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Reference ( gi|4 ) : TCTTTCTAT-CTTGTGCCTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACATTATTTTAACTAAGTACATCCCA------AC--------------ATTTTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACT-ACTT--T--ACATTGTTA---TAATAGT-----GC-TTATG-GGCTGCTTGTCT-TAC-ATTAGAC-ATGAGG-AGG-A-TGCATA-ATATATA--TTAATATA-T-ATTC--TTTCTAA-TA-TGG-AAAGTTA-------------TG-----------TGC-A-TTTCCTAGAGCAC-CG-TCCCTTGA-T-GT-TCTTGT---TGACT-GGCAACCTGCT---------A-CCTT----------A-TGTAGT-TACCCCA----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T-TATCT------------------C-T-CGT---A---AA-TGCA-T-ATAG---GTACA-TG--TA-TGTT-G-CTA---TT-GAGCT-G---CTGATCT-TCATTCA--TG--AT---G-A--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAAA-------T-ATAC-ATAAT-ACACA-GGG-CAC-----TG-TT-CCCCTGG--ACGGTT--CCTTGAT-ATT---GTATT-G--TC-AT-CATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-CAT-CCA-AACTTA-C-G----AGTAA----TAGAT-TG-TCTAGT--TAATA-GAAT-GC-AGCAAA--CATCTTAAAT-TTG---TCTTA-TGCATAAAT-GTATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATT-AT--T-ATT-----GTAAC----TTCGT-TATG--CC-----C----AGTGGGACCTTTGATTGG-AAA---ATAAAAG
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Reference ( family-988 ) : TCTTTCTAT-CTTGCGCTTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTACATCCC-A------AC--CTTT---------ATT-TTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTT-G-T-ACATTGTTA---TAATA-----GTGCTT-ATGTGGCTGCTTGTCT-TAC-ATTA--GAC-ATGAGG-AGG-A-TGCATA-TATATAT---TAA-TAT---AT--TC--TT-TCT--AA-TA-TGG------------AAAGTTA-------------TG-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GGCAACCTGC--------TA-----ACCTT----------A-T--GTAGT-TACCCCA----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T--TATTT------------------C-T-CT---TAT-----------AA--TGCA-T-ATA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GTT-GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTA-CATTCA--G---A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--A----C-GTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-NAT-CCA-AACTTA-C-G----AGT-AA-----------T----AGAT--TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--GC-GGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---TCTTATGCAT-A-A-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAG
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gi|1 : agtagtgcatgtgatatttgtatagagccgggtggcgggatgctatc-CTGGCACTTTACTATTTCTATTTTATT-----AGCAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTAC-TCCC-ACATTATATTTCTTT---------ATT-TTCTTTTTCAAATGTATATGTGATACTACTTTG-T-ACAT-GTTAATATAAT-------TGCTT-ATGTGGCTGCTTGTCTCTACCATT---GAC-ATGAGGTAGG-AATGC------TATAG---CA------------TC--TT-ACT--AA-TA-TGG------------AA-GTTA-------------TG-----------T-C-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGATT-TTCTCTTGGATGACT-GG-AACCTGC--------TA-----ACCTT----------A-T---TA-T-TACCCC------------AGTT-GT-------TATA------TTCA-C------CA--TA-TATTT------------------C---CTGTGTAT-----------AA--GGCA-T-ATA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---G-T-GC-TG---T-T-GGACT-G---C-TGA--TTTA-CCATCA--GAT-A-T---GA--G-ATA--AGGAAC--A--AC-----TC-T-A--TAG-A-------T-A-TAC-AT-----CACA-GGG-CACTG-T--T-CCTTATA--A----------------TTGAT------TACTGAAAC-ATCACTAGC-T-TT-CT--G--T--GTAA-GGG----GA-T-AAT-CCA-AAC-TA-C--------T-AAATTT-------T----ATAT--T--TTTGTCAT-AA-TAGAA---GC-GTCAA-ACC-A-TCTAA---AATTT-G---ATTTATGTAT----------TGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--TCATT-----GTAAC---TT--TGTCTATGCCC-C----C---ATTGGGACC-TT-GACTGGA-AA---ATAAAAgatgactggaacctgctaaccttattattaccccagttgttatattcaccatatatttcctgtgtataaggcatataggtacatgtatgtgctgttggactgctgatttaccatcagatatgagataaggaacaactctatagatatacatcacagggcactgttccttataattgattactgaaacatcactagctttctgtgtaaggggataatccaaactactaaattttatatttttgtcataatagaagcgtcaaaccatctaaaatttgatttatgtattgtttacgaatcacattattcattgtaactttgtctatgcccccattgggaccttgactggaaaataaaaagattgtattgtaattgtatt
gi|10 : agtagtgcatgtgatatttgtatagagccgggtggcgggatgctatcttctgatatggcatgatactgacagagtttgtgcatttctaaacaccgtcctggtgatgtctcctgttaA--T--TATCC------------------C-TTCT---TA------------AA--TGCAAT-TTA-GTGT-------ATACA-T-GGAT--A-T---GT---C-TA---T-TTGAGCT-GATAC-TGA---CTA-CAT-CA--G---AAT---GA--GTA-A--AGGATACAA--ACATACCTA-T-A--TAA-AACCAGGAT-A-TAG-ATGATTACACATGGG-CACTG-T--T-TCTTTGG-------C-ATTGTTAGCCTTGATCAATT-------ATCTAT-ATTAGCGTGTT-CCTCG--G--CTAA-GGGATA-GA-TATATCCCA-AAATGA-C-T----ACTCAATTTTCTTTTTTT----AAAT--TT-TTGTGTGT-AAGTAGAACTGGT-GGCAAGA-CTATTCATAAGTAATTTCG---TCTTATagattgtattgtaattgtatt
gi|11 : attatgtatacaaT-A-C------CAA-T--TATTT------------------CCT-CT---TAT-----------AA--TGCA-T-A-G-G----------GTACA-T-G--C--A-T---GT--GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTA-CA-TCA--G---A-aatcttaacttgatgg
gi|11 : gGTATTC-ATCCATCATTAAC-T-TTTCCTGG--T--GTAA-GGGC-A-GA-TAAAT-CCA-AACTAA-C--------T-AA-----------T-------T--TG-TAT-GTTT-A---CGAATC-AC-ATTAA-T-T-A-TTGTA---ACTTT-G-----TTATGCgtattcatccatcattaacttttcctggtgtaagggcagataaatccaaactaactaatttgtatgtttacgaatcacattaattattgtaactttgttatgcccccaaagtgggacctgattggcaaaataaaagattgtattgtattgtattgtac
gi|11 : gtaccaattatttcctcttataatgcatagggtacatgcatgtgctattgagctgctgatctacatcaga-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTAAT--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----CCAAAGTGGGACC--T-GATTGGCAAA---ATAAAAGccccaaagtgggacctgattggcaaaataaaagattgtattgtattgtattgtac
gi|12 : gtaccaattatttcctcttataatgcatagggtacatgcatgtgctattgagctgctgatctacatcagagtattcatccatcattaacttttcctggtgtaagggcagataaatccaaactaactaatt-GTT-----TCTTAA---ATGGTACTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTGA-GGG--A-GA-T-AAT-CCA-AACTattgtattgtattgtattgtac
gi|12 : ta-A-TG-TATGTTA-A-CAAA-TC-T-TATTA-T--T-ATG-----GTAAC---TA--TGT-TATGCCC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATactcatcttctttgcattatctattttttttttctttgtattttgggcttttattgccctatgtatgttaacaaatcttattattatggtaactatgttatgcccccagtgggaccttgattggcaaattgtat
gi|13 : tagtttcttaaatggtactgatcatcattagctttcctggtgtgagggagataatccaaactactcatcttctttgcattatctattttttttttctttgtattttgggcttttattgccctATTAG--T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-AAT-CCA-AACTtgtat
gi|13 : TTA-T--T-GTTTACATATAAC---TA--TGT-TATG-CC-C----CC--AAAGGGACT-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAGactcacctcctcatctttgtatttggggaccattattgccctatgttattgtttacatataactatgttatgcccccaaagggactttgattggcaaataaaagattgtattctatattgtattgta
gi|14 : attagtttcctggtgtaagggagataatccaaactactcacctcctcatctttgtatttggggaccattattgccctatgCCA----------ATGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T--TATTT------------------CCT-CT---TAA-----------AA--TGCA-T-ACA-A----------GTGCG-T-G--T---------------TA---C-G-GAGCT-G---G-TGA--TCTA-CAT-CA--G---A-TAT-GA--G-C-A--AGAA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC----AT-ACACA-attgtattctatattgtattgta
gi|15 : atgtagttataaaactatttacatgtaaaagaatgtcaacattTTT-GGGCTTTTATGCCC-T-A-TG-TATGTTA-A-CAAAGTC-T-TTTAA-T--T-ATG-----GTAAC---TA--TGT-TATC-CC-C----C---AGTGGGA-C-TT-GATTGGC-AA---
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gi|20 : ctgtcctcggccctctTTT-G---TATGTTGCCT-T-A-TG-TATGTTT-A-TATA-TC-A-TATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TA--TGT-TATA-CCAA----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---AT
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gi|23 : ttgtacctagtatg--T-ATT-----GTAAT---TA--TGG-TATG-CC-C----CC--AGTGGGACC-AT-GGTTGGC-AA-----AAAAGattg
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gi|27 : --T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATGCCC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTG
gi|28 : TGG--T--GTGA-GGG--A-GA-T-TAC-CCG-AACT
gi|3 : TCTTTCTAT-CTTGTGCTTGAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACATTATTTTAACTAAGTACATCCC-A------AC---------------ATT-TTCTTTTT-AAATGTATATG--AT-CTACTT-G-T-ACATTGTTA---TAATA------TGCTTTATG-GGCTGCT-GTCT--AC-ATTA--GAC-ATGAGG-AGG-A-TGCATAATATATAT---TAA-TATT--AT--TCAATT-TCT--AA-TA-TGG------------AA-GTTA-------------TG-----------TGC-ATTTTCCTAGA-GCAC-CGTTCCCT-TGA-T-GTTT--TGT-TGACT-G-CA-CCTGC--------TA------CCTT----------A-T--GTATA-TACCC-A----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-C-A------CA--T--TATCT------------------C-T-CG---TA------------AA--T-CA-T-ATA-G----------GT-CA-TTG--T--A-T---GTT-GCCTA---T-T-GA-CT-G---C-TGA--TCTA-CAT-CAATG---A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TCAT-A--TAA-AAAT----T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--C----G-GTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGCTT-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-CAT-CCACAAC-TA-CTGT---AGT-AA-----------T----AGAT--TGTTCTAGTGT-AA-TAGAAT--GC-AGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---TCTTATGCATAA-A-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--CGT-TATG--C-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGA-AA---ATAacttatctccttt
gi|4 : cctggcccTCTTTCTAT-CTTGTGCCTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACATTATTTTAACTAAGTACATCCC-A------AC---------------ATT-TTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTT---T-ACATTGTTA---TAATA-----GTGCTT-ATG-GGCTGCTTGTCT-TAC-ATTA--GAC-ATGAGG-AGG-A-TGCATAATATATAT---TAA-TAT---ATATTC--TT-TCT--AA-TA-TGG------------AAAGTTA-------------TG-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GT-TCTTGT-TGACT-GGCAACCTGC--------TA------CCTT----------A-T--GTAGT-TACCCCA----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T--TATCT------------------C-T-CG---TA------------AA--TGCA-T-ATA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GTT-GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTT-CATTCAT-G---A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--A----CGGTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG--TC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-CAT-CCA-AACTTA-C-G----AGT-AA-----------T----AGAT--TG-TCTAGT-T-AA-TAGAAT--GC-AGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---TCTTATGCATAA-A-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--CGT-TATG--C-C----C---AGTGGGACCTTT-GATTGGA-AA---ATAAAAG
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gi|6 : atgtataagatactacttgtaccttgttataatagtaacgtgcttatgtggttgtttgttctacataacacatgagaaggaatgctatttatcttctaatatggaagttatactgacaaagtttgtgtttcttagagcacgtcccttgatggccttggtgactggcaacctgctaaacgcttaatcttacatgtagttattataaaacagtgcttacatgtaaaagtatgaaaaaGTCT-ACC-ATTAAAGAC-ATG-GG-AGG-A--------------------A-TCT---AT--C----T-TCT--AAATA-TGG-----------------TC-------------TG-----------TGCCATTT-CCTAG--GCAC--GT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACTGGGCAACCTGA--------TA-----ACCTTATAACTTGCAA-T--GTAGT-TA---TA----------AAACT-AT-------TA-aatcgtattgtattgta
gi|6 : CCA----------ATGTTGAG-------TA-C------TT-AGC------CAAAT--TATTT------------------G-T-CC---TCT-----------AAAATGCA-T-ACA----------------A-T-G--T--G-T---GTT----TA---C-T-GAGAT-G---GGTGA--TCTATCAT-CA--G---A-T---GATTG-A-AGCAAGA----AATAC-----TC-TCAATTAA-A-------T-A-TACTATATC-ACAGA-GG---------------CCTG------------T-----CC--------TTGTATTG-A---AT--------------CTGG--TGAGTAAGGGG--A-GA-CACAT-CCA-AAC-TA-C-C----AAT-TA-----------TCTTAAGTTTCTG-TTTTGTGT-TG-T----T--GT-GG----------GCTTA---TA-TT-G---ACTTAT-------A-TG-T-T-TTT-ATTGAA-TC-AGCATTA-T--TAAAT-----GGAATCCATT--TG--TATG-CC-CTCCAC---GCTGAGACC-TTCGATTGGA-AAAGTATAAAAGcatgtaagaagaaattgtcaacattccaatgttgagtacttagccaaattatttgtcctctaaaatgcatacaatgtgtgtttactgagatgggtgatctatcatcagatgattgaagcaagaaatactctcaattaaatatactatatcacagaggcctgtccttgtattgaatctggtgagtaaggggagacacatccaaactaccaattatcttaagtttctgttttgtgttgttgtgggcttatattgacttatatgtttttattgaatcagcattattaaatggaatccatttgtatgccctccacgctgagaccttcgattggaaaagtataaaagtattgtattgtattgtaaa
gi|7 : gtctaccattaaagacatgggaggaatctatcttctaaatatggtctgtgccatttcctaggcacgtcccttgatgtctcttgttgactgggcaacctgataaccttataacttgcaatgtagttataaaactattacatgtaagaagaaattgtcaacattATA-TATATATA--TAA-TAT-----------CT-TCT--AA-TG-TGG------------AA-GTTA-------------TG-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCACGCGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GGCAACCTGC--------TA-----ACCTT----------A-T--GTAGTATACCC------------AAGTT-AT-------TA-ACAAACATA-A-C------CA--T--TATCT------------------CCT-CTA--TAT-----------AA--TGCA-T-ATA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GT--GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTA-CAT-CA--G---A-TAATGA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TT-T-A--TAA-A-------TTA-TAC-ATAAT-ACACA-GGGGCACTG-T--TTCCCCTGGGGA----CTGTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--AAGA-T-CAT-CCA-AACT-A-CTG----TGT-AA-----------T----AGAT--TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--GCCAGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---TCTTATGTAT-ATA-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGA-AA---ATAAAAGtattgtattgtattgtaaa
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blockSeqs : . . . T . . . . . AC . . . C G . T . G . . T . . . . . ATGCTATCTTCTAATATGGAAGT . . . . CAAAGTTCG . . . . . . . . C . . . A . . . G . CA . . . . . . . . . CCTCTTAT . . . A . . . . . . TTAT . . . . . . . . TCAGAT . AT . . . . . . . . . . . TT . ATA . . . TTCCCCTGGACGGTT . . . . . . . . . . . . A . . T . TGTAGTAATAGAT G A G AA A . . ACA . . T T . . . . . . . . . . . . A . C . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . AC . . . A A . A . . . . . . . . . . TGCTATTTAT . . . . AAGTTATG . . . . . . . . C . . . A . . . G . TA . . . . . . . . . CCTCTTAA . . . G . . . . . . TTGC . . . . . . . . TCAGAT . . . . . . . . . . . . . T . ATA . . . TTCCCCTGGCGGTT . . . . . . . . . . . . A . . T . TGTGTAATAGAT G A A TT A . . ACA . . T C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . ATGCTATC . . . . AAGTTATG . . . . . . . . C . . . A . . . G . TA . . . . . . . . . TCCTCTAT . . . G . . . . . . TGC . . . . . . . . TCAATG . . . . . . . . . . . . . T . ATA . . . TCCTTGAGTATT . . . . . . . . . . . . C . . T . GAGTAATAGAT G T G TG A . . ACA . . T A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . ATCTATC . . . . AAGTTATG . . . . . . . . T . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . CTTCTTAT . . . G . . . . . . TGC . . . . . . . . TTCATG . . . . . . . . . . . . . T . AT . . . TACCTTGATGT . . . . . . . . . . . . C . . T . TAATT G A G AA . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . AAGTTAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . CTTCTTA . . . G . . . . . . TGC . . . . . . . . TCATGT . . . . . . . . . . . . . T . AC . . . TTCCTTATAA . . . . . . . . . . . . T . . T . TAAT . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . TCTG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . GTCCTCT . . . G . . . . . . TGT . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . T . A . . . CCTGT . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTCGTA . . . G . . . . . . TGC . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . T . . . . . GTT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C .
blockSeqs : . . CTCGTA . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . TCAG . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . TCAG . . . . . T . . . . . . .
blockSeqCons : T* AC********************* ** G** *** G***** T* TGCTATATATTAATATTATTC*************** AAGTTATG************************************* A***** ** ****** ** CCTCTTAT********************************* G*********** ** *** TTGC** ** TCAG****** ATA* TTCCCCTGGACGTT**************** TGTGTAATAGAT********************** G* ACA**** N**
originalCons : TCTTTCTAT-CTTGCGCTTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTACATCCC-A------AC--CTTT---------ATT-TTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTT-G-T-ACATTGTTA---TAATA-----GTGCTT-ATGTGGCTGCTTGTCT-TAC-ATTA--GAC-ATGAGG-AGG-A-TGCATA-TATATAT---TAA-TAT---AT--TC--TT-TCT--AA-TA-TGG------------AAAGTTA-------------TG-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GGCAACCTGC--------TA-----ACCTT----------A-T--GTAGT-TACCCCA----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T--TATTT------------------C-T-CT---TAT-----------AA--TGCA-T-ATA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GTT-GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTA-CATTCA--G---A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--A----C-GTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-NAT-CCA-AACTTA-C-G----AGT-AA-----------T----AGAT--TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--GC-GGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---TCTTATGCAT-A-A-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAG
finalCons : TCTTTCTAT-CTTGCGCTTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTACATCCC-AAC---------------------ATT-TTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTTG--T-ACATTGTTA---TAATAG-----TGCTT-ATGTGGCTGCTTGTCTT-AC-ATTA--GAC-ATGAGG-AGG-ATGCTATATATTAATATTATTC---------------TT-TCT--AA-TA-TGGAAGTTATG-------------------------------------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GGCAACCTGC--------TAA-----CCTT----------A-T--GTAGT-TACCCCA----------AAGTT-AT-------TA-A------TT-A-C------CA--T--TATTTCCTCTTAT---------------------------------AA--TGCA-T-ATAG-----------GTACA-T-G--T--A-T---GTTGC--TA---T-T-GAGCT-G---C-TGA--TCTA-CATCAG------A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TACATA-AT-ACACA-GGG-CACTGTTCCCCTGGACGTT----------------CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--A-GA-T-NAT-CCA-AACTTA-CTGTGTAATAGAT----------------------TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--GC-GGCAAACA----TCTTA---AATTT-G---TCTTATGCATN--A-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCTGTTGACTGGTACATGTAACCTACAAAATTTTACAATAATCTTACATGTAGTTATGAAACAGTGTTTACATGTAAAAGTATGTCAACATTTCGATGTTATTAAATACCATTATTT
Alignments
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consensus : TCTTTCTAT-CTTGCGCTTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTACATCCC-A------AC--------------ATTTTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTT-GT-ACATTGTTA---TAATAGT-----GCTT-ATGTGGCTGCTTGTCT-TAC-ATTA--GAC-ATGAGG-A-GG-A-TGC----TATATAT-----TAA---TAT--TATTC--TTTCTAA-TATGGA---A---------------GTTAT-------------G-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GG----CAAC--------CTGC--------TA-----ACCTT----------A--T--GTA------GT-T--------------------ACCCCAAAG------------------TT-ATT----A-A------TT-A-C-----CA--T-TAT-TT--CCTCT-TA---T-----------A-ATGCA-T-A-TA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GT-----T-GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGATCTA-C-AT-CA--GA--A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--A----C-GTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--AGA-T-NAT-CCA-AAC-TACTG--T----GTAA-----------TAGAT---TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--G-CGGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---T-CTTAT-GCAT-NA-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAG
Reference ( family-988 ) : TCTTTCTAT-CTTGCGCTTTAATATTT-TATTTTATTT-ATTAGTAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTACATCCC-A------AC--------------ATTTTCTTTTT-AAATGTATATG--ATACTACTT-GT-ACATTGTTA---TAATAGT-----GCTT-ATGTGGCTGCTTGTCT-TAC-ATTA--GAC-ATGAGG-A-GG-A-TGC----TATATAT-----TAA---TAT--TATTC--TTTCTAA-TATGGA---A---------------GTTAT-------------G-----------TGC-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGA-T-GTCTCTTGT-TGACT-GG----CAAC--------CTGC--------TA-----ACCTT----------A--T--GTA------GT-T--------------------ACCCCAAAG------------------TT-ATT----A-A------TT-A-C-----CA--T-TAT-TT--CCTCT-TA---T-----------A-ATGCA-T-A-TA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---GT-----T-GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGATCTA-C-AT-CA--G---A-T---GA--G-A-A--AGGA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC-ATAAT-ACACA-GGG-CACTG-T--T-CCCCTGG--A----C-GTT-----CCTTGAT--ATTGTATTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--AGA-T-NAT-CCA-AACTTACTG--T----GTAA-----------TAGAT---TG-TCTAGTGT-AA-TAGAAT--G-CGGCAA-A-C-A-TCTTA---AATTT-G---T-CTTAT-GCAT-NA-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAG
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gi|1 : agtagtgcatgtgatatttgtatagagccgggtggcg-CTGGCACTTTACTATTTCTATTTTATT-----AGCAATTAT-GACAT-ATTT-AACTAAGTAC-TCCC-ACATTATATTTCTTT--------ATTTTCTTTTTCAAATGTATATGTGATACTACTTTGT-ACAT-GTTAATATAAT--T-----GCTT-ATGTGGCTGCTTGTCTCTACCATT---GAC-ATGAGGTA-GG-AATGC----TATA----------G---CAT------C--TTACTAA-TATGGA---A---------------GTTAT-------------G-----------T-C-ATTT-CCTAGA-GCAC-CGT-CCCT-TGATT-TTCTCTTGGATGACT-GG-----AAC--------CTGC--------TA-----ACCTT----------A--T---TA-------T-T--------------------ACCCC--AG------------------TT-GTT----ATA------TTCA-C-----CA--TATAT-TT--CCTGTGTA---T-----------A-AGGCA-T-A-TA-G----------GTACA-T-G--T--A-T---G------T-GC-TG---T-T-GGACT-G---C-TGATTTACC-AT-CA--GAT-A-T---GA--G-ATA--AGGAAC--A--AC-----TC-T-A--TAG-A-------T-A-TAC-AT-----CACA-GGG-CACTG-T--T-CCTTATA--A----------------TTGAT------TACTGAAAC-ATCACTAGC-T-TT-CT--G--T--GTAA-GGG---GA-T-AAT-CCA-AAC-TACTA--A----ATTT-----------TATAT---T--TTTGTCAT-AA-TAGAA---G-CGTCAA-ACC-A-TCTAA---AATTT-G---A-TTTAT-GTAT---------TGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTA-T--TCATT-----GTAAC---TT--TGTCTATGCCC-C----C---ATTGGGACC-TT-GACTGGA-AA---ATAAAAgatgactggaacctgctaaccttattattaccccagttgttatattcaccatatatttcctgtgtataaggcatataggtacatgtatgtgctgttggactgctgatttaccatcagatatgagataaggaacaactctatagatatacatcacagggcactgttccttataattgattactgaaacatcactagctttctgtgtaaggggataatccaaactactaaattttatatttttgtcataatagaagcgtcaaaccatctaaaatttgatttatgtattgtttacgaatcacattattcattgtaactttgtctatgcccccattgggaccttgactggaaaataaaaagattgtattgtaattgtatt
gi|10 : agtagtgcatgtgatatttgtatagagccgggtggcgggatgctatcttctgatatggcatgatactgacagagtttgtgcatttctaaacaccgtcctggtgatgtctcctgttaA--T-TAT-CC--CTTCT-TA---------------A-ATGCAAT-T-TA-GTGT-------ATACA-T-GGAT--A-T---GT--------C-TA---T-TTGAGCT-GATAC-TGA-CTA-C-AT-CA--G---AAT---GA--GTA-A--AGGATACAA--ACATACCTA-T-A--TAA-AACCAGGAT-A-TAG-ATGATTACACATGGG-CACTG-T--T-TCTTTGG-------C-ATTGTTAGCCTTGATCAATT-------ATCTAT-ATTAGCGTGTT-CCTCG--G--CTAA-GGGATAGA-TATATCCCA-AAATGACTA--C----TCAATTTTCTTTTTTTAAAT---TT-TTGTGTGT-AAGTAGAACTGG-TGGCAAGA-CTATTCATAAGTAATTTCG---T-CTTAT-agattgtattgtaattgtatt
gi|11 : attatgtatacaaT-A-C-----CAA-T-TAT-TT--CCTCT-TA---T-----------A-ATGCA-T-A--G-G----------GTACA-T-G--C--A-T---GT-------GC-TA---T-T-GAGCT-G---C-TGATCTA-C-AT-CA--G---A-aatcttaacttgatgg
gi|11 : gGTATTC-ATCCATCATTAAC-T-TTTCCTGG--T--GTAA-GGGC-AGA-TAAAT-CCA-AACTAACTgtattcatccatcattaacttttcctggtgtaagggcagataaatccaaactaactaatttgtatgtttacgaatcacattaattattgtaactttgttatgcccccaaagtgggacctgattggcaaaataaaagattgtattgtattgtattgtac
gi|11 : gtaccaattatttcctcttataatgcatagggtacatgcatgtgctattgagctgctgatctacatcaga-TG-TATGTTT-A-CGAA-TC-A-CATTAAT--T-ATT-----GTAAC---TT--TGT-TATG-CC-C----CCAAAGTGGGACC--T-GATTGGCAAA---ATAAAAGaatttgtatgtttacgaatcacattaattattgtaactttgttatgcccccaaagtgggacctgattggcaaaataaaagattgtattgtattgtattgtac
gi|12 : gtaccaattatttcctcttataatgcatagggtacatgcatgtgctattgagctgctgatctacatcagagtattcatccatcattaacttttcctggtgtaagggcagataaatccaaactaactaatt-GTT-----TCTTAA---ATGGTACTG-ATC-ATCATTAGC-T-TT-CCTGG--T--GTGA-GGG--AGA-T-AAT-CCA-AAC-TACTattgtattgtattgtattgtac
gi|12 : taTTT-GGGCT-TTTATTGCCC-TA-TG-TATGTTA-A-CAAA-TC-T-TATTA-T--T-ATG-----GTAAC---TA--TGT-TATGCCC-C----C---AGTGGGACC-TT-GATTGGC-AA---ATcatcttctttgcattatctattttttttttctttgtattttgggcttttattgccctatgtatgttaacaaatcttattattatggtaactatgttatgcccccagtgggaccttgattggcaaattgtat
gi|13 : tagtttcttaaatggtactgatcatcattagctttcctggtgtgagggagataatccaaactactcatcttctttgcattatctattttttttttctttgtatATTAG--T-TT-CCTGG--T--GTAA-GGG--AGA-T-AAT-CCA-AAC-TACTtgtat
gi|13 : TTA-T--T-GTTTACATATAAC---TA--TGT-TATG-CC-C----CC--AAAGGGACT-TT-GATTGGC-AA---ATAAAAGcacctcctcatctttgtatttggggaccattattgccctatgttattgtttacatataactatgttatgcccccaaagggactttgattggcaaataaaagattgtattctatattgtattgta
gi|14 : attagtttcctggtgtaagggagataatccaaactactcacctcctcatctttgtatttggggaccattattgccctatgCCAATG------------------TT-ATT----A-A------TT-A-C-----CA--T-TAT-TT--CCTCT-TA---A-----------A-ATGCA-T-A-CA-A----------GTGCG-T-G--T--------------------TA---C-G-GAGCT-G---G-TGATCTA-C-AT-CA--GAT-A-T---GA--G-C-A--AGAA----A--AC-----TC-T-A--TAA-A-------T-A-TAC----AT-ACACA-attgtattctatattgtattgta
gi|15 : atgtagttataaaactatttacatgtaaaagaatgtcaacattA-GGG--AGA-T-AAT-CCA-AAC-TACT
gi|15 : TTT-GGGCT-TTTAT-GCCC-TA-TG-TATGTTA-A-CAAAGTC-T-TTTAA-T--T-ATG-----GTAAC---TA--TGT-TATC-CC-C----C---AGTGGGA-C-TT-GATTGGC-AA---catctgcattatctattttttttttttgtattttgggcttttatgccctatgtatgttaacaaagtcttttaattatggtaactatgttatcccccagtgggacttgattggcaatgagagttaatgattg
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