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAACTACCATTTT----AGTAT---------AGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATTCTTCAAA--TGTTGATAA-----------AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTG-ATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC--C--CGTGTAATTAG-TCATGT----CAA---A---GTCACGTGNTTCGCCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222 22222 333333333 111111 11111 11 1111 111111 11111111111111 111111111111 2222222222222222 11111 2222222222222 111111111 111 1111111 55555555555555555555555555555555555555555 11
lowQualScore : 1 5 55 8888 33 66666666666666666666 1 4 4 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 3 888888 55 4 999999999999999999 4 11111 5 555555555 5 5 111111 44444 33 77 1 1 5 2222 77 77 0 1 77 66 444444 11111111111111 666666666666 5555555555555555 1 44444 5 3 5 8888888888888 5 3 55 4 4 3 8888 999999999 4 4 111 8 4 66 66 1111111 0 66 77 0 11 0 66666666666666666666666666666666666666666 1 5 5 1 11 88 1
lowQualScore : . . .. .... .. .................... . . . . ..................................................... . . ...... .. . .................. . ..... . ......... . . ...... ..... .. .. . . . .... .. .. . . .. .. ...... .............. ............ ................ . ..... . . . ............. . . .. . . . .... ......... . . ... . . .. .. ....... . .. .. . .. . ......................................... . . . . .. .. .
lowQualScore : 7 0 55 5555 77 00000000000000000000 1 4 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 666666 44 4 999999999999999999 4 77777 0 000000000 7 7 333333 33333 66 11 0 0 7 1111 99 99 1 7 99 99 444444 33333333333333 333333333333 0000000000000000 3 33333 3 9 7 9999999999999 7 0 55 0 0 9 5555 999999999 0 0 000 0 0 11 11 9999999 9 11 33 9 66 7 11111111111111111111111111111111111111111 0 7 7 9 00 77 0
consensus : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--AT----GACNTAT-TA--C------ACGG-AAAATGCC-GAC-G-AAGG---AGTCGAACACTAGGGAAAATGGA---A------A---A-T----AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAA-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAA-CTACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATT-CTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTGATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC-CCGTGTAATTAG-TCATGTCAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
Reference ( family-1137 ) : NNGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--AT----GACTNAT-TA--C------ACGGNAAAATGCC-GAC-G-AAGG---AGNCGAACACTAGGGAAAATGGA---A------A---A-T----AA--GTAACACCCTTAT---CGATAACGAN-TTG-T------CAC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACGTGCG-AT----AGA--AG--CAGAGAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAA---A---AAACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------GCT-TCGATCGCACA--T-AGAA-CTACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTGT-TCCT---GGG-AAAATT-CTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAATTCGTTATTGATAAAGGTGTTACTTACTCGTTTG---TTCC-CCTTGATTCTT--CCCTCGCGTC----------GNCA-TTTC-CCGTGTAATTAG-TCATGTCAAAGTCACGTGNTTCGCCACC
gi|1 : GTAGCGAAACACGCG-ACTCTGAC--AT----GACTAAT-TATAC------ACGGAAATATGGC-GAC-G-TAGGGGAAGACGAAAACTAGAAAAAATGAATA-A------G---A-TTTTAAA--GAAACGCCCTTAT---CGGTAACAAT-TTA-T------CCC----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCC---------C-AGGAACAA-ATC--TCTGATATA-----ATG--GTAGTTCT-ACATATG-AT----AGA--AGATCAGAAAACATT--GACA--G------TT-----TCAG-GAA-ACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----TGTCGATG-TTCT----CT-------ACT-TTGATTGTATA--T-AAAA-CTGTAATTTT----AGT------ATCTAGA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATT-CTGCAAA--TGTT--GA-TAA-A-AGT--TAC-TAACAATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTTA---TCCCGCCGTGCTTCTG--CCCTCGCGTC----------GTCA-TTTC-CTGTGTAATTAG-TCG----AAAATCACGCATTTCGCCACC
gi|10 : ctACGTG-ACGTTTCC--ATTGGTGACGAAT-----C------ACG------TGCC-GAC-G-AA-----AGTC-AACATAAGGGAAAA---ATTCA------A---A-G----GA--GTAACATCTTTAT---CAATAACGTA-TTG-TTG----CAT----A----ACGT-ATGTCAAGACAATATT-TGAAAAATGTTCC---------C-AGGAACAC-TTT--AATACTAAA-----ATG--GTAGTTTT-
gi|11 : gaACA--T-AGAAACTATCATTT-----AGT------A--TAGA-TT-GT-TC-T---GGG-AAAATTTCTTCAAA--TG-T--GA-A-A-T-ATT--TGTA----AGTTC-TTATTGGTATA-GTGTTACTCA
gi|12 : cgttgtggctgtactgaaaccaaaaaatttgtttcacaaGCGAGTCACATG-ACTCTGAC--AT----AACCTAT-TA--CATGTATATGGGAAAATGCC-GAC-G-AA-----AGTC-AACAC--------ATGGA---ACATTTCA---A-T----AA--GTAACACCTTTAT---AAATAACGAA-TTG-TGATATACACATGTA----ACTT-A-ATGAA-----CATT-Tagtttcgaattccatttttgtgt
gi|13 : aT---CAATAACAACATTGGT------CAC----ATAATATAT-ATGTCAAA----CATT-TGAAGAATTTCCC---------C-AGGAACAA-ATG--TAC-CTAAAATCATATGATGCAGATCT-TCGTGCGAAT----AGA--AA--CGAAGGGCAGT--GACA--G------CT-----Tacca
gi|14 : agtaaaTCGCACA--T-AGAA-CTACCACTTTTAAAAGT------A--TATA-TTTCT-TACT---GGG-AAATTT-CTTGTAA--TGTT--AA-TAA-A-AGT--TATTCAATAATACGTCATTAATAAAG
gi|14 : GTGGCGAATCACGTGAACTTT-ATTAAT----GACGTAT-TA--ttcacgtgattcgccaccataatat
gi|15 : tcgcacatagaactaccacttttaaaagtatatatttcttactgggaaatttcttgtaatgttaataaaagttattcaaC--AT----GAATAAT-TA--C------ATGGAAATATGGC-GAC-CTAAGGGA-AGAGGAAAACTAGGG-----GGA---A------A---A-T----CC--GCATCACCCTCAT---CGATAACAAT-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA-----CATcataatat
gi|17 : GTGACAAATCTCGTG-ACTTTGAC--AT----AACTTAT-TA--C------AGGGGGAAATGCC-TAC-G-AA-----AGTC-AACAC--GGGAAAAT
gi|18 : ga-ACTTTGAC--AT----GATCTAT-TA--C------ACGGTAAAATGCG-GAC-G-AAAG---gt
gi|2 : tgagttgaGTGGCGAATCACGTG-ACTTTGAC--GT----GATGTA-------------ACG-----ATG----AC-G-AA-----AGTC-AGCACTAGGGAAAGTG------------------------------ACACC---------------GAA-TTG-T------CAC----ATA--ACTT-ATATCAA-----AATT-TGAAGAAATTTCC---------C-AGAAACAA-ATC--TATACTAAA-----ATG--GTAGTTCT-ACTTGCG-AT----AGT--AG--CATAGAACTTT--TGGA--G------TC-----T-----GA-ACGTTT-----AT----AA-----CTGGGGGA---AAACTGCCAGTTTTCTGTGATTCT----GTCAC----ACC-CCGGTCTCACACGT-AGAA-CCACCATTTT----AGT------A--TAGA-TTTAT-TCCT---GGGGAAAATT-CTTTAAA--TGTT--GA-T-A-A-AGT--TATGCGACAACTCATTCTTGATCAAGGTTTTACATG-TAGTTTGAATTTTC-CCTTG--TGTT--AACTTTCGTT----------GGCA-TTTC-CCG----ATTA---CA--TCAAAGTCACGTGC
gi|3 : atcaccat-AAGGGA-AGACGAAAACTAAAAAAAATAAA---A------A---AAT----AA--GAGACACCCTTAT---CGATAACAAA-TTA-T------CCT----A----ACTT-ATATCAA-----CATT-TGAAGAATTTTCCGAGC-----CGAGGAACAA-ATC--T---------------------------------G-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACACAG------TT-----TCAGAGAACACTTTTC---GAC----AA-----CCAC---A---ACACTG-----CGTCGATG-TTCT----CT-------GTT-TTAATTGTACA--T-AAAA-CTA--ATTTT----AGT------A--TAGC-TCTGA-TTCT---GAG-AAAATT-CTTCAAT--TGTT--GA-T-A-T-AATAGTACGTAACTATTTGTTGTTGATGAAGGTATTATTTACTCGTTAG---CTCC----TGATTCTT--CCCTCGCGTCGACTTGCGTTGTCA-TTTC-TTGTGTAATTAG-TCATATTAAAGTCACGTGCTTCcgt
gi|4 : tggacgacttCCTTGAC---T----GATCTATGTG--C------ACAG--AAATGCT-GACCG-AAAG---TGCCAAACA-------AAATGGA---A------A---A-TTCG-AACTGTAACAC--TTATACGCAATAAGGAA-TTT-T------TACGT--A----ATTTCATATCAGAG---CATT-TGAAGAATTTTCCGCGAACAATC-AGAAACAACATCATTATACTAAA-----ATGA-ATAGTTCTAATGTTTG-AT----AGA--AA--C--AGAAT-TT--TTTT--G------TTTTTAGTCAA-TAA-ACTTTTC-----C----AAACTGCCCAA---AAATAAACTG-----TATCAA-G-CTCTCTCCCT-------GCCGTCTGTTGCATA--T-AGAA-CTAGAGTTTT----AGTA-----A--TAGATTTTATCTCCTTGAGAG-AAAATT-CT
gi|5 : gagatcatgcatactCG-AT----AGA--AG--CAGAAAACATT--GACA--GGGTGGTTT-----TC--------TTTTTTACTGAA----AA-----CAAA---ATAAAAAATG-----TGTCATTG-TTCT----AT-------GCT-TCTACCGCACA--T-AGAA-CTATCATTTT----AGG------A--TAGA-TTTGT-TCCA---AGG-AAAATT-TTTCAAA--TGTT--GA-T-A-A--GT--TTTGGGACAATTCGTTATTGATAAAAGTGTTACTTGCTAGTTTG------------GAT-ATT--CCC----GTT----------GACA-TTTT-CTGTGTAGTGAGATCATGTCAA--TCACGTGATTTGCCACC
gi|6 : --G------TT-----TCAG-GAT-ACTTT-----GAC----AA-----CCAA---A---ACACTG-----T--CGATG-TTTT----CT-------GCT-TTGATTGCACA--T-ATAA-CTGTAATT--------------------GA-TCTGT-TCCT---GAG-AAAATT-CTTCAAT--TGTT--AA-T-ATA-AAT--TATATGACAATTTGTTGTTGATATAAGTATTATTTACTCGTTTA---T--C-TCTTGATTCTT--CCCTCGCGTCCACTTACGTTGCAA-TTTC-CTGTGTAATTAC-TCATATTAAAGg
gi|7 : -----TCAA-AAA-ACTTTCC---GACCTCGAA-------AA---A---AAAATG-----TATCG-TG-TTCT----CTAAGATCTGCT-TCTATTGCATG--T-ACAA-CTACCATTTT----GGTGTATATA--TAGA-TTTGT-TTCAA--GGG-AAAATT-TTTCAAA---GT------------ACT--TATGTGACAATTCGTTATTGATAAAAATGTTACTT-----TTTG------C-CTTTG--TGTTGACATTCGAAAA----------GGCACTTTC-ACGTATAATAGA-TCATctccctgaactttgcc
gi|8 : tttcagGGCGA-TCACGTG-ACTTTGAC--AT----A--TGAT-CA-----------------GTGCCCGAC-G-AA-----AGTC-AACAC--GGGAAAATTCA---A------ACGAG-C----AA--GTAACCACCTTAT---TT-TAATGAA-TTG-T------CAG----A----ATTT-ATCTTAG-----TGCTCTCAAGAATTTCGG---------C-AGGAACAA-ATT--TCAACTGAA-----ATG--GTAGTTC--ACGTGCG-ATTTCGTGACTAG--CAGAGAATATTTGAACA--T------TT-----TTAtt
gi|9 : cacccaaaCACA--TTAGAA-CTTCCATTTT----AGT------AAATCTA-TTTAT-TCTT---AAGTGAAATT-CTTCAAAAATGTTACGAGT-A-ATAAT--TAAGCAACAATTCATTATAGATAAAGGTGTTATTTACTCATTTGAATTTTC-CCTTGTGTCTT--CTTT--CATC----------AGCA-TTTTACCATGTAATAGA-TCATGTCAAAGTCACATGATTCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACTTTGAGGCGTATTGAACCAAAAAATATTGTTTTTAAAAACACAAACACGAAAACCATTATTTAGATATACTGTAGTATGAAA