lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 11111 111 1111111 111111111 1111111111111 1111111111 44444444 2222222222222222222222222222222 1111111111111111111111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444444 222222
lowQualScore : 7777777 66666 1 2 3 666 44 2 2 7777 6666666 444 9 2 5 222222222 2 88 888 2 2 4444444444444 2 1 1 44 2222222222 3 1 11111111 44 22 44444 22 2 1 55 4444444444444444444444444444444 77777 1 1 1 3333333333333333333333 22 22 1 1 555 1 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 222222 1 1 3333 1 3 88888888888 1 8888 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 1 99999999999999999999 2 44 999999 44 555 7
lowQualScore : ....... ..... . . . ... .. . . .... ....... ... . . . ......... . .. ... . . ............. . . . .. .......... . . ........ .. .. ..... .. . . .. ............................... ..... . . . ...................... .. .. . . ... . . . ............................................................................................................................................................................................................................. . . ...... . . .... . . ........... . .... . ......................................................................................................... . . .................... . .. ...... .. ... .
lowQualScore : 2222222 99999 1 8 1 999 22 1 7 8888 8888888 444 7 4 2 666666666 4 55 222 1 1 0000000000000 0 8 8 88 2222222222 5 7 66666666 11 44 55555 44 7 7 99 4444444444444444444444444444444 33333 7 8 8 5555555555555555555555 33 22 7 6 222 7 0 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 1 555555 7 7 5555 7 3 55555555555 7 8888 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 9 66666666666666666666 2 99 555555 22 444 0
consensus : ACTTGCACTTC--G-TGTTTT---GCTAATACAAC-A-NNA--AAGTTG-AT-A-ACTGAN------A---ATTCAA-TTTTATAATC--------AT-A-AAA-T-TAAT-CAAT-A----T--AT--GTTG-CA-AAACAA--ATTTA-T-----NA-AT-GACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGNCA-T--TCAA---T-------------AT-----AAATC--AATC---GT-CTGCGTT-CCGAGATC-G-A------TAC----AC--GT--G--TAA-AC-AAACATGG-CGATGCA-CAGACAAGTT-AACCC--TCTT-C-------------CA-----G-T-----AT-GT-G-------TA----------GTT---TTCTTG----GAC---TGT--------G--TA--T----AT-TC-----A-A-A--GCA-G---------TTAG-AT---A-----T-----------A---A--A--AT---A---------CG-T-----C-----------AACA-TCAAACTAAA------TA-C-TTGAAA----T-A-T--T--------T-TC-N--AA-A----T-AGAT-CT-GG-TATA---CCCTACCATCT-CANC-TTTTTTC---GTCAGCA----G-----AAAAANA----T------G-T------A-GG-CCTAGTCCGTTTC-GGAA---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC--G--GT--G---ACCTAATTCGTAGC
Reference ( gi|3 ) : ACTTGCACATT--A-TGTTTC---ACTAATACAGC-A-TGA--AAGTTG-AT-A-GCTGAA------A---ATTCTA-TTTCATAATT--------AT-A-GAA-T-TAAT-CAAT-A----T--GT--GCTG-CA-AAACAA--ATTCA-T-----TA-AT-G-CTGC---AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T--TCAA---T-------------AT-----AAATA--AATT---GT-CTGCATT-CCAAGATT-G-A------TAC----AC--AT--G--TAA-AC-AAACATGA-TGATGCA-CAGACAAAAT-AACTC--TCGT-C-------------CA-A---G-T-----AT-GT-G-------TA----------GTT---TTCTTG----GAT---TGT--------A--TA--T----AT-TC-----A-A-A--GCA-G---------TTAG-GT---A----GT-----------A---A--A--AT---A---------CA-T-----T-----------AACA-TCAAGCTAAA------TA-C-TTGAAA----T-A-T--T--------T-TC-C--AA-A----T-AGAT-CT-GA-TATA---CATTACTGTCT-TAAC-TTTTTTC---ATCAGCA---TG-----AAAAAAA----T------G-T------A-GG-TCAGGTCTGTTTC-GGAA---G-TC----------T--CAT-GAT-GTCAC--T--GT--G---ACCTAATTAATAGC
gi|1 : ACTTGCACATT--A-TGTT-C---ACTAATACAGC-A-TGA--AAGTTG-ATTA-GCTGAA------A---ATTCTA-TTCAATAATT--------AT-A-GAA-T--AAT-CAAT-A----T--GT--GCTG-CA-AAACAA--ATTCAAT-----TA-AT----CGC---AA--GAAT--A--A--T--TTTCA-T--TCAAA--T-------------AT-----AAATA--AATT---GT-CTGCATTTCCAAGATT-G-A------TAC----AC--AT--G--TAA-AC-AAACATGA-TGATGCA-CAGACAAAAT-AACTCT-TCGTCC-------------CA-A---GTT-----AT-GT-G-------TA----------G-T---TTCTT-----GAT---T-T--------A--TA--T----AT-TC-----A-A-A--GCA-GT--------TTAG-GT---A----GT-----------A---A--A--A----A---------CA-TA----T-----------AACA-TCAAGCTAAA------TA-CTTTGAAA----T-A----T--------T-TC-C--AA-A----T-AGATGCT--A-TATA---CA-TACTGTCT-TAAC-TTTTTTC---ATCAGCA---TG------AAAAAA----T--------T------A--G-TCAGGTCTGTTTCGGGAA---G-TC----------T--CAT-GATGGTCAC--T--GT--G---ACCTAATTAATAG
gi|21 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactcACCTGCACTTC--G-TGTTTT---GCCAATACAAC-A-ATA--AAGTTG-AT-A-ATTGAA------A---ATTCAA-TTTTATAATT--------AT-A-AAA---CAAG-CAAT-A----T--AT--GTTG-CA-TAGCAA--ATTTA-T-----AT-AT-GACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T--TCAG---T--------------T-----AAATC--ATTC---GT-CTACATT-CGGAGATC-A-A------TAC----AC--AT--G--AAA-AC-AAACATG-----------------------CCC--TCTT-C-------------CA-T---G-T-----AT-GT-GTTGTGTATA----------GTT---TTCTGG----GAC---TGT--------
gi|17 : ACTTACACTTC--T-TGTTTT---GCTAATG--GG-A-TAATAAAGTCG-AT-A-AATAAT------A---ATTCAC-TTTTAAAATC--------GT-ACAAA-C-AAAT-CAAT-A----T--TT--GTTG-CA-AAGTAA--ACTCA-T-----TA-ATTA-CTGG---AT--GAA-------------GTCA-T--TGAA---T-------------AT-----AAATC--AATC---GT-CTGCCTT-CCGAGAT----------------------------------C-AGACATTG-CGATGCA-CAGACGAt
gi|14 : gacacgtcccCTTGAACTTC--G-TGTTTT---GCTTAAACATC-A-ATA--AAATTG-AT-G-ACAAGA------A---ATTCAT-TTTTATAGTC--------AT-A-AAA-T-TAATAGAAT-ACTACT--AG--GTTG-CA-AAACAA--ATTtttcttggactgtgtatgccaagctgtcagatttgatttttttcagattagatctagacaatatatattgtagtataccctacaatctcactt
gi|4 : TGCACTTT--GGTGTTTTTGTGCT--TAAAAC-A-AAA--AAGTTG-GT-T-ACTGAT------A---ATTCAAGTTTTATAATA--------A--A-AAA-T-TAAT-AAAG-A----T--AT--GTTG-CATAAGCAAGAATTTT-T-----AA-AT-GACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-TG-TCAA--------------------------ATA--AA-----GT-CC-CAAT-C----ATCAG-A------TA---------AC--G---AA-TC-AAACATG--CGTTACAACAAACAAGTTTAATTC--TCGT-CATA----------CATG---G-TC----AT-GT-G-------T------------------TCTTG----GAC---TTT--------G--TA--T-----T-TT-----A-A-A--ACA-G---------TTGG-AT---A---------------------A--A--AT---G---------TG-T-----G-----------GACA-TCAAAACAAA------TATC-TTG-AA----T-A-T--T--------T----C--AATA----T-A-AT-TT-AG-TAAT---CCTCATTATTT-TATCGTTTTTGT---GTCAGCA----------AAAAAAA----A------A-T------A-GA-CCCAGTCCATTTC-GAAA---A--C----------TGCTAT-GAT-GTCAT--G--GG--G---AGCTAATTatagcaatataaatcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|29 : ctcTGCAC-TTCCG-TGTTTT---GCCAATACAAC-AATGA--A-GTCG-AT-A-GA-GAATAATTTA---ATTCTA-T--CATCATT--------AA-A-AAA-T-CAAT-CAAA-A----T--AT--GAAG-CA-AAACAA--ATCTA-TATATATA-AT---CT-----AG--GAAT--A--T--T--TGCTA-T--TCAT---T-------------CT-----AAAtgagttgtata
gi|33 : cgGTTTT---GCTAATACAGCAA-TGA--AA-TTA-AT----TTACA------A---GTTTAA-TTTTACAATTTTAAGATCAT-A-AAA-T-CAAT-CCAT-A----T--AT--GTTA-CA-AA--AA--ATTTA-T-----AA-AT-G-gcca
gi|5 : cacttcccTTTT---GCTTA-ACAAC-A-AAA--AAGTTG-GT-GTACTGAT------A---ATTCAA-TTTTATAATA--------A--A-AAA-T-TAAT-AAAG-A----T--AT--GTTG-CA-AAGCAAGAATTTT-T-----AA-AT-GACTAA---AG--GAAT--A--T--T--TGTCA-TG-TCAA---T-------------A-------------AA-----GT-C--CAAT-C----ATCAG-A------TAC------------G--TAA--C-AAACATG--CGTTACA-CAAACAAGTT-AATTC--TCGT-T-------------CA-T---A-C-----AT-GTCA-------TT----------GTG---TTCTTG----ACT---T-T--------G--TA--T----CT-TT-----A-A-A--ACA-G---------TT-G-AT---A-----------------A---A--A--TT---G---------TG-A-----T-----------GGCA-TCAAACTAAA------AT-C-TTGA------T-A-T--T--------T----C--AATA----T-A-AT-TTAGA-TAAT---CCTCATTATTT-TATC-GTTTTGT---GTCAGCC---AA-----AAAAAAA----A------ACT------A-GACCCAAG-CCATTCC-GAAACT-G-CC----------T--TAT-GAT-GTCA---T--GGGAG---AGCTAATTac
gi|11 : tTACTACAAC-A-ATA--AAGTGG-AT-A-ACT-------------ATATTA-TCTGGAAA-------------A-AAA-T-CAA---AGT-A----T--AT-----------AACAA--A---A-T-----TT-AT-GATTGA---AA--GTATGCA--T--A--TGCCA-T--TCAA---T-------------AC-----AAATC--AATC---GT-CTACATT-CCGAGATC-G-A------TAC----AT--AT--A--TAA-AC-AAACATGGCCGATGCA------------AAC--------------------------A---G-T-------------------------------------TTCTTA----GAC-----T--------A--TT--T----AT-TC-----A-A-A--GCA-G---------TT-G-AT---A-----T-----------A---A----------G---------CAGT-----C-----------AACG-TCAAACTAGA------TT-C-TTTGAA----T-A-T--T--------T-TT-CA-AA-A----T-AAAT-CT-TG-TATA---CTCTACCATTT-CACC-TTTTTGT---ATAGGC----T--------------------------T------A-GG-CTA-GTCCGTTTA-GGAA---A--C----------T--TAT-GAC-GTCAC--G--GT--G---ACCTGATTtgagttgtataa
gi|15 : TAACATAAC-AATAA--AA--TGCAT-A-ACTGAT------ACATATTTCA-TTTTATAATC--------AT-A-AAAAG-TAAT-CAAT-A----A--AT--GTTG-CA-AAACAA--ACT---T-----TA-A------AA---AA--AAAT--AAAT--T--AATCA-T--TCAA---T-------------GT-----AAATC--AACC---AT-CTGCATT-CCAAGATC-A-A------TAC----AC--AT--T--TCA-AC-AAACAAGG-GAATGCA-CAGACAAGTT-AACCC--TCTT-C-------------CA-C---A-T-----AT-GT-A-------TA----------tgaa
gi|25 : ttgtATACAAC-A-ATA--AAATCG-AT-A-ACTGA------------------TTTCAC---T--------CT-A-AAA-T-TAAT-CAAT-A----T--AC---CT--CA-AA-CA----TT---T-----TATAT-GACTA----AA--TGAT--A--T--T--TACAA-T--TCAA---C--------------C-----AAAAA--AATC---GT-CTGCGAT-CCAAGTTC-A-A------TAC----AC--G--------------AATATGG-TGATGCA-TGGACAAGTT-AAACC--TCTT-C-------------TA-C---G-T-----acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|6 : gttcttacTACAAC-A-ATA--AAGTGG-AT-A-ATTGAT------A---ATTTAA-TGTTATAATA--------AT-A---A-TATAAT-CAAT-A----T--AT--GTTG-TA-AAACAA--ATTTA-T-----AA-AT-GACTG----AA--GAAC--A--TAATTATGCCA-T--CCAA---T-------------AT-----AATTC--GATC---GT-CTTCATT-TCGGGATC-G-A------TACGTATAC--GT--A--TAA-AC-ATACAgcgaattt
gi|19 : at-A-TAA--AATTTA-GT-A-ACTGAC------A---ATCTTT-TTTTAACATC--------AT-A-AAA-------------A-----------GTTA-CA-AAG-AA--ATTTA-T-----AA-AT-G-CCT--------GAAT--A--T--T--TGACG-T--TGAA---C-------------G--------------ACT---AG-CTGTGTT-CTAATATT-G-ACTGGCCTGC----AT--GT--G--TAC-AC-AG-------CGATGCA---GGCAAGTT-AACAC--ACTT-C-------------C------G-T-----GT-GT-G-------T-----------------TTGTTG----GAC---TGT--------G--TA--C----AT-TCTGTGCA-A-A---TA-A---------TTAC-GTCCCA----TT-----------G---A--T--AT-------------CA-T-----CTGTC-------AACA-TCGAACTAAA------TA-C-TGGATA----C-A-T--C--------T-TT-C--AG-A----gttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : -AT-A-ACTGAT------A---ATTCAA-TTTTGTAATC--------AT-A-AAAAT-TAAT-CGGT-A----TAAGTTAATTA-CA-AAACAA--ATTTA-T-----AA-AT-GACTATTAAAA--GAAC--A--T--T--TGCCA-T--TCAG---T-------------AT-----AAATC--AATC---AT-CTGCATT-CTGAGCTC-G-A------TAC----AA--AG--G--TAA-AC-AAACATGT-CAAT--A-CATAC------AGTTT--TCGT-------------------------------------------------------------------G----GAC---TG------------TG--T----AT-TC-----A-T-A--CCA-G---------CT-G-AT---A----TT-------------------------------------A-T-----C-----------AAT--CCAAACTAAA------TA-C-TTGAAA----T-CTT--T--------T-TC-C--AA-A----T-CGAT-TT-TG-TATA---CCCTA--GCCTCTCAC-CTTCTCC---TTCAGCA----------AAAAACA----T------G-T------A-CG-CCTTGTC-GTTTC-GGAA---ACTG----------T--CAC-GAC-ATCAC--A--GT--A---ACCTAATTCATAGCgtggtagac
gi|12 : -AT-A-ATTAAT------A---ATTCAA-GTTTATATTC--------CT-A-AAA-A-TAAG-TAAT-A----C--AT--GTTG-CA-AAACAA--ATTTG-T-----AA-TT-GACTGA---AAT-AAAT--A---------GTCA-T--TCAG---T-------------TT-----GAATC--AATC---GA-CTATACT-CTGAAATC---A------TGT----GA--AT--G--TCA-AC-ATACATGT-T------------AAAAC-AA------------------------------------------------------A----------GTT---TTCTTA----TAC---TG------------TA--T----AT-TC-----A-A-T--GCA-G---------CT-G-AT---A-----T------------------A--AT-------------CAGT-----C-----------AACA-TTTAACTAGA------AA-C-CTGGAA----T-----------------------------------AT-CT-AG-TATA---TATCA---TCT-C-AC-ATATTTC---TTC-------TG-----CAAATCA----C------G-T------G-GA-CCTGGTCCGTATC-GGAA---G--CAG--------T--CAG-AAC-GCCA-------T--GAACACCTAATCCGTAGCtgttt
gi|9 : ------A---ATTCAA-GTTTATATTC--------CT-A-AAA-A-TAAG-TAACGA----T--GT----TG-CA-AAACAA--ATTTG-T-----TA-AT-GACTGA---AAATAAAT--A---------GTCATT--TCAG---T-------------TTG----AAATC--AATC---GA-CTATACT-CTGAAAT-------------------C--AT--G--T-------------G-TAATGT------CAACAT-AACT-----GT-T-------------TA-A---A----------AC-A-------AA----------GTT---TT-TTA----TAC---TG------------TA--T----AT-TC-----A-ATT--GCA-G---------CT----T---G----AT-----------A---T--A--AT-------------CAGT-----C-----------AACATTTAAACTAGA------AA-C-CTGGAA----T-A-T--C--------T-tgtataggt
gi|32 : aattaatA-TCTTATTATC--------ATTA-GAA-T-TAGT-CTAT-A----C-------CCGTCA-AATCCC--ATTTA-T-----TA-AT-GACTG----AA--GGAT--A--T--T------------CAA---T-------------AT-----TAAAA--AA-----GT-CTACGAT-CCGAGATC-G-A------TAC----AT--GT--G--TAA-AC-ACTCA--G-TGATGCA-CAagtatatatccatcgtcacatatttcttctgaaatcacgatggactggtccgatcggatagcagttcagaacgccatgaacacctaatccgtaggctgttataggta
gi|2 : -T-TAAT-AAAG-G----T--AT--GTTA-CA-AA-CAA--GTTTA-T-----AA-AA-GACT-T---AA--GGAT--A--T--T--TGACA-T--TCAA---CCAAAAAAAAAAAAAA-----AAAAAGCAATC---GTTCTGCGTT-GCAAGATC-G-A------TTC----AT--GT--G--TGA-TT-AAACAAGG-CCATGCA-CAGAAAAGTT-GACCC--TTTT-C-------------CA-T---G-T-----TT-GT-G-------TA----------GTT---TTGTTG----AAC---TG------------TG--C----GT-TC-----T-G-A--GCA-GGCCCCGGGATCAG-AT---A----ATCTTATTACATCG---A--T--AT---A---------TA-T-----TAGTAACTGGTCAACA-TCAAACCGAACACTAGTA-C-TTGAAA----T-ACC--T--------T-TC-A--AA-A----T-AG---------TAGA---CCCTTCAACCT-C-AC-CTTTTCC---GTCAG-----TA-----AAAGCAA----T------A-T------T-G---C-GGTTT-TTTC-AGAA---G--C----------TGCCAT-GAC-ATAAC--GAAGT--G---TCCTAGTTCGTAGC
gi|10 : AT-CAAT-A----T--AT--CTTG-CA-AAACAA--ATTTA-C-----AA-TT-G-ACGG---AA--GGAT--A--T--T--TCTCA-T--TCAA---T-------------ATGTATTACATC--AACC---GC-CCGTATT-CCAAGATC-G-A------TAA----AA--AT--G--CAA-AG-AAACATGG-CGATACA-CAAACAAGTT-AAACC--TCGT-C-------------CA-C---G-C-----AT-GT-G-------TA----------GTT---TTCTTA----TATACATGT--------ATGTG--T----AT-TT-----GTA-A--ACA-G---------TT-G-AT---A-----T------------------A--AT-------------CAGT-----C-----------AACA-TCA------------------TCCAAA----T-G-T--T--------T-TTGA--AA-A----TAAGAT-CT-GG-TATA---CCTTATCATCT-C-AC-CTTTTTC---GTCAGCA----------AAAAGCA----T------G-TACATGAA-GG-TTTAGTCCGCTTC-AGAA---A--CAG--------T--CAT-TAC-GTCAC--tacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|8 : T--GTTA-CA-AAATAA--ATTTT-T-----AA-AT-GACTG----AA--GAAC--A--T--T--TGTCG-T--TCAT---T-------------AT-----AAACC--AATC---GT-CTGCATT-CCGAGATC-G-A------TA---------AT--G--Taaaat
gi|13 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaaA-AAATAC--ATTAA-A-----TATAT-G-TTAC---CA--AAAT--T--A--T--TGACT-T--TCAA---C-------------G------AAAGAGCAATC---GT-CTGTCTT-CCGAGATT-GGA------T-------C--AC--G--TAGTAC-AAA---------TTCA-CAGAC---------CC--TCTT-A-------------CA-------T-----GT-GT-G-------TA----------GTT---TG-TTG----GAC---TGT--------A---A-------AT-TC-----A-G-T--GCA-G---------ATAA-A----------------------A---A--A--AT---AATC------TG-T-----T-----------AACA-TCAAGCTAAG------TC-C-TTTAAC----T-A-T--C--------T-CT-C--AA-AATAGT-AGA--CT-----------CATCAATCTC----AC-CTTCGTC---GTCCG--------------GAATA----T------C-T------ATGA-T----TCCGTTTC-GGAG---G-T-----------TGACAT-GAC-GTCAC--GAAGT--G---ACATAATTcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|16 : aaaataaaatcgatctctgataattttttttatcatg-AAACAA--ATTTA-C-----AA-AT-G-AT------A--GAAT--T--T--T--TGACA-T--TTAGGCCTA------------AC-----AAACA--AATTATCGC-CTGCGTT-CCGAGGTC-G-C------GAC----ACTGGT--G--TAA-ACAAAACATGG-CGAcg
gi|38 : tatacAACAA---TTGA-T-----AA-AT-GACTA----AA--GAGC--A--T--T--TGCCA-T--TCAG---T-------------ATTT---AAATC--AATT---GT-CTaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|6 : -T-----TA-AT-G-TTAT---AA--TAAT--A--A--T------A-TAATCAA---T-------------AT-----A---------T---GT--TGTAAA-ACAA-ATT----------TAT----AA--AT--GACTGA-A--GAACATAA-TTATGC--CATCCAATAT-AATTCGATCGT-CTTCATTTCGGGATCG-ATACG-T-----AT-AC-G-------TATAAACATACAGTT---TTCTTG----GCC---TGT--------G--TA--TTCAAAT-T------A-A-A--ACA-G---------TTGA------------T-----------A---A--A--AT-------------CAGT-----C-----------ATCA-TTAAACTAAA------TA-C-TTGAAA----TAA-T--T--------T-TC-A--GA-A----TAAGGT-CT-AA-TATA---CCCTACTATTT-CACC---TTTTC---GTCAGC-----------AAAAAAA----T------G-T------A-GG-TTTACTCCATTTT-GGAAATTG-TCATGACGATTGT--CAT-GAC-GTCAC--A--GT--G---ACATAATCA
gi|34 : attacaacaataaagtggataattgataat---AG--GATT--A--T--T--TGACA-T--TCAA---T-------------AT-----AAATT--GATC---GT-CTGCATT-CCCACATC-G-A------TAC----AC--AT--A--TA-----TAACATAT-CGCTGCG-CAGACAt
gi|18 : ataactaaccg--AATC---GT-CGGCGTT-CCAAGATG-G-G------CAT----GT--GT--A--CAA-AT-AAACATGG-TGATGCA-CCAACAAGTT-GACAT--TCTT-C-------------AA-C---G-T-----GT-GT-G-------C-----------GTTAAAATGTTGAACAAAT---CAG--------A--TAATT----ATATC------------GCA-T---------TTAT-AT---A----ATTTC--------A---A--T--AT---ATCTTGAGTTTA-T-----C-----------AACT-TCAAACTAAATACCGGTA-C-TTGAAA----T-A-TC-T--------T-TC-G--AA-A----T---AT-CT------CA---CATTA---------------TTTT---GTCAG------G-----AAAACAAT---T------G-T------A-AA-T----TC-GTTTC-GGAA---GCTT----------C--CAT-GAC-GTCACAAA--GT--G---ACCTAA
gi|14 : agcATC-G-G------TAC----AT---T--G--TAA-AC-AA-CATGT-TGATGCA-CA
gi|24 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatataaATT-A-A-------AT----AC--ATTAG--TAA-AC-AAACATGG-CGATGTA-CAGAC-------CCTC--TT---------------------------------T-GT-T-------CA----------GTT---TTC-TG----AAT---TG------------CG--T----AT-TC-----A-G-A--GCA-GATTAAATAATTAG-AT---A----GC-----------ATCCG--AGCAT---AG--------CA-TTGATAT-----------AACA-TCAACGTAAA-------A-C-TAAAAA----A-A-T--TACATATCAT-TC-A--AA-A----T-AG---CA-GA-C-TA---CAT-----TCT-CACC-TTTCTTT---GTC--CACTCCG-----AAAAAtagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|22 : --TAA-AT-TAACATGG-AAACAAA-CAGGCAAGTA-AAGTC--TCTT-C-------------CG-C---G-TTTGGCATCGT-G-------TG----------GTT---TTATTG----GAC---TGTGCATGCAGA--TA--T----AT-TT-----A-C-ATTGCA-C---------TGA-------------T-----------A---A--A--AT---C---------TG-T-----C-----------AACA-TAAAACTAAA------CA-C-TTGAGG----T-A-T--C--------T-TT-C--AA-A------AAAT-CT----------------------------TCTTTTC---ATCAGG-----G-----AAAATCA----T--------------------TCAT-TCCGTTTC-GGAA---GCTG----------T--CAT-GAC-GTCA
gi|23 : gtgaa-AAACATTG-TGATGCA-TAAACAAGCT-AACCC--TCTT-C-------------------------------------------------------TT---TTCTTG----GAC---TGT--------G--CG--T-------TC-----A-A-A--GCA-G---------TTAATAT---AT---GTC----------A---AC-A--AT-------------TA-T-----A-----------AACA---AAACGCAACTG---TA-C-TTGATT----T-G-T--T--------T-TC-A--AA-A----T-AGAT-CT-AA--A---------AATATCT-TA---TTATTTT---GTGAGCA----------AACCACA----C------G-T------G-GG-TCTAGCCCA-----GAAA---A-TG----------C--TAT-GAC-GTCA---TAAAT--G---ACTTAATaaa
gi|20 : tgT-GT-G-------TA----------GTT---TTATTG-----ATA--TGT--------ACTTG--TC---AT-TC-----A-G-A--ACATG---------GTAG-AT---A----AT-----------T---A--C--ATTGTA---------TA-T-----TTATAGTCCGTGAACA-TCAAGCTAGA------T---------A----T-A-C--T--------T-TC-TCGAA-A----A-AG---------TAGA---CCCTACCATCT-T-AC-CTTAATC---TTTAGC-----------AAAACAA----T--------T------A-AG-T--ATTCTGTTTT-GGAA---GCTG----------T--CAT-GAC-GTTAatt
gi|28 : cagatgtctatttgacattT--------G--TG--T----AT-TC-----A-G-A--TCA-G---------ATAG-TT---ACAACGC-----------ATTTA--C--AT---AAT-------CA-T-----TC----------AATA-TCAAATTAAA------TA-C-CTGAAC----T-A-T--C--------TGTC-A--AA-A----T-AAAA-GA-GAGTCTA---TATT------T-T-AC-TTTTTCC---ACCATC------------AAAACA----T------C-T--------TG-TC--TTCGGTTTT-AGAA---G--C----------TGCCAT-GGC-GTtataaagtttactataatttgtagcc
gi|14 : ----AT-TC-----A-A-A--GCA-G---------TT-G-AT---A-----T-----------A---ATCA--GC---A------------------------------AACA-TTAAACTAAA------TA-C-TAGATA----T-A-T--T--------T-TT-C--AT-G----TTAGAT-GT-AG-TATA---CACTACCATCT-CACC-TTTT--C---GTCAGCAAA-GG-----AAAAAAAAACCTCAAAAAG-T------A-GG-TCTAGTCCGTTCC-GAAA---A-Taaaaagc
gi|31 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatataaatcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaatta-TC-----A-A-A--GCA-G---------TT---GT---C----GT------------------------------------CA-T------------------ATA-TCAAACTGAA------TA-C-TTCAAA----T-A-TAATG-------T-TC-T--CT-A----T-GGAT-CA-GA-TATA---CCCTATTATCT-C-AC-ATTTCTA---GCCAGCA----------AAAAACA----T------G-T------A-Gg
gi|26 : ---------TCAG-TT---G----AT-----------A---A--A--AT---AAATC-----CG-T-----C-----------AACA-TCAATCAAAA------TA-C-GTGAAACTTTT-T-T--T--------T-TG-C--AA-A------AAAT---------TACCCCCTTGCCATTT-CACC-TTTTTTCTTTGTAAACT---TGTAAACAAAAACA----T------A-T------A-CG-CCTAGTCCGTTTT-AGAA---A-CT----------A--CCTAGAT-GTCAcccttgtcaatattgaaaattg
gi|35 : ---A--A--AC---C---------CG-T-----C-----------AACA-TCAAACTAAT------TA-A-TTGAAA----T-A-TC-T--------T-TC-A--AA-A----T-AGagttgataaattcacagctgt
gi|15 : taat-----T-----------AACA-TCAAACTAAA------CA-C-GGGGAA----T-A-T--T--------T-TC-T--AT------T-AGAT-CT-AG-TGTA---CCTTACCATCT-CACC-TCTTTTC---ATTACCA----A-----AAAAACA----T------G-T------A-GA-CCTAGTCCACTTT-GGAtaggccctggcgtctcacctacattgtcaataa
gi|30 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccacatatgtaCTCAG------TA-C-TCGAAA----T-A-T--T--------T-TC-A--AA-A----T-AATT-CT-TAGTGTA---CCTTATCATCT-CA----CTATTC---GTCAGC--------------AAAA----C------GTT------A-GG-TCTAGTACGTTTT-GGAA---ACTG----------T--CAT-GAC-GTCAT--G--AT--G---ACCTAATT
gi|36 : ga-CT-AG-TATA---CCCTACCATCT-CATC-TTTTT-C---GTCAGCA----------AAAAACA----T------G-T------A-GG-CCTAGTCCGTTTC-AGAA---cacatacct
gi|8 : -TTTTTTG---GTCAGCA-----------AAAAAC----T------G-T------A-G--CCAA-TCCGTT-C-GGAAACTG-TT----------T--CAT-AAC-GTCAC--G--GT--G---ACCTAATTCGTGGCa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTACCTGAACTATCTTTCAAAATAGTAGAAAGTCTATATTTTACCTTTTCCATCATCTAAACATCTTGCCTTCAATTTTAGAAGCTGTCATGGCGTAAAGAGCTTAGAAGTTAGCCATAGATGTGGAGAAAAACGATTTACTGCATATTTCTGACCTGTAGTAGTATGGA
Unaligned ( gi|37 ): TCACCTGCACTTTGTGTTTTGCAAATACCACAATAAAGTCGATCACTGAGGGGAATCTATTTTT
Unaligned ( gi|39 ): TCACACCTGCACTTCATATTTTGCTAATGCACCAATAAAGTCGACAACTGAT
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 33333333333333333333 222222222222 11111111111111111111111 44444444444444444444 11111111
lowQualScore : 777 555 22 6666 1 1 4444 333 88888 1 555 2 666 1 1 3 3333 1 3333 1 0 44 1 1 1 55 1 77777 44 1 44 22 22 22 2 1 3 777777777 99999999999999999999999999 1 333 1 1 3 1 1 1 444444 3333 444444 1 1 55 33 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 1 77777 1 444444 99999999 1 555555 1 3333 1 000000 3 44 22222222222222222222 1 333 22222 22 1 8 33 666666 3 222 888888888888 33 1 44444444444444444444444 1 1 3333 44444444444444444444 1 1 55555555 2 2 2
lowQualScore : ... ... .. .... . . .... ... ..... . ... . ... . . . .... . .... . . .. . . . .. . ..... .. . .. .. .. .. . . . ......... .......................... . ... . . . . . . ...... .... ...... . . .. .. . ...................................................................................................................................................................................................... . . ..... . ...... ........ . ...... . .... . ...... . .. .................... . ... ..... .. . . .. ...... . ... ............ .. . ....................... . . .... .................... . . ........ . . .
lowQualScore : 888 888 00 0000 9 9 3333 555 55555 9 555 0 000 8 8 6 9999 8 9999 7 3 66 7 7 6 77 6 99999 11 7 11 44 44 44 2 7 5 000000000 88888888888888888888888888 7 000 7 7 3 8 5 7 888888 5555 999999 6 5 55 44 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 55555 5 444444 66666666 5 777777 5 1111 5 333333 0 00 66666666666666666666 8 111 99999 77 5 7 00 333333 0 777 555555555555 77 6 66666666666666666666666 4 7 5555 77777777777777777777 9 9 88888888 2 4 4
consensus : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATAAAGTCGAT----A-ACTG-A---TA---ATT-----CAA-TTTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACAA--A-TT-TA-T-AA-ATGACTG----AA--G-AAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---TC-AATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGG-CGATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC-----TGTG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---------TTA---------GAT-----------A-------TAA-----------A----------AT-------N-----------CGT-CA-ACA-----T-CA------AACTAAA--------TA-C------TTGA-AA----T-A-T--T-T-TC-NAAAT-AGA-T-C-----T-A----GTATA--CCC---T-AC-CA-TCTCACC-TT------TTTTC---GTCAGC------A----GAAA--AACA----T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
Reference ( family-1102 ) : ACTTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACANNAAAGTTGAT----A-ACTG-A---NA---ATT-----CAA-TTTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACAA--A-TT-TA-T-NA-ATGACTG----AA--G-AAT--A--T--T--TGNCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---TC-AATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGG-CGATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC-----TGTG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---------TTA---------GAT-----------A-------TAA-----------A----------AT-------A-----------CGT-CA-ACA-----T-CA------AACTAAA--------TA-C------TTGA-AA----T-A-T--T-T-TC-NAAAT-AGA-T-C-----T-G----GTATA--CCC---T-AC-CA-TCTCANC-TT------TTTTC---GTCAGC------A----GAAA--AANA----T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
gi|1 : ACTTGCACATT-A-TGTTC----ACTAATACAGCATGAAAGTTGATT---A-GCTG-A---AA---ATT-----CTA-TTCAATAATTAT---A-GAA-T-A-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACAA--A-TT-CAAT-TA-ATCGC------AA--G-AAT--A--A--T--TTTCA-T-T---------CAAAT---------------A--T-----AA-A---TA-AATTGT-CTGCATTTCCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGA-TGATGCA-CAGACAAAAT-AACTCTTCGTC---CCAA------GTT-AT-GTG-------TAG-T---TTCTT-GAT-----T-TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-GT--------TTA---------GGT-----------AG------TAA-----------A----------A--------A-----------CATATA-ACA-----T-CA------AGCTAAA--------TA-CT-----TTGA-AA----T-A----T-T-TC-CAAAT-AGA-TGC-----T------ATATA---CA---T-AC-TG-TCTTAAC-TT------TTTTC---ATCAGC------A----TGAA--AAAA----T-------T------A-GTCAGGTCTGTTTCGGGA----A---G-TC----------T--CAT-GATGGTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAG
gi|10 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactc-AT-CAA-TA----TA-TCTTG----CA-AAACAA--A-TT-TA-C-AA-TTGACGG----AA--G-GAT--A--T--T--TCTCA-T-T---------CAA-T---------------A--TGTATTAC-A---TC-AACCGC-CCGTATT-CCAAGATCG-A------TAA----AA--AT-GCAA-AG-AAACATGG-CGATACA-CAAACAAGTT-AAA-CCTCGTC---C--AC-----G-C-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTATATACATGTATG--------TGT-----ATTT-----GTA-A--ACA-G---------TT----------GAT-----------A-------T-------------A----------AT-------C-----------AGT-CA-ACA-----T-CA-------------------------------TCCA-AA----T-G-T--T-T-TTGAAAATAAGA-T-C-----T-G----GTATA--CCT---T-AT-CA-TCTCACC--T------TTTTC---GTCAGC------A-----AAA--AGCA----T------GTACATGAAGGTTTAGTCCGCTTC-AGA----A---A--CAG--------T--CAT-TAC-GTCAC-----
gi|11 : TACTACAACAATAAAGTGGAT----A-ACT--A---TA----TT-------A-TCTGGAAA-------A-AAA-TCA-A---AG-TA----TA-T------------AACAA--AATT-TA-T-GA-TTGA-------AA--G-TATGCA--T--A--TGCCA-T-T---------CAA-T---------------A--C-----AA-A---TC-AATCGT-CTACATT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--AT-ATAA-AC-AAACATGGCCGATGCA------AA------------------C--A------G-T----------------------TTCTTAGAC-----TAT---------T-T-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---------TT----------GAT-----------A-------T-A-----------A----------GC-------A------------GT-CA-ACG-----T-CA------AACTAGA--------TT-C------TTTG-AA----T-ATT--T-T-TC-AAAAT-AAA-T-C-----T-T----GTATA--CTC---T-AC-CA-TTTCACC-TT------TTT-----GT------------------A--TAGG----C------TT------AGG-CTAGTCCGTTTA-GGA----A---A--C----------T--TAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-GATTTGaaaat
gi|12 : AT----A-ATTA-A---TA---ATT-----CAA-GTTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-TA----CA-TGTTG----CA-AAACAA--A-TT-TG-T-AA-TTGACTG----AAATA-AAT--A---------GTCA-T-T---------CAG-T---------------T--T-----GA-A---TC-AATCGA-CTATACT-CTGAAATC--A------TGT----GA--AT-GTCA-AC-ATACATGT-TAAAACA------AAGTT------TTCTT--------------A-T-AC--TG-------TA--------------------------------TAT-------TC-----A-A-T--GCA-G---------CT----------GAT-----------A-------T-------------A----------AT-------C-----------AGT-CA-ACA-----T-TT------AACTAGA--------AA-C------CTGG-AA----T---------------------A-T-C-----T-A----GTATA--------T-AT-CA-TCTCA-C-AT------ATTTC---TTCTGC-------------AA--ATCA----C------GT------GGACCTGGTCCGTATC-GGA----A---G--CAG--------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGCaa
gi|13 : AATAAAATCGAT----C-TCTG-A---TA---ATT---------TTTTTTA-TCAT---G-AAA-ATACAT-TAAATA----TA-TGTTA----C-----CAA--A-AT-TA-T-----TGACT-------------------------------T-T---------CAA-C---------------G--A-----AAGA---GC-AATCGT-CTGTCTT-CCGAGATTGGA------T-C----AC--GTAGTA---C-AAA---------TTCA-CAGAC----------CCTCTTA---C--A--------T-GT-GTG-------TAGTT---TG-TTGGAC-----TGT----------AA-----ATTC-----A-G-T--GCA-G---------ATA---------AA---------------------AA-----------A----------AT-------AATC--------TGT-TA-ACA-----T-CA------AGCTAAG--------TC-C------TTTA-AC----T-A-T--C-TCTC-AAAAT-AG------------------TAGA--CTC-----AT-CAATCTCACC-TT------CGT-C---GTC--C------G----GAA-----TA----T------CT------ATG---ATTCCGTTTC-GGA----G---G-T-----------TGACAT-GAC-GTCAC-----GAAGT-GACA-T-AATTCGtgtataggt
gi|14 : aaCTTGAACTTC-G-TGTTTT---GCTTAAACATCAATAAAATTGAT----G-ACAA-G---AA---ATT-----CAT-TTTTATAGTCAT---A-AAA-TTA-ATAGAA-TACTACTA-GGTTG----CA-AAACAA--A-TTATA-G-CA-AT
gi|14 : AAATCG-G------TAC----AT---T-GTAA-AC-AA-CATGT-TGATGC-----ACA----------------------------------------------TAGTT---T----GAAC-----CATG--------AATTA---ATTC-----A-A-A--GCA-G---------TT----------GAT-----------A-------TAA-----------------------T-------C-----------AGC-AA-ACA-----T-TA------AACTAAA--------TA-C------TAGA-TA----T-A-T--T-T-TT-CATGTTAGA-T-G-----T-A----GTATA--CAC---T-AC-CA-TCTCACC-TT------TT--C---GTCAGC------AAAG-GAAA--AAAAAACCTCAAAAAGT------AGGTCTAGTCCGTTCC-GAA----A---A-Tataaatcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|15 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatatTT---GTTAACATAACAATAAAATGCAT----A-ACTG-A---TACATATT-----TCA-TTTTATAATCAT---A-AAAAGTA-AT-CAA-TA----AA-TGTTG----CA-AAACAA--A-CT-T--T-AA-A-----A----AA--A-AAT--AAAT--T--AATCA-T-T---------CAA-T---------------G--T-----AA-A---TC-AACCAT-CTGCATT-CCAAGATCA-A------TAC----AC--AT-TTCA-AC-AAACAAGG-GAATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--AC-----A-T-AT-GTA-------TAg
gi|15 : ----------AT-------A-----------TGTATA-ACA-----T-CA------AACTAAA--------CA-C------GGGG-AA----T-A-T--T-T-TC-TAT-T-AGA-T-C-----T-A----GTGTA--CCT---T-AC-CA-TCTCACC-TC------TTTTC---ATTACC------A----AAAA--AACA----T------GT------AGACCTAGTCCACTTT-GGA----acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|16 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccac-AAACAA--A-TT-TA-C-AA-ATGAT-------A--G-AAT--T--T--T--TGACA-T-TTAGGCCTAACAA-----------------A--C-----AA-A---TT-A-TCGC-CTGCGTT-CCGAGGTCG-C------GAC----ACTGGT-GTAA-ACAAAACATGG-CGA
gi|16 : tatacT---TTGTTGGAC-----TGTG--------CAT-----A----------G-A--GCA-GGTC------CTA---------GAC-----------A---------A-----------A----------AT-------CT----------CAT-TG-ATA-----T-AG------GCCTATA--------CA-T------GTGA-AG----T-T-C--A-C-GC-TAAAT-AGGCT-CCCACGT-GAACAGTAGA--TCC---A-ACACA--CTCACC-TTGCACCTTTTTC---GTCAGC------C----AAGA--------------------------GGTTT--TCCGTTTT-GAA----A---G--C----------TGCCAT-GAT-GTCAC-----GCAGT-GACaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|17 : tatacaaacaaatttacaaatgatagaatttttgacatttaggcctaacaaacaaattatcgcctgcgttccgaggtcgcgacactggtgtaaacaaaacatggcgaaacagACTTACACTTC-T-TGTTTT---GCTAATGGGATAATAAAGTCGAT----A-AATA-A---TA---ATT-----CAC-TTTTAAAATCGT---ACAAA-CAA-AT-CAA-TA----TT-TGTTG----CA-AAGTAA--A-CT-CA-T-TA-ATTACTG----GAT-G-AA-------------GTCA-T-T---------GAA-T---------------A--T-----AA-A---TC-AATCGT-CTGCCTT-CCGAGAT------------------------------C-AGACATTG-CGATGCA-CAGACGA-------------------------------------------------T---TTCTTGGAC-----TGTG--------TAT-----G--C-----C-A-A--GCT-G---------TCA---------GAT-----------T-------T-------------G----------AT-------T-----------TTT-T----------T-CA------GATTAGA--------T--C------TAGACAA----T-A-T------------AT-AT--T-G-----T-A----GTATA--CCC---T-AC-AA-TCTCA-C-TT------
gi|18 : gacacgtcccC-AATCGT-CGGCGTT-CCAAGATGG-G------CAT----GT--GT-ACAA-AT-AAACATGG-TGATGCA-CCAACAAGTT-GAC-ATTCTTC---A--AC-----G-T-GT-GTG-------C-GTTAAAATGTTGAACAAA--TCAG---------AT-----AATT-----A-T-ATCGCA-T---------TT-----------AT-----------A-------TAATTTC-------A----------AT-------ATATCTTGAGTTTAT-CA-ACT-----T-CA------AACTAAATACCGG--TA-C------TTGA-AA----T-A-TC-T-T-TC-GAAAT---------------------------------------A-TCTCACA-TT------ATTTT---GTCAG------------GAAA--ACAAT---T------GT------A-----AATTCGTTTC-GGA----A---GCTT----------C--CAT-GAC-GTCACAA---A--GT-GACC-T-AA
gi|19 : agATAAAATTTAGT----A-ACTG-A---CA---ATC-----TTT-TTTTAACATCAT---A-AAA-------------------A--GTTA----CA-AAG-AA--A-TT-TA-T-AA-ATGCCTG----AA------T--A--T--T--TGACG-T-T---------GAA----------------------------------C-GACTAG-CTGTGTT-CTAATATTG-ACTGGCCTGC----AT--GT-GTAC-AC-A------G-CGATGCA---GGCAAGTT-AAC-ACACTTC---C---------G-T-GT-GTG-------T-------TTGTTGGAC-----TGTG--------TAC-----ATTCTGTGCA-A-A---TA-A---------TTACGTCCCATTGAT-----------A-------TCA-----------------------T-------C-----------TGT-CA-ACA-----T-CG------AACTAAA--------TA-C------TGGA-TA----C-A-TC-T-T-TC-AGAGT-GG
gi|2 : -TTA-AT-AAA-GG----TA-TGTTA----CA-AA-CAA--G-TT-TA-T-AA-AAGACTT----AA--G-GAT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-CCAAAAAAAAAAAAAAA--A-----AA-A---GC-AATCGTTCTGCGTT-GCAAGATCG-A------TTC----AT--GT-GTGA-TT-AAACAAGG-CCATGCA-CAGAAAAGTT-GAC-CCTTTTC---C--AT-----G-T-TT-GTG-------TAGTT---TTGTTGAAC-----TGTG----------C-----GTTC-----T-G-A--GCA-GGCCCCGGGATCA---------GAT-----------AATCTTATTAC-----------ATCGAT-----AT-------A-----------TAT-TA-GTAACTGGT-CAACATCAAACCGAA--------CA-CTAGTACTTGA-AA----T-ACC--T-T-TC-AAAAT-A------------------GTAGA--CCC---T-TC-AA-CCTCACC--T------TTTCC---GTCAGT------A----AAAGC-AATA----T------TG------CGGTTT------TTTC-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GAC-ATAAC-----GAAGT-GTCC-T-AGTTCGTAGCtagac
gi|20 : T-GTG-------TAGTT---TTATTGA-------TATG--------TACTTGTCATTC-----A-G-A--ACATG---------GTA---------GAT-----------AAT-----TAC-----------ATTGTATATTTAT-------AGTC--------CGT-GA-ACA-----T-CA------AGCTAGA--------TA-------------------T-A-C--T-T-TC-TCGAA-AAA----------------GTAGA--CCC---T-AC-CA-TCTTACC-TTAA----TCT------TTAGC------A----AAAC--AAT-------------T------AAG--TATTCTGTTTT-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTTATATAAAG--TT-TACTAT-AATTTGTAGCtacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|21 : cagatgtctatttgacattACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCCAATACAACAATAAAGTTGAT----A-ATTG-A---AA---ATT-----CAA-TTTTATAATTAT---A-AAA--CA-AG-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-TAGCAA--A-TT-TA-T-AT-ATGACTA----AA--G-AAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAG-T------------------T-----AA-A---TC-ATTCGT-CTACATT-CGGAGATCA-A------TAC----AC--AT-GAAA-AC-AAACATG-----------------------C-CCTCTTC---C--AT-----G-T-AT-GTGTTGTGTATAGTT---TTCTGGGAC-----TGTc
gi|22 : TAA-AT-TAACATGG-AAACAAA-CAGGCAAGTA-AAG-TCTCTTC---C--GCGTTTGG-C-ATCGTG-------TGGTT---TTATTGGAC-----TGTGCATGCAGATAT-----ATTT-----A-C-ATTGCA-C---------T-----------GAT-----------A---------A-----------A----------AT-------C-----------TGT-CA-ACA-----T-AA------AACTAAA--------CA-C------TTGA-GG----T-A-T--C-T-TT-CAAA--AAA-T-C-----T-----------------------------------TC------TTTTC---ATCAG-------G----GAAA--ATCA----T------------------TCATTCCGTTTC-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTCAt
gi|23 : gtgaa-AAACATTG-TGATGCA-TAAACAAGCT-AAC-CCTCTTC---------------------------------TT---TTCTTGGAC-----TGTG--------CGT-------TC-----A-A-A--GCA-G---------TTA-----------------------A-------TA------------------------T-------A-----------TGT-CA-ACAAT---TATA------AACAAAACGCAACTGTA-C------TTGA-TT----T-G-T--T-T-TC-AAAAT-AGA-T-C-------------TAAA----------AA-TA-TCTTA---TT------ATTTT---GTGAGC------A-----AAC--CACA----C------GT------GGGTCTAGCCCA-----GAA----A---A-TG----------C--TAT-GAC-GTCATA----A--AT-GACT-T-AATaaa
gi|24 : tg-A------TAC----AT--TA-GTAA-AC-AAACATGG-CGATGTA-CAG---------AC-CCTCTT-------------------T-GTT-------CAGTT---TTC-TGAAT-----TGCG----------T-----ATTC-----A-G-A--GCA-GATTAAATAATTA---------GATAGCATCCGAGCA-------TAG-----------C----------ATTGATATAA-----------CAT-CA-ACG-----T-AA------AACTAAA--------AA-A------ATTA-CA----T-A-T--CAT-TC-AAAAT-AG----C-----A-G----A--------C---T-AC-AT-TCTCACC-TT------TCTTT---GTC--C------ACTCCGAAA--AAatt
gi|25 : attaaATACAACAATAAAATCGAT----A-ACTG-A---T-----TT-----CAC-TCT------------A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-CCTC--------AAACAT----TT-TA-T----ATGACTA----AA--T-GAT--A--T--T--TACAA-T-T---------CAA-CC--------------A--A-----AA-A------AATCGT-CTGCGAT-CCAAGTTCA-A------TAC----AC--G-----------AATATGG-TGATGCA-TGGACAAGTT-AAA-CCTCTTC---------------T-AC-GTG-------
gi|26 : gttcttacCA-G---------TT----------GAT-----------A-------AAATA---------A----------AT-------C-----------CGT-CA-ACA-----T-CA------ATCAAAA--------TA-C------GTGA-AACTTTT-T-T--T-T-TG-CAAA--AAA-T-----------------TA--CCCCCTT-GC-CA-TTTCACC-TT------TTTTCTTTGTAAACTTGTAAA----CAAA--AACA----T------AT------ACGCCTAGTCCGTTTT-AGA----A---A-CT----------A--CCTAGAT-GTCAA-----G--TT-GA---TAAATTCACAGCcgaattt
gi|28 : tTG--------TGT-----ATTC-----A-G-A--TCA-G---------ATA---------GTT-----------A-------CAACGCATTTACATA----------AT-------C-----------ATT-CA-ATA-----T-CA------AATTAAA--------TA-C------CTGA-AC----T-A-T--C-TGTC-AAAAT-AAA-----------A----G-AGA--GTC---T-A--TA-TTTTA-C-TT------TTTCC---ACCATC-------------AA--AACA----T------CT-------TGTCT--TCGGTTTT-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GGC-GTtgt
gi|29 : TGCACTTCCG-TGTTTT---GCCAATACAACAATGAAGTCGAT----A-GAGA-A---TA---ATT-----TAA-TTCTATCATCATTAAA-AAA-TCA-AT-CAA-AA----TA-TGAAG----CA-AAACAA--A-TC-TA-TATATATAATCT----AG--G-AAT--A--T--T--TGCTA-T-T---------CAT-T---------------C--T-----AA-A---aaaaagc
gi|3 : cgACTTGCACATT-A-TGTTTC---ACTAATACAGCATGAAAGTTGAT----A-GCTG-A---AA---ATT-----CTA-TTTCATAATTAT---A-GAA-TTA-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACAA--A-TT-CA-T-TA-ATG-CTGC---AA--G-AAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---TA-AATTGT-CTGCATT-CCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGA-TGATGCA-CAGACAAAAT-AAC-TCTCGTC---CA-A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAT-----TGTA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---------TTA---------GGT-----------AG------TAA-----------A----------AT-------A-----------CAT-TA-ACA-----T-CA------AGCTAAA--------TA-C------TTGA-AA----T-A-T--T-T-TC-CAAAT-AGA-T-C-----T-G----ATATA--CAT---T-AC-TG-TCTTAAC-TT------TTTTC---ATCAGC------AT---GAAA--AAAA----T------GT------AGGTCAGGTCTGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAT-GTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAGCgcca
gi|30 : ACTCAG--------TA-C------TCGA-AA----T-A-T--T-T-TC-AAAAT-AAT-T-C-----TTA----GTGTA--CCT---T-AT-CA-TCTCAC----------TATTC---GTCAGC------A-------A--AACG----T-------T------AGGTCTAGTACGTTTT-GGA----A---ACTG----------T--CAT-GAC-GTCAT-----G--AT-GACC-T-AATTC
gi|31 : gTC-----A-A-A--GCA-G---------TTG---------------------------------------------------------T-------------------CGT-CATATA-----T-CA------AACTGAA--------TA-C------TTCA-AA----T-A-TAATGT-TC-TCTAT-GGA-T-C-----A-G----ATATA--CCC---T-AT-TA-TCTCA-C-AT------TTCTA---GCCAGC------A-----AAA--AACA----T------GT------AGCCCTTGTCacatacct
gi|32 : A-TCTTATTATCATT--A-GAA-TTA-GT-CTA-TA----CC-CGT------CA-AATCCC--A-TT-TA-T-TA-ATGACTG----AA--G-GAT--A--T--T--------------------CAA-T---------------A--T-----TA-A---AA-AA--GT-CTACGAT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--GT-GTAA-AC-ACTCA--G-TGATGCA-CAaatattgaaaattg
gi|33 : CACTTC-C-CGTTTT---GCTAATACAGCAATGAAATTAATTTACA-AGTT-----TA---ATTTTA--CAA-TTTTAAGATCAT---A-AAA-TCA-AT-CCA-TA----TA-TGTTA----CA-AA--AA--A-TT-TA-T-AA-ATGAC
gi|34 : A-T-AA-CTAACCG----AG--G-ATT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---TT-GATCGT-CTGCATT-CCCACATCG-A------TAC----AC--AT-ATA-----TAACATAT-CGCTGCG-CAGACA
gi|35 : A-----------A----------AC-------C-----------CGT-CA-ACA-----T-CA------AACTAAT--------TA-A------TTGA-AA----T-A-TC-T-T-TC-AAAAT-A------------------GTAGG--CCC---T-GG-CG-TCTCACC-T
gi|36 : taat-C-----T-A----GTATA--CCC---T-AC-CA-TCTCATC-TT------TTT-C---GTCAGC------A-----AAA--AACA----T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-AGA----A---acattgtcaataa
gi|37 : ACCTGCACTTT-G-TGTTTT---GCAAATACCACAATAAAGTCGAT----C-ACTG-AGGGGA---ATC-----TAT-TTTTa
gi|38 : tcAACAA----TT-GA-T-AA-ATGACTA----AA--G-AGC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------ATTT-----AA-A---TC-AATTGT-CT
gi|39 : ACCTGCACTTC-A-TATTTT---GCTAATGCACCAATAAAGTCGAC----A-ACTG-A---
gi|4 : tcacTGCACTTT-GGTGTTTTTGTGCT--TAAAACAAAAAAGTTGGT----T-ACTG-A---TA---ATT-----CAAGTTTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CATAAGCAAGAA-TT-TT-T-AA-ATGACTA----AA--G-AAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-----------------A--T-----AA-AGTCCC-AATCAT-C------------A--G-A------TA-----AC--G----AA-TC-AAACATG--CGTTACAACAAACAAGTTTAAT-TCTCGTCATAC--ATG----G-TCAT-GTG-------T--------TCTTGGAC-----TTTG--------TAT------TTT-----A-A-A--ACA-G---------TTG---------GAT-----------A---------A-----------A----------AT-------G-----------TGT-GG-ACA-----T-CA------AAACAAA--------TATC------TTG--AA----T-A----T-T-TC-AATAT-A-A-T-T-----T-A----GTA-A--TCC---TCAT-TA-TTTTATCGTT------TTTGT---GTCAGC------A----AAAA--AAAA-----------AT------AGACCCAGTCCATTTC-GAA----A---A--C----------TGCTAT-GAT-GTCAT-----G--GG-GAGC-T-AATTTGt
gi|5 : ctcTTTT---GCTTA-ACAACAAAAAAGTTGGT----GTACTG-A---TA---ATT-----CAA-TTTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CA-AAGCAAGAA-TT-TT-T-AA-ATGACTA----AA--GGAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-T---------------A--------AA-G---TCCAATCAT-C----------AGAT-----------------AC--GT----A-AC-AAACATG--CGTTACA-CAAACAAGTT-AAT-TCTCGTT---C--A--------T-AC-ATG-------TCATTGTGTTCTT-GAC-----TTTG--------TAT-----CTTT-----A-A-A--ACA-G---------TT----------GAT-----------A--------AA-----------A----------TT-------G-----------TGA-TG-GCA-----T-CA------AACTAAA--------AT-C------TTG---A----T-A----T-T-TC-AATAT-A-A-T-T-----T-A----G-ATAATCCT---C-AT-TA-TTTTATC-GT------TTTGT---GTCAGCCA----A----AAAA--AAAA----A------CT------AGACCCAAGCCATTCC-GAA----ACT-G-CC----------T--TAT-GAT-GTCAT-----G--GGAGAGC-T-AATTTGagttgtata
gi|6 : tTACAACAATAAAGTGGAT----A-ATTG-A---TA---ATT-----TAA-TGTTATAATAAT---A-ATA-T-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----TA-AAACAA--A-TT-TA-T-AA-ATGACTG----AA--G-AAC--A--TAATTATGCCA-T-C---------CAA-T---------------A--T-----AA-T---TC-GATCGT-CTTCATT-TCGGGATCG-A------TACGTATAC--GT-ATAA-AC-ATACAagttgtataa
gi|6 : atAGTT---TTCTTGGCC-----TGTG--------TATTCAA-ATT------A-A-A--ACA-G---------TTG-----------------------A-------TAA-----------A----------AT-------C-----------AGT-CA-TCA-----T-TA------AACTAAA--------TA-C------TTGA-AA----TAA-T--T-T-TC-AGAATAAGG-T-C-----T-A----ATATA--CCC---T-AC-TA-TTTCACC---------TTTTC---GTCAGC------------AAA--AAAA----T------GT------AGGTTTACTCCATTTT-GGA----AATTG-TCATGACGATTGT--CAT-GAC-GTCAC-----A--GT-GACA-T-AATgttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : attacaacaataaagtggataattgataatttaatgttataataataatataatcaatatatgttgtaaaacaaatttataaatgactgaagaacataattatgccatccaatataattcgatcgtcttcatttcgggatcgatacgtatacgtataaacatacAT----A-ACTG-A---TA---ATT-----CAA-TTTTGTAATCAT---A-AAAATTA-AT-CGG-TA----TA-AGTTAATTACA-AAACAA--A-TT-TA-T-AA-ATGACTATTAAAA--G-AAC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------A--T-----AA-A---TC-AATCAT-CTGCATT-CTGAGCTCG-A------TAC----AA--AG-GTAA-AC-AAACATGT-CAAT--A-CATACA------------------------------------------------GTT---TTCGTGGAC-----TGTG----------T-----ATTC-----A-T-A--CCA-G---------CT----------GAT-----------A-------T-------------------------T-------A-------------T-CA-AT------C-CA------AACTAAA--------TA-C------TTGA-AA----T-CTT--T-T-TC-CAAAT-CGA-T-T-----T-T----GTATA--CCC---T-AG-CC-TCTCACC--T------TCTCC---TTCAGC------A-----AAA--AACA----T------GT------ACGCCTTGT-CGTTTC-GGA----A---ACTG----------T--CAC-GAC-ATCAC-----A--GT-AACC-T-AATTCATAGCcat
gi|8 : ACAAGAATATTGAA----A-ATTGCA---AA---ATTAATGACAA-A---ATATTTAT---G-ATA-TTT-TT-CAAGTA----AAATGTTA----CA-AAATAA--A-TT-TT-T-AA-ATGACTG----AA--G-AAC--A--T--T--TGTCG-T-T---------CAT-T---------------A--T-----AA-A---CC-AATCGT-CTGCATT-CCGAGATCG-A------TA------------------------ATGT-CGATGTG-CATAC-AGTT------TTCTTG---C--A------G-T-tgttt
gi|8 : tt-TT------TTTTG---GTCAGC------A-----AAA--AAC-----T------GT------AG--CCAATCCGTT-C-GGA----AACTG-TT----------T--CAT-AAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTGGCtagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|9 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaatgttacaaaataaatttttaaatgactgaagaacatttgtcgttcattataaaccaatcgtctgcattccgagatcgataatgtcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttctttttttt----A-ATTA-A---TA---ATT-----CAA-GTTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-CG-----A-TGTTG----CA-AAACAA--A-TT-TG-T-TA-ATGACTG----AA----AATA-A--A--T--AGTCATT-T---------CAG-T---------------T--TG----AA-A---TC-AATCGA-CTATACT-CTGAAAT------------C----AT--GT-GTAATGT-CAACATAA-CTGTTTA--AAACAA---------------------A------G-T----------------------TTTTTATAC-----T--G--------TAT-----ATTC-----A-ATT--GCA-G---------CTT---------GAT-----------A-------T-------------A----------AT-------C-----------AGT-CA-ACAT----T-TA------AACTAGA--------AA-C------CTGG-AA----T-A-T--C-T------AGT-A-------------------TATA--TCC-----AT-CG-TCACATA-TT------TCTTC----T---------------GAAATCACGA----T---------------GGACTGGTCCG-ATC-GGATAGCA---G-T-----------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGtttacaggtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTACCTGAACTATCTTTCAAAATAGTAGAAAGTCTATATTTTACCTTTTCCATCATCTAAACATCTTGCCTTCAATTTTAGAAGCTGTCATGGCGTAAAGAGCTTAGAAGTTAGCCATAGATGTGGAGAAAAACGATTTACTGCATATTTCTGACCTGTAGTAGTATGGA
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 1111 11111111111111111111111 33333333333333333333 111111111111111111 44444444444444444444 11111111
lowQualScore : 777 555 4444 4 2 2 1 1 555555 333 333 2 2 1 555 2 666 1 1 3 3333 1 3333 1 0 22 22 1 5555555 1 1 1 77777 55 44 22 22 22 1 1 3 777777777 99999999999999999999999999 1 33333 1 3 1 1 1 444444 3333 444444 1 1 222 22 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 33 1 33333333 1 1 1 3333 1 1111 2 1 1 33 88888888888888888888888 44444444 1 55555 1 777777777 0 222 55555555555555555555 1 22 111111111111111111 2 1 3333 33333333333333333333 1 1 55555555 2 2 2
lowQualScore : ... ... .... . . . . . ...... ... ... . . . ... . ... . . . .... . .... . . .. .. . ....... . . . ..... .. .. .. .. .. . . . ......... .......................... . ..... . . . . . ...... .... ...... . . ... .. . ........................................................................................................................................................................................................................ . . .. . ........ . . . .... . .... . . . .. ....................... ........ . ..... . ......... . ... .................... . .. .................. . . .... .................... . . ........ . . .
lowQualScore : 888 888 7777 1 0 0 9 9 555555 777 777 0 0 1 555 0 000 8 8 6 9999 8 9999 7 3 33 33 7 4444444 6 6 6 99999 99 11 44 44 44 5 7 5 000000000 88888888888888888888888888 7 88888 7 3 8 5 7 888888 5555 999999 6 5 666 44 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 5 77 5 44444444 4 4 4 0000 4 5555 9 4 4 99 55555555555555555555555 00000000 4 99999 4 777777777 4 666 55555555555555555555 5 11 333333333333333333 8 6 4444 99999999999999999999 8 8 88888888 2 4 4
consensus : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-C-G--------------------T-CA-ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGA-AA----T-A-T--T-T-T-C-AAAAT-AGA-T-CT---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACC-TT------TTTTC---GTCAGC------A-----A-------AA-AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
Reference ( family-1102 ) : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATN-C-G--------------------T-CA-ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGA-AA----T-A-T--T-T-T-C-NAAAT-AGA-T-CT---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACC-TT------TTTTC---GTCAGC------A----GA-------AA-AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
gi|1 : ACTTGCACATT-A-TGTTC----ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-TTA-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TCAATAATTAT---A-GAA-T-A-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CAATT-A-ATCGC------AA--GAAT--A--A--T--TTTCA-T-T---------CAAAT---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATTTCCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AACTCTTCGTC---CCAA------GTT-AT-GTG-------TAG-T---TTCTT-GAT--------T---TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--G-------------CA-GT--------TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----A-A-C-A--------------------TATA-ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-CTTTGA-AA----T-A----T-T-T-C-CAAAT-AGA-TGCT---------A-TATA---CA---T-A-C-T-GTC-TTAAC-TT------TTTTC---ATCAGC------AT---GA-------AA-AA-A--T-------T------A-GTCAGGTCTGTTTCGGGA----A---G-TC----------T--CAT-GATGGTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAG
gi|10 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactc-AT-CAA-TA----TA-TCTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-TTGACGG----AA--GGAT--A--T--T--TCTCA-T-T---------CAA-T---------------A--TGTATTAC-A---T-CAACCGC-CCGTATT-CCAAGATCG-A------TAA----AA--AT-GCAA-AG-AAACATGGC-GATACA-CAAACAAGTT-AAA-CCTCGTC---C--AC-----G-C-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTATATACATG---TA--TG--------TGT-----ATTT-----GTA-A--A-------------CA-G---------TT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-A-G--------------------T-CA-ACA--T-CA--------------------TCCA-AA----T-G-T--T-T-T-TGAAAATAAGA-T-CT---------GGTATA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCACC--T------TTTTC---GTCAGC------A-----A-------AA-AGCA--T------GTACATGAAGGTTTAGTCCGCTTC-AGA----A---A--CAG--------T--CAT-TAC-GTCAC-----
gi|11 : TACTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ACT-A------TA----TT-----A-T-CTGGAAA-------A-AAA-TCA-A---AG-TA----TA-T------------AACA--A--AATT-------TA-TG-A-TTGA-------AA--GTATGCA--T--A--TGCCA-T-T---------CAA-T---------------A--C-----AA-A---T-CAATCGT-CTACATT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--AT-ATAA-AC-AAACATGGCCGATG-------CAAA-----------------C--A------G-T----------------------TTCTTAGAC--------TA--T---------T-T-----ATTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TT----------GATA---------------TA----A------------------G-CAG--------------------T-CA-ACG--T-CAAACTAGA--------TT-C-TTTG-AA----T-A-T--T-T-TTC-AAAAT-AAA-T-CT---------TGTATA--CTC---T-A-C-C-ATT-TCACC-TT------TTTGT---ATAGGC-----------------------------T-------T------AGG-CTAGTCCGTTTA-GGA----A---A--C----------T--TAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-GATTTGaaaat
gi|12 : -A-T-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-TA----CA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TA-A-TTGACTG----AAATAAAT--A---------GTCA-T-T---------CAG-T---------------T--T-----GA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAATC--A------TGT----GA--AT-GTCA-AC-ATACATGTT-AAAACA------AAGTT------TTCTT--------------A-T-AC--TG-------TA-------------------------------------TAT-------TC-----A-A-T--G-------------CA-G---------CT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-A-G--------------------T-CA-ACA--T-TTAACTAGA--------AA-C-CTGG-AA----T----------------------A-T-CT---------AGTATA--------T-A-T-C-ATC-TCACA--T------ATTTC---TTCTGC--------------------AA-ATCA--C------GT------GGACCTGGTCCGTATC-GGA----A---G--CAG--------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGCaa
gi|13 : AATA----AAATCG-A-T-C-TCTGA------TA---ATT-------T-TTTTTA-TCAT---G-AAA-ATACAT-TAAATA----TA-TGTTA----C-----CA--A--A-AT-------TA-T-----TGACT------------------------------T-T---------CAA-C---------------G--A-----AAGA---G-CAATCGT-CTGTCTT-CCGAGATTGGA------T-C----AC--GTAGTA---C-AAA---------TTCA-CAGAC----------CCTCTTA---C--A--------T-GT-GTG-------TAGTT---TG-TTGGAC--------TG--T----------AA-----ATTC-----A-G-T--G-------------CA-G---------ATA---------AAAA---------------AA----T-----------A----ATC-T-G--------------------T-TA-ACA--T-CAAGCTAAG--------TC-C-TTTA-AC----T-A-TC-T-C-T-C-AAAAT-AG-----T---------AG---A--CTC-----A-T-CAATC-TCACC--T------TCGTC---GTC--C------G----G-----------AATA--T------CT------ATG---ATTCCGTTTC-GGA----G---G-T-----------TGACAT-GAC-GTCAC-----GAAGT-GACA-T-AATTCGtgtataggt
gi|14 : aaCTTGAACTTC-G-TGTTTT---GCTTAAACATCAATA----AAATTG-A-T-G-ACAAG------AA---ATT---CAT-T-TTTATAGTCAT---A-AAA-TTA-ATAGAA-TACTACTA-GGTTG----CA-AAACA--A--A-TTATAGCAATA-TA-A-AT
gi|14 : AAATCG-G------TAC----AT---T-GTAA-AC-AA-CATGTT-GATGC-----ACA----------------------------------------------TAGTT---T----GAAC--------CA--TG--------AATTA---ATTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TT----------GATA---------------TA----A-----------------TC-A-G--------------------C-AA-ACA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TAGA-TA----T-A-T--T-T-T-T-CATGTTAGA-T-GT---------AGTATA--CAC---T-A-C-C-ATC-TCACC-TT------TT--C---GTCAGC------A----AAGGAAAAAAA-AACC--TCAAAAAGT------AGGTCTAGTCCGTTCC-GAA----A---A-Tcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|15 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatatTT---GTTAACATAACAATA----AAATGC-A-T-A-ACTGA------TACATATT---TCA-T-TTTATAATCAT---A-AAAAGTA-AT-CAA-TA----AA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-CT-------T--TA-A-A-----A----AA--AAAT--AAAT--T--AATCA-T-T---------CAA-T---------------G--T-----AA-A---T-CAACCAT-CTGCATT-CCAAGATCA-A------TAC----AC--AT-TTCA-AC-AAACAAGGG-AATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--AC-----A-T-AT-GTA-------TAg
gi|15 : A-ACA--T-CAAACTAAA--------CA-C-GGGG-AA----T-A-T--T-T-T-C-TAT-T-AGA-T-CT---------AGTGTA--CCT---T-A-C-C-ATC-TCACC-TC------TTTTC---ATTACC------A----AA-------AA-AACA--T------GT------AGACCTAGTCCACTTT-GGA----acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|16 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccacatatgtat-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-ATGAT-------A--GAAT--T--T--T--TGACA-T-TTAGGCCTAACAA-----------------A--C-----AA-A---T-TA-TCGC-CTGCGTT-CCGAGGTCG-C------GAC----ACTGGT-GTAA-ACAAAACATGGC-GA
gi|16 : tatacT---TTGTTGGAC--------TG--TG--------CAT-----A----------G-A--G-------------CA-GGTC------CTA---------GACA---------------------A-----------A----ATCTC-A--------------------T-TG-ATA--T-AGGCCTATA--------CA-T-GTGA-AG----T-T-C--A-C-G-C-TAAAT-AGGCT-CCCACGTGAACAGTAGA--TCC---A-A-CAC-A-C-TCACC-TTGCACCTTTTTC---GTCAGC-------------------------CA--A------G-------AGGTTT--TCCGTTTT-GAA----A---G--C----------TGCCAT-GAT-GTCAC-----GCAGT-GACaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|17 : tatacaaacaaatttacaaatgatagaatttttgacatttaggcctaacaaacaaattatcgcctgcgttccgaggtcgcgacactggtgtaaacaaaacatggcgaaacagACTTACACTTC-T-TGTTTT---GCTAATGGGATAATA----AAGTCG-A-T-A-AATAA------TA---ATT---CAC-T-TTTAAAATCGT---ACAAA-CAA-AT-CAA-TA----TT-TGTTG----CA-AAGTA--A--A-CT-------CA-TT-A-ATTACTG----GAT-GAA-------------GTCA-T-T---------GAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCCTT-CCGAGAT------------------------------C-AGACATTGC-GATGCA-CAGACGA-------------------------------------------------T---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----G--C-----C-A-A--G-------------CT-G---------TCA---------GATT---------------T-----------------G----ATT-T-T--------------------T-T-------T-CAGATTAGA--------T--C-TAGACAA----T-A-T-------------AT-AT--T-GT---------AGTATA--CCC---T-A-C-A-ATC-TCACT-T
gi|18 : gacacgtccc-CAATCGT-CGGCGTT-CCAAGATGG-G------CAT----GT--GT-ACAA-AT-AAACATGGT-GATGCA-CCAACAAGTT-GAC-ATTCTTC---A--AC-----G-T-GT-GTG-------C-GTTAAAATGTTGAACAAATCAGATAATTA--------TATCGC--ATTT-----A-T-A--T-------------AA-T---------TTC---------AATA---------------TATCTTG-----------A----GTT-T-A--------------------T-CA-ACT--T-CAAACTAAATACCGG--TA-C-TTGA-AA----T-A-TC-T-T-T-C-GAAAT----------------------------------------ATC-TCACA-TT------ATTTT---GT---C------A----GG-------AA-AACAATT------GT------A-----AATTCGTTTC-GGA----A---GCTT----------C--CAT-GAC-GTCACAA---A--GT-GACC-T-AA
gi|19 : agATA----AAATTT-AGT-A-ACTGA------CA---ATC---TTT-T-TTTAACATCAT---A-AAA-------------------A--GTTA----CA-AAG-A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGCCTG----AA-----T--A--T--T--TGACG-T-T---------GAA-----------------------------------CGACTAG-CTGTGTT-CTAATATTG-ACTGGCCTGC----AT--GT-GTAC-AC-A------GC-GATGCA---GGCAAGTT-AAC-ACACTTC---C---------G-T-GT-GTG-------T-------TTGTTGGAC--------TG--TG--------TAC-----ATTCTGTGCA-A-A----------------TA-A---------TTACGTCCCATTGATA---------------TC----A-----------------TC-T-G--------------------T-CA-ACA--T-CGAACTAAA--------TA-C-TGGA-TA----C-A-TC-T-T-T-C-AGAGT-GG
gi|2 : -TTA-AT-AAA-GG----TA-TGTTA----CA-AA-CA--A--G-TT-------TA-TA-A-AAGACTT----AA--GGAT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-CCAAAAAAAAAAAAAAA--A-----AA-A---G-CAATCGTTCTGCGTT-GCAAGATCG-A------TTC----AT--GT-GTGA-TT-AAACAAGGC-CATGCA-CAGAAAAGTT-GAC-CCTTTTC---C--AT-----G-T-TT-GTG-------TAGTT---TTGTTGAAC--------T----G--------TGC-----GTTC-----T-G-A--GCAGGCCCCGGGATCA-GATAATCTTATTACATC-----GATA---------------TATATTAGT---------A----ACT-G-G--------------------T-CA-ACA--T-CAAACCGAACACTAG--TA-C-TTGA-AA----T-ACC--T-T-T-C-AAAAT-AG-----T---------AG---A--CCC---T-T-C-A-ACC-TCACC--T------TTTCC---GTCAGT------A----AA-------AGCAATA--T------TG------CGGTTT------TTTC-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GAC-ATAAC-----GAAGT-GTCC-T-AGTTCGTAGCtagac
gi|20 : T-GTG-------TAGTT---TTATTGA----------TA--TG--------TACTTGTCATTC-----A-G-A--A-------------CATG---------GTA---------GATAATTACATTGTATATTTA----T-----------A----GTC-C-G--------------------T-GA-ACA--T-CAAGCTAGA--------TA--------------T-A-C--T-T-T-C-TCGA--AAA--------------AGTAGA--CCC---T-A-C-C-ATC-TTACC-TTAA----TCT------TTAGC--------------------AA-AACA--A------TT------AAG--TATTCTGTTTT-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTTATATAAAG--TT-TACTAT-AATTTGTAGCtacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|21 : cagatgtctatttgacattACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCCAATACAACAATA----AAGTTG-A-T-A-ATTGA------AA---ATT---CAA-T-TTTATAATTAT---A-AAA--CA-AG-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-TAGCA--A--A-TT-------TA-TA-T-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAG-T------------------T-----AA-A---T-CATTCGT-CTACATT-CGGAGATCA-A------TAC----AC--AT-GAAA-AC-AAACATG-----------------------C-CCTCTTC---C--AT-----G-T-AT-GTGTTGTGTATAGTT---TTCTGGGAC--------TG--Tc
gi|22 : TAA-AT-TAACATGGA-AACAAA-CAGGCAAGTA-AAG-TCTCTTC---C--GCGTTTGG-C-ATCGTG-------TGGTT---TTATTGGAC--------TG--TGCATGCAGATAT-----ATTT-----A-C-ATTG-------------CA-C---------T-----------GATA---------------------A-----------A----ATC-T-G--------------------T-CA-ACA--T-AAAACTAAA--------CA-C-TTGA-GG----T-A-T--C-T-T-T-CAAA--AAA-T-CT-----------------------------------------TC------TTTTC---ATCAG-------G----GA-------AA-ATCA--T------------------TCATTCCGTTTC-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTCAt
gi|23 : gtgaa-AAACATTGT-GATGCA-TAAACAAGCT-AAC-CCTCTTC---------------------------------TT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------CGT-------TC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TTA----------ATA---------------TA-------------------------T-G--------------------T-CA-ACAATTATAAACAAAACGCAACTGTA-C-TTGA-TT----T-G-T--T-T-T-C-AAAAT-AGA-T-CT---------AA-A------------A-A-T-ATC-TTA---TT------ATTTT---GTGAGC------A-----A-------AC-CACA--C------GT------GGGTCTAGCCCA-----GAA----A---A-TG----------C--TAT-GAC-GTCATA----A--AT-GACT-T-AATaaa
gi|24 : tg-A------TAC----AT--TA-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGTA-CAG---------AC-CCTCTT-------------------T-GTT-------CAGTT---TTC-TGAAT--------TG--CG----------T-----ATTC-----A-G-A--G-------------CA-GA--------TTA---------AATAAT-------------TA----G-----------ATAGCATC-C-GAGCATAGCATTGATATAACAT-CA-ACG--T-AAAACTAAA--------AA-A-ATTA-CA----T-A-T--CAT-T-C-AAAAT-AG-----C---------AG-A------C---T-A-C-A-TTC-TCACC-TT------TCTTT---GTC--C------ACTCCGA-------AA-AAatt
gi|25 : attaaATACAACAATA----AAATCG-A-T-A-ACTGA------T-----TT---CAC-T-CT------------A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-CCTC--------AAACA--T----TT-------TA-TA----TGACTA----AA--TGAT--A--T--T--TACAA-T-T---------CAA-CC--------------A--A-----AA-A------AATCGT-CTGCGAT-CCAAGTTCA-A------TAC----AC--G-----------AATATGGT-GATGCA-TGGACAAGTT-AAA-CCTCTTC---------------T-AC-GTG-------
gi|26 : gttcttac-------------CA-G---------TT----------GATA---------------AA----ATA---------A----ATC-C-G--------------------T-CA-ACA--T-CAATCAAAA--------TA-C-GTGA-AACTTTT-T-T--T-T-T-G-CAAA--AAA-T----------------TA--CCCCCTT-G-C-C-ATT-TCACC-TT------TTTTCTTTGTAAACTTGTAAA----CA-------AA-AACA--T------AT------ACGCCTAGTCCGTTTT-AGA----A---A-CT----------A--CCTAGAT-GTCAA-----G--TT-GA---TAAATTCACAGCcgaattt
gi|27 : t--------TA-C-CTGA-AC----T-A-TC-T-T-T-C-AAAAT-AG-----T---------AGAA-A--GTC---T-A-T---ATT-TTACC-TT-------TTCC---ATCATC--------------------TA-AACA--T------CT-------TGCCT--TCAATTTT-AGA----A---GCTG----------T--CAT-GGC-GTtgt
gi|28 : ctg--TG--------TGT-----ATTC-----A-G-A--T-------------CA-G---------ATA---------GTTA---------------CA----ACGCATTTACATA----ATC-A-T--------------------T-CA-ATA--T-CAAATTAAA--------TA-C-CTGA-AC----T-A-T--C-TGT-C-AAAAT-AAA--------------AG-AGA--GTC---T-A---T-ATT-TTA-C-TT------TTTCC---ACCATC--------------------AA-AACA--T------CT-------TGTCT--TCGGTTTT-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GGC-GTaaagagcttagaagttagccatagatgtggagaaaaacgatttactgcatatttctgacctgtagtagtatgga
gi|29 : TGCACTTCCG-TGTTTT---GCCAATACAACAATG----AAGTCG-A-T-A-GAGAA------TA---ATT---TAA-T-TCTATCATCATTAAA-AAA-TCA-AT-CAA-AA----TA-TGAAG----CA-AAACA--A--A-TC-------TA-TATATATAATCT----AG--GAAT--A--T--T--TGCTA-T-T---------CAT-T---------------C--T-----AA-A---aaaaagc
gi|3 : cgACTTGCACATT-A-TGTTTC---ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-T-A-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TTCATAATTAT---A-GAA-TTA-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CA-TT-A-ATG-CTGC---AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATT-CCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AAC-TCTCGTC---CA-A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAT--------TG--TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----ATA-C-A--------------------T-TA-ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-C-TTGA-AA----T-A-T--T-T-T-C-CAAAT-AGA-T-CT---------GATATA--CAT---T-A-C-T-GTC-TTAAC-TT------TTTTC---ATCAGC------AT---GA-------AA-AAAA--T------GT------AGGTCAGGTCTGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAT-GTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAGCgcca
gi|30 : ACTCAG--------TA-C-TCGA-AA----T-A-T--T-T-T-C-AAAAT-AAT-T-CTT--------AGTGTA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCAC----------TATTC---GTCAGC------A--------------A-AACG--T-------T------AGGTCTAGTACGTTTT-GGA----A---ACTG----------T--CAT-GAC-GTCAT-----G--AT-GACC-T-AATTC
gi|31 : gTC-----A-A-A--G-------------CA-G---------TTG-----------------------------------------------------T-C-G--------------------T-CATATA--T-CAAACTGAA--------TA-C-TTCA-AA----T-A-TAATGT-T-C-TCTAT-GGA-T-CA---------GATATA--CCC---T-A-T-T-ATC-TCACA--T------TTCTA---GCCAGC------A-----A-------AA-AACA--T------GT------AGCCCTTGTCacatacct
gi|32 : A-T-CTTATTATCATT--A-GAA-TTA-GT-CTA-TA----CC-CGT------CA-AATCC--C--A-TT-------TA-TT-A-ATGACTG----AA--GGAT--A--T--T--------------------CAA-T---------------A--T-----TA-A---A-AAA--GT-CTACGAT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--GT-GTAA-AC-ACTCA--GT-GATGCA-CAaatattgaaaattg
gi|33 : CACTTC-C-CGTTTT---GCTAATACAGCAATG----AAAT-----T-A-ATTTACAAGTTTA---ATTTTACAA-T-TTTAAGATCAT---A-AAA-TCA-AT-CCA-TA----TA-TGTTA----CA-AA--A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGAC
gi|34 : A-TA-A-CTAACCG----AG--GATT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-TGATCGT-CTGCATT-CCCACATCG-A------TAC----AC--AT-ATA-----TAACATATC-GCTGCG-CAGACA
gi|35 : ----A-----------A----ACC-C-G--------------------T-CA-ACA--T-CAAACTAAT--------TA-A-TTGA-AA----T-A-TC-T-T-T-C-AAAAT-AG-----T---------AG---G--CCC---T-G-G-C-GTC-TCACC-T
gi|36 : taat-CT---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCATC-TT------TTT-C---GTCAGC------A-----A-------AA-AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-AGA----A---acattgtcaataa
gi|37 : ACCTGCACTTT-G-TGTTTT---GCAAATACCACAATA----AAGTCG-A-T-C-ACTGA------a
gi|38 : tcAACA--A----TT-------GA-TA-A-ATGACTA----AA--GAGC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------ATTT-----AA-A---T-CAATTGT-CTggggaatctattttt
gi|39 : ACCTGCACTTC-A-TATTTT---GCTAATGCACCAATA----AAGTCG-A-C-A-ACTGA------T
gi|4 : tcacCTGCACTTT-GGTGTTTTTGTGCT--TAAAACAAAA----AAGTTG-G-T-T-ACTGA------TA---ATT---CAAGT-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CATAAGCA--AGAA-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-----------------A--T-----AA-AGTCC-CAATCAT-C------------A--G-A------TA-----AC--G----AA-TC-AAACATG-C-GTTACAACAAACAAGTTTAAT-TCTCGTCATAC--ATG----G-TCAT-GTG-------T--------TCTTGGAC--------TT--TG--------TAT------TTT-----A-A-A--A-------------CA-G---------TTG---------GATA---------------------A-----------A----ATG-T-G--------------------T-GG-ACA--T-CAAAACAAA--------TATC-TTG--AA----T-A----T-T-T-C-AATAT-A-A-T-TT---------AGTA-A--TCC---TCA-T-T-ATT-TTATCGTT------TTTGT---GTCAGC------A----AA-------AA-AAAA---------AT------AGACCCAGTCCATTTC-GAA----A---A--C----------TGCTAT-GAT-GTCAT-----G--GG-GAGC-T-AATTTG
gi|5 : ctTTTT---GCTTA-ACAACAAAA----AAGTTG-G-T-GTACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CA-AAGCAAGA--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AAG-GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-T---------------A--------AA-G---TCCAATCAT-C----------AGAT-----------------AC--GT----A-AC-AAACAT-GC-GTTACA-CAAACAAGTT-AAT-TCTCGTT---C--A--------T-AC-ATG-------TCATTGTGTTCTT-GAC--------TT--TG--------TAT-----CTTT-----A-A-A--A-------------CA-G---------TT----------GATA----------------A----A-----------A----TTG-T-G--------------------A-TG-GCA--T-CAAACTAAA--------AT-C-TTG---A----T-A----T-T-T-C-AATAT-A-A-T-TT---------AG-ATAATCCT---C-A-T-T-ATT-TTATC-GT------TTTGT---GTCAGCCA----A----AA-------AA-AAAA--A------CT------AGACCCAAGCCATTCC-GAA----ACT-G-CC----------T--TAT-GAT-GTCAT-----G--GGAGAGC-T-AATTTGagttgtata
gi|6 : tTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ATTGA------TA---ATT---TAA-T-GTTATAATAAT---A-ATA-T-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----TA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--TAATTATGCCA-T-C---------CAA-T---------------A--T-----AA-T---T-CGATCGT-CTTCATT-TCGGGATCG-A------TACGTATAC--GT-ATAA-AC-ATACAagttgtataa
gi|6 : atAGTT---TTCTTGGCC--------TG--TG--------TATTCAA-ATT------A-A-A--A-------------CA-G---------TTG------------A---------------TA----A-----------A----ATC-A-G--------------------T-CA-TCA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TTGA-AA----TAA-T--T-T-T-C-AGAATAAGG-T-CT---------AATATA--CCC---T-A-C-T-ATT-TCACC---------TTTTC---GTCAGC------A----AA-------AA-A--A--T------GT------AGGTTTACTCCATTTT-GGA----AATTG-TCATGACGATTGT--CAT-GAC-GTCAC-----A--GT-GACA-T-AATgttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : attacaacaataaagtggataattgataatttaatgttataataataatataatcaatatatgttgtaaaacaaatttataaatgactgaagaacataattatgccatccaatataattcgatcgtcttcatttcgggatcgatacgtatacgtataaacatac-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTGTAATCAT---A-AAAATTA-AT-CGG-TA----TA-AGTTAATTACA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTATTAAAA--GAAC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCAT-CTGCATT-CTGAGCTCG-A------TAC----AA--AG-GTAA-AC-AAACATGTC-AAT--A-CATACA------------------------------------------------GTT---TTCGTGGAC--------TG--TG----------T-----ATTC-----A-T-A--C-------------CA-G---------CT----------GATA---------------TT----A-------------------------------------------T-CA-AT---C-CAAACTAAA--------TA-C-TTGA-AA----T-CTT--T-T-T-C-CAAAT-CGA-T-TT---------TGTATA--CCC---T-A-G-C-CTC-TCACC--T------TCTCC---TTCAGC------A-----A-------AA-AACA--T------GT------ACGCCTTGT-CGTTTC-GGA----A---ACTG----------T--CAC-GAC-ATCAC-----A--GT-AACC-T-AATTCATAGCcat
gi|8 : TACAAGAATATTGAAAATTGCA-A-A-ATTAA------TG---ACA---AAA-TATTTATGAT----------A-TTT-TT-CAAGTA----AAATGTTA----CA-AAATA--A--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--T--T--TGTCG-T-T---------CAT-T---------------A--T-----AA-A---C-CAATCGT-CTGCATT-CCGAGATCG-A------TA------------------------ATGTC-GATGTG-CATAC-AGTT------TTCTTG---C--A------G-T-tgttt
gi|8 : t-TT------TTTTG---GTCAGC------A-----A-------AA-AAC---T------GT------AG--CCAATCCGTT-C-GGA----AACTG-TT----------T--CAT-AAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTGGCtagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|9 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaatgttacaaaataaatttttaaatgactgaagaacatttgtcgttcattataaaccaatcgtctgcattccgagatcgataatgtcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttctttttttt-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-CG-----A-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TT-A-ATGACTG----AA---AATA-A--A--T--AGTCATT-T---------CAG-T---------------T--TG----AA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAAT------------C----AT--GT-GTAATGT-CAACATAAC-TGTTTA--AAACAA---------------------A------G-T----------------------TTTTTATAC--------T----G--------TAT-----ATTC-----A-ATT--G-------------CA-G---------CTT---------GATA---------------T-----------------A----ATC-A-G--------------------T-CA-ACAT-T-TAAACTAGA--------AA-C-CTGG-AA----T----------------------A-T-CT---------AGTATA--------T-ATC-C-ATCGTCACA--T------ATTTC---TTCTG---------------------AA-ATCA--C------GA------TGGACTGGTCCG-ATC-GGATAGCA---G-T-----------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGtttacaggtaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 111111111111111111111111 111111 111111111111111111 44444444444444444444 11111111
lowQualScore : 777 555 4444 4 2 2 1 1 555555 333 333 2 2 1 555 2 666 1 1 3 3333 1 3333 1 0 22 22 1 5555555 1 1 1 77777 55 44 22 22 22 1 1 3 777777777 99999999999999999999999999 1 33333 1 3 1 1 1 444444 3333 444444 1 1 222 22 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 11111111 444 44444444444444444 44444 1 1 22 1 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 33 1 33333333 1 1 222222 2 1 66666 55555555 777777777777777777777777 44444444 1 55555 1 77777777 1 77777777777 222222 55555555 22 0 22 222222222222222222 2 1 3333 33333333333333333333 1 1 55555555 2 2 2
lowQualScore : ... ... .... . . . . . ...... ... ... . . . ... . ... . . . .... . .... . . .. .. . ....... . . . ..... .. .. .. .. .. . . . ......... .......................... . ..... . . . . . ...... .... ...... . . ... .. . ..................................................... . ........ ... ................. ..... . . .. . ... .............................................................................. . .. .. . ........ . . ...... . . ..... ........ ........................ ........ . ..... . ........ . ........... ...... ........ .. . .. .................. . . .... .................... . . ........ . . .
lowQualScore : 888 888 7777 1 0 0 9 9 555555 777 777 0 0 1 555 0 000 8 8 6 9999 8 9999 7 3 33 33 7 4444444 6 6 6 99999 99 11 44 44 44 5 7 5 000000000 88888888888888888888888888 7 88888 7 3 8 5 7 888888 5555 999999 6 5 666 44 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111111 000 99999999999999999 33333 7 7 44 7 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 77 77 5 44444444 4 4 000000 9 4 44444 55555555 555555555555555555555555 00000000 4 99999 4 22222222 5 00000000000 666666 66666666 11 8 11 333333333333333333 8 6 4444 99999999999999999999 8 8 88888888 2 4 4
consensus : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
Reference ( family-1102 ) : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
gi|1 : ACTTGCACATT-A-TGTTC----ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-TTA-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TCAATAATTAT---A-GAA-T-A-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CAATT-A-ATCGC------AA--GAAT--A--A--T--TTTCA-T-T---------CAAAT---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATTTCCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AACTCTTCGTC---CCAA------GTT-AT-GTG-------TAG-T---TTCTT-GAT--------T---TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-GT--TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----A-A-CA--------------------TATA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-CTTTGAAAT-A-T--T-T-C-----C--------AAAT-AGA-TGC-T---------A-TATA---CA---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---AT-GA--------A--AAAA--T-------T------A-GTCAGGTCTGTTTCGGGA----A---G-TC----------T--CAT-GATGGTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAG
gi|10 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactc-AT-CAA-TA----TA-TCTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-TTGACGG----AA--GGAT--A--T--T--TCTCA-T-T---------CAA-T---------------A--TGTATTAC-A---T-CAACCGC-CCGTATT-CCAAGATCG-A------TAA----AA--AT-GCAA-AG-AAACATGGC-GATACA-CAAACAAGTT-AAA-CCTCGTC---C--AC-----G-C-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTATATACATG---TA--TG--------TGT-----ATTT-----GTA-A--ACA-G---TT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-CA--------------------TCCAAAT-G-T--T-T-T-----TG--A----AAATAAGA-T-C-T---------GGTATA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCACC-T------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AGCA--T------GTACATGAAGGTTTAGTCCGCTTC-AGA----A---A--CAG--------T--CAT-TAC-GTCAC-----
gi|11 : TACTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ACT-A------TA----TT-----A-T-CTGGAAA-------A-AAA-TCA-A---AG-TA----TA-T------------AACA--A--AATT-------TA-TG-A-TTGA-------AA--GTATGCA--T--A--TGCCA-T-T---------CAA-T---------------A--C-----AA-A---T-CAATCGT-CTACATT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--AT-ATAA-AC-AAACATGGCCGATG-------CAAA-----------------C--A------G-T----------------------TTCTTAGAC--------TA--T---------T-T-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------G------C-AG--------------------T-CA--ACG--T-CAAACTAGA--------TT-C-TTTGAAT-A-T--T-T-TT----C---A----AAAT-AAA-T-C-T---------TGTATA--CTC---T-A-C-C-ATT-TCACCTT------TTTG-T-----------ATAGGC-------------------------T-------T------AGG-CTAGTCCGTTTA-GGA----A---A--C----------T--TAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-GATTTGaaaat
gi|12 : -A-T-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-TA----CA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TA-A-TTGACTG----AAATAAAT--A---------GTCA-T-T---------CAG-T---------------T--T-----GA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAATC--A------TGT----GA--AT-GTCA-AC-ATACATGTT-AAAACA------AAGTT------TTCTT--------------A-T-AC--TG-------TA-------------------------------------TAT-------TC-----A-A-T--GCA-G---CT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-TTAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-A-T-C-ATC-TCACA-T------ATTT-C-----------TTCTGC-------A--------A--ATCA--C------GT------GGACCTGGTCCGTATC-GGA----A---G--CAG--------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGCaa
gi|13 : AATA----AAATCG-A-T-C-TCTGA------TA---ATT-------T-TTTTTA-TCAT---G-AAA-ATACAT-TAAATA----TA-TGTTA----C-----CA--A--A-AT-------TA-T-----TGACT------------------------------T-T---------CAA-C---------------G--A-----AAGA---G-CAATCGT-CTGTCTT-CCGAGATTGGA------T-C----AC--GTAGTA---C-AAA---------TTCA-CAGAC----------CCTCTTA---C--A--------T-GT-GTG-------TAGTT---TG-TTGGAC--------TG--T----------AA-----ATTC-----A-G-T--GCA-G---ATA---------AAAA---------------AA----T-----------A----ATC-TG--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAG--------TC-C-TTTAACT-A-TC-T-C-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CTC-----A-T-CAATC-TCACC-T------TCGT-C-----------GTCCG-----------------G--AATA--T------CT------ATG---ATTCCGTTTC-GGA----G---G-T-----------TGACAT-GAC-GTCAC-----GAAGT-GACA-T-AATTCGtgtataggt
gi|14 : aaCTTGAACTTC-G-TGTTTT---GCTTAAACATCAATA----AAATTG-A-T-G-ACAAG------AA---ATT---CAT-T-TTTATAGTCAT---A-AAA-TTA-ATAGAA-TACTACTA-GGTTG----CA-AAACA--A--A-TTATAGCAATA-TA-A-AT
gi|14 : AAATCG-G------TAC----AT---T-GTAA-AC-AA-CATGTT-GATGC-----ACA----------------------------------------------TAGTT---T----GAAC--------CA--TG--------AATTA---ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------------TC-AG--------------------C-AA--ACA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TAGATAT-A-T--T-T-TT----C---A----TGTT-AGA-T-G-T---------AGTATA--CAC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TT---C-----------GTCAGC---A--AAGGAAAAAAA--AACC--TCAAAAAGT------AGGTCTAGTCCGTTCC-GAA----A---A-Tcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|15 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatatTT---GTTAACATAACAATA----AAATGC-A-T-A-ACTGA------TACATATT---TCA-T-TTTATAATCAT---A-AAAAGTA-AT-CAA-TA----AA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-CT-------T--TA-A-A-----A----AA--AAAT--AAAT--T--AATCA-T-T---------CAA-T---------------G--T-----AA-A---T-CAACCAT-CTGCATT-CCAAGATCA-A------TAC----AC--AT-TTCA-AC-AAACAAGGG-AATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--AC-----A-T-AT-GTA-------TAg
gi|15 : A--ACA--T-CAAACTAAA--------CA-C-GGGGAAT-A-T--T-T-T-----C---T----AT-T-AGA-T-C-T---------AGTGTA--CCT---T-A-C-C-ATC-TCACCTC------TTTT-C-----------ATTACCA--A--AA--------A--AACA--T------GT------AGACCTAGTCCACTTT-GGA----acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|16 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccacatatgtat-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-ATGAT-------A--GAAT--T--T--T--TGACA-T-TTAGGCCTAACAA-----------------A--C-----AA-A---T-TA-TCGC-CTGCGTT-CCGAGGTCG-C------GAC----ACTGGT-GTAA-ACAAAACATGGC-GA
gi|16 : tatacT---TTGTTGGAC--------TG--TG--------CAT-----A----------G-A--GCA-GGTCCTA---------GACA---------------------A-----------A----ATCTCA--------------------T-TG--ATA--T-AGGCCTATA--------CA-T-GTGAAGT----------T-----C---ACGCTAAAT-AGGCT-C-CCACGTGAACAGTAGA--TCC---A-A-CAC-A-C-TCACCTTGCACCTTTTT-C-----------GTCAGC---C--AA--------G-----------------------AGGTTT--TCCGTTTT-GAA----A---G--C----------TGCCAT-GAT-GTCAC-----GCAGT-GACaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|17 : tatacaaacaaatttacaaatgatagaatttttgacatttaggcctaacaaacaaattatcgcctgcgttccgaggtcgcgacactggtgtaaacaaaacatggcgaaacagACTTACACTTC-T-TGTTTT---GCTAATGGGATAATA----AAGTCG-A-T-A-AATAA------TA---ATT---CAC-T-TTTAAAATCGT---ACAAA-CAA-AT-CAA-TA----TT-TGTTG----CA-AAGTA--A--A-CT-------CA-TT-A-ATTACTG----GAT-GAA-------------GTCA-T-T---------GAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCCTT-CCGAGAT------------------------------C-AGACATTGC-GATGCA-CAGACGA-------------------------------------------------T---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----G--C-----C-A-A--GCT-G---TCA---------GATT---------------T-----------------G----ATT-TT--------------------T-T--------T-CAGATTAGA--------T--C-TAGA-------------------C---A----ATAT-ATA-T-TGT---------AGTATA--CCC---T-A-C-A-ATC-TCACTT
gi|18 : gacacgtccc-CAATCGT-CGGCGTT-CCAAGATGG-G------CAT----GT--GT-ACAA-AT-AAACATGGT-GATGCA-CCAACAAGTT-GAC-ATTCTTC---A--AC-----G-T-GT-GTG-------C-GTTAAAATGTTGAACAAATCAGATAATTA--------TATCGC--ATTT-----A-T-A--TAA-T---TTC---------AATA---------------TATCTTG-----------A----GTT-TA--------------------T-CA--ACT--T-CAAACTAAATACCGG--TA-C-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---G----AAAT-----------------------------------------ATC-TCACATT------ATTT-T-----------GTCAG-------GA--------A--AACAATT------GT------A-----AATTCGTTTC-GGA----A---GCTT----------C--CAT-GAC-GTCACAA---A--GT-GACC-T-AA
gi|19 : agATA----AAATTT-AGT-A-ACTGA------CA---ATC---TTT-T-TTTAACATCAT---A-AAA-------------------A--GTTA----CA-AAG-A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGCCTG----AA-----T--A--T--T--TGACG-T-T---------GAA-----------------------------------CGACTAG-CTGTGTT-CTAATATTG-ACTGGCCTGC----AT--GT-GTAC-AC-A------GC-GATGCA---GGCAAGTT-AAC-ACACTTC---C---------G-T-GT-GTG-------T-------TTGTTGGAC--------TG--TG--------TAC-----ATTCTGTGCA-A-A---TA-A---TTACGTCCCATTGATA---------------TC----A-----------------TC-TG--------------------T-CA--ACA--T-CGAACTAAA--------TA-C-TGGATAC-A-TC-T-T-T-----C---A----GAGT-GG
gi|2 : -TTA-AT-AAA-GG----TA-TGTTA----CA-AA-CA--A--G-TT-------TA-TA-A-AAGACTT----AA--GGAT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-CCAAAAAAAAAAAAAAA--A-----AA-A---G-CAATCGTTCTGCGTT-GCAAGATCG-A------TTC----AT--GT-GTGA-TT-AAACAAGGC-CATGCA-CAGAAAAGTT-GAC-CCTTTTC---C--AT-----G-T-TT-GTG-------TAGTT---TTGTTGAAC--------TG--TG----------C-----GTTC-----T-G-A--GCA-G---tagac
gi|2 : G--------------------T-CA--ACA--T-CAAACCGAACACTAG--TA-C-TTGAAAT-A-CC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CCC---T-T-C-A-ACC-TCACC-T------TTTC-C-----------GTCAGT---A--AA--------AGCAATA--T------TG------CGGTTT------TTTC-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GAC-ATAAC-----GAAGT-GTCC-T-AGTTCGTAGCgccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactggtcaacatcaaaccgaacactagtacttgaaatacctttcaaaatagtagacccttcaacctcaccttttccgtcagtaaaagcaatattgcggttttttcagaagctgccatgacataacgaagtgtcctagttcgtagctacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|20 : ttaataaaggtatgttacaaacaagtttataaaagacttaaggatatttgacattcaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaatcgttctgcgttgcaagatcgattcatgtgtgattaaacaaggccatgcacagaaaagttgacccttttccatgtttgtgtagttttgttgaactgtgcgttctgagcaggccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactgT-GTG-------TAGTT---TTATTGA----------TA--TG--------TACTTGTCATTC-----A-G-A--ACATG---GTA---------GATAATTACATTGTATATTTA----T-----------A----GTC-CG--------------------T-GA--ACA--T-CAAGCTAGA--------TA---------T-A-C--T-T-T-----CTCGA----AAA--------------------AGTAGA--CCC---T-A-C-C-ATC-TTACCTTAA----TCT---------------TTAGC---A--AA--------A--CA-A--T-------T------AAG--TATTCTGTTTT-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTTATATAAAG--TT-TACTAT-AATTTGTAGCtacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|21 : cagatgtctatttgacattACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCCAATACAACAATA----AAGTTG-A-T-A-ATTGA------AA---ATT---CAA-T-TTTATAATTAT---A-AAA--CA-AG-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-TAGCA--A--A-TT-------TA-TA-T-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAG-T------------------T-----AA-A---T-CATTCGT-CTACATT-CGGAGATCA-A------TAC----AC--AT-GAAA-AC-AAACATG-----------------------C-CCTCTTC---C--AT-----G-T-AT-GTGTTGTGTATAGTT---TTCTGGGAC--------TG--Tc
gi|22 : TAA-AT-TAACATGGA-AACAAA-CAGGCAAGTA-AAG-TCTCTTC---C--GCGTTTGG-C-ATCGTG-------TGGTT---TTATTGGAC--------TG--TGCATGCAGATAT-----ATTT-----A-C-ATTGCA-C---T-----------GATA---------------------A-----------A----ATC-TG--------------------T-CA--ACA--T-AAAACTAAA--------CA-C-TTGAGGT-A-TC-T-T-T-----C---A----AA---AAA-T-C-T----------------------------------------TC------TTTT-C-----------ATCAGG---G--AA--------A--ATCA--T------------------TCATTCCGTTTC-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTCAt
gi|23 : gtgaa-AAACATTGT-GATGCA-TAAACAAGCT-AAC-CCTCTTC---------------------------------TT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------CGT-------TC-----A-A-A--GCA-G---TTA----------ATA---------------TA-------------------------TG--------------------T-CA--ACAATTATAAACAAAACGCAACTGTA-C-TTGATTT-G-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AA-A------------A-A-T-ATC-TTA--TT------ATTT-T-----------GTGAGC---A--AA--------C--CACA--C------GT------GGGTCTAGCCCA-----GAA----A---A-TG----------C--TAT-GAC-GTCATA----A--AT-GACT-T-AATaaa
gi|24 : tg-A------TAC----AT--TA-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGTA-CAG---------AC-CCTCTT-------------------T-GTT-------CAGTT---TTC-TGAAT--------TG--CG----------T-----ATTC-----A-G-A--GCA-GA--TTA---------AATAAT-------------TA----G-----------ATAGCATC-CGAGCATAGCATTGATATAACAT-CA--ACG--T-AAAACTAAA--------AA-A-ATTACAT-A-T--CAT-T-----C---A----AAAT-AG------C---------AG-A------C---T-A-C-A-TTC-TCACCTT------TCTT-T-----------GTCatt
gi|25 : attaaATACAACAATA----AAATCG-A-T-A-ACTGA------T-----TT---CAC-T-CT------------A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-CCTC--------AAACA--T----TT-------TA-TA----TGACTA----AA--TGAT--A--T--T--TACAA-T-T---------CAA-CC--------------A--A-----AA-A------AATCGT-CTGCGAT-CCAAGTTCA-A------TAC----AC--G-----------AATATGGT-GATGCA-TGGACAAGTT-AAA-CCTCTTC---------------T-AC-GTG-------cactccgaaaaa
gi|26 : gttcttacCA-G---TT----------GATA---------------AA----ATA---------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAATCAAAA--------TA-C-GTGAAAC-T-T--T-T-TTTTTGC---A----AA---AAA-T-----------------TA--CCCCCTT-G-C-C-ATT-TCACCTT------TTTT-CTTTGTAAACTTGTAAAC------AA--------A--AACA--T------AT------ACGCCTAGTCCGTTTT-AGA----A---A-CT----------A--CCTAGAT-GTCAA-----G--TT-GA---TAAATTCACAGCcgaattt
gi|27 : t--------TA-C-CTGAACT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG-AAA--GTC---T-A---T-ATT-TTACC-T------TTTC-C-----------ATCATC-------T--------A--AACA--T------CT-------TGCCT--TCAATTTT-AGA----A---GCTG----------T--CAT-GGC-GTtgt
gi|28 : ctg--TG--------TGT-----ATTC-----A-G-A--TCA-G---ATA---------GTTA---------------CA----ACGCATTTACATA----ATC-AT--------------------T-CA--ATA--T-CAAATTAAA--------TA-C-CTGAACT-A-T--C-TGT-----C---A----AAAT-AAA---------------AG-AGA--GTC---T-A---T-ATT-TTA-CTT------TTTC-C-----------ACCATC-------A--------A--AACA--T------CT-------TGTCT--TCGGTTTT-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GGC-GTaaagagcttagaagttagccatagatgtggagaaaaacgatttactgcatatttctgacctgtagtagtatgga
gi|29 : TGCACTTCCG-TGTTTT---GCCAATACAACAATG----AAGTCG-A-T-A-GAGAA------TA---ATT---TAA-T-TCTATCATCATTAAA-AAA-TCA-AT-CAA-AA----TA-TGAAG----CA-AAACA--A--A-TC-------TA-TATATATAATCT----AG--GAAT--A--T--T--TGCTA-T-T---------CAT-T---------------C--T-----AA-A---aaaaagc
gi|3 : cgACTTGCACATT-A-TGTTTC---ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-T-A-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TTCATAATTAT---A-GAA-TTA-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CA-TT-A-ATG-CTGC---AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATT-CCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AAC-TCTCGTC---CA-A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAT--------TG--TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----ATA-CA--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---C----AAAT-AGA-T-C-T---------GATATA--CAT---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---ATGAA--------A--AAAA--T------GT------AGGTCAGGTCTGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAT-GTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAGCgcca
gi|30 : ACTCAG--------TA-C-TCGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AAT-T-C-TT--------AGTGTA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCAC---------TATT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A----CG--T-------T------AGGTCTAGTACGTTTT-GGA----A---ACTG----------T--CAT-GAC-GTCAT-----G--AT-GACC-T-AATTC
gi|31 : gTC-----A-A-A--GCA-G---TTG-----------------------------------------------------T-CG--------------------T-CAT-ATA--T-CAAACTGAA--------TA-C-TTCAAAT-A-TAATGT-T-----C---T----CTAT-GGA-T-C-A---------GATATA--CCC---T-A-T-T-ATC-TCACATT------TCT--A-----------GCCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGCCCTTGTCacatacct
gi|32 : A-T-CTTATTATCATT--A-GAA-TTA-GT-CTA-TA----CC-CGT------CA-AATCC--C--A-TT-------TA-TT-A-ATGACTG----AA--GGAT--A--T--T--------------------CAA-T---------------A--T-----TA-A---A-AAA--GT-CTACGAT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--GT-GTAA-AC-ACTCA--GT-GATGCA-CAaatattgaaaattg
gi|33 : CACTTC-C-CGTTTT---GCTAATACAGCAATG----AAAT-----T-A-ATTTACAAGTTTA---ATTTTACAA-T-TTTAAGATCAT---A-AAA-TCA-AT-CCA-TA----TA-TGTTA----CA-AA--A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGAC
gi|34 : A-TA-A-CTAACCG----AG--GATT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-TGATCGT-CTGCATT-CCCACATCG-A------TAC----AC--AT-ATA-----TAACATATC-GCTGCG-CAGACA
gi|35 : ----A-----------A----ACC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAT--------TA-A-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---G--CCC---T-G-G-C-GTC-TCACCT
gi|36 : taat-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCATCTT------TT-T-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-AGA----A---acattgtcaataa
gi|37 : ACCTGCACTTT-G-TGTTTT---GCAAATACCACAATA----AAGTCG-A-T-C-ACTGA------a
gi|38 : tcAACA--A----TT-------GA-TA-A-ATGACTA----AA--GAGC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------ATTT-----AA-A---T-CAATTGT-CTggggaatctattttt
gi|39 : ACCTGCACTTC-A-TATTTT---GCTAATGCACCAATA----AAGTCG-A-C-A-ACTGA------T
gi|4 : tcacCTGCACTTT-GGTGTTTTTGTGCT--TAAAACAAAA----AAGTTG-G-T-T-ACTGA------TA---ATT---CAAGT-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CATAAGCA--AGAA-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-----------------A--T-----AA-AGTCC-CAATCAT-C------------A--G-A------TA-----AC--G----AA-TC-AAACATG-C-GTTACAACAAACAAGTTTAAT-TCTCGTCATAC--ATG----G-TCAT-GTG-------T--------TCTTGGAC--------TT--TG--------TAT------TTT-----A-A-A--ACA-G---TTG---------GATA---------------------A-----------A----ATG-TG--------------------T-GG--ACA--T-CAAAACAAA--------TATC-TTGAA-T-A-T--T-T-------C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AGTA-A--TCC---TCA-T-T-ATT-TTATCGT------TTTTGT-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAAA--A------AT------AGACCCAGTCCATTTC-GAA----A---A--C----------TGCTAT-GAT-GTCAT-----G--GG-GAGC-T-AATTTG
gi|5 : ctTTTT---GCTTA-ACAACAAAA----AAGTTG-G-T-GTACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CA-AAGCAAGA--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AAG-GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-T---------------A--------AA-G---TCCAATCAT-C----------AGAT-----------------AC--GT----A-AC-AAACAT-GC-GTTACA-CAAACAAGTT-AAT-TCTCGTT---C--A--------T-AC-ATG-------TCATTGTGTTCTT-GAC--------TT--TG--------TAT-----CTTT-----A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----AT--TG--------------------T-GATGGCA--T-CAAACTAAA--------AT-C-TTG--AT-A----T-T-T-----C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AG-ATAATCCT---C-A-T-T-ATT-TTATCGT------TTTG-T-----------GTCAGCCAAA--AA--------A--AAAA--A------CT------AGACCCAAGCCATTCC-GAA----ACT-G-CC----------T--TAT-GAT-GTCAT-----G--GGAGAGC-T-AATTTGagttgtata
gi|6 : tTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ATTGA------TA---ATT---TAA-T-GTTATAATAAT---A-ATA-T-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----TA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--TAATTATGCCA-T-C---------CAA-T---------------A--T-----AA-T---T-CGATCGT-CTTCATT-TCGGGATCG-A------TACGTATAC--GT-ATAA-AC-ATACAagttgtataa
gi|6 : atAGTT---TTCTTGGCC--------TG--TG--------TATTCAA-ATT------A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----ATC-AG--------------------T-CA--TCA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TTGAAATAA-T--T-T-T-----C---A----GAATAAGG-T-C-T---------AATATA--CCC---T-A-C-T-ATT-TCACC--------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AA-A--T------GT------AGGTTTACTCCATTTT-GGA----AATTG-TCATGACGATTGT--CAT-GAC-GTCAC-----A--GT-GACA-T-AATgttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : attacaacaataaagtggataattgataatttaatgttataataataatataatcaatatatgttgtaaaacaaatttataaatgactgaagaacataattatgccatccaatataattcgatcgtcttcatttcgggatcgatacgtatacgtataaacatac-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTGTAATCAT---A-AAAATTA-AT-CGG-TA----TA-AGTTAATTACA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTATTAAAA--GAAC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCAT-CTGCATT-CTGAGCTCG-A------TAC----AA--AG-GTAA-AC-AAACATGTC-AAT--A-CATACA------------------------------------------------GTT---TTCGTGGAC--------TG--TG----------T-----ATTC-----A-T-A--CCA-G---CT----------GATA---------------TT----A------------------------------------------T-CA--AT---C-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-CTT--T-T-T-----C---C----AAAT-CGA-T-T-T---------TGTATA--CCC---T-A-G-C-CTC-TCACC-T------TCTC-C-----------TTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------ACGCCTTGT-CGTTTC-GGA----A---ACTG----------T--CAC-GAC-ATCAC-----A--GT-AACC-T-AATTCATAGCcat
gi|8 : TACAAGAATATTGAAAATTGCA-A-A-ATTAA------TG---ACA---AAA-TATTTATGAT----------A-TTT-TT-CAAGTA----AAATGTTA----CA-AAATA--A--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--T--T--TGTCG-T-T---------CAT-T---------------A--T-----AA-A---C-CAATCGT-CTGCATT-CCGAGATCG-A------TA------------------------ATGTC-GATGTG-CATAC-AGTT------TTCTTG---C--A------G-T-tgttt
gi|8 : tTT------TTTT-G-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAC---T------GT------AG--CCAATCCGTT-C-GGA----AACTG-TT----------T--CAT-AAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTGGCtagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|9 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaatgttacaaaataaatttttaaatgactgaagaacatttgtcgttcattataaaccaatcgtctgcattccgagatcgataatgtcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttctttttttt-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-CG-----A-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TT-A-ATGACTG----AA---AATA-A--A--T--AGTCATT-T---------CAG-T---------------T--TG----AA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAAT------------C----AT--GT-GTAATGT-CAACATAAC-TGTTTA--AAACAA---------------------A------G-T----------------------TTTTTATAC--------T----G--------TAT-----ATTC-----A-ATT--GCA-G---CTT---------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACAT-T-TAAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-ATC-C-ATCGTCACA-T------ATTT-C-----------TTCTG--------A--------A--ATCA--C------GA------TGGACTGGTCCG-ATC-GGATAGCA---G-T-----------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGtttacaggtaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 111111111111111111111111 111111 111111111111111111 44444444444444444444 11111111
lowQualScore : 777 555 4444 4 2 2 1 1 555555 333 333 2 2 1 555 2 666 1 1 3 3333 1 3333 1 0 22 22 1 5555555 1 1 1 77777 55 44 22 22 22 1 1 3 777777777 99999999999999999999999999 1 33333 1 3 1 1 1 444444 3333 444444 1 1 222 22 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 11111111 444 44444444444444444 44444 1 1 22 1 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 33 1 33333333 1 1 222222 2 1 66666 55555555 777777777777777777777777 44444444 1 55555 1 77777777 1 77777777777 222222 55555555 22 0 22 222222222222222222 2 1 3333 33333333333333333333 1 1 55555555 2 2 2
lowQualScore : ... ... .... . . . . . ...... ... ... . . . ... . ... . . . .... . .... . . .. .. . ....... . . . ..... .. .. .. .. .. . . . ......... .......................... . ..... . . . . . ...... .... ...... . . ... .. . ..................................................... . ........ ... ................. ..... . . .. . ... .............................................................................. . .. .. . ........ . . ...... . . ..... ........ ........................ ........ . ..... . ........ . ........... ...... ........ .. . .. .................. . . .... .................... . . ........ . . .
lowQualScore : 888 888 7777 1 0 0 9 9 555555 777 777 0 0 1 555 0 000 8 8 6 9999 8 9999 7 3 33 33 7 4444444 6 6 6 99999 99 11 44 44 44 5 7 5 000000000 88888888888888888888888888 7 88888 7 3 8 5 7 888888 5555 999999 6 5 666 44 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111111 000 99999999999999999 33333 7 7 44 7 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 77 77 5 44444444 4 4 000000 9 4 44444 55555555 555555555555555555555555 00000000 4 99999 4 22222222 5 00000000000 666666 66666666 11 8 11 333333333333333333 8 6 4444 99999999999999999999 8 8 88888888 2 4 4
consensus : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
Reference ( family-1102 ) : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
gi|1 : ACTTGCACATT-A-TGTTC----ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-TTA-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TCAATAATTAT---A-GAA-T-A-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CAATT-A-ATCGC------AA--GAAT--A--A--T--TTTCA-T-T---------CAAAT---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATTTCCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AACTCTTCGTC---CCAA------GTT-AT-GTG-------TAG-T---TTCTT-GAT--------T---TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-GT--TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----A-A-CA--------------------TATA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-CTTTGAAAT-A-T--T-T-C-----C--------AAAT-AGA-TGC-T---------A-TATA---CA---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---AT-GA--------A--AAAA--T-------T------A-GTCAGGTCTGTTTCGGGA----A---G-TC----------T--CAT-GATGGTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAG
gi|10 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactc-AT-CAA-TA----TA-TCTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-TTGACGG----AA--GGAT--A--T--T--TCTCA-T-T---------CAA-T---------------A--TGTATTAC-A---T-CAACCGC-CCGTATT-CCAAGATCG-A------TAA----AA--AT-GCAA-AG-AAACATGGC-GATACA-CAAACAAGTT-AAA-CCTCGTC---C--AC-----G-C-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTATATACATG---TA--TG--------TGT-----ATTT-----GTA-A--ACA-G---TT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-CA--------------------TCCAAAT-G-T--T-T-T-----TG--A----AAATAAGA-T-C-T---------GGTATA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCACC-T------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AGCA--T------GTACATGAAGGTTTAGTCCGCTTC-AGA----A---A--CAG--------T--CAT-TAC-GTCAC-----
gi|11 : TACTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ACT-A------TA----TT-----A-T-CTGGAAA-------A-AAA-TCA-A---AG-TA----TA-T------------AACA--A--AATT-------TA-TG-A-TTGA-------AA--GTATGCA--T--A--TGCCA-T-T---------CAA-T---------------A--C-----AA-A---T-CAATCGT-CTACATT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--AT-ATAA-AC-AAACATGGCCGATG-------CAAA-----------------C--A------G-T----------------------TTCTTAGAC--------TA--T---------T-T-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------G------C-AG--------------------T-CA--ACG--T-CAAACTAGA--------TT-C-TTTGAAT-A-T--T-T-TT----C---A----AAAT-AAA-T-C-T---------TGTATA--CTC---T-A-C-C-ATT-TCACCTT------TTTG-T-----------ATAGGC-------------------------T-------T------AGG-CTAGTCCGTTTA-GGA----A---A--C----------T--TAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-GATTTGaaaat
gi|12 : -A-T-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-TA----CA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TA-A-TTGACTG----AAATAAAT--A---------GTCA-T-T---------CAG-T---------------T--T-----GA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAATC--A------TGT----GA--AT-GTCA-AC-ATACATGTT-AAAACA------AAGTT------TTCTT--------------A-T-AC--TG-------TA-------------------------------------TAT-------TC-----A-A-T--GCA-G---CT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-TTAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-A-T-C-ATC-TCACA-T------ATTT-C-----------TTCTGC-------A--------A--ATCA--C------GT------GGACCTGGTCCGTATC-GGA----A---G--CAG--------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGCaa
gi|13 : AATA----AAATCG-A-T-C-TCTGA------TA---ATT-------T-TTTTTA-TCAT---G-AAA-ATACAT-TAAATA----TA-TGTTA----C-----CA--A--A-AT-------TA-T-----TGACT------------------------------T-T---------CAA-C---------------G--A-----AAGA---G-CAATCGT-CTGTCTT-CCGAGATTGGA------T-C----AC--GTAGTA---C-AAA---------TTCA-CAGAC----------CCTCTTA---C--A--------T-GT-GTG-------TAGTT---TG-TTGGAC--------TG--T----------AA-----ATTC-----A-G-T--GCA-G---ATA---------AAAA---------------AA----T-----------A----ATC-TG--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAG--------TC-C-TTTAACT-A-TC-T-C-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CTC-----A-T-CAATC-TCACC-T------TCGT-C-----------GTCCG-----------------G--AATA--T------CT------ATG---ATTCCGTTTC-GGA----G---G-T-----------TGACAT-GAC-GTCAC-----GAAGT-GACA-T-AATTCGtgtataggt
gi|14 : aaCTTGAACTTC-G-TGTTTT---GCTTAAACATCAATA----AAATTG-A-T-G-ACAAG------AA---ATT---CAT-T-TTTATAGTCAT---A-AAA-TTA-ATAGAA-TACTACTA-GGTTG----CA-AAACA--A--A-TTATAGCAATA-TA-A-AT
gi|14 : AAATCG-G------TAC----AT---T-GTAA-AC-AA-CATGTT-GATGC-----ACA----------------------------------------------TAGTT---T----GAAC--------CA--TG--------AATTA---ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------------TC-AG--------------------C-AA--ACA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TAGATAT-A-T--T-T-TT----C---A----TGTT-AGA-T-G-T---------AGTATA--CAC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TT---C-----------GTCAGC---A--AAGGAAAAAAA--AACC--TCAAAAAGT------AGGTCTAGTCCGTTCC-GAA----A---A-Tcggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|15 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatatTT---GTTAACATAACAATA----AAATGC-A-T-A-ACTGA------TACATATT---TCA-T-TTTATAATCAT---A-AAAAGTA-AT-CAA-TA----AA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-CT-------T--TA-A-A-----A----AA--AAAT--AAAT--T--AATCA-T-T---------CAA-T---------------G--T-----AA-A---T-CAACCAT-CTGCATT-CCAAGATCA-A------TAC----AC--AT-TTCA-AC-AAACAAGGG-AATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--AC-----A-T-AT-GTA-------TAg
gi|15 : A--ACA--T-CAAACTAAA--------CA-C-GGGGAAT-A-T--T-T-T-----C---T----AT-T-AGA-T-C-T---------AGTGTA--CCT---T-A-C-C-ATC-TCACCTC------TTTT-C-----------ATTACCA--A--AA--------A--AACA--T------GT------AGACCTAGTCCACTTT-GGA----acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|16 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccacatatgtat-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-ATGAT-------A--GAAT--T--T--T--TGACA-T-TTAGGCCTAACAA-----------------A--C-----AA-A---T-TA-TCGC-CTGCGTT-CCGAGGTCG-C------GAC----ACTGGT-GTAA-ACAAAACATGGC-GA
gi|16 : tatacT---TTGTTGGAC--------TG--TG--------CAT-----A----------G-A--GCA-GGTCCTA---------GACA---------------------A-----------A----ATCTCA--------------------T-TG--ATA--T-AGGCCTATA--------CA-T-GTGAAGT----------T-----C---ACGCTAAAT-AGGCT-C-CCACGTGAACAGTAGA--TCC---A-A-CAC-A-C-TCACCTTGCACCTTTTT-C-----------GTCAGC---C--AA--------G-----------------------AGGTTT--TCCGTTTT-GAA----A---G--C----------TGCCAT-GAT-GTCAC-----GCAGT-GACaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|17 : tatacaaacaaatttacaaatgatagaatttttgacatttaggcctaacaaacaaattatcgcctgcgttccgaggtcgcgacactggtgtaaacaaaacatggcgaaacagACTTACACTTC-T-TGTTTT---GCTAATGGGATAATA----AAGTCG-A-T-A-AATAA------TA---ATT---CAC-T-TTTAAAATCGT---ACAAA-CAA-AT-CAA-TA----TT-TGTTG----CA-AAGTA--A--A-CT-------CA-TT-A-ATTACTG----GAT-GAA-------------GTCA-T-T---------GAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCCTT-CCGAGAT------------------------------C-AGACATTGC-GATGCA-CAGACGA-------------------------------------------------T---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----G--C-----C-A-A--GCT-G---TCA---------GATT---------------T-----------------G----ATT-TT--------------------T-T--------T-CAGATTAGA--------T--C-TAGA-------------------C---A----ATAT-ATA-T-TGT---------AGTATA--CCC---T-A-C-A-ATC-TCACTT
gi|18 : gacacgtccc-CAATCGT-CGGCGTT-CCAAGATGG-G------CAT----GT--GT-ACAA-AT-AAACATGGT-GATGCA-CCAACAAGTT-GAC-ATTCTTC---A--AC-----G-T-GT-GTG-------C-GTTAAAATGTTGAACAAATCAGATAATTA--------TATCGC--ATTT-----A-T-A--TAA-T---TTC---------AATA---------------TATCTTG-----------A----GTT-TA--------------------T-CA--ACT--T-CAAACTAAATACCGG--TA-C-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---G----AAAT-----------------------------------------ATC-TCACATT------ATTT-T-----------GTCAG-------GA--------A--AACAATT------GT------A-----AATTCGTTTC-GGA----A---GCTT----------C--CAT-GAC-GTCACAA---A--GT-GACC-T-AA
gi|19 : agATA----AAATTT-AGT-A-ACTGA------CA---ATC---TTT-T-TTTAACATCAT---A-AAA-------------------A--GTTA----CA-AAG-A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGCCTG----AA-----T--A--T--T--TGACG-T-T---------GAA-----------------------------------CGACTAG-CTGTGTT-CTAATATTG-ACTGGCCTGC----AT--GT-GTAC-AC-A------GC-GATGCA---GGCAAGTT-AAC-ACACTTC---C---------G-T-GT-GTG-------T-------TTGTTGGAC--------TG--TG--------TAC-----ATTCTGTGCA-A-A---TA-A---TTACGTCCCATTGATA---------------TC----A-----------------TC-TG--------------------T-CA--ACA--T-CGAACTAAA--------TA-C-TGGATAC-A-TC-T-T-T-----C---A----GAGT-GG
gi|2 : -TTA-AT-AAA-GG----TA-TGTTA----CA-AA-CA--A--G-TT-------TA-TA-A-AAGACTT----AA--GGAT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-CCAAAAAAAAAAAAAAA--A-----AA-A---G-CAATCGTTCTGCGTT-GCAAGATCG-A------TTC----AT--GT-GTGA-TT-AAACAAGGC-CATGCA-CAGAAAAGTT-GAC-CCTTTTC---C--AT-----G-T-TT-GTG-------TAGTT---TTGTTGAAC--------TG--TG----------C-----GTTC-----T-G-A--GCA-G---tagac
gi|2 : G--------------------T-CA--ACA--T-CAAACCGAACACTAG--TA-C-TTGAAAT-A-CC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CCC---T-T-C-A-ACC-TCACC-T------TTTC-C-----------GTCAGT---A--AA--------AGCAATA--T------TG------CGGTTT------TTTC-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GAC-ATAAC-----GAAGT-GTCC-T-AGTTCGTAGCgccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactggtcaacatcaaaccgaacactagtacttgaaatacctttcaaaatagtagacccttcaacctcaccttttccgtcagtaaaagcaatattgcggttttttcagaagctgccatgacataacgaagtgtcctagttcgtagctacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|20 : ttaataaaggtatgttacaaacaagtttataaaagacttaaggatatttgacattcaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaatcgttctgcgttgcaagatcgattcatgtgtgattaaacaaggccatgcacagaaaagttgacccttttccatgtttgtgtagttttgttgaactgtgcgttctgagcaggccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactgT-GTG-------TAGTT---TTATTGA----------TA--TG--------TACTTGTCATTC-----A-G-A--ACATG---GTA---------GATAATTACATTGTATATTTA----T-----------A----GTC-CG--------------------T-GA--ACA--T-CAAGCTAGA--------TA---------T-A-C--T-T-T-----CTCGA----AAA--------------------AGTAGA--CCC---T-A-C-C-ATC-TTACCTTAA----TCT---------------TTAGC---A--AA--------A--CA-A--T-------T------AAG--TATTCTGTTTT-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTTATATAAAG--TT-TACTAT-AATTTGTAGCtacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|21 : cagatgtctatttgacattACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCCAATACAACAATA----AAGTTG-A-T-A-ATTGA------AA---ATT---CAA-T-TTTATAATTAT---A-AAA--CA-AG-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-TAGCA--A--A-TT-------TA-TA-T-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAG-T------------------T-----AA-A---T-CATTCGT-CTACATT-CGGAGATCA-A------TAC----AC--AT-GAAA-AC-AAACATG-----------------------C-CCTCTTC---C--AT-----G-T-AT-GTGTTGTGTATAGTT---TTCTGGGAC--------TG--Tc
gi|22 : TAA-AT-TAACATGGA-AACAAA-CAGGCAAGTA-AAG-TCTCTTC---C--GCGTTTGG-C-ATCGTG-------TGGTT---TTATTGGAC--------TG--TGCATGCAGATAT-----ATTT-----A-C-ATTGCA-C---T-----------GATA---------------------A-----------A----ATC-TG--------------------T-CA--ACA--T-AAAACTAAA--------CA-C-TTGAGGT-A-TC-T-T-T-----C---A----AA---AAA-T-C-T----------------------------------------TC------TTTT-C-----------ATCAGG---G--AA--------A--ATCA--T------------------TCATTCCGTTTC-GGA----A---GCTG----------T--CAT-GAC-GTCAt
gi|23 : gtgaa-AAACATTGT-GATGCA-TAAACAAGCT-AAC-CCTCTTC---------------------------------TT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------CGT-------TC-----A-A-A--GCA-G---TTA----------ATA---------------TA-------------------------TG--------------------T-CA--ACAATTATAAACAAAACGCAACTGTA-C-TTGATTT-G-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AA-A------------A-A-T-ATC-TTA--TT------ATTT-T-----------GTGAGC---A--AA--------C--CACA--C------GT------GGGTCTAGCCCA-----GAA----A---A-TG----------C--TAT-GAC-GTCATA----A--AT-GACT-T-AATaaa
gi|24 : tg-A------TAC----AT--TA-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGTA-CAG---------AC-CCTCTT-------------------T-GTT-------CAGTT---TTC-TGAAT--------TG--CG----------T-----ATTC-----A-G-A--GCA-GA--TTA---------AATAAT-------------TA----G-----------ATAGCATC-CGAGCATAGCATTGATATAACAT-CA--ACG--T-AAAACTAAA--------AA-A-ATTACAT-A-T--CAT-T-----C---A----AAAT-AG------C---------AG-A------C---T-A-C-A-TTC-TCACCTT------TCTT-T-----------GTCatt
gi|25 : attaaATACAACAATA----AAATCG-A-T-A-ACTGA------T-----TT---CAC-T-CT------------A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-CCTC--------AAACA--T----TT-------TA-TA----TGACTA----AA--TGAT--A--T--T--TACAA-T-T---------CAA-CC--------------A--A-----AA-A------AATCGT-CTGCGAT-CCAAGTTCA-A------TAC----AC--G-----------AATATGGT-GATGCA-TGGACAAGTT-AAA-CCTCTTC---------------T-AC-GTG-------cactccgaaaaa
gi|26 : gttcttacCA-G---TT----------GATA---------------AA----ATA---------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAATCAAAA--------TA-C-GTGAAAC-T-T--T-T-TTTTTGC---A----AA---AAA-T-----------------TA--CCCCCTT-G-C-C-ATT-TCACCTT------TTTT-CTTTGTAAACTTGTAAAC------AA--------A--AACA--T------AT------ACGCCTAGTCCGTTTT-AGA----A---A-CT----------A--CCTAGAT-GTCAA-----G--TT-GA---TAAATTCACAGCcgaattt
gi|27 : t--------TA-C-CTGAACT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG-AAA--GTC---T-A---T-ATT-TTACC-T------TTTC-C-----------ATCATC-------T--------A--AACA--T------CT-------TGCCT--TCAATTTT-AGA----A---GCTG----------T--CAT-GGC-GTtgt
gi|28 : ctg--TG--------TGT-----ATTC-----A-G-A--TCA-G---ATA---------GTTA---------------CA----ACGCATTTACATA----ATC-AT--------------------T-CA--ATA--T-CAAATTAAA--------TA-C-CTGAACT-A-T--C-TGT-----C---A----AAAT-AAA---------------AG-AGA--GTC---T-A---T-ATT-TTA-CTT------TTTC-C-----------ACCATC-------A--------A--AACA--T------CT-------TGTCT--TCGGTTTT-AGA----A---G--C----------TGCCAT-GGC-GTaaagagcttagaagttagccatagatgtggagaaaaacgatttactgcatatttctgacctgtagtagtatgga
gi|29 : TGCACTTCCG-TGTTTT---GCCAATACAACAATG----AAGTCG-A-T-A-GAGAA------TA---ATT---TAA-T-TCTATCATCATTAAA-AAA-TCA-AT-CAA-AA----TA-TGAAG----CA-AAACA--A--A-TC-------TA-TATATATAATCT----AG--GAAT--A--T--T--TGCTA-T-T---------CAT-T---------------C--T-----AA-A---aaaaagc
gi|3 : cgACTTGCACATT-A-TGTTTC---ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-T-A-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TTCATAATTAT---A-GAA-TTA-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CA-TT-A-ATG-CTGC---AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATT-CCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AAC-TCTCGTC---CA-A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAT--------TG--TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----ATA-CA--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---C----AAAT-AGA-T-C-T---------GATATA--CAT---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---ATGAA--------A--AAAA--T------GT------AGGTCAGGTCTGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAT-GTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAGCgcca
gi|30 : ACTCAG--------TA-C-TCGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AAT-T-C-TT--------AGTGTA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCAC---------TATT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A----CG--T-------T------AGGTCTAGTACGTTTT-GGA----A---ACTG----------T--CAT-GAC-GTCAT-----G--AT-GACC-T-AATTC
gi|31 : gTC-----A-A-A--GCA-G---TTG-----------------------------------------------------T-CG--------------------T-CAT-ATA--T-CAAACTGAA--------TA-C-TTCAAAT-A-TAATGT-T-----C---T----CTAT-GGA-T-C-A---------GATATA--CCC---T-A-T-T-ATC-TCACATT------TCT--A-----------GCCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGCCCTTGTCacatacct
gi|32 : A-T-CTTATTATCATT--A-GAA-TTA-GT-CTA-TA----CC-CGT------CA-AATCC--C--A-TT-------TA-TT-A-ATGACTG----AA--GGAT--A--T--T--------------------CAA-T---------------A--T-----TA-A---A-AAA--GT-CTACGAT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--GT-GTAA-AC-ACTCA--GT-GATGCA-CAaatattgaaaattg
gi|33 : CACTTC-C-CGTTTT---GCTAATACAGCAATG----AAAT-----T-A-ATTTACAAGTTTA---ATTTTACAA-T-TTTAAGATCAT---A-AAA-TCA-AT-CCA-TA----TA-TGTTA----CA-AA--A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGAC
gi|34 : A-TA-A-CTAACCG----AG--GATT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-TGATCGT-CTGCATT-CCCACATCG-A------TAC----AC--AT-ATA-----TAACATATC-GCTGCG-CAGACA
gi|35 : ----A-----------A----ACC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAT--------TA-A-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---G--CCC---T-G-G-C-GTC-TCACCT
gi|36 : taat-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCATCTT------TT-T-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-AGA----A---acattgtcaataa
gi|37 : ACCTGCACTTT-G-TGTTTT---GCAAATACCACAATA----AAGTCG-A-T-C-ACTGA------a
gi|38 : tcAACA--A----TT-------GA-TA-A-ATGACTA----AA--GAGC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------ATTT-----AA-A---T-CAATTGT-CTggggaatctattttt
gi|39 : ACCTGCACTTC-A-TATTTT---GCTAATGCACCAATA----AAGTCG-A-C-A-ACTGA------T
gi|4 : tcacCTGCACTTT-GGTGTTTTTGTGCT--TAAAACAAAA----AAGTTG-G-T-T-ACTGA------TA---ATT---CAAGT-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CATAAGCA--AGAA-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-----------------A--T-----AA-AGTCC-CAATCAT-C------------A--G-A------TA-----AC--G----AA-TC-AAACATG-C-GTTACAACAAACAAGTTTAAT-TCTCGTCATAC--ATG----G-TCAT-GTG-------T--------TCTTGGAC--------TT--TG--------TAT------TTT-----A-A-A--ACA-G---TTG---------GATA---------------------A-----------A----ATG-TG--------------------T-GG--ACA--T-CAAAACAAA--------TATC-TTGAA-T-A-T--T-T-------C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AGTA-A--TCC---TCA-T-T-ATT-TTATCGT------TTTTGT-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAAA--A------AT------AGACCCAGTCCATTTC-GAA----A---A--C----------TGCTAT-GAT-GTCAT-----G--GG-GAGC-T-AATTTG
gi|5 : ctTTTT---GCTTA-ACAACAAAA----AAGTTG-G-T-GTACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CA-AAGCAAGA--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AAG-GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-T---------------A--------AA-G---TCCAATCAT-C----------AGAT-----------------AC--GT----A-AC-AAACAT-GC-GTTACA-CAAACAAGTT-AAT-TCTCGTT---C--A--------T-AC-ATG-------TCATTGTGTTCTT-GAC--------TT--TG--------TAT-----CTTT-----A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----AT--TG--------------------T-GATGGCA--T-CAAACTAAA--------AT-C-TTG--AT-A----T-T-T-----C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AG-ATAATCCT---C-A-T-T-ATT-TTATCGT------TTTG-T-----------GTCAGCCAAA--AA--------A--AAAA--A------CT------AGACCCAAGCCATTCC-GAA----ACT-G-CC----------T--TAT-GAT-GTCAT-----G--GGAGAGC-T-AATTTGagttgtata
gi|6 : tTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ATTGA------TA---ATT---TAA-T-GTTATAATAAT---A-ATA-T-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----TA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--TAATTATGCCA-T-C---------CAA-T---------------A--T-----AA-T---T-CGATCGT-CTTCATT-TCGGGATCG-A------TACGTATAC--GT-ATAA-AC-ATACAagttgtataa
gi|6 : atAGTT---TTCTTGGCC--------TG--TG--------TATTCAA-ATT------A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----ATC-AG--------------------T-CA--TCA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TTGAAATAA-T--T-T-T-----C---A----GAATAAGG-T-C-T---------AATATA--CCC---T-A-C-T-ATT-TCACC--------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AA-A--T------GT------AGGTTTACTCCATTTT-GGA----AATTG-TCATGACGATTGT--CAT-GAC-GTCAC-----A--GT-GACA-T-AATgttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : attacaacaataaagtggataattgataatttaatgttataataataatataatcaatatatgttgtaaaacaaatttataaatgactgaagaacataattatgccatccaatataattcgatcgtcttcatttcgggatcgatacgtatacgtataaacatac-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTGTAATCAT---A-AAAATTA-AT-CGG-TA----TA-AGTTAATTACA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTATTAAAA--GAAC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCAT-CTGCATT-CTGAGCTCG-A------TAC----AA--AG-GTAA-AC-AAACATGTC-AAT--A-CATACA------------------------------------------------GTT---TTCGTGGAC--------TG--TG----------T-----ATTC-----A-T-A--CCA-G---CT----------GATA---------------TT----A------------------------------------------T-CA--AT---C-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-CTT--T-T-T-----C---C----AAAT-CGA-T-T-T---------TGTATA--CCC---T-A-G-C-CTC-TCACC-T------TCTC-C-----------TTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------ACGCCTTGT-CGTTTC-GGA----A---ACTG----------T--CAC-GAC-ATCAC-----A--GT-AACC-T-AATTCATAGCcat
gi|8 : TACAAGAATATTGAAAATTGCA-A-A-ATTAA------TG---ACA---AAA-TATTTATGAT----------A-TTT-TT-CAAGTA----AAATGTTA----CA-AAATA--A--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--T--T--TGTCG-T-T---------CAT-T---------------A--T-----AA-A---C-CAATCGT-CTGCATT-CCGAGATCG-A------TA------------------------ATGTC-GATGTG-CATAC-AGTT------TTCTTG---C--A------G-T-tgttt
gi|8 : tTT------TTTT-G-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAC---T------GT------AG--CCAATCCGTT-C-GGA----AACTG-TT----------T--CAT-AAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTGGCtagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|9 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaatgttacaaaataaatttttaaatgactgaagaacatttgtcgttcattataaaccaatcgtctgcattccgagatcgataatgtcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttctttttttt-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-CG-----A-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TT-A-ATGACTG----AA---AATA-A--A--T--AGTCATT-T---------CAG-T---------------T--TG----AA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAAT------------C----AT--GT-GTAATGT-CAACATAAC-TGTTTA--AAACAA---------------------A------G-T----------------------TTTTTATAC--------T----G--------TAT-----ATTC-----A-ATT--GCA-G---CTT---------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACAT-T-TAAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-ATC-C-ATCGTCACA-T------ATTT-C-----------TTCTG--------A--------A--ATCA--C------GA------TGGACTGGTCCG-ATC-GGATAGCA---G-T-----------T--CAG-AAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGtttacaggtaa
blockSeqs : CG TGT TTGA G C G . T CAAGTT CAT TTA G A C TAA C AGT C A A CTAC A ATTA T AG GA A ATAGCAA . T T ATTAA AT GC AA AA TA T T G TAGGCCTAA CCAAAAAAAAAAAAAAAA G GTCC T A . C G CTGGCC GTAT CTGGT T A GCC AC GTAAAGTCTCTTCCGCGTTTGGCATCGTGTGGTT C AAATCAGA AAT CATGCAGATATA TGTGC T T TT T GTC AAATAATTAGATAGCATCCGAGCATAGCATTGATATAACA . TG AT A CGCAACTG T . ATAA A G TTTTG ACGCT AGGCTCCCACGTGAACAGTAG CCCCCT C TCA G TTGCACCT G TTTGTAAACTT CAAA GGAAAAAA GC AT GTACATGAAGGT A . TAGC ATTGTCATGACGATTGT A . ATAAAG A A A
blockSeqs : GG . . C . . . . . . . . . C T . ATT . . G . . . . . . . . . . . GC T A . . . C . G . TATGTATT . TC . A . C . . . CGTA . . GC C GTTGACATTCTTCAACGTGTGTGCGTTAAA C ACATG A TACTTGTCA . . . . . A AGATAATTACATTGTATATTTATAGTCCG . T T . TACCGG . . ATC G . T TCGA AAGATCTGGTAT ATCCT . CAC . TTAA . . ATG . . . CAAAAAGTAGGT A . . ACTGTTT . . GAA . . .
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . C . . TC . . . . . . . . . . . . . . G G . . . . T . . . TATTT . T . A . C . . . AAT . . TT C CCCTCTTCCATGTATGTGTTGTGTATAGTT G . A TATTCAAA . . . . . . AGTTACAACGCATTTACATAATCAT . . . . CACTAG . . ATC . . T GA ATATTGTAGTAT CCT . TCC . TT . . AA . . . GTGGAC G . . CTGCCT . . GCA . . .
blockSeqs : T . . G . . . . . . . . . C . . AT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . CCAA . T . C . T . . . TAT . . TT C GTTTAATTCTCGTCATACATGGTCATGTGT C . G TATCGCA . . . . . . ACGTCCCATTGATATCATCTG . . . . . . . ATC . . . A AATTCTTAGTGT CTC . TC . TT . . A . . . GTAGAC A . . ACAGT . . AAA . . .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . C . . AT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . TTTG . T . A . C . . . AAT . . GG C GTTAATTCTCGTTCATACATGTCATTGTG G . A AATTAA . . . . . . CAATATATCTTGAGTTTA . . . . . . . ACC . . . A AAGGTCTAATAT CTC . CC . TC . . A . . . TGCGGT A . . GCAGT . . GAA . . .
blockSeqs : A . . T . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . TAC . G . G . C . . . CAT . . GC C GTTAAACCTCGTCCACGCATGTGTAGTT G . G TGTA . . . . . . GATAAAATAAATCCG . . . . . . . ATC . . . A AAATCTTGTAT CAC . TC . TT . . C . . . GTGGGT A . . GTTGA . . AA . . .
blockSeqs : C . . T . . . . . . . . . T . . CA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . TTT . T . C . C . . . TGT . . GC C GTTGACCCTTTTCCATGTTTGTGTAGTT G . G CATA . . . . . . AGGTAGTAAAATACA . . . . . . . ATC . . . T AGATGTAGTAT CCT . CC . TC . . A . . . ATACGC A . . GCTGC . . G . . .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . CGA . T . G . G . . . TGT . . GT C AATAACTCTCGTCCAAGTATGTGTAGTT A . G TATG . . . . . . AAAAAAATAATCTG . . . . . . . ATC . . . A AGATCTAGTGT TCC . CC . TT . . A . . . GTAGGT A . . GCTTC . . G . . .
blockSeqs : A . . C . . . . . . . . . T . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . TGT . T . G . T . . . TGT . . GC T GTTAACACACTTCCGTGTGTGT C . G TACA . . . . . . AGACAAAATCTCA . . . . . . . AAT . . . G AGATCTGATAT CCC . CA . TT . . G . . . GTAGCC A . . GCTGC . . G . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . C . . TC . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . TAT . G . G . C . . . CAT . . GC C CCTCTTACATGTGTGTAGTT A . A TGTA . . . . . . AGATTTGATTTT . . . . . . . CTT . . . A GGATCAGATAT CCC . CA . TT . . A . . . GTAGGC A . . GCTGT . . T . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . TCT . T . A . C . . . TTA . . GA T ACCCTCTTTGTTCAGTT C . G TATA . . . . . . GGATAAAATGTG . . . . . . . GT . . . A CGATTTTGTAT CCC . CC . TT . . A . . . ATAGAC A . . GCTGT . . G . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . A . . TT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . TAT . T . G . C . . . CAT . . GT C GTTTTCTTATACTGTA C . G TATC . . . . . . TGATATAATCAG . . . . . . . AT . . . A ATCTAGTAT GTC . AT . TT . . A . . . CTAGAC G . . GCTGT . . G . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A . . TC . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . TAT . A . A . T . . . TGT . . GC C GCTAACCCTCTTCTT C . G TATA . . . . . . GATATAATCAG . . . . . . . AT . . . A AGATCTAAA GTC . CA . TT . . A . . . GTAGGT A . . GCTGC . . G . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . TAT . T . G . C . . . CAT . . GT C ACAGT C . G TTA . . . . . . GATATAAGCAG . . . . . . . AT . . . A AATTTAGTA CAT . CC . TT . . A . . . GTACGC T . . ACTGT . . A . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . TAT . T . A . C . . . CGT . . AT C TAGTT C . G TAT . . . . . . GATATAATCAG . . . . . . . AC . . . A AATTTAGAT CCT . CT . GT . . A . . . GATGGA A . . ACTGC . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . TAT . T . A . C . . . CGT . . GT C GTT C . T AAA . . . . . . GATATAATCAG . . . . . . . GT . . . A ATCTAGTAT CCC . TC . GT . . A . . . CTATG A . . ACTGT . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . TAT . T . A . C . . . AAG . . TC C AGT C . T CGT . . . . . . GATAAAATCTG . . . . . . . AT . . . A AGTAGAA CCC . TT . TT . . A . . . CTTGC A . . ATGC . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . AC . C . A . C . . . TGT . . GC . T T . G TAT . . . . . . GATAAAATCAG . . . . . . . TT . . . C AAAAGAG CCC . GC . T . . . . . . CTTGT A . . ACTA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . TT . T . A . . . . . TT . . TC . . . G CG . . . . . . GATAAAATTG . . . . . . . AT . . . A AAATCT TCC . CC . T . . . . . . TAGGT T . . GTCT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . AT . . . . . . . . . CG . . TC . . . . TA . . . . . . AATATATG . . . . . . . AT . . . T AGCAGA CCC . TT . T . . . . . . TAGG A . . ACT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . CG . . AC . . . . TA . . . . . . GATATTA . . . . . . . AT . . . A AGTAG CCC . TT . T . . . . . . AGGT G . . GTT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . GTCG . . . . . . . AT . . . A AGTAG C . CT . T . . . . . . TAAG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A AGTAG . . GC . T . . . . . . GTAG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A AAATT . . T . T . . . . . . GTA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C AGTAG . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TT* G**** TAT*********************** G** *** A******* CCC***** A***** GTAGGC************ GCTGC***************
originalCons : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTC-GGA----A---G-TC----------T--CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
finalCons : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAATT-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAATAT-----------------------AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----CA-------AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATACCC-----T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGCA-----AA--------A--AACA--TGTAGGC------------CTAGTCCGTTTC-GGA----AGCTGC---------------CAT-GAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111111 111111111111111111111111 111111111111111111 111111111111111 11111111
lowQualScore : 777 555 4444 4 2 2 1 1 555555 333 333 2 2 1 555 2 666 1 1 3 3333 1 3333 1 0 22 22 1 5555555 1 1 1 77777 55 44 22 22 22 1 1 3 777777777 99999999999999999999999999 1 33333 1 3 1 1 1 444444 3333 444444 1 1 222 22 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 11111111 444 44444444444444444 44444 1 1 22 1 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 33 1 33333333 1 1 222222 2 1 66666 55555555 888888888888888888888888 44444444 1 55555 1 5 666666 1 77777777777 999999 55555555 22 22 22 333333333333333333 2 1 1 444444444444444 22 1 55555555 2 2 2
lowQualScore : ... ... .... . . . . . ...... ... ... . . . ... . ... . . . .... . .... . . .. .. . ....... . . . ..... .. .. .. .. .. . . . ......... .......................... . ..... . . . . . ...... .... ...... . . ... .. . ..................................................... . ........ ... ................. ..... . . .. . ... .............................................................................. . .. .. . ........ . . ...... . . ..... ........ ........................ ........ . ..... . . ...... . ........... ...... ........ .. .. .. .................. . . . ............... .. . ........ . . .
lowQualScore : 888 888 7777 1 0 0 9 9 555555 777 777 0 0 1 555 0 000 8 8 6 9999 8 9999 7 3 33 33 7 4444444 6 6 6 99999 99 11 44 44 44 5 7 5 000000000 88888888888888888888888888 7 88888 7 3 8 5 7 888888 5555 999999 6 5 666 44 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111111 000 99999999999999999 33333 7 7 44 7 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 77 77 5 44444444 4 4 000000 9 4 44444 55555555 444444444444444444444444 00000000 4 99999 4 3 333333 5 00000000000 888888 66666666 11 00 11 222222222222222222 8 5 7 666666666666666 55 8 88888888 2 4 4
consensus : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTCGGA-AG-CTG------------C--C--ATGAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
Reference ( family-1102 ) : ACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCTAATACAACAATA----AAGTCG-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATCAT---A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCGTT-CCGAGATCG-A------TAC----AC--GT-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GATA---------------TA----A-----------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTCGGA-AG-CTG------------C--C--ATGAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTAGC
gi|1 : ACTTGCACATT-A-TGTTC----ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-TTA-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TCAATAATTAT---A-GAA-T-A-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CAATT-A-ATCGC------AA--GAAT--A--A--T--TTTCA-T-T---------CAAAT---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATTTCCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AACTCTTCGTC---CCAA------GTT-AT-GTG-------TAG-T---TTCTT-GAT--------T---TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-GT--TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----A-A-CA--------------------TATA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-CTTTGAAAT-A-T--T-T-C-----C--------AAAT-AGA-TGC-T---------A-TATA---CA---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---AT-GA--------A--AAAA--T-------T------A-GTCAGGTCTGTTTCGGG-AA-GTC------------T--C--ATGATGGTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAG
gi|10 : taaatttggaaaaaaaaaaatctttccaaaactaataatatgactc-AT-CAA-TA----TA-TCTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-TTGACGG----AA--GGAT--A--T--T--TCTCA-T-T---------CAA-T---------------A--TGTATTAC-A---T-CAACCGC-CCGTATT-CCAAGATCG-A------TAA----AA--AT-GCAA-AG-AAACATGGC-GATACA-CAAACAAGTT-AAA-CCTCGTC---C--AC-----G-C-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTATATACATG---TA--TG--------TGT-----ATTT-----GTA-A--ACA-G---TT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-CA--------------------TCCAAAT-G-T--T-T-T-----TG--A----AAATAAGA-T-C-T---------GGTATA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCACC-T------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AGCA--T------GTACATGAAGGTTTAGTCCGCTTCAGA-AA-CAG------------T--C--ATTAC-GTCAC-----
gi|11 : TACTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ACT-A------TA----TT-----A-T-CTGGAAA-------A-AAA-TCA-A---AG-TA----TA-T------------AACA--A--AATT-------TA-TG-A-TTGA-------AA--GTATGCA--T--A--TGCCA-T-T---------CAA-T---------------A--C-----AA-A---T-CAATCGT-CTACATT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--AT-ATAA-AC-AAACATGGCCGATG-------CAAA-----------------C--A------G-T----------------------TTCTTAGAC--------TA--T---------T-T-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------G------C-AG--------------------T-CA--ACG--T-CAAACTAGA--------TT-C-TTTGAAT-A-T--T-T-TT----C---A----AAAT-AAA-T-C-T---------TGTATA--CTC---T-A-C-C-ATT-TCACCTT------TTTG-T-----------ATAGGC-------------------------T-------T------AGG-CTAGTCCGTTTAGGA-AA-CT----------------T--ATGAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-GATTTGaaaat
gi|12 : -A-T-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-TA----CA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TA-A-TTGACTG----AAATAAAT--A---------GTCA-T-T---------CAG-T---------------T--T-----GA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAATC--A------TGT----GA--AT-GTCA-AC-ATACATGTT-AAAACA------AAGTT------TTCTT--------------A-T-AC--TG-------TA-------------------------------------TAT-------TC-----A-A-T--GCA-G---CT----------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACA--T-TTAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-A-T-C-ATC-TCACA-T------ATTT-C-----------TTCTGC-------A--------A--ATCA--C------GT------GGACCTGGTCCGTATCGGA-AG-CAG------------T--C--AGAAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGCaa
gi|13 : AATA----AAATCG-A-T-C-TCTGA------TA---ATT-------T-TTTTTA-TCAT---G-AAA-ATACAT-TAAATA----TA-TGTTA----C-----CA--A--A-AT-------TA-T-----TGACT------------------------------T-T---------CAA-C---------------G--A-----AAGA---G-CAATCGT-CTGTCTT-CCGAGATTGGA------T-C----AC--GTAGTA---C-AAA---------TTCA-CAGAC----------CCTCTTA---C--A--------T-GT-GTG-------TAGTT---TG-TTGGAC--------TG--T----------AA-----ATTC-----A-G-T--GCA-G---ATA---------AAAA---------------AA----T-----------A----ATC-TG--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAG--------TC-C-TTTAACT-A-TC-T-C-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CTC-----A-T-CAATC-TCACC-T------TCGT-C-----------GTCCG-----------------G--AATA--T------CT------ATG---ATTCCGTTTCGGA-GG-TTG------------A--C--ATGAC-GTCAC-----GAAGT-GACA-T-AATTCGtgtataggt
gi|14 : aaCTTGAACTTC-G-TGTTTT---GCTTAAACATCAATA----AAATTG-A-T-G-ACAAG------AA---ATT---CAT-T-TTTATAGTCAT---A-AAA-TTA-ATAGAA-TACTACTA-GGTTG----CA-AAACA--A--A-TTATAGCAATA-TA-A-AT
gi|14 : AAATCG-G------TAC----AT---T-GTAA-AC-AA-CATGTT-GATGC-----ACA----------------------------------------------TAGTT---T----GAAC--------CA--TG--------AATTA---ATTC-----A-A-A--GCA-G---TT----------GATA---------------TA----A-----------------TC-AG--------------------C-AA--ACA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TAGATAT-A-T--T-T-TT----C---A----TGTT-AGA-T-G-T---------AGTATA--CAC---T-A-C-C-ATC-TCACCTT------TT---C-----------GTCAGC---A--AAGGAAAAAAA--AACC--TCAAAAAGT------AGGTCTAGTCCGTTCCGAA-Acggtacattgtaaacaacatgttgatgcacatagtttgaaccatgaattaattcaaagcagttgatataatcagcaaacattaaactaaatactagatatatttttcatgttagatgtagtatacactaccatctcaccttttcgtcagcaaaggaaaaaaaaacctcaaaaagtaggtctagtccgttccgaaaatg
gi|15 : cttgaacttcgtgttttgcttaaacatcaataaaattgatgacaagaaattcatttttatagtcataaaattaatagaatactactaggttgcaaaacaaattatagcaatatTT---GTTAACATAACAATA----AAATGC-A-T-A-ACTGA------TACATATT---TCA-T-TTTATAATCAT---A-AAAAGTA-AT-CAA-TA----AA-TGTTG----CA-AAACA--A--A-CT-------T--TA-A-A-----A----AA--AAAT--AAAT--T--AATCA-T-T---------CAA-T---------------G--T-----AA-A---T-CAACCAT-CTGCATT-CCAAGATCA-A------TAC----AC--AT-TTCA-AC-AAACAAGGG-AATGCA-CAGACAAGTT-AAC-CCTCTTC---C--AC-----A-T-AT-GTA-------TAatg
gi|15 : A--ACA--T-CAAACTAAA--------CA-C-GGGGAAT-A-T--T-T-T-----C---T----AT-T-AGA-T-C-T---------AGTGTA--CCT---T-A-C-C-ATC-TCACCTC------TTTT-C-----------ATTACCA--A--AA--------A--AACA--T------GT------AGACCTAGTCCACTTTGGA-acatcaaactaaacacggggaatattttctattagatctagtgtaccttaccatctcacctcttttcattaccaaaaaaacatgtagacctagtccactttgga
gi|16 : ttgttaacataacaataaaatgcataactgatacatatttcattttataatcataaaaagtaatcaataaatgttgcaaaacaaactttaaaaaaaaataaattaatcattcaatgtaaatcaaccatctgcattccaagatcaatacacatttcaacaaacaagggaatgcacagacaagttaaccctcttccacatatgtat-AAACA--A--A-TT-------TA-CA-A-ATGAT-------A--GAAT--T--T--T--TGACA-T-TTAGGCCTAACAA-----------------A--C-----AA-A---T-TA-TCGC-CTGCGTT-CCGAGGTCG-C------GAC----ACTGGT-GTAA-ACAAAACATGGC-GA
gi|16 : tatacT---TTGTTGGAC--------TG--TG--------CAT-----A----------G-A--GCA-GGTCCTA---------GACA---------------------A-----------A----ATCTCA--------------------T-TG--ATA--T-AGGCCTATA--------CA-T-GTGAAGT----------T-----C---ACGCTAAAT-AGGCT-C-CCACGTGAACAGTAGA--TCC---A-A-CAC-A-C-TCACCTTGCACCTTTTT-C-----------GTCAGC---C--AA--------G--A---------------------GGTTT--TCCGTTTTGAA-AG-CTG------------C--C--ATGAT-GTCAC-----GCAGT-GACaacagtttgttggactgtgcatagagcaggtcctagacaaaatctcattgatataggcctatacatgtgaagttcacgctaaataggctcccacgtgaacagtagatccaacacactcaccttgcacctttttcgtcagccaagaggttttccgttttgaaagctgccatgatgtcacgcagtgac
gi|17 : tatacaaacaaatttacaaatgatagaatttttgacatttaggcctaacaaacaaattatcgcctgcgttccgaggtcgcgacactggtgtaaacaaaacatggcgaaacagACTTACACTTC-T-TGTTTT---GCTAATGGGATAATA----AAGTCG-A-T-A-AATAA------TA---ATT---CAC-T-TTTAAAATCGT---ACAAA-CAA-AT-CAA-TA----TT-TGTTG----CA-AAGTA--A--A-CT-------CA-TT-A-ATTACTG----GAT-GAA-------------GTCA-T-T---------GAA-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCGT-CTGCCTT-CCGAGAT------------------------------C-AGACATTGC-GATGCA-CAGACGA-------------------------------------------------T---TTCTTGGAC--------TG--TG--------TAT-----G--C-----C-A-A--GCT-G---TCA---------GATT---------------T-----------------G----ATT-TT--------------------T-T--------T-CAGATTAGA--------T--C-TAGA-------------------C---A----ATAT-ATA-T-TGT---------AGTATA--CCC---T-A-C-A-ATC-TCACTT
gi|18 : gacacgtccc-CAATCGT-CGGCGTT-CCAAGATGG-G------CAT----GT--GT-ACAA-AT-AAACATGGT-GATGCA-CCAACAAGTT-GAC-ATTCTTC---A--AC-----G-T-GT-GTG-------C-GTTAAAATGTTGAACAAATCAGATAATTA--------TATCGC--ATTT-----A-T-A--TAA-T---TTC---------AATA---------------TATCTTG-----------A----GTT-TA--------------------T-CA--ACT--T-CAAACTAAATACCGG--TA-C-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---G----AAAT-----------------------------------------ATC-TCACATT------ATTT-T-----------GTCAG-------GA--------A--AACAATT------GT------A-----AATTCGTTTCGGA-AG-CTT------------C--C--ATGAC-GTCACAA---A--GT-GACC-T-AA
gi|19 : agATA----AAATTT-AGT-A-ACTGA------CA---ATC---TTT-T-TTTAACATCAT---A-AAA-------------------A--GTTA----CA-AAG-A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGCCTG----AA-----T--A--T--T--TGACG-T-T---------GAA-----------------------------------CGACTAG-CTGTGTT-CTAATATTG-ACTGGCCTGC----AT--GT-GTAC-AC-A------GC-GATGCA---GGCAAGTT-AAC-ACACTTC---C---------G-T-GT-GTG-------T-------TTGTTGGAC--------TG--TG--------TAC-----ATTCTGTGCA-A-A---TA-A---TTACGTCCCATTGATA---------------TC----A-----------------TC-TG--------------------T-CA--ACA--T-CGAACTAAA--------TA-C-TGGATAC-A-TC-T-T-T-----C---A----GAGT-GG
gi|2 : -TTA-AT-AAA-GG----TA-TGTTA----CA-AA-CA--A--G-TT-------TA-TA-A-AAGACTT----AA--GGAT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-CCAAAAAAAAAAAAAAA--A-----AA-A---G-CAATCGTTCTGCGTT-GCAAGATCG-A------TTC----AT--GT-GTGA-TT-AAACAAGGC-CATGCA-CAGAAAAGTT-GAC-CCTTTTC---C--AT-----G-T-TT-GTG-------TAGTT---TTGTTGAAC--------TG--TG----------C-----GTTC-----T-G-A--GCA-G---tagac
gi|2 : G--------------------T-CA--ACA--T-CAAACCGAACACTAG--TA-C-TTGAAAT-A-CC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---A--CCC---T-T-C-A-ACC-TCACC-T------TTTC-C-----------GTCAGT---A--AA--------AGCAATA--T------TG------CGGTTT------TTTCAGA-AG-CTG------------C--C--ATGAC-ATAAC-----GAAGT-GTCC-T-AGTTCGTAGCgccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactggtcaacatcaaaccgaacactagtacttgaaatacctttcaaaatagtagacccttcaacctcaccttttccgtcagtaaaagcaatattgcggttttttcagaagctgccatgacataacgaagtgtcctagttcgtagctacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|20 : ttaataaaggtatgttacaaacaagtttataaaagacttaaggatatttgacattcaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaatcgttctgcgttgcaagatcgattcatgtgtgattaaacaaggccatgcacagaaaagttgacccttttccatgtttgtgtagttttgttgaactgtgcgttctgagcaggccccgggatcagataatcttattacatcgatatatattagtaactgT-GTG-------TAGTT---TTATTGA----------TA--TG--------TACTTGTCATTC-----A-G-A--ACATG---GTA---------GATAATTACATTGTATATTTA----T-----------A----GTC-CG--------------------T-GA--ACA--T-CAAGCTAGA--------TA---------T-A-C--T-T-T-----CTCGA----AAA--------------------AGTAGA--CCC---T-A-C-C-ATC-TTACCTTAA----TCTT-T--------------AGC---A--AA--------A--CA-A--T-------T------AAG--TATTCTGTTTTGGA-AG-CTG------------T--C--ATGAC-GTTATATAAAG--TT-TACTAT-AATTTGTAGCtacatgtacatgattgtatgtatgggcactttctgagctgtgatagaatagaa
gi|21 : cagatgtctatttgacattACCTGCACTTC-G-TGTTTT---GCCAATACAACAATA----AAGTTG-A-T-A-ATTGA------AA---ATT---CAA-T-TTTATAATTAT---A-AAA--CA-AG-CAA-TA----TA-TGTTG----CA-TAGCA--A--A-TT-------TA-TA-T-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAG-T------------------T-----AA-A---T-CATTCGT-CTACATT-CGGAGATCA-A------TAC----AC--AT-GAAA-AC-AAACATG-----------------------C-CCTCTTC---C--AT-----G-T-AT-GTGTTGTGTATAGTT---TTCTGGGAC--------TG--Tc
gi|22 : TAA-AT-TAACATGGA-AACAAA-CAGGCAAGTA-AAG-TCTCTTC---C--GCGTTTGG-C-ATCGTG-------TGGTT---TTATTGGAC--------TG--TGCATGCAGATAT-----ATTT-----A-C-ATTGCA-C---T-----------GATA---------------------A-----------A----ATC-TG--------------------T-CA--ACA--T-AAAACTAAA--------CA-C-TTGAGGT-A-TC-T-T-T-----C---A----AA---AAA-T-C-T----------------------------------------TC------TTTT-C-----------ATCAGG---G--AA--------A--ATCA--T------------------TCATTCCGTTTCGGA-AG-CTG------------T--C--ATGAC-GTCAt
gi|23 : gtgaa-AAACATTGT-GATGCA-TAAACAAGCT-AAC-CCTCTTC---------------------------------TT---TTCTTGGAC--------TG--TG--------CGT-------TC-----A-A-A--GCA-G---TTA----------ATA---------------TA-------------------------TG--------------------T-CA--ACAATTATAAACAAAACGCAACTGTA-C-TTGATTT-G-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AGA-T-C-T---------AA-A------------A-A-T-ATC-TTA--TT------ATTT-T-----------GTGAGC---A--AA--------C--CACA--C------GT------GGGTCTAGCC-----CAGA-AA-ATG------------C--T--ATGAC-GTCATA----A--AT-GACT-T-AATaaa
gi|24 : tg-A------TAC----AT--TA-GTAA-AC-AAACATGGC-GATGTA-CAG---------AC-CCTCTT-------------------T-GTT-------CAGTT---TTC-TGAAT--------TG--CG----------T-----ATTC-----A-G-A--GCA-GA--TTA---------AATAAT-------------TA----G-----------ATAGCATC-CGAGCATAGCATTGATATAACAT-CA--ACG--T-AAAACTAAA--------AA-A-ATTACAT-A-T--CAT-T-----C---A----AAAT-AG------C---------AG-A------C---T-A-C-A-TTC-TCACCTT------TCTT-T-----------GTCatt
gi|25 : attaaATACAACAATA----AAATCG-A-T-A-ACTGA------T-----TT---CAC-T-CT------------A-AAA-TTA-AT-CAA-TA----TA-CCTC--------AAACA--T----TT-------TA-TA----TGACTA----AA--TGAT--A--T--T--TACAA-T-T---------CAA-CC--------------A--A-----AA-A------AATCGT-CTGCGAT-CCAAGTTCA-A------TAC----AC--G-----------AATATGGT-GATGCA-TGGACAAGTT-AAA-CCTCTTC---------------T-AC-GTG-------cactccgaaaaa
gi|26 : gttcttacCA-G---TT----------GATA---------------AA----ATA---------A----ATC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAATCAAAA--------TA-C-GTGAAAC-T-T--T-T-TTTTTGC---A----AAA--------------------AAT-TA--CCCCCTT-G-C-C-ATT-TCACCTT------TTTT-CTTTGTAAACTTGTAAAC---A--AA--------A--A-CA--T------AT------ACGCCTAGTCCGTTTTAGA-AA-CTA------------C--C--TAGAT-GTCAA-----G--TT-GA---TAAATTCACAGCcgaattt
gi|27 : t--------TA-C-CTGAACT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AGAA-A--GTC---T-A-T---ATT-TTACCTT------TTC--C-----------ATCATC---T--AA--------A----CA--T------CT-------TGCCT--TCAATTTTAGA-AG-CTG------------T--C--ATGGC-GTtgt
gi|28 : ctg--TG--------TGT-----ATTC-----A-G-A--TCA-G---ATA---------GTTA---------------CA----ACGCATTTACATA----ATC-AT--------------------T-CA--ATA--T-CAAATTAAA--------TA-C-CTGAACT-A-T--C-TGT-----C---A----AAAT-AAA---------------AG-AGA--GTC---T-A---T-ATT-TTA-CTT------TTTC-C-----------ACCATC-------A--------A--AACA--T------CT-------TGTCT--TCGGTTTTAGA-AG-CTG------------C--C--ATGGC-GTaaagagcttagaagttagccatagatgtggagaaaaacgatttactgcatatttctgacctgtagtagtatgga
gi|29 : TGCACTTCCG-TGTTTT---GCCAATACAACAATG----AAGTCG-A-T-A-GAGAA------TA---ATT---TAA-T-TCTATCATCATTAAA-AAA-TCA-AT-CAA-AA----TA-TGAAG----CA-AAACA--A--A-TC-------TA-TATATATAATCT----AG--GAAT--A--T--T--TGCTA-T-T---------CAT-T---------------C--T-----AA-A---aaaaagc
gi|3 : cgACTTGCACATT-A-TGTTTC---ACTAATACAGCATGA----AAGTTG-A-T-A-GCTGA------AA---ATT---CTA-T-TTCATAATTAT---A-GAA-TTA-AT-CAA-TA----TG-TGCTG----CA-AAACA--A--A-TT-------CA-TT-A-ATG-CTGC---AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-AAATTGT-CTGCATT-CCAAGATTG-A------TAC----AC--AT-GTAA-AC-AAACATGAT-GATGCA-CAGACAAAAT-AAC-TCTCGTC---CA-A------G-T-AT-GTG-------TAGTT---TTCTTGGAT--------TG--TA--------TAT-----ATTC-----A-A-A--GCA-G---TTA---------GGTAG--------------TA----A-----------A----ATA-CA--------------------T-TA--ACA--T-CAAGCTAAA--------TA-C-TTGAAAT-A-T--T-T-T-----C---C----AAAT-AGA-T-C-T---------GATATA--CAT---T-A-C-T-GTC-TTAACTT------TTTT-C-----------ATCAGC---ATGAA--------A--AAAA--T------GT------AGGTCAGGTCTGTTTCGGA-AGTCT----------------C--ATGAT-GTCAC-----T--GT-GACC-T-AATTAATAGCgcca
gi|30 : ACTCAG--------TA-C-TCGAAAT-A-T--T-T-T-----C---A----AAAT-AAT-T-C-TT--------AGTGTA--CCT---T-A-T-C-ATC-TCAC---------TATT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A----CG--T-------T------AGGTCTAGTACGTTTTGGA-AA-CTG------------T--C--ATGAC-GTCAT-----G--AT-GACC-T-AATTC
gi|31 : gTC-----A-A-A--GCA-G---TTG-----------------------------------------------------T-CG--------------------T-CAT-ATA--T-CAAACTGAA--------TA-C-TTCAAAT-A-TAATGT-T-----C---T----CTAT-GGA-T-C-A---------GATATA--CCC---T-A-T-T-ATC-TCACATT------TCT--A-----------GCCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGCCCTTGTCAATATTGAA-AA-TTG------------acatacct
gi|32 : A-T-CTTATTATCATT--A-GAA-TTA-GT-CTA-TA----CC-CGT------CA-AATCC--C--A-TT-------TA-TT-A-ATGACTG----AA--GGAT--A--T--T--------------------CAA-T---------------A--T-----TA-A---A-AAA--GT-CTACGAT-CCGAGATCG-A------TAC----AT--GT-GTAA-AC-ACTCA--GT-GATGCA-CA
gi|33 : CACTTC-C-CGTTTT---GCTAATACAGCAATG----AAAT-----T-A-ATTTACAAGTTTA---ATTTTACAA-T-TTTAAGATCAT---A-AAA-TCA-AT-CCA-TA----TA-TGTTA----CA-AA--A--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGAC
gi|34 : A-TA-A-CTAACCG----AG--GATT--A--T--T--TGACA-T-T---------CAA-T---------------A--T-----AA-A---T-TGATCGT-CTGCATT-CCCACATCG-A------TAC----AC--AT-ATA-----TAACATATC-GCTGCG-CAGACA
gi|35 : ----A-----------A----ACC-CG--------------------T-CA--ACA--T-CAAACTAAT--------TA-A-TTGAAAT-A-TC-T-T-T-----C---A----AAAT-AG------T---------AG---G--CCC---T-G-G-C-GTC-TCACCT
gi|36 : taat-C-T---------AGTATA--CCC---T-A-C-C-ATC-TCATCTT------TT-T-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------AGGCCTAGTCCGTTTCAGA-Aacattgtcaataa
gi|37 : ACCTGCACTTT-G-TGTTTT---GCAAATACCACAATA----AAGTCG-A-T-C-ACTGA------a
gi|38 : tcAACA--A----TT-------GA-TA-A-ATGACTA----AA--GAGC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------ATTT-----AA-A---T-CAATTGT-CTggggaatctattttt
gi|39 : ACCTGCACTTC-A-TATTTT---GCTAATGCACCAATA----AAGTCG-A-C-A-ACTGA------T
gi|4 : tcacCTGCACTTT-GGTGTTTTTGTGCT--TAAAACAAAA----AAGTTG-G-T-T-ACTGA------TA---ATT---CAAGT-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CATAAGCA--AGAA-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AA--GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-----------------A--T-----AA-AGTCC-CAATCAT-C------------A--G-A------TA-----AC--G----AA-TC-AAACATG-C-GTTACAACAAACAAGTTTAAT-TCTCGTCATAC--ATG----G-TCAT-GTG-------T--------TCTTGGAC--------TT--TG--------TAT------TTT-----A-A-A--ACA-G---TTG---------GATA---------------------A-----------A----ATG-TG--------------------T-GG--ACA--T-CAAAACAAA--------TATC-TTGAA-T-A-T--T-T-------C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AGTA-A--TCC---TCA-T-T-ATT-TTATCGT------TTTTGT-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAAA--A------AT------AGACCCAGTCCATTTCGAA-AA-CTG------------C--T--ATGAT-GTCAT-----G--GG-GAGC-T-AATTTG
gi|5 : ctTTTT---GCTTA-ACAACAAAA----AAGTTG-G-T-GTACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTATAATAA----A-AAA-TTA-AT-AAA-GA----TA-TGTTG----CA-AAGCAAGA--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTA----AAG-GAAT--A--T--T--TGTCA-TGT---------CAA-T---------------A--------AA-G---TCCAATCAT-C----------AGAT-----------------AC--GT----A-AC-AAACAT-GC-GTTACA-CAAACAAGTT-AAT-TCTCGTT---C--A--------T-AC-ATG-------TCATTGTGTTCTT-GAC--------TT--TG--------TAT-----CTTT-----A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----AT--TG--------------------T-GATGGCA--T-CAAACTAAA--------AT-C-TTG--AT-A----T-T-T-----C---A----ATAT-A-A-T-T-T---------AG-ATAATCCT---C-A-T-T-ATT-TTATCGT------TTTG-T-----------GTCAGCCAAA--AA--------A--AAAA--A------CT------AGACCCAAGCCATTCC-GA-AA-CTG------------C--CTTATGAT-GTCAT-----G--GGAGAGC-T-AATTTGagttgtata
gi|6 : tTACAACAATA----AAGTGG-A-T-A-ATTGA------TA---ATT---TAA-T-GTTATAATAAT---A-ATA-T-A-AT-CAA-TA----TA-TGTTG----TA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--TAATTATGCCA-T-C---------CAA-T---------------A--T-----AA-T---T-CGATCGT-CTTCATT-TCGGGATCG-A------TACGTATAC--GT-ATAA-AC-ATACAagttgtataa
gi|6 : atAGTT---TTCTTGGCC--------TG--TG--------TATTCAA-ATT------A-A-A--ACA-G---TTG------------A---------------TA----A-----------A----ATC-AG--------------------T-CA--TCA--T-TAAACTAAA--------TA-C-TTGAAATAA-T--T-T-T-----C---A----GAATAAGG-T-C-T---------AATATA--CCC---T-A-C-T-ATT-TCACC--------TTTT-C-----------GTCAGC---A--AA--------A--AA-A--T------GT------AGGTTTACTCCATTTTGGA-AA-TTGTCATGACGATTGT--C--ATGAC-GTCAC-----A--GT-GACA-T-AATgttttcttggcctgtgtattcaaattaaaacagttgataaaatcagtcatcattaaactaaatacttgaaataattttcagaataaggtctaatataccctactatttcaccttttcgtcagcaaaaaaatgtaggtttactccattttggaaattgtcatgacgattgtcatgacgtcacagtgacataatcat
gi|7 : attacaacaataaagtggataattgataatttaatgttataataataatataatcaatatatgttgtaaaacaaatttataaatgactgaagaacataattatgccatccaatataattcgatcgtcttcatttcgggatcgatacgtatacgtataaacatac-A-T-A-ACTGA------TA---ATT---CAA-T-TTTGTAATCAT---A-AAAATTA-AT-CGG-TA----TA-AGTTAATTACA-AAACA--A--A-TT-------TA-TA-A-ATGACTATTAAAA--GAAC--A--T--T--TGCCA-T-T---------CAG-T---------------A--T-----AA-A---T-CAATCAT-CTGCATT-CTGAGCTCG-A------TAC----AA--AG-GTAA-AC-AAACATGTC-AAT--A-CATACA------------------------------------------------GTT---TTCGTGGAC--------TG--TG----------T-----ATTC-----A-T-A--CCA-G---CT----------GATA---------------TT----A------------------------------------------T-CA--AT---C-CAAACTAAA--------TA-C-TTGAAAT-CTT--T-T-T-----C---C----AAAT-CGA-T-T-T---------TGTATA--CCC---T-A-G-C-CTC-TCACC-T------TCTC-C-----------TTCAGC---A--AA--------A--AACA--T------GT------ACGCCTTGT-CGTTTCGGA-AA-CTG------------T--C--ACGAC-ATCAC-----A--GT-AACC-T-AATTCATAGCcat
gi|8 : TACAAGAATATTGAAAATTGCA-A-A-ATTAA------TG---ACA---AAA-TATTTATGAT----------A-TTT-TT-CAAGTA----AAATGTTA----CA-AAATA--A--A-TT-------TT-TA-A-ATGACTG----AA--GAAC--A--T--T--TGTCG-T-T---------CAT-T---------------A--T-----AA-A---C-CAATCGT-CTGCATT-CCGAGATCG-A------TA------------------------ATGTC-GATGTG-CATAC-AGTT------TTCTTG---C--A------G-T-tgttt
gi|8 : tTT------TTTT-G-----------GTCAGC---A--AA--------A--AAC---T------GT------AG--CCAATCCGTT-CGGA-AA-CTG------------TTTC--ATAAC-GTCAC-----G--GT-GACC-T-AATTCGTGGCtagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttcttttttttttttttggtcagcaaaaaactgtagccaatccgttcggaaactgtttcataacgtcacggtgacctaattcgtggctttacaggtaa
gi|9 : ttacaagaatattgaaaattgcaaaattaatgacaaaatatttatgatatttttcaagtaaaatgttacaaaataaatttttaaatgactgaagaacatttgtcgttcattataaaccaatcgtctgcattccgagatcgataatgtcgatgtgcatacagttttcttgcagttagaatataacaaataaagatctagttaccaataccatatcttgctttttttgttctttttttttttttttctttttttt-A-ATTAA------TA---ATT---CAA-G-TTTATATTCCT---A-AAA-ATA-AG-TAA-CG-----A-TGTTG----CA-AAACA--A--A-TT-------TG-TT-A-ATGACTG----AA---AATA-A--A--T--AGTCATT-T---------CAG-T---------------T--TG----AA-A---T-CAATCGA-CTATACT-CTGAAAT------------C----AT--GT-GTAATGT-CAACATAAC-TGTTTA--AAACAA---------------------A------G-T----------------------TTTTTATAC--------T----G--------TAT-----ATTC-----A-ATT--GCA-G---CTT---------GATA---------------T-----------------A----ATC-AG--------------------T-CA--ACAT-T-TAAACTAGA--------AA-C-CTGGAAT--------------------------------A-T-C-T---------AGTATA--------T-ATC-C-ATCGTCACA-T------ATTT-C-----------TTCTG--------A--------A--ATCA--C------GA------TGGACTGGTCCG-ATCGGATAG-CAGT-----------T--C--AGAAC-GCCAT-----G--AA-CACC-T-AATCCGTAGtttacaggtaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): CTGGATGAGTCATCGCCCTGTAGCCTACAACATGTTG