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Reference ( gi|13 )           :                                                                                                                                                         ACTT-C-AAGGGA-A-GATT--TCAA--ATTGTT--GTCC-CGAG-GT-AG-G-----G---GAA-AAGTCCTGGGAA-ACT----GT--T-------G-CACA-AG------G--CT--G-T---AGA-CCG--AG-GGCT-------ACAAT--CTCCCAGG-AT-T-TCTC-C-----C--C-TAC--C--AAGGGGTA--ACTG--T--TT---G-A-ATG-AT-C-C--T--CAA-A---A--AGCCATG-G---AA--T--AAG-T-GTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|12                         :                                                                                                                                                          CTT-C-GAGGG----GACCAGTCAA--ATTGTT--GTCC-CGAT-GT-AA-G-----G----AG-AAGTCATGGGAA-ACT----GT--T-------G-CCCG-AG------G--CC--A-T---AG------------------------------CCCAAG-AC-T-TTTC-C-----C--C-TAC--C--AAAGGATA--ACTG--T--TT---G-A-CTG-TT-C-C--T--CAA-G---A--AGCCATG-G---GA--T--AAG-T-GTT-T---T---ATT-ACAT-AACCT-ACT-
gi|4                          :                                                                                                                                                          CTTAC-AAGGGA-AAGGGT--TGAA--ACTATT--GCCC-TGAG-GA-AG-T-----G---GCG-ATGACCCGGAAA-ACT----GTGGT-------G-TCTG-AG------G--CC--G-A---AGG-TCG--AG-GTCA-------ACAGT--TTCCTTGG-TT-T-TCGC-C-----T--C-AAC--G--GAGGGGCA--ATAGT-T--TT---G-A-TTGTTT-C-C--T--GAGTA---A--A--CATG-A---AA--T--AAT-T-GTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-ccatggaataagtgtatactagtagtct
gi|10                         :                                                                                                                   acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgCTTAC-AGGGAA-A-GGGT--TGAA--ACTATT--GCCC-TGAG-GA-AGTG-----GCCTGA------CCCGGAAA-ACT----GTG-T-------G-TCTG-AG------G--CC--G-T---AGG-TCG--AG-GTCA-------ACAGT--TTCCTTGG-TT-T-TCGC-C-----T--C-AAC--G--GAGGGGCA--ATAGT-T--TT---G-A-TTGTTT-C-C--T--GAGTA---A--A--CATG-A---AA--T---AT-T-GTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-cattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|23                         :                                                                                                                                                          CTT-G-AAGGAC-A-G-----TCAA--GTTATT--GTTC-CAAA-AT-AC-A-----A---GAG-AAGGCCTGGGAA-ACT----CT--T-------catgatacaatt
gi|9                          :                                                                                                                                                          gTT-C-CAAGGA-A-GCTG--TCAA--ACTGTT--GTCC-TGAA-GT-AG-A-----A---GGA-AGGAGCTGG-AA-ACT----GT--T-------G-CCCG-AG------G--CC--G-A---AAT-CCG--A--AGCA-------AAAAG--TTCCCAAG-GTCT-TCTC-C-----T--C-TAC--C--ATGGGACA--ATAG--C--TT---G-A-TTG-TT-C-C--T-------------AACCGAG-C---AA--A--AAGAG-GTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACT-ATATAaactatgcaatatgtgtgtattgtt
gi|6                          :                                                                                                                                                           TT-CTAGGGGA-A-CAGT---CAC--ACTGTT--GTCC-CAAG-GT-AG-G-----G---AGA-AGACCCAGGAAA-ACT----GT--T-------G-TCCA-AG------G--CC--A-A---AAG-CTG--AG-AGCTGATGATAACAGT--TCCCCAAG-TC-T-TCTC-C-----C--G-TAC--T--GAGCGATATCACTG--accatgcgcataagtgtttac
gi|17                         :                                                                                                                                                       tttaTT-CTAGGGGA-A-CAGT---CAC--ACTGTT--GTCC-CAAG-GT-AG-G-----G---AGA-AAGACCAGGAAA-ACT----GT--TGTCCAAGG-CACA-AA------G--CT--G-----AGAGCTG--AT-GATA-------ACAGT---TCCCAAG-TC-T-TCTT-C-----C--CGTAC--T--GAGCGATATCACTG--gtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|16                         :                                                                                                                                     tttcgctcaggttccttggatacT-C-GAGGAACA-GTCT--TGAC--ACTGGG--GTCC-CTCA-TT-AA-G-----G---GAG-AAGACTTGGGAA-GAC----GT--G-------G-CCTA-AA------G--C---------AGA------AG-GATG-------A-AGT--TTCATAGG-TC-T-TCCC-T-----T--C-TAC--A--ACAGGACA--GCGG--T--T----G-A-ACC-AT------T--CAA-G---A--AGC----------------------ATT-T---T---ATT-ACTT-AACCT-ACG-ATATtaaacctata
gi|7                          :                                                                                                                                                            c-C-AAGG---A-GCTG--TCCA--ACTGTTTTGTCC-TAAA-GT-AG-A-----A---GGA-AGGAGCTGG-AA-ACT----GT--T-------G-CCCG-AG------G--CC--G-----AAA-TCG--CGAAGCA-------AAAAG--TTCCCAAG-GTCT-TCTC-CTTCCTC--C-TA---C--ATGGGACA--ATAG--C--TT---G-A-TTG-TT-C-C--TAACAC-G---A--CGCAACC-A---AA-----GAG-T-GTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATgaagccatgtaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                          ATT--TCAATAACAGTT--ACCC-CTTT-GT-AG-GCGC--G---AGA-GAATCCTGGGAG-ATT----GT--A-------G-CCCT-CG------GT-CT--A-C---AGTTCCT--GT-TGCA-------ACAGT--TTCCCAGG-AC-T-TTCC-C-----C--T-TAC--C--cgaaaccatgcgcataagtgttttacta
gi|16                         :                                                                                                     atttatagcatttgtatagttaggttagcggatattaaaacacttattccatggctttgttgatggtgatcT--TCAA---CCGCT--GTCC-TGTT-GT-AG-A-----A---GGG-AAGACCTATGAA-ACTTC--AT--C-------C-TTC---T------G--CT--T-T---AGG-CC---AC-GTCT---------------TCCCAAG-TC-T-TCTC-C-----C--T-TAA--T--GAGGGACC--CCAG--T--GTCAAG-A-CTG-TT-C-C--T--CGA-G---A--AGCCATG-T---AA--tggaagcacaat
gi|12                         :                                                                                                                                       catatcgtaggttaagtaataaaatgcttcttgaatgg--TCAA--ACAGTT--ATCC-TTTG-GT-AG-G-----G---GAA-AAGTCTTGGG----------------------------------------CT--A-T---GG--CCT--CG-GGCA-------ACAGT--TTCCCATG-AC-T-TCTC-C-----T----TAC--A--TCGGGACA--ACAA--T--TT---G-A-CTG-GT-C-C--C--CTC-G---A--AGCCATG-G---AA--T--AAG-T-GT
gi|9                          :                                                                                                                            tagtaggttatgtaataaaacacttatcccatggcttcttgaggaacag--TCAA--GCTATT--GTCC-CATG-GT-AG-A-----G---GAG-AAGACCTTGGGA-ACT----TT--TT------G-CTTC-GG------A--TT----T---CGG-CCT--CG-GGCA-------ACAGT--TTCC-AG---C-T-CCTT-C-----CTTC-TACTTC--A--GGACA--ACAG--T--TT---G-A-CAG-CTTC-C--T--TGG-A---A--A-CCATGCG---CA--T--AAG-T-GTT-T---atactagtagtct
gi|7                          :                                                                                                                            tatatagttggacagggaaaaaaacctctttttgctcggttaggaacaa--TCAA--GCTATT--GTCC-C-AT-GT-AG-GAGGAAG---GAG-AAGACCTTGGGA-ACTTTTTGC--T-------T-CGCG-A-----------T--T-T---CGG-CCT--CG-GGCA-------ACAGT--TTCC-AG---C-T-CCTT-C-----CTTC-TAC--TTTAGGACAAA--ACAG--T--TG---G-A-CAG-CT-C-C--T--TGC-G---A--AACCATGCG---CA--T--AAG-T-GTT-T---T---ACT-ac
gi|3                          :                                                                                                                       atatgagttggacagggaaaaaaacactctttggttgcgtcgtgttaggaacaa--TCAAG-ACCATT--GTCCTCG---GT-GG-C-----A---GAG-AAGACCTGGGAA-ACG----GT--T-------G-TCCT-CG------G--C-------------CTA--AG-GCCT-------ACAAa
gi|2                          : catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttgggaaacaa--TCAAG-ACCATT--GTCCTCG---GT-GG-C-----A---GAG-AAGACCTGGGAA-ACG----GT--T-------G-TCCT-CG------G--C-------------CTA--AG-GCCT-------ACAActacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|14                         : catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttgggaaacaa--TCAA--ATTGTT--TTCC-TGAG-GT-A--------A---AAA-AAATT-----AA-GCT--------------------CA-AG------A--CT--G-A---AGG-CGG--AG-GGCA-------ACAAT--TTTTCAAT-GTCT-TCTA-C-----C--C-TAA--T--ATGAAACA--AC-------TT---A-ATCTG-GT-G-T--T--CAA-AAT-A--AACCTTT-GCTAAA--TGCAAA-TCATTAT---T---ATT-ACCTAAACCT-AC------AAATGctacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|24                         :                                                                                                                                                            tacactttatgcattaa--TCAT--ACTGTT--GTCC-CGGG-GTGAG-G-----G---GAG-A---CCTTGAAA-ACT----GT--T-------tgcctata
gi|18                         :                                                                                                                                                                         ggaa--TCAA--AGCGTT--GTCC-CTTT-CC-AA-G-----A---GAG-AAAACCTG------CT----GTAGT-------G-GATA-AA------G---T--G-TTCAAGG-CCG--AG-AGCA-------GCTGT--TTCCCCAG-ATCT-TCTC-C-----C--C-ctggcccaagaacagaacaa
gi|11                         :                                                                                                                                                       ttttttatgaactgtcaaactgtcgact--ATTGTG--CTTC-C-AG-GT-AA-G-----G---GGA-AAGTCCTGGGAA-ACT----GT--T-------G-CAAC-AG------GAACT--G-T---AGA-CCG--AG-GGCT-------ACAAT--CTCCCAGG-AT-TCTCTCGCG----C--C-TAC--A--AAGGGGTA--ACTG--TTATT---GAA-ATG-AT-CACCAT--CAACA---A--AGCCATG-G---AA--T--AAG-T-GTT-TTAAT---ATC-CGCT-AACCTAACT-ATACAAATGCctgttcaccaagaagccacgcagccagtgtatgtaattatca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                  atttataTT--GTCC-CTTG-GT-AG-T-----A---GAA-AAGACCCGGGAA-ACT----GT--T-------A-TCCG-AG------G--C
gi|20                         :                                                                                            tacgtaacaatgtacataaagcgtcatcatatatagtagattaggtaataaaacagttagtttatacctaagtttgggaaacagtcaaaagcaTT--CTCC-TGAT-GT-AG-G-----G---GAG-AAGGCCTGGGAC-AAT----GT--T-------G-C-CA-AG------A--CCGGG-T---GGG-CTG--AATGGCA-------ATAG---CTCCCAG------------T-----C--C-TAC-----------TA--AC--------------------AT-A-C-----CGA-A---A--TGCCATGCGAT-AA--T--AAG-T-GTT-C---A---ATTACCCT-AA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                              TCC-TGAATGT-AG-G-----G---GAG-AAGGCCTGGGAACAAT----GT--T-------G-CCCATAG------G---G--G-T---GGG-CTGGAAT-GGC--------A-AATAGCTCCCAG------------T-----C--C-TAC--T--AA---AT---ACTT--T--GC---G-A-ATG----C-C--G--CAG------------AT------AA--T--AAG-T-GTT-T---TTCAATTACCCT-AAtagtttagaactactagta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    tc-GT-AC-G-----G---GAG-AAGACTTGGGGA-ACT----GT--T-------ATCATC-AGCTCTCAG--CT--T-T---TGG-CCT--TG-GACA-------ACAGT--TTTCCTGG-GTCT-TCTC-C--------C-TAC--C--TTGGGACA--ACAG--T--GT---G-A-CTG-TT-C-C--C--CTA-G---A--Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                  ttta-GT-AC-G-----G---GAAGAAGACTTGGGAA--CT----GT--T-------ATCATC-AGCTCTCAG--CT--T-T---GTG-CCT--TG-GACA-------ACAGT--TTTCCTGGTCT-T-TCTC-C-----C----TAC--C--TTGGGACA--ACAG--T--GT---G-A-CTG-TT-C-C--C--CTA-G---A--Atgagcgatatcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                              tttcgctcaggttccttggataccagtgatatcgctcaGAA-ACT----GT--TT------G-CCTG-AG------G--CC--GGC---AGG-CCG--AG-GGCA-------ACAGT--GTCtaaacctata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                           aaagaa-AG------G--CC--T-T---AGG-CCG--AG-GACA-------ACCGT--TTCCCAGG-TC-T-TCTC-T-----G--C-CAC--C--GA-GGACA--ATGG--TC-TT---G-A-TTG-TT-T-C--C--CAA-AATTA--AGCATTT-G---AAATT--AAC-T-GTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Attgg
gi|2                          :                                                                                                                                         catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcgga-AG------G--CC--T-T---AGG-CCG--AG-GACA-------ACCGT--TTCCCAGG-TC-T-TCTC-T-----G--C-CAC--C--GA-GGACA--ATGG--TC-TT---G-A-TTG-TT-T-C--C--CAA-AATTA--AGCATTT-G---AAATT--AAC-T-GTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Aacaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|20                         :                                                                                                                                                                          catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcgga-GGCA-------ACATT--GTCCCAGG-CC-T-TCTC-C-----C--C-TAC--acaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttctcctgat-------ACAGT--TTCCCGGG-TC-T-TTTC-T-----A--C-TAC--C--AAGGGACA--A-TGCTT--TT---G-A-CTG-TT-T-C--C--CAA-A---CTTAGGTATA-A---AC--T--AAC-T-GTT-T---T---ATT-ACCT-AATCT-ACT-ATATAaagaccgggtgggctgaatggcaatagctcccagtcctactaacataccgaaatgccatgcgataataagtgttcaattaccctaatagtttagaactactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tacgtaacaatgtacataaagcgtcatcaAGT--TTCCCAGG-CC-T-TCTC-T-----T--G-TAT--T--TTGGAACA--ATAA--C--TT---G-A-CTG--T-C-C--T--TCA-A---G--AACTATG-C---AA--T--ATG-T-GTtatccgaggc
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATCATTGATAATATATAGTTGCAAATGGATTTGAAATGCATGCCTGATAATGTGAGGTGTTGCAGGAGCTAGATGTGGGATGTCAATTAGTTAAATACGTTTTGAAAATATAATGGGTGTGTGCGATGCTAGATTAGGATATGAACAGTTATTTCATGTTATTGGAAACTATAGCCTCATTGGCACTGGGTAAGTGGAAGACCGGGAACGGTTGTCCTCGGCCTAAGGCCTCCACGGTACCGTCCGGGCAATAGTTTTGAACTGTTTCCACTTAAACATGAATAACTGTATATTGGCACGGTAA
Unaligned ( gi|5 ): ATATTGCAATGATATGAAATGCATCGACTAATGTGAGTGTCCCAGAGCTAGATGTGGGTTGTCAACTTAGTTAATACGTTTTAAAGATATAATGCGTGTGTGCATGTAGATTAGGTAATGAAACAGTTGTTTCATGTTATTTTGGGAAACAATCAAGACCATTGTGCCTGGGTAGTGGAGAAGACCCGGGAAGCGGTTGTCCTCGGCCTAAGGCCTCCACTACCTCGGGCCAATAGTTTTTACTGTTTCTCACTTAAAC
Unaligned ( gi|15 ): TCATACTTACAAGGGAAACAGGCATAACTAATGACCTAAGGGAGTAGTGATGAGCAGATGTAGGTCGAGGATAATAGTTTCCAGATAGTTTTGAATGTTTCCCGTGTAAGCATGATGGGGATTTATTATATCGATATATTAAATTTGTCTAAATGGGGTAAAGGTGATTCAACTGTAACCGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): AACTGATTAAAATCAGATCATCGATATCGATCCGCTCCTATTTTTTTAATGTCGCTACACGAGTGACAGTAAAAAAAAAATAAAGGAGCGGATCGAGAATCTGATTTAAATCA
Unaligned ( gi|25 ): GACAATAGTATTGACCTGTTTCCCAGTTAGACATGGAGAACTGTATACTGATCATAGGTAA
Unaligned ( gi|26 ): AACGACAGTAAAAAAAAATGGAGCGGATCGAGGATCTGCTGATTTTAATCCGATT
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consensus                     :                                                                                                                                                                   NCTT-CAAGGGAA-GCGGTCAA-A-CTGTT--GTCC-CGAG-GT-AGGGGAGAAGACCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------AGGC-CG--TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-GTCTTCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAAT-AG--T--TT---G-A-CTGTTC-C--C----CGA-G---A---AGCCATG-G---A--A--T--AAN-T-GTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                                                   NCTT-CAAGGGAA-GNNTTCAA-A-CTGTT--GTCC-CGAG-GT-AGGGGAGAAGACCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------AGGC-CG--TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-GNCTTCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAAC-AG--T--TT---G-A-CTGTTC-C--T----CGA-G---A---AGCCATG-G---A--A--T--AAG-T-GTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  -AA-A-CTAT--T-GC--CCGGACGGTACCGTGGAGGC-CT--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTC--CC---------G-GTCTTC-CA-----CT-TACCCA-GTGCCAATGAG--G--CT-----A-TAGTTT-C-------CAA-T---A---A--CATG-A---A--A--T--AAC-T-GTT-CA--T---AT---CCT-AATCT-A
gi|10                         :                                   atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcCTTACAGGGAAA-GGGTTGAA-A-CTATT--GCCC-TGAG-GA-AGTGGCCT-GACCC-GGA-AA-A-CTGTG-T-GT--CTG-------------AGGC-CG--TAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-GTTTTCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAAT-AGT-T--TT---G-A-TTGTTT-C--C----TGA-G---T---AAACATG-A---A--A--T---AT-T-GTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-tgaactgtttccacttaaacatgaataactgtatattggcacggtaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                          AG-GT-AAGGGGAAAGTCCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GCAACAG-------------GAAC-TG--TAGAC-CG--A-G-GGC-------TACAATCT--CC-------CAG-GA-TTCTCTCGCG-CC-TACAAA-GGGGTAAC-TG--TTATT---GAA-ATGATCACCAT----CAACA---A---AGCCATG-G---A--A--T--AAG-T-GTT-TTAAT---ATC-CGCT-AACCTAACT-ATACAAATGCcatgatacaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                             atttataCTT-CGAGGGGA-CCAGTCAA-A-TTGTT--GTCC-CGAT-GT-AAGG-AGAAGTCAT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------AGGC-CA--TAG-------------------------------CC-------CAA-GACTTTTCC-----CC-TACCAA-AGGATAAC-TG--T--TT---G-A-CTGTTC-C--T----CAA-G---A---AGCCATG-G---G--A--T--AAG-T-GTT-T---T---ATT-ACAT-AACCT-ACT-ggaagcacaat
gi|13                         :                                                                                                                                                                    CTT-CAAGGGAA-GATTTCAA-A-TTGTT--GTCC-CGAG-GT-AGGGGAAAAGTCCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--ACA-------------AGGC-TG--TAGAC-CG--A-G-GGC-------TACAATCT--CC-------CAG-GATTTCTCC-----CC-TACCAA-GGGGTAAC-TG--T--TT---G-A-ATGATC-C--T----CAA-A---A---AGCCATG-G---A--A--T--AAG-T-GTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGCccatggaataagtgtatactagtagtct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                    aTCAA-A-TTGTT--TTCC-TGAG-GT-A----AAAAAAATT------A-A---------GC--TCA-------------AGAC-TG--AAGGC-GG--A-G-GGC-------AACAATTT--TT-------CAATGTCTTCTAC-----CC-TAATAT-GAAACAAC--------TT---A-ATCTGGTG-T--T----CAA-AAT-A---AACCTTT-GCTAA--A--TGCAAA-TCATTAT---T---ATT-ACCTAAACCT-AC------AAATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                         tacactttatgcattaaG--TAGGT-CG--A-G-GAT-------AATAGTTT--CC-------tgcctata
gi|16                         :                                                                                                                  tcatacttacaagggaaacaggcataactaatgacctaagggagtagtgatgagcagatGAA-TGGTTCAA---CCGCT--GTCC-TGTT-GT-AGAAGGGAAGACCT-ATG-AA-A-CTTC--A-TC--CTT-------------CTGC-TT--TAGGC-C------------------ACGTCTT--CC-------CAA-GTCTTCTCC-----CT-TAATGA-GGGACCCC-AG--T--GTCAAG-A-CTGTTC-C--T----CGA-G---A---AGCCATG-T---A--A--agatagttttgaatgtttcccgtgtaagcatgatggggatttattatatcgatatattaaatttgtctaaatggggtaaaggtgattcaactgtaaccgggaa
gi|17                         :                                                                                                                                     catatcgtaggttaagtaataaaatgcttcttTT-CTAGGGGA-ACAGTCAC-A-CTGTT--GTCC-CAAG-GT-AGGGAGAAAGACCA-GGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-------------AGGCACA---AAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAG-TT--CC-------CAA-GTCTTCTTC-----CCGTACTGA-GCGATATC-A
gi|18                         :                                                                                                                                                           tttcgctcaggttccttggataccagTCAA-A-CTGTC--GACT----------GGGGAGAAGATCT-GGGGAA-A-CAGC--T-GC--TCT-------------CGGC-CT--TG----------------------AACACTTTATCCACTACAGCAG-GTTTTCTCT-----CT-TGGAAA-GGGACAAC-GC--T--TT---G-A-CTGTTC-A--C----CAA-G---A---AGCCACG-C---A--G--C--CAG-T-GTtaaacctata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                      ttttttatgaactgTCC-TGAATGT-AGGGGAGAAGGCCT-GGG-AACA-ATGT--T-GC--CCAT------------AGG--GG--TGGGC-TGGAA-T-GGCA------AATAG-CT--CC-------CAG---------T-----CC-TACTA-------AAT-AC--T--TT---G------------------CGA-----A---TGCCGCA-GAT-A--A--T--AAG-T-GTT-T---TTCAATTACCCT-AAatgtaattatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                     tc-------------AGGC-CT--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-GTCTTCTCT-----GC-CACCGA--GGACAAT-GG--TC-TT---G-A-TTGTTT-C--C----CAA-AATTA---AGCATTT-G---A--AATT--AAC-T-GTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|2                          :                                                   catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaGGGAA-ACAATCAAGA-CCATT--GTCCTCG---GT-GGCAGAGAAGACCT-GGG-AA-A-CGGT--T-GT--CCT-------------CGGC-CT--AAGGC-CT--A-----C-------AA---------C-------TA----------------CC-T--CGA-GAAACAAT-AG--T--TTTGCA-A-CTGTTC-C--acaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|20                         :                            catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttTT--CTCC-TGAT-GT-AGGGGAGAAGGCCT-GGG-AC-A-ATGT--T-GC--C-A-------------AGAC-CGGGTGGGC-TG--A-ATGGC-------AATAGCT---CC-------CAG---------T-----CC-TACT--------AAC-A-------T-----A-C--------------CGA-A---A---TGCCATGCG---ATAA--T--AAG-T-GTT-C---A---ATTACCCT-AAcact
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -G-GAT-------AACAGTTT--CC-------CGG-GTCTTTTCT-----AC-TACCAA-GGGACAAT--GCTT--TT---G-A-CTGTTT-C--C----C-A-A---ACTTAGGTATA-A---A--C--T--AAC-T-GTT-T---T---ATT-ACCT-AATCT-ACT-ATATAtagtttagaactactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 tacgtaacaatgtacataaagcgtcatca-------AAGAGTTT--CC-------CAG-GCCTTCTCT-----TG-TATTTT-GGAACAAT-AA--C--TT---G-A-CTGTCC-T--T----CAA-G---A---A-CTATG-C---A--A--T--ATG-T-GTgaggc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                    gTCAT-A-CTGTT--GTCC-CGGG-GTGAGGGG---AGACCT-TGA-AA-A-CTGT--T-gtattgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                             ggaaG-AA-A-CTGT--TTGC--CTG-------------AGGC-CGG-CAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTGT--Cctggcccaagaacagaacaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                 aaagaa-------------AGGC-CT--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-GTCTTCTCT-----GC-CACCGA--GGACAAT-GG--TC-TT---G-A-TTGTTT-C--C----CAA-AATTA---AGCATTT-G---A--AATT--AAC-T-GTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Attgg
gi|3                          :                                                   catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaGGGAA-ACAATCAAGA-CCATT--GTCCTCG---GT-GGCAGAGAAGACCT-GGG-AA-A-CGGT--T-GT--CCT-------------CGGC-CT--AAGGC-CT--A-----C-------AA---------C-------TA----------------CC-T--CGA-GAAACAAT-AG--T--TTTGCA-A-CTGTTC-C--acaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|4                          : catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttCTTACAAGGGAAAGGGTTGAA-A-CTATT--GCCC-TGAG-GA-AGTGGCGATGACCC-GGA-AA-A-CTGTGGT-GT--CTG-------------AGGC-CG--AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-GTTTTCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAAT-AGT-T--TT---G-A-TTGTTT-C--C----TGA-G---T---AAACATG-A---A--A--T--AAT-T-GTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-cact
gi|5                          :                                                                                                                                                acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgAA-A-CTATT--GGCC-CGAG-GT-AG-----------T-G----------------------G-------------AGGC-CT--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCTT--CC-------CGG-GTCTTCTCC-----AC-TACCCA-GGCACAAT-GG--TC-TT---G-A-TTGTTT-C--C----CAA-A---A---TAACATG-A---A--A--C--AAC-T-GTT-T---C---ATT-ACCT-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                                                            atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAGGGGA-ACAGTCAC-A-CTGTT--GTCC-CAAG-GT-A-GGGAGAAGACCCAGGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-------------AGGC-CA--AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTTC--CC-------CAA-GTCTTCTCC-----CG-TACTGA-GCGATATC-Attactgtttctcacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                   ttta-CAAGG--A-GCTGTCCA-A-CTGTTTTGTCC-TAAA-GT-AGAAGGAAGGAGCT-GG--AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------AGGC-CG--AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-GTCTTCTCCTTCCTCC-TAC--ATGGGACAAT-AG--C--TT---G-A-TTGTTC-C--TAACACGACG---C---AACCA-------A--A-----GAG-T-GTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATctggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                                                   NCTT-CAAGGGAAGCGGTC---AA-A-CTGTT--GTCC-CGAG-GT-AGGGGAGAAGACCT-GGGAA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------A--GGC-C---G--TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTT--TCC-------CAG-G--TCT----TCTCC-----CC--TACCG--A-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATG-G---A--A--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                    AA-A-CTAT--T-GC--CCGGACGGTACCGTGGA--GGC-C---T--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTT--CCC---------G-G--TCT----TC-CA-----CT--TACCC--A-GTGCCAA--TGA----------G-G-CTATAGTT-T---C----CAA-T---A---A--CATG-A---A--A--T---AACTGTT-CA--T---AT---CCT-AATCT-A
gi|1                          :                                                                                                 atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcGGAA-A-CTAT--A-GC--CTC-------------ATTGGCACTGGG--TAAGT-GG--A-A-GACCGGG---AACGGTTG-TCC-------TCG-G--CCTAAGGCCTCC-----ACGGTACCGTCC-GGG-CAA--TAG--T--TTTG-A-A-CTGT--TT-C---CA---CTT-A---A---A--CAT--G---A--A--T---AACTGTtgaactgtttccacttaaacatgaataactgtatattggcacggtaa
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                 cGGTT---CA-A-CCGCT--GTCC-TGTT-GT-AGAAGGGAAGACCT-ATGAA-A-CTTC--A-TC--CTT-------------C--TGC-T---T--TAGGC-C------------------ACGTCT--TCC-------CAA-G--TCT----TCTCC-----CT--TAATG--A-GGGACCC--CAG--T--GTCAAG-A-CTGT--TC-C---T----CGA-G---A---AGCCATG-T---A--A--ccatgtaa
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                         ttttttatgaactTCC-TGAATGT-AGGGGAGAAGGCCT-GGGAACA-ATGT--T-GC--CCAT------------A--GG--G---G--TGGGC-TGGAA-T-GGCA------AATAG-C--TCC-------CAG---------------T-----CC--TACTA---------AA--TAC--T--TT---G---------------------CGA-----A---TGCCGCA-GAT-A--A--T---AAGTGTT-T---TTCAATTACCCT-AAatgtaattatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                      tc-------------A--GGC-C---T--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTT--TCC-------CAG-G--TCT----TCTCT-----GC--CACCG--A--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTT-G---A--AATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|2                          :                                                   catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaGGGAAACAATC---AAGA-CCATT--GTCCTCG---GT-GGCAGAGAAGACCT-GGGAA-A-CGGT--T-GT--CCT-------------C--GGC-C---T--AAGGC-CT--A-----C-------AA---------C-------TA----------------------CC--T--CG--A-GAAACAA--TAG--T--TTTGCA-A-CTGT--TC-C---C----acaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|20                         :                              catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttTT--CTCC-TGAT-GT-AGGGGAGAAGGCCT-GGGAC-A-ATGT--T-GC--C-A-------------A--GAC-C---GGGTGGGC-TG--A-ATGGC-------AATAGCT---CC-------CAG---------------T-----CC--TACTA--A-----CA---TA----------------------------C----CGA-A---A---TGCCATGCG---ATAA--T---AAGTGTT-C---A---ATTACCCT-AAact
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -G-GAT-------AACAGTT--TCC-------CGG-G--TCT----TTTCT-----AC--TACCA--A-GGGACAA--T-GCTT--TT---G-A-CTGT--TT-C---C----C-A-A---ACTTAGGTATA-A---A--C--T---AACTGTT-T---T---ATT-ACCT-AATCT-ACT-ATATAtagtttagaactactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       tacgtaacaatgtacataaagcgtcatca-------AAGAGTT--TCC-------CAG-G--CCT----TCTCT-----TG--TATTT--T-GGAACAA--TAA--C--TT---G-A-CTGT--CC-T---T----CAA-G---A---A-CTATG-C---A--A--T---ATGTGTgaggc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                gCAGTC---AT-A-CTGTT--GTCC-CGGG-GTGAGGGG---AGACCT-TGAAA-A-CTGT--T-gtattgtt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggaaGACAA--TAG--TA-TT---G-ACCTGT--TT-C---C----CAG-T---T---AGACATG-G---A--G------AACTGTgcccaagaacagaacaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                   GAA-A-CTGT--TTGC--CTG-------------A--GGC-C---GG-CAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGT-----------------G--TCT----TCTatactgatcataggtaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                      aa-------------A--GGC-C---T--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTT--TCC-------CAG-G--TCT----TCTCT-----GC--CACCG--A--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTT-G---A--AATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Attgg
gi|3                          :                                                   catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaGGGAAACAATC---AAGA-CCATT--GTCCTCG---GT-GGCAGAGAAGACCT-GGGAA-A-CGGT--T-GT--CCT-------------C--GGC-C---T--AAGGC-CT--A-----C-------AA---------C-------TA----------------------CC--T--CG--A-GAAACAA--TAG--T--TTTGCA-A-CTGT--TC-C---C----acaactacctcgagaaacaatagttttgcaactgttcccact
gi|4                          : catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggatagattaaggtaatacaacagttaatttcaaatgcttaattttCTTACAAGGGAAAGGGTTG--AA-A-CTATT--GCCC-TGAG-GA-AGTGGCGATGACCC-GGAAA-A-CTGTGGT-GT--CTG-------------A--GGC-C---G--AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTT--TCC-------TTG-G--TTT----TCGCC-----TC--AACGG--A-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATG-A---A--A--T---AATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-act
gi|5                          :                                                                                                                                    acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgGAGAAACAGTA---AA-AACTATT--GGCC-CGAG-GT-AG---------------------------T-G-----G-------------A--GGC-C---T--TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCT--TCC-------CGG-G--TCT----TCTCC-----AC--TACCC--A-GGCACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-A---A---TAACATG-A---A--A--C---AACTGTT-T---C---ATT-ACCT-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                                                            atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAGGGGAACAGTC---AC-A-CTGTT--GTCC-CAAG-GT-A-GGGAGAAGACCCAGGAAA-A-CTGT--T-GT--CCA-------------A--GGC-C---A--AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTT--CCC-------CAA-G--TCT----TCTCC-----CG--TACTG--A-GCGATAacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                   ttta-CAAGG--AGCTGTC---CA-A-CTGTTTTGTCC-TAAA-GT-AGAAGGAAGGAGCT-GG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------A--GGC-C---G--AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTT--CCC-------AAG-G--TCT----TCTCCTTCCTCC--TAC----ATGGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-C---TAACACGACG---C---AACCA-------A--A------GAGTGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATtcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCG--A-GGGGAAA--TAG--T--TTT--G-A-TTGT--TT-C---C----CAT-GT--A---AGC-ATA-A---A--A--T---AATCGTT-T---T---ATC-TCCT-AATCcgaaaccatgcgcataagtgttttacta
gi|8                          :                                                                                                                                                   acttgagaaactattatctT-CAAG--AAACAGTC---AA-TTCTATT--GTCC-GGAG-A--AGTGGCAATGACCC-AGAAA-AACTGA--T-GT--TGG-------------A--GGC-C---A--TGGGC-CG--AGG-GGA-------AATAGTT--Tcccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccacttctccggacaatagaattgactgtttcttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaCT----TCTCC-------------------GGACAA--TAG--AA-TT---G-A-CTGT--TT-C---T----TGA-GT--A---AG-CATG-A---A--A--T---AATTG-------T---ATA-CTAT-AACCG-TCT-ACATgtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|9                          :                                           acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaaaactatttcccctcggcccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccaTT-CCAAGGAAGCTGTC---AA-A-CTGTT--GTCC-TGAA-GT-AGAAGGAAGGAGCT-GG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-------------A--GGC-C---G--AAATC-CG--A-A-GCA-------AAAAGTT--CCC-------AAG-G--TCT----TCTCC-----TC--TACCA--T-GGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-CTAAC----CGA-G----------CA-------A--A--A---AGAGGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACT-ATATAtcactg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AACTGATTAAAATCAGATCATCGATATCGATCCGCTCCTATTTTTTTAATGTCGCTACACGAGTGACAGTAAAAAAAAAATAAAGGAGCGGATCGAGAATCTGATTTAAATCA
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lowQualScore                  :                                                                                                                                     . .  .          ... .  .     ..  ..  .  ...  .  .................  . .    .. . .......    . .....    .  .. . . .........        ..  .......   . ..   .     ...... .   .. .       .. . .....  ... . ..   .. .. ........ . ......... ..    ....  ......  .    ..... ...   ..   .     .   .          
lowQualScore                  :                                                                                                                                     0 0  1          333 2  4     99  55  9  000  9  11111111111111111  8 8    33 8 7777777    9 00000    9  66 8 8 666666666        44  9999999   9 66   8     000000 9   88 8       66 6 44444  222 9 00   66 33 00000000 3 000000000 22    1111  333333  0    11111 444   44   5     9   0          
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Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AGGGGAGAAGACCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AGGC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|1                          :                                                                                                                                   TT-TAAGTGGAAACAGTTCA-A-AA-CTATT--GC--CCGGACG-GT-A-----------CC-G---------TG-----------G-AGGC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTC--CC---------G-G--TCT-TC-CA-----CT-TACCCA-GTGCCAA--TGA----------G-G-CTATAGTT-T---C----CAA-T---A---A--CATGA---AA--T---AACTGTT-CA--T---AT---CCT-AATCT-A
gi|10                         : atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcCTT-ACAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AGTGGCCT-GACCC-GGA-AA-A-CTGTG-T-GT--CTG-AGGC-C--G-TAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T----ATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-catgaataactgtatattggcacggtaa
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gi|24                         :                                                                                                                                               gCAGTC---A-TA-CTGTT--GT--CCCGG-G-GTGAGGGG---AGACCT-TGA-AA-A-CTGT--T-gtattgtt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggaaGACAA--TAG--TA-TT---G-ACCTGT--TT-C---C----CAG-T---T---AGACATGG---AG------AACTGTgcccaagaacagaacaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                    G-AA-A-CTGT--TTGC--CTG-AGGC-C--GGCAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGT-----------------G--TCT-TCTatactgatcataggtaa
gi|3                          :                                                                                                                                        aa-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG-------------------------T--T-GT------AGGC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Attgg
gi|4                          :          catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaCTTACAAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AGTGGCGATGACCC-GGA-AA-A-CTGTGGT-GT--CTG-AGGC-C--G-AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T---AATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-act
gi|5                          :                                                                                                  acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgG-AGAAACAGTA---A-AAACTATT--GG--CCCGA-G-GT-AG----------------------------T-G-----G-AGGC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCTT--CC-------CGG-G--TCT-TCTCC-----AC-TACCCA-GGCACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-A---A---TAACATGA---AA--C---AACTGTT-T---C---ATT-ACCT-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                          atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-A-GGGAGAAGACCCAGGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-AGGC-C--A-AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTTC--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CG-TACTGA-GCGATAacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                 ttta-CAAG-G--AGCTGTC---C-AA-CTGTTTTGT--CCTAA-A-GT-AGAAGGAAGGAGCT-GG--AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AGGC-C--G-AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCCTTCCTCC-TAC--ATGGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-C---TAACACGACG---C---AACCA------AA------GAGTGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATtcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCGA-GGGGAAA--TAG--T--TTT--G-A-TTGT--TT-C---C----CAT-GT--A---AGC-ATAA---AA--T---AATCGTT-T---T---ATC-TCCT-AATCcgaaaccatgcgcataagtgttttacta
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gi|9                          :         acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaaaactatttcccctcggcccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccaTT-CCAA-GGAAGCTGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCTGA-A-GT-AGAAGGAAGGAGCT-GG--AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AGGC-C--G-AAATC-CG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCC-----TC-TACCAT-GGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-CTAAC----CGA-G----------CA------AA--A---AGAGGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACT-ATATAtcactg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GGGAGAAGACCC-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GGGAGAAGACCC-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|1                          :                                                                                                                                   TT-TAAGTGGAAACAGTTCA-A-AA-CTATT--GC--CCGGACG-GT-A-------------CC-G--------------T-G-----G-AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTC--CC---------G-G--TCT-TC-CA-----CT-TACCCA-GTGCCAA--TGA----------G-G-CTATAGTT-T---C----CAA-T---A---A--CATGA---AA--T---AACTGTT-CA--T---AT---CCT-AATCT-A
gi|10                         : atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcCTT-ACAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TGGCCT-GACCC-GGA-AA-A-CTGTG-T-GT--CTG-AG--GC-C--G-TAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T----ATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-catgaataactgtatattggcacggtaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                            A-G-GT-AA--GGGGAAAGTCCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GCAACAG-GA--AC-T--G-TAGAC-CG--A-G-GGC-------TACAATCT--CC-------CAG-GATTCTCTCGCG-----CC-TACAAA-GGGGTAA--CTG--TTATT---GAA-ATGA--TCAC---CAT--CAACA---A---AGCCATGG---AA--T---AAGTGTT-TTAAT---ATC-CGCT-AACCTAACT-ATACAAATGCcatgatacaatt
gi|12                         :                                                                                                                           atttataCTT-CGAG-GGGACCAGTC---A-AA-TTGTT--GT--CCCGA-T-GT-AA--GG-AGAAGTCAT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--A-TAG-------------------------------CC-------CAA-G--ACT-TTTCC-----CC-TACCAA-AGGATAA--CTG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---T----CAA-G---A---AGCCATGG---GA--T---AAGTGTT-T---T---ATT-ACAT-AACCT-ACT-ggaagcacaat
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gi|14                         :                                                                                                                                                aAATC---A-AA-TTGTT--TT--CCTGA-G-GT-A--------AAAA--------AA-A-TTAA----GC--TCA-AG--AC-T--G-AAGGC-GG--A-G-GGC-------AACAATTT--TT-------CAATG--TCT-TCTAC-----CC-TAATAT-GAAACAACTTAA--T--CT---G-G--TGT--T--C---A----AAA-T---A---AACCTTTGCTAAA--TGCAAATCATTAT---T---ATT-ACCTAAACCT-AC------AAATG
gi|15                         :                                                                                                                   tacactttatgcattCTTACAAG-GGAAACAGGC---ATAA-CTAAT--GA--CC-------T-AA--GGGAGTAG---------------TGA--T-G-------AGCAGA-T--G-TAGGT-CG--A-G-GAT-------AATAGTTT--CC-------tgcctata
gi|16                         :                                                                                                                                         tcataAATGGTT---C-AA-CCGCT--GT--CCTGT-T-GT-AG--AAGGGAAGACCT-ATG-AA-A-CTTC--A-TC--CTT-CT--GC-T--T-TAGGC-C------------------ACGTCTT--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CT-TAATGA-GGGACCC--CAG--T--GTCAAG-A-CTGT--TC-C---T----CGA-G---A---AGCCATGT---AA--agatagttttgaatgtttcccgtgtaagcatgatggggatttattatatcgatatattaaatttgtctaaatggggtaaaggtgattcaactgtaaccgggaa
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gi|18                         :                                                                                                                                     tttcgctcaAACTGTC---A-AA-CTGTC--GA--CT----------G--GGGAGAAGATCT-GGGGAA-A-CAGC--T-GC--TCT-CG--GC-C--T-TG----------------------AACACTTTATCCACTACAGCAG-G--TTT-TCTCT-----CT-TGGAAA-GGGACAA--CGC--T--TT---G-A-CTGT--TC-A---C----CAA-G---A---AGCCACGC---AG--C---CAGTGTtaaacctata
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gi|2                          :                                                                                                                                        tc-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG---------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|20                         :                                        catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaTT--CT--CCTGA-T-GT-AG--GGGAGAAGGCCT-GGG-AC-A-ATGT--T-G---CCA-AG--AC-CGGG-TGGGC-TG--A-ATGGC-------AATAG-CT--CC-------CAG-T--CCT-ACTAA-----CA-TACCGA-act
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggaaGACAA--TAG--TA-TT---G-ACCTGT--TT-C---C----CAG-T---T---AGACATGG---AG------AACTGTgcccaagaacagaacaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                 CC-AAG-AA-A-CTGT--TTGC--CTG-AG--GC-C--GGCAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGT-----------------G--TCT-TCTatactgatcataggtaa
gi|3                          :                                                                                                                                        aa-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG---------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-A
gi|4                          :          catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaCTTACAAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TGGCGATGACCC-GGA-AA-A-CTGTGGT-GT--CTG-AG--GC-C--G-AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T---AATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-act
gi|5                          :                                                                                                  acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgG-AGAAACAGTA---A-AAACTATT--GG--CCCGA-G-GT-AG------------------------------T-G-----G-AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCTT--CC-------CGG-G--TCT-TCTCC-----AC-TACCCA-GGCACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-A---A---TAACATGA---AA--C---AACTGTT-T---C---ATT-ACCT-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                          atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-A---GGGAGAAGACCCAGGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-AG--GC-C--A-AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTTC--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CG-TACTGA-GCGATAacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                 ttta-CAAG-G--AGCTGTC---C-AA-CTGTTTTGT--CCTAA-A-GT-AGAAGGAAGGAG---C-TGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCCTTCCTCC-TAC--ATGGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-C---TAACACGACG---C---AACCA------AA------GAGTGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATtcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCGA-GGGGAAA--TAG--T--TTT--G-A-TTGT--TT-C---C----CAT-GT--A---AGC-ATAA---AA--T---AATCGTT-T---T---ATC-TCCT-AATCcgaaaccatgcgcataagtgttttacta
gi|8                          :                                                                                                                         acttgagaaactattatctGAAACAGTC---A-ATTCTATT--GT--CCGGA-G-A--AG--TGGCAATGACCC-AGA-AA-AACTGA--T-GT--TGG-AG--GC-C--A-TGGGC-CG--AGG-GGA-------AATAGTTT--cccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccacttctccggacaatagaattgactgtttcttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GGGAGAAGACCC-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GGGAGAAGACCC-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGC
gi|1                          :                                                                                                                                   TT-TAAGTGGAAACAGTTCA-A-AA-CTATT--GC--CCGGACG-GT-A-------------CC-G--------------T-G-----G-AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTC--CC---------G-G--TCT-TC-CA-----CT-TACCCA-GTGCCAA--TGA----------G-G-CTATAGTT-T---C----CAA-T---A---A--CATGA---AA--T---AACTGTT-CA--T---AT---CCT-AATCT-A
gi|10                         : atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcCTT-ACAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TGGCCT-GACCC-GGA-AA-A-CTGTG-T-GT--CTG-AG--GC-C--G-TAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T----ATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-catgaataactgtatattggcacggtaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                            A-G-GT-AA--GGGGAAAGTCCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GCAACAG-GA--AC-T--G-TAGAC-CG--A-G-GGC-------TACAATCT--CC-------CAG-GATTCTCTCGCG-----CC-TACAAA-GGGGTAA--CTG--TTATT---GAA-ATGA--TCAC---CAT--CAACA---A---AGCCATGG---AA--T---AAGTGTT-TTAAT---ATC-CGCT-AACCTAACT-ATACAAATGCcatgatacaatt
gi|12                         :                                                                                                                           atttataCTT-CGAG-GGGACCAGTC---A-AA-TTGTT--GT--CCCGA-T-GT-AA--GG-AGAAGTCAT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--A-TAG-------------------------------CC-------CAA-G--ACT-TTTCC-----CC-TACCAA-AGGATAA--CTG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---T----CAA-G---A---AGCCATGG---GA--T---AAGTGTT-T---T---ATT-ACAT-AACCT-ACT-ggaagcacaat
gi|13                         :                                                                                                                                  CTT-CAAG-GGAAGATTTC---A-AA-TTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GGGAAAAGTCCT-GGG-AA-A-CTGT--T-GC--ACA-AG--GC-T--G-TAGAC-CG--A-G-GGC-------TACAATCT--CC-------CAG-G--ATT-TCTCC-----CC-TACCAA-GGGGTAA--CTG--T--TT---G-A-ATGA--TC-C---T----CAA-A---A---AGCCATGG---AA--T---AAGTGTT-T---T---ATT-CCCT-AACCT-ACT-ATATAAATGCccatggaataagtgtatactagtagtct
gi|14                         :                                                                                                                                                aAATC---A-AA-TTGTT--TT--CCTGA-G-GT-A--------AAAA--------AA-A-TTAA----GC--TCA-AG--AC-T--G-AAGGC-GG--A-G-GGC-------AACAATTT--TT-------CAATG--TCT-TCTAC-----CC-TAATAT-GAAACAACTTAA--T--CT---G-G--TGT--T--C---A----AAA-T---A---AACCTTTGCTAAA--TGCAAATCATTAT---T---ATT-ACCTAAACCT-AC------AAATG
gi|15                         :                                                                                                                   tacactttatgcattCTTACAAG-GGAAACAGGC---ATAA-CTAAT--GA--CC-------T-AA--GGGAGTAG---------------TGA--T-G-------AGCAGA-T--G-TAGGT-CG--A-G-GAT-------AATAGTTT--CC-------tgcctata
gi|16                         :                                                                                                                                         tcataAATGGTT---C-AA-CCGCT--GT--CCTGT-T-GT-AG--AAGGGAAGACCT-ATG-AA-A-CTTC--A-TC--CTT-CT--GC-T--T-TAGGC-C------------------ACGTCTT--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CT-TAATGA-GGGACCC--CAG--T--GTCAAG-A-CTGT--TC-C---T----CGA-G---A---AGCCATGT---AA--agatagttttgaatgtttcccgtgtaagcatgatggggatttattatatcgatatattaaatttgtctaaatggggtaaaggtgattcaactgtaaccgggaa
gi|17                         :                                                                                                  catatcgtaggttaagtaataaaatgcttcttgTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-AG--GGAGAAAGACCA-GGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-AG--GCAC--A--AAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAG-TT--CC-------CAA-G--TCT-TCTTC-----CCGTACTGA-G---CGA--TA-------T---C-A-CTGG--TA-T---C----CAA-G---G---AACC
gi|18                         :                                                                                                                                     tttcgctcaAACTGTC---A-AA-CTGTC--GA--CT----------G--GGGAGAAGATCT-GGGGAA-A-CAGC--T-GC--TCT-CG--GC-C--T-TG----------------------AACACTTTATCCACTACAGCAG-G--TTT-TCTCT-----CT-TGGAAA-GGGACAA--CGC--T--TT---G-A-CTGT--TC-A---C----CAA-G---A---AGCCACGC---AG--C---CAGTGTtaaacctata
gi|19                         :                                                                                                                                                            ttttttatgT--CCTGA-ATGT-AG--GGGAGAAGGCCT-GGG-AACA-ATGT--T-GC--CCATAG--G--G--G-TGGGC-TGGAA-T-GGCA------AATAG-CT--CC-------CAG------------T-----CC-TACTA-------AA--TAC--T--TT---G---------------------CGA-----A---TGCCGCAGAT-AA--T---AAGTGTT-T---TTCAATTACCCT-AAatgtaattatca
gi|2                          :                                                                                                                                        tc-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG---------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|20                         :                                        catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaTT--CT--CCTGA-T-GT-AG--GGGAGAAGGCCT-GGG-AC-A-ATGT--T-G---CCA-AG--AC-CGGG-TGGGC-TG--A-ATGGC-------AATAG-CT--CC-------CAG-T--CCT-ACTAA-----CA-TACCGA-act
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                    -G-GAT-------AACAGTTT--CC-------CGG-G--TCT-TTTCT-----AC-TACCAA-GGGACAA--T-GCTT--TT---G-A-CTGT--TT-C---C----C-A-A---ACTTAGGTATAA---AC--T---AACTGTT-T---T---ATT-ACCT-AATCT-ACT-ATATAaatgccatgcgataataagtgttcaattaccctaatagtttagaactactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                             tacgtaacaatgtacataaagcgtcatca-------AAGAGTTT--CC-------CAG-G--CCT-TCTCT-----TG-TATTTT-GGAACAA--TAA--C--TT---G-A-CTGT--CC-T---T----CAA-G---A---A-CTATGC---AA--T---ATGTGTgaggc
gi|24                         :                                                                                                                                               gCAGTC---A-TA-CTGTT--GT--CCCGG-G-GTGAG--GGG---AGACCT-TGA-AA-A-CTGT--T-gtattgtt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggaaGACAA--TAG--TA-TT---G-ACCTGT--TT-C---C----CAG-T---T---AGACATGG---AG------AACTGTgcccaagaacagaacaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                 CC-AAG-AA-A-CTGT--TTGC--CTG-AG--GC-C--GGCAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGT-----------------G--TCT-TCTatactgatcataggtaa
gi|3                          :                                                                                                                                        aa-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG---------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATTACCTT-AATCT-A
gi|4                          :          catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaCTTACAAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TGGCGATGACCC-GGA-AA-A-CTGTGGT-GT--CTG-AG--GC-C--G-AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T---AATTGTT-A---T---ATT-ACCT-AATCT-GCT-act
gi|5                          :                                                                                                  acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgG-AGAAACAGTA---A-AAACTATT--GG--CCCGA-G-GT-AG------------------------------T-G-----G-AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCTT--CC-------CGG-G--TCT-TCTCC-----AC-TACCCA-GGCACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-A---A---TAACATGA---AA--C---AACTGTT-T---C---ATT-ACCT-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                          atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-A---GGGAGAAGACCCAGGA-AA-A-CTGT--T-GT--CCA-AG--GC-C--A-AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTTC--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CG-TACTGA-GCGATAacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                 ttta-CAAG-G--AGCTGTC---C-AA-CTGTTTTGT--CCTAA-A-GT-AGAAGGAAGGAG---C-TGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCCTTCCTCC-TAC--ATGGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-C---TAACACGACG---C---AACCA------AA------GAGTGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACTCATATtcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCGA-GGGGAAA--TAG--T--TTT--G-A-TTGT--TT-C---C----CAT-GT--A---AGC-ATAA---AA--T---AATCGTT-T---T---ATC-TCCT-AATCcgaaaccatgcgcataagtgttttacta
gi|8                          :                                                                                                                         acttgagaaactattatctGAAACAGTC---A-ATTCTATT--GT--CCGGA-G-A--AG--TGGCAATGACCC-AGA-AA-AACTGA--T-GT--TGG-AG--GC-C--A-TGGGC-CG--AGG-GGA-------AATAGTTT--cccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccacttctccggacaatagaattgactgtttcttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                          acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaCT-TCTCC----------------GGACAA--TAG--AA-TT---G-A-CTGT--TT-C---T----TGA-GT--A---AG-CATGA---AA--T---AATTG-------T---ATA-CTAT-AACCG-TCT-ACATttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|9                          :         acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaaaactatttcccctcggcccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccaTT-CCAA-GGAAGCTGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCTGA-A-GT-AGAAGGAAGGAG---C-TGG-AA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-AAATC-CG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCC-----TC-TACCAT-GGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-CTAAC----CGA-G----------CA------AA--A---AGAGGTT-T---T---TTT-CCCT-GTCCA-ACT-ATATAtcactg


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blockSeqs                     :                                                                                                                                     A G  .          GCA .  T     .   TT  C  G    .  GGGAGAAGACCCAGGA     . .    G  . CCCAT    .   . GGC      .  .  . . GCTGATGAT        .   .         . .    .     T      .   AA .       .    CTT    T   . T    .  T  TAAC     A AACTT     GC    GAT   ATT     G    AT    .     AC   .     .   .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                     . T  .          .   .  .     .   .   T  T    .  GGGAGAAGGCCTGGG      . .    .  . CCTT     .   . GA       .  .  . . GC               .   .         . .    .     C      .   TG .       .    TT     .   . C    .  C  A        A GTA       AC    T     T       G    G     .     C    .     .   .
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1021 )     :                                                                                                                                 NCTT-CNAG-GGAAACAGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCCGA-G-GT-AG--GG-GA--GAA-G-CC-C--GGGAA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-TAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCC-----CC-TACCGA-GGGACAA--TAG--T--TT---G-A-CTGT--TC-C---C----CGA-G---A---AGCCATGG---AA--T---AANTGTT-T---T---ATT-NCC-T-AACCT-ACT-ATATAAATGC
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gi|10                         : atcattgataatatatagttgcaaatggatttgaaatgcatgcctgataatgtgaggtgttgcaggagctagatgtgggatgtcaattagttaaatacgttttgaaaatataatgggtgtgtgcgatgcCTT-ACAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TG-GCCTGA----CC-C--GGAAA-A-CTGTG-T-GT--CTG-AG--GC-C--G-TAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T----ATTGTT-A---T---ATT-ACC-T-AATCT-GCT-catgaataactgtatattggcacggtaa
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gi|14                         :                                                                                                                                                aAATC---A-AA-TTGTT--TT--CCTGA-G-GT-A-------A--AAA------------AA-A-TTAA----GC--TCA-AG--AC-T--G-AAGGC-GG--A-G-GGC-------AACAATTT--TT-------CAATG--TCT-TCTAC-----CC-TAATAT-GAAACAACTTAA--T--CT---G-G--TGT--T--C---A----AAA-T---A---AACCTTTGCTAAA--TGCAAATCATTAT---T---ATT-ACC-TAAACCT-AC------AAATG
gi|15                         :                                                                                                                   tacactttatgcattCTTACAAG-GGAAACAGGC---ATAA-CTAAT--GA--CC-------T-AA--GG-GA--GTA-G----------------TGA--T-G-------AGCAGA-T--G-TAGGT-CG--A-G-GAT-------AATAGTTT--CC-------tgcctata
gi|16                         :                                                                                                                                         tcataAATGGTT---C-AA-CCGCT--GT--CCTGT-T-GT-AG--AA-GG--GAA-GACC-T--ATGAA-A-CTTC--A-TC--CTT-CT--GC-T--T-TAGGC-C------------------ACGTCTT--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CT-TAATGA-GGGACCC--CAG--T--GTCAAG-A-CTGT--TC-C---T----CGA-G---A---AGCCATGT---AA--agatagttttgaatgtttcccgtgtaagcatgatggggatttattatatcgatatattaaatttgtctaaatggggtaaaggtgattcaactgtaaccgggaa
gi|17                         :                                                                                                  catatcgtaggttaagtaataaaatgcttcttgTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-AG--GGAGA--AAG-A-CC-A--GGAAA-A-CTGT--T-GT--CCA-AG--GCAC--A--AAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAG-TT--CC-------CAA-G--TCT-TCTTC-----CCGTACTGA-G---CGA--TA-------T---C-A-CTGG--TA-T---C----CAA-G---G---AACC
gi|18                         :                                                                                                                                     tttcgctcaAACTGTC---A-AA-CTGTC--GA--CT----------G--GG-GA--GAA-G-AT-CTGGGGAA-A-CAGC--T-GC--TCT-CG--GC-C--T-TG----------------------AACACTTTATCCACTACAGCAG-G--TTT-TCTCT-----CT-TGGAAA-GGGACAA--CGC--T--TT---G-A-CTGT--TC-A---C----CAA-G---A---AGCCACGC---AG--C---CAGTGTtaaacctata
gi|19                         :                                                                                                                                                            ttttttatgT--CCTGA-ATGT-AG--GG-GA--GAAGG-CC-T--GGGAACA-ATGT--T-GC--CCATAG--G--G--G-TGGGC-TGGAA-T-GGCA------AATAG-CT--CC-------CAG------------T-----CC-TACTA-------AA--TAC--T--TT---G---------------------CGA-----A---TGCCGCAGAT-AA--T---AAGTGTT-T---TTCAATTACCC-T-AAatgtaattatca
gi|2                          :                                                                                                                                        tc-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG--------------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATT-ACCTT-AATCT-Atgtttagaactacagtaatcatgtgtaaa
gi|20                         :                                        catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaTT--CT--CCTGA-T-GT-AG--GG-GA--GAAGG-CC-T--GGGAC-A-ATGT--T-G---CCA-AG--AC-CGGG-TGGGC-TG--A-ATGGC-------AATAG-CT--CC-------CAG-T--CCT-ACTAA-----CA-TACCGA-act
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         -G-GAT-------AACAGTTT--CC-------CGG-G--TCT-TTTCT-----AC-TACCAA-GGGACAA--T-GCTT--TT---G-A-CTGT--TT-C---C----C-A-A---ACTTAGGTATAA---AC--T---AACTGTT-T---T---ATT-ACC-T-AATCT-ACT-ATATAaatgccatgcgataataagtgttcaattaccctaatagtttagaactactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                  tacgtaacaatgtacataaagcgtcatca-------AAGAGTTT--CC-------CAG-G--CCT-TCTCT-----TG-TATTTT-GGAACAA--TAA--C--TT---G-A-CTGT--CC-T---T----CAA-G---A---A-CTATGC---AA--T---ATGTGTgaggc
gi|24                         :                                                                                                                                               gCAGTC---A-TA-CTGTT--GT--CCCGG-G-GTGAG--GG-GA--GA----CC-T--TGAAA-A-CTGT--T-gtattgtt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggaaGACAA--TAG--TA-TT---G-ACCTGT--TT-C---C----CAG-T---T---AGACATGG---AG------AACTGTgcccaagaacagaacaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                     C-C--AAGAA-A-CTGT--TTGC--CTG-AG--GC-C--GGCAGGC-CG--A-G-GGC-------AACAGT-----------------G--TCT-TCTatactgatcataggtaa
gi|3                          :                                                                                                                                        aa-GGGAACAGTTGCAA-AA-CTATT--GTTTCTCGA-G-GT-AG--------------------------------T--T-GT------AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGTTT--CC-------CAG-G--TCT-TCTCT-----GC-CACCGA--GGACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-AATTA---AGCATTTG---AAATT---AACTGTT-G---T---ATT-ACCTT-AATCT-A
gi|4                          :          catcattggaatgattttgcattggtttgaaatggcattgactatatgagtgtctcagagctagatatggatgtcaacttacttagcaaatgttttaaaaatataatgcgtgtgtgcggaCTTACAAG-GGAAAGGGTTG--A-AA-CTATT--GC--CCTGA-G-GA-AG--TG-GC--GAT-GACC-C--GGAAA-A-CTGTGGT-GT--CTG-AG--GC-C--G-AAGGT-CG--A-G-GTC-------AACAGTTT--CC-------TTG-G--TTT-TCGCC-----TC-AACGGA-GGGGCAA--TAGT-T--TT---G-A-TTGT--TT-C---C----TGA-G---T---AAACATGA---AA--T---AATTGTT-A---T---ATT-ACC-T-AATCT-GCT-act
gi|5                          :                                                                                                  acctggaaactgttgctgataatatgcaaatatgtcatgG-AGAAACAGTA---A-AAACTATT--GG--CCCGA-G-GT-AG-----------------------------------T-G-----G-AG--GC-C--T-TAGGC-CG--A-G-GAC-------AACCGCTT--CC-------CGG-G--TCT-TCTCC-----AC-TACCCA-GGCACAA--TGG--TC-TT---G-A-TTGT--TT-C---C----CAA-A---A---TAACATGA---AA--C---AACTGTT-T---C---ATT-ACC-T-AATCT-ACcattgggtagaccgggaaacagtttatcacgtgaccgggaa
gi|6                          :                          atattgcaatgatatgaaatgcatcgactaatgtgagtgtcccagagctagatgtgggttgtcaacttagttaatacgttttaaagatataatgcgtgtgtgcatTT-CTAG-GGGAACAGTC---A-CA-CTGTT--GT--CCCAA-G-GT-A---GG-GA--GAA-GACC-CA-GGAAA-A-CTGT--T-GT--CCA-AG--GC-C--A-AAAGC-TG--A-G-AGCTGATGATAACAGTTC--CC-------CAA-G--TCT-TCTCC-----CG-TACTGA-GCGATAacttaaac
gi|7                          :                                                                                                                                 ttta-CAAG-G--AGCTGTC---C-AA-CTGTTTTGT--CCTAA-A-GT-AGAAGG-AA--GGA-G-CT-----GGAA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-AAATCGCG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCCTTCCTCC-TAC--ATGGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-C---TAACACGACG---C---AACCA------AA------GAGTGTT-T---T---TTT-CCC-T-GTCCA-ACTCATATtcactggtatccaagcaacctgatcaaaatcagctcctcaagctgctccatattttatattattgctacacaaggtgtacaatattaaaaaaaataaaaggagcagatcaaagagctgattt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CCGA-GGGGAAA--TAG--T--TTT--G-A-TTGT--TT-C---C----CAT-GT--A---AGC-ATAA---AA--T---AATCGTT-T---T---ATC-TCC-T-AATCcgaaaccatgcgcataagtgttttacta
gi|8                          :                                                                                                                         acttgagaaactattatctGAAACAGTC---A-ATTCTATT--GT--CCGGA-G-A--AG--TG-GC--AAT-GACC-C--AGAAA-AACTGA--T-GT--TGG-AG--GC-C--A-TGGGC-CG--AGG-GGA-------AATAGTTT--cccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccacttctccggacaatagaattgactgtttcttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                               acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaCT-TCTCC----------------GGACAA--TAG--AA-TT---G-A-CTGT--TT-C---T----TGA-GT--A---AG-CATGA---AA--T---AATTG-T-A---T---ACT-A---T-AACCG-TCT-ACATttgagtaagcatgaaataattgtatactataaccgtctacattcactg
gi|9                          :         acttgagaaactattatctgattaggagataaaacgattattttatgcttacatgggaaacaatcaaaactatttcccctcggcccatggcctccaacatcagtttttctgggtcattgccaTT-CCAA-GGAAGCTGTC---A-AA-CTGTT--GT--CCTGA-A-GT-AGAAGG-AA--GGA-G-CT-----GGAA-A-CTGT--T-GC--CCG-AG--GC-C--G-AAATC-CG--A-A-GCA-------AAAAGTTC--CC-------AAG-G--TCT-TCTCC-----TC-TACCAT-GGGACAA--TAG--C--TT---G-A-TTGT--TC-CTAAC----CGA-G----------CA------AA--A---AGAGGTT-T---T---TTT-CCC-T-GTCCA-ACT-ATATAtcactg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AACTGATTAAAATCAGATCATCGATATCGATCCGCTCCTATTTTTTTAATGTCGCTACACGAGTGACAGTAAAAAAAAAATAAAGGAGCGGATCGAGAATCTGATTTAAATCA
Unaligned ( gi|26 ): AACGACAGTAAAAAAAAATGGAGCGGATCGAGGATCTGCTGATTTTAATCCGATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGATTGGAGAGGCACTACACCTACACACATTTGGAAAT