lowQualScore                  :                                                                         11                        11111111   111                      1111111            555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                  1111111              111111   111111111111         2222222222222222222222      11111111111111111111                                                 1111111              11111                                             2222222      1111111111111                11    11111111    11111111                                                    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                           
lowQualScore                  :                                   3     2    666666 2 2  55  44  2    2 66      2 2 2 2    4    2 33333333   666 33 2  444    5555    2222222 0 66666    777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  999999  2       1111111  2  444   33 888888   000000000000    2  2 3333333333333333333333   2  99999999999999999999      1   0 777 0     5555   888 0 5555   444  2 1111111    66666     88888 2 444  2 777        2   2     2 2      666  7777777      4444444444444       2     33 66  2 22222222    55555555    66666 2  2  33     2 2  2  2  2 2   2   88  2   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444       55  0 55    3     4   6   8  66     
lowQualScore                  :                                   .     .    ...... . .  ..  ..  .    . ..      . . . .    .    . ........   ... .. .  ...    ....    ....... . .....    .................................................................................  ......  .       .......  .  ...   .. ......   ............    .  . ......................   .  ....................      .   . ... .     ....   ... . ....   ...  . .......    .....     ..... . ...  . ...        .   .     . .      ...  .......      .............       .     .. ..  . ........    ........    ..... .  .  ..     . .  .  .  . .   .   ..  .   ............................................................................       ..  . ..    .     .   .   .  ..     
lowQualScore                  :                                   1     7    888888 4 4  66  33  4    4 55      4 4 4 4    7    4 99999999   222 44 5  444    3333    1111111 3 77777    888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  444444  2       4444444  4  111   22 444444   222222222222    4  5 4444444444444444444444   9  88888888888888888888      8   9 555 5     7777   333 5 7777   777  7 5555555    77777     33333 5 444  5 888        5   7     5 5      444  9999999      1111111111111       5     44 22  5 55555555    00000000    22222 5  5  44     7 7  7  7  7 7   9   11  9   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333       00  5 00    6     0   0   9  88     
consensus                     :                             ATAAGG-AACAA-CAAA------T-G-TT--TTT-GT-TTGA-GG-TTCATT-T-T-A-TATC-TGAT-TA-------GAAA-TC--A-TG---AAAT----AAAT-------ATT-----TTTTTT---AA-CA-----------A------A-----------T-A-----G----ATG-------A---------CTATTAT-TT------AT-TTTCTTA---G---AA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A-------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AAC-GTCTC-T-CCTGTTT--GTG-GG---TTTTTT---C---C---T-GATTTTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAG----T-A-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-CTT-CAT--------------TT----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAN-ATCTG
Reference ( gi|6 )            :                             ATAAGG-AACAA-CAAA------T-G-TT--TTT-GT-TTGA-GA-TTCATT-T-T-A-TATC-TGAT-TA-------GAAATTC--A-TG---AAAT----AAAT-------ATT-----TTTTTT--TAA-CA-----------A------A-----------T-A-----T----ATG-------A---------CTATGAC-TT------AT-TTTCTTA---G---AA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A-------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AAC-ATCTC-T-CCTGTTT--GTA-GG---TTTTTT---T---C---T-GATTTTA-GTGAA--A-ACT-T--------ACAG----C-A-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-TTT-CAT--------------TT----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATACTA-CAA-ATCTG
gi|9                          :                             ATAAG--AACAA-CAAA------T-A-TTC-TTT-GT-TT-A-G---TTATT-T-T-A-TATA-TGAT-AA-------GAAAT-C--A-T----AAAT----AA-T-------ACT-----TTTTA----AA-CA-----------A------A-----------T-A-----G------G-------A---------C-ATTAT-TT------AT-T--CTTA---G---AA-T----ATG--T-----CATT-TTCC-TA----ATCT--A-T-------AAAA---A-------AA--------------T---------CTAGCATTTA-----TCTTATC----TTA---A------TGT---GC-A--T----TGC------TAATA-TT--T-A---TCCA--GGTTTACA--AAC-ATCTC-T-C---TTTAAGTA-GT---TTTTCC---C---C---T-GATTTCACGTGAA--C--CT-T--------ACAG----T---TTGA-----AACA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-CGCTGAACC---T-CAT--------------TTG---------GTC--A-----------CAA--C--A--AA--GG---------TA-----AGTATC----GGA--ACTA-TATAA-TA
gi|2                          :                             ATAAGG-GA-AA--AAA------TAG-TT------GT-TTAA-GA-TT-------T-A-TATC-AGATACAAAAAGGCGAAGTTCTGATTA---AAATAATAAAATA------ATT-----ATTTTT--AAA-CACT---------AGACATCA-----------T-ACTTTGT----ATA-------G---------CTAT-AT-TT------TT-TCTCTCA---G---AA-TT---ACG--T-----ATTT-T--T-TA----ATTT-CA-T--------------A-------AAA-AA-GTAA--T--T--GA-----TCAGCATTTGGA--TTCTTACCCCGTTAA---A-------CT---AA-A--C----TGCC-----TA---------------------GTTTACAG-AAT-GTCTC-T-CCTGCTA--GTG-------TTTTT---T---A---T-GGATTTA-GTGAA--GCCCT-T--------A-AG----T-G-TTAAAAATTA-TA-TT--TCTTG-T-TA-TT-AA-C-CTG-ACC-TTA-CAT--------------TT----------gcac
gi|7                          : tgatacaaaatgcatagaatattcaaatATGAGG-AACAA--ATA------C-G-CT--CAT-GT-TAGG-G--TTTATT-T-T-A-GATC-TGAT-T--------TTAATTC--A-TG---AATT----AAAaaggtccctacgggacatcaataacatgccattcattgcgtcagatg
gi|26                         :                             ATAAGG-AACAA-CAAAATTTAAT-G-TT--TT--GT-T-GA-G--TTCATT-T-TCA-TATC-TGAT-TA-------GAAA-TC--A-TG---AAAT----Aaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttttttttttttacatattatgaatgagaagtctttgatttattttcttaacttatttattggtaaaacaaatttacagcatcggacttttacttcagtaatcctttttaaattaataataaagtttataggacatctccctgtttgtgttttttctgattttagtgagccaattgtgtttgaaatttcctgttattagcttgaccctccataatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|27                         :                              tAAGGCAACAC-AAAA------T-G-TTGTTTT-GT-TTGA-GG-TTCATT-T-T-A-TATCATGAT-TA-------GAg
gi|15                         :                          atataAAGA-AACAA-CAAA------T-G-GC--TT--GT-TTAA-GG-GTTACT-T-C-A-GATC-TGAT-TT-------GAAA-TA--A-TG---AA------AAAT--------TT-----ATTTCT--TAA-CA-----------ATAG---A-----------C-A-----T----ATGTGTGGGAA---------GTCTCAC-TTTGTGTAAT-TTT-TTATCCGAATAA-TT---ACT--T------ATTGT--T-TT----ATTT-CA-
gi|22                         :  tgatacaaaatgcataaaataatcaaatgaAGG-AACAA-CAAA------T-G-TT--TTT-GT-TTGA-GT-TTCATT-T-T-A-TATC-TGAT-TA-------GAAA-TC--A-TG---AAAT----AAAT-------A-------TTTTTC--AAA-CA-----------A------A-----------T-A-----G----ATG-------A---------CTATTAT-TC------AT-TTTCTTA---G---AA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-
gi|3                          :                                 GG-CACAA-CAAA------T-G-TT--TTTTGT-TTGA-GT-TTCATTCT-T-A-TATC-TGAT-TA-------GAA--TC--A-CG---AAAT----AAA--------ATA-----TTTTTC--AAAACA-----------A------A-----------T-A----------ATG-------A---------CTATTAT-TC------AT-TTTCTTA---G---AA-TT---ACT--T-----CATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------TATA---T-------AAA-CA-ATA------T--T------CCAGCATTTGAA---TCTTACC----TAA---AGT----TGT---GATA--TGTGGTGTT-----CTATA-TTC-T-A---TC-AA-GGTTTACGG-AAC-ATCTC-T-CCTGTTA--GTA-GT---TTTTTT---CTTCC---T-GATTTTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAG----T-A-TTGA-----A-CATTT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-CTT-CAT--------------TT----------GTCAAA-----------CAA--C--A--AT--GG-------T-TT-----TGTATCT--GAAACTATTA-TATAA-TATGCTAGCAA-ATCTG
gi|21                         :                                 GG-AAAAA-CAAG------T-GGTT--TTT-GT-TTGA-GG-TCCATT-T-T-A-TATT-TAAT-TG-------GAAA-TC--A-TG---ATAT----CAAT-------AAT-----Tactt
gi|12                         :                                  G-AACAT-CAGA------T-G-TT--TTT-GT-TTGA-GG-TTTATT-T-T-A-GATC-TGAT-TT-------GAAAT-C--A-TA---AAAT----ATAT-------ATT-----TGTT-----AA-CATATGAATTGGGA------AGTCACACCTTGT-A-----T----TTA-------A---------CTATTAT-AT------AT-TTTCTTA---G---AA-TT---AGT--T------ATTGT--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A-------AAA-AATAATA--ATTT--A------TCCGCATTTGAA---TTTTACC----CTA---TGT----AGT---AA-A--C----TGTC-----TAATA-TC--T-A---T--A-----CTACAG-AAaactaattataatttaaagaattttttgttgttgatgtttcatacatttattttcaat
gi|5                          :                                   -AACAA-CAAA------T-G-TT--TTC-GT-TTGA-GG-TACATT-T-T-A-TATC-TGAT-TT-------GAAAT-C--A-TG---AAAT----AAAT-------ATT-----TTTTA----AA-CA-----------A------A-----------T-A-----G----ATG-------A---------TTATTGT-TT------AT-TTTCTTA---C---AA-TT---ACT--T-----ATTT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A-------AAATAATAAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGA----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AAC-ATTTC-T-CCTGTTG--GTA--A---TTTTTT---C---C---T-GACTTTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAT----T-A-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-C-TA-TT-GG-C-CTG-ACC-TTT-CA---------------TT----------GCC-AA-----------CAA--C--A--AA--GGTTTTGACT-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
gi|20                         :                                   -AATAATCAAA------T-A-GT--TTT-GT-TTGA-AG-TTCGTT-T-T-A-TATC-TGAT-TT-------GAAA-TC--A-AA---AAGT----TAAT-------ATT-----TTTTTC-------------------A------A-----------T-A-----G----ATA-------A---------CTTTTA--TC------AT-TTTCTTA---G---AA-TG---GCT--T------ATTGT--C-AA----ATTT-TATT-------AAAT---A-------AAG-AA-AAGA--A--T--A------TTAGTATTTGctta
gi|19                         :                                  a-AACAC-AAAA------T---CC--TTT-GT-TTGGTGT-TTTATT-T-T-A-GATC-TGAT-TT-------TAA--TC--A-TG---GA------------------TT-----TTTTTT--CTA-CAT----------G------A-----------C-A-----TTGAAATGGG-----A---------GTCTGAT-TT------AT-TTTCTGA---G---AATTT---ATC--T-----TATT-T----------GTGT-CA-T----------------------TAA-AA-CAAT--T--T--A------CCAGCA-TTGGA--CT-TTACG----TA
gi|4                          :                            aaacgaggcaCAA-CAAA------T-T-GC--TTT-GT-TTGA-G--TTCATT-TAT-AATATCGTGAT-AAA------GAAGATC--A-TG---AAAT----AAA--------ATT-----TTTTA----AA-CA-----------A------AA----------T-A-----G----ATG-------A---------ACAT-AT-TT-------C-TTTCTTA---G---AA-TT---ACTCAT-----CATT-T--C-TC----ATTTTCA-T-------TAAA---A-------AAA-A-----------T--G------CCAGCAATTGAAACTTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGC------TAATACTT--T-A---TC-A--GTTTTACAG-AAC-ATCTCCT-CCTGTTA--GTA-GT---TTTTTT---C---CCCCT-GAATTTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAG----TGA-TT-A-----A-CA-TTATCCCTGAT-TA-TTCAG-C-CTG-ACC-CTTGCAT--------------TT----------GTC-AA-----------CAA--C--A--A---GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATGCTA-CACTATCTGcaataa
gi|1                          :                                    aaacA-CAAA------T-G-TT--TTT-GT-T-GA-GGCTTCATG-T-T-A-TATC-TGAT-TA-------A----TC--A-TGCCCATAT----AA-T-------ATT-----TTT------AA-AAT----------A------A-----------T-AGG---C----ATGCTA----A---------CTTTG-C-TTTA----AT-TTGCTTA---G------TTTACACT--T-----CATT-T--C-CAGCCAATTT-CA-TTAAAAAAAAAA---AAAAAAATAAA-AA-AAAA--A--T--AACAAATCCAGCATTTGGG--CTCCTACC----TAACATAGT----TATGTCGA-ATTT----TGCCTATTATAATA-GT--T-----TC-ACTGGTTTACAGCAAC-ATCTC-T-AC-GTAT--GTA-GGGAATTTTTT---T---C---TCGATTTTA-TTG-A--A-ACT-TCAAATTCAACGGATGTT-A-TTAA-----A-AC-TT--TCCTG-TCTAGTT-AGTC-CTG-CCC-CTT-CTT--------------TA----------GTC-AA-----------CAGATC--A--AATGGA-------TGTT-----TGTATCTACGGAA--ACTA-ctgtcaa
gi|24                         :                                         gacAG------T-G-TT--TTT-GT-TTGA-GG-TTCATT-T-T-A-TATC-TGAT-TT-------AAAA-TC--A-TG---AAAT----AAATAAAAAAAATTAAACATTTATTGATAA-CT-----------T------A-----------T-AAT---T----ATT-------A----------TATTAT-TT------AT-TTTCGTA---
gi|23                         :                                             A------T-G-TT--TT--GTGTTGA-GA-TTCATT-T-T-A-TATC-TGAT-TA-------G-AATTC--A-TG---AAAT----AAAT-------A-------TTTTTT--TAA-CA-----------A------A-----------T-A-----G----ATG-------A---------CTATTATGTT------AT-TTTTCTA-------AA-TT---AC---T-----CATT-T--CTTA----ATTT-CA-cggt
gi|7                          :                                                                                                                                               TT-----TTTTTT--TTA-CA-----------T------A-----------T-------T----ATG-------AATGAGAAGTCTTTGAT-TT------AT-TTTCTTA---------------ACT--T------ATT-T----------ATT----------------G---G-------TAA-AA-CAAA--T--T--T------ACAGCATC-GGA--CTTTTACT----TCAGT-AATCCTTTTT---AA-A--T----T---------AATA-------A---TA-A--AGTTTATAG-GAC-ATCTC---CCTGTTT--GTG-------TTTTT---T---C---T-GATTTTA-GTGAGCCA-ATT-------------G----T-GTTTGA-----A--A-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-TTG-ACC-CTC-CAT--------------a
gi|11                         :                                                              atgaggaacaaatacgctcatgttagggtttattttagatctgattttaattcatgaattaaaaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttAA-CA-----------A------A-----------T-A-----G----ATG-------C---------CTATTAT-TT------AT-TT-CTTA---G---AA-T----ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAAAAAA-------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----T-CC-----TAATA--T--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACGATCTC-T-CTTGTTA--GTA-GC---TTTTTT---T---C---T-GATTTTA-GTGAC--A-CCC-T--------ACAG----T-A-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT--ACC-CTT-CAT--------------TT----------aatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|16                         :                                                                                                                                                           ttaaAA-AA-----------A------A-----------TTA-----G----ATA-------A---------CTCTCA---T------AT-CTTCTTA---C---AA-TT---GCT--T------ATTGC--C-TA----ACTT-CT-TTTTAAAAAAAA---A-------AAA-GA-AAGA--A--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AGT----TGT---AA-A----------C-----TAATA-------A---TC-A--GGTTTACAG-A---ATGTC-T-CCTGTTC--AT---G---TTTTCCCCAC---C---T-GGTTTTA-GTGAA--t
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  taaaaaaC-TC------ATATCTCTTA---C---AA-TT---GCT--TATGCCTACT-T--C-T------TTT-TA-A-------AAAA---A-------AAA-AA-GAAAGAA--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AAT----TGT---TA-A---------AC-----TAATA-------A---TC-A--GGTT-ACAG-AA---TGTC-T-CCTGTTC--CAA-TG---TTTTCC---C---CACCT-GGTTT-A-GTGAA--C--CTAT--------ATAG----C-A-TTGA-----A-CA-TT--T-CTG-T-TA-TT-AG-C-cctaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                     tttaaaaaaaaaaaattagatact------AT-GTTTTTAAA-G---AA-TT---ACT--T------ATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------AAAA---A-------AGA-AG-AAAA--A--TTTA------CCAGCATTTCGA--CTATTACC----CAA---AGT----TAT---AA-A--C----TGCC-----TAATA-TTAATAA---TC-A--GGTTTACAG-AAC-GTCTC-T-CCTGTGT--GTGTGG---TTTTTT---tgccatgtttaaagatggcggctaaattgaacacaggcgtcaaaaagcttgtaaaccatgtatctggtaacttatattacataattcgctcatgtatctgct
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgc--T--A------CCAGAATTTGGA--CTCTTAC------------------------G-----------GCC-----TAAT--TT--T-AGCCTC-A--CGTTTACAG-AAC-AACTC-TTCCTGTT---GTA-GGGG-CTTTGT---T---C-----GATT--A-GTGGA--A-ACC-TTA------ACAG----T-A-TTGA-----A-CC-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-CTT--AT--------------TG----------GTT-TT-----------GAA--C---------TT-------T-TT-----TGTAT-T--GGAA--ACTATTATAATTATGCTGTCAA-ATCTGatgcccccgtgatcgaagatcttgtttttcttctgatttttgttaaacgttagtgttgaacatttcctgttattagcctccatttaataatggcggtcaaactgaaaaattgtatccgagaactatataatacgctacatatctgct
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --G------CTAGCATTTGAA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TG--T-A---T----------ACGG-AAC-GTCTC----CTGTTT--GTG-GG---TTTTTC---C---C---CCGACTTTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAG----T-G-TTGA-----A-CA-TT--TCCTT-T-TA-TT-AG-C-TTG-ACC-CTT-CAT--------------TTCAGCG-----GTC-AAACTGAAAAATTCAA--C--A--A----G-------A-CT-----TGTGTCT--GGGA--ACTA-TATGT-TATGCTA-AAA-ATCTG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --T-A---TC-A--AGTTTACAG-AAC-GACTC-T-CCTGTTT--GTG--------TTTT---T---C---T-AGTTTTA-GTGAA--A-CCC-T--------ACAG----T-G-TTGA-----A-TA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-CTA-CAT--------------TTAATTATGGCGGTC-AAATGAAAATGT-CAA--C--AGCAA--GG---------CT-----TGTATCT--GGGA--GC---TATAA-TACGCTG-CAT-ATcttaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taa-A---TC-A--AGTTTACAG-AAC-GACTC-T-CCTGTTT--GC---G---TTTTCT---T----------ATTTTA-GTGAA--A-CCC-T--------ATAG----T-G-TTGT-----A-CA-TT--TCGTG-T-TA-TC-AG-C-CAG-ACC-CTA-CAC--------------TTAACTGAAC--GTC-AA-----------TAT--C--AC-AA--GG-------C-TTGTACATGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGTAA-CAT-ATCTG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ta-T-CCTGTTT--GTG-G------TGTT---T---C-----G---TTA-GTGAA--A-CCT-T--------ACAG----T-A-TTGA-----G-CA-TT--TCCcttaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT--GT-------TTTTCT---T---C---T-GATTTTT-GTTAA--A-CGT-T--------A--G----T-G-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT---CCATTT-AATAATGG---------CG----------GTC-A-------------AA--CTGA--AA--AA----------T-----TGTATCC--GAGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAT-ATCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcatgtttttaaagaattacttatttcctaatttcataaaaaagaagaaaaatttaccagcatttcgactattacccaaagttataaactgcctaatattaataatcaggtttacagaacgtctctcctgtgtgtgtggttttttatgcccccgtgatcgaagatcCC-T--------ACAG----T-A-TTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTG-ACC-CTC-CATTTTAAAAATGGCGGTT----------ATC-AA-----------CAA--C--A--AA--GC-------T-AG-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TAT-A-TACGCTA-CAA-ct
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGTACATGTATCTGGTAACTATATTACATACATGTAATTCGCTATGTGTCTGCTTA
Unaligned ( gi|31 ): GTGTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|32 ): GTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                   111111                        22222222222222222222222                 111111111                                                 1111111              11111                                            2222222222                                          1111111                                                             444444444444444444444444444444444444444444444      222222222222222222222222222                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     2    777777  2  55  5    0   33   2   2 2 2 2    4     33   2  2    444    2  0 8888888   66666  2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555  444 55555 33 1 2  2  33         333  2  444   33 555555   7 7777  5555    2  2 33333333333333333333333   2  5    44444 333333333      1   0 666       5555   777   5555   444  2 0000000    66666     55555 2 444  4 444        2    2    4        33  6666666666    666  333  888 2  0    2  2   22  33 2 0000000    5555 33    55555 2  2  33     2 2  2  2  2 2         2   777777777777777777777777777777777777777777777   44 222222222222222222222222222       44    44    3     3       8  55     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    .     .    ......  .  ..  .    .   ..   .   . . . .    .     ..   .  .    ...    .  . .......   .....  . ......................................................  ... ..... .. . .  .  ..         ...  .  ...   .. ......   . ....  ....    .  . .......................   .  .    ..... .........      .   . ...       ....   ...   ....   ...  . .......    .....     ..... . ...  . ...        .    .    .        ..  ..........    ...  ...  ... .  .    .  .   ..  .. . .......    .... ..    ..... .  .  ..     . .  .  .  . .         .   .............................................   .. ...........................       ..    ..    .     .       .  ..     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     9    222222  5  99  0    2   99   5   5 5 5 5    7     44   5  5    444    5  9 7777777   22222  7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111 99999 22 2 8  4  11         333  4  111   22 444444   1 1111  0000    4  5 77777777777777777777777   7  3    88888 111111111      2   2 444       3333   888   3333   444  5 2222222    22222     99999 4 111  7 444        4    5    7        11  9999999999    111  999  222 4  1    4  4   99  11 2 0000000    0000 55    99999 4  4  22     5 5  5  5  5 5         7   333333333333333333333333333333333333333333333   66 888888888888888888888888888       66    66    3     6       0  00     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CA-AATCTG
Reference ( family-1065 )     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CA-NATCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                         A-CAAA------TG-TT--TT-TGTT-GAGGCTTC-ATG-T-T-A-TATC-TGATTA-----AT-CATGCCCATAT-AA-T-------ATT-----TT-T--------A----AAAT---A---A-T--A----GGCA----------------TGCTAA-----C--T-TTGC-TTTAATTTGCTTA--G---TTTACACT--T-----CATT-T--C-CAGCCAATTT-CA-TTAAAAA-AAAA---AAAAAAAATAAA-AA-AAAA--A--T--AACAAATCCAGCATTTGGG--CTCCTACC----TAACATAGT----TATGTCGA-ATTT----TGCCTATTATAATA-GT--T-----TC-ACTGGTTTACAGCAACA-TCTC-TAC-GTAT--GT--A-GGGAATTTTT---TT---CT---C-GATTTTA-TT-GAAA-CT--T-CAAATTCAACGGATGTT-ATTAA-----A-AC-TT--TCCTG-TCTAGTT-AGTC-CTGCCCCTT-CTT--------------T--A----------GTC-AA-----------CAGATC--A--AATGGA-------TGTT-----TGTATCTACGGAA--ACTA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gacA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------T----A-----C--TCTCAT-----ATCT-CTTA--CAA-TT---GCT--TATGCCTACT-T--C-T------TTT-TA-A-------AAAA---A--------AAA-AA-GAAAGAA--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AAT----TGT---TA-A---------AC-----TAATA-------A---TC-A--GGTT-ACAG-AATG-TCTC---CTGTTC--CA--A-TG----TTTT---CC---CCACCT-GGTTT-A-GT-GAA--CC--TAT-------ATAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--T-CTG-T-TA-TT-AG-C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttaaaaaaA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---C-----C--TATTAT-TT--ATTT-CTTA--GAA-T----ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAAAAAA--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----T-CC-----TAATA--T--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACGATCTC-TCTTGTTA--GT--A-GC----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GACA-CC--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT-ACCCTT-CAT--------------T--T----------tgccatgtttaaagatggcggctaaattgaacacaggcgtcaaaaagcttgtaaaccatgtatctggtaacttatattacataattcgctcatgtatctgct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                               ttaaG-AACAT-CAGA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTT-ATT-T-T-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-CATA---AAAT-ATAT-------ATT-----TG-T-----T--A----ACATATGA---A-TTGG----G--AAGTCACACCTTGTATTTA---A-----C--TATTAT-AT--ATTTTCTTA--GAA-TT---AGT--T------ATTGT--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AATAATA--ATTT--A------TCCGCATTTGAA---TTTTACC----CTA---TGT----AGT---AA-A--C----TGTC-----TAATA-TC--T-A---T--A-----CTACAG-AAt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --T--A------CCAGAATTTGGA--CTCTTAC------------G-----------------------GCC-----TAAT--TT--T-AGCCTC-A--CGTTTACAG-AACA-ACTCTTCCTG-TT--GTAGG-GG----CTTTG--TT---C------GA--TTA-GTGGAAA-CC--T-TA------ACAG----T-ATTGA-----A-CC-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT--AT--------------T--G----------GTT-TT-----------GAA--C---------TT-------T-TT-----TGTAT-T--GGAA--ACTATTATAATTATGCTGTCA-AATCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TG--T-A---T----------ACGG-AACG-TCTC---CTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TC---CC---CCGACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTT-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTT-CAT--------------T--TCAGCG-----GTC-AAACTGAAAAATTCAA--C--A--A----G-------A-CT-----TGTGTCT--GGGA--ACTA-TATGT-TATGCTA-AA-AATCTGcc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                AAGA-AACAA-CAAA------TG-GC--TT--GTTTAAGG-GTT-ACT-T-C-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-AATG---AA---AAAT-------TTA-----TT-T-----CTTA----AC-----A---A-T--A----G--A----------------cttaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgatacaaaatgcataaaataatcaaatgaA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------TA---A-----C--TCTCAT-----ATCTTCTTA--CAA-TT---GCT--T------ATTGC--C-TA----ACTT-CT-TTTTAAAAAAAA---A--------AAA-GA-AAGA--A--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AGT----TGT---AA-A----------C-----TAATA-------A---TC-A--GGTTTACAG-AATG---TC-TCCTGTTC--AT-----G----TTTT---CCCCACC---T-GGTTTTA-GT-G-AA-CC--T-catatgtgtgggaagtctcactttgtgtaattttttatccgaataattacttattgttttatttca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaaaa--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GT--G---------TT---TT---TC---T-AGTTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-TA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTA-CAT--------------T--TAATTATGGCGGTC-AAATGAAAATGT-CAA--C--AGCAA--GG---------CT-----TGTATCT--GGGA--GC---TATAA-TACGCTG-CA-TATaata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taa-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GC--G---------TT---TT---CT---T--ATTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ATAG----T-GTTGT-----A-CA-TT--TCGTG-T-TA-TC-AG-C-CAGACCCTA-CAC--------------T--TAACTGAAC--GTC-AA-----------TAT--C--AC-AA--GG-------C-TTGTACATGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGTAA-CA-TATCTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ta-AACAC-AAAA------T--CC--TT-TGTTTGGTG-TTTTATT-T-T-A-GATC-TGATTT-TAA--T-CATG---GATT-------------TT-----TT-T-----TCTACATGACATTGAA---A-T--G----G--------------------G---A-----G--TCTGAT-TT--ATTTTCTGA--GAATTT---ATC--T-----TATT-T----------GTGT-CA-T-----------------------TAA-AA-CAAT--T--T--A------CCAGCA-TTGGA--CT-TTACG----TActtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                               aaacgaggcaTC-TGATTA--AA-AT-AATA---AAAT-AATT-------ATT-----TT-TAAACACTAG----ACAT---C---A-T--ACTTTGT-A----------------TA---G-----C--TAT-AT-TT--TTTCTCTCA--GAA-TT---ACG--T-----ATTT-T--T-TA----ATTT-CA-T-----------------------AAA-AA-AGTA--A--TTGA------TCAGCATTTGGA--TTCTTACCCCGTTAA---A-------CT---AA-A--C----TGCC-----TA---------------------GTTTACAG-AATG-TCTC-TCCTGCTA--GT--G--------TTT---TT---TA---T-GGATTTA-GT-GAAGCCC--T-T-------A-AG----T-GTTAAAAATTA-TA-TT--TCTTG-T-TA-TT-AA-C-CTGACCTTA-CAT--------------T--T----------caataa
gi|20                         :                                                                                                                                   tgatacaaaatgcatagaatattcaaatataagggaaaaaatagttgtttaagatttatatcagatacaaaaaggcgaagt-AATAATCAAA------TA-GT--TT-TGTTTGAAG-TTC-GTT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CAAA---AAGT-TAAT-------ATT-----TT-T-----TTC------------A---A-T--A----G--A----------------TA---A-----C--TTTTA--TC--ATTTTCTTA--GAA-TG---GCT--T------ATTGT--C-AA----ATTT-TATT-------AAAT---A--------AAG-AA-AAGA--A--T--A------TTAGTATTTGaaggtccctacgggacatcaataacatgccattcattgcgtcagatg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                 aGG-AAAAA-CAAG------TGGTT--TT-TGTTTGAGG-TCC-ATT-T-T-A-TATT-TAATTG-GAA-AT-CATG---ATAT-CAAT-------AAT-----T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 AGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGT-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TCAA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-aactaattataatttaaagaattttttgttgttgatgtttcatacatttattttcaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                              A------TG-TT--TTGTGTT-GAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-TT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTATGTT--ATTTTTCTA---AA-TT---AC---T-----CATT-T--CTTA----ATTT-CA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                             AG------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-AAA-AT-CATG---AAAT-AAATAAAAAAAATTAAACATT-T-----ATTG----ATA----ACTTA-T--A-------A----------------TT---A-----TTATATTAT-TT--ATTTTCGTA--a
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          C--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTC-CATTTTAAAAATGGCGGT--T----------ATC-AA-----------CAA--C--A--AA--GC-------T-AG-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TAT-A-TACGCTA-CA-Acggt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAAATTTAATG-TT--TT--GTT-GAG--TTC-ATT-T-TCA-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-Agttgctt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                               tAAGGCAACAC-AAAA------TG-TTGTTT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATCATGATTA-GAg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atata-TCCTGTTT--GT--G-G------TGT---TT---C------G---TTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----G-CA-TT--TCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  GG-CACAA-CAAA------TG-TT--TTTTGTTTGAGT-TTC-ATTCT-T-A-TATC-TGATTA-G-A-AT-CACG---AAATAAAAT-------ATT-----TT-T-----CAAA----ACA----A---A-T--A-------A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-TC-C-TA----ATTT-CA-T---------TA---T--------ATA-AA-CAAT--A--T--T------CCAGCATTTGAA---TCTTACC----TAA---AGT----TGT---GATA--TGTGGTGTT-----CTATA-TTC-T-A---TCAA--GGTTTACGG-AACA-TCTC-TCCTGTTA--GT--A-GT----TTTTTTCTT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CATTT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTCAAA-----------CAA--C--A--AT--GG-------T-TT-----TGTATCT--GAAACTATTA-TATAA-TATGCTAGCA-AATCTG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ------CTAGCATTTGAA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATactt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                      gCAA-CAAA------TT-GC--TT-TGTTTGAG--TTC-ATT-TAT-AATATCGTGATAAAGAAGAT-CATG---AAAT-AAA--------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---AAT--A----G--A----------------TG---A-----A--CAT-AT-TT---CTTTCTTA--GAA-TT---ACTCAT-----CATT-T--C-TC----ATTTTCA-T-------TAAA---A--------AAA-A-----------T--G------CCAGCAATTGAAACTTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGC------TAATACTT--T-A---TC-A--GTTTTACAG-AACA-TCTCCTCCTGTTA--GT--A-GT----TTTT---TT---CCCCCT-GAATTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----TGATT-A-----A-CA-TTATCCCTGAT-TA-TTCAG-C-CTGACCCTTGCAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C-----AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATGCTA-CACTATCTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                aaac-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-CGTTTGAGG-TAC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----T--TATTGT-TT--ATTTTCTTA--CAA-TT---ACT--T-----ATTT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAATAATAAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGA----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACA-TTTC-TCCTGTTG--GT----AA----TTTT---TT---CC---T-GACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAT----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-C-TA-TT-GG-C-CTGACCTTT-CA---------------T--T----------GCC-AA-----------CAA--C--A--AA--GGTTTTGACT-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CA-AATCTGctgtcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-ATTCATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TTTT-----TTTA----ACA----A---A-T--A----T--A----------------TG---A-----C--TATGAC-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACA-TCTC-TCCTGTTT--GT--A-GG----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAAA-AC--T-T-------ACAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCTTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATACTA-CA-AATCTGctta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-----TT-T-----TTTT----ACAT---ATT-A-T--G----A--A----------------TG---AGAAGTC--TTTGAT-TT--ATTTTCTTA-----------ACT--T------ATT-T----------ATT---------------GG---T--------AAA-AC-AAAT--T--T--A------C-AGCATC-GGA--CTTTTACT----TCAGT-AATCCTTTTT---AA-A--T----T---------AATA-------A---TA-A--AGTTTATAG-GACA-TCTC--CCTGTTT--GT--G--------TTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAG--CCAAT-T-------GT-G----T--TTGA-----A--A-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTC-CAT--------------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atgaggaacaaatacgctcatgttagggtttattttagatctgattttaattcatgaattaaaaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttt--ATGTTTTTAAAGAA-TT---ACT--T------ATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AGA-AG-AAAA--A--TTTA------CCAGCATTTCGA--CTATTACC----CAA---AGT----TAT---AA-A--C----TGCC-----TAATA-TTAATAA---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTGT--GT--GTGG----TTTT---TT---aatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcTT--GT----------TTTT---CT---TC---T-GATTTTT-GT-TAAA-CG--T-T-------A--G----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT--CCATT-TAA--------------TAATGGCG------GTC-A-------------AA--CTGA--AA--AA----------T-----TGTATCC--GAGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CA-TATCTGatgcccccgtgatcgaagatcttgtttttcttctgatttttgttaaacgttagtgttgaacatttcctgttattagcctccatttaataatggcggtcaaactgaaaaattgtatccgagaactatataatacgctacatatctgct
gi|9                          : tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcatgtttttaaagaattacttatttcctaatttcataaaaaagaagaaaaatttaccagcatttcgactattacccaaagttataaactgcctaatattaataatcaggtttacagaacgtctctcctgtgtgtgtggttttttatgcccccgtgatcgaagatcATAAG--AACAA-CAAA------TA-TTC-TT-TGTTTA--G-TT--ATT-T-T-A-TATA-TGATAA-GAA-AT-CAT----AAAT-AA-T-------ACT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--------------------G---A-----C---ATTAT-TT--ATT--CTTA--GAA-T----ATG--T-----CATT-TTCC-TA----ATCT--A-T-------AAAA---A--------AA--------------T---------CTAGCATTTA-----TCTTATC----TTA---A------TGT---GC-A--T----TGC------TAATA-TT--T-A---TCCA--GGTTTACA--AACA-TCTC-TC---TTTAAGT--A-GT----TTTT---CC---CC---T-GATTTCACGT-GAA--CC--T-T-------ACAG----T--TTGA-----AACA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-CGCTGAACC-T-CAT--------------T--TG---------GTC--A-----------CAA--C--A--AA--GG---------TA-----AGTATC----GGA--ACTA-TATAA-TAct
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGTACATGTATCTGGTAACTATATTACATACATGTAATTCGCTATGTGTCTGCTTA
Unaligned ( gi|31 ): GTGTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|32 ): GTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                   111111                        22222222222222222222222                 111111111                                                 1111111              11111                                            2222222222                                          1111111                                                             444444444444444444444444444444444444444444444      222222222222222222222222222                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     2    777777  2  55  5    0   33   2   2 2 2 2    4     33   2  2    444    2  0 8888888   66666  2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555  444 55555 33 1 2  2  33         333  2  444   33 555555   7 7777  5555    2  2 33333333333333333333333   2  5    44444 333333333      1   0 666       5555   777   5555   444  2 0000000    66666     55555 2 444  4 444        2    2    4        33  6666666666    666  333  888 2  0    2  2   22  33 2 0000000    5555 33    55555 2  2  33     2 2  2  2  2 2         2   777777777777777777777777777777777777777777777   44 222222222222222222222222222       44    44    3     3       8  55     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    .     .    ......  .  ..  .    .   ..   .   . . . .    .     ..   .  .    ...    .  . .......   .....  . ......................................................  ... ..... .. . .  .  ..         ...  .  ...   .. ......   . ....  ....    .  . .......................   .  .    ..... .........      .   . ...       ....   ...   ....   ...  . .......    .....     ..... . ...  . ...        .    .    .        ..  ..........    ...  ...  ... .  .    .  .   ..  .. . .......    .... ..    ..... .  .  ..     . .  .  .  . .         .   .............................................   .. ...........................       ..    ..    .     .       .  ..     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     9    222222  5  99  0    2   99   5   5 5 5 5    7     44   5  5    444    5  9 7777777   22222  7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111 99999 22 2 8  4  11         333  4  111   22 444444   1 1111  0000    4  5 77777777777777777777777   7  3    88888 111111111      2   2 444       3333   888   3333   444  5 2222222    22222     99999 4 111  7 444        4    5    7        11  9999999999    111  999  222 4  1    4  4   99  11 2 0000000    0000 55    99999 4  4  22     5 5  5  5  5 5         7   333333333333333333333333333333333333333333333   66 888888888888888888888888888       66    66    3     6       0  22     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
Reference ( family-1065 )     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                         A-CAAA------TG-TT--TT-TGTT-GAGGCTTC-ATG-T-T-A-TATC-TGATTA-----AT-CATGCCCATAT-AA-T-------ATT-----TT-T--------A----AAAT---A---A-T--A----GGCA----------------TGCTAA-----C--T-TTGC-TTTAATTTGCTTA--G---TTTACACT--T-----CATT-T--C-CAGCCAATTT-CA-TTAAAAA-AAAA---AAAAAAAATAAA-AA-AAAA--A--T--AACAAATCCAGCATTTGGG--CTCCTACC----TAACATAGT----TATGTCGA-ATTT----TGCCTATTATAATA-GT--T-----TC-ACTGGTTTACAGCAACA-TCTC-TAC-GTAT--GT--A-GGGAATTTTT---TT---CT---C-GATTTTA-TT-GAAA-CT--T-CAAATTCAACGGATGTT-ATTAA-----A-AC-TT--TCCTG-TCTAGTT-AGTC-CTGCCCCTT-CTT--------------T--A----------GTC-AA-----------CAGATC--A--AATGGA-------TGTT-----TGTATCTACGGAA--ACTA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gacA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------T----A-----C--TCTCAT-----ATCT-CTTA--CAA-TT---GCT--TATGCCTACT-T--C-T------TTT-TA-A-------AAAA---A--------AAA-AA-GAAAGAA--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AAT----TGT---TA-A---------AC-----TAATA-------A---TC-A--GGTT-ACAG-AATG-TCTC---CTGTTC--CA--A-TG----TTTT---CC---CCACCT-GGTTT-A-GT-GAA--CC--TAT-------ATAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--T-CTG-T-TA-TT-AG-C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttaaaaaaA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---C-----C--TATTAT-TT--ATTT-CTTA--GAA-T----ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAAAAAA--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----T-CC-----TAATA--T--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACGATCTC-TCTTGTTA--GT--A-GC----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GACA-CC--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT-ACCCTT-CAT--------------T--T----------tgccatgtttaaagatggcggctaaattgaacacaggcgtcaaaaagcttgtaaaccatgtatctggtaacttatattacataattcgctcatgtatctgct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                               ttaaG-AACAT-CAGA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTT-ATT-T-T-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-CATA---AAAT-ATAT-------ATT-----TG-T-----T--A----ACATATGA---A-TTGG----G--AAGTCACACCTTGTATTTA---A-----C--TATTAT-AT--ATTTTCTTA--GAA-TT---AGT--T------ATTGT--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AATAATA--ATTT--A------TCCGCATTTGAA---TTTTACC----CTA---TGT----AGT---AA-A--C----TGTC-----TAATA-TC--T-A---T--A-----CTACAG-AAt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --T--A------CCAGAATTTGGA--CTCTTAC------------G-----------------------GCC-----TAAT--TT--T-AGCCTC-A--CGTTTACAG-AACA-ACTCTTCCTG-TT--GTAGG-GG----CTTTG--TT---C------GA--TTA-GTGGAAA-CC--T-TA------ACAG----T-ATTGA-----A-CC-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT--AT--------------T--G----------GTT-TT-----------GAA--C---------TT-------T-TT-----TGTAT-T--GGAA--ACTATTATAATTATGCTGTCAA-ATCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TG--T-A---T----------ACGG-AACG-TCTC---CTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TC---CC---CCGACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTT-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTT-CAT--------------T--TCAGCG-----GTC-AAACTGAAAAATTCAA--C--A--A----G-------A-CT-----TGTGTCT--GGGA--ACTA-TATGT-TATGCTA-AAA-ATCTGcc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                AAGA-AACAA-CAAA------TG-GC--TT--GTTTAAGG-GTT-ACT-T-C-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-AATG---AA---AAAT-------TTA-----TT-T-----CTTA----AC-----A---A-T--A----G--A----------------cttaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgatacaaaatgcataaaataatcaaatgaA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------TA---A-----C--TCTCAT-----ATCTTCTTA--CAA-TT---GCT--T------ATTGC--C-TA----ACTT-CT-TTTTAAAAAAAA---A--------AAA-GA-AAGA--A--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AGT----TGT---AA-A----------C-----TAATA-------A---TC-A--GGTTTACAG-AATG---TC-TCCTGTTC--AT-----G----TTTT---CCCCACC---T-GGTTTTA-GT-G-AA-CC--T-catatgtgtgggaagtctcactttgtgtaattttttatccgaataattacttattgttttatttca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaaaa--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GT--G---------TT---TT---TC---T-AGTTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-TA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTA-CAT--------------T--TAATTATGGCGGTC-AAATGAAAATGT-CAA--C--AGCAA--GG---------CT-----TGTATCT--GGGA--GC---TATAA-TACGCTG-CAT-ATaata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taa-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GC--G---------TT---TT---CT---T--ATTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ATAG----T-GTTGT-----A-CA-TT--TCGTG-T-TA-TC-AG-C-CAGACCCTA-CAC--------------T--TAACTGAAC--GTC-AA-----------TAT--C--AC-AA--GG-------C-TTGTACATGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGTAA-CAT-ATCTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ta-AACAC-AAAA------T--CC--TT-TGTTTGGTG-TTTTATT-T-T-A-GATC-TGATTT-TAA--T-CATG---GATT-------------TT-----TT-T-----TCTACATGACATTGAA---A-T--G----G--------------------G---A-----G--TCTGAT-TT--ATTTTCTGA--GAATTT---ATC--T-----TATT-T----------GTGT-CA-T-----------------------TAA-AA-CAAT--T--T--A------CCAGCA-TTGGA--CT-TTACG----TActtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                               aaacgaggcaTC-TGATTA--AA-AT-AATA---AAAT-AATT-------ATT-----TT-TAAACACTAG----ACAT---C---A-T--ACTTTGT-A----------------TA---G-----C--TAT-AT-TT--TTTCTCTCA--GAA-TT---ACG--T-----ATTT-T--T-TA----ATTT-CA-T-----------------------AAA-AA-AGTA--A--TTGA------TCAGCATTTGGA--TTCTTACCCCGTTAA---A-------CT---AA-A--C----TGCC-----TA---------------------GTTTACAG-AATG-TCTC-TCCTGCTA--GT--G--------TTT---TT---TA---T-GGATTTA-GT-GAAGCCC--T-T-------A-AG----T-GTTAAAAATTA-TA-TT--TCTTG-T-TA-TT-AA-C-CTGACCTTA-CAT--------------T--T----------caataa
gi|20                         :                                                                                                                                   tgatacaaaatgcatagaatattcaaatataagggaaaaaatagttgtttaagatttatatcagatacaaaaaggcgaagt-AATAATCAAA------TA-GT--TT-TGTTTGAAG-TTC-GTT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CAAA---AAGT-TAAT-------ATT-----TT-T-----TTC------------A---A-T--A----G--A----------------TA---A-----C--TTTTA--TC--ATTTTCTTA--GAA-TG---GCT--T------ATTGT--C-AA----ATTT-TATT-------AAAT---A--------AAG-AA-AAGA--A--T--A------TTAGTATTTGaaggtccctacgggacatcaataacatgccattcattgcgtcagatg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                 aGG-AAAAA-CAAG------TGGTT--TT-TGTTTGAGG-TCC-ATT-T-T-A-TATT-TAATTG-GAA-AT-CATG---ATAT-CAAT-------AAT-----T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 AGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGT-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TCAA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-aactaattataatttaaagaattttttgttgttgatgtttcatacatttattttcaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                              A------TG-TT--TTGTGTT-GAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-TT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTATGTT--ATTTTTCTA---AA-TT---AC---T-----CATT-T--CTTA----ATTT-CA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                             AG------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-AAA-AT-CATG---AAAT-AAATAAAAAAAATTAAACATT-T-----ATTG----ATA----ACTTA-T--A-------A----------------TT---A-----TTATATTAT-TT--ATTTTCGTA--a
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          C--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTC-CATTTTAAAAATGGCGGT--T----------ATC-AA-----------CAA--C--A--AA--GC-------T-AG-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TAT-A-TACGCTA-CAA-cggt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAAATTTAATG-TT--TT--GTT-GAG--TTC-ATT-T-TCA-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-Agttgctt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                               tAAGGCAACAC-AAAA------TG-TTGTTT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATCATGATTA-GAg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atata-TCCTGTTT--GT--G-G------TGT---TT---C------G---TTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----G-CA-TT--TCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  GG-CACAA-CAAA------TG-TT--TTTTGTTTGAGT-TTC-ATTCT-T-A-TATC-TGATTA-G-A-AT-CACG---AAATAAAAT-------ATT-----TT-T-----CAAA----ACA----A---A-T--A-------A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-TC-C-TA----ATTT-CA-T---------TA---T--------ATA-AA-CAAT--A--T--T------CCAGCATTTGAA---TCTTACC----TAA---AGT----TGT---GATA--TGTGGTGTT-----CTATA-TTC-T-A---TCAA--GGTTTACGG-AACA-TCTC-TCCTGTTA--GT--A-GT----TTTTTTCTT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CATTT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTCAAA-----------CAA--C--A--AT--GG-------T-TT-----TGTATCT--GAAACTATTA-TATAA-TATGCTAGCAA-ATCTG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ------CTAGCATTTGAA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATactt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                      gCAA-CAAA------TT-GC--TT-TGTTTGAG--TTC-ATT-TAT-AATATCGTGATAAAGAAGAT-CATG---AAAT-AAA--------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---AAT--A----G--A----------------TG---A-----A--CAT-AT-TT---CTTTCTTA--GAA-TT---ACTCAT-----CATT-T--C-TC----ATTTTCA-T-------TAAA---A--------AAA-A-----------T--G------CCAGCAATTGAAACTTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGC------TAATACTT--T-A---TC-A--GTTTTACAG-AACA-TCTCCTCCTGTTA--GT--A-GT----TTTT---TT---CCCCCT-GAATTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----TGATT-A-----A-CA-TTATCCCTGAT-TA-TTCAG-C-CTGACCCTTGCAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C-----AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATGCTA-CACTATCTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                aaac-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-CGTTTGAGG-TAC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----T--TATTGT-TT--ATTTTCTTA--CAA-TT---ACT--T-----ATTT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAATAATAAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGA----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACA-TTTC-TCCTGTTG--GT----AA----TTTT---TT---CC---T-GACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAT----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-C-TA-TT-GG-C-CTGACCTTT-CA---------------T--T----------GCC-AA-----------CAA--C--A--AA--GGTTTTGACT-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTGctgtcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-ATTCATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TTTT-----TTTA----ACA----A---A-T--A----T--A----------------TG---A-----C--TATGAC-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACA-TCTC-TCCTGTTT--GT--A-GG----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAAA-AC--T-T-------ACAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCTTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATACTA-CAA-ATCTGctta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-----TT-T-----TTTT----ACAT---ATT-A-T--G----A--A----------------TG---AGAAGTC--TTTGAT-TT--ATTTTCTTA-----------ACT--T------ATT-T----------ATT---------------GG---T--------AAA-AC-AAAT--T--T--A------C-AGCATC-GGA--CTTTTACT----TCAGT-AATCCTTTTT---AA-A--T----T---------AATA-------A---TA-A--AGTTTATAG-GACA-TCTC--CCTGTTT--GT--G--------TTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAG--CCAAT-T-------GT-G----T--TTGA-----A--A-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTC-CAT--------------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atgaggaacaaatacgctcatgttagggtttattttagatctgattttaattcatgaattaaaaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttt--ATGTTTTTAAAGAA-TT---ACT--T------ATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AGA-AG-AAAA--A--TTTA------CCAGCATTTCGA--CTATTACC----CAA---AGT----TAT---AA-A--C----TGCC-----TAATA-TTAATAA---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTGT--GT--GTGG----TTTT---TT---aatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcTT--GT----------TTTT---CT---TC---T-GATTTTT-GT-TAAA-CG--T-T-------A--G----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT--CCATT-TAA--------------TAATGGCG------GTC-A-------------AA--CTGA--AA--AA----------T-----TGTATCC--GAGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAT-ATCTGatgcccccgtgatcgaagatcttgtttttcttctgatttttgttaaacgttagtgttgaacatttcctgttattagcctccatttaataatggcggtcaaactgaaaaattgtatccgagaactatataatacgctacatatctgct
gi|9                          : tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcatgtttttaaagaattacttatttcctaatttcataaaaaagaagaaaaatttaccagcatttcgactattacccaaagttataaactgcctaatattaataatcaggtttacagaacgtctctcctgtgtgtgtggttttttatgcccccgtgatcgaagatcATAAG--AACAA-CAAA------TA-TTC-TT-TGTTTA--G-TT--ATT-T-T-A-TATA-TGATAA-GAA-AT-CAT----AAAT-AA-T-------ACT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--------------------G---A-----C---ATTAT-TT--ATT--CTTA--GAA-T----ATG--T-----CATT-TTCC-TA----ATCT--A-T-------AAAA---A--------AA--------------T---------CTAGCATTTA-----TCTTATC----TTA---A------TGT---GC-A--T----TGC------TAATA-TT--T-A---TCCA--GGTTTACA--AACA-TCTC-TC---TTTAAGT--A-GT----TTTT---CC---CC---T-GATTTCACGT-GAA--CC--T-T-------ACAG----T--TTGA-----AACA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-CGCTGAACC-T-CAT--------------T--TG---------GTC--A-----------CAA--C--A--AA--GG---------TA-----AGTATC----GGA--ACTA-TATAA-TAct
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGTACATGTATCTGGTAACTATATTACATACATGTAATTCGCTATGTGTCTGCTTA
Unaligned ( gi|31 ): GTGTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|32 ): GTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                   111111                        22222222222222222222222                 111111111                                                 1111111              11111                                            2222222222                                          1111111                                                             444444444444444444444444444444444444444444444      222222222222222222222222222                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     2    777777  2  55  5    0   33   2   2 2 2 2    4     33   2  2    444    2  0 8888888   66666  2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555  444 55555 33 1 2  2  33         333  2  444   33 555555   7 7777  5555    2  2 33333333333333333333333   2  5    44444 333333333      1   0 666       5555   777   5555   444  2 0000000    66666     55555 2 444  4 444        2    2    4        33  6666666666    666  333  888 2  0    2  2   22  33 2 0000000    5555 33    55555 2  2  33     2 2  2  2  2 2         2   777777777777777777777777777777777777777777777   44 222222222222222222222222222       44    44    3     3       8  55     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    .     .    ......  .  ..  .    .   ..   .   . . . .    .     ..   .  .    ...    .  . .......   .....  . ......................................................  ... ..... .. . .  .  ..         ...  .  ...   .. ......   . ....  ....    .  . .......................   .  .    ..... .........      .   . ...       ....   ...   ....   ...  . .......    .....     ..... . ...  . ...        .    .    .        ..  ..........    ...  ...  ... .  .    .  .   ..  .. . .......    .... ..    ..... .  .  ..     . .  .  .  . .         .   .............................................   .. ...........................       ..    ..    .     .       .  ..     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     9    222222  5  99  0    2   99   5   5 5 5 5    7     44   5  5    444    5  9 7777777   22222  7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111 99999 22 2 8  4  11         333  4  111   22 444444   1 1111  0000    4  5 77777777777777777777777   7  3    88888 111111111      2   2 444       3333   888   3333   444  5 2222222    22222     99999 4 111  7 444        4    5    7        11  9999999999    111  999  222 4  1    4  4   99  11 2 0000000    0000 55    99999 4  4  22     5 5  5  5  5 5         7   333333333333333333333333333333333333333333333   66 888888888888888888888888888       66    66    3     6       0  22     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
Reference ( family-1065 )     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                         A-CAAA------TG-TT--TT-TGTT-GAGGCTTC-ATG-T-T-A-TATC-TGATTA-----AT-CATGCCCATAT-AA-T-------ATT-----TT-T--------A----AAAT---A---A-T--A----GGCA----------------TGCTAA-----C--T-TTGC-TTTAATTTGCTTA--G---TTTACACT--T-----CATT-T--C-CAGCCAATTT-CA-TTAAAAA-AAAA---AAAAAAAATAAA-AA-AAAA--A--T--AACAAATCCAGCATTTGGG--CTCCTACC----TAACATAGT----TATGTCGA-ATTT----TGCCTATTATAATA-GT--T-----TC-ACTGGTTTACAGCAACA-TCTC-TAC-GTAT--GT--A-GGGAATTTTT---TT---CT---C-GATTTTA-TT-GAAA-CT--T-CAAATTCAACGGATGTT-ATTAA-----A-AC-TT--TCCTG-TCTAGTT-AGTC-CTGCCCCTT-CTT--------------T--A----------GTC-AA-----------CAGATC--A--AATGGA-------TGTT-----TGTATCTACGGAA--ACTA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gacA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------T----A-----C--TCTCAT-----ATCT-CTTA--CAA-TT---GCT--TATGCCTACT-T--C-T------TTT-TA-A-------AAAA---A--------AAA-AA-GAAAGAA--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AAT----TGT---TA-A---------AC-----TAATA-------A---TC-A--GGTT-ACAG-AATG-TCTC---CTGTTC--CA--A-TG----TTTT---CC---CCACCT-GGTTT-A-GT-GAA--CC--TAT-------ATAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--T-CTG-T-TA-TT-AG-C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttaaaaaaA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---C-----C--TATTAT-TT--ATTT-CTTA--GAA-T----ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAAAAAA--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----T-CC-----TAATA--T--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACGATCTC-TCTTGTTA--GT--A-GC----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GACA-CC--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT-ACCCTT-CAT--------------T--T----------tgccatgtttaaagatggcggctaaattgaacacaggcgtcaaaaagcttgtaaaccatgtatctggtaacttatattacataattcgctcatgtatctgct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                               ttaaG-AACAT-CAGA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTT-ATT-T-T-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-CATA---AAAT-ATAT-------ATT-----TG-T-----T--A----ACATATGA---A-TTGG----G--AAGTCACACCTTGTATTTA---A-----C--TATTAT-AT--ATTTTCTTA--GAA-TT---AGT--T------ATTGT--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AATAATA--ATTT--A------TCCGCATTTGAA---TTTTACC----CTA---TGT----AGT---AA-A--C----TGTC-----TAATA-TC--T-A---T--A-----CTACAG-AAt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --T--A------CCAGAATTTGGA--CTCTTAC------------G-----------------------GCC-----TAAT--TT--T-AGCCTC-A--CGTTTACAG-AACA-ACTCTTCCTG-TT--GTAGG-GG----CTTTG--TT---C------GA--TTA-GTGGAAA-CC--T-TA------ACAG----T-ATTGA-----A-CC-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT--AT--------------T--G----------GTT-TT-----------GAA--C---------TT-------T-TT-----TGTAT-T--GGAA--ACTATTATAATTATGCTGTCAA-ATCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TG--T-A---T----------ACGG-AACG-TCTC---CTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TC---CC---CCGACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTT-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTT-CAT--------------T--TCAGCG-----GTC-AAACTGAAAAATTCAA--C--A--A----G-------A-CT-----TGTGTCT--GGGA--ACTA-TATGT-TATGCTA-AAA-ATCTGcc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                AAGA-AACAA-CAAA------TG-GC--TT--GTTTAAGG-GTT-ACT-T-C-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-AATG---AA---AAAT-------TTA-----TT-T-----CTTA----AC-----A---A-T--A----G--A----------------cttaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgatacaaaatgcataaaataatcaaatgaA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------TA---A-----C--TCTCAT-----ATCTTCTTA--CAA-TT---GCT--T------ATTGC--C-TA----ACTT-CT-TTTTAAAAAAAA---A--------AAA-GA-AAGA--A--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AGT----TGT---AA-A----------C-----TAATA-------A---TC-A--GGTTTACAG-AATG---TC-TCCTGTTC--AT-----G----TTTT---CCCCACC---T-GGTTTTA-GT-G-AA-CC--T-catatgtgtgggaagtctcactttgtgtaattttttatccgaataattacttattgttttatttca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaaaa--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GT--G---------TT---TT---TC---T-AGTTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-TA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTA-CAT--------------T--TAATTATGGCGGTC-AAATGAAAATGT-CAA--C--AGCAA--GG---------CT-----TGTATCT--GGGA--GC---TATAA-TACGCTG-CAT-ATaata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taa-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GC--G---------TT---TT---CT---T--ATTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ATAG----T-GTTGT-----A-CA-TT--TCGTG-T-TA-TC-AG-C-CAGACCCTA-CAC--------------T--TAACTGAAC--GTC-AA-----------TAT--C--AC-AA--GG-------C-TTGTACATGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGTAA-CAT-ATCTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ta-AACAC-AAAA------T--CC--TT-TGTTTGGTG-TTTTATT-T-T-A-GATC-TGATTT-TAA--T-CATG---GATT-------------TT-----TT-T-----TCTACATGACATTGAA---A-T--G----G--------------------G---A-----G--TCTGAT-TT--ATTTTCTGA--GAATTT---ATC--T-----TATT-T----------GTGT-CA-T-----------------------TAA-AA-CAAT--T--T--A------CCAGCA-TTGGA--CT-TTACG----TActtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                               aaacgaggcaTC-TGATTA--AA-AT-AATA---AAAT-AATT-------ATT-----TT-TAAACACTAG----ACAT---C---A-T--ACTTTGT-A----------------TA---G-----C--TAT-AT-TT--TTTCTCTCA--GAA-TT---ACG--T-----ATTT-T--T-TA----ATTT-CA-T-----------------------AAA-AA-AGTA--A--TTGA------TCAGCATTTGGA--TTCTTACCCCGTTAA---A-------CT---AA-A--C----TGCC-----TA---------------------GTTTACAG-AATG-TCTC-TCCTGCTA--GT--G--------TTT---TT---TA---T-GGATTTA-GT-GAAGCCC--T-T-------A-AG----T-GTTAAAAATTA-TA-TT--TCTTG-T-TA-TT-AA-C-CTGACCTTA-CAT--------------T--T----------caataa
gi|20                         :                                                                                                                                   tgatacaaaatgcatagaatattcaaatataagggaaaaaatagttgtttaagatttatatcagatacaaaaaggcgaagt-AATAATCAAA------TA-GT--TT-TGTTTGAAG-TTC-GTT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CAAA---AAGT-TAAT-------ATT-----TT-T-----TTC------------A---A-T--A----G--A----------------TA---A-----C--TTTTA--TC--ATTTTCTTA--GAA-TG---GCT--T------ATTGT--C-AA----ATTT-TATT-------AAAT---A--------AAG-AA-AAGA--A--T--A------TTAGTATTTGaaggtccctacgggacatcaataacatgccattcattgcgtcagatg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                 aGG-AAAAA-CAAG------TGGTT--TT-TGTTTGAGG-TCC-ATT-T-T-A-TATT-TAATTG-GAA-AT-CATG---ATAT-CAAT-------AAT-----T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 AGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGT-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TCAA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-aactaattataatttaaagaattttttgttgttgatgtttcatacatttattttcaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                              A------TG-TT--TTGTGTT-GAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-TT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTATGTT--ATTTTTCTA---AA-TT---AC---T-----CATT-T--CTTA----ATTT-CA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                             AG------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-AAA-AT-CATG---AAAT-AAATAAAAAAAATTAAACATT-T-----ATTG----ATA----ACTTA-T--A-------A----------------TT---A-----TTATATTAT-TT--ATTTTCGTA--a
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          C--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTC-CATTTTAAAAATGGCGGT--T----------ATC-AA-----------CAA--C--A--AA--GC-------T-AG-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TAT-A-TACGCTA-CAA-cggt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAAATTTAATG-TT--TT--GTT-GAG--TTC-ATT-T-TCA-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-Agttgctt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                               tAAGGCAACAC-AAAA------TG-TTGTTT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATCATGATTA-GAg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atata-TCCTGTTT--GT--G-G------TGT---TT---C------G---TTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----G-CA-TT--TCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  GG-CACAA-CAAA------TG-TT--TTTTGTTTGAGT-TTC-ATTCT-T-A-TATC-TGATTA-G-A-AT-CACG---AAATAAAAT-------ATT-----TT-T-----CAAA----ACA----A---A-T--A-------A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-TC-C-TA----ATTT-CA-T---------TA---T--------ATA-AA-CAAT--A--T--T------CCAGCATTTGAA---TCTTACC----TAA---AGT----TGT---GATA--TGTGGTGTT-----CTATA-TTC-T-A---TCAA--GGTTTACGG-AACA-TCTC-TCCTGTTA--GT--A-GT----TTTTTTCTT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CATTT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTCAAA-----------CAA--C--A--AT--GG-------T-TT-----TGTATCT--GAAACTATTA-TATAA-TATGCTAGCAA-ATCTG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ------CTAGCATTTGAA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATactt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                      gCAA-CAAA------TT-GC--TT-TGTTTGAG--TTC-ATT-TAT-AATATCGTGATAAAGAAGAT-CATG---AAAT-AAA--------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---AAT--A----G--A----------------TG---A-----A--CAT-AT-TT---CTTTCTTA--GAA-TT---ACTCAT-----CATT-T--C-TC----ATTTTCA-T-------TAAA---A--------AAA-A-----------T--G------CCAGCAATTGAAACTTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGC------TAATACTT--T-A---TC-A--GTTTTACAG-AACA-TCTCCTCCTGTTA--GT--A-GT----TTTT---TT---CCCCCT-GAATTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----TGATT-A-----A-CA-TTATCCCTGAT-TA-TTCAG-C-CTGACCCTTGCAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C-----AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATGCTA-CACTATCTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                aaac-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-CGTTTGAGG-TAC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----T--TATTGT-TT--ATTTTCTTA--CAA-TT---ACT--T-----ATTT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAATAATAAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGA----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACA-TTTC-TCCTGTTG--GT----AA----TTTT---TT---CC---T-GACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAT----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-C-TA-TT-GG-C-CTGACCTTT-CA---------------T--T----------GCC-AA-----------CAA--C--A--AA--GGTTTTGACT-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTGctgtcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-ATTCATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TTTT-----TTTA----ACA----A---A-T--A----T--A----------------TG---A-----C--TATGAC-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACA-TCTC-TCCTGTTT--GT--A-GG----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAAA-AC--T-T-------ACAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCTTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATACTA-CAA-ATCTGctta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-----TT-T-----TTTT----ACAT---ATT-A-T--G----A--A----------------TG---AGAAGTC--TTTGAT-TT--ATTTTCTTA-----------ACT--T------ATT-T----------ATT---------------GG---T--------AAA-AC-AAAT--T--T--A------C-AGCATC-GGA--CTTTTACT----TCAGT-AATCCTTTTT---AA-A--T----T---------AATA-------A---TA-A--AGTTTATAG-GACA-TCTC--CCTGTTT--GT--G--------TTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAG--CCAAT-T-------GT-G----T--TTGA-----A--A-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTC-CAT--------------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atgaggaacaaatacgctcatgttagggtttattttagatctgattttaattcatgaattaaaaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttt--ATGTTTTTAAAGAA-TT---ACT--T------ATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AGA-AG-AAAA--A--TTTA------CCAGCATTTCGA--CTATTACC----CAA---AGT----TAT---AA-A--C----TGCC-----TAATA-TTAATAA---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTGT--GT--GTGG----TTTT---TT---aatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcTT--GT----------TTTT---CT---TC---T-GATTTTT-GT-TAAA-CG--T-T-------A--G----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT--CCATT-TAA--------------TAATGGCG------GTC-A-------------AA--CTGA--AA--AA----------T-----TGTATCC--GAGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAT-ATCTGatgcccccgtgatcgaagatcttgtttttcttctgatttttgttaaacgttagtgttgaacatttcctgttattagcctccatttaataatggcggtcaaactgaaaaattgtatccgagaactatataatacgctacatatctgct
gi|9                          : tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcatgtttttaaagaattacttatttcctaatttcataaaaaagaagaaaaatttaccagcatttcgactattacccaaagttataaactgcctaatattaataatcaggtttacagaacgtctctcctgtgtgtgtggttttttatgcccccgtgatcgaagatcATAAG--AACAA-CAAA------TA-TTC-TT-TGTTTA--G-TT--ATT-T-T-A-TATA-TGATAA-GAA-AT-CAT----AAAT-AA-T-------ACT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--------------------G---A-----C---ATTAT-TT--ATT--CTTA--GAA-T----ATG--T-----CATT-TTCC-TA----ATCT--A-T-------AAAA---A--------AA--------------T---------CTAGCATTTA-----TCTTATC----TTA---A------TGT---GC-A--T----TGC------TAATA-TT--T-A---TCCA--GGTTTACA--AACA-TCTC-TC---TTTAAGT--A-GT----TTTT---CC---CC---T-GATTTCACGT-GAA--CC--T-T-------ACAG----T--TTGA-----AACA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-CGCTGAACC-T-CAT--------------T--TG---------GTC--A-----------CAA--C--A--AA--GG---------TA-----AGTATC----GGA--ACTA-TATAA-TAct


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    C     T    ATTTAA  G  GT  G        G    T   C A C A    A     AA   G  T    .      A    AAAAAAA   AAACA  T TAACATATGAATTGGGAAGTCACACCTTGTATT                       .   GAAGT TA C C  G  .          AAG  T  .     CA ATGCCT   G TCC   .       T  T TTTAAAAAAAAA              T  T    GAA   TGA            T     ACT       CCGT   GT    CCTT   .    T TGTGG      .         TTAA  A GCC  A G          .    A    T        AA  AGGGG         TTC  CCA  ACC C       C  G   GC  AA A A          .    GA    AAATT A  T  AT     A .  .  C  . G         G   TTAATTATGGCGGTCAAATGAAAATGT                     .  AAAGGTTTTGACTTT                   .     CT    T     .       G  CT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  C   T        G    .   . . . .    G     T    .  .    .      .    .         .      . AAACACTAGACATCATACTTTGTA                                .   .     .  A T  .  .          C    .  .     .  C        G CT    .       .  . AAAAAAAA                  .  T    ATT   TTA            T     C         .      .     .      .    . T          .         TTC   . .    C G          .    .    C        .   GTGG          G    .    CCC .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTCAGCGGTCAAACTGAAAAATT                         .  ACAAGGCTTGTACA                    .     .     .     .       .  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     T    .  .    .      .    .         .      . TCTACATGACATTGAAATGG                                    .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  T        G CC    .       .  . AAAAA                     .  .    A     A              T     C         .      .     .      .    . C          .         CTT   . .    . C          .    .    .        .   ATG           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTTAAAAATGGCGGTTATCAA                           .  AGCAAGGCT                         .     .     .     .       .  T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     T    .  .    .      .    .         .      . TTTTACATATTATGAA                                        .   .     .  C C  .  .          G    .  .     .  A        . CC    .       .  . AAAAA                     .  .    A     G              T     C         .      .     .      .    . T          .         TC    . .    . G          .    .    .        .   AGC           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTAACTGAACGTCAA                                 .  AAAGCTAG                          .     .     .     .       .  T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . ATTGATAACTTATAA                                         .   .     .  C G  .  .          C    .  .     .  C        . C     .       .  . AAATA                     .  .    T     A              T     T         .      .     .      .    . C          .         TT    . .    . A          .    .    .        .   GGG           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    G     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TAATGGCGGTCA                                    .  AATGGTTT                          .     .     .     .       .  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        T    .   . . . .    .     T    .  .    .      .    .         .      . TCAAACAAATAGA                                           .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  C        . C     .       .  . TAAAA                     .  .    A     A              T     C         .      .     .      .    . T          .         TG    . .    . A          .    .    .        .   AGT           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    G     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTGTCAAA                                        .  AAAGGTTT                          .     .     .     .       .  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        A    .   . . . .    .     G    .  .    .      .    .         .      . TTTAACAAATAGA                                           .   .     .  T T  .  .          G    .  .     .  C        . C     .       .  . AAAAA                     .  .    A     A              T     C         .      .     .      .    . T          .         TT    . .    . G          .    .    .        .   AGT           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    G     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TGGTTTT                                         .  TGAAAAAT                          .     .     .     .       .  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . TAAACAAAATAGA                                           .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  C        . C     .       .  . AAAAA                     .  .    A     A              A     C         .      .     .      .    . T          .         TT    . .    . G          .    .    .        .   AGG           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    G     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTGTCAA                                         .  AAGGTTT                           .     .     .     .       .  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . TTTAACAAATATA                                           .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  A        . T     .       .  . AAAAA                     .  .    A     A              T     C         .      .     .      .    . T          .         TT    . .    . A          .    .    .        .   AGT           .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTGCCAA                                         .  AAAGGTA                           .     .     .     .       .  T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        T    .   . . . .    .     T    .  .    .      .    .         .      . CTTAACAATAGA                                            .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  C        . C     .       .  . AAAAA                     .  .    A     T              T     C         .      .     .      .    . T          .         T     . .    . G          .    .    .        .   GG            .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTGTCAA                                         .  AAGACT                            .     .     .     .            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                    .     .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . CAAAACAAATAA                                            .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  C        . C     .       .  . TAT                       .  .    T     G              T     .         .      .     .      .    . C          .         .     . .    . A          .    .    .        .   AA            .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .   TTGGTCA                                         .  TTTTT                             .     .     .                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .    .       .  .   .        A    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . TAAACAAATAGA                                            .   .     .  A G  .  .          C    .  .     .  .        . C     .       .  . GGT                       .  .    A     G              T     .         .      .     .      .    . T          .         .     . .    . G          .    .    .        .   G             .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .    .       .  .   .        G    .   . . . .    .     A    .  .    .      .    .         .      . TAAACAAATAG                                             .   .     .  A G  .  .          G    .  .     .  .        . C     .       .  . .                         .  .    .     G              T     .         .      .     .      .    . .          .         .     . .    . G          .    .    .        .   G             .    .    .   .       .  .   A   .  . .          .    A     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                               .       .  .   .        .    .   . . . .    .     T    .  .    .      .    .         .      . TTCAATAGA                                               .   .     .  A T  .  .          G    .  .     .  .        . C     .       .  . .                         .  .    .     A              .     .         .      .     .      .    . .          .         .     . .    . .          .    .    .        .   G             .    .    .   .       .  .   .   .  . .          .    G     .     .  .  .      . .  .  .  . .         .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                               .       .  .   .        .    .   . . . .    .     A    .  .    .      .              .                                                                .   .     .  T .  .  .          .    .  .     .  .        . .     .       .  .                                         .              .     .         .      .     .      .    . .          .               . .    . .          .    .    .        .   G             .    .    .   .       .  .   .   .  . .          .    .     .     .  .  .      . .  .  .  . .                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                           .     A                                                                                                   .   .     .  A .  .  .          .    .  .     .  .        . .     .       .                                                           .                                                                     . .    . .          .         .        .   G             .    .    .   .       .  .   .   .  . .          .    .     .     .  .  .                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .                                                                                                                                                                                                                             .   .             .    .                           .  .                                                                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                       G*                                     ***                                                                                    ***                  **                 ***                       ****         AAAAA******************                 A********                             ***          ***    T******    *****                    G**                               AGG*******                                          *******    ****                                                                                                     ** AAAGGTTT*******************       **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GT--G-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-TAAAAA------------------AAA-AA-AAAA--A--TA--------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-AT------TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-AG--GTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GTAGG-------TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--CAAAGGTTT-------------------TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGTACATGTATCTGGTAACTATATTACATACATGTAATTCGCTATGTGTCTGCTTA
Unaligned ( gi|31 ): GTGTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|32 ): GTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                   111111                        22222222222222222222222                 111111111                                                 1111111              11111                                            22222222         11111111                         1111111                                                             444444444444444444444444444444444444444444444      222222222222222222222222222                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     2    777777  2  55  5    0   33   2   2 2 2 2    4     33   2  2    444    2  0 8888888   66666  2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555  444 55555 33 1 2  2  33         333  2  444   33 555555   7 7777  5555    2  2 33333333333333333333333   2  5    44444 333333333      1   0 666       5555   777   5555   444  2 0000000    66666     55555 2 444  4 444        2    2    4        33  33333333    333  00000000 2  1    2  2   22  33 2 0000000    5555 33    55555 2  2  33     2 2  2  2  2 2         2   777777777777777777777777777777777777777777777   44 222222222222222222222222222       44    44    3     3       8  55     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    .     .    ......  .  ..  .    .   ..   .   . . . .    .     ..   .  .    ...    .  . .......   .....  . ......................................................  ... ..... .. . .  .  ..         ...  .  ...   .. ......   . ....  ....    .  . .......................   .  .    ..... .........      .   . ...       ....   ...   ....   ...  . .......    .....     ..... . ...  . ...        .    .    .        ..  ........    ...  ........ .  .    .  .   ..  .. . .......    .... ..    ..... .  .  ..     . .  .  .  . .         .   .............................................   .. ...........................       ..    ..    .     .       .  ..     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    3     9    222222  5  99  0    2   99   5   5 5 5 5    7     44   5  5    444    5  9 7777777   22222  7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111 99999 22 2 8  4  11         333  4  111   22 444444   1 1111  0000    4  5 77777777777777777777777   7  3    88888 111111111      2   2 444       3333   888   3333   444  5 2222222    22222     99999 4 111  7 444        4    5    7        11  88888888    999  11111111 4  5    4  4   99  11 2 0000000    0000 55    99999 4  4  22     5 5  5  5  5 5         7   333333333333333333333333333333333333333333333   66 888888888888888888888888888       66    66    3     6       0  22     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GTA-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
Reference ( family-1065 )     :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--A------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTTT--GTA-GG----TTTT---TT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                         A-CAAA------TG-TT--TT-TGTT-GAGGCTTC-ATG-T-T-A-TATC-TGATTA-----AT-CATGCCCATAT-AA-T-------ATT-----TT-T--------A----AAAT---A---A-T--A----GGCA----------------TGCTAA-----C--T-TTGC-TTTAATTTGCTTA--G---TTTACACT--T-----CATT-T--C-CAGCCAATTT-CA-TTAAAAA-AAAA---AAAAAAAATAAA-AA-AAAA--A--T--AACAAATCCAGCATTTGGG--CTCCTACC----TAACATAGT----TATGTCGA-ATTT----TGCCTATTATAATA-GT--T-----TC-ACTGGTTTACAGCAACA-TCTC-TAC-GTAT--GTA-GGGAATTTTT---TT---CT---C-GATTTTA-TT-GAAA-CT--T-CAAATTCAACGGATGTT-ATTAA-----A-AC-TT--TCCTG-TCTAGTT-AGTC-CTGCCCCTT-CTT--------------T--A----------GTC-AA-----------CAGATC--A--AATGGA-------TGTT-----TGTATCTACGGAA--ACTA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gacA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------T----A-----C--TCTCAT-----ATCT-CTTA--CAA-TT---GCT--TATGCCTACT-T--C-T------TTT-TA-A-------AAAA---A--------AAA-AA-GAAAGAA--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AAT----TGT---TA-A---------AC-----TAATA-------A---TC-A--GGTT-ACAG-AATG-TCTC---CTGTTC--CAA-TG----TTTT---CC---CCACCT-GGTTT-A-GT-GAA--CC--TAT-------ATAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--T-CTG-T-TA-TT-AG-C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttaaaaaaA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---C-----C--TATTAT-TT--ATTT-CTTA--GAA-T----ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAAAAAA--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----T-CC-----TAATA--T--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACGATCTC-TCTTGTTA--GTA-GC----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GACA-CC--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT-ACCCTT-CAT--------------T--T----------tgccatgtttaaagatggcggctaaattgaacacaggcgtcaaaaagcttgtaaaccatgtatctggtaacttatattacataattcgctcatgtatctgct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                               ttaaG-AACAT-CAGA------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTT-ATT-T-T-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-CATA---AAAT-ATAT-------ATT-----TG-T-----T--A----ACATATGA---A-TTGG----G--AAGTCACACCTTGTATTTA---A-----C--TATTAT-AT--ATTTTCTTA--GAA-TT---AGT--T------ATTGT--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AATAATA--ATTT--A------TCCGCATTTGAA---TTTTACC----CTA---TGT----AGT---AA-A--C----TGTC-----TAATA-TC--T-A---T--A-----CTACAG-AAt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --T--A------CCAGAATTTGGA--CTCTTAC------------G-----------------------GCC-----TAAT--TT--T-AGCCTC-A--CGTTTACAG-AACA-ACTCTTCCTG-TT--GTA-GGGGC-TTTG---TT---C------GA--TTA-GTGGAAA-CC--T-TA------ACAG----T-ATTGA-----A-CC-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT--AT--------------T--G----------GTT-TT-----------GAA--C---------TT-------T-TT-----TGTAT-T--GGAA--ACTATTATAATTATGCTGTCAA-ATCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TG--T-A---T----------ACGG-AACG-TCTC---CTGTTT--GTG-GG----TTTT---TC---CC---CCGACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTT-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTT-CAT--------------T--TCAGCG-----GTC-AAACTGAAAAATTCAA--C--A--A----G-------A-CT-----TGTGTCT--GGGA--ACTA-TATGT-TATGCTA-AAA-ATCTGcc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                AAGA-AACAA-CAAA------TG-GC--TT--GTTTAAGG-GTT-ACT-T-C-A-GATC-TGATTT-GAA-AT-AATG---AA---AAAT-------TTA-----TT-T-----CTTA----AC-----A---A-T--A----G--A----------------cttaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgatacaaaatgcataaaataatcaaatgaA----AAA----A---A-TT-A----G--A----------------TA---A-----C--TCTCAT-----ATCTTCTTA--CAA-TT---GCT--T------ATTGC--C-TA----ACTT-CT-TTTTAAAAAAAA---A--------AAA-GA-AAGA--A--T--A------CCAGCA--------------CC----CGA---AGT----TGT---AA-A----------C-----TAATA-------A---TC-A--GGTTTACAG-AATG---TC-TCCTGTTC--AT---G----TTTT---CCCCACC---T-GGTTTTA-GT-G-AA-CC--T-catatgtgtgggaagtctcactttgtgtaattttttatccgaataattacttattgttttatttca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaaaa--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GT---G----TTTT---T-----C---T-AGTTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ACAG----T-GTTGA-----A-TA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTA-CAT--------------T--TAATTATGGCGGTC-AAATGAAAATGT-CAA--C--AGCAA--GG---------CT-----TGTATCT--GGGA--GC---TATAA-TACGCTG-CAT-ATaata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taa-A---TC-A--AGTTTACAG-AACG-ACTC-TCCTGTTT--GC---G----TTTT---------C---T-TATTTTA-GT-GAAA-CC--C-T-------ATAG----T-GTTGT-----A-CA-TT--TCGTG-T-TA-TC-AG-C-CAGACCCTA-CAC--------------T--TAACTGAAC--GTC-AA-----------TAT--C--AC-AA--GG-------C-TTGTACATGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGTAA-CAT-ATCTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                  ta-AACAC-AAAA------T--CC--TT-TGTTTGGTG-TTTTATT-T-T-A-GATC-TGATTT-TAA--T-CATG---GATT-------------TT-----TT-T-----TCTACATGACATTGAA---A-T--G----G--------------------G---A-----G--TCTGAT-TT--ATTTTCTGA--GAATTT---ATC--T-----TATT-T----------GTGT-CA-T-----------------------TAA-AA-CAAT--T--T--A------CCAGCA-TTGGA--CT-TTACG----TActtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                               aaacgaggcaTC-TGATTA--AA-AT-AATA---AAAT-AATT-------ATT-----TT-TAAACACTAG----ACAT---C---A-T--ACTTTGT-A----------------TA---G-----C--TAT-AT-TT--TTTCTCTCA--GAA-TT---ACG--T-----ATTT-T--T-TA----ATTT-CA-T-----------------------AAA-AA-AGTA--A--TTGA------TCAGCATTTGGA--TTCTTACCCCGTTAA---A-------CT---AA-A--C----TGCC-----TA---------------------GTTTACAG-AATG-TCTC-TCCTGCTA--GT---G----TTTT---TT---AT---G-GA-TTTA-GT-GAAGCCC--T-T-------A-AG----T-GTTAAAAATTA-TA-TT--TCTTG-T-TA-TT-AA-C-CTGACCTTA-CAT--------------T--T----------caataa
gi|20                         :                                                                                                                                   tgatacaaaatgcatagaatattcaaatataagggaaaaaatagttgtttaagatttatatcagatacaaaaaggcgaagt-AATAATCAAA------TA-GT--TT-TGTTTGAAG-TTC-GTT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CAAA---AAGT-TAAT-------ATT-----TT-T-----TTC------------A---A-T--A----G--A----------------TA---A-----C--TTTTA--TC--ATTTTCTTA--GAA-TG---GCT--T------ATTGT--C-AA----ATTT-TATT-------AAAT---A--------AAG-AA-AAGA--A--T--A------TTAGTATTTGaaggtccctacgggacatcaataacatgccattcattgcgtcagatg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                 aGG-AAAAA-CAAG------TGGTT--TT-TGTTTGAGG-TCC-ATT-T-T-A-TATT-TAATTG-GAA-AT-CATG---ATAT-CAAT-------AAT-----T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 AGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGT-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TCAA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-aactaattataatttaaagaattttttgttgttgatgtttcatacatttattttcaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                              A------TG-TT--TTGTGTT-GAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-TT-CATG---AAAT-AAAT-------A-T-----TT-T-----TTTA----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----C--TATTATGTT--ATTTTTCTA---AA-TT---AC---T-----CATT-T--CTTA----ATTT-CA-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                             AG------TG-TT--TT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-AAA-AT-CATG---AAAT-AAATAAAAAAAATTAAACATT-T-----ATTG----ATA----ACTTA-T--A-------A----------------TT---A-----TTATATTAT-TT--ATTTTCGTA--a
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        C--C-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTC-CATTTTAAAAATGGCGGT--T----------ATC-AA-----------CAA--C--A--AA--GC-------T-AG-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TAT-A-TACGCTA-CAA-cggt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAAATTTAATG-TT--TT--GTT-GAG--TTC-ATT-T-TCA-TATC-TGATTA-GAA-AT-CATG---AAAT-Agttgctt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                               tAAGGCAACAC-AAAA------TG-TTGTTT-TGTTTGAGG-TTC-ATT-T-T-A-TATCATGATTA-GAg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atata-TCCTGTTT--GTG-G------TGT---TT---C------G---TTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----G-CA-TT--TCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  GG-CACAA-CAAA------TG-TT--TTTTGTTTGAGT-TTC-ATTCT-T-A-TATC-TGATTA-G-A-AT-CACG---AAATAAAAT-------ATT-----TT-T-----CAAA----ACA----A---A-T--A-------A----------------TG---A-----C--TATTAT-TC--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-TC-C-TA----ATTT-CA-T---------TA---T--------ATA-AA-CAAT--A--T--T------CCAGCATTTGAA---TCTTACC----TAA---AGT----TGT---GATA--TGTGGTGTT-----CTATA-TTC-T-A---TCAA--GGTTTACGG-AACA-TCTC-TCCTGTTA--GTA-GT----TTTTTTCTT---CC---T-GATTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----T-ATTGA-----A-CATTT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCCTT-CAT--------------T--T----------GTCAAA-----------CAA--C--A--AT--GG-------T-TT-----TGTATCT--GAAACTATTA-TATAA-TATGCTAGCAA-ATCTG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ------CTAGCATTTGAA--CTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATactt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                      gCAA-CAAA------TT-GC--TT-TGTTTGAG--TTC-ATT-TAT-AATATCGTGATAAAGAAGAT-CATG---AAAT-AAA--------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---AAT--A----G--A----------------TG---A-----A--CAT-AT-TT---CTTTCTTA--GAA-TT---ACTCAT-----CATT-T--C-TC----ATTTTCA-T-------TAAA---A--------AAA-A-----------T--G------CCAGCAATTGAAACTTCTTACT----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGC------TAATACTT--T-A---TC-A--GTTTTACAG-AACA-TCTCCTCCTGTTA--GTA-GT----TTTT---TT---CCCCCT-GAATTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAG----TGATT-A-----A-CA-TTATCCCTGAT-TA-TTCAG-C-CTGACCCTTGCAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C-----AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATGCTA-CACTATCTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                aaac-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-CGTTTGAGG-TAC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTT-GAA-AT-CATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--A----------------TG---A-----T--TATTGT-TT--ATTTTCTTA--CAA-TT---ACT--T-----ATTT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAATAATAAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGA----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--AGTTTACAG-AACA-TTTC-TCCTGTTG--GTA--A----TTTT---TT---CC---T-GACTTTA-GT-GAAA-CC--T-T-------ACAT----T-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-C-TA-TT-GG-C-CTGACCTTT-CA---------------T--T----------GCC-AA-----------CAA--C--A--AA--GGTTTTGACT-TT-----TGTATCT--GGGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAA-ATCTGctgtcaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                              ATAAGG-AACAA-CAAA------TG-TT--TT-TGTTTGAGA-TTC-ATT-T-T-A-TATC-TGATTA-GAA-ATTCATG---AAAT-AAAT-------ATT-----TTTT-----TTTA----ACA----A---A-T--A----T--A----------------TG---A-----C--TATGAC-TT--ATTTTCTTA--GAA-TT---ACT--T-----CATT-T--C-TA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AAA-AA-AAAA--A--T--G------CCAGCATTTGGA--CTCTTACC----TAA---AGT----TGT---GA-A--T----TGCC-----TAATA-TT--T-A---TC-A--GGTTTACAG-AACA-TCTC-TCCTGTTT--GTA-GG----TTTT---TT---TC---T-GATTTTA-GT-GAAA-AC--T-T-------ACAG----C-ATTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CTGACCTTT-CAT--------------T--T----------GTC-AA-----------CAA--C--A--AA--GG-------T-TT-----TGTATCT--GGAA--ACTA-TATAA-TATACTA-CAA-ATCTGctta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-----TT-T-----TTTT----ACAT---ATT-A-T--G----A--A----------------TG---AGAAGTC--TTTGAT-TT--ATTTTCTTA-----------ACT--T------ATT-T----------ATT---------------GG---T--------AAA-AC-AAAT--T--T--A------C-AGCATC-GGA--CTTTTACT----TCAGT-AATCCTTTTT---AA-A--T----T---------AATA-------A---TA-A--AGTTTATAG-GACA-TCTC--CCTGTTT--GT---G----TTTT---TT---C----T-GATTTTA-GT-GAG--CCAAT-T-------GT-G----T--TTGA-----A--A-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-TTGACCCTC-CAT--------------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atgaggaacaaatacgctcatgttagggtttattttagatctgattttaattcatgaattaaaaaaaaaaaaaaattatttatttttttttttttttt--ATGTTTTTAAAGAA-TT---ACT--T------ATT-T--CCTA----ATTT-CA-T-------AAAA---A--------AGA-AG-AAAA--A--TTTA------CCAGCATTTCGA--CTATTACC----CAA---AGT----TAT---AA-A--C----TGCC-----TAATA-TTAATAA---TC-A--GGTTTACAG-AACG-TCTC-TCCTGTGT--GTGTGG----TTTT---TT---aatggcggtctctgatcgatcaacatg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcTT--GT--------TTTT---CT---TC---T-GATTTTT-GT-TAAA-CG--T-T-------A--G----T-GTTGA-----A-CA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-C-CT--CCATT-TAA--------------TAATGGCG------GTC-A-------------AA--CTGA--AA--AA----------T-----TGTATCC--GAGA--ACTA-TATAA-TACGCTA-CAT-ATCTGatgcccccgtgatcgaagatcttgtttttcttctgatttttgttaaacgttagtgttgaacatttcctgttattagcctccatttaataatggcggtcaaactgaaaaattgtatccgagaactatataatacgctacatatctgct
gi|9                          : tatttttttattgtaagcaatttagtttgtcaccagtctgcatgtttttaaagaattacttatttcctaatttcataaaaaagaagaaaaatttaccagcatttcgactattacccaaagttataaactgcctaatattaataatcaggtttacagaacgtctctcctgtgtgtgtggttttttatgcccccgtgatcgaagatcATAAG--AACAA-CAAA------TA-TTC-TT-TGTTTA--G-TT--ATT-T-T-A-TATA-TGATAA-GAA-AT-CAT----AAAT-AA-T-------ACT-----TT-T-----TA-A----ACA----A---A-T--A----G--------------------G---A-----C---ATTAT-TT--ATT--CTTA--GAA-T----ATG--T-----CATT-TTCC-TA----ATCT--A-T-------AAAA---A--------AA--------------T---------CTAGCATTTA-----TCTTATC----TTA---A------TGT---GC-A--T----TGC------TAATA-TT--T-A---TCCA--GGTTTACA--AACA-TCTC-TC---TTTAAGTA-GT----TTTT---CC---CC---T-GATTTCACGT-GAA--CC--T-T-------ACAG----T--TTGA-----AACA-TT--TCCTG-T-TA-TT-AG-CGCTGAACC-T-CAT--------------T--TG---------GTC--A-----------CAA--C--A--AA--GG---------TA-----AGTATC----GGA--ACTA-TATAA-TAct
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGTACATGTATCTGGTAACTATATTACATACATGTAATTCGCTATGTGTCTGCTTA
Unaligned ( gi|31 ): GTGTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|32 ): GTTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT