lowQualScore : 333333333 33333333333333333333 1 1 11111 222222222222222222222222 11111 444444444444444 2222 44444444444444
lowQualScore : 222222222 2 6666 66 22222222222222222222 66 0 5 2 2 33 33 2 3 3 3 88 3 666 2 0 4 4 22222 000000000000000000000000 5 44444 1 666666666666666 6 0000 2 6 44444444444444 3
lowQualScore : ......... . .... .. .................... .. . . . . .. .. . . . . .. . ... . . . . ..... ........................ . ..... . ............... . .... . . .............. .
lowQualScore : 666666666 9 5555 33 77777777777777777777 33 0 0 5 5 44 77 9 3 3 3 55 6 444 0 4 0 4 00000 777777777777777777777777 7 99999 1 666666666666666 7 8888 5 7 33333333333333 5
consensus : TAGAATA--GAAT---A-AGATTT-A--TTT--AAAGTCGG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-CGAC---ATCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAA--------A-TGA----TAGGAAAT-------------A-AA-AACT----AAGC-AT-------G-----CATACATACAAAAT
Reference ( gi|7 ) : TAGAATA--AAA----A-AGATTT-A--TTT--AAAGTCGGCTA-TGC---------GCGTGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-CGAC---ATCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAA--------A-TGA----CAAGAAAT-------------A-AA-AACT----AAGC-AT-------G-----TATACATATAAAATGGA
gi|9 : TAGAATA--GAAT---G-AGATTG-A--TTT--AAAGTCGA-TA-TGC---------ACATGC--TAC-AA-TA-C-AAC--ACA--TGCT-CCAGAGA-GC-TT-TC-GAC-CGAC---ATCAC-T-AA----CATATAT-ATG-TACCAGTAAA--------A-TGA----CAAGAAAT-------------A-A
gi|3 : TAGAATA--GAATG--A-AGATTC-A--TTTT-AAAGTCGGCTA--GA---------AATTGT--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC--CCAGAGA-GTATT-TT-GAC-CGAC---ATCAA-T-AA-------AAATGACA-TA--GAC--A--------A-T--------AGAAAA-------------A-AACAACT----AA-C-A--------------TACACATACAAA
gi|5 : TAGAATA--GA--------GATTT-AATTTT--AAAGTCGG-TACTGCCACTAAGAAGCAAGC--AA--AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT--CAGAGA-GCTTT-TT-AACACGACAAGATCGA-T-AAAGCCTATAAA--ACACAA--AAAAAA--------A-TGATATGTAGGAAATA------------A-AA-AACTAAGCAAGC-AT-------G-----CATGCATACAAAcgaataaagcgaaacacaaggtatttattaaactaatcacaatgtaacaacacacgattgtagatatac
gi|19 : atagagaTAGAATA--GAAT---A-AGATTT-A--TTT--AAAGTTGG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCtaaaaag
gi|14 : aaTAGAATA--GAAT---A-AGATTT-A--TTG--AAAGTCCGGTA-TGC---------AAAAGCTAAAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GT-TT-TT-
gi|10 : aaTAGAATAGGAAT----A-AGTTTT-A--TGT--AAAGTCGGTTA-TGC---------ACATGT--AATAAA-CA-C-AACATACG--AAGT-CCAGAGA-GCTTT-TT-GAC-TGAC---A-CAA-C-A
gi|16 : aTAGAATA--AGA----A-A--TTT-A--TTT--AAAGTCGG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGActaagaaagcagtcgcacaagacaa
gi|4 : agaaTAGAATA--TAAGAATA-AGATTT-AT-TTT--AAGGTCGG-TA-TGCA--------AAACGC--AACAAA-TA-C-AA---ACAATAGCT-CCAGAGATGC-TT-TTAAAC-CGAC-----CGA-TGAA----CATAAAG-ACA-AA--CACAAAGTGTTTTTA-TGA----TATTGAAT-------------AGAA-GACTA---AAGCGAT-------------CATGCATACAAAAT
gi|18 : TAGAATA--TATT---A-AGATTT-A--TTT--AAAGTCG--TAGTGC---------ACATGTA-AAC-AA-CA-CAAAC--ACA--AGCT-aaaagataaagcaacaata
gi|12 : aaGAATAGGAAT----A-AGATTTCA--TTTTTAAAGTCGG-TA-TGC---------ACATGT--A-T-AA-CA-C-AAC--ACA--AGCTCCCAGAGA-GC-TTGTT-GAC-TGAC---ATC-A-T-AA----GAT
gi|6 : GAATA--GAAT---ATACATTT-A--TT----AAATCGG-TA--GT---------GCAAGC--AAC-AAATATC-AAC--ACA--GGCT-CCAGAGA-GC---------------------AA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAA--------AATGA----TAGGAAATGAATTGAAAACAAA-AA-AACT----AAGC-ATGGCCATGG-----CATACAAATAAAAgcagtctgcacaaga
gi|1 : tAATA--GAA----T-AGATT--A--TTT--AAAGTCGG--A-TGCCAA------ACA-GC--AAC-AA-TA-C-AAC--AC---AGC--CCAGAGA-GT-TT-TTAAAC-CGAC---AGCGATT-AA----CATAAA--ACA-AA--ACAAAA--------A-TGA----TAGGAAATA------------A-AA-AACT----AATC-AT-------GCATTCCATACA-ATAAAAaga
gi|17 : a--AAT----A-AGATGC----TTT--AAAGTAGA-TA-TGC---------ACATGC--AGC-AA-TA-C-AAC--gataaagaacaacaaagcggaatgtattaaactatccaggtatcaacacagaactggtcagatatacaggcacagacaagcactcaatatggtacaatttcaaagatgttaattaagcactaaaagtaggata
gi|15 : aatagaataataataattttat-AGATAT----TTT--AAAGTCGG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GCTTT-TT-AAC-TGAC---AT
gi|2 : TTT-A--TTT--AAAGTCGG-TA-TGC---------AAATGC--AAC-AT-TC-C-AAT--AAA--AGAT-CCACAGA-GA-TT-TA-TCC-CGAC---ATCAT-T-AA----CATGAA--AT--------TAAA--------A-TGA----CGAGAAAT---------------AA-AACG----AAGT-AT-------G-----CAGACATATGAAATgccagat
gi|21 : tg-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGCGA-GC-TT-TT-AAC-CGAC---ATGAA-cataaaccaacaccaaacgatgaaattactaaagtataaccaaaaaaaataacacagactgtcggatatacttgacacagacattcacttatatatatgtggtaccaagatgttgcaaatcactaaaaatgtggtaaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCAGATTCACAAGGTAATAACACAGACTATCAGATATACTAGGCGCAGACAAGCACTAATTTAAAGATGTTGCAAAGCACTAAAAGTATT
Unaligned ( gi|11 ): TTGTCCAAGACACCACTAACATAAAATTAAAGCAAAATGATACTAAATAAAACAAAGTATGCTGACATTTGAAATAAAGCGATAAGATTACTAACGAATAGAAGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGACTGTCAGATATACTTGGCACAGAAAAGCGCTTATTTGGAATCAAGATGTTGTAAAGCACTAAAGGCATATGGTAAATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): AAAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCACAAGGTAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111111 11111 333333333333333 1111 1111
lowQualScore : 3 555 5 2 5 33 2 55 55 2 7 5 666666666 3 55 7 7 2 2 33 33 2 3 9 2 8 3 44 555 777 4 8888 55 55 777777 66666666 00000 555555555555555 5 5555 5 66 0000
lowQualScore : . ... . . . .. . .. .. . . . ......... . .. . . . . .. .. . . . . . . .. ... ... . .... .. .. ...... ........ ..... ............... . .... . .. ....
lowQualScore : 1 000 7 9 3 44 5 99 99 5 5 0 999999999 1 99 1 1 4 4 22 44 7 1 2 9 6 1 22 444 000 0 5555 00 44 333333 11111111 33333 222222222222222 0 6666 0 99 4444
consensus : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-GCATACGAAAT
Reference ( family-9059 ) : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-ACATACAAAAT
gi|1 : A-ATA---G-AAT-A--GA--TT--A--TTT--AAAGTC-GG--A-TGCCAA------ACA-GC--AAC-AA-TA-C-AAC--AC---AGC--CCAGAGA-GT-TT-TTAAAC-C--GACA---GCGATT-AA----CATAAA--ACA-AA--ACA-AAA--------ATGATA----GGAAATA------------A-AAA-ACT----AATC-ATG--CATT-CCATACAA
gi|10 : aTAGA-ATA---GGAAT-A-AGT--TTT-A--TGT--AAAGTC-GGTTA-TGC---------ACATGT--AATAAA-CA-C-AACATACG--AAGT-CCAGAGA-GCTTT-TT-GAC-T--GACA---taaaagataaagaacaacaaagcggaatgtattaaactatccaggtatcaacacagaactggtcagatatacaggcacagacaagcactcaatatggtacaatttcaaagatgttaattaagcactaaaagtaggata
gi|11 : a-TT-GTC-CAAGACA---CCAC-T-AA----CATAAA--ATT-AA--AGC-AAA--------ATGATA----CTAAAT---------------AAA-ACA----AAGT-ATG--CT-G-ACATTTGAAATcaacactaagaaagcagtcgcacaagacaa
gi|12 : GA-ATA---GGAAT-A-AGA--TTTCA--TTTTTAAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGT---AT-AA-CA-C-AAC--ACA--AGCTCCCAGAGA-GC-TTGTT-GAC-T--GACA---TC-A-T-AA----GATaaagcgataagattactaacgaatagaagaaa
gi|14 : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTG--AAAGTCCGG-TA-TGC---------AAAAGCTAAAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GT-TT-TT-gcagtctgcacaaga
gi|15 : aa-AGA--TAT----TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GCTTT-TT-AAC-T--GACA---T
gi|16 : AGA-ATA---G-AAT-A-AGAAATTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAgccagat
gi|17 : TA---T-AAT-A-AGA--TGC----TTT--AAAGTA-GA-TA-TGC---------ACATGC--AGC-AA-TA-C-AAC--
gi|18 : aatagaataataataatttTAGA-ATA---T-ATT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC--G-TAGTGC---------ACATGTA-AAC-AA-CA-CAAAC--ACA--AGCT-
gi|19 : aaTAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTT-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC
gi|2 : aa--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAATGC--AAC-AT-TC-C-AAT--AAA--AGAT-CCACAGA-GA-TT-TA-TCC-C--GACA---TCAT-T-AA----CATGAA--AT--------T-AAA--------ATGACG----AGAAAT---------------AAA-ACG----AAGT-ATG--CA-G-ACATATGAAAT
gi|21 : tg-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGCGA-GC-TT-TT-AAC-C--GACA---Tcataaaccaacaccaaacgatgaaattactaaagtataaccaaaaaaaataacacagactgtcggatatacttgacacagacattcacttatatatatgtggtaccaagatgttgcaaatcactaaaaatgtggtaaat
gi|3 : caTAGA-ATA---G-AATGA-AGA--TTC-A--TTTT-AAAGTC-GGCTA--GA---------AATTGT--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC--CCAGAGA-GTATT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA-------AAATGACA-TA--GAC-A-------------ATA----GAAAAA-------------A-ACA-ACT----AA-C-ATA--C----ACATACAAAgaag
gi|4 : TAGA-ATATAAG-AAT-A-AGA--TTT-AT-TTT--AAGGTC-GG-TA-TGCA--------AAACGC--AACAAA-TA-C-AA---ACAATAGCT-CCAGAGATGC-TT-TTAAAC-C--GAC-----CGA-TGAA----CATAAAG-ACA-AA--CAC-AAAGTGTTTTTATGATA----TTGAAT-------------AGAAG-ACTA---AAGCGAT---CA-T-GCATACAAAATcgaataaagcgaaacacaaggtatttattaaactaatcacaatgtaacaacacacgattgtagatatac
gi|5 : TAGAGATA---G-AAT-AGAGA--TTT-AATTTT--AAAGTC-GG-TACTGCCACTAAGAAGCAAGC--AA--AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-C-AGAGA-GC-TT-TTTAACAC--GACAAGATCGA-T-AAAGCCTATAAA--ACACAA--AAA-AAA--------ATGATATGTAGGAAAT-------------A-AAAAACTAAGCAAGC-ATG--CA-T-GCATACAAAaaaagataaagcaacaata
gi|6 : aGA-ATA---G-AAT-ATACA--TTT-A--TT----AAATC-GG-TA--GT---------GCAAGC--AAC-AAATATC-AAC--ACA--GGCT-CCAGAGA-GC-----------------------AA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAAA--------ATGATA----GGAAATGAATTGAAAACAAA-AAA-ACT----AAGC-ATGGCCA-TGGCATACAAAtaaaaag
gi|7 : tTAGA-ATA---A-AA--A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GGCTA-TGC---------GCGTGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--TA-T-ACATATAAAATtaaaaaga
gi|9 : TAGA-ATA---G-AAT-G-AGA--TTG-A--TTT--AAAGTC-GA-TA-TGC---------ACATGC--TAC-AA-TA-C-AAC--ACA--TGCT-CCAGAGA-GC-TT-TC-GAC-C--GACA---TCAC-T-AA----CATATAT-ATG-TACCAGT-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-Agga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCAGATTCACAAGGTAATAACACAGACTATCAGATATACTAGGCGCAGACAAGCACTAATTTAAAGATGTTGCAAAGCACTAAAAGTATT
Unaligned ( gi|13 ): AGACTGTCAGATATACTTGGCACAGAAAAGCGCTTATTTGGAATCAAGATGTTGTAAAGCACTAAAGGCATATGGTAAATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): AAAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCACAAGGTAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111111 11111 333333333333333 1111 11111
lowQualScore : 3 555 5 2 5 33 2 55 55 2 7 5 666666666 3 55 7 7 2 2 33 33 2 3 9 2 8 3 44 555 777 4 8888 55 55 777777 66666666 00000 555555555555555 5 5555 5 66 55555 2
lowQualScore : . ... . . . .. . .. .. . . . ......... . .. . . . . .. .. . . . . . . .. ... ... . .... .. .. ...... ........ ..... ............... . .... . .. ..... .
lowQualScore : 1 000 7 9 3 44 5 99 99 5 5 0 999999999 1 99 1 1 4 4 22 44 7 1 2 9 6 1 22 444 000 0 5555 00 44 333333 11111111 33333 222222222222222 0 6666 0 99 44444 0
consensus : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
Reference ( family-9059 ) : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
gi|1 : A-ATA---G-AAT-A--GA--TT--A--TTT--AAAGTC-GG--A-TGCCAA------ACA-GC--AAC-AA-TA-C-AAC--AC---AGC--CCAGAGA-GT-TT-TTAAAC-C--GACA---GCGATT-AA----CATAAA--ACA-AA--ACA-AAA--------ATGATA----GGAAATA------------A-AAA-ACT----AATC-ATG--CATT-C-CATACA
gi|10 : aTAGA-ATA---GGAAT-A-AGT--TTT-A--TGT--AAAGTC-GGTTA-TGC---------ACATGT--AATAAA-CA-C-AACATACG--AAGT-CCAGAGA-GCTTT-TT-GAC-T--GACA---taaaagataaagaacaacaaagcggaatgtattaaactatccaggtatcaacacagaactggtcagatatacaggcacagacaagcactcaatatggtacaatttcaaagatgttaattaagcactaaaagtaggata
gi|11 : a-TT-GTC-CAAGACA---CCAC-T-AA----CATAAA--ATT-AA--AGC-AAA--------ATGATA----CTAAAT---------------AAA-ACA----AAGT-ATG--C--T-GACATTTGAAATcaacactaagaaagcagtcgcacaagacaa
gi|12 : GA-ATA---GGAAT-A-AGA--TTTCA--TTTTTAAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGT---AT-AA-CA-C-AAC--ACA--AGCTCCCAGAGA-GC-TTGTT-GAC-T--GACA---TC-A-T-AA----GATaaagcgataagattactaacgaatagaagaaa
gi|14 : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTG--AAAGTCCGG-TA-TGC---------AAAAGCTAAAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GT-TT-TT-gcagtctgcacaaga
gi|15 : aa-AGA--TAT----TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GCTTT-TT-AAC-T--GACA---T
gi|16 : AGA-ATA---G-AAT-A-AGAAATTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAgccagat
gi|17 : TA---T-AAT-A-AGA--TGC----TTT--AAAGTA-GA-TA-TGC---------ACATGC--AGC-AA-TA-C-AAC--
gi|18 : aatagaataataataatttTAGA-ATA---T-ATT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC--G-TAGTGC---------ACATGTA-AAC-AA-CA-CAAAC--ACA--AGCT-
gi|19 : aaTAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTT-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC
gi|2 : aa--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAATGC--AAC-AT-TC-C-AAT--AAA--AGAT-CCACAGA-GA-TT-TA-TCC-C--GACA---TCAT-T-AA----CATGAA--AT--------T-AAA--------ATGACG----AGAAAT---------------AAA-ACG----AAGT-ATG--CA-G-A-CATATGAAAT
gi|21 : tg-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGCGA-GC-TT-TT-AAC-C--GACA---Tcataaaccaacaccaaacgatgaaattactaaagtataaccaaaaaaaataacacagactgtcggatatacttgacacagacattcacttatatatatgtggtaccaagatgttgcaaatcactaaaaatgtggtaaat
gi|3 : caTAGA-ATA---G-AATGA-AGA--TTC-A--TTTT-AAAGTC-GGCTA--GA---------AATTGT--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC--CCAGAGA-GTATT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA-------AAATGACA-TA--GAC-A-------------ATA----GAAAAA-------------A-ACA-ACT----AA-C-ATA--CA-----CATACAAAgaag
gi|4 : TAGA-ATATAAG-AAT-A-AGA--TTT-AT-TTT--AAGGTC-GG-TA-TGCA--------AAACGC--AACAAA-TA-C-AA---ACAATAGCT-CCAGAGATGC-TT-TTAAAC-C--GAC-----CGA-TGAA----CATAAAG-ACA-AA--CAC-AAAGTGTTTTTATGATA----TTGAAT-------------AGAAG-ACTA---AAGCGAT---CA-T-G-CATACAAAATcgaataaagcgaaacacaaggtatttattaaactaatcacaatgtaacaacacacgattgtagatatac
gi|5 : TAGAGATA---G-AAT-AGAGA--TTT-AATTTT--AAAGTC-GG-TACTGCCACTAAGAAGCAAGC--AA--AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-C-AGAGA-GC-TT-TTTAACAC--GACAAGATCGA-T-AAAGCCTATAAA--ACACAA--AAA-AAA--------ATGATATGTAGGAAAT-------------A-AAAAACTAAGCAAGC-ATG--CA-T-G-CATACAAAaaaagataaagcaacaata
gi|6 : aGA-ATA---G-AAT-ATACA--TTT-A--TT----AAATC-GG-TA--GT---------GCAAGC--AAC-AAATATC-AAC--ACA--GGCT-CCAGAGA-GC-----------------------AA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAAA--------ATGATA----GGAAATGAATTGAAAACAAA-AAA-ACT----AAGC-ATGGCCA-TGG-CATACAAAtaaaaag
gi|7 : tTAGA-ATA---A-AA--A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GGCTA-TGC---------GCGTGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--TA-T-A-CATATAAAATtaaaaaga
gi|9 : TAGA-ATA---G-AAT-G-AGA--TTG-A--TTT--AAAGTC-GA-TA-TGC---------ACATGC--TAC-AA-TA-C-AAC--ACA--TGCT-CCAGAGA-GC-TT-TC-GAC-C--GACA---TCAC-T-AA----CATATAT-ATG-TACCAGT-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-Agga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCAGATTCACAAGGTAATAACACAGACTATCAGATATACTAGGCGCAGACAAGCACTAATTTAAAGATGTTGCAAAGCACTAAAAGTATT
Unaligned ( gi|13 ): AGACTGTCAGATATACTTGGCACAGAAAAGCGCTTATTTGGAATCAAGATGTTGTAAAGCACTAAAGGCATATGGTAAATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): AAAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCACAAGGTAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111111 11111 333333333333333 1111 11111
lowQualScore : 3 555 5 2 5 33 2 55 55 2 7 5 666666666 3 55 7 7 2 2 33 33 2 3 9 2 8 3 44 555 777 4 8888 55 55 777777 66666666 00000 555555555555555 5 5555 5 66 55555 2
lowQualScore : . ... . . . .. . .. .. . . . ......... . .. . . . . .. .. . . . . . . .. ... ... . .... .. .. ...... ........ ..... ............... . .... . .. ..... .
lowQualScore : 1 000 7 9 3 44 5 99 99 5 5 0 999999999 1 99 1 1 4 4 22 44 7 1 2 9 6 1 22 444 000 0 5555 00 44 333333 11111111 33333 222222222222222 0 6666 0 99 44444 0
consensus : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
Reference ( family-9059 ) : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
gi|1 : A-ATA---G-AAT-A--GA--TT--A--TTT--AAAGTC-GG--A-TGCCAA------ACA-GC--AAC-AA-TA-C-AAC--AC---AGC--CCAGAGA-GT-TT-TTAAAC-C--GACA---GCGATT-AA----CATAAA--ACA-AA--ACA-AAA--------ATGATA----GGAAATA------------A-AAA-ACT----AATC-ATG--CATT-C-CATACA
gi|10 : aTAGA-ATA---GGAAT-A-AGT--TTT-A--TGT--AAAGTC-GGTTA-TGC---------ACATGT--AATAAA-CA-C-AACATACG--AAGT-CCAGAGA-GCTTT-TT-GAC-T--GACA---taaaagataaagaacaacaaagcggaatgtattaaactatccaggtatcaacacagaactggtcagatatacaggcacagacaagcactcaatatggtacaatttcaaagatgttaattaagcactaaaagtaggata
gi|11 : a-TT-GTC-CAAGACA---CCAC-T-AA----CATAAA--ATT-AA--AGC-AAA--------ATGATA----CTAAAT---------------AAA-ACA----AAGT-ATG--C--T-GACATTTGAAATcaacactaagaaagcagtcgcacaagacaa
gi|12 : GA-ATA---GGAAT-A-AGA--TTTCA--TTTTTAAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGT---AT-AA-CA-C-AAC--ACA--AGCTCCCAGAGA-GC-TTGTT-GAC-T--GACA---TC-A-T-AA----GATaaagcgataagattactaacgaatagaagaaa
gi|14 : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTG--AAAGTCCGG-TA-TGC---------AAAAGCTAAAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GT-TT-TT-gcagtctgcacaaga
gi|15 : aa-AGA--TAT----TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GCTTT-TT-AAC-T--GACA---T
gi|16 : AGA-ATA---G-AAT-A-AGAAATTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAgccagat
gi|17 : TA---T-AAT-A-AGA--TGC----TTT--AAAGTA-GA-TA-TGC---------ACATGC--AGC-AA-TA-C-AAC--
gi|18 : aatagaataataataatttTAGA-ATA---T-ATT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC--G-TAGTGC---------ACATGTA-AAC-AA-CA-CAAAC--ACA--AGCT-
gi|19 : aaTAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTT-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC
gi|2 : aa--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAATGC--AAC-AT-TC-C-AAT--AAA--AGAT-CCACAGA-GA-TT-TA-TCC-C--GACA---TCAT-T-AA----CATGAA--AT--------T-AAA--------ATGACG----AGAAAT---------------AAA-ACG----AAGT-ATG--CA-G-A-CATATGAAAT
gi|21 : tg-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGCGA-GC-TT-TT-AAC-C--GACA---Tcataaaccaacaccaaacgatgaaattactaaagtataaccaaaaaaaataacacagactgtcggatatacttgacacagacattcacttatatatatgtggtaccaagatgttgcaaatcactaaaaatgtggtaaat
gi|3 : caTAGA-ATA---G-AATGA-AGA--TTC-A--TTTT-AAAGTC-GGCTA--GA---------AATTGT--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC--CCAGAGA-GTATT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA-------AAATGACA-TA--GAC-A-------------ATA----GAAAAA-------------A-ACA-ACT----AA-C-ATA--CA-----CATACAAAgaag
gi|4 : TAGA-ATATAAG-AAT-A-AGA--TTT-AT-TTT--AAGGTC-GG-TA-TGCA--------AAACGC--AACAAA-TA-C-AA---ACAATAGCT-CCAGAGATGC-TT-TTAAAC-C--GAC-----CGA-TGAA----CATAAAG-ACA-AA--CAC-AAAGTGTTTTTATGATA----TTGAAT-------------AGAAG-ACTA---AAGCGAT---CA-T-G-CATACAAAATcgaataaagcgaaacacaaggtatttattaaactaatcacaatgtaacaacacacgattgtagatatac
gi|5 : TAGAGATA---G-AAT-AGAGA--TTT-AATTTT--AAAGTC-GG-TACTGCCACTAAGAAGCAAGC--AA--AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-C-AGAGA-GC-TT-TTTAACAC--GACAAGATCGA-T-AAAGCCTATAAA--ACACAA--AAA-AAA--------ATGATATGTAGGAAAT-------------A-AAAAACTAAGCAAGC-ATG--CA-T-G-CATACAAAaaaagataaagcaacaata
gi|6 : aGA-ATA---G-AAT-ATACA--TTT-A--TT----AAATC-GG-TA--GT---------GCAAGC--AAC-AAATATC-AAC--ACA--GGCT-CCAGAGA-GC-----------------------AA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAAA--------ATGATA----GGAAATGAATTGAAAACAAA-AAA-ACT----AAGC-ATGGCCA-TGG-CATACAAAtaaaaag
gi|7 : tTAGA-ATA---A-AA--A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GGCTA-TGC---------GCGTGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--TA-T-A-CATATAAAATtaaaaaga
gi|9 : TAGA-ATA---G-AAT-G-AGA--TTG-A--TTT--AAAGTC-GA-TA-TGC---------ACATGC--TAC-AA-TA-C-AAC--ACA--TGCT-CCAGAGA-GC-TT-TC-GAC-C--GACA---TCAC-T-AA----CATATAT-ATG-TACCAGT-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-Agga
blockSeqs : G TAA G G G AA C AT TT C T G CACTAAGAA T TA A A T A AT AT C T T G A A AA AGA AC G AGCC TG AC CCAGT GTGTTTTT TGTAG GAATTGAAAACAAA A AAGC G GC TGA G
blockSeqs : . . G . T . . T T . C C A T A A A . . . . . . T . T . . . AT . . G T AACA . C AG . A . . TGG G
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . A . A A . . . . . . A . . . . . AA . . T A AGC . A A . . . . GA A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . A GAC . G A . . . . TG A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . A CAC . T A . . . . TG A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A AAA . G A . . . . TA A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . G AAC . A . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . T . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ********* AA* A************** TG***
originalCons : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCGA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
finalCons : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAATA--------------AAA-ACT----AAGC-ATG--CATG---CATACGAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCAGATTCACAAGGTAATAACACAGACTATCAGATATACTAGGCGCAGACAAGCACTAATTTAAAGATGTTGCAAAGCACTAAAAGTATT
Unaligned ( gi|13 ): AGACTGTCAGATATACTTGGCACAGAAAAGCGCTTATTTGGAATCAAGATGTTGTAAAGCACTAAAGGCATATGGTAAATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): AAAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCACAAGGTAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111 11 11111111 11111 333333333333333 1111 11111
lowQualScore : 3 555 5 2 5 33 2 55 55 2 7 5 666666666 3 55 7 7 2 2 33 33 2 3 9 2 8 3 44 6666 3 3 8888 55 55 777777 66666666 00000 555555555555555 5 5555 5 66 55555 2
lowQualScore : . ... . . . .. . .. .. . . . ......... . .. . . . . .. .. . . . . . . .. .... . . .... .. .. ...... ........ ..... ............... . .... . .. ..... .
lowQualScore : 1 000 7 9 3 44 5 99 99 5 5 0 999999999 1 99 1 1 4 4 22 44 7 1 2 9 6 1 22 8888 3 6 5555 00 44 333333 11111111 33333 222222222222222 0 6666 0 99 44444 0
consensus : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
Reference ( family-9059 ) : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGATA----GGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--CA-T-G-CATACGAAAT
gi|1 : A-ATA---G-AAT-A--GA--TT--A--TTT--AAAGTC-GG--A-TGCCAA------ACA-GC--AAC-AA-TA-C-AAC--AC---AGC--CCAGAGA-GT-TT-TTAAAC-C--GACA---GCGATT-AA----CATAAA--ACA-AA--ACA-AAA--------ATGATA----GGAAATA------------A-AAA-ACT----AATC-ATG--CATT-C-CATACA
gi|10 : aTAGA-ATA---GGAAT-A-AGT--TTT-A--TGT--AAAGTC-GGTTA-TGC---------ACATGT--AATAAA-CA-C-AACATACG--AAGT-CCAGAGA-GCTTT-TT-GAC-T--GACA----CAA-C-Ataaaagataaagaacaacaaagcggaatgtattaaactatccaggtatcaacacagaactggtcagatatacaggcacagacaagcactcaatatggtacaatttcaaagatgttaattaagcactaaaagtaggata
gi|11 : a-TT-GTC-CAAGACA---CCAC-T-AA----CATAAA--ATT-AA--AGC-AAA--------ATGATA----CTAAAT---------------AAA-ACA----AAGT-ATG--C--T-GACATTTGAAATctaagaaagcagtcgcacaagacaa
gi|12 : GA-ATA---GGAAT-A-AGA--TTTCA--TTTTTAAAGTC-GG-TA-TGC---------ACATGT---AT-AA-CA-C-AAC--ACA--AGCTCCCAGAGA-GC-TTGTT-GAC-T--GACA---TC-A-T-AA----GATaaagcgataagattactaacgaatagaagaaa
gi|14 : TAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTG--AAAGTCCGG-TA-TGC---------AAAAGCTAAAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GT-TT-TT-gcagtctgcacaaga
gi|15 : aa-AGA--TAT----TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AAC-AAATA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GCTTT-TT-AAC-T--GACA---T
gi|16 : AGA-ATA---G-AAT-A-AGAAATTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAAAGC--AACAAA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAgccagat
gi|17 : TA---T-AAT-A-AGA--TGC----TTT--AAAGTA-GA-TA-TGC---------ACATGC--AGC-AA-TA-C-AAC--
gi|18 : aatagaataataataatttTAGA-ATA---T-ATT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC--G-TAGTGC---------ACATGTA-AAC-AA-CA-CAAAC--ACA--AGCT-
gi|19 : aaTAGA-ATA---G-AAT-A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTT-GG-TA-TGC---------ACATGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC
gi|2 : aa--TTT-A--TTT--AAAGTC-GG-TA-TGC---------AAATGC--AAC-AT-TC-C-AAT--AAA--AGAT-CCACAGA-GA-TT-TA-TCC-C--GACA---TCAT-T-AA----CATGAA--AT--------T-AAA--------ATGACG----AGAAAT---------------AAA-ACG----AAGT-ATG--CA-G-A-CATATGAAAT
gi|21 : tg-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGCGA-GC-TT-TT-AAC-C--GACA---TGAA-cataaaccaacaccaaacgatgaaattactaaagtataaccaaaaaaaataacacagactgtcggatatacttgacacagacattcacttatatatatgtggtaccaagatgttgcaaatcactaaaaatgtggtaaat
gi|3 : caTAGA-ATA---G-AATGA-AGA--TTC-A--TTTT-AAAGTC-GGCTA--GA---------AATTGT--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGC--CCAGAGA-GTATT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA-------AAATGACA-TA--GAC-A-------------ATA----GAAAAA-------------A-ACA-ACT----AA-C-ATA--CA-----CATACAAAg
gi|4 : TAGA-ATATAAG-AAT-A-AGA--TTT-AT-TTT--AAGGTC-GG-TA-TGCA--------AAACGC--AACAAA-TA-C-AA---ACAATAGCT-CCAGAGATGC-TT-TTAAAC-C--GAC-----CGA-TGAA----CATAAAG-ACA-AA--CAC-AAAGTGTTTTTATGATA----TTGAAT-------------AGAAG-ACTA---AAGCGAT---CA-T-G-CATACAAAATcgaataaagcgaaacacaaggtatttattaaactaatcacaatgtaacaacacacgattgtagatatac
gi|5 : TAGAGATA---G-AAT-AGAGA--TTT-AATTTT--AAAGTC-GG-TACTGCCACTAAGAAGCAAGC--AA--AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-C-AGAGA-GC-TT-TTTAACAC--GACAAGATCGA-T-AAAGCCTATAAA--ACACAA--AAA-AAA--------ATGATATGTAGGAAAT-------------A-AAAAACTAAGCAAGC-ATG--CA-T-G-CATACAAAaaaagataaagcaacaata
gi|6 : aGA-ATA---G-AAT-ATACA--TTT-A--TT----AAATC-GG-TA--GT---------GCAAGC--AAC-AAATATC-AAC--ACA--GGCT-CCAGAGA-GC-----------------------AA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AACAAAA--------ATGATA----GGAAATGAATTGAAAACAAA-AAA-ACT----AAGC-ATGGCCA-TGG-CATACAAAtaaaaag
gi|7 : tTAGA-ATA---A-AA--A-AGA--TTT-A--TTT--AAAGTC-GGCTA-TGC---------GCGTGC--AAC-AA-TA-C-AAC--ACA--AGCT-CCAGAGA-GC-TT-TT-GAC-C--GACA---TCAA-T-AA----CATAAA--ACA-AA--AAC-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-AAA-ACT----AAGC-ATG--TA-T-A-CATATAAAATtaaaaaga
gi|9 : TAGA-ATA---G-AAT-G-AGA--TTG-A--TTT--AAAGTC-GA-TA-TGC---------ACATGC--TAC-AA-TA-C-AAC--ACA--TGCT-CCAGAGA-GC-TT-TC-GAC-C--GACA---TCAC-T-AA----CATATAT-ATG-TACCAGT-AAA--------ATGACA----AGAAAT-------------A-Agga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCAGATTCACAAGGTAATAACACAGACTATCAGATATACTAGGCGCAGACAAGCACTAATTTAAAGATGTTGCAAAGCACTAAAAGTATT
Unaligned ( gi|13 ): AGACTGTCAGATATACTTGGCACAGAAAAGCGCTTATTTGGAATCAAGATGTTGTAAAGCACTAAAGGCATATGGTAAATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): AAAGATAAAGCAACACAAAGCGGAATTATTAAACTATCACAAGGTAATA