lowQualScore : 444444 22 11 111 22222 99999999999999999999999999999 22222222222222222 11 33333333 11111 111 1111 11 444444444444444444444444444 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333 111111 1111111111111111 2222222222222 33333333 1 444444444444444 1 11111111 5555555555555555555555555555555555 22 333333333333 11111111111 222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 3 444444 22 8 44 777 00000 00000000000000000000000000000 22222222222222222 3 8 8 11 8 0 0 5 77777777 99999 000 5 0 7777 44 5 5 66 333333333333333333333333333 4 8 11111 8 4 55 4 4 555 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 3 33 777 88888888 88 00000000000000 8888 55 99999 111111 3 3 7 3 3 7777777777777777 3 3333333333333 44 3 44444444 4 888 44 888888 2 77 66 555555555555555 0 2 44 6 6 11111111 777777 3 3 666 3 888 3 3 0 1111111111111111111111111111111111 777 444 6666 33 333 99 55 88 999999999999 44 22222222222 3 44 0 77777 33 555 11 0 44 3 555555555 0 777 11111111 3 6666 55 5555555 7 1 999
lowQualScore : . ...... .. . .. ... ..... ............................. ................. . . . .. . . . . ........ ..... ... . . .... .. . . .. ........................... . . ..... . . .. . . ... . ................................................. . . . . .. ... ........ .. .............. .... .. ..... ...... . . . . . ................ . ............. .. . ........ . ... .. ...... . .. .. ............... . . .. . . ........ ...... . . ... . ... . . . .................................. ... ... .... .. ... .. .. .. ............ .. ........... . .. . ..... .. ... .. . .. . ......... . ... ........ . .... .. ....... . . ...
lowQualScore : 0 333333 00 0 00 666 00000 66666666666666666666666666666 88888888888888888 2 0 0 00 0 8 8 7 44444444 33333 000 7 7 9999 44 7 7 99 444444444444444444444444444 4 9 66666 9 4 33 4 4 333 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 6 3 88 333 66666666 66 33333333333333 3333 00 11111 333333 3 3 5 3 3 9999999999999999 3 6666666666666 99 3 88888888 7 555 22 888888 5 22 44 555555555555555 8 3 22 2 2 99999999 333333 1 1 555 1 555 1 1 7 6666666666666666666666666666666666 999 222 9999 99 888 66 22 44 777777777777 66 77777777777 1 22 1 11111 99 000 44 2 22 1 000000000 8 888 22222222 1 5555 88 5555555 3 5 888
consensus : TTACTNATAATACGG-AT--TTAC--T-GTCT-GAAG-TTG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTNTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTCA-GTTAAGGTTACCCGC-GG--T-CC-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCG-T-TGT--TA--A--AAACTATA------N-------ATTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-GC-AA-GTTAA-A-GGCTAA----T--N----T-TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------A-GATT-GG-TGNAA-GTAC-AT-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT---AAAAA-A--TCG-TTGAT-TTCT--C-AGGAAAAT---TTCTGA--T------AATAAAA-ACG-GTCG---TGGTACATTT--AATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--A-T---TT-T----G-TTAG-AA--CAA-A---G-CA-CGATTAT-------NGCT---A--A--------------A-TGAT---TG-T-TCAA-TT--C-A-TTTCTG-TTG-T-GAACATCG--------CTN-TAC-GATCGCCGAGAG--TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
Reference ( gi|4 ) : TTACTAATAATATGG-AT-ATTAC--T-GTCC-GAAA-ATG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TT-C-GCGTTCTTTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTCA-GTTAAGGTTACCCGC-G---T-CT-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCG-T-TGT--TA--A--AAACTATA------T-------ATTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-GC-AA-GTTAA-A-GGCTAA----T--C----T-TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------A-GATT-GG-TGTAA-ATGC-AC-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT---GAAAA-A--TCG-TTGAT-TTTT--C-AAGAAAAT---TTCTGA--T------AATAAAA-ACG-GTCG---TGGTATTTCT--AATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--A-T---TT-T----G-TTAG-AG--CAA-A---G-CA-CGATTAT-------TGTT---G--A--------------A-TGAT---TG-T-TTAA-TT--C-A-TTTCT--TTA-T-AAACATCG--------CTC-TAG-AATAGCTGAGAA--TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTTTTT--GTAT
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT--TTAC--T-GTCT-GAAG-ATG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-------------------------------C----AAATTCCGC-GTTGC--TTGGTATCTTTCAAGTTA-GGTTACCCGC-G---GACT-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCG-T-TGTGTTA--ATAAAAC---------------------A-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA----T--A----T-T-AA--CG---TAT--TATATATC-AT--------AAGATTTGG-TGTAATATGCGAG-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCTG--T-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAA-A--TAG-TTAGT-TTTC--C-AG--AATT---TTCTGA--T------AATGAAATATG-GTCG---TG-TACAT-T--AATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--AATG--TT-T----G-TTAG-GA--AAA-A---G-CA-CGGTTAT-------TGC----G--A--------------A-TGATGATTG-T-TTAA-TTTTC-A-TTTCTGATTA-T-AAACATGC--------CTT-TAG-AATA----------T---A--TATGTTG-----T-CC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TC-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTTTTA-GTAT
gi|2 : aTACTCATAATTCGA-ATTATTGCAAT-GTCT-GAAA-TTG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT-CCAAA----TC-CCGCGTTCTGAG-T-ATCT----CGATCCCGC-GTT-C--TTATTATCTTTCA-GTTTAGGGAACCCGCGG---T-TC-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCG-T-TGT--TAC-A--AAAGTATT------A-------ATTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-AA-AA-GTTAA-A-AACTGA----T--T----T-TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----A-GAAT-GA-TGTAG-TTAA-AC-A-T-G-TAA--AA-----ATA--AA--ATCC----G--A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT---GAAAA-C--TCG--TAACATTTT--C---GTAAAT---TTCTGA--T------AAT-AAA-ACG-TTCG---T-GTATATTC--AATATCCACTTAA-AATACT--C-A-AG-A-T---TT-G----G-TCAG-AA--TGA-A---G-TA-CAATTAT-------AGCT---A--AG-------------A-TGAT---TG-T-TCAA-TT--C-A-TTTCTG-TTC-T-GAACATTG--------C-A-TAC-GATCGCTGGCAG--TG-GA--TTTTATA-----TACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------T-TC-A-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-CCCGACCCGGTTTTTT--GTATcgcgaatactcg
gi|3 : cATAAGATG--AT--TTACCTT-GTCTTGAAG-TTG-----CATATCGCTT--C-------G-TT-CCAAA----TTCC-GCGTTCTTTGTT-ATCC----AAAT-CCGC-GTT-CTTTTGGTATCTTTCA-GTTAAGGTTACCCGC-GGTCT-TT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCG-TATGT--TAT-A--AAACTATA------T-------ATTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-GC-AA-GTTAA-A-GGCT-A----T--A----C-TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------A-GATT-GG-TGCAA-ATAA-ACTT-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT---AAAAA-T--TCG-CTGAT-TTCT--C---CGAAAT---TTCTGA--T------GAT-AAA-ACG-GTCG---T-GTACATTT--AATATCCACTTTCAAACACT--C-A-A--A-T---TT-T----GTTTAG-AAACCAA-A---G-CA-C-ATTAT-------TGAT---GAAA--------------A-TGAT---TG---TCAA-TT--C-ATTTTCT--GTG-A-AAACATCG--------C-A-TAG-GATCGCCGAGAG--TG-AA--TA--ATA-----TACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGGTTCATA--GTATccgaatac
gi|1 : ttTTAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GTTTTCCAAAAATATCAC-GCGTTCTGTG-TTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-C--TTGGTATCTTTCA-GTTAAAGTTACCCGC-GG--T-CTATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC--CGCT-TGT--TAGTA--AAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-GC-AAAGTTAA-A-GGCTAA----TACC----A-TTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAA-GATT-AAATGTAA-ATAA-AC-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA---AAAAT-A--TCG-CCGAT-TTTT--CTCCGAAACT---TTCTGC--T------GATAAAA-CTG-GTCG---T-GTACAT-T--AATATCCACTTTCAAACACT--CAA-A--A-T---TTAT----G-TTAG-AA--CAATA---GCCA-CG---AT-------TGTT---C--A--------------A-----------T-TCAATTT--C-A--TGCT--TTGTT-AAACATCG--------CACATAGTGATCGCCGAAGAGTTG-AAGTTTTTATA-----TACC--CAT---CCCAAAAC-GCG--TT-TTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGGTTCTTTTAGTATccgata
gi|20 : --T-GTCT-GAAG-TTG-----CATATAACTT--C------------------------C-GCGTT--TTG-T-GTCC----TAATCC-GC-GTT-C--TTGGTATCTTTCA-A-TAAGcccgaattacc
gi|9 : gaatatctcgtCCGC-GG--T-TC-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCG-T-TGT--CAT-G--AAAGTATA------A-------ATTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-AC-AT-GTTAA-A-GCCTTA----T--G----T-T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------A-GATT-GG-TGGAA-GTAT-AT-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-AT-----------------TAA-A----------------CA-TTGAT-TTCT--C-A-GAAAGT---T-CTGA--T------AATAAAA--CA-ATCG---TG-TACATTT--AATATCCATTTTC-AACAGT--C-A-A--AAT---GT-T----G-TTAG-AA--CAA-A---G-CA-TGATTAT-------AGCT---A--AG-------------A-TGAT---CG-C-TCTG-TT--C-A-TTTCTG-TTA-T--AACATCA--------C-A-TGC-GATCGCCGAGAG--TG-AA--TATTTTG-----TACT--TAT---CACA
gi|13 : CCGC-G---TTCC-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTA-T-TGT--TA--T--GAA--------------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-GC-AA-GCTAA-A-GGCTAC----T--T----TCTTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------G-GATT-GG-TGGAG-ATAC-ATGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|7 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaCGC-GG--T-TC-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCG-T-TGT--CAT-G--AAAGTATA------A-------ATTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCAC-AT-GTTAA----------------C----T-TT-----G---T-T-CTTTATGT--ATTT------A-GATT-AG-TGTAA-GTAA-AT-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT---AAACA---------TGAT-TTCT--C-A-GAAG-----TTCTGACCT------AATAAAA--CA-ATC----TGTTATATTT--AATATC-ATTTTCTAACAGT--CCATA--A-TGTACT-C----G-TTAG-AA--CAA-A---G-CA-TGATTAT-------AGCTATAG--A--------------T-TGATC--CG-C-TCTG-TT--C----TTCTG-TTA-T--AACATCA--------ACA-TGC-GATCGCCGAGAG--TGAAA--TATTTTG-----TACT--TAT---Caa
gi|6 : T--TA--G--AA--TACA------T-------ATTA--GG-GA-A-A-GTA-A-TT-----A-TTTGG-A-GACTAAAACTT--CATATT-TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------A-GAAT-GG-TGGAA-GTAC-AT-T-A-T-TAG--AA-----ATA---A--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGT----ATGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT---AAAAA-C--TCG-TTGAT-TTCT--C--AGAAACTTAATTCTGA--T------AAC-AAA-GCG-GTCG---T-GTG-------AAT----ACTTTC-AATACT--C-A-AC-A-T---CT-T----G-TTAG-AA--CAA-A---G-TA-TAACTAT-------AGCT---A--AGTCAGTTACTTAAGA-TGAC---TG-A-TCAA-TT--C-A-TTTCTG-CTG-T-GAACATCG--------C-A-TAC-GATCGCTGAGAG--TG-AA--TA-CATG-----TA----CAT--------------G--TA-TTATGT--------ACTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGGTTCTTA--GTa
gi|8 : t--A--AAACTATA------A-------ATTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-GC-AA-TTTAA-AAGGCTAAATA-T--T----T-TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------A-GATT-GG-TGTAA-ATGC-AC-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTT---GAAAAAA--TCG-TTGTT-TTTTCCC-AAG-AAAT---TTCTGT--T------AAT-AAA-ACG-TTCG---T-GTACATTT--AATATCCACTTTCAAACACT--C-A-A--A-T---TT-T----G-TTAG-AG--CAA-A---G-CA-CCATTAT-------TG---------------------------------G-T----------------------TG-T-AAACATCA--------CT--TAG-AATAGATGAGAA--TG--A--TATTATG-----TACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTATCTT-T-G--------A-CC----C-GGTT
gi|10 : atCTAA----T--A----T-TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------A-GATT-GG-TGGAA-GTAC-AT-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AA-C--TCT-TTGAT-TGCT----AAG--AATC--TTCGGA--T------AA-GAAA-ACA-ATCGCTATGA-ACTCTT--AA-----ACCT----ACA------A-A--A-T---GT-T----G-TTAGAAA--CAA-AG--G-TA-CGATTAT-------CTTTTCAG--T--------------A-TGAT---TGATATCAATTT--T-A-TTTTTG-TTG-TGAAACA-----------CTCATAT-AATGGTCACGAG--TG-AA--AAATATA-----TAACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------TCTT-TGG--------G-CC----C-GAT
gi|12 : --AT--------A-GATT-GG-TGGAA-GTAC-AT-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG---------------------AT-TTTT--C-AG--ACAC---TTCTGA--T------AAT-------------------TATTTC----ATATACACCTAC-GACACC--C-ACA--A-T---TT-G----G-TTAG-AA--CAA-A---G-CA-CAATTATATCTACCTGTT---A--G--------------A-TGAT---TG-T-TTTG-TT--C-T-TTTCTG-TTG-T-GAACATCG--------C-A-TAC-AAT-CCTGCGGC--TG-AA--TATTAAG-----TACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------TATT-G-G--------A-CC----
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA---AAAAA-AAATAGCTTGAT-TTCT--T-AG--AAAT---CTCT-A--T------TATTTAA-ACG-ACCA----AGCACATTT--GATATCCAATTTC-AACACT--C-A-ATTA-C---TT-TTATCA-TTAT-AG--CTA-A---------GATAGT-------CGTT---C--A-----------------GA-------T-TTA------T-A-TTTCTC-TTG-T-GAGCATTGCGAGAGTCCTC-GAG-AGTTCCCACGAG--TG-AA--TATTATG-----CACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAGTTCCTC--GCAT
gi|21 : A-AGTT---AAAAA-ACTTCG-TTGAT-TTCT--C--AGAAATT---TTGGGA--T------AATAAAT-ATG-Gccgaata
gi|16 : T---TCCTGA--TAAAAACAATAAAA-ATG---TG---TAG---------------CACATTG-AATATT--A-A-C--A-T---TT-T----G-AT-G-AG--AAA-AACTG-TA-CGATTTT-------AGCT---A--A--------------ATTGAT---TA-T-TCAA-TT--CAA-TTTTG--TTG-T-GGTCATCG--------Caaatcatgtaactatttgat
gi|14 : TAAAA-TCGTGTTG----AATAATTCTTGAACATCCACTTAC-AATACTTTC-A-A----T---TT-G----G-TTAG-AA--CAA-A---G-CAGCAA--AG-------TGT-------AT-------------A-TGAT---TG-T-TCAA-TT--C-A-TTTCTG-TTA-T-GAACATCG--------Catac
gi|15 : TAT-------T-TC---A--G--------------A-TGAT---CG-T-TCAA-TT--T-A-TTTCTG-TTG-T-GAACATTGAATTCA--TTC-CCG-AATGG----G-----G-AA--TATTATG-----TACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------ACTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAGTTCTCT--GTATatactatcgctagagggaacaatacatataaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|18 : aTCG--------CT--TAG-AATAGCTGAGA---TG-AA--TGTT-TG-----TACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGGTTTTTT--GTATcagaatacccggc
gi|19 : ATTATGCAGGCTACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------TCTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAGTTCCTA--GTATccgatacc
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------CTTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGAtcgaa
gi|22 : tttgtaccTCTT-------TGTG-TCCGTCTCGGTTCTTT--GTATataccc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GATTATTCAATTCAATTTTGTTGTGGTCATCGCATACTGAGAATAATGTTATAACGATAGTTGCAATCATTGATCTAGGTATTTGAGTCCTAGGCGGACTAAAATACCCGGTGTG
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111 44444444444444444444444444444 11111111111 11111 1111 11 222 2222222222222 1111111 11 22222222 22222222222222 11111 111 22222222 11111111 1111111 1 11111111 333333333333333333333 33333333 222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 1 2 66 8 11 88 6 6 6 66666 88888888888888888888888888888 3 88888888888 1 6 6 99 6 3 9999 44444 888 5 5555 5 11 999 3 1 4444444444444 4 8 4 4 8 8 4 55 4 4 555 77777 1 88 6666666 33 1 9999 44444444 3 3 1 3 555 3 333 3 555 77 22222222222222 6666 44 88888 999999 3 3 333 888888 3 44444 3 777 3 444 3 77 44 88888888 2 33 66666666 55 8888 8888888 2 0 0 1 1 0 33 8 5 99 2 777 2 5 2 33 66 2 3 00000000 2 777777777777777777777 2 2 444 2 55 33 2 2 2 55 2 1 44444444 888 5555 11 3333 2 2 33 2 66666 33 33 444 0 33 2 222222222 0 666 00000000 2 6666 44 5555555 7 999
lowQualScore : . . .. . .. .. . . . ..... ............................. . ........... . . . .. . . .... ..... ... . .... . .. ... . . ............. . . . . . . . .. . . ... ..... . .. ....... .. . .... ........ . . . . ... . ... . ... .. .............. .... .. ..... ...... . . ... ...... . ..... . ... . ... . .. .. ........ . .. ........ .. .... ....... . . . . . . .. . . .. . ... . . . .. .. . . ........ . ..................... . . ... . .. .. . . . .. . . ........ ... .... .. .... . . .. . ..... .. .. ... . .. . ......... . ... ........ . .... .. ....... . ...
lowQualScore : 0 0 55 0 00 33 7 7 7 77777 00000000000000000000000000000 3 33333333333 0 7 7 22 7 5 9999 55555 888 0 6666 0 99 111 9 0 4444444444444 4 9 4 4 9 9 4 11 4 4 333 99999 0 66 5555555 00 9 0000 66666666 3 3 0 3 888 3 444 3 222 99 55555555555555 8888 66 33333 777777 1 1 888 888888 1 77777 1 999 1 555 1 33 22 55555555 9 99 33333333 44 5555 7777777 9 1 7 8 4 7 99 6 7 66 9 999 9 7 9 99 88 9 5 33333333 4 888888888888888888888 5 5 111 5 99 44 5 5 5 99 5 2 99999999 888 3333 33 9999 5 5 44 4 22222 44 77 777 2 99 9 666666666 1 666 44444444 9 1111 66 5555555 3 888
consensus : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG--A--TTTCTCAGG-A---AAT-TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC-----T-ATA-CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
Reference ( family-964 ) : TTACTNATAATACGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTNTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATANA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG--A--TTTCTCAGGAA---AAT-TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC-----T-NTA-CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
gi|1 : -T--TAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GTTTTCCAAAAATATCAC-GCGTTCTGTG-TTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAAGTTACCCGCGGTC--TATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC-CGCT--TGTTAGTAAAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-G-CAAAGTTAA-A-GGCTAA---TACCATTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAAGA-TTAAATGTAA-AT---AA-A-C-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA--AAA-ATA--TCG-CCG--ATTTTTCTC-CGAA---ACT-TTCTGC--TGA------TAAAA-CTGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTCAAACACT--CAA-A--A-T---TTATG-TTAG-AA--CA-------------ATA-------GCC---------------------AC-GAT-TG-T-TCA-A--TT--CAA-TTTCATGCTTTGTTAAACATCGCA----C-ATAGTGA----TCGCCGAA--GAGTTG-AAGTTTT-TATA-----T--ACC--CAT---CCCAAAAC-GCG--TT-TTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGGTTCTTTTAGTAT
gi|10 : CTAA---TAT--TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AAC--TCT-TTG--A--TTGCTAAG------AATCTTCGGA--TAA-------GAAA-ACAA---TCGCTATGA-AC-TCTTAA-----ACCT----ACA------A-A--A-T---GT-TG-TTAGAAA--CAAAG-GTA-CGATTATC-------TTTTCA---GT-------------AT-GAT-TGATATCA-AT-TT--T-A-TTTT-TG--TTG-TGAA-A-CAC-----TCATA-TAA----TGGTCA-C--GAG-TG-AA--AAA-TATA-----T--AACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------TCTT-TGG--------G-CC----C-GATcccgaattacc
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA--AAA-AAAAATAGCTTG--A--TTTCTTAG--A---AAT-CTCT-A--TTA------TTTAA-ACGA---CCA----AGCAC-ATTTGATATCCAATTTC-AACACT--C-A-ATTA-C---TT-T------------------TA-TCATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-AGT-CG-T-TCAGA--TTTAT-A-TTTC-TC--TTG-TGAGCATTGCGAGAGT-CCT-CGAGAGTTC-CCA-C--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----C--ACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAGTTCCTC--GCAT
gi|12 : --AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG----------------------A--TTTTTCAG--A---CAC-TTCTGA--TAA------T-----------------------T-ATTTCATATACACCTAC-GACACC--C-ACA--A-T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CAATTATATCTACCTGTT--A---G--------------AT-GAT-TG-T-TTT-G--TT--C-T-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC-------ATA-CAA----TC-CTG-C--GGC-TG-AA--TAT-TAAG-----T--ACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------TATT-G-G--------A-CC----ccgaata
gi|13 : CCGCGTTC--C-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTAT--TGTTA---------TGAA-------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-G-CAA-GCTAA-A-GGCTAC---TTTC-TTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------GGA-TTGG-TGGAG-AT---AC-A-TGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|14 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaTTGAACATCCACTTAC-AATACTTTC-A-A----T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCAGCAA--AGT-------G-T--A---T--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-TGAACATCGC-------ATA-CTA----TCGCT--A--GAG-GG-AA--CAA-TACA-----T--Aaa
gi|15 : taaaatcgtgttgaataattc--A---G--------------AT-GAT-CG-T-TCA-A--TT--T-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATTGA-------ATT-C-A----TTCCCG-AATGGG--G-AA--TAT-TATG-----T--ACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------ACTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAGTTCTCT--GTATtaaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|16 : atatttcT-TCCTGA--TAAAAACAATAAAA-ATG-----TG---TAGCAC-ATTGAATATT--------AACA-------------T---TT-TGATGAG-AA---AAACTGTA-CGATTTTA-------GCT--A---A--------------ATTGAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TGGTCATCGC-------ATA-Ccagaatacccggc
gi|17 : -GAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TGGTCATCGC-------ATA-----------CTG-A--GAA-T--AA--TGT-TAT
gi|18 : TCGC-----T--TA-GAA----TAGCTG-A--GA--TG-AA--TGT-T-TG-----T--ACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGGTTTTTT--GTATaacgatagttgcaatcattgatctaggtatttgagtcctaggcggactaaaatacccggtgtg
gi|19 : AT-TATGCAGGCT--ACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------TCTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAGTTCCTA--GTATccgatacc
gi|2 : TACTCATAATTCGA-AT-TATTGCAAT-GTCT-GAAAT-TG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT-CCAAA----TC-CCGCGTTCTGAG-T-ATCT----CGATCCCGC-GTT-C--TTATTATCTTTC-AGTTTAGGGAACCCGCGGTT--C-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCGT--TGTTAC-AAAAGTATTAA-------------TTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-A-AAA-GTTAA-A-AACTGA---TTT--TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----AGA-ATGA-TGT-A-GTTAAAC-A-T-----G-TAA--AA-----ATA--AA--ATCC----G--A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT--GAA-AAC--TCG-TAAC-A--TTT-TC--GTA---AAT-TTCTGA--TAA------T-AAA-ACGT---TCG---T-GTAT-ATTCAATATCCACTTAA-AATACT--C-A-AG-A-T---TT-GG-TCAG-AA--TGAA--GTA-CAATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTC-TGAACATTGC-------ATA-CGA----TCGCTG-G--CAG-TG-GA--TTT-TATA-----T--ACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------T-TC-A-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-CCCGACCCGGTTTTTT--GTATtcgaa
gi|20 : c--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATAACTT--C------------------------C-GCGTTTTGTG-T---CC----TAATCC-GC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AA-TAAGccgaatac
gi|21 : gaatatctcgtA-AGTT--AAA-AAACTTCG-TTG--A--TTTCTCA-GAA---ATT-TTGGGA--TAA------TAAAT-ATGGAAATCA---TGTAACTATTTGAT
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------CTTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGA
gi|3 : tttgtaccTTATAAGATG--AT-T--TACCTT-GTCTTGAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------G-TT-CCAAAT---TC-C-GCGTTCTTTGTT-ATCC----AAAT-CCGC-GTT-CTTTTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCTTT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGTA-TGTTAT-AAAACTATATA-------------TTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCT-A---TAC--TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------AGA-TTGG-TGCAA-AT---AA-ACT-T-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT--AAA-AAT--TCG-CTG--A--TTTCTCCG--A---AAT-TTCTGA--TGA------T-AAA-ACGG---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAACACT--C-A-A--A-T---TT-TGTTTAG-AAACCAAA--GCA-C-ATTATT-------GATGAA---A--------------AT-GAT-TG---TCA-A--TT--C-ATTTTC-TG---TG-AAAACATCGC-------ATA-GGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TA---ATA-----T--ACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGGTTCATA--GTATataccc
gi|4 : TTACTAATAATATGG-ATAT--TAC--T-GTCC-GAAAA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TT-C-GCGTTCTTTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCG-TC--T-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCGT--TGTTA--AAAACTATATA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TCT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--GAA-AAA--TCG-TTG--A--TTTTTCAAGAA---AAT-TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAT-TTCTAATATCCACTTTC-AACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CGATTATT-------GTT--G---A--------------AT-GAT-TG-T-TTA-A--TT--C-A-TTTC-T---TTA-TAAACATCGC-----T-CTA-GAA----TAGCTG-A--GAA-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTTTTT--GTATccgata
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT-T--TAC--T-GTCT-GAAGA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-C----------------------------------AAATTCCGC-GTTGC--TTGGTATCTTTCAAGTT-AGGTTACCCGCGGAC--T-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCGTTGTGTTA--------ATAAA-------------ACA-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA---TA---TTAA--CG---TAT--TATATATC-ATA-------AGATTTGG-TGTAATAT---GCGA-G-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCT--GT-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAAA--TAG-TTA--G--TTTTCCAG--A---ATT-TTCTGA--TAA------TGAAATATGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTC-AACACT--CAA-A--A-TG--TT-TG-TTAG-GA--AAAA--GCA-CGGTTATT-------GCG--A---ATG------------AT-GAT-TG-T-TTA-ATTTT--C-A-TTTC-TGA-TTA-TAAACATGCC-----T-TTA-----------------------G-AA--TATATATG-----TTGTCC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TC-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTTTTA-GTAT
gi|6 : aT--TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------AGA-ATGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-T-TAG--AA-----ATAA-----ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGTA----TGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT--AAA-AAC--TCG-TTG--A--TTTCTCAGAAACTTAA--TTCTGA--TAA------C-AAA-GCGG---TCG---TG-------TGAAT----ACTTTC-AATACT--C-A-AC-A-T---CT-TG-TTAG-AA--CAAA--GTA-TAACTATA-------GCT--A---AGTCAGTTACTTAAGAT-GAC-TG-A-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--CTG-TGAACATCGC-------ATA-CGA----TCGCTG-A--GAG-TG-AA--TA--CATG-----T--A----CAT--------------G--TA-TTATGT--------ACTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGGTTCTTA--GTcgcgaatactcg
gi|7 : tttagaatacatattagggaaagtaattatttggagactaaaacttcatatCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCA-CAT-GTTAA-----CTT----TGT--TC-----------T-TTATGTAT--TT--------AGA-TTAG-TGTAA-GT---AA-A-T-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT--AAA-CA--------TG--A--TTTCTCAG------AAG-TTCTGACCTAA------TAAAA--CAA---TC----TGTTAT-ATTTAATATC-ATTTTCTAACAGT--CCATA--A-TGTACT-CG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--ATAGA--------------TT-GATCCG-C-TCT-G--TT--C----TTC-TG--TTA-T-AACATCAA-----C-ATG-CGA----TCGCCG-A--GAG-TGAAA--TAT-TTTG-----T--ACT--TAT---C
gi|8 : --AAAACTATAAA-------------TTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-G-CAA-TTTAA-AAGGCTAAATATTT--TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTTG-AAA-AAA--TCG-TTGTTT--TTTCCCAAG-A---AAT-TTCTGT--TAA------T-AAA-ACGT---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CCATTATT-------G--------------------------------------------------------G--TTG-TAAACATCAC-----T--TA-GAA----TAGATG-A--GAA-TG--A--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTATCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTa
gi|9 : atCCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-A-CAT-GTTAA-A-GCCTTA---TGT--T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AT-A-T-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-------------------------ATT--AAA-------CA-TTG--A--TTTCTCAG--A---AAG-TTCTGA--TAA------TAAAA--CAA---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCATTTTC-AACAGT--C-A-A--AAT---GT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-CG-C-TCT-G--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-T-AACATCAC-------ATG-CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TTTG-----T--ACT--TAT---CACA
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111 44444444444444444444444444444 11111111111 11111 1111 11 222 2222222222222 1111111 11 22222222 22222222222222 11111 111 1111 11111111 1111111 11111111 333333333333333333333 2222222222222 222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 1 66 8 11 88 6 6 6 66666 88888888888888888888888888888 2 88888888888 1 6 6 99 6 3 9999 44444 888 5 5555 5 11 999 3 4444444444444 4 8 4 4 8 8 4 55 4 4 555 77777 1 88 6666666 33 1 9999 44444444 3 3 1 3 555 3 333 3 555 77 22222222222222 6666 44 88888 999999 3 3 333 888888 3 44444 3 777 3 444 3 3 44 44 3333 0 555 33 22222222 88888888 8888888 2 0 0 1 8 2 0 33 8 5 99 2 777 2 5 2 33 66 2 3 00000000 2 777777777777777777777 2 2 444 2 55 33 2 2 2 55 2 1 5555555555555 5555 11 3333 2 2 33 2 66666 33 33 444 0 33 2 222222222 0 666 00000000 2 6666 44 5555555 7 999
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ..... ............................. . ........... . . . .. . . .... ..... ... . .... . .. ... . ............. . . . . . . . .. . . ... ..... . .. ....... .. . .... ........ . . . . ... . ... . ... .. .............. .... .. ..... ...... . . ... ...... . ..... . ... . ... . . .. .. .... . ... .. ........ ........ ....... . . . . . . . .. . . .. . ... . . . .. .. . . ........ . ..................... . . ... . .. .. . . . .. . . ............. .... .. .... . . .. . ..... .. .. ... . .. . ......... . ... ........ . .... .. ....... . ...
lowQualScore : 0 55 0 00 33 7 7 7 77777 00000000000000000000000000000 5 33333333333 0 7 7 22 7 5 9999 55555 888 0 6666 0 99 111 9 4444444444444 4 9 4 4 9 9 4 11 4 4 333 99999 0 66 5555555 00 9 0000 66666666 3 3 0 3 888 3 444 3 222 99 55555555555555 8888 66 33333 777777 1 1 888 888888 1 77777 1 999 1 555 1 1 22 22 9999 7 000 99 88888888 99999999 7777777 9 1 7 8 6 9 7 99 6 7 66 9 999 9 7 9 99 88 9 5 33333333 4 888888888888888888888 5 5 111 5 99 44 5 5 5 99 5 2 9999999999999 3333 33 9999 5 5 44 4 22222 44 77 777 2 99 9 666666666 1 666 44444444 9 1111 66 5555555 3 888
consensus : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC---ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
Reference ( family-964 ) : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC-T-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
gi|1 : -T--TAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GTTTTCCAAAAATATCAC-GCGTTCTGTG-TTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAAGTTACCCGCGGTC--TATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC-CGCT--TGTTAGTAAAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-G-CAAAGTTAA-A-GGCTAA---TACCATTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAAGA-TTAAATGTAA-AT---AA-A-C-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA--AAA-ATA--TCG-CCG-ATTTTT--CTC-CGAAACT---TTCTGC--TGA------TAAAA-CTGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTCAAA-CACT--CAA-A--A-T---TTATG-TTAG-AA--CA-------------ATA-------GCC---------------------AC-GAT-TG-T-TCA-A--TT--CAA-TTTCATGCTTTGTTAAACATCGCAC-ATAG----TGA----TCGCCGAA--GAGTTG-AAGTTTT-TATA-----T--ACC--CAT---CCCAAAAC-GCG--TT-TTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGGTTCTTTTAGTAT
gi|10 : CTAA---TAT--TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AAC--TCT-TTG-A--TTG--CT--AAGAATC---TTCGGA--TAA-------GAAA-ACAA---TCGCTATGA-AC-TCTTAA-----ACCT----A-CA------A-A--A-T---GT-TG-TTAGAAA--CAAAG-GTA-CGATTATC-------TTTTCA---GT-------------AT-GAT-TGATATCA-AT-TT--T-A-TTTT-TG--TTG-TGAA-A-CAC-TCATA-----TAA----TGGTCA-C--GAG-TG-AA--AAA-TATA-----T--AACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------TCTT-TGG--------G-CC----C-GATcccgaattacc
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA--AAA-AAAAATAGCTTG-A--TTT--CTT-AG-AAAT---CTCT-A--TTA------TTTAA-ACGA---CCA----AGCAC-ATTTGATATCCAATTTC-AA-CACT--C-A-ATTA-C---TT-T------------------TA-TCATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-AGT-CG-T-TCAGA--TTTAT-A-TTTC-TC--TTG-TGAGCATTGC-G-AGAGTCCTCGAGAGTTC-CCA-C--GAG-TG-AA--TAT-TATG-----C--ACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAGTTCCTC--GCAT
gi|12 : --AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG---------------------A--TTT--TTC-AG-ACAC---TTCTGA--TAA------T-----------------------T-ATTTCATATACACCTAC-GA-CACC--C-ACA--A-T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CAATTATATCTACCTGTT--A---G--------------AT-GAT-TG-T-TTT-G--TT--C-T-TTTC-TG--TTG-TGAACATCGC---ATA-----CAA----TC-CTG-C--GGC-TG-AA--TAT-TAAG-----T--ACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------TATT-G-G--------A-CC----ccgaata
gi|13 : CCGCGTTC--C-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTAT--TGTTA---------TGAA-------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-G-CAA-GCTAA-A-GGCTAC---TTTC-TTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------GGA-TTGG-TGGAG-AT---AC-A-TGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|14 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaTTGAACATCCACTTAC-AA-TACTTTC-A-A----T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCAGCAA--AGT-------G-T--A---T--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-TGAACATCGC---ATA-----CTA----TCGCT--A--GAG-GG-AA--CAA-TACA-----T--Aaa
gi|15 : taaaatcgtgttgaataattc--A---G--------------AT-GAT-CG-T-TCA-A--TT--T-A-TTTC-TG--TTG-TGAACATTGA---ATT-----C-A----TTCCCG-AATGGG--G-AA--TAT-TATG-----T--ACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------ACTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAGTTCTCT--GTATtaaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|16 : atatttcT---TCCTGA--TAAAAACAATAAAA-ATG-----TG---TAGCAC-ATTGAATATT--------AA-CA-------------T---TT-TGATGAG-AA---AAACTGTA-CGATTTTA-------GCT--A---A--------------ATTGAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TGGTCATCGC---ATA-----Ccagaatacccggc
gi|17 : -GAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TGGTCATCGC---ATA---------------CTG-A--GAA-T--AA--TGT-TAT
gi|18 : TCGC-T--TA-----GAA----TAGCTG-A--GA--TG-AA--TGT-T-TG-----T--ACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGGTTTTTT--GTATaacgatagttgcaatcattgatctaggtatttgagtcctaggcggactaaaatacccggtgtg
gi|19 : AT-TATGCAGGCT--ACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------TCTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAGTTCCTA--GTATccgatacc
gi|2 : TACTCATAATTCGA-AT-TATTGCAAT-GTCT-GAAAT-TG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT-CCAAA----TC-CCGCGTTCTGAG-T-ATCT----CGATCCCGC-GTT-C--TTATTATCTTTC-AGTTTAGGGAACCCGCGGTT--C-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCGT--TGTTAC-AAAAGTATTAA-------------TTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-A-AAA-GTTAA-A-AACTGA---TTT--TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----AGA-ATGA-TGT-A-GTTAAAC-A-T-----G-TAA--AA-----ATA--AA--ATCC----G--A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT--GAA-AAC--TCG-TAACA--TTT---TC--GTAAAT---TTCTGA--TAA------T-AAA-ACGT---TCG---T-GTAT-ATTCAATATCCACTTAA-AA-TACT--C-A-AG-A-T---TT-GG-TCAG-AA--TGAA--GTA-CAATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTC-TGAACATTGC---ATA-----CGA----TCGCTG-G--CAG-TG-GA--TTT-TATA-----T--ACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------T-TC-A-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-CCCGACCCGGTTTTTT--GTATtcgaa
gi|20 : c--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATAACTT--C------------------------C-GCGTTTTGTG-T---CC----TAATCC-GC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AA-TAAGccgaatac
gi|21 : gaatatctcgtA-AGTT--AAA-AAACTTCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAATT---TTGGGA--TAA------TAAAT-ATGGAAATCA---TGTAACTATTTGAT
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------CTTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGA
gi|3 : tttgtaccTTATAAGATG--AT-T--TACCTT-GTCTTGAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------G-TT-CCAAAT---TC-C-GCGTTCTTTGTT-ATCC----AAAT-CCGC-GTT-CTTTTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCTTT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGTA-TGTTAT-AAAACTATATA-------------TTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCT-A---TAC--TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------AGA-TTGG-TGCAA-AT---AA-ACT-T-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT--AAA-AAT--TCG-CTG-A--TTT--CTC--CGAAAT---TTCTGA--TGA------T-AAA-ACGG---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TGTTTAG-AAACCAAA--GCA-C-ATTATT-------GATGAA---A--------------AT-GAT-TG---TCA-A--TT--C-ATTTTC-TG---TG-AAAACATCGC---ATA-----GGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TA---ATA-----T--ACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGGTTCATA--GTATataccc
gi|4 : TTACTAATAATATGG-ATAT--TAC--T-GTCC-GAAAA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TT-C-GCGTTCTTTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCG-TC--T-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCGT--TGTTA--AAAACTATATA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TCT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--GAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--TTCAAGAAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAT-TTCTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CGATTATT-------GTT--G---A--------------AT-GAT-TG-T-TTA-A--TT--C-A-TTTC-T---TTA-TAAACATCGC-T-CTA-----GAA----TAGCTG-A--GAA-TG-AA--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTTTTT--GTATccgata
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT-T--TAC--T-GTCT-GAAGA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-C----------------------------------AAATTCCGC-GTTGC--TTGGTATCTTTCAAGTT-AGGTTACCCGCGGAC--T-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCGTTGTGTTA--------ATAAA-------------ACA-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA---TA---TTAA--CG---TAT--TATATATC-ATA-------AGATTTGG-TGTAATAT---GCGA-G-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCT--GT-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAAA--TAG-TTA-G--TTT--TCC-A-GAATT---TTCTGA--TAA------TGAAATATGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTC-AA-CACT--CAA-A--A-TG--TT-TG-TTAG-GA--AAAA--GCA-CGGTTATT-------GCG--A---ATG------------AT-GAT-TG-T-TTA-ATTTT--C-A-TTTC-TGA-TTA-TAAACATGCC-T-TTA---------------------------G-AA--TATATATG-----TTGTCC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TC-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTTTTA-GTAT
gi|6 : aT--TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------AGA-ATGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-T-TAG--AA-----ATAA-----ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGTA----TGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT--AAA-AAC--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAACTTAATTCTGA--TAA------C-AAA-GCGG---TCG---TG-------TGAAT----ACTTTC-AA-TACT--C-A-AC-A-T---CT-TG-TTAG-AA--CAAA--GTA-TAACTATA-------GCT--A---AGTCAGTTACTTAAGAT-GAC-TG-A-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--CTG-TGAACATCGC---ATA-----CGA----TCGCTG-A--GAG-TG-AA--TA--CATG-----T--A----CAT--------------G--TA-TTATGT--------ACTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGGTTCTTA--GTcgcgaatactcg
gi|7 : tttagaatacatattagggaaagtaattatttggagactaaaacttcatatCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCA-CAT-GTTAA-----CTT----TGT--TC-----------T-TTATGTAT--TT--------AGA-TTAG-TGTAA-GT---AA-A-T-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT--AAA-CA--------TG-A--TTT--CTC-AG--AAG---TTCTGACCTAA------TAAAA--CAA---TC----TGTTAT-ATTTAATATC-ATTTTCTAA-CAGT--CCATA--A-TGTACT-CG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--ATAGA--------------TT-GATCCG-C-TCT-G--TT--C----TTC-TG--TTA-T-AACATCAA-C-ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TGAAA--TAT-TTTG-----T--ACT--TAT---C
gi|8 : --AAAACTATAAA-------------TTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-G-CAA-TTTAA-AAGGCTAAATATTT--TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTTG-AAA-AAA--TCG-TTG-T--TTTTTCCC-AAGAAAT---TTCTGT--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCACTTTC-AAACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CCATTATT-------G--------------------------------------------------------G--TTG-TAAACATCAC-T--TA-----GAA----TAGATG-A--GAA-TG--A--TAT-TATG-----T--ACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTATCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTa
gi|9 : atCCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-A-CAT-GTTAA-A-GCCTTA---TGT--T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AT-A-T-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-------------------------ATT--AAA-------CA-TTG-A--TTT--CTC-AG-AAAG---TTCTGA--TAA------TAAAA--CAA---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCATTTTC-AA-CAGT--C-A-A--AAT---GT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-CG-C-TCT-G--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-T-AACATCAC---ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TAT-TTTG-----T--ACT--TAT---CACA
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111 44444444444444444444444444444 11111111111 11111 1111 11 222 2222222222222 1111111 11 22222222 22222222222222 11111 111 1111 11111111 1111111 11111111 333333333333333333333 1111111 222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 1 66 8 11 88 6 6 6 66666 88888888888888888888888888888 2 88888888888 1 6 6 99 6 3 9999 44444 888 5 5555 5 11 999 3 4444444444444 4 8 4 4 8 8 4 55 4 4 555 77777 1 88 6666666 33 1 9999 44444444 3 3 1 3 555 3 333 3 555 77 22222222222222 44 6 44 88888 999999 3 3 333 888888 3 44444 3 777 3 444 3 3 44 44 3333 0 555 33 99999999 22222222 8888888 2 0 0 1 8 2 0 33 8 5 99 2 777 2 5 2 33 66 2 3 00000000 2 777777777777777777777 2 2 444 2 55 33 2 2 2 55 2 33 2 4 5555555 5555 2 2 33 2 2 33 66666 33 444 0 33 2 222222222 0 666 00000000 2 6666 44 5555555 7 999
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ..... ............................. . ........... . . . .. . . .... ..... ... . .... . .. ... . ............. . . . . . . . .. . . ... ..... . .. ....... .. . .... ........ . . . . ... . ... . ... .. .............. .. . .. ..... ...... . . ... ...... . ..... . ... . ... . . .. .. .... . ... .. ........ ........ ....... . . . . . . . .. . . .. . ... . . . .. .. . . ........ . ..................... . . ... . .. .. . . . .. . .. . . ....... .... . . .. . . .. ..... .. ... . .. . ......... . ... ........ . .... .. ....... . ...
lowQualScore : 0 55 0 00 33 7 7 7 77777 00000000000000000000000000000 5 33333333333 0 7 7 22 7 5 9999 55555 888 0 6666 0 99 111 9 4444444444444 4 9 4 4 9 9 4 11 4 4 333 99999 0 66 5555555 00 9 0000 66666666 3 3 0 3 888 3 444 3 222 99 55555555555555 66 7 66 33333 777777 1 1 888 888888 1 77777 1 999 1 555 1 1 22 22 9999 7 000 99 33333333 44444444 7777777 9 1 7 8 6 9 7 99 6 7 66 9 999 9 7 9 99 88 9 5 33333333 4 888888888888888888888 5 5 111 5 99 44 5 5 5 99 5 88 4 7 0000000 3333 5 5 44 5 5 44 22222 77 777 2 99 9 666666666 1 666 44444444 9 1111 66 5555555 3 888
consensus : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
Reference ( family-964 ) : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
gi|1 : -T--TAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GTTTTCCAAAAATATCAC-GCGTTCTGTG-TTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAAGTTACCCGCGGTC--TATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC-CGCT--TGTTAGTAAAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-G-CAAAGTTAA-A-GGCTAA---TACCATTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAAGA-TTAAATGTAA-AT---AA-A-C-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA--AAA-ATA--TCG-CCG-ATTTTT--CTC-CGAAACT---TTCTGC--TGA------TAAAA-CTGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTCAAA-CACT--CAA-A--A-T---TTATG-TTAG-AA--CA-------------ATA-------GCC---------------------AC-GAT-TG-T-TCA-A--TT--CAA-TTTCATGCTTTGTTA-AACATC-GC-ACATAG--TGA----TCGCCGAA--GAGTTG-AAGTTTTTATA-----TACC--CAT---CCCAAAAC-GCG--TT-TTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGGTTCTTTTAGTAT
gi|10 : CTAA---TAT--TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AAC--TCT-TTG-A--TTG--CT--AAGAATC---TTCGGA--TAA-------GAAA-ACAA---TCGCTATGA-AC-TCTTAA-----ACCT----A-CA------A-A--A-T---GT-TG-TTAGAAA--CAAAG-GTA-CGATTATC-------TTTTCA---GT-------------AT-GAT-TGATATCA-AT-TT--T-A-TTTT-TG--TTG-TGAAACA-C-TC-ATA-----TAA----TGGTCA-C--GAG-TG-AA--AAATATA-----TAACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------TCTT-TGG--------G-CC----C-GATcccgaattacc
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA--AAA-AAAAATAGCTTG-A--TTT--CTT-AG-AAAT---CTCT-A--TTA------TTTAA-ACGA---CCA----AGCAC-ATTTGATATCCAATTTC-AA-CACT--C-A-ATTA-C---TT-T------------------TA-TCATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-AGT-CG-T-TCAGA--TTTAT-A-TTTC-TC--TTG-TG-AGCATT-GCGAGAGTCCTCGAGAGTTC-CCA-C--GAG-TG-AA--TATTATG-----CACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAGTTCCTC--GCAT
gi|12 : --AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG---------------------A--TTT--TTC-AG-ACAC---TTCTGA--TAA------T-----------------------T-ATTTCATATACACCTAC-GA-CACC--C-ACA--A-T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CAATTATATCTACCTGTT--A---G--------------AT-GAT-TG-T-TTT-G--TT--C-T-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CAA----TC-CTG-C--GGC-TG-AA--TATTAAG-----TACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------TATT-G-G--------A-CC----ccgaata
gi|13 : CCGCGTTC--C-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTAT--TGTTA---------TGAA-------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-G-CAA-GCTAA-A-GGCTAC---TTTC-TTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------GGA-TTGG-TGGAG-AT---AC-A-TGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|14 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaTTGAACATCCACTTAC-AA-TACTTTC-A-A----T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCAGCAA--AGT-------G-T--A---T--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-TG-AACATC-GC-ATA-----CTA----TCGCT--A--GAG-GG-AA--CAATACA-----TAaa
gi|15 : taaaatcgtgttgaataattc--A---G--------------AT-GAT-CG-T-TCA-A--TT--T-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATT-GA-ATT-----C-A----TTCCCG-AATGGG--G-AA--TATTATG-----TACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------ACTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAGTTCTCT--GTATtaaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|16 : atatttcT---TCCTGA--TAAAAACAATAAAA-ATG-----TG---TAGCAC-ATTGAATATT--------AA-CA-------------T---TT-TGATGAG-AA---AAACTGTA-CGATTTTA-------GCT--A---A--------------ATTGAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TG-GTCATC-GC-ATA-----Ccagaatacccggc
gi|17 : -GAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TG-GTCATC-GC-ATA---------------CTG-A--GAA-T--AA--TGTTAT
gi|18 : TC-GC-TTA-----GAA----TAGCTG-A--GA--TG-AA--TGTT-TG-----TACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGGTTTTTT--GTATaacgatagttgcaatcattgatctaggtatttgagtcctaggcggactaaaatacccggtgtg
gi|19 : ATTATGCAGGCTACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------TCTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAGTTCCTA--GTATccgatacc
gi|2 : TACTCATAATTCGA-AT-TATTGCAAT-GTCT-GAAAT-TG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT-CCAAA----TC-CCGCGTTCTGAG-T-ATCT----CGATCCCGC-GTT-C--TTATTATCTTTC-AGTTTAGGGAACCCGCGGTT--C-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCGT--TGTTAC-AAAAGTATTAA-------------TTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-A-AAA-GTTAA-A-AACTGA---TTT--TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----AGA-ATGA-TGTA--GTTAAAC-A-T-----G-TAA--AA-----ATAA--A--ATCC--G----A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT--GAA-AAC--TCG-TAACA--TTT---TC--GTAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAT-ATTCAATATCCACTTAA-AA-TACT--C-A-AG-A-T---TT-GG-TCAG-AA--TGAA--GTA-CAATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTC-TG-AACATT-GC-ATA-----CGA----TCGCTG-G--CAG-TG-GA--TTTTATA-----TACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------T-TC-A-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-CCCGACCCGGTTTTTT--GTATtcgaa
gi|20 : c--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATAACTT--C------------------------C-GCGTTTTGTG-T---CC----TAATCC-GC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AA-TAAGccgaatac
gi|21 : gaatatctcgtA-AGTT--AAA-AAACTTCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAATT---TTGGGA--TAA------TAAAT-ATGGAAATCA---TGTAACTATTTGAT
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------CTTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGA
gi|3 : tttgtaccTTATAAGATG--AT-T--TACCTT-GTCTTGAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------G-TT-CCAAAT---TC-C-GCGTTCTTTGTT-ATCC----AAAT-CCGC-GTT-CTTTTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCTTT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGTA-TGTTAT-AAAACTATATA-------------TTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCT-A---TAC--TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------AGA-TTGG-TGCAA-AT---AA-ACT-T-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT--AAA-AAT--TCG-CTG-A--TTT--CTC--CGAAAT---TTCTGA--TGA------T-AAA-ACGG---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TGTTTAG-AAACCAAA--GCA-C-ATTATT-------GATGAA---A--------------AT-GAT-TG---TCA-A--TT--C-ATTTTC-TG---TG-AA-AACATC-GC-ATA-----GGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TA--ATA-----TACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGGTTCATA--GTATataccc
gi|4 : TTACTAATAATATGG-ATAT--TAC--T-GTCC-GAAAA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TT-C-GCGTTCTTTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCG-TC--T-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCGT--TGTTA--AAAACTATATA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TCT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--GAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--TTCAAGAAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAT-TTCTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CGATTATT-------GTT--G---A--------------AT-GAT-TG-T-TTA-A--TT--C-A-TTTC-T---TTA-TA-AACATC-GCTCTA-----GAA----TAGCTG-A--GAA-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTTTTT--GTATccgata
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT-T--TAC--T-GTCT-GAAGA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-C----------------------------------AAATTCCGC-GTTGC--TTGGTATCTTTCAAGTT-AGGTTACCCGCGGAC--T-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCGTTGTGTTA--------ATAAA-------------ACA-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA---TA---TTAA--CG---TAT--TATATATC-ATA-------AGATTTGG-TGTAATAT---GCGA-G-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCT--GT-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAAA--TAG-TTA-G--TTT--TCC-A-GAATT---TTCTGA--TAA------TGAAATATGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTC-AA-CACT--CAA-A--A-TG--TT-TG-TTAG-GA--AAAA--GCA-CGGTTATT-------GCG--A---ATG------------AT-GAT-TG-T-TTA-ATTTT--C-A-TTTC-TGA-TTA-TA-AACAT--GC-CT-------------TT-----A--GAA-TA-TA--TATGTTG-----T-CC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TC-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTTTTA-GTAT
gi|6 : aT--TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------AGA-ATGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-T-TAG--AA-----ATAA-----ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGTA----TGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT--AAA-AAC--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAACTTAATTCTGA--TAA------C-AAA-GCGG---TCG---TG-------TGAAT----ACTTTC-AA-TACT--C-A-AC-A-T---CT-TG-TTAG-AA--CAAA--GTA-TAACTATA-------GCT--A---AGTCAGTTACTTAAGAT-GAC-TG-A-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--CTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCTG-A--GAG-TG-AA--TA-CATG-----TA----CAT--------------G--TA-TTATGT--------ACTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGGTTCTTA--GTcgcgaatactcg
gi|7 : tttagaatacatattagggaaagtaattatttggagactaaaacttcatatCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCA-CAT-GTTAA-----CTT----TGT--TC-----------T-TTATGTAT--TT--------AGA-TTAG-TGTAA-GT---AA-A-T-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT--AAA-CA--------TG-A--TTT--CTC-AG--AAG---TTCTGACCTAA------TAAAA--CAA---TC----TGTTAT-ATTTAATATC-ATTTTCTAA-CAGT--CCATA--A-TGTACT-CG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--ATAGA--------------TT-GATCCG-C-TCT-G--TT--C----TTC-TG--TTA-T--AACATCAAC-ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TGAAA--TATTTTG-----TACT--TAT---C
gi|8 : --AAAACTATAAA-------------TTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-G-CAA-TTTAA-AAGGCTAAATATTT--TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTTG-AAA-AAA--TCG-TTG-T--TTTTTCCC-AAGAAAT---TTCTGT--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCACTTTC-AAACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CCATTATT-------G--------------------------------------------------------G--TTG-TA-AACATC-AC-TTA-----GAA----TAGATG-A--GAA-TG--A--TATTATG-----TACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTATCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTa
gi|9 : atCCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-A-CAT-GTTAA-A-GCCTTA---TGT--T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AT-A-T-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-------------------------ATT--AAA-------CA-TTG-A--TTT--CTC-AG-AAAG---TTCTGA--TAA------TAAAA--CAA---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCATTTTC-AA-CAGT--C-A-A--AAT---GT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-CG-C-TCT-G--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-T--AACATC-AC-ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTTTG-----TACT--TAT---CACA
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111 44444444444444444444444444444 11111111111 11111 1111 11 222 2222222222222 1111111 11 22222222 22222222222222 11111 111 1111 11111111 1111111 11111111 333333333333333333333 1111111 222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 1 66 8 11 88 6 6 6 66666 88888888888888888888888888888 2 88888888888 1 6 6 99 6 3 9999 44444 888 5 5555 5 11 999 3 4444444444444 4 8 4 4 8 8 4 55 4 4 555 77777 1 88 6666666 33 1 9999 44444444 3 3 1 3 555 3 333 3 555 77 22222222222222 44 6 44 88888 999999 3 3 333 888888 3 44444 3 777 3 444 3 3 44 44 3333 0 555 33 99999999 22222222 8888888 2 0 0 1 8 2 0 33 8 5 99 2 777 2 5 2 33 66 2 3 00000000 2 777777777777777777777 2 2 444 2 55 33 2 2 2 55 2 33 2 4 5555555 5555 2 2 33 2 2 33 66666 33 444 0 33 2 222222222 0 666 00000000 2 6666 44 5555555 7 999
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ..... ............................. . ........... . . . .. . . .... ..... ... . .... . .. ... . ............. . . . . . . . .. . . ... ..... . .. ....... .. . .... ........ . . . . ... . ... . ... .. .............. .. . .. ..... ...... . . ... ...... . ..... . ... . ... . . .. .. .... . ... .. ........ ........ ....... . . . . . . . .. . . .. . ... . . . .. .. . . ........ . ..................... . . ... . .. .. . . . .. . .. . . ....... .... . . .. . . .. ..... .. ... . .. . ......... . ... ........ . .... .. ....... . ...
lowQualScore : 0 55 0 00 33 7 7 7 77777 00000000000000000000000000000 5 33333333333 0 7 7 22 7 5 9999 55555 888 0 6666 0 99 111 9 4444444444444 4 9 4 4 9 9 4 11 4 4 333 99999 0 66 5555555 00 9 0000 66666666 3 3 0 3 888 3 444 3 222 99 55555555555555 66 7 66 33333 777777 1 1 888 888888 1 77777 1 999 1 555 1 1 22 22 9999 7 000 99 33333333 44444444 7777777 9 1 7 8 6 9 7 99 6 7 66 9 999 9 7 9 99 88 9 5 33333333 4 888888888888888888888 5 5 111 5 99 44 5 5 5 99 5 88 4 7 0000000 3333 5 5 44 5 5 44 22222 77 777 2 99 9 666666666 1 666 44444444 9 1111 66 5555555 3 888
consensus : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
Reference ( family-964 ) : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
gi|1 : -T--TAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GTTTTCCAAAAATATCAC-GCGTTCTGTG-TTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAAGTTACCCGCGGTC--TATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC-CGCT--TGTTAGTAAAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-G-CAAAGTTAA-A-GGCTAA---TACCATTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAAGA-TTAAATGTAA-AT---AA-A-C-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA--AAA-ATA--TCG-CCG-ATTTTT--CTC-CGAAACT---TTCTGC--TGA------TAAAA-CTGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTCAAA-CACT--CAA-A--A-T---TTATG-TTAG-AA--CA-------------ATA-------GCC---------------------AC-GAT-TG-T-TCA-A--TT--CAA-TTTCATGCTTTGTTA-AACATC-GC-ACATAG--TGA----TCGCCGAA--GAGTTG-AAGTTTTTATA-----TACC--CAT---CCCAAAAC-GCG--TT-TTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGGTTCTTTTAGTAT
gi|10 : CTAA---TAT--TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AAC--TCT-TTG-A--TTG--CT--AAGAATC---TTCGGA--TAA-------GAAA-ACAA---TCGCTATGA-AC-TCTTAA-----ACCT----A-CA------A-A--A-T---GT-TG-TTAGAAA--CAAAG-GTA-CGATTATC-------TTTTCA---GT-------------AT-GAT-TGATATCA-AT-TT--T-A-TTTT-TG--TTG-TGAAACA-C-TC-ATA-----TAA----TGGTCA-C--GAG-TG-AA--AAATATA-----TAACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------TCTT-TGG--------G-CC----C-GATcccgaattacc
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA--AAA-AAAAATAGCTTG-A--TTT--CTT-AG-AAAT---CTCT-A--TTA------TTTAA-ACGA---CCA----AGCAC-ATTTGATATCCAATTTC-AA-CACT--C-A-ATTA-C---TT-T------------------TA-TCATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-AGT-CG-T-TCAGA--TTTAT-A-TTTC-TC--TTG-TG-AGCATT-GCGAGAGTCCTCGAGAGTTC-CCA-C--GAG-TG-AA--TATTATG-----CACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAGTTCCTC--GCAT
gi|12 : --AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG---------------------A--TTT--TTC-AG-ACAC---TTCTGA--TAA------T-----------------------T-ATTTCATATACACCTAC-GA-CACC--C-ACA--A-T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CAATTATATCTACCTGTT--A---G--------------AT-GAT-TG-T-TTT-G--TT--C-T-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CAA----TC-CTG-C--GGC-TG-AA--TATTAAG-----TACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------TATT-G-G--------A-CC----ccgaata
gi|13 : CCGCGTTC--C-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTAT--TGTTA---------TGAA-------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-G-CAA-GCTAA-A-GGCTAC---TTTC-TTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------GGA-TTGG-TGGAG-AT---AC-A-TGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|14 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaTTGAACATCCACTTAC-AA-TACTTTC-A-A----T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCAGCAA--AGT-------G-T--A---T--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-TG-AACATC-GC-ATA-----CTA----TCGCT--A--GAG-GG-AA--CAATACA-----TAaa
gi|15 : taaaatcgtgttgaataattc--A---G--------------AT-GAT-CG-T-TCA-A--TT--T-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATT-GA-ATT-----C-A----TTCCCG-AATGGG--G-AA--TATTATG-----TACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------ACTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAGTTCTCT--GTATtaaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|16 : atatttcT---TCCTGA--TAAAAACAATAAAA-ATG-----TG---TAGCAC-ATTGAATATT--------AA-CA-------------T---TT-TGATGAG-AA---AAACTGTA-CGATTTTA-------GCT--A---A--------------ATTGAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TG-GTCATC-GC-ATA-----Ccagaatacccggc
gi|17 : -GAT-TA-T-TCA-A--TT--C-A-ATTT-TG--TTG-TG-GTCATC-GC-ATA---------------CTG-A--GAA-T--AA--TGTTAT
gi|18 : TC-GC-TTA-----GAA----TAGCTG-A--GA--TG-AA--TGTT-TG-----TACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGGTTTTTT--GTATaacgatagttgcaatcattgatctaggtatttgagtcctaggcggactaaaatacccggtgtg
gi|19 : ATTATGCAGGCTACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------TCTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAGTTCCTA--GTATccgatacc
gi|2 : TACTCATAATTCGA-AT-TATTGCAAT-GTCT-GAAAT-TG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT-CCAAA----TC-CCGCGTTCTGAG-T-ATCT----CGATCCCGC-GTT-C--TTATTATCTTTC-AGTTTAGGGAACCCGCGGTT--C-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCGT--TGTTAC-AAAAGTATTAA-------------TTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-A-AAA-GTTAA-A-AACTGA---TTT--TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----AGA-ATGA-TGTA--GTTAAAC-A-T-----G-TAA--AA-----ATAA--A--ATCC--G----A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT--GAA-AAC--TCG-TAACA--TTT---TC--GTAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAT-ATTCAATATCCACTTAA-AA-TACT--C-A-AG-A-T---TT-GG-TCAG-AA--TGAA--GTA-CAATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTC-TG-AACATT-GC-ATA-----CGA----TCGCTG-G--CAG-TG-GA--TTTTATA-----TACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------T-TC-A-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-CCCGACCCGGTTTTTT--GTATtcgaa
gi|20 : c--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATAACTT--C------------------------C-GCGTTTTGTG-T---CC----TAATCC-GC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AA-TAAGccgaatac
gi|21 : gaatatctcgtA-AGTT--AAA-AAACTTCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAATT---TTGGGA--TAA------TAAAT-ATGGAAATCA---TGTAACTATTTGAT
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------CTTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGA
gi|3 : tttgtaccTTATAAGATG--AT-T--TACCTT-GTCTTGAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------G-TT-CCAAAT---TC-C-GCGTTCTTTGTT-ATCC----AAAT-CCGC-GTT-CTTTTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCTTT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGTA-TGTTAT-AAAACTATATA-------------TTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCT-A---TAC--TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------AGA-TTGG-TGCAA-AT---AA-ACT-T-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT--AAA-AAT--TCG-CTG-A--TTT--CTC--CGAAAT---TTCTGA--TGA------T-AAA-ACGG---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TGTTTAG-AAACCAAA--GCA-C-ATTATT-------GATGAA---A--------------AT-GAT-TG---TCA-A--TT--C-ATTTTC-TG---TG-AA-AACATC-GC-ATA-----GGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TA--ATA-----TACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------TCTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGGTTCATA--GTATataccc
gi|4 : TTACTAATAATATGG-ATAT--TAC--T-GTCC-GAAAA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TT-C-GCGTTCTTTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCG-TC--T-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCGT--TGTTA--AAAACTATATA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TCT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--GAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--TTCAAGAAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAT-TTCTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CGATTATT-------GTT--G---A--------------AT-GAT-TG-T-TTA-A--TT--C-A-TTTC-T---TTA-TA-AACATC-GCTCTA-----GAA----TAGCTG-A--GAA-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTTTTT--GTATccgata
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT-T--TAC--T-GTCT-GAAGA-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-C----------------------------------AAATTCCGC-GTTGC--TTGGTATCTTTCAAGTT-AGGTTACCCGCGGAC--T-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCGTTGTGTTA--------ATAAA-------------ACA-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA---TA---TTAA--CG---TAT--TATATATC-ATA-------AGATTTGG-TGTAATAT---GCGA-G-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCT--GT-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAAA--TAG-TTA-G--TTT--TCC-A-GAATT---TTCTGA--TAA------TGAAATATGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTC-AA-CACT--CAA-A--A-TG--TT-TG-TTAG-GA--AAAA--GCA-CGGTTATT-------GCG--A---ATG------------AT-GAT-TG-T-TTA-ATTTT--C-A-TTTC-TGA-TTA-TA-AACAT--GC-CT-------------TT-----A--GAA-TA-TA--TATGTTG-----T-CC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TC-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTTTTA-GTAT
gi|6 : aT--TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------AGA-ATGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-T-TAG--AA-----ATAA-----ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGTA----TGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT--AAA-AAC--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGAAACTTAATTCTGA--TAA------C-AAA-GCGG---TCG---TG-------TGAAT----ACTTTC-AA-TACT--C-A-AC-A-T---CT-TG-TTAG-AA--CAAA--GTA-TAACTATA-------GCT--A---AGTCAGTTACTTAAGAT-GAC-TG-A-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--CTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCTG-A--GAG-TG-AA--TA-CATG-----TA----CAT--------------G--TA-TTATGT--------ACTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGGTTCTTA--GTcgcgaatactcg
gi|7 : tttagaatacatattagggaaagtaattatttggagactaaaacttcatatCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCA-CAT-GTTAA-----CTT----TGT--TC-----------T-TTATGTAT--TT--------AGA-TTAG-TGTAA-GT---AA-A-T-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT--AAA-CA--------TG-A--TTT--CTC-AG--AAG---TTCTGACCTAA------TAAAA--CAA---TC----TGTTAT-ATTTAATATC-ATTTTCTAA-CAGT--CCATA--A-TGTACT-CG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--ATAGA--------------TT-GATCCG-C-TCT-G--TT--C----TTC-TG--TTA-T--AACATCAAC-ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TGAAA--TATTTTG-----TACT--TAT---C
gi|8 : --AAAACTATAAA-------------TTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-G-CAA-TTTAA-AAGGCTAAATATTT--TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTTG-AAA-AAA--TCG-TTG-T--TTTTTCCC-AAGAAAT---TTCTGT--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCACTTTC-AAACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCA-CCATTATT-------G--------------------------------------------------------G--TTG-TA-AACATC-AC-TTA-----GAA----TAGATG-A--GAA-TG--A--TATTATG-----TACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTATCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTa
gi|9 : atCCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-A-CAT-GTTAA-A-GCCTTA---TGT--T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AT-A-T-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-------------------------ATT--AAA-------CA-TTG-A--TTT--CTC-AG-AAAG---TTCTGA--TAA------TAAAA--CAA---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCATTTTC-AA-CAGT--C-A-A--AAT---GT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-TGATTATA-------GCT--A---AG-------------AT-GAT-CG-C-TCT-G--TT--C-A-TTTC-TG--TTA-T--AACATC-AC-ATG-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTTTG-----TACT--TAT---CACA
blockSeqs : T GG A AT AA . T . . TCCTTTAAGTATCCAAATCCC G TTATCC C . G TT A T TTT TAACG . C AGCT G TG CA G . C A . C T C A CC C . TA AAATA A C TGTTT TC A ATCC GGA T . G T TAA G TG T CA GT CCAAGATAATCA AG A GA CCGGC CCTTC . C GT CAGTGT T GGAGT T TTG T AAA C C . TT AAGA TAA CC AAACAATA ATGGAAA CTATGA T T A A TT A C TT A GTA . A A AC CT G G ATCTACCT T AAGTCAGTTACTTAAG T C ATA G TT TA . T . A . GA A G GTCCTCG GAGT G . AT . A . CAGGC TT ACC TT G TCAAGATTA TG AAATTTTC C GTCT CG AAAAATC A TA
blockSeqs : A G . . CT . . . . CGTTCCAAATTCC G TATCT C . . . . A C GGAC . . . . A TA C . . A . . C T . C . . AA AA T . CTCG TC A ATC C . . G . . . CT . A C CCAAAAACA . . . . GC . . AG . . CA . TG . ACT . . . . AAG . . TT TATGG TAGC . A T . . C T G . G . T . . G . C C C TCAGT . . T . T . . . . . . G . T TA . G . . . . . . . . . . A GT . . . G C . C
blockSeqs : A . . . . . . . . CGTTTCCAAATTC T TATCC C . . . . A C AT . . . . . TG C . . . . . . . . T . . A AC T . TG C A AT A . . G . . . T . A . AATTTAA . . . . C . . G . . GG . A . C . . . . AGA . . TA ACAA TGTA . A . . . . . C . . . . . . . . A A T ATAGA . . T . . . . . . . . G . . CA . C . . . . . . . . . . T T . . . C . . T
blockSeqs : . . . . . . . CGTTTC T TCC T . . . . A T CT . . . . . TG G . . . . . . . . T . . A GA A . CG T A CT . . . T . . . T . G . ATAATAA . . . . C . . G . . GA . T . C . . . . AGA . . TA ACGA TGGT . A . . . . . . . . . . . . . . A T C GAAA . . T . . . . . . . . G . . CT . G . . . . . . . . . . A G . . . T . . T
blockSeqs : . . . . . CC . . . . . . . . T AC . . . . . A C . . . . . . . . T . . A AA C . CG C A AT . . . C . . . T . A . ATGATAA . . . . A . . G . . AC . T . T . . . . AAG . . TA ACGG TGTT . T . . . . . . . . . . . . . . G A C AATG . . T . . . . . . . . G . . GA . G . . . . . . . . . . T C . . . C . . A
blockSeqs : C GT . . . . . A G . . . . . . . . T . . A AA A . TG T A AT . . . T . . . C . A . ATATTT . . . . T . . G . . GG . T . A . . . . AG . . TG ACGG AGC . T . . . . . . . . . . . . . . A A A AAG . . T . . . . . . . . G . . CG . G . . . . . . . . . . T T . . . G . . T
blockSeqs : C GT . . . . . . . . . . . . . . . T . . A TA G . TA T G T . . . T . . . G . A . AAATAA . . . . C . . G . . GA . T . A . . . . AG . . TA GCGG TGT . T . . . . . . . . . . . . . . G T T AAG . . T . . . . . . . . G . . GG . G . . . . . . . . . . T T . . . G . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . A T . CT G G C . . . G . . . T . T . ATAAA . . . . C . . G . . TA . T . C . . . . GT . . TA ATG TGT . T . . . . . . . . . . . . . . G T C AAG . . T . . . . . . . . G . . GA . G . . . . . . . . . . T A . . . G . . T
blockSeqs : T G . A . G T . . . T . . . T . A . ATAA . . . . C . . G . . CG . T . A . . . . CG . . TA CGT TGT . T . . . . . . . . . . . . . . A T C AG . . T . . . . . . . . A . . CG . G . . . . . . . . . . T T . . . G . . A
blockSeqs : . . . . T . . . T . . . C . A . ATAA . . . . C . . . . . . . T . . . . . . AG . . G CAA TGT . T . . . . . . . . . . . . . . G A C AT . . T . . . . . . . . A . . CG . G . . . . . . . . . . . T . . . G . .
blockSeqs : . . . G . . . T . . . TGA . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AG . . T CGT TGT . T . . . . . . . . . . . . . . C A C AG . . A . . . . . . . . A . . GA . G . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AG . . T CAA TG . . . . . . . . . . . . . . . . G T . AA . . C . . . . . . . . G . . CG . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . GA . . C . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***** CGTTCCAAATCC***************** TATCC****** C*** *** **** A** ************* ** CG***** ******** A** ATAATAA******* C***** ** AG** ACGG**** AAG****************** ** CG***** ** T******** N**
originalCons : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GTTT-CCAAA----TC-C-GCGTTCTGTG-T-ATCC----AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTC-AGGAAAT---TTCTGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCT--A---A--------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATA-----CGA----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTT--GTAT
finalCons : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTTCGTTCCAAATCC-----------------GCGTTCTGTGTATCC------AAATCCCGC-GTT-C--TTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCC---TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTAA--AAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAACG-----TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-AA--CAA--AAATAATAA-------ATTC--G-G--A-----TCTCGC-----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-A--TTT--CTCAG--AAAT---TTCTGA--TAA------TAAAAACGG----TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCA-CGATTATN-------GCTAAG------------------AT-GAT-TG-T-TCA-A--TT--C-A-TTTC-TG--TTG-TG-AACATC-GC-ATACG-----A----TCGCCG-A--GAG-TG-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------TCTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGGTTCTTN--GTAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111 3333333333333333 22222222 2222222222 11111 1111 11 222 2222222222222 1111111 11 22222222 22222222222222 11111 111 11111111 1111111 1111 3333333333333333333333333333333 1111111111 3333333333333333333333 11111111 1111111
lowQualScore : 1 66 8 11 88 6 6 6 66666 4444444444444444 22222222 6 2 6666666666 6 6 6 99 6 3 9999 44444 888 5 5555 5 11 999 3 4444444444444 4 8 4 4 8 8 4 55 4 4 555 77777 1 88 6666666 33 1 9999 44444444 3 3 1 3 555 3 333 3 555 77 22222222222222 44 6 44 88888 999999 3 3 333 888888 3 44444 3 777 3 444 3 3 44 555555 2 6666 2 33 99999999 22222222 8888888 2 0 0 1 5 5 0 33 5 5 1111 777 2 5 2 33 66 4 2 0000000000000000000000000000000 2 2 444 2 55 33 5 2 55 666 2 4 5555555555 5555 2 55 2 2 33 66666 33 444 0 33 2 4444444444444444444444 444 88888888 2 6666 44 5555555 7 4 66 1
lowQualScore : . .. . .. .. . . . ..... ................ ........ . . .......... . . . .. . . .... ..... ... . .... . .. ... . ............. . . . . . . . .. . . ... ..... . .. ....... .. . .... ........ . . . . ... . ... . ... .. .............. .. . .. ..... ...... . . ... ...... . ..... . ... . ... . . .. ...... . .... . .. ........ ........ ....... . . . . . . . .. . . .... ... . . . .. .. . . ............................... . . ... . .. .. . . .. ... . . .......... .... . .. . . .. ..... .. ... . .. . ...................... ... ........ . .... .. ....... . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 00 33 7 7 7 77777 3333333333333333 00000000 7 5 7777777777 7 7 7 22 7 5 9999 55555 888 0 6666 0 99 111 9 4444444444444 4 9 4 4 9 9 4 11 4 4 333 99999 0 66 5555555 00 9 0000 66666666 3 3 0 3 888 3 444 3 222 99 55555555555555 66 7 66 33333 777777 1 1 888 888888 1 77777 1 999 1 555 1 1 22 555555 9 1111 9 99 33333333 44444444 7777777 9 1 7 8 7 7 7 99 7 7 6666 999 9 7 9 99 88 1 0 6666666666666666666666666666666 7 5 111 5 99 44 0 5 99 222 4 7 0000000000 3333 5 99 5 5 44 22222 77 777 8 99 9 7777777777777777777777 777 66666666 9 1111 66 5555555 3 4 11 0
consensus : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GT-T--CCAAA----T-C-C-GCGTTCTGTGT-ATCC----AAATCCCGC-GTT-CTT--GGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-ATTT--CTC---A--GAAA-T----TTC-TGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCACGATTATAGC-------------T--A------A-G-----A-TGAT-TG-T-TCA-A--TT--CA-TTTC-TG--TTGT-G-AACATC-GC-ATA-----C---GA----TCGCCGA--GAGT-G-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------T------------CTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGG-TTC--TTNGTAT
Reference ( family-964 ) : TTACTNATAATATGG-AT-T--TAC--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GT-T--CCAAA----T-C-C-GCGTTCTGTGT-ATCC----AAATCCCGC-GTT-CTT--GGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTC--C-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGT--TGTTA--AAAACTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CC-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TNT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGNAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--AAA-AAA--TCG-TTG-ATTT--CTC---A--GAAA-T----TTC-TGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAC-ATTTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCACGATTATNGC-------------T--A------A-G-----A-TGAT-TG-T-TCA-A--TT--CA-TTTC-TG--TTGT-G-AACATC-GC-ATA-----C---GA----TCGCCGA--GAGT-G-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------T------------CTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGG-TTC--TTNGTAT
gi|1 : -T--TAC--TTGTCT-GAAGTATGACATTTATCTCGCTTATC-------GT-TTTCCAAAAATAT-CAC-GCGTTCTGTGTTATTCCAAAAAATCCCGCAGTT-CTT--GGTATCTTTC-AGTTAAAGTTACCCGCGGTC--TATTTGT--AC-CCCTTA-ATTTCCTG---TCAC-CGCT--TGTTAGTAAAACTATAAAATTTTCCCACAAATTA-TGA-GAAT-A-TAA-A-CT-G-CAAAGTTAA-A-GGCTAA---TACCATTAAAACG---T-T-CTATTTAT--ATTAGTCATAAGA-TTAAATGTAA-AT---AA-A-C-T-A-AGCAA--AAT----GTATTAGC-ATAC--GAG--A-----TCTCA-CC---TCTCACT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GTAA-AGTA--AAA-ATA--TCG-CCG-ATTTTTCTC---C--GAAACT----TTC-TGC--TGA------TAAAA-CTGG---TCG---TG-TAC-ATT-AATATCCACTTTC-AAACACT--C-A-A--AAT---TTATG-TTAG-AA--CAA------------TAGC-------------C--A----------------CGAT-TG-T-TCA-A--TT--CAATTTCATGCTTTGTTA-AACATC-GC-ACA-----TAGTGA----TCGCCGAA-GAGTTG-AAGTTTTTATA-----TACC--CAT---CCCAAAACG-CG--TT-TTGAAT---------------------CTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTATTCCGACCCGG-TTCTTTTAGTAT
gi|10 : CTAA---TAT--TTAA--TG---TATTCCATAT-T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-C-A-CAAC-AA-----AT-ATTT--ATTC--GAG--A-----TATCG-C-----CTC-CT-TCAG--------C------A-AGC--------A-AGT-------AAC--TCT-TTG-ATTG--CTA---A--GAAT-C----TTC-GGA--TAA-------GAAA-ACAA---TCGCTATGA-AC-TCTTAA-----ACCT----A-CA------A-A--A-T---GT-TG-TTAGAAA--CAAAG-GTACGATTATCTT-------------TTCA------G-T-----A-TGAT-TGATATCA-AT-TT--TA-TTTT-TG--TTGT-GAAACA-C-TC-ATA-----T---AA----TGGTCAC--GAGT-G-AA--AAATATA-----TAACTTTATACCCCCAAAAGAGCG--TT-TTCAAA--------T------------CTT-TGG--------G-CC----C-GATcccgaattacc
gi|11 : CTCC-C----TCAC-CT-TCATCA-G-ATAT------A-AGGCA---CTAA-AGTA--AAA-AAAAATAGCTTG-ATTT--CTT---A--GAAA-T----CTC-T-A--TTA------TTTAA-ACGA---CCA----AGCAC-ATTTGATATCCAATTTC-AA-CACT--C-A-ATTA-C---TT-T------------------TATCATTATAGC-------------T--A------A-G-----A-TAGT-CG-T-TCAGA--TTTATA-TTTC-TC--TTGT-G-AGCATT-GCGAGAGTCCTC---GAGAGTTC-CCAC--GAGT-G-AA--TATTATG-----CACT--TGT---TCCAAAACGACC--TT-TGACAT--------T-------------TT-T-GAAATTTTCA-CC----T-CATTATT-------TGCG-TATGACCTAG-TTC--CTCGCAT
gi|12 : --AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-A-CAA--AA-----ATAA-----ATTC--A-G--A-----TCTTG-A----TCTC-CT-TCGATA-G-ATATCAGTGTA-AGCGG---GTAA-AG---------------------ATTT--TTC---A--GACA-C----TTC-TGA--TAA------T-----------------------T-ATTTCATATACACCTAC-GA-CACC--C-ACA--A-T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCACAATTATATC-------------T--ACCTGTTA-G-----A-TGAT-TG-T-TTT-G--TT--CT-TTTC-TG--TTGT-G-AACATC-GC-ATA-----C---AA----TC-CTGC--GGCT-G-AA--TATTAAG-----TACT--TAT---CCCACAAAGG-G--TT-TTAAAA--------T------------ATT-G-G--------A-CC----ccgaata
gi|13 : CCGCGTTC--C-TTTAT--AT-CC---A-ATGTCCTAGCTTCAC-CTAT--TGTTA---------TGAA-------------TTA-TGA-GT-T-A-TGA-A-CC-G-CAA-GCTAA-A-GGCTAC---TTTC-TTAA--TGTTTTAT-CTATA-AT--TTC-------GGA-TTGG-TGGAG-AT---AC-A-TGT-ACA-CAAGTAA-----A-AATAA--AATC--G-G--GCCGGCTCTCG-T----TATC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AAC
gi|14 : aagatgaaaatgtatcatttttaactacaaacgtcaatttttgtatcactgaacaccagggaatccgcgttccagtacaatgaTTGAACATCCACTTAC-AA-TACTTTC-A-A----T---TT-GG-TTAG-AA--CAAA--GCA--------GC-------------A--A------A-GTGTATA-TGAT-TG-T-TCA-A--TT--CA-TTTC-TG--TTAT-G-AACATC-GC-ATA-----C---TA----TCGCT-A--GAGG-G-AA--CAATACA-----TAaa
gi|15 : taaaatcgtgttgaataattc------A-G-----A-TGAT-CG-T-TCA-A--TT--TA-TTTC-TG--TTGT-G-AACATT-GA-ATT-----C----A----TTCCCGAATGGG--G-AA--TATTATG-----TACT--TAT---CCTTAAACAGTG--TT-TTAAA---------A------------CTA-C-G--------A-CC----C-TGCTCTT-------TGTT-TGCAAACCAG-TTC--TCTGTATtaaaccggttttcagtggcggatccagattttagtttccgaatacccgc
gi|16 : atatttc-T----TCC-TGA--TAAAAACAATAAAA-ATG-----TG---TAGCAC-ATTGAATATT--------AA-CA-------------T---TT-TGATGAG-AA---AAACTGTACGATTTTAGC-------------T--A------A-A-----T-TGAT-TA-T-TCA-A--TT--CA-ATTT-TG--TTGT-G-GTCATC-GC-ATA-----C---cagaatacccggc
gi|17 : GAT-TA-T-TCA-A--TT--CA-ATTT-TG--TTGT-G-GTCATC-GC-ATA------------------CTGA--GAAT---AA--TGTTAT
gi|18 : TC-GC-TTA-----G---AA----TAGCTGA--GA-T-G-AA--TGTT-TG-----TACC--CAT---CCCAAAA--------------A----------------------CTT-T-G--------A-CC----CCGGTTCTT-------TGTAATCCGACCCGG-TTT--TTTGTATaacgatagttgcaatcattgatctaggtatttgagtcctaggcggactaaaatacccggtgtg
gi|19 : ATTATGCAGGCTACT--TGT---CCCAAAACGGCG--TT-CTAAA---------T------------CTT-T-G--------ACCC----C-CATCCTT-------GGTG-TATGACCCAG-TTC--CTAGTATccgatacc
gi|2 : TACTCATAATTCGA-AT-TATTGCAAT-GTCT-GAAAT-TG-----AATATCGCTT--TCCTTTAAGTAT--CCAAA----T-C-CCGCGTTCTGAGT-ATCT----CGATCCCGC-GTT-CTT--ATTATCTTTC-AGTTTAGGGAACCCGCGGTT--C-TTTGT--CT-CA---A-ATTTCCG----TCAC-TCGT--TGTTAC-AAAAGTATTAA-------------TTA-TGA-GC-T-A-TAA-A-CT-A-AAA-GTTAA-A-AACTGA---TTT--TCAG---A---TAT-TT-TATCT--ATGGA-----AGA-ATGA-TGTA--GTTAAAC-A-T-----G-TAA--AA-----ATAA--A--ATCC--G----A-----TCTCG-C----TTTC-TT-TAAGTA-G-ATTT------A-GGCGA---GTAA-AGTT--GAA-AAC--TCG-TAACATTT---TC---G--TAAA-T----TTC-TGA--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAT-ATTCAATATCCACTTAA-AA-TACT--C-A-AG-A-T---TT-GG-TCAG-AA--TGAA--GTACAATTATAGC-------------T--A------A-G-----A-TGAT-TG-T-TCA-A--TT--CA-TTTC-TG--TTCT-G-AACATT-GC-ATA-----C---GA----TCGCTGG--CAGT-G-GA--TTTTATA-----TACC--TAC---CTCAAAACGCTG--TT-TTGAAT--------TTCAGACCCGGTTCTT-T-GTACCCG--A-CC----C-GGTTTTT-------TGTA-TCCGAtcgaa
gi|20 : c--T-GTCT-GAAGT-TG-----CATATAACTT--C--------------------------C-GCGTTTTGTGT---CC----TAATCC-GC-GTT-CTT--GGTATCTTTC-AA-TAAGatac
gi|21 : gaatatctcgtA-AGTT--AAA-AAACTTCG-TTG-ATTT--CTC---A--GAAA-T----TTTGGGA--TAA------TAAAT-ATGGAAATCA---TGTAACTATTTGAT
gi|22 : CA--TT-TTAAAT--------C------------TTTGT-G--------T-CCGTCTC-GGTTCTT-------TGTA-TCCGA
gi|3 : tttgtaccTTATAAGATG--AT-T--TACCTT-GTCTTGAAGT-TG-----CATATCGCTT--C-------GT-T--CCAAA----TTC-C-GCGTTCTTTGTTATCC----AAATCC-GC-GTT-CTTTTGGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCGGTCTTT-TTTGTGGAC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-CCGTA-TGTTAT-AAAACTATATA-------------TTACTGA-GA-T-GTTAACA-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCT-A---TAC--TTAACTCG---TAT--TATAT-C--AT--------AGA-TTGG-TGCAA-AT---AA-ACT-T-A-A-CAA--AA-----AATTTAA--ATTC--G-GGAA-----TCTCA-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-ATAT------A-AGCAC---GT-A-AGTT--AAA-AAT--TCG-CTG-ATTT--CTC---C--GAAA-T----TTC-TGA--TGA------T-AAA-ACGG---TCG---T-GTAC-ATTTAATATCCACTTTCAAA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TGTTTAG-AAACCAAA--GCAC-ATTATTGA-------------TG-A------A-A-----A-TGAT-TG---TCA-A--TT--CATTTTC-TG---TGA-A-AACATC-GC-ATA-----G---GA----TCGCCGA--GAGT-G-AA--TA--ATA-----TACC--CAT----CCAAAACGGCG--TTGTTGAA---------T------------CTT-T-G--------A-CC----C--GTTCTTC------TG-A-TCCGGCCCGG-TTC--ATAGTATataccc
gi|4 : TTACTAATAATATGG-ATAT--TAC--T-GTCC-GAAAA-TG-----CATATCGCTT--C-------GT-TT-CCAAA----T-T-C-GCGTTCTTTGT-ATCC----AAATCCCGC-GTT-CTT--GGTATCTTTC-AGTTAAGGTTACCCGCG-TC--T-TTTGT--AC-CC---A-ATTTCCT----TCAC-TCGT--TGTTA--AAAACTATATA-------------TTA-TGA-GA-T-A-TAA-A-CT-G-CAA-GTTAA-A-GGCTAA---TCT--TTAA--CG---TAT-CTATATAT--AT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A-A-CAA--AA-----ATAATAA--ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTC-CT-TCGGTA-G-ATAT------A-AGCGG---GTAA-AGTT--GAA-AAA--TCG-TTG-ATTT--TTC---AAGAAAA-T----TTC-TGA--TAA------TAAAA-ACGG---TCG---TGGTAT-TTCTAATATCCACTTTC-AA-CACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCACGATTATTGT-------------T--G------A-------A-TGAT-TG-T-TTA-A--TT--CA-TTTC-T---TTAT-A-AACATC-GCTCTA-----G---AA----TAGCTGA--GAAT-G-AA--TATTATG-----TACC--CAT---CCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------T------------CTT-T-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCCGACCCGG-TTT--TTTGTATccgata
gi|5 : TTACTAATAATATGGGAT-T--TAC--T-GTCT-GAAGA-TG-----CATATCGCTT--C-------GT-T--TCAAA----T-T-C---------------------------CGC-GTTGCTT--GGTATCTTTCAAGTT-AGGTTACCCGCGGAC--T-TTTGTTAACGCC---A-ATT--CT----TCACGCCGTTGTGTTA--------ATAAA-------------ACA-TGA-GA-T-ACTAA-A-CT-GCCAA-GTTAATA-GGCTAA---TA---TTAA--CG---TAT--TATATATC-ATA-------AGATTTGG-TGTAATAT---GCGA-G-C-A-A-CGA--AA-----ATGATAA----TCAGG-G--A-----T-TCG------TCT--GT-TCAATA-GTATAT------ATCGCGGAGTGTAATAGTTTGAGATAAA--TAG-TTA-GTTT--TCC---A--GAAT-T----TTC-TGA--TAA------TGAAATATGG---TCG---T-GTAC-A-TTAATATCCACTTTC-AA-CACT--CAA-A--A-TG--TT-TG-TTAG-GA--AAAA--GCACGGTTATTGC-------------G--A------ATG-----A-TGAT-TG-T-TTA-ATTTT--CA-TTTC-TGA-TTAT-A-AACAT--GC-CT----------------TT----A--GAAT-A-TA--TATGTTG-----T-CC--CAT---TCCAAAACGGCG--TT-TTAAAT--------T------------C-T-G-G--------A-CC----C-GGTTCTT-------TGTA-TCAG-CCCGGTTTT--TTAGTAT
gi|6 : aT--TTGA--TG---TTTTCTATGT-T--AT--------AGA-ATGG-TGGAA-GT---AC-A-T-T-A-T-TAG--AA-----ATAA-----ATTC--G-G--A-----TCTCG-C----TCTT-CT-TCAGTA----TGC------T-AGCGA---GTAA-AGTT--AAA-AAC--TCG-TTG-ATTT--CTC---A--GAAA-CTTAATTC-TGA--TAA------C-AAA-GCGG---TCG---TG-------TGAAT----ACTTTC-AA-TACT--C-A-AC-A-T---CT-TG-TTAG-AA--CAAA--GTATAACTATAGCTAAGTCAGTTACTT--A------A-G-----A-TGAC-TG-A-TCA-A--TT--CA-TTTC-TG--CTGT-G-AACATC-GC-ATA-----C---GA----TCGCTGA--GAGT-G-AA--TA-CATG-----TA----CAT--------------G--TA-TTATGT--------A------------CTT-----------------------GTTTTTAAAAATCTGTG-TCCGACCCGG-TTC--TTAGTcgcgaatactcg
gi|7 : tttagaatacatattagggaaagtaattatttggagactaaaacttcatatCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---ACATTT-------TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGAAGA-A-C-TAATA-CCCA-CAT-GTTAA-----CTT----TGT--TC-----------T-TTATGTAT--TT--------AGA-TTAG-TGTAA-GT---AA-A-T-TTA-A-CAA--AACCAAGATAATCA--ATTC--G-G--A-----TCTTG-CCTTCTCTC-CTCTC---------------------CTA---GCAA---TT--AAA-CA--------TG-ATTT--CTC---A--GAAG-T----T-C-TGACCTAA------TAAAA--CAA---TC----TGTTAT-ATTTAATATC-ATTTTCTAA-CAGT--CCATA--A-TGTACT-CG-TTAG-AA--CAAA--GCATGATTATAGC-------------T--AT-----A-G-----ATTGATCCG-C-TCT-G--TT--C---TTC-TG--TTAT---AACATCAAC-ATG-----C---GA----TCGCCGA--GAGT-GAAA--TATTTTG-----TACT--TAT---C
gi|8 : --AAAACTATAAA-------------TTA-TGAAGA-CCA-TTA-A-CT-G-CAA-TTTAA-AAGGCTAAATATTT--TTAA--TA---TAT-TAATGTATCCAT--------AGA-TTGG-TGTAA-AT---GC-A-C-T-A---CAA--AA---------TGA--ATGG--G-G--A-----TTTTGGC----TCTC-CT-TCAGTAAG-ATAT------A-AGCCG---GTAA-AGTTG-AAA-AAA--TCG-TTG-TTTT--TTCCCAA--GAAA-T----TTC-TGT--TAA------TAAAA--CGT---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCACTTTC-AAACACT--C-A-A--A-T---TT-TG-TTAG-AG--CAAA--GCACCATTATTG----------------------------------------------------------------G--TTGT-A-AACATC-AC-TTA-----G---AA----TAGATGA--GAAT-G--A--TATTATG-----TACC--CAT---CC--AAACGGCGTTTT-TTAAATCAAGATTAT------------CTT-T-G--------A-CC----C-GGTTa
gi|9 : atCCGCGGTT--C-TTCGT--GT-CC---A-CATTCCT----TCAT-CCGT--TGTCAT-GAAAGTATAAA-------------TTA-TGA-GA-T-A-CAA-AACC-A-CAT-GTTAA-A-GCCTTA---TGT--T-----CT---TAT-GTAT---T--AT--------AGA-TTGG-TGGAA-GT---AT-A-T-T-A-A-CAA--AA-----CCAAAAACAATTC--G-G--A-----TCTTG-C----TCTC-CT-TCAGTA-G-A-------------------------ATT--AAA-------CA-TTG-ATTT--CTC---A--GAAA-G----TTC-TGA--TAA------TAAAA--CAA---TCG---TG-TAC-ATTTAATATCCATTTTC-AA-CAGT--C-A-A--AAT---GT-TG-TTAG-AA--CAAA--GCATGATTATAGC-------------T--A------A-G-----A-TGAT-CG-C-TCT-G--TT--CA-TTTC-TG--TTAT---AACATC-AC-ATG-----C---GA----TCGCCGA--GAGT-G-AA--TATTTTG-----TACT--TAT---CACA