lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333333 222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 5 5 2 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555 66666 8888888888888888 2 2222 3 9999999999999 22 11 33 77777777777777777777777777777777777 11 2222 1 11 2 1 333333333333333333333333333333333333333 2 666666666666 33 111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22 1 333 000000 0 1 444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 2222 8888888888888888 99999999 2 33 1 1 111111111111111 11 1 333 00000000000000 33 22 1 1 1
lowQualScore : . . . .... .............................................. ..... ................ . .... . ............. .. .. .. ................................... .. .... . .. . . ....................................... . ............ .. ... ... ................................................................... . .. . ... ...... . . ...... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. .... ................ ........ . .. . . ............... .. . ... .............. .. .. . . .
lowQualScore : 0 0 5 0000 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 0000000000000000 9 8888 5 5555555555555 77 55 11 66666666666666666666666666666666666 55 4444 1 44 1 1 666666666666666666666666666666666666666 9 555555555555 11 666 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 00 7 666 888888 9 7 555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 66 4444 1111111111111111 99999999 3 99 1 1 777777777777777 88 3 999 66666666666666 55 44 7 7 8
consensus : ACGTT-GAAT-C-AAC----GTC-AG----ATTT-----C--GAC-GTCG--GTTCAAT----T--A--ACG---A-AA-----T----------CA-AA----CGTC-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---C-----G----T-----T--T----C-AA--CG-TC-G-----A---AA-T--------------G-C----G----ACG-TTG-N----------T--TC---AACG---T-----C---------G--------A-----AA------------------T---C------------CG-A--C-GTT---G---TTTC-AA-CG------T------C---GGA--T-----TT-----CG-A-CGTC------G-------G-------TTCA-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------CA-AACATC-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----G----TT-----T----C---AAC----G-T------C---G-----AA--A--T------G---------------C----G-A--C-G-T-TG-N----------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---NC-G-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------C---GGAT-----TT-----CG-----A-CGTCG-------G-------TTCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------C-AA--ACATC-T----TT----C-A--A--C-G--------------T--------------C--------GT-T--T----CAACGT------C---G-----AAATN--C----G-A--C-G-TTG-------------TNTCGACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TTGATGT
Reference ( gi|7 ) : ACGTT-GAAT-C-AAC----GTC-AG----ATTT-----C--GAA-GTCG--GTTCAAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------CA-AA----CATC-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---C-----A----T-----T--T----C-AA--CG-TC-G-----A---AA-T--------------G-C----A----ACG-TTG-G----------T--TC---AACG---T-----T---------G--------A-----AA------------------T---C------------CG-A--C-GTT---G---TTTC-AA-CG------T------C---AGA--T-----TT-----CG-A-CGTC------G-------G-------TTCA-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------CA-AACATC-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----TT-----T----C---AAC----G-T------C---G-----AA--A--T------G---------------C----A-A--C-G-T-TG-G----------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----A-----AAT---CC-G-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------C---AGAT-----TT-----CG-----A-CGTCG-------G-------TTCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------C-AA--ACATC-T----TT----C-A--A--C-G--------------T--------------C--------AT-T--T----CAACGT------C---G-----AAATG--T----G-A--C-G-TTG-------------TTTCAACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TTGATGT
gi|5 : ACGTT-GAAT-C-AAC----GTC-AG----ATT------C--GAC-GTCG--GTTCAAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------CA-AA----CATC-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---C-----G----A-----T--T----C-AA--CG-TC-G-----A---AA-T--------------C-C----G----ACG-TTG-T----------T--TC---AACG---T-----CAGATCCGTCG--------A-----AA------------------T---C------------CG-A--C-GTT---G---TTTC-AA-CG------T------C---AGA--T-----TT-----CG-A-CGTC------G-------G-------TTCA-A--TT--AA------CA--A----A-A-A-----T----------C--AACATC-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---A-----A----TT-----T----C---AAT----G-T------C---G-----AA--A--T------G---------------C------A--C-G-T-TG-G----------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----A-----AAT---CC-G-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------C---AGAT-----TT-----CG-----A--G-CG-------G-------TTCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------CGAA--ACATC-T----TT----C-G--A--C-G--------------T--------------C--------AT-T--T----CAACGT------C---------AAATG--C----G-A--C-G-TTG-------------TTTCAACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TTGA
gi|15 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTT-GAAT-C-AAC----GTC-TG----ATTT-----C--GGC-GTCG--GATCAAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------CA-AA----CATC-T--T--T----C--A-----------------------------------------------------A--CG-TC-G-----A----------------------------------------------------T--TC---AACG---T-----C---------G--------A-----AA------------------T---C------------CG-A--C-GTT---G---TTTC-AA-CG------T------C---AGA--T-----TT-----CG-A-CGTC------G-------G----------------------------------------------------------A-AACATC-T--T--T----C-G--A--C--G--------------T---C-----A----TT-----T----C---gtgccctgct
gi|15 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACGTT-GAAA-C-AAC----GTC-GG----ATTT-----C--GAC-GTTG------AAT----C--G--AC------GT-----T----------GA-AA----GATG-T--T--T----G--ATTT--TG--------------T---T-----A----A-----T--TGATCC-GA--CG-CC-G-----A---AA-T----------------C----AG---ACG-TTG-A----------T--TC---AACG---TCACTCT---------G--------A-----AA------------------T---
gi|14 : aatgttcaattaatatactcaatacttACGTTTGAAT----AC----G---AGTT--GTTT-----C--AAC-TTTA--GTTCAAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------CA-AA----CATC-T--T--T----T--A--A--GG--------------C---C-----A----T-----T--T----C-AA--CG-TC-A-----A---AA-T--------------G-C----G----ACG-TT--T----------T--TC---AAC----T-----T---------G--------A-----Acagatttcgacgtcggaaacatctttcgacgtcatttc
gi|14 : cgttgaattaccgtcggttctattaacaaaattaaaactcttccgacgtcaaaatacgatgttgtttcaACGTT-GAAA-C-AAC----ATC-GT----ATTT-----T--GAC-GTCG--Gtaaacgttcatatgcc
gi|21 : cgttgaattaccgtcggttctattaacaaaattaaaactcttACGTT-GTTT-C-AAC----GTC-AG----ATTT-----C--GAT-GTCG---TTCAAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------CA-AA----CATC-T--G--T----C--A--A--ttgaatacgagttgtttcaactttagttcaattaacaaaatcaaacatcttttaaggccatttcaacgtcaaaatgcgacgtttttcaacttgaataaacgttcatatgcc
gi|17 : ccACGTTTGAATAC-AGA----GTT-G-------TT-----C---AA-CTTA--GTTCAA--------A--ACA---A-AAAT---T----------CA-AA----CATCTT--T--T----T--T--A--GG--------------C---C-----C----T-----T--T----C-AA--CG-TC-A-----A---AT-T--------------A-TTTTGG----ACGTTTA-T----------T--TC---AAC----T-----T---------G--------A-----A
gi|2 : tgggttctattaacaaaattaaaccactcttccgacgtcaaaatacgatttgtttcaACGTT-GATT-C-AAC----GTC-AATGCAACGT-----T--GAA-AT-----TTCAACG---T------CG---A-AA-----T----------GAGAA----CGTT-G--TA-T----C--A--A--CG--------------T---TGAAAAA----TGGTTGT--T----C-GA--CG-TC-GCCACCA---GA-T--------------ATC----A----ACG-TTG-A----------T--AC---AACG---T-----T---------G--------A-----AA-----------------------------------CA-A--C-GTT---G---
gi|2 : cacgACGTT-GTAT-C-AAC----GTTGAT----ATCTGGTGGC--GAC-GTCG----------------A--ACA---A-------------------C--------CATT-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---T-----G----A-----T--A----C-AA--CGTTC-T-----C---AT-T--------------T-C----G----ACG-TTG-AAAT-------T--TC---AACG---T-----T---------G--------C-----AT------------------T-----------------G-A--C-GTT---G---AATC-AA-CG------T------tttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|1 : cacgcaacgttgtttcaACGTT-GTAT-C-AAC----GTT-------GTTT-----C--AAACGTTG--AT---ATTTGGT--G--GCG---A-CG-----T----------CG-AACAACCATT-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---T-----G----A-----T--A----C-AA--CGTTC-T-----C---AT-T--------------T-C----G----ACG-TTG-AAT--------T--TC---AACG---T-----T---------G--------C-----A-----------------------C------------TG-A--C-GTT---G---AATC-AA-CG------T------tttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|1 : gcacgcaACGTT-GATT-C-AAC----GTC-AG------TG-----C--AAC-GTTGAAATTCAACG---T------CG---A-AA-----T----------GAGAA----CGTT-G--TA-T----C--A--A--CG--------------T---TGAAAAA----TGGTTGT--T----C-GA--CG-TC-GCCACCA---AA-T--------------ATC----A----ACGTTTG-A----------A--AC---AACG---T-----T---------G---------------A------------------T---A------------CA-A--C-GTT---G---tttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|9 : gcacgACGTT-GAATACGAACCGTTGTC-AA------TT-----C--AAC-GTCA--TTGTAAT----T--T--GTC---A-AA-----T----------CC-AA----C----------C----C--A--A--AT--------------T---A-----A----T-----T--T----C-AA--CG-TT-T-----A---AA----------------A-T----A----ATGGTCG-GAT--------T--TC---CACT---T-----T---------G--------A-----G-------------------T---A------------CA-A------T---G---TGTC-AA-T-------T------C---AAA--------------------------------------G-------TTCA-T--TTG-AA------CTTTC----A-A-A-----T----------CC-AACAAA-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----TTTC---T----C---AAC----G-TGAAAACC---G-----AA--G--T------GAT-------------C----T-A--C-A-T-TG-T----------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----A-----AAT---tttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : tccaatgtccaaacttcaACGTT-GGAA-C-AAC----GTC-AG----AAAC-----A--GAC-GTTG--GAACAACG---T------CA---G-AA-----A----------CA-GA----CGTC-T--A--A----A--A--AACTT--------------T---C-----A----TA----T--T----C-AA--C---C-A-----G---TA-T--------------C-C----A----ACG-TAA-A----------T--CC---GACG---T-----C---------A--------G-----AA------------------A---C------------TG-A--C-GTT---G---Tgactactgcagttataga
gi|10 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctccACGTC-GGAT-T-TAC----GTT-GG----AT------------A-CT-G--GTTGAAT----------ATG---A-AAGTTTTT----------TA-GA----CGTC-TGTT--T----CT-G--A--CG--------------T---T-----G----T-----T--C----C-AA--CG-TC-T-----G---TT-T--------------C-T----G----ACG-TTG-T----------T--CC---AACG---T-----C---------T--------G-----TT------------------T---C------------TG-A--C-GTT---G---AAAC-AA-CG------T------C---ctgtttctgacgttgaaacaacgtccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|3 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctccacaacgtcagtttctgACGTT-GTAT-C-AAC----GTTGAT----ATTTGGTGGC--GAC-GTCG----------------A--ACA---ACAA-----T----------TC-AC----CAAC-G--T--TGATAC--A--A--CGTTC-----------T---C-----A----T-----T--T----C-GA--TG-TT-G-----A---AA-T---------------------------------------------T--TC---AACT---T-----T---------G--------C-----A-----------------------C------------TG-A--T-GTT---G---AATC-AA-CG------T------cgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|19 : acgcaTT-GATT-C-AAC----GTC-AA------TG-----C--AA----CG--TTTAAAT----TTCA--ACGTCGA-AA-----T----------GA-GA--------------------------A--CG--------------T---T-----G----G-----G--T----C-AA--CG-TC-GCCACCA---AA-T--------------ATC----A----ACG-TTG-C----------A--AT---AACG---T-----T---------G--------A-----AA-----------------------------------CA-A--C-GTT---G---tttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|16 : cacgAC----ATC-AA----GCAT-----T--GAA-GTCAAAGTTTAAT----T--A--ACG-----------------------CC-AA----C--C-T--T--T-------A--A--CA--------------T---G-----A----G-----A--T----C-AA--CG-TT-G-----A---AT-T--------------T-C----G------G-TT-------------T--TC---AAAA---TAAAGGT---------GTGAGAGCAA-----AG------------------T---CAGATAT------CA-A--CAGTT---G---TTTC-AA-CGTT----T------T---GGA--T-----AT-----CA-A-CGTT------G-------C-------TTC
gi|8 : acatcttattcaacgggtacatga----ATTA-----C--AAA-CTTG--ATTCAA--------A--ACG---CTGA-----T----------TC-AA----CGTC-AA-T--G----C--A--A--CG--------------TTGAC-----A----T-----T--T----C-AA--CG-TC-G-----A---CA-T--------------G-AG---A----ACG-TTG-T----------A--TC---AACG---T-----T---------G--------A-----AAAATGG-------------T---CGCCAGCAACTATCA-A--C-GTT---G---ATAC-AG-CG------T------T---GAA------------------A-CGTT------GC------G-------TGCGTA--TT--GG------G---A----A-A-T-----T----------CA-AACAAC-G--C--C----C-G--A--T--A--------------C---C----------TA-----T----C---AGT----G-T------C---G-----GATCA---------A---------------C----A-A--T-G-T-TG-A----------T--GC---AA-G--GT-----gcctgc
gi|3 : ttg----ATTT-----CCCAAA-CTTG--ATTCAA--------A--ACGTT-G-AT-----T----------CA-A-----CATCAG--T--G----C--A--A--AG--------------T---TGAA--A----T-----T--T----C-AA--CA-TC-G-----A---AA-T--------------GAG----A----ACG-TTG-T----------A--TC---AACG---T-----T---------GGT------G-----AA------------------T----------------------T-GTT---G----TTC-GA-CG------TCGCCACC---AAA--T-----AT-----CA-A-CGTT------G-------A-------TACA-A--aatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|14 : acgcaacg-GTCG--GTTCTAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------TA-AA----ACTC-T--T--C----C--G--A--CG--------------T---C-----A------------------------------------A---AA-T--------------A-C----G----ATG-TTG-T----------T--TC---AACG---T-----T---------T--------G-----AA------------------T---A------------CG-A----GTT---G---TTTC-AA-C-----------------------T-----TT--------------------A-------G-------TTCA-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------CA-AACATC-T--T--T----T-A--A--G--G--------------C---C-----A----TT-----T----C---AAC----G-T------C---A-----AA--A--T------G---------------C----G-A--C-G-T-T--T----------T--TC---AA-C---T-----T---G-----A-----Agtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|17 : cgttgaattaccG--GTTCTAT----T--A--ACA---A-AA-----T----------TA-AA----C---------------C--A-----C---------------T---C----------T-----T--C----C-GA--CG-TC-A-----A---AA-T--------------A-C----G----AT--TTG-T----------T--TC---AACG---T-----T---------T--------G-----AA------------------T---A------------CA-G--A-GTT---G---TT-C-AA-C-------------------------------------------TT------A-------G-------TTCA-A------AA------C---A----A-A-AAT---T----------CA-AACATCTT--T--T----T-T--A--G--G--------------C---C-----C----TT-----T----C---AAC----G-T------C---A-----AA--T--T------A---------------TTTTGG-A--C-GTT-TA-T----------T--TC---AA-C---T-----T---G-----A-----Ataaacgttcatatgcc
gi|8 : tgTCAAT----T--AATACA---A-AA-----TATGATTATTACA-AA----CTTG-A--T--T----CAAA--A--CG--------------C---T-----G----A-----T--T----C-AA--CG-TC-----------AA-T--------------G-C----A----ACG-TTG-ACAT-------T--TC---AACG---T-----C---------G--------A-----CA------------------T---G------------AGAA--C-GTT---G---TATC-AA-CG------T------
gi|1 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccatttttcaA---A-AA-----T----------CA-T-------TT-T--T--T----T--A--A--CG--------------T---C-----A----C-----T--T----A-GA--CG-TT-G------------T--------------C-T----AG---ACG-TCG-GA---------TGATC---AACTAATT-----T---------G--------A-----AA------------------T---T------------C---------T---C---TTTA-AA-TGATGAACT------T---ATA--T-----TTTA---CT-A-CGTTAAAAAAG-------G-------TTTA----TA--AA------C---ATCTTA-A-G-----A----------CA-AATATT-A--T--TATTAC-A--------G--------------A---C-----A----CT-----T----CCCAAAC----T-T------T-------------A--T------T---------------C----A-AAAC-G-T-TG-A----------T--TC---AA-C--GT-----C---------------AGT---GC-A-A-C-GTT---G---AAATT-C-AA-CG-T------C---GAAA-----TG-----AG-----AACGTTG-------T-------ATCAACG---TT----GA-------AA-AA-----T----------G-G------TT-G----TT----C-G--A--C-G--------------T--------------CGCCACCAAAT-A--T----CAACGT------TT--G-----AAA-------------------------------------CAACG--T-T---G-------A------T--A--C-A-ACG-TTGtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|16 : gcacgA-----T----------CA-AG----CAT--------T----G--A--A---G--------------T---C-----AAAGTT-----TAAT----T-AA--CG-CC-A-----A---CC-T--------------T-T----A----ACA-TGA-G----------A--TC---AACG---T-----T---------G--------A-----AT------------------T---T------------CG------GTT--------TTC-AA-AA------T----------AAA----------------G-G-TGTG------A-------G-------------------AG------C---A----A-A-G-----T----------CA-GATATC--------------A--A--CA-G--------------T---T-----G----TT-----T----C---AAC----G-T------TTTGG-----AT--A--T----------------------C----A-A--C-G-T-TG-C----------T--TC---acaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|1 : acatcttattcaacgggtacatga----------CA-AA----CTTT-A--T--T----C--A--AAACG--------------T---T-----G----A-----T--T----C-AA--CG-TC-----------AG-T--------------G-C----A----ACG-TTG-AAA--------T--TC---AACG---T-----C---------G--------A-----AA------------------T---G------------AG-AA-C-GTT---G---TATC-AA-CG------T------TGAAAAA--TGGTTGTT-----CG-A-CGTC------G----------------CCA-----------------------------------C----------CA-AATATC--------------A--A--C--G--------------T---------------------------------------T------T---G-----AA--A-------------------------C----A-A--C-G-T-TG-A----------T--AC---AA-C--GT-----T---G-----gtgcctgc
gi|13 : gcacg----------CA-AC----CATT-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---T-----G----A-----T--A----C-AA--CG-TT-C-----A---CATT--------------T-C----G----ACG-TTG-AAAT-------T--TC---AACG---T-----T---------G--------C-----A-----------------------C------------TG-A--C-GTT---G---AATC-GA-CG------T------ggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|2 : gaaA-AA----CACT-T--G--C----C--A--A--AC--------------T---T-----G----T-----T--T----C-AAAACG-TT-G-----A------T--------------T-C----A----ACG-TCA-A----------T--GC---AACG---T-----T---------G--------A-----AA-----------------------------------------------------TTTC-AA-CG------T------C---GAA--A-----TG-----AGAA-CGTT------G-------T-------ATCA-ACGTT--GA----------A----A-A-A-----T---------------GGTT-G--T--T----C-G--A--C--G--------------T---C-----G-----------C----C---ACC----A------------G-----AT--A--T----------------------C----A-A--C-G-T-TG-A----------T--AC---AA-C--GT-----T---G-----A-----AA-----C-A-A-C-GTT---G---tttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|10 : cacgA-GA----CGTC-T--C--CA---C--A--A--CG--------------T---C-----AG---T-----T--T----CTGA--CG-TC-G-----G---AT-T--------------T-----------ACG-TTG-GATACTGG---T--TG---AATA---T---------------G--------A-----AAGTTTTTTAGACGTCTGTTT---C------------TG-A--C-GTT---G---TTCC-AA-CG------T------C---TGT--T-----TC-----TG-A-CGTT------G-------T-------TCCA-A--ataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|13 : acccagcaggcaaaattggttggatA-AA----CGTC-GA-T--T----C--A--A--CG--------------T---C-----A----G-----T--G----C-AA--CG-TT-G-----A---AA-T---------------------------------------------T--TC---AACG---T-----C---------G--------A-----AA------------------T---G------------TGAA--C-GTT---G---TATC-AA-CG------T------cgtctgtttctgacgttgaaacaacgtccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|16 : gaacaaccatttttcaA----CATC-T--TATT----C--A--A--CGGG------------T-------------------------------A--CA-T--G-----A---GA-A--------------G-C----A----ACG-TTG-A----------TA-TCCAAAACG---T-----T---------G--------A-----AA-----------------------------------CA-A--C---T---G---TT---GA-TA------T------C---TGA--C-----TT-----TG-----------------------------CTC------------------------------------T----------CA---CACC-T--T--T----------------------------------------A----TT-----T----TG--AAA----A-C------C---G-----AA--A--T------T---------------C----A-A--C-G-T-TG-A----------T--CT---CA-T--GT-----T---A-----A-----AGG---TT-G-G-C-GTT---A---A--TT-A-AA-CT-T------T----GAC-----TT-----CA-----A-TGtgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|8 : ----CATT-T--T--T----C--A--A--CGTTGATACAACGTTCT---C-----A----T-----G--T----C-GA--CG-TT-G-----A---AA-T--------------GTC----A----ACG-TTG-C----------A--TT---GACG---T-----T---------G--------------AA------------------T---C------------AG----C-GT--------TTTG-AA---------T------C---AAG--T-----TT-----cttgatgtgcctgc
gi|19 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgac-T--T--T----C--A--A--CG--------------T---T-----A----T-----T--G----C-AA--CG-TT-G-----A---TA-TTTGGTG--------G-C----G----ACG-TTG-A----------C--CC---AACG---T-----TC--------T--------C-----AT------------------T---T------------CG-A--C-GTT---GAAATTTA-AA-CG------T------T---GCA--T-----T-------G-A-CGTT------G-------A-------ATCA-A--gtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|5 : cacgcaacgttg--T----C--A--A--CG--------------T---T-----G----A-----T--T----C-AA--CG-TT-G-----A---AA------------------C----A----ACG-TCGCA----------T--TT---GACG---T-----T---------G--------A-----AA------------------T-----------------G-A--C-GTC---G--------AA--------------------AGATGT-----TT-----CG-A-TTTT------G----------------TTA-A--TT--GAACCGCTC---G----A-A-A-----T----------CT-GACG------T--TGAAAC-A--A--C--G--------------T---CGG---A----TT-----T----C---AAC----G-T------T---G-----AA------------C---------------C----A-A--C-G-TGCA-T----------T--TC---GA-C--AT-----T---G-----A-----AAT---T----A-C-GTT---G-----------AA---------------AGAT-----GT-----TG-----A-TTTTT-------G-------TT-AA-----TT----GAAC-C---GA-CG-----T----------C-GA--A-ATC-TGACGTTGAAAC-A--A--C-G--------------T--------------CGG------AT-T--T----CGACG------------------GATC--T----G-A--C-G-TTGAAACAACGTCGGATTTCGACG--T-T---G-------A------A--T--C-G-ACG-TTGA
gi|1 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgacgttgaatcaacgtcagattcgacgtcggttcaattaacaaaatcaaacatctt----C--A--A--CG--------------T---T-----G----T-----A--T----C-AA--CG-TT-GTTTC-A---AA-CGTTGATATTTGGTGG-C----G----ACG-TCG-AACAACCATTTT--TC---AACG---T-----T---------G---------------A------------------T---A------------CA-A--C-GTTCTCA---TTTC-GA-CG------T------T---GAA--T-----TT-----CA-A-CGTT------GCACTGACG-------TTGA-A--TC--AA------C---gtgccctgct
gi|19 : gcacg----C--A--A--CG--------------T---TTAA--A----T-----T--T----C-AA--CG-TC-G-----A---AA-T--------------GAG----A----ACG-TTG-G----------G--TC---AACG---T-----C---------GCCACC---A-----AA------------------TA--T------------CA-A--C-GTT---G---CAAT-AA-CG------T------gttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|3 : cacgcaacgttgtttca----C--A--A--CG--------------T---T-----G----T-----A--T----C-AA--CG-TT-G-----A---TA-T------------------------------TTG-G----------TG-GC---GACG---T-----C---------G--------AACAACAA------------------TTCAC------------CA-A--C-GTT---G---ATAC-AA-CGT-----T------C---TCA--T-----TT-----CG-A-TGTT------G-------AAAT----TTCA-A--CT--cattgacgttgaatcaa
gi|10 : acg--A--CG--------------T---T-----G----T-----T--T----C-AA--CG-TCAG-----A---AA------------------C----AG---ACG-TTG-G----------A--AC---AACG---T-----C---------A--------G-----AA------------------A---C------------AG-A--C-GTT---G---GAAC-AA-CG------T------C---AGA--A-----AC-----AG-A-CGTC-------------------------------T--AA----------A----A-A-A------------------------C-T--T--T----C-A---------------------------T-----A-----T-----T----C---AAC-------------C---A-----GT--A--T------C---------------C----A-A--C-G-T-AA-A----------T--CC---GA-C--GT-----C---A-----G-----AAA---CT-G-A-C-GTT---G---T--ttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|9 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctccG--------------T---C-----A----T-----T--T----C-AA--CG-TT-G-----AAACAA-T--------------G-T----AGATCACT-TCG-GTT--------T--TC----ACG---T-----TGA-------G--------A-----AA------------------T-----------------G-A--C-GTT---G------------------------------AAA--T-----TT-----------GTT------G-------G----------A-T--TT--GA----------A----A-G-T-----T----------CA-AA-----------T----G-A--A--C--------------------------------TT-----T----------------------------G-----AA--T--T------G---------------A----C-A--C-A-T-TGTA----------C--TC---AA-A--GT-----G---G-----A-----AAT---CC-G-ACC-ATT---A---T--TT-TAAA-CG-T------TG--AAAT-----T-------A-----A-TTTGG-------G-------TTGGAT----TT----GA---C---AA-AT-----TA---------C-AATGACGT--TGAA-TTGA--C-A--A--C-GGT------------T--------------C--------GTAT--T----CAACGT------T---G-----AAGTT--TG---G-A--C-A-TTG-------------ccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|9 : tc-AA--CT-TT-G-----A---AT-T--------------G-A----C----ACA-TTGTA----------C--TC---AAAG---T-----G---------G--------A-----AA------------------T---C------------CG-A--CCATT---A---TTTT-AAACG------T------TG--AAA--T-----T-------A-A-TTTG------G-------G-------TTGG-A--TTT-GA------C---A----A-A----------------------------T--T--A----C-A--A--T--G----------------------------------------------AC----G-T------T---G-----AA--T--T------GA--------------C----A-A--C-GGT-TC-G----------TATTC---AA-C--GT-----T---G-----A-----AGT---TTGG-A-C-ATT---G---tactgcagttataga
gi|15 : tcA--CG-TC-G-----A---AA-----------------------G----ATG-TT-------------T--CC---GACG---T-----C---------G--------A-----AA------------------T---C------------TG-A--C-GTT---G---AAAC-AA-CG------T------C---GGA--T-----TT-----CG-A-CGTT------G------------------A-A--TC--GA------C----------G-T-----T----------GA-AAGATG-T--T--T----G-ATTT--T--G--------------T---T-----A----AT-----TGATCC---GAC----G-C------C---G-----AA--A--T----------------------C----AGA--C-G-T-TG-A----------T--TC---AA-C--GTCACTCT---G-----A-----AAT---catttgaactttcaaatccaacaaatttcaacgtcatttctcaacgtgaaaaccgaagtgatctacattgtttcaacgttgaaatgactactgcagttataga
gi|14 : aatgttcaattaatatactcaatacttA-T--------------G------A----ACG-TTT-A----------T--TC---AA-G---T-----T---------G--------A-----AA----------------------------------------------------------AA-CG------T------C---GCA--T-----TT-----TG-A-CGTT------G-------A----------A-A--TG--GC------C---T--------------T----------AA-AAGATG-T--T--T----G-A--T--TTTG--------------T---T-----A----AT-----T----G---AACTAAAG-T------T---G-----AA--A-------------------------C----A-A--C---T-CGTA----------T--TC---AAAC--GT-----T---G-----A-----AA-----------------------------C-AA-CA-T------C---GTAT-----TT-----TG-----A-CGTCG-------G-------catttc
gi|2 : cgttgaattaccgtcggttctattaacaaaattaaaactcttA-C--------------G-C----A----ACG-TTG-T----------T--TC---AACG---T-----T---------G--------T-----A-----------------------T------------CA-A--C-GTT---G---------A-TA------T------C---TGG--T-----GG-----CG-A-CGTC------G---------------------------AA------C---A----A--------------------C----CATT-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---T-----G----AT-----A----C---AAC----GTT------C---T-----CA--T--T------T---------------C----G-A--C-G-T-TG-AAAT-------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----C-----ATT------G-A-C-GTT---G---A--AT-C-AA-CG-T------atgcc
gi|19 : cA-C--------------G-C----A----ACG-TTG-T----------T--TC---AACG---T-----T------------------------AT------------------T---G------------CA-A--C-GTT---G---------A-TA------T------T---TGG--T-----GG-----CG-A-CGTT------G-------A-------CCCA-ACGTT----------C------------------T----------CA--------T--T--T----C-G--A--C--G--------------T---TGAA--A----TT-----T----A---AAC----G-T------T---G-----CA--T--T------G----------------------A--C-G-T-TG-A----------A--TC---AA-tttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|19 : c-TTG-A----------T--TC---AACG---T-----C------------------------AA------------------T---G------------CA-A--C-GTTTAAA---TTTC-AA-CG------T------C---GAA--A-----TG-----AGAA-CGTT------G-------G-------GTCA-ACGTC--GC------C------------A-----C----------CA-AATA---------T----C-A--A--C--G--------------TTG-C-----A----AT--------------AAC----G-T------T---G-----AA--A-------------------------C----A-A--C-G-T-TG-
gi|9 : cacg----------T--TC---AACG---T-----T---------G--------A-----A-------------------T---A------------CG-AACC-GTT---G---T--C-AA-------------------------------TT-----CA-A-CGTC------A-------T-------TGTA-A--TT--TG------T---C----A-A-A-----T----------CC-AAC----------C----C-A--A--A--T--------------T---A-----A----TT-----T----C---AAC----G-T------T---T-----AA--A---------A---------------T----A-A--T-GGT-CG-GAT--------T--TC---CA-C--TT-----T---G-----A-----G-T---AC-A-A-----T---G---T--GT-C-AA-T--T------C---AAA----------------------------------G-------TTCAT-----TTG---AA---CTTTCA-AA-----T----------C-CA--ACAAA-T----TT----C-A--A--C-G--------------T--------------C--------AT-TTCT----CAACGTGAAAACC---G-----AAGTGATC----T-A--C-A-TTG-------------TTTCAACG--T-T---G-------A------A--
gi|8 : tccaatgtccaaac--TC---AACA---T-----T---------G--------TT----GA------------------T---C------------CG-A--C-ACT---G---AT-------------------------AGG--T-----AT-----CG-GGCGTT------G-------T-------TTGA-A--TT--TC------C---C----A-ATA-----CG---------CA-CGCAACGT--T--T----C-A--A--C--G--------------C---T-----G----TA-----T----C---AAC----G-T------T---G-----AT--AGTT------GCTGGCGACCATTTTTC----A-A--C-G-T-TG-A----------T--AC---AA-C--GT-----T---C-----T-----CATG--TC-G-A-C-GTT---GAAAT--GT-C-AA-CG-T------T---GCAT-----T-------G-----A-CGTTG-------A-------ATCAatgactactgcagttataga
gi|1 : ttgaccttgcaC---AACG---T-----T---------G--------T-----A-----------------------T------------CA-A--C-GTT---G---TTTC-AAACG------T------TG--ATA--T-----TTGGTGGCG-A-CGTC------G---------------------------AA------C---A----A--------------------C----CATT-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---T-----G----AT-----A----C---AAC----GTT------C---T-----CA--T--T------T---------------C----G-A--C-G-T-TG-AAT--------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----C-----A-----CT-G-A-C-GTT---G---A--AT-C-AA-CG-T------gcgttttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|13 : gcacg------------------T---T------------CA-A--C-GTT---G---ATAC-AA-CG------TT-----C---ACA--T-----TT-----CG-A-CGTT------G-------AAAT----TTCA-A--tttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gaacaaccattt------------CA-A--C-GTCA--G---TTTCTGA-CG------T------C---GGA--T-----TT--------A-CGTT------G-------GATACTGGTTGA-A--T----A------T---G----A-A-AGTTTTT----------TA-GACGTC-TGTT--T----CTG--A--C--G--------------T---T-----G----TT-----C----C---AAC----G-T------C---T-----GT--T--T------C---------------T----G-A--C-G-T-TG-T----------T--CC---AA-C--GT-----C---T-----G-----TTT---CT-G-A-C-GTT---G---A--AA-C-AA-CG-T------C---cgttgcactgacgttgaatcgacgttttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|3 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctcca------------CA-A--C-GTT---G---TATC-AA-CG------T------TG--ATA--T-----TTGGTGGCG-A-CGTC------G---------------------------AA------C---A----ACA-A-----T----------TC-ACCAAC-G--T--TGATAC-A--A--C--G--------------TTCTC-----A----TT-----T----C---GAT----G-T------T---G-----AA--A--T----------------------------------------------------T--TC---AA-C--TT-----T---G-----C-----A-----CT-G-A-T-GTT---G---A--AT-C-AA-CG-T------cgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|15 : acgG-A--C-GTT---G---AATC-AA-CG------T------C---TGA--T-----TT-----CG-G-CGTC------G-------G-------ATCA-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------CA-AACATC-T--T--T----C-A-------------------------------------------------------AC----G-T------C---G-----A-----------------------------------------------------------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---CC-G-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------C---AGAT-----TT-----CG-----A-CGTCG-------G-------------------------------------------------------AA--ACATC-T----TT----C-G--A--C-G--------------T--------------C--------AT-T--T----Ctttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|21 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagt-A--C-GTT---G---TTTC-AA-CG------T------C---AGA--T-----TT-----CG-A-TGTC--------------G-------TTCA-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------CA-AACATC-T--G--T----C-A--A--
gi|3 : cc-A--C-GTT---G---ATTC-AA-CA------T------C---AG---------TG-----CA-A-AGTT------G-------AAAT----TTCA-A--C---AT------C---G----A-A-A-----T----------GAGAACGTT-G--TA-T----C-A--A--C--G--------------T---TGGTGAA----TTGTTGTT----C---GAC----G-T------C---GCCACCAA--A--T------AT--------------C----A-A--C-G-T-TG-A----------T--AC---AA-C--GT-----T---G-----
gi|19 : acgTT---G---ATTC-AA-CG------T------C---AA---------TG-----CA-A-CGT-----------------------TTAA-A--TTTCAACGT---C---G----A-A-A-----T----------GA-G-------------------A--A--C--G--------------T---T-----G----GG-----T----C---AAC----G-T------C---GCCACCAA--A--T------AT--------------C----A-A--C-G-T-TG-C----------A--AT---AA-C--GT-----T---G-----A-----AA-----C-A-A-C-GTT---G---tttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|8 : cacg---G---TTTC-AA-CG------C------T---GTA--T------------CA-A-CGTT------G-------A-------T--A-G--TT--GC------T---G----G--------------------CG-ACCATT-T--T--T----C-A--A--C--GTTGATACAACGTTCT---C-----A----TG-----T----C---GAC----G-T------T---G-----AA--A--T------GT--------------C----A-A--C-G-T-TG-C----------A--TT---GA-C--GT-----T---G-----------AAT---CA-G---C-GT--------T--TT-G-AA----T------C---AAGT-----TT-----
gi|14 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaac-CG------T------T---GAA--T-----TA-----C----CGTC------G-------G-------TTCT-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------TA-AAACTC-T--T--C----C-G--A--C--G--------------T---C-----A----------------------------------------------AA--A--T------A---------------C----G-A--T-G-T-TG-T----------T--TC---AA-C--GT-----T---T-----G-----AAT---AC-G-A---GTT---G---T--TT-C-AA-C----------------T-----TT------------------A-------G-------TTCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------C-AA--ACATC-T----TT----T-A--A--G-G--------------C--------------C--------AT-T--T----CAACGT------C---A-----AAATG--C----G-A--C-G-TT--------------TTTCAAC---T-T---G-------A------A--T--A-A-ACG-TTCATATgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|17 : ------G-------G-------TTCT-A--TT--AA------C---A----A-A-A-----T----------TA-AAC---------------C-A-----C-----------------T---C----------TT-----C----C---GAC----G-T------C---A-----AA--A--T------A---------------C----G-A--T---T-TG-T----------T--TC---AA-C--GT-----T---T-----G-----AAT---AC-A-G-A-GTT---G---T--T--C-AA-C----------------------------------------TTA-------G-------TTCAA-----------AA---C---AA-AAAT---T----------C-AA--ACATCTT----TT----T-T--A--G-G--------------C--------------C--------CT-T--T----CAACGT------C---A-----AATTA--TTTTGG-A--C-GTTTA-------------TTTCAAC---T-T---G-------A------A--gcc
gi|8 : tgTCA-A--TT--AATA----C---A----A-A-A-----TATGATTATTACA-AACTTG-A--T--T----C-A--AAAC--G--------------C---T-----G----AT-----T----C---AAC----G-T------C----------A--A--T------G---------------C----A-A--C-G-T-TG-ACAT-------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----CAT---GA-GAA-C-GTT---G---T--AT-C-AA-CG-T------
gi|16 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccatttttca-A-----T----------CA-AGCAT--------T----G-A--A-----G--------------T---C-----AAAGTTTAA---T----T---AAC----G-C------C---A-----AC--C--T------T---------------T----A-A--C-A-T-GA-G----------A--TC---AA-C--GT-----T---G-----A-----ATT---TC-G-----GTT----------TT-C-AA-AA-T----------AAA--------------G-----G-TGTGA-------G-----------------------AG---C---AA-AG-----T----------C-AG--ATATC--------------A--A--CAG--------------T--------------T--------GT-T--T----CAACGT------TTTGG-----ATAT---C----A-A--C-G-TTG-------------CTTCtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|13 : acatcttattcaacgggtacatga----------CA-ACCATT-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---T-----G----AT-----A----C---AAC----G-T------T---C-----AC--AT-T------T---------------C----G-A--C-G-T-TG-AAAT-------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----C-----A-----CT-G-A-C-GTT---G---A--AT-C-GA-CG-T------gtgcctgc
gi|10 : gaaA-GACGTC-T--C--CA---C-A--A--C--G--------------T---C-----AG---TT-----T----CT--GAC----G-T------C---G-----GA--T--T------T----------------------A--C-G-T-TG-G----------A--T-----A-CTGGT-----T---G-----A-----A-T---AT-G-A-AAGTT---T---T--TT-A-GA-CG-T------C---TGTT-----TC-----TG-----A-CGTTG---------------TTC------------------C---AA-CG-----T----------C--------TG-T----TT----CTG--A--C-G--------------T--------------T--------GT-T--C----CAACGT------C---T-----GTTTC--T----G-A--C-G-TTG-------------AAACAACG--T-tttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|13 : acccagcaggcaaaattggttggatA-AACGTC-GA-T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----GT-----G----C---AAC----G-T------T---G-----AA--A--T----------------------------------------------------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---GT-GAA-C-GTT---G---T--AT-C-AA-CG-T------ccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|3 : gaacaaccatttttca-AACATCAG--T--G----C-A--A--A--G--------------T---TGAA--A----TT-----T----C---AAC----A-T------C---G-----AA--A--T------GA--------------G----A-A--C-G-T-TG-T----------A--TC---AA-C--GT-----T---GGT---G-----AAT----------T-GTT---G------TT-C-GA-CG-TCGCCACC---AAAT-----AT-----CA-----A-CGTTG-------A-------TACAA-----tgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|16 : acgcaacgACATC-T--TATT----C-A--A--C--GGG------------T-------------------------------AC----A-T----------G-----AG--A--A------G---------------C----A-A--C-G-T-TG-A----------TA-TCCAAAA-C--GT-----T---G-----A-----AA-----C-A-A-C---T---G---T--T----GA-TA-T------C---TGAC-----TT-----TGCTCTCA-CACC----------------TTTAT-----TT----TG-------AA-AA-----C----------C-GA--A-A--------TT----C-A--A--C-G--------------T--------------TG-------AT-C--T----C-ATGT------T---A-----AAGGT--T----G-G--C-G-TTA-------------ATTAAACT--T-T---G-------A------CT-T--C-A-ATGCTTGATGTgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|10 : -T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----------------------------------------G-----AA--A-------------------------C----AGA--C-G-T-TG-G----------A--AC---AA-C--GT-----C---A-----G-----AAA---CA-G-A-C-GTT---G---G--AA-C-AA-CG-T------C---AGAA-----AC-----AG-----A-CGTC-----------------TAAAAAACTTT---------C---AT-AT-----T----------C-AA--CCAGT-A----TC----C-A--A--C-G--------------T--------------A--------AA-T--C----CGACGT------CA--G-----AAAC---T----G-A--C-G-TTG-------------Tgcctgc
gi|19 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctcc-T--T--T----C-A--A--C--G--------------T---T-----A----TT-----G----C---AAC----G-T------T---G-----AT--A--TTTGGTGG---------------C----G-A--C-G-T-TG-A----------C--CC---AA-C--GT-----TC--T-----C-----ATT---TC-G-A-C-GTT---GAAAT--TT-A-AA-CG-T------T---GCAT-----T-------G-----A-CGTTG-------A-------ATCAA-----caacgtccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|2 : cacgcaacgttg--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----AT-----G----C---AAC----G-T------T---G-----AA--A--T----------------------------------------------------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---GA-GAA-C-GTT---G---T--AT-C-AA-CG-T------TGAAAAATGGTTGTT-----CG-----A-CGTCG----------------CC--------------------------A-----C----------C-AG--ATA---------T----C-A--A--C-G--------------T--------------T--------GA-T--A----CAACGT------T---G-----AAA----C----A-A--C-G-TTG-------------
gi|1 : cacg--T--T----C-A--A--C--G--------------T---C-----A----GT-----G----C---AAC----G-T------T---G-----AA--A-------------------------------------------------------T--TC---AA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---GA-GAA-C-GTT---G---T--AT-C-AA-CG-T------TGAAAAATGGTTGTT-----CG-----A-CGTCG----------------CC--------------------------A-----C----------C-AA--ATA---------T----C-A--A--C-G--------------T---------------------------------------T------T---G-----AAA----C----A-A--C-G-TTG-------------ATACAACG--T-T---G-------tcaacgttttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|1 : gcacg--T----C-A--A--C--G--------------T---T-----G----TT-----T----CA--AAC----G-T------T---G-----AT--A--TTTGGTGG---------------C----G-A--C-G-T-CG-AACAACCATTTT--TC---AA-C--GT-----T---G------------AT---AC-A-A-C-GTTCTCA---T--TT-C-GA-CG-T------T---GAAT-----TT-----CA-----A-CGTTGCACTGACG-------TTGAA-----TC----AA---C---tcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|19 : gcacgcaacgttgta----C-A--A--C--G--------------T---TTAA--A----TT-----T----C---AAC----G-T------C---G-----AA--A--T------GA--------------G----A-A--C-G-T-TG-G----------G--TC---AA-C--GT-----C---GCCACCA-----AATA--TC-A-A-C-GTT---G---C--AA-T-AA-CG-T------gttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|3 : cacgcaacgttgtttca----C-A--A--C--G--------------T---T-----G----TA-----T----C---AAC----G-T------T---G-----AT--A--T------------------------------------T-TG-G----------TG-GC---GA-C--GT-----C---G-----AACAACAATTCACC-A-A-C-GTT---G---A--TA-C-AA-CGTT------C---TCAT-----TT-----CG-----A-TGTTG-------AAAT----TTCAA-----CT----cattgacgttgaatcaa
gi|8 : acg----C---AAC----G-T-----------------------T------T---------------C----A-A--C-G-C-TG-T----------A--TC---AA-C--GT-----T---G-----A-----TA-------------GTT---G---C--TGGC-GA-C---------C---ATTT-----TT-----CA-----A-CGTTG-------A-------T----------------A---C---AA-----------------------------C-G----TT----C------------------------T--------------C--------AT-G--T----CGACGT------T---G-----AAATG--TC---A-A--C-G-TTG-------------CATTGACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-GCG-TTttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|16 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacg----C---AAA----G-T------CA--G-----AT--A--T----------------------C----A-A--CAG-T-TG-T----------T--TC---AA-C--GT-----TTTGG-----A-----TAT----C-A-A-C-GTT---G---C--TT-C-ttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|15 : acatcttattcaacgggtacatgaAC----G-T------C---G-----AA--A------------------------------G-A--T-G-T-T-------------T--CC---GA-C--GT-----C---G-----A-----AAT---CT-G-A-C-GTT---G---A--AA-C-AA-CG-T------C---GGAT-----TT-----CG-----A-CGTTG------------------AA-----TC----GA---C------GT-----T----------G-AA--AGATG-T----TT----G-ATTT--T-G--------------T--------------T--------AA-T--TGATCCGACGC------C---G-----AAATC--A----G-A--C-G-TTG-------------ATTCAACG--T-ctctcacacctttattttgaaaaccgaaattcaacgttgatctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
gi|2 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtg--A--C------G---------------C----A-A--C-G-T-TG-T----------T--TC---AA-C--GT-----T---G-----T-----A-----TC-A-A-C-GTT---G------------A-TA-T------C---TGGT-----GG-----CG-----A-CGTCG-------------------------------AA---C---AA-------------------C------CATT-T----TT----C-A--A--C-GTTGATACAACGTTCT--------------C--------AT-T--T----CGACGT------T---G-----AAATT--TC---A-A--C-G-TTG-------------CATTGACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TTcatttc
gi|8 : c----A-A--C-G-C-TG-A----------T--TC---AA-C--GT-----C---------------AAT---GC-A-A-C-GTT---GACAT--TT-C-AA-CG-T------CG--ACAT-----GA-----GA-----A-CGTTG-------T-------ATCAACG---TT----GA-------AA-AA-----TGGTCG-----C-CA--GCAAC-T----AT----C-A--A--C-G--------------T--------------T--------GA-T--A----CAGCGT------T---G-----AAACG--T----T-G--C-G-Tttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|19 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgc-T-TG-A----------T--TC---AA-C--GT-----C---------------AAT---GC-A-A-C-GTTTAAA---T--TT-C-AA-CG-T------C---GAAA-----TG-----AGA----A-CGTTG-------G-------GTCAACG---TC----GC---C-------A-----C----------C-AA--ATA---------T----C-A--A--C-G--------------TTG------------C--------AA-T--------AACGT------T---G-----AAA----C----A-A--C-G-TTG-------------ttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|1 : cacgC---AA-C--GT-----T---G-----T-----A-----TC-A-A-C-GTT---G---T--TT-C-AAACG-T------TG--ATAT-----TTGGTGGCG-----A-CGTCG-------------------------------AA---C---AA-------------------C------CATT-T----TT----C-A--A--C-G--------------TTGATACAACGTTCTC--------AT-T--T----CGACGT------T---G-----AATTT--C----A-A--C-G-TTG-------------CACTGACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TT
gi|10 : gcacgC-A-A-C-GTCA--G---T--TT-CTGA-CG-T------C---GGAT-----TT------------A-CGTTG-------GATACTGGTTGAA-----T------A---T---GA-AAGTTTTT----------T-AG--ACGTC-TGT--TT----CTG--A--C-G--------------T--------------T--------GT-T--C----CAACGT------C---T-----GTTTC--T----G-A--C-G-TTG-------------TTCCAACG--TCT---G-------T------T--T--CTG-ACG-TTGAttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|19 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctccaC-A-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------T---A--T-----TG-----CA-----A-CGTTG-------A-------T---A-----TTTGGTGG---C---GA-CG-----T----------T-GA--CC---------------C-A--A--C-G--------------TTCT-----------C--------AT-T--T----CGACGT------T---G-----AAATT--T----A-AA-C-G-TTG-------------CATTGACG--T-T---G-------A------A--T--C-A-Aaacaacgtccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|3 : cacgC-A-A-C-GTT---G---T--AT-C-AA-CG-T------TG--ATAT-----TTGGTGGCG-----A-CGTCG-------------------------------AA---C---AACAA-----T----------T-CA--CCAAC-G----TTGATAC-A--A--C-G--------------TTCT-----------C--------AT-T--T----CGATGT------T---G-----AAATT--TC---A-A--C-T-TTG-------------CACTGATG--T-T---G-------A------A--T--C-A-ACG-TT
gi|15 : acg-G-A-C-GTT---G---A--AT-C-AA-CG-T------C---TGAT-----TT-----CG-----G-CGTCG-------G-------ATCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------C-AA--ACATC-T----TT----C-A--A--C-G--------------T--------------C--------GA-T--T----CAACGT------C---G-----AAATC--C----G-A--C-G-TTG-------------TTTCAACG--T-C---A-------G------ATTT--C-G-ACG-TCGttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|21 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagt-A-C-GTT---G---T--TT-C-AA-CG-T------C---AGAT-----TT-----CG-----A-TGTC--------G-------TTCAA-----TT----AA---C---AA-AA-----T----------C-AA--ACATC-T----GT----C-A--A--gaaacatctttcgacgtcatttc
gi|3 : cc-A-C-GTT---G---A--TT-C-AA-CA-T------C---AG-------TG-----CA-----A-AGTTG-------AAAT----TTCAA-----C-----AT---C---GA-AA-----T----------G-AG--A---------------------A--C-G--------------T--------------T--------GT-A--T----CAACGT------T---G---------G--T----G-AATT-G-TTG-------------TT-CGACG--T-C---GCCACCAAAT-----A--T--C-A-ACG-TTGAT
gi|19 : acgcaacgttgtTT---G---A--TT-C-AA-CG-T------C---AA-------TG-----CA-----A-CGT-----------------TTAAA-----TTTC--AACGTC---GA-AA-----T----------G-AG---------------------A--A--C-G--------------T--------------T--------GG-G--T----CAACGT------C---GCCACCAAATA--TC---A-A--C-G-TTG-------------CAATAACG--T-T---G-------A------A--A--C-A-ACG-TTGtttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|13 : cacgT-----TT-----CA-----A-CGTTG-------A-------TACAACG---TT----CA---C---A--------------------------------T----TT----C-G--A--C-G--------------T--------------TGAA-----AT-T--T----CAACGT------T---G-----CA--C--T----G-A--C-G-TTG-------------AATCGACGTTT-T---G-------A------A--T--C-A-A-G-TT
gi|8 : gaacaaccattTCAA-----TT----AATA-C---AA-AA-----TATGATTATTAC-AA--ACTTG-A----TT----C-A--AAAC-G--------------C--------------T--------GA-T--T----CAACGT------C----------AATG--C----A-A--C-G-TTGACA----------TTTCAACG--T-C---G-------AC-----A--TGAG-A-ACG-TTGtgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|13 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccatttttcaacgttgata----------C-AA--CCATT-T----TT----C-A--A--C-G--------------T--------------T--------GA-T--A----CAACGT------T---C-----ACATT--TC---G-A--C-G-TTGAAA----------TTTCAACG--T-T---G-------C------A--C--T-G-ACG-TTGAtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|3 : gaaA--ACATCAG----TG----C-A--A--A-G--------------T--------------TGAA-----AT-T--T----CAACAT------C---G-----AAATG--A----G-A---------------------------ACG--T-T---G-------T------A--T--C-A-ACG-TTGGTGatcgacgttttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|13 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaatt----C-A--A--C-G--------------T--------------TGAA-----AT-T--T----CAACGT------C---G-----AAATG--T----GAA--C-G-TTG-------------TATCAACG--T-T---G-------A------A--gaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|19 : gaacaaccattt----C-A--A--C-G--------------T--------------TTAA-----AT-T--T----CAACGT------C---G-----AAATG--A----GAA--C-G-TTG-------------GGTCAACG--T-C---GCC-----ACCAAATA--T--C-A-ACG-TTGcactgacgttgaatcgacgttttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|8 : cacgcaacgttgtttcaacgttattg----C-A--A--C-G--------------TTGA-----------C--------AT-T--T----CAACGT------C---G-----ACATG--A----G-AA-C-G-TTG-------------TATCAACG--T-T---G-------A------A--cattgacgttgaatcaa
gi|10 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccattt--A--C-G--------------T--------------T--------GT-T--T----CAACGT------CA--G-----AAACA-------G-A--C-G-TTG-------------GAACAACG--T-CA--G-------A------A--A--C-AGACG-TTGcattgacgttgaatcagcgttttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|15 : acccagcaggcaaaattggttggatagacgtctccacaacgtcagtttctgacgtcggatttacgttggatactggttgaatatgaaagttttttagacgtctgtttctgacgttgttcT-T--C----CGACGT------C---G-----AAATC--T----G-A--C-G-TTGAAACAACGTCGGATTTCGACG--T-T---G-------A------A--T--C-G-ACG-TTGAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgacgttgaatcaacgtctgatttcggcgtcggatcaattaacaaaatcaaacatctt----CAAAGT------C---------AGATA--TC---A-A--CAG-TTG-------------TTTCAACG--T-TTTGG-------AT-----A--T--C-A-ACG-TTGacatctttcgacgtcatttc
gi|3 : acatcttattcaacgggtacatgagaagCAACG--T-T---G-------T------A--T--C-A-ACG-TTGATATctctcacacctttattttgaaaaccgaaattcaacgttgatctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11 111 2222222222 111111 11 11111 111111 1111 11111111 44444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222 11 1111111111111 2222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333333333333333 11111 11111111 1111111
lowQualScore : 3 2 11 99 000 5555555555 111111 33 77777 555 444444 55 8888 66666666 4 44444444444444444444444444444444444444 4 99 4 7777777 44 77777 666 333 3 2 3 555555555555555555555555555555555555555 77777 2 77 66 00 6666 8888888888888 999999 2 2222222222222 1 2 8 33 77777 99999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 2 33 66 33 5555 33 44444444444444444444444444444444444 4444 8888 33 00000 33 2 2 00000000 444 8888888 2 33 555 3 0
lowQualScore : . . .. .. ... .......... ...... .. ..... ... ...... .. .... ........ . ...................................... . .. . ....... .. ..... ... ... . . . ....................................... ..... . .. .. .. .... ............. ...... . ............. . . . .. ..... ..... ......................................................................... .. . .. .. .. .... .. ................................... .... .... .. ..... .. . . ........ ... ....... . .. ... . .
lowQualScore : 2 5 00 22 555 0000000000 555555 88 88888 999 444444 11 3333 11111111 4 99999999999999999999999999999999999999 0 55 0 6666666 66 22222 444 111 1 9 1 666666666666666666666666666666666666666 77777 9 33 55 44 1111 3333333333333 333333 7 0000000000000 0 9 6 99 11111 44444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 7 77 33 44 3333 44 55555555555555555555555555555555555 7777 9999 11 00000 22 4 4 88888888 444 0000000 7 77 000 1 7
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAA--CGA-AAT----------CAAACGTC-T-TTCAA--CGTCG---NTTCAACGTCGAAAT------GCG-ACGTTGA---TTCAA--------CG-T-----C---------GAAA-----TC------------CG-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCG----GATTTCGACGTCG-G-TTCA-AT-TAA-----------C-AAAAT----------C----------AAACATCTTTC-AA--C-GTCGTTTCAAC----GTC---GAAAT--GCGACGTTG---N--TT-CAACGTC-GA----------AATNC-G-ACGT--T-----G---TTTCAA---C-------GTCG------G-A----T--TT-----CGACGTCGGTTCAAT-TAA-----C---AA-AA--TC-AA-AC--ATC-TT--T----CAA--CGT--------C---G--------------TT------T----CGACGTCGA--A--ATN-C--GA--CG-T-TG---T---NTC---GACGTCG-------A-A--TC---AAC-GTTGATAT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGACGTCG--GTTCAATTAA--CGA-AAT----------CAAACGTC-T-TTCAA--CGTCG---TTTCAACGTCGAAAT------GCG-ACGTTGN---TTCAA--------CG-T-----C---------GAAA-----TC------------CG-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCG----GATTTCGACGTCG-G-TTCA-AT-TAA-----------C-AAAAT----------C----------AAACATCTTTC-AA--C-GTCGTTTCAAC----GTC---GAAAT--GCGACGTTG---N--TT-CAACGTC-GA----------AATNC-G-ACGT--T-----G---TTTCAA---C-------GTCG------G-A----T--TT-----CGACGTCGGTTCAAT-TAA-----C---AA-AA--TC-AA-AC--ATC-TT--T----CAA--CGT--------C---G--------------TT------T----CAACGTCGA--A--ATN-C--GA--CG-T-TG---T---NTC---GACGTTG-------A-A--TC---AAC-GTTGATGT
gi|1 : ----------C----------AAACTTTATTC-AAAAC-GTTGATTCAAC----GTC-----AGT--GCAACGTTG---AAATT-CAACGTC-GA----------AATGA-GAACGT--T-----G---TATCAA---C-------GTTGAAAAATG-G----TTGTT-----CGACGTCG--CC--------------------A--CC-AA-AT--A-------T----CAA-------------C---G--------------TT------TGAAACAACGTTG------ATA-C--AA--CG-T-TG---C---GT
gi|1 : gc--------------TT------T----TAACGTC----A--CTT-A--GA--CG-T-TG---T---CTA---GACGTCGGAT----G-A--TC---AAC-ggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--C-GTTGTTTCAAC----GTCA--GAAAC--A-GACGTTG---G--AA-CAACGTCAGA----------AACA--G-ACGT--T-----G---GAACAA---C-------GTCA------G-A----A--AC-----AGACGTC---TAAA---AAACTTTC---AT-AT--TC-AA-CC--AGT-AT--C----CAA--CGT--------A---A--------------AT------C----CGACGTCAG--A--AAC-T--GA--CG-T-TG---T---GGA---GACGTCT-------A-T--CC---AAC-aaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattg----------CAAACTTG-A-TTCAAAACGTCG---ATTCAACGTC--AGT------GCA-ACGTTGAAATTTCAA--------CG-T-----C---------GAAA-----TG------------TGAA--C-GTTG---T---ATCAACG--TTG----AAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|14 : gaacaaccatttCG--TTG----AATTAC--CGTCG-G-TTCT-AT-TAA-----------C-AAAAT----------T----------AAA----------A--C--TC-TTCCGAC----GTC---AAAAT--ACGATGTTG---T--TT-CAACGTT-TG----------AATAC-G-A-GT--T-----G---TTTCAA---C------------------------T--TT------------AGTTCAAT-TAA-----C---AA-AA--TC-AA-AC--ATC-TT--T----TAA--GGC--------C---A--------------TT------T----CAACGTCAA--A--ATG-C--GA--CG-T-T----T---TTC---AAC-TTG-------A-A--TA---AAC-GTTCATATggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : GTTCAAT-TAA-----T---AT-AC--TC-AATAC--TTA-TT--T----CAG--AGT-----------------------------------------GACGTTGA--A----T-C--AA--CG-TCTGA--T---TTC---GGCGTCG-------G-A--TC---AAgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAA--CAA-AAT----------CAAACATC-T-TTCAA--CGTC----------------------------------GA---TTCAA--------CG-T-----C---------GAAA-----TC------------CG-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCA----GATTTCGACGTCG-G---------------------------------------------------AAACATCTTTC-GA--C-GTCATTTCttaacaaaatcaaacatctttcaacgtcgattcaacgtcgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgacgtcggaaacatctttcgacgtcatttc
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtg-AC--ATC-TTATT----CAA--CGG------------G--------------T--------------ACAT-GA--G--AAG-C--AA--CG-T-TGA--T---ATCCAAAACGTTG-------A-A--AC---AACTGTTGATAT
gi|16 : TCAACG--TTG----AATTTCG--GTT----TTCA-AAATAAAGGTGTGAGAGC-AAAGT----------C----------AGATATC-----AA--CAGTTGTTTCAAC----GTTTTGGATAT---CAACGTTG---C--TT-Cctgactttgctctcacacctttattttgaaaaccgaaattcaacgttgatctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
gi|16 : acatcttattcaacgggtacatgaACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAA--CG---------------CCAAC--C-T-TT-AA--CATGA---GATCAACGTTGAATT------TCG---GTT-----TTCAAAATAAAGGTG-TGAGAGC---------AAAG-----TCAGATAT------CA-A--CAGTTG---T---TTCAACGTTTTG----GATATCAACGTTG-C-TTCtctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG-G-TTCT-AT-TAA-----------C-AAAAT----------T----------AAAC------C-A---C--TC-TTCCGAC----GTC---AAAAT--ACGAT-TTG---T--TT-CAACGTT-TG----------AATAC-A-GAGT--T-----G---TT-CAA---C---------------------------------------TTAGTTCAA---AA-----C---AA-AAATTC-AA-AC--ATCTTT--T----TTA--GGC--------C---C--------------TT------T----CAACGTCAA--ATTATT-TTGGA--CGTT-TA---T---TTC---AAC-TTG-------A-A--gcctgc
gi|19 : tgAACGTTGT-TTCAA--CGTTA---TTGCAACGTTGATATTTGGTGGCG-ACGTTGA---CCCAA--------CGTT-----C---------TCAT-----TT------------CG-A--C-GTTGAAAT---TTAAACG--TTG----CATT--GACGTTG-A-ATCA-A
gi|2 : cacgcAC--GCAACGTTG---T--TT-CAACGTT-GT----------A--TC-A-ACGT--T-----G--------A---T-------ATCT------G-G----T--GG-----CGACGTCG---------AA-----C---AA------C-----C--ATT-TT--T----CAA--CGT--------T---GATACAACGTTCTCATT------T----CGACGTTGA--A--ATTTC--AA--CG-T-TG---C---ATT---GACGTTG-------A-A--TC---AAC-GTT
gi|2 : cC-AA-AC--TTG-TT--T----CAAAACGT--------T---G--------------AT------T----CAACGTC----A--ATG-C--AA--CG-T-TGAAAT---TTC---AACGTCG-------A-A--ATGAGAAC-GTTGttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|21 : cacgcaacgttgtttcaacgttgtatcaacgttgatatctggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgata-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCA----GATTTCGATGTC--G-TTCA-AT-TAA-----------C-AAAAT----------C----------AAACATCTGTC-AA--gcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGC-A-ACGT--T-----G---TATCAA---C-------GTTG------ATA----T--TTGGTGGCGACGTCG---------AA-----C---AACAA--TT-CA-CC--AAC-GT--TGATACAA--CGTTCT-----C---A--------------TT------T----CGATGTTGA--A--ATTTC--AA--CT-T-TG---C---ACT---GATGTTG-------A-A--TC---AAC-GTT
gi|3 : TCA-AT-TAAGA---------C-AAAAT----------ATAATTATTAGAAACATTTCCC-AA--A-CTTGATTCAA--------------------AACGTTG---A--TT-CAACATC-------------AGTGC-A-AAGT--T-----G-------AA-----------------------A----T--TT-----CAACATCG---------------------A-AA--TG-AG-A------------------A--CGT--------T---G--------------TA------T----CAACGTTGGTGA--ATT---------G-T-TG---T----TC---GACGTCGCCACCAAATA--TC---AAC-GTTGATttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgcaacgttgtTTTCAAC----GTC-----ACT--TAGGCGTTG---T--CT-AGACGTC-GGGTGATCAACTAATTNAG-GCGT--T-----G---TCTAGA---C-------GTCG------G-A----T--tgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatc--------------TT------T----CAACGTC----A--CTT-A--GG--CG-T-TG---T---CTA---GACGTCGGGT----G-A--TC---AAC-aaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaatta-G-TTCA-AT-TGA-----------T-ATACT----------C----------AA-TATCTTTTGAA--C--TTATTTCA------------GA-----GTGACGTTG---A--AT-CAACGTC--A----------GATTC-G-ACGT--C-----G---GTTCAA---TTAACAAAATCA------A-ACATCT--TT-----CAACGTCGATTCAACGT-------C---GA-AA--TC-CG-AC--GTTGTT--T----CAA--CGT--------C---A--------------GA------T----C--CGTCGA--A--ATC-C--GA--CG-T-TG---T---TTC---AACGTCA-------G-ATTTC---GAC-GTCGGTaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAA--CAA-AAT----------CAAACATC-T-TTCAA--CGTCG---ATTCAACGTCGAAAT------CCG-ACGTTGT---TTCAA--------CG-T-----CAGATCCGTCGAAA-----TC------------CG-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCA----GATTTCGACGTCG-G-TTCA-AT-TAA-----------CAAAAAT----------C-----------AACATCTTTC-AA--C-GTAATTTCAAT----GTC---GAAAT--GC-ACGTTG---G--TT-CAACGTT-GA----------AATCC-G-ACGT--T-----G---TTTCAA---C-------GTCA------G-A----T--TT-----CGA-G-CGGTTCAAT-TAA-----C---AA-AA--TCGAA-AC--ATC-TT--T----CGA--CGT--------C---A--------------TT------T----CAACGTC-A--A--ATG-C--GA--CG-T-TG---T---TTC---AACGTTG-------A-A--TC---AAC-GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAA--CAA-AAT----------CAAACATC-T-TTCAA--CGTCA---TTTCAACGTCGAAAT------GCA-ACGTTGG---TTCAA--------CG-T-----T---------GAAA-----TC------------CG-A--C-GTTG---T---TTCAACG--TCA----GATTTCGACGTCG-G-TTCA-AT-TAA-----------C-AAAAT----------C----------AAACATCTTTC-AA--C-GTCATTTCAAC----GTC---GAAAT--GCAACGTTG---G--TT-CAACGTT-GA----------AATCC-G-ACGT--T-----G---TTTCAA---C-------GTCA------G-A----T--TT-----CGACGTCGGTTCAAT-TAA-----C---AA-AA--TC-AA-AC--ATC-TT--T----CAA--CGT--------C---A--------------TT------T----CAACGTCGA--A--ATG-T--GA--CG-T-TG---T---TTC---AACGTTG-------A-A--TC---AAC-GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TTG--ATTCAA--AA--CGCTGAT----------TCAACGTC-AATGCAA--CGTTGACATTTCAACGTCGACAT------GAGAACGTTGT---ATCAA--------CG-T-----T---------GAAAAATGGTCGCCAGCAACTATCA-A--C-GTTG---A---TACAGCG--TTG----AA-----ACGTTGCG-TGCGTAT-TGG-----------G-AAATT----------C----------AAACAACGCCC-GA--T-ACC-TATCAGT----GTC---G-GATCAACAATGTTG---A--TG-CAAGGTC-AA----------
gi|8 : GGCGTTG---T--TT-GAATTTC-CC----------AATAC-GCACGCAAC-----G---TTTCAA---C-------GCTG------T-A----T---------CAACGTTGAT--AGT-TGC-----T---GG------C-GA-CC--ATT-TT--T----CAA--CGTTGATACAAC---G--------------TTCTCATGT----CGACGTTGA--A--ATGTC--AA--CG-T-TG---C---ATT---GACGTTG-------A-A--TC---AGC-GTTgtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|8 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgTCAATTAATACAA-AATATGATTATTACAAACTTG-A-TTCAAAACGCTG---ATTCAACGTC--AAT------GCA-ACGTTGACATTTCAA--------CG-T-----C---------GACA-----TG------------AG-AA-C-GTTG---T---ATCAACG--TTG----AA-----AAAT-G-G-TC---GC-CAG-----------C-AA------------------------------CTATC-AA--C-GTTGATACAGC----GTT---GAAAC--GTTGCGTttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|8 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcTCA-AT-TAATA---------C-AAAATATGATTATTAC----------AAACTTGATTC-AAAAC-GCTGATTCAAC----GTC-----AAT--GCAACGTTGACAT--TT-CAACGTC-GA----------CATGA-GAACGT--T-----G---TATCAA---C-------GTTG------A-A----tggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccatttT--C----CAA--TGT--------CCAAA--------------CT------T----CAACGTTG---A--ATA-C--GAACCG-T-TG---TCAATTC---AACGTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ---TTCAA--------CG-T-----T---------GAA------TA------------CG-AACC-GTTG---TCAATTCAACG--TCATTGTAATTT----GTCA-AATCCA-AC---------------C-CAAAT----------T----------AA-----TTTC-AA--C-GT--TTAAAATAATGGTC---GGATT--TCCACTTTG---A--GTACAATGTG-TC----------AATTC-A-AAGT--TCATTTGAACTTTCAAATCC-------AACA------A-A----T--TT-----CAACGTCATTTC--T-CAA-----CGTGAA-AA--CC-GA-AGTGATC-T----------A--CAT--------T---G--------------TT------T----CAACGTTGA--A--ATcattgtaatttgtcaaatccaacccaaattaatttcaacgtttaaaataatggtcggatttccactttgagtacaatgtgtcaattcaaagttcatttgaactttcaaatccaacaaatttcaacgtcatttctcaacgtgaaaaccgaagtgatctacattgtttcaacgttgaaatgactactgcagttataga
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 11111111 2222222222222222222222 2222222 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222222 22222222222222 111111 222222222222222222222 11111111111111111111 111111 11111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 111111111
lowQualScore : 6 1 11 0 33 8 555 11 99999999 4444444444444444444444 1111111 44444444 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 1111 000 44 111111111111111111111 666 1 33333333333333 3 2 9999999 3 555555 0 000000000000000000000 2 1 44 2 77 3 9999 555 33 88888888888888888888 000000 11111 11 6 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 55 99999 55 444 7777 1 8888888 7777 3 33 666666666 3 1 1 777 66
lowQualScore : . . .. . .. . ... .. ........ ...................... ....... ........ . .................................................. . . .... ... .. ..................... ... . .............. . . ....... . ...... . ..................... . . .. . .. . .... ... .. .................... ...... ..... .. . ... .............................................................. . .. ..... .. ... .... . ....... .... . .. ......... . . . ... ..
lowQualScore : 0 0 00 8 66 5 222 00 44444444 5555555555555555555555 1111111 55555555 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777 6 6 4444 000 66 222222222222222222222 444 6 55555555555555 1 9 3333333 1 222222 4 999999999999999999999 9 8 66 9 33 6 0000 000 99 22222222222222222222 222222 33333 44 7 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 00 11111 55 444 7777 4 6666666 1111 5 99 555555555 3 0 0 888 11
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACGA-AATCAAACGTC-T-TTCAA--CGTC---GN---TTCAACGTCG---AAAT------G-CG-A--CGTTG---A---TTCAA--------CG-T-----C---------G------------AAA-----TC------------CG-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CG------GATT--TCGAC--------------GTCG-GTTCA-A-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AA-ACATCTTTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAAT--G--CGACGTTG---N--TTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCG------A-A----T--TT-----CGA-CGTCGGTTCAA--T-TAA-----CAA-AA--T-----C-AAACATC-TTT----CAACGT---CG--TTT----CGACGTCGAA--ATN-C--GACG-TTGTNTCGACGTCG---AA--TCAACGTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACGA-AATCAAACGTC-T-TTCAA--CGTC---GN---TTCAACGTCG---AAAT------G-CG-A--CGTTG---A---TTCAA--------CG-T-----C---------G------------AAA-----TC------------CG-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CG------GATT--TCGAC--------------GTCG-GTTCA-A-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AA-ACATCTTTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAAT--G--CGACGTTG---N--TTCAACGT--C-GAAATNCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCG------G-A----T--TT-----CGA-CGTCGGTTCAA--T-TAA-----CAA-AA--T-----C-AAACATC-TTT----CAACGT---CG--TTT----CGACGTCGAA--ATN-C--GACG-TTGTNTCGACGTCG---AA--TCAACGTTGATAT
gi|1 : ----------C----------AA-ACTTTATTC-AAAACGT--TGAT---TC--AACGT------C---AGT--G--CAACGTTG---AAATTCAACGT--C-GAAATGAGAACGTTG---TATCAAC-------GTTGAAAAATG-G----TTGTT-----CGA-CGTCG--CC-------------------A--C-----C-AAATA-----T----CAA------CG--TTTGAAACAACGTTG----ATA-C--AACG-TTGCGT
gi|1 : gc--TTT----TAACGTC--A--CTT-A--GACG-TTGTCTAGACGTCGGATGA--TCAACggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGAAAC--A---GACGTTG---G--AACAACGT--CAGAAACA-G-ACGTTG---GAACAAC-------GTCA------G-A----A--AC-----AGA-CGTC---TAAA-----AAACTTTCAT-AT--T-----C-AACCAGT-ATC----CAACGT---AA--ATC----CGACGTCAGA--AAC-T--GACG-TTGTGGAGACGTCT---AT--CCAACaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgCAAACTTG-A-TTCAAAACGTC---GA---TTCAACGTC-----AGT------G-CA-A--CGTTG---AAATTTCAA--------CG-T-----C---------G------------AAA-----TG------------TGAA-C----GTTG---TATCAACG--T-------------TG------AAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|14 : gaacaaccatttCG--T-------------TG------AATT--AC--C--------------GTCG-GTTCT-A-------TT-AA--C---AAAAT----------T----------AA-A----------A--C-T--C-TT---CC--GACGT------C-AAAAT--A--CGATGTTG---T--TTCAACGT--T-TGAATACG-A-GTTG---TTTCAAC------------------------T--TT-------------AGTTCAA--T-TAA-----CAA-AA--T-----C-AAACATC-TTT----TAAGGC---CA--TTT----CAACGTCAAA--ATG-C--GACG-TT-TTTCAAC-TTG---AA--TAAACGTTCATATggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : -GTTCA-A-------TT-AA--T---ATACT----------C----------AATACTTATTTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TGATT--T--CGGCGTCG---G--ATCAAT-TAAC-AAAATCAA-ACATC----TTTCAAC-------GTCG------A---------TT-----CAA-CGTCG--------------------A-AA--T-----C-CGACGTTGTTT----CAACGT---CAGATTT----CGACGTCGGA--A-------ACA-TC-TTTCGACGTCgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAA-AATCAAACATC-T-TTCAA--CGTC-------------------------------------------G---A---TTCAA--------CG-T-----C---------G------------AAA-----TC------------CG-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CA------GATT--TCGAC--------------GTCG-G--------------------------------------------------AA-ACATCTTTC-GA--CGT--CATT---TC--atttc
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG-----CCAAC--C-T-TT-AA--CATG---AG---ATCAACGTTG---AATT------T-CG-----GTT--------TTCAAAATAAAGGTG-TGAGAGC---------A------------AAG-----TCAGATAT------CA-A-CA---GTTG---TTTCAACGTTT-------------TG------GATA--TCAAC--------------GTTG-CTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG-GTTCT-A-------TT-AA--C---AAAAT----------T----------AA-AC------C-A---C-T--C-TT---CC--GACGT------C-AAAAT--A--CGAT-TTG---T--TTCAACGT--T-TGAATACA-GAGTTG---TT-CAAC----------------------------------------TTAGTTCAA-----AA-----CAA-AAATT-----C-AAACATCTTTT----TTAGGC---CC--TTT----CAACGTCAAATTATT-TTGGACGTTTATTTCAAC-TTG---AA--gcctgc
gi|19 : tgAACGTTGT-TTCAA--CGTT---AT---TGCAACGTTG---ATATTTGGTGG-CG-A--CGTTG---A---CCCAA--------CGTT-----C---------T------------CAT-----TT------------CG-A-C----GTTGAAATTTAAACG--T-------------TG------CATT----GAC--------------GTTG-AATCA-A-------
gi|2 : cacgcCAAACTTG-T-TTCAAAACGTT---GA---TTCAACGTC-----AAT------G-CA-A--CGTTG---AAATTTCAA--------CG-T-----C---------G------------AAA-----TG------------AG-AAC----GTTG---TATCAACG--T-------------TGAAAAATGGTTGTTCGAC--------------GTCG---CCA------------------------C----------C----------AG-ATATC-----AA--CGT--TGAT---AC--AACGT------T-GAAA------CAACGTTG---
gi|21 : cacg-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CA------GATT--TCGAT--------------GTC--GTTCA-A-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AA-ACATCTGTC-AA--gcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-ACGTTG---TATCAAC-------GTTG------ATA----T--TTGGTGGCGA-CGTCG-----------AA-----CAACAA--T-----T-CACCAAC-GTTGATACAACGTTCTCA--TTT----CGATGTTGAA--ATTTC--AACT-TTGCACTGATGTTG---AA--TCAACGTT
gi|3 : TCA-A-------TT-AAGAC---AAAAT----------ATAATTATTAGAA-ACATTTCCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA----------------------AACGTTG---A--TTCAACAT--C---AGTGCA-AAGTTGAAATTTCAAC-------ATCG------A-A----A--TG-----AGAACGTTGTATCAACGT-TGG-----TGA-A--------------------TT--------GT---TG--TT-----CGACGTCGCC--A-C-C--AA-----ATATCAACGTTG---AT--ACAACGTTGttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgTT-T-TTCAA--CGTC---AC---TTAGGCGTTGTCTAGAC------GTCG-----GGTG---A---T-CAA--------C--T----------------------------AAT-----TN------------AG-G-C----GTTG---TCTAGACG--T-------------CG------GATtgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatc-GTTCA-A-------TT-GA--T---ATACT----------C----------AA--TATCTTTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA-----G--TGACGTTG---A--ATCAACGT--C--AGATTCG-ACGTCG---GTTCAATTAACAAAATCA------A-ACATCT--TT-----CAA-CGTCGATTCAA--CGT-------CGA-AA--T-----C-CGACGTTGTTT----CAACGT---CA--GAT----C--CGTCGAA--ATC-C--GACG-TTGTTTCAACGTCA---GATTTCGACGTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAA-AATCAAACATC-T-TTCAA--CGTC---GA---TTCAACGTCG---AAAT------C-CG-A--CGTTG---T---TTCAA--------CG-T-----CAGATCCGTCG------------AAA-----TC------------CG-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CA------GATT--TCGAC--------------GTCG-GTTCA-A-------TT-AA--CA--AAAAT----------C-----------A-ACATCTTTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GAAAT--G--C-ACGTTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCA------G-A----T--TT-----CGA--G-CGGTTCAA--T-TAA-----CAA-AA--T-----CGAAACATC-TTT----CGACGT---CA--TTT----CAACGTC-AA--ATG-C--GACG-TTGTTTCAACGTTG---AA--TCAACGTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAA-AATCAAACATC-T-TTCAA--CGTC---AT---TTCAACGTCG---AAAT------G-CA-A--CGTTG---G---TTCAA--------CG-T-----T---------G------------AAA-----TC------------CG-A-C----GTTG---TTTCAACG--T-------------CA------GATT--TCGAC--------------GTCG-GTTCA-A-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AA-ACATCTTTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GAAAT--G--CAACGTTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCA------G-A----T--TT-----CGA-CGTCGGTTCAA--T-TAA-----CAA-AA--T-----C-AAACATC-TTT----CAACGT---CA--TTT----CAACGTCGAA--ATG-T--GACG-TTGTTTCAACGTTG---AA--TCAACGTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : ATTACAAACTTG--ATTCAA--AACGCTGATTCAACGTC-AATGCAA--CGTT---GACATTTCAACGTCG---ACAT------G-AGAA--CGTTG---T---ATCAA--------CG-T-----T---------G------------AAAAATGGTCGCCAGCAACTATCA-A-C----GTTG---ATACAGCG--T-------------TG------AA-------AC--------------GTTGCGTGCGTA-------TT-GG--G---AAATT----------C----------AA-ACAACGCCC-GA--TAC--C-TA---TC--AGTGT------C-G-GATCAA--CAATGTTG---A--TGCAAGGT--C-AA
gi|8 : ACGCTG---A--TTCAACGT--C---AATGCA-ACGTTGACATTTCAAC-------GTCG------ACA----T--GA-----GAA-CGTTGTATCAACGT-TGA------AA-AA--TGGTCGC-CAGCAAC-TAT----CAACGT---TG--ATA----CAGCGTTGAA----------ACG-TTGCGTaatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|8 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcTCA-A-------TT-AATAC---AAAATATGATTATTAC----------AA-ACTTGATTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C---AAT--G--CAACGTTGACAT--TTCAACGT--C-GACATGAGAACGTTG---TATCAAC-------GTTG------A-A----tttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccattt-TCCAA--TGTCCAAAC---TTCAACGTTG---AA-T------A-CG-AACCGTTGTCAA---TTCAA--------CG-T-----C---------ATTGTAATTTGTCAAA-----TC------------CA-A-CCCAAATTAA--TTTCAACG--TTTAAAATAATGGTCG------GATT--TCCACTTTGAGTACAATGTGTCA-ATTCA-AAGTTCATTTGAA--CTTTCAAAT----------C----------CA-ACAAATTTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GAAGT--GATCTACATTG---T--TTCAACGT--T-GAAATtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222 333333333333333 1111 888888888888888888888888888888888888888 111111 1111 2222222222222 33333333333333 1111111 111111 222222222222222222222 111111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 3 3 33 55 4 44444 2 555555555555555 3333 444444444444444444444444444444444444444 999999 7777 5 66 7777777777777 3 33333333333333 3333333 4 666666 777777777777777777777 2 555 3 88 4 6 44 555555555 99999 555 2222 55 0 8 2 444 1 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 33 6666 0 5555555555 33333333 2 2 66 1 555 44 777
lowQualScore : . . .. .. . ..... . ............... .... ....................................... ...... .... . .. ............. . .............. ....... . ...... ..................... . ... . .. . . .. ......... ..... ... .... .. . . . ... . .. ............................................................................................................................. .... .. .... . .......... ........ . . .. . ... .. ...
lowQualScore : 2 0 88 22 5 00000 2 000000000000000 5555 222222222222222222222222222222222222222 222222 9999 7 99 5555555555555 0 66666666666666 0000000 0 111111 999999999999999999999 7 777 3 55 6 3 22 777777777 55555 888 6666 88 1 6 9 777 3 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 33 1111 6 2222222222 22222222 9 9 88 0 444 22 000
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ANTTCAACGTCG---AAATN-CGA--CGTTG---ATTCAA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CGGATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AAACATCT-TTC-AA--CGTCGTTTC--AACGT------C-GAAATG--CGACGTT---GN---TTCAACGTC-GAAATGCG-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTCG------A-A----T-----TT-----CGA-CGTCGGT-TCAA--T-T----AA-----CGA-AA--TC-GA-A----CATC-TTT----CAACG--------------T---CGTTT----CG-ACGT----CGAA--A-TT-C--GA--------CG-T-TG--TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACGAAATCAAACGTCTTTCAACGTC---GNTTCAACGTCG---AAATG-CGA--CGTTG---ATTCAA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CGGATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AAACATCT-TTC-AA--CGTCGTTTC--AACGT------C-GAAATG--CGACGTT---GN---TTCAACGTC-GAAATGCG-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTCG------A-A----T-----TT-----CGA-CGTCGGT-TCAA--T-T----AA-----CAA-AA--TC-AA-A----CATC-TTT----CAACG--------------T---CGTTT----CG-ACGT----CGAA--A-TN-C--GA--------CG-T-TG--TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : ----------C----------AAACTTTA-TTC-AAAACGTTGATTC--AACGT------C---AGTG--CAACGTT---GAAA-TTCAACGTC-GAAATGAGAA-CGTTG---TATCAA--C-------GTTGAAA---A-A----TGGTTGTT-----CGA-CGTCG---CC-----------------------A--CC-AA-A----TA-----T----CAA--------------------CGTTTGAAACA-ACGT----TG----A-TA-C--AA--------CG-T-TG--CGT
gi|1 : gcTTT----TA-ACGT----C--A--C-TT-A--GA--------CG-T-TG--TCTAGACGTCGGATGA--TCAAC---ggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--CGTTGTTTC--AACGT------CAGAAACA---GACGTT---GG---AACAACGTCAGAAACA-G-A-CGTTG---GAACAA--C-------GTCA------G-A----A-----AC-----AGA-CGTC----TAAA---------AAACTTTCAT-AT--TC-AA-C----CAGT-ATC----CAACG--------------T---AAATC----CG-ACGT----CAGA--A-AC-T--GA--------CG-T-TG--TGGAGACGTCT---AT--CCAAC---aaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattg----------AAACGTCGATTC-AA--CGTCAGTGC--AACGT------T-GAAAT------------------TTCAACGTC-GAAATGTGAA-CGTTG---TATCAA--C-------GTTG------A-A----ccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatttTTG---ATTCAAAAC-------GTCG------A------------TT-----CAA-CGTCAGT-GCAA--tgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttcacatttcgacgttgaaatttcaacgCG--T-------------TGAATTAC--C--------------GTCGGTTCTA-------TT-AA--C---AAAAT----------T----------AAA-----------A--C-TC-TTCC--GACGT------C-AAAATA--CGATGTT---GT---TTCAACGTT-TGAATACG-A--GTTG---TTTCAA--C------------------------T-----TT-------------AGT-TCAA--T-T----AA-----CAA-AA--TC-AA-A----CATC-TTT----TAAGG--------------C---CATTT----CA-ACGT----CAAA--A-TG-C--GA--------CG-T-T---TTTCAAC-TTG---AA--TAAAC---GTTCATATgtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : GT-TCAA--T-T----AA-----TAT-AC--TC-AATA----CTTA-TTT----CAGAG--------------T-------------G-ACGT----TGAA-----T-C--AA--------CG-TCTGA-TTTCGGCGTCG---GA--TCAAgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---------------------------------G---ATTCAA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGG-------------------------------------------------AAACATCT-TTC-GA--CGTCATTTC--ttaacaaaatcaaacatctttcaacgtcgattcaacgtcgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgacgtcggaaacatctttcgacgtcatttc
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC--CTTT-AACATG---AGATCAACGTTG---AATTT-CG----GTT-----TTCAAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------AAGTCAGATATCAACA---GTTG-TTTCAACGTTT-------------TGGATATCAAC--------------GTTGCTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaGGTTCTA-------TT-AA--C---AAAAT----------T----------AAAC-------C-A---C-TC-TTCC--GACGT------C-AAAATA--CGAT-TT---GT---TTCAACGTT-TGAATACA-G-AGTTG---TT-CAA--C-------------------------------------------TTAGT-TCAA---------AA-----CAA-AAATTC-AA-A----CATCTTTT----TTAGG--------------C---CCTTT----CA-ACGT----CAAATTA-TT-TTGGA--------CGTT-TA--TTTCAAC-TTG---AA--gcctgc
gi|19 : tgACGCA-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTT---------A----T-----TG-----CAA-CGTTGAT----A--T-TTGGTGG-----CGA-CG--TT-GA-C----C-----------CAACG--------------TTCTCATTT----CG-ACGT----TGAA--A-TT-T--AAA-------CG-T-TG--CATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|19 : cTTC--AACGT------C---AATG--CAACGTTTAAAT---TTCAACGTC-GAAATGAGAA-CGTTG---GGTCAA--C-------GTCGCCACCAA-A----T-----AT-----CAA-CGTTG----CAA----T----AA-----C
gi|2 : cacgcaacgttgtttcaacACGCA-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTTG-------------T-----AT-----CAA-CGTTGATATCTG--G-T----GG-----CGA-CG--TC-GA-ACAACCATT-TTT----CAACGTTGATACAACGTTCT---CATTT----CG-ACGT----TGAA--ATTT-C--AA--------CG-T-TG--CATTGACGTTG---AA--TCAAC---GTTtcaa
gi|21 : cAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CAGATTTCGAT--------------GTC-GTTCAA-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AAACATCT-GTC-AA--ttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-A-CGTTG---TATCAA--C-------GTTG------ATA----T-----TTGGTGGCGA-CGTCG----------------AA-----CAACAA--TT-CA-C----CAAC-GTTGATACAACG--------------TTCTCATTT----CG-ATGT----TGAA--A-TTTC--AA--------CT-T-TG--CACTGATGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|3 : TCAA-------TT-AAGAC---AAAAT----------ATAATTATTAGAAACATTT-CCC-AA--ACTTGATTC--AA--------------------AACGTT---GA---TTCAACATC---AGTGCA-A-AGTTGAAATTTCAA--C-------ATCG------A-A----A-----TG-----AGAACGTTGTA-TCAACGT-T----GG-----TGA-A--------------------TT--------G--------------T---TGTT-----CG-ACGT----CGCC--A--C-C--AA--------------A--TATCAACGTTG---AT--ACAAC---GTTGttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgTTTTTCAACGTC---ACTTAGGCGTTGTCTAGACGTCG----GGTG---AT-CAA--------C-T----------------------------AATTN------AGGC----GTTG-TCTAGACG--T-------------CGGATtgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCAA-------TT-GA--T---ATACT----------C----------AA-TATCT-TTTGAA--C-TTATTTC--A------------GA---G--TGACGTT---GA---ATCAACGTC--AGATTCG-A-CGTCG---GTTCAA--TTAACAAAATCA------A-ACATCT-----TT-----CAA-CGTCGAT-TCAA--CGT-----------CGA-AA--TC-CG-A----CGTTGTTT----CAACG--------------T---CAGAT----C---CGT----CGAA--A-TC-C--GA--------CG-T-TG--TTTCAACGTCA---GATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---GATTCAACGTCG---AAATC-CGA--CGTTG---TTTCAA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--CA--AAAAT----------C-----------AACATCT-TTC-AA--CGTAATTTC--AATGT------C-GAAATG--C-ACGTT---GG---TTCAACGTT-GAAATCCG-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTCA------G-A----T-----TT-----CGA--G-CGGT-TCAA--T-T----AA-----CAA-AA--TCGAA-A----CATC-TTT----CGACG--------------T---CATTT----CA-ACGT----C-AA--A-TG-C--GA--------CG-T-TG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ATTTCAACGTCG---AAATG-CAA--CGTTG---GTTCAA--------CGT-----T---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAAT----------C----------AAACATCT-TTC-AA--CGTCATTTC--AACGT------C-GAAATG--CAACGTT---GG---TTCAACGTT-GAAATCCG-A-CGTTG---TTTCAA--C-------GTCA------G-A----T-----TT-----CGA-CGTCGGT-TCAA--T-T----AA-----CAA-AA--TC-AA-A----CATC-TTT----CAACG--------------T---CATTT----CA-ACGT----CGAA--A-TG-T--GA--------CG-T-TG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCAA-------TT-AATAC---AAAATATGATTATTAC----------AAACTTGA-TTC-AAAACGCTGATTC--AACGT------C---AATG--CAACGTT---GACATTTCAACGTC-GACATGAG-AACGTTG---TATCAA--C-------GTTGA-----A-A----A-----AT-----GGT-CGCCAG---CAA--C-T----AT-----CAA-CG--TT-GATA----CAGC-GTT----GAAA-------------------CGTTG----CGTGCGTATTGGGAA--A-TT-C--AAACAACGCCCG-A-TACCTATCAGTGTCG---GA--TCAACAATGTTGATG
gi|9 : ttgaccttgTCCAATGTCCAAACTTCAACGTTG---AA-TA-CGAACCGTTGTCAATTCAA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCAAATC------CAACCCAAATTAATTTCAACG--TTTAAAATAATGGTCGGATTTCCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCAAAGTTCATTTGAA--CTTTCAAAT----------C----------CAACAAAT-TTC-AA--CGTCATTTCTCAACGTGAAAACC-GAAGTGATCTACATT---GT---TTCAACGTT-GAAATGtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111 4444444444444444444444444444 111111 1111 333333333333333333333 22222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222 111111 1 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 111111111111 11111111
lowQualScore : 3 1 99 222 4 66 66 4 666666666666666666666666666666666666666666 66 66666666 9999999999999999999999999999 222222 4 2222 4 55 000000000000000000000 55 3 33333333333333 1 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 6666 2 66 4444 444 33 2222222222222222222222 3 222222 66666 11 0 555 1 0000000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999 44 444444444444 222222222222 33333333 55 1 777 66 888
lowQualScore : . . .. ... . .. .. . .......................................... .. ........ ............................ ...... . .... . .. ..................... .. . .............. . . .............................................. . . .... . .. .... ... .. ...................... . ...... ..... .. . ... . ....... ..................................................................................... ........ .. ............ ............ ........ .. . ... .. ...
lowQualScore : 2 0 22 444 4 11 11 4 999999999999999999999999999999999999999999 11 11111111 9999999999999999999999999999 888888 0 5555 0 00 333333333333333333333 00 2 55555555555555 8 5 1111111111111111111111111111111111111111111111 7 4 7777 7 99 2222 777 77 5555555555555555555555 1 111111 33333 99 0 888 8 8888888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 22 555555555555 444444444444 22222222 00 0 000 11 888
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ANTTCAACGTCGAAATNC-GA--CGT----TG---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTG---N--TTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCG---A-A----T-----TT-----CG-ACGTCGG-------TT--CA-A--T-T----AACGAA-ATCG-A-ACGTC-TTT----CAACGT---CG--TTTCG-ACGT----C-G-----AAA------T-T-C-GA--------CGTTG--TTTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ANTTCAACGTCGAAATNC-GA--CGT----TG---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTG---N--TTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCG---A-A----T-----TT-----CG-ACGTCGG-------TT--CA-A--T-T----AACGAA-ATCG-A-ACATC-TTT----CAACGT---CG--TTTCG-ACGT----C-G-----AAA------T-T-C-GA--------CGTTG--TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : ----------C----------AA-ACTTT-A-TTC-AAAACGT--TGAT---TC--AACGT------C---AGTG--C----AACG-TTG---AAATTCAACGT--C-GAAATGAGAACGTTG---TATCAAC-------GTTGAAAA-A----TGGTTGTT-----CG-ACGTCG------------CC-A--C-C----AA--AT-ATC--A-ACG---TTTGAAACAACGT---TG--ATACA-ACGT----T-G-----
gi|1 : gcacg--TTTTA-ACGT----C--------AC------T-T-A-GA--------CGTTG--TCTAGACGTCGGATGA--TCAAC---ggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGAAACA-------GACG-TTG---G--AACAACGT--CAGAAACA-G-ACGTTG---GAACAAC-------GTCA---G-A----A-----AC-----AG-ACGTCTAAAAAACTTT--CATA--T-T------C--A-ACC--A-GTATC--------CAACGT---AA--ATCCG-ACGT----CAG-----AAA------C-T---GA--------CGTTG--TGGAGACGTCT---AT--CCAAC---aaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgG--GTTTGATAAACAAAGACAAA--A-TATTATTATTA--CAGAC---ACTTC-----CCAAAC---------T----TG---A---TTCAAAA--------CGT-----C---------G--------------ATT------CA-AC----GTCA-GTGCAACG--T-------------TGA-----AAT--TTCAAC--------------GTCG------------------------AAA----------------------------------T-GTG-AA--CGT--TGTA---TC--AACGT------T-GAAAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatt----------AA-ACGTC-GATTC-AA--CGT--CAGT---GC--AACGT------T-GAAAT----------------------TTCAACGT--C-GAAATGTGAACGTTG---TATCAAC-------GTTG---A-A----tttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttCG--T-------------TG------AAT--TAC--C--------------GTCGGTTCTA-------TT-AA--C---AAAA--T----------T----------AA-A------------A--C-T--C-TT---CC--GACGT------C-AAAATA--C----GATG-TTG---T--TTCAACGT--T-TGAATACG-A-GTTG---TTTCAAC---------------------T-----TT-------------AG-------TT--CA-A--T-T----AACAAA-ATCA-A-ACATC-TTT----TAAGGC---CA--TTTCA-ACGT----C-A-----AAA------T-G-C-GA--------CGTT---TTTCAAC-TTG---AA--TAAAC---GTTCATATtgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : GTTCAA-------TT-AA--T---ATAC--T----------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TGATTT--C----GGCG-TCG---G--ATCAAT-TAAC-AAAATCAA-ACATC----TTTCAAC-------GTCG---A------------TT-----CA-ACGTCG-----------------------------AA-ATCC-G-ACGTTGTTT----CAACGT---CAGATTTCG-ACGT----C-G-----GAAACATCTT-T-C-GA--------CGTCA--TTTCgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC----------------------------------G---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGG---------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--CGT--CATT---TC--
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC----CTT-T-A--A--C-ATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GT----T--------TTC--AAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------AAGTCAGATATCA-ACA---GTTG-TTTCAACGTTT-------------TG------GAT--ATCAAC--------------GTTGCTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCTT-CCG--A--C-GTC---A-----------AAATAC-GA--T-T----TG---T---TTC--AA--------CGT-----T---------T------------GAATA------CA-GA----GTTG-TT-CAAC---------------------------------------------------TTAGTTCAA----------AA--C---AAAAATT----------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--GGC--CCTT---TC--AACGT------C-AAATTA--TTTTGGACGTTTA---T--TTCAAC-T--T-GAAgcctgc
gi|19 : tgACGCA-ACGTTG---TTTCAAC-------GTT------A----T-----TG-----CA-ACGTTGA-------T------A--T-TTGGTGGCGAC-GTTG-A-CC-----------CAACGTTCTCA--TTTCG-ACGT----T-G-----AAA------T-T-TAAA--------CGTTG--CATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|2 : cCAAAC-T-TGTT-TCA--AAAC-GTT---GATTCAACGTC--AATGC-AA--CGT----TG---AAATTTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATG------AGAAC----GTTG-TATCAACG--T-------------TGAAAAATGGTTGTTCGAC--------------GTCG--CC-----------------------A--C----------C----------AG-ATA------TC-AA--CGT--TGAT---AC--AACGT------T-GAAA----C----AACG-TTG---
gi|21 : cacg-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAT--------------GTC-GTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--gcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-ACGTTG---TATCAAC-------GTTG---ATA----T-----TTGGTGGCG-ACGTCGA-------ACAACA-A--T-T----CACCAACGTTG-ATACAAC-GTT----C----T---CA--TTTCG-ATGT----T-G-----AAA------T-TTC-AA--------CTTTG--CACTGATGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|3 : TCAA-------TT-AAGAC---AAAA--T----------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA------------------------AACG-TTG---A--TTCAACAT--C---AGTGCA-AAGTTGAAATTTCAAC-------ATCG---A-A----A-----TG-----AGAACGTTGT-------AT--CA-ACGT-T----GGTGAA--------------TT---------GT---TG---TTCG-ACGT----C-GCCACCAAA------TAT-C-AA--------CGTTG--ATACAACGTTG---ttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acg-TTTT-TCA--A--C-GTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGGTG---A---T-C--AA--------C-T----------------------------AATTN------AG-GC----GTTG-TCTAGACG--T-------------CG------GAT--tgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCAA-------TT-GA--T---ATAC--T----------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA---G--T----GACG-TTG---A--ATCAACGT--C--AGATTCG-ACGTCG---GTTCAATTAACAAAATCA---A-ACATCT-----TT-----CA-ACGTCGA-------TT--CA-A--CGT------CGAA-ATCC-G-ACGTTGTTT----CAACGT---CA--GATC---CGT----C-G-----AAA------T-C-C-GA--------CGTTG--TTTCAACGTCA---GATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGT----TG---T---TTC--AA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--CA--AAAA--T----------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GAAATG--C-----ACG-TTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCA---G-A----T-----TT-----CG-A-G-CGG-------TT--CA-A--T-T----AACAAA-ATCGAA-ACATC-TTT----CGACGT---CA--TTTCA-ACGT----C-------AAA------T-G-C-GA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGT----TG---G---TTC--AA--------CGT-----T---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----AACG-TTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTCAAC-------GTCA---G-A----T-----TT-----CG-ACGTCGG-------TT--CA-A--T-T----AACAAA-ATCA-A-ACATC-TTT----CAACGT---CA--TTTCA-ACGT----C-G-----AAA------T-G-T-GA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCAA-------TT-AATAC---AAAA--TATGATTATTAC----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C---AATG--C----AACG-TTGACAT--TTCAACGT--C-GACATGAGAACGTTG---TATCAAC-------GTTGA--A-A----A-----AT-----GG-TCGCCAG-----------CA-A--C-T----ATCAAC-GTTG-ATACAGC-GTT----GAAA-----CG--TTGCGTGCGTATTGG-G-----AAA------T-T-C-AAACAACGCCCGATACCTATCAGTGTCG---GA--TCAACAATGTTGATG
gi|9 : ttgaccttgT-CCA--A--T-GTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGT----TGTCAA---TTC--AA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCAAATC------CA-ACCCAAATTAATTTCAACG--TTTAAAATAATGGTCG------GAT--TTCCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCAAAGTTCATTTGAA--CTTTCAAA--T----------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GAAGTGATC----TACA-TTG---T--TTCAACGT--T-GAAATGtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222 111111 1 1111111 22222222222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444 11111111111
lowQualScore : 3 1 77 0 222 4 55 55 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000000 3 0000 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 5 2 2 66 33 444 33 4444444444444444444444444444 2 000000 3 33 22 11 2 44 5555555 2 0000000 66666666666666666666666 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000000000000000000 2 77 44444444444 4 2 0 777 66
lowQualScore : . . .. . ... . .. .. . .......................................................................................... ...... . .... . .......................................................................................................... . . . . .. .. ... .. ............................ . ...... . .. .. .. . .. ....... . ....... ....................... . ........................................................ .................... . .. ........... . . . ... ..
lowQualScore : 2 0 99 6 888 0 55 55 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555555 3 4444 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 5 5 55 44 444 44 4444444444444444444444444444 7 666666 6 99 99 44 3 22 8888888 8 0000000 22222222222222222222222 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111111 6 33 00000000000 0 7 7 888 99
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ANTTCAACGTCGA-AATNC-GA--CGT----TG---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GA-AAT-----G--C----GACG-TTG---N--TTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGT--T---G---TNTCAAC-------GTCG---A-A----T-----TT-----CG-ACGTCGA-------TT--CA-A--T-T----GACG--AA-ATCG-AACGTT-TT---T----CAACGT--------CG--TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA-CGTTGTNTCGACGTCG---AA--TCAACGTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ANTTCAACGTCGA-AATNC-GA--CGT----TG---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GA-AAT-----G--C----GACG-TTG---N--TTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGT--T---G---TTTCAAC-------GTCG---A-A----T-----TT-----CG-ACGTCGG-------TT--CA-A--T-T----AACG--AA-ATCG-AACGTC-TT---T----CAACGT--------CG--TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA-CGTTGTTTCGACGTCG---AA--TCAACGTTGATGT
gi|1 : ----------C----------AA-ACTTT-A-TTC-AAAACGT--TGAT---TC--AACGT------C----AGT-----G--C----AACG-TTG---AAATTCAACGT--C-GAAATGAGAACGT--T---G---TATCAAC-------GTTGAAAA-A----TGGTTGTT-----CG-ACGTCG------------CC-A--C-C----AA----AT-ATC--AACG---TT---TGAAACAACGT--------TG--AT------ACAACGTT-G
gi|1 : gcacg--TT------TTAACGTC---AC------T-T-AGA-CGTTGTCTAGACGTCGGATGA--TCAACggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGA-AAC-----A-------GACG-TTG---G--AACAACGT--CAGAAACA-G-ACGT--T---G---GAACAAC-------GTCA---G-A----A-----AC-----AG-ACGTCTAAAAAACTTT--CATA--T-TC---AACC--AGTATCC-AACGT-------------AA-AT--------C------------CGACGTCAGAAA------C-T--GA-CGTTGTGGAGACGTCT---AT--CCAACaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgG--GTTTGATAAACAAAGACAAA--A-TATTATTATTA--CAGAC---ACTTC-----CCA-AAC---------T----TG---A---TTCAAAA--------CGT-----C---------G--------------ATT------CA-AC----GTCA-GTGCAACG--T-------------TGA-----AAT--TTCAAC--------------GTCG------------------------AAA----------------------------------T-GTG-AA--CGT--TGTA---TC--AACGT------T-GA-AAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatt----------AA-ACGTC-GATTC-AA--CGT--CAGT---GC--AACGT------T-GA-AAT---------------------------TTCAACGT--C-GAAATGTGAACGT--T---G---TATCAAC-------GTTG---A-A----tttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAA-C-TCTT-CCG--A--C-GTC---A-----------A-AATAC-GA--TGT----TG---T---TTC--AA--------CGT-----T---------T------------GAATA------CG-A-----GTTG-TTTCAAC---------------------------T--TT---------------------AGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTT-AA--GGC--CATT---TC--AACGT------C-AA-AAT-----G--C----GACG-TT----T--TTCAAC-T--T-GAAtgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccGTTCAA-------TT-AA--T---ATAC--T----------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TG-ATT-----T--C----GGCG-TCG---G--ATCAAT-TAAC-AAAATCAA-ACAT--C-------TTTCAAC-------GTCG---A------------TT-----CA-ACGTCG-------------------------------AA-ATCC-GACGTTGTT---T----CAACGT--------CAGATT------TCGACGTC-GGAAACATCTT-T-CGA-CGTCATTTCtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC-----------------------------------G---A---TTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGG---------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--CGT--CATT---TC--
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC----CTT-T-A--A--C-ATG---AGATCAACGTTGA-ATTTC-G----GT----T--------TTC--AAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------AAGTCAGATATCA-ACA---GTTG-TTTCAACGTTT-------------TG------GAT--ATCAAC--------------GTTGCTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCTT-CCG--A--C-GTC---A-----------A-AATAC-GA--T-T----TG---T---TTC--AA--------CGT-----T---------T------------GAATA------CA-GA----GTTG-TT-CAAC---------------------------------------------------TTAGTTCAA----------AA--C---AAAAATT----------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--GGC--CCTT---TC--AACGT------C-AA-ATT-----A--TTTTGGACGTTTA---T--TTCAAC-T--T-GAAgcctgc
gi|19 : tgACGCA-ACGT--T---G---TTTCAAC-------GTT------A----T-----TG-----CA-ACGTTGA-------T------A--T-TTGGTGGCG--AC-GTTG-ACC--------------CAACGTTCT-----CA--TT------TCGACGTT-GAAA------T-T-TAAACGTTGCATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|2 : cCAAAC-T-TGTT-TCA--AAAC-GTT---GATTCAACGTC---AATGC-AA--CGT----TG---AAATTTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATG------AGAAC----GTTG-TATCAACG--T-------------TGAAAAATGGTTGTTCGAC--------------GTCG--CC-----------------------A--C----------C----------AG-ATA------TC-AA--CGT--TGAT---AC--AACGT------T-GA-AA---------C----AACG-TTG---
gi|21 : cacg-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAT--------------GTC-GTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--gcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-ACGT--T---G---TATCAAC-------GTTG---ATA----T-----TTGGTGGCG-ACGTCGA-------ACAACA-A--T-T----CACC--AACGTTG-A-------T---A----CAACGTTCT-----CA--TT------TCGATGTT-GAAA------T-TTCAA-CTTTGCACTGATGTTG---AA--TCAACGTT
gi|3 : TCAA-------TT-AAGAC---AAAA--T----------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA------------------------------AACG-TTG---A--TTCAACAT--C---AGTGCA-AAGT--T---GAAATTTCAAC-------ATCG---A-A----A-----TG-----AGAACGTTGT-------AT--CA-ACGT-T----GGTG--AA-TT------GTT-GT---T----CGACGT--------CG-----------CCAC--C--AAA------TAT-CAA-CGTTGATACAACGTTG---ttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acg-TTTT-TCA--A--C-GTC---ACTTAGGCGTTG----TCTAGA--CGTCGGGTG---A---T-C--AA--------C-T----------------------------AATTN------AG-GC----GTTG-TCTAGACG--T-------------CG------GAT--tgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCAA-------TT-GA--T---ATAC--T----------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA---------G--T----GACG-TTG---A--ATCAACGT--C--AGATTCG-ACGT--C---G---GTTCAATTAACAAAATCA---A-ACATCT-----TT-----CA-ACGTCGA-------TT--CA-A--CGT------CG--AA-ATCC-GACGTTGTT---T----CAACGT--------CA--GA------TC--CGTC-GAAA------T-C-CGA-CGTTGTTTCAACGTCA---GATTTCGACGTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---GATTCAACGTCGA-AATCC-GA--CGT----TG---T---TTC--AA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--CA--AAAA--T----------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GA-AAT-----G--C-----ACG-TTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGT--T---G---TTTCAAC-------GTCA---G-A----T-----TT-----CG-A-G-CGG-------TT--CA-A--T-T----AACA--AA-ATCGAAACATC-TT---T----CGACGT--------CA--TT------TCAACGTC--AAA------T-G-CGA-CGTTGTTTCAACGTTG---AA--TCAACGTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--A--C-GTC---ATTTCAACGTCGA-AATGC-AA--CGT----TG---G---TTC--AA--------CGT-----T---------G------------AAATC------CG-AC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA------GAT--TTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GA-AAT-----G--C----AACG-TTG---G--TTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGT--T---G---TTTCAAC-------GTCA---G-A----T-----TT-----CG-ACGTCGG-------TT--CA-A--T-T----AACA--AA-ATCA-AACATC-TT---T----CAACGT--------CA--TT------TCAACGTC-GAAA------T-G-TGA-CGTTGTTTCAACGTTG---AA--TCAACGTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCAACATTGTTGATCC-GA--CAC----TG---A---T-----A--------GGT------------------------------ATC------GG-GC----GTTG-TTT----------------------G------AAT--TTC-----------------------CCAA-------T---A--C---G----------------C----------AC-GCAACGT-TTC-AA--CGC--TGTA---TC--AACGT------T-GATAGTTGCTGG--C----GACC-ATT---T--TTCAACGT--T-G--ATACA-ACGT--TCTCA---TGTCGAC-------GTTGA--A-A----T-----GT-----CA-ACGTTG------------C--A--T-T----GACGTTGA-ATC--AGCGTT-TTGAAT----CAA
gi|8 : ttgaccttgca----GGCG-TTG---T--TTGAATTT--C-CCAATACGCACGCAAC---G---TTTCAAC-------GCTG---T-A----T------------CA-ACGTTGA-------T----A-G--T-T----GCTG--G----CG-ACCATT-TT---T----CAACGTTGATACAACG--TTCTCATGTCGACGTT-GAAA------TGT-CAA-CGTTGCATTGACGTTG---AA--TCAGCGTTgtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|8 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgTCAA-------TT-AATAC---AAAA--TATGATTATTAC----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C----AAT-----G--C----AACG-TTGACAT--TTCAACGT--C-GACATGAGAACGT--T---G---TATCAAC-------GTTG---A-A----ttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggcgttgtttgaatttcccaatacgcacgcaacgtttcaacgctgtatcaacgttgatagttgctggcgaccatttT-CCA--A--T-GTCCAAACTTCAACGTTGA-A-TAC-GAACCGT----TGTCAA---TTC--AA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCAAATC------CA-ACCCAAATTAATTTCAACG--TTTAAAATAATGGTCG------GAT--TTCCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCAAAGTTCATTTGAA--CTTTCAAA--T----------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GA-AGT-----GATC----TACA-TTG---T--TTCAACGT--T-GAAATGtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111 2222222222222222222 22222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111 1111111 333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 1111111111
lowQualScore : 3 1 77 0 2222 4 66 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 2222 4 6666666666666666666 1 66666666666666 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 3 33 44 0 555 44 9999999999999999999999 3 8888 5 66666 1 9 44 33 0000000 999999999999999999999999999999 44 44444444444444444444444444 7777 7777 333 3 3 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 888888 3 444444444444 5555 4444444444 44 666
lowQualScore : . . .. . .... . .. . ..................................................................................... ...... .... . ................... . .............. . .............................................. . . . . .. .. . ... .. ...................... . .... . ..... . . .. .. ....... .............................. .. .......................... .... .... ... . . ............................................... .. ...... . ............ .... .......... .. ...
lowQualScore : 2 0 99 6 9999 4 11 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 5555 0 9999999999999999999 9 11111111111111 9 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 1 99 22 5 444 22 8888888888888888888888 3 0000 9 33333 2 2 22 55 0000000 444444444444444444444444444444 00 44444444444444444444444444 1111 1111 222 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777 00 888888 1 666666666666 0000 8888888888 66 444
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ACTTCAACGTCGAAATNC-GA--CGT----TG---NTTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG-GATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTG---NTTCAACGT--C-GAAACGCG-ACGT--TGTNTCAAC-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-GACGTCGAT-T--CA--AT----TGNCGAAATCG-AA----CG----TT-T-T-T-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG--TNTCGACGTCG---A------A--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ANTTCAACGTCGAAATNC-GA--CGT----TG---ATTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CG-GATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTG---NTTCAACGT--C-GAAATGCG-ACGT--TGTNTCAAC-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-GACGTCGAT-T--CA--AT----TGACGAAATCG-AA----CG----TT-T-T-T-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG--TNTCGACGTCG---A------A--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : ACGCA-ACGT--TGTATCAAC-------GTTG--------------------TTT-----CAAACGTTGAT--------ATTTGGTGGCGACGTCG-AACAACCA----TT-T-T-T-CAACGTTGATACAACGTTCT--------CA--------------TT------TCGACGTT-GAAT------T-T-CAA--------CGTTG--CACTGACGTTG---A------A--TCAAC---GTT
gi|1 : gc--------------TT------TTAACGTC---AC------T-T-AGA--------CGTTG--TCTAGACGTCGGATG------A--TCAAC---ttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGAAACA-------GACG-TTG---GAACAACGT--CAGAAACA-G-ACGT--TGGAACAAC-------GTCAG-A-----------------AAC-----A-GACGTCTAA-A--AA--AC----TTTCATATTCA-AC----CA----GT-A-T-C-CAACG--------------T--------AA--------------AT------CCGACGTCAGAAA------C-T--GA--------CGTTG--TGGAGACGTCT---A------T--CCAAC---aaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgG--GTTTGATAAACAAAGACAAA--A-TATTATTATTACAGAC---ACTTC-----CCAAAC---------T----TG---ATTCAAAA--------CGT-----C---------G--------------ATT------CAAC----GTCA-GTGCAACG--T-------------TGAAATTTCAAC--------------GTCG------------------------AAA----------------------------------T-GTG-AA--CGT--TGTA---TC--AACGT------T-GAAAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatt----------AA-ACGTC-GATTC-AA--CGT--CAGT---GC--AACGT------T-GAAAT--------------------TTCAACGT--C-GAAATGTGAACGT--TGTATCAAC-------GTTGA-A-----------------tttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAA-C-TCTT-CCG--AC-GTC---A-----------AAATAC-GA--TGT----TG---TTTC--AA--------CGT-----T---------T------------GAATA------CGA-----GTTG-TTTCAAC----------------------TTT---------------------AGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTT-AA--GGC--CATT---TC--AACGT------C-AAAATG--C----GACG-TT----TTTCAAC-T--T-GAAtgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccGTTCAA-------TT-AA--T---ATAC--T----------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TGATTT--C----GGCG-TCG---GATCAAT-TAAC-AAAAT-----CA---------AAC-------ATC---------------------TTT-----C-AACGTCGAT-T--CA--AC-----GTCGAAATCC-GA----CG----TTGT-T-T-CAACG--------------T--------CAGA------------TT------TCGACGTC-GGAAACATCTT-T-CGA--------CGTCA--TTTCtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC----------------------------------G---ATTC--AA--------CGT-----C---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA-GATTTCGAC--------------GTCGG---------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--CGT--CATT---TC--
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC----CTT-T-A--AC-ATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GT----T-----TTC--AAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------AAGTCAGATATCAACA---GTTG-TTTCAACGTTT-------------TG-GATATCAAC--------------GTTGCTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCTT-CCG--AC-GTC---A-----------AAATAC-GA--T-T----TG---TTTC--AA--------CGT-----T---------T------------GAATA------CAGA----GTTG-TT-CAAC--------------------------------------------TTAGTTCAA----------AA--C---AAAAATT----------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--GGC--CCTT---TC--AACGT------C-AAATTA--TTTTGGACGTTTA---TTTCAAC-T--T-GAAgcctgc
gi|19 : tgACGCA-ACGT--TGTTTCAAC-------GTT---A-----------------TTG-----C-AACGTTGAT-----A--TT----TGGTGG---CG-A-----CG----TT-GAC-C-CAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGACGTT-GAAA------T-T-TAAA-------CGTTG--CATTGACGTTG---A------A--TCAA
gi|2 : cACGCA-ACGT--TGTTTCAAC-------GTTGT-A-----------------T-------C-AACGTTGATAT--CT--GG----TGGCGACGTCG-AA----CAACCATT-T-T-T-CAACG--------------T--------TGATACAACGTTCTCATT------TCGACGTT-GAAA------T-TTCAA--------CGTTG--CATTGACGTTG---A------A--TCAAC---GTT
gi|21 : cAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA-GATTTCGAT--------------GTC-GTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--ttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-ACGT--TGTATCAAC-------GTTGATA-----------------TTTGGTGGC-GACGTCGAA-CAACA--AT----TCAC-----C--AA----CG----TT-G-A-TACAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGATGTT-GAAA------T-TTCAA--------CTTTG--CACTGATGTTG---A------A--TCAAC---GTT
gi|3 : TCAA-------TT-AAGAC---AAAA--T----------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA------------------------AACG-TTG---ATTCAACAT--C---AGTGCA-AAGT--TG-----------------AA-A-----------------TTT-----C-AACATCGA------A--A-----TGA-------G-AA----CG----TT-G-TAT-CAACG--------------T--------TG---------------------------GT---GAA------T-T-------------GTTG--T-TCGACGTCGCC-ACCAAATA--TCAAC---GTTGATttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgcaacgttgt-TTTT-TCA--AC-GTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGGTG---AT-C--AA--------C-T----------------------------AATTN------AGGC----GTTG-TCTAGACG--T-------------CG-GATtgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCAA-------TT-GA--T---ATAC--T----------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA---G--T----GACG-TTG---AATCAACGT--C--AGATTCG-ACGT--CGGTTCAATTAACAAAATCAA-ACATC-------------TTT-----C-AACGTCGAT-T--CA--AC-----GTCGAAATCC-GA----CG----TTGT-T-T-CAACG--------------T--------CA--------------GA------TC--CGTC-GAAA------T-C-CGA--------CGTTG--TTTCAACGTCA---G------ATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGT----TG---TTTC--AA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA-GATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--CA--AAAA--T----------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GAAATG--C-----ACG-TTG---GTTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGT--TGTTTCAAC-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-GA-G-CGGT-T--CA--AT----TAACAAAATCGAAA----CA----TC-T-T-T-CGACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC--AAA------T-G-CGA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---A------A--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGT----TG---GTTC--AA--------CGT-----T---------G------------AAATC------CGAC----GTTG-TTTCAACG--T-------------CA-GATTTCGAC--------------GTCGGTTCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----AACG-TTG---GTTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGT--TGTTTCAAC-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-GACGTCGGT-T--CA--AT----TAACAAAATCA-AA----CA----TC-T-T-T-CAACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC-GAAA------T-G-TGA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---A------A--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCAA-------TT-AATAC---AAAA--TATGATTATTAC----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C---AATG--C----AACG-TTGACATTTCAACGT--C-GACATGAGAACGT--TGTATCAAC-------GTTGA-AAAATGGTCGCCAGCAACTAT-----C-AACGTTGAT-A--CAGCGT----TGA---------AA----CG----TT---------GCG--------------TG-------CG--------------TA------TTGG-----GAAA------T-T-CAAACAACGCCCGATACCTATCAGTGTCG---G------A--TCAACAATGTTGATG
gi|8 : ttgaccttg----GGCG-TTG---TTTGAATTT--C-CCAATACGCACGCAACGTTTCAAC-------GCTGT-A-----------------T-------C-AACGTTGAT-----A--GT----TGCTGG---CG-AC----CA----TT-T-T-T-CAACG--------------TTGATACAACG--------------TTCTCATGTCGACGTT-GAAA------TGT-CAA--------CGTTG--CATTGACGTTG---A------A--TCAGC---GTTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgT-CCA--AT-GTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGT----TGTCAATTC--AA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCAAATC------CAACCCAAATTAATTTCAACG--TTTAAAATAATGGTCG-GATTTCCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCAAAGTTCATTTGAA--CTTTCAAA--T----------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GAAGTGATC----TACA-TTG---TTTCAACGT--T-GAAATGttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111 222222222222222222222 1111111111111111111111 1111111 444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111111 11111111
lowQualScore : 3 1 77 0 5555 4 55 4 333333333333333333333333333 4 9999 55 444444444444444444444444444444444444444 55 111111 1111 3 3 66666666666666666666666666666666666666666 6666 0000000 3 666666 44 111111111111111111111 3 3 3 3 33 44 0 555 44 9999999999999999999999 3 8888 5 999999 66666 1 3 3 66666 3 0000000 222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333 6666 666 3 33333333333333333333333333333333333333333333333 33 111111 666 33333333 888 1 1 1 555 44 666
lowQualScore : . . .. . .... . .. . ........................... . .... .. ....................................... .. ...... .... . . ......................................... .... ....... . ...... .. ..................... . . . . .. .. . ... .. ...................... . .... . ...... ..... . . . ..... . ....... ................................. ..................................... .... ... . ............................................... .. ...... ... ........ ... . . . ... .. ...
lowQualScore : 2 0 99 6 1111 0 55 0 888888888888888888888888888 0 4444 55 000000000000000000000000000000000000000 55 555555 4444 6 6 00000000000000000000000000000000000000000 4444 0000000 1 888888 22 111111111111111111111 1 1 1 1 99 22 5 444 22 8888888888888888888888 3 0000 9 777777 22222 6 1 1 99999 1 0000000 000000000000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666666 5555 555 1 66666666666666666666666666666666666666666666666 66 111111 999 22222222 999 0 1 1 444 66 444
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------AA--ATC------CGAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CGGATTTCGAC--------------GTCGG-T--TCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-G-AA-----ACGCG-A-CGTTG---TNTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-T--CAA--T----TGNCGAANTCG------AA----CG----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG---TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ACTTCAACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------AA--ATC------CGAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CGGATTTCGAC--------------GTCGG-T--TCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-G-AA-----ACGCG-A-CGTTG---TNTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-T--CAA--T----TGNCGAAATCG------AA----CG----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG---TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : -----ACGCA-A-CGTTG---TATCAA-C-------GTTG--------------------TTT-----CAA-ACGTTGAT------A--TTTGGTGGCGACGTCG------AACAACCA----TT-T-TT-CAACGTTGATACAACGTTCT--------CA--------------TT------TCGACGTT-GAAT------T-T-CAA--------CGTTG---CACTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|1 : gc--------------TT------TTAACGTC---AC------T-T-AGA--------CGTTG---TCTAGACGTCGGATGA--TCAAC---ttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|1 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaAAAATCAT-----TTTT-TTA--AC-GTC---ACTTAGACGTTGaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGAAACA-------GACG-TTGG---AACAACGT--CAG-AA-----ACA-G-A-CGTTG---GAACAA-C-------GTCAG-A-----------------AAC-----A-G-ACGTCTAA-A--AAA--C----TTTCATATTCA------AC----CA----GT-A-TC-CAACG--------------T--------AA--------------AT------CCGACGTCAGAAA------C-T--GA--------CGTTG---TGGAGACGTCT---AT--CCAAC---acaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgG--GTTTGATAAACAAAGACAAA--A-TATTATTATTACAGAC---ACTTC-----CCAAAC---------TT-GA---T--TCAA-----------------------------------------------------AAC----GTCG-ATTCAA-CG--T-------------CAG--TGCAAC--------------GTTGA------AA-------TT--T--C---AACG--T----------C----------GA-A-A---T-GTG-AA--CGT--TGTA---TC--AACGT------T-GAAAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatt----------AA-ACGTC-GATTC-AA--CGT--CAGT---GC--AACGT------T-GAAAT--------------------TTCAACGT--C-G-AA-----ATGTGAA-CGTTG---TATCAA-C-------GTTGA-A-----------------tttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAA-C-TCTT-CCG--AC-GTC---A-----------AAATAC-GA--TGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------GA--ATA------CGA-----GTTG-TTTCAA-C---------------------TTT---------------------AG-T--TCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTT-AA--GGC--CATT---TC--AACGT------C-AAAATG--C----GACG-TT-T---TTCAAC-T--T-G-AA-----tgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccG-T--TCAA-------TT-AA--T---ATAC--T----------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TGATTT--C----GGCG-TCGG---ATCAAT-TAAC-A-AA-----A-----------------TCAAAC-------ATC---------------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-T--CAA--C-----GTCGAAATCC------GA----CG----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CAGA------------TT------TCGACGTC-GGAAACATCTT-T-CGA--------CGTCA---TTTCtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC-------------------------------GA---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------AA--ATC------CGAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGG------------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--CGT--CATT---TC--
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC----CTT-T-A--AC-ATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GTT------T--TCAAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------AA--GTCAGATATCAACA---GTTG-TTTCAA-CGTTT-------------TGGATATCAAC--------------GTTGC-T--TC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCTT-CCG--AC-GTC---A-----------AAATAC-GA--T-TT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------GA--ATA------CAGA----GTTG-TT-CAA-C-------------------------------------------TTAG-T--TCAA----------AA--C---AAAAATT----------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--GGC--CCTT---TC--AACGT------C-AAATTA--TTTTGGACGTTTAT---TTCAAC-T--T-G-AA-----gcctgc
gi|19 : tg-----ACGCA-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTT---A-----------------TTG-----C-A-ACGTTGAT-----AT--T----TGGTGG---CG------A-----CG----TT-GACC-CAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGACGTT-GAAA------T-T-TAAA-------CGTTG---CATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|2 : c-----ACGCA-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGATAT--CTG--G----TGGCGACGTCG------AA----CAACCATT-T-TT-CAACG--------------T--------TGATACAACGTTCTCATT------TCGACGTT-GAAA------T-TTCAA--------CGTTG---CATTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|2 : c--CAC--T----TGCCAAACTTGTTTCAAAA----CG----TT-GATT-CAACG--------------T--------CA--------------AT------GCAACGTT-GAAAT-----T-T-CAA--------CGTCGAAATGAGAACGTTG---TA--TCAAC---GTTGAttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|21 : cacgcaacgttgtttcaacgttgtatcaacgttgatatctggtggcgacgtcgaacaaccattttAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CAGATTTCGAT--------------GTC-G-T--TCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--tttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : cc-----ACGCA-A-CGTTG---TATCAA-C-------GTTGATA-----------------TTTGGTGGC-G-ACGTCGAA-CAACAA--T----TCAC-----C-------AA----CG----TT-G-ATACAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGATGTT-GAAA------T-TTCAA--------CTTTG---CACTGATGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|3 : --TCAA-------TT-AAGAC---AAAA--T----------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA------------------------AACG-TTGA---TTCAACAT--C----A-----GTGCA-A-AGTTGAAATTTCAA-C-------ATCGA-A-----------------ATG-----A-GAACGTTGTA-T--CAACGT----TGGTGAATT---------------G----TT-G-TT-CGACG--------------T--------CG-----------------------CCAC--C--AAA------TAT-CAA--------CGTTG---ATACAACGTTG---ttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgTTCAACGTC--ACTTA-GG--CGTT-GT---C--TAGA--------CGT-----C---------G------------GGTGATC-------AAC------TA-ATTNAGGCG--T-------------TG--TCTAGAC--------------GTCGGATGATCAA-------CT-AATTT---AAAA--T----------tgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagaga-TTTT-TCA--AC-GTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGG---TGATCAA--------C-T----------------------------AA--TTN------AGGC----GTTG-TCTAGA-CG--T-------------CGGATaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcG-T--TCAA-------TT-GA--T---ATAC--T----------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA---G--T----GACG-TTGA---ATCAACGT--C---AG-----ATTCG-A-CGTCG---GTTCAA-TTAACAAAATCAA-ACATC-------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-T--CAA--C-----GTCGAAATCC------GA----CG----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CA--------------GA------TC--CGTC-GAAA------T-C-CGA--------CGTTG---TTTCAACGTCA---GATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------AA--ATC------CGAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGG-T--TCAA-------TT-AA--CA--AAAA--T----------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GAAATG--C-----ACG-TTGG---TTCAACGT--T-G-AA-----ATCCG-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-A-G-CGGT-T--CAA--T----TAACAAAATCGA-----AA----CA----TC-T-TT-CGACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC--AAA------T-G-CGA--------CGTTG---TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAAC-A-TCTT-TCA--AC-GTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGTT-GG---T--TCAA--------CGT-----T---------G------------AA--ATC------CGAC----GTTG-TTTCAA-CG--T-------------CAGATTTCGAC--------------GTCGG-T--TCAA-------TT-AA--C---AAAA--T----------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----AACG-TTGG---TTCAACGT--T-G-AA-----ATCCG-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGGT-T--CAA--T----TAACAAAATCA------AA----CA----TC-T-TT-CAACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC-GAAA------T-G-TGA--------CGTTG---TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : --TCAA-------TT-AATAC---AAAA--TATGATTATTAC----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C---AATG--C----AACG-TTGACATTTCAACGT--C-G-AC-----ATGAG-AACGTTG---TATCAA-C-------GTTGA-AAAATGGTCGCCAGCAACTAT-----C-A-ACGTTGAT-A--CAG-------CGTTGA-----------AA----CG----TT--------GCG--------------TG-------CG--------------TA------TTGG-----GAAA------T-T-CAAACAACGCCCGATACC-TATCAGTGTCG---GA--TCAACAATGTTGATG
gi|8 : ttgaccttg----GGCG-TTGT---TTGAATTT--C-CCAATACGCACGCA-A-CGTT------TCAA-C-------GCTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGAT-----AG--T----TGCTGG---CG------AC----CA----TT-T-TT-CAACG--------------TTGATACAACG--------------TTCTCATGTCGACGTT-GAAA------TGT-CAA--------CGTTG---CATTGACGTTG---AA--TCAGC---GTTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgT-CCA--AT-GTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGTT-GTCAAT--TCAA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCAA--ATC------CAACCCAAATTAATTTCAA-CG--TTTAAAATAATGGTCGGATTTCCACTTTGAGTACAATGTGTCAA-T--TCAAAGTTCATTTGAA--CTTTCAAA--T----------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GAAGTGATC----TACA-TTGT---TTCAACGT--T-G-AA-----ATGttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333 111111 11111 444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111111
lowQualScore : 3 1 77 0 88 4 6666 3 00000 44 4444 66666666 4 9999 55 555555555555555555555555555555555555555555 1111111 1111 3 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 222 2 4444 33 444 33 0 222222222222222222222222 2 7777 4 111111 55555 1 2 2 00000 2 9999999 222222222222222222222222222222222 00000000000000000000000000000000000000 333 3 55555555555555555555555555555555555555555555555 0 77 0000000000 33333333 5555 1 555 44 666
lowQualScore : . . .. . .. . .... . ..... .. .... ........ . .... .. .......................................... ....... .... . .... ....................................................................................................................... . ... . .... .. ... .. . ........................ . .... . ...... ..... . . . ..... . ....... ................................. ...................................... ... . ............................................... . .. .......... ........ .... . ... .. ...
lowQualScore : 2 0 99 6 66 0 5555 6 44444 00 2222 00000000 0 4444 55 000000000000000000000000000000000000000000 7777777 4444 6 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 999 7 4444 77 777 77 1 999999999999999999999999 9 0000 7 222222 99999 9 9 9 99999 9 3333333 222222222222222222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999 444 1 77777777777777777777777777777777777777777777777 6 11 1111111111 22222222 0000 1 444 66 444
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTT-TCA--AC-GTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--C-GT--CGTT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-G-AA-----ACGCG-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-TCAA--T----TGNCGAANTCG--AA----C-G----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG--CNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTT-TCA--AC-GTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--C-GT--CGTT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-G-AA-----ACGCG-A-CGTTG---TNTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-TCAA--T----TGNCGAANTCG--AA----C-G----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTG--TNTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : -----ACGCA-A-CGTTG---TATCAA-C-------GTTG--------------------TTT-----CAA-ACGTTGAT----A--TTTGGTGGCGACGTCG--AACAACC-A----TT-T-TT-CAACGTTGATACAACGTTCT--------CA--------------TT------TCGACGTT-GAAT------T-T-CAA--------CGTTG--CACTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|1 : gc--------------TT------TTAACGTC---AC------T-T-AGA--------CGTTG--TCTAGACGTCGGATGA--TCAAC---ttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|1 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaAAAATCAT---TTTT-TTA--AC-GTC---ACTTAGACGTTGaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagaA--C-GT--TGTT---TC--AACGT------CA--GAAACA-------GACG-TTGG---AACAACGT--CAG-AA-----ACA-G-A-CGTTG---GAACAA-C-------GTCAG-A-----------------AAC-----A-G-ACGTCTAA-AAAA--C----TTTCATATTCA--AC----C-A----GT-A-TC-CAACG--------------T--------AA--------------AT------CCGACGTCAGAAA------C-T--GA--------CGTTG--TGGAGACGTCT---AT--CCAAC---acaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattgG--GTTTGATAAACAAAGACAAA-ATATTATTATTACAGAC---ACTTC-----CCAAAC---------TT-GA---T--TCAA-----------------------------------------------------AAC----GTCG-ATTC----AACG--T-------------CAG--TG--------CAAC--------------GTTGA---A--A-------T-T--T-----------C---AACG--T------------C----------GA-A-A---T-GTG-AA--C-GT--TGTA---TC--AACGT------T---GAAAccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|13 : gaacaaccatt----------AA-ACGTC-GATTC-AA--C-GT--CAGT---GC--AACGT------T---GAAAT--------------------TTCAACGT--C-G-AA-----ATGTGAA-CGTTG---TATCAA-C-------GTTGA-A-----------------tttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAACTCTT-CC-----------------GACGTCAAAATAC-GA--TGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CGA-----GTTG-TTTC----AAC---------------------TTT-----------------------------AGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTT-AA--G-GC--CATT---TC--AACGT------C---AAAATG--C----GACG-TT-T---TTCAAC-T--T-G-AA-----tgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccGTTCA--A-------T-T-AA-----------T---ATAC--T------------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--A-GTGACGTTGAATC--AACGT------C---TGATTT--C----GGCG-TCGG---ATCAAT-TAAC-A-AA-----A-----------------TCAAAC-------ATC---------------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-TCAA--C-----GTCGAAATCC--GA----C-G----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CAGA------------TT------TCGACGTC-GGAAACATCTT-T-CGA--------CGTCA--TTTCtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAACATCTT-TCA--AC-GTC-------------------------------GA---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGG-----------------------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--C-GT--CATT---TC--
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgTC----AACG--T-------------TGAATTT--------CG----------------GTT--TTCA--A-------AAT-AAAGGTGTGAGAGC---AAAG--T------------C----------AG-ATATC-------AA--CAGT--TGTT---TC--AACGT------TTTGGATAT---C----AACG-TTGC---TTC
gi|16 : acatcttattcaacgggtacatgaACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC--CTT-T-A--AC-ATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GTT------T--TCAAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------A--AGTCAGATATCAACA---GTTG-TTTC----AACGTTT-------------TGGATAT--------CAAC--------------GTTGCTTCtctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTC-T---------------TCCGACGTCAAAATAC-GA--T-TT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CAGA----GTTG-TT-C----AAC---------------------------------------------------TTAGTTCA--A-----------AA-----------C---AAAAATT------------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--G-GC--CCTT---TC--AACGT------C---AAATTA--TTTTGGACGTTTAT---TTCAAC-T--T-G-AA-----gcctgc
gi|19 : tg-----ACGCA-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTT---A-----------------TTG-----C-A-ACGTTGAT---AT--T----TGGTGG---CG--A-----C-G----TT-GACC-CAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGACGTT-GAAA------T-T-TAAA-------CGTTG--CATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|2 : c-----ACGCA-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGATATCTG--G----TGGCGACGTCG--AA----C-AACCATT-T-TT-CAACG--------------T--------TGATACAACGTTCTCATT------TCGACGTT-GAAA------T-TTCAA--------CGTTG--CATTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|2 : c--AC-GTC---ACTTAGACGTC---ATCTAGA--CGTT-GG---G--T-AA----------T-----C---------A------------ATTAATT------TGAA----ATTC-TCTCTCACAATG--A-------------TGAATTTATAATTTACTAC--------------GTATATAAAGAA-------T-T-AA-----------A---AAAA--TATATAATTATTAT----------AA-ACACT-T-GCC-AA--A-CT--TGTT---TC--AA--------------------------AACG-TTGA---TTCAACGT--C----A-----ATGCA-A-CGTTGAAATTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------ATG-----A-GAACGTTGTA-TCAA-------CGTTGAAA-----AA----TGG----TT-G-TT-CGACG--------------T--------CG-----------------------CCAC--C--AGA------TAT-CAA--------CGTTG--ATACAACGTTG---AA--ACAAC---GTTGttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|21 : cacgAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAT--------------GTC-GTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--ctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : cc-----ACGCA-A-CGTTG---TATCAA-C-------GTTGATA-----------------TTTGGTGGC-G-ACGTCGAA--CAA--C---------AATTCACCAA----C-G----TT-G-ATACAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGATGTT-GAAA------T-TTCAA--------CTTTG--CACTGATGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|3 : TCA--A-------T-T-AAGA---------C---AAAA--T------------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--A-CT--TGAT---TC--AA--------------------------AACG-TTGA---TTCAACAT--C----A-----GTGCA-A-AGTTGAAATTTCAA-C-------ATCGA-A-----------------ATG-----A-GAACGTTGTA-TCAACGT----TGGTGAATT------------G----TT-G-TT-CGACG--------------T--------CG-----------------------CCAC--C--AAA------TAT-CAA--------CGTTG--ATACAACGTTG---ttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : acgTTTT-TCA--AC-GTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGG---TGATCAA--------C-T----------------------------A--ATTN------AGGC----GTTG-TCTA----GACG--T-------------CGGATtgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCA--A-------T-T-GA-----------T---ATAC--T------------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C--T--TATT---TC--A--------------GA---G--T----GACG-TTGA---ATCAACGT--C---AG-----ATTCG-A-CGTCG---GTTCAA-TTAACAAAATCAA-ACATC-------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-TCAA--C-----GTCGAAATCC--GA----C-G----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CA--------------GA------TC--CGTC-GAAA------T-C-CGA--------CGTTG--TTTCAACGTCA---GATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTT-TCA--AC-GTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------CA--AAAA--T------------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--C-GT--AATT---TC--AATGT------C---GAAATG--C-----ACG-TTGG---TTCAACGT--T-G-AA-----ATCCG-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-A-G-CGGT-TCAA--T----TAACAAAATCGA-AA----C-A----TC-T-TT-CGACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC--AAA------T-G-CGA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTT-TCA--AC-GTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGTT-GG---T--TCAA--------CGT-----T---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--C-GT--CATT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----AACG-TTGG---TTCAACGT--T-G-AA-----ATCCG-A-CGTTG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGGT-TCAA--T----TAACAAAATCA--AA----C-A----TC-T-TT-CAACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC-GAAA------T-G-TGA--------CGTTG--TTTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCA--A-------T-T-AATA---------C---AAAA--TATGATTATTA--C----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAAC-GC--TGAT---TC--AACGT------C-----AATG--C----AACG-TTGACATTTCAACGT--C-G-AC-----ATGAG-AACGTTG---TATCAA-C-------GTTGA-AAAATGGTCGCCAGCAACTAT-----C-A-ACGTTGAT-ACAG-------CGTTGA-------AA----C-G----TT--------GCG--------------TG-------CG--------------TA------TTGG-----GAAA------T-T-CAAACAACGCCCGATACCTATCAGTGTCG---GA--TCAACAATGTTGATG
gi|8 : ttgaccttg----GGCG-TTGT---TTGAATTT--C-CCAATACGCACGCA-A-CGTT------TCAA-C-------GCTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGAT---AG--T----TGCTGG---CG--AC----C-A----TT-T-TT-CAACG--------------TTGATACAACG--------------TTCTCATGTCGACGTT-GAAA------TGT-CAA--------CGTTG--CATTGACGTTG---AA--TCAGC---GTTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgT-CCA--AT-GTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGTT-GTCAAT--TCAA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCA--AATC------CAACCCAAATTAATTTC----AACG--TTTAAAATAATGGTCGGATTT--------CCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCA--AAGTTCATT-TGAA-----------CTTTCAAA--T------------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--C-GT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC---GAAGTGATC----TACA-TTGT---TTCAACGT--T-G-AA-----ATGttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 111111 44444444444444444444444 3333333333333333333333 111 444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333 111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111
lowQualScore : 3 1 99 8 2 33333 2 6666 2 8 66 4 0000 66 999999999999999999999999999999999999999999 222222 2222 4 8888 8888888888888888888888888888888888888888888888888 3 44 0000000 3 555555 44 00000000000000000000000 3 3 3 3 33 44 0 555 44 1 1111111111111111111111 3 7777 4 88888 2 5 2 33 000 2 2 9999999 222222222222222222222222222222222 00000000000000000000000000000000000000 333 3 22222222222222222222222222222222222222222222222 33 9999999999 33333333 555 0 0 555 44 666
lowQualScore : . . .. . . ..... . .... . . .. . .... .. .......................................... ...... .... . .... ................................................. . .. ....... . ...... .. ....................... . . . . .. .. . ... .. . ...................... . .... . ..... . . . .. ... . . ....... ................................. ...................................... ... . ............................................... .. .......... ........ ... . . ... .. ...
lowQualScore : 2 0 22 3 9 33333 5 1111 6 9 11 4 3333 11 444444444444444444444444444444444444444444 888888 5555 0 5555 6666666666666666666666666666666666666666666666666 7 66 8888888 3 222222 66 66666666666666666666666 1 1 1 1 99 22 5 444 22 8 7777777777777777777777 1 5555 7 22222 9 7 9 99 000 0 9 3333333 222222222222222222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999 444 1 77777777777777777777777777777777777777777777777 66 1111111111 22222222 222 8 7 888 66 444
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-GAAACGCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-TCAA--T----TGNCGAANTCG--AA----C-G----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTGC--GTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-GAAACGCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-TCAA--T----TGNCGAANTCG--AA----C-G----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTGC--NTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : ACGCA-A-CGT--TG---TATCAA-C-------GTTG--------------------TTT-----CAA-ACGTTGAT----A--TTTGGTGGCGACGTCG--AACAACC-A----TT-T-TT-CAACGTTGATACAACGTTCT--------CA--------------TT------TCGACGTT-GAAT------T-T-CAA--------CGTTGC--ACTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|1 : gc--------------TT------TTAACGTC---AC------T-T-AGA--------CGTTGT--CTAGACGTCGGATGA--TCAAC---ttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|1 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattaAAAATCAT---TTTTTTAACGTC---ACTTAGACGTTGaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagaA--CGT--TGTT---TC--AACGT------CAGAAACA-------GACG-TTGG---AACAACGT--CAGAAACA-G-A-CGT--TG---GAACAA-C-------GTCAG-A-----------------AAC-----A-G-ACGTCTAA-AAAA--C----TTTCATATTCA--AC----C-A----GT-A-TC-CAACG--------------T--------AA--------------AT------CCGACGTCAGAAA------C-T--GA--------CGTTGT--GGAGACGTCT---AT--CCAAC---acaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattg----------AA-ACGTC-GATTC-AA--CGT--CAGT---GC--AACGT------T-GAAAT--------------------TTCAACGT--C-GAAATGTGAA-CGT--TG---TATCAA-C-------GTTGA-A-----------------ccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAACTCTTCC--------------GACGTCAAAATAC-GA--TGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CGA-----GTTG-TTTC----AAC---------------------TTT-----------------------------AGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTT-AA--GGC--CATT---TC--AACGT------C-AAAATG--C----GACG-TT-T---TTCAAC-T--T-GAAtgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccGTTCA--A-------TT-AA--T---ATAC--T------------C----------AATACTTA-T-TTC-AG--AGTGACGTTGAATC--AACGT------C-TGATTT--C----GGCG-TCGG---ATCAAT-TAAC-AAAA-------------------TCAAAC-------ATC---------------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-TCAA--C-----GTCGAAATCC--GA----C-G----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CAGA------------TT------TCGACGTC-GGAAACATCTT-T-CGA--------CGTtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC-------------------------------GA---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGG-------------------------------------------------------AA-ACATC-T-TTC-GA--CGT--CATT---TC--catttc
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC--CTTT-AACATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GTT------T--TCAAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------A--AGTCAGATATCAACA---GTTG-TTTC----AACGTTT-------------TGGATAT--------CAAC--------------GTTGCTTC
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCT------------TCCGACGTCAAAATAC-GA--T-TT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CAGA----GTTG-TT-C----AAC---------------------------------------------------TTAGTTCA--A----------AA--C---AAAAATT------------C----------AA-ACATCTT-TTT-TA--GGC--CCTT---TC--AACGT------C-AAATTA--TTTTGGACGTTTAT---TTCAAC-T--T-GAAgcctgc
gi|19 : tgACGCA-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTT---A-----------------TTG-----C-A-ACGTTGAT---AT--T----TGGTGG---CG--A-----C-G----TT-GACC-CAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGACGTT-GAAA------T-T-TAAA-------CGTTGC--ATTGACGTTG---AA--TCAA
gi|2 : cACGCA-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGATATCTG--G----TGGCGACGTCG--AA----C-AACCATT-T-TT-CAACG--------------T--------TGATACAACGTTCTCATT------TCGACGTT-GAAA------T-TTCAA--------CGTTGC--ATTGACGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|2 : cACGTC---ACTTAGACGTC---ATCTAGA--CGTT-GG---G--T-AA----------T-----C---------A------------ATTAATT------TGAA----ATTC-TCTCTCACAATG--A-------------TGAATTTATAATTTACTAC--------------GTATATAAAGAA-------TT-AA--A---AAAA--TATATAATTATTAT----------AA-ACACT-T-GCC-AA--ACT--TGTT---TC--AA------------------------AACG-TTGA---TTCAACGT--C---AATGCA-A-CGT--TGAAATTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------ATG-----A-GAACGTTGTA-TCAA-------CGTTGAAA-----AA----TGG----TT-G-TT-CGACG--------------T--------CG-----------------------CCAC--C--AGA------TAT-CAA--------CGTTGA--TACAACGTTG---AA--ACAAC---GTTGttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|21 : cacgAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAT--------------GTC-GTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-GTC-AA--ctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-A-CGT--TG---TATCAA-C-------GTTGATA-----------------TTTGGTGGC-G-ACGTCGAA--CAA--C---------AATTCACCAA----C-G----TT-G-ATACAACG--------------TTCT-----CA--------------TT------TCGATGTT-GAAA------T-TTCAA--------CTTTGC--ACTGATGTTG---AA--TCAAC---GTT
gi|3 : TCA--A-------TT-AAGAC---AAAA--T------------ATAATTATTAGAA-ACATT-T-CCC-AA--ACT--TGAT---TC--AA------------------------AACG-TTGA---TTCAACAT--C---AGTGCA-A-AGT--TGAAATTTCAA-C-------ATCGA-A-----------------ATG-----A-GAACGTTGTA-TCAACGT----TGGTGAATT------------G----TT-G-TT-CGACG--------------T--------CGCCACCAAA------TA------TCAACGTT-G--A------T-A-CAA--------CGTTGC--GTttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|3 : TTTTTCAACGTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGG---TGATCAA--------C-T----------------------------A--ATTN------AGGC----GTTG-TCTA----GACG--T-------------CGGATtgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCA--A-------TT-GA--T---ATAC--T------------C----------AA--TATC-T-TTTGAA--C-T--TATT---TC--A------------GA---G--T----GACG-TTGA---ATCAACGT--C--AGATTCG-A-CGT--CG---GTTCAA-TTAACAAAATCAA-ACATC-------------TTT-----C-A-ACGTCGAT-TCAA--C-----GTCGAAATCC--GA----C-G----TTGT-TT-CAACG--------------T--------CA--------------GA------TC--CGTC-GAAA------T-C-CGA--------CGTTGT--TTCAACGTCA---GATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--CA--AAAA--T------------C-----------A-ACATC-T-TTC-AA--CGT--AATT---TC--AATGT------C-GAAATG--C-----ACG-TTGG---TTCAACGT--T-GAAATCCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-A-G-CGGT-TCAA--T----TAACAAAATCGA-AA----C-A----TC-T-TT-CGACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC--AAA------T-G-CGA--------CGTTGT--TTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGTT-GG---T--TCAA--------CGT-----T---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CATT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----AACG-TTGG---TTCAACGT--T-GAAATCCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCAG-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGGT-TCAA--T----TAACAAAATCA--AA----C-A----TC-T-TT-CAACG--------------T--------CA--------------TT------TCAACGTC-GAAA------T-G-TGA--------CGTTGT--TTCAACGTTG---AA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCA--A-------TT-AATAC---AAAA--TATGATTATTA--C----------AA-ACTTG-A-TTC-AAAACGC--TGAT---TC--AACGT------C---AATG--C----AACG-TTGACATTTCAACGT--C-GACATGAG-AACGT--TG---TATCAA-C-------GTTGA-AAAATGGTCGCCAGCAACTAT-----C-A-ACGTTGAT-ACAG-------CGTTGA-------AA----C-G----TT--------GCG--------------TG-------CG--------------TA------TTGG-----GAAA------T-T-CAAACAACGCCCGATACCTATCAGTGTCG---GA--TCAACAATGTTGATG
gi|8 : ttgaccttg----GGCG-TTGT---TTGAATTT--C-CCAATACGCA-CGCAACG---TTTCAA-C-------GCTGT-A-----------------T-------C-A-ACGTTGAT---AG--T----TGCTGG---CG--AC----C-A----TT-T-TT-CAACG--------------TTGATACAACG--------------TTCTCATGTCGACGTT-GAAA------TGT-CAA--------CGTTGC--ATTGACGTTG---AA--TCAGC---GTTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgTCCAATGTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGTT-GTCAAT--TCAA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCA--AATC------CAACCCAAATTAATTTC----AACG--TTTAAAATAATGGTCGGATTT--------CCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCA--AAGTTCATTTGAA--CTTTCAAA--T------------C----------CA-ACAAA-T-TTC-AA--CGT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC-GAAGTGATC----TACA-TTGT---TTCAACGT--T-GAAATGttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
blockSeqs : T A AA C C CAAAC C GAAT T A AC G TCAA GA AATAAAGGTGTGAGAGCAA AGATAT CCAA A TCAC TTTAAAATAATGGTCGGATTTCCACTTTGAGTACAATGT G GA AGTTCAT G CTTT AT ATATAATTATTAT T T . G AA GA GAA TC C GAAAACCGAAGTGATCT T ACAT G AACA C A A AA AAA A A TAACAAA GAAAAATGGTCGCCAGCAACTATCA ATCTGGTGGCGACGTCGAACAACCA GT A TTGATACAACGTTCTCATT AG ACATCTTT ACAACGCC CTA GAT TT AAT
blockSeqs : T C . A C AG C AAAA A A . . A . CGTCATTGTAATTTGTCA . A . . ATGAATTTATAATTTACTAC G . . . GAC . ATAATTATTAG . . . . . . . . C CAAATTATTTTGG . T G CG T C . . AAA A . . GATATTTGGTGGCG TCAATTAACAAAATCGAAACA GA . TTGATACAACGTTCTCATG G TTT A C . . .
blockSeqs : . A . C C AC A GAAA C . . . T . CGTCAGATCCGTCGA . . . . TTTTGGATATCAAC A . . . TAC . ATGATTATTAC . . . . . . . . C CAAAATGCG . G A TG C . . . . T . . AAACATCTTTCA AAAACTTTCATATTCAACCA GT . TCGCCACCAAATA G TAT . G . . .
blockSeqs : . A C AC A GAAA C . . . G . CGTCGA . . . . TCAGATTTCGAC T . . . CA . C . . . . . . . . C CTGATTTCG . T G TG C . . . . T . . GAAATGAGA TCAATTAACAAAATCAAACA A . TTCTCATT G TTT . A . . .
blockSeqs : . A C GA C GAA C . . . G . CGTTTG . . . . TCAGATTTCGAT G . . . T . C . . . . . . . . T CGAAATGCA . A G TG T . . . . T . . GAAATGAGA TCAACGTCGAAATCCGACG T . TTCTCATT G TGT . A . . .
blockSeqs : . C AT C A G . . . T . TCAATT . . . . TCAGATTTCGAC G . . . C . C . . . . . . . . C CGAAATGC . A G TG C . . . . A . . AGAAACAG TCAACGTCGAAATCCGACG G . TCAGATT G TT . T . . .
blockSeqs : . . C G A . . . G . CGTTGA . . . . TCAGATTTCGAC A . . . A . C . . . . . . . . C CAATGCA . A G CG T . . . . T . . AGATTTCG TCAACGTTGAAAAATGG G . TGCGTA G CT . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CTA . . . . . . . . . C . C . . . . . . . . C TGAAAT . G T CC T . . . . T . . AGATTTCG TCAACGTTGGTGAATTG G . TAAAT G TT . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . GAGTG . G G TG T . . . . T . . ATTGCA CAACAATTCACCAACG T . TCAGA G TA . T . . .
blockSeqs : . . . C . C . . . . . . . . . A . T . C T . . . . T . . GTATCA AGTTGCTGGCGACCA T . TCATT G TC . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . T . C T . . . . A . . GTATCA ATTTGGTGGCGACG T . TCATT . TG . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C T . . . . T . . TTTCA ACAGCGTTGAAACG . . TCG . TG . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . TT .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TCGGATTTCGAC************************************* CG*** ANATTTCG************************* TCAACGTCGAAATCCGACG******************* TCATT******************************************
originalCons : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGT--C-GAAACGCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCGA-A-----------------TTT-----C-G-ACGTCGAT-TCAA--T----TGNCGAANTCG--AA----C-G----TT-T-TT-CAACG--------------T--------CG--------------TT------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTGC--GTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
finalCons : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACGTCGGATTTCGAC-------------------------------------GTCGGTTCA--A-------TT-AA--C---AAAA--T------------C----------AA-ACATC-T-TTC-AA--CGT--CGTT---TC--AACGT------C-GAAATG--C----GACG-TTGN---TTCAACGTCG---AAACGCG-A-CGT--TG---TTTCAA-C-------GTCANATTTCG-------------------------ACGTCGATTCAACGTCGAAATCCGACG-------------------TT-T-TT-CAACGTCATT------------------------------------------TCGACGTC-GAAA------T-T-CGA--------CGTTGC--GTCGACGTCG---AA--TCAAC---GTTGATGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11111111 5555555555555555555555555555555 111111 1111 2222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111 111
lowQualScore : 3 1 99 8 2 33333 2 6666 2 8 55 000000 55 44444444 5555555555555555555555555555555 111111 1111 3 7777 0000000000000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 3 4444 44 555 44 9999999999999999999999999 3 8888 2 99999 88888 555 1 3 3 0000000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 3 3333333333333333333333 222 0 2 44 666
lowQualScore : . . .. . . ..... . .... . . .. ...... .. ........ ............................... ...... .... . .... ................ ..................................................................................... . . . .... .. ... .. ......................... . .... . ..... ..... ... . . . ....... ........................................................................................................................... .. . ...................... ... . . .. ...
lowQualScore : 2 0 22 3 9 33333 5 1111 6 9 55 999999 55 55555555 5555555555555555555555555555555 555555 4444 6 1111 1111111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 7777 22 444 22 5555555555555555555555555 3 0000 5 00000 66666 888 7 3 3 8888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 6666666666666666666666 222 1 0 66 444
consensus : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------CAA-ACATC-TTTC-AA--C-GT--CGTT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----G-ACG-TTG---NTTCAACGT--C-GAAACGCG-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT-----------------C-ANA----TTT-----CGA-CG--TCGA----------T------T-------CAACGT--CGAAAT---CCGAC--GTT-NTT-CAACGT--------------C--ATTTCGACGTC-GAAA------T-T-C-GA--------CGTTGC--GTCGACGTTGAA--TCAAC---GTTGATGT
Reference ( family-898 ) : ACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGANGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ACTTCGACGTCGAAATNC-GA--CGTT-GN---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CGGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------CAA-ACATC-TTTC-AA--C-GT--CGTT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----G-ACG-TTG---NTTCAACGT--C-GAAACGCG-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT-----------------C-ANA----TTT-----CGA-CG--TCGA----------T------T-------CAACGT--CGAAAT---CCGAC--GTT-TTT-CAACGT--------------C--ATTTCGACGTC-GAAA------T-T-C-GA--------CGTTGC--GTCGACGTCGAA--TCAAC---GTTGATGT
gi|1 : CAACGT--T-GTA--TCA-ACGTTG---TTTC-AAAC-------GT-----------------TGATA----TTTGGTGGCGA-CG--TCGAACAACCATTTT------T-------CAACGT--TGA--T---ACAAC--GTT-CT----------------------C--ATTTCGACGTT-GAAT------T-T-C-AA--------CGTTGC--ACTGACGTTGAA--TCAAC---GTT
gi|1 : gcacg--CATT-TT---T--TTAA--------CGT-----C-------------------------ACTT------AGAC----GTTG-TCTA----GACG--T-------------CGGATttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgtctaagtgacgttaaaaaaatgattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|1 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcAAAATCAT---TTTTTTAACGTC---ACTTAGACGTTGattttacaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|10 : gcacgcaacgttgtatcaacgttgtttcaaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaaccatttttcaacgttgatacaacgttctcatttcgacgttgaatttcaacgttgcactgacgttgaatcaacgttttgaataaagtttgggaagtgtctgtaataataatatttgtcttaagatgtttataaaccttttttaacgtagtaaaatataagttcatcatttaaagagaatttcaaattagttgatcatccgacgtctagaA--C-GT--TGTT---TC--AACGT------CA--GAAACA-------G-ACG-TTG---GAACAACGT--CAGAAACA-G-ACGTTG---GAAC-AA-C-------GT-----------------C-AGA----AAC-----AGA-CG--TCTA----------A------A-------AAACTT--TCATAT---TCAACCAG-T-ATC-CAACGT--------------A--AATCCGACGTCAGAAA------C-T---GA--------CGTTGT--GGAGACGTCTAT--CCAAC---acaaacaggcaaattttcagcgcaattctattaaaaacaaccagagaaagatataaaaatagaaaagaacattaaatgttaatatacgcgcttgaagtaaatattagccatgtattttttaatattaaagggcaggtaactctacaatgctggttcatgactttaaagcgcgggctttttggaagatgacgcgacgtggatctgagtggtacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattgatatacatgtagaataatagtgttaggttgcatataattaagtagatttaattttctatgtgacggtgcgatatattgatgcacaaaatcggaaaatctgtgttatagaaggtaggctgcacgtggcctcgttgccggttgccggttgcaacacagggccgagtttacaaagtatcatgtatgcgtgtactatgtcatgctaatcgcagtgtatgcattatatacagagtacgtacatgtacaacaatgtaacttgcatgtttattttaagtatgatgtaagaaataatgcctagtggataaatatataaacagccaacacgtatttaggtcatatcacaaccatgaaaaatcga
gi|13 : acccagcaggcaaaattg----------T------T-------CAACGT--TGA--T---ACAAC--GTT-----CA------------------C--ATTTCGACGTT-GAAA------T-TTC-AA--------CGTTGC--ACTGACGTTGAA--TCGAC---GTTccgtttataatcactatatatatatatatatattactctatatatatat
gi|14 : gaacaaccatttGTCG--GTTCTATTAACAAAATTAAAACTCTTCC--------------GACGTCAAAATAC-GA--TGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CGA-----GTTG-TTTC----AAC---------------------TTT-----------------------------AGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------CAA-ACATC-TTTT-AA--G-GC--CATT---TC--AACGT------C---AAAATG--C----G-ACG-TT----TTTCAAC-T--T-GAAttgaatcaagtttgggaagtgtctgtaataataatattttgtctttgtttatcaaacctttttatacgtaggaaaatataagttcatcattttaaagagaatt
gi|15 : cgttgaattaccGTTCA--A-------T-T-AA-----------T---ATAC--T------------CAATACTTA-TTTC-AG--A-GTGACGTTGAATC--AACGT------C---TGATTT--C----G-GCG-TCG---GATCAAT-TAAC-AAAA----------------TCAAA-C-------AT-----------------C--------TTT-----CAA-CG--TCGA----------T------T-------CAACGT--CGAAAT---CCGAC--GTTGTTT-CAACGT--------------CAGATTTCGACGTC-GGAAACATCTT-T-C-GA--------CGTtaaacgttcatatgcc
gi|15 : aatACGTTGAATCAACGTCTGATTTCGGCGTCG--GATCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC-------------------------------GA---T--TCAA--------CGT-----C---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGG-------------------------------------------------------AA-ACATC-TTTC-GA--C-GT--CATT---TC--catttc
gi|16 : aatgttcaattaatatactcaatacttatttcagagtgTC----AACG--T-------------TGAATTT--------CG----------------GTT--TTCA--A-------AAT-AAAGGTGTGAGAGC---AAAG--T------------CAG-ATATC------AA--CAGT--TGTT---TC--AACGT------TTTGGATAT---C----A-ACG-TTG---CTTC
gi|16 : acatcttattcaacgggtacatgaACATCAAGCATTGAAGTCAAAGTTTAATTAACG----CCAAC--CTTT-AACATG---AGATCAACGTTGAATTTC-G----GTT------T--TCAAAATAAAGGTGTGAGAGC---------A------------A--AGTCAGATATCAACA---GTTG-TTTC----AACGTTT-------------TGGATAT--------CAAC--------------GTTGCTTCtctcatgttaaaggttggcgttaattaaactttgacttcaatgcttgatgtgcctgc
gi|17 : acatcttattcaacgggtacatgaG--GTTCTATTAACAAAATTAAACCACTCT------------TCCGACGTCAAAATAC-GA--T-TT-GT---T--TCAA--------CGT-----T---------T------------G--AATA------CAGA----GTTG-TT-C----AAC---------------------------------------------------TTAGTTCA--A-----------AA-----------C---AAAAATT------------CAA-ACATCTTTTT-TA--G-GC--CCTT---TC--AACGT------C---AAATTA--TTTTGG-ACGTTTA---TTTCAAC-T--T-GAAgcctgc
gi|19 : tgACGCA-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT--------------------TA----TTG-----CAA-CG--TTGA----------TA-----TTTGGTGGCGACGT--TG--AC---CCAAC--GTT-C--------T--------------C--ATTTCGACGTT-GAAA------T-T-TAAA--------CGTTGC--ATTGACGTTGAA--TCAA
gi|2 : cACGCA-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT-----------------T-GTA----T-------CAA-CG--TTGA----------TATCTGGTGG-----CGACGT--CGAA------CAACC-ATT-TTT-CAACGTTGATACAACGTTCTC--ATTTCGACGTT-GAAA------T-TTC-AA--------CGTTGC--ATTGACGTTGAA--TCAAC---GTT
gi|2 : cACGTC---ACTTAGACGTC---ATCTAGA--CGTT-GG---G--T-AA----------T-----C---------A------------ATTAATT------TGAA----ATTC-TCTCTCACAATG--A-------------TGAATTTATAATTTACTAC--------------GTATATAAAGAA-------T-T-AA-----------A---AAAA--TATATAATTATTATAA-ACACT-TGCC-AA--A-CT--TGTT---TC--AA--------------------------A-ACG-TTG---ATTCAACGT--C---AATGCA-ACGTTGAAATTTC-AA-C-------GT-----------------C-GAA----ATG-----AGAACG--TTGT----------A------T-------CAACGT--TGAAAA---ATG----GTT-GTT-CGACGT--------------C-------GCCACC--AGA------TAT-C-AA--------CGTTGA--TACAACGTTGAA--ACAAC---GTTGttgaaacaagtttggcaagtgtttataataattatatatttttttaattctttatatacgtagtaaattataaattcatcattgtgagagagaatttcaaattaattgattacccaacgtctagatgacgtctaagtgacgtctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|21 : cacgAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAT--------------GTC-GTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------CAA-ACATC-TGTC-AA--ctcatatcaataaattttacaaactgacaaattttaatagaaaatcgattagaaaaaatcagagaaagatgtaaaaagagaaaagaacattaaacagctgttaatattaaagtttacaaatatgattcatgtttattgttaatatcaaagggcgggtaactctaattccggctcatgactaaaaagagcgggctttttggaagacttgtaaacaacgaagttatgccgggtacatgcattggcttgcaacaggtaatcatcactaattgatatataatagttttttgatatgaaggtgcgaaatactgattaacaaaatgtatattgatatattatagagaaggttatatttacattgtgtggccatggcagtggttgcaacacagtattgacaacgtacgcatgtactagatctatcgtcatgctgttcgtacaacatgcgatatgcatcatacaacagtaattatatactaacgctaaatgtaacttgcatgtcaactttatttattttagtaagaaatgatggatggatcaaacat
gi|3 : ccACGCA-ACGTTG---TATC-AA-C-------GT-----------------TGATA----TTTGGTGGCGA-CG--TCGA----------A--------------CAAC-------AATTCACCAAC--GTT-GATACAACGTTCT-----------C--ATTTCGATGTT-GAAA------T-TTC-AA--------CTTTGC--ACTGATGTTGAA--TCAAC---GTT
gi|3 : TTTTTCAACGTC---ACTTAGGCGTTG---TCTAGA--CGTCGGG---TGATCAA--------C-T----------------------------A--ATTN------AGGC----GTTG-TCTA----GACG--T-------------CGGATttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcatccgacgtctagacaacgcctnaattagttgatcacccgacgtctagacaacgcctaagtgacgttgaaaaaaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : acgcaacgttgtatcaacgttgatatttggtggcgacgtcgaacaacaattcaccaacgttgatacaacgttctcatttcgatgttgaaatttcaactttgcactgatgttgaatcaacgttttgaatcaagtttgggaaatgtttctaataattatattttgtcttaattgatgtttatcaaactttttatacgtagtaaaatataagttcgtcattttaaagagaattttaaattagttgatcGTTCA--A-------T-T-GA-----------T---ATAC--T------------CAA--TATC-TTTTGAA--C--T--TATT---TC--A--------------GA---G--T----G-ACG-TTG---AATCAACGT--C--AGATTCG-ACGTCG---GTTC-AA-TTAACAAAAT-----------------C-AAACATCTTT-----CAA-CG--TCGA----------T------T-------CAACGT--CGAAAT---CCGAC--GTTGTTT-CAACGT--------------C--AGATC--CGTC-GAAA------T-C-C-GA--------CGTTGT--TTCAACGTCAGATTTCGAC---GTCGGTaattacaaacaggcaaagtttattcgaaattctattataataaaacaaaacatgcaaaaagagaaaagaatatcaaactgttaatatgtacttcaagtaaatattaattcctgtattgctaatattaaaaggatggtaactctaattctggctcatgactttaaagcgcgggctttttggaagagttgtaaacaaaggagacgcgacgtggatatgagtgacacattcgttggcttgcaacaggtaaacatcactaattaatatagaataatagtgtaagattgcatatggataagtagatttagttttctatgtaaaggtgcgagatattgatgcacaaaatgtgttatagatggtaatattgtagcaatgtgcacgtggttgcaacacggggtttacaaagtatcgtgtacatgctgtactggacctactgtcgtgctgatcgcagtgtgtgcattatatacagaatagtacaatgtaa
gi|5 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatACGTTGAATCAACGTCAGATT-CGACGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---GATTCAACGTCGAAATCC-GA--CGTT-GT---T--TCAA--------CGT-----CAGATCCGTCG------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------CA--AAAA--T------------C-A-ACATC-TTTC-AA--C-GT--AATT---TC--AATGT------C---GAAATG--C------ACG-TTG---GTTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT-----------------C-AGA----TTT-----CGAGCGGTTCAA----------T------TAA-----CAAAAT--CGAA--------AC--ATC-TTT-CGACGT--------------C--ATTTCAACGTC--AAA------T-G-C-GA--------CGTTGT--TTCAACGTTGAA--TCAAC---GTTGAtcaattaacaaaaatcaacatctttcaacgtaatttcaatgtcgaaatgcacgttggttcaacgttgaaatccgacgttgtttcaacgtcagatttcgagcggttcaattaacaaaatcgaaacatctttcgacgtcatttcaacgtcaaatgcgacgttgtttcaacgttgaatcaacgttgagtgccctgct
gi|7 : tatagtttaatctataaatcttattatgaaatagactaattattgttaagagatgaagagattcaaaacatttgaatgaaggaagttaagattagcaattgtaattaatgttcaattgatatactcaatatcttttgaacttatttcagagtgACGTTGAATCAACGTCAGATTTCGAAGTCG--GTTCAATTAACAAAATCAAACATCTTTCAACGTC---ATTTCAACGTCGAAATGC-AA--CGTT-GG---T--TCAA--------CGT-----T---------G------------A--AATC------CGAC----GTTG-TTTC----AACG--T-------------CAGATTT--------CGAC--------------GTCGGTTCA--A-------T-T-AA-----------C---AAAA--T------------CAA-ACATC-TTTC-AA--C-GT--CATT---TC--AACGT------C---GAAATG--C----A-ACG-TTG---GTTCAACGT--T-GAAATCCG-ACGTTG---TTTC-AA-C-------GT-----------------C-AGA----TTT-----CGA-CG--TCGG----------T------T-------CAAT-TAACAAAAT---CAAAC--ATC-TTT-CAACGT--------------C--ATTTCAACGTC-GAAA------T-G-T-GA--------CGTTGT--TTCAACGTTGAA--TCAAC---GTTGATGTgtgccctgct
gi|8 : TCA--A-------T-T-AATA---------C---AAAA--TATGATTATTA--CAA-ACTTG-ATTC-AAAAC-GC--TGAT---TC--AACGT------C-----AATG--C----A-ACG-TTGACATTTCAACGT--C-GACATGAGAACGTTG---TATC-AA-C-------GTTGAAAAATGGTCGCCAGC-AAC----TAT-----CAA-CG--TTGA----------T------A-------CAGCGT--TGAA--------AC--GTT-------GCGTG-------------C--GTATTGG-----GAAA------T-T-C-AAACAACGCCCGATACCTATCAGTGTCGGA--TCAACAATGTTGATG
gi|8 : ttgaccttg--C-GT--TGTT---TG--AATTT------C---CCAATA--C----GCACG----------CAACGT--T-TCAACGC------TG---TATC-AA-C-------GT-----------------TGATA----GTTGC---TGG-CG--ACCA----------T------TTTT----CAACGT--TGA--T---ACAAC--GTT-CT----------------------C--ATGTCGACGTT-GAAA------TGT-C-AA--------CGTTGC--ATTGACGTTGAA--TCAGC---GTTtggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
gi|9 : ttgaccttgcatcaacattgttgatccgacactgataggtatcgggTCCAATGTCCAAACTTCAACGTTGAA-TAC-GAACCGTT-GTCAAT--TCAA--------CGT-----C---------ATTGTAATTTGTCA--AATC------CAACCCAAATTAATTTC----AACG--TTTAAAATAATGGTCGGATTT--------CCACTTTGAGTACAATGTGTCAATTCA--AAGTTCATT-TGAA-----------CTTTCAAA--T------------CCA-ACAAA-TTTC-AA--C-GT--CATT---TCTCAACGTGAAAACC---GAAGTGATC----T-ACA-TTG---TTTCAACGT--T-GAAATGttgaatcaagtttgtaataatcatattttgtattaattgatggtaatcaaactttatataacaaattatatattttgcaatgaatgatagaagtaacattttatttaaaataaattg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATTAGTTGATTAACCGAACTCTAGATGACGATTCTAAGTGACGTCCTCATGCAAATAATTTTAACCAAAAATGCATATTCTTAGATAGAAATGCTATTAGAGAAAAATCATAGAAAAATGTTTAAAATAAGAAAGAACAATCAAACTGTTAAATATTGAATTTTCACAAAATATCTCATACTCAACTTTCATGTTCCTTTACAACTCTGCTATACTGTCTAGTTCTACACGAGTGGCTCTCACTCGGGTAACTCTAATTTCCGACTCATCGGCTCTTTAAATCACTATCGCTGTCTGCGCTCTTTCGAAAGCACTTTCGTAAACAAATAGGTGATGAGATTATTTATCATTAGCATTATCATGCGGGTACATTGCGTTGACTTGCCACACAGGTATCCCTTTCTCCCATCCCACTAATTTGCATTAGATGAGAGAGAGGTGCGTTCCGCACTCTTTGCAAATCTTAGTTTCTCTCACGTCTAGAGTTTATCTCTCTTTCTTATATGAAAGGTGCAGATCTATATCTTGATTCACAAAAATTATATTATGAGGATCGGGTAATATTTGTAAATCACTTGATCGTGCCATGTGGTTGCAAAACTATCCAGTATTGACAAAGTATGCGCGTGTACATACGATCTCATCCGCATGCTGATAGTAGATCATATGCAATTGCATTCACGCATCTCGCTCCTACATATCCGTACAATAACAATCCTAACGTTAAAAATCGTAACTTACATGTCTCATACTTCCTATTTCTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): GATATCTTGGTAAGTCCACAGTGACGGTTAGAACTTGATATTTTTTACAAGCACACACTTGCATAAAAATTCTATATTTTAAAAAATCCAGAGAACAATGTAAAATAAACAGGAATGAGATACATTTGATTTAAACACTGTTGGGTTGATTCTCTACAGTGACCAACAATTCATGTACATTCGCTAGATATATAAAAGGCGCGGTAACTCTATAATCCCGCCTATGACCTAGAAAAAAAACCCGTGCAGGCTTTTTGGAAGACACTTCTAACAAACGGGAACTATATGCGATGCACGTTGCAAACTTCACGGTTAACTTAATTGACATCAACAACAAATAACTCGTTAGTTGCCAAATAATAAGTAGGATTTTAATCCTTTGTACTGCGAGAGGTACGCAATACTCGAT
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAGAACATTAAACTGTTAATATGTATTTTAAAGTAAATATTGATTCATATATTGGTCATATTAAAGGGCGGGTAACTCCAATTCCGACTCGTGACTAAAAAGCGCGGGTTTTTTGGAAGACTTGTAAACTGAGACAACGCGACGAGGATCGGAGGCTTGCATCAGGTAAACATCACTATAATAATAGTATTCGATTGCAAATTATTAAGTGTA
Unaligned ( gi|12 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTC
Unaligned ( gi|18 ): AGTGACGGTTAGAATTGATATTTTTACAAGCACACACATTTTCATAAAAATTCTATTTTAAAAAATCAGAGAAAGATGTAAATAAAAAGGAAGAGAACATTTGATTTAAACTGTTGGTAT
Unaligned ( gi|20 ): GACGCGACGTGGATCTGAGTGGTACATTCGCTGGCTTGCAACAGGCAAACATCACTAATTGATATAGAATAATAGT