lowQualScore : 1 111111 9999999999999999999999999999 111 1 22222 11 111 111 111 11111111 1111 111 11 11111 111111 77777777777 22 1111111 1111 111 11111111 11111 22 11 33333333333333333333333333333333333333333 111111 1 222222222 222222 1
lowQualScore : 2 2 444 111111 44 5555555555555555555555555555 777 8 33333 1 55 000 000 5 000 888 66666666 4 4 4 3 6 8888 4 4 4 4 3 55 3 3 3 6666 3 3 3 1 1111 3 3 000 3 999999999 2 55 99 55 4 66 777 66 4 33333 444444 4 66666666666 3 2 66 888 8 4 55 4 4 4 4 3 4 4 3333333 8 5555 777 0 5 4 4 8 4 55 88 55 3 000 5 00000000 2 3 3 6 77777777 22222 3 6666 3 66 99 3 3 3 77 77 3 0 3 3 55 3 77 3 3 3 3 6 44 6 44 77777777777777777777777777777777777777777 111111 4 4 0 0 8888888 0 3 3 555555555 3 0 3 44 2 2 444444 3 1 66 4 5 0
lowQualScore : . . ... ...... .. ............................ ... . ..... . .. ... ... . ... ... ........ . . . . . .... . . . . . .. . . . .... . . . . .... . . ... . ......... . .. .. .. . .. ... .. . ..... ...... . ........... . . .. ... . . .. . . . . . . . ....... . .... ... . . . . . . .. .. .. . ... . ........ . . . . ........ ..... . .... . .. .. . . . .. .. . . . . .. . .. . . . . . .. . .. ......................................... ...... . . . . ....... . . . ......... . . . .. . . ...... . . .. . . .
lowQualScore : 4 5 444 777777 66 5555555555555555555555555555 111 6 11111 4 00 000 000 7 000 888 55555555 4 0 0 7 0 5555 0 0 0 0 6 00 6 6 6 5555 6 6 6 0 4444 6 6 000 6 777777777 8 55 55 55 4 11 888 11 4 66666 111111 0 44444444444 6 1 11 777 0 0 55 5 0 0 0 4 0 0 0000000 0 5555 000 8 7 0 0 0 0 00 44 00 6 000 7 77777777 3 3 3 7 55555555 99999 1 5555 1 44 00 1 1 1 33 55 7 5 1 1 22 1 33 1 1 1 1 2 22 2 22 88888888888888888888888888888888888888888 555555 0 0 4 6 4444444 4 0 1 555555555 3 4 3 66 2 6 888888 3 1 88 0 0 0
consensus : AACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACG---CACTGGC---C--ATTTCCTTAAGGCCT--T----CTATGCTTT-----CCCCT--TAGAGGTTTTTTGAA--TATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---G--AAAT-AAATA----AG---AGTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGG-CAA-TT----CAG-CCAAA-NAC-AGGT-AA----AAC-ACACGATTCC-NGAACAG-G-AA-AC--ATTG-CGTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CCT--------TAT--C-CACT-T-GG-GGAT----------GTGT------ATAG-TAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAAC-GTGGCATT-AAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Reference ( gi|2 ) : AACTCTTTTCCCCTTAATGTCACC-TTTTGACG---CACTGGC---C--ATTTCCTT---------T----CTATGCTTTAAATTCCCCT--AAGATATTTTTTTAA--TATGAAATAAAAACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGATTTGTAACAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTCTAG-AAATCAAA-TAAATT---G--AAAT-AAATA----AGACTAGTATAA-AACATTATTTT--GAATT-A-T--AGTGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACCA-TGG-CAA-TT----CAA-CCAAA-CAT-AGGT-AA----AAC-ACATTATTCC-AGAACAG-G-AA-AC--ATTA-CGTAA-T-CAG-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CCA--------TAT--C-CACT-T-GT-GGAT----------GTGT------ATAG-TAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCATCAAAAC-ATAACATT-AAGGGGAAATGGG-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGAT
gi|1 : AACTCTTTCCCCTTAAATG-CACC-TTTTGACG---CACTGGC---C--ATTTCCTTAAGGCCTT-T----CTATGCTTCCG---CCCCT--TAGAGGTTTTTTGAA--TATGAAATAAAG-CA---CTTATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATACAGGTTTAGAAATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TAATATCAA-TTGGATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC---A--A-A-AACAA---TACAAA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGCAAG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--AAGAAAAA-TATTGTT--TTT-----CTTCAACAAATCCAATTAAATTTTGG--AAAT-AAATA---------AGTATAA-ACAAATATTTT--AAATTAA-T--AGTGGTACT-A--AT-AAT-AA-TGAAATGTTTT-CAATTATCT---G--ATTTTATG-ATT-TTAAT-ATTCAATTAAGT--AA--TGC-AC---AGTTAAA-GTTTTGTAAACC------T-CACAACA-TGG-CAA-TT----CAA-GCAAA-AAC-ATGT-AAAAACAAC-ACA--ATTCC-AGAACAG-G-AA-AC--A-TG-CATAA-T-CAATT-T--G-TG-T-A-A-A--TG-TCC--CCT--------TAT--C-CACT-T-GG-GGATG---------GTGT------ATAA-TACAACAACCCACATTTT-GGGGTCTGATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAAGGGTGGCA--TTAAAGGAAATGAAGGG-G--TGCATCATAAC-GTGGCATT-AAGGGGAAATGGA-TAAAAAAG-GTCTTAAGGGGAAAAGA
gi|6 : ACTCTTTTCCCTTTAATGCCACC-TTTTGACA---CAATGGC---C--ATTTCCTTAAGGCCTT-T----CTATACTTT-----CCCCT--TAGAGATTTTTTGAA--TATGAAATAAAA-CA---CTGATGGATGGTTTAATGTTG---ATTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAAACTCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-CAGACATTGCC-AAA--A-A-TACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AGACCCTGT-GCAAACAGGTGTAT--G--A--CAAAA-TATTGGT--TTTAA---CTTCAG-AAAT-AAA--AAA-----G--AAAT-A-------------AGTATTA-AACA-TATTTC--AAATT-A-C--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----ATCT---G-AATTTTATG-ATT-TT-AT-ATCCAAT--AGTA-AA--TGC-ACTGTAGGTAATAGTTTTGTAAACC------T-CACAATA-TGG-CAA-TT----CAA-CCAAA-CAC-AGGT-AA----AAC-ATATGATTCC-TGGACAG-G-AA-AC--ATTG-CATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CCT--------TAT--C-CACT-T-G
gi|10 : ACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACG---CACTGGC---C--ATTTCCTTAAGGCCTT-T----CTATGCTTT-----CCCCT--TAGAGGTTTTTTGAA--TATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATAAAGTTTTAGAA-TG---ATCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTTA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--GA-A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTACAG-AAATCAAA-TAAATT---G--AAAT-AAATATTTTAA---AGTATAA-AACA-TATTTT--gtga
gi|12 : ACTCTTTTCCA--TAATG-CACC-TTTTGACG---CACTGGC---C--CTT--CTT---------TAGAACTATGCT-----TCCCTTT--ATGA-ATTTTTTTTAGTTATG--ATAGA------------GTA-GGTTTAAA-TTGACTATTTATACAGGTTTCGAA-TGGGTCTCAAACATATAACAAAATTCT--------TA-TATCAATT-TGATTT-TGATAAATT----AAA-CTTT-C-TATTATACATTGCC-AAACCACA-AACAT---AAC-AA-A--------------AAAAAAA-AA---AAC-AA-----ACAACAAACAAATAa
gi|17 : gACTCTTTTCCCCTTAATG-CACC-TTTTGACG---CATTGGC---C--ATTTCCTTAAGGCCTTTT----CTGTGCTTT-----CCCAT--CAGAGGTTTTTAATA--TATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGG-TTAAAaaaacaaaaaa
gi|18 : CCCTTATTTCCTTAATGCCACC-TTTTGATG---CACT
gi|7 : gctctgttgatcgTCCTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGATGACCCCCT------C--ATCTCCTT---------gtgcatctcaaggtggcactaaggggaaatggataaaaagactaagg
gi|4 : atcaatggatttgttataaattaaaccttcgatatacattgcctaaaaaaaaaatacaagtcacctgagtttaagaaaaatgcagattcaaacaggtatatgaaaaaatattgtttttaacttcagaaacaattaaataagtataaaacatattctaaatttatagtggcactatatatgatgtctgaaatcttatgacattttatgattttacattcatagtaaatgcacaggtaaaagtttcgaaaacctcacactatgacaattcagccaaaacacagataaaacacatgattcctgaacagagaaacattgctaatcaattaagtactattccccttgtccacttggaggatgtgtacagtacacaacccatgttttaggggtctaattaagctctgtatattgggtgcctcaaaaggtggcattTTTTCCCCTTAATACCACC-TTCTGACG---AACTGTC---T--ATTTCCT-----------------ATGCTTT-----CCCCTTAAAAAGATTTTTT----------------AACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATACGAGTTTAGAA-TG---TTCAAACATATAACAAA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGATTTGTAATACATTGCCAAAA---------A-AAAACA------AAA--A-A-AAAAA---AAC-AA-TTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---T-----------------ACAGGTATAT--G--G--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CT--------TCA---TAAATT---ATCAAAT-AAATA----AGA-----ATAA-AACGT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACA-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----TGCT---GAAATTTTATG-ATG-TT-AT-ATTCAAT---------------------GGTGAAGGTCTTGTAAACC------T-TACACTG-TGG-C---------------------T-AGGT-AA----AAC-ACATGATTCCTGGAACAG-G-AA-AC--ATTG-CGTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CC---------T-------------------T----------GTGT------ACAG-TAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTGGGCTCTG----TA-GATTGGGCGTGTT---------------------AAATG-AGGGAG--T-CGTCAAAAC-ATGGCAAT-ATGAGAAAATGGA-T-AAAAAT-GCC-TAAGAGGAAAAtaaaaaggtctaagggtaaaa
gi|3 : TTTCCCCTTAATGCCA-C-GTTTGACG---CACAGCT---C--AATTCCTT---------
gi|1 : tcgttgcccccttaatgccaccgtcttgacgcactggccatttccttaaggctttctatgctttccccttagaggtttttgaatatgaaataaaagcagcactgatgtatggtttaaagttgatttataaaggtttagaatgttcaaacatctaagaaacttatatatcaatggattttataaattaaaaccttactatatacatagccaaaaaaaatacaaagttacttgtagaaaaaatgcggtgcaaaaggtatatttgaaaaaatattgtttaacttcagaaatcaaataaattgaaataaataagtataaaacaatattttaaattatagtgtactatatattgatgttcatctgaaattttattattttatcattcatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaacctccaccattgacaattcagccaaaaacatgtaaaaacacacaattccagaacaggaaacattgcataatcaattgtgtacatgtcccctaatcacgtggggattgtatagtacacaacccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcgtcaaaaggtggcagctTTTCCCCTTAATGCCACG-TTATGATG---CACC--CCTTC--ATTTCCTT---------T----tggattagaaaggtctaaggggaaaa
gi|5 : aactctttccccttaaatgcaccttttgacgcactggccatttccttaaggcctttctatgcttccgccccttagaggttttttgaatatgaaataaagcacttatgtatggtttaaagttgatttatacaggtttagaaatgttcaaacatctaacaaactataatatcaattggatttgtgataaattaaaccttctatatacattgccaaaaacaatacaaagtcacttgtaagaaaaaatgcaaggtgcaaacaggtatatgaagaaaaatattgtttttcttcaacaaatccaattaaattttggaaataaataagtataaacaaatattttaaattaatagtggtactaataataatgaaatgttttcaattatctgattttatgattttaatattcaattaagtaatgcacagttaaagttttgtaaacctcacaacatggcaattcaagcaaaaacatgtaaaaacaacacaattccagaacaggaaacatgcataatcaatttgtgtaaatgtccccttatccacttggggatggtgtataatacaacaacccacattttggggtctgattaagctctgttgattgagtgcgtcaaaagggtggcattTTTCCCCTTAATGCCACA-TTTTGACG---CCCC--CT--C--ATTTCCTT---------tggataaaaaaggtcttaaggggaaaaga
gi|18 : gttgattatacaggtttagaatgttcaaacatctaacaaactaccagtatatatcaatggatttgtgataaataaaccttctatatacattgccaaaaaccaacaagtcagcttgtaagaaaaaaatgcaggtgcaaacaggtatatgaaaaaaatattgtttttaacttcagaaatcaactaaattgaaataaataagtataaatatattttaaattataatggtactatataatgatgttcatctgaaatttatgattttatattcaattgttaatgcacaggtaaaggttttgtaaacctcacactatgcaattcagccaaaaacatgtaaaacgacacaatcccagaacaggaaacattgcataatcaattgcgtacatgtcccttgtatagtaacaaaccacattttggggtctaataagctctgttgattgggtgcatcaaaaggtgcattTTTCCCCTTAGTGCCACC-TTGAGATG---CACC--C---CTTATTTCCTT---------tggataaaaggtctaaggggaaaaa
gi|7 : gctctgttgatcgagtgcatcaaaaggtggcattTCTCCTTAATGCCACC-TTTTGAGG---CACtggataaaaagactaagg
gi|3 : atcaatggatttgttataaattaaaccttcgatatacattgcctaaaaaaaaaatacaagtcacctgagtttaagaaaaatgcagattcaaacaggtatatgaaaaaatattgtttttaacttcagaaacaattaaataagtataaaacatattctaaatttatagtggcactatatatgatgtctgaaatcttatgacattttatgattttacattcatagtaaatgcacaggtaaaagtttcgaaaacctcacactatgacaattcagccaaaacacagataaaacacatgattcctgaacagagaaacattgctaatcaattaagtactattccccttgtccacttggaggatgtgtacagtacacaacccatgttttaggggtctaattaagctctgtatattggCCCCTTAATGCCACCGTCTTGACG---CACTGGC---C--ATTTCCTTAAGGCTT--T----CTATGCTTT-----CCCCT--TAGAGGTTTTTG-AA--TATGAAATAAAAGCAGCACTGATGTATGGTTTAAAGTTG---ATTTATAAAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAAGAAA---CTTA------TA-TATCAA-T-GGATTT-TA-TAAATT----AAAACCTTAC-TA-TATACATAGCC-AAA--A-A-AA--A---TAC-AAAGTTA-CTTG----T-A-GAAAA-AA---TGC--G-----GT-GCAAA-AGGTATATTTG--A--AAAAA-TATTGTT--T--AA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---G--AAAT-AAATA----AG-----TATAA-AACAATATTTT--AAATT-A-T--AGTG-TACT-A-TAT-ATT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATT-ATT-TT-ATCATTC-AT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-C-CACCATTGA-CAA-TT----CAG-CCAAA-AAC-ATGTAAA----AAC-ACACAATTCC-AGAACAG-G-AA-AC--ATTG-CATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CC---------TAA--T-CACG-T-GG-GGAT-----------TGT------ATAG-TAC-ACAACCCACATTTT-GGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAGCT--AAGGAATTG-AGCT-G--TGCGTC-AAAC-GTGGCATT-AAGGGGAAATGGATT-AGAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAtgagggggtcatcaaaaggtggcattaaggggaaaggataaaaaggtctaagggtaaaa
gi|8 : tcgttgcCCTTGATGCCACC-TTTTGATG---CA
gi|13 : ttaaccataaaacacactatatatcaatggattgtaataaaataaccttcgtatatatgttgcaaaaaataaaaaaattacaagtcaactataagaaaaatgcaggtgaaaaaatatagttaatttattttcagaaattaaattaataaagtataataacatattttaaaaattataaagtggcactattatgaatgatgttacatctaaaattttatgaattttaatattcaataataaatttgcacagttaaacacaatggattcctggatacaggaaaacatttgtgtaatacaattgtgtaacatgtccccataatccagtatccacttgtggatgtgtatagtacacaactaatgttttaggggtctaattaagtgatgtatattagtCCTTAATGCCACC-TTTTGACG---CACTcaatgagggggtcgtcgaaacgtggcattaaggggaaatggatacaaaggtcttaaggaaaga
gi|5 : tctatagtaaatgcacaggtaaaggttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattgcattatcaattgtgtacatgtccccttatccacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggggtctaattgGTTG---ATT-ATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-ACCAGTATA-TATCAA-T-GGATTTGTGATAAAT-----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-C-CAA-----C-AA-GTCAGCTTG----T-AAGAAAA-AAA--TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAAATATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAC-TAAATT---G--AAAT-AAATA----AG-----TATAA-A-TAT-ATTTT--AAATT-A-T--AATGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--TGTT-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TG--CAA-TT----CAG-CCAAA-AAC-ATGT-AA----AACGACACAATCCC-AGAACAG-G-AA-AC--ATTG-CATAA-T-CAA-T-T--G-CG-T-A-C-A--TG-TCC--CT-----------------------------------------TGT------ATAG-TA--ACAAACCACATTTT-GGGGTCTAAT-AAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGT-GCAT-T--AAGGAAATG-AGGG-G---GCGTCAAAAT-GTGGCATT-AAGGGGAAATGGA-T--AAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAa
gi|8 : TTAACCATAAAACACA---CT-A------TA-TATCAA-T-GGA-TTGTAATAAAAT-----AA-CCTT-CGTA-TATATGTTGCA-AAA--A-ATAAAAAAATTAC-AA-GTCA-ACTA----T-AAG-AAA-AA---TGC-AG-----G---------------T--G--A--AAAAA-TATAGTTAATTTAT---TTTCAG-AAAT-----TAAATT-------AAT-AA------------AGTATAATAACA-TATTTTAAAAATT-A-TAAAGTGGCACT-ATTATGAAT-GA-TG-------TTAC----ATCT---AAAATTTTATGAATT-TTAAT-ATTCAAT--AATA-AATTTGC-AC---AGTTAAA---------------------CACA--A-TGG---A-TT----C---CTGGA-TAC-AGG--AA----AAC-AT---------------------------TTG-TGTAA-TACAA-T-T--G-TG-TAA-C-A--TG-TCC--CCATAATCCAGTAT--C-CACT-T-GT-GGAT----------GTGT------ATAG-TAC-ACAACTAATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGTGATG----TA-TATTAGTTGCATCAAAA-GGTGGCA--TC-AAGGCAATG-AGGG-G--GTCGTCGAAAC-GTGGCATT-AAGGGGAAATGGA-T-ACAAAG-GTCTTAAGG---AAAGAa
gi|9 : -TATCAA-T-GGATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCA-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTGT---T-AAGGAAA-AAAATTGC-AG-----GT-GCAAACA-GTATAT--GAAA--AAAAA-TATTGTT--TTAAAAACTTTTAG--AATCAAA-TAAATT---G--AAAT--AATA---------AGTAT-A-AACA-TATTTT--GAATT-A-T--A-TGG-ACT-A-TAT-TAT-GATTG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--A-TATAA--TGC-AC---AGGTAAAA--TTTGTAAAAC------TCCACACCA-TTG-CAATTT----CAG-CCAAA-AACGATGT-AA----AAC-ACA-CATTCG-A-AACAG-G-AA-ACA-ATTG-CAT---T-CAA-T-TG-G-TG-T-A-C-A--TGATCC--CCT--------TATTGC-CACT-T-TG-GGAT----------GTGT------ATAG-TAC-ACAACCCACATTT---GGGTCTAATTAACTTTTG----GT-GATTG---------------------------AGAAATG-AGGG-GCTTGCGTC------------TC-A-----AAATGGA-T-AAAAAGCGTC-TAAGGG
gi|7 : ATCAA-T-GGATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-GA-TATACATTGCCTAAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTGAGTTT-AAGAAAA-A----TGC-AG-----AT-TCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAAC-------AATT-----------AAATA----AG-----TATAA-AACAT-ATTCT--AAATTTA-T--AGTGGCACT-A-TAT-A-T-GA-TG-------TC-TGAA-ATCTTATGACATTTTATG-ATT-TT-AC-ATTCA-T--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAAGTTTCGAAAACC------T-CACACTA-TGA-CAA-TT----CAG-CCAAAACAC-AGAT-AA----AAC-ACATGATTCC-TGAACAGAG-AA-AC--ATTG-C-TAA-T-CAA-T-T--A-AG-T-A-CTA--T--TCC--CCT--------TGT--C-CACT-T-GGAGGAT----------GTGT------ACAG-TAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TA-TATTGGGTGCCTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAGATG-AGGG-G--GTCATCAAAAG-GTGGCATT-AAGGGGAAA-GGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGTAAAA
gi|19 : -AAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----TAAAGAAAATAA---TGC-AG-----TT-CCAAACA-GTATAT--A--A--AAA
gi|14 : ---G--AAATCAAATA----AGA-----ATAA-A-CAT-ATTT----AA---A-T--GATGGAACT-A-TA---ATCGA-TT-------TT-C----ATC----GACATTT-ATG-ATTGTT-AT-A--CAAT--AAAT-AA--T-C-AC---AGGTAA-GGTTTGGTAAAC---------CACACTA--GG-CAA-TT----C-A-CAAAA-GAC-TAGT--A----AAC-AAA--ATTCT-GAAACAG-G-AAGAC--ATAAGCATAATT-CAA-TAT--GATGAT-A-C-A--T--TCC--CCA--------AAT--C-
gi|11 : ttgcttaactatcgca-AACACAAATTT--GAATT-AAT--AGTGGTTCTGA-TGT-A-T-GA-TG-------TTTC----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTT-A---TGCCGCG--AGGTTAATGGTTTGTAAATCCACACGT-TACACTA-TGG-CAC-TTTTGTCAG-CCAAAACAC-AGGC-AA----GG----A--GTTTC-TGAACAG-G-AA-AC--ATTG-CGT-A-T-CAATT-T--G-TG-T-A-TGA--TG-TCC--CT---------TAT--C-CACT-C-GG-GGAT----------a
gi|13 : tTCTAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGNNNNNN------N-NNNNNNN-NNN-NNN-NN----NNN-NNNNN-NNN-NNNN-NN----NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-N-NN-NNNTATTG-CATTA-T-CAA-T-T--G-TG-T-A-C-A--TG-TCC--CCT--------TAT--C-CACT-TNNN-NNNN----------NNNN------NNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTCT-AATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAtaagctctgtggatcgggtgtctcgagattaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|15 : TTGTAAACC------G-CACACTA-TGGCCAACTT----CAAGCCAAA-CAC-AGGC-AA----GG-------ATTTC-TGAACAG-GAAA-AC--ATGA-CGTAA-T-CAATT-T--G-TG-T-A-T-A--TGCTCC--CCT--------TAT--C-CACC-T-AT------------------------------TAC-------------TTGGAGAT-----TAAGCTCTG----GTAGATTGGGTGCCTCAGA
gi|16 : GAT-AG----AAC-ACGTGATTCC-TGAATTG-G-AA-AC--TTGC-CATAA-T-CAA-T-TTCG-TG-T-AAC-AAATG-TTCACCCT--------TGT--CGCTCTAT-G--GGATATAATTTCGTGCGTCATTGAATAGGTAT-ACAACCCATGTTTGAGGAGTTTAATTttaacttcatttaaaaccgttagcaacaacagtgttttta
gi|11 : tATTAAGCTCTG----TG-GATCGGGTGTCTCGAGA-
gi|18 : taacacaaatttgaattaatagtggttctgatgtatgatgtttcatctgaaatttatgattttatattcaatagttatgccgcgaggttaatggtttgtaaatccacacgttacactatggcacttttgtcagccaaaacacaggcaaggagtttctgaacaggaaacattgcgtatcaatttgtgtatgatgtcccttatccactcggggGCTCTG----TT-GATCGAGTGCATCAAAA-GGTGGCA--TT-AAGGAAATA-AGGG-G--TGCATCTCAAG-GTGGCACT-AAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-A-C-TAAGGttaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|1 : GCATAGAAA-GGC--CT--T--AAGGAAATG-GCCA-G--TGCGTCAAAAG-GTG-CATTTAAGGGGAAA
gi|10 : aactcGCATAGAAA-GGC--CT--T--AAGGAAATG-GCCA-G--TGCGTCAAAAG-GTGGCATT-AAGGGGAAAAGAG-T-ttccgccccttagaggttttttgaatatgaaataaagcacttatgtatggtttaaagttgatttatacaggtttagaaatgttcaaacatctaacaaactataatatcaattggatttgtgataaattaaaccttctatatacattgccaaaaacaatacaaagtcacttgtaagaaaaaatgcaaggtgcaaacaggtatatgaagaaaaatattgtttttcttcaacaaatccaattaaattttggaaataaataagtataaacaaatattttaaattaatagtggtactaataataatgaaatgttttcaattatctgattttatgattttaatattcaattaagtaatgcacagttaaagttttgtaaacctcacaacatggcaattcaagcaaaaacatgtaaaaacaacacaattccagaacaggaaacatgcataatcaatttgtgtaaatgtccccttatccacttggggatggtgtataatacaacaacccacattttggggtctgattaagctctgttgattgagtgcgtcaaaagggtggcattaaaggaaatgaaggggtgcatcataacgtggcattaaggggaaatggataaaaaaggtcttaaggggaaaaga
gi|17 : AAAA-GGC--CT--T--AAGGAAATG-GCCA-A--TGCGTCAAAAG-GTG-CATT-AAGGGGAAAAGAG-T-tttccccttagaggttttttgaatatgaaataaaagcactgatgtatggtttaaagttgatttataaagttttagaatgatcaaacatctaacaaactatatatcaatggatttgtgataaattaaaccttctatatacattgccaaaaaaacaatacaagttacttgtaagaaaaaatgcaggtgcaaacaggtatatgaaaaaaatattgtttttaactacagaaatcaaataaattgaaataaatattttaaagtataaaacatatttta
gi|3 : --T--AAGGAAATG-GCCA-G--TGCGTCAAGACGGTGGCATT-AAGGGGctgtgctttcccatcagaggtttttaatatatgaaataaaagcactgatgtatggttaaa
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 11 11111111 1111 111111 22222222222 22 1111111 1111 1111111 111111111 11111111 22222
lowQualScore : 0 8 5 0 333333 22222 66 5 66 00 5 0 00 888 888 5 888 777 33333333 4 3 3 3 7777 3 3 3 3 3 44 3 3 2 555 3 3 3 0000 3 3 999 3 88888 3 1 55 88 55 4 55 777 4 000000 7777 3 66666666666 3 22 44 7 3 55 4 3 3 3 2 3 3 1111111 7 4444 666 4 3 3 7 3 44 66 44 3 999 4 99999999 3 3 6 6666 55 3 55 3 5 0 5 66 2 44 2 2 2 66 2 55 2 2 5 2 99 2 2 5 99 5 33 2 0000000 5555 88888 555555555 33333333 3 3 0 8 7777 3 3 3 66666 4 4 9999 6 0 4 4 4 8
lowQualScore : . . . . ...... ..... .. . .. .. . . .. ... ... . ... ... ........ . . . . .... . . . . . .. . . . ... . . . .... . . ... . ..... . . .. .. .. . .. ... . ...... .... . ........... . .. .. . . .. . . . . . . . ....... . .... ... . . . . . .. .. .. . ... . ........ . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . .. . . . . .. . . . .. . .. . ....... .... ..... ......... ........ . . . . .... . . . ..... . . .... . . . . . .
lowQualScore : 2 8 0 1 444444 55555 99 0 99 66 0 1 88 888 888 0 888 888 77777777 0 6 6 5 7777 6 6 6 6 3 66 3 3 5 888 3 3 3 4444 3 3 222 3 33333 3 8 00 66 00 0 55 000 0 888888 7777 6 11111111111 3 44 66 3 6 00 1 6 6 6 3 6 6 8888888 3 1111 444 4 6 6 3 6 66 99 66 3 222 4 22222222 1 1 2 5555 33 1 22 1 7 4 7 11 9 99 9 9 9 88 9 66 9 9 7 9 66 9 9 7 66 7 99 9 0000000 0000 77777 555555555 22222222 6 6 5 8 1111 3 7 6 88888 4 4 0000 4 1 4 4 4 9
consensus : AACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTT-CTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Reference ( family-1090 ) : AACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TT--CTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|1 : AACTCTTTCCCCTTAAATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTT-CTATGCTTC-----CGCCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAA-GCA---CTTATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAAATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TAATATCAATTG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC---A--A-A-AACAA---TACAAA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGCAAG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--AAGAAAAA-TATTGTT--TTT-----CTTCAACAAATCCAATTAAATTTTGGAAAT-AAATA------A---GTATAA-ACAAATATTTT--AAATTAA-T--AGTGGTACT-A--AT-AAT-AA-TGAAATGTTTT-CAATTATCT---G--ATTTTATG-ATT-TTAAT-ATTCAATTAAGT--AA--TGC-AC---AGTTAAA-GTTTTGTAAACC------T-CACAACA-TGGC-AA-T----TCA-AGC-AAAA-AC-ATGTAAAAACAACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--A--TGC-ATAA-T-CAATT-T--G-TG-T-AA--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGATG-------GTGT--------ATA-ATACAACAACCCACATTTT-GGGGTCTGATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAAGGGTGGCA--TTAAAGGAAATGAAGGG-G--TGCATCATAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-TAAAAAAG-GTCTTAAGGGGAAAAGA
gi|10 : ACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTT-CTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGTTTTAGAA-TG---ATCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTTA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--GA-A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTACAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATATTTTAAA---GTATAA-AACA-TATTTT--A
gi|11 : -AACACAAATTT--GAATT-AAT--AGTGGTTCTGA-TGT-A-T-GA-TG-------TTTC----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTT-A---TGCCGCG--AGGTTAATGGTTTGTAAATCCACACGT-TACACTA-TGGC-AC-TTTTGTCA-GCCAAAAC-AC-AGGC-AAG-------GAGTTTC-TGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GT-A-T-CAATT-T--G-TG-T-ATG-ATG-T---CCC-T-------TAT--C-CACTC-GG-GGAT--------
gi|11 : tATTAAGCTCTG----TG-GATCGGGTGTCTCGAGA-taagctctgtggatcgggtgtctcgagattaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|12 : taacacaaatttgaattaatagtggttctgatgtatgatgtttcatctgaaatttatgattttatattcaatagttatgccgcgaggttaatggtttgtaaatccacacgttacactatggcacttttgtcagccaaaacacaggcaaggagtttctgaacaggaaacattgcgtatcaatttgtgtatgatgtcccttatccactcggggACTCTTTTCCA--TAATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCC-CTTCTTTAGAAC-------TATGCTT------C--CCTTTATGA--ATTTTTTTTAGTTATGA--TAGA------------GTA-GGTTTAAA-TTGACTATTTATACAGGTTTCGAA-TGGGTCTCAAACATATAACAAAATTCT--------TA-TATCAAT-TTGATTT-TGATAAATT----AAA-CTTT-C-TATTATACATTGCC-AAACCACA-AACAT---AAC-AA-A--------------AAAAAAA-AA---AAC-AA-----ACAACAAACAAATAttaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|13 : gTCTAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGNNNNNN------N-NNNNNNN-NNNN-NN-N----NNN-NNN-NNNN-NN-NNNN-NNNNN-NNNNNN-NNNN-NNNNNNN-NNN-N-NNTAT-TGC-ATTA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTTNNN-NNNN--------NNNN--------NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTCT-AATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAaaaacaaaaaa
gi|14 : ---GAAATCAAATA----AGA---ATA----AACAT-ATTT---AAATG-A-T-----GGAACT-A-TA---ATCGA-TT-------TT-C----ATC----GACATTT-ATG-ATTGTT-AT-A--CAAT--AAAT-AA--T-C-AC---AGGTAA-GGTTTGGTAAAC---------CACACTA--GGC-AA-T----TCA--CA-AAAG-AC-TAGT-AA----ACAAAA-TTCT-GAAACAG-GAAGA-C--ATAAGC-ATAATT-CAA-TAT--GATGAT-AC--AT--TC--CCC-
gi|15 : ttgcttaactatcgcaTTGTAAACC------G-CACACTA-TGGCCAACT----TCAAGCC-AAAC-AC-AGGC-AAG-------GA-TTTC-TGAACAG-GAA-AAC--AT-GAC-GTAA-T-CAA-T-TT-G-TG-T-AT--ATGCTC--CCC-T-------TAT--C-CACC--------------------T--------AT---TAC-------------TTGGAG-----ATTAAGCTCTG----GTAGATTGGGTGCCTCAGAaaatca
gi|16 : GAT-AGAAC-ACGTGA-TTCC-TGAATTG-GAA-A-C---T-TGCCATAA-T-CAA-T-TTCG-TG-TAACAAATG-TTCACCC-T-------TGT--CGCTCTA-TG-GGATATAATTTCGTGCGTCATTGAATAGGTAT-ACAACCCATGTTTGAGGAGTTTAATTttaacttcatttaaaaccgttagcaacaacagtgttttta
gi|17 : tACTCTTTTCCCCTTAATGC-ACC-TTTTGACGCATTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTTCTGTGCTTT-----C--CCATCA-GA--GGTTTTTAATAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGG-TTAAA
gi|18 : GCTCTG----TT-GATCGAGTGCATCAAAA-GGTGGCA--TT-AAGGAAATA-AGGG-G--TGCATCTCAAGGTGGCACTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-A-C-TAAGG
gi|19 : -AAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----TAAAGAAAATAA---TGC-AG-----TT-CCAAACA-GTATAT--A--A--AAA
gi|2 : AACTCTTTTCCCCTTAATGTCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTT--------T--CTATGCTTTAAATTC--CCCTAA-GA--TATTTTTTTAAT-ATGAAATAAAAACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTAACAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTCTAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGACTAGTATAA-AACATTATTTT--GAATT-A-T--AGTGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACCA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AT-AGGT-AAAAC-ACATTA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TAC-GTAA-T-CAG-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-A-------TAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCATCAAAACATAACATTAAGGGGAAATGGG-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|3 : CCCCTTAATGCCACCGTCTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCT-TT--CTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTT-GAAT-ATGAAATAAAAGCAGCACTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAAGAAA---CTTA------TA-TATCAAT-G-GATTT-T-ATAAATT----AAAACCTTAC-TA-TATACATAGCC-AAA--A-A-AA--A---TAC-AAAGTTA-CTTG----T-A-GAAAA-AA---TGC--G-----GT-GCAAA-AGGTATATTTG--A--AAAAA-TATTGTT--T--AA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-AACAATATTTT--AAATT-A-T--AGTG-TACT-A-TAT-ATT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATT-ATT-TT-ATCATTC-AT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-C-CACCATTGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGTAAAAAC-ACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------AAT----CACGT-GG-GGAT---------TGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTTT-GGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAGCT--AAGGAATTG-AGCT-G--TGCGTC-AAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGATT-AGAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAt
gi|4 : tcgttgcTTTTCCCCTTAATACCACC-TTCTGACGAACTGTCTATTTCCT--------------ATGCTTT-----C--CCCTTA-AAAAGATTTTTTAA---------------CA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACGAGTTTAGAA-TG---TTCAAACATATAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTAATACATTGCCAAAA---------A-AAAACA------AAA--A-A-AAAAA---AAC-AA-TTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---T-----------------ACAGGTATAT--G--G--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAT-AAATTA--------T---CAAAT-AAATA----AGA-----ATAA-AACGT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACA-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----TGCT---GAAATTTTATG-ATG-TT-AT-ATTCAAT---------------------GGTGAAGGTCTTGTAAACC------T-TACACTG-TGGC-----------------------T-AGGT-AAAAC-ACATGA-TTCCTGGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T--------------------------T--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTGGGCTCTG----TA-GATTGGGCGTGTT---------------------AAATG-AGGGAG--T-CGTCAAAACATGGCAATATGAGAAAATGGA-T-AAAAAT-GCC-TAAGAGGAAAA
gi|5 : GTTGA---TT-ATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-ACCAGTATA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAAT-----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-C-CAA-----C-AA-GTCAGCTTG----T-AAGAAAA-AAA--TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAAATATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAC-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-A-TAT-ATTTT--AAATT-A-T--AATGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--TGTT-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-T-GC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGT-AAAACGACACAA-TCCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-CG-T-AC--ATG-TC--CCT--------------------------------------TGT--------ATA-GTA--ACAAACCACATTTT-GGGGTCTAA-TAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGT-GCAT-T--AAGGAAATG-AGGG-G---GCGTCAAAATGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T--AAAAG-GTC-TAAGGGGAAAA
gi|6 : ACTCTTTTCCCTTTAATGCCACC-TTTTGACACAATGGCCATTTCCTTAAGGCCTTT--CTATACTTT-----C--CCCTTA-GA--GATTTTTTGAAT-ATGAAATAAAA-CA---CTGATGGATGGTTTAATGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAAACTCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-CAGACATTGCC-AAA--A-A-TACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AGACCCTGT-GCAAACAGGTGTAT--G--A--CAAAA-TATTGGT--TTTAA---CTTCAG-AAAT-AAA--AAA-----GAAAT-A----------A---GTATTA-AACA-TATTTC--AAATT-A-C--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----ATCT---G-AATTTTATG-ATT-TT-AT-ATCCAAT--AGTA-AA--TGC-ACTGTAGGTAATAGTTTTGTAAACC------T-CACAATA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AC-AGGT-AAAAC-ATATGA-TTCC-TGGACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-TGAa
gi|7 : ATCAAT-G-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-GA-TATACATTGCCTAAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTGAGTTT-AAGAAAA-A----TGC-AG-----AT-TCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAAC-------AATT---------AAATA----AG-----TATAA-AACAT-ATTCT--AAATTTA-T--AGTGGCACT-A-TAT-A-T-GA-TG-------TC-TGAA-ATCTTATGACATTTTATG-ATT-TT-AC-ATTCA-T--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAAGTTTCGAAAACC------T-CACACTA-TGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAACAC-AGAT-AAAAC-ACATGA-TTCC-TGAACAGAGAA-A-C--AT-TGC--TAA-T-CAA-T-T--A-AG-T-ACT-AT--TC--CCC-T-------TGT--C-CACTT-GGAGGAT--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TA-TATTGGGTGCCTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAGATG-AGGG-G--GTCATCAAAAGGTGGCATTAAGGGGAAA-GGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGTAAAA
gi|8 : TTAACCATAAAACACA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GA-TTGTAATAAAAT-----AA-CCTT-CGTA-TATATGTTGCA-AAA--A-ATAAAAAAATTAC-AA-GTCA-ACTA----T-AAG-AAA-AA---TGC-AG-----G---------------T--G--A--AAAAA-TATAGTTAATTTAT---TTTCAG-AAAT-----TAAATT-----AAT-AA---------A---GTATAATAACA-TATTTTAAAAATT-A-TAAAGTGGCACT-ATTATGAAT-GA-TG-------TTAC----ATCT---AAAATTTTATGAATT-TTAAT-ATTCAAT--AATA-AATTTGC-AC---AGTTAAA---------------------CACA--A-TGG---A-T----TC---CT-GGAT-AC-AGG--AAAAC-AT----------------------------T-TGT-GTAA-TACAA-T-T--G-TG-TAAC--ATG-TC--CCCATAATCCAGTAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACTAATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGTGATG----TA-TATTAGTTGCATCAAAA-GGTGGCA--TC-AAGGCAATG-AGGG-G--GTCGTCGAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-ACAAAG-GTCTTAAGG---AAAGA
gi|9 : -TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCA-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTGT---T-AAGGAAA-AAAATTGC-AG-----GT-GCAAACA-GTATAT--GAAA--AAAAA-TATTGTT--TTAAAAACTTTTAG--AATCAAA-TAAATT---GAAAT--AATA------A---GTAT-A-AACA-TATTTT--GAATT-A-T--A-TGG-ACT-A-TAT-TAT-GATTG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--A-TATAA--TGC-AC---AGGTAAAA--TTTGTAAAAC------TCCACACCA-TTGC-AATT----TCA-GCC-AAAA-ACGATGT-AAAAC-ACAC-A-TT-C-GAAACAG-GAA-A-CA-AT-TGC-AT---T-CAA-T-TG-G-TG-T-AC--ATGATC--CCC-T-------TATTGC-CACTT-TG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTT---GGGTCTAATTAACTTTTG----GT-GATTG---------------------------AGAAATG-AGGG-GCTTGCGTC-----------TCA-----AAATGGA-T-AAAAAGCGTC-TAAGGG
Alignments
lowQualScore : 11 11111 11111111 1111 111111 22222222222 22 1111111 1111 1111111 111111111 11111111 22222
lowQualScore : 5 4 5 0 33 99999 5 66 00 5 0 0 44 888 888 5 888 777 33333333 4 3 3 3 7777 3 3 3 3 3 44 3 3 2 555 3 3 3 0 0000 3 3 999 3 88888 3 1 55 88 55 4 55 777 4 000000 7777 3 66666666666 3 22 44 7 3 55 4 3 3 3 2 3 3 1111111 7 4444 666 4 3 3 7 3 44 66 44 3 999 4 99999999 3 3 6 6666 55 3 55 3 5 0 5 66 2 44 2 2 2 66 2 55 2 2 5 2 99 2 2 5 99 5 33 2 0000000 5555 88888 555555555 33333333 3 3 0 8 7777 3 3 3 66666 4 4 9999 6 0 4 4 4 8
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. .. . . . .. ... ... . ... ... ........ . . . . .... . . . . . .. . . . ... . . . . .... . . ... . ..... . . .. .. .. . .. ... . ...... .... . ........... . .. .. . . .. . . . . . . . ....... . .... ... . . . . . .. .. .. . ... . ........ . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . .. . . . . .. . . . .. . .. . ....... .... ..... ......... ........ . . . . .... . . . ..... . . .... . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0 1 88 44444 0 99 66 0 1 1 66 888 888 0 888 888 77777777 4 6 6 5 7777 6 6 6 6 3 66 3 3 5 888 3 3 3 1 4444 3 3 222 3 33333 3 8 00 66 00 0 55 000 0 888888 7777 6 11111111111 3 44 66 3 6 00 1 6 6 6 3 6 6 8888888 3 1111 444 4 6 6 3 6 66 99 66 3 222 4 22222222 1 1 2 5555 33 1 22 1 7 4 7 11 9 99 9 9 9 88 9 66 9 9 7 9 66 9 9 7 66 7 99 9 0000000 0000 77777 555555555 22222222 6 6 5 8 1111 3 7 6 88888 4 4 0000 4 1 4 4 4 9
consensus : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Reference ( family-1090 ) : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|1 : AACTCTTT-CCCCTTAAATG-CACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTCCG---CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAAT-AAAGCA---CTTATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAAATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TAATATCAATTG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC---A--A-A-AACAA---TACAAA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGCAAG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--AAGAAAAA-TATTGTT--TTT-----CTTCAACAAATCCAATTAAATTTTGGAAAT-AAATA------A---GTATAA-ACAAATATTTT--AAATTAA-T--AGTGGTACT-A--AT-AAT-AA-TGAAATGTTTT-CAATTATCT---G--ATTTTATG-ATT-TTAAT-ATTCAATTAAGT--AA--TGC-AC---AGTTAAA-GTTTTGTAAACC------T-CACAACA-TGGC-AA-T----TCA-AGC-AAAA-AC-ATGTAAAAACAACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--A--TGC-ATAA-T-CAATT-T--G-TG-T-AA--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGATG-------GTGT--------ATA-ATACAACAACCCACATTTT-GGGGTCTGATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAAGGGTGGCA--TTAAAGGAAATGAAGGG-G--TGCATCATAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-TAAAAAAG-GTCTTAAGGGGAAAAGA
gi|10 : ACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGTTTTAG-AATG---ATCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTTA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--GA-A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTACAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATATTTTAAA---GTATAA-AACA-TATTTT--A
gi|11 : -AACACAAATTT--GAATT-AAT--AGTGGTTCTGA-TGT-A-T-GA-TG-------TTTC----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTT-A---TGCCGCG--AGGTTAATGGTTTGTAAATCCACACGT-TACACTA-TGGC-AC-TTTTGTCA-GCCAAAAC-AC-AGGC-AAG-------GAGTTTC-TGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GT-A-T-CAATT-T--G-TG-T-ATG-ATG-T---CCC-T-------TAT--C-CACTC-GG-GGAT--------
gi|11 : tATTAAGCTCTG----TG-GATCGGGTGTCTCGAGA-taagctctgtggatcgggtgtctcgagattaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|12 : taacacaaatttgaattaatagtggttctgatgtatgatgtttcatctgaaatttatgattttatattcaatagttatgccgcgaggttaatggtttgtaaatccacacgttacactatggcacttttgtcagccaaaacacaggcaaggagtttctgaacaggaaacattgcgtatcaatttgtgtatgatgtcccttatccactcggggACTCTTTTCCA--T-AATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCC-CTTCTTTAGAAC------TATGCTT------CCCTTTATGA--ATTTTTTTTAGTTATGA--TAGA------------GTA-GGTTTAAA-TTGACTATTTATACAGGTTTCG-AATGGGTCTCAAACATATAACAAAATTCT--------T-ATATCAA-TTTGATTT-TGATAAATT----AAA-CTTT-C-TATTATACATTGCC-AAACCACA-AACAT---AAC-AA-A--------------AAAAAAA-AA---AAC-AA-----ACAACAAACAAATAttaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|13 : gTCTAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGNNNNNN------N-NNNNNNN-NNNN-NN-N----NNN-NNN-NNNN-NN-NNNN-NNNNN-NNNNNN-NNNN-NNNNNNN-NNN-N-NNTAT-TGC-ATTA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTTNNN-NNNN--------NNNN--------NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTCT-AATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAaaaacaaaaaa
gi|14 : ---GAAATCAAATA----AGA---ATA----AACAT-ATTT---AAATG-A-T-----GGAACT-A-TA---ATCGA-TT-------TT-C----ATC----GACATTT-ATG-ATTGTT-AT-A--CAAT--AAAT-AA--T-C-AC---AGGTAA-GGTTTGGTAAAC---------CACACTA--GGC-AA-T----TCA--CA-AAAG-AC-TAGT-AA----ACAAAA-TTCT-GAAACAG-GAAGA-C--ATAAGC-ATAATT-CAA-TAT--GATGAT-AC--AT--TC--CCC-
gi|15 : ttgcttaactatcgcaTTGTAAACC------G-CACACTA-TGGCCAACT----TCAAGCC-AAAC-AC-AGGC-AAG-------GA-TTTC-TGAACAG-GAA-AAC--AT-GAC-GTAA-T-CAA-T-TT-G-TG-T-AT--ATGCTC--CCC-T-------TAT--C-CACC--------------------T--------AT---TAC-------------TTGGAG-----ATTAAGCTCTG----GTAGATTGGGTGCCTCAGAaaatca
gi|16 : GAT-AGAAC-ACGTGA-TTCC-TGAATTG-GAA-A-C---T-TGCCATAA-T-CAA-T-TTCG-TG-TAACAAATG-TTCACCC-T-------TGT--CGCTCTA-TG-GGATATAATTTCGTGCGTCATTGAATAGGTAT-ACAACCCATGTTTGAGGAGTTTAATTttaacttcatttaaaaccgttagcaacaacagtgttttta
gi|17 : tACTCTTTTCCCCTT-AATG-CACC-TTTTGACGCATTGGCCATTTCCTTAAGGCCTTTTCTGTGCTTT-----CCCATCA-GA--GGTTTTTAATAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGG-TTAAA
gi|18 : GCTCTG----TT-GATCGAGTGCATCAAAA-GGTGGCA--TT-AAGGAAATA-AGGG-G--TGCATCTCAAGGTGGCACTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-A-C-TAAGG
gi|19 : -AAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----TAAAGAAAATAA---TGC-AG-----TT-CCAAACA-GTATAT--A--A--AAA
gi|2 : AACTCTTTTCCCCTT-AATGTCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTT---------TCTATGCTTTAAATTCCCCTAA-GA--TATTTTTTTAAT-ATGAAATAAAAACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTAACAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTCTAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGACTAGTATAA-AACATTATTTT--GAATT-A-T--AGTGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACCA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AT-AGGT-AAAAC-ACATTA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TAC-GTAA-T-CAG-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-A-------TAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCATCAAAACATAACATTAAGGGGAAATGGG-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|3 : CCCCTT-AATGCCACCGTCTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGC--TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTT-GAAT-ATGAAATAAAAGCAGCACTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAAGAAA---CTTA------T-ATATCAA-TG-GATTT-T-ATAAATT----AAAACCTTAC-TA-TATACATAGCC-AAA--A-A-AA--A---TAC-AAAGTTA-CTTG----T-A-GAAAA-AA---TGC--G-----GT-GCAAA-AGGTATATTTG--A--AAAAA-TATTGTT--T--AA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-AACAATATTTT--AAATT-A-T--AGTG-TACT-A-TAT-ATT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATT-ATT-TT-ATCATTC-AT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-C-CACCATTGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGTAAAAAC-ACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------AAT----CACGT-GG-GGAT---------TGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTTT-GGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAGCT--AAGGAATTG-AGCT-G--TGCGTC-AAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGATT-AGAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAt
gi|4 : tcgttgcTTTTCCCCTT-AATACCACC-TTCTGACGAACTGTCTATTTCCT-------------ATGCTTT-----CCCCTTA-AAAAGATTTTTTAA---------------CA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACGAGTTTAG-AATG---TTCAAACATATAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTAATACATTGCCAAAA---------A-AAAACA------AAA--A-A-AAAAA---AAC-AA-TTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---T-----------------ACAGGTATAT--G--G--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAT-AAATTA--------T---CAAAT-AAATA----AGA-----ATAA-AACGT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACA-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----TGCT---GAAATTTTATG-ATG-TT-AT-ATTCAAT---------------------GGTGAAGGTCTTGTAAACC------T-TACACTG-TGGC-----------------------T-AGGT-AAAAC-ACATGA-TTCCTGGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T--------------------------T--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTGGGCTCTG----TA-GATTGGGCGTGTT---------------------AAATG-AGGGAG--T-CGTCAAAACATGGCAATATGAGAAAATGGA-T-AAAAAT-GCC-TAAGAGGAAAA
gi|5 : GTTGA---TT-ATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-ACCAGTAT-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAAT-----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-C-CAA-----C-AA-GTCAGCTTG----T-AAGAAAA-AAA--TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAAATATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAC-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-A-TAT-ATTTT--AAATT-A-T--AATGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--TGTT-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-T-GC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGT-AAAACGACACAA-TCCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-CG-T-AC--ATG-TC--CCT--------------------------------------TGT--------ATA-GTA--ACAAACCACATTTT-GGGGTCTAA-TAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGT-GCAT-T--AAGGAAATG-AGGG-G---GCGTCAAAATGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T--AAAAG-GTC-TAAGGGGAAAA
gi|6 : ACTCTTTTCCCTTT-AATGCCACC-TTTTGACACAATGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATACTTT-----CCCCTTA-GA--GATTTTTTGAAT-ATGAAATAAAA-CA---CTGATGGATGGTTTAATGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAAACTCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-CAGACATTGCC-AAA--A-A-TACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AGACCCTGT-GCAAACAGGTGTAT--G--A--CAAAA-TATTGGT--TTTAA---CTTCAG-AAAT-AAA--AAA-----GAAAT-A----------A---GTATTA-AACA-TATTTC--AAATT-A-C--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----ATCT---G-AATTTTATG-ATT-TT-AT-ATCCAAT--AGTA-AA--TGC-ACTGTAGGTAATAGTTTTGTAAACC------T-CACAATA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AC-AGGT-AAAAC-ATATGA-TTCC-TGGACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-TGAa
gi|7 : ATCAA-TG-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-GA-TATACATTGCCTAAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTGAGTTT-AAGAAAA-A----TGC-AG-----AT-TCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAAC-------AATT---------AAATA----AG-----TATAA-AACAT-ATTCT--AAATTTA-T--AGTGGCACT-A-TAT-A-T-GA-TG-------TC-TGAA-ATCTTATGACATTTTATG-ATT-TT-AC-ATTCA-T--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAAGTTTCGAAAACC------T-CACACTA-TGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAACAC-AGAT-AAAAC-ACATGA-TTCC-TGAACAGAGAA-A-C--AT-TGC--TAA-T-CAA-T-T--A-AG-T-ACT-AT--TC--CCC-T-------TGT--C-CACTT-GGAGGAT--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TA-TATTGGGTGCCTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAGATG-AGGG-G--GTCATCAAAAGGTGGCATTAAGGGGAAA-GGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGTAAAA
gi|8 : TTAACCATAAAACACA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GA-TTGTAATAAAAT-----AA-CCTT-CGTA-TATATGTTGCA-AAA--A-ATAAAAAAATTAC-AA-GTCA-ACTA----T-AAG-AAA-AA---TGC-AG-----G---------------T--G--A--AAAAA-TATAGTTAATTTAT---TTTCAG-AAAT-----TAAATT-----AAT-AA---------A---GTATAATAACA-TATTTTAAAAATT-A-TAAAGTGGCACT-ATTATGAAT-GA-TG-------TTAC----ATCT---AAAATTTTATGAATT-TTAAT-ATTCAAT--AATA-AATTTGC-AC---AGTTAAA---------------------CACA--A-TGG---A-T----TC---CT-GGAT-AC-AGG--AAAAC-AT----------------------------T-TGT-GTAA-TACAA-T-T--G-TG-TAAC--ATG-TC--CCCATAATCCAGTAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACTAATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGTGATG----TA-TATTAGTTGCATCAAAA-GGTGGCA--TC-AAGGCAATG-AGGG-G--GTCGTCGAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-ACAAAG-GTCTTAAGG---AAAGA
gi|9 : TATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCA-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTGT---T-AAGGAAA-AAAATTGC-AG-----GT-GCAAACA-GTATAT--GAAA--AAAAA-TATTGTT--TTAAAAACTTTTAG--AATCAAA-TAAATT---GAAAT--AATA------A---GTAT-A-AACA-TATTTT--GAATT-A-T--A-TGG-ACT-A-TAT-TAT-GATTG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--A-TATAA--TGC-AC---AGGTAAAA--TTTGTAAAAC------TCCACACCA-TTGC-AATT----TCA-GCC-AAAA-ACGATGT-AAAAC-ACAC-A-TT-C-GAAACAG-GAA-A-CA-AT-TGC-AT---T-CAA-T-TG-G-TG-T-AC--ATGATC--CCC-T-------TATTGC-CACTT-TG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTT---GGGTCTAATTAACTTTTG----GT-GATTG---------------------------AGAAATG-AGGG-GCTTGCGTC-----------TCA-----AAATGGA-T-AAAAAGCGTC-TAAGGG
Alignments
lowQualScore : 11 11111 11111111 1111 111111 22222222222 22 1111111 1111 1111111 111111111 11111111 22222
lowQualScore : 5 4 5 0 33 99999 5 66 00 5 0 0 44 888 888 5 888 777 33333333 4 3 3 3 7777 3 3 3 3 3 44 3 3 2 555 3 3 3 0 0000 3 3 999 3 88888 3 1 55 88 55 4 55 777 4 000000 7777 3 66666666666 3 22 44 7 3 55 4 3 3 3 2 3 3 1111111 7 4444 666 4 3 3 7 3 44 66 44 3 999 4 99999999 3 3 6 6666 55 3 55 3 5 0 5 66 2 44 2 2 2 66 2 55 2 2 5 2 99 2 2 5 99 5 33 2 0000000 5555 88888 555555555 33333333 3 3 0 8 7777 3 3 3 66666 4 4 9999 6 0 4 4 4 8
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. .. . . . .. ... ... . ... ... ........ . . . . .... . . . . . .. . . . ... . . . . .... . . ... . ..... . . .. .. .. . .. ... . ...... .... . ........... . .. .. . . .. . . . . . . . ....... . .... ... . . . . . .. .. .. . ... . ........ . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . .. . . . . .. . . . .. . .. . ....... .... ..... ......... ........ . . . . .... . . . ..... . . .... . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0 1 88 44444 0 99 66 0 1 1 66 888 888 0 888 888 77777777 4 6 6 5 7777 6 6 6 6 3 66 3 3 5 888 3 3 3 1 4444 3 3 222 3 33333 3 8 00 66 00 0 55 000 0 888888 7777 6 11111111111 3 44 66 3 6 00 1 6 6 6 3 6 6 8888888 3 1111 444 4 6 6 3 6 66 99 66 3 222 4 22222222 1 1 2 5555 33 1 22 1 7 4 7 11 9 99 9 9 9 88 9 66 9 9 7 9 66 9 9 7 66 7 99 9 0000000 0000 77777 555555555 22222222 6 6 5 8 1111 3 7 6 88888 4 4 0000 4 1 4 4 4 9
consensus : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Reference ( family-1090 ) : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|1 : AACTCTTT-CCCCTTAAATG-CACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTCCG---CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAAT-AAAGCA---CTTATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAAATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TAATATCAATTG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC---A--A-A-AACAA---TACAAA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGCAAG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--AAGAAAAA-TATTGTT--TTT-----CTTCAACAAATCCAATTAAATTTTGGAAAT-AAATA------A---GTATAA-ACAAATATTTT--AAATTAA-T--AGTGGTACT-A--AT-AAT-AA-TGAAATGTTTT-CAATTATCT---G--ATTTTATG-ATT-TTAAT-ATTCAATTAAGT--AA--TGC-AC---AGTTAAA-GTTTTGTAAACC------T-CACAACA-TGGC-AA-T----TCA-AGC-AAAA-AC-ATGTAAAAACAACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--A--TGC-ATAA-T-CAATT-T--G-TG-T-AA--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGATG-------GTGT--------ATA-ATACAACAACCCACATTTT-GGGGTCTGATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAAGGGTGGCA--TTAAAGGAAATGAAGGG-G--TGCATCATAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-TAAAAAAG-GTCTTAAGGGGAAAAGA
gi|10 : ACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGTTTTAG-AATG---ATCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTTA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--GA-A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTACAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATATTTTAAA---GTATAA-AACA-TATTTT--A
gi|11 : -AACACAAATTT--GAATT-AAT--AGTGGTTCTGA-TGT-A-T-GA-TG-------TTTC----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTT-A---TGCCGCG--AGGTTAATGGTTTGTAAATCCACACGT-TACACTA-TGGC-AC-TTTTGTCA-GCCAAAAC-AC-AGGC-AAG-------GAGTTTC-TGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GT-A-T-CAATT-T--G-TG-T-ATG-ATG-T---CCC-T-------TAT--C-CACTC-GG-GGAT--------
gi|11 : tATTAAGCTCTG----TG-GATCGGGTGTCTCGAGA-taagctctgtggatcgggtgtctcgagattaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|12 : taacacaaatttgaattaatagtggttctgatgtatgatgtttcatctgaaatttatgattttatattcaatagttatgccgcgaggttaatggtttgtaaatccacacgttacactatggcacttttgtcagccaaaacacaggcaaggagtttctgaacaggaaacattgcgtatcaatttgtgtatgatgtcccttatccactcggggACTCTTTTCCA--T-AATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCC-CTTCTTTAGAAC------TATGCTT------CCCTTTATGA--ATTTTTTTTAGTTATGA--TAGA------------GTA-GGTTTAAA-TTGACTATTTATACAGGTTTCG-AATGGGTCTCAAACATATAACAAAATTCT--------T-ATATCAA-TTTGATTT-TGATAAATT----AAA-CTTT-C-TATTATACATTGCC-AAACCACA-AACAT---AAC-AA-A--------------AAAAAAA-AA---AAC-AA-----ACAACAAACAAATAttaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|13 : gTCTAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGNNNNNN------N-NNNNNNN-NNNN-NN-N----NNN-NNN-NNNN-NN-NNNN-NNNNN-NNNNNN-NNNN-NNNNNNN-NNN-N-NNTAT-TGC-ATTA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTTNNN-NNNN--------NNNN--------NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTCT-AATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAaaaacaaaaaa
gi|14 : ---GAAATCAAATA----AGA---ATA----AACAT-ATTT---AAATG-A-T-----GGAACT-A-TA---ATCGA-TT-------TT-C----ATC----GACATTT-ATG-ATTGTT-AT-A--CAAT--AAAT-AA--T-C-AC---AGGTAA-GGTTTGGTAAAC---------CACACTA--GGC-AA-T----TCA--CA-AAAG-AC-TAGT-AA----ACAAAA-TTCT-GAAACAG-GAAGA-C--ATAAGC-ATAATT-CAA-TAT--GATGAT-AC--AT--TC--CCC-
gi|15 : ttgcttaactatcgcaTTGTAAACC------G-CACACTA-TGGCCAACT----TCAAGCC-AAAC-AC-AGGC-AAG-------GA-TTTC-TGAACAG-GAA-AAC--AT-GAC-GTAA-T-CAA-T-TT-G-TG-T-AT--ATGCTC--CCC-T-------TAT--C-CACC--------------------T--------AT---TAC-------------TTGGAG-----ATTAAGCTCTG----GTAGATTGGGTGCCTCAGAaaatca
gi|16 : GAT-AGAAC-ACGTGA-TTCC-TGAATTG-GAA-A-C---T-TGCCATAA-T-CAA-T-TTCG-TG-TAACAAATG-TTCACCC-T-------TGT--CGCTCTA-TG-GGATATAATTTCGTGCGTCATTGAATAGGTAT-ACAACCCATGTTTGAGGAGTTTAATTttaacttcatttaaaaccgttagcaacaacagtgttttta
gi|17 : tACTCTTTTCCCCTT-AATG-CACC-TTTTGACGCATTGGCCATTTCCTTAAGGCCTTTTCTGTGCTTT-----CCCATCA-GA--GGTTTTTAATAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGG-TTAAA
gi|18 : GCTCTG----TT-GATCGAGTGCATCAAAA-GGTGGCA--TT-AAGGAAATA-AGGG-G--TGCATCTCAAGGTGGCACTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-A-C-TAAGG
gi|19 : -AAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----TAAAGAAAATAA---TGC-AG-----TT-CCAAACA-GTATAT--A--A--AAA
gi|2 : AACTCTTTTCCCCTT-AATGTCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTT---------TCTATGCTTTAAATTCCCCTAA-GA--TATTTTTTTAAT-ATGAAATAAAAACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTAACAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTCTAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGACTAGTATAA-AACATTATTTT--GAATT-A-T--AGTGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACCA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AT-AGGT-AAAAC-ACATTA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TAC-GTAA-T-CAG-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-A-------TAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCATCAAAACATAACATTAAGGGGAAATGGG-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|3 : CCCCTT-AATGCCACCGTCTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGC--TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTT-GAAT-ATGAAATAAAAGCAGCACTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAAGAAA---CTTA------T-ATATCAA-TG-GATTT-T-ATAAATT----AAAACCTTAC-TA-TATACATAGCC-AAA--A-A-AA--A---TAC-AAAGTTA-CTTG----T-A-GAAAA-AA---TGC--G-----GT-GCAAA-AGGTATATTTG--A--AAAAA-TATTGTT--T--AA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-AACAATATTTT--AAATT-A-T--AGTG-TACT-A-TAT-ATT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATT-ATT-TT-ATCATTC-AT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-C-CACCATTGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGTAAAAAC-ACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------AAT----CACGT-GG-GGAT---------TGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTTT-GGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAGCT--AAGGAATTG-AGCT-G--TGCGTC-AAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGATT-AGAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAt
gi|4 : tcgttgcTTTTCCCCTT-AATACCACC-TTCTGACGAACTGTCTATTTCCT-------------ATGCTTT-----CCCCTTA-AAAAGATTTTTTAA---------------CA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACGAGTTTAG-AATG---TTCAAACATATAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTAATACATTGCCAAAA---------A-AAAACA------AAA--A-A-AAAAA---AAC-AA-TTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---T-----------------ACAGGTATAT--G--G--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAT-AAATTA--------T---CAAAT-AAATA----AGA-----ATAA-AACGT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACA-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----TGCT---GAAATTTTATG-ATG-TT-AT-ATTCAAT---------------------GGTGAAGGTCTTGTAAACC------T-TACACTG-TGGC-----------------------T-AGGT-AAAAC-ACATGA-TTCCTGGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T--------------------------T--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTGGGCTCTG----TA-GATTGGGCGTGTT---------------------AAATG-AGGGAG--T-CGTCAAAACATGGCAATATGAGAAAATGGA-T-AAAAAT-GCC-TAAGAGGAAAA
gi|5 : GTTGA---TT-ATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-ACCAGTAT-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAAT-----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-C-CAA-----C-AA-GTCAGCTTG----T-AAGAAAA-AAA--TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAAATATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAC-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-A-TAT-ATTTT--AAATT-A-T--AATGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--TGTT-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-T-GC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGT-AAAACGACACAA-TCCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-CG-T-AC--ATG-TC--CCT--------------------------------------TGT--------ATA-GTA--ACAAACCACATTTT-GGGGTCTAA-TAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGT-GCAT-T--AAGGAAATG-AGGG-G---GCGTCAAAATGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T--AAAAG-GTC-TAAGGGGAAAA
gi|6 : ACTCTTTTCCCTTT-AATGCCACC-TTTTGACACAATGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATACTTT-----CCCCTTA-GA--GATTTTTTGAAT-ATGAAATAAAA-CA---CTGATGGATGGTTTAATGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAAACTCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-CAGACATTGCC-AAA--A-A-TACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AGACCCTGT-GCAAACAGGTGTAT--G--A--CAAAA-TATTGGT--TTTAA---CTTCAG-AAAT-AAA--AAA-----GAAAT-A----------A---GTATTA-AACA-TATTTC--AAATT-A-C--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----ATCT---G-AATTTTATG-ATT-TT-AT-ATCCAAT--AGTA-AA--TGC-ACTGTAGGTAATAGTTTTGTAAACC------T-CACAATA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AC-AGGT-AAAAC-ATATGA-TTCC-TGGACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-TGAa
gi|7 : ATCAA-TG-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-GA-TATACATTGCCTAAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTGAGTTT-AAGAAAA-A----TGC-AG-----AT-TCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAAC-------AATT---------AAATA----AG-----TATAA-AACAT-ATTCT--AAATTTA-T--AGTGGCACT-A-TAT-A-T-GA-TG-------TC-TGAA-ATCTTATGACATTTTATG-ATT-TT-AC-ATTCA-T--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAAGTTTCGAAAACC------T-CACACTA-TGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAACAC-AGAT-AAAAC-ACATGA-TTCC-TGAACAGAGAA-A-C--AT-TGC--TAA-T-CAA-T-T--A-AG-T-ACT-AT--TC--CCC-T-------TGT--C-CACTT-GGAGGAT--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TA-TATTGGGTGCCTCAAAA-GGTGGCAT-T--AAGGAGATG-AGGG-G--GTCATCAAAAGGTGGCATTAAGGGGAAA-GGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGTAAAA
gi|8 : TTAACCATAAAACACA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GA-TTGTAATAAAAT-----AA-CCTT-CGTA-TATATGTTGCA-AAA--A-ATAAAAAAATTAC-AA-GTCA-ACTA----T-AAG-AAA-AA---TGC-AG-----G---------------T--G--A--AAAAA-TATAGTTAATTTAT---TTTCAG-AAAT-----TAAATT-----AAT-AA---------A---GTATAATAACA-TATTTTAAAAATT-A-TAAAGTGGCACT-ATTATGAAT-GA-TG-------TTAC----ATCT---AAAATTTTATGAATT-TTAAT-ATTCAAT--AATA-AATTTGC-AC---AGTTAAA---------------------CACA--A-TGG---A-T----TC---CT-GGAT-AC-AGG--AAAAC-AT----------------------------T-TGT-GTAA-TACAA-T-T--G-TG-TAAC--ATG-TC--CCCATAATCCAGTAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACTAATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGTGATG----TA-TATTAGTTGCATCAAAA-GGTGGCA--TC-AAGGCAATG-AGGG-G--GTCGTCGAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-ACAAAG-GTCTTAAGG---AAAGA
gi|9 : TATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCA-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTGT---T-AAGGAAA-AAAATTGC-AG-----GT-GCAAACA-GTATAT--GAAA--AAAAA-TATTGTT--TTAAAAACTTTTAG--AATCAAA-TAAATT---GAAAT--AATA------A---GTAT-A-AACA-TATTTT--GAATT-A-T--A-TGG-ACT-A-TAT-TAT-GATTG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--A-TATAA--TGC-AC---AGGTAAAA--TTTGTAAAAC------TCCACACCA-TTGC-AATT----TCA-GCC-AAAA-ACGATGT-AAAAC-ACAC-A-TT-C-GAAACAG-GAA-A-CA-AT-TGC-AT---T-CAA-T-TG-G-TG-T-AC--ATGATC--CCC-T-------TATTGC-CACTT-TG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTT---GGGTCTAATTAACTTTTG----GT-GATTG---------------------------AGAAATG-AGGG-GCTTGCGTC-----------TCA-----AAATGGA-T-AAAAAGCGTC-TAAGGG
blockSeqs : . C G CT AAATT T AA T AG GCA CTA . GGT ATT ACCAGTA . . T G GCCA A A G T T CC C T C AAT . A G AGTT A T AAT . ACCCT A G TT AA . A AA AAC . CAAAT G C TTTTAAAG T CA AA T A AA T G T G A C T . T GAA TAT T A G A C . AT TT C TGT T CACACGT T C C TTTG AG A AC G A G NN G TG A G A NT A CA T A T A TC A A A AA C CA A AATCCAG TGC TNNN ATAATTTCG GTCATTGA G . N GGGT A C . GCT . A CTTG T T . C T
blockSeqs : . C . C . . . . AG . . . . . TA . . . G . . . . . . . . . C . . . . T . . A . . . A . A . . . . . CAAAT G . AGACTAG . TT . . . . A . . . A . . . A . . T . . . . . T . . G G TC . . T . G . C . . . AA . T . . . A . G . . . . T . . A G A . . . CG TGGA N . . . G . . G . TT . . TG A . . . .
blockSeqs : . T . C . . . . AA . . . . . A . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CAAAT G . AGAA . AT . . . . T . . . T . . . . . . T . . . . . A . . . G N . . . . N . N . . . TG . N . . . . . A . . . . G . . . T . . . . C CGG G . . . A . . C . TT . . TG A . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . AG . . . . . A . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CAACT G . AGA . T . . . . T . . . A . . . . . . T . . . . . T . . . G G . . . . A . G . . . TT . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C ATG G . . . A . . A . TT . . TG A . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . A . . . . . A . . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CAAAT C . AG . T . . . . C . . . A . . . . . . T . . . . . A . . . G T . . . . G . C . . . CA . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . C TGT G . . . A . . A . TT . . GT A . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . AAA G . AG . T . . . . T . . . A . . . . . . T . . . . . A . . . G T . . . . G . C . . . TG . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . C TGG G . . . A . . G . TC . . GT G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TA G . AG . T . . . . C . . . A . . . . . . T . . . . . T . . . G T . . . . A . A . . . CA . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C TGG G . . . A . . G . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T G . AG . T . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T . . . . G . A . . . TG . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . C TGT . . . . . . . A . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A T . . . . G . C . . . TG . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C TTG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A T . . . . . . T . . . G . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***** ** CAAAT* G*** T* ******* **** ** A* G******** TT***
originalCons : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGCC-TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACATTATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA--T--AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
finalCons : AACTCTTTTCCCCTT-AATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGGC--TTTCTATGCTTT-----CCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAG-AATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------T-ATATCAA-TG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAAT-AAATTG---AAAT-AAATA----AGA---GTATAA-AACAT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGATG--------TGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCATT---AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 11 11111111 1111 111111 22222222222 1111111 1111 1111111 111111111 11111111
lowQualScore : 0 8 5 0 888888 22222 66 5 66 00 5 0 00 888 888 5 888 777 33333333 4 3 3 3 7777 3 3 3 3 3 44 3 3 2 555 3 3 3 0 0000 3 3 999 3 88888 3 1 55 88 55 4 55 777 4 000000 7777 3 66666666666 3 3 3 3 555 7 3 55 4 3 3 3 2 3 3 1111111 7 4444 666 4 3 3 7 3 44 66 44 3 999 4 99999999 3 3 6 6666 55 3 55 3 5 0 5 66 2 44 2 2 2 66 2 55 2 2 5 2 99 2 2 5 99 5 33 2 0000000 5555 88888 555555555 33333333 3 3 0 8 7777 3 3 3 7777 4 4 9999 6 0 4 4 4 8
lowQualScore : . . . . ...... ..... .. . .. .. . . .. ... ... . ... ... ........ . . . . .... . . . . . .. . . . ... . . . . .... . . ... . ..... . . .. .. .. . .. ... . ...... .... . ........... . . . . ... . . .. . . . . . . . ....... . .... ... . . . . . .. .. .. . ... . ........ . . . .... .. . .. . . . . .. . .. . . . .. . .. . . . . .. . . . .. . .. . ....... .... ..... ......... ........ . . . . .... . . . .... . . .... . . . . . .
lowQualScore : 2 8 0 1 222222 55555 99 0 99 66 0 1 88 888 888 0 888 888 77777777 0 6 6 5 7777 6 6 6 6 3 66 3 3 5 888 3 3 3 1 4444 3 3 222 3 33333 3 8 00 66 00 0 55 000 0 888888 7777 6 11111111111 3 3 3 3 000 3 6 00 1 6 6 6 3 6 6 8888888 3 1111 444 4 6 6 3 6 66 99 66 3 222 4 22222222 1 1 2 5555 33 1 22 1 7 4 7 11 9 99 9 9 9 88 9 66 9 9 7 9 66 9 9 7 66 7 99 9 0000000 0000 77777 555555555 22222222 6 6 5 8 1111 3 7 6 5555 4 4 0000 4 1 4 4 4 9
consensus : AACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGG-CC-TTTCTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-A-AC-AT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA-TT-AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
Reference ( family-1090 ) : AACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGG-C--TTTCTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGA---GTATAA-A-AC-AT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-TGGC-AA-T----TCA-GCC-AAAN-AC-AGGT-AAAAC-ACACGA-TTCC-NGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCGTCAAAA-GGTGGCA-TT-AAGGAAATG-AGGG-G--TGCGTCAAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|1 : AACTCTTTCCCCTTAAATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGG-CC-TTTCTATGCTTC-----CGCCCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAA-GCA---CTTATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAAATG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TAATATCAATTG-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC---A--A-A-AACAA---TACAAA-GTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGCAAG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--AAGAAAAA-TATTGTT--TTT-----CTTCAACAAATCCAATTAAATTTTGGAAAT-AAATA------A---GTATAA-ACAA-AT-ATTTT--AAATTAA-T--AGTGGTACT-A--AT-AAT-AA-TGAAATGTTTT-CAATTATCT---G--ATTTTATG-ATT-TTAAT-ATTCAATTAAGT--AA--TGC-AC---AGTTAAA-GTTTTGTAAACC------T-CACAACA-TGGC-AA-T----TCA-AGC-AAAA-AC-ATGTAAAAACAACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--A--TGC-ATAA-T-CAATT-T--G-TG-T-AA--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-GGATG-------GTGT--------ATA-ATACAACAACCCACATTTT-GGGGTCTGATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAAGGGTGGCA-TTAAAGGAAATGAAGGG-G--TGCATCATAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-TAAAAAAG-GTCTTAAGGGGAAAAGA
gi|10 : ACTCTTTTCCCCTTAATGCCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGG-CC-TTTCTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTTTGAAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGTTTTAGAA-TG---ATCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTTA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--GA-A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTACAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATATTTTAAA---GTATAA-A-AC-AT-ATTTT--A
gi|11 : TAA-C-AC-AA-ATTT---GAATT-AAT--AGTGGTTCTGA-TGT-A-T-GA-TG-------TTTC----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTT-A---TGCCGCG--AGGTTAATGGTTTGTAAATCCACACGT-TACACTA-TGGC-AC-TTTTGTCA-GCCAAAAC-AC-AGGC-AAG-------GAGTTTC-TGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GT-A-T-CAATT-T--G-TG-T-ATG-ATG-T---CCC-T-------TAT--C-CACTC-GG-GGAT--------
gi|11 : ATTAAGCTCTG----TG-GATCGGGTGTCTCGAGA-taagctctgtggatcgggtgtctcgagattaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|12 : taacacaaatttgaattaatagtggttctgatgtatgatgtttcatctgaaatttatgattttatattcaatagttatgccgcgaggttaatggtttgtaaatccacacgttacactatggcacttttgtcagccaaaacacaggcaaggagtttctgaacaggaaacattgcgtatcaatttgtgtatgatgtcccttatccactcggggACTCTTTTCCA--TAATGC-ACC-TTTTGACGCACTGGCC-CTTCTTTAGAA-C--T----ATGCTT------C--CCTTTATGA--ATTTTTTTTAGTTATGA--TAGA------------GTA-GGTTTAAA-TTGACTATTTATACAGGTTTCGAA-TGGGTCTCAAACATATAACAAAATTCT--------TA-TATCAAT-TTGATTT-TGATAAATT----AAA-CTTT-C-TATTATACATTGCC-AAACCACA-AACAT---AAC-AA-A--------------AAAAAAA-AA---AAC-AA-----ACAACAAACAAATAttaacttctaaacgtaggaaacaaagcagtgtttttgt
gi|13 : gTCTAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGNNNNNN------N-NNNNNNN-NNNN-NN-N----NNN-NNN-NNNN-NN-NNNN-NNNNN-NNNNNN-NNNN-NNNNNNN-NNN-N-NNTAT-TGC-ATTA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTTNNN-NNNN--------NNNN--------NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTCT-AATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCA-TT-AAGGAaaaacaaaaaa
gi|14 : ---GAAATCAAATA----AGA---ATA----A-AC-AT-ATTT---AAATG-A-T-----GGAACT-A-TA---ATCGA-TT-------TT-C----ATC----GACATTT-ATG-ATTGTT-AT-A--CAAT--AAAT-AA--T-C-AC---AGGTAA-GGTTTGGTAAAC---------CACACTA--GGC-AA-T----TCA--CA-AAAG-AC-TAGT-AA----ACAAAA-TTCT-GAAACAG-GAAGA-C--ATAAGC-ATAATT-CAA-TAT--GATGAT-AC--AT--TC--CCC-
gi|15 : ttgcttaactatcgcaTTGTAAACC------G-CACACTA-TGGCCAACT----TCAAGCC-AAAC-AC-AGGC-AAG-------GA-TTTC-TGAACAG-GAA-AAC--AT-GAC-GTAA-T-CAA-T-TT-G-TG-T-AT--ATGCTC--CCC-T-------TAT--C-CACC--------------------T--------AT---TAC-------------TTGGAG-----ATTAAGCTCTG----GTAGATTGGGTGCCTCAGAaaatca
gi|16 : GAT-AGAAC-ACGTGA-TTCC-TGAATTG-GAA-A-C---T-TGCCATAA-T-CAA-T-TTCG-TG-TAACAAATG-TTCACCC-T-------TGT--CGCTCTA-TG-GGATATAATTTCGTGCGTCATTGAATAGGTAT-ACAACCCATGTTTGAGGAGTTTAATTttaacttcatttaaaaccgttagcaacaacagtgttttta
gi|17 : tACTCTTTTCCCCTTAATGC-ACC-TTTTGACGCATTGGCCATTTCCTTAAGG-CCTTTTCTGTGCTTT-----C--CCATCA-GA--GGTTTTTAATAT-ATGAAATAAAAGCA---CTGATGTATGG-TTAAA
gi|18 : GCTCTG----TT-GATCGAGTGCATCAAAA-GGTGGCA-TT-AAGGAAATA-AGGG-G--TGCATCTCAAGGTGGCACTAAGGGGAAATGGA-T-AAAAAG-A-C-TAAGG
gi|19 : -AAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----TAAAGAAAATAA---TGC-AG-----TT-CCAAACA-GTATAT--A--A--AAA
gi|2 : AACTCTTTTCCCCTTAATGTCACC-TTTTGACGCACTGGCCATTTCCTT----------TCTATGCTTTAAATTC--CCCTAA-GA--TATTTTTTTAAT-ATGAAATAAAAACA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTAACAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTCTAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AGACTAGTATAA-A-AC-ATTATTTT--GAATT-A-T--AGTGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACCA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AT-AGGT-AAAAC-ACATTA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TAC-GTAA-T-CAG-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-A-------TAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGTGGCA--T-AAGGAAATG-AGGG-G--TGCATCAAAACATAACATTAAGGGGAAATGGG-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAGA
gi|3 : CCCCTTAATGCCACCGTCTTGACGCACTGGCCATTTCCTTAAGG-C--TTTCTATGCTTT-----C--CCCTTA-GA--GGTTTTT-GAAT-ATGAAATAAAAGCAGCACTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATAAAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAAGAAA---CTTA------TA-TATCAAT-G-GATTT-T-ATAAATT----AAAACCTTAC-TA-TATACATAGCC-AAA--A-A-AA--A---TAC-AAAGTTA-CTTG----T-A-GAAAA-AA---TGC--G-----GT-GCAAA-AGGTATATTTG--A--AAAAA-TATTGTT--T--AA---CTTCAG-AAATCAAA-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-A-ACAAT-ATTTT--AAATT-A-T--AGT-GTACT-A-TAT-ATT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATT-ATT-TT-ATCATTC-AT--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-C-CACCATTGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGTAAAAAC-ACACAA-TTCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------AAT----CACGT-GG-GGAT---------TGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTTT-GGGGTCTAATTAAGCTCTG----TT-GATTGAGTGCGTCAAAA-GGTGGCAGCT-AAGGAATTG-AGCT-G--TGCGTC-AAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGATT-AGAAAG-GTC-TAAGGGGAAAAt
gi|4 : tcgttgcTTTTCCCCTTAATACCACC-TTCTGACGAACTGTCTATTTCCT--------------ATGCTTT-----C--CCCTTA-AAAAGATTTTTTAA---------------CA---CTGATGTATGGTTTAAAGTTGA---TTTATACGAGTTTAGAA-TG---TTCAAACATATAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTAATACATTGCCAAAA---------A-AAAACA------AAA--A-A-AAAAA---AAC-AA-TTCA-CTTG----T-AAGAAAA-AA---T-----------------ACAGGTATAT--G--G--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAT-AAATTA--------T---CAAAT-AAATA----AGA-----ATAA-A-AC-GT-ATTTT--AAATT-A-T--AGTGGCACA-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----TGCT---GAAATTTTATG-ATG-TT-AT-ATTCAAT---------------------GGTGAAGGTCTTGTAAACC------T-TACACTG-TGGC-----------------------T-AGGT-AAAAC-ACATGA-TTCCTGGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-GTAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T--------------------------T--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTGGGCTCTG----TA-GATTGGGCGTGTT--------------------AAATG-AGGGAG--T-CGTCAAAACATGGCAATATGAGAAAATGGA-T-AAAAAT-GCC-TAAGAGGAAAA
gi|5 : GTTGA---TT-ATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAACATCTAACAAA---CT-ACCAGTATA-TATCAAT-G-GATTTGTGATAAAT-----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCC-AAA--A-A-C-CAA-----C-AA-GTCAGCTTG----T-AAGAAAA-AAA--TGC-AG-----GT-GCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAAATATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAATCAAC-TAAATT---GAAAT-AAATA----AG-----TATAA-A--T-AT-ATTTT--AAATT-A-T--AATGGTACT-A-TAT-AAT-GA-TG-------TT-C----ATCT---GAAATTT-ATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--TGTT-AA--TGC-AC---AGGTAAAGGTTTTGTAAACC------T-CACACTA-T-GC-AA-T----TCA-GCC-AAAA-AC-ATGT-AAAACGACACAA-TCCC-AGAACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-CG-T-AC--ATG-TC--CCT--------------------------------------TGT--------ATA-GTA--ACAAACCACATTTT-GGGGTCTAA-TAAGCTCTG----TT-GATTGGGTGCATCAAAA-GGT-GCA-TT-AAGGAAATG-AGGG-G---GCGTCAAAATGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T--AAAAG-GTC-TAAGGGGAAAA
gi|6 : ACTCTTTTCCCTTTAATGCCACC-TTTTGACACAATGGCCATTTCCTTAAGGCC--TTTCTATACTTT-----C--CCCTTA-GA--GATTTTTTGAAT-ATGAAATAAAA-CA---CTGATGGATGGTTTAATGTTGA---TTTATACAGGTTTAGAA-TG---TTCAAAACTCTAACAAA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-CAGACATTGCC-AAA--A-A-TACAA---TAC-AA-GTCA-CCTG----T-AAGAAAA-AA---TGC-AGACCCTGT-GCAAACAGGTGTAT--G--A--CAAAA-TATTGGT--TTTAA---CTTCAG-AAAT-AAA--AAA-----GAAAT-A----------A---GTATTA-A-AC-AT-ATTTC--AAATT-A-C--AGTGGCACT-A-TAT-AAT-TA-TG-------TT-C----ATCT---G-AATTTTATG-ATT-TT-AT-ATCCAAT--AGTA-AA--TGC-ACTGTAGGTAATAGTTTTGTAAACC------T-CACAATA-TGGC-AA-T----TCA-ACC-AAAC-AC-AGGT-AAAAC-ATATGA-TTCC-TGGACAG-GAA-A-C--AT-TGC-ATAA-T-CAA-T-T--G-TG-T-AC--ATG-TC--CCC-T-------TAT--C-CACTT-GG-TGAa
gi|7 : ATCAAT-G-GATTTGTTATAAATT----AAA-CCTT-C-GA-TATACATTGCCTAAA--A-A-AAAAA---TAC-AA-GTCA-CCTGAGTTT-AAGAAAA-A----TGC-AG-----AT-TCAAACAGGTATAT--G--A--AAAAA-TATTGTT--TTTAA---CTTCAG-AAAC-------AATT---------AAATA----AG-----TATAA-A-AC-AT-ATTCT--AAATTTA-T--AGTGGCACT-A-TAT-A-T-GA-TG-------TC-TGAA-ATCTTATGACATTTTATG-ATT-TT-AC-ATTCA-T--AGTA-AA--TGC-AC---AGGTAAAAGTTTCGAAAACC------T-CACACTA-TGAC-AA-T----TCA-GCC-AAAACAC-AGAT-AAAAC-ACATGA-TTCC-TGAACAGAGAA-A-C--AT-TGC--TAA-T-CAA-T-T--A-AG-T-ACT-AT--TC--CCC-T-------TGT--C-CACTT-GGAGGAT--------GTGT--------ACA-GTAC-ACAACCCATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGCTCTG----TA-TATTGGGTGCCTCAAAA-GGTGGCA-TT-AAGGAGATG-AGGG-G--GTCATCAAAAGGTGGCATTAAGGGGAAA-GGA-T-AAAAAG-GTC-TAAGGGTAAAA
gi|8 : TTAACCATAAAACACA---CT-A------TA-TATCAAT-G-GA-TTGTAATAAAAT-----AA-CCTT-CGTA-TATATGTTGCA-AAA--A-ATAAAAAAATTAC-AA-GTCA-ACTA----T-AAG-AAA-AA---TGC-AG-----G---------------T--G--A--AAAAA-TATAGTTAATTTAT---TTTCAG-AAAT-----TAAATT-----AAT-AA---------A---GTATAATA-AC-AT-ATTTTAAAAATT-A-TAAAGTGGCACT-ATTATGAAT-GA-TG-------TTAC----ATCT---AAAATTTTATGAATT-TTAAT-ATTCAAT--AATA-AATTTGC-AC---AGTTAAA---------------------CACA--A-TGG---A-T----TC---CT-GGAT-AC-AGG--AAAAC-AT----------------------------T-TGT-GTAA-TACAA-T-T--G-TG-TAAC--ATG-TC--CCCATAATCCAGTAT--C-CACTT-GT-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACTAATGTTTTAGGGGTCTAATTAAGTGATG----TA-TATTAGTTGCATCAAAA-GGTGGCA-TC-AAGGCAATG-AGGG-G--GTCGTCGAAACGTGGCATTAAGGGGAAATGGA-T-ACAAAG-GTCTTAAGG---AAAGA
gi|9 : -TATCAAT-G-GATTTGTGATAAATT----AAA-CCTT-C-TA-TATACATTGCA-AAA--A-A-AACAA---TAC-AA-GTCA-CTTGT---T-AAGGAAA-AAAATTGC-AG-----GT-GCAAACA-GTATAT--GAAA--AAAAA-TATTGTT--TTAAAAACTTTTAG--AATCAAA-TAAATT---GAAAT--AATA------A---GTAT-A-A-AC-AT-ATTTT--GAATT-A-T--A-TGG-ACT-A-TAT-TAT-GATTG-------TT-C----ATCT---GAAATTTTATG-ATT-TT-AT-ATTCAAT--A-TATAA--TGC-AC---AGGTAAAA--TTTGTAAAAC------TCCACACCA-TTGC-AATT----TCA-GCC-AAAA-ACGATGT-AAAAC-ACAC-A-TT-C-GAAACAG-GAA-A-CA-AT-TGC-AT---T-CAA-T-TG-G-TG-T-AC--ATGATC--CCC-T-------TATTGC-CACTT-TG-GGAT--------GTGT--------ATA-GTAC-ACAACCCACATTT---GGGTCTAATTAACTTTTG----GT-GATTG--------------------------AGAAATG-AGGG-GCTTGCGTC-----------TCA-----AAATGGA-T-AAAAAGCGTC-TAAGGG