lowQualScore : 1111111 1
lowQualScore : 2 2 2 2 2 2 5555 444 2 8888888 5 3 5 3
lowQualScore : . . . . . . .... ... . ....... . . . .
lowQualScore : 5 5 4 4 4 4 0000 444 5 1111111 7 1 0 1
consensus : NGGATG-ATGA-TACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCA---AT-ACCTTTCCAACGGTA------TAAACACGAG-CCTT-CAGCTCT
Reference ( gi|12 ) : CGGATG-ATGA-TACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCA---AT-ACCTTTCCAACGGTG------TAAACATGAG-CGTT-CAGCTCT
gi|9 : GGATG-ACGA-TACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCA---AT-ACTTTCCCAACGGTA------TAAATACGAG-CCTT-CAGATC
gi|7 : cctGGATA-CTGA-TACTT-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCA---AT-ATCTTCCCAACGGTA------TAAACACGAA-CCTT-CAGCTCT
gi|13 : tGGATG-ATGA-TACTC-TT-G-AATAGT-TTTA----TTCA---GT-GCTTTTCCAATGGTA------TAAACATGAG-CCTT-TAGCat
gi|10 : GGATG-ATGA-TACTC-TT-G-AATAGC-CCTA----TCCA---AT-GCCTTTCCAACAGTA------GAGACACGAG-TCTT-CAGCTCcac
gi|5 : tGGATT-ATGA-TACTC-TT-T-AATGTC-TCTAGCTATTCA---AT-ACCTTTCCAACAGTA------TAAATACGAG-CCCT-CAGCTCca
gi|2 : tGGATG-ATGA-TACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCA---AT-ACTTTTCAAACAGTA------TAAACA
gi|8 : tcatGGATG-ATGA-TACTC-TTTG-AATAGT-TCTT----TTCA---AT-ACTTTTCGAACGGTA------TCAACAAAAG-CTTT-CACCTCcatttcctctgttcgata
gi|4 : tGGATG-ATGATTACTC--T-G-AATGGC-TCTA----TTTAAATAT-ACCTTT-CAACAGTA------TAAATACGAG-CCTT-CATCTCca
gi|14 : tGGATACATG--TACTC-TT-G-AATATC-CCTA----TTCA---AT-ACCTTTCCAACGTTA------TAAATACGAA-CCTT-cac
gi|11 : gtGGCTG-GTGA-TACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCA---AT-TCTTTTCAAACAGTA------TAATCACAAG-TCTT-CGGCT
gi|1 : GGATG-ATGA-TACTCATT-G-AAAAGCCTCTA----TTCA---AT-ACTTTTCAAACAGTGCATTTATAAACACAAG-CCTTAAAGCTCaca
gi|17 : GAATG-ATGA-TACTC-TT-G-AATAAC-TCTT----TTCA---AT-GCCTaca
gi|18 : cgtGGATG-ATGA-TACGC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTC
gi|16 : attttgtGGATG-A-GA-TACTA-TT-GTAAAAGC-TCTA----TTC----AC-A-CTTTCAAACGGT
gi|6 : tGATG-ATGA-CATTC-TA-G-AATAGC-TCTA----CCCA---AT-ACCTTTCCAACAGTA------TAAACACGAG-TCTT-CAGaatacac
gi|15 : taG-ATGA-TAC---------AT-GT-ACCA----TTGA---AT-AGCTTTCCAACGGTA------TAAACACGAG-GTTT-CAGCTCtcccaca
gi|3 : TC-TT-G-AATAGC-TCTG----TTCA---ATAACCTTTCCAATGGTATTT---TAAGCACAAGCCTTT-CAGCTcaca
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 2 4444 444 2 0 777777 444 2 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... . . ...... ... . .
lowQualScore : 4 4 2 2 2 2 7777 111 4 9 222222 444 9 9
consensus : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
Reference ( family-952 ) : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
gi|1 : GGATG-ATGAT-ACTCATT-G-AAAAGCCTCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAGTGCATTTA---TAAACACAAGCC-TTAAAGCTC
gi|10 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-CCTA----TCCAA---T-GCCTTTCCAACAG------TA---GAGACACGAGTC-TT-CAGCTCaca
gi|11 : tGGCTG-GTGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-TCTTTTCAAACAG------TA---TAATCACAAGTC-TT-CGGCTca
gi|12 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TG---TAAACATGAGCG-TT-CAGCTCTaca
gi|13 : cGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGT-TTTA----TTCAG---T-GCTTTTCCAATGG------TA---TAAACATGAGCC-TT-TAGC
gi|14 : GGATACATG-T-ACTC-TT-G-AATATC-CCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGT------TA---TAAATACGAACC-TT-cac
gi|15 : gtG-ATGAT-AC---------AT-GT-ACCA----TTGAA---T-AGCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGGT-TT-CAGCTC
gi|16 : GGATG-A-GAT-ACTA-TT-GTAAAAGC-TCTA----TTC-A---C-A-CTTTCAAACGG------TA----ATACACcaca
gi|17 : tGAATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAAC-TCTT----TTCAA---T-GCCT
gi|18 : cgtGGATG-ATGAT-ACGC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTC
gi|2 : attttgtGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAG------TA---TAAACAC
gi|3 : tcatTC-TT-G-AATAGC-TCTG----TTCAA---TAACCTTTCCAATGG------TATTTTAAGCACAAGCCTTT-CAGCTatttcctctgttcgata
gi|4 : ttgtacttGGATG-ATGATTACTC-T--G-AATGGC-TCTA----TTTAAATAT-ACCTTTC-AACAG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CATCTCtccatat
gi|5 : tGGATT-ATGAT-ACTC-TT-T-AATGTC-TCTAGCTATTCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAATACGAGCC-CT-CAGCTCcac
gi|6 : tGATG-ATGAC-ATTC-TA-G-AATAGC-TCTA----CCCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAACACGAGTC-TT-CAG
gi|7 : taGGATA-CTGAT-ACTT-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ATCTTCCCAACGG------TA---TAAACACGAACC-TT-CAGCTCTtcccaca
gi|8 : tGGATG-ATGAT-ACTC-TTTG-AATAGT-TCTT----TTCAA---T-ACTTTTCGAACGG------TA---TCAACAAAAGCT-TT-CACCTCat
gi|9 : tGGATG-ACGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTCCCAACGG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CAGATCca
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 2 4444 444 2 0 777777 444 2 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... . . ...... ... . .
lowQualScore : 4 4 2 2 2 2 7777 111 4 9 222222 444 9 9
consensus : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
Reference ( family-952 ) : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
gi|1 : GGATG-ATGAT-ACTCATT-G-AAAAGCCTCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAGTGCATTTA---TAAACACAAGCC-TTAAAGCTC
gi|10 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-CCTA----TCCAA---T-GCCTTTCCAACAG------TA---GAGACACGAGTC-TT-CAGCTCaca
gi|11 : tGGCTG-GTGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-TCTTTTCAAACAG------TA---TAATCACAAGTC-TT-CGGCTca
gi|12 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TG---TAAACATGAGCG-TT-CAGCTCTaca
gi|13 : cGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGT-TTTA----TTCAG---T-GCTTTTCCAATGG------TA---TAAACATGAGCC-TT-TAGC
gi|14 : GGATACATG-T-ACTC-TT-G-AATATC-CCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGT------TA---TAAATACGAACC-TT-cac
gi|15 : gtG-ATGAT-AC---------AT-GT-ACCA----TTGAA---T-AGCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGGT-TT-CAGCTC
gi|16 : GGATG-A-GAT-ACTA-TT-GTAAAAGC-TCTA----TTC-A---C-A-CTTTCAAACGG------TA----ATACACcaca
gi|17 : tGAATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAAC-TCTT----TTCAA---T-GCCT
gi|18 : cgtGGATG-ATGAT-ACGC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTC
gi|2 : attttgtGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAG------TA---TAAACAC
gi|3 : tcatTC-TT-G-AATAGC-TCTG----TTCAA---TAACCTTTCCAATGG------TATTTTAAGCACAAGCCTTT-CAGCTatttcctctgttcgata
gi|4 : ttgtacttGGATG-ATGATTACTC-T--G-AATGGC-TCTA----TTTAAATAT-ACCTTTC-AACAG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CATCTCtccatat
gi|5 : tGGATT-ATGAT-ACTC-TT-T-AATGTC-TCTAGCTATTCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAATACGAGCC-CT-CAGCTCcac
gi|6 : tGATG-ATGAC-ATTC-TA-G-AATAGC-TCTA----CCCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAACACGAGTC-TT-CAG
gi|7 : taGGATA-CTGAT-ACTT-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ATCTTCCCAACGG------TA---TAAACACGAACC-TT-CAGCTCTtcccaca
gi|8 : tGGATG-ATGAT-ACTC-TTTG-AATAGT-TCTT----TTCAA---T-ACTTTTCGAACGG------TA---TCAACAAAAGCT-TT-CACCTCat
gi|9 : tGGATG-ACGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTCCCAACGG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CAGATCca
blockSeqs : C T . T T . GCTA ATA A . TTT T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ******
originalCons : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
finalCons : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 2 4444 444 2 0 777777 444 2 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... . . ...... ... . .
lowQualScore : 4 4 2 2 2 2 7777 111 4 9 222222 444 9 9
consensus : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
Reference ( family-952 ) : NGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGCC-TT-CAGCTCT
gi|1 : GGATG-ATGAT-ACTCATT-G-AAAAGCCTCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAGTGCATTTA---TAAACACAAGCC-TTAAAGCTC
gi|10 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-CCTA----TCCAA---T-GCCTTTCCAACAG------TA---GAGACACGAGTC-TT-CAGCTCaca
gi|11 : tGGCTG-GTGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-TCTTTTCAAACAG------TA---TAATCACAAGTC-TT-CGGCTca
gi|12 : GGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGG------TG---TAAACATGAGCG-TT-CAGCTCTaca
gi|13 : cGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAGT-TTTA----TTCAG---T-GCTTTTCCAATGG------TA---TAAACATGAGCC-TT-TAGC
gi|14 : GGATACATG-T-ACTC-TT-G-AATATC-CCTA----TTCAA---T-ACCTTTCCAACGT------TA---TAAATACGAACC-TT-cac
gi|15 : gtG-ATGAT-AC---------AT-GT-ACCA----TTGAA---T-AGCTTTCCAACGG------TA---TAAACACGAGGT-TT-CAGCTC
gi|16 : GGATG-A-GAT-ACTA-TT-GTAAAAGC-TCTA----TTC-A---C-A-CTTTCAAACGG------TA----ATACACcaca
gi|17 : tGAATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AATAAC-TCTT----TTCAA---T-GCCT
gi|18 : cgtGGATG-ATGAT-ACGC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTC
gi|2 : attttgtGGATG-ATGAT-ACTC-TT-G-AAAAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTTCAAACAG------TA---TAAACAC
gi|3 : tcatTC-TT-G-AATAGC-TCTG----TTCAA---TAACCTTTCCAATGG------TATTTTAAGCACAAGCCTTT-CAGCTatttcctctgttcgata
gi|4 : ttgtacttGGATG-ATGATTACTC-T--G-AATGGC-TCTA----TTTAAATAT-ACCTTTC-AACAG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CATCTCtccatat
gi|5 : tGGATT-ATGAT-ACTC-TT-T-AATGTC-TCTAGCTATTCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAATACGAGCC-CT-CAGCTCcac
gi|6 : tGATG-ATGAC-ATTC-TA-G-AATAGC-TCTA----CCCAA---T-ACCTTTCCAACAG------TA---TAAACACGAGTC-TT-CAG
gi|7 : taGGATA-CTGAT-ACTT-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ATCTTCCCAACGG------TA---TAAACACGAACC-TT-CAGCTCTtcccaca
gi|8 : tGGATG-ATGAT-ACTC-TTTG-AATAGT-TCTT----TTCAA---T-ACTTTTCGAACGG------TA---TCAACAAAAGCT-TT-CACCTCat
gi|9 : tGGATG-ACGAT-ACTC-TT-G-AATAGC-TCTA----TTCAA---T-ACTTTCCCAACGG------TA---TAAATACGAGCC-TT-CAGATCca