lowQualScore : 2 111 111
lowQualScore : 5 4 4 55 4 55 7777 3 3 44 77 6 3 7777 44 3 555 444 3 88 3 666 3 3 3 3 3 77 3 88 3 6 555 77 3 3 44 3 44 99999 77777 3 555 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .... . . .. .. . . .... .. . ... ... . .. . ... . . . . . .. . .. . . ... .. . . .. . .. ..... ..... . ... . .
lowQualScore : 0 4 4 55 0 00 7777 3 3 66 99 7 3 1111 66 3 888 111 6 66 6 444 3 1 1 1 1 33 3 11 3 7 000 99 3 3 66 3 66 88888 77777 1 444 1 1
consensus : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--TAT---ATACA--ACTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
Reference ( gi|4 ) : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--T-T---ATACA--GCTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|8 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--TAT---ATACA--ACTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-CAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATA
gi|6 : gTTTTGC-TT-TAT-TT--GACTAGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--A-T---ATACA--ACTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATGG-ACA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGCAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--TCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
gi|5 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--TAT---ATACA--ACTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAG-C-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-T-AT--CTCATTTC-CAGC--CAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATTA
gi|7 : TTTTGCCTT-TAT-T---GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-TGTGTA-ATTT----T--TAT---ATACA--ATTTATTT-T--AA--A---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|9 : TTTTGC-CT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--GGGTGGTA-A-ATTT----T--TAT---ATACA--ATTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TG-AGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
gi|1 : TTTGGC-TTATAT-TTTTGACTTGTGTATTGCCC----ATGACAGA-C--AGCTT-AGG-AA-ATA-AATTCAGAT--T-T---ATATAT-GCAAACTTAT--AA-TA---CTAGAATAG-ACAATACCT-TGAAGAACAAA-AATATACTTGT-AGGAGATATACATTTAA--G-CAAT--CCCATTTC-CAGC--ATATAGGCTTTTTCCCGG-TT---CT-T-ACAGAT
gi|15 : gtTTTTGC-TT-TAT-TT--GATTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-G--ATA-ATTT----T--T-T---ATATA--
gi|2 : TTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-ATC--AGCCTAAGA-AATATT-ATTT----TAATAT---GTACAAGGCTTATTT-TTGAACTAGGCTTA-AATTG-G----AC-TATGAAAAAC-CA-AAC-TAATTGT-AGGAGAGATATATTCAGCCA-C-ATTACACATTTCGCAGCCAAAAT----TCT-----GG-TC---CT-TAACAGATAcaa
gi|3 : g-TATATT--GACTGGTTT-TT--CCTCTCATGACA-A-CTCGACT---GG-AATGTTTATTT----T--T-TTATATACA--AAT-ATTT-TC-GA-TA---T---AATGGCGC--TAC-T-TGAA-AA--AA-AAT-TACTTATCAGGAGA-ATAT--TCAA--ACC-AT--CCCATTTC-C--C--AAA-----TTT-----GG-TCACACTAT-A-AGATAATgaa
gi|10 : gcacttacc--GACTGGTGT-CT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGGAAATATA-A-TT----T--A-T---ATACA---CTTA--T-T--AA-TA---TTA-AAAAG-GCA-TAC-T-TGAAG-A--AA-AAT-TACTT----GGAGA-ATA---TCAAT-A-C-AT--CCCATTTC-CA-C--CAAT----TTT-----GGTTC---CT-T-A-AGAT-ATCAGagtg
gi|11 : tgctgaT--CC----ATGACG-A-C--AGCT--AGG-AATATA-ATTT----T--TAT---ATACA--ACTTATTT-T--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGTA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGt
gi|14 : A-A-T--ACCC--AGG-AATACA-AATT----T--TAT---ATACA--ATTTATGT-T--GA-TA---CTG-AATTA-GCA-TAC-T-TGAAGAA--A
gi|12 : TA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AAAAAT-TACTTCT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|13 : cttgtggatgcta-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAAA-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----GTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAGTCAGtg
gi|16 : ----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGc
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 4 4 4 55 0 3 44 7777 3 3 44 77 6 3 3 3 6666 44 44 555 44 77 3 555 3 2 2 2 2 66 3 66 3 6 333 77 3 3 44 3 44 88888 77777 2 555 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . . .. .. . . . . .... .. .. ... .. .. . ... . . . . . .. . .. . . ... .. . . .. . .. ..... ..... . ... . .
lowQualScore : 4 0 0 00 2 6 66 1111 1 1 22 33 2 1 5 1 5555 22 22 444 22 99 3 888 1 9 9 9 9 88 1 88 1 2 888 33 1 1 22 1 22 44444 11111 9 000 9 9
consensus : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
Reference ( family-1105 ) : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|1 : TTTGGC-TTATAT-TTTTGACTTGTGTATTGCCC----ATGACAGA-C--AGCTT-AGG-AAATA-A-ATTCAGATT--T--ATATATGCAAA--CTTAT-----AA-TA---CTAGAATAG-ACAATACCT-TGAAGAACAAA-AATATACTTGT-AGGAGATATACATTTAA--G-CAAT--CCCATTTC-CAGC--ATATAGGCTTTTTCCCGG-TT---CT-T-ACAGAT
gi|10 : gt--GACTGGTGT-CT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGGAAA-TATA-A------TT--T--ATATAC----A--CTTA--TT--AA-TA---TTA-AAAAG-GCA-TAC-T-TGAAG-A--AA-AAT-TACTT----GGAGA-ATA---TCAAT-A-C-AT--CCCATTTC-CA-C--CAAT----TTT-----GGTTC---CT-T-A-AGAT-ATCAG
gi|11 : tgctgaT--CC----ATGACG-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGTA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGt
gi|12 : TA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AAAAAT-TACTTCT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|13 : cttgtggatgcta-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAAA-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----GTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAGTCAGtg
gi|14 : A-A-T--ACCC--AGG-AA-TACA-AAT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATGTT--GA-TA---CTG-AATTA-GCA-TAC-T-TGAAGAA--Ac
gi|15 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GATTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-GA-TA-A-TTT----TT--T--ATATAC---AA--
gi|16 : ----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|2 : TTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-ATC--AGCCTAAGA-AA-TATT-ATT----TTAAT--ATGTAC---AAGGCTTATTTTTGAACTAGGCTTA-AATTG-G----AC-TATGAAAAAC-CA-AAC-TAATTGT-AGGAGAGATATATTCAGCCA-C-ATTACACATTTCGCAGCCAAAAT----TCT-----GG-TC---CT-TAACAGATAtgttaaat
gi|3 : g-TATATT--GACTGGTTT-TT--CCTCTCATGACA-A-CTCGACT---GG-AA-TGTTTATT----TT--TTTATATAC---AA--AT-ATTTTC-GA-TA---T---AATGGCGC--TAC-T-TGAA-AA--AA-AAT-TACTTATCAGGAGA-ATAT--TCAA--ACC-AT--CCCATTTC-C--C--AAA-----TTT-----GG-TCACACTAT-A-AGATAATgaa
gi|4 : gcacttaccTTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T---TATAC---AG--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGagtg
gi|5 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAG-C-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-T-AT--CTCATTTC-CAGC--CAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATTA
gi|6 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTAGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT-----ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATGG-ACA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGCAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--TCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
gi|7 : TTTTGCCTT-TAT-T---GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-TG-TGTA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA--A---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|8 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-CAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATA
gi|9 : gTTTTGC-CT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--GGGTGG-TA-A-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TG-AGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 4 4 4 55 0 3 44 7777 3 3 44 77 6 3 3 3 6666 44 44 555 44 77 3 555 3 2 2 2 2 66 3 66 3 6 333 77 3 3 44 3 44 88888 77777 2 555 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . . .. .. . . . . .... .. .. ... .. .. . ... . . . . . .. . .. . . ... .. . . .. . .. ..... ..... . ... . .
lowQualScore : 4 0 0 00 2 6 66 1111 1 1 22 33 2 1 5 1 5555 22 22 444 22 99 3 888 1 9 9 9 9 88 1 88 1 2 888 33 1 1 22 1 22 44444 11111 9 000 9 9
consensus : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
Reference ( family-1105 ) : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|1 : TTTGGC-TTATAT-TTTTGACTTGTGTATTGCCC----ATGACAGA-C--AGCTT-AGG-AAATA-A-ATTCAGATT--T--ATATATGCAAA--CTTAT-----AA-TA---CTAGAATAG-ACAATACCT-TGAAGAACAAA-AATATACTTGT-AGGAGATATACATTTAA--G-CAAT--CCCATTTC-CAGC--ATATAGGCTTTTTCCCGG-TT---CT-T-ACAGAT
gi|10 : gt--GACTGGTGT-CT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGGAAA-TATA-A------TT--T--ATATAC----A--CTTA--TT--AA-TA---TTA-AAAAG-GCA-TAC-T-TGAAG-A--AA-AAT-TACTT----GGAGA-ATA---TCAAT-A-C-AT--CCCATTTC-CA-C--CAAT----TTT-----GGTTC---CT-T-A-AGAT-ATCAG
gi|11 : tgctgaT--CC----ATGACG-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGTA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGt
gi|12 : TA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AAAAAT-TACTTCT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|13 : cttgtggatgcta-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAAA-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----GTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAGTCAGtg
gi|14 : A-A-T--ACCC--AGG-AA-TACA-AAT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATGTT--GA-TA---CTG-AATTA-GCA-TAC-T-TGAAGAA--Ac
gi|15 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GATTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-GA-TA-A-TTT----TT--T--ATATAC---AA--
gi|16 : ----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|2 : TTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-ATC--AGCCTAAGA-AA-TATT-ATT----TTAAT--ATGTAC---AAGGCTTATTTTTGAACTAGGCTTA-AATTG-G----AC-TATGAAAAAC-CA-AAC-TAATTGT-AGGAGAGATATATTCAGCCA-C-ATTACACATTTCGCAGCCAAAAT----TCT-----GG-TC---CT-TAACAGATAtgttaaat
gi|3 : g-TATATT--GACTGGTTT-TT--CCTCTCATGACA-A-CTCGACT---GG-AA-TGTTTATT----TT--TTTATATAC---AA--AT-ATTTTC-GA-TA---T---AATGGCGC--TAC-T-TGAA-AA--AA-AAT-TACTTATCAGGAGA-ATAT--TCAA--ACC-AT--CCCATTTC-C--C--AAA-----TTT-----GG-TCACACTAT-A-AGATAATgaa
gi|4 : gcacttaccTTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T---TATAC---AG--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGagtg
gi|5 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAG-C-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-T-AT--CTCATTTC-CAGC--CAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATTA
gi|6 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTAGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT-----ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATGG-ACA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGCAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--TCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
gi|7 : TTTTGCCTT-TAT-T---GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-TG-TGTA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA--A---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|8 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-CAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATA
gi|9 : gTTTTGC-CT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--GGGTGG-TA-A-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TG-AGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
blockSeqs : C . A . . . TCTC . T TC TA A . T T . AA TT . GG TG C GGC . C . . A C A T C G TAT CC C . TA G CA T . T ACA A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . C . . . . . . . . . T . . T T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** **** *** ** T* *** T**** *****
originalCons : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
finalCons : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 4 4 4 55 0 3 44 7777 3 3 44 77 6 3 3 3 6666 44 44 555 44 77 3 555 3 2 2 2 2 66 3 66 3 6 333 77 3 3 44 3 44 88888 77777 2 555 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . . .. .. . . . . .... .. .. ... .. .. . ... . . . . . .. . .. . . ... .. . . .. . .. ..... ..... . ... . .
lowQualScore : 4 0 0 00 2 6 66 1111 1 1 22 33 2 1 5 1 5555 22 22 444 22 99 3 888 1 9 9 9 9 88 1 88 1 2 888 33 1 1 22 1 22 44444 11111 9 000 9 9
consensus : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
Reference ( family-1105 ) : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|1 : TTTGGC-TTATAT-TTTTGACTTGTGTATTGCCC----ATGACAGA-C--AGCTT-AGG-AAATA-A-ATTCAGATT--T--ATATATGCAAA--CTTAT-----AA-TA---CTAGAATAG-ACAATACCT-TGAAGAACAAA-AATATACTTGT-AGGAGATATACATTTAA--G-CAAT--CCCATTTC-CAGC--ATATAGGCTTTTTCCCGG-TT---CT-T-ACAGAT
gi|10 : gt--GACTGGTGT-CT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGGAAA-TATA-A------TT--T--ATATAC----A--CTTA--TT--AA-TA---TTA-AAAAG-GCA-TAC-T-TGAAG-A--AA-AAT-TACTT----GGAGA-ATA---TCAAT-A-C-AT--CCCATTTC-CA-C--CAAT----TTT-----GGTTC---CT-T-A-AGAT-ATCAG
gi|11 : tgctgaT--CC----ATGACG-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGTA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGt
gi|12 : TA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AAAAAT-TACTTCT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|13 : cttgtggatgcta-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAAA-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----GTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAGTCAGtg
gi|14 : A-A-T--ACCC--AGG-AA-TACA-AAT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATGTT--GA-TA---CTG-AATTA-GCA-TAC-T-TGAAGAA--Ac
gi|15 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GATTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-GA-TA-A-TTT----TT--T--ATATAC---AA--
gi|16 : ----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|2 : TTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-ATC--AGCCTAAGA-AA-TATT-ATT----TTAAT--ATGTAC---AAGGCTTATTTTTGAACTAGGCTTA-AATTG-G----AC-TATGAAAAAC-CA-AAC-TAATTGT-AGGAGAGATATATTCAGCCA-C-ATTACACATTTCGCAGCCAAAAT----TCT-----GG-TC---CT-TAACAGATAtgttaaat
gi|3 : g-TATATT--GACTGGTTT-TT--CCTCTCATGACA-A-CTCGACT---GG-AA-TGTTTATT----TT--TTTATATAC---AA--AT-ATTTTC-GA-TA---T---AATGGCGC--TAC-T-TGAA-AA--AA-AAT-TACTTATCAGGAGA-ATAT--TCAA--ACC-AT--CCCATTTC-C--C--AAA-----TTT-----GG-TCACACTAT-A-AGATAATgaa
gi|4 : gcacttaccTTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T---TATAC---AG--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAGagtg
gi|5 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAG-C-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-T-AT--CTCATTTC-CAGC--CAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATTA
gi|6 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTAGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT-----ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATGG-ACA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AAT-TACTTGT-AGCAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--TCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA
gi|7 : TTTTGCCTT-TAT-T---GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-TG-TGTA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA--A---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TGAAGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCAG
gi|8 : TTTTGC-TT-TAT-TT--GACTGGCGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--AGG-AA-TATA-ATT----TT--T--ATATAC---AA--CTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-CAC-T-TGAAGAA--AA-AAA-TACTTGT-AGGAGA-ATA---TCAA--A-C-AT--CCCATTTC-CAGC--AAAT----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATA
gi|9 : gTTTTGC-CT-TAT-TT--GACTGGTGT-TT--CC----ATGACA-A-C--AGCT--GGGTGG-TA-A-ATT----TT--T--ATATAC---AA--TTTATTTT--AA-TA---CTA-AATAG-GCA-TAC-T-TG-AGAA--AA-AA--TACTTGT-AGGAGG-ATA---TCAA--A-T-AT--CCCATTTC-CAGC--AAA-----TTT-----GG-TC---CT-T-ACAGATAATCA